KLİNİK MİKROBİYOLOJİ

KLİNİK MİKROBİYOLOJİ
Prof. Dr. Oğuz KARABAY
Mikroorganizma
• Doğada veya konakta çoğalan
– Yerleştiği konakta çeşitli yanıtların oluşmasına neden
olan
– Çıplak gözle görülemeyecek kadar küçük ve tek
hücreli canlılardır
– Tek bir hücreden milyonlarcası çoğalarak koloni
denilen ve çıplak gözle görülebilen yapılardır.
Bakteri koloni görünümü
Enfeksiyon Etkenlerinin Sınıflandırılması
Asellüler
• Prionlar
• Viroidler
• Viruslar
Çok hücreliler
• Mantarlar
• Helmintler
• Artropotlar
Tek hücreliler
Prokaryotikler
• Bakteriler
• Klamidyalar
• Mikoplazmalar
• Riketsiyalar
Ökaryotikler
• Mantarlar
• Protozoonlar
Prionlar
• Kronik, ilerleyici, tahrip edici tip merkezi sinir
sistemi bozukluğu
– Kuru
– Creutzfelt-Jacob hastalığı
– Hayvanlarda scrapie
– Deli dana hastalığı
• İnkübasyon uzun
• İlerleyici ve ölümcül
• Enfekte doku enjeksiyonu ile bulaş
Viruslar
• DNA ya da RNA içerirler.
• Nükleik asit protein bir kılıf ile çevrilidir.
• Bazı viruslar zarfa da sahiptir. Zarf lipid tabakası
ve virusa özgü proteinlerden oluşur.
• Canlı hücrelerde çoğalabilirler.
• Replikasyon (kopya çıkma) yoluyla çoğalırlar.
• Antibiyotiklere duyarlı değildirler.
• Interferona duyarlıdırlar
Viruslar-2
• Elektron mikroskobunda görülebilir
• Yuvarlak, tuğla gibi, mermi şeklinde
Rabies Virus (Kuduz)
Tek Hücreliler
•
•
•
•
•
•
Prokaryotlar
Bakteriler
Klamidyalar
Mikoplazmalar
Riketsiyalar
Ökaryotlar
Mantarlar
Protozoonlar
Bakteriler
• Büyüklüğü 0.5-100 μm arasındadır.
• Kok, basil ya da sarmal yapısında olabilir.
• Yapısında çekirdek, sitoplazma, hücre zarı, hücre
duvarı, kapsül, kirpik, fimbriya/pili, spor yapılarını
içerir.
• Hücre duvar yapısı Gram boyanma özelliğinden
sorumludur.
• Gram pozitif hücre duvarı daha kalındır, yapısında
teikoik asit bulundurur.
Bakteri (Gram-pozitifler)
Koklar
• Staphylococcus
• Streptococcus
• Peptostreptococcus
• Enterococcus
• Lactococcus
• Peptostreptococcus
Basiller
• Bacillus
• Clostridium
• Lactobacillus
• Actinomyces
• Nocardia
• Rhodococcus
• Mycobacterium
• Corynebacterium
Bakteri (Gram-negatifler)
Koklar
Neisseria
Moraxella
Basiller
Escherichia, Citrobacter
Salmonella, Shigella
Klebsiella, Enterobacter
Proteus, Providencia
Aeromonas, Pseudomonas
Acinotobacter (Değişken)
Stenotrophomonas
Brucella
Legionella
Vibrio
Gram Negatif Basil
Gram Pozitif Kok
Gram Pozitif Basil (şarbon)
Mantarlar
• 300.000 den fazla
• 300 hastalık yapar
• Kompleks organik materyalleri basit bileşiklere
dönüştürür (C, N, P salar)
• Ekmek, şarap, bira, peynir yapımı
Mayalar
Ascaris Lumbricoides
Fasciola Hepatica
Bakterilerin tanımlanması ve çeşitli özelliklerinin
belirlenmesi
sırasında
bazı
özelliklerinden
faydalanılmaktadır. Bunlar:
1 – Yapısal özellikleri: Şekil, boyut, hareket, boyanma
özellikleri,...
2 – Biyokimyasal özellikleri: Enzimler, besiyeri
3 – Fizyolojik özellikleri : Oksijene gereksinimi, ısı
etkisi,...
4–
Genetik dizinin özellikleri: DNA, RNA dizi
karşılaştırmaları. Günümüzde en çok kullanılan ve bir
çok
bakterinin
yeniden
sınıflanmasını
ve
isimlendirilmesini sağlayan bu yöntemler olmuştur.
