SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ BİYOKİMYA ANABİLİM DALI ÖĞRETİM ÜYELERİ PROGRAMLAR VE DERS İÇERİKLERİ Biyokimya Yüksek Lisans Biyokimya Doktora BİYOKİMYA ANABİLİM DALI ÖĞRETİM ÜYELERİ Prof. Dr. Canan ÇOKER [email protected] Prof. Dr. Gül GÜNER AKDOĞAN [email protected] Prof. Dr. Banu ÖNVURAL [email protected] Prof. Dr. Gülgün OKTAY [email protected] Prof. Dr. A.Semra KOÇTÜRK [email protected] Prof. Dr. Hüray İŞLEKEL [email protected] Prof. Dr. Kemal BAYSAL [email protected] Prof. Dr. E.Pınar TUNCEL [email protected] Prof. Dr. Sezer UYSAL [email protected] Prof. Dr. Halil RESMİ [email protected] Prof. Dr. Emel ALTEKİN [email protected] Doç. Dr.Pınar AKAN [email protected] Doç. Dr.Ali Rıza ŞİŞMAN [email protected] Doç. Dr. Zübeyde ERBAYRAKTAR [email protected] Doç. Dr. Murat ÖRMEN [email protected] Yard. Doç. Dr. Nilgün YENER [email protected] Yard. Doç. Dr. Tuncay KÜME [email protected] BİYOKİMYA ANABİLİM DALI BİYOKİMYA YÜKSEK LİSANS PROGRAMI (BİO-YL) 2014-2015 GÜZ YARIYILI ÖĞRETİM PLANI I. YARIYIL ZORUNLU DERSLER BİO 5007 Temel Biyokimya BİO 5019 Temel Laboratuvar İlkeleri ve Yöntemleri I TBG 5033 Hücreye Giriş TBG 5035 Hücre Kültürü BİO 5098 Uzmanlık Alanı I. YARIYIL SEÇMELİ DERSLER BİO 5011 Eser Element Biyokimyası BİO 5021 Temel Kimya SBE 5005 Deney Hayvanları ve Uygulama Yöntemleri SBE 5035 Sağlık Bilimlerinde Etik I SBE 5037 İnsan Vücudu ve Yapı Fonksiyonu SBE 5039 Tıp Bilimlerinde ve Tıp Terminolojisine Giriş HİS 5023 Genel Histoloji Giriş HİS 5024 Elektron Mikroskobu için Laboratuvar Teknikleri TBG 5039 Temel Moleküler Biyolojik Yöntemler I ERS 5004 Basic Laboratory Principles and Methods I ERS 5015 Enzymology II. YARIYIL ZORUNLU DERSLER BİO 5024 Temel Laboratuvar İlkeleri Ve Yöntemleri II SBE 5006 Sağlık Araştırma Teknikleri ve Analiz Yöntem. BİO 5096 Seminer BİO 5098 Uzmanlık Alanı II. YARIYIL SEÇMELİ DERSLER BİO 5026 Enzimoloji BİO 5030 Hücresel Moleküler Mekanizmalar Araştırma Yöntemleri TBG 5030 Moleküler Genetik TBG 5036 Temel Moleküler Biyolojik Yönt. II MİK 5010 Temel İmmünoloji SBE 5044 Deneysel Araştır.Plan.,Yürüt.ve Değerlen. SBE 5040 Laboratuvar Uygulamalarında Güvenlik İlkeleri III. YARIYIL ZORUNLU DERSLER BİO 5099 Tez Çalışması IV. YARIYIL ZORUNLU DERSLER BİO 5099 Tez Çalışması NOT1 NOT2 NOT 3 KUR 4 3 3 2 2 KUR 1 2 1 2 2 2 2 1 3 3 2 KUR 2 3 0 2 KUR 2 2 3 2 3 3 1 KUR KUR UYG 0 2 0 2 0 UYG 2 0 4 2 0 0 2 4 2 2 2 UYG 2 2 2 0 UYG 2 4 0 4 0 0 0 UYG UYG KREDİ 4 4 3 3 KREDİ 2 2 3 3 2 2 3 3 4 4 3 KREDİ 3 4 KREDİ 3 4 3 4 3 3 1 KREDİ KREDİ AKTS 4 10 6 6 2 AKTS 2 5 6 6 2 2 8 9 8 10 9 AKTS 9 8 2 2 AKTS 9 10 6 10 3 6 2 AKTS 30 AKTS - - - 30 Öğrenciler her yarıyıl 30 AKTS almalıdır. Tezin Toplam AKTS’si 60, Toplam AKTS 120’dir. Sağlık ve Fen Bilimleri Enstitüleri’nin programları arasından danışmanların ve ilgili ders koordinatörlerinin onayı ile dersler