dna yapısı ve analizi - Balıkesir Üniversitesi FEF Biyoloji Bölümü

BAÜ FEF BİYOLOJİ BÖLÜMÜ İ.Ö
MOLEKÜLER BİYOLOJİ 1 ARASINAVI (18.11.2011) Toplam puan 100, Süre: 60dk.
BÖLÜM 10
1. Bir molekülün genetik materyal olarak davranabilmesi için hangi özellikleri
bulunmalıdır? (4p)
1. Kendini eşleme (replikasyon) 2. Bilgi depolama 3. Bu bilgiyi ifade
etme 4. Mutasyonla çeşitlenme
2. Evrensel olarak eğer RNA genetik materyal olsaydı, bu durum Avery
deneyini ve Hershey-Chase deneyini nasıl etkilerdi? (8p)
Böyle bir durumda Avery’nin denyinde elde edilen süzüntünün DNaz ile
değil RNaz ile muamelesi sonucu transformasyon olayı gerçekleşmezdi.
Hershey ve Chase deneyinin sonucu değişmezdi çünkü RNA 32P ile
işaretlenir, protein işaretlenmezdi.
7.
Meselson- Stahl deneyinde bir replikasyon döngüsünden sonra ve iki
replikasyon döngüsünden sonra hangi modellerin neden geçersiz
kaldığını açıklahyınız. 10p
Bir replikasyon dögüsünden sonra 15N/14N karışımından oluşan tek bir
molekül topluluğu (bandı) oluştuğu için saklı model geçersiz kalır çünkü saklı
modele göre biri eski zincirlerden diğeri de yeni zincirlerden oluşan iki ayrı
band oluşmalıydı.
İkinci replikasyon dögüsü sonucunda biri 14N/14N diğeri 15N14N olmak
üzere iki ayrı band oluşmuştur. Bu da parçalı modeli geçersiz kılar çünkü
parçalı modele göre yeni sentezlenen DNA eski ve yeni zincirlerin rasgele
karışımından oluşur ki bu doğru olsaydı iki ayrı band değil tek bir band
gözlenmeliydi.
3. Griffith, Avery ve arkadaşları ile Taylor’ın transformasyonun anlaşılmasına
yaptıkları katkıları karşılaştırınız. (10p)
Griffith kapsüllü bakterilerin özütünde kapsülsüz bakterilerde kapsül üretmeye
yarayan bir faktör olduğunu buldu ve böylece transformasyonu bulmuş oldu.
Avery ve arkdaşları transformasyondan sorumlu molekülün nükleik asitler
olduğunu buldu.
Taylor Heriot ise (Taylor J. Herbert değil, o yarı saklı replikasyonu
bulanlardan) Avery’nin deneylerinde alıcı olarak davranan R suşunun
(kapsülsüz bakterinin) transformasyonda DNA vericisi olarak ta (mesela aşırı
kapsüllü ER suşuna) davranabileceğini göstermiş oldu.
8.
Tek yönlü ve iki yönlü DNA sentezi ve kesintili ve kesintisiz DNA
sentezi arasındaki farkı belirtiniz. 10p
Çift zincirli bir DNA’da replikasyon belirli bir noktadan başlatılabilir ve
sadece bir yöne doğru (tek yönlü) ya da iki yöne doğru (çift yönlü) yapılabilir.
Tamamlayıcı zincir sentezi, lider zincirde, replikasyon çatalı ile aynı yönde, 5’
> 3’ yönünde kesintisiz gerçekleşirken kesintili zincirde (lagging strand)
replikasyon çatalına ters yönde, yine 5’ > 3’ yönünde, kesintili olarak cereyan
eder.
[D] [Y] İki farklı mikroorganizmanın DNA analizinde birbirine çok
benzer baz kompozisyonları görülürse bu iki organizmanın DNA dizileri
hemen hemen aynıdır. (5p)
10. a) DNA polimeraz III’ün α altbirimini şifreleyen dnaE genindeki bir
mutasyonun etkisi ne olur? Mutant suş nasıl canlı kalır? (6p)
α altbirimi 5’-> 3’ exonükleaz aktiviteden sorumlu olduğu için, DNA
replikasyonu çok yavaşlar veya yapılamaz. Bu durumda mutant suş diğer
polimerazlarla elzem DNA sentezini gerçekleştirerek hayatta kalır ama
bölünemez.
9.
4. Adenin ve Timinden oluşan bir dinükleotitin açık yapısını çizerek
şekerlerin ve bazların karbon ve azot numalarını gösteriniz? (15p)
b) DNA polimeraz III’ün є altbirimini şifreleyen dnaQ genindeki
mutasyonun etkisi ne olur? (3p)
є altbirimi 3’-> 5’ polimerazyonunu yani hata düzeltmeyi yapar. Bu durumda
mutant suş her nesilde bir çok yeni mutasyona maruz kalır.
BÖLÜM 12
11. LINE dizilerini tanımlayınız. Neden LINE’ler retrotransposonlar olarak
kabul edilirler? 10p
Şeker, fosfat, adenin,
timin ve bağlar 3’er
puan. Her eksik -1 puan.
Aşağıdakilerden hangisinin Tm derecesi en yüksektir? (4p)
a)TAACTACGAA b)TCATGCGATTAT c)AAATTTGTGA
d)CGCGGGTCTG e) ATTGAGTGTAAA
BÖLÜM 11
6. DNA Polimeraz I’in yönlendirdiği in vitro DNA sentezi için neler
gereklidir? (5p)
5.
1- DNA kalıbı, 2- iki değerli bir katyon (Mg++) 3- dNTP’ler (dATP, dGTP,
dCTP, dTTP) 4- primerler (5’ ve 3’) 5- Tampon 6- Su 7-Taq Polimeraz
Sütun toplam 46
Uzun serpiştirilmiş elementler (LINE’ler) insanda tekrar edilen hareketli
elementlerin DNA dizisidir.
En yaygın aile L1 olarak isimlendirilmiştir.
Her biri yaklaşık 6.4 kb uzunluğundadır ve 100.000 kez tekrar edilir.
LINE’ler retrotranspozonlar olarak ta isimlendirilirler çünkü transposizyon
mekanizmaları virüslerinkine benzer.
12. Heterokromatinin tanımlamasını yapınız ve verebildiğiniz kadar çok
örnek veriniz (5p)
Heterokromatin koyu renk boyanır ve daha yoğun olarak görünürken,
kromozomun diğer kısımları olan ökromatin soluk renkte ve daha az
yoğundur. Hererokromatin bölgeleri geç S fazında replike olurlar ve
genetik olarak genler baskılanmıştır. Telomerler ve sentromere bitişik
alanlar heterokromatinden oluşur.
13. 100μm uzunluğundaki bir faj DNA’sında kaç baz çifti bulunur?
(işlemlerinizi aşağıdaki boşlukta gösteriniz). (5p)
DNA’da bir bazın uzunluğu 0.34nm’dir. 100μm = 100 x 103nm
Toplam baz çifti sayısı = DNA uzunluğu / 1 baz uzunluğu
= 100 x 103nm / 0.34nm
= 294 x 103 = 294117 baz çifti
Sütun toplam 54