dna yapısı ve analizi

BAÜ FEF BİYOLOJİ BÖLÜMÜ İ.Ö
MOLEKÜLER BİYOLOJİ 1 ARASINAVI (26.11.2010) Toplam puan 100, Süre: 60dk.
BÖLÜM 10
8. Meselson- Stahl deneyinde bir replikasyon döngüsünden sonra ve iki
1. Bir molekülün genetik materyal olarak davranabilmesi için dört özelliği
replikasyon hangi modellerin neden geçersiz kaldığını açıklahyınız. 10p
bulunmalıdır. Bunlar 1. ..Kendini eşleme (replikasyon... . 2. Bilgi
depolama... 3. Bu bilgiyi ifade etme. 4. Mutasyonla çeşitlenme.... olarak
Bir replikasyon dögüsünden sonra 15N/14N karışımından oluşan tek bir
sıralanabilir. (4p)
molekül topluluğu (bandı) oluştuğu için saklı model geçersiz kalır çünkü saklı
modele göre biri eski zincirlerden diğeri de yeni zincirlerden oluşan iki ayrı
band oluşmalıydı. İkinci replikasyon dögüsü sonucunda biri 14N/14N diğeri
2. Hershey-Chase deneyinde neden 32P ve 35S kullanılmıştır? Bu deneyin
15N14N olmak üzere iki ayrı band oluşmuştur. Bu da parçalı modeli geçersiz
mantığını ve sonuçlarını yazınız. (8p)
32
kılar çünkü parçalı modele göre yeni sentezlenen DNA eski ve yeni zincirlerin
P kullanılmasının nedeni P atomunun nükleik asitlerde bulunup proteinlerde
rasgele karışımından oluşur ki bu doğru olsaydı iki ayrı band değil tek bir
bulunmamasıdır. 35S kullanılmasının nedeni de aynı şekilde S atomunun
band gözlenmeliydi.
proteinlerde bulunup nükleik asitlerde bulunmamasıdır.
Böylece 32P’nin olduğu yerde (bakteri sitoplazması/zarı) nükleik asit
olduğunu, 35S’in olduğu yerde de proteinin olduğunu anlamak çok kolay
olmuştur.
3. Griffith, Avery ve arkadaşları ile Taylor’ın transformasyonun anlaşılmasına
yaptıkları katkıları karşılaştırınız. (10p)
Griffith kapsüllü bakterilerin özütünde kapsülsüz bakterilerde kapsül üretmeye
yarayan bir faktör olduğunu buldu ve böylece transformasyonu bulmuş oldu.
Avery ve arkdaşları transformasyondan sorumlu molekülün nükleik asitler
olduğunu buldu.
Taylor Heriot ise (Taylor J. Herbert değil, o yarı saklı replikasyonu
bulanlardan) Avery’nin deneylerinde alıcı olarak davranan R suşunun
(kapsülsüz bakterinin) transformasyonda DNA vericisi olarak ta (mesela aşırı
kapsüllü ER suşuna) davranabileceğini göstermiş oldu.
9.
Tek bir replikasyon çatalındaki DNA sentezini ve hangi enzimlerin ne iş
yaptığını belirterek şekil üzerinde veya metin olarak açıklayınız. 10p
4. Üç tip RNA molekülü hangileridir? herbirinin genetik bilgi akışı ile ilgisi
nedir? (5p)
rRNA: Büyük ve küçük alt birimlerden oluşur ve protein sentezinin temel
işlemlerini yerine getirir.
tRNA: Translasyonda amino asitleri zincire taşırlar.
mRNA: Bütün genler (rRNA genleri de dahil) önce mRNA olarak
sentezlenirler. Bunlardan protein olarak görev yapanlar translasyona
uğrarken, rRNA, ve tRNA gibi genlerin mRNA’ları proteine dönüşmeden
RNA olarak görev yaparlar.