alınabilir. Öğrenciler, seçmeli derslere ek olarak danışman onayı ile Enstitünün ya da başka akademik kurumların programlarından ders seçebilirler. Uzmanlık Alanı dersi yarıyıl ve yaz tatillerinde de verilecektir. BİYOKİMYA ANABİLİM DALI BİYOKİMYA DOKTORA PROGRAMI (BİO-DR) 2014-2015 GÜZ YARIYILI DERS İZLEME FORMU 1. GRUP DERSLERİ TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS SBE 6027 Bilim Tarihi ve Felsefe 15 0 1 0 1 1 3 SBE 6047 Deneysel Araştırma Verilerinin Kaydı ve Sunumu 15 0 1 0 1 1 2 SBE 6048 Bir Araştırmayı Yayına Dönüştürme Süreci 15 0 1 0 1 1 1 SBE 6051 Deneysel Araşt. Projelerinin Hazırlan. Değer. 30 0 2 0 2 2 5 SBE 6052 Biyomedikal İşletmeciliği 30 0 2 0 2 2 3 SBE 6053 Toplumsal Cinsiyet Eşitsizliği ve Kadına Yön. Aile 15 30 1 2 2 2 3 İçi Şiddet SBE 6054 Sağlık Alanında Bilgiye Ulaşma ve Kanıta Dayalı 15 0 1 0 1 1 3 Tıp SBE 6056 Sağlık Bilimlerinde Etik II 15 0 1 0 1 1 4 SBE 6057 Bilgisayar Uygulamalı İstatistik 15 30 1 2 2 1Yarıyıl 5 SBE 6058 Bilimde Yaratıcılık, Buluşçuluk ve Girişimcilik 15 0 1 0 1 1 3 SBE 6060 Sağlık Araştırma Tek. ve İleri Analiz Yöntemleri 45 0 3 0 3 1Yarıyıl 4 2. ve 3. GRUP DERSLERİ TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS BİO 6047 Temel Kimya BİO 6048 Enzimoloji BİO 6049 Biyokimyasal Endokrinoloji BİO 6050 Metabolizma I BİO 6051 Metabolizma II BİO 6052 Temel Laboratuar İlkeleri ve Yöntemleri II BİO 6053 Temel Laboratuar İlkeleri ve Yöntemleri I TBG 6091 Moleküler Hücre Biyolojisi BİO 6098 Uzmanlık Alanı BİO 6199 Tez Çalışması 4. GRUP DERSLERİ BİO 6054 Elektroforez Teknikleri BİO 6058 Nörokimya BİO 6056 Hastalıkların Moleküler Mekanizmaları BİO 6057 Hücredışı Matriks Yapısı ve Dinamikleri TBG 6091 Moleküler Hücre Biyolojisi MOT 6018 Moleküler Patoloji MOT 6019 Oksidatif Stres, Serbest Radikal ve Antioksidan Savunma ERS 6007 Basic Laboratory Principles and Methods I ERS 6008 Enzymology ERS 6009 Extracellular Matrix and Dynamics 15 0 1 0 1 1 5 30 0 2 0 2 2 10 15 0 1 0 1 1 5 30 0 2 0 2 2 10 45 0 3 0 3 3 15 15 30 1 2 2 2 10 15 30 1 2 2 2 10 60 0 4 0 4 1Yarıyıl 12 45 0 3 0 12 150 TKS TUS HKS HUS TK HAFTA AKTS 15 60 30 15 60 30 30 30 30 30 0 0 30 30 1 4 2 1 4 2 2 2 2 2 0 0 2 2 2 3 3 1 4 3 3 2 1Yarıyıl 3 1 1Yarıyıl 3 3 10 15 15 10 12 9 10 15 30 15 30 0 0 1 2 1 2 0 0 2 2 1 2 2 1 10 10 10 NOT 1 Öğrenci her dönem 30 AKTS almalıdır. Doktora eğitimi süresince toplam 90 AKTS (üç yarıyıl ) ağırlıklı olarak ders ve 150 AKTS tez çalışması olmak üzere toplam 240 AKTS kredisini tamamlamalıdır . NOT 2 Ders alma süresi içinde 1.grup derslerden en az 4 kredi alınması gerekmektedir. Öğrenci “Yoğunlaştırılmış Ortak Seçimlik Dersler” den kredili veya seçmeli olarak alabilir. Öğrenci, derslerine ek olarak danışmanının onayı ile Enstitünün ya da başka akademik kurumların programlarından ders seçebilir. Uzmanlık Alanı dersi yarıyıl ve yaz tatillerinde de