Genetik Test Tanıtımları 2017
advertisement
1976’dan beri … TEST TANITIMLARI DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU GENETİK TANI MERKEZİ Mart 2017 Uluslararası Kalite Güvencesi Baskı Mart, 2017 Bu yayının telif hakları Düzen Laboratuvarlar Grubu’na aittir. Bu yayının tümü ya da bir bölümü Düzen Laboratuvarlar Grubu’nun yazılı izni olmadan kopya edilemez. Bu yayın Düzen Laboratuvarlar Grubu tarafından tanıtım ve bilgilendirme amacıyla hazırlanmış olup hazırlanma ve basım esnasında metin ya da grafiklerde oluşabilecek her türlü hata ve eksikliklerden Düzen Laboratuvarlar Grubu sorumlu tutulamaz. Kaynak göstermek ve Düzen Laboratuvarlar Grubu’ndan yazılı izin almak suretiyle bu yayında alıntı yapılabilir. Düzen Laboratuvarlar Grubu Tunus Cad. No. 95 Kavaklıdere Çankaya 06680 Ankara www.duzen.com.tr VİZYONUMUZ Hasta haklarına saygılı, bilgilendirmeyi esas alan, testleri en doğru, izlenebilir ve tekrarlanabilir yöntemlerle çalışmak ve en az hatayı esas kabul edip, iç ve dış kalite kontrolleri ile bu kavramın gerçekleştiğini göstermektedir. MİSYONUMUZ Test sonuçları üzerinde laboratuvarmızın sorumluluğu, testin klinik laboratuvarcılık standartları ve iyi laboratuvar uygulamaları sınırları içinde, tüm kontoller yapılarak çalışılması ile sınırlıdır. Test sonuçları klinik bulgular ve diğer tüm yardımcı veriler dikkate alınarak değerlendirilmektedir. AKREDİTASYON Laboratuvarımız 2004 yılında Türk Akreditasyon Kurumu (TÜRKAK) tarafından TS EN IS IEC 17025 kapsamında akredite edilmiş, 2011 yılından itibaren ise ISO15189 kapsamında akreditasyona hak kazanmıştır. Hasta kayıt, numune alma, raporlama, kurumsal hizmetler ve tüm işletim sistemi akreditasyon kapsamındadır. GÜVENİRLİLİK Laboratuvarımız CLSI programlarına üyedir ve metotlarının takipçisidir. Sonuçların tekrarlanabilirliği, biologie Prospective ve iç (internal) kalite kontrol örnekleriyle, uluslararası uyumluluğu ise başta CAP olmak üzere 7 ayrı kalite kontrol programına katılım ile teyit edilmektedir. GİZLİLİK Laboratuvarımızda çalışılan test sonuçlarının gizliliği tarafımızdan titizlikle sağlanmaktadır. HAKKIMIZDA Düzen laboratuarı olarak hastalıkların tanısında, hasta ve sağlıklı bireylerin takibinde hekime ve hastaya yardımcı olabilmek amacıyla, yaklaşık 800 laboratuvar testiyle, doğru ve güvenilir sonuçlarla hizmetinizdeyiz. Bu sayede tekrarlayan gebelik kayıpları, trombofili, hematolojik malignensiler gibi multidisipliner yaklaşım gerektiren klinik olgularda hastalarınızın tüm tanısal işlemlerini tekelde sonuçlandırabilmekte, çok daha sağlıklı danışmanlık hizmeti verebilmekteyiz. Kurumumuzda kuruluşundan bu yana klinik araştırmalar birimi başta olmak üzere birçok birimimiz tarafından yürütülen çalışma ve araştırmalar Aralık 2008 tarihinden itibaren ARGE birimi adı altında toplanmaya başlanmıştır. ARGE birimi birçok klinik araştırma, yüzlerce tez ve araştırma çalışmasının planlanması ve yapımında yardımcı olmuştur. Laboratuvarımızın yürüttüğü klinik araştırma projelerinde gösterilen performans nedeniyle klinik araştırmalar konusunda Dünya’nın en büyük 3 kuruluşundan biri olan “Covance Virtual Central Laboratories” gerekli incelemeleri yaptıktan sonra Düzen Laboratuvarını Türkiye’de stratejik ortak olarak seçmiştir. Başvuru için [email protected] adresinden bize ulaşabilirsiniz. “Laboratuvar Hizmetlerinde Ulusal ve Uluslararası Kalite Güvencesi” DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI İÇİNDEKİLER İçindekiler............................................................................................................................................................................ 1 Genetik Test Sınıflandırmaları ................................................................................................................................. 14 DİSMORFOLOJİ .......................................................................................................................................................... 14 ENDOKRİN ................................................................................................................................................................... 14 FARMAKOGENETİK ................................................................................................................................................. 14 HEMATOLOJİ .............................................................................................................................................................. 15 HEMATOLOJİK ONKOLOJİ ..................................................................................................................................... 15 KARDİYOLOJİ.............................................................................................................................................................. 15 METABOLİZMA.......................................................................................................................................................... 16 MULTİSİSTEM HASTALIKLARI ........................................................................................................................... 16 NÖROLOJİ ..................................................................................................................................................................... 16 OFTALMOLOJİ ............................................................................................................................................................ 17 ONKOLOJİ..................................................................................................................................................................... 17 REPRODÜKTİF GENETİK ....................................................................................................................................... 17 YATKINLIK/RİSK FAKTÖRLERİ ......................................................................................................................... 18 Test Tanıtımları .............................................................................................................................................................. 19 1p Delesyonu ......................................................................................................................................................... 19 (1)(q21)CKS1B/(1q32-36)CDKN2C ............................................................................................................. 19 2p12 IGK .................................................................................................................................................................. 19 4q Yeniden Düzenlenme (FIP1LI/PDGFRA) (FISH) .............................................................................. 19 5-Alfa Redüktaz Delesyon Duplikasyon...................................................................................................... 20 5-Alfa Redüktaz Yetmezliği (Leu55Gln Mutasyonu) ............................................................................. 20 5-Alfa Redüktaz Yetmezliği (Tüm Gen Dizi Analizi) .............................................................................. 21 5q31 Delesyonu .................................................................................................................................................... 21 (5)(q32) PDGFRB ................................................................................................................................................. 22 5q33-q34 (CSF1R) Delesyonu ......................................................................................................................... 22 5q35.1 TLX3 ........................................................................................................................................................... 22 6q23 (MYB) Delesyonu ...................................................................................................................................... 22 7q31 Delesyonu .................................................................................................................................................... 23 7q34 TCRB............................................................................................................................................................... 23 7q22/ 7q35 (MDS) Delesyonu........................................................................................................................ 23 9p21 (CDKN2A) Delesyonu .............................................................................................................................. 23 9q34 Delesyonu .................................................................................................................................................... 24 10q24 TLX1 ............................................................................................................................................................ 24 11q22.3 Delesyonu.............................................................................................................................................. 24 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 1 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI 11q23 MLL Mutasyonları.................................................................................................................................. 24 13q14.3 Delesyonu.............................................................................................................................................. 25 13q14.3 (D13S319)Delesyonu ....................................................................................................................... 25 14q32 Delesyonu ................................................................................................................................................. 25 14q11.2 TCR Yeniden Düzenlemeleri.......................................................................................................... 26 17p13.1 Delesyonu.............................................................................................................................................. 26 19q Delesyonu....................................................................................................................................................... 26 20q12 Delesyonu ................................................................................................................................................. 26 20q13.2 (LSI ZNF217) Delesyonu ................................................................................................................. 27 22q11 IGL ................................................................................................................................................................ 27 11-Beta Hidroksilaz Geni (CYP11B1) Mutasyonları .............................................................................. 27 AARSKOG (FGD1 Geni)....................................................................................................................................... 28 α-Adducin Polimorfizmi .................................................................................................................................... 28 ACE I/D Polimorfizmi ......................................................................................................................................... 28 ACTN3 Mutasyon Analizi................................................................................................................................... 29 Adrenolökodistrofi (X’e Bağlı, ABCD1 geni) .............................................................................................. 29 Ailesel Hiperkolesterolemi Paneli .......................................................................................................... 30 Ailesel Hipertrofik Kardiyomiyopati Paneli.............................................................................................. 30 Ailesel Polipsiz Kolon Kanseri (HNPCC)..................................................................................................... 31 Ailesel Pulmoner Fibrozis SFTPA2................................................................................................................ 31 Ailesel Pulmoner Fibrozis SFTPC .................................................................................................................. 31 Ailesel Pulmoner Fibrozis TERC .................................................................................................................... 32 Ailesel Pulmoner Fibrozis TERT .................................................................................................................... 32 Ailesel Transtiretin İlişkili Amiloidoz.......................................................................................................... 32 Akciğer Kanseri (KHDAK) Paneli .................................................................................................................. 33 Akondroplazi Mutasyon Analizi ..................................................................................................................... 35 Aldosteron Sentaz Polimorfizmi .................................................................................................................... 35 Alfa-1 Antitripsin Genotip Tayini (M, S, Z alleli) ..................................................................................... 35 Alfa-Talasemi Mutasyon Taraması ............................................................................................................... 36 ALK (2p23) Mutasyonları ................................................................................................................................. 36 ALK Geni Mutasyonları ...................................................................................................................................... 37 ALL Paneli ............................................................................................................................................................... 37 Alport Sendromu Paneli ................................................................................................................................ 37 Alzheimer Hastalığı APP Ekzon 16 ve 17 Genetik Analizi, Alzheimer Tip 1 ................................ 38 Alzheimer Hastalığı APP Genetik Analizi, Alzheimer Tip 1 ................................................................ 38 Alzheimer Hastalığı PSEN1 Genetik Analizi, Alzheimer Tip 3 ........................................................... 39 Alzheimer Hastalığı PSEN2 Genetik Analizi, Alzheimer Tip 4 ........................................................... 39 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 2 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI AMH Genetik Analizi ........................................................................................................................................... 40 AMHR Genetik Analizi ........................................................................................................................................ 40 AML Paneli .............................................................................................................................................................. 41 Amniyotik Sıvıda Kromozom Analizi ........................................................................................................... 41 Amniyotik Sıvıda RhD Genotip Tayini ......................................................................................................... 42 Angelman Metilasyon Analizi ......................................................................................................................... 42 Angelman Sendromu .......................................................................................................................................... 43 Angiotensin II Tip 1 Reseptör Polimorfizmi ............................................................................................. 43 Angiotensinojen Polimorfizmi ........................................................................................................................ 43 Antitrombin III ...................................................................................................................................................... 44 APOE Genotiplemesi ........................................................................................................................................... 44 AR (Androjen Reseptör) Geni Analizi .......................................................................................................... 45 AR Delesyon Duplikasyon Analizi ................................................................................................................. 45 ARX Mutasyon Analizi ........................................................................................................................................ 46 ASXL1 Mutasyonları ........................................................................................................................................... 46 AVPR2 Geni Dizi Analizi ................................................................................................................................... 46 B Hücre Klonalite Testi ...................................................................................................................................... 47 BCL2 (18q21) Yeniden Düzenlenmeleri..................................................................................................... 47 BCL6 (3q27) Yeniden Düzenlenmeleri ....................................................................................................... 47 Beckwith Wiedemann 11p15 Hipometilasyon Analizi......................................................................... 48 Bernard Soulier Sendromu Tip A (GP1BA Dizi Analizi)....................................................................... 48 Bernard Soulier Sendromu Tip B (GP1BB Dizi Analizi) ....................................................................... 48 Bernard Soulier Sendromu Tip C (GP9 Dizi Analizi) ............................................................................. 49 Beta Talasemi (Beta Globin Geni) Dizi Analizi ......................................................................................... 49 Beta Talasemi Delesyon Duplikasyon Analizi .......................................................................................... 49 Biyotinidaz Defekti (BTD Geni) ...................................................................................................................... 50 BMP4 Geni Dizi Analizi ...................................................................................................................................... 50 Bradikinin Reseptör Polimorfizmi ................................................................................................................ 51 BRAF Amplifikasyonları .................................................................................................................................... 51 BRAF Geni V600E Mutasyonu......................................................................................................................... 51 BRCA 1-2 Gen Mutasyonu ................................................................................................................................. 52 BRCA1 Delesyon Duplikasyon Analizi ......................................................................................................... 53 BRCA2 Delesyon Duplikasyon Analizi ......................................................................................................... 54 Brugado Sendromu ............................................................................................................................................. 54 Cadasil Hastalığı Gen Analizi (Ekzon 3, 4, 5, 6)........................................................................................ 55 CALR EKZON 9 Mutasyonları .......................................................................................................................... 55 Canavan Hastalığı Genetik Analizi (ASPA Geni)....................................................................................... 55 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 3 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI CCND1 (11Q13) Yeniden Düzenlenmeleri ................................................................................................ 56 CDKL5 Geni Dizi Analizi .................................................................................................................................... 56 CEBPA Gen Mutasyonu ...................................................................................................................................... 56 Charcot Marie Tooth 1A (PMP22)................................................................................................................. 57 CHN1 Gen Analizi ................................................................................................................................................. 57 CIAS1 Geni Mutasyonları .................................................................................................................................. 57 Cilt Biyopsisinde Fibroblast Kültürü............................................................................................................ 58 Cilt Biyopsi Materyalinden Kromozom Analizi ....................................................................................... 59 CKİT Mutasyonları ............................................................................................................................................... 59 Coffin Lowry Sendromu (RSK2 Geni) .......................................................................................................... 59 CONNEXIN26 Mutasyonları ............................................................................................................................. 60 Cri Du Chat Sendromu (FISH) ......................................................................................................................... 60 CSF3R Mutasyonları............................................................................................................................................ 60 CYP2D6 Mutasyon Analizi ................................................................................................................................ 61 CYP21A2 Delesyon Duplikasyon Analizi .................................................................................................... 61 CYP27A1 Geni Dizi Analizi ............................................................................................................................... 62 Çölyak Genetik Paneli......................................................................................................................................... 62 DDIT3 Yeniden Düzenlenmeleri .................................................................................................................... 63 DEB Testi ................................................................................................................................................................. 63 DiGeorge Sendromu (FISH) ............................................................................................................................. 64 DMD/BMD Bağlantı Analizi ............................................................................................................................. 64 DMD/BMD Delesyon Analizi ........................................................................................................................... 65 DMD Nokta Mutasyonları ................................................................................................................................. 66 DMD Taşıyıcılık Testi.......................................................................................................................................... 66 Dravet Sendromu, SCN1A ................................................................................................................................. 67 Düşük/Küretaj Materyalinde Kromozom Analizi ................................................................................... 67 DYT-1 Mutasyon Analizi.................................................................................................................................... 68 E-Cadherine Mutasyonları ............................................................................................................................... 68 EGFR Amplifikasyonları .................................................................................................................................... 68 EGFR Geni Mutasyonları ................................................................................................................................... 69 Ektodermal Displazi, Hipohidrotik (EDAR Gen Dizi Analizi) ............................................................. 69 Erken Trizomi Tanı Testi (QF-PCR) ............................................................................................................. 70 EWS-FLI1 t(11;22) (PNET) RT-PCR ............................................................................................................. 70 EWSR1 Yeniden Düzenlenmeleri .................................................................................................................. 70 F13 V34L Polimorfizm Analizi........................................................................................................................ 71 Fabry Sendromu (GLA Dizi Analizi) ............................................................................................................. 71 Faktör V Cambridge Mutasyon Analizi ....................................................................................................... 72 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 4 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Faktor V Leiden Mutasyonu............................................................................................................................. 72 Familyal Akdeniz Ateşi Dizi Analizi .............................................................................................................. 72 Familyal Akdeniz Ateşi Mutasyon Analizi.................................................................................................. 73 Familyal Adenomatoz Polipozis..................................................................................................................... 73 Fanconi-Bickel Sendromu (SLC2A2 Geni) .................................................................................................. 74 Fenilketonüri Tüm Gen Dizi Analizi (PAH Geni) ..................................................................................... 74 Fetal Kanda Kromozom Analizi...................................................................................................................... 74 FGF23 Mutasyonları ............................................................................................................................................ 75 FGFR1 Amplifikasyonları .................................................................................................................................. 75 FGFR1 Dizi Analizi ............................................................................................................................................... 76 FGFR2 Dizi Analizi................................................................................................................................................ 76 FGFR3 Dizi Analizi ............................................................................................................................................... 76 FIP1L1/PDGFRA Füzyonu, del4q12 (RT-PCR) ......................................................................................... 77 FLT3 Mutasyonları .............................................................................................................................................. 77 Florourasil Toksisitesi ....................................................................................................................................... 77 FOXL2 Mutasyonu ............................................................................................................................................... 78 FOXO1 Füzyon Mutasyonları ........................................................................................................................... 78 Frajil X Sendromu (PCR) ................................................................................................................................... 79 Frajil X Tekrar Sayısı Analizi ........................................................................................................................... 79 Frajil X Sendromu (Sitogenetik) .................................................................................................................... 79 Friedreich Ataksisi Mutasyon Analizi .......................................................................................................... 80 Fucosidosis FUCA1 Gen Analizi ...................................................................................................................... 80 Galaktozemi Genetik Analizi (GALT Geni) ................................................................................................. 81 GALT Delesyon Duplikasyon Analizi ............................................................................................................ 81 GATA1 Geni Ekzon 2 Analizi............................................................................................................................ 82 Gaucher GBA Geni Dizi Analizi ........................................................................................................................ 82 GCH1 Dizi Analizi .................................................................................................................................................. 83 Genetik Aritmi Paneli ......................................................................................................................................... 83 Gilbert Hastalığı UGT1A1 5’(TA) Tekrar Sayısı ....................................................................................... 84 Glikojen Depo Hastalığı Tip1 (G6PC) ........................................................................................................... 85 GLUD1 Geni Dizi Analizi .................................................................................................................................... 85 Glutarik Asidemi Tip1 Genetik Test ............................................................................................................. 85 GM1 Gangliozidozis (GLB1 Geni) ................................................................................................................... 86 HbS Mutasyon Analizi ........................................................................................................................................ 86 Hemofili A Bağlantı Analizi .............................................................................................................................. 86 Hemofili B Bağlantı Analizi .............................................................................................................................. 87 Hemokromatozis (2 Mutasyon) ..................................................................................................................... 87 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 5 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Hemokromatozis (18 Mutasyon) .................................................................................................................. 87 HER2/NEU/TopoIIa ........................................................................................................................................... 88 HER2 Nokta Mutasyonları ................................................................................................................................ 88 Herediter Anjioödem Tip 1, Tip2 .................................................................................................................. 89 Herediter Anjioödem Tip 3 .............................................................................................................................. 89 Herediter Fruktoz İntoleransı (ALDOB Geni) ........................................................................................... 90 Herediter Spastik Parapleji .............................................................................................................................. 90 Hipofosfatazya ALPL Geni Dizi Analizi ........................................................................................................ 90 Hipokalemik Periyodik Paralizi Genetik Analizi (CACNA1S 4 Mutasyon ve SCN4A 5 Mutasyon) ............................................................................................................................................................... 91 Hipokondroplazi Mutasyon Analizi .............................................................................................................. 91 HLA-B27 (PCR) ..................................................................................................................................................... 91 HLA-B51................................................................................................................................................................... 92 HLA-B5701 ............................................................................................................................................................. 92 HNPP ......................................................................................................................................................................... 92 HOLT-ORAM TBX5 Geni Dizi Analizi............................................................................................................ 93 HOXA1 Gen Analizi .............................................................................................................................................. 93 HRAS Mutasyonları ............................................................................................................................................. 93 Hunter IDS Geni Dizi Analizi............................................................................................................................ 94 Huntington Hastalığı Mutasyon Analizi ...................................................................................................... 94 IDH1 Geni Ekzon 4 Analizi ............................................................................................................................... 95 IDH2 Geni Ekzon 4 Analizi ............................................................................................................................... 95 IGF1R Geni Dizi Analizi ...................................................................................................................................... 96 İmatinib Direnci Dizi Analizi ........................................................................................................................... 96 İnversiyon(3)(q21;q26.2) / Translokasyon(3;3)(q21;q26.2) FISH ............................................... 96 İnversiyon (16)(p13;q22) / Translokasyon (16;16)(p13;q22) (PCR) .......................................... 97 İnversiyon (16)(p13;q22) / Translokasyon (16;16)(p13;q22) (FISH) ......................................... 97 İrinotecan Toksisitesi (UGT1A1) ................................................................................................................... 97 İzole Lizensefali Sekansı (FISH) ..................................................................................................................... 98 İzovalerik Asidemi Genetik Testi (IVD Geni) ............................................................................................ 98 JAK2 Ekzon 12 Mutasyonları .......................................................................................................................... 99 JAK2 V617F............................................................................................................................................................. 99 Kalıtsal Kanser Paneli ........................................................................................................................................ 99 Kallman’s Sendromu......................................................................................................................................... 100 Karnitinpalmitoil Transferaz 2 Defekti..................................................................................................... 100 Kartagener Primer Silier Diskinezi [CILD1 (DNAI1) Geni Dizi Analizi] ...................................... 101 KCNE1 Gen Analizi ............................................................................................................................................ 101 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 6 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI KCNH2 Gen Analizi ............................................................................................................................................ 101 KCNJ11 Geni Dizi Analizi................................................................................................................................. 102 KCNQ1 Gen Analizi ............................................................................................................................................ 102 KCNQ2 Dizi Analizi ............................................................................................................................................ 102 Kemik İliği Aspirasyon Materyalinde Kromozom Analizi ................................................................. 103 Kennedy Hastalığı Genetik Test ................................................................................................................... 103 KIF2A Gen Analizi .............................................................................................................................................. 103 Kimerizm (Aynı Cinsiyetten Transplantasyon)..................................................................................... 104 Kimerizm (Farklı Cinsiyetten Transplantasyon) .................................................................................. 104 Kistik Fibrozis CFTR Delta F508 Mutasyonu .......................................................................................... 104 Kistik Fibrozis (CFTR) Tüm Gen Dizi Analizi.......................................................................................... 105 Kistik Fibrozis Sık Mutasyonlar (Ekzon 4,7,9,10, 11 Dizi Analizi) ................................................ 105 Kistik Fibroz CFTR Geni Delesyon Duplikasyon Mutasyon Taraması .......................................... 106 Klasik Sitrülinemi Gen Analizi ...................................................................................................................... 106 KLL Paneli ............................................................................................................................................................. 106 KML Paneli ............................................................................................................................................................ 107 Konjenital Adrenal Hiperplazi (CYP21A2 Geni) Amniyon Sıvısı .................................................... 107 Konjenital Adrenal Hiperplazi (CYP21A2 geni) CVS ........................................................................... 107 Konjenital Adrenal Hiperplazi (CYP21A2 Geni) KAN ........................................................................ 108 Konjenital Adrenal Hipoplazi Delesyon .................................................................................................... 110 Konjenital Adrenal Hipoplazi Mutasyon .................................................................................................. 111 Konjenital Glikozilasyon Defekti Tip 1A PMM2 Genetik Analizi .................................................... 111 Konjenital Nefrotik Sendrom Tip 1 (NPHS1 Geni) ............................................................................... 111 Konjenital Nötropeni (ELANE Geni) .......................................................................................................... 112 Koryon Villus Biyopsi (CVS) Materyalinde Kromozom Analizi ...................................................... 112 Kostmann Hastalığı (HAX1 Geni) ................................................................................................................ 112 KRAS Mutasyonları ........................................................................................................................................... 113 Lafora Hastalığı (EPM2A Tüm Gen Analizi) ............................................................................................ 113 Lafora Hastalığı (NHLRC1 Tüm Gen Analizi).......................................................................................... 113 LHON Gen Analizi............................................................................................................................................... 114 Likid Biyopsi ........................................................................................................................................................ 114 Limb Girdle2A (CAPN3 Dizi Analizi) .......................................................................................................... 115 Limb Girdle 2D (SGCA Dizi Analizi) ............................................................................................................ 115 Limb Girdle 2E (SGCB Dizi Analizi) ............................................................................................................ 115 Limb Girdle 2F (SGCD Dizi Analizi) ............................................................................................................ 116 Limb Girdle Delesyon Analizi (SGC) ........................................................................................................... 116 LMNA Gen Dizi Analizi (Emery-Dreifuss/Limb Girdle Muscular Dystrophy) .......................... 116 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 7 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Lowe Sendromu (OCRL1 Geni) .................................................................................................................... 117 Marfan Sendromu (FBN1 Geni Dizi Analizi) ........................................................................................... 117 Marker Kromozom İdentifikasyonu ........................................................................................................... 118 Maternal Kontaminasyon Çalışması........................................................................................................... 118 MC4R Dizi Analizi............................................................................................................................................... 118 MDR1 Mutasyonu .............................................................................................................................................. 119 MDS Paneli ............................................................................................................................................................ 119 Melas Sendromu (A3243G) ........................................................................................................................... 119 Melas (A3243G, T3271C, A3252G) ............................................................................................................. 120 Melas (MTTL1 Tüm Gen Dizi) ....................................................................................................................... 120 MEN1 Geni Dizi Analizi .................................................................................................................................... 121 Mental Retardasyon Paneli ............................................................................................................................ 121 MERRF Sendromu (A8344G) ........................................................................................................................ 122 MERRF Sendromu (A8344G, T8356C, G8363A ve G8361A) Analizi ............................................ 122 Mesane Kanseri Genetik Tarama (UROVYSION)................................................................................... 122 MET Amplifikasyonları .................................................................................................................................... 123 Metakromatik Lökodistrofi (ARSA1 Geni) .............................................................................................. 123 Metil Malonik Asidemi Genetik Testi (MUT Geni) ................................................................................ 124 MFRP Gen Mutasyonu ...................................................................................................................................... 124 MGMT Geni Metilasyon Analizi .................................................................................................................... 124 Mikrosatellit İnstabilitesi................................................................................................................................ 125 Miller-Dieker Sendromu (FISH)................................................................................................................... 125 Mitokondrial DNA Delesyon Analizi (KS, Pearson, PEO) ................................................................... 125 Mitomisin C Testi ............................................................................................................................................... 126 MM Paneli.............................................................................................................................................................. 