Kamu Hastanelerİnde Bİlİmsel Araştırma Projelerİnde

Kamu Hastanelerİnde Bİlİmsel Araştırma
Projelerİnde Yaşanan Sorunlar ve Çözüm Önerİlerİ
Dr. DR AHMET YEŞİLYURT
DIŞKAPI YILDIRIM BEYAZIT EAH
HÜCRESEL TEDAVİ, REJENERATİF TIP VE GENOMİK
ARAŞTIRMA VE UYGULAMA MERKEZİ
Sağlık Alanı Ar-Ge Faalİyetleri ve Ar-Ge Yapılanma Sürecİ Çalıştayı, Mayıs
2015, Ankara
DISKAPI EDUCATION AND RESEARCH HOSPITAL
TRANSLATIONAL RESEARCH CENTER

Diskapi Yildirim Beyazit Education
and Research Hospital is one of the
biggest hospital of Turkey.

Translational Research Center was
constructed in 2010 in the hospital.

30 staff are working
PANCREAS ISLET CELL RESEARCH CENTER
PAHAM

PAHAM was established
in 2008 as a
infrastructure project of
TC Ministry of
Development.
DIABETES, WHY ?
DIABETES IS A REAL ICEBERG
1.5 million new patients per year
TRANSLATIONAL RESEARCH CENTER SUBDIVISION
EDUCATION
Diabetes Training Center (DEMER)
RESEARCH & DIAGNOSTIC
A. Pancreas Islet Cell Research Center
a. Cell Research Lab
- Pancreatic Islet Cell Research Lab
- Stem Cell Research Lab
- IPS Research Lab
b. Proteomic Lab
c. Animal Facility
d. cGMP Lab
B. Department of Endocrinology.
2. Department of Medical Genetics
a. Clinical Genetics
b. Molecular Genetics Lab
c. Preimplantation Genetics Lab
3. Tissue Typing Lab
a. Solid Organ Transplantation
b. Bone Marrow Transplantation
DIABETES TRAINING CENTER
(DEMER) ACTIVITIES

Training and education activities for
healthcare professionals and patients

IV. DEMER, ‘Cellular Therapy of Diabetes
and Monogenic Diabetes, 28-29 of May,
2015

Genomic Workshop, ‘‘Principles of
Variant interpretation and Exome
Analysis, 30 of May, 2015
(genetogenome.org)
CELL RESEARCH LAB

Pancreatic
islet
and
stem
cells
research

Isolation and transplantation (fromRodent/Human to Rodent)

Encapsulation

Islet and beta cells like cells from SCs

Diabetic wound healing
PROTEOMIC LAB

Protein isolation and
definition experiments

Basic histopathological
experiments
ANIMAL FACILITY

Animal facility has been accredited in 2012 by
Republic of Turkey Ministry of Food, Agriculture
and Livestock

It is almost at SPF level

Conventional and different animal models

Spontaneous diabetes

Spontaneous Obese

Nude

Conventional rats
cGMP LAB

Clinical pancreatic islet cell
isolation and transplantation
to the patients under GMP
conditions