verilecektir. Öğrencinin, doktora eğitim süresince bilimsel etkinliklerden aldığı 15 puan, 1 kredi olarak seçmeli ders kredisine sayılır. NOT 3 NOT 4 NOT 5 NOT 6 TKS: Toplam Kuramsal Saat, TUS: Toplam Uygulama Saati, HKS: Haftalık Kuramsal Saat, HUS: Haftalık Uygulama Saati, TK: Toplam Kredi BİYOKİMYA ANABİLİM DALI BİYOKİMYA YÜKSEK LİSANS PROGRAMI DERS İÇERİKLERİ BİO 5007 TEMEL BİYOKİMYA (4-0-4) 4 AKTS Amino asidler: yapısal özellikleri ve sınıflandırma, amino asitlerin biyosentezi peptidler ve proteinler: yapı düzeyleri, denatürasyon, enzimler, enzim kinetikleri ve koenzimler, nükleotidler, nükleik asitler, replikasyon, transkripsiyon ve rna nın işlemlenmesi, translasyon, posttranslasyonel modifikasyonlar ve katlanma ile proteinlerin hedeflenmesi, gen ekspresyonunun düzenlenmesi, nükleotidlerin biyosentezi ve yıkımı, biyoenerjetik ve termodinamiğin temel kuralları, yüksek enerjili bileşikler, biyolojik oksidasyon redüksiyon reaksiyonları, mono- , di- ve polisakkaritler, glikoliz ve glikolizi besleyen reaksiyonlar, pentoz fosfat yolu, glukoneojenez, glikoliz ve glukoneojenezin karşılıklı regülasyonu, glikojen metabolizması, glikojen sentez ve yıkımının karşılıklı regülasyonu, lipidlerin sınıflandırılması, trigliserit, fosfolipidler ve sinyal molekülleri, triaçilgliserol ve fosfolipidlerin biyosentezi, kolesterol, steroid ve izoprenoidlerin sentezi, yağ asidlerinin biyosentezi ve eikosanoidler, yağ asidlerinin oksidasyonu ve ketogenez, asetil koenzim A oluşumu ve TCA çevrimi, TCA nın regülasyonu, membran yapısı ve dinamikleri, membranlardan transport, amino asid amino gruplarının metabolizması, üre çevrimi, amino asidi karbon iskeletinin yıkım yolları, elektron transport zinciri ve reaksiyonları, ATP sentezi ve oksidatif fosforolasyonun regülasyonu, yakıt metabolizmasının entegrasyon ve düzenlenmesi (açlık, tokluk ve stres durumları), proteoglikan, glikoprotein, glikolipidler, glikozaminoglikanlar ve biyolojik işlevleri, hormon yapı ve sınıflandırma, hücre içi sinyal iletimi BİO 5011 ESER ELEMENT BİYOKİMYASI (1-2-2) 2 AKTS İz elementlerin sınıflandırılması, demir metabolizması, olgu tartışması (demir eksikliği anemisi; hemokromatoz), çinko metabolizması, olgu tartışması (büyüme geriliği; total parenteral beslenme), makale tartışması, bakır metabolizması, olgu tartışması (Wilson sirozu; Menkes Hst), oksidan-antioksidan denge ve iz elementler, makale tartışması,olgu tartışması, enzimler/proteinler/DNA ve iz elementler, toksik etkili iz elementler, atomik spektroskopinin ve iz element analizinin temel ilkeleri BİO 5021 TEMEL KİMYA (2-0-2) 5 AKTS Giriş-dersin tanıtımı elektomagnetik ışıma ve atomun yapısı kuantum sayıları ve atomik orbitaller eser elementler, periyodik tablo ve özellikleri, kimyasal bağlar temel kavramlar (iyonik ve kovalent bağlanma), kimyasal bağ kuramları, nonkovalent bağlar ve moleküller arası