Mikropların Mikroskopta İncelenmesi - 4
• GRAM yönteminde temel mekanizma hücre duvar
yapısındaki farklılıktan kaynaklanmaktadır.
• Bu farklılığın kesin nedeni bilinmemekle birlikte duvar
yapılarının kalınlığı, lipopolisakkarid yapılarla ilgili.
ÖZELLİK
Gram (+)
Gram (-)
Hüvre duvarı kalınlığı
20-80 nm
10 nm
Duvardaki katman sayısı
1
2
Peptidoglikan içeriği
>50%
10-20%
Hücre duvarında teikoik asid varlığı +
-
Lipid ve lipoprotein içeriği oranı
0-3%
58%
Protein içeriği oranı
0%
9%
Lipopoisakkarid
0
13%
Mikropların Mikroskopta İncelenmesi - 6
• Bazı bakteriler ise uygunsuz koşullarda hücre
duvarlarını kaybederek yaşamlarını sürdürebilirler;
buna bakterilerin L- formu denilmektedir.
• Bu bakteriler duvarla ilgili fonksiyonlarını ve boyanma
özelliklerini kaybederler.
• Bakteriler hücre duvar yapılarındaki farklılıklardan
başka morfolojik özellikleriyle de ayrılmaktadırlar.
• Yuvarlak şekillere kok boyu eninden uzun olanlara
çomak adı verilir. Boyu enine eşit görünen çomaklar
için kokobasil tanımı kullanılır.
Mikropların Mikroskopta İncelenmesi - 7
•
•
•
•
•
•
Uzun zincirler yapmış koklar streptokok,
Kümeler yapmış koklara stafilokok,
4’lü yapılara tetrad,
Yanyana duran iki kok diplokok adını alır.
Bazı çomaklar uzayıp dallanmalar gösterebilirler.
Bazı bakteriler(spiroketler) ise kıvrımlara sahip olabilir.
MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINA UYGUN ÖRNEK
GÖNDERİLMESİ
• Klinik Mikrobiyoloji
laboratuvarlarının her zaman
en önemli sorunu klinik ile
yeterli iletişimi
sağlayamamaktır.
Mikrobiyoloji Laboratuarına Ulaşması Gereken
Bilgiler
Hastanın adı-soyadı
Yaş- Cinsiyet
Yatan hastanın kliniği- oda numarası
Klinisyenin adı ve ulaşılabilecek telefon
• İdeal olan, klinik bulgular ve
beklentilerin laboratuvara
en uygun biçimde
aktarılması.
• Laboratuvar için gerekli
bilgiler:
Örneğin alındığı anatomik bölge
Örneğin alındığı tarih ve saat
Klinik bilgi
Örnek alınırken uygulandıysa uygulanan özel
işlem
Antibiyotik kullanım öyküsü
Düşünülen tanı
MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINA UYGUN ÖRNEK
GÖNDERİLMESİ - 2
• Örneklerin gönderilmesi konusunda
bir diğer önemli nokta zamandır.
• Unutulmaması gereken şey
mikrobiyoloji laboratuvarında; enzim,
kimyasallar, reaksiyonlar,… değil,
doğrudan “yaşam” ölçülmektedir.
• Geciken örnekte ya çok sayıda bakteri
üreyecek ve yanlış sonuçlara yol
açacak ya da etken ölecek ve
deneyden sonuç alınamayacaktır.
• Eğer gecikme olacaksa uygun
sıcaklıklarda veya taşıyıcı
besiyerlerinde saklanmalıdır.
Bakteriyel
inceleme
En geç iki saat içinde ya da transport
besiyeri içine konularak daha uzun
süre
Bordetella, Gonokok hasta başında
ekim
Viral
inceleme
24 saat içinde. 2-3 gün buzdolabında
saklanabilir
Anaerobik
kültür
Yeterli materyel 15-30 dakika içinde
uygun ortama ekilmelidir.
Biyopsi materyalleri ve çok miktarlarda
örnekler gecikebilir
MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINA UYGUN ÖRNEK
GÖNDERİLMESİ - 2
• Örneklerin gönderilmesi konusunda bazı temel ilkeler şöyle
özetlenebilir:
• Tüm örneklere bulaşıcı enfeksiyon etkenleri içeriyor gibi
davranılmalıdır.
• Hastaları örnek alma konusunda bilgilendirmek uygun ve
kaliteli örnek elde etmek yönünden oldukça başarılı sonuçlar
vermektedir.