126 MODY Paneli ........................................................................................................................................................ 126 MODY Tip 1 (HNF4A Geni)............................................................................................................................. 128 MODY2 GCK Geni Dizi Analizi ...................................................................................................................... 128 MODY Tip 3 (HNF1A Geni)............................................................................................................................. 128 MODY5 HNF1B Geni Dizi Analizi ................................................................................................................ 129 Moleküler Karyotipleme ................................................................................................................................. 129 Monozomi/Trizomi 7 ....................................................................................................................................... 130 Monozomi / Trizomi 8 ..................................................................................................................................... 130 MPL Mutasyon Analizi ..................................................................................................................................... 130 MSUD (Akçaağaç Şurubu İdrar Hastalığı BCKDHA, BCKDHB ve DBT Genleri) ........................ 131 MTHFR A1298C Mutasyon Analizi ............................................................................................................. 131 MTHFR C677T Mutasyon Analizi ................................................................................................................ 132 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 8 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI MUNC13-4 (UNC13D) Dizi Analizi .............................................................................................................. 132 MYC (8Q24) Yeniden Düzenlenmeleri ...................................................................................................... 132 MYCN (2p24) Amplifikasyonları ................................................................................................................. 133 MYOC Gen Analizi .............................................................................................................................................. 133 Myotonik Distrofi ............................................................................................................................................... 133 NCL Tip 1 ............................................................................................................................................................... 134 NCL Tip 2 ............................................................................................................................................................... 135 NCL Tip 3 ............................................................................................................................................................... 135 NCL Tip 6 ............................................................................................................................................................... 135 Nieman Pick Genetik Testi (NPC1, NPC2 ve SMPD1 Genleri) ........................................................... 136 Nijmegen Sendromu ......................................................................................................................................... 136 NonHodgkin Lenfoma Paneli ........................................................................................................................ 137 Noonan Sendromu ............................................................................................................................................. 137 Norrie Hastalığı................................................................................................................................................... 138 NF1 Delesyon Duplikasyon Analizi............................................................................................................. 138 NF1 Genetik İnceleme ...................................................................................................................................... 139 NF2 Genetik İnceleme ...................................................................................................................................... 139 Non İnvazif Prenatal Tarama (NIPT) ......................................................................................................... 140 NPM1 Mutasyonu (MutA, MutB, MutD) .................................................................................................... 141 NRAS Mutasyonları ........................................................................................................................................... 141 Osteogenezis İmperfekta (COL1A1 Geni) ................................................................................................. 141 Osteokondrodisplazi (DYM Geni)................................................................................................................ 142 Osteoporoz Yatkınlık Paneli .......................................................................................................................... 142 PAH Delesyon Duplikasyon Analizi ............................................................................................................ 143 Parkinson Juvenil, PARK2 .............................................................................................................................. 143 Parkinson Tip 1, SCNA...................................................................................................................................... 143 Parkinson Tip 6, PINK1.................................................................................................................................... 144 Parkinson Tip 7, DJ-1 ........................................................................................................................................ 144 Parkinson Tip 8, LRRK2 ................................................................................................................................... 144 Parkinson Tip 9, Kufor Rakeb Hastalığı .................................................................................................... 145 PAX6 Gen Analizi ................................................................................................................................................ 145 PCA3 ........................................................................................................................................................................ 145 PDGFRA Geni Mutasyonları............................................................................................................................ 146 PDGFRB Geni Mutasyonları ........................................................................................................................... 146 Pediatrik ALL Paneli ......................................................................................................................................... 147 Pediatrik AML Paneli ........................................................................................................................................ 148 Pediatrik MDS Paneli ........................................................................................................................................ 148 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 9 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Perforin Gen Analizi .......................................................................................................................................... 149 Periferik Kanda Kromozom Analizi ............................................................................................................ 149 Periferik Kandan Kromozom Analizi (Lösemi) ..................................................................................... 150 Periferik Kanda RhD Genotip Tayini .......................................................................................................... 150 Peutz-Jeghers Sendromu (STK11) .............................................................................................................. 150 Plavix Etkinliği (CYP2C19) ............................................................................................................................. 151 Plazminojen Aktivatör İnhibitör-1 Polimorfizmi.................................................................................. 152 Podicin (NPHS2) Dizi Analizi ........................................................................................................................ 152 POLE Mutasyonları............................................................................................................................................ 152 Pompe Hastalığı Genetik Testi...................................................................................................................... 153 PON1 Polimorfizmi (163T>A, 575A>G).................................................................................................... 153 Prader-Willi Metilasyon Analizi ................................................................................................................... 154 Prader-Willi Sendromu (FISH) ..................................................................................................................... 154 Prion Hastalığı Genetik Analizi..................................................................................................................... 154 Progresif Familyal İntrahepatik Kolestaz (PFIC) Tip 1 Gen Analizi .............................................. 155 Progresif Familyal İntrahepatik Kolestaz (PFIC) Tip 2 Gen Analizi .............................................. 155 Progresif Familyal İntrahepatik Kolestaz (PFIC) Tip 3 Gen Analizi .............................................. 156 PROP1 Genetik Testi ......................................................................................................................................... 156 Propionik Asidemi Genetik Testi (PCCA, PCCB genleri) .................................................................... 156 Protrombin (FaktörII) Mutasyon Analizi ................................................................................................. 157 PRRT2 Geni Dizi Analizi .................................................................................................................................. 157 PTEN Delesyonu ................................................................................................................................................. 158 PTEN Geni Delesyon Duplikasyon Analizi ............................................................................................... 158 PTEN Nokta Mutasyonları .............................................................................................................................. 159 Pürin Nükleosit Fosforilaz Yetmezliği ....................................................................................................... 159 Rapid FISH ile Anoploidi Taraması............................................................................................................. 159 RARA (17q21) Yeniden Düzenlenmeleri ................................................................................................. 160 RET Mutasyonları .............................................................................................................................................. 160 Rett Sendromu .................................................................................................................................................... 161 Rett Sendromu MECP2 Delesyonu Analizi .............................................................................................. 161 Romatoid Artrit Yatkınlık Paneli ................................................................................................................. 161 ROS1 Amplifikasyonları .................................................................................................................................. 162 ROS1 Füzyon Mutasyonları............................................................................................................................ 162 RREB1 (6q25) Amplifikasyonları ................................................................................................................ 162 Rubinstein Taybi Sendromu (CREBBP Geni Dizi Analizi) ................................................................. 163 Rubinstein Taybi Sendromu (del 16p13.3) FISH .................................................................................. 163 SALL4 Gen Analizi .............................................................................................................................................. 163 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 10 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI SCA Paneli (Tip 1,2,3,6,7) ............................................................................................................................... 164 SCE Testi ................................................................................................................................................................ 164 SDHB Geni Dizi Analizi..................................................................................................................................... 164 Selectin S128R Polimorfizm Analizi ........................................................................................................... 165 SGCG Geni Dizi Analizi ..................................................................................................................................... 165 SHOX Delesyonu ................................................................................................................................................. 165 Shwachman-Diamond SBDS Dizi Analizi ................................................................................................. 166 Silver Russel 11p15 Hipometilasyon ......................................................................................................... 166 Silver Russel MAT UPD7 ................................................................................................................................. 166 SMA Mutasyon Analizi ..................................................................................................................................... 167 SMA Taşıyıcılık Analizi..................................................................................................................................... 167 Smith-Lemli-Opitz Sendromu ....................................................................................................................... 168 Smith-Magenis Sendromu (FISH) ............................................................................................................... 168 SOD1 Geni Dizi Analizi ..................................................................................................................................... 168 Solid Doku Materyalinden Kromozom Analizi....................................................................................... 169 SOS1 Geni Dizi Analizi ...................................................................................................................................... 169 Sotos Sendromu (FISH) ................................................................................................................................... 170 Sotos NSD1 Geni Dizi Analizi......................................................................................................................... 170 SOX9 Mutasyonları ............................................................................................................................................ 170 Sperm DNA Hasarı ............................................................................................................................................. 171 Sperm DNA Hasarı ve Genetik Tarama ..................................................................................................... 171 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 1 ............................................................................................................ 172 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 2 ............................................................................................................ 172 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 3 ............................................................................................................ 173 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 6 ............................................................................................................ 173 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 7 ............................................................................................................ 173 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 8 ............................................................................................................ 174 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 10.......................................................................................................... 174 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 12.......................................................................................................... 175 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 17.......................................................................................................... 175 SRY Delesyonu FISH.......................................................................................................................................... 175 SS18 Yeniden Düzenlenmeleri ..................................................................................................................... 176 Stargardt Hastalığı Paneli ............................................................................................................................... 176 Steroid Sülfataz (STS) Eksikliği (FISH) ..................................................................................................... 176 STX11(Syntaxin 11) Gen Analizi.................................................................................................................. 177 Subtelomerik Delesyon (FISH) ..................................................................................................................... 177 SURF1 Dizi Analizi ............................................................................................................................................. 177 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 11 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI T Hücre Klonalite Testi .................................................................................................................................... 178 Tay-Sacs Hastalığı Genetik Testi (HEXA Geni) ....................................................................................... 178 Tek Kromozom Painting FISH ...................................................................................................................... 178 Tek Kromozom Subtelomerik FISH ............................................................................................................ 179 Tiyopürin Farmakogenetik Testi (TPMT Geni) ..................................................................................... 179 TP53 Geni Dizi Analizi...................................................................................................................................... 179 Translokasyon (1;19)(q23;p13) (TCF3/PBX1) FISH .......................................................................... 180 Translokasyon (1;19)(q23;p13) (PCR)..................................................................................................... 180 Translokasyon (4;11)(q21;q23) (MLL/AFF1 ) FISH ........................................................................... 181 Translokasyon (4;11)(q21; q23)(PCR)..................................................................................................... 181 Translokasyon (4;14)(p16;q32)(FISH) .................................................................................................... 181 Translokasyon (5;12)(q33;p13)(PCR)...................................................................................................... 181 Translokasyon (6;9)(q22;q34) (DEK/NUP214) FISH ........................................................................ 182 Translokasyon (6;14)(p21;q32)(CCND3/IGH) FISH .......................................................................... 182 Translokasyon (8;14)(q24; q32) (FISH) .................................................................................................. 182 Translokasyon (8;21)(q22; q22) (FISH) .................................................................................................. 183 Translokasyon (8;21)(q22; q22)(PCR)..................................................................................................... 183 Translokasyon (9;11)(p22;q23) (AF9/MLL) FISH .............................................................................. 183 Translokasyon (9;22)(q34;q11.2) (FISH)................................................................................................ 183 Translokasyon (9;22)(q34;q11.2)(PCR) .................................................................................................. 184 Translokasyon (11;14)(q13;q32) (FISH)................................................................................................. 184 Translokasyon (11;18)(q21;q21) (API2/MALT1) FISH .................................................................... 184 Translokasyon(11;19)(q23;p13.1) (MLL/ENL) FISH ......................................................................... 185 Translokasyon (12;21)(p12;q22) (FISH)................................................................................................. 185 Translokasyon (12;21)(p12;q22) (PCR) .................................................................................................. 185 Translokasyon (14;16)(q32;q23) (MAF/IGH) FISH ............................................................................ 185 Translokasyon (14;18)(q32;q21.3) (FISH) ............................................................................................. 186 IGH/MALT1 Füzyonu ....................................................................................................................................... 186 Translokasyon(14;20)(q32;q12)(IGH/MAFB) FISH ........................................................................... 186 Translokasyon (15;17)(q22;q21) (FISH)................................................................................................. 187 Translokasyon (15;17)(q22;q21) (PCR) .................................................................................................. 187 Trizomi 4 ............................................................................................................................................................... 187 Monozomi/Trizomi 5 ....................................................................................................................................... 187 Trizomi 6 ............................................................................................................................................................... 188 Trizomi 10............................................................................................................................................................. 188 Trizomi 11............................................................................................................................................................. 188 Trizomi 12............................................................................................................................................................. 189 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 12 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Trizomi 17............................................................................................................................................................. 189 Trombofili-Kardiyovasküler Hastalık Genetik Yatkınlık Paneli ..................................................... 189 TUBB3 Gen Analizi ............................................................................................................................................ 190 Tüm Ekzom Dizi analizi ................................................................................................................................... 190 Tüm Kromozom Painting FISH (46 Kromozom)................................................................................... 191 TWIST1 Delesyon Duplikasyon Analizi .................................................................................................... 191 TWIST1 Mutasyon Analizi .............................................................................................................................. 192 Velocardiofacial Sendrom (FISH) ................................................................................................................ 192 Waardenburg Sendromu ................................................................................................................................ 192 Warfarin İlaç Direnci ........................................................................................................................................ 193 Williams Sendromu (FISH) ............................................................................................................................ 193 Wilms Tümörü (WT1 Geni) Analizi ............................................................................................................ 193 Wilson Hastalığı Genetik Analizi ................................................................................................................. 194 Wilson ATP7B Geni Dizi Analizi ................................................................................................................... 194 Wiskott-Aldrich Sendromu (WAS Geni) ................................................................................................... 195 Wolf-Hirschhorn Sendromu (FISH)............................................................................................................ 195 Wolman Lipa Geni Dizi Analizi ..................................................................................................................... 195 XIST Gen Delesyonu .......................................................................................................................................... 196 Y Kromozom Mikrodelesyon analizi .......................................................................................................... 196 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 13 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI GENETİK TEST SINIFLANDIRMALARI DİSMORFOLOJİ 3631 AARSKOG (FGD1 GENİ) 3183 ADRENOLÖKODİSTROFİ (X’E BAĞLI, ABCD1 GENİ) 4824 AİLESEL PULMONER FİBROZİS SFTPA2 4826 AİLESEL PULMONER FİBROZİS SFTPC 4829 AİLESEL PULMONER FİBROZİS TERC 4830 AİLESEL PULMONER FİBROZİS TERT 3101 AKONDROPLAZİ MUTASYON ANALİZİ 3954 ALPORT SENDROMU PANELİ 3569 AR (ANDROJEN RESEPTÖR) GENI ANALIZI 3567 ARX MUTASYON ANALİZİ 4016 AVPR2 GENİ DİZİ ANALİZİ 3628 BECKWITH WIEDEMANN 11P15 HİPOMETİLASYON ANALİZİ 3192 BMP4 GENİ DİZİ ANALİZİ 4322 BRUGADO SENDROMU 3607 CADASIL HASTALIĞI GEN ANALİZİ (EGZON 3, 4, 5, 6) 3495 CHN1 GEN ANALİZİ 3206 CİLT BİYOPSİ MATERYALİNDEN KROMOZOM ANALİZİ 4099 COFFİN LOWRY SENDROMU (RSK2 GENİ) 3181 CONNEXIN26 MUTASYONLARI 5797 CRİ DU CHAT SENDROMU (FISH) 5815 DEB TESTİ 5788 DİGEORGE SENDROMU (FISH) 4782 DRAVET SENDROMU, SCN1A 3636 EKTODERMAL DİSPLAZİ, HİPOHİDROTİK (EDAR GEN DİZİ ANALİZİ) 2142 FGF23 MUTASYONLARI 3184 FGFR1 DİZİ ANALİZİ 3185 FGFR2 DİZİ ANALİZİ 3116 FGFR3 DİZİ ANALİZİ 2167 FOXL2 MUTASYONU 3109 HİPOKONDROPLAZİ MUTASYON ANALİZİ 4836 HOLT-ORAM TBX5 GENİ DİZİ ANALİZİ 3872 CGH1 DİZİ ANALİZİ 3625 HRAS MUTASYONLARI 3496 HOXA1 GEN ANALİZİ 4008 KARTAGENER (CILD1 DİZİ ANALİZİ) 3492 KIF2A GEN ANALİZİ 3613 KONJENİTAL NEFROTİK SENDROM TİP I (NPHS1 GENİ) 4042 LOWE SENDROMU (OCRL1 GENİ) 2405 MARFAN SENDROMU (FBN1 GENİ DİZİ ANALİZİ) 5806 MARKER KROMOZOM İDENTİFİKASYONU 5160 MİTOMİSİN C TESTİ 3878 MC4R DİZİ ANALİZİ 3879 MODY PANELİ 3388 MODY TİP 1 (HNF4A GENİ) 4785 MODY TİP 2 GCK GENİ DİZİ ANALİZİ 4387 MODY TİP 3 (HNF1A GENİ) 4784 MODY TİP 5 HNF1B GENİ DİZİ ANALİZİ 3698 MOLEKÜLER KARYOTİPLEME 2425 NIJMEGEN SENDROMU 4825 NOONAN SENDROMU 2118 NORRIE HASTALIĞI 4391 NF1 DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 4260 NÖROFİBROMATOZİS TİP 1 4817 NÖROFİBROMATOZİS TİP 2 2781 OSTEOGENEZİS İMPERFEKTA (COL1A1 GENİ) 3637 OSTEOKONDRODİSPLAZİ (DYM GENİ) 3497 PAX6 GEN ANALİZİ 3202 PERİFERİK KANDAN KROMOZOM ANALİZİ 2462 PODİCİN (NPHS2) DİZİ ANALİZİ 2174 PÜRİN NÜKLEOSİT FOSFORİLAZ YETMEZLİĞİ 4055 PTEN GENİ DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 3616 RUBİNSTEİN TAYBİ SENDROMU (CREBBP GENİ DİZİ ANALİZİ) 3638 RUBİNSTEİN TAYBİ SENDROMU (DEL 16P13.3) FISH 3494 SALL4 GEN ANALİZİ 3391 SCE TESTİ 3621 SHOX DELESYONU 3626 SİLVER RUSSEL 11P15 HİPOMETİLASYON 3627 SİLVER RUSSEL MAT UPD7 2255 SOLİD DOKU MATERYALİNDEN KROMOZOM ANALİZİ 4783 SOS1 GENİ DİZİ ANALİZİ 4057 SOTOS NSD1 GENİ DİZİ ANALİZİ 2391 SOTOS SENDROMU 4030 SOX9 MUTASYONLARI 6132 STEROİD SÜLFATAZ (STS) EKSİKLİĞİ (FISH) 3874 SURF1 DİZİ ANALİZİ 3800 TEK KROMOZOM PAİNTİNG FISH 2770 TEK KROMOZOM SUBTELOMERİK FISH 3493 TUBB3 GEN ANALİZİ 4778 TÜM EKZOM DİZİ ANALİZİ 2137 TÜM KROMOZOM PAINTING FISH(46 KROMOZOM) 4248 TWIST 1 DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 3230 TWIST 1 MUTASYON ANALİZİ 5790 VELOCARDİOFACİAL SENDROM (FISH) 3182 WAARDENBURG SENDROMU 5792 WİLLİAMS SENDROMU (FISH) ENDOKRİN 4389 5-ALFA REDÜKTAZ DELESYON DUPLİKASYON 2637 5-ALFA REDÜKTAZ YETMEZLİĞİ (SRD5A2 GENİ) 3329 AMH GENETİK ANALİZİ 3334 AMHR GENETİK ANALİZİ 3569 AR (ANDROJEN RESEPTÖR) GENI ANALIZI 4822 AR DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 3312 11-BETA HİDROKSİLAZ GENİ (CYP11B1) MUTASYONLARI 4832 CYP21A2 DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 4787 GLUD1 GENİ DİZİ ANALİZİ 4067 HİPOFOSFATAZYA ALPL GENİ DİZİ ANALİZİ 4781 IGF1R GENİ DİZİ ANALİZİ 4786 KCNJ11 GENİ DİZİ ANALİZİ 3267 KONJENİTAL ADRENAL HİPERPLAZİ (CYP21A2 GENİ) 3371 KONJENİTAL ADRENAL HİPOPLAZİ DELESYON 3376 KONJENİTAL ADRENAL HİPOPLAZİ MUTASYON 4015 MEN1 GENİ DİZİ ANALİZİ 3879 MODY PANELİ 3388 MODY TİP 1 (HNF4A GENİ) 4785 MODY TİP 2 GCK GENİ DİZİ ANALİZİ 4387 MODY TİP 3 (HNF1A GENİ) 4784 MODY TİP 5 HNF1B GENİ DİZİ ANALİZİ 3404 RET MUTASYONLARI 3621 SHOX DELESYONU 3258 POMPE HASTALIĞI GENETİK TEST 3328 PROP1 GENETİK TEST 4783 SOS1 GENİ DİZİ ANALİZİ 4778 TÜM EKZOM DİZİ ANALİZİ FARMAKOGENETİK 2307 FLOROURASİL TOKSİSİTESİ 2457 TİYOPÜRİN FARMAKOGENETİK TESTİ (TPMT GENİ) 2464 BRAF GENİ V600E MUTASYONU 2323 PLAVIX ETKINLIGI (CYP2C19) 2219 CYP2D6 MUTASYON ANALİZİ 2324 C-KİT MUTASYONLARI 2452 EGFR GENİ MUTASYONLARI 4810 İMATİNİB DİRENCİ 3623 IRİNOTECAN TOKSİSİTESİ (UGT1A1) 4189 KRAS MUTASYONLARI 1992 MDR1 MUTASYONU 4778 TÜM EKZOM DİZİ ANALİZİ 2601 WARFARİN İLAÇ DİRENCİ Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 14 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI HEMATOLOJİ 3131 ALFA-TALASEMİ MUTASYON TARAMASI 5751 BERNARD SOULIER SENDROMU TİP A (GP1BA DİZİ ANALİZİ) 5752 BERNARD SOULIER SENDROMU TİP B (GP1BB DİZİ ANALİZİ) 5753 BERNARD SOULIER SENDROMU TİP C (GP9 DİZİ ANALİZİ) 3114 BETA TALASEMİ (BETA GLOBİN GENİ) DİZİ ANALİZİ 3265 BETA TALASEMİ DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 5815 DEB TESTİ 3634 KONJENİTAL NÖTROPENİ (ELANE GENİ) 3121 HBS MUTASYON ANALİZİ 3094 HEMOFİLİ A BAĞLANTI ANALİZİ 3095 HEMOFİLİ B BAĞLANTI ANALİZİ 3635 KOSTMANN HASTALIĞI (HAX1 GENİ) 3194 MPL MUTASYON ANALİZİ 3614 MUNC13-4 (UNC13D) DİZİ ANALİZİ 3615 PERFORİN GEN ANALİZİ 2988 SHWACHMAN-DİAMOND SBDS DİZİ ANALİZİ 3617 STX11(SYNTAXİN 11) GEN ANALİZİ 4778 TÜM EKZOM DİZİ ANALİZİ 3802 WISKOTT-ALDRICH SENDROMU (WAS GENİ) HEMATOLOJİK ONKOLOJİ 3249 (1)(Q21)CKS1B/(1Q32-36)CDKN2C 3231 2P12 IGK 6021 4Q YENİDEN DÜZENLENME(FIP1LI/PDGFRA) (FISH) 3060 5Q31 DELESYONU 3248 (5)(Q32) PDGFRB 3908 5Q33-Q34 (CSF1R) DELESYONU 3229 5Q35.1 TLX3 3245 6Q23 (MYB) DELESYONU 3059 7Q31 DELESYONU 3909 7Q22/ 7Q35 (MDS) DELESYONU 3228 7Q34 TCRB 2383 9Q34 DELESYONU 3065 9P21 (CDKN2A) DELESYONU 3247 10Q24 TLX1 3019 11Q22.3 DELESYONU 3082 11Q23 MLL MUTASYONLARI 3062 13Q14.3 DELESYONU 3532 13Q14.3 (D13S319) DELESYONU 3907 13Q34 DELESYONU 3232 14Q32 DELESYONU 2461 14Q11.2 TCR YENİDEN DÜZENLENMELERİ 3063 17P13.1 DELESYONU 3064 20Q12 DELESYONU 3530 20Q13.2 (LSI ZNF217) DELESYONU 3246 22Q11 IGL 3068 ALL PANELİ 4481 ALK GENİ MUTASYONLARI 3067 AML PANELİ 4831 ASXL1 MUTASYONLARI 3921 B HÜCRE KLONALİTE TESTİ 4636 BCL2 (18Q21) YENİDEN DÜZENLENMELERİ 3905 BCL6 (3Q27) YENİDEN DÜZENLENMELERİ 3881 CALR EKZON 9 MUTASYONLARI 4635 CCND1 (11Q13) YENİDEN DÜZENLENMELERİ 3499 CEBPA GEN MUTASYONU 2985 CSF3R MUTASYONLARI 4487 DDIT3 YENİDEN DÜZENLENMELERİ 4486 EWSR1 YENİDEN DÜZENLENMELERİ 3912 FIP1L1/PDGFRA FÜZYONU, DEL 4Q12 (RT-PCR) 2313 FLT3 MUTASYONLARI 3966 GATA1 GENİ EKZON 2 ANALİZİ 3969 IDH1 EKZON4 ANALİZİ 3970 IDH2 EKZON4 ANALİZİ 4484 IGH/MALT1 FÜZYONU 4810 İMATİNİB DİRENCİ DİZİ ANALİZİ 3648 İNVERSİYON(3)(Q21;Q26.2) / TRANSLOKASYON(3;3)(Q21;Q26.2) FISH 3134 İNVERSİYON (16)(P13;Q22) / TRANSLOKASYON (16;16)(P13;Q22) (PCR) 3052 İNVERSİYON (16)(P13;Q22) / TRANSLOKASYON (16;16)(P13;Q22) (FISH) 2780 JAK2 EKZON 12 MUTASYONLARI 6297 JAK2 V617F 1940 KİMERİZM (AYNI CİNSİYETTEN TRANSPLANTASYON) 1944 KİMERİZM (FARKLI CİNSİYETTEN TRANSPLANTASYON) 3066 KLL PANELİ 3043 KML PANELİ 3033 KEMİK İLİĞİ ASPİRASYON MATERYALİNDE KROMOZOM ANALİZİ 3035 PERİFERİK KANDAN KROMOZOM ANALİZİ (LÖSEMİ) 3070 MDS PANELİ 3073 MM PANELİ 3055 MONOZOMİ/TRİZOMİ 7 3054 MONOZOMİ / TRİZOMİ 8 4634 MYC (8Q24) YENİDEN DÜZENLENMELERİ 3076 NONHODGKİN LENFOMA PANELİ 3498 NPM1 MUTASYONU (MUTA, MUTB, MUTD) 4482 PDGFRA GENİ MUTASYONLARI 4483 PDGFRB GENİ MUTASYONLARI 3086 PEDİATRİK ALL PANELİ 3078 PEDİATRİK AML PANELİ 3084 PEDİATRİK MDS PANELİ 3910 RARA (17Q21) YENİDEN DÜZENLENMELERİ 4485 SS18 YENİDEN DÜZENLENMELERİ 3920 T HÜCRE KLONALİTE TESTİ 3644 TRANSLOKASYON (1;19)(Q23;P13) (TCF3/PBX1) FISH 6019 TRANSLOKASYON (1;19)(Q23;P13) (PCR) 3643 TRANSLOKASYON (4;11)(Q21;Q23) (MLL/AFF1 ) FISH 3039 TRANSLOKASYON (4;11)(Q21; Q23)(PCR) 3045 TRANSLOKASYON (4;14)(P16;Q32)(FISH) 2920 TRANSLOKASYON (5;12)(Q33;P13)(PCR) 3642 TRANSLOKASYON (6;9)(Q22;Q34) (DEK/NUP214) FISH 3198 TRANSLOKASYON(6;14)(P21;Q32)(CCND3/IGH) FISH 3069 TRANSLOKASYON (8;14)(Q24; Q32) (FISH) 3047 TRANSLOKASYON (8;21)(Q22; Q22) (FISH) 3129 TRANSLOKASYON (8;21)(Q22; Q22) (PCR) 4638 TRANSLOKASYON (9;11)(P22;Q23) (AF9/MLL) FISH 3043 TRANSLOKASYON (9;22)(Q34;Q11.2) (FISH) 3044 TRANSLOKASYON (9;22)(Q34;Q11.2) (PCR) 3048 TRANSLOKASYON (11;14)(Q13;Q32) (FISH) 4637 TRANSLOKASYON (11;18)(Q21;Q21) (API2/MALT1) FISH 4639 TRANSLOKASYON (11;19)(Q23;P13.1) (MLL/ENL) FISH 1995 TRANSLOKASYON (12;21)(P12;Q22) (PCR) 3049 TRANSLOKASYON (12;21)(P12;Q22) (FISH) 3641 TRANSLOKASYON (14;16)(Q32;Q23) (MAF/IGH) FISH 3050 TRANSLOKASYON (14;18)(Q32;Q21) (FISH) 3208 TRANSLOKASYON(14;20)(Q32;Q12)(IGH/MAFB) FISH 3051 TRANSLOKASYON (15;17)(Q22;Q21) (FISH) 3130 TRANSLOKASYON (15;17)(Q22;Q21) (PCR) 3056 TRİZOMİ 4 3077 MONOZOMİ/TRİZOMİ 5 4643 TRİZOMİ 6 3083 TRİZOMİ 10 3906 TRİZOMİ 11 3087 TRİZOMİ 12 3057 TRİZOMİ 17 4778 TÜM EKZOM DİZİ ANALİZİ KARDİYOLOJİ 3880 AİLESELHİPERKOLESTEROLEMİ PANELİ 3598 AİLESELHİPERTROFİK KARDİYOMİYOPATİ PANELİ 3599 GENETİK ARİTMİ PANELİ 4836 HOLT-ORAM TBX5 GENİ DİZİ ANALİZİ 4176 KCNE1 GEN ANALİZİ Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 15 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI 4177 KCNH2 GEN ANALİZİ 4178 KCNQ1 GEN ANALİZİ METABOLİZMA 3329 AMH GENETİK ANALİZİ 3334 AMHR GENETİK ANALİZİ 4016 AVPR2 GENİ DİZİ ANALİZİ 4823 BİYOTİNİDAZ DEFEKTİ (BTD GENİ) 3193 CANAVAN HASTALIĞI GENETİK ANALİZİ (ASPA GENİ) 4026 CYP27A1 GENİ DİZİ ANALİZİ 4006 FABRY SENDROMU (GLA DİZİ ANALİZİ) 2782 FANCONİ-BİCKEL SENDROMU (SLC2A2 GENİ) 3370 FENİLKETONÜRİ TÜM GEN DİZİ ANALİZİ (PAH GENİ) 3384 FUCOSİDOSİS FUCA1 GEN ANALİZİ 4821 GALAKTOZEMİ GENETİK ANALİZİ (GALT GENİ) 4780 GALT DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 4054 GAUCHER GBA GENİ DİZİ ANALİZİ 3566 GLİKOJEN DEPO HASTALIĞI TİP1 (G6PC) 3770 GLUTARİK ASİDEMİ TİP I GENETIK TEST 3629 GM1 GANGLİOZİDOZİS (GLB1 GENİ) 2227 HEREDİTER FRUKTOZ İNTOLERANSI (ALDOB GENİ) 4067 HİPOFOSFATAZYA ALPL GENİ DİZİ ANALİZİ 4056 HUNTER IDS GENİ DİZİ ANALİZİ 2930 İZOVALERİK ASİDEMİ GENETİK TESTİ (IVD GENİ) 4788 KARNİTİNPALMİTOİL TRANSFERAZ 2 DEFEKTİ 3379 KLASİK SİTRÜLİNEMİ GEN ANALİZİ 3646 KONJENİTAL GLİKOZİLASYON DEFEKTİ TİP1A 4042 LOWE SENDROMU (OCRL1 GENİ) 3442 METAKROMATİK LÖKODİSTROFİ (ARSA1 GENİ) 2931 METİL MALONİK ASİDEMİ GENETİK TESTİ (MUT GENİ) 2929 MSUD (AKÇAAĞAÇ ŞURUBU İDRAR HASTALIĞI BCKDHA GENİ) 2929 MSUD (AKÇAAĞAÇ ŞURUBU İDRAR HASTALIĞI BCKDHB GENİ) 2929 MSUD (AKÇAAĞAÇ ŞURUBU İDRAR HASTALIĞI DBT GENİ) 3630 NİEMAN PİCK GENETİK TESTİ (NPC1 GENİ) 3630 NİEMAN PİCK GENETİK TESTİ (NPC2 GENİ) 3630 NİEMAN PİCK GENETİK TESTİ (SMPD1 GENİ) 4662 PAH DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 3258 POMPE HASTALIĞI GENETİK TEST 3328 PROP1 GENETİK TEST 2236 PROPİONİK ASİDEMİ GENETİK TESTİ (PCCA GENİ) 2236 PROPİONİK ASİDEMİ GENETİK TESTİ (PCCB GENİ) 4827 TAY- SACS HASTALIĞI GENETİK TESTİ (HEXA GENİ) 4778 TÜM EKZOM DİZİ ANALİZİ 4066 WOLMAN LIPA GENİ DİZİ ANALİZİ MULTİSİSTEM HASTALIKLARI 3111 ALFA-1 ANTİTRİPSİN GENOTİP TAYİNİ (M, S, Z ALLELİ) 1849 CIAS1 GENİ MUTASYONLARI 3115 FAMİLİAL AKDENİZ ATEŞİ DİZİ ANALİZİ 3122 FAMİLİAL AKDENİZ ATEŞİ MUTASYON ANALİZİ 3349 PROGRESİF FAMİLYAL INTRAHEPATİK KOLESTAZ (PFIC) TİP 1 3354 PROGRESİF FAMİLYAL INTRAHEPATİK KOLESTAZ (PFIC) TİP 2 3367 PROGRESİF FAMİLYAL INTRAHEPATİK KOLESTAZ (PFIC) TİP 3 3624 GİLBERT HASTALIĞI (UGT1A1 GENİ 5’ TA TEKRAR SAYISI) 2196 HEMOKROMATOZİS (2 MUTASYON) 2775 HEMOKROMATOZİS 6114 HLA-B27 (PCR) 2191 HLA-B51 3875 HLA-B5701 4008 KARTAGENER (CILD1 DİZİ ANALİZİ) 2676 KİSTİK FİBROZİS (CFTR) TÜM GEN DİZİ ANALİZİ 2672 KİSTİK FİBROZİS SIK MUTASYONLAR (EKZON 4,7,9,10, 11 DİZİ ANALİZİ) 3647 KİSTİK FİBROZ DELESYON/DUPLİKASYON ANALİZİ 2548 WİLSON HASTALIĞI MUTASYON ANALİZİ 4017 WİLSON ATP7B GENİ DİZİ ANALİZİ 5754 HEREDİTER ANJİOÖDEM TİP 3 3805 HEREDİTER ANJİOÖDEM TİP 1 VE TİP2 4778 TÜM EKZOM DİZİ ANALİZİ 3802 WISKOTT-ALDRICH SENDROMU (WAS GENİ) NÖROLOJİ 2986 AİLESEL TRANSTİRETİN İLİŞKİLİ AMİLOİDOZ 4611 ALZHEİMER HASTALIĞI APP EKZON 16 VE 17 GENETİK ANALİZİ, ALZHEİMER TİP 1 4612 ALZHEİMER HASTALIĞI APP GENETİK ANALİZİ, ALZHEİMER TİP 1 4613 ALZHEİMER HASTALIĞI PSEN1 GENETİK ANALİZİ, ALZHEİMER TİP 3 4614 ALZHEİMER HASTALIĞI PSEN2 GENETİK ANALİZİ, ALZHEİMER TİP 4 4664 ANGELMAN METİLASYON ANALİZİ 4812 ANGELMAN SENDROMU 1438 APO E GENOTİPLEMESİ 3567 ARX MUTASYON ANALİZİ 3607 CADASIL HASTALIĞI GEN ANALİZİ (EGZON 3, 4, 5, 6) 6110 CHARCOT MARİE TOOTH 1A (PMP22) 3495 CHN1 GEN ANALİZİ 4820 CDKL5 GEN ANALİZİ 4026 CYP27A1 GENİ DİZİ ANALİZİ 3097 DMD/BMD BAĞLANTI ANALİZİ 3096 DMD/BMD DELESYON ANALİZİ 3734 DMD NOKTA MUTASYONLARI 3622 DMD TAŞIYICILIK TESTİ 4782 DRAVET SENDROMU, SCN1A 3191 DYT-1 MUTASYON ANALİZİ 3184 FGFR1 DİZİ ANALİZİ 3185 FGFR2 DİZİ ANALİZİ 4803 FRAJİL X SENDROMU (PCR) 2318 FRAJİL X TEKRAR SAYISI ANALİZİ 4804 FRAJİL X SENDROMU (SİTOGENETİK) 2419 FRİEDREİCH ATAKSİSİ MUTASYON ANALİZİ 3872 CGH1 DİZİ ANALİZİ 4011 HEREDİTER SPASTİK PARAPLEJİ 4615 HİPOKALEMİK PERİYODİK PARALİZİ GENETİK ANALİZİ (CACNA1S 4 MUTASYON VE SCN4A 5 MUTASYON) 2164 HNPP 3496 HOXA1 GEN ANALİZİ 2423 HUNTİNGTON HASTALIĞI MUTASYON ANALİZİ 5786 İZOLE LİZENSEFALİ SEKANSI (FISH) 3877 KCNQ2 GEN ANALİZİ 4682 KENNEDY HASTALIĞI GENETİK TEST 4616 LAFORA HASTALIĞI (EPM2A TÜM GEN ANALİZİ) 4617 LAFORA HASTALIĞI (NHLRC1 TÜM GEN ANALİZİ) 3608 LHON GEN ANALİZİ 3264 LIMB GIRDLE 2A (CAPN3 DIZI ANALIZI) 4007 LIMB GIRDLE 2D (SGCA DIZI ANALIZI) 4991 LIMB GIRDLE 2E (SGCB DIZI ANALIZI) 3649 LIMB GIRDLE 2F (SGCD DIZI ANALIZI) 3299 LIMB GIRDLE DELESYON ANALİZİ (SGC) 3632 LMNA GEN DİZİ ANALİZİ (EMERY-DREİFUSS/LİMB GİRDLE MUSCULAR DYSTROPHY) 4042 LOWE SENDROMU (OCRL1 GENİ) 3492 KIF2A GEN ANALİZİ 6117 MELAS SENDROMU (A3243G) 4624 MELAS (A3243G, T3271C, A3252G) 4625 MELAS (MTTL1 TÜM GEN DIZI) 5811 MENTAL RETARDASYON PANELİ 4626 MERRF SENDROMU (A8344G) 4627 MERRF SENDROMU (A8344G, T8356C, G8363A VE G8361A) ANALİZİ 3442 METAKROMATİK LÖKODİSTROFİ (ARSA1 GENİ) 5784 MİLLER-DİEKER SENDROMU (FISH) 4628 MITOKONDRIAL DNA DELESYON ANALİZİ (KS, PEARSON, PEO) Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 16 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI 3698 MOLEKÜLER KARYOTİPLEME 3609 MYOTONİK DİSTROFİ 3610 NCL TİP 1 3611 NCL TİP 2 3612 NCL TİP 3 3486 NCL TİP 6 (CLN6 GENİ) 4391 NF1 DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 4260 NF1 GENETİK İNCELEME 4817 NF2 GENETİK İNCELEME 4618 PARKİNSON JUVENİL, PARK2 4619 PARKİNSON TİP I, SNCA 4620 PARKİNSON TİP 6, PINK1 4621 PARKİNSON TİP 7, DJ-1 4622 PARKİNSON TİP 8, LRRK2 4623 PARKİNSON TİP 9, KUFOR RAKEB HASTALIĞI 3497 PAX6 GEN ANALİZİ 4663 PRADER-WİLLİ METİLASYON ANALİZİ 4811 PRADER-WİLLİ SENDROMU (FISH) 4629 PRION HASTALIGI GENETIK ANALİZİ 4819 PRRT2 GEN ANALİZİ 6118 RETT SENDROMU 3313 RETT SENDROMU MECP2 DELESYON ANALİZİ 3494 SALL4 GEN ANALİZİ 3619 SCA PANELİ (TİP 1,2,3,6,7) 4819 SDHB GEN ANALİZİ 3633 SGCG GENİ DİZİ ANALİZİ 3098 SMA MUTASYON ANALİZİ 6120 SMA TAŞIYICILIK TESTİ 5782 SMİTH-MAGENİS SENDROMU (FISH) 4661 SOD1 GENİ DİZİ ANALİZİ 4057 SOTOS NSD1 GENİ DİZİ ANALİZİ 2391 SOTOS SENDROMU (FISH) 3914 SPİNOSEREBELLAR ATAKSİ (SCA) TİP 1 3913 SPİNOSEREBELLAR ATAKSİ (SCA) TİP 2 3915 SPİNOSEREBELLAR ATAKSİ (SCA) TİP 3 3916 SPİNOSEREBELLAR ATAKSİ (SCA) TİP 6 3917 SPİNOSEREBELLAR ATAKSİ (SCA) TİP 7 4630 SPİNOSEREBELLAR ATAKSİ (SCA) TİP 8 4631 SPİNOSEREBELLAR ATAKSİ (SCA) TİP 10 4632 SPİNOSEREBELLAR ATAKSİ (SCA) TİP 12 4633 SPİNOSEREBELLAR ATAKSİ (SCA) TİP 17 3874 SURF1 DİZİ ANALİZİ 5794 WOLF-HİRSCHHORN SENDROMU (FISH) 3493 TUBB3 GEN ANALİZİ 4778 TÜM EKZOM DİZİ ANALİZİ 4248 TWIST 1 DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 3230 TWIST 1 MUTASYON ANALİZİ OFTALMOLOJİ 3495 CHN1 GEN ANALİZİ 3496 HOXA1 GEN ANALİZİ 3608 LHON GEN ANALİZİ 4042 LOWE SENDROMU (OCRL1 GENİ) 3491 MFRP GEN MUTASYONU 3562 MYOC GEN ANALİZİ 3497 PAX6 GEN ANALİZİ 3494 SALL4 GEN ANALİZİ 3953 STARGARDT HASTALIĞI PANELİ 3493 TUBB3 GEN ANALİZİ 4778 TÜM EKZOM DİZİ ANALİZİ ONKOLOJİ 3732 1P DELESYONU 3733 19Q DELESYONU 4323 AİLESEL POLİPSİZ KOLON KANSERİ (HNPCC) 3209 ALK (2P23) MUTASYONLARI 4481 ALK GENİ MUTASYONLARI 3383 AKCİĞER KANSERİ (KHDAK) PANELİ 3209 BRCA 1-2 GEN MUTASYONU 4687 BRCA1 DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 4688 BRCA2 DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 4009 BRAF AMPLİFİKASYONLARI 2464 BRAF GENİ V600E MUTASYONU 4635 CCND1 (11Q13) YENİDEN DÜZENLENMELERİ 2324 CKİT MUTASYONLARI 4487 DDIT3 YENİDEN DÜZENLENMELERİ 2193 E-CADHERINE MUTASYONLARI 4014 EGFR AMPLİFİKASYONLARI 2452 EGFR GENİ MUTASYONLARI 3911 EWS-FLI1 T(11;22) (PNET) RT-PC 4486 EWSR1 YENİDEN DÜZENLENMELERİ 2179 FAMİLYAL ADENOMATOZ POLİPOZİS 4640 FGFR1 AMPLİFİKASYONLARI 4665 FOXO1 FÜZYON MUTASYONLARI 2386 HER2/NEU/TOPOIIA 3799 HER2 NOKTA MUTASYONLARI 3625 HRAS MUTASYONLARI 3969 IDH1 EKZON4 ANALİZİ 3970 IDH2 EKZON4 ANALİZİ 4484 IGH/MALT1 FÜZYONU 4058 KALITSAL KANSER PANELİ 4189 KRAS MUTASYONLARI 4759 LİKİD BİYOPSİ 1992 MDR1 MUTASYONU 4015 MEN1 GENİ DİZİ ANALİZİ 4644 MET AMPLİFİKASYONLARI 3467 MGMT GENİ METİLASYON ANALİZİ 4634 MYC (8Q24) YENİDEN DÜZENLENMELERİ 4321 MYCN (2P24) AMPLİFİKASYONLARI 3801 MESANE KANSERİ GENETİK TARAMA (UROVYSION) 2242 MİKROSATELLİT İNSTABİLİTESİ 4391 NF1 DELESYON DUPLİKASYON ANALİZİ 4260 NF1 GENETİK İNCELEME 4817 NF2 GENETİK İNCELEME 3405 NRAS MUTASYONLARI 3410 PCA3 4482 PDGFRA GENİ MUTASYONLARI 4483 PDGFRB GENİ MUTASYONLARI 4670 POLE MUTASYONLARI 4642 PTEN DELESYONU 3735 PTEN NOKTA MUTASYONLARI 4100 PEUTZ-JEGHERS SENDROMU (STK11) 3404 RET MUTASYONLARI 4645 ROS1 AMPLİFİKASYONLARI 4681 ROS1 FÜZYON MUTASYONLARI 4641 RREB1 (6Q25) AMPLİFİKASYONLARI 4485 SS18 YENİDEN DÜZENLENMELERİ 2390 TP53 GENİ DİZİ ANALİZİ 4643 TRİZOMİ 6 4778 TÜM EKZOM DİZİ ANALİZİ 3620 WİLMS TÜMÖRÜ (WT1 GENİ) ANALİZİ REPRODÜKTİF GENETİK 5472 AMNİYOTİK SIVIDA FISH HIZLI SONUÇ İLE BİRLİKTE KROMOZOM ANALİZİ 3201 AMNİYOTİK SIVIDA KROMOZOM ANALİZİ 5470 AMNİYOTİK SIVIDA QF PCR HIZLI SONUÇ İLE BİRLİKTE KROMOZOM ANALİZİ 6404 AMNİYOTİK SIVIDA RHD GENOTİP TAYİNİ 2273 DÜŞÜK/KÜRETAJ MATERYALİNDE KROMOZOM ANALİZİ 3200 ERKEN TRİZOMİ TANI TESTİ (QF-PCR) 3203 FETAL KANDA KROMOZOM ANALİZİ 6123 KALLMAN’S SENDROMU 2671 KİSTİK FİBROZİS CFTR DELTA F508 MUTASYONU 3205 KORYON VİLLUS BİYOPSİ(CVS) MATERYALİNDE KROMOZOM ANALİZİ 3120 MATERNAL KONTAMİNASYON ÇALIŞMASI 3698 MOLEKÜLER KARYOTİPLEME 5212 NON İNVAZİF PRENATAL TARAMA (NIPT) 3202 PERİFERİK KANDA KROMOZOM ANALİZİ 6405 PERİFERİK KANDA RHD GENOTİP TAYİNİ Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 17 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI 5803 RAPİD FISH İLE ANOPLOİDİ TARAMASI 2729 SPERM DNA HASARI 2730 SPERM DNA HASARI VE GENETİK TARAMA 5798 SRY DELESYONU FISH 5810 SUBTELOMERİK DELESYON (FISH) 4778 TÜM EKZOM DİZİ ANALİZİ 4666 XIST GEN DELESYONU 790 Y KROMOZOM MİKRODELESYON ANALİZİ YATKINLIK/RİSK FAKTÖRLERİ 3142 Α- ADDUCİN POLİMORFİZMİ 3110 ACE I/D POLİMORFİZMİ 5210 ACTN3 MUTASYON ANALİZİ 3140 ALDOSTERON SENTAZ POLİMORFİZMİ 3143 ANGİOTENSİN II TİP 1 RESEPTÖR POLİMORFİZMİ 3145 ANGİOTENSİNOJEN POLİMORFİZMİ 2169 ANTİTROMBİN III 1438 APO E GENOTİPLEMESİ 3141 BRADİKİNİN RESEPTÖR POLİMORFİZMİ 2574 ÇÖLYAK GENETİK PANELİ 4833 F13 V34L POLİMORFİZM ANALİZİ 4834 FAKTOR V CAMBRİDGE MUTASYON ANALİZİ 3102 FAKTOR V LEİDEN MUTASYONU 3108 MTHFR A1298C MUTASYON ANALİZİ 3106 MTHFR C677T MUTASYON ANALİZİ 3721 OSTEOPOROZ YATKINLIK PANELİ 3119 PLAZMİNOJEN AKTİVATÖR İNHİBİTÖR-1 POLİMORFİZMİ 3314 PON1 POLİMORFİZMİ (163T>A, 575A>G) 3105 PROTROMBİN (FAKTÖRII) MUTASYON ANALİZİ 3720 ROMATOİD ARTRİT YATKINLIK PANELİ 4835 SELECTİN S128R POLİMORFİZM ANALİZİ 4333 TROMBOFİLİ-KARDİYOVASKÜLER HASTALIK GENETİK YATKINLIK PANELİ 4778 TÜM EKZOM DİZİ ANALİZİ Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 18 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI TEST TANITIMLARI 1p Delesyonu Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Santral sinir sistemi diffüz gliomaları histolojik görünümlerine göre astrositom, oligodendriogliom ve miks oligoastrositom olarak sınıflandırılırlar. Yapılan çalışmalarda bu tümörlerden oligodendriogliom komponent içeren grupta 1p36 ve 19q13 bölgelerinde delesyonlar saptanmıştır. Hastalarda; 1p36 delesyonunun kemoterapiye yanıt için önemli bir belirteç olduğu belirlenmiştir. 