etkileşimler, hidrojen bağları, İyonik(polar) etkileşimler, Van der Waals etkileşimleri, hidrofobik etkileşimler, organik yapı ve adlandırma fonksiyonel guruplar ve genel reaksiyonları, aromatik hidrokarbonlar tüm konular dersin koordinatörü tarafından anlatılacaktır, küçük grup çalışması : molekül modelleri ile biyomoleküllerin fonksiyonel guruplarının oluşturulması, stereokimya ve kiral moleküller, izomeri ve optikçe aktiflik enantiomerler, kiral moleküller, kiralitenin biyolojik önemi, küçük grup çalışması: molekül modelleri ile bazı biyomoleküller ve izomerlerinin oluşturulması, karışımlar homojen karışımlar (çözeltiler), heterojen karışımlar (kolloid ve süspansiyonlar), küçük gurup çalışması : molar, molal, normal ve % derişimli çözelti hesaplamaları, asit-baz ve pH kavramı hidroliz ve tamponlar, küçük gurup çalışması : asit baz ve tampon çözeltilerinde pH hesaplamaları, proje ödevlerinin ara sunumları, kimyasal kinetik kimyasal hız ve etkileyen faktörler, tepkime mertebeleri, kataliz, kimyasal termodinamik, entalpi ve iç enerji kavramları, kendiliğinden olan olaylar ve entropi kavramı, serbest enerji kavramı, ödevlerin final sunumları BİO 5026 ENZİMOLOJİ (2-2-3) 9 AKTS Giriş-dersin tanıtımı, enzimlerin genel özellikleri, enzimlerin sınıflandırılması, küçük grup çalışması, enzimatik mekanizmalara genel bakış, katalizör olarak enzimler, koenzimlere genel bakış, termodinamik kataliz mekanizmaları, küçük grup çalışması, proje ödevleri konusunda bilgilendirme, enzimatik reaksiyonlar, enzimatik aktivite, Michaelis Menten kinetiği, küçük grup çalışması, enzim inhibisyonu, enzim inhibisyonunun değişik uygulamalarda kullanımı, laboratuvar uygulaması: enzimatik reaksiyonların spektrofotometrik olarak izlenmesi, laboratuvar uygulaması: biyolojik örnekte enzim aktivitesinin saptanması- son nokta yöntemi ve kinetik yöntem örnekleri, enzimlerin hücredeki lokalizasyonları fizyolojik görevleri, uygulama: eritrosit katalaz enzim aktivitesinin UV de spektrofotometrik olarak ölçümü, enzim aktivitesinin düzenlenmesi, enzimlerde allosteri allosterinin metabolizmadaki rolü, enzimlerin diğer düzenlenme yolları, proje ödevleri ile ilgili ara sunumlar, kan enzim düzeylerini etkileyen faktörler, seçilmiş bazı enzimlerin fizyolojik etkileri ve doku dağılımları, izoenzimlerin tanımları, klinik enzimolojideki önemleri, izoenzimlerin laboratuarda saptanmaları: uygulama örnekleri,değişik uygulamalarda enzimlerin kullanımı, klinik parametre ölçümleri, enzim-linked immunosrbent assayler, restriksiyon enzimleri,PCR, DNA fingerprinting, terapötik ajan olarak enzimler, ödevlerin final sunumları BİO 5030 HÜCRESEL MOLEKÜLER MEKANİZMALAR ARAŞTIRMA YÖNTEMLERİ (2-4-4) 10 AKTS Ders tanıtımı uygulama: deney hayvanından kc ve aort doku eldesi, hücrenin yapı ve organizasyonu, hücre organelleri ve ayrımlanması, kas ve kc dokusundan