• Mikrobiyolojik inceleme özellikle bakteri kültürü için ,örnekler
antibiyotik tedavisinden önce alınmalıdır. Eğer mümkün
değilse laboratuvar kullanılan antibiyotikler konusunda
bilgilendirilmelidir
MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINA UYGUN ÖRNEK
GÖNDERİLMESİ-2
• Yeni bir test uygulanacaksa ya da rutin dışı bir etken aranacaksa
laboratuvardan bilgi alınması esastır. Özel etkenler; özel
besiyerleri, özel örnekler ve özel taşıma şartları gerektirir.
• Flora olan bölgelerden kültür alınırken flora ile temas etmemek,
sadece lezyon bölgesinden örnek almak önemlidir. Floralı
bölgelerden anerop örnek almak uygun değildir.
• Foley sonda ucu, kusma örneği, kolostomi içeriği gibi örneklerin
kültürü yapılması önerilmez. Gastrik aspirat da
sadece
tüberküloz için kullanılabilir.
MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINA UYGUN ÖRNEK
GÖNDERİLMESİ - 2
• Üzerinde etiket ve kimlik bilgileri olmayan örnekler, bulaşmış ya da
delinmiş kaplarla gelen örnekler de çalışılmaz. Steril kaplarda
gelmeyen örneklerden de çalışma yapılmaması önerilir.
• Enjektör ile örneklerin gönderilmesi kesici-delici alet yaralanma
riski nedeniyle önerilmez, özel taşıyıcı sistemler önerilir.Bu
sistemler kulanılamadığında ise en azından iğnenin ucu açık olarak
ya da bükülerek örnek gönderilmemelidir.
• Sinüzit için burun sürüntüsü, otitis media için kulak sürüntüsü
uygun örnek değildir, anlamlı sonuç vermez.
• Tabloda en çok gönderilen örnekler ve dikkat edilmesi gereken
noktalar özetlenmiştir:
ALINMA ve ULAŞTIRMA
SAKLANMA
ÖZEL UYARILAR
Abseler
Mümkünse enjektörle aseptik olarak En kısa sürede laboratuvara
alınmalıdır. Mümkünse enjektörle
ulaştırmalı ve çalışılmalı
gönderilmemelidir. En ideal yol özel
transfer sistmleridir fakat her zaman
sağlanması mümkün değildir.
Anaerop kültür isteniyorsa ucu lastik
tıpayla kapanarak gönderilebilir.
Eküvyonla alınıyorsa en az iki
eküvyona alınmalı ve taşıma
besiyeriyle ulaştırılmalıdır.
Absenin yeri ve bekleniyorsa özel etkenler
(tularemi, brusella, kedi tırmığı hastalığı,...)
mutlaka bildirilmelidir.
Örnek almadan evvel deride alkol-iyot ya da
klorheksidin ile antisepsi sağlanmalıdır.
Kan
(Hemokültür)
Ateş yükselirken alınmalı.
Deri mutlaka iyot /alkol ile temizlenmeli ve
aseptik koşullarda şişeye ekim yapılmalı
BACTEC şişelerine alınış saatleri yazılmalı
Önerilen miktar:
Erişkin : 10 mL
Çocuk: 1-5 mL
Kateterli hastalarda kateterden alınan şişede
erken üreme varsa kateterin kaynak olduğu
belirlenir (> 2 saat)
En kısa zamanda lab.
ulaştırılmalı
En az 2 ** örnek alınmalı
Kateter varsa bir örnek kateterden
alınmalı
Hemokültür şişesi ise eğer
ulaştırılamıyor ise oda
ısısında bekletmek önerilir.
Çok lümenli kateterlerde her
lümenden örnek alınmalıdır.
Steril vücut sıvıları
(Plevra, eklem sıvısı,
perikard sıvısı assit
sıvısı)
Steril enjektörle alınabilir.
(Özel kan kültürü sistemi şişesine
ekimin faydalı olacağı
düşünülmektedir.
En kısa zamanda
laboratuvara ulaştırılmalı
Bir miktar örnek (+ ) saklanmalıdır.
Kateterler
Steril olarak çıkarılıp uç kısımları
steril makasla kesilip gönderilir.
Kateter çıkarılmadan önce cilt
antisepsisi unutulmamalıdır.