1p36 delesyonuna 19q13 delesyonunun da eşlik etmesinin, klasik oligodendrioglioma histolojisi ve uzun sağ kalım ile asosiye olduğu gözlenmiştir. Günümüzde 1p36 ve 19q13 delesyonları oligodendirogliom komponentli malign tümörlerin histolojik tanısının desteklenmesinde de kullanılmaktadır. Bunun yanı sıra bu delesyonları taşıyan olgularda mutlaka kemoterapi yapılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3732 (1)(q21)CKS1B/(1q32-36)CDKN2C Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Laboratuvar Kodu: 3249 2p12 IGK Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Laboratuvar Kodu: 3231 4q Yeniden Düzenlenme (FIP1LI/PDGFRA) (FISH) Sinonim: PDGFRA-FIP1LI füzyonu, 4q yeniden düzenlenmesi, PDGFRA Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 19 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: En sık hipereozinofilik sendromda gözlenmek üzere myeloid tümörlerde gözlenebilen bir değişikliktir. Artmış tirozin kinaz aktivitesine yol açtığı için bu füzyonun varlığı tirozin kinaz inhibitörleri kullanımı için endikasyon oluşturmaktadır. Laboratuvar Kodu: 6021 5-Alfa Redüktaz Delesyon Duplikasyon Sinonim: SRD5A2 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: 5a-redüktaz enzim eksikliği, erkek psödohermafroditizminin özel formlarından birisidir. Testosteronun, daha güçlü bir metaboliti olan dihidrotestosterona (DHT) dönüşümünü katalize eden 5a-Redüktaz enziminin sentezindeki yetersizlik nedeni ile gelişir. Otozomal resesif kalıtılan bir hastalıktır. Bu hastalık 2 tipte karşımıza çıkar: İlkinde 5a-redüktaz aktivitesinin hiç yoktur, diğerinde ise 5a-redüktaz aktivitesi ölçülebilir fakat kararsızdır. Bu hastalıkla doğan çocuklar 46,XY kromozom kuruluşuna sahiptir ve hi-pospadiastan belirgin kuşkulu dış genital yapıya kadar uzanan geniş bir fenotip yelpazesi gösterirler. Pubertede parsiyel maskülinizasyon görülür; kas kitlesi artar, erkek vücut yapısı gelişir, fallus büyüklüğü artar, ereksiyon başlar. Bazı hastalarda sperm yapımı ve fertilite bildirilmiştir. Karakteristik endokrin bulgu; serumda artmış testosteron ve düşük DHT seviyeleridir. HCG stimülasyonu sonucu normal kişilerde 5 ila 25 arasında olan Testosteron/DHT oranı bu hastalarda 75-150’ye kadar çıkabilir. 5a-redüktaz enzimini kodlayan gen (SRD5A2) 2. kromozomun p kolunda (2p23) yer alır. Hastalığa yol açan genellikle nokta mutasyonlardır. Ülkemizde yapılan çalışmalar en sık görülen mutasyonun proteinin 55. pozisyonundaki lösinin glutamin ile yer değiştirmesine yol açan yanlış anlamlı mutasyon olduğunu göstermiştir. Laboratuarımıza 5-alfa redüktaz yetmezliği öntanısı ile gelen ve tüm gen dizi analizinde mutasyon saptanmayan bireylerde SRD5A2 geni delesyon duplikasyon analizi çalışılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4389 5-Alfa Redüktaz Yetmezliği (Leu55Gln Mutasyonu) Sinonim: SRD5A2 geni L55Q mutasyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: 5a-redüktaz enzim eksikliği, erkek psödohermafroditizminin özel formlarından birisidir. Testosteronun, daha güçlü bir metaboliti olan dihidrotestosterona (DHT) dönüşümünü katalize eden 5a-Redüktaz enziminin sentezindeki yetersizlik nedeni ile gelişir. Otozomal resesif kalıtılan bir hastalıktır. Bu hastalık 2 tipte karşımıza çıkar: İlkinde 5a-redüktaz aktivitesinin hiç yoktur, diğerinde ise 5a-redüktaz aktivitesi ölçülebilir fakat kararsızdır.Bu hastalıkla doğan çocuklar 46,XY kromozom kuruluşuna sahiptir ve hi-pospadiastan belirgin kuşkulu dış genital yapıya kadar uzanan geniş bir fenotip yelpazesi gösterirler. Pubertede parsiyel maskülinizasyon Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 20 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI görülür; kas kitlesi artar, erkek vücut yapısı gelişir, fallus büyüklüğü artar, ereksiyon başlar. Bazı hastalarda sperm yapımı ve fertilite bildirilmiştir Karakteristik endokrin bulgu; serumda artmış testosteron ve düşük DHT seviyeleridir. HCG stimülasyonu sonucu normal kişilerde 5 ila 25 arasında olan Testosteron/DHT oranı bu hastalarda 75-150’ye kadar çıkabilir. 5a-redüktaz enzimini kodlayan gen (SRD5A2) 2. kromozomun p kolunda (2p23) yer alır. Hastalığa yol açan genellikle nokta mutasyonlardır. Ülkemizde yapılan çalışmalar en sık görülen mutasyonun proteinin 55. pozisyonundaki lösinin glutamin ile yer değiştirmesine yol açan yanlış anlamlı mutasyon olduğunu göstermiştir. Laboratuarımıza 5-alfa redüktaz yetmezliği öntanısı ile gönderilen hastalarda SRD5A2 geni L55Q mutasyonuna bakılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2784 5-Alfa Redüktaz Yetmezliği (Tüm Gen Dizi Analizi) Sinonim: SRD5A2 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 5a-redüktaz enzim eksikliği, erkek psödohermafroditizminin özel formlarından birisidir. Testosteronun, daha güçlü bir metaboliti olan dihidrotestosterona (DHT) dönüşümünü katalize eden 5a-Redüktaz enziminin sentezindeki yetersizlik nedeni ile gelişir. Otozomal resesif kalıtılan bir hastalıktır.Bu hastalık 2 tipte karşımıza çıkar: İlkinde 5a-redüktaz aktivitesinin hiç yoktur, diğerinde ise 5a-redüktaz aktivitesi ölçülebilir fakat kararsızdır.Bu hastalıkla doğan çocuklar 46,XY kromozom kuruluşuna sahiptir ve hi-pospadiastan belirgin kuşkulu dış genital yapıya kadar uzanan geniş bir fenotip yelpazesi gösterirler. Pubertede parsiyel maskülinizasyon görülür; kas kitlesi artar, erkek vücut yapısı gelişir, fallus büyüklüğü artar, ereksiyon başlar. Bazı hastalarda sperm yapımı ve fertilite bildirilmiştir Karakteristik endokrin bulgu; serumda artmış testosteron ve düşük DHT seviyeleridir. HCG stimülasyonu sonucu normal kişilerde 5 ila 25 arasında olan Testosteron/DHT oranı bu hastalarda 75-150’ye kadar çıkabilir. 5a-redüktaz enzimini kodlayan gen (SRD5A2) 2. kromozomun p kolunda (2p23) yer alır. Hastalığa yol açan genellikle nokta mutasyonlardır. Ülkemizde yapılan çalışmalar en sık görülen mutasyonun proteinin 55. pozisyonundaki lösinin glutamin ile yer değiştirmesine yol açan yanlış anlamlı mutasyon olduğunu göstermiştir. Laboratuarımıza 5-alfa redüktaz yetmezliği öntanısı ile gelen ve SRD5A2 geni L55Q mutasyonu bulunmayan hastalarda tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2637 5q31 Delesyonu Sinonim: EGR1 delesyonu, del 5q31, 5q delesyonu, del 5q Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: 5q- sendromu bir myelodisplastik hastalıktır. Bunun yanında M2 başta olmak üzere tüm AML subtiplerinde 5q delesyonu görülmektedir. Laboratuvar Kodu: 3060 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 21 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI (5)(q32) PDGFRB Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Laboratuvar Kodu: 3248 5q33-q34 (CSF1R) Delesyonu Sinonim: CSF1R Delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali, tümör dokusu, lenf dokusu Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: 5. kromozomun q kolunda delesyonlar oldukça sık görülmekte olup bu bölgede sık delesyona uğrayan bölgeler (commonly deleted regions – CDR) tanımlanmıştır. 5q- sendromları arasında CSF1R genini içeren 1,5 mb’lık bir CDR bölgesi mevcuttur. MDS’ler arasında 5q- özel bir yere sahiptir. Lokus spesifik prob kullanarak CSF1R kaybı analizi bu açıdan önemlidir. Laboratuvar Kodu: 3908 5q35.1 TLX3 Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Laboratuvar Kodu: 3229 6q23 (MYB) Delesyonu Sinonim: MYB delesyonu, del 6q23, 5q delesyonu, del 6q Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Çocukluk çağı T-ALL ve B-ALL’de, multiple myelomda, atipik KLL’de, B hücreli küçük lenfositik lenfomada görülür. Laboratuvar Kodu: 3245 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 22 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI 7q31 Delesyonu Sinonim: del 7q, 7q delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Çocuk ve erişkin MDS, JCML ve başlıca M4/M6 olmak üzere erişkin AML’de çok sık olarak saptanır. Özellikle erişkinde kötü prognostik belirteçtir. Laboratuvar Kodu: 3059 7q34 TCRB Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Laboratuvar Kodu: 3228 7q22/ 7q35 (MDS) Delesyonu Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali, tümör dokusu, lenf dokusu Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: 7. kromozomun q kolunda delesyonlar, hatta 7. kromozomun monozomisi oldukça sık görülmekte olup MDS için önem arz etmektedir. Bununla birlikte MDS’de q22 ve q35 sık rastlanan minimal delesyona uğrayan zonlardır. Bu alanların lokus spesifik analizi ile toplam q kolu delesyonları ve 7. kromozom monozomileri haricinde hedefe yönelik analiz sonucu hematoloji uzmanına verilebilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3909 9p21 (CDKN2A) Delesyonu Sinonim: del 9p, 9p delesyonu, p16 delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Çocuk ALL’de (zellikle T-ALL) %10 oranında p16 kaybı gözlenmektedir. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 23 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Laboratuvar Kodu: 3065 9q34 Delesyonu Sinonim: 9q delesyonu, del 9q34 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: AML (M1, M2, M4, M6)’de tek anomali olarak ya da t(8;21)’e sekonder görülür. Philadelphia pozitif lösemilerde varlığı, tirozin kinaz inhibitörlerine direnç ile ilişkilendirilmiştir. Laboratuvar Kodu: 2383 10q24 TLX1 Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Laboratuvar Kodu: 3247 11q22.3 Delesyonu Sinonim: ATM delesyonu, del 11q22.3, 11q22.3 yeniden düzenlenmesi, ATM yeniden düzenlenmesi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Son zamanlarda MYB delesyonlarının kronik lenfositer lösemi prognozu için önem taşıdığı anlaşılmıştır. 11q22.3 delesyonu KLL için kötü prognostik belirteçtir. Laboratuvar Kodu: 3019 11q23 MLL Mutasyonları Sinonim: 11q23 yeniden düzenlenmesi, MLL delesyonu, del 11q23, 11q delesyonu, del 11q, MLL yeniden düzenlenmesi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 24 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: 11q23 anomalileri erişkin ve çocukluğ çağı AML ve AML olgularının yarısından fazlasında, MDS olgularının da %5’inde görülmektedir. M5a’da %50, M4’te %20, M1 ve M5b’de %10, M2’de %5, B-ALL ‘de % 60, T-ALL ‘de ise %1’den daha az sıklıkta görülür. Oluşan değişikliğe göre derecesi değişmekle birlikte genellikle kötü prognostik belirteçtir. Laboratuvar Kodu: 3082 13q14.3 Delesyonu Sinonim: RB delesyonu, del 13q14.3, 13q delesyonu, del 13q, Retinoblastom Geni delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Multiple myelomada %20-80 arasında görülür ve genellikle tedaviye dirençle birliktedir. Non Hodgkin lenfomada kötü prognostik , KLL ve myeloid lösemilerde genel olarak iyi belirteç olarak değerlendirilir. Laboratuvar Kodu: 3062 13q14.3 (D13S319)Delesyonu Sinonim: 13q14 Delesyonu, D13S319 Delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: KLL olgularında en sık rastlanan delesyonlar 13q14’te lokalizedir, hatta bu anomali çoğu zaman tek bulgu olarak da karşımıza çıkabilmektedir. D13S319 da bu delesyonu araştırmak için alternatif lokuslardan biri olarak kabul görmüştür. Laboratuvar Kodu: 3532 14q32 Delesyonu Sinonim: IGH delesyonu, del 14q32, 14q32 yeniden düzenlenmesi, IGH yeniden düzenlenmesi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: 14q32 değişiklikleri genellikle lenfoid tümörlerde ve B hücreli lösemilerde gözlenmektedir. Laboratuvar Kodu: 3232 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 25 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI 14q11.2 TCR Yeniden Düzenlemeleri Sinonim: T-CELL ANTIGEN RECEPTOR, ALPHA SUBUNIT; TCRA Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: 14q11.2 TCR yeniden düzenlenmeleri T hücreli lösemi ve lenfomalarda gözlenmektedir. Laboratuvar Kodu: 2461 17p13.1 Delesyonu Sinonim: p53 delesyonu, del 17p13.1, 17p delesyonu, del 17p, p53 geni delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: AML (özellikle M2 ve M6) ve MDS’te %3-4 oranında gözlenir. Kötü prognostik belirteçtir. 17p delesyonu gözlenen AML ve MDS olgularının %30’u tedaviye sekonder gelişen hastalıklardır. NHL’da sık görülür ve kötü prognostik belirteçtir. Laboratuvar Kodu: 3063 19q Delesyonu Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Santral sinir sistemi diffüz gliomaları histolojik görünümlerine göre astrositom, oligodendriogliom ve miks oligoastrositom olarak sınıflandırılırlar. Yapılan çalışmalarda bu tümörlerden oligodendriogliom komponent içeren grupta 1p36 ve 19q13 bölgelerinde delesyonlar saptanmıştır. Hastalarda; 1p36 delesyonunun kemoterapiye yanıt için önemli bir belirteç olduğu belirlenmiştir. 1p36 delesyonuna 19q13 delesyonunun da eşlik etmesinin, klasik oligodendrioglioma histolojisi ve uzun sağ kalım ile asosiye olduğu gözlenmiştir. Günümüzde 1p36 ve 19q13 delesyonları oligodendirogliom komponentli malign tümörlerin histolojik tanısının desteklenmesinde de kullanılmaktadır. Bunun yanı sıra bu delesyonları taşıyan olgularda mutlaka kemoterapi yapılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3733 20q12 Delesyonu Sinonim: 20q delesyonu, del 20q12, del 20q Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 26 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: AML, MDS ve polisitemia vera gibi myeloid malignansilerde gözlenir. MDS’te iyi prognostik belirteç olmakla birlikte akut lösemi gelişimi için risk habercisidir. Akut lösemilerde kötü belirteçtir. Diğer myeloproliferatif hastalıklarda prognostik önemi olmamakla birlikte klonal hastalık takibinde kullanılabilir. Laboratuvar Kodu: 3064 20q13.2 (LSI ZNF217) Delesyonu Sinonim: ZNF217 GEN delesyonu, Zinc Finger Protein 217 Delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: 20q13.2 delesyonu AML ve MDS’te gözlenir. Bunun yanısıra meme, over, kolon, başboyun, beyin ve pankreas kanserlerinde 20q13.2’de kopya sayısı değişiklikleri bildirilmiştir. Laboratuvar Kodu: 3530 22q11 IGL Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Laboratuvar Kodu: 3246 11-Beta Hidroksilaz Geni (CYP11B1) Mutasyonları Sinonim: CAH, KAH, 11-beta hidroksilaz defekti, 11-beta OHlaz geni mutasyonları, 11-beta OHlaz defekti, CYP11B1 mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Konjenital adrenal hiperplazi, adrenal bezinde kortizol sentezi için gerekli olan 5 enzimden birinde defekt sonucu ortaya çıkmaktadır. KAH otozomal resesif kalıtılır ve kuşkulu genitalya’nın nedenlerinden birisini oluşturmaktadır. En sık görülen enzim defekti (%90) 21hidroksilaz defektidir. İkinci sırada ise %5-8 sıklıkta görülen 11-beta hidroksilaz defekti yer alır. 11-beta hidroksilaz defekti; plazmada kortizol düzeyinin düşmesi yanısıra 11-deoksi kortizol, 11deoksi kortikosteron (DOC) ve androjen düzeylerinin artması ile karakterizedir. Olguların %66’sında artan DOC ve metabolitleri erken yaşlarda hipertansiyona yol açmaktadır. 11-beta Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 27 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI hidroksilaz geni 8q22’de yer alan ve 9 ekzonlu bir gen olan CYP11B1’dir. Laboratuvarımızda CYP11B1 geni dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3312 AARSKOG (FGD1 Geni) Sinonim: fasyogenital sendrom; fasyodijitogenital sendrom, FGD1 geni Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Aarskog sendromu nadir, klinik ve genetik olarak heterojen, kalıtsal bir gelişim bozukluğudur. Çeşitli yapısal anomalilerin eşlik ettiği ailesel bir boy kısalığı sendromlarındandır. Esas özellikleri kısa boy, oküler hipertelorizm, brakidaktili ve erkeklerde atkı skrotumdur. Kadınlar daha çok sendromun yüz ve ellerdeki minör bulgularına sahiptir. X kromozomunun kısa kolu üzerinde yer alan ve bir GEF (Guanine nucleotide exchange factor) proteinini kodlayan FGD1 geninin mutasyonları ile gelişmektedir. Laboratuvarımıza Aarskog sendromu öntanısı ile refere edilen hastalarda FGD1 geni dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3631 α-Adducin Polimorfizmi Sinonim: 460G/W,G460W Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Kan basıncı kantitatif niteliği olan toplumda kesintisiz niteliklerdendir. Birçok genin etkinliği ortaya konmuşsa da ailesel birikimi pozitif olan her olgu için belirgin bir kalıtım modeli çıkarılamamaktadır. Kan basıncını düzenlemek için birçok sistem çalışmaktadır. Fizyolojik denge bozulduğunda klinik tablo ortaya çıkmaktadır. Genetik çalışmalar genetik rolün varlığını göstermekle birlikte hipertansif hastaların en fazla %5’inde genetik neden belirlenebilmektedir. Lipid metabolizmasını bozan fakörlerin dışında da birçok genetik faktörün arteriosklerozda rolü bilinmektedir. α-Adduccin’deki G460W polimorfizmi daha düşük plazma rennin düzeyi ile Na rezorbsiyonunu arttırarak hipertansiyon gelişimini kolaylaştırmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3142 ACE I/D Polimorfizmi Sinonim: Angiotensin converting enzim, anjiotensin dönüştürücü enzim Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Kan basıncı kantitatif niteliği olan toplumda kesintisizsiz niteliklerdendir. Birçok genin etkinliği ortaya konmuşsa da ailesel birikimi pozitif olan her olgu için belirgin bir kalıtım modeli çıkarılamamaktadır. Kan basıncını düzenlemek için birçok sistem çalışmaktadır. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 28 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Fizyolojik denge bozulduğunda klinik tablo ortaya çıkmaktadır. Genetik çalışmalar genetik rolün varlığını göstermekle birlikte hipertansif hastaların en fazla %5’inde genetik neden belirlenebilmektedir. Endotel hücrelerinde membrana bağlı olarak bulunan anjiotensin dönüştürücü enzim (ACE) anjiotensin I(AI)'in anjiotensin II (AII)’ ye dönüşümünü ve bradikininin parçalanmasını sağlar. Dolaşımdaki AII düzeyi, AI düzeyi ve ACE aktivitesine bağımlıdır. ACE genine ait insersiyon (I) ve delesyon (D) polimorfizmleri, ACE ekspresyonunda değişikliklere neden olur. DD genotipliler hipertansiyon için yüksek risk taşırlar. Laboratuvar Kodu: 3110 ACTN3 Mutasyon Analizi Sinonim: Alfa Aktinin R577X Polimorfizm Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 7-10 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Alfa Aktinin, aktin bağlayıcı proteindir. Kas harici hücre tiplerinde aktinin membrana bağlanmasında etkili olmakla birlikte, tüm kas hücrelerinde (iskelet kası, düz kas, kalp kası) miyofibriler aktin filamanları için fonksiyonel önem taşır. ACTN3 tip II (hızlı) liflerde bulunur. R577X değişikliği, anlamsız (nonsense) mutasyondur (bir amino asit kodlayan kodonun yerine stop kodon gelmesi ve sentezin durması) ve birçok etnik grupta genel populasyonda tanımlanmıştır. Alpha-actinin-3 defektinin tüm dünyada %15-20 arasında görüldüğü düşünülmektedir; ancak bu durum herhangi bir hastalık tablosu ile ilişkilendirilmemiştir. 21. yüzyılda ACTN3 atletik performansta etkili bir gen olarak kabul görmüştür. Hem erkek hem de kadın sprinterlerde 577R aleli sıradan populasyona göre fazladır. Bu nedenle alfa aktinin varlığı iskelet kası fonksiyonunda bu açıdan olumlu etki yaparak, ivmelenme sırasında güçlü kontraksiyonlar sağlar ve sprint performansını artırır. Laboratuvar Kodu: 5210 Adrenolökodistrofi (X’e Bağlı, ABCD1 geni) Sinonim: X-ALD, X-linked adrenoleukodystrophy, ABCD1 mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: X-linked adrenoleukodystrophy (X-ALD; MIM #300100) erkeklerde 1:21,000 sıklığında gözlenir ve klinik bulgular değişkenlik gösterir. Plazma doymuş çok uzun zincirli yağ asitleri düzeyi artmıştır. X kromozomu uzun kolu (Xq28) üzerindeki ABCD1 geni mutasyonları ile gelişen bir hastalıktır. 10 ekzonlu gen 20kb uzunluğundadır ve şimdiye kadar 500’den fazla mutasyonu bildirilmiştir. Mutasyonlar tüm gene yayılmış olmakla birlikte, proteinin transmembran ve nucleotid bağlayan bölgelerinde daha sık gözlenmektedir. Laboratuarımızda ABCD1 geni tüm ekzon ve ekzon/intron bağlantı bölgelerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3183 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 29 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Ailesel Hiperkolesterolemi Paneli Sinonim: Autosomal Dominant Hypercholesterolemi, LDLR, PCSK9 ve APOE, Kısmi APOB Analizi, Sık rastlanan ilişkili polimorfizmler Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Yeni Nesil Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Otozomal Dominant Ailesel Hiperkolesterolemi, LDL bağımlı serum kolesterol düzeyi artışı ve prematur kardiyovaskuler morbidite ile ilişkili hastalıktır. LDLR, PCSK9, APOB genleri, etyolojide önemli rol oynamaktadır. Hastalık mutasyon dağılımı popülasyonlar arası farklılık gösterebilmektedir; o nedenle merkezimizde hastalığın taranmasına yönelik ilgili genlerin yüksek duyarlılıkta dizi analizi yöntemi ile taranması söz konusudur. Çalışılan paneller: ADH PANELİ -1: LDLR Taraması, ADH PANELİ-2: : PCSK9 Taraması, ADH PANELİ-3: APOE, APOB Exon 26 ve Sık Rastlanan Hastalıkla İlişkili SNP* Taraması *Taranan Tek Nukleotid Polimorfizmleri Laboratuvar Kodu: 3880 Ailesel Hipertrofik Kardiyomiyopati Paneli Sinonim: MYBPC3, MYH7, TNNI3, TNNT2 ve MYL2, MYBPC3, MYH7, TNNI3, TNNT2, MYL2 Genleri Dizi Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4-12 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 10ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ailesel hipertrofik kardiyomiyopati, dünyada her 500 insandan birini etkileyen, kalp hipertrofisi, miyosit düzensizliği ve fibrozisle komplike olan bir hastalıktır. Özellikle genç atlet ve sporculardaki en önemli ani ölüm nedeni olup, aynı zamanda en yaygın kardiyovaskuler genetik bozukluktur. Otozomal dominant kalıtılır ve genetik etyopatogenezde Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 30 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI MYBPC3, MYH7, TNNT2, TNNI3 ve MYL2 genlerindeki mutasyonlar günümüzde olguların yarıdan fazlasında suçlanmaktadır. Laboratuvarımızda ilgili genler genomik DNA’dan dizi analizi yöntemi ile incelenerek olgularda yaklaşık %60 oranında tanı koydurucu işlem yapılmış olmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3598 Ailesel Polipsiz Kolon Kanseri (HNPCC) Sinonim: COLORECTAL CANCER, HEREDITARY NONPOLYPOSIS, TYPE 1; HNPCC1 COLON CANCER, FAMILIAL NONPOLYPOSIS, TYPE 1; FCC1; COCA1; LYNCH SYNDROME I; MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: HNPCC, kolorektal kanserlere genetik yatkınlığın en sık görülen formu olup tüm KRK’lerin %2-3’ünü oluşturmaktadır. HNPCC sendromunda KRK’lerin yanı sıra, sıklıkla endometrium kanseri, bunun yanı sıra mide, over, pankreas, üretra, beyin ve ince barsak kanserlerinin de görüldüğü bilinmektedir. DNA yanlış eşleşme onarımında (MMR – mismatch repair) rol oynayan genlerdeki (MLH1, MLH3, MSH2, MSH6, PMS1, PMS2) mutasyonlar DNA onarım defektlerine neden olur. Bu mutasyonların germline olması HNPCC’e yatkınlığa yol açarlar. Lynch sendromuna ait klinik kriterleri taşıyan bireylerin yarısından fazlasında MMR mutasyonu vardır ve bu bireylerin yaşam boyu KRK riski %80 olarak bildirilmektedir. Bu bireylerde gelişen KRK’lerin %80-90’ında mikrosatelit instabilitesi gözlenmektedir. Laboratuvarımızda MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 genlerinin tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4323 Ailesel Pulmoner Fibrozis SFTPA2 Sinonim: Familial pulmonary fibrosis, ailesel idiopatik interstisiyel pnömoni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ailesel pulmoner fibrozis, iki veya daha fazla birinci derece akrabada idiopatik interstisiyel pnömoni varlığı ile tanımlanır. İdiopatik interstisiyel pnömoni olgularının %20’si aileseldir. Tüm olgularda olmasa da olguların yaklaşık %20-25’inde hastalığa yol açan değişiklik tanımlanabilmektedir. Olguların %15-18’inde TERT, %1’inde TERC, %1-25’inde SFTPC ve %1’inde SFTPA2 genlerinde mutasyon olduğu saptanabilmektedir. Laboratuvarımızda olguların %1’inde gözlenen SFTPA2 geni mutasyonlarının incelenmesi amacı ile tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4824 Ailesel Pulmoner Fibrozis SFTPC Sinonim: Familial pulmonary fibrosis, ailesel idiopatik interstisiyel pnömoni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 31 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ailesel pulmoner fibrozis, iki veya daha fazla birinci derece akrabada idiopatik interstisiyel pnömoni varlığı ile tanımlanır. İdiopatik interstisiyel pnömoni olgularının %20’si aileseldir. Tüm olgularda olmasa da olguların yaklaşık %20-25’inde hastalığa yol açan değişiklik tanımlanabilmektedir. Olguların %15-18’inde TERT, %1’inde TERC, %1-25’inde SFTPC ve %1’inde SFTPA2 genlerinde mutasyon olduğu saptanabilmektedir. Laboratuvarımızda olguların %1-25’inde gözlenen SFTPC geni mutasyonlarının incelenmesi amacı ile tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4826 Ailesel Pulmoner Fibrozis TERC Sinonim: Familial pulmonary fibrosis, ailesel idiopatik interstisiyel pnömoni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ailesel pulmoner fibrozis, iki veya daha fazla birinci derece akrabada idiopatik interstisiyel pnömoni varlığı ile tanımlanır. İdiopatik interstisiyel pnömoni olgularının %20’si aileseldir. Tüm olgularda olmasa da olguların yaklaşık %20-25’inde hastalığa yol açan değişiklik tanımlanabilmektedir. Olguların %15-18’inde TERT, %1’inde TERC, %1-25’inde SFTPC ve %1’inde SFTPA2 genlerinde mutasyon olduğu saptanabilmektedir. Laboratuvarımızda olguların %1’inde gözlenen TERC geni mutasyonlarının incelenmesi amacı ile tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4829 Ailesel Pulmoner Fibrozis TERT Sinonim: Familial pulmonary fibrosis, ailesel idiopatik interstisiyel pnömoni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ailesel pulmoner fibrozis, iki veya daha fazla birinci derece akrabada idiopatik interstisiyel pnömoni varlığı ile tanımlanır. İdiopatik interstisiyel pnömoni olgularının %20’si aileseldir. Tüm olgularda olmasa da olguların yaklaşık %20-25’inde hastalığa yol açan değişiklik tanımlanabilmektedir. Olguların %15-18’inde TERT, %1’inde TERC, %1-25’inde SFTPC ve %1’inde SFTPA2 genlerinde mutasyon olduğu saptanabilmektedir. Laboratuvarımızda olguların yaklaşık %15-18’inde gözlenen TERT geni mutasyonlarının incelenmesi amacı ile tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4830 Ailesel Transtiretin İlişkili Amiloidoz Sinonim: TTR Dizi Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 32 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Sonuç Verme Zamanı: 3-4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ailesel (Familial) transthyretin (TTR) ilişkili amiloidoz, yavaş ilerleyen periferik sensorimotor nöropati ve nefropati, kardiyomiyopati, vitreus opasitesi, SSS amiloidozu ile karakterize bir hastalıktır. Komplikasyonları nedeniyle önem arz eden bu hastalık, otozomal dominant kalıtılmakta olup, TTR genindeki heterozigot mutasyonlar nedeniyle ortaya çıkar. Portekiz ve Japonya gibi endemik olduğu ülkelerde 50 yaş civarı ortaya çıkmakta olup, diğer bölgelerde bu durum değişkendir. Laboratuvarımızda TTR geni, dizi analizi yöntemi ile İnsan Mutasyon Veritabanında (HGMD) hastalıkla ilişkilendilmiş mutasyonlar açısından taranmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2986 Akciğer Kanseri (KHDAK) Paneli Sinonim: Küçük hücreli dışı akciğer kanseri, NSCLC, Akciğer Adenokanser, EGFR mutasyonları, ALK füzyon mutasyonları, HER2 mutasyonları, BRAF mutasyonları, ROS1 füzyon mutasyonları, RET füzyon mutasyonları Çalışma Zamanı: Perşembe Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Taze doku, parafin doku, bronş aspirasyon materyali Numune Miktarı: 5µm’lik 15 kesit Çalışma Yöntemi: Real time PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK), tüm akciğer kanserlerinin %85’ini oluşturur ve çoğunlukla adenokarsinom patolojisi gösterir. Hastanın klinik durumuna göre tedavi opsiyonları içerisinde cerrahi yaklaşım, radyoterapi ve kemoterapi yer alır. Kemoterapi, tedavinin en önemli parçalarından biri olmakla birlikte, moleküler hedefe yönelik tedaviler bazı seçilmiş hastalarda uygulanabilmektedir. EGFR, KRAS ve ALK onkogenlerdeki mutasyonların tespit edilmesi, tedaviden faydalanabilecek olan hasta seçimi açısından büyük önem taşır. NCCN’de belirtilen akciger kanserinde görülen mutasyonlar ve etkin ilaçlar aşağıdaki tabloda verilmiştir Genetik değişimler Hedef mutasyona yönelik bulunan akciğer kanseri ilaçları EGFR mutasyonları Erlotinib, gefitinib, afatinib ALK füzyon mutasyonları Crizotinib, certinib HER2 mutasyonları Trastuzumab, afatinib BRAF mutasyonları Vemurafenib, dabrafenib ROS1 füzyon mutasyonları Crizotinib RET füzyon mutasyonları Cabozantinib EGFR: Epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR), protein tirozin kinazları stimüle ederek büyüme, hücre bölünmesi ve sağkalım gibi sinyal yolaklarını aktive eder. EGFR’nin normalden fazla ekspresyonu ya da tirozin kinaz bölgesindeki aktive edici mutasyonlar, tümör oluşumu ve büyümesine yol açmaktadır. EGFR bu özelliğinden dolayı anti-kanser ilaç hedeflerinden biri haline gelmiştir. Erlotinib ve Gefitinib, EGFR tirozin kinaz inhibitörleri (TKİ) için iki önemli örnektir ve aktive edici mutasyonları etkisiz kılarak KHDAK hastalarında tedaviye yanıtı arttırır. EGFR mutasyonları çoğunlukla hiç sigara içmemiş, kadın ve adenokarsinom histolojisine sahip bireylerde görülür. Ancak bu göstergeler TKİ tedavisi için doğru hastaları seçmeye yeterli değildir. En sık görülen EGFR mutasyonları exon 19 delesyonu ve L858R mutasyonudur. Bu mutasyonların tedaviye cevap oranları >%70 dir, ekzon 20 insersiyonları ya da T790M sebeple Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 33 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI KRAS mutasyonları TKİ tedavisine direnç gösterir. KRAS mutasyonları çoğunlukla adenokarsinomlarda, sigara içen Kafkas popülasyonunda görülür. Tedaviden bağımsız olarak, KRAS mutasyonları kötü prognoza işaret etmektedir. ALK rearrangement: Anaplastik Lenfoma Kinazı (ALK) genindeki translokasyonlar KHDAK’nde anormal hücre proliferasyonu ile bağdaştırılmıştır. Bu tür mutasyona sahip hastalar genellikle daha genç yaştadırlar, sigara kullanımları az ya da hiç yoktur ve EGFR ve KRAS mutasyonları bulunmaz. En çok görülen ALK translokasyonu 2p23’deki 5’ EML4- 3’ ALK translokasyonudur. ALK mutasyonu taşıyan bir hasta EGFR spesifik TKİ tedavisinden faydalanamaz fakat ALK TKİ’leri için uygundurlar. Crizotinib (Xalkori®), FDA onaylı ilk ALK TKİ’dir. ALK mutasyonu varlığında metastatik KHDAK hastalarında ALK TKİ tedavisine cevap %50-61’dir. ALK füzyonu bulunan ve certinib tedavisi alan 114 KHDAK hastasında, cevap oranı %58’dir. Bu hasta grubu içerisinde daha önce crizotinib tedavisi almış olan hastalar arasında cevap oranı ise %56’dır. HER2 mutasyonları: EGFR, KRAS ve ALK mutasyonları görülmeyen hastalarda, HER2 mutasyon oranı %6’dır. Geniş akciğer kanseri ilaç panellerinin olması sebebiyle de, HER2 mutasyon testinin adenokarsinomlar için rutin klinik genotiplendirmeye alınması önerilmektedir. Retrospektif yapılan N= 3800 olan bir çalışmada, 65 adet (%1.7) HER2 exon 20 mutasyonu tespit edilmiş; HER2 exon 20 mutasyonu taşıyan KHDAK hastalarında, trastuzumab +kemoterapi alan 15 hastada %96, afatinib monoterapisi alan 4 hastada %100 hastalık kontrol oranı tespit edilmiştir. Görülen HER2 exon 20 insersiyonları aşağıdaki gibidir: HER2 Ekzon 20 mutasyon A775_G776insYVMNA G776 > VC P780_Y781insGSP V777_G778insCG M774_A775insAYVM İnsidans %83 %8 %4 %4 Case study ROS1 füzyon mutasyonları: Akciğer kanserilerinin yaklaşık %2’sinde ROS1 füzyon mutasyonu görülür. ROS1 füzyonları, az ya da hiç sigara içmeyen, genç hastalarla ve adenokarsinomlarla ilişkilendirilmiştir. ROS1 füzyonu taşıyan hastalar, ALK füzyon mutasyonlarına benzer klinik özelliklere sahiptirler. Klinik öncesi modellerde ROS1 füzyon mutasyonu bulunan hastalarda crizotinib’e duyarlılık tespit edilmiştir. Crizotinib’in ROS1 füzyon mutasyonları üzerinde daha etkili olduğu görülmüştür (IC50 ROS1=0.11nmol/L; IC50 ALK=0.6nmol/L). EGFR ve ALK mutasyonları negative ise ROS1 füzyon mutasyonlarına bakılması önerilmektedir. BRAF mutasyonları: KHDAK’nde BRAF V600 mutasyonları %3-%5 arasında rapor edilmiştir. Vemurafenib’in aktivitesi, metastatik melanoma için bilinmektedir. Dabrafinib, BRAF V600E pozitif olan KHDAK hastalarında aktivite göstermiştir ve hastalığa cevap oranı %54’dür. Klinik çalışmanın ara raporunda, tedaviye en uzun süre alınan cevap 49 hafta olarak tespit edilmiştir. Dabrafenib genel olarak iyi tolere edilmiştir ve gerekli minimum cevap oranına ulaşmıştır. RET füzyon mutasyonları: RET füzyonları KHDAK %1-2 arasında görülmektedir. Bu oran sigara içmemiş, diğer driver mutasyonları taşımayan adenokarsinom popülasyonunda artmaktadır. RET füzyon mutasyonu taşıyan 3 hastada cabozantinib Phase II çalışması sonucunda 2 hastada kısmi cevap, 1 hasta ise 8 ay boyunca stabil hastalık rapor edilmiştir. Laboratuvar Kodu: 3383 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 34 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Akondroplazi Mutasyon Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: En sık rastlanan kol ve bacak kısalığıdır. 26000-40000 doğumda bir görülür. Hastaların tipik bir yüz görünümü, gövde ile orantısız kısa kol ve bacakları vardır, ulaştıkları maksimum boy 125 cm kadardır. Doğum boyları ve kiloları normalin altındadır. Zeka gelişimi ve yaşam süreleri normaldir. Otozomal dominant kalıtılır, yani akondroplazili hastaların kendileri gibi bir çocuğa sahip olma riski %50'dir. Ancak, hastaların %75 kadarında aile öyküsü yoktur, yani hastalığa yol açan genetik değişiklik kendilerinde oluşur (=taze mutasyon). Hastalığa neden olan genetik değişiklik FGFR3 geni mutasyonlarıdır. Hastaların %99’unda FGFR3 genindeki G380R ve N540K değişimi bulunduğu için Akondroplazi hastalarında ilk olarak Akondroplazi mutasyon analizi yapılması önerilir. Bu mutasyonların bulunmadığı hastalarda FGFR3 dizi analizi yapılmalıdır. Laboratuvar Kodu: 3101 Aldosteron Sentaz Polimorfizmi Sinonim: -344C/T Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Kan basıncı kantitatif niteliği olan toplumda kesintisizsiz niteliklerdendir. Birçok genin etkinliği ortaya konmuşsa da ailesel birikimi pozitif olan her olgu için belirgin bir kalıtım modeli çıkarılamamaktadır. Kan basıncını düzenlemek için birçok sistem çalışmaktadır. Fizyolojik denge bozulduğunda klinik tablo ortaya çıkmaktadır. Genetik çalışmalar genetik rolün varlığını göstermekle birlikte hipertansif hastaların en fazla %5’inde genetik neden belirlenebilmektedir. Lipid metabolizmasını bozan fakörlerin dışında da birçok genetik faktörün arteriosklerozda rolü bilinmektedir. Glukokortikoidle düzeltilebilen aldosteronizm Aldosteron sentetaz ve 11-beta hidroksilaz genlerini taşıdığı bilinen 8. kromozomun q21 bölgesinin bu fenotipten sorumluluğu düşünülerek söz konusu lokusların çalışılmasıyla eşit olmayan bir crossover sonucu oluşan kimerik bir genin tablodan sorumlu olduğu anlaşılmıştır. Bu birleşme nedeniyle aldosteron sentetaz ACTH kontroluna girmekte ve erken hipertansiyon oluşmaktadır. Deoksikortikosterondan Aldosteron sentezini sağlayan Aldosteron sentaz geninin -344 C>T polimorfizminin de hipertansiyona yatkınlıkta önemli rolü olduğu bilinmektedir. Laboratuvar Kodu: 3140 Alfa-1 Antitripsin Genotip Tayini (M, S, Z alleli) Sinonim: A1AT eksikliği, AAT eksikliği Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 35 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Çalışma Yöntemi: Strip test Referans Aralığı: Kullanımı: Alfa-1 antitripsin (A1AT) karaciğerde sentezlenen ve salınan bir proteaz inhibitörüdür. A1AT eksikliği; sıklığı 1/2000 olan genetik bir bozukluktur. A1AT eksikliği çocuklardaki karaciğer hastalıklarının en yaygın genetik nedenidir, neonatal kolestaz ve kronik karaciğer hastalığına neden olabilir. Ayrıca akciğerde elaztaz inhibe edilemediğinden, elastin gittikçe azalır ve amfizeme yatkınlık oluşur. 14. kromozomda bulunan AAT geninin farklı enzim aktivitelerine yol açan 75 varyantı vardır. MM genotipi normal, ZZ genotipi ise en düşük aktiviteye sahip enzimi göstermektedir. ZZ den sonra en düşük aktiviteye yol açan SS genotipidir. ZZ genotipine sahip bireylerin %12’sinde karaciğer hasarı ve %75’inde amfizem gelişir. Laboratuvar Kodu: 3111 Alfa-Talasemi Mutasyon Taraması Sinonim: Talasemi, akdeniz anemisi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Strip test Referans Aralığı: Kullanımı: Talasemi kalıtsal bir kan hastalığıdır. Bu hastalıkda kan hücreleri içindeki hemoglobin molekülü hatalı olduğu için oksijeni dokulara taşıyamaz. Hemoglobinin yapısında bulunan alfa globin yapımının az ya da bozuk olması sonucu alfa talasemi gelişir ve organlarda oksijenin azalması sonucu solukluk, halsizlik, çabuk yorulma, çarpıntı, gelişme geriliği gibi şikayetler gelişir. Hemoglobin molekülünün yapısında yer alan alfa globin zincirlerinin sentezinden sorumlu olan alfa gen kümesi 16 nolu kromozomun kısa kolu üzerinde bulunmaktadır. Çok farklı mutasyonları tanımlanmıştır. Laboratuvarımızda alfa talasemi tanısı için, strip test ile en sık görülen mutasyonlara bakılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3131 ALK (2p23) Mutasyonları Sinonim: Küçük hücreli dışı akciğer kanseri, NSCLC, Akciğer Adenokanser, ALK füzyon mutasyonları, ALK/EML4 füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Tümor dokusu Numune Miktarı: 2 adet poli-lizin kaplanmış (pozitif) lam üzerine 4 adet 5µm’lik kesit Numune Kabı: Parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: ALK (2p23) bölgesi yeniden düzenlenmelerinin; anaplastik büyük hücreli lenfomalar, inflamatuar myofibroblastik tümörler ve nöroblastomalardaki varlığı uzun zamandan beri bilinmektedir. Aynı zamanda akciğer kanserinde de tanımlanmıştır. Akciğer tümörlerinin yaklaşık %7'sinde saptanan EML4-ALK füzyonlarının çoğu adenokarsinomlarda gözlenmektedir. EML4-ALK pozitifliği Anti EGFR tedavisine (Erlotinib, Nilotinib, vb.)) direnci ile karakterizedir. ALK kinaz inhibitörü olan Crizotinib, EML4-ALK füzyonlu olgularda ilk tedavi seçeneği olabilir.ALK geni yeniden düzenlenmeleri; tirozin kinaz inhibitörü ilaçlara direnç ile asosiye olmaları ve ALK kinaz inhibitörü ilaçların kullanımı için uygun olan hastaların belirlenmesinde önemli olması nedeniyle araştırılması gereken kromozomal değişikliklerdendir. Bu değişiklikler laboratuvarımızda FISH ile tanımlanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2981 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 36 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI ALK Geni Mutasyonları Sinonim: Küçük hücreli dışı akciğer kanseri, NSCLC, Akciğer Adenokanser, ALK füzyon mutasyonları, ALK/EML4 füzyonu Çalışma Zamanı: Perşembe Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: Taze doku, parafin doku, bronş aspirasyon materyali Numune Miktarı: 5µm’lik 15 kesit Çalışma Yöntemi: Real time PCR Kullanımı: Anaplastik Lenfoma Kinazı (ALK) genindeki translokasyonlar KHDAK’nde anormal hücre proliferasyonu ile bağdaştırılmıştır. Bu tür mutasyona sahip hastalar genellikle daha genç yaştadırlar, sigara kullanımları az ya da hiç yoktur ve EGFR ve KRAS mutasyonları bulunmaz. En çok görülen ALK translokasyonu 2p23’deki 5’ EML4- 3’ ALK translokasyonudur. ALK mutasyonu taşıyan bir hasta EGFR spesifik TKİ tedavisinden faydalanamaz fakat ALK TKİ’leri için uygundurlar. Crizotinib (Xalkori®), FDA onaylı ilk ALK TKİ’dir. ALK mutasyonu varlığında metastatik KHDAK hastalarında ALK TKİ tedavisine cevap %50-61’dir. ALK füzyonu bulunan ve certinib tedavisi alan 114 KHDAK hastasında, cevap oranı %58’dir. Bu hasta grubu içerisinde daha önce crizotinib tedavisi almış olan hastalar arasında cevap oranı ise %56’dır. Laboratuvar Kodu: 4481 ALL Paneli Sinonim: Akut lenfositer lösemi paneli Test İçeriği: 11q22.3 delesyonu, t(9;22)(q34;q11.2), t(12;21)(p13;q22), t(4;11)(q21;q23), 11q23 delesyonu/yeniden düzenlenmeleri [t(4;11),t(9;11),t(11;19)],+4,+10,+ 8, - 7, 14q32 delesyonu/yeniden düzenlenmeleri [t(1;14),t(5;14), t(8;14),t(10;14)], del13q14.3, t(1;19) (q23;p13.3) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli ve EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp, Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: RT-PCR, FISH Çalışma Yöntemi: Referans Aralığı: Kullanımı: Bkz. Test içeriğindeki testlerin kullanımları Laboratuvar Kodu: 3068 Alport Sendromu Paneli Sinonim: COL4A3, COL4A4, COL4A5 Gen Taraması Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Yeni Nesil Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Alport sendromu, renal, okuler ve koklea bazal membranını ilgilendiren bulgularla ortaya çıkan kalıtsal bir hastalıktır. Klinik prezentasyon, esas olarak progresif nefropati olup, yüksek tonları ilgilendiren işitme kaybı ve okuler lezyonlar da eşlik eder. Genetik etyoloji, bazal membran tip IV kollajen sentezinden sorumlu COL4A3, COL4A4 ve COL4A5 mutasyonlarıdır. Mutasyon profiline göre hastalık, X'e bağlı (COL4A5) veya otozomal resesif (COL4A3, COL4A4) kalıtım paterni sergiler. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 37 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Laboratuvarımızda her üç genin kodlayan bölgesinin tamamı yeni nesil dizi analizi yöntemi ile taranmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3954 Alzheimer Hastalığı APP Ekzon 16 ve 17 Genetik Analizi, Alzheimer Tip 1 Sinonim : Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Alzheimer Hastalığı, bir demans türüdür. Demans, beyinde hasardan kaynaklanan ve ilerleyen bir bozukluk olup kişide yaşından beklenen beyin performansını gösterememesidir. Güncel olarak 'bunama' dedigimiz durumdur. Özellikle etkilenen bölgeler hafıza, dikkat, dil ve problem savuşturmadır. Alzheimer, geri dönüşü olmayan ve ilerleyici bir hastalıktır. Alzheimer Hastalığının sıklığı yaşla birlikte artar, ancak daha genç yaşlarda da başlayabilir. Başlangıç yaşı genellikle hastalığın ailevi olup olmadığını göstermesi açısından önem kazanmaktadır. Ailevi olmayan grup tüm olguların yaklaşık % 95-98’ ini oluşturur. Daha ileri yaşlarda başlayan hastalık genellikle bu grubun içindedir. Ender görülen ve erken başlangıçlı olan ailesel alzheimer hastaları üç farklı gende dominant mutasyon tespit edilmiştir. Ailesel olguların %5’inden daha azında APP mutasyonları saptanmıştır. APP genindeki mutasyonlar, 35-55 yaşları arasında başlayan penetransı tam olan otozomal dominant bir hastalığa yol açar. Bu mutasyonların büyük çoğunluğu genin 17 ve 18. Ekzonunda bulunduğu için laboratuvarımızda öncelikle bu ekzonların dizi analizi yapılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 4611 Alzheimer Hastalığı APP Genetik Analizi, Alzheimer Tip 1 Sinonim : Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Alzheimer Hastalığı, bir demans türüdür. Demans, beyinde hasardan kaynaklanan ve ilerleyen bir bozukluk olup kişide yaşından beklenen beyin performansını gösterememesidir. Güncel olarak 'bunama' dedigimiz durumdur. Özellikle etkilenen bölgeler hafıza, dikkat, dil ve problem savuşturmadır. Alzheimer, geri dönüşü olmayan ve ilerleyici bir hastalıktır. Alzheimer Hastalığının sıklığı yaşla birlikte artar, ancak daha genç yaşlarda da başlayabilir. Başlangıç yaşı genellikle hastalığın ailevi olup olmadığını göstermesi açısından önem kazanmaktadır. Ailevi olmayan grup tüm olguların yaklaşık % 95-98’ ini oluşturur. Daha ileri yaşlarda başlayan hastalık genellikle bu grubun içindedir. Ender görülen ve erken başlangıçlı olan ailesel Alzheimer hastaları üç farklı gende dominant mutasyon tespit edilmiştir. Ailesel olguların %5’inden daha azında APP mutasyonları saptanmıştır. APP genindeki mutasyonlar, 35-55 yaşları arasında başlayan penetransı tam olan otozomal dominant bir hastalığa yol açar. Laboratuvarımızda bu genin tüm kodlayan bölgelerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4612 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 38 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Alzheimer Hastalığı PSEN1 Genetik Analizi, Alzheimer Tip 3 Sinonim : Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Alzheimer Hastalığı, bir demans türüdür. Demans, beyinde hasardan kaynaklanan ve ilerleyen bir bozukluk olup kişide yaşından beklenen beyin performansını gösterememesidir. Güncel olarak 'bunama' dedigimiz durumdur. Özellikle etkilenen bölgeler hafıza, dikkat, dil ve problem savuşturmadır. Alzheimer, geri dönüşü olmayan ve ilerleyici bir hastalıktır. Alzheimer Hastalığının sıklığı yaşla birlikte artar, ancak daha genç yaşlarda da başlayabilir. Başlangıç yaşı genellikle hastalığın ailevi olup olmadığını göstermesi açısından önem kazanmaktadır. Ailevi olmayan grup tüm olguların yaklaşık % 95-98’ ini oluşturur. Daha ileri yaşlarda başlayan hastalık genellikle bu grubun içindedir. Ender görülen ve erken başlangıçlı olan ailesel Alzheimer hastaları üç farklı gende dominant mutasyon tespit edilmiştir. Bu gruptaki hastalığın en sık nedeni, tüm ailesel Alzheimer ailelerinin yaklaşık yarısında bulunan presenilin-1 (PSEN1) genindeki mutasyonlardır. PSEN1genindeki mutasyonlar, 35-55 yaşları arasında başlayan penetransı tam olan otozomal dominant bir hastalığa yol açar. Laboratuvarımızda bu genin tüm kodlayan bölgelerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4613 Alzheimer Hastalığı PSEN2 Genetik Analizi, Alzheimer Tip 4 Sinonim : Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Alzheimer Hastalığı, bir demans türüdür. Demans, beyinde hasardan kaynaklanan ve ilerleyen bir bozukluk olup kişide yaşından beklenen beyin performansını gösterememesidir. Güncel olarak 'bunama' dedigimiz durumdur. Özellikle etkilenen bölgeler hafıza, dikkat, dil ve problem savuşturmadır. Alzheimer, geri dönüşü olmayan ve ilerleyici bir hastalıktır. Alzheimer Hastalığının sıklığı yaşla birlikte artar, ancak daha genç yaşlarda da başlayabilir. Başlangıç yaşı genellikle hastalığın ailevi olup olmadığını göstermesi açısından önem kazanmaktadır. Ailevi olmayan grup tüm olguların yaklaşık % 95-98’ ini oluşturur. Daha ileri yaşlarda başlayan hastalık genellikle bu grubun içindedir. Ender görülen ve erken başlangıçlı olan ailesel Alzheimer hastaları üç farklı gende dominant mutasyon tespit edilmiştir. Ailesel olguların %1’inden azına Presenilin 2 (PSEN2) mutasyonları yol açmaktadır. PSEN2 mutasyonları penetran değildir ve başlangıç yaşı genellikle 40-85 yaş arasında değişir. Laboratuvarımızda bu genin tüm kodlayan bölgelerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4614 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 39 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI AMH Genetik Analizi Sinonim: PERSISTAN MULLERIAN KANAL SENDROMU TİP I, ANTIMULLERIAN HORMONE, MULLERIAN-INHIBITING SUBSTANCE; MIS, MULLERIAN-INHIBITING FACTOR; MIF, HERNIA UTERI INGUINALE, PERSISTENT OVIDUCT SYNDROME, FEMALE GENITAL DUCTS IN OTHERWISE NORMAL MALE Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Persistan Mullerian Kanal sendromu, AMH veya AMH reseptör geninde yer alan heterozigot mutasyonlar sonucu ortaya çıkar. Mutasyonun bulunduğu gene göre sırasıyla hastalık Tip I ve Tip II olarak sınıflandırılır. Sendromun karakteristiği, mullerian türevlerinin (uterus ve tüpler) persistansı ve diğer açılardan sağlıklı erkek bebeklerde virilizasyondur. Erkek seksüel farklılaşması, fetal testisler tarafından üretilen 2 hormonun uyarısı altındadır: Leydig hücrelerince üretilen testosteron (eksternal genitalyanın virilizasyonu ve prostatik büyümeden sorumlu) ve AMH, Mullerian kanalların regresyonununu sağlar; ki uterus ve tüplerin gelişimi önlenmiş olur. Olguların yarısında ise AMH düzeyleri normal olup, AMH geninde mutasyon yoktur. Bu olgularda hedef organ direnci söz konusudur ve AMH reseptör gen mutasyonları taranmalıdır. Laboratuvarımızda AMH geni, çift primer seti ile dizi analizi ile taranmakta ve kodlayan bölgedeki HGMD mutasyonları rapor edilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3329 AMHR Genetik Analizi Sinonim: PERSISTAN MULLERIAN KANAL SENDROMU TIP II, ANTI-MULLERIAN HORMONE RECEPTOR; AMHR II, MULLERIAN INHIBITING SUBSTANCE TYPE II RECEPTOR; MISR2, PSEUDOHERMAPHRODITISM, MALE INTERNAL, HERNIA UTERI INGUINALE, PERSISTENT OVIDUCT SYNDROME, FEMALE GENITAL DUCTS IN OTHERWISE NORMAL MALE Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Persistan Mullerian Kanal sendromu, AMH veya AMH reseptör geninde yer alan heterozigot mutasyonlar sonucu ortaya çıkar. Mutasyonun bulunduğu gene göre sırasıyla hastalık Tip I ve Tip II olarak sınıflandırılır. Sendromun karakteristiği, mullerian türevlerinin (uterus ve tüpler) persistansı ve diğer açılardan sağlıklı erkek bebeklerde virilizasyondur. Erkek seksüel farklılaşması, fetal testisler tarafından üretilen 2 hormonun uyarısı altındadır: Leydig hücrelerince üretilen testosteron (eksternal genitalyanın virilizasyonu ve prostatik büyümeden sorumlu) ve AMH, Mullerian kanalların regresyonununu sağlar; ki uterus ve tüplerin gelişimi önlenmiş olur. Olguların yarısında ise AMH düzeyleri normal olup, AMH geninde mutasyon yoktur. Bu olgularda hedef organ direnci söz konusudur ve AMH reseptör gen mutasyonları taranmalıdır. Laboratuvarımızda AMHR geni, dizi analizi yöntemi ile taranmakta ve kodlayan bölgedeki HGMD mutasyonları rapor edilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3334 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 40 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI AML Paneli Sinonim: Akut myelositer lösemi paneli Test İçeriği: (8;21)(q22;q22), t(15;17)(q22;q21), t(16;16)(p13;q22)/ inv(16)(p13;q22), trizomi 8, t(6;9)(p23;q34), t(9;11)(p22;q23), 11q23 delesyonu, 5q31 delesyonu, 7q31 delesyonu, inv (3)(q21;q26.2)/t(3;3)(q21;q26.2), FLT3ITD, cKİT mutasyonu, NPM1 mutasyonu, CEPBA mutasyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: AML hastalarında tanı aşamasında sitogenetik inceleme yapılması zorunludur. Bunun yanında C-KIT, FLT3-ITD, NPM, CEBPA mutasyonları bir grup hastada prognozu belirlemede önemli olduğu için yapılması önerilir, terapötik yaklasıma yol gösterebilir. AML olguları için genetik risk değerlendirmesi aşağıdaki tabloda verilmiştir. İyi Risk Grubu inv (16) veya t(16;16) t(8:21) t(15;17) Normal sitogenetikli olgularda FLT3 yokluğunda NPM1 mutasyonu veya CEBPA mutasyonu olan olgular Orta risk grubu Normal sitogenetik +8 t(9;11) diğer tanımlanamayanlar inv (16) veya t(16;16), t (8:21) olup c-KIT mutasyonu olanlar Normal sitogenetik olup NPM1 yokluğunda FLT3-ITD mutasyonu olması (bazı klavuzlarda kötü risk grubunda yer almaktadır.) Kötü risk Komplex (≥ 3 anormal klon olması) grubu 5, 5q-7, 7q11q23 non t(9;11) inv(3), t(3;3) t(6;9) t(9;22 Laboratuvar Kodu: 3067 Amniyotik Sıvıda Kromozom Analizi Sinonim: Amniotik mayide Kromozom Analizi, Karyotip analizi (amniotik mayi),Konvansiyonel sitogenetik (amniotik mayi), Sitogentik inceleme (amniotik mayi) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: Amnion mayi Numune Miktarı: 20ml Numune Kabı: Steril enjektör içinde Çalışma Yöntemi: sitogenetik, uzun süreli hücre kültürü Referans Aralığı: - Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 41 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: Gebeliğin 16-20. haftalarında fetusun kromozomlarındaki sayısal ve yapısal değişikliklerin saptanmasına olanak tanır. Şunlardan herhangi birisinin olması durumunda amniyotik sıvıda kromozom incelemesi yapılmalıdır: anne yaşının 35 yaş üstünde olması, biyokimyasal tarama testinde yüksek risk bulunması, patolojik ultrason bulgusu olması, daha önce kromozom anomalisi olan bir çocuk öyküsü (yaşayan ya da kaybedilmiş) varlığı, ebeveynlerde dengeli kromozom değişikliği olması, kromozomal hastalık riskini arttıracak intrasitoplazmik sperm enjeksiyonu gibi tıbbi müdahalelerin olması Laboratuvar Kodu: 3201,5470 (QF-PCR hızlı sonuç ile birlikte), 5472 (FISH hızlı sonuç ile birlikte) Amniyotik Sıvıda RhD Genotip Tayini Sinonim: Rh heterozigotluk tayini, Fetal Rh tayini Çalışma Zamanı: Pazartesi Sonuç Verme Zamanı: 1hafta sonra Numune Türü: Amnion mayi Numune Miktarı: 20ml Numune Kabı: Steril enjektör içinde Çalışma Yöntemi: Semikantitatif PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Rh uygunsuzluğu fetusta hastalık oluşturması ve fetal mortalite (bebeğin kaybedilmesi) açısından önemli bir gebelik sorunudur. Gebelik sırasında fetal Rh durumunun belirlenmesi erken tanı olanağı sağlar. Bu amaçla fetus için Rh uygunsuzluğu riski olan gebelerde 16-18. gebelik haftalarında elde edilen amniyon sıvısında RhD lokusu çalışılarak bebeğin Rh grubu saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 6404 Angelman Metilasyon Analizi Sinonim: AS, UBE3A/GABRB3 metilasyon defekti Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Angelman sendromu; mental retardasyon, gelişme geriliği, konuşma bozukluğu (hiç konuşmama ya da anlamsız kelime tekrarları), dengesiz yürüyüş, anlamsız gülme atakları, otistik davranışlar ve ateşsiz dönemde konvülziyon olan hastalarda düşünülmelidir. Genellikle aile öyküsü yoktur ve 0-3 yaş arasında bulgu verir. Kız çocuklarda daha sık görülmektedir. 15. kromozomdaki bir hatadan kaynaklanmaktadır. Hastaların %70’inden fazlasında hastalığa anneden gelen 15. kromozomda bir bölgenin (15q11-13) kaybı yol açmaktadır. %1 olguda ise hastalığa her iki 15. kromozomun da babadan alınması (paternal uniparental dizomi) yol açar. %5 olguda primer metilasyon defekti vardır. Son 2 nedene bağlı gelişşen hastalıklarda tanı için metilasyon analizi yapılması gerekmektedir.Bu nedenle, FISH ile 15q11-q13 kaybı saptanmayan Angelman sendromu şüphesi olan hastalarda metilasyon analizi yapılmalıdır. Laboratuvar Kodu: 4664 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 42 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Angelman Sendromu Sinonim: 15q11-q13 delesyonu (FISH), Del 15q11-q13 (FISH), UBE3A/D15S10 (FISH) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Angelman sendromu; mental retardasyon, gelişme geriliği, konuşma bozukluğu (hiç konuşmama ya da anlamsız kelime tekrarları), dengesiz yürüyüş, anlamsız gülme atakları, otistik davranışlar ve ateşsiz dönemde konvülziyon olan hastalarda düşünülmelidir. Genellikle aile öyküsü yoktur ve 0-3 yaş arasında bulgu verir. Kız çocuklarda daha sık görülmektedir. 15. kromozomdaki bir hatadan kaynaklanmaktadır. Hastaların %70’inden fazlasında hastalığaanneden gelen 15. kromozomda bir bölgenin (15q11-13) kaybı yol açmaktadır. Bu nedenle, Angelman sendromu şüphesi olan hastalarda FISH ile 15q11-q13 kaybı saptanır. Laboratuvar Kodu: 4812 Angiotensin II Tip 1 Reseptör Polimorfizmi Sinonim: 1166A/C, A1166C,AGTR1 polimorfizmi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Kan basıncı kantitatif niteliği olan toplumda kesintisizsiz niteliklerdendir. Birçok genin etkinliği ortaya konmuşsa da ailesel birikimi pozitif olan her olgu için belirgin bir kalıtım modeli çıkarılamamaktadır. Kan basıncını düzenlemek için birçok sistem çalışmaktadır. Fizyolojik denge bozulduğunda klinik tablo ortaya çıkmaktadır. Genetik çalışmalar genetik rolün varlığını göstermekle birlikte hipertansif hastaların en fazla %5’inde genetik neden belirlenebilmektedir. Lipid metabolizmasını bozan fakörlerin dışında da birçok genetik faktörün arteriosklerozda rolü bilinmektedir. Angiotensin II tip 1 reseptörünü kodlayan AGTR1 geninin 1166. pozisyonunda Adenin yerine sitozin olması hipertansiyon risk faktörlerindendir. 1166C polimorfizmi Angiotensin II’nin intrarenal ve peripheral aktivitesini arttırarak hipertansiyon gelişimini kolaylaştırmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3143 Angiotensinojen Polimorfizmi Sinonim: 235M/T, M253T Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Kan basıncı kantitatif niteliği olan toplumda kesintisizsiz niteliklerdendir. Birçok genin etkinliği ortaya konmuşsa da ailesel birikimi pozitif olan her olgu için belirgin bir kalıtım modeli çıkarılamamaktadır. Kan basıncını düzenlemek için birçok sistem çalışmaktadır. Fizyolojik denge bozulduğunda klinik tablo ortaya çıkmaktadır. Genetik çalışmalar genetik rolün Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 43 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI varlığını göstermekle birlikte hipertansif hastaların en fazla %5’inde genetik neden belirlenebilmektedir. Lipid metabolizmasını bozan fakörlerin dışında da birçok genetik faktörün arteriosklerozda rolü bilinmektedir. Angiotensinojen geni 1. kromozomda (q42-q43) yer alır ve hipertansiyon için önemli bir aday gendir. Çünkü ürünü kan basıncı düzenlenmesinde önemli bir role sahiptir. Birçok polimorfik varyantı olup 174. ve 235. aminoasitlerin yerine metionin (M) ya da treonin (T) gelmektedir. Bu değişinimin aktivitedeki rolü kesin bilinmemekte ancak 235T için homozigot (T/T) olanların plazma anjiotensin düzeyleri % 20 daha yüksek bulunmaktadır. Çalışmaların birkısmında 174 M ve 235 T alellerinin hipertansiyonla ilişkili olduğu bildirilmiştir. Laboratuvar Kodu: 3145 Antitrombin III Sinonim: AT geni, Ekzon 1, 2, 3a, 3b, 4, 5, 6, SERPINC1 geni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Pıhtılaşma sisteminde bulunan bazı faktörler (II, IX, X, XI, XII) antitrombin III ile etkisiz hale gelir. Bu nedenle antitrombin III eksikliğinde pıhtılaşmayı engelleyen sistem yetersiz kalır ve pıhtı oluşumu kolaylaşır. Düşük antitrombin III aktivitesine neden olan mutasyonlar, venöz tromboz ve miyokardiyal enfarktüs riskinde artış yanısıra preeklampsi ile ilişkilendirilir. Laboratuvar Kodu: 2169 APOE Genotiplemesi Sinonim : Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Reverse dot blot Referans Aralığı: Kullanımı: Apolipoproteinler, lipoprotein sentez, sekresyon ve metabolizmasında rol oynar. Bunlardan birisi olan Apolipoprotein E geni insanda 19. kromozomdadır ve 3 alleli vardır: e2, e3, e4. Bu allellerin kombinasyonlarından Apo E izoformları oluşur: E2, E3, E4. Farklı Apo E izoformları, plazma lipoprotein konsantrasyonlarını etkiler. En sık görülen genotip e3/e3 ‘tür. Apo e4/e4 genotipinde kolesterol düzeyinin en yüksek olması beklenir. Bu bireylerdekoroner arter hastalığı riski artmaktadır. Total serum kolesterolü 240 mg/dl ve Trigliserit düzeyi 150 mg/dl üzerinde olan bireylerde veya tip III hiperlipoproteinemi yönünden aile öyküsü olanlarda Apo E genotiplendirmesi önerilir. Bunun yanında, Apo E, Alzheimer hastalığı için de önemli bir genetik risk faktörüdür. Apo e4 allelinin varlığı Alzheimer hastalığı gelişme riski ile ilişkilidir. Apo E genotiplendirmesinin Alzheimer hastalığı için tarama veya tanı testi olarak kullanılması önerilmemekle birlikte Alzheimer hastalığı semptomlarını taşıyan hastaların ayırıcı tanısında kullanılabilir. Laboratuvar Kodu: 1438 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 44 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI AR (Androjen Reseptör) Geni Analizi Sinonim: Androjen duyarsızlık sendromu, AIS Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Androjenler, androjen reseptörü (AR) üzerinden işlev görerek cinsiyet farklılaşmasını ve erkek fenotip gelişmesini sağlamaktadır. AR geni, X kromozomunun uzun kolunda (Xq11-12) lokalize olan 8 ekzonlu bir gendir. Androjen reseptörü proteini 110-kDa ağırlığında, nükleer reseptör ailesinden bir transkripsiyon faktörüdür. AR geni mutasonları androjen duyarsızlık sendromuna yol açmaktadır. AIS, X’e bağlı resesif bir hastalıktır ve de novo olgular dışında anne taşıyıcı durumundadır. AR oluşan mutasyona bağlı olarak, AR proteininde tam veya kısmi fonksiyon kaybına yol açar. Erkek cinsiyet gelişim bozukluklarının en sık sebebidir ve prevalansı 1/20.000 - 1/64.000 olarak bildirilmektedir. AIS, tam, kısmi ve hafif tip olmak üzere 3 klinik formda incelenmektedir. Tam AIS’da dişi dış genital yapı, kısmi AIS’de ise kuşkulu dış genital yapı gelişimi olur. Hafif formunda ise normal erkek dış genital yapı gelişimi gerçekleşir ancak infertilite oluşur. Laboratuarımıza androjen duyarsızlık sendromu ön tanısı ile refere edilen hastalarda tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3569 AR Delesyon Duplikasyon Analizi Sinonim: Androjen duyarsızlık sendromu, Androjen Reseptör AIS, delesyon duplikasyon Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Androjenler, androjen reseptörü (AR) üzerinden işlev görerek cinsiyet farklılaşmasını ve erkek fenotip gelişmesini sağlamaktadır. AR geni, X kromozomunun uzun kolunda (Xq11-12) lokalize olan 8 ekzonlu bir gendir. Androjen reseptörü proteini 110-kDa ağırlığında, nükleer reseptör ailesinden bir transkripsiyon faktörüdür. AR geni mutasonları androjen duyarsızlık sendromuna yol açmaktadır. AIS, X’e bağlı resesif bir hastalıktır ve de novo olgular dışında anne taşıyıcı durumundadır. AR oluşan mutasyona bağlı olarak, AR proteininde tam veya kısmi fonksiyon kaybına yol açar. Erkek cinsiyet gelişim bozukluklarının en sık sebebidir ve prevalansı 1/20.000 - 1/64.000 olarak bildirilmektedir. AIS, tam, kısmi ve hafif tip olmak üzere 3 klinik formda incelenmektedir. Tam AIS’da dişi dış genital yapı, kısmi AIS’de ise kuşkulu dış genital yapı gelişimi olur. Hafif formunda ise normal erkek dış genital yapı gelişimi gerçekleşir ancak infertilite oluşur. AR geni tüm kodlayan bölgelerinin dizi analizi sonucu mutasyon saptanamayan bireylerde AR geninin delesyon duplikasyon analizi önerilmektedir. Laboratuvarımızda AR geninin delesyon duplikasyon analizi MLPA yöntemi ile gerçekleştirilmektedir. Laboratuvar Kodu: 4822 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 45 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI ARX Mutasyon Analizi Sinonim: ARISTALESS-RELATED HOMEOBOX, X-LINKED Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Xp21’de lokalize ARX geni mutasyonları, birden fazla gelişimsel bozuklukluğun ortaya çıkmasında rol oynar. Bu fenotipik spektruma erken infantil Epileptic ensefalopati, anormal genitalya eşlik eden Hydranensefali , X’e bağlı Lizensefali, X’e bağlı Mental retardasyon, Partington sendromu ve Proud sendromu dahildir. Laboratuvar Kodu: 3567 ASXL1 Mutasyonları Sinonim: Myeloproliferatif hastalık, primer myelofibrozis, polisitemia vera, esansiyel trombositoz Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan/kemik iliği Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: ASXL1 geninin gelişimle ilgili birçok işlevi olmasına rağmen hematopoetik sistemdeki görevi tam olarak açıklanamamıştır. Bununla beraber, ASXL1 mutasyonları myeloproliferatif hastalıklarda çok sık bulunmaktadır ve bu nedenle biyobelirteç olarak önem kazanmıştır. Primer myelofibrozis olgularında %12-25, polisitemia vera (PV) olgularında %2-5, esansiyel trombositoz (ET) olgularında %5-10 ve PV/ET’ye sekonder myelofibrozis olgularında %20-40 oranında ASXL1 mutasyonları gözlenmektedir. Myelofibrozis için kötü prognoz belirteci olduğu düşünülmekle birlikte klinik önemi üzerinde çalışmalar sürdürülmektedir. Mutasyonlar sıklıkla 12. ekzonda bulunmaktadır. Laboratuvarımızda bu mutasyonlar dizi analiz ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4831 AVPR2 Geni Dizi Analizi Sinonim: Nefrojenik Diabetes İnsipidus Genetik Analizi, Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Konjenital Nefrojenik Diabetes İnsipidus, böbrek tübülüslarının vazopressine duyarsızlığı sonucu gelişen kalıtsal bir hastalıktır. Tedavi edilmezse, çocuklarda büyüme gelişme geriliği ve entelektüel gelişim geriliğine yol açar. Tanısı; hipernatremi, plazma osmolalitesinin yüksek olması ve normal/yüksek AVP düzeyi ile koyulmaktadır. Olguların büyük bir kısmında, arjinin vazopresin 2 reseptörünü kodlayan ve X kromozomunda yer alan AVP2R geni mutasyonları hastalık gelişiminden sorumludur. X2e bağlı kalıtıldığı için erkek çocuklarda hastalık şiddetli seyrederken kız çocuklarda genellikle poliüri, polidipsi ve düşük idrar dansitesi Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 46 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI görülür. Laboratuarımıza Konjenital Nefrojenik Diabetes İnsipidus öntanısı ile gönderilen hastalarda AVP2R tüm gen dizi analizi yapılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 4016 B Hücre Klonalite Testi Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali, tümör dokusu, lenf dokusu Numune Miktarı: 3ml, uygun miktarda doku Numune Kabı: Mor kapaklı tüp, parafin blok Çalışma Yöntemi: PCR, Fragman Analizi Referans Aralığı: Kullanımı: IGH ve IGK geni yeniden düzenlenme profilinde bir düzenlenmenin belirgin olarak daha fazla gözlenmesine dayalı bir incelemedir ve IGH ve IGK B hücre klonalite testi ile lenfoproliferasyon mevcut hastalarda klonal Ig ağır zincir ve Kappa hafif zincir gen yeniden düzenlenmeleri tespit edilebilir. Bu bölgelerin klonal düzenlenmesinin gözlenmesi (sonucun pozitif olması) B hücresi malignitesi ile eşanlamlı değerlendirilmemelidir. Bu test sayesinde atipik lenfoproliferatif hastalıklarda klonalite tespit edilebilir, reaktif lezyon malignite ayrımı yapılabilir, olgun monoklonal lenfoproliferatif hastalıklarda baskın seri bulunabilir, tumor spesifik belirteç analizi (IGH, IGK) yapılabilir. Laboratuvar Kodu: 3921 BCL2 (18q21) Yeniden Düzenlenmeleri Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Telomerden sentromere oryantasyonlu, exon 1 ve ve exon 3 3’kısmının kodlamadığı, 3 egzonlu, 2 alternatif transkriptli bir gendir. 18q21’de lokalizedir. B ve T hücrelerinde geniş olarak ifade bulmaktadır. Antiapopitotiktir. Hematolojik malignitelerde çeşitli yeniden düzenlenmeleri görülmektedir. Laboratuvar Kodu: 4636 BCL6 (3q27) Yeniden Düzenlenmeleri Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali, tümör dokusu, lenf dokusu Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: BCL6 geni mutasyonları germinal merkezden B hücre dönüşümü ile ilişkilendirilmiş olup, NonHodgkin Lenfomada bu geni ilgilendiren 3q27 yeniden düzenlenmeleri gözlenebilmektedir. Diffüz büyük hücreli lenfoma, Folliküler odak hücreli lenfoma, marjinal bölge Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 47 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI B hücreli lenfoma (MZBCL) BCL6 geni etkilensin etkilenmesin 3q27 yeniden düzenlenmelerine adaydır. Laboratuvar Kodu: 3905 Beckwith Wiedemann 11p15 Hipometilasyon Analizi Sinonim : Exomphalos-Macroglossıa-Gıgantısm Syndrome Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Metilasyona Analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Beckwith Wiedemann sendromu, makrozomi, makroglosi, viseromegali, embriyonel tümörler, omfalosel, neonatal hipoglisemi, adrenokortikal sitomegali, renal anomalilerle karakterizedir. 11. Kromozomun p15 bölgesini içeren metilasyon farklılıkları hastaların yaklaşık yarısında tanı koydurucu olabilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3628 Bernard Soulier Sendromu Tip A (GP1BA Dizi Analizi) Sinonim: Platelet tipi kanama bozukluğu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Bernard Soulier sendromu, otozomal resesif bir bozukluk olup; platelet membran – von Willebrand factor reseptör kompleksi glycoprotein Ib (GP Ib)’de bir defekt sonucu ortaya çıkar. GP Ib, 4 alt üniteden oluşur; bunları GP1BA, GP1BB, GP9, GP5 genleri kodlar. Bernard Soulier sendromu tip A, A1 otozomal resesif klasik tip ve A2 otozomal dominant tip olmak üzere ikiye ayrılır. Dominant formu, GP1BA geninde heterozigot mutasyon, resesif formu ise etkili genlerde homozigot veya compound heterozigot mutasyon sonucu ortaya çıkar. Hastalığın tanısına ulaşmak için GP1BA analizine ek olarak, Bernard Soulier sendromu tip C ilişkili GP9 ve tip B ilişkili GP1BB analizleri de panele eklenmelidir. Laboratuvar Kodu: 5751 Bernard Soulier Sendromu Tip B (GP1BB Dizi Analizi) Sinonim: Platelet tipi kanama bozukluğu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Bernard Soulier sendromu, otozomal resesif bir bozukluk olup; platelet membran – von Willebrand factor reseptör kompleksi glycoprotein Ib (GP Ib)’de bir defekt sonucu ortaya çıkar. GP Ib, 4 alt üniteden oluşur; bunları GP1BA, GP1BB, GP9, GP5 genleri kodlar. Bernard Soulier sendromu tip A, A1 otozomal resesif klasik tip ve A2 otozomal dominant tip olmak üzere ikiye ayrılır. Dominant formu, GP1BA geninde heterozigot mutasyon, resesif formu ise etkili genlerde homozigot veya compound heterozigot mutasyon sonucu ortaya çıkar. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 48 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Hastalığın tanısına ulaşmak için GP1BB analizine ek olarak, Bernard Soulier sendromu tip C ilişkili GP9 ve tip A ilişkili GP1BA analizleri de panele eklenmelidir. Laboratuvar Kodu: 5752 Bernard Soulier Sendromu Tip C (GP9 Dizi Analizi) Sinonim: Platelet tipi kanama bozukluğu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Bernard Soulier sendromu, otozomal resesif bir bozukluk olup; platelet membran – von Willebrand factor reseptör kompleksi glycoprotein Ib (GP Ib)’de bir defekt sonucu ortaya çıkar. GP Ib, 4 alt üniteden oluşur; bunları GP1BA, GP1BB, GP9, GP5 genleri kodlar. Bernard Soulier sendromu tip A, A1 otozomal resesif klasik tip ve A2 otozomal dominant tip olmak üzere ikiye ayrılır. Dominant formu, GP1BA geninde heterozigot mutasyon, resesif formu ise etkili genlerde homozigot veya compound heterozigot mutasyon sonucu ortaya çıkar. Hastalığın tanısına ulaşmak için GP9 analizine ek olarak, Bernard Soulier sendromu tip B ilişkili GP1BB ve tip A ilişkili GP1BA analizleri de panele eklenmelidir. Laboratuvar Kodu: 5753 Beta Talasemi (Beta Globin Geni) Dizi Analizi Sinonim: Talasemi, akdeniz anemisi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Talasemi kalıtsal bir kan hastalığıdır. Ülkemizde beta talasemi taşıyıcılarının ülke çapında sıklığı %2-3'tür. Akdeniz, Ege ve Trakya bölgelerinde bu sıklık artar. Kıbrıs'ta talasemi taşıyıcılığı %15 civarındadır. Bu hastalıkda kan hücreleri içindeki hemoglobin molekülü hatalı olduğu için oksijeni dokulara taşıyamaz. Hemoglobinin yapısında bulunan beta globin yapımının az ya da bozuk olması sonucu beta talasemi gelişir ve organlarda oksijenin azalması sonucu solukluk, halsizlik, çabuk yorulma, çarpıntı, gelişme geriliği gibi şikayetler gelişir. Hemoglobin molekülünün yapısında yer alan beta globin zincirlerinin sentezinden sorumlu olan beta gen kümesi 11. kromozom üzerinde bulunmaktadır. Çok farklı mutasyonları tanımlanmıştır. Laboratuvarımızda beta talasemi tanısı için uygulanan strip test ile mutasyon saptanamazsa dizi analizi ile mutasyon tanımlanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3114 Beta Talasemi Delesyon Duplikasyon Analizi Sinonim:HBB Delesyon Duplikasyon Analizi Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numunemiktarı:5-10 ml Numune Kabı:Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi:MLPA Referans Aralığı: Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 49 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: Talasemi kalıtsal bir kan hastalığıdır. Ülkemizde beta talasemi taşıyıcılarının ülke çapında sıklığı %2-3'tür. Akdeniz, Ege ve Trakya bölgelerinde bu sıklık artar. Kıbrıs'ta talasemi taşıyıcılığı %15 civarındadır. Bu hastalıkda kan hücreleri içindeki hemoglobin molekülü hatalı olduğu için oksijeni dokulara taşıyamaz. Hemoglobinin yapısında bulunan beta globin yapımının az ya da bozuk olması sonucu beta talasemi gelişir ve organlarda oksijenin azalması sonucu solukluk, halsizlik, çabuk yorulma, çarpıntı, gelişme geriliği gibi şikayetler gelişir. Hemoglobin molekülünün yapısında yer alan beta globin zincirlerinin sentezinden sorumlu olan beta gen kümesi 11. kromozom üzerinde bulunmaktadır. Çok farklı mutasyonları tanımlanmıştır. Laboratuvarımızda beta talasemi tanısı için uygulanan dizi analizi ile mutasyon saptanamazsa MLPA yöntemi ile delesyon duplikasyon taranmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3265 Biyotinidaz Defekti (BTD Geni) Sinonim: Multiple karboksilaz defekti, BTD geni mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Biotinidaz eksikliği otozomal resesif kalıtılan, yaşamın ilk haftasında semptom verebilen ve sıklığı yaklaşık olarak 1:60.000 olan bir metabolik bozukluktur. Ancak ülkemizde görülme sıklığı 1:11000 olarak belirlenmiştir. Biotin vitamininin serbest hale geçmesinden sorumlu biotinidaz enzimindeki eksiklik nedeni ile biotinin kofaktör olarak görev yaptığı karboksilazlar aktivite gösteremezler. Enzim aktivitesi; ağır eksiklikte %10’dan daha az, kısmi eksiklikte ise %10-30 arasıdır. Karboksilazların sorumlu olduğu reaksiyonların gerisinde kalan ürünlerin birikmesi sonucu hastalarda; konvülsiyon, hipotoni, ataksi, sensoryal işitme kaybı, optik atrofi, dermatit, alopesi gibi nörolojik ve deri bulguları, tekrarlayan enfeksiyonlar gelişir. Ağır eksiklik durumları tedavi edilmediğinde nörolojik hasarlara ve hatta ölüme yol açabilir. Hastalar -özellikle erken dönemde başlanırsa- biotin tedavisine çok hızlı ve iyi yanıt vermekte ve tüm semptomlar kaybolmakta, sekeler engellenmektedir. Ancak, tedavi başlamadan önce gelişen sekellerde iyileşme olmamaktadır. Bu nedenle erken/kesin tanı çok değerlidir. Biotinidaz enziminin geni (BTD) 3. kromozomun kısa kolundadır(3p25). Bu genin çok farklı mutasyonları sonucu hastalık gelişmektedir. Ağır biotinidaz eksikliği gösteren semptomatik hastalarda yüzden fazla farklı mutasyon tanımlanmıştır. En sık görülen mutasyonlar; G98:d7i3, R538C , Q156X, Q456H ve A171T ile D444H olarak bildirilmiştir. Ülkemizden yapılan bir çalışmada da semptomatik vakalarda G98:d7i3, yenidoğan tarama grubunda da T532M sık karşılaşılan mutasyonlar olmuştur. Mutasyon spektrumu çok dağınık olduğu için Biotinidaz defektinde BTD geninin dizi analizi yapılmaktadır. Biotinidaz taraması ile öntanı alan hastalarda; kesin tanının koyulabilmesi, moleküler patolojinin belirlenmesi ailede risk altındaki çiftlerin ve bireylerin belirlenmesi ve bu sayede yenidoğan döneminde erken tanının sağlanabilmesi endikasyonları ile BTD geni mutasyon analizi yapılması önerilir. Laboratuvar Kodu: 4823 BMP4 Geni Dizi Analizi Sinonim: Sendromik Mikroftalmi TiP 6, Orofasial Kleft Tip11, Bone Morphogenetıc Proteın4 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 50 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Referans Aralığı: Kullanımı: BMP4, mezoderm uyarımı, diş gelişimi, ekstremite oluşumu, kemik gelişimi uyarımı ve kırık iyileşmesinde düzenleyici rol oynayan hayati fonksiyona sahip bir moleküldür. Bone morphogenetic protein ailesi ve transforming growth factor beta-1 (TGFB1) üst ailesi üyesidir. Bu gendeki mutasyonlar Sendromik Mikroftalmi ve Orofasial Kleft ile ilişkilendirilmiştir. Laboratuvar Kodu: 3192 Bradikinin Reseptör Polimorfizmi Sinonim: -58C/T Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Kan basıncı kantitatif niteliği olan toplumda kesintisizsiz niteliklerdendir. Birçok genin etkinliği ortaya konmuşsa da ailesel birikimi pozitif olan her olgu için belirgin bir kalıtım modeli çıkarılamamaktadır. Kan basıncını düzenlemek için birçok sistem çalışmaktadır. Fizyolojik denge bozulduğunda klinik tablo ortaya çıkmaktadır. Genetik çalışmalar genetik rolün varlığını göstermekle birlikte hipertansif hastaların en fazla %5’inde genetik neden belirlenebilmektedir. Lipid metabolizmasını bozan fakörlerin dışında da birçok genetik faktörün arteriosklerozda rolü bilinmektedir. Bradikinin reseptörü geninin (BKB2) -58. pozisyonunda sitozin yerine timin olması hipertansiyon risk faktörlerindendir. Laboratuvar Kodu: 3141 BRAF Amplifikasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: 7q34’te lokalize olan BRAF (v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1) 18 ekzonlu bir gen olup, 466aa uzunluğunda bir protein ürünü vermektedir. Somatik mutasyonları ise malign melanoma, tiroid Ca, Küçük hücre dışı akciğer kanseri gibi birçok kanser ile ilşkilendirilmiştir. Karsinogeneziste etkili mutasyonların %80’inden fazlası 15. ekzondaki T1799A (V600E) mutasyonudur. Bunun dışında genin amplifikasyonları da BRAF’ın artan ekspresyonuna neden olmaktadır. Laboratuvarımızda BRAF amplifikasyonları FISH analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4009 BRAF Geni V600E Mutasyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: - Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 51 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: 7q34’te lokalize olan BRAF (v-raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1) 18 ekzonlu bir gen olup, 466aa uzunluğunda bir protein ürünü vermektedir. Mutasyonları; kalp kusurları, mental retardasyon ve atipik yüz görünümü ile karakterize cardiofaciocutaneous sendroma yol açmaktadır. Somatik mutasyonları ise non-Hodgkin lenfoma, kolorektal kanser, malign melanoma, tiroid Ca, Küçük hücre dışı akciğer kanseri, low-grade ovarian kanser gibi birçok kanser ile ilşkilendirilmiştir. Karsinogeneziste etkili mutasyonların %80’inden fazlası 15. ekzondaki T1799A (V600E) mutasyonudur. BRAF mutasyonları tiroid dışı yayılım, tanı sırasında ileri evre, tümör rekürrensi ve lenf nodu ve uzak metastaz yapma gibi tümörün agresif olma özellikleri ile ilişkilidir. Erken evrelerdeki hastalarda BRAF mutasyon varlığı tümör rekürrensinin bağımsız bir belirteci olabilmektedir. Tiroid tümörlerinde V600E BRAF mutasyonu PTK ve PTK'dan köken alan kötü diferansiye veya anaplastik kanserlere özgü olup doku örneklerinde bu mutasyonun varlığı PTK için tanı koydurucudur. BRAF mutasyonları tedavinde bir hedef olarak öne çıkmaktadır. Kanser tedavisinde kullanılan MEK inhibitörleri BRAF’ın artan ekspresyonunu hedeflemektedir. MEK inhibitörlerine başlamadan önce BRAF V600E mutasyonuna bakılması önerilmektedir.Laboratuvarımızda BRAF V600E mutasyonu dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 2464 BRCA 1-2 Gen Mutasyonu Sinonim: BRCA1 tüm gen analizi, BRCA2 tüm gen analizi, Meme Kanseri Yatkınlık Testi, Ailesel Meme Kanseri Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 ay sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Genel popülasyon riski %10-12 olan meme kanserinde genel risk faktörleri:cinsiyet, yaş, menarş ve menopoz yaşı, nulliparite, meme biyopsisinde atipik hiperplazi, obesite, hormon replasmanı, oral kontraseptif kullanımı olarak bildirilmektedir. Bunun yanı sıra yüksek penetranslı ve düşük penetranslı genler, modifiye edici genler ile epigenetik etkenler meme kanserinde önem taşımaktadır. Meme kanseri olgularının %10’unun ailesel olduğu ve %3.5-6 olguda BRCA1 ve %2-3.5 olguda BRCA2 geni mutasyonlarının saptandığı bilinmektedir. Bu majör etkili kanser yatkınlık geni taşıyıcılığı önemli risk faktörleri arasında olup ailesel meme kanseri olgularının izleminde önemli yer tutmaktadır. Aile öyküsü pozitif olan olgularda görece ve efektif riskleri belirleyerek, BRCA1 ve BRCA2 mutasyonlarını taşıma olasılığını kestirmek, kanser oluşumuna genetik yatkınlık olup olmadığını belirlemek, bireyin kendisi için en uygun kararı vermebilmesine ve yaşam süresini ve/veya kalitesini maksimize edecek klinik uygulama karar sürecine katkıda bulunmayı sağlamaktadır. BRCA1 ve BRCA2 için tüm gen DNA dizi analizi çift yönlü olarak yapılmaktadır. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 52 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Ailesel meme kanserinde danışmanlık ve test uygulaması akışı Pozitif aile öykülü sağlıklı birey Riskli birey Kriterlere uygunluğun belirlenmesi Klinik Genetik Danışmanlık Örnek toplama Aydınlatılmış onam alımı Sonuç (+) Laboratuvar Hasta birey Klinik veri eldesi ve risk belirleme Önlem stratejilerinin belirlenmesi Sonucun hastaya açıklanması Sonuç informatif Rapor hazırlanması Genetik test Sonuç (-) Sonuç noninformatif Laboratuvar Kodu: 3209 BRCA1 Delesyon Duplikasyon Analizi Sinonim: BRCA1, Meme Kanseri Yatkınlık Testi, Ailesel Meme Kanseri Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Genel popülasyon riski %10-12 olan meme kanserinde genel risk faktörleri:cinsiyet, yaş, menarş ve menopoz yaşı, nulliparite, meme biyopsisinde atipik hiperplazi, obesite, hormon replasmanı, oral kontraseptif kullanımı olarak bildirilmektedir. Bunun yanı sıra yüksek penetranslı ve düşük penetranslı genler, modifiye edici genler ile epigenetik etkenler meme kanserinde önem taşımaktadır. Meme kanseri olgularının %10’unun ailesel olduğu ve %3.5-6 olguda BRCA1 ve %2-3.5 olguda BRCA2 geni mutasyonlarının saptandığı bilinmektedir. Bu majör etkili kanser yatkınlık geni taşıyıcılığı önemli risk faktörleri arasında olup ailesel meme kanseri olgularının izleminde önemli yer tutmaktadır. Aile öyküsü pozitif olan olgularda görece ve efektif riskleri belirleyerek, BRCA1 ve BRCA2 mutasyonlarını taşıma olasılığını kestirmek, kanser oluşumuna genetik yatkınlık olup olmadığını belirlemek, bireyin kendisi için en uygun kararı verebilmesine ve yaşam süresini ve/veya kalitesini maksimize edecek klinik uygulama karar sürecine katkıda bulunmayı sağlamaktadır. BRCA1/BRCA2 genlerinin tüm kodlayan bölgelerinin dizi analizi sonucu mutasyon saptanamayan bireylerde BRCA1/BRCA2 genlerinin delesyon Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 53 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI duplikasyon analizi önerilmektedir. Laboratuvarımızda BRCA1 delesyon/duplikasyon analizi MLPA yöntemi ile gerçekleştirilmektedir. Laboratuvar Kodu: 4687 BRCA2 Delesyon Duplikasyon Analizi Sinonim: BRCA2, Meme Kanseri Yatkınlık Testi, Ailesel Meme Kanseri Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Genel popülasyon riski %10-12 olan meme kanserinde genel risk faktörleri:cinsiyet, yaş, menarş ve menopoz yaşı, nulliparite, meme biyopsisinde atipik hiperplazi, obesite, hormon replasmanı, oral kontraseptif kullanımı olarak bildirilmektedir. Bunun yanı sıra yüksek penetranslı ve düşük penetranslı genler, modifiye edici genler ile epigenetik etkenler meme kanserinde önem taşımaktadır. Meme kanseri olgularının %10’unun ailesel olduğu ve %3.5-6 olguda BRCA1 ve %2-3.5 olguda BRCA2 geni mutasyonlarının saptandığı bilinmektedir. Bu majör etkili kanser yatkınlık geni taşıyıcılığı önemli risk faktörleri arasında olup ailesel meme kanseri olgularının izleminde önemli yer tutmaktadır. Aile öyküsü pozitif olan olgularda görece ve efektif riskleri belirleyerek, BRCA1 ve BRCA2 mutasyonlarını taşıma olasılığını kestirmek, kanser oluşumuna genetik yatkınlık olup olmadığını belirlemek, bireyin kendisi için en uygun kararı verebilmesine ve yaşam süresini ve/veya kalitesini maksimize edecek klinik uygulama karar sürecine katkıda bulunmayı sağlamaktadır. BRCA1/BRCA2 genlerinin tüm kodlayan bölgelerinin dizi analizi sonucu mutasyon saptanamayan bireylerde BRCA1/BRCA2 genlerinin delesyon duplikasyon analizi önerilmektedir. Laboratuvarımızda BRCA2 delesyon/duplikasyon analizi MLPA yöntemi ile gerçekleştirilmektedir. Laboratuvar Kodu: 4688 Brugado Sendromu Sinonim: SCN5A mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Brugada senromunun temel özelliği ritm bozuklukları, çarpıntı, bayılma ve bunun ötesinde ani ölüm ile kendisini göstermektedir. Ani ölüm nedeni ventriküler fibrilasyon denilen ve kalbin olağan ritmik düzeninin bozulduğu ve kalp kasılmasının olanaksız olduğu kaotik ve ölümcül bir ritm bozukluğudur. Brugada sendromunu için tanı koydurucu tetkik kalp elektrokardiyogramıdır (EKG). Brugada Sendromu genetik geçiş gösteren bir hastalıktır. Genetik geçiş özelliği otozomal dominant şekildedir. Temel olarak anomali gösteren gen SCN5A olup bu genin protein ürünü miyokard üzerinde bulunan sodyum kanalının alfa subunitesinin düzenlenmesinden sorumludur. Toplumlarda görülme sıklığı değişkendir. Tanıda SCN5A geninin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4322 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 54 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Cadasil Hastalığı Gen Analizi (Ekzon 3, 4, 5, 6) Sinonim: NOTCH3 Gen Dizi Analizi Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: CADASIL (cerebral autosomal dominant arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy) hastalığı, auralı migren, orta erişkin yaşlarda (30-60 y) serebrovaskuler hastalık başlangıcı, mood bozuklukları, apati, kognitif bozukluklar, beyaz madde lezyonları ve subkortikal infarktlarla karakterizedir. Merkezimizde Cadasil hastalığına sebep olan NOTCH3 geni mutasyonlarının sıkça görüldüğü 3, 4, 5, 6. Ekzonların taraması yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3607 CALR EKZON 9 Mutasyonları Sinonim: Calreticulin, Primer Myelofibrozis, Esansiyel Trombositopeni, Philadelphia Negatif Myeloproliferatif Hastalıklar Çalışma Zamanı: Hergun Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: CALR geni ekzon 9’da somatik oluşan delesyon/insersiyon mutasyonları myeloproliferatif hastalıkların (MPD) tanısında önem taşımaktadır. Esansiyel Trombositopeni (ET) ile Primer Myelofibrozis (PMF) hastalarında %7-10 ve atipik KML olgularında %3 oranında mutasyonları görülmektedir. Bu nedenle BCR/ABL, JAK2 veya MPL mutasyonu saptanmayan myeloproliferatif hastalıklarda CALR ekzon 9 mutasyonlarının varlığının araştırılması önerilmektedir. Ayrıca, MPD’de prognozun belirlenmesinde de rool oynamaktadır. PMF olgularında, triple negatif (JAK2, PML, CALR mutasyonlarının olmaması) sonuç alınması kötü prognostik belirteç olarak değerlendirilirken, CALR mutasyonu varlığının prognozu iyi etkilediği bilinmektedir. Laboratuvarımızda BCR/ABL, JAK2 veya MPL mutasyonu saptanmayan myeloproliferatif hastalıklarda yapılması önerilen test, dizi analizi ile yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3881 Canavan Hastalığı Genetik Analizi ( ASPA Geni) Sinonim: Aspartoacylase Defekti, ASPA geni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Neonatal Canavan hastalığı, makrosefali, baş kontrolünün olmaması, özellikle 3 aylıktan itibaren gelişim geriliği ile karakterizedir.Yaş ilerledikçe hipotoni gelişir ve ilerler, oturma, yürüme ve ek olarak konuşma gelişimi de geri kalır. Zamanla hipotoni yerini spastisiteye bırakırJuvenil Canavan hastalığı ise daha hafif seyirlidir, baş çevresi normal, gelişme geriliği fark edilmeyecek kadar silik olabilir. Tanıda idrarda N-acetylaspartic acid (NAA) yüksekliği özellikle Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 55 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI infantil formda dikkat çeker. ASPA geninin moleküler analizi, kesin tanıda önem arz eder ve özellikle hafif seyirli juvenil formda ayırt edicidir. Laboratuvar Kodu: 3193 CCND1 (11Q13) Yeniden Düzenlenmeleri Sinonim: CCND1 (11Q13) Yeniden Düzenlenmeleri – FISH Yöntemi, B-cell leukemia/lymphoma 1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: 4,5kb’lık ana transkripte sahip, 5 egzonlu bir gendir. Siklin D1’i kodlamaktadır. Lenfositlerde durağan koşullarda ifade bulmaz, hücre siklusu bağımlı ekspresyon söz konusudur. G1’de en fazla, S fazında en az ifade bulur. Hücre siklusu kontrolunde görev alır. Non-Hodgkin lenfomaların yanısıra, BRAF ve NRAS mutasyonu saptanmayan malign melanomalarda CCND1 amplifikasyonu %35-50 sıklığında gözlenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4635 CDKL5 Geni Dizi Analizi Sinonim: X-linked İnfantil Spazm Sendromu 2, ISSX2, Erken İnfantil epileptik ensefalopati 2, EIEE2, Rett, Angelman Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 8 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Xp22.13’te lokalize olan CDKL5 geninin urunu normal beyin gelişimi için gerekli bir duzenleyici proteindir. Bu genin mutasyonları X-linked Infantil Spazm Sendromu 2 (ISSX2) ve Erken Infantil epileptik ensefalopati 2 (EIEE2) tablolarına neden olmaktadır. Bunun yanı sıra, infant donemi başlangıçlı ve dirençli nobetlerle karakterize ve MECP2 gen mutasyonunun olmadıgı atipik Rett Sendromunda gozlenmektedir. CDKL5 mutasyonları Angelman Sendromu, epilepsi gostermeyen otizm ve ılımlı epilepsi fenotipleri ile de ilişkilendirilmiştir. Olgularda başlıca bulgular otizm, mental retardasyon ve erken başlangıçlı dirençli nobetlerdir. Tabloda Infantil spazmın olması mutasyon oranını yukseltir. Laboratuarımızda CDKL5 geninin tüm kodlayan bölgelerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4820 CEBPA Gen Mutasyonu Sinonim: CCAAT/ENHANCER-BINDING PROTEIN, ALPHA; CEBPA Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real time PCR (melting point) Referans Aralığı: - Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 56 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: AML tanısı ile başvuran hastada C-KIT, FLT3-ITD, NPM mutasyonları ile birlikte CEBPA mutasyonlarına da bakılması önerilmektedir. Bir grup hastada prognozu belirlemede önemlidir ve terapötik yaklaşıma yol gösterebilir. Sitogenetik ve FLT3 sonuçları normal olan olgularda NPM1 veya CEBPA mutasyonu varlığı iyi prognostik belirteç olarak değerlendirilir. Dominant negatif mutasyonları AML M1 ve M2 subtiplerinde gözlenmektedir. Laboratuvar Kodu: 3499 Charcot Marie Tooth 1A (PMP22) Sinonim: PMP22 Duplikasyonu, CMT1, 17P11.2 duplikasyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Charcot Marie Tooth(CMT); sinir hücresi üzerindeki kılıfın (myelin) bozulması (dejenerasyonu) sonucu gelişen kalıtsal bir hastalıktır. Doğuştan normal yapıda olan kaslar, beyinden alınan uyarıların bozulan sinirler boyunca iletilememesi nedeni ile zamanla erir (kas atrofisi). Buna bağlı olarak, hastalığın ileri evresinde kuvvet ve hareket kaybı gelişir. İşitme, görme, konuşma, yutma ve solunum da etkilenir. Otozomal dominant kalıtılır, yani CMT’li hastaların kendileri gibi bir çocuğa sahip olma riski %50'dir. Hastalığa 17p11.2’de yer alan PNP22 geninin bir doz artışı (duplikasyonu) yol açar. CMT bulguları gösteren hastalarda duplikasyon saptanır. Laboratuvar Kodu: 6110 CHN1 Gen Analizi Sinonim: N-CHIMERIN; CHN, CHIMERIN, ALPHA-1, GTPase-ACTIVATING PROTEIN, RHO, 2; ARHGAP2, RHO GTPase-ACTIVATING PROTEIN 2; RHOGAP2, CHIMERIN 1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 2q31.1de lokalize olup, mutasyonları Duane retraction syndrome 2 (DURS 2, OMIM: 604356) ile ilişkilidir. Duane retraction sendromu; konjenital bir hastalıktır ve göz hareketlerinde kısıtlılıkla seyreder. DURS 2, Duane sendromları arasına yaklaşık %10’luk bir kısmı ihtiva eder. Unilateral veya bilateral tutulum mümkündür. Hafif derecede abduksiyon kısıtlılığına ek olarak belirgin adduksiyon kaybı söz konusudur. Merkezimizde CHN1 gen analizi uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3495 CIAS1 Geni Mutasyonları Sinonim: NALP3 mutasyonları, PYPAF1 mutasyonları, FCAS, Muckle-Wells sendromu, CINCA sendromu, NOMID sendromu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 7-14 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 57 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 1q44’de bulunan CIAS1 (=NALP3=PYPAF1) geni pirin benzeri bir proteini kodlar. NALP3 inflamazom kompleksi üyesidir. Bu kompleks, NF-kappaB sinyalini aktive ederek inflamasyon, immün yanıt ve apoptozis kontrolünde rol oynar. Bu genin mutasyonları ailesel soğuk otoinflamatuar sendrom (FCAS), Muckle-Wells sendromu (MWS), kronik infantil nörolojik, cilt ve eklem (CINCA) sendromu ve neonatal-başlangıçlı multi-sistem inflamatuar hastalığa (NOMID) yol açmaktadır. laboratuarımızda, genin tüm kodlayan bölgeleri dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 1849 Cilt Biyopsisinde Fibroblast Kültürü Sinonim: Cilt biyopsisinde konvansiyonel hücre-doku kültürü, Fibroblast eldesi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-4 hafta sonra Numune Türü: Cilt biyopsi materyali Numune Miktarı: En az 3 mm’lik punch biyopsi materyali Numune Kabı: Transport medium içinde Çalışma Yöntemi: sitogenetik, doku kültürü Kullanımı: Cilt biyopsi materyalinden fibroblast kültürü, (epi)dermal katmanları içeren biyopsi materyalinden standart metodlarla doku kültürü çalışmasının yürütülmesi ve yeterli hücre populasyonu elde edildikten sonra harvest edilmesi işlemidir. İşlem en az 3 mm’lik punch biyopsi materyalinden uygulanabilmektedir. Biyopsi işleminin uygun yöntemle, steril koşullarda yapılmış olması, yeterli ve sağlıklı doku gönderilmesi işlemin başarılı olması için gereklidir. Gönderilen cilt biyopsi materyalinin kültürü sonrası invitro kolonizasyon gerçekleşmekte ve harvest işlemine alınmaktadır. Bu işlemin kalite kontrol prosedürü, morfolojik analiz ile fibroblast populasyonunun hakimiyetini teyit etmek şeklindedir. Nitekim, fibroblast hücrelerinin keratinositler gibi diğer hücre tiplerine kıyasla proliferasyon potansiyellerinin yüksek olması, harvest materyalinde en az %98’lik bir hakim populasyon oluşturmasını sağlamaktadır. Harvest sonrası elde edilen hücre populasyonu, zamanında ve uygun ortamda teslim edilir ve teslim – gönderim formu hazırlanır. Bu aşamadan sonra, uygulanacak işleme ve bu kültürün istenme amacına uygun olarak izlenecek algoritma ve yapilacak kalite kontrol, kontaminasyon, pirojenite vb analizleri veya DNA eldesi, kromozom analizi vb çalışmaların yapılması ve gerekleri refere eden kliniğin ve klinisyenin sorumluluğundadır. Kültür numunesi klisyene veya refere eden merkeze teslim edilir; doğrudan hastanın kendisine verilmez. Çalışma, Amerikan Gıda ve İlaç Dairesi (FDA) Biyolojik Analiz ve Araştırmalar Merkezi [Center for Biologics Evaluation and Research (CBER)] Hücre, Doku ve Gen Tedavileri Değerlendirme Komitesi (Cellular, Tissue and Gene Therapies Advisory Committee) 9 Aralık 2009 tarihinde yayınlanan tavsiye kriterlerlerine uygun olarak yürütülmektedir. Biyopsi işleminin kendisine, dokunun özelliklerine ve laboratuvar kaynaklı teknik kısıtlamalara bağlı olarak