mitokondri izolasyonu, hücre kültürü çalışmalarında temel bilgiler, temel ekipmanlar, lab. tasarımı, sterilizasyon ve temel prensipler, sterilizasyon teknikleri, hücre kültürü tekniğinin araştırma modellerinde yeri, deneysel modeller, hücre canlılık ve dondurma teknikleri, hücre canlılık testleri, primer hücre kültürü, rat aort dokusundan eksplant ve mekanik yöntemle primer kültür eldesi, protein ekspresyon analizi; ELISA,IHK, EIA, Western Blot Elektroforez; gen ekspresyon analizi; PCR, RNA izolasyonu, RT-PCR, hücre ölüm mekanizmaları; kaspaz enzim aktivite analizi, apoptotik/nekrotik hücre ölüm analizi ERS 5004 BASİC LAB.PRİNCİPLES AND TECHNIQUES (3-2-4) 10 ECTS Introduction, Course Introduction, Laboratory Safety , Principles of the laboratory working , General Laboratory Equipment. Laboratory Preparation, Principles of Weighing, SI Units, Solution Preparation (Concentration Calculations), Solution Preparation (Concentration Calculations), Measurement of pH and buffer preparation, Project Preparatory Work, Homogenization techniques, Centrifugation, the basic principles and type, Video display, Spectrophotometry; Basic Principles and Applications, Glutathione-S-transferase measurement with spectrophotometer, Protein content measurement using a spectrophotometer, Protein determination by Biüret method, Protein determination by Lowry Method, Protein Determination content by Bradford Method, Protein determinationn by the BCA Method, Group presentations; Protein determination methods practice, Spectrofluorimeter; Basic Principles and Applications, Spectrofluorimeter with the measurement of MDA, Basic Principles of Chromatography, Types and Applications of Chromatography, Liquid Chromatography (HPLC) method with the MDA measurement. Basic Principles of electrophoresis, Types and Applications of Electrophoresis, Preparation of Electrophoresis Buffer. Gel cast , Gel Execution, Gel Paint, Quantification of protein bands. BİYOKİMYA ANABİLİM DALI BİYOKİMYA DOKTORA PROGRAMI DERS İÇERİKLERİ BİO 6047 TEMEL KİMYA (1–0–1) 5 AKTS Atom yapısı, kimyasal bağlar (Kovalent), kimyasal bağlar (non-kovalent), mol kavramı ve çözeltileri, kimyasal kinetik, kimyasal denge, kimyasal termodinamik ve yasaları, katalist kavramı ve katalizörler, oksidasyon ve redüksiyon reaksiyonları, serbest radikal kavramı, asit, baz ve tampon kavramları, radyoizotoplar. BİO 6048 ENZİMOLOJİ (2–0–2) 10 AKTS Enzimlere giriş. Genel kavramlar. Adlandırma ve enzim aktivite birimleri, enzimlerin sınıflandırılması, IUB / EC sistemi, enzimlerin metabolizmadaki fonksiyonları, hidrojen transferi yapan koenzimler, NAD, NADP, FMN, FAD, grup transferi yapan koenzimler, KoA, TPP, PLP, ATP, THF, KoB12 ve biyotin, koenzimlerin metabolizmadaki fonksiyonları, enzimlerin genel reaksiyon mekanizması, enzim katalizi, Michael-Menten kuramı ve Lineweaver Burke