En geç 2 saat içinde
çalışılmalı
Foley sonda kültürü önerilmez
İntravasküler kateterler dışı kateterlerde
standart öneriler yoktur
Beyin omurilik sıvısı
(BOS)
Hücre sayımı, ekim ve diğer testler En kısa sürede
için steril 2-3 kaba ayrı ayrı
çalışılmalıdır.
alınmalıdır. İdeal inceleme için en az
10 mL örnek alınması önerilir
Ponksiyonla alınır. Öncesinde KİBAS, göz
dibinde ödem yönünden değerlendirme
unutulmamalıdır. Bir kısım örnek (+)
saklanmalıdır.
Göz, kulak, burun
sürüntüsü
Eküvyonla alınmalı, en az iki örnek
alınmalıdır.
Transport besiyeri kullanılabilir
En geç 2 saat içinde
incelenmelidir.
Burun kültürü MRSA taşıyıcılığı dışında çok
fayda sağlamaz
Sinüzit, otitis media
Aspirasyon örnekleri almak gerekir
Abse gibi davranmak
gerekir
Sinüzit ve otitis media tanısında sürüntü
kültürleri önerilmez. Otitis eksterna için
sürüntü kullanılabilir.
Boğaz sürüntüsü
Uygun bölgelere sürülen bir eküvyon GAS aranması için oda
yeterli.
ısısında bekletmek fayda
Antijen tayin edilecekse iki eküvyona sağlayabilir
örnek alınmalı
Dil, diş ve yanaklara dokunmamaya özen
gösterilmelidir
İdrar
Orta akım idrar alınmalı ve 2 saat
içinde çalışılmalı.
Gecikecekse 24 saat
buzdolabında saklanabilir.
Sondalı hasta ise laboratuvara bildirilmeli ve
örnek sondadan asepsi kurallarına uyularak
enjektöre alınmalıdır. Torbada beklenen idrar,
sürgü ile toplanan idrar çalışılmaz. Kateterli
hastada idrar örneği almak için kapalı
drenajın bozulması önerilmez.
Böbrek tüpü, J-kateteri olan hastalardan idrar
örneği klinikte alınarak laboratuvara
gönderilmeli ya da hasta bu konuda
eğitilmelidir.
Balgam
Pürülan ekspektorasyonla alınan
balgam değerlendirilebilir.
Kaliteli olmayan örnekler
çalışılmamalı
En kısa sürede
değerlendirilmeli
Yeni örnek gereksinimi
hmen bildirilmelidir.
ETA ya da BAL ise mutlaka bildirilmeli ve bu
örnekler kantitatif çalışılmalıdır.
Vaginal akıntı
Klinikte alınmalı, en az iki eküvyonla Hızlı değerlendirme çok
örnek alınmalı ve en kısa zamanda önemlidir. Yoksa
laboratuvara ulaştırılmalıdır.
T. vaginalis enfeksiyonları
atlanabilir
Üretral akıntı
Üretral sürüntü en az iki eküvyonla
örnek alınmalı ve en kısa zamanda
laboratuvara ulaştırılmalıdır.
Prostatit şüphesinde prostat mayii
incelenmelidir.
Hızlı değerlendirme çabuk
ekim çok önemlidir.
Gonokok kurumaya çok
duyarlıdır.
(hasta başı ekim)
Akıntı yoksa üretral sürüntü ya da ilk akım idrar
faydalı olabilir. Sperm önerilmez.
Chlamydia enfeksiyonu için özel eküvyonlarla
örnek alınıp transport sisteminde laboratuvara
ulaştırılmalıdır.
Dışkı
Temiz ağzı kapaklı bir kapta
laboratuvara ulaştırılmalıdır.
Transport besiyerleri faydalıdır.
Ekim en kısa sürede yapılmalıdır.
AMİP aranacaksa hemen
incelenmelidir.
Buzdolabında saklanabilir.
Toksin-A aranacaksa –70 C
de uzun süreler
bekletilebilir.
Parazit tetkiki isteniyorsa 3 kez örnek
gönderilmesi uygun olacaktır.
Serolojik inceleme için Kuru –tercihen sarı kapaklı- tüplere
kan
kan alınır.
örneği
Kan alan kişi standart önlemlere her
hastada özenle uymalıdır.
Serumu ayrılıp buzdolabında Özel testler için mutlaka laboratuvardan bilgi
ya da dondurularak
alınmalıdır.
bekletilebilir
Moleküler inceleme
Virolojik inceleme için Mutlaka laboratuvardan bilgi alınmalıdır. Farklı etkenler için özel kaplar gerekebilir.
kan örneği
CMV…..EDTAlı tüp
HCV…. Jel içermeyen cam tüp …gibi
TEŞEKKÜRLER