Stem cells products such as
MCSs etc
DEPARTMENT OF MEDICAL GENETICS

Clinical services for diagnosis of
common, rare or complex genetic
disorders

Management of chronic disorders

Genetic
consultation
patients/physicians

Research projects
to
MOLECULAR GENETICS

Single gene disorders

Monogenic diabetes,

Common and rare genetic disorders
etc

Genetic
disorders
with
molecular background

MODYX

Orphan disorders etc
unknown
there is bidirectional traffic between the fetus and mother during pregnancy. Multiple studies
shown that both intact fetal cells and cell-free fetal nucleic acids (cffNA, i.e. DNA and RNA) cro
placenta and circulate in the maternal blood stream. There are numerous issues relating to th
of cffNA for NIPD, including technical and clinical as well as ethical, social and legal, which re
detailed consideration. General information is summarised in this chapter, and detailed issues re
to specific applications are presented in each of the relevant chapters; details of more comprehe
and fully referenced reviews can be found in Appendix II and III.
MOLECULAR GENETICS III
Non-Invasive Prenatal Diagnosis
Plasma =
Maternal + Fetal
DNA
Cell-free fetal DNA (cffDNA) from the Y chromosome of male fetuses wassfirt discovered in ma
blood by Dennis Lo, then at the University of Oxford and now Professor of Medicine at the Ch
University of Hong Kong, and reported in a seminal paper published in the Lancet in 1997 [Lo
1997]. This DNA originates from placental cells, which expel their DNA into the maternal circu
during normal cell death, breaking up the chromosomes into short fragments. In addition,
free fetal RNA (cffRNA) derived from placentally active genes was also detected in the mat
circulation in 2000 [Poon et al. 2000], and found to have similar properties to cffDNA (see Tab
Maternal +
for a summary).
Fetal Genotype
SNP
Unlike fetal cells, which can persist for decades, cffNA are rapidly cleared from the mat
Sequencing
circulation and are undetectable 2 hours after delivery [see Lo & Chiu 2007 for review]. Althou
fetal elements in the maternal blood are necessarily diluted by maternal elements, the amou
cffDNA increases with gestation and comprises around 5-10% of the total cell-free DNA in mat
blood during thesfirt and second trimesters [Lun et al. 2008a]. The exact amount and prop
of cffDNA varies between individuals, but it can be reliably detected from around the 7th we
gestation.
Maternal
blood
Buffy coat =
Maternal
DNA
SNP
Table 3-1
Sequencing
Algorithm
Fetal
Genotype
Summary of key properties of fetal/ placental elements in maternal ablo
Maternal
specificl ly cel l-free fet al nucl ei c aci ds and int act fet al cel ls.
Genotype
Properties
Earliest detection
Proportion
Persistence in maternal blood
Relevant physical properties
cffNA
Fetal Cells
4 weeks
~ 7 weeks
5-10%
0.0001 - 0.01%
< 24 hours
> 27 years
Short fragments
Dense nucleus
PREIMPLANTATION GENETICS DIAGNOSIS LAB

For healthy pregnancy

Couples carrying single gene
disorders/chromosomal
rearrangement

HLA Compatible Fetus

Couples with affected kid
TISSUE TYPING LABORATORY

HLA Typing for Solid Organ and Bone
Marrow Transplantation







HLA-A
HLA-B
HLA-C
HLA-DR
HLA-DQ
HLA-DP
Serological Tests



PRA (Class I-II Tarama/Tanımlama)
CDC
DSA/LSA
NEDEN ARAŞTIRMA YAPMALIYIZ
Başlangıç
Bulguları
Burden
Hastalığın
Ortaya Çıkışı
Temel Risk
Değerlendirmeyi
gözden geçirme
Öntanı/Tanı
Erken
moleküler
tespit
Erken klinik
tespit
Progresyon
Klasik güncel
tıbbi
müdahaleler
1/reversibilit
e
Risk
Değerlendirme
Sağlık
Giderleri
Decision Support
Tools:
Time
Temel Risk
Yeni
Biyomarkerlar
Stabil Genomik:
Tek Nükleotid
Polimorfizmleri (SNPs)
Haplotip Haritalama
Gen Sekanslama
Preklinik
İlerleme
Dynamic Genomics:
Gene Expression
Proteomik
Metabolomik
Moleküler görüntüleme
Hastalığın başlaması ve ilerlemesi
Ralph Snyderman ‘dan modifiye
edilmiştir
PROJE YÖNETİMİNDE KARŞILAŞILABİLECEK SORUNLAR

Projeye Kaynak Bulma

Deneysel Araştırmada Planlama ve Hipotez Kurma Hataları

Proje Başvuru ve Değerlendirme Sürecinde Problemler

Araştırma Projeleri İçin Altyapı Yetersizlikleri

Proje Kabulünden Sonra, Başlama ve Yürütülmesi Esnasında
Karşılaşılan Sorunlar
Proje Kaynakları