çizimleri, enzim hızına ısı ve pH’nın etkisi, enzimatik reaksiyonun inhibisyonu, kompetitif, non-kompetitif, unkompetitif, enzimlerin hücrede lokalizasyonları, enzim aktivitesinin düzenlenmesi I (allosterik regülasyon), kovalent modifikasyon ile regülasyon ve diğer düzenleme II, izoenzimler ve indikatör enzimler. BİO 6049 BİYOKİMYASAL ENDOKRİNOLOJİ (1–0–1) 5 AKTS Hormonların yapı ve genel özellikleri, hormonların etki mekanizmaları, hipotalamus ve pineal bez hormonları, hipofiz hormonları, tiroid hormonları, adrenal korteks hormonları, adrenal medulla hormonları, kadın seks hormonları, erkek seks hormonları, pankreas hormonları, kalsiyum, fosfor metabolizması ile ilgili hormonlar, gastrointestinal sistem hormonları, prostaglandinler ve ilgili bileşikler, hormon benzeri bileşikler. BİO 6050 METABOLİZMA I (2-0-2) 10 AKTS Beslenme biyokimyası, metabolizmaya genel bakış, biyoenerjetik, oksidatif fosforilasyon, karbohidratların sindirimi, emilimi, glikolizi besleyen yollar, glikoliz ve TCA döngüsü, glikojenez ve glikojenoliz, kan şeker düzeyinin düzenlenmesi, pentoz fosfat ve glukuronat yolları, lipidlerin sindirim, emilim ve transportu, yağ asitlerinin oksidasyonu, yağ asitlerinin sentezi, fosfogliseridler ve sfingolipidlerin sentezi ve yıkımı, kolesterol, safra asitleri ve diğer izopren bileşiklerinin biyosentezi ve kullanıldıkları yerler, keton cisimleri biyosentezi ve lipoproteinlerin oluşumu, metabolizmanın entegrasyonu ve hormonal regülasyonu. BİO 6051 METABOLİZMA II (3–0–3) 15 AKTS Nükleotid biyosentezi, amino asit sentezi, amino asitlerden köken alan bileşikler, proteinlerin sindirim ve emilimi, peptid ve protein biyosentezi, proteinlerin degradasyonu, amino asitlerin katabolizması, üre oluşumu, amonyak oluşumu, dokulara taşınması, amino asitlerin katabolizması I, II, III, amino asitlerin metabolizmasında dokular arası ilişkiler, glikoproteinler, proteoglikanlar ve glikozaminoglikanlar, porfirinler, hem bileşiklerinin biyosentezleri ve yıkılımları. BİO 6054 ELEKTROFOREZ TEKNİKLERİ (1–2–2) 10 AKTS Elektroforez temel ilkeleri, değişik elektroforez yöntemlerine genel bakış, sellüloz asetat elektroforezi, agaroz jel elektroforezi, poliakrilamid jel elektroforez (PAGE) sistemleri temel tanıtım, PAGE—II, PAGE- III, iki boyutlu elektroforez, agar jel elektroforezi, immunelektroforez, izoelektrik odaklama, izotakoforez, disk elektroforezi. BİO 6058 NÖROKİMYA (4-2-5) 15 AKTS Sinir sistemine genel bakış, nörosellüler anatomi, sinir sistemi hücreleri, membranları ve fonksiyonları, ak ve boz madde, nöron ve gliaların sitoskeletonları, membran transportu, iyon kanalları, adezyon molekülleri, kanbeyin bariyeri, beyin omurilik sıvısı biyokimyası, içeriği, rengi, görünümü, kimyasal bileşimi, hastalıklardaki durumu, tanısal testleri, beyinin biyokimyasal içeriği, genel biyokimyasal içerik, lipid, karbonhidrat, protein, nükleik