işlemin tekrarı ve yeni doku gönderilmesi istenebilir. Prosedür ile ilgili bilgi için Mecidiyeköy Şubemizden Serdar Kasakyan, PhD ile (0212 272 48 00) irtibata geçilebilir. Ekler: 1. Cilt Fibroblast Kültürü Refere Eden Hekim - Klinik İçin İstem Ve Bilgilendirilmiş Onam Formu (Refere eden hekim, klinik tarafından doldurulup, imzalanır) 2. Cilt Biyopsi Materyalinden Fibroblast Kültürü Sonrası Teslim Formu (Laboratuvar tarafından doldurulup, teslimde kullanılacaktır) Laboratuvar Kodu: 3823 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 58 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Cilt Biyopsi Materyalinden Kromozom Analizi Sinonim: Cilt biyopsisinde Kromozom Analizi, Karyotip analizi (cilt biyopsi materyali),Konvansiyonel sitogenetik (cilt biyopsi materyali), Sitogentik inceleme (cilt biyopsi materyali) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3-4 hafta sonra Numune Türü: Cilt biyopsi materyali Numune Miktarı: Numune Kabı: Transport medium içinde Çalışma Yöntemi: sitogenetik, doku kültürü Referans Aralığı: Kullanımı: Laboratuvar Kodu: 3206 CKİT Mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Bir tirozin kinaz reseptörünü kodlayan CKIT geni özellikle mast hücrelerinde ve hematopoetik kök hücrelerde sentezlenmektedir. Mastositoz ve diğer bazı miyeloid kanserlerde somatik A2468T ve T1700G mutasyonları gözlenmektedir. Bunun yanında GIS kanserlerinin yaklaşık %60-80 inde de KIT mutasyonları saptanmaktadır. CKIT genetik testi Imatinib tedavisine yanıtın öngörülmesi ve tedaviden yararlanabilecek hastaların belirlenmesi için yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2324 Coffin Lowry Sendromu (RSK2 Geni) Sinonim: RIBOSOMAL PROTEIN S6 KINASE, 90-KD, 3; RPS6KA3, MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1B; MAPKAPK1B, RSK2 Geni 2-22. Egzon Dizi Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Coffin Lowry sendromu, X kromozomu üzerinde bulunan RPS6KA3 genindeki mutasyonlar sonucu ortaya çıkan bir X kromozomal hastalıktır. Erkeklerde gelişme geriliği ve kraniofasial bulgular ön planda olmak üzere kendini belli ederken; taşıyıcı kızlarda da hafif bir klinik tablo bulunabilir. RSK2 geni, henüz hastalıkla ilişkilendirilmiş tek gen olup; dizi analizi yöntemi ile muhtemelen bu gendeki hastalıkla ilişkili mutasyonların %95’i taranabilmektedir Genin 5’ ucundaki yapılanma nedeniyle 1. exonun amplifikasyona dirençli olup; HGMD veritabanında hastalıkla ilişkili 1. Egzona ait veri yoktur . Laboratuvarımızda 2-22. Egzonlar dizi analizi yöntemi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4099 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 59 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI CONNEXIN26 Mutasyonları Sinonim: Konjenital sağırlık, GJB2 mutasyonları, CX26 mutasyonları, DFNB1 mutasyonları, DFNA3A mutasyonları, DFNB1A mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Yenidoğanda ağır işitme kaybı sıklığı 1/1000 olarak verilmektedir.Genetik sağırlıkların %90’ı nonsendromik olup, otozomal resesif (%75), otozomal dominant (%20-25) ve X’e bağlı (%2) olarak kalıtılabilir. Bugüne kadar 70’in üzerinde konjenital sağırlık geni tanımlanmış olmakla birlikte, 13q11-q12’de lokalize olan GJB2 geni mutasyonlarının, otozomal resesif kalıtılan nonsendromik sağırlık olgularının %50’sinden sorumlu olduğu bilinmektedir. Bu mutasyonların 2/3’ü 35. Pozisyondaki G nükleotidi delesyonudur (35delG). Laboratuarımızda GJB2 geninin tek kodlayan ekzonu olan 2. ekzonunun dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3181 Cri Du Chat Sendromu (FISH) Sinonim: Cat Cry Sendromu (FISH), Del 5p15.2 (FISH), 5p15.2 delesyonu (FISH) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Yenidoğan döneminde kedi miyavlamasına benzer ağlama sesi, düşük doğum ağırlığı ve gelişme geriliği, küçük kafa (mikrosefali), yuvarlak yüz, kas tonusunun zayıf olması (hipotoni) , küçük çene yapısı, yüksek ve dar damak, kulaklarda şekil bozukluğu ve zihinsel gerilik bu sendromun başlıca belirtileridir. Emme / yutma zorluğu, kabızlık, sık solunum yolu enfeksiyonu ve uyku bozuklukları sık karşılaşılan problemlerdendir. Kromozomal bir hastalıktır ve 5.kromozomun kısa kolunda 15.2 bölgesinin kaybı ile gelişir. Cri du Chat hastalığı ile uyumlu bulguları olan hastalarda ilgili bölgenin delesyonu FISH ile saptanır. Laboratuvar Kodu: 5797 CSF3R Mutasyonları Sinonim: Granülositik koloni stimüle edici faktör reseptörü, koloni stimüle edici faktör 3 reseptörü, CSF3R T618I, CSF3R T640I, CSF3R T640N Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: G-CSF reseptörünü kodlayan CSF3R geninin protein ürünü myelositer serinin proliferasyonu ve granülositer seri farklılaşmasında rol oynar. Mutasyonlarının ağır konjenital nötropenide (SCN) rol oynadığı daha önceden bilinmektedir. Ancak, son çalışmalar kronik nötrofilik lösemi (KNL) ve Ph kromozomu negatif olan kronik myelositer lösemide (atipik KML, Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 60 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI aKML) %50-60 sıklığında CSF3R mutasyonlarının gözlendiğini ortaya koymuştur. Hem aKML hem de KNL, bunun dışında belirgin biyolojik belirteçleri olmayan myeloid seri hastalıkları olarak bilinmektedir. En yaygın gözlenen mutasyonları ekzon 14’deki p.T618I ve ekzon 15’deki p.T640I, p.T640N’dir. Bu mutasyonların saptanması yalnızca ayırıcı tanı için değil, aynı zamanda tedavinin belirlenmesi için de önem taşımaktadır. Çünkü CSF3R T618I, CSF3R T640I ve CSF3R T640N saptanan olgularda JAK inhibitörlerine (ör. ruxolitinib) duyarlılık olduğu bildirilmiştir. Laboratuvarımızda, periferik kandan elde edilen DNA örneklerinde CSF3R geninin 14 ve 15. ekzonlarının dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2985 CYP2D6 Mutasyon Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real time PCR (melting point) Referans Aralığı: Kullanımı: Fluoksetin metabolizmasında önemli rolü olan bir enzimdir. Enzimin düşük aktiviteli izozimlerinin oluşmasına neden olan genetik defekt taşıyanlar yavaş metabolize edicidirler. P4502D6 ile metabolize edilen ikinci bir ilaç verilenlerde de enzim inhibe olur ve normal oldukları halde yavaş metabolize edici gibi davranırlar. Yavaş metabolize edici bireylere Fluoksetin ile birlikte P4502D6 ile metabolize edilen ve terapötik aralığı dar olan bir ilaç alacakları zaman, doz aralığının en düşük dozundan başlanması önerilmektedir. Olanzapin, Tolterodin, Terbinafin, Klozapin, Metoprolol, Propranolol, Carvedilol, Propafenon ve Tioridazin de P4502D6 ile metabolize edilirler. Laboratuvar Kodu: 2219 CYP21A2 Delesyon Duplikasyon Analizi Sinonim: CAH, KAH, 21-hidroksilaz geni delesyon duplikasyonları, 21-hidroksilaz defekti, 21OHlaz geni delesyon duplikasyonları, 21-OHlaz defekti, delesyon duplikasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Konjenital adrenal hiperplazi, adrenal bezinde kortizol sentezi için gerekli olan 5 enzimden birinde defekt sonucu ortaya çıkmaktadır. KAH otozomal resesif kalıtılır ve kuşkulu genitalya’nın nedenlerinden birisini oluşturmaktadır. En sık görülen enzim defekti (%90) 21hidroksilaz defektidir. Klasik ve Klasik olmayan (=non-classical) olarak iki gruba ayrılır ve klasik formun iki tipi vardır: Tuz kaybettiren formu (%75) ve virilizan formu (%25). Klasik 21-OHD’nin farklı populasyonlardaki insidansı her 15,000 canlı doğumda 1 olarak bildirilmiştir. Klasik olmayan formun insidansı daha yüksektir ve populasyonlar arasında farklılık gösterir. New York’ta %1 iken, bazı etnik gruplarda örneğin Aşkenazilerde 1/27’ye ulaşmaktadır. 21- OHD’in klasik formunda fonksiyon kaybı çok ağırdır. Vakaların 2/3-3/4 ‘ünde adrenal aldosteron, sodyum emilimi için yeterli değildir ve bu hastalar tuz kaybından, kortizol defektinden ve androjen artışından etkilenirler. Yenidoğan bebeklerde beslenme güçlüğü, kilo kaybı, gelişme geriliği, kusma, dehidratasyon, hipotansiyon, hiponatremi ve hiperkalemi adrenal krize (azotemi, vaskular kollaps, şok ve ölüm) neden olur. Adrenal kriz, yaşamın ilk 4 haftasında ortaya çıkar ve erkek çocuklar bunun için daha risklidirler. Çünkü yenidoğan tarama programlarında dış genital yapıları normal olduğundan gözden kaçabilir ama kız çocuklarda kuşkulu dış genital yapı Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 61 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI nedeniyle daha erken tanı konulabilir. Bu formda dış genital belirsizliğin şiddeti enzim defekti ile ilgili değildir. İç genital yapı normaldir. Tedavi olmayanlarda, aşırı androjen maruziyeti nedeniyle penis veya klitoral büyüklük, erken puberte ve akne ortaya çıkabilir. Çocukluk döneminde daha hızlı büyüme epifizlerin erken kapanmasına neden olur ve sonucta boy kısalığı ortaya çıkar. Klinik bulguların saptandığı kişilerde, steroid öncüllerin serum konsantrasyonu ölçümleri genellikle tanı koydurucudur. Moleküler genetik çalışmaları da tanı amaçlı kullanılmaktadır. 21-OHD’de serumda 17-OHP düzeyine bakılabilir. Normalde 100 ng/dl’nin altında olan 17-OHP düzeyi için 800 ng/dl üzerindeki değerler tanı koydurucudur. 17-OHP düzeyi klasik formda 20,000 ng/dl ve non klasikte 2,000-15,000 ng/dl arasında değişir. 21 hidroksilaz, mikrozomal sitokrom P450 enzimidir. Enzimi kodlayan CYP21A2 geni 6. kromozomun kısa kolunda (6p21.3) HLA kompleksinin hemen yanındadır. Laboratuvarımızda, moleküler çalışmalarda hasta ve taşıyıcı bireylerin %90-95’inde görülen sık mutasyonların saptanmadığı bireylere CYP21A2 geni delesyon duplikasyon analizi önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 4832 CYP27A1 Geni Dizi Analizi Sinonim: Cerebral Cholesterinosis, CTX Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 28 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Lipid depo hastalıklarından olan Cerebrotendinous xanthomatosis (CTX) çok ender görülür. Çoklu organ tutulumu gösteren hastalığın klinik bulguları; ilerleyen serebellar ataksi, katarakt, demans ve tendonlarda çoklu ksantomlardır. İnfantil dönemde başlayan kronik ishal en erken bulgu olarak gözlenebilir. Otozomal resesif aktarılan CTX gelişimine, mitokondriyal sterol 27-hidroksilaz (CYP27) enziminin defekti yol açar. Bu enzimi kodlayan CYP27A1 geni 2 numaralı kromozomun uzun kolunda yer alır. Günümüze kadar bu genin CTX’e yol açan yüze yakın mutasyonu (missense/nonsense, splicing, küçük ve büyük insersiyon/duplikasyonlar) tanımlanmıştır. Kronik diyare ve juvenil katarakt bulgusu olan çocuklara CYP27A1 geni incelemesinin yapılması önerilmektedir. Laboratuvarımızda CYP27A1 geni kodlayan bölgeleri ve 10bp’lik intron/ekzon birleşim bölgeleri dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4026 Çölyak Genetik Paneli Sinonim: HLA DR, DQ Tipleme, Çölyak Hastalığı Yatkınlık Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR- Reverse Hibridizasyon, Dot Blot Referans Aralığı: Kullanımı: HLA-DQA1 Çölyak ilişkili HLA heterodimerlerinin alfa zincirini; HLA-DQB1 ise beta zincirini kodlar. Hastalık aşağıdaki durumların varlığında ortaya çıkmaktadır: - MHC class II antijenleri - DQ2 heterodimer varlığı (spesifik HLA-DQA1*05 ve HLA-DQB1*02 allellerinin varlığında oluşur) - DQ8 heterodimer (spesifik HLA-DQA1*03 ve HLA-DQB1*0302 allellerinin varlığında oluşur) - Glutenli diet Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 62 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI - Bilinmeyen ek faktörlerin varlığından da söz edilmektedir. HLA DRB1*04 allelinin varlığının da hastalığa yatkınlıkla ilişkili olduğu söylenmektedir. DQ2 heterodimer varlığı Çölyak hastalığına sahip bireylerin %90inda, genel popülasyonda ise %20-30 oranında görülmektedir. Bu durumda bu heterodimere ve/veya ek olarak DQ8 heterodimerine sahip bireylerin yalnızca %2-3' ünde hastalık tablosu gelişmektedir. Hastalıkla ilişkili allellerin tamamının yokluğunda tanı dışlanması sağlanabilir Ek olarak allellerin kısmi varlığında dahi ilgili haplotiplerin yokluğunda ömür boyu Çölyak hastalığı gelişme riski %1’ in altına düşmekte olduğu kabul edilmektedir. Bu inceleme, tabloda belirtilen allellerin ve ilişkili haplotiplerin varlığını belirli duyarlılık ve özgüllükte test etmekte olup, tabloda belirtilmeyen allellerin ve diğer risk belirteçleri hakkında bilgi verici değildir. Yalancı negatif/pozitif sonuç olasılığı mevcuttur, sonucun mutlaka hastanın klinik bulguları ile birlikte değerlendirilmesi önerilir. Genetik danışma verilmelidir. Laboratuvar Kodu: 2574 DDIT3 Yeniden Düzenlenmeleri Sinonim: Miksoid liposarkoma, Ewing sarkoma, t(12;16)(q13;p11.2), t(12;22)(q13;q12) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: Tümor dokusu Numune Miktarı: 2 adet poli-lizin kaplanmış (pozitif) lam üzerine 4 adet 5µm’lik kesit Numune Kabı: Parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Nadir görülen sarkomların tanısı, sınıflandırılması ve patogenezinin anlaşılmasında moleküler genetik testler giderek önem kazanmıştır. Moleküler yöntemler doğru tanı verilmesi ve tümör sınıflandırmasının netleştirilmesinde ve kişiye özgü tedavi modalitelerinin oluşturulmasında yaygın olarak kullanılmaktadır. Sarkomların %25-30’unda çeşitli translokasyonlar görülür. Bu translokasyonlar, sinovyal sarkom, Ewing sarkomu, alveoler rabdomiyosarkom gibi sarkomların oluşumunda ilk ve tek genetik değişiklik şeklinde görülür ve metastaz, dediferansiyasyon gibi evrelerde bu değişim kaybolmaz. Bir transkripsiyon faktörünü kodlayan ve 12q13’de yer alan DDIT3 geninin FUS geni ile füzyonuna yol açan t(12;16)(q13;p11.2) değişimi miksoid liposarkoma ve EWSR1 geni ile füzyonuna yol açan t(12;22)(q13;q12) değişimi Ewing sarkoma için önemli prognostik belirteç olarak bilinmektedir. Bu değişimler laboratuvarımızda FISH yöntemi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4487 DEB Testi Sinonim: Fankoni anemisi, DEB testi, Diepoksi-bütadiene testi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: sitogenetik, 72 saatlik hücre kültürü DEB ile uyarılmış Referans Aralığı: Kullanımı: Fankoni anemisi (Fankoni aplastik anemisi) şüphesi olan hastalarda yapılır. Fankoni; gelişme geriliği, başparmak anomalileri, sık enfeksiyon vegenellikle ağır seyirli anemi ile seyreden bir hastalıktır. DEB uyarısıyla kromozomlardaki kırık sayısının %100’ün üstünde çıkması tanı koydurucudur. Ancak %100 altında olması tanıyı reddettirmez. Laboratuvar Kodu: 5815 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 63 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI DiGeorge Sendromu (FISH) Sinonim: 22q sendromu, 22q11.2 sendromu, 22q11.2 delesyonu, del 22q11.2, DGS Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Di George sendromunun bulguları paratiroid ve timus gelişim bozuklukları, kalp anomalileri ve tipik yüz görünümüdür. Kalp defekti ve yenidoğan tetanisi gibi bulguların varlığında Di George sendromunundan şüphelenmek gerekir. %90 hastada, olayın nedeni 22. kromozomun q11.2 bandının delesyonu(=kaybı) dur. Di George sendromu bulguları gösteren hastalarda bu bölge FISH ile incelenir. Laboratuvar Kodu: 5788 DMD/BMD Bağlantı Analizi Sinonim: Duchenne Musküler Distrofi (DMD) bağlantı analizi, Becker Musküler Distrofi (BMD) bağlantı analizi, Musküler Distrofi Duchenne (DMD) bağlantı analizi, Musküler Distrofi Becker (BMD) bağlantı analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan aileden (hangi aile üyelerinden olacağını öğrenmek için lütfen iletişim kurunuz) Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Linkage analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Duchenne Musküler Distrofisi (DMD) 1/3500 sıklıkta gözlenen ilerleyici kas hastalığıdır. X’e bağlı kalıtılır, hastalık esas olarak erkeklerde ağır seyirlidir. Kızlarda farklı düzeylerde bulgu verebilir. Genellikle 2 yaş sonrası motor gelişmede gecikme başlar. Doktora başvurma genellikle merdiven çıkma, koşma ya da oturduğu yerden ayağa kalkmada güçlük nedeni ile olur. 2-2.5 yaş civarında normal yürüyebilir hale gelir. Postür bozuklukları, özellikle lumbal lordozda artma gözlenir. Parmak uçlarına basarak, paytak paytak yürüme sık bir bulgudur. Aşil tendonu sertleşmesi sonucu ayağn bilektenyukarıya doğru kaldırılması (= dorsifleksiyon) zorlaşır. Derin tendon refleksleri azalır. Hastalık ayak-bacak (=alt ekstremiteler) kaslarında başlar, daha sonra el-kol (=üst ekstremiteler) kaslarına ilerler. Hastalar 12-14 yaşlarına gelmeden tekerlekli sandalyeye bağımlı yaşamaya başlarlar. Hastalık kali de tuabilir. Kalp tutulumu, genellikle 5-6 yaşlarında kendini belli eder. Hastaların %10'unda hayatı tehdit edecek ciddiyette kalp atışlarında ritm bozuklukları ve kap yetmezliği meydana gelebilir. Hastalarda hafif derecede mental retardasyon, davranış bozuklukları ya da otistik davranışlar görülebilir. Kanda, kreatin fosfokinaz 100-700 kat, aldolaz enzimi de 10-30 kat artar.Kas biyopsisinde hücre dejenerasyonu, kas hücresi büyüklüklerinde farklılıklar, normal düzenlenmede bozukluklar ve belirgin büyük hiyalinize miyofibriller gözlenir ve zaman ilerledikçe kas dokusu yerini fibröz doku ve yağ dokusu alır. Becker Muskuler Distrofisi (BMD,) Duchenne Musküler Distrofisi gibi kalıtsal bir kas hastalığıdır. Aynı genin farklı hataları sonucuoluşur ve daha iyi huylu seyreder. BMD’de ilerleyici kas lezyonları gözlenmez ve hayatı tehdit edecek boyutta bir problem yaratmaz. Xp21.2' de bulunan Distrofin genindeki değişiklikler her iki hastalığa da yol açar. Hastaların %67' sinde gende büyük kayıplar (=delesyon), %6' sında genin bazı bölgelerinin duplikasyonu, %30’unda ise nokta mutasyonları saptanmıştır. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 64 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI DMD/BMD delesyon analizinde delesyon saptanamazsa ailede DMD/BMD bağlantı analizi yapılmaktadır. Bu çalışmanın esası hastalıkla birlikte görülenilecek bir işaretin tanımlanmasıdır. Bu test, hasta çocuğu olduğu halde delesyon saptanamayan ailelerdesonraki gebelikler için doğum öncesi tanı şansının sağlanabilmesi amacı ile yapılmaktadır. Klinik tanının kesin olması durumunda uygulanabilir. Bu çalışmanın gebelik başlamadan önce tamamlanması gerekir. Laboratuvar Kodu: 3097 DMD/BMD Delesyon Analizi Sinonim: Duchenne Musküler Distrofi (DMD) delesyon analizi, Becker Musküler Distrofi (BMD) delesyon analizi, Musküler Distrofi Duchenne (DMD) delesyon analizi, Musküler Distrofi Becker (BMD) delesyon analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Duchenne Musküler Distrofisi (DMD) 1/3500 sıklıkta gözlenen ilerleyici kas hastalığıdır. X’e bağlı kalıtılır, hastalık esas olarak erkeklerde ağır seyirlidir. Kızlarda farklı düzeylerde bulgu verebilir. Genellikle 2 yaş sonrası motor gelişmede gecikme başlar. Doktora başvurma genellikle merdiven çıkma, koşma ya da oturduğu yerden ayağa kalkmada güçlük nedeni ile olur. 2-2.5 yaş civarında normal yürüyebilir hale gelir. Postür bozuklukları, özellikle lumbal lordozda artma gözlenir. Parmak uçlarına basarak, paytak paytak yürüme sık bir bulgudur. Aşil tendonu sertleşmesi sonucu ayağn bilektenyukarıya doğru kaldırılması (= dorsifleksiyon) zorlaşır. Derin tendon refleksleri azalır. Hastalık ayak-bacak (=alt ekstremiteler) kaslarında başlar, daha sonra el-kol (=üst ekstremiteler) kaslarına ilerler. Hastalar 12-14 yaşlarına gelmeden tekerlekli sandalyeye bağımlı yaşamaya başlarlar. Hastalık kali de tuabilir. Kalp tutulumu, genellikle 5-6 yaşlarında kendini belli eder. Hastaların %10'unda hayatı tehdit edecek ciddiyette kalp atışlarında ritm bozuklukları ve kap yetmezliği meydana gelebilir. Hastalarda hafif derecede mental retardasyon, davranış bozuklukları ya da otistik davranışlar görülebilir. Kanda, kreatin fosfokinaz 100-700 kat, aldolaz enzimi de 10-30 kat artar.Kas biyopsisinde hücre dejenerasyonu, kas hücresi büyüklüklerinde farklılıklar, normal düzenlenmede bozukluklar ve belirgin büyük hiyalinize miyofibriller gözlenir ve zaman ilerledikçe kas dokusu yerini fibröz doku ve yağ dokusu alır. Becker Muskuler Distrofisi (BMD,) Duchenne Musküler Distrofisi gibi kalıtsal bir kas hastalığıdır. Aynı genin farklı hataları sonucuoluşur ve daha iyi huylu seyreder. BMD’de ilerleyici kas lezyonları gözlenmez ve hayatı tehdit edecek boyutta bir problem yaratmaz. Xp21.2' de bulunan Distrofin genindeki değişiklikler her iki hastalığa da yol açar. Hastaların %67' sinde gende büyük kayıplar (=delesyon), %6' sında genin bazı bölgelerinin duplikasyonu, %30’unda ise nokta mutasyonları saptanmıştır. DMD tedavisinde ekzon atlama protokolleri hastalar için yeni tedavi şansı getirmektedir. 2009 yılında klinik deneylerin başladığı bu yöntem giderek ağırlık kazanmıştır. Delesyon saptanan hastalar moleküler (biyokimyasal) yapılarına göre en az 10 ayrı grupta ele alınmaktadır. Tedavi uygulaması temelde benzer ancak detayda farklı yapıda ilaçlardan oluşacaktır. Ekzon atlama tedavisinin tüm DMD’li çocuklar ele alındığı takdirde %70’i için geçerli olabileceği varsayılmaktadır. Tek başına ekson 51 tedavisi DMD’li çocukların %15’i için geçerli olabilir. Ekson 51 atlama tedavisi için geliştirilen Drisapersen (PRO051) için faz 3 klinik çalışmaların 2013 yaz aylarında tamamlanacağı beklenmektedir. %67 oranında hastalığa delesyon yol açtığı için DMD ve BMD’de ilk olarak DMD/BMD delesyon analizi yapılmalıdır. Laboratuvar Kodu: 3096 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 65 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI DMD Nokta Mutasyonları Sinonim: Duchenne Musküler Distrofi, distrofin, delesyon, heterozigot Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Yeni nesil dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Duchenne Musküler Distrofisi (DMD) 1/3500 sıklıkta gözlenen ilerleyici kas hastalığıdır. X’e bağlı kalıtılır, hastalık esas olarak erkeklerde ağır seyirlidir. Kızlarda farklı düzeylerde bulgu verebilir. Genellikle 2 yaş sonrası motor gelişmede gecikme başlar. Doktora başvurma genellikle merdiven çıkma, koşma ya da oturduğu yerden ayağa kalkmada güçlük nedeni ile olur. 2-2.5 yaş civarında normal yürüyebilir hale gelir. Postür bozuklukları, özellikle lumbal lordozda artma gözlenir. Parmak uçlarına basarak, paytak paytak yürüme sık bir bulgudur. Aşil tendonu sertleşmesi sonucu ayağn bilektenyukarıya doğru kaldırılması (= dorsifleksiyon) zorlaşır. Derin tendon refleksleri azalır. Hastalık ayak-bacak (=alt ekstremiteler) kaslarında başlar, daha sonra el-kol (=üst ekstremiteler) kaslarına ilerler. Hastalar 12-14 yaşlarına gelmeden tekerlekli sandalyeye bağımlı yaşamaya başlarlar. Hastalık kali de tuabilir. Kalp tutulumu, genellikle 5-6 yaşlarında kendini belli eder. Hastaların %10'unda hayatı tehdit edecek ciddiyette kalp atışlarında ritm bozuklukları ve kap yetmezliği meydana gelebilir. Hastalarda hafif derecede mental retardasyon, davranış bozuklukları ya da otistik davranışlar görülebilir. Kanda, kreatin fosfokinaz 100-700 kat, aldolaz enzimi de 10-30 kat artar.Kas biyopsisinde hücre dejenerasyonu, kas hücresi büyüklüklerinde farklılıklar, normal düzenlenmede bozukluklar ve belirgin büyük hiyalinize miyofibriller gözlenir ve zaman ilerledikçe kas dokusu yerini fibröz doku ve yağ dokusu alır. Xp21.2' de bulunan Distrofin genindeki değişiklikler her iki hastalığa da yol açar. Hastaların %67' sinde gende büyük kayıplar (=delesyon), %6' sında genin bazı bölgelerinin duplikasyonu, %30’unda ise nokta mutasyonları saptanmıştır. DMD geninde delesyon/duplikasyon saptanmayan hastaların yaklaşık yarısında ‘’stop kodon’’ mutasyonu bulunma olasılığı vardır. Bu da tüm DMD’li çocukların %20 kadarının özel bir tedavi şekli için uygun olabileceği anlamına gelmektedir. Bu grup için 2000’li yılların ilk yarısından itibaren ağızdan toz şeklinde kullanılan Ataluren (PTC-124) kullanımı gündemdedir. Bu tedavinin son 4 yıl içinde yapılan geniş bir uluslararası çalışmada etkinliği gösterilemediği için henüz lisans almak için başvurulmamıştır. Buna rağmen günümüzde ABD’de 180 çocuk bu tedaviyi almaktadır, çünkü en azından hastalığı geciktirici özelliği olabileceği düşünülmektedir. Dünyada çeşitli gelişmiş merkezlerde yeni bir PTC-124 klinik çalışması başlayacaktır. Hastalığa %67 oranında delesyon yol açtığı için DMD’de ilk olarak DMD/BMD delesyon analizi yapılmalıdır. Delesyon saptanamayan olgularda ise DMD nokta mutasyonlarının araştırılması gereklidir. Laboratuvar Kodu: 3734 DMD Taşıyıcılık Testi Sinonim: Duchenne Musküler Distrofi, distrofin, delesyon, heterozigot Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Duchenne Musküler Distrofisi (DMD) 1/3500 sıklıkta gözlenen ilerleyici kas hastalığıdır. Xp21.2' de bulunan Distrofin genindeki değişiklikler hastalığa yol açar. Hastaların Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 66 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI %67' sinde gende büyük kayıplar (=delesyon), %6' sında genin bazı bölgelerinin duplikasyonu, %30’unda ise nokta mutasyonları saptanmıştır. Hastalık genellikle erkek çocuklarında görülür ve anneler taşıyıcıdır. Annenin taşıyıcılığının saptanması, ailenin daha sonraki gebeliklerinde doğum öncesi tanıyı mümkün kılmaktadır. Bu test, hasta çocuğunda DMD/BMD delesyonu ya da duplikasyonu saptanan ya da ailede benzer hastalığın olduğu ancak hasta bireye test yapılamadığı durumlarda aileye sonraki gebelikler için doğum öncesi tanı şansının sağlanabilmesi amacı ile yapılmaktadır. Test, hastalık için taşıyıcı olma ihtimali olan anneye uygulanmaktadır. Bu çalışmanın gebelik başlamadan önce tamamlanması önerilir. Laboratuvar Kodu: 3622 Dravet Sendromu, SCN1A Sinonim: SODIUM CHANNEL, BRAIN TYPE I, ALPHA SUBUNIT; NAC1, Dravet syndrome, Epilepsy, generalized, with febrile seizures plus, type 2, Febrile seizures, familial, 3A, Migraine, familial hemiplegic, 3 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Dravet sendromu, öncesinde sağlıklı olan süt çocuklarında yaşamın ilk bir yılı içinde ortaya çıkan, uzamış, febril veya afebril, klonik ve tonik klonik, jeneralize ve unilateral nö- betler ile sonradan eklenen miyoklonik, atipik absans ve fokal nöbetlerle karakterize, gelişimin ve kognitif fonksiyonların bozulduğu, davranış problemlerinin eklendiği nadir görülen epileptik bir ensefalopatidir. Hastaların %80’inde SCN1A mutasyonları gözlenmektedir. 2q24.3’te lokalize olan ve sodyum kanlaı alfa altbirimini kodlayan SCN1A geninin mutasyonları otozomal dominant kalıtılan Dravet sendromu yanısıra febril nöbetle görülen epilepsi tip 2, ailesel febril nöbet tip 3A ve ailesel hemiplejik migrene neden olmaktadır. Çeşitli çalışmalarda boy kısalığı ile bu genin ilişkili olduğu gösterilmiştir. Merkezimizde SCN1A mutasyon tayini dizi analizi ile uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4782 Düşük/Küretaj Materyalinde Kromozom Analizi Sinonim: Düşük materyalinde Kromozom Analizi, Küretaj materyalinde Kromozom Analizi, Karyotip analizi (düşük/küretaj materyali),Konvansiyonel sitogenetik (düşük/küretaj materyali), Sitogentik inceleme (düşük/küretaj materyali) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3-4 hafta sonra Numune Türü: Düşük/ küretaj materyali Numune Miktarı: 100-200 mg Numune Kabı: Transport medium içinde Çalışma Yöntemi: sitogenetik, doku kültürü Referans Aralığı: Kullanımı: Habitual abortus (=tekrarlayan gebelik kaybı=düşük) olgularının %50’sine kromozom hastalıklarının yol açtığı bilinmektedir. Düşük materyalinde saptanabilecek kromozom anomalisi daha sonraki gebeliklerin planlanmasında yol gösterici olacaktır. Laboratuvar Kodu: 2273 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 67 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI DYT-1 Mutasyon Analizi Sinonim: TOR1A, Erken Başlangıçlı Distoni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Erken başlangıçlı distoni, çocukluk çağı veya adolesan dönemde kendini distonik kas kasılmaları ile belli eden, kliniği aynı aile fertlerinde dahi değişken bir nörolojik hastalıktır. Tanıda DYT1 Analizi TOR1A geninde 3 baz delesyonu ile karakterize mutasyonun gösterilmesi ile yapılır. Hastalıkla ilişkili mutasyonun penetransı %30 olarak bildirilmektedir, dolayısıyla mutasyon taşısa dahi hastada klinik bulgu gelişme ihtimali %30’dur. Bu nedenle hasta bireyler kadar ailede hasta olmayan bireylerde de mutasyonun taşınıyor olabileceği hatırda tutulmalıdır. Bununla birlikte hastalık otozomal dominant kalıtılır ve mutasyon %50 ihtimalle sonraki kuşağa geçer. Hasta bireyin ebeveyni asemptomatik, ama mutasyonu taşıyor olabilir. Laboratuvar Kodu: 3191 E-Cadherine Mutasyonları Sinonim: CDH1 tüm gen dizi analizi, E-kaderin tüm gen dizi analizi, Mide Kanseri Yatkınlık Testi, Ailesel Gastrik Kanser, Herediter Difüz Gastrik Kanser Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, tümör dokusu Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp, Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Mide kanseri vakalarının çoğunluğu sporadik olmakla birlikte bu vakaların %5’inin kalıtsal olduğu tahmin edilmektedir. A.B.D.’de 2004 yılında 1.134 vakanın primer kalıtsal faktörlere bağlı olarak ortaya çıktığı bilinmektedir. Mide kanseri vakalarının söz konusu %5’lik kısmı klasik kalıtsal etyolojiye sahiptir ve mide kanseri yatkınlık sendromları ile ilişkilidir. CDH1 (E-kaderin) geninde meydana gelen “germline” mutasyonlar HDGC (Herediter Difüz Gastrik Kanser)’lerin yaklaşık %30-40’ından sorumludur. Bunların yaklaşık %75’i “truncating” mutasyonlardır.Germline CDH1 mutasyonunun yüksek penetransa sahip olduğu bilinmektedir. Bu mutasyonu taşıyan bireylerde kanser gelişme riski yaklaşık %70 olarak bildirilmektedir. 16q22.1’de localize olan CDH1 geni 16 ekzondan oluşur. Yatkınlık nedeni olarak tanımlanan 57 mutasyonun %75’i ürünün boyunu değiştirir. Mutasyonlar tüm gene eşit olarak dağılmıştır. Laboratuvarımızda CDH1 geninin tüm kodlayan bölgesinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2193 EGFR Amplifikasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Parafin bloktan kesit Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: EGFR ailesi reseptörleri transmembran TK (tirozin kinaz) reseptörleridir ve NSCLC’nin %70’inde overekspresedir. EGFR amplifikasyonunun yüksek tümör derecesi ile ilişkili Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 68 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI olduğu ve nadiren AC adenokarsinomunun prekürsör lezyonlarında bulunduğu saptanmıştır. Buna göre EGFR mutasyonları erken dönemde amplifikasyonları ise progresyon sırasında oluşmaktadır. İleri evre NSCLC hastalarının %30-60’ında FISH yöntemiyle EGFR gen kopya sayısında artış saptanmıştır. Laboratuvar Kodu: 4014 EGFR Geni Mutasyonları Sinonim: epidermal growth faktör reseptörü mutasyonları, Akciğer kanseri gen analizi, Erlotinib duyarlılığı, EGFR ekzon 19 delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: Dizi analizi (Ekzon 18, Ekzon 19, Ekzon 20, Ekzon 21) Referans Aralığı: Kullanımı: EGFR ailesi reseptörleri transmembran TK (tirozin kinaz) reseptörleridir ve NSCLC’nin %70’inde overekspresedir. EGFR mutasyonları NSCLC’nin %15-20’sinde bulunur. EGFR Ekzon 19’daki delesyonlar (tüm mutasyonların %44’ü), ekzon 21’deki nokta mutasyonları (tüm mutasyonların %41’i) en sık görülen mutasyonlardır, birlikte tüm mutasyonların %80’den fazlasını oluşturur. EGFR mutasyonlarının adenokarsinom histolojik tipinde, sigara içmeyenlerde, kadınlarda ve Doğu Asya kökenli hastalarda daha sık görüldüğü saptanmıştır. Mutasyon ile artmış ekspresyonu nedeni ile EGFR ‘yi hedef alan çeşitli terapotikler bulunmaktadır. Gefitinib ve erlotinib selektif olarak EGFR’yi hedef alan birinci kuşak EGFR TKİ’dir. Başlangıçta EGFR TKİ’ne cevap veren NSCLC hastalarının hemen hepsinde direnç gelişir. Bu durum ikinci bir nokta mutasyonuna bağlı olabilir. Örneğin; T790M mutasyonu EGFR TKİ tedavisi sırasında tümör progresyonu görülen hastaların yaklaşık yarısında tanımlanmıştır. Tedavi edilmeyen hastaların tümörlerinde nadiren saptanmıştır. Ayrıca ekzon 20’deki duplikasyon ve/veya insersiyonlar EGFR TK aktive edici mutasyonlarının %5’inden sorumludur ve aynı zamanda EGFR TKİ rezistansıyla da korelasyon gösterir. EGFR kazanılmış rezistansının %50’sinden T790M mutasyonları, %15-20’sinden cMET overekspresyonu, %5’inden ekzon 20’deki duplikasyonlar ve/veya insersiyonlar ve %25-30’undan da bilinmeyen mekanizmalar sorumludur. Laboratuvar Kodu: 2452 Ektodermal Displazi, Hipohidrotik (EDAR Gen Dizi Analizi) Sinonim: Ectodysplasın A Receptor, Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: EDAR, 2q13’te lokalizedir. Mutasyonları Hipohidrotik tip Ektodermal Displazi (OMIM: 224900) sebebidir. Bu tip ektodermal displazi hipotrikoz, an-hipodonti ve anhipohidroz triadı ile karakterizedir. Aynı zamanda bu konjenital bozukluğa dismorfik bulguların da eşlik edebildiği bildirilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3636 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 69 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Erken Trizomi Tanı Testi (QF-PCR) Sinonim: QF-PCR (Amniotik sıvı) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 gün sonra Numune Türü: Amnion mayi Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Steril enjektör içinde Çalışma Yöntemi: QF-PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Doğum öncesi tanı süreci kültür süresine bağlı olarak 2-3 haftaya uzamaktadır. Ancak, maternal serum tarama testinde yüksek Down Sendromu ya da Trizomi 18 riski olan geç gestasyonal yaştaki (20 hafta ve üzeri), maternal serum tarama testi yapılmamış, ancak ileri maternal (40 yaş ve üzeri) yaşın sözkonusu olduğu ileri gestasyon yaşında ve Trizomi 13, 18, 21 ya da Turner Sendromuna özgü anormal ultrason bulgusu olan fetus olduğu durumlarda hızlı sonuç verilmesi özellikle önerilmektedir. Bu endikasyonlar ve anne stresinin azaltılması amacı ile 13, 18, 21, X ve Y kromozomlarının sayısal düzensizliğini göstermek için hızlı interfaz FISH ya da QF-PCR uygulaması laboratuvarımıza başvuran tüm hastalarda uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3204 EWS-FLI1 t(11;22) (PNET) RT-PCR Sinonim: EWS-FLI1 füzyonu, Ewing sarkom belirteci, t(11;22)(q24;q12) Çalışma Zamanı: Perşembe Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: RT- PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Ewing tümör ailesinde vakaların %85’i t(11;22)(q24;q12) kromozomal translokasyonu gösterir.Translokasyon kırılma noktasındaki moleküler klonlanma 22q12 kromozomdaki EWS geni ile 11q24 kromozomundaki FLI1 geninin frame füzyonu olarak tanımlanmıştır.Tanısal değer taşır, bunun yanısıra iyi prognoz belirtecidir. Laboratuvar Kodu: 3911 EWSR1 Yeniden Düzenlenmeleri Sinonim: Ewing sarkoma, snovial sarkoma, miksoid liposarkoma Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: Tümor dokusu Numune Miktarı: 2 adet poli-lizin kaplanmış (pozitif) lam üzerine 4 adet 5µm’lik kesit Numune Kabı: Parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Nadir görülen sarkomların tanısı, sınıflandırılması ve patogenezinin anlaşılmasında moleküler genetik testler giderek önem kazanmıştır. Moleküler yöntemler doğru tanı verilmesi ve tümör sınıflandırmasının netleştirilmesinde ve kişiye özgü tedavi modalitelerinin oluşturulmasında yaygın olarak kullanılmaktadır. Sarkomların %25-30’unda çeşitli translokasyonlar görülür. Bu translokasyonlar, sinovyal sarkom, Ewing sarkomu, alveoler rabdomiyosarkom gibi sarkomların oluşumunda ilk ve tek genetik değişiklik şeklinde görülür ve metastaz, dediferansiyasyon gibi evrelerde bu değişim kaybolmaz. Sarkomlarda füzyon gen oluşturan kromozomal translokasyonlar içinde en sık görülen gen EWSR1’dir. Bu genin değişik Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 70 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI füzyonları Ewing sarkomu, şeffaf hücreli sarkom, Gastrointestinal traktın şeffaf hücreli sarkoma benzer tümörü (Malign gastrointestinal nöroektodermal tümör), Angiomatoid fibröz histiyositom, Primer pulmoner mikzoid sarkom, Tükrük bezinin hyalinize şeffaf hücreli karsinomu ve iskelet-dışı mikzoid kondrosarkom gibi birbirinden farklı pek çok tümörde saptanmaktadır. Kromozom 22q12’de bulunan EWSR1 geninin protein ürünü hücre bölünmesi ve DNA onarımında rol oynamaktadır. En sık füzyon bölgesi ekzon 7’dir. EWSR1 geninin en sık rastlanan füzyon partner genleri; FLI1, ERG, FEV, ETV1, ETV4, POU5F1, PBX1, DUX4, WT1, ZNF278, ZNF384, NR4A3,ATF1, CREB1, CHOP olarak bilinmektedir. Bu değişimler laboratuvarımızda FISH yöntemi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4486 F13 V34L Polimorfizm Analizi Sinonim: Factor XIII Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Real time PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Pıhtılaşma mekanizmasında son basamak F13’ün aktivasyonudur. F13 de fibrin ağlarının oluşumunu sağlayarak, kaskadı tamamlar. Val34Leu polimorfizmi sık görülmektedir ve venöz tromboz için azalmış risk faktörü ile birliktedir. Buna göre: F13 VV : Yaban tip, ortalama risk taşıyan allel. F13 VL : Heterozigot olup, ara risk formudur. Venöz tromboz ve koroner arter hastalığı için hafif azalmış risk bulunmaktadır. F13 LL : Azalmış risk faktörünü homozigot olarak taşıyan allel söz konusu olup, yaban tipe göre önemli oranda azalmış Venöz tromboz ve koroner arter hastalığı riski oluşmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4833 Fabry Sendromu (GLA Dizi Analizi) Sinonim: GLA Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Fabry hastalığı, alfa Galaktozidaz enzim aktivite bozukluğu nedeniyle ortaya çıkar. Tüm vücutta progresif lizozomal depolanma ile karakterizedir. X’e bağlı kalıtılan hastalığın klasik formu, erkeklerde enzim aktivitesinin %1’in altına inmesi sonucu ortaya çıkar. Bu nedenle plazma enzim aktivite tayini erkek hastalarda ilk tanı seçeneğidir. Bununla birlikte GLA dizi analizi ile hastalığın bu tipi için %99 tanı koydurucu işlem yapılabilmektedir. Taşıyıcı kadınların belirlenmesinde ise dizi analizi yöntemi, güvenilir bir seçenektir. Laboratuvar Kodu: 4006 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 71 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Faktör V Cambridge Mutasyon Analizi Sinonim: FV Cambridge, Arg306Thr Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Real time PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Aktive protein C direncine bağlı gelişen trombofilide FV geni R306T (arg306-to-thr) değişimine sebep olan bir G>C mutasyonu önemlidir. İngiltere Cambridge’teki Addenbrooke hastanesinde keşfedilmiş olup, rutin trombofili taramalarında kullanılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4834 Faktor V Leiden Mutasyonu Sinonim: Faktör V G1691A Mutasyon Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: Ertesi gün saat 18:00 Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real timePCR Referans Aralığı: Kullanımı: Faktör V kan pıhtılaşmasında görev yapan proteinlerden biridir. Faktör V aktive protein C'nin kofaktörüdür. Leiden mutasyonu FV’i kodlayan genin 1691. pozisyonunda G' nin A' ya dönüşümesi ile ortaya çıkar. Bunun sonunda proteinin 506. pozisyonundaki arjinin yerine glisin geçer. olmasıyla sonuçlanır. Leiden mutasyonu trombofilinin en sik görülen genetik nedenidir. Venöz trombozlarda yaklaşık %95 oranında görülür. Gebelik de pıhtılaşma riskini arttırır. Gebelik dönemindeki tromboz riskini Faktör V Leiden mutasyonu heterozigot ise 7-10 kat, homozigot ise 50-100 kat arttırmaktadır. Hterozigot Leiden taşıyıcısı olan gebelerde gebeligin ilk trimesterından sonra görülen tekrarlayan gebelik kayıplarının da daha sık olduğu bildirilmektedir. Tekrarlayan, 50 yaşından önce veya gebelikte venöz tromboz geçirenler, ilk trimester sonrası açıklanamayan gebelik kaybı öyküsü olanlar ile50 yaşından önce kalp krizi geçiren ve sigara içen kadınlarda Leiden mutasyonu bakılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3102 Familyal Akdeniz Ateşi Dizi Analizi Sinonim: Ailevi Akdeniz Ateşi, AAA genetik analiz, MEFV dizi analizi, FMF genetik analiz Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ülkemizde Familyal Akdeniz Ateşi’nin taşıyıcı sıklığı %20 ve hastalık sıklığı 1/1000 ‘dir. Otozomal resesif kalıtılır. Tekrarlayan ateş, karın ağrısı, göğüs ağrısı ve eklem ağrısı atakları yapan bir hastalıktır. Ataklar genellikle 24 - 48 saat sürer. Hastalarda ataklar dışında hiçbir belirti yoktur. Kesin tanı genetik inceleme ile koyulur. Hastalıktan sorumlu olan MEFV geni 10 ekzondan oluşmaktadır. Mutasyonlar genellikle 2. ve 10. ekzonlarda oluşur. En sık görülen M694V taşıyan olgularda kronik böbrek yetmezliğine yol açan amiloidoz gelişme riski %50 civarındadır. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 72 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Laboratuarımızda Familyal Akdeniz Ateşi öntanısı ile gelen olgularda tümgen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3115 Familyal Akdeniz Ateşi Mutasyon Analizi Sinonim: Ailevi Akdeniz Ateşi, AAA genetik analiz, FMF genetik analiz, MEFV strip test Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi Analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ülkemizde Familyal Akdeniz Ateşi’nin taşıyıcı sıklığı %20 ve hastalık sıklığı 1/1000 ‘dir. Otozomal resesif kalıtılır. Tekrarlayan ateş, karın ağrısı, göğüs ağrısı ve eklem ağrısı atakları yapan bir hastalıktır. Ataklar genellikle 24 - 48 saat sürer. Hastalarda ataklar dışında hiçbir belirti yoktur. Kesin tanı genetik inceleme ile koyulur. Hastalıktan sorumlu olan MEFV geni 10 ekzondan oluşmaktadır. Mutasyonlar genellikle 2. ve 10. ekzonlarda oluşur. En sık görülen M694V taşıyan olgularda kronik böbrek yetmezliğine yol açan amiloidoz gelişme riski %50 civarındadır. Laboratuarımızda Familyal Akdeniz Ateşi ontanısı sozkonusu oldugunda once dizi analizi yontemi en az 6 primer çifti kullanılarak sık gorulen mutasyonlar saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3122 Familyal Adenomatoz Polipozis Sinonim: FAP, AFAP, APC Mutasyonları, MUTHY mutasyonları, Gardner sendromu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR, Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Kolorektal kanserlerin %1’inden azını oluşturan Ailesel Adenömatöz Polipozis (FAP – Familial Adenomatous Polyposis) otozomal dominant aktarılır ve APC geninin germline mutasyonlarından köken alır. Klasik ve attenüe (AFAP) olmak üzere iki farklı formda gözlenir. Klasik formunda daha erken yaşlarda 100 üzerinde polip gözlenir ve 50 yaşında KRK gelişme riski %100 olarak verilmektedir. Kanser genellikle solda yerleşir. Attenüe FAP’ta ise polip sayısı 100’ün altındadır, yaşam boyu kanser riski daha düşüktür. Kırk yaşından sonra risk artar ve 80 yaş için risk %70 olarak belirlenmektedir FAP’tan sorumlu gen 5. kromozomda (5q21-q22) yer alan 15 ekzondan oluşan APC genidir. 2844 aminoasitlik bir polipeptid olan APC geninin protein ürünü normal hücre çoğalması için gereklidir. APC kolonik kriptanın migrasyonunda da rol alır. APC bozuksa, beta-katenin birikimi ile proliferasyon artar. Gende işlev bozukluğu yapan 450’nin üzerinde mutasyon saptanmıştır ve çoğunluğunda protein ürünü normalden kısadır. Hastaların anne ya da babaları %75-80 hastadır, %20-25 olguda taze mutasyon oluşur. Hasta bireyin çocuklarında risk %50 dir. AFAP’tan sorumlu gen 1. kromozomda (1p34.1) yer alan MUTYH genidir. Laboratuarımızda APC geni ve MUTYH genleri için tüm gen dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 2179 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 73 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Fanconi-Bickel Sendromu (SLC2A2 Geni) Sinonim: Glikojen Depo Hastalığı tip XI, SLC2A2 mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Glikojen Depo Hastalığı tip XI olarak da bilinen Fanconi-Bickel Sendromu (FBS) karbonhidrat metabolizmasının ender görülen ve otozomal resesif olarak kalıtılan bir hastalığıdır. Klinik bulguları; glikojen birikimine bağlı hepatomegali, glukoz ve galaktoz intoleransı, açlık hipoglisemisi, tipik tubuler nefropati, rikets,belirgin gelişme geriliğidir. Hastalıktan “glucose transporter 2” (SLC2A2, GLUT2) geni sorumludur. SLC2A2 mutasyonları FBS tanısı alan hastaların %74’ünde saptanmaktadır. 3.kromozomda’da yer alan SLC2A2 geni; 30 kb uzunluğunda olup, 11 exon ve 10 introndan oluşmaktadır. Bugüne kadar 34 farklı SLC2A2 mutasyonu tanımlanmıştır. Bu mutasyonlar genin hemen tüm ekzonlarına (1.ekzon hariç) dağılmıştır. Bu mutasyonlardan hiçbirisi sık görülmemekle birlikte, FBS hastalarında en fazla R301X ve R365X mutasyonları yayınlanmıştır. Laboratuarımızda Fanconi-Bickel sendromu şüphesinde SLC2A2geni dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2782 Fenilketonüri Tüm Gen Dizi Analizi (PAH Geni) Sinonim: PKU genetik analiz, Fenilalanin hidroksilaz gen defekti, PAH mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ülkemizde sıklığı nedeniyle önem kazanan genetik bir hastalıktır. Bu hastalığın en önemli özelliği erken tanının yapılabildiği durumda, tedavi ile diğer bütün bulguları gibi mental retardasyonun da engellenebilmesidir. Bunun sağlanabilmesi için çocukların yenidoğan döneminde tanınmaları ve uygun diyet tedavisine başlanması gerekir. Tanısı ilk 5 günde topuktan alınan bir damla kanda kolayca koyulabilir. Ülkemizde hastalığın ilk 5 günde tüm yenidoğanlarda taraması yürütülmektedir. Hastalık otozomal resesif kalıtılır. Bu nedenle eğer ailede PKU’lu bir çocuk varsa anne ve babanın aynı hastalık için taşıyıcı olma riski %100 olarak kabul edilir. Taşıyıcı anne ve baba için kız ya da erkek her çocukta hastalığın görülme riski %25’tir. Topuk kanında fenilalanin taraması ile PKU öntanısı alan hastalarda; kesin tanının koyulabilmesi, moleküler patolojinin belirlenmesi ailede risk altındaki çiftlerin ve bireylerin belirlenmesi endikasyonları ile Fenilketonüri mutasyon analizi yapılması önerilir. Laboratuarımızda PAH geninin tüm kodlayan bölgelerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3370 Fetal Kanda Kromozom Analizi Sinonim: Fetal kanda Kromozom Analizi, Karyotip analizi (fetal kan), Konvansiyonel sitogenetik (fetalkan), Sitogentik inceleme (fetal kan), kordozentez materyalinde kromozom analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 5 gün sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 74 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: sitogenetik, 72 saatlik uyarılmış hücre kültürü Referans Aralığı: Kullanımı: Gebeliğin 20. haftasından sonra fetusun kromozomlarındaki sayısal ve yapısal değişikliklerin saptanmasına olanak tanır. Eğer doğum öncesi kromozom analizi endikasyonu yaratan herhangi bir neden [bkz. Kromozom analizi (amniyotik sıvıda)Kullanımı] gebeliğin 20.haftasından sonra belirlenmiş ise sonuçların daha erken alınması için fetal kandan kromozom analizi yapılması tercih edilir. Bunun yanında amniyotik sıvıda yapılan kromozom analizinde mozaiklik saptanmış ise mozaikliğin doğrulanması için fetal kandan kromozom analizi yapılabilir. Laboratuvar Kodu: 3203 FGF23 Mutasyonları Sinonim: Otozomal dominant ailesel hipofosfatemik rikets, fibroblast growth faktör 23, ailesel hipofosfatemik rikets, hipofosfatemik raşitizm Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ailesel hipofosfatemik rikets, kalıtılan riketsin en yaygın formudur. Hastalarda; büyüme geriliği, kemik mineralizasyon defektleri, renal fosfat kaybına sekonder hipofosfatemi görülür ve serum 1,25 hihidroksivitamin D düzeyi düşüktür. Sıklıkla X’e bağlı kalıtılmakla birlikte otozomal dominant kalıtılan formları da vardır. Otozomal dominant kalıtılan hipofosfatemik rikets 12. kromozomun kısa kolunda (12p12.3) yer alan FGF23 geni mutasyonları sonunda gelişir. Aile öyküsü otozomal dominant kalıtımla uyumlu olan hipofosfatemik rikets olgularında FGF23 geninin kodlayan bölgelerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2142 FGFR1 Amplifikasyonları Sinonim: Fibroblast growt faktör reseptörü-1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Tümor dokusu Numune Miktarı: 5µm’lik 5 kesit Numune Kabı: Parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: FGFR1, 4 üyeli FGFR tirozin kinaz(1,2,3,,4) ailesinin ilk üyesini kodlar. Amplifikasyonları primer olarak skuamoz hücreli akciğer kanserinde ve sigara öyküsü bulunanlarda görülmektedir. 