Tübitak

Santez

Kalkınma Ajansı

Kosgeb

Sağlık Bakanlığı

EU Fonları

BAP
Deneysel Araştırmada Planlama ve Hipotez
Kurma Hataları






Rasyonellik: Seçilen araştırma konusunun ne derece rasyonel olduğu. Neden sonuç
ilişkisi iyi belirlenmeli.
Ülke yararı: Yapılacağı ülkenin önceliklerine göre uygunluk taşıyıp taşımadığı
Gereklilik: Gerçekten yapılmaya değer olup olmadığı. Çıkacak sonuçların tıbba
katkısının neler olabileceği
Uygulanabilirlik: Hayvanlar üzerinde elde edilecek sonuçların insana ne derece
uygulanabilir olduğu
Tekrarlanabilirlik: Aynı koşulların sağlandığı tüm ortamlarda deneyin tekrarlanabilir
olması
Devamlılık: O konuda yapılan çalışmanın daha sonra yapılacak çalışmalarla
desteklenmesi ve devamının sağlanması
Deneysel Araştırmada Hipotez Kurma

Araştırma konunuz özgün mü?

İlk kez siz mi araştırıyorsunuz (Pubmed, Google vb)


Varsa benzer araştırmalardan farkı nedir


Bu alandaki hangi eksiği tamamlayacaksınız
Öncül (Preliminary) verileriniz var mı



Keywords
Pilot çalışma
Literatür verisi
Koşullu araştırma şartı varmı

A olursa B araştırılacak (A olmazsa ?)
Verimli Olmayan Hipotezler
Araştırmada Kullanılacak Deneylerin
Planlanması

Amaca uygun yöntemler kullanılmış mı

Gereğinden fazla deney/yöntem var mı

3. Proje zaman çizelgesi uygun mu


Proje süresi çok uzun

Proje süresi çok kısa
Proje ekibi yeterli ve uygun kişilerden oluşuyor mu
Proje Başvuru ve Değerlendirme Sürecinde Problemler

Başvuru sırasında bürokratik sorunlar
 Araştırmacı
ve yönetici imzaları
 Projelerin geç duyurulması (Kalkınma Ajansı)
 Fiziksel uzaklıklık durumunda e-imza kabulü (Tübitak)

Değerlendirme yapacak jürinin projelere bakış açısı
ve yetkinliği (peer-review?)
Araştırma Projeleri İçin Altyapı Yetersizlikleri

Uygun araştırma merkezleri

Deney hayvanları ünitesi

Nitelikli personel istihdamı

Cihaz eksiklikleri

Merkezi araştırma üniteleri

İnternet bağlantısı

Dijital kütüphane ve veritabanlarına ulaşım
Proje Kabulünden Sonra, Başlama ve Yürütülmesi
Esnasında Karşılaşılan Sorunlar I

Mevzuat ve idari Sorunlar

Gider tahakkuk birimlerinin ilgili projelerle ilgili prosedürlere vakıf olması

Hesapların Hastanelerin bağlı bulunduğu mal müdürlüğü tarafından açılıp yazışmalar Gider tahakkuk
birimi tarafından yapılıyor


Projelerden vergi alınması (personel ödenekleri)
Sağlık Bakanlığı hastaneleri geçici süreli işçi çalıştıramadığı için çalıştırılacak personel hizmet
alımı yolu ile çalıştırılıyor ve personele yatacak paranın büyük kısmı KDV ve firmaya kalıyor

Tübitak avansları 30.000,00 TL maximum açılıyor fakat alınacak malzeme ve cihazlar 30.000
TL’nin üzerinde olabiliyor
Proje Kabulünden Sonra, Başlama ve Yürütülmesi
Esnasında Karşılaşılan Sorunlar II

Satınalma süreçlerinde sorunlar

Projede belirtilen malzemelerin ihale ile alımında sorunlar

Kabul edilmiş projelerde satınalma süreçlerinin uzunluğu

Malzemelerin farklı firmalardan temin edilebilmesi

Üreticinin tek olduğu durumlarda satınalma zorlukları

Yurtdışından malzemelerin çok geç gelmesi
Proje Kabulünden Sonra, Başlama ve Yürütülmesi
Esnasında Karşılaşılan Sorunlar III

Kamu-Özel sektör işbirliğinde yaşanan sorunlar

Araştırma projelerinden çıkan bilginin patentlenmesinde
yaşanan sorunlar

Projede yer alan araştırmacı ve yürütücülerin yeterince
desteklenmemesi
TEŞEKKÜRLER