asitler ve su içeriği, iz elementler, ak ve boz madde biyokimyasal içerikleri ve genel metabolizmaları, myelin moleküler yapısı, gelişmesi, biyokimyasal bileşimi ve metabolizması, myelin moleküler yapısı, oligodendroglia-Schwann hücreleri myelin ilişkisi, SSS ve PSS myelin farkları. Ranvier nodülleri, Saltatory teorisi, myelin gelişmesi ve süresi, bileşimi. Lipidleri, proteinleri, karbonhidratları ve netabolizmaları ve bozuzlukları, beyin dolaşımı ve enerji metabolizması, ATP üretimi, enerji depoları, beyinde glikoliz, Krebs döngüsü, pentoz fosfat yolu ve oksijen tüketimi, substratları, serebral metabolik hız regülasyonu, farklı fizyolojik koşullardaki durumu, yaş ve gelişmenin etkisi, patolojik durumlarda serebral enerji metabolizması, santral sinir sisteminde amino asit metabolizması ve bozuklukları, amino asitlerin santral sinir sistemine girişleri, metabolizmaları, üre döngüsü, amonyağın metabolize edilmesi. GABA şantı ve patolojik durumlarda enzim eksiklerinde ortaya çıkan hastalıklar, beslenme ve beyin fonksiyonları, beslenme ve fonksiyonel nörokimya, beslenme-beyin strüktürel ilişkisi, beslenme-beyin gelişmesi, beslenme SSS’nin yaşlanması ve nörodejeneratif hastalıkların tedavisi, beslenme ve genetik, yiyeceklerin alınmasının nöronal denetimi, hipoksik iskemik beyin zedelenmesi ve oksidatif stress, hipoksi –iskemi ve beyin infarktı, Zn+2 ve hipoksi - iskemi, iskemik apoptosis, hipoksi-iskemide serbest radikaller, beyin antioksidan savunma sistemleri, lipidler, eikosanoidler, platelet activating faktör ve inflamasyon, biyoaktif lipid kaynakları, fosfolipazlar, eikosanoidler, platelet activating faktör, siklooksijenazlar, lipid haberleşme yolları, nöroinflamasyon ve metabolik yollar, nörotransmitterler ve bazal Ganglion Hastalıkları, bazal ganglionlardaki katekolamin, serotonin ve GABA gibi nörotransmitter sistemleri, eksitatör amino asitler, GABA, asetil kolin, dopamin, purinerjik sistem, peptidler, büyüme faktörler, bazal ganglionlardaki katekolamin, serotonin ve GABA gibi nörotransmitter sistemleri, Parkinson hastalığı LDOPA tedavisi, nöropatiler, santral ve periferik sinir sistemi rejenerasyonu, periferik sinir sistemi spesifik hastalıklarından bazıları, SSS ve PSS’nin birlikte tutan hastalıklar, metabolik ansefalopatiler, beyin enerji metabolizması, hipoglisemik ansefalopati, hipoksik ansefalopati, hepatik ansefalopati, hiperkapnik ansefalopati, üremi ve diyaliz ansefalopatisi, hücreler arası haberleşme, G proteinler, fosfoinositidler, siklik nükleotidler, kalsiyum, serin ve treonin fosforilasyonu, tirozin fosforilasyonu, SSS’nin transkripsiyon faktörleri, yaşlanma biyokimyası, yaşlanmaya genel bakış, hücre sayıları, nörotransmitterler ve reseptörleri, yaşlanma pigmentleri ve membranlar, enerji metabolizması, nükleer ve mitokondrial nöronlarda instabilite, Alzheimer