8p12’de lokalizedir ve bu hastalarda amplifikasyona rastlanma oranı yaklaşık %20’ dir. Bunun yanısıra meme kanserinin insitu formdan invazif forma geçişi sırasında FGFR1 amplifikasyonu olduğu için hastalık progresyonu için bir belirteç olarak kullanılabilir. Laboratuvar Kodu: 4640 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 75 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI FGFR1 Dizi Analizi Sinonim: Kallmann sendromu, KAL2, Pfeiffer sendromu, kraniyosinositoz, skuamoz hücreli akciğer kanseri, osteoglophonic displazi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 21 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Erkek infertiltesinin önemli nedenlerinden birisi olan Kallmann sendromunda, hipogonadotropik hipogonadizm ile birlikte anosmia (koku alamama) görülür. X’e bağlı ve otozomal dominant aktarılan formları bulunmaktadır. Xp22.3’de bulunan KAL1 genindeki kayıp ve değişimler hastalığın en sık nedenidir. Otozomal dominant aktarılan formdan ise FGFR1geni mutasyonları sorumludur. Tüm Kallmann sendromlu olguların %10’unda FGFR1 mutasyonları saptanmaktadır. Bu olgularda, hipogonadotropik hipogonadizm ve anosmia yanısıra dental agenezis ve yarık damak da gözlenmektedir. FGFR1 mutasyonları kraniyosinositoz sendromlarına da yol açabilir. Tip 1 Pfeiffer sendromu olgularının %5’inden FGFR1 mutasyonları sorumlu tutulmaktadır. Bunun dışında, Jackson-Weiss, Antley-Bixler sendromları ile osteoglophonic displazi ve skuamoz hücreli akciğer kanserinde de FGFR1 mutasyonları rol oynamaktadır. 8. kromozomun p11 bölgesinde yer alan bu 18 ekzonlu genin protein ürünü bir reseptör tirozin kinazdır. Laboratuvarımızda genin tüm kodlayan bölgelerine ait mutasyonlar dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 3184 FGFR2 Dizi Analizi Sinonim: Crouzon sendromu, Apert sendromu, Pfeiffer sendromu, kraniyosinositoz, izole koronal sinositoz, Jackson-Weiss sendromu, Beare-Stevenson sendromu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 21 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: FGFR2 mutasyonları kraniyosinositoz sendromlarının en sık nedenidir. Crouzon sendromu, Apert sendromu, Pfeiffer sendromu Tip 2 ve 3, izole koronal sinositoz, Jackson-Weiss sendromu olgularının %100’ünde, Beare-Stevenson sendromu olgularının %95-99’unda ve Tip 1 Pfeiffer sendromu olgularının %95’inde FGFR2 mutasyonları saptanmaktadır. 10. kromozomun q26 bölgesinde yer alan bu 18 ekzonlu genin protein ürünü bir reseptör tirozin kinazdır. Laboratuvarımızda genin tüm kodlayan bölgelerine ait mutasyonlar dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 3185 FGFR3 Dizi Analizi Sinonim: İskelet displazisi DNA Dizi Analizi, Akondroplazi dizi analizi, Hipokondroplazi dizi analizi, Tanatoforik Displazi, kraniyosinositoz Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 76 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Fibroblast growth faktör reseptör 3 (FGFR3) geni, birçok önemli hücresel faaliyette rol oynar. Bu gendeki mutasyonlar Akondroplazi ve Hipokondroplazi yanısıra Tanatoforik Displazi ve bazı kraniyosinositoz (kafa kemiklerinin erken birleşmesi) türlerine de yol açmaktadır. Akondroplazi ve Hipokondroplazi mutasyon analizi sonucu negatif çıkanlar ile Tanatoforik Displazi ve Kraniyosinositoz olgularında FGFR3 dizi analizi yapılması önerilir. Laboratuvar Kodu: 3116 FIP1L1/PDGFRA Füzyonu, del4q12 (RT-PCR) Sinonim: PDGFRA-FIP1LI füzyonu, 4q yeniden düzenlenmesi, PDGFRA Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: RT-PCR Referans Aralığı: Kullanımı: En sık hipereozinofilik sendromda gözlenmek üzere myeloid tümörlerde gözlenebilen bir değişikliktir. Artmış tirozin kinaz aktivitesine yol açtığı için bu füzyonun varlığı tirozin kinaz inhibitörleri kullanımı için endikasyon oluşturmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3912 FLT3 Mutasyonları Sinonim: ITD, Asp835Tyr Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: RFLP, dizi analizi, Kalitatif real timePCR Referans Aralığı: Kullanımı: Akut myelositer lösemilerde FLT3 (=FMS-like tyrosine kinase 3) mutasyonları en sık görülen mutasyonlardandır. İki farklı tip mutasyonu bildirilmiştir. En yaygın gözlenen internal tandem repeat (ITD) mutasyonlarıdır. ITD mutasyonları AML’de %20-25 sıklıkta gözlenir, kötü prognostik belirteçtir. Özellikle t(15;17) ile birlikte gözlenir. Diğer grup mutasyon ise 835. ve 836. pozisyonlardaki delesyon ve nokta mutasyonlardır. Prognozda çok belirgin bilgi verici olmamakla birlikte AML’de %7-8 oranında gözlenen değişikliklerdir. Laboratuvarımızda FLT3 geni 14, 15 ve 20. ekzonları dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 2313 Florourasil Toksisitesi Sinonim: 5-Fluorourasil etkinliği, 5-Fluorourasil toksisitesi, DPD*2A, dihidroprimidin dehidrogenez, timidilat sentetaz, TS Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: RFLP, dizi analizi, Kalitatif real timePCR Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 77 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Referans Aralığı: Kullanımı: 5-Fluorourasil (5FU) sindirim sistemi kanserlerinde yaygın olarak kullanılmaktadır. 5-FU öncül bir ilaçtır ve asıl sitotoksik etkisini, timidilat sentetazı (TS) inhibe eden 5-fluoro-2’deoksiüridin monofosfata (5-FdUMP) dönüşerek gösterir. Bu nedenle TS düzeyi değişiklikleri ilacın etkinliğinde önemli rol oynar. TSER (Thymidilate synthase Enhancement Region) polimorfizmleri TS düzeyini değiştirmektedir.TSER 3R aleli taşıyan bireylerde ilaca yanıt azalır ve direnç artar. 5FU büyük oranda dihidroprimidin dehidrogenez (DPD) ile inaktive edilir. DPD enzim eksikliğinde, kanda 5FU ve aktif metabolitlerinin düzeyi artar. DPD enzimin kodlayan gende 20’nin üzerinde SNP (tek nükleotid polimorfizmi) ve 40’tan fazla farklı polimorfizm bildirilmiştir. En sık görülen polimorfizmi DPD geni IVS14+1GA dönüşümü olup, bu alel DPD*2A olarak adlandırılır. Heterozigot DPYD*2A varlığı şiddetli toksisiteye neden olmaktadır. Bunun yanı sıra 5FU etkinliğinde; MTHFR (Methylene tetrahydrofolate reductase) C667T poimorfizmi de etkilidir. T aleli varlığı ilaca duyarlılığı/yanıtı arttırır. 5FU etkinlik/toksisitesi için laboratuvarımızda TSER 2R/3R, DPD*2A ve MTHFR C667T poimorfizmleri incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 2307 FOXL2 Mutasyonu Sinonim: Blepharophimosis ptosis epikantus inversus Sendromu, BPES Sendromu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 7-10 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Blefarofimozis sendromu (BPES), kozkapağı malformasyonları ile seyreden otozomal dominant kalıtılan bir hastalıktır. İki tip tanımlanmıştır. Tip I’de prematür over yetmezliği (POF) gelişirken tip II’de POF yoktur. Bir transkripsiyon faktörünü kodlayan FOXL2 geninin mutasyonları hastalığa yol açmaktadır. Mutasyonların %30’u polialanin kuyruk bölgesinde gelişmektedir. Poliadenilasyon mutasyonlarında POF riski yüksektir. Mutasyonların geri kalanı tüm gene dağılmıştır. Bu nedenle, laboratuarımızda BPES öntanısı ile gönderilen materyallerde FOXL2 tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2167 FOXO1 Füzyon Mutasyonları Sinonim: PAX3/FOXO1, PAX7/FOXO1, rabdomyosarkom Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: Tümör dokusu, Taze doku, FFPE Numune Miktarı: 2 adet poli-lizin kaplanmış (pozitif) lam üzerine 4 adet 5µm’lik kesit Numune Kabı: Parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Sarkomlarda tedavi hedefi göstermemekle birlikte belirli genetik değişikliklerin varlığı tanısal belirteç olarak kabul edilmektedirler. Hematopoetik malignitelerde olduğu gibi, bazı sarkomlar da belirli kromozomal translokasyonlar ile birliktelik göstermektedirler. Bunlardan, günümüzde tanısal değeri olan genetik değişikliklerden en önemlisi alveolar rabdomyosarkomlarda gözlenen t(2;13)(q35;q14) ve t(1;13)(q36;q14)translokasyonlarıdır. Her iki translokasyonda da FOXO1 geni etkilenir ve 2.kromozom üzerindeki PAX3 ve 1.kromozom üzerindeki PAX7 geni ile füzyon yapar. Bu değişkliklerin prognostik değeri olmamakla birlikte tanı koydurucu test olarak değer kazanmaktadır. Her iki değişimin de gözlenebilmesi için laboratuvarımızda FISH yöntemi ile FOXO1 geni incelenmektedir. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 78 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Laboratuvar Kodu: 4665 Frajil X Sendromu (PCR) Sinonim: FMR1 geni CGG tekrar artışı Çalışma Zamanı: Salı Sonuç Verme Zamanı: 1hafta sonra Numune Türü: EDTA’ lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Frajil X sendromu tüm toplumlarda mental retardasyonun en önde gelen nedenlerinden olup, erkek çocuklar arasında mental retardasyon nedenlerinde Down sendromundan sonra ikinci sırayı almaktadır. Frajil X sendromlu erkek çocukların %60'ında mental retardasyon, büyük kepçe kulak, tipik yüz görünümü, makroorşidizm izlenmektedir. Bunların yanısıra, konuşma bozuklukları, otistik davranışlar, eklemlerde gevşeklik (=hiperekstansibilite), mitral kapak prolapsusu, aort dilatasyonu ve yenidoğan döneminde konvülsiyonlar da görülmektedir. Bulgular kişiler arasında ve hatta aynı aile içinde değişiklik göstermektedir. Sendromun kesin tanısı genetik çalışma ile belirlenebilmektedir. Moleküler yöntemlerle tekrar dizinlerinin artışının belirlenmesi için inceleme yapılmaktadır. Bunun yanında, otizm nedenleri içinde %1-2 sıklıkta yer aldığı için için başka herhangi bir bulgusu olmasa bile otistik hastalarda da yapılması önerilir. Laboratuvar Kodu: 4803 Frajil X Tekrar Sayısı Analizi Sinonim: FMR1 geni CGG tekrar artışı Çalışma Zamanı: Salı Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’ lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Fragman analizi, Southern Blot Referans Aralığı: Kullanımı: Frajil X sendromu tüm toplumlarda mental retardasyonun en önde gelen nedenlerinden olup, erkek çocuklar arasında mental retardasyon nedenlerinde Down sendromundan sonra ikinci sırayı almaktadır. Frajil X sendromlu erkek çocukların %60'ında mental retardasyon, büyük kepçe kulak, tipik yüz görünümü, makroorşidizm izlenmektedir. Bunların yanısıra, konuşma bozuklukları, otistik davranışlar, eklemlerde gevşeklik (=hiperekstansibilite), mitral kapak prolapsusu, aort dilatasyonu ve yenidoğan döneminde konvülsiyonlar da görülmektedir. Bulgular kişiler arasında ve hatta aynı aile içinde değişiklik göstermektedir. Sendromun kesin tanısı genetik çalışma ile belirlenebilmektedir. Moleküler yöntemlerle tekrar dizinlerinin artışının belirlenmesi için inceleme yapılmaktadır. Bunun yanında, otizm nedenleri içinde %1-2 sıklıkta yer aldığı için için başka herhangi bir bulgusu olmasa bile otistik hastalarda da yapılması önerilir. Laboratuvar Kodu: 2318 Frajil X Sendromu (Sitogenetik) Sinonim: X kromozomu frajilitesi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 79 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Sitogenetik folattan yoksun besiyerinde 72 saatlik uyarılmış hücre kültürü Referans Aralığı:Kullanımı: Frajil X sendromu tüm toplumlarda mental retardasyonun en önde gelen nedenlerinden olup, erkek çocuklar arasında mental retardasyon nedenlerinde Down sendromundan sonra ikinci sırayı almaktadır. Frajil X sendromlu erkek çocukların %60'ında mental retardasyon, büyük kepçe kulak, tipik yüz görünümü, makroorşidizm izlenmektedir. Bunların yanısıra, konuşma bozuklukları, otistik davranışlar, eklemlerde gevşeklik (=hiperekstansibilite), mitral kapak prolapsusu, aort dilatasyonu ve yenidoğan döneminde konvülsiyonlar da görülmektedir. Bulgular kişiler arasında ve hatta aynı aile içinde değişiklik göstermektedir. Sendromun kesin tanısı genetik çalışma ile belirlenebilmektedir. Sitogenetik olarak Xq27.3'te frajilite saptanması için sitogenetik inceleme yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4804 Friedreich Ataksisi Mutasyon Analizi Sinonim: FA, frataxin mutasyonu, FXN geni mutasyon analizi, X25 geni mutasyon analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Ataksi kas hareketlerindeki koordinasyonun bozulmasıdır. En sık görülen formu Friedreich Ataksisi’dir (ABD’de 1/50000). Erken başlangıçlı formu 5-15 yaşlarında, geç başlangıçlı formu ise 20-30 yaşlarında bulgu vermeye başlar. Kol ve bacaklarda güçsüzlük, koordinasyon kaybı, görme ve konuşmanın bozulması, işitme kaybı başlıca bulgularıdır. Hastaların %90’ında kalp tutulumu vardır. Hastalık kadın ve erkeklerde aynı sıklıkta görülür. Otozomal resesif kalıtılır. Hastalıktan sorumlu gen 9. kromozomdaki(9q13-q21.1) FXN genidir. Yaklaşık %98 hastada genin 1. intronunda yer alan ve normal bireylerde 5-30 adet olan GAA tekrar sayısının 70-1000’e kadar artması hastalığa yol açar. Bu nedenle, FA bulguları gösteren hastada ilk olarak FXN geni 1. intronunun GAA tekrar bölgesini içeren PCR yapılarak, ürün boyu ile tekrar sayısı ortaya koyulmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2419 Fucosidosis FUCA1 Gen Analizi Sinonim Fukozidoz, Alfa-L-Fuklozidaz1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: Hedef doku Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Alfa-L-Fukozidaz, lizozomal bir enzimdir ve fukoz içerikli glikoprotein/glikolipidlerin yıkımında rol oynar. Fukozidoz, bunların birikimine bağlı gelişen bir lizozomal depo hastalığıdır. Hastalık, otozomal resesif kalıtılır, FUCA1 genindeki mutasyonlar sonucu ortaya çıkar. Laboratuvarımızda FUCA1 geninin tüm kodlayan bölgesi 15 çift primer kullanılarak dizi analizi yöntemi ile taranmaktadır. Genetik analiz, biyokimyasal anomalinin konfirmasyonu, taşıyıcı tespiti ve genetik danışma – prenatal-preimplantasyon tanı olanaklarının sunulabilmesi için gereklidir. Psödogen varlığı nedeniyle klinik değerlendirme mutlaka ön planda tutulmalı; Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 80 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI uygulanan yöntem sonucu bir allelde tek mutasyon bulunması durumunda diğer allelde delesyon olasılığının da ekarte edilmesi gerekliliği hatırda tutulmalıdır. Laboratuvar Kodu: 3384 Galaktozemi Genetik Analizi (GALT Geni) Sinonim: Galaktoz-1 fosfat üridil transferaz geni mutasyon analizi, GALT mutasyon analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 1/50.000 sıklıkla görülen, otosomal resesif geçiş gösteren bu hastalıkta galaktoz -1fosfat üridil transferaz aktivitesi eksiktir. Lenste galaktoz birikir, diğer dokularda galakloz -1fosfat toksisitesi görülür. Bulgular, sütle beslenmenin başlatılmasından kısa süre sonra ortaya çıkar. Sanlık, kusma, ishal, beslenme güçlüğü, kilo alamama, hepatospleno-megali, asit, katarakt, konvülziyonlar, mental retardasyon izlenir. Erken tanı konmadığı durumlarda karaciğer ve beyinde hasar gelişir. Sütle beslenmeyi izleyerek idrarda galaktoz saptanması tanıda önemlidir. Bugün birçok ülkede galaktozemili vakaların yenidoğan döneminde erken tanısı için tarama testleri yapılmaktadır. Galaktoz ve metabolitlerinin birikiminin önlenmesi için galaktozun diyetten çıkarılması gerekir. Sütçocuğunda laktozsuz diyete başlanırsa bulguların birçoğu hızla düzelir. Diyetin ergenlik çağına kadar sürdürülmesi gerekmektedir. Ancak, tedavi öncesi beyin ve karaciğerde hasar gelişmişse bu tamamen geri dönmez. Hemen doğumdan sonra tedaviye alınan vakalarda zekâ oranı % 90 veya üstüne ulaşabilir. Galaktoz-1 fosfat üridil transferaz geni (GALT) 9. kromozomun kısa kolundadır (9p13). Bu genin çok farklı mutasyonları sonucu hastalık gelişmektedir. Mutasyon spektrumu çok dağınık olduğu için Galaktozemi için GALT geninin dizi analizi yapılmaktadır. Kesin tanının koyulabilmesi, moleküler patolojinin belirlenmesi ailede risk altındaki çiftlerin ve bireylerin belirlenmesi ve bu sayede yenidoğan döneminde erken tanının sağlanabilmesi endikasyonları ile GALT geni mutasyon analizi yapılması önerilir. Laboratuvar Kodu: 4821 GALT Delesyon Duplikasyon Analizi Sinonim: Galaktoz-1 fosfat üridil transferaz geni mutasyon analizi, GALT delesyon/duplikasyon analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: 1/50.000 sıklıkla görülen, otosomal resesif geçiş gösteren bu hastalıkta galaktoz -1fosfat üridil transferaz aktivitesi eksiktir. Lenste galaktoz birikir, diğer dokularda galakloz -1fosfat toksisitesi görülür. Bulgular, sütle beslenmenin başlatılmasından kısa süre sonra ortaya çıkar. Sanlık, kusma, ishal, beslenme güçlüğü, kilo alamama, hepatospleno-megali, asit, katarakt, konvülziyonlar, mental retardasyon izlenir. Erken tanı konmadığı durumlarda karaciğer ve beyinde hasar gelişir. Sütle beslenmeyi izleyerek idrarda galaktoz saptanması tanıda önemlidir. Bugün birçok ülkede galaktozemili vakaların yenidoğan döneminde erken tanısı için tarama testleri yapılmaktadır. Galaktoz ve metabolitlerinin birikiminin önlenmesi için galaktozun diyetten çıkarılması gerekir. Sütçocuğunda laktozsuz diyete başlanırsa bulguların birçoğu hızla düzelir. Diyetin ergenlik çağına kadar sürdürülmesi gerekmektedir. Ancak, tedavi öncesi beyin ve Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 81 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI karaciğerde hasar gelişmişse bu tamamen geri dönmez. Hemen doğumdan sonra tedaviye alınan vakalarda zekâ oranı % 90 veya üstüne ulaşabilir. Galaktoz-1 fosfat üridil transferaz geni (GALT) 9. kromozomun kısa kolundadır (9p13). Bu genin çok farklı mutasyonları sonucu hastalık gelişmektedir. Mutasyon spektrumu çok dağınık olduğu için Galaktozemi için ilk sırada GALT geninin dizi analizi yapılmaktadır. Mutasyon saptanamayan olgularda GALT geni delesyon duplikasyon analizi yapılmalıdır. Laboratuvar Kodu: 4780 GATA1 Geni Ekzon 2 Analizi Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan veya EDTA’lı kemik iliği aspirasyon materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Down sendromlu (DS) çocuklarda erken yaşta akut lösemi gelişimi riski diğer çocuklara göre oldukça yüksektir. DS olgularının %4-10’unda yenidoğan döneminde transient myelopraliferatif hastalık (TMD) gelişmektedir. TMD gelişen olguların ise %60’ında ilk 3 ayda geri dönüş görülmekle birlikte, %20 olguda spontan remisyonu izleyen 2-3 yılda myeloid lösemiye transformasyon gelişmektedir. Bir hematopoetik transkripsiyon faktörü kodlayan ve X kromozomu kısa kolu üzerinde 11.23 bandında yerleşik olan GATA1 geninin 2. ekzonundaki kazanılmış mutasyonların TMD ile birliktelik gösterdiği ve remisyondan sonra gelişen lösemi transformasyonunda da aynı mutasyonun tekrar ortaya çıktığı gösterilmiştir.Bu nedenle GATA1 mutasyonları hastalığın takibinde bir belirteç olarak kullanılmaktadır. Laboratuvarımızda GATA1 geni ekzon 2 incelemesi dizi analizi ile yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3966 Gaucher GBA Geni Dizi Analizi Sinonim: GBA geni mutasyonları, lizozomal glukoserebrozidaz defekti Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 28 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Gaucher hastalığı, lizozomal glukoserebrozidaz defekti sonucu meydana gelen otozomal resesif bir hastalıktır. Proteini sentezleyen gen olan glukozidaz (GBA)’daki homozigot veya compound heterozigot mutasyonlar defektten sorumludur.7 Kb yer kaplayan genin, pseudogen varlığı nedeniyle gen konversiyonuna sebep olan kompleks mutasyonları da söz konusu olabilmektedir. Laboratuvarımızda reverse hibridizasyon yöntemiyle sık rastlanan mutasyonların taramasına (test kodu:6113) dizi analizi metodolojisiyle nokta mutasyonlar da taranmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4054 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 82 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI GCH1 Dizi Analizi Sinonim: Segawa hastalığı, DOPA-duyarlı distoni, GTP siklohidrolaz I, BH4 defektif hiperfenilalaninemi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Çocukluk çağının distonilerinden biri olan Segawa hastalığında hastada Parkinson benzeri semptomlar görülür. Hastalık, çocukluk çağında bacaklarda oluşan distonilerle başlar. Hastalığın en önemli özelliğinden bir tanesi de sabah yakınmaları neredeyse hiç yok denecek kadar azken, günün ilerleyen saatlerinde ve özellikle akşamları hastada belirgin distoni görülmesidir. Diğer çocukluk çağı distonilerinden farklı olarak düşük doz L-dopa’ya çok iyi yanıt verir. Otozamal dominant geçişli olan bu hastalığa 14. kromozomda yer alan (14q22.2) GTP siklohidrolaz I (GCH1) geninin çeşitli mutasyonları yol açmaktadır. Genin kodladığı protein, tetrahidrobiyopterin (BH4) sentezinde rol oynar. BH4, içinde fenilalaninin de olduğu aromatik aminoasitlerin metabolizmasında kofaktör olarak işlev yapar. Bu nedenle, Segawa hastalığına hiperfenilalaninemi eşlik edebilir. GCH1 geninin bazı mutasyonları ise BH4 defektif hiperfenilalaninemiye yol açar. Laboratuarımızda CGH1 geninin tüm ekzonlarının dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3872 Genetik Aritmi Paneli Sinonim: Primary Electrical Disorders (PED), Kalp İletim Kusurları Genetik Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4-12 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 10ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Kalbin primer elektriksel iletim kusurları, yapısal-anatomik bir patoloji olmaksızın gelişen, bu nedenle tespiti zor olan ve ventriküler aritmi, ani ölüm riski yaratması nedeniyle önem arz eden hastalık grubudur. Özellikle genç ve sağlıklı bireyler risk grubunu oluşturur. Özellikle kısa QT, uzun QT, Brugada, Erken repolarizasyon sendromları, katekolaminerjik polimorfik ventriküler takikardi başta olmak üzere birçok hastalık ve gen sorumludur. Çoğunlukla otozomal dominant aktarım sergilenmesi nedeniyle çocuklarında da %50 hastalık riski mevcut olması, genetik analizin önemini artırmaktadır. Laboratuvarımızda DNA dizi analizi yöntemiyle toplam 51 genlik geniş bir panel çalışılmakta ve raporlanmaktadır. Birden fazla gende yatkınlık yaratan mutasyon taşınıyor olabilmekte, özellikle resesfi kalıtılan olgularda taşıyıcıların belirlenmesi de önem arz etmektedir. Çalışılan genler tablo halinde verilmiştir: Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 83 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kısaltmalar AF: Atrial Fibrillation ARVD: Arrhythmogenic right ventricular dysplasia ASD & AV: Atrial Septal defect and Atrioventricular block BrS: Brugada Syndrome CM: cardiomyopathy CPVT: catecholaminergic Polymorphic Right Ventricular Dysplasia ERS: Early Repolariztion Syndrome HB: Heart Block IVF: Idiopathic Ventricular Fibrillation LQT: Long QT Syndrome SIDS: Sudden Infant Death Syndrome SQT: Short QT syndrome SSS: Sick Sinus Syndrome Laboratuvar Kodu: 3599 Gilbert Hastalığı UGT1A1 5’(TA) Tekrar Sayısı Sinonim: Gilbert sendromu, UGT1A1*01, UGT1A1*28, kalıtsal hiperbilirübinemi Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Gilbert sendromu (Gilbert-Meulengracht sendromu) hiperbilirübineminin kalıtsal nedenleri arasında birinci sırada olup, sıklığı %5-10 olarak bilinmektedir. En belirgin bulgusu kandaki konjuge olmayan bilirübin düzeyinin yükselmesine bağlı gelişen sarılıktır. Hiperbilüribinemi, bilüribin konjugasyonunu sağlayan glukroniltransferaz enziminin aktivitesinde %70-80 azalma sonucu gelişir. Bu enzimi (uridine-diphosphateglucuronosyltransferase isoform 1A1, UDP-glucuronosyltransferase 1A1) 2.kromozomun q37 bölgesinde yer alan UGT1A1 geni kodlar. . UGT1A1 geninin promotor bölgesinde bulunan timinadenin (TA) tekrar sayılarının değişmesi enzim düzeyini etkiler. Tekrar sayısının 6 dan fazla olması; UGT1A1 enzim düzeyini düşürür. Populasyonun %50’sinde bu tekrar sayısı 6’dır. Tekrar sayısının 7 olduğu UGT1A1*28 varyantı [A(TA7)TAA], populasyonlara göre %3 ile %40 arasında değişen sıklıklarda bulunmaktadır. Gilbert hastalığı genellikle homozigot UGT1A1*28 varyantı ile birlikte görülür. %94 olguda diğer glukroniltransferazlar (UGT1A6, UGT1A7) da etkilenmiş olarak bulunmaktadır. Bunun yanında UGT1A1’in Gly71Arg (UGT1A1*6), Tyr486Asp ( UGT1A1*7), Pro364Leu (UGT1A1*73) varyantları da hastalığa yol açabilir. Laboratuarımızda Gilbert sendromu öntanısı ile refere edilen hastalarda UGT1A1 geni promotor bölgesi TA tekrar sayısı dizi analizi ile saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3624 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 84 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Glikojen Depo Hastalığı Tip1 (G6PC) Sinonim: GSD1A, GLUCOSE-6-PHOSPHATASE, CATALYTIC, 1; G6PC1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Karaciğer ve böbrekte glikojen ve yağ depolanması ile karakteriz hastalık Tip1A ve Tip1B olarak, birbirinden ayırt edilemeyen; ancak iki farklı genin sorumlu tutulduğu iki ayrı antiteden ibarettir. Glukoz 6 fosfataz geninin (OMIM 613742)sorumlu tutulduğu Tip1A, olguların %80’inden sorumludur. Laboratuvarımızda genin kodlayan bölgesi dizi analizi yöntemiyle taranmakta olup, analiz yönteminin teknik kapasitesi, HGMD veritabanında tanımlı ilgili mutasyonların yaklaşık %80’ini kapsamaktadır. Laboratuvar Kodu: 3566 GLUD1 Geni Dizi Analizi Sinonim: GLUTAMATE DEHYDROGENASE 1, GLUD1, GDH, GLUD, KONJENITAL HIPERINSÜLINIZM VE HIPERAMONEMI Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Hiperinsülinizm, yenidoğan döneminde tekrarlayıcı ve ağır hipogliseminin en sık nedenlerinden biridir. Uygun tedavi yapılmadığında kalıcı beyin zedelenmesine yol açacağından önemlidir. Konjenital hiperinsülinizm ve hiperamonyemi birlikteliği 1996 yılında gösterilmiştir3,8,9. Hiperinsülinemi hiperamonemi sendromu (HIHA) pankreas ve karaciğerde işlev yapan mitokondrial matriks enzimi glutamat dehidrogenazı kodlayan ve 10q23,2’de yerleşik olan GLUTAMATE DEHYDROGENASE 1 (GLUD1) geni mutasyonu sonucu gelişir. Laboratuvarımızda GLUD1geni dizi analizi yöntemi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4787 Glutarik Asidemi Tip1 Genetik Test Sinonim: GCDH Gen Mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Glutarik asidemi tip I, gliosis ve bazal gangliyonlarda nöron kaybı ile karakterize, genelde yaşamın ilk yılında manifest hale geçen hareket bozukluğu şeklinde kendini gösteren otozomal resesif bir organik asidemi türüdür. Glutaryl-CoA dehydrogenase kodlayan ve 19p13 bölgesinde lokalize GCDH geninde homozigot veya kompound heterozigot mutasyonlarla ortaya çıkar. Laboratuvarımızda bu genin kodlayan bölgesine yönelik HGMD veritabanında yer alan mutasyonlar dizi analizi yöntemi ile taranmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3770 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 85 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI GM1 Gangliozidozis (GLB1 Geni) Sinonim: GM1 gangliosidosis, Morquio hastalığı tip B, mukopolisakkaridoz IVB lizozomal depo, GLB1 Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı:GM1 Gangliozidozis (generalize gangliozidozis) otozomal resesif kalıtılan bir lizozomal depo hastalığıdır. GM1 gangliozid, oligosakkarid ve mukopolisakkarid keratan sülfat birikimi ile gelişir. 3 tipi vardır; infantil, juvenil ve erişkin. İnfantil formda gangliozid birikimine bağlı mental gerilik, kaba yüz görünümü ve hepatomegali görülmektedir. Juvenil formda bulgular daha geç ortaya çıkar. Erişkin formda ise, Parkinson bulguları ile birlikte yavaş ilerleyen demans ortaya çıkar. ß-galaktozidaz eksikliği ile gelişen hastalığa bu enzimi kdlayan GLB1 genindeki mutasyonlar yol açar. Laboratuarımıza GM1 Ganglisidozis öntanısı ile refere edilen hastalarda GLB1 geni dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3629 HbS Mutasyon Analizi Sinonim: Orak hücreli anemi, Sickle cell anemi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Ülkemizde özellikle güney bölgelerimizde çok sık görülen orak hücreli anemi, kansızlık nedenleri içinde ilk sıralarda yer almaktadır. Hastalıkta, eritrositler normal bikonkav disk şekli yerine karakteristik orak şekli alırlar. Bu değişik form anemiye, periferal damar tıkanıklığına, ara sıra acı veren krizlere ve bazen de kalp krizi nedenli ölüme neden olur. Hemoglobinlerde tek aminoasit değişikliği –valin yerine glutamin geçmesi- sonucu anormal formlu hemoglobin (Hbs) oluşur. Hemoglobinin anormal formu olan Hbs eritrositlerin orak şekli almasından sorumludur. Bunun nedeni ise Hbs moleküllerinin düşük O2 tansiyonuda eriyebilirliklerinin azalmasıdır. İlk keşfedilen ve 11p15.5’de yer alan globin geninde meydana gelen bir nokta mutasyonu sonucu oluşan kalıtsal bir hastalıktır. Laboratuvarımızda hastalığa yol açan E6V mutasyonu saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3121 Hemofili A Bağlantı Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan aileden (hangi aile üyelerinden olacağını öğrenmek için lütfen iletişim kurunuz) Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Linkage analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Hemofililer; kan pıhtılaşmamasına bağlı bulgular gösteren, kalıtsal hastalıklardır. Trombinin fibrine dönüşmesi reaksiyonu için pek çok sayıda faktöre ihtiyaç vardır. Bunlardan Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 86 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI faktör VIII ve faktör IX‘u kodlayan genler X kromozomu üzerinde bulunmaktadır. Hemofili A, faktör VIII eksikliği sonucu gelişir. FVIII, kan pıhtılaşma sürecinde FIX’un FX’u aktive ettiği reaksiyonda kofaktör olarak çalışır. Geni Xq28’de bulunur. FVIII geninde gerçekleşen mutasyonlar sonucu Hemofili A oluşur. Laboratuvarımızda, Hemofili A tanısı için bağlantı analizi yapılmaktadır. Bu çalışmanın esası hastalıkla birlikte görülenilecek bir işaretin tanımlanmasıdır. Klinik tanının kesin olması durumunda uygulanabilir. Hasta bireyle birlikte sağlıklı kardeş ve ebeveynin de çalışılması gerekir. Laboratuvar Kodu: 3094 Hemofili B Bağlantı Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan aileden (hangi aile üyelerinden olacağını öğrenmek için lütfen iletişim kurunuz) Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Linkage analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Hemofililer; kan pıhtılaşmamasına bağlı bulgular gösteren, kalıtsal hastalıklardır. Trombinin fibrine dönüşmesi reaksiyonu için pek çok sayıda faktöre ihtiyaç vardır. Bunlardan faktör VIII ve faktör IX‘u kodlayan genler X kromozomu üzerinde bulunmaktadır. Hemofili B, faktör IX eksikliği sonucu gelişir. Kan pıhtılaşma sürecinde FIX, FX’u aktive eder. FIX geninde gerçekleşen mutasyonlar sonucu Hemofili B oluşur. Laboratuvarımızda, Hemofili B tanısı için bağlantı analizi yapılmaktadır. Bu çalışmanın esası hastalıkla birlikte görülenilecek bir işaretin tanımlanmasıdır. Klinik tanının kesin olması durumunda uygulanabilir. Hasta bireyle birlikte sağlıklı kardeş ve ebeveynin de çalışılması gerekir. Laboratuvar Kodu: 3095 Hemokromatozis (2 Mutasyon) Sinonim: HFE mutasyon analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Hemokromatozis, vücudun bir çok dokusunda progresif demir birikimi ile karakterli, otozomal resesif geçişli genetik bir hastalıktır. Artropati, karaciğer sirozu, melanoderma, kalp yetersizliği, diabetes mellitus ve diğer endokrin yetersizliklerle ortaya çıkabilir. Hemokromatozis, otozomal resesif geçişli bir hastalıktır. Hastalıktan sorumlu gen 6. kromozomdaki HFE genidir. C282Y mutasyonunu hastalıkla doğrudan ilişkilidir. Laboratuvarımızda HFE geni incelemesinde C282Y yanısıra H63D mutasyonuna da bakılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2196 Hemokromatozis (18 Mutasyon) Sinonim: HFE mutasyon analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 87 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Hemokromatozis, vücudun bir çok dokusunda progresif demir birikimi ile karakterli, otozomal resesif geçişli genetik bir hastalıktır. Artropati, karaciğer sirozu, melanoderma, kalp yetersizliği, diabetes mellitus ve diğer endokrin yetersizliklerle ortaya çıkabilir. Hemokromatozis, otozomal resesif geçişli bir hastalıktır. Hastalıktan sorumlu gen 6. kromozomdaki HFE genidir. Laboratuvarımızda HFE geni incelemesinde tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2775 HER2/NEU/TopoIIa Sinonim: ERBB2 amplifikasyonu HER2 amplifikasyonu, TOPO2A amplifikasyonu, Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Tümor dokusu Numune Miktarı: 2 adet poli-lizin kaplanmış (pozitif) lam üzerine 4 adet 5µm’lik kesit Numune Kabı: Parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Meme kanserlerinin yaklaşık %18-20 ‘sinde İnsan epidermal büyüme faktörü reseptörü 2 geni (ERBB2=HER2) artmıştır. HER2’nin ekspresyonundaki artş meme kanserli hastalarda kötü prognoz ile ilişkilidir. Bugün meme kanserinde HER2/neu testi kemoterapiye yanıtın öngörülmesi ve monoklonal antikor tedavisinden (transtuzumab) yararlanabilecek hastaların belirlenmesi için yapılmaktadır. Meme kanseri tedavisinde klinik karar sürecini etkileyeceğinden yeni tanı alan her olguda HER2 testinin tanı aşamasında yapılması önerilmektedir. Topoizomeraz IIA(TOPOIIA)’nın da kemoterapiye yanıtta önemli olduğu gösterilmiştir. Laboratuvarımızda HER2/Neu/TOPOIIA testi dokuda FISH yöntemi uygulanarak yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2386 HER2 Nokta Mutasyonları Sinonim: Küçük hücreli dışı akciğer kanseri, NSCLC, Akciğer Adenokanser, HER2 mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: Taze doku, parafin doku, bronş aspirasyon materyali Numune Miktarı: 5µm’lik 15 kesit Çalışma Yöntemi: Real time PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK), tüm akciğer kanserlerinin %85’ini oluşturur ve çoğunlukla adenokarsinom patolojisi gösterir. Hastanın klinik durumuna göre tedavi opsiyonları içerisinde cerrahi yaklaşım, radyoterapi ve kemoterapi yer alır. Kemoterapi, tedavinin en önemli parçalarından biri olmakla birlikte, moleküler hedefe yönelik tedaviler bazı seçilmiş hastalarda uygulanabilmektedir. EGFR, KRAS ve ALK onkogenlerdeki mutasyonların tespit edilmesi, tedaviden faydalanabilecek olan hasta seçimi açısından büyük önem taşır. HER2 mutasyonları, EGFR, KRAS ve ALK mutasyonları görülmeyen KHDAK hastalarında %6 oranında gözlenir. Geniş akciğer kanseri ilaç panellerinin olması sebebiyle de, HER2 mutasyon testinin adenokarsinomlar için rutin klinik genotiplendirmeye alınması önerilmektedir. Retrospektif yapılan N= 3800 olan bir çalışmada, 65 adet (%1.7) HER2 exon 20 mutasyonu tespit edilmiş; HER2 exon 20 mutasyonu taşıyan KHDAK hastalarında, trastuzumab +kemoterapi alan 15 hastada %96, afatinib monoterapisi alan 4 hastada %100 hastalık kontrol oranı tespit edilmiştir. Görülen HER2 exon 20 insersiyonları aşağıdaki gibidir: Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 88 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Her2 Ekzon 20 mutasyon A775_G776insYVMNA G776 > VC P780_Y781insGSP V777_G778insCG M774_A775insAYVM Laboratuvar Kodu: 3799 İnsidans %83 %8 %4 %4 Case study Herediter Anjioödem Tip 1, Tip2 Sinonim: SERPING1 geni mutasyonları, C1-INH defekti Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Herediter Anjioödem; genellikle ağrının eşlik etmediği, tekrarlayıcı ve geçici şişlik ataklarıyla seyreden, nadir bir genetik hastalıktır. HA’nın sıklığının 10,000’de 1 ile 50,000’de 1 arasında olduğu tahmin edilmektedir ve tüm etnik gruplarda kadınlarla erkekleri eşit şekilde etkiler. Anjioödem atakları vücüdun herhangi bir bölgesini etkileyebilir. Ancak şişlikler en çok; el, kol ve bacaklarda, yüzde, solunum yollarında, barsak duvarı gibi iç organlarda, gövdede, boyun ve genital bölgede meydana gelme eğilimindedir.Hastalık 3 tiptir. Tip 1 ve Tip2 vücutta C1 esteraz inhibitörü (C1-INH) olarak bilinen özel bir proteinin kalıtsal fonksiyon bozukluğu veya eksikliği nedeni ile gelişir. Bu proteini kodlayan SERPING1 geni 5q35.3’de yer alır ve 8 ekzondan oluşur. Laboratuarımızda SERPING1 geninin tüm ekzonlarının dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3805 Herediter Anjioödem Tip 3 Sinonim: Hageman faktör mutasyonları, F12 mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Herediter Anjioödem; genellikle ağrının eşlik etmediği, tekrarlayıcı ve geçici şişlik ataklarıyla seyreden, nadir bir genetik hastalıktır. HA’nın sıklığının 10,000’de 1 ile 50,000’de 1 arasında olduğu tahmin edilmektedir ve tüm etnik gruplarda kadınlarla erkekleri eşit şekilde etkiler. Anjioödem atakları vücüdun herhangi bir bölgesini etkileyebilir. Ancak şişlikler en çok; el, kol ve bacaklarda, yüzde, solunum yollarında, barsak duvarı gibi iç organlarda, gövdede, boyun ve genital bölgede meydana gelme eğilimindedir.Hastalık 3 tiptir. Tip 1 ve Tip2 vücutta C1 esteraz inhibitörü (C1-INH) olarak bilinen özel bir proteinin kalıtsal fonksiyon bozukluğu veya eksikliği nedeni ile gelişir.Tip3 ise C1 esteraz inhibitörü işlevinin normal olduğu tiptir. Herediter Anjioödem Tip 3’ten F12 geni mutasyonları sorumludur. Bu genin protein ürünü Hageman faktörüdür. Karaciğerde sentezlenen Hageman faktörü; kanın yabancı yüzeylerle teması sonucu etkinleşen bir pıhtılaşma faktörüdür. 5q35.3’de yer alan F12 geni; 7.5 kb uzunluğunda olup, 14 ekzondan oluşmaktadır. Laboratuarımızda F12 geninin tüm ekzonlarının dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 5754 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 89 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Herediter Fruktoz İntoleransı (ALDOB Geni) Sinonim: Aldolaz B mutasyonları, ALDOB mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Fruktoz veya sükroz (fruktoz+glukoz) içeren gıdaların alımı ile ortaya çıkan ağır bir hastalıktır ve otozomal resesif olarak kalıtılır. Erken klinik belirtiler galaktozemiye benzer. Früktoz alındıktan sonra hipoglisemi görülür. Terleme, titreme, baş dönmesi, şuur bulanıklığı, bulantı, kusma, şok ve komaya kadar değişebilen hipoglisemi bulguları gelişir. Kilo alamama, kusma, letarji, irritabilite, konvulziyonlar, büyüyememe, sarılık, hepatomegali, ödem, asit gözlenebilir. Böbrek tübülülerinin tutulmasına bağlı olarak hipofosfatemik raşitizm gelişir. Hastalıktan “Aldolaz B (ALDOB) geni sorumludur. Bu genin protein ürünü karaciğer, böbrek ve ince barsaklarda sentezlenir ve früktozu metabolize eder. 9q31.1’de yer alan ALDOB geni; 14.5 kb uzunluğunda olup, 9 ekzondan oluşmaktadır. Hastalığa yol açan mutasyonlar genin 1.ekzon hariç tüm ekzonlarına dağılmıştır. Laboratuarımızda Herediter Fruktoz İntoleransı şüphesinde ALDOB geninin 2-9. ekzonlarının dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2227 Herediter Spastik Parapleji Sinonim: HEREDİTER SPASTİK PARAPLEJİ TİP5A, CYP7B1 Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Herediter spastik parapleji (HSP) ailevi spastik paraparezi veya Strümpell-Lorrain hastalığı olarak da bilinmektedir. Piramidal yolun disfonksiyonuna bağlı olarak alt ekstremitelerde ilerleyici spastisite ile karakterize olan ve genetik heterojenite gösteren (otozomal dominant, otozomal resesif ve X’e bağlı) bir genetik hastalıktır. HSP tip 5 otozomal resesif kalıtılan bir tipi olup, 8q12.3’te yerleşik olan CYTOCHROME P450, FAMILY 7, SUBFAMILY B, POLYPEPTIDE 1’i kodlayan CYP7B1’in mutasyonları ile gelişmektedir. Laboratuvarımızda HSP Tip5A için CYP7B1geni dizi analizi yöntemi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4011 Hipofosfatazya ALPL Geni Dizi Analizi Sinonim: ALPL geni mutasyonları, TNSALP geni mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 28 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Defektli kemik mineralizasyonuna neden olan hipofosfatazya kalıtsal bir hastalıktır. Serum ve doku (karaciğer/kemik/böbrek) alkalen fosfataz aktivitesi defekti nedeni ile gelişir. Hastalık klinik değişkenlik gösterir. Tanı yaşına göre 4 gruba ayrılır: perinatal, infantil, çocukluk ve erişkin. Perinatal ve infantil başlangıçlı formları ağır seyirli olup otozomal resesif kalıtılır. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 90 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Diğer ikisinin ise otozomal resesif ve otozomal dominant formları vardır. Hastalığa ALPL geni mutasyonları neden olur. 1p36.1’de yerleşik olan gen 12 ekzondan oluşur ve 50kb büyüklüğündedir.. Laboratuvarımızda hastalıktan sorumlu olan ALPL geninin kodlayan bölgeleri dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4067 Hipokalemik Periyodik Paralizi Genetik Analizi (CACNA1S 4 Mutasyon ve SCN4A 5 Mutasyon) Sinonim: HOKPP, CACNA1S 4 Mutasyon, SCN4A 5 Mutasyon Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Bilinen iki tür epizodik jeneralize flaksid zayıflıkla seyreden dominant hastalık vardır: Hipokalemik (HOKPP) ve hiperkalemik (HYPP) periyodik paralizi. HOKKP’de sorumlu tutulan iki ayrı genin bazı sık rastlanan mutasyonları bildirilmiştir. Merkezimizde dizi analizi yöntemiyle CACNA 1S ve SCN4A sık mutasyon tayini uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4615 Hipokondroplazi Mutasyon Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Akondroplazinin daha hafif şeklidir. Hastalığa neden olan genetik değişiklik FGFR3 geni mutasyonlarıdır. Hastaların büyük bir kısmında FGFR3 genindeki G380R ve N540K değişimi bulunduğu için Hipokondroplazi hastalarında ilk olarak Hipokondroplazi mutasyon analizi yapılması önerilir. Bu mutasyonların bulunmadığı hastalarda FGFR3 dizi analizi yapılmalıdır. Laboratuvar Kodu: 3109 HLA-B27 (PCR) Sinonim: Ankilozan spondilit yatkınlığı Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Doku uygunluk antijenlerinden olan HLA-B27 beyaz ırkta %8, siyah ırkta %4 ve sarı ırkta %0.5-9 sıklıkta bulunur. HLA-B27 seronegatif spondiloarteopatiler ile güçlü birliktelik gösterir. HLA-B27 pozitif bireyler içinde ankilozan spondilit sıklığının genel topluma göre artmış olduğu (%1.8) bildirimiştir. Ankilozan spondilit hastalarının yaklaşık %90’ında HLA-B27 pozitiftir. HLA-B27, ankilozan spondilit hastalarının yaklaşık olarak %90-96’sında pozitiftir. HLAB27 pozitifliği tek başına tanı koydurmaz. Ancak, HLA-B27 varlığı ankilozan spondilite yatkınlığı Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 91 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI arttırır. HLA-B27 pozitifliği saptanan bireylerin 1/5'inde hastalık gelişir. Laboratuvarımızda HLA-B27 pozitifliği PCR ile saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 6114 HLA-B51 Sinonim: Behçet hastalığı yatkınlığı Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 7-10 gün Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Real time PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Behçet hastalarında daha sık olarak HLA-B51 pozitifliği saptandığı bilinmektedir. Ancak bu birliktelik popülasyonlara göre farklılık göstermektedir. Behçet hastalığında HLA-B51 pozitif / HLA-B51 negatif oranı Türkiye’de 13,3, Japonya’da 6,7, ABD’de ise 1,3 olarak rapor edilmiştir. Ancak, HLA-B51’in hastalığa yatkınlık oluşturmaktan çok hastalığın seyri üzerine etkili olduğu bildirilmektedir. HLA-B51 sıklığı posterior üveitli ve santral sinir sistemi tutulumu olanlarda daha yüksektir. Behçet hastalığı ile ilişkili olan HLA haplotiplerinin HLA-B5101, HLAB5102, HLA-B5108, HLA-B5109 olduğu kabul edilmektedir. Laboratuvarımızda HLA-B51 pozitifliği istenen bireylerde pozitiflik saptandıktan sonra 01-09 arasındaki alellerin saptanması için Real time PCR yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2191 HLA-B5701 Sinonim: Behçet hastalığı yatkınlığı Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR Referans Aralığı: Kullanımı: HLA-B5701 sıklığı farklı toplumlarda %1 ile %10 arasında değişmektedir. HLAB5701 pozitifliği ilaç kullanımına bağlı inflamatuar cilt lezyonlarının gelişimi ile sıklıkla birliktelik göstermektedir. HLA-B5701’li bireylerin duyarlılığının yüksek olduğu bu ilaçlardan birisi de HIV tedavisinde kullanılan “abacavir”dir. Bir antiviral ajan olan abacavir, duyarlı bireylerde ateş, cilt döküntüleri, iştahsızlık, bulantı, kusma, ishal ve karın ağrısı gibi gürültülü yan etkilere yol açmaktadır. Bu nedenle, abacavir kullanımı öncesinde HLA-B5701 testi yapılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3875 HNPP Sinonim: PMP22 Delesyonu, 17P11.2 Delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Hastalığın gelişim nedenleri CMT’ye benzer ancak farklı bir bulgular görülür. HNPP hastalarının çoğunda tek kolda lokalize olmuş tekrarlayıcı paralizi atakları veya seğirmeler Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 92 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI görülür ancak bunlar birkaç hafta sonra geçer. Bazılarında ise HNPP ilerleyicidir ve bulgular CMT ye (bkz. Charcot Marie Tooth) benzerlik gösterir. Otozomal dominant kalıtılır, yani HNPP’li hastaların kendileri gibi bir çocuğa sahip olma riski %50'dir. Hastalığa 17p11.2’de yer alan PNP22 geninin kaybı (delesyonu) yol açar. HNPP bulguları gösteren hastalarda delesyon saptanır. Laboratuvar Kodu: 2164 HOLT-ORAM TBX5 Geni Dizi Analizi Sinonim: HOS1, HEART-HAND SYNDROME, ATRIODIGITAL DYSPLASIA Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3-4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Özellikle baş parmak anomalisi olmak üzere üst ekstremite defekti ve atrial septal defekt kardinal bulgusu ile karakterize sendromdur. Hastaların yaklaşık %70’inde TBX5 geninde heterozigot bir patojenik varyant saptanmaktadır. Merkezimizde dizi analizi yöntemi ile TBX5 geni taranmakta olup, kodlayan bölgedeki nokta mutasyonları için duyarlılığı oldukça yüksek bir değer taşımaktadır. Laboratuvar Kodu: 4836 HOXA1 Gen Analizi Sinonim: HOMEOBOX 1F; HOX1F, Hox-1.6, MOUSE, HOMOLOG OF, HOMEOBOX A1; Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 7p15.2’de lokalize olup, mutasyonları Athabaskan Braınstem Dysgenesıs Syndrome; (ABDS, OMIM: 601536) ile ilişkilidir. ABDS, yerli Amerikalı ırklardan Athabaskanlarda ilk olarak tanımlanmış birden fazla sistemi tutan bir sendromdur. İlk tanımlamalarda global gelişimsel gerilik, nöbetler, sağırlık, santral hipoventilasyon ve nörolojik görme bozuklukları bildirilmiştir. Merkezimizde HOXA1 gen analizi uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3496 HRAS Mutasyonları Sinonim: Costello sendromu, melanoma, kolorektal kanser, NSCLC, meme kanseri Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Costello sendromu; oldukça nadir görülen, genetik bir bozukluk sonucu ortaya çıkan, zihinsel ve bedensel gelişme geriliği, tipik yüz görünümü (epikantus, pitozis, düşük kulak, belirgin dudaklar ve büyük ağız) ve kalp anomalilerinin görüldüğü bir hastalıktır. Bu hastalık tablosu ile doğan çocuklarda belirli kanser türleri daha fazla görülür. Costello sendromuna HRAS adı verilen gende bir mutasyon neden olur. Hücre bölünmesi ve büyümesini kontrol eden bir proteini kodlar. Mutasyonları otozomal dominant etkili olup, işlev Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 93 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI artışına yol açar. Neredeyse tüm olgularda spontan mutasyon saptanır. Laboratuarımızda Costello sendromu öntanısı ile refere edilen hastalarda HRAS geni dizi analizi yapılmaktadır. Bunun yanında, malign melanoma, kolorektal kanserler, akciğer kanseri ve meme kanseri gibi birçok kanser türünde de kanser dokusunda HRAS mutasyonları saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3625 Hunter IDS Geni Dizi Analizi Sinonim: IDS geni mutasyonları, Mukopolisakkaridoz II, MPS II Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 28 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Hunter sendromu (mukopolisakkaridoz II, MPS II), X'e bağlı resesif aktarılan lizozomal depo hastalıklarının ciddi tiplerinden birisidir. Genellikle erkekleri etkileyen Hunter sendromunda, iduronat-2-sülfataz (I2S) enzim eksikliği ya da yokluğu nedeniyle glikozaminoglikanlar (GAG) hücrelerde birikirler. Bu birikim belli hücre ve organların fonksiyonlarını etkiler ve bir dizi ciddi semptoma yol açar. GAG birikimi vücut hücrelerinde devam ettikçe, Hunter sendromunun belirtileri daha görünür hale gelir. Bu hastalıkta farklı yüz özellikleri ve bazı fiziksel özellikler vardır. Hunter sendromu merkezi sinir sistemi tutulumu nedeni ile gelişimsel geriliğe yol açar. Hunter sendromu olan bütün hastalar aynı şekilde etkilenmezler, semptomların progresyon oranı hastadan hastaya farklılık gösterir. Ancak, her zaman şiddetli, ilerleyici ve hayat sınırlayıcı bir hastalıktır. Laboratuvarımızda hastalıktan sorumlu olan enzimi kodlayan IDS geninin kodlayan bölgeleri dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4056 Huntington Hastalığı Mutasyon Analizi Sinonim: HD, CAG artışı, HD geni mutasyon analizi, HTT geni mutasyon analizi, IT15 geni mutasyon analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR, dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Otozomal dominant olarak kalıtılan bir hastalık olup beyin ve sinir sistemini etkiler. Hasta kişiler genellikle heterozigotlardır. Hastalığın ilk belirtileri 30-50 yaş arasında gözlenir ve istem dışı hareketler, kişilik değişimleri gözlenir. Çabuk sinirlenme, depresyon, içine kapanma, ve konsantre olamama gibi davranışlar da hastada mevcuttur. Yutmada zorlanma, bunama, konuşmada zorluk da ilerleyen dönemlerde ortaya çıkar. Hasta bireyin çocuklarına bu hastalığı aktarma riski %50 oranındadır. Hastalıktan sorumlu gen 4. kromozomdaki(4p16.3) HTT genidir. Hastalığa neden olan mutasyon HTT genindeki CAG tekrar sayısının artmasıdır. 