5. Nükleotitin hangi bileşeni UV ışığının absorpsiyonundan sorumludur? Bu
özelliğin nükleik asitlerin incelenmesindeki önemi nedir? (10p)
Nükleik asitlerin azotlu bazları UV ışınını (en fazla 254 ila 260 nm dalga
boyunda) absorblarlar. Bu bilgi kullanılarak karışımdaki nükleik asit derişimi ve
varlığı tayin edilebilir. Proteinler UV ışınını en fazla 280 nm’de absorbladığı için
biyolojik olarak önemli molekülerin karışımlarının analizinde bu yöntem kolayca
kullanılır. Tek zincirli moleküller çift zincirli moleküllere göre daha fazla UV
absorblar (hiperkromik kayma). Bu nedenle denatürasyon şartları ugulanarak
nükelik asitin tek mi yoksa çift zincirli mi olduğu belirlenebilir. Buna ilave
olarak, AT baz çiftince zengin olan DNA GC bakımından daha zengin olan
DNA’ya göre daha kolay denatüre olur. Bu nedenle, denaturasyon kinetiği ile
DNA’nın baz içeriği tek/çift zincirli DNA ölçülerek saptanabilir.
Aşağıdakilerden hangisinin Tm derecesi en yüksektir? (4p)
a)TAACTACGAA b)TCATGCGATTAT c)GGGTTTGGGA
d)CTTGGGTTTG e) ATTGAGTGTAAA
BÖLÜM 11
7. DNA Polimeraz I’in yönlendirdiği in vitro DNA sentezi için neler
gereklidir? (5p)
1- DNA kalıbı, 2- iki değerli bir katyon (Mg++) 3- dNTP’ler (dATP, dGTP,
dCTP, dTTP) 4- primerler (5’ ve 3’) 5- Tampon 6- Su
6.
10. [D] [Y] İki farklı mikroorganizmanın DNA analizinde birbirine çok
benzer baz kompozisyonları görülürse bu iki organizmanın DNA dizileri
hemen hemen aynıdır. (5p)
11. a) DNA polimeraz III’ün α altbirimini şifreleyen dnaE genindeki bir
mutasyonun etkisi ne olur? Mutant suş nasıl canlı kalır? (6p)
α altbirimi 5’-> 3’ polimerizasyondan sorumlu olduğu için, DNA replikasyonu
çok yavaşlar veya yapılamaz. Bu durumda mutant suş diğer polimerazlarla
elzem DNA sentezini gerçekleştirerek hayatta kalır ama bölünemez.
b) DNA polimeraz III’ün є altbirimini şifreleyen dnaQ genindeki
mutasyonun etkisi ne olur? (3p)
є altbirimi 3’-> 5’ polimerazyonunu yani hata düzeltmeyi yapar. Bu durumda
mutant suş her nesilde bir çok yeni mutasyona maruz kalır.
BÖLÜM 12
12. LINE dizilerini tanımlayınız. Neden LINE’ler retrotransposonlar olarak
kabul edilirler? 10p
Uzun serpiştirilmiş elementler (LINE’ler) insanda tekrar edilen hareketli
elementlerin DNA dizisidir.
En yaygın aile L1 olarak isimlendirilmiştir.
Her biri yaklaşık 6.4 kb uzunluğundadır ve 100.000 kez tekrar edilir. LINE’ler
retrotranspozonlar olarak ta isimlendirilirler çünkü transposizyon
mekanizmaları virüslerinkine benzer.
13. Nükleozomun moleküler bileşeni ve düzeni nasıldır? (5p)
Nükleozomlar H1 hariç her histonun ikişer molekülünün oktomerik
yapılarıdır (H2A, H2B, H3, ve H4). Nükleozomlar ve kompleks
arasındaki bağlantı için histon H1 bulunur. 146 baz çiftlik DNA,
nükleozomun etrafını sarar.
14. 100μm uzunluğundaki bir faj DNA’sında kaç baz çifti bulunur?
(işlemlerinizi aşağıdaki boşlukta gösteriniz). (5p)
Sütun toplam 46
Sütun toplam 54