ve Prion hastalıkları, Alzheimer hastalığı, amiloid plaklar, nörofibriler tangl’ler, nöronal distrofi ve kayıp, nörotransmitterler, beta amiloid prekürsör proteini, presenilin 1 ve 2 genlerinde mutasyon, kas hastalıkları, kas yapısı, kasılması, aktin, miyozin, enzimleri (özellikle CK) metabolizması, kas hastalıkları. BİO 6056 HASTALIKLARIN MOLEKÜLER MEKANİZMALARI (2–2–3) 15 AKTS Hastalık Kavramı. Hastalıkların genetik, çevresel, biyokimyasal, immün ve diğer nedenlerine genel bakış.Hastalıkların sınıflandırılması. Epidemiyolojiye Giriş. Hastalıkların klinik ve laboratuar araştırılması. Homeostaz ve bozuklukları (su, elektrolit ve asid-baz dengesi, böbrek fonksiyon bozuklukları ve laboratuar analizleri). Dolaşım Sistemi Bozukluklarında hastalık oluşum mekanizmaları (ateroskleroz, iskemireperfüzyon hasarı, tromboemboli, vb). Kardiyak hastalıklar ve kardiyak biyomarkerler. Kardiyak enzimler, kardiyak marker proteinler.Gastrointestinal sistem, pankreas, karaciğer ve safra kesesi hastalıklarının moleküler temelleri. Karaciğer işlevleri ve bozuklukları. Karaciğer fonksiyonunun laboratuarda incelenmesi. Enfeksiyöz etkenlerin hastalık oluşturma mekanizmaları. Laboratuvar inceleme ilkeleri. Neoplastik hastalıkların oluşum mekanizmaları, moleküler düzeyde incelenmesi, Dejeneratif hastalıkların ve yaşlanmanın oluşum mekanizmaları. Zehirlenmelerin moleküler mekanizmaları. İlaç etkisi, metabolizması, dağılımı ve atılımı. İlaçların laboratuarda analizi. Genetik hastalıkların moleküler temeli. Genetik hastalıkların laboratuarda taranması ve belirlenmesi. İmmün sistem ve hastalık. Otoimmün hastalıkların gelişim mekanizmaları. Metabolik hastalıklar I. Lipid bozuklukları ve laboratuar analizleri. Metabolik hastalıklar II.Karbohidrat metabolizması bozukluklarının moleküler mekanizmaları ve laboratuar analizleri. Endokrin temelli bozukluklar. Membran, Organel ve Sitoiskelet Bozukluklarına genel bakış. BİO 6057 HÜCREDIŞI MATRİKS YAPISI VE DİNAMİKLERİ (1–0–1) 10 AKTS Hücre dışı Matriks Yapısına Genel Bakış, Elastin ve Kollajen Yapı ve İşlevleri, Kollajen ile ilgili bir patoloji (olgu aracılığıyla), Adhesif Glikoproteinler ve ilgili olgu, Matriks proteoglikanları ve ilgili bir olgu, Hücre dışı Matriks Yapılanması, Turnover ve Yıkılımı, Membran Reseptör Aktivasyonu ile Hücre içi Sinyal İletimi, Matriks Metalloproteinazlar, İnhibitörleri ve , Sinyal İletimindeki rolleri, Mtor sinyal iletimi: Büyüme ve metabolimadaki önemi, Hücredışı matriks ve reaktif oksijen üretimi ilişkisi, Ateroskleroz ve oksidan stres varlığında, LOX-1 ekspresyonu, Yara iyileşmesinde hücre dışı matriks ve apoptotik kontrol, Mekanizlarının rolü, Tümör invazyonu ve metastazda, Hücredışı matriksin rolü, İntervertebral disk ve hücredışı matriks, Kemik ve hücredışı matriks, Hücredışı matriks ve fibrozis, (Pulmoner, Hepatik,Kadiyak ve Renal Fibrozis)