8-35 CAG tekrarı taşıyan bireyle normalken, 4286 CAG tekrarı taşıyan bireyler hastalıktan etkilenmişlerdir. HD genindeki CAG tekrar sayısı ile hastalığın başlama yaşı ters ilişkilidir. Yani CAG tekrar sayısı arttıkça hastalığın belirtilerinin ortaya çıktığı yaş küçülür. Yapılan test ile HD geni CAG tekrar sayısı belirlenerek kişinin bu mutasyona sahip olup olmadığı belirlenmektedir. Laboratuvar Kodu: 2423 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 94 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI IDH1 Geni Ekzon 4 Analizi Sinonim: MDS, Glioma, isocitrate dehydrogenase 1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan veya EDTA’lı kemik iliği aspirasyon materyali, Taze doku, parafin doku Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Astrositoma, oligodendroglioma, grade II ve II oligoastrositoma ve sekonder glioblastom olgularının %50-80’inde izositrat dehidrogenaz 1 (IDH1) veya 2 (IDH2) genlerinden birisinde mutasyon saptanır. IDH1/2 mutasyonu olan glioma olgularında her zaman TP53 mutasyonu ya da total 1p/19q kaybı da bulunmaktadır. IDH1/2 mutasyonu olan glioma olgularının yaşam süresi yaban tip olanlardan belirgin olarak daha uzundur. IDH1 genindeki R132C mutasyonu ile astrositoma arasındaki ilişki çok belirgin olup, günümüze kadar tanımlanmış tüm glioma ilişkili mutasyonlar R132 değişimi şeklinde tanımlanmıştır. Bunun yanında myeloid malignitelerde de IDH1/2 mutasyonları prognostik önem taşımaktadır. AML’de %10, MDS’te %5, MPN’de %4, MDS/MPN’de %9, post-MDS AML’de %15, post-MPN AML2de %22, del(5q)- yüksek riskli MDS veya AML’de %22 ve blastik faz KML’de %4 sıklıkta IDH1/2 mutasyonları saptanmaktadır. NPM1+/FLT3- AML’de (sitogenetik normal) kötü prognostik belirteç olarak değerlendirilirken, FLT3+ AML’de IDH1/2 mutasyonu daha iyi prognoza işaret etmektedir. Laboratuvarımızda glioma için tümör dokusu ve myeloid maligniteler için kemik iliği aspirasyon materyalinde IDH1 geni 4. Ekzonu dizi analizi ile incelenerek R132 değişimleri saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3969 IDH2 Geni Ekzon 4 Analizi Sinonim: MDS, Glioma, isocitrate dehydrogenase 1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan veya EDTA’lı kemik iliği aspirasyon materyali, Taze doku, parafin doku Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Astrositoma, oligodendroglioma, grade II ve II oligoastrositoma ve sekonder glioblastom olgularının %50-80’inde izositrat dehidrogenaz 1 (IDH1) veya 2 (IDH2) genlerinden birisinde mutasyon saptanır. IDH1/2 mutasyonu olan glioma olgularında her zaman TP53 mutasyonu ya da total 1p/19q kaybı da bulunmaktadır. IDH1/2 mutasyonu olan glioma olgularının yaşam süresi yaban tip olanlardan belirgin olarak daha uzundur. IDH2 genindeki glioma ilişkili mutasyonlar R172 değişimi şeklinde tanımlanmıştır. Bunun yanında myeloid malignitelerde de IDH1/2 mutasyonları prognostik önem taşımaktadır. AML’de %10, MDS’te %5, MPN’de %4, MDS/MPN’de %9, post-MDS AML’de %15, post-MPN AML2de %22, del(5q)- yüksek riskli MDS veya AML’de %22 ve blastik faz KML’de %4 sıklıkta IDH1/2 mutasyonları saptanmaktadır. NPM1+/FLT3- AML’de (sitogenetik normal) kötü prognostik belirteç olarak değerlendirilirken, FLT3+ AML’de IDH1/2 mutasyonu daha iyi prognoza işaret etmektedir.IDH2 geninde myeloid malignitelerde en sık tanımlanan mutasyonlar, 140 ve 172. pozisyondaki arjinin aminoasitinin değişime yol açanlardır. R140 mutasyonunun, R172 mutasyonuna göre daha iyi prognoza işaret ettiğine ilişkin çalışmalar yayınlanmıştır. Laboratuvarımızda glioma için tümör dokusu ve myeloid maligniteler için kemik iliği aspirasyon materyalinde IDH2 geni 4. Ekzonu dizi analizi ile incelenerek R140 ve R172 değişimleri saptanmaktadır. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 95 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Laboratuvar Kodu: 3970 IGF1R Geni Dizi Analizi Sinonim: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR I RECEPTOR Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 15q26.3’te lokalizedir. Mutasyonlarının OMIM’de IGF1 (Insulin-like growth factor I)’e direnç geliştirdiği ve bu fenotipin (MIM#270450) otozomal resesif veya dominant aktarıldığı bildirilmektedir. Çeşitli çalışmalarda boy kısalığı ile bu genin ilişkili olduğu gösterilmiştir. Mutasyonları çeşitli sendromik ve idiopatik boy kısalığı durumlarıyla ilişkilendirilmiş olup, merkezimizde IGF1R mutasyon tayini dizi analizi ile uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4781 İmatinib Direnci Dizi Analizi Sinonim: ABL geni P loop mutasyonları, glivek direnci Çalışma Zamanı: Çarşamba Sonuç Verme Zamanı: 7-10 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Tirozin kinaz aktivitesine sahip olan BCR/ABL füzyon proteini sinyal iletim inhibitörü imatinib mesilatın hedefidir. Tirozin kinaz inhibitörü, imatinib mesilat varlığında BCR/ABL adenozin trifosfat (ATP) bağlama bölgesine bağlanarak BCR/ABL füzyon proteini eksprese eden hücrelerde apoptozu indükler.İmatinib ile tedavi altında iken ilaç direnci gelişen KML hastalarında direncin en sık nedeni BCR/ABL geni kinaz “domain”ine ait mutasyonlarıdır. Bu bölgenin dizi analizi ile P-loop’un sık görülen mutasyonlarından G250E, Y253H, E255K,T315I, F317L, M351T’nun orjini yanı sıra görülen diğer mutasyonlar da saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4810 İnversiyon(3)(q21;q26.2) / Translokasyon(3;3)(q21;q26.2) FISH Sinonim: EVI1/ RPN1 (ribophorin 1) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: - Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 96 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: Hastalık ANLL, genelde öncü MDS varlığındaKML’de t(9;22)’ye ek anomali, trombositoz ve blast krizi durumları; diğer myeloproliferatif bozukluklar Fenotip ANLL subtipleri (M1, M2, M4, M6,M7); MDS: genelde RAEB. Epidemiyoloji E:K: 1:1; medyan 50 yaş Klinik N/artmış tombosit sayısı; kemik iliğinde eritroid ve megakaryositik displazi Prognoz Kötü Laboratuvar Kodu: 3648 İnversiyon (16)(p13;q22) / Translokasyon (16;16)(p13;q22) (PCR) Sinonim: inversiyon (16)(p13;q22), inv (16)(p13;q22), CBFB yeniden düzenlenmeleri Çalışma Zamanı: Perşembe Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kantitatif real time PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Translokasyon (16;16)(p13;q22), inversiyon (16)(p13;q22) ve del(16) q22)aynı klinik özellikleri gösterir. Tüm AML’lerde %5-10, M4’te %20 sıklıkta gözlenir. Diğer AML’lere göre prognozu daha iyidir. Özellikle takip hastalarında RT-PCR ile bakılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3134 İnversiyon (16)(p13;q22) / Translokasyon (16;16)(p13;q22) (FISH) Sinonim: translokasyon (16;16)(p13;q22), t(16;16)(p13;q22), inversiyon (16)(p13;q22), inv (16)(p13;q22), CBFB yeniden düzenlenmeleri Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Translokasyon (16;16)(p13;q22), inversiyon (16)(p13;q22) ve del(16) q22)aynı klinik özellikleri gösterir. Tüm AML’lerde %5-10, M4’te %20 sıklıkta gözlenir. Diğer AML’lere göre prognozu daha iyidir. Özellikle ilk tanı hastalarında FISH ile bakılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3052 İrinotecan Toksisitesi (UGT1A1) Sinonim: UGT1A1*28 varyantları, UGT1A1 6/7 polimorfizmi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: İrinotecan, kolon ve akciğer kanseri gibi solid tümörlerin tedavisinde kullanılır ve vücutta aktif metaboliti olan SN38’e dönüştürülmesi gerekir. SN38, TOPO I’ i inhibe eder. UDP glukuronoziltransferaz 1A1 (UGT1A1) enzimi SN-38’i metabolize eder. UGT1A1 enziminin düzeyi Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 97 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI bireyler arasında farklılıklar gösterir. Enzim düzeyleri azaldığında SN-38 birikimi olabilir ve bu nötropeniye yol açar. UGT1A1 geninin promotor bölgesinde bulunan timin-adenin (TA) tekrar sayılarının artması enzim düzeyini etkiler. Tekrar sayısının 6 dan fazla olması; UGT1A1 enzim düzeyini düşürür ve irinotekan toksisitesi için risk oluşturur. Günümüzde Amerikan İlaç ve Gıda İdaresi (FDA) irinotecan kullananlarda UGT1A1 için genetik test yapılmasını önermektedir. Aşağıda farklı genotiplerin nötropeni riskleri verilmektedir. Genotip Sıklık Nötropeni Riski Yaban tip (6/6) 50/100 0 / 100 Heterozigot (6/7) 40/100 12 / 100 Homozigot (7/7) 10/100 50 / 100 Laboratuvar Kodu: 3623 İzole Lizensefali Sekansı (FISH) Sinonim: del 17p13.3 (FISH), 17p13.3 delesyonu (FISH) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Lizensefali; beyin dış yüzeyinin ( serebral korteks) gelişim bozukluklarının önemli bir gurubunu oluşturur kelime anlamı “beyin yüzeyinde düzleşme” demektir. Girus ve sulkuslar azalmıştır. Normalde 3-4 mm olan korteks kalınlığı ileri derecede artar. Beynin tek veya iki tarafını tutabilir. Hastaların %10-40’ında olay 17. kromozom kısa kolunda büyük delesyonlara (17p13.3) bağlı ortaya çıkar. Bu nedenle, izole lizensefali saptanan hastalarda FISH ile 17p13.3 bölgesinin incelenmesi önerilir. Laboratuvar Kodu: 5786 İzovalerik Asidemi Genetik Testi (IVD Geni) Sinonim: izovalerik CoA dehidrogenaz mutasyonları, IVD mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: İzovalerik Asidemi nadir görülen, otozomal ressesif geçişli, izovaleril koenzim A dehidrogenaz enzim eksikliğine bağlı bir aminoasit metabolizma bozukluğudur.Hastalığın iki formu mevcuttur. Akut formu ( vakaların yaklaşık %50’si ) yaşamın ilk iki haftasında letarji,kusma, dehidratasyon bulgularıyla ortaya çıkar, tedavi edilmezse konvülziyonlar, koma ve ölüme yol açar.Kronik intermittant formu ise benzer bulgularla, viral ya da bakteriyel enfeksiyonlar gibi stres durumları veya yüksek protein alımı sonrasında, daha ileri çocukluk yaş döneminde ortaya çıkar. Lösinin yıkımı sırasında izovalerik asitin 3-metil-krotonik aside dönüşümünü katalize eden izovalerik CoA dehidrogenaz enziminin yetersizliği sonucu oluşur. Tanıda izovalerik CoA dehidrogenaz (IVD) geninin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2930 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 98 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI JAK2 Ekzon 12 Mutasyonları Sinonim: Çalışma Zamanı: Hergun Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Janus kinase 2 (JAK2) tirozin kinazın somatik mutasyonları tirozin kinaz aktivitesini arttırmaktadır. Myeloproliferatif hastalıklarda tanı ve tedavinin belirlenmesinde önem taşıyan JAK2 V617F mutasyonunun negatif olduğu hastalarda JAK2 ekzon 12’de 537–544. Kodonlarda küçük delesyon veya tekli/çoklu baz değişimi mutasyonlarının olduğu bildirilmektedir. Bu mutasyonlar genellikle izole eritrositozisli olgularda gözlenmektedir.Bu bilgiler ışığında, myeloproliferatif hastalık (PV, ET veya PMF) şüphesi ile izlenen ancak JAK2 V617F mutasyonu saptanmayan hastalarda ekzon 12 analizi yapılması önerilmektedir. Laboratuvarımızda bu mutasyonlar dizi analizi ile saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2780 JAK2 V617F Sinonim: V617F Çalışma Zamanı: Perşembe Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real time PCR (melting point) Referans Aralığı: Kullanımı: Janus kinase 2 (JAK2) tirozin kinazın somatik V617F mutasyonu (JAK2 V617F) tirozin kinaz aktivitesini arttırmaktadır. Myeloproliferatif hastalıklarda tanı ve tedavinin belirlenmesinde önem taşıyan bu mutasyon, laboratuvarımızda kalitatif real time PCR ile saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 6297 Kalıtsal Kanser Paneli Sinonim: 26 gen panel, BRCA1, BRCA2, TP53, PTEN CDH1, STK11, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM, MUTYH, ATM, BLM, NBN, BARD1, BRIP1, MEN1, MRE11A, PALB2, RAD50, RAD51C, RAD51D, FAM17SA, CHECK2, XRCC2, Ailesel Meme Kanseri Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 45 gün Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Yeni nesil dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Genel popülasyon riski 1/8 olan meme kanserinde genel risk faktörleri:cinsiyet, yaş, menarş ve menopoz yaşı, nulliparite, meme biyopsisinde atipik hiperplazi, obesite, hormon replasmanı, oral kontraseptif kullanımı olarak bildirilmektedir. Bunun yanı sıra yüksek penetranslı ve düşük penetranslı genler, modifiye edici genler ile epigenetik etkenler meme kanserinde önem taşımaktadır. Meme kanseri olgularının %10’unun ailesel olduğu bilinmektedir. Bu kalıtsal olguların %90’ında hastalığa yatkınlık gelişmesine BRCA1 ve BRCA2 genlerindeki belirli mutasyonlar yol açmaktadır. Kalıtsal olsun veya olmasın tüm olguların %3.5-6’sında Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 99 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI BRCA1 ve %2-3.5’inde BRCA2 geni mutasyonlarının saptandığı bilinmektedir. Bu majör etkili kanser yatkınlık geni taşıyıcılığı önemli risk faktörleri arasında olup ailesel meme kanseri olgularının izleminde önemli yer tutmaktadır. Bu iki major genin yanı sıra TP53, PTEN CDH1, STK11, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM, MUTYH, ATM, BLM, NBN, BARD1, BRIP1, MEN1, MRE11A, PALB2, RAD50, RAD51C, RAD51D, FAM17SA, CHECK2 ve XRCC2 genlerindeki belirli mutasyonların da ailesel meme kanserinde rol oynadığı bilinmektedir. Laboratuvarımızda kalıtsal meme kanserinden sorumlu olduğu bilinen bu 26 gen yeni nesil dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4058 Kallman’s Sendromu Sinonim: Kalman sendromu, KAL1 delesyonu, Xp22.3 delesyonu, Del Xp22.3 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Kalman sendromu erkek infertiltesinin önemli nedenlerinden birisidir. Hipogonadotropik hipogonadizm ve anosmia(koku alamama) ile birlikte görülür. Xp22.3’de bulunan KAL1 genindeki kayıp ve değişimler hastalığa neden olur.Kalman hastalığından şüphelenilen hastalarda Xp22.3 delesyonunun saptanması için FISH incelemesi yapılır. Laboratuvar Kodu: 6123 Karnitinpalmitoil Transferaz 2 Defekti Sinonim: CPT2 geni mutasyonları, CPT deficiency, hepatic, type II, CPT II deficiency, lethal neonatal, Myopathy due to CPT II deficiency Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Karnitinpalmitoil transferaz 2 iç mitokondrial membranda bulunmaktadır, tek bir izoformu vardır. Eksikliğinde üç farklı farklı fenotip karşımıza çıkmaktadır: geç başlangıçlı musküler tip (hafif), ağır infantil hepatik tip (orta) ve ölümcül neonatal tip. Geç başlangıçlı miyopatik formda egzersiz ve açlıkla tetiklenen kas ağrıları şikayetleri olmaktadır. Erişkinlerde rabdomiyolizin en sık metabolik sebebi olarak bildirilmektedir. Böbrek işlevlerini bozacak kadar ağır miyoglobünüri olabilir. Neonatal form ise hipoketotik hipoglisemi, karaciğer hastalığı, hipotoni, kardiyomiyopati ve konjenital anomalilerle (özellikle böbrek ve beyin) karakterizedir. Yaşamın daha ilk saatlerinde aritmiler sonucu ölüm görülebilir. İnfantil formda açlık, hastalık gibi metabolik stres durumlarında karaciğer, kalp, iskelet kasının etkilendiği dekompansasyon görülür. CPT II eksikliğinden 1p32,3’te yerleşik olan CPT2 geni mutasyonları sorumludur. Genotip/ fenotip korelasyonu güçlüdür. Miyopatik formun en sık nedeni CPT2 c.439C>T mutasyonudur ve ürününün enzimatik aktivitesi normalin % 15 -25’i düzeyindedir. Enzimatik aktivitenin daha düşük olduğu mutasyonlar ise infantil formlardan sorumludur. S113L mutasyonu için heterozigot olanlarda ağır infantil hepatik tipte hastalık görülmektedir. Laboratuvarımızda CPT2 geni mutasyonları, dizi analizi yöntemi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4788 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 100 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kartagener Primer Silier Diskinezi [CILD1 (DNAI1) Geni Dizi Analizi] Sinonim: DYNEIN, AXONEMAL, INTERMEDIATE CHAIN 1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Primer silier diskinezi, genetik olarak heterojen, otozomal resesif bir bozukluktur. Eskiden immotil silia sendromu olarak da adlandırılan bu durum, situs inversusla birliktelik sergilediği hallerde Kartagener sendromu olarak adlandırılır. DNAI1 geninde homozigot, kompound heterozigot mutasyonların etyolojide rolü mevcut olup, genetik heterojenite nedeniyle diğer olası gen – lokus ve mutasyonların da varlığı hatırda tutulmalıdır. Laboratuvarımızda CILD1 (DNAI1)geninin tüm kodlayan bölgeleri dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4008 KCNE1 Gen Analizi Sinonim: Uzun QT Sendromu 5, Long QT Sendromu 5 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 21-28 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Uzun QT sendromu, altta yatan medikasyon vb sebep olmaksizin olusan elektrofizyolojik anomaliyi temsil eder. Romano Ward, Jervell sendromu gibi sendromik durumlarda ortaya çıkabilir. KCNE1 geni mutasyonları, Uzun QT sendromu tip 5 ilişkilidir, ayrıca örneğin Romano Ward sendromuna bağlı uzun QT’nin etyolojide %2’sinden sorumludur. JLN sendromunda ise KCNQ1(uzun QT 1) ile birlikte önem arz eder. Laboratuvar Kodu: 4176 KCNH2 Gen Analizi Sinonim: Uzun QT Sendromu 2, Long QT Sendromu 2 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 21-28 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Uzun QT sendromu, altta yatan medikasyon vb sebep olmaksizin olusan elektrofizyolojik anomaliyi temsil eder. Romano Ward, Jervell sendromu gibi sendromik durumlarda ortaya çıkabilir. KCNH2 geni mutasyonları, Uzun QT sendromu tip 2 ilişkilidir, ayrıca örneğin Romano Ward sendromuna bağlı uzun QT’nin etyolojide %38’inden sorumludur. Laboratuvar Kodu: 4177 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 101 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI KCNJ11 Geni Dizi Analizi Sinonim: Maturity-Onset Diabetes of the Young, Gençlikte Ortaya Çıkan Erişkin Tip Diyabet; ABCC8, GCK, HNF1A, HNF4A, HNF1B, INS and KCNJ11 Gen Dizi Analizi Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Maturity-onset diabetes of the young (MODY), 25 yaş öncesi ortaya çıkan, otozomal dominant diabet hastalığıdır ve insülin sekresyon defektleri ile ilişkilidir. Prevalansı düşüktür; ancak çok geniş bir klinik spektruma, genetik heterojeniteye sahiptir. Bugune kadar OMIM veritabanına girmiş 11 tipi tanımlanmıştır. 11p15.1’de yerleşik olan POTASSIUM CHANNEL, INWARDLY RECTIFYING, SUBFAMILY J, MEMBER 11 (KCNJ11) geni OMIM’de Diabetes mellitus, permanent neonatal, with neurologic features (606176), Diabetes mellitus, transient neonatal, 3 (610582), Diabetes, permanent neonatal (606176), Hyperinsulinemic hypoglycemia, familial, 2 (601820) ve Diabetes mellitus, type 2, susceptibility (125853) ’dan sorumlu gen olarak yer almaktadır. Laboratuvarımızda KCNJ11 geni dizi analizi yöntemi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4786 KCNQ1 Gen Analizi Sinonim: Uzun QT Sendromu 1, Long QT Sendromu 1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 21-28 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Uzun QT sendromu, altta yatan medikasyon vb sebep olmaksizin olusan elektrofizyolojik anomaliyi temsil eder. Romano Ward, Jervell and Lange-Nielsen(JLN) sendromu gibi durumlarda ortaya çıkabilir. KCNQ1 geni mutasyonları, Uzun QT sendromu tip I ilişkilidir, ayrıca örneğin Romano Ward sendromuna bağlı uzun QT’nin etyolojide %46’sından sorumludur. JLN sendromunda ise KCNE1(uzun QT 5) ile birlikte önem arz eder. Laboratuvar Kodu: 4178 KCNQ2 Dizi Analizi Sinonim: İdyopatik jeneralize epilepsi, potasyum kanal proteini, benign ailesel neonatal konvülsiyon Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Otozomal dominant kalıtımla aktarılan idyopatik jeneralize epilepsinin nadir gorulen bir tipi olan benign ailesel neonatal konvülsiyonda nobetler hayatın ilk haftasında sıklıkla da ikinci veya ucuncu gununde ortaya cıkar. Tonik duruş veya apne ile başlayan nobetler gozlerde kayma motor otomatizmalar ve klonilerle devam eder. Klonik kasılmalar coğu kez tek taraflıdır. Etyolojiden voltaj bağımlı potasyum kanallarını kodlayan genlerdeki (KCNQ2 ve KCNQ3) Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 102 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI mutasyonlar sorumlu tutulmaktadır. Laboratuarımızda KCNQ2 geninin tüm ekzonlarının dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3877 Kemik İliği Aspirasyon Materyalinde Kromozom Analizi Sinonim: Kemik iliği aspirasyon materyalndeni Kromozom Analizi, Karyotip analizi (kemik iliği aspirasyon materyali), Sitogentik inceleme (kemik iliği aspirasyon materyali) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 5-7 gün sonra Numune Türü: Heparinli kemik iliği Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: yeşil kapaklı tüp, heparinle ıslatılmış steril enjektör Çalışma Yöntemi: sitogenetik, 24-48 saatlik uyarılmamış hücre kültürü Referans Aralığı: Kullanımı: Kromozom anomalilerinin bazı lösemi ve lenfoma tipleri için tanısal ya da prognostik önemi vardır. Kromozom analizi ile bu sayısal ya da yapısal değişiklikler saptanabilir. Aynı zamanda, tedavinin ve relapsın izleminde de kullanılır. Kromozom analizi, klinisyene lösemi/lenfomanın tipinin belirlenmesi ve tedavinin planlanmasında yardımcı olur. Lenfomalarda genellikle kemik iliği tutulumu gözlendiği ve lösemik hücrelerin kaynağı kemik iliği olduğu için lösemi/lenfomada kromozom analizinin yapılmasında ilk tercih edilen dokudur. Laboratuvar Kodu: 3033 Kennedy Hastalığı Genetik Test Sinonim: Bulbo-Spinal Muskuler Atrofi Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Progresif nöromuskuler bir hastalık olan Kennedy hastalığu X’e bağlı resesif kalıtılır. Omurilikte alt motor nöron dejenerasyonu sonucu, kas atrofisi- zayıflığı ve fasikülasyonlara neden olur. Etkilenmiş bireylerde sıklıkla jinekomasti, testiküler atrofi ve orta derece androjen insensitivitesi nedeniyle azalmış fertilite vardır. Hastalığın ilk belirtileri tipik olarak 30-50 yaş arasında gözlenir. X. kromozomunda bulunan AR geninin ekzon1’indeki CAG tekrar sayısının 36 üzerinde olması hastalıktan sorumludur. Hasta babanın tüm kız çocukları taşıyıcı olur, erkek çocukları etkilenmez. Taşıyıcı annelerin kız çocukları %50 ihtimalle taşıyıcı, erkek çocukları % 50 ihtimalle hasta olurlar. Bu nedenle, Kennedy hastalığı bulguları gösteren hastada AR geni CAG tekrar sayısı analizi yapılır. Laboratuvar Kodu: 4682 KIF2A Gen Analizi Sinonim: KIF2, KINESIN HEAVY CHAIN MEMBER 2A Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Kinezinler mikrotubul ilişkili motor proteinler olarak bilinmektedirler. KIF2A ise Kinezin-13 ailesi üyesidir ve 5q12-13’te lokalizedir .Kif2a -/- farelerde farklı fenotiplerin gelişimi Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 103 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI gözlenmiş olup, özellikle aberran aksonal dallanma nedeniyle çocukluk çağı nöro epilepsilerinde ve nörodejenerasyonlarında bu genin analizi kullanım alanı bulabilir. KIF2A’nın mikrotubul dinamikleri üzerinde düzenleyici etkisi olduğu kabul görmüştür. Merkezimizde KIF2A gen analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3492 Kimerizm (Aynı Cinsiyetten Transplantasyon) Çalışma Zamanı: Perşembe Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Alıcının EDTA’lı tam kanı ve ağız çalkantı suyu, vericinin EDTA’lı tam kanı Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA fragman analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Kemik iliği transplantasyonu hastanın kendisinden (otolog) veya doku uygunluğu sağlayan bir başkasından (allojenik) yapılabilir. Allojenik transplantasyonlar transplantasyon başarısı daha riskli olmakla birlikte günümüzde başarıyla pek çok merkezde yapılabilmektedir. Allojenik transplantasyonların başarısının takibi genetik testlerle yapılmaktadır. Burada temel olarak hasta ile vericinin birbirinden farklı olan genetik özellikleri izlemde işaret olarak kullanılmaktadır. Laboratuvarımızda transplantasyon sonrası izlem, eğer hasta ve vericinin cinsiyetleri aynı ise, STR incelemesi ile yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 1940 Kimerizm (Farklı Cinsiyetten Transplantasyon) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Kemik iliği transplantasyonu hastanın kendisinden (otolog) veya doku uygunluğu sağlayan bir başkasından (allojenik) yapılabilir. Allojenik transplantasyonlar transplantasyon başarısı daha riskli olmakla birlikte günümüzde başarıyla pek çok merkezde yapılabilmektedir. Allojenik transplantasyonların başarısının takibi genetik testlerle yapılmaktadır. Burada temel olarak hasta ile vericinin birbirinden farklı olan genetik özellikleri izlemde işaret olarak kullanılmaktadır. Laboratuvarımızda transplantasyon sonrası izlem, eğer hasta ve vericinin cinsiyetleri farklı ise, cinsiyet kromozomlarının saptandığı FISH yöntemi ile yapılmaktadır. Böylece XX ve XY kuruluşuna sahip hücrelerin oranları çıkarılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 1944 Kistik Fibrozis CFTR Delta F508 Mutasyonu Sinonim: Kistik fibrozis F508 mutasyonları, konjenital bilateral VAZ DEFERENS AGENEZİSİ (CBAVD) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Strip test Referans Aralığı: - Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 104 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: Kistik fibrozis en yaygın tek gen hastalığıdır. Kistik Fibrozis epitel hücrelerinde ortaya çıkar. Sağlıklı epitel hücrelerinden klorid iyonlarının bir artık ürünü olan siklik AMP hücre dışına verilir. Fakat bu hastalarda bu olay gerçekleşmez. Bunun sonunda anormal yoğunluktaki salgılar nedeniyle; terin fazla tuz içermesi, pankreas yetmezliği ve kronik akciğer hastalıkları gelişir. Otozomal resesif kalıtılır. Sorumlu gen 7. kromozomda (7q31) bulunan CFTR genidir.Çok farklı mutasyonları tanımlanmıştır. En yaygın mutasyon 10. exonda bulunan 508. kodonun (3 baz) delesyonudur. Bu mutasyon F508 olarak adlandırılır. F508 taşıyıcısı olan erkeklerde başka hiçbir bulgu görülmediği halde infertilite olabilir. Konjenital bilateral VAZ DEFERENS AGENEZİSİ (CBAVD) olgularının 2/3’ünde kistik fibrozis gen mutasyonu bulunmaktadır. Bu nedenle CBAVD’lı infertil erkeklerde F508 mutasyonuna bakılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 2671 Kistik Fibrozis (CFTR) Tüm Gen Dizi Analizi Sinonim: CF mutasyonları, CF genetik analiz, CF Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Strip test Referans Aralığı: Kullanımı: Kistik fibrozis en yaygın tek gen hastalığıdır. Kistik Fibrozis epitel hücrelerinde ortaya çıkar. Sağlıklı epitel hücrelerinden klorid iyonlarının bir artık ürünü olan siklik AMP hücre dışına verilir. Fakat bu hastalarda bu olay gerçekleşmez. Bunun sonunda anormal yoğunluktaki salgılar nedeniyle; terin fazla tuz içermesi, pankreas yetmezliği ve kronik akciğer hastalıkları gelişir. Otozomal resesif kalıtılır. Sorumlu gen 7. kromozomda (7q31) bulunan CFTR genidir.Çok farklı mutasyonları tanımlanmıştır. En yaygın mutasyon 10. exonda bulunan 508. kodonun (3 baz) delesyonudur. Laboratuvarımızda CF tanısı için tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2676 Kistik Fibrozis Sık Mutasyonlar (Ekzon 4,7,9,10, 11 Dizi Analizi) Sinonim: Kistik fibrozis Taraması, Kistik fibrozis Sık Mutasyonlar, CFTR 4, 7, 9, 10, 11. Egzon Dizi Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Kistik fibrozis en yaygın tek gen hastalığıdır. Kistik Fibrozis epitel hücrelerinde ortaya çıkar. Sağlıklı epitel hücrelerinden klorid iyonlarının bir artık ürünü olan siklik AMP hücre dışına verilir. Fakat bu hastalarda bu olay gerçekleşmez. Bunun sonunda anormal yoğunluktaki salgılar nedeniyle; terin fazla tuz içermesi, pankreas yetmezliği ve kronik akciğer hastalıkları gelişir. Otozomal resesif kalıtılır. Sorumlu gen 7. kromozomda (7q31) bulunan CFTR genidir. Çok farklı mutasyonları tanımlanmıştır. En yaygın mutasyon 10. ekzonda bulunan 508. kodonun (3 baz) delesyonudur. Bu mutasyon F508 olarak adlandırılır. Bununla birlikte diğer sık mutasyonların bulunduğu 4, 7, 9, 11. ekzonların da taramasını içine alan bir panel merkezimizde uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2672 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 105 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kistik Fibroz CFTR Geni Delesyon Duplikasyon Mutasyon Taraması Sinonim: CFTR, CF Sonuç Verme Zamanı: 3-4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Kistik fibrozis en yaygın tek gen hastalığıdır. Kistik Fibrozis epitel hücrelerinde ortaya çıkar. Sağlıklı epitel hücrelerinden klorid iyonlarının bir artık ürünü olan siklik AMP hücre dışına verilir. Fakat bu hastalarda bu olay gerçekleşmez. Bunun sonunda anormal yoğunluktaki salgılar nedeniyle; terin fazla tuz içermesi, pankreas yetmezliği ve kronik akciğer hastalıkları gelişir. Otozomal resesif kalıtılır. Sorumlu gen 7. kromozomda (7q31) bulunan CFTR genidir.Çok farklı mutasyonları tanımlanmıştır. En yaygın mutasyon 10. exonda bulunan 508. kodonun (3 baz) delesyonudur. Laboratuvarımızda CF tanısı için tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. CFTR geninde Kistik Fibroz ve ilişkili klinik bulgulara sebep olan dizi değişiklikleri dışında da mutasyonlar tanımlanmıştır. Bunlar arasında büyük delesyon ve duplikasyonlar önem taşımaktadır. Laboratuvarımızda CFTR geni için sık rastlanan büyük delesyon ve duplikasyonlar taranmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3647 Klasik Sitrülinemi Gen Analizi Sinonim Tip I Sitrülinemi, Herediter Sitrülinemi, Arjininosüksinik Asit Sentetaz Defekti Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Klasik tip sitrülinemi, Tip I olarak da adlandırılır. Ciddi seyirli bir neonatal – infantil formu ve hafif seyirli erişkin başlangıçlı formu vardır. Erişkin başlangıçlı formlarından gebelikte alevlenen veya postpartum manifest hale geçen formu önem arz etmektedir. İlgili enzim Arjininosüksinik Asit Sentetaz olup, ASS1 gen analizi ile mutasyonları taranmaktadır. Hastalık otozomal resesif aktarılır, hastalıkla ilişkili olduğu bilinen homozigot veya klinik değerlendirme eşliğinde compound heterozigot mutasyon varlığında test, tanı koydurucu işlev kazanır ve ailede taşınan mutasyon(lar) tespit edilince aileye prenatal – preimplantasyon tanı alternatifleri sunulabilir. Laboratuvarımızda ASS1 geninin tüm kodlayan bölgesi dizi analizi yöntemi ile taranmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3379 KLL Paneli Sinonim: Kronik lenfositer lösemi paneli Test İçeriği: 6q23 delesyonu,+ 12, 11q22.3 delesyonu, t(11;18)(q21;q21),13q14.3 delesyonu, 17p13.1 delesyonu, 14q32 delesyonu/yeniden düzenlenmeleri [t(1;14),t(5;14),t(10;14) t(11;14),t(14;18)] Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 106 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: KLL’de FISH panelleri ile sitogenetik inceleme eşit değer taşımaktadır. Bkz. Test içeriğindeki testlerin kullanımları Laboratuvar Kodu: 3066 KML Paneli Sinonim: translokasyon (9;22)(q34;q11.2) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Bkz. translokasyon (9;22)(q34;q11.2) Laboratuvar Kodu: 3043 Konjenital Adrenal Hiperplazi (CYP21A2 Geni) Amniyon Sıvısı Sinonim: CAH, KAH, 21-hidroksilaz geni mutasyonları, 21-hidroksilaz defekti, 21- OHlaz geni mutasyonları, 21-OHlaz defekti, CYP21A2 mutasyonları Test İçeriği: Büyük delesyon, I2A/C656G, 8bplik delesyon, P30L, I172N, V281L, Q318X, R356W, cluster 6 mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: Amnion mayi Numune Miktarı: 20ml Numune Kabı: Steril enjektör içinde Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Bkz. KONJENİTAL ADRENAL HİPERPLAZİ (CVS MATERYALİ) kullanımı Laboratuvar Kodu: 3269 Konjenital Adrenal Hiperplazi (CYP21A2 geni) CVS Sinonim: CAH, KAH, 21-hidroksilaz geni mutasyonları, 21-hidroksilaz defekti, 21- OHlaz geni mutasyonları, 21-OHlaz defekti, CYP21A2 mutasyonları Test İçeriği: Büyük delesyon, I2A/C656G, 8bplik delesyon, P30L, I172N, V281L, Q318X, R356W, cluster 6 mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: Koryon villüs biyopsi materyali Numune Miktarı: 25-50 mg Numune Kabı: Transport medium içinde Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Konjenital adrenal hiperplazi, adrenal bezinde kortizol sentezi için gerekli olan 5 enzimden birinde defekt sonucu ortaya çıkmaktadır. KAH otozomal resesif kalıtılır ve kuşkulu genitalya’nın nedenlerinden birisini oluşturmaktadır. En sık görülen enzim defekti (%90) 21hidroksilaz defektidir. 21 hidroksilaz eksikliğinde prenatal tanı intrauterin tedaviye olanak sağlaması yönünden önemlidir. Intrauterin dekzametazon tedavisi etkilenmiş kız fetuslarda virilizasyonun azalmasını sağlar, ayrıca klitoroplasti veya vaginoplasti gerekliliğini azaltır. Bu tedavi sonrası düşük doğum ağırlığı ya da boy kısalığı bildirilmemiştir. Ancak bu tedavinin kalıcı skarla birlikte strialar, hiperglisemi, hipertansiyon, GIS semptomları ve duygusal bozukluklar gibi belirgin maternal yan etkileri vardır. Bu nedenle endikasyon olmaksızın alınmaması ve gebeliğin Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 107 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI ikinci yarısından sonra dozun azatılması önerilir. Bu hastalık otozomal resesif geçişlidir, eğer anne baba taşıyıcı ise sadece fetusların 1/8’inde KAH çıkması beklenir, yani fetusların 1/8 etkilenmiş bir dişi fetus olacaktır ve 7/8 etkilenmemiş fetuslerde gereksiz tedavi verilmiş olacaktır. Bu yüzden fetuslerin karyotip tayini ve moleküler çalışmalar tedavide önemlidir. Bu nedenle ilk olarak anne babada moleküler genetik çalışma yapılmalı ve ikisinin de taşıyıcı olup olmadıkları belirlenmelidir. Anne baba taşıyıcı ise gebeliğin 5.haftasında tedaviye başlanması önerilmektedir. Annenin ve fetusun gereksiz steroid alımını engellemek için olası en erken invazif tanı girişimlerinin seçilmesi uygun görülmektedir. Bu nedenle ideal olan, gebelik öncesinde ailedeki mutasyonun bilinmesi ve 7-10.haftalarda alınan koryon villus örneklerinden fetusun CYP21 mutasyonuna bakılmasıdır. Bunu takiben etkilenen dişi fetuslerde tedavi sürdürülürken, etkilenmemiş kız ve tüm erkek bebeklerde tedavi kesilir. Riskli gebeliklerde şüpheli 21-hidroksilaz defekti olan fetusların prenatal tedavi algoritması aşağıda verilmiştir. Laboratuvar Kodu: 3268 Konjenital Adrenal Hiperplazi (CYP21A2 Geni) KAN Sinonim: CAH, KAH, 21-hidroksilaz geni mutasyonları, 21-hidroksilaz defekti, 21- OHlaz geni mutasyonları, 21-OHlaz defekti, CYP21A2 mutasyonları Test İçeriği: Büyük delesyon, I2A/C656G, 8bplik delesyon, P30L, I172N, V281L, Q318X, R356W, cluster 6 mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Konjenital adrenal hiperplazi, adrenal bezinde kortizol sentezi için gerekli olan 5 enzimden birinde defekt sonucu ortaya çıkmaktadır. KAH otozomal resesif kalıtılır ve kuşkulu genitalya’nın nedenlerinden birisini oluşturmaktadır. En sık görülen enzim defekti (%90) 21hidroksilaz defektidir. Klasik ve Klasik olmayan (=non-classical) olarak iki gruba ayrılır ve klasik formun iki tipi vardır: Tuz kaybettiren formu (%75) ve virilizan formu (%25). Klasik 21-OHD’nin farklı populasyonlardaki insidansı her 15,000 canlı doğumda 1 olarak bildirilmiştir. Klasik Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 108 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI olmayan formun insidansı daha yüksektir ve populasyonlar arasında farklılık gösterir. New York’ta %1 iken, bazı etnik gruplarda örneğin Aşkenazilerde 1/27’ye ulaşmaktadır. 21- OHD’in klasik formunda fonksiyon kaybı çok ağırdır. Vakaların 2/3-3/4 ‘ünde adrenal aldosteron, sodyum emilimi için yeterli değildir ve bu hastalar tuz kaybından, kortizol defektinden ve androjen artışından etkilenirler. Yenidoğan bebeklerde beslenme güçlüğü, kilo kaybı, gelişme geriliği, kusma, dehidratasyon, hipotansiyon, hiponatremi ve hiperkalemi adrenal krize (azotemi, vaskular kollaps, şok ve ölüm) neden olur. Adrenal kriz, yaşamın ilk 4 haftasında ortaya çıkar ve erkek çocuklar bunun için daha risklidirler. Çünkü yenidoğan tarama programlarında dış genital yapıları normal olduğundan gözden kaçabilir ama kız çocuklarda kuşkulu dış genital yapı nedeniyle daha erken tanı konulabilir. Bu formda dış genital belirsizliğin şiddeti enzim defekti ile ilgili değildir. İç genital yapı normaldir. Tedavi olmayanlarda, aşırı androjen maruziyeti nedeniyle penis veya klitoral büyüklük, erken puberte ve akne ortaya çıkabilir. Çocukluk döneminde daha hızlı büyüme epifizlerin erken kapanmasına neden olur ve sonucta boy kısalığı ortaya çıkar. Klinik bulguların saptandığı kişilerde, steroid öncüllerin serum konsantrasyonu ölçümleri genellikle tanı koydurucudur. Moleküler genetik çalışmaları da tanı amaçlı kullanılmaktadır. 21-OHD’de serumda 17-OHP düzeyine bakılabilir. Normalde 100 ng/dl’nin altında olan 17-OHP düzeyi için 800 ng/dl üzerindeki değerler tanı koydurucudur. 17-OHP düzeyi klasik formda 20,000 ng/dl ve non klasikte 2,000-15,000 ng/dl arasında değişir.21 hidroksilaz, mikrozomal sitokrom P450 enzimidir. Enzimi kodlayan CYP21A2 geni 6. kromozomun kısa kolunda (6p21.3) HLA kompleksinin hemen yanındadır. Moleküler çalışmalarda hasta ve taşıyıcı bireylerin %90-95’inde en sık 9 mutasyon ve gen delesyonu saptanmaktadır (bkz tablo) 21-OHD’deki mutasyonların sıklığı Sıklık ~ %90-95 Mutasyon %50 A/C659G (intron2 splice mutasyonu), %20 delesyonlar (gen delesyonu ve 3. ekzonda 8bplik delesyon) %20-25 P30L, I172N, Ekzon 6 cluster mutasyonu, V281L, F306+t, Q318X, R356W, P453S ~ %5-10 Diğer aleller Enzim aktivitesine göre hastalar 4 kategoride incelenebilir: 1) Enzim aktivitesi %0 olanlar. 2) Enzim aktivitesi %1’in altında olanlar. 3) Enzim aktivitesi %1-11 arasında değişenler. 4) Enzim aktivitesi %20-50 arasında değişenler Enzim aktivitesine gore CYP21gen mutasyonların sınıflandırılması Enzim aktivitesi Hastalık seyri %0 Ağır (Klasik) %1 Mutasyon Gen delesyonu, büyük gen dönüşümü, 3. ekzon da 8bplik delesyon, ekzon 6 cluster mutasyonu, F306+t, Q318X ve R356W A/C 659G (İntron 2 ayıklanma bölge mutasyonu) (I2G) Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 109 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI %1-11 ~%20-50 I172N Orta (Klasik olmayan) P30L V281L P453S Enzim aktivitesine gore hastalığın şekli (fenotip) belirlenmektedir. 21-OHD’de Genotip-Fenotip ilişkisi aşağıdaki şekilde belirtilmektedir. 17-OH progesteron taraması ile KAH öntanısı alan hastalarda; kesin tanının koyulabilmesi, moleküler patolojinin belirlenmesi ailede risk altındaki çiftlerin ve bireylerin belirlenmesi endikasyonları ile KAH mutasyon analizi yapılması önerilir. Laboratuvar Kodu: 3267 Konjenital Adrenal Hipoplazi Delesyon Sinonim Hipogonadotropik Hipogonadizmli Konjenital Adrenal Hipoplazi, X’e Bağlı Konjenital Adrenal Hipoplazi, 46,XY Sex Reversal, DAX1 Delesyon Analizi, NROB1 Delesyon Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: SNP ARRAY Referans Aralığı: Kullanımı: Konjenital adrenal hipoplazi, esas olarak X kromozomuna bağlı kalıtılan nadir bir antitedir. Primer adrenokortiikal yetmezlik gelişen hastalıkta adrenal bezlerdeki hücre yapılanması anormaldir. NROB1 (geleneksel adıyla DAX1) geni hastalıkla ilişkilendirilmiş olup, hastalıkla ilişkili dizi analizi yöntemiyle tespit edilen birçok nokta mutasyon yayınlanmıştır. Laboratuvarımızda DAX1 geni kodlayan bölgesi dizi analizi yöntemiyle incelenmektedir (bkz test kodu: ). Aynı zamanda bölgede tespit edilen delesyonların da hastalıkla ilişkilendirilmiş olduğundan dizi analizi yöntemi ile mutasyon saptanamayan hastalarda array analizi yapılması önerilir. 46,XY sex reversal (46,XYDişi) olan hastalarda da delesyon taraması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3371 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 110 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Konjenital Adrenal Hipoplazi Mutasyon Sinonim Hipogonadotropik Hipogonadizmli Konjenital Adrenal Hipoplazi, X’e Bağlı Konjenital Adrenal Hipoplazi, 46,XY Sex Reversal, DAX1 Gen Analizi, NROB1 Gen Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Konjenital adrenal hipoplazi, esas olarak X kromozomuna bağlı kalıtılan nadir bir antitedir. Primer adrenokortiikal yetmezlik gelişen hastalıkta adrenal bezlerdeki hücre yapılanması anormaldir. NROB1 (geleneksel adıyla DAX1) geni hastalıkla ilişkilendirilmiş olup, hastalıkla ilişkili dizi analizi yöntemiyle tespit edilen birçok nokta mutasyon yayınlanmıştır. Laboratuvarımızda DAX1 geni kodlayan bölgesi dizi analizi yöntemiyle incelenmektedir. Aynı zamanda bölgede tespit edilen delesyonların da hastalıkla ilişkilendirilmiş olduğundan dizi analizi yöntemi ile mutasyon saptanamayan hastalarda array analizi yapılması önerilir. 46,XY sex reversal (46,XYDişi) olan hastalarda da delesyon taraması önerilmektedir. (bkz test kodu: ) Laboratuvar Kodu: 3376 Konjenital Glikozilasyon Defekti Tip 1A PMM2 Genetik Analizi Sinonim: CDG Ia; CDGIa, JAEKEN SYNDROME, PHOSPHOMANNOMUTASE 2 DEFICIENCY Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: PMM2, GDP-mannoz sentezi için gerekli bir metabolik enzimdir. Konjenital glikozilasyon defektleri otozomal resesif heterojen bir hastalık grubu olup, en sık görüleni fosfomannomutaz 2(PMM2) defektine bağlı gelişen Tip 1A formudur. Laboratuvarımızda dizi analizi yöntemiyle PMM2 gen taraması yapılmakta olup, İnsan Mutasyon Veritabanı (HGMD)’nda kayıtlı mutasyonlar için yaklaşık %80’lik kapsayıcı özelliktedir. Laboratuvar Kodu: 3646 Konjenital Nefrotik Sendrom Tip 1 (NPHS1 Geni) Sinonim: Fin Tipi Konjenital Nefrozis, NPHS1 geni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Nefrotik sendrom, klinik olarak proteinüri, hipoalbuminemi, hiperlipidemi ve ödemle karakterizedir. Böbrek biyopsilerinde minimal değişiklik, fokal segmental glomerulskleroz gibi non spesifik bulgular edilinebilir. Hastaların %20sinde kalıtsal, steroide dirençli from gözlenmektedir. Tip I nefrotik sendrom (NPHS1) prenatal evrede masif proteinüri ve doğumla birlikte steroide dirençli nefrotik sendrom gelişimi ile karakterize, hızlı ilerleyici bir hastalıktır. Laboratuvar Kodu: 3613 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 111 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Konjenital Nötropeni (ELANE Geni) Sinonim: Siklik Nötropeni, Ciddi Konjenital Nötropeni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Rekurren ateş, ciltte ve orofaringeal bölgede inflamasyon bulguları ve servikal adenopati ile karakterize siklik nötropeni ve ciddi konjenital nötropeniyi kaopsayan bir gruptur. Konjenital nötropenide siklik nötropeniye kıyasla daha sık ve ciddi oranda enfeksiyöz konmplikasyonlara rastlanır. Tanıda seri ölçümlerle mutlak nötrofil sayısı göz önünde bulundurulmalıdır. ELANE, ilgili tek gen olarak bilinmektedir; klinik tanısı konmuş ve özellikle aile öyküsü olan olgularda mutasyona sıklıkla rastlanır. Laboratuvar Kodu: 3634 Koryon Villus Biyopsi (CVS) Materyalinde Kromozom Analizi Sinonim: Koryon villüs materyalinde Kromozom Analizi, Karyotip analizi (koryon villüs materyali),Konvansiyonel sitogenetik (koryon villüs materyali), Sitogentik inceleme (koryon villüs materyali) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3-4 hafta sonra Numune Türü: Koryon villüs biyopsi materyali Numune Miktarı: 25-50 mg Numune Kabı: Transport medium içinde Çalışma Yöntemi: sitogenetik, doku kültürü Referans Aralığı: Kullanımı: Gebeliğin 12. haftasından önce fetusun kromozomlarındaki sayısal ve yapısal değişikliklerin saptanmasına olanak tanır. [Endikasyon için bkz. Kromozom analizi (amniyotik sıvıda)Kullanımı] Laboratuvar Kodu: 3205 Kostmann Hastalığı (HAX1 Geni) Sinonim: Konjenital Nötropeni-3, HAX-1 Mutasyon Analizi, İnfantil Agranulositoz Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Rolf Kostmann tarafından 1956’da infantil tip agranulositoz olarak tanımlanan hastalık, mutlak nötrofil sayısının 0.5 x 10(9)/l altına düştüğü ve ciddi enfeksiyon gelişimiyle komplike olan otozomal resesif bir bozukluktur. Konjenital neutropeni + eozinofili, ChediakHigashi sendromu ve Fanconi pansitopenik sendromla birlikte konjenital nötropeni hastalık grubunu oluşturur. HCLS1-assocıated proteın X1; HAX1, Kostmann hastalığı ile ilişkili gendir. Laboratuvar Kodu: 3635 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 112 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI KRAS Mutasyonları Sinonim: kodon 12 mutasyonu, kodon 13 mutasyonu, kodon 61 mutasyonu, kodon 64 mutasyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Gastrointestinal kanserlerde kullanılan biyolojik ajanlardan EGFR antikorları setuksimab ve panitumab direnci ile KRAS mutasyonlarının ilişkili olduğu bilinmektedir. Günümüzde özellikle kodon 12,13 ve 61 mutasyonları, tedaviye yanıtın öngörülmesi ve tedavinin izlenmesinde önemli prediktörler olarak kullanılmaktadır. Laboratuvarımızda, tumör dokusundan elde edilen DNA örneklerinde KRAS geninin dizi analizi yapılarak anti EGFR tedaviye yanıtta önemli olan mutasyonlar saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4189 Lafora Hastalığı (EPM2A Tüm Gen Analizi) Sinonim: MYOCLONIC EPILEPSY OF LAFORA, EPM2A Tüm Gen Analizi, Epilepsy, progressive myoclonic 2A Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Lafora hastalığı 8-18 yaş arası manifest hale geçen progresif nörodejenerasyonla karakterize bir otozomal resesif progresif miyoklonik epilepsi türüdür. Histolojik olarak çeşitli dokularda Lafora cisimciklerinin görülmesi bir yana EPM2A ve NHLRC1 genlerine ait mutasyonların taranması etyolojide önemlidir. Laboratuvar Kodu: 4616 Lafora Hastalığı (NHLRC1 Tüm Gen Analizi) Sinonim: MYOCLONIC EPILEPSY OF LAFORA, NHLRC1 Tüm Gen Analizi, Epilepsy, progressive myoclonic 2B Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Lafora hastalığı 8-18 yaş arası manifest hale geçen progresif nörodejenerasyonla karakterize bir otozomal resesif progresif miyoklonik epilepsi türüdür. Histolojik olarak çeşitli dokularda Lafora cisimciklerinin görülmesi bir yana EPM2A ve NHLRC1 genlerine ait mutasyonların taranması etyolojide önemlidir. Laboratuvar Kodu: 4617 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 113 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI LHON Gen Analizi Sinonim: Leber hereditary optic neuropathy Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Realtime PCR analizi Referans Aralığı: Kullanımı: LHON, genç erişkinlerde bilateral, akut ya da subakut, ağrısız ve geç gelişen santral görme kaybı ile karakterize bir hastalıktır. Tanı oftalmolojik bulgularla konulup, ardından moleküler analize geçilebilir. Hastaların %90’ında mitokondrial DNA’da üç nokta mutasyondan biri gözlenmektedir: m.3460G>A, m.11778G>A, or m.14484T>C. Merkezimizde bu üç mutasyona yönelik analiz yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3608 Likid Biyopsi Sonuç Verme Zamanı: Numune Türü: tam kan Numune Miktarı: 10 ml Numune Kabı: Streck tüp (Tüp ve istem/onam formlarını içeren kit laboratuvarımızdan temin edilmelidir) Çalışma Yöntemi: Referans Aralığı: Kullanımı: Son 10 yıl içerisinde özellikle DNA dizileme teknolojisinde yaşanan gelişmeler, kişiselleştirilmiş tıp alanında çığır açma potansiyeline sahip yeni bir uygulamanın hayal olmaktan çıkıp günlük hayatımız içerisine girmesini sağladı. Hasta kişilerden alınan küçük bir tüp içerisindeki kandan kanser belirteçlerinin taranmasını olanak sağlayan bu yöntem “likit biyopsi” olarak adlandırılmaktadır. Biyopsi günlük hayatımızda oldukça sık karşılaştığımız bir kelimedir. Biyopsiyi kısaca vücudumuzun herhangi bir noktasında canlı dokudan alınan örnekte herhangi bir hastalığın varlığının ya da belirtilerinin aranması olarak tanımlayabiliriz. Biyopside asıl olan şüphelenilen organ ya da dokunun çoğu zaman invazif (vücut ya da doku içerisine girerek) bir yöntemle çıkarılarak bu örnek üzerinde şüphelenilen bir hastalığın belirteçlerinin aranmasıdır. Likit biyopsi ise invazif bir yöntem kullanılmadan sadece az miktarda kan alınarak istenilen kanser belirteçleri taranabilmektedir. Ana hedef vücudun herhangi bir yerinde oluşan tümör dokusundan salınan DNA parçalarının yakalanmasıdır. Bu DNA parçaları “hücre-dışı dolanan tümör DNA” (circulating tumor DNA=ctDNA )olarak da adlandırılmaktadır. ctDNA örneklerinde somatik değişiklik kalıpları, direnç mutasyonları haricinde, doku genotipi ile büyük ölçüde uyumludur. ctDNA bulgularına dayanarak tedavi edilen hastalar için klinik faydalar gözlenmiştir. Likit biyopsi ile özellikle metastatik tümör oluşumlarının belirlenmesi ve kanser hastalarında tedavi sonrası hastalık takip süreci izlenebilmesi amacı ile kullanılmaktadır. Klinik yarar açısından likid biyopsi aşağıdaki olgulara uygulanabilir: Tümör dokusunda yapılan genetik incelemeleri sonucunda tedavi hedefi olabilecek mutasyonlar saptanmış olan olgularda hastalık takibinin yapılması (akciğer kanserinde ALK füzyonu veya EGFR, BRAF genlerinin aktive edici mutasyonları; mide kanserinde ERBB2 amplifikasyonu) Hedefe yönelik tedavi altındayken hastalığın ilerlemesi durumunda direnç mutasyonlarının incelenmesi (akciğerde MET amp veya EGFRT790M mutasyonu gibi), Hastalık gelişiminde duyarlılığın gelişmesinin kontrolü (üçlü negatif primeri olduğu halde metastatik meme kanserinde ERBB2-amplifikasyonunun saptanması), ÖNEMLİ NOT: 1. Bu kod özel bir kan alma işlemidir, birlikte çalışılacak olan testin de açılması gerekmektedir. Eşlik eden test açılmadığı sürece herhangi bir çalışma yapılamaz. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 114 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI 2. Bu işlem için özel tüp gerekmektedir. Lütfen Streck tüp dışında herhangi bir tüpe kan almayınız. Laboratuvar Kodu: 4759 Limb Girdle2A (CAPN3 Dizi Analizi) Sinonim: CAPN3 Geni Dizi Analizi, Limb-Girdle Muscular Dystrophy Type 2A, LGMD2A, Calpainopathy Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Kalpeinopati (calpainopathy), proksimal kaslarda simetrik ve progresif güç kaybı ile karakterize, başlangıç yaşı 2-40 arası değişkenlik gösteren,aile içi ve aileler arası klinik varyasyon sergileyen otozomal resesif bir kasalığıdır. Serum CK konsantrasyonu 5-80 kat artar, kas biyopsisinde aktif distrofik proses görülebilir. Klinik olarak pelvifemoral limb girdle kas distrofisi (Leyden Mobius), skapulohumeral limb girdle kas distrofisi (Erb) veya hiper kreatininkinazemi (CKemi) seklinde ortaya çıkabilmektedir. CAPN3, ilişkili tek gendir ve dizi analizi yöntemiyle bilinen mutasyonların %90 kadarının taranmasına olanak tanır. Laboratuvar Kodu: 3264 Limb Girdle 2D (SGCA Dizi Analizi) Sinonim: SGCA, LGMD2D, alfa sarkoglikanopati, muskuler distrofi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Limb Girdle muskuler distrofiler, iskelet kasını tutan non sendromik özellikte ve farklı genlerin etyolojide rol oynadığı bir hastalık grubudur. SGCA geni mutasyonları sonucu tip 2D ortaya çıkar, Tip 2 Limb Girdle distrofiler otozomal resesif kalıtılmaktadır ve Tip 2C, D, E, F, çocukluk çağında ortaya çıkan tabloların %60-70’inden sorumludur. Tip2D için tanımlı gen SGCA olup, 17q21.33’te lokalizedir, bu tip, alfa sarkoglikanopati olarak da isimlendirilmektedir. SGCA ilişkili LGMD, otozomal resesif kalıtılmakla birlikte heterozigot mutasyon taşıyanlarda da bulgu verebilir. Laboratuvar Kodu: 4007 Limb Girdle 2E (SGCB Dizi Analizi) Sinonim: SGCB, LGMD2E, alfa sarkoglikanopati, muskuler distrofi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: - Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 115 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: Limb Girdle muskuler distrofiler, iskelet kasını tutan non sendromik özellikte ve farklı genlerin etyolojide rol oynadığı bir hastalık grubudur. SGCB geni mutasyonları sonucu tip 2E ortaya çıkar, Tip 2 Limb Girdle distrofiler otozomal resesif kalıtılmaktadır ve Tip 2C, D, E, F, çocukluk çağında ortaya çıkan tabloların %60-70’inden sorumludur. Tip2E için tanımlı gen SGCB olup, 4q12’de lokalizedir. Bu tip, beta sarkoglikanopati olarak da isimlendirilmektedir. Laboratuvar Kodu: 4991 Limb Girdle 2F (SGCD Dizi Analizi) Sinonim: SGCD, LGMD2F, alfa sarkoglikanopati, muskuler distrofi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Limb Girdle muskuler distrofiler, iskelet kasını tutan non sendromik özellikte ve farklı genlerin etyolojide rol oynadığı bir hastalık grubudur. SGCD geni mutasyonları sonucu esas olarak tip 2F ortaya çıkar, Tip 2 Limb Girdle distrofiler otozomal resesif kalıtılmaktadır ve Tip 2C, D, E, F, çocukluk çağında ortaya çıkan tabloların %60-70’inden sorumludur. Tip2F için tanımlı gen SGCD olup, 5q33’Te lokalizedir. Bu tip, delta sarkoglikanopati olarak da isimlendirilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3649 Limb Girdle Delesyon Analizi (SGC) Sinonim: Otozomal resesif LGMD, SGCA, SGCB, SGCD, SGCG, FKRP Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Limb Girdle muskuler distrofiler (LGMD), iskelet kasını tutan non sendromik özellikte ve farklı genlerin etyolojide rol oynadığı bir hastalık grubudur. Otozomal dominant, otozomal resesif yada X’e bağlı kalıtılabilirler. Otozomal resesif LGMD etyolojisi heterojen olup, çocukluk çağında bulgu veren olguların %60-70’i SGCA, SGCB, SGCD, SGCG genleri ve tüm hastaların %6’sı FKRP geni mutasyonları ile gelişir. Bu genlerin nokta mutasyonları yanısıra delesyonlarının da hastalığa neden olduğu bilinmektedir. Laboratuvarımızda SGCA, SGCB, SGCD, SGCG ve FKRP genlerinin delesyon analizi MLPA yöntemi ile yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3299 LMNA Gen Dizi Analizi (Emery-Dreifuss/Limb Girdle Muscular Dystrophy) Sinonim: Emery-Dreifuss Muscular Dystrophy, LAMIN A/C; LMNA Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 1q22’de lokalizedir. LMNA mutasyonları bir dizi hastalığın ortaya çıkışına sebep olur; bunların klinik özellikleri çoğunlukla çakışmakta olup, geniş bir hastalık spektrumu olarak Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 116 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI değerlendirenler de vardır. LMNA mutasyonları; erken çocukluk çağında ortaya çıkan kontraktür, daha geç kendini gösteren hafif kas zaafı ve erişkin yaştaki tüm hastalarda görülen kardiyak tutulum ile karakterize kalıtımsal bir hastalık olan Emery-Dreifuss müsküler distrofisinin (EDMD) hem otozomal dominant, hem de otozomal resesif tiplerinden sorumludur. Laboratuvar Kodu: 3632 Lowe Sendromu (OCRL1 Geni) Sinonim: Okuloserebrorenal Sendrom, OCRL1; OCRL Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 8 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Lowe sendromu, diğer ismiyle okuloserebrorenal sendrom, konjenital katarakt, glokom, nistagmus gibi oküler defektlerin, hipotoni, mental retardasyon, arefleksi gibi sinir sistemi bozukluklarının ve ilerleyici renal tübüler disfonksiyon, asidozis, hiperaminoasidüri gibi renal disfonksiyonların görüldüğü, daha çok beyaz ve sarı ırkta rastlanan X'e bağlı resesif bir hastalıktır. Hastalık üç dönemde ortaya çıkmaktadır. Yeni doğan devresinde konjenital katarakt gibi major oküler bozukluklar, çocukluk çağında renal tübüler disfonksiyonlar, geç çocukluk çağında ise metabolik problemler ve davranış bozukluğu ile kendini göstermektedir. Sendromdan sorumlu OCRL1 geni Xq24-26’ da yer almaktadır. Laboratuvarımızda OCRL1 geninin tüm kodlayan bölgesinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4042 Marfan Sendromu (FBN1 Geni Dizi Analizi) Sinonim: FBN1 geni mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Marfan sendromu (MFS), prevalansı en az 5000’de 1 olan, majör klinik bulguları uzun boy, araknodaktili, eklem hipermobilitesi, lens subluksasyonu ve mitral valv prolapsusu olan, otozomal dominant geçiş gösteren genetik bir hastalıktır. Çeşitli tanı yöntemlerinin kullanılmasına rağmen MFS hastalarına kesin tanı konulmasında, klinik varyasyonun olması, belirtilerin yaşa bağlı olması ve yeni mutasyonların yüksek oranda görülmesi sebebiyle zorluklar olmaktadır. MFS tanısı ve tedavisi, birçok sistemi etkilemesi ve ekspresivitede varyasyon olması nedeniyle multidisipliner bir yaklaşım gerektirmektedir. Genellikle, tanı standardizasyonu için hazırlanmış olan Ghent kriterleri kullanılarak klinik tanı koyulmaktadır. Klasik Marfan Sendromu’ndan sorumlu gen 15. kromozomda bulunan FBN1 (fibrilin 1) genidir. Bu genin ürünü olan fibrilin, glikoprotein yapısında olup elastik bağ dokusunun ekstraselüler bileşenlerinden olan mikrofibrilleri oluşturmaktadır. FBN2, TGFBR1 ve TGFBR2 genlerindeki mutasyonların da MFS’e yol açtığı bilinmekle birlikte hastaların %93’ünde FBN1 mutasyonu saptanmaktadır. FBN1 mutasyonları içinde en yaygın görülen mutasyon nokta mutasyonlardır, %60 oranında missense, %10 oranında nonsense mutasyonlar, %13 oranında ayıklanma (=splicing) hataları ve %13 oranında küçük insersiyonlar, delesyonlar veya duplikasyonlar görülmektedir. Mutasyonların tüm gene dağılmış olması nedeniyle moleküler tanı için çoğunlukla FBN1 geninin doğrudan sekanslanması gerekmektedir. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 117 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Genin büyüklüğü ve hataların genellikle prematür stop kodonuna yol açması nedeniyle RNA’dan dizi analizi ilk tercih edilen yöntemdir. Mutasyonların %70-90’ını tanıma şansı vermektedir. laboratuarımızda Marfan sendromu moleküler tanısı içic FBN1 geninin tüm kodlayan bölgesinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2405 Marker Kromozom İdentifikasyonu Sinonim: Multiprobe FISH sentromer, marker kromozom tayini Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 7-10 gün sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Dismorfik bulgu, konjenital malformasyon, büyüme ve gelişme geriliği, mental ve motor retardasyon, infertilite, kötü obstetrik öykü, üç ya da daha fazla gebelik kaybı, ailede kromozom anomalisi varlığı nedenleriyle kromozomlardaki sayısal ve yapısal değişikliklerin saptanması amacıyla yapılan kromozom incelemesi sonunda kromozomal kaynağın sitogenetik yöntemlerle ortaya çıkarılamadığı küçük kromozomlar saptanabilir. Bunlara marker kromozom adı verilmektedir. Marker kromozomların içerdiği genetik materyalin doğru tanımlanmsı hastalığın seyri ve doğası hakkında bilgi verir. Bu nedenle marker kromozomun doğru tanımlanabilmesi için tüm kromozomların sentromer bölgelerinin ayrı ayrı boyanmasına olanak tanıyan çok renkli FISH yöntemi ile detaylı inceleme yapılabilmektedir. Laboratuvar Kodu: 5806 Maternal Kontaminasyon Çalışması Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Amnion mayi ve anne baba kanı Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Fragman analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Amniyon sıvısı, koryon villus materyali ya da fetal kan örneği alınması sırasında anneye ait doku da çalışılacak fetüs materyaline karışabilir. Bu durumda çalışılan materyalin gerçekten çocuğa ait olduğunun anlaşılması için matarnal kontaminasyon çalışması yapılması önerilir. Laboratuvar Kodu: 3120 MC4R Dizi Analizi Sinonim: Monogenik obesite, erken başlangıçlı obesite, melanokortin 4 reseptörü Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Melanokortin 4 reseptörünü kodlayan MC4R geni 18q22’de yer almaktadır. Bu gen üzerinde tanımlanan 100’ü aşkın değişimin obesiteye yol açtığı bilinmektedir.Erken yaşta Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 118 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI başlayan obesitede sıklığı %1-8 arasında değişmektedir. Laboratuarımızda MC4R geninin kodlayan bölgesinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3878 MDR1 Mutasyonu Sinonim: Çoklu ilaç direnci, Multidrug Resistance Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Çoklu ilaç direncine en sık yol açan genetik değişikliktir. MDR1 geni(= plasma glycoprotein, Pgp, ABCB1, ATP-binding cassette sub-family B member 1, PGY1) intestinal epitel, hepatosit, proksimal renal tubular hücre ve kapiller endotel protein sentezlemektedir. Membran bağımlı taşıyıcı molekül olan protein ürünü ATP bağımlı bir pompa olarak çalışır. Membrandan; başta etoposid, doksorubisin ve vinblastin gibi kemoterapötik ilaçlar olmak üzere kolşisin, takrolimus, kinidin, ksenobiyotikler, digoksin gibi kardiyak glikozidler, immünosupresifler, dekzametazon, proteaz inhibitörleri ve nükleozid dışı revers transkriptaz gibi ilaçların taşınmasında rol oynar. Genin mutasyonları ilaç birikimini azaltarak özellikle antitümör ilaçlara karşı direnç gelişmesine yol açar. Laboratuarımızda MDR1 geninin çoklu ilaç direncine en sık yol açan C3435T polimorfizmi incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 1992 MDS Paneli Sinonim: Myelodisplastik sendrom paneli Test İçeriği: -Y, 5q31 delesyonu, + 8, - 7, 7q31 delesyonu, 17p13.1 delesyonu, 20q12 delesyonu, JAK2 mutasyonu, NRAS mutasyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Bkz. Test içeriğindeki testlerin kullanımları Laboratuvar Kodu: 3070 Melas Sendromu (A3243G) Sinonim: Mitokondriyal miyopati, A3243M mutasyonu, t(RNA)Leu (UUR )mutasyonu, Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Başlangıç yaşı 45 yaş altı (genç yaşta felç olarak adlandırılır) olan mitokondrilerdeki DNA ile kalıtılan (=anneden kalıtım) bir hastalıktır. Hastalarda erken yaşlarda gelişim normaldir, bunu ilerleyici ensefalopati izler. Hastalar 40 yaşından önce semptomatik olurlar. Bulantı ve kusma ile ilerleyen tekrarlayıcı migren benzeri ağrılar, duyma kaybı, kısa boy, öğrenme zorluğu, Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 119 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI hemiparazi, hemianopsia (görme alanının bir yarısını kapsayan körlük hali; bu kusurla belirgin görme bozukluğu), ekstremitelerde zayıflık ve felç benzeri krizlere yol açan bir hastalıktır. Hastalar migren tipi başağrısı ve/veya nöbetlerle ilişkili küçük veya büyük felçler gösterebilirler. Hastaların %50’sinde BOS’ta sıvıda protein miktarı normalken %50’sinde hafif derecede artmıştır. Hastaların üçte birinde tomografi ile bazal ganglionlarda kalsifikasyonlar, MRI ile MELAS ilişkili felçlerde tipik olarak oksipital veya parioto-oksipital alanlarda gri ve beyaz maddede artmış T2 sinyalleri gösterilebilir. Hastaların %80’in de mtDNA’nın 3243. pozisyonunda tRNALeucine(UUR) geninde A→G değişimi hastalığa neden olur. MELAS bulguları gösteren hastalarda bu mutasyona özgü test yapılır. Laboratuvar Kodu: 6117 Melas (A3243G, T3271C, A3252G) Sinonim: Mitokondriyal miyopati, A3243G, T3271C, A3252G mutasyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA DİZİ ANALİZİ Referans Aralığı: Kullanımı: Başlangıç yaşı 45 yaş altı (genç yaşta felç olarak adlandırılır) olan mitokondrilerdeki DNA ile kalıtılan (=anneden kalıtım) bir hastalıktır. Hastalarda erken yaşlarda gelişim normaldir, bunu ilerleyici ensefalopati izler. Hastalar 40 yaşından önce semptomatik olurlar. Bulantı ve kusma ile ilerleyen tekrarlayıcı migren benzeri ağrılar, duyma kaybı, kısa boy, öğrenme zorluğu, hemiparazi, hemianopsia (görme alanının bir yarısını kapsayan körlük hali; bu kusurla belirgin görme bozukluğu), ekstremitelerde zayıflık ve felç benzeri krizlere yol açan bir hastalıktır. Hastalar migren tipi başağrısı ve/veya nöbetlerle ilişkili küçük veya büyük felçler gösterebilirler. Hastaların %50’sinde BOS’ta sıvıda protein miktarı normalken %50’sinde hafif derecede artmıştır. Hastaların üçte birinde tomografi ile bazal ganglionlarda kalsifikasyonlar, MRI ile MELAS ilişkili felçlerde tipik olarak oksipital veya parioto-oksipital alanlarda gri ve beyaz maddede artmış T2 sinyalleri gösterilebilir. Hastaların %80’in de mtDNA’nın 3243. pozisyonunda tRNALeucine(UUR) geninde A→G değişimi hastalığa neden olur. Bu mutasyonun yanısıra T3271C, A3252G mutasyonlarının da sıklıkla hastalığa yol açtığı bilinmektedir. Laboratuvar Kodu: 4624 Melas (MTTL1 Tüm Gen Dizi) Sinonim: Mitokondriyal miyopati, MTTL1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA DİZİ ANALİZİ Referans Aralığı: Kullanımı: Başlangıç yaşı 45 yaş altı (genç yaşta felç olarak adlandırılır) olan mitokondrilerdeki DNA ile kalıtılan (=anneden kalıtım) bir hastalıktır. Hastalarda erken yaşlarda gelişim normaldir, bunu ilerleyici ensefalopati izler. Hastalar 40 yaşından önce semptomatik olurlar. Bulantı ve kusma ile ilerleyen tekrarlayıcı migren benzeri ağrılar, duyma kaybı, kısa boy, öğrenme zorluğu, hemiparazi, hemianopsia (görme alanının bir yarısını kapsayan körlük hali; bu kusurla belirgin görme bozukluğu), ekstremitelerde zayıflık ve felç benzeri krizlere yol açan bir hastalıktır. Hastalar migren tipi başağrısı ve/veya nöbetlerle ilişkili küçük veya büyük felçler gösterebilirler. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 120 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Hastaların %50’sinde BOS’ta sıvıda protein miktarı normalken %50’sinde hafif derecede artmıştır. Hastaların üçte birinde tomografi ile bazal ganglionlarda kalsifikasyonlar, MRI ile MELAS ilişkili felçlerde tipik olarak oksipital veya parioto-oksipital alanlarda gri ve beyaz maddede artmış T2 sinyalleri gösterilebilir. Hastaların %80’in de mtDNA’nın 3243. pozisyonunda tRNALeucine(UUR) geninde A→G değişimi hastalığa neden olur. MTTL1 geninin diğer mutasyonları da MELAS’a neden olmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4625 MEN1 Geni Dizi Analizi Sinonim: MEN, MEN1, Multiple Endokrin Neoplazi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Multiple Endokrin Neoplazi, endokrin bezlerde kanser gelişimi ile seyreden ve ailesel yatkınlığın bulunduğu klinik bir tablodur. Bunun bir grubunu oluşturan Multiple Endokrin Neoplazi Tip I’de klinik tabloda en sık Paratiroid hiperplazi (%95, Hiperkalsemi), Pitüiter adenom (%30, Kadınlarda Oligomenore/Amenore, Erkeklerde seksual disfonksiyon), Pankreas adenoma (%40) ve daha ender olarak benign Adrenokortikal tümorler (%20-40) gözlenmektedir. Bunun yanısıra Timik karsinoid, Pankreatik Gastrinoma, Adrenokortikal tümörler (malign, ender) için yaşam boyu kanser riskinin arttığı hastalık grubunu oluşturmaktadır. MEN1 geni mutasyonları tek başına MEN1 tümör tiplerinin 2/3’ünü açıklar. Protein ürünü bir nüklear protein olan menindir. 11q13’te yerleşik olan MEN1 geni mutasyonları dominant etkilidir. Ailede en az 1 MEN1 tanısı almış akrabası olan veya 3P tümörden bir tanesi ile izlenen bireylerde MEN1 tanısı düşünülmelidir. Laboratuarımıza MEN1 öntanısı ile gönderilen hastalarda MEN1 geni tüm kodlayan bölgeleri dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu:4015 Mental Retardasyon Paneli Sinonim: Mental Retardasyon paneli Test İçeriği: Kromozom Analizi (Periferik Kandan), Frajil X Sendromu (PCR), Subtelomerik Delesyon Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml+5ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp, mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FRAX PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Hafif mental retardasyonların %14’ü ve orta-ağır mental retardasyonların %45’i genetik nedenlerle gelişmektedir. Yaklaşık 2000 tane bilinen genetik nedenler içinde ilk sırada kromozom hastalıkları yer almaktadır. %5 olguda frajil X, %10 olguda ise subtelomerik değişiklikler saptanmaktadır. Bu nedenle nedeni bilinmeyen mental retardasyonlarda kromozom incelemesi, frajil X testi ve subtelomerik delesyon analizleri birlikte yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 5811 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 121 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI MERRF Sendromu (A8344G) Sinonim: MYOCLONIC EPILEPSY ASSOCIATED WITH RAGGED-RED FIBERS; MERRF, MTTK Geni A8344G Mutasyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA DİZİ ANALİZİ Referans Aralığı: Kullanımı: MERFF (Myoclonic epilepsy and ragged red fibers); başlangıç yaşı cocukluktan erişkin döneme kadar değişebilen, nadir görülen, yavaş seyirli progresif miyoklonik epilepsi sendromlarındandır. Myoklonus, tonik-klonik nöbetler,demans, serebellar bulgular asıl klinik tabloyu oluşturur. Az sayıda sporadik olgular bildirilmekle birlikte, bu sendrom mitokondrilerdeki DNA ile kalıtılan (=anneden kalıtım) bir hastalıktır. Klinik bulgular aileler arasında ve aynı aile içinde fenotipik farklılıklar gösterebilir. MERRF’nin t-RNa (Lys)’yı kodlayan MTTK genindeki nokta mutasyon sonucu oluştuğu bilinmektedir. MTTK geni A8344G mutasyonu MERRF olgularında ilk saptanan spesifik değişikliktir ve olguların %90’ında bu mutasyon saptanmıştır. Laboratuvar Kodu: 4626 MERRF Sendromu (A8344G, T8356C, G8363A ve G8361A) Analizi Sinonim: MYOCLONIC EPILEPSY ASSOCIATED WITH RAGGED-RED FIBERS; MERRF, MTTK Geni A8344G, T8356C, G8363A ve G8361A Mutasyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA DİZİ ANALİZİ Referans Aralığı: Kullanımı: MERFF (Myoclonic epilepsy and ragged red fibers); başlangıç yaşı cocukluktan erişkin döneme kadar değişebilen, nadir görülen, yavaş seyirli progresif miyoklonik epilepsi sendromlarındandır. Myoklonus, tonik-klonik nöbetler,demans, serebellar bulgular asıl klinik tabloyu oluşturur. Az sayıda sporadik olgular bildirilmekle birlikte, bu sendrom mitokondrilerdeki DNA ile kalıtılan (=anneden kalıtım) bir hastalıktır. Klinik bulgular aileler arasında ve aynı aile içinde fenotipik farklılıklar gösterebilir. MERRF’nin t-RNa (Lys)’yı kodlayan MTTK genindeki nokta mutasyon sonucu oluştuğu bilinmektedir. MTTK geni A8344G mutasyonu MERRF olgularının %90’ında A8344G saptanmakla birlikte, T8356C, G8363A ve G8361A mutasyonlarının da hastalığa yol açtığı bilinmektedir. Laboratuvar Kodu: 4627 Mesane Kanseri Genetik Tarama (UROVYSION) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: İdrar Numune Miktarı: Tüm idrar Numune Kabı: Steril Uygun Kap (Temin edilir) Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: - Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 122 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: Mesane kanserinde 3, 7, 17. kromozom anöploidileri ve 9p21 lokus kaybı izlenmektedir. Hematürili hastalarda mesane kanseri şüphesi olduğunda, doğrudan tanı amaçlı olmamakla birlikte tanıya yardımcı olmak için bu genetik değişikliklerin tetkik edilmesi önerilmektedir. Bunun yanısıra mesane kanseri tanısı almış olan hastaların takiplerinde de rekürrensin erken saptanmasına katkısı olduğu bilinmektedir. Test, idrar örneklerinde floresan insitu hibridizasyon yöntemi kullanılarak çalışılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3801 MET Amplifikasyonları Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta Numune Türü: Taze doku, parafin doku, bronş aspirasyon materyali, heparinli kemik iliği Numune Miktarı: 5µm’lik 5 kesit, 2 ml aspirasyon sıvısı Çalışma Yöntemi: FISH Kullanımı: MET geni 7q21-q31 bölgesinde lokalize 120 kb uzunluğunda 21 ekzonlu bir gendir. MET geninin protein ürünü 150 kd’luk bir transmembran reseptör tirozin kinazdır. Hücre içi bölgesindeki mutasyonlar (R988C, T1010I, S1058P ve ekzon 14 delesyonları) SCLC’de %12, NSCLC’de %0-13 oranında bildirilmiştir. MET geniyle ilgili en yaygın genetik değişikliklerden biri amplifikasyondur. MET overekspresyonuna yol açar. NSCLC’de EGFR mutasyonlu hastalarda sekonder TKİ direnci gelişimine yol açmaktadır. TKİ direnci geliştiren hastalarda MET amplifikasyonu %20 oranında görülürken, TKİ almayanlarda bu oran %1-10’dur. Bu nedenle sekonder TKİ direnci gelişen NSCLC hastalarında önemli bir terapotik hedeftir. Crozotinib dual MET ve ALK inhibitörüdür. Diğer kinazlar içinde MET ve ALK’ya 20 kat daha selektiftir. Ağustos 2011’de ALK rearanjmanı olan akciğer kanseri hastalarında FDA onayı almıştır. Yakın zamanda bildirilmiş bir denovo MET amplifikasyonu olan ve ALK rearanjmanı olmayan NSCLC hastasında crizotinibe cevap alındığı bildirilmiştir. Laboratuvar Kodu: 4644 Metakromatik Lökodistrofi (ARSA1 Geni) Sinonim: MLD, Arilsuilfataz A geni dizi analizi, ARSA geni dizi analizi Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: MLD öntanısı, progresif nörolojik disfonksiyon ve MR incelemesinde lökodistrofi ile uyumlu bulgular varlığında oluşur. Lökositlerde arilsulfataz A (ARSA) enzim aktivitesi ölçümü ile ön tanı desteklenebilir; ancak enzim aktivitesi ölçümü ile gerçek MLD ile yalancı eksiklik ayrımı yapılamaz. Yalancı ARSA eksikliğinde (pseudodeficiency) enzim aktivitesi yine düşük miktarlarda olmaktadır. Bu durumda tanının ARSA gen analizi ile konfirme edilmesi önerilebilir. Mutasyon taraması, aynı zamanda genetik danışmanlık verilmesi ve sonraki gebeliklerde prenatal tanı planlaması açısından yardımcı olacaktır. Merkezimizde ARSA geni dizi analizi çalışması yapılmakta ve yalancı eksikliğe sebep olan allel dahil tüm kodlayan bölge ve komşu diziler çalışılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3442 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 123 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Metil Malonik Asidemi Genetik Testi (MUT Geni) Sinonim: metilmalonil CoA mutaz mutasyonları, MCM mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Metilmalonik asit, süksinik asidin yapısal bir izomeridir. İzolösin, valin, ireonin ve metiyoninin katabolik yıkımı sırasında propionik asitten oluşur. Metilmalonik asidin süksinik aside dönüşümünde rol oynayan enzimler metilmalonil asit CoA rasemaz ve metilmalonil CoA mutaz enzimlerdir. En sık rastlanan tip mutaz tipidir. Bu tipte klinik bulgular propionik asîdemiye benzer. Yenidoğanda ağır ketoz, asidoz, hiperamonyemi, pansitopeni, koma ve ölümle giden ağır seyir metilmalonik asidemide propionik asidemîden daha sıktır. Laboratuar bulguları ketoz, asidoz, anemi, nötropeni, trombositopeni, hiperglisinemi ve vücut sıvılarında fazla miktarda metilmalonik asidin bulunuşu ile karakterizedir. İdrarda propionik asit ve metabolitleri olan 3hidroksipropionik asit ve metilsitrik asit de bulunur. Tanıda metilmalonil CoA mutaz (MCM) geninin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2931 MFRP Gen Mutasyonu Sinonim: Membrane frizzled-related protein geni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real time PCR (melting point) Referans Aralığı: Kullanımı: 11q23’te lokalize bir gen olup, mutasyonları izole mikroftalmi ve nanoftalmos tipleri ile ilişkilendirilmiştir. Laboratuvar Kodu: 3491 MGMT Geni Metilasyon Analizi Sinonim : Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Genin promotor metilasyonu karsinogenezde önemli rol oynar. MGMT promotor metilasyonu saptanan low-grade glioblastoma multiformeli hastalarda prognoz ve temozolomide cevabın daha iyi olduğu bilinmektedir. Aynı bilgi, kolon kanseri ve malign melanom için de geçerlidir. Bu nedenle bu hastalarda temozolomide endikasyonu ve tedaviye yanıt belirteçi olarak kullanılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3467 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 124 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Mikrosatellit İnstabilitesi Sinonim: MSI Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: Tümör dokusu (parafinli ya da taze doku) Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Sık görülen kanserlerden primer kolorektal kanserde tedavinin planlanması için stage tayininin yapılması büyük önem taşımaktadır. Belli histomorfolojik özellikler prognostik gösterge olarak kabul edilmektedir. Ancak, aynı histomorfolojik özelliklere sahip tümörlerin gelişiminin farklı olduğu bilinmektedir. Bu nedenle, yüksek riskli hastaların belirlenmesinde ek biyolojik göstergeler kullanılmaktadır. Kolorektal kanserlerin büyük bir kısmı “kromozomal instabilite”ye yol açan tümör baskılayıcı gen kaybı ya da onkogen aktivasyonu ile gelişmektedir. Bir diğer yol ise, DNA onarımının kusurlu olması sonucu gelişir ve DNA’nın kodlamayan bölgelerinde mutasyon birikimi (=mikrosatellit instabilitesi) ile karakterizedir. Mikrosatellit instabilitesi (=MSI) sporadik kolon kanserlerinin %10–20 ‘sinde gözlenir. Kolorektal kanserlerde MSI pozitifliği instabilite göstergelerinden duyarlılığının %97 üzerinde olduğu bilinen BAT26 kullanılarak çalışılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2242 Miller-Dieker Sendromu (FISH) Sinonim: del 17p13.3 (FISH),17p13.3 delesyonu (FISH) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Miller-Dieker sendromu 17. kromozom kısa kolunda büyük delesyonlara (17p13.3) bağlı ortaya çıkar. Hastalarda tipik yüz görünümü olarak küçük kafa (mikrosefali), kısa ve yukarıya dönük burun delikleri ve küçük çene(mikrognati) mevcuttur. Beyin yüzeyi düzleşmiş, girinti ve çıkıntılar azalmıştır (agiri-pakigiri). Beyincik normal yapıdadır. Genetik tanı için FISH ile 17p13.3’teki MDCR bölgesinin kaybı saptanır. Laboratuvar Kodu: 5784 Mitokondrial DNA Delesyon Analizi (KS, Pearson, PEO) Sinonim: Kearns Sayre sendromu, Pearson sendromu, Progresif Eksternal Oftalmopleji Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Mitokondrial DNA delesyonları çeşitli nörolojik hastalıklarla ilişkilendirilmiştir. 3 tane klinik olarak ortak noktalara sahip sendrom bu açıdan ön plana çıkmaktadır: Kearns-Sayre syndrome (KSS), Pearson syndrome, ve progressive external ophthalmoplegia (PEO). Bunlar çoğunlukla ailede izole vakalar olarak görülmektedir. Değişik klinik tablolarla 20 yaş civarında başlayan ve kardiyak, muskuler, oküler ve serebellar bulgular veren bir hastalık grubudur. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 125 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Hastalar oftalmopleji, atipik retinitis pigmentoza, mitokondriyal miyopati yanısıra kardiyak ileti defekti, serebellar sendrom ya da artmış serebrospinal sıvı protein düzeyi bulgularından birisini de gösterirler. Hastalar değişik derecelerde miyopati ve retinitis pigmentozadan SSS disfonksiyonuna kadar değişen bir aralıkta çeşitli ara formlarda bulgu verebilirler. Laboratuvar Kodu: 4628 Mitomisin C Testi Sinonim: MTC testi, MMC testi, indüklenmiş kırık, kırık sendromları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: sitogenetik, 72 saatlik hücre kültürü MTC ile uyarılmış Referans Aralığı: Kullanımı: Kromozomal kırık sendromları ya da kromozomal instabilite şüphesi olan hastalarda yapılır. Mitomisin C uyarısıyla kromozomlardaki kırık sayısındaki artışlar bu hastalıklar için destekleyici tanı kriterleri arasında yer almaktadır. Laboratuvar Kodu: 5160 MM Paneli Sinonim: Multiple myeloma paneli Test İçeriği: t(4;14)(p16;q32), t(11;14)(p13;q32), t(14 ;16)(q32;q23),17p13.1 delesyonu, 13q14.3 delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Multipl miyelom tüm kanser vakaları arasında yaklaşık olarak %1 ve tüm hematolojik maliniteler arasında da yaklaşık %10’luk bir orana sahiptir. Hastalığın altında yatan etkenler tam olarak bilinememekle birlikte,son zamanlarda yapılan risk stratifikasyon çalışmalarında genetik belirteçler önemli paya sahiptir. 13q14.3 delesyonu hücre siklusu gen ekspresyonunu arttırır. Kısa hastalıksız yaşam süresi ve kısa yaşam süresi ile ilişkilidir. 17p13.1 delesyonu hastalığın ilerlemesi için yüksek risk taşır. 14q32 yeniden düzenlenmeleri MM’da sık görülür. Bunlardan t(4;14) kötü prognoz belirteci, t(11;14)ise improved survival ile ilişkili iken t(14,16)’nın prognostik değeri tartışmalıdır. 1q21 amplifikasyonu, hastalığın ilerlemesi ve relaps için yüksek risk belirteci olarak değerlendirilmelidir. Laboratuvar Kodu: 3073 MODY Paneli Sinonim: Maturity-Onset Diabetes of the Young, Gençlikte Ortaya Çıkan Erişkin Tip Diyabet; ABCC8, GCK, HNF1A, HNF4A, HNF1B, INS and KCNJ11 Gen Dizi Analizi Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Yeni Nesil Dizi analizi Referans Aralığı: - Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 126 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: Maturity-onset diabetes of the young (MODY), 25 yaş öncesi ortaya çıkan, otozomal dominant diabet hastalığıdır ve insülin sekresyon defektleri ile ilişkilidir. Prevalansı düşüktür; ancak çok geniş bir klinik spektruma, genetik heterojeniteye sahiptir. Bugune kadar OMIM veritabanına girmiş 11 tipi tanımlanmıştır. Laboratuvarımızda aşağıdaki tiplerine yönelik gen analizi yapılmakta, ilgili genler yeni nesil dizi analizi yöntemi ile paralel olarak taranıp, bir panel şeklinde raporlanmaktadır. MODY1 (125850) hepatocyte nuclear factor-4-alpha (HNF4A; 600281) MODY2 (125851) glucokinase (GCK; 138079) MODY3 (600496) hepatocyte nuclear factor-1alpha(HNF1A; 142410) MODY5 (137920) hepatic transcription factor-2 (TCF2; 189907, =HNF1B) MODY10 (613370) insulin (INS; 176730) Bunun dışında ABCC8 ve KCNJ11genleri de panelimizde taranmakta olup; ikisi de 11p15.1’de lokalizedir. KCNJ11 ilişkili durumlar OMIM veritabanında aşağıdaki şekilde tanımlanmıştır : Diabetes mellitus, permanent neonatal, with neurologic features 606176 Diabetes mellitus, transient neonatal, 3 610582 Diabetes, permanent neonatal 606176 Hyperinsulinemic hypoglycemia, familial, 2 601820 {Diabetes mellitus, type 2, susceptibility to} 125853 ABCC8 ilişkili durumlar ise: Diabetes mellitus, noninsulin-dependent 125853 Diabetes mellitus, permanent neonatal 606176 Diabetes mellitus, transient neonatal 2 610374 Hyperinsulinemic hypoglycemia, familial, 1 256450 Hypoglycemia of infancy, leucine-sensitive 240800 Ayrıca var olan klinik heterojenite nedeniyle diğer taranan genler de farklı klinik antitelerle ilişkilendirilmiştir: HNF4A ilişkili durumlar OMIM veritabanında aşağıdaki şekilde tanımlanmıştır : {Diabetes mellitus, noninsulin-dependent} 125853 GCK ilişkili durumlar OMIM veritabanında aşağıdaki şekilde tanımlanmıştır : Diabetes mellitus, gestational 125851 Diabetes mellitus, noninsulin-dependent, late onset 125853 Diabetes mellitus, permanent neonatal 606176 Hyperinsulinemic hypoglycemia, familial, 3 602485 GCK ilişkili durumlar OMIM veritabanında aşağıdaki şekilde tanımlanmıştır : Diabetes mellitus, insulin-dependent, 20 612520 Hepatic adenoma, somatic 142330 Renal cell carcinoma 144700 {Diabetes mellitus, insulin-dependent} 222100 {Diabetes mellitus, noninsulin-dependent, 2} 125853 INS ilişkili durumlar OMIM veritabanında aşağıdaki şekilde tanımlanmıştır : Diabetes mellitus, insulin-dependent, 2 125852 Diabetes mellitus, permanent neonatal 606176 Diabetes mellitus, type 1 125852 Hyperproinsulinemia, familial, with or without diabetes HNF1B ilişkili durumlar OMIM veritabanında aşağıdaki şekilde tanımlanmıştır : Diabetes mellitus, noninsulin-dependent 125853 Renal cysts and diabetes syndrome 137920 {Renal cell carcinoma} 144700 MODY PANELİ -1: ABCC8 Taraması, MODY PANELİ-2: GCK, KCNJ11 Taraması, MODY PANELİ-3: HNF1A, INS, MODY PANELİ-4: HNF1B, HNF4A Taraması Laboratuvar Kodu: 3879 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 127 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI MODY Tip 1 (HNF4A Geni) Sinonim: HNF4A mutasyonları, MILD JUVENILE DIABETES MELLITUS, MATURITY-ONSET DIABETES OF THE YOUNG, TYPE 1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 8 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: MODY (Maturity-Onset Diabetes of the Young), insüline bağımlı olmayan diyabetin erken yaşta başlayan ve otozomal dominant kalıtımla geçen alt grubudur. Sıklıkla erken yaşta (genellikle 25 yaş öncesi) başlayan orta derecede şeker yüksekliği ile karakterizedir. En az iki aile bireyinde 25 yaştan önce diyabet başlamalıdır. Ailelerin en az yarısında en az üç nesil boyunca ailesel geçişin olduğu otozomal kalıtım özelliği mevcuttur. Görülme sıklığı Avrupa‘da %0,5-1 arasında değişmektedir. Hastalarda gizli şeker ve açlık hiperglisemisi mevcuttur, ketoasidoz görülmez, obez değildirler. Açlık insülin düzeyi, normal guruba göre aynı olmasına rağmen hiperglisemiye göre nispeten düşüktür. Hastalığın bugüne kadar bildirilen 11 farklı alt tipi bulunmakta. Bu farklı alt tiplerinin de her birinden ayrı bir gen bozukluğu sorumlu tutulmaktadır. MODY1’den sorumlu gen 20. Kromozom üzerinde yer alan HNF4A’dır. Laboratuvar Kodu: 3388 MODY2 GCK Geni Dizi Analizi Sinonim: Maturity-Onset Diabetes of the Young Type2, Gençlikte Ortaya Çıkan Erişkin Tip Diyabet 2, GCK Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Maturity-onset diabetes of the young (MODY), 25 yaş öncesi ortaya çıkan, otozomal dominant diabet hastalığıdır ve insülin sekresyon defektleri ile ilişkilidir. Prevalansı düşüktür; ancak çok geniş bir klinik spektruma, genetik heterojeniteye sahiptir. Bugune kadar OMIM veritabanına girmiş 11 tipi tanımlanmıştır. 7p13’de yerleşik olan HEXOKINASE 4 (GCK) geni MODY tip 5’ten sorumludur. OMIM’de Diabetes mellitus, insulin-dependent, 20 (612520), Hepatic adenoma, somatic (142330), Renal cell carcinoma (144700), Diabetes mellitus, insulindependent (222100), Diabetes mellitus, noninsulin-dependent, 2 (125853)’den sorumlu gen olarak yer almaktadır. Laboratuvarımızda GCK geni dizi analizi yöntemi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4785 MODY Tip 3 (HNF1A Geni) Sinonim: HNF1A mutasyonları, MILD JUVENILE DIABETES MELLITUS, MATURITY-ONSET DIABETES OF THE YOUNG, TYPE 3 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: - Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 128 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: MODY (Maturity-Onset Diabetes of the Young), insüline bağımlı olmayan diyabetin erken yaşta başlayan ve otozomal dominant kalıtımla geçen alt grubudur. Sıklıkla erken yaşta (genellikle 25 yaş öncesi) başlayan orta derecede şeker yüksekliği ile karakterizedir. En az iki aile bireyinde 25 yaştan önce diyabet başlamalıdır. Ailelerin en az yarısında en az üç nesil boyunca ailesel geçişin olduğu otozomal kalıtım özelliği mevcuttur. Görülme sıklığı Avrupa‘da %0,5-1 arasında değişmektedir. Hastalarda gizli şeker ve açlık hiperglisemisi mevcuttur, ketoasidoz görülmez, obez değildirler. Açlık insülin düzeyi, normal guruba göre aynı olmasına rağmen hiperglisemiye göre nispeten düşüktür. Hastalığın bugüne kadar bildirilen 11 farklı alt tipi bulunmakta. Bu farklı alt tiplerinin de her birinden ayrı bir gen bozukluğu sorumlu tutulmaktadır. MODY3’den sorumlu gen 12. Kromozom üzerinde yer alan HNF1A’dır. Laboratuvar Kodu: 4387 MODY5 HNF1B Geni Dizi Analizi Sinonim: Maturity-Onset Diabetes of the Young Type 5, Gençlikte Ortaya Çıkan Erişkin Tip Diyabet 5; HNF1B Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Maturity-onset diabetes of the young (MODY), 25 yaş öncesi ortaya çıkan, otozomal dominant diabet hastalığıdır ve insülin sekresyon defektleri ile ilişkilidir. Prevalansı düşüktür; ancak çok geniş bir klinik spektruma, genetik heterojeniteye sahiptir. Bugune kadar OMIM veritabanına girmiş 11 tipi tanımlanmıştır. 17q12’de yerleşik olan HNF1 HOMEOBOX B (HNF1B) geni MODY tip 5’ten sorumludur. OMIM’de Diabetes mellitus, noninsulin-dependent (125853) ve Renal cysts and diabetes syndrome (137920)’dan sorumlu gen olarak yer almaktadır. Laboratuvarımızda HNF1B geni dizi analizi yöntemi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4784 Moleküler Karyotipleme Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Array CGH Referans Aralığı: Kullanımı: Günümüzde uygulanan kromozom inceleme yöntemlerinin ulaştığı en düzey incelemedir. Genetik materyaldeki kayıp ve kazanımlarda, rutin sitogenetik incelemeler göre duyarlılığı 100kat (8x104-105bp) daha yüksektir. Bu nedenle özellikle toplumda %1’in üzerindeki görülme sıklığıyla temel halk sağlığı sorunlarından biri olarak kabul edilen mental retardasyon olgularından nedeni belirlenemeyenlerde uygulanması ile olguların en az %15’inde daha önce uygulanmış yöntemlerle tespit edilememiş anomalilerin saptanması mümkün olabilmektedir. Bunun yanısıra tanı değerinin olduğu diğer bir alan da spontan yada habitual abortus patogenezinin tanımlanabilmesi amacı ile abort materyalleri üzerinde uygulanmasıdır. Laboratuvar Kodu: 3698 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 129 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Monozomi/Trizomi 7 Sinonim: 7 monozomisi, 7 trizomisi, monozomi 7, -7, trizomi 7, +7 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Monozomi 7 çocuk ve erişkin MDS, JCML ve başlıca M4/M6 olmak üzere erişkin AML’de çok sık olarak saptanır. Özellikle erişkinde kötü prognostik belirteçtir Laboratuvar Kodu: 3055 Monozomi / Trizomi 8 Sinonim: 8 monozomisi, 8 trizomisi, monozomi 8, -8, trizomi 8, +8 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Trizomi 8, KML, MDS ve AML’de saptanır. KML ve MDS’te prognozu etkilememekle birlikte tek başına varlığı AML’de kötü prognostik belirteç kabul edilir. Ancak hastalık seyrine olan etkisi eşlik eden diğer genetik anomalilerle değişebilir. Laboratuvar Kodu: 3054 MPL Mutasyon Analizi Sinonim: CAMT, Trombopoietin Receptor Geni (TPOR), Konjenital Amegakaryositik Trombositopeni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: MPL geni, trombopoietin reseptörünü kodlar. Trombopoietin, hematopoietik bir büyüme faktörüdür. MPL, 1p34te lokalizedir ve 12 egzona sahip bir gendir. Bu genin mutasyonları ile Konjenital amegakaryositik trombositopeni ilişkilidir. Bu nadir hastalık, infantil dönemde fiziksel anomali olmaksızın izole trombositopeni ve megakaryositopeni ile karakterizedir. Kronik myeloproliferatif hastalıkların tanısında Ph kromozomu ve JAK2V617F mutasyonundan sonra 3. Sırada önem taşımaktadır. JAK2V617F mutasyonu negatif olan Esansiyel Trombositozis olgularında %3-5 ve Primer Myelofibrozis olgularının %5-8’inde MPL geni mutasyonları olduğu bilinmektedir. En sık görülen mutasyon, genin 10. Ekzonundaki W515L değişimidir. Laboratuvarımızda, periferik kandan elde edilen DNA örneklerinde MPL geninin 10. ekzonunun dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3194 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 130 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI MSUD (Akçaağaç Şurubu İdrar Hastalığı BCKDHA, BCKDHB ve DBT Genleri) Sinonim: Maple Syrup Urine Disease, MSUD Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Valin, Lösin ve İzolösinin ketoasitlerinin dekarboksilasyonunda fonksiyon gören kompleks ve mitokondrial enzim sistemi olan "dallı zincirli alfa ketoasit dehidrogenaz" eksikliği vardır Otozomal resesif geçiş gösterir. Dallı zincirli aminoasitler ve bu aminoasitlerin ketoasitleri, kanda ve idrarda yükselir. Bu ketoasitlerin kokusu Maple ağacından elde edilen reçine kokusuna benzer. Hastalar doğumda normaldir. Hayatın ilk haftasında kusma, beslenme bozukluğu, tipik idrar kokusu saptanır. Letarji, hipoglisemi, ağır metabolik asidoz, konvülziyon ve koma birkaç gün içinde gelişir. İlerleyici nörolojik ve mental bozukluk oluşur. Sepsis ve menenjit ile karışabilir. Akut dönemde dallı zincirli aminoasitlerin ve ketoasitlerin hızla uzaklaştırılması için periton dializi gereklidir. Tedaviye 10 günlükten önce başlanırsa normal büyüme ve gelişme sağlanır. Dallı zincirli aminoasitler diyette azaltılır. Hayvansal protein diyetten çıkarılır. Yağ ve karbohidrat verilir. Proteinden fakir sebze, meyve, nişasta ve küçük bir bardak süt diyete eklenir. Diyet tedavisi hayat boyu sürer. İdrar ve plazmada bu üç aminoasit ile ketoasitlerinin yükselmesi gösterilmesi ve enzim düzeyinin saptanması ile tanı koyulur. Mitokondriyal bir enzim kompleksi olan dallı zincirli alfa ketoasit dehidrogenaz (BCKD); BCKDHA, BCKDHB, DBT ve DLD genleri tarafından sentezlenen E1a (19. kromozom), E1ß (6. kromozom), E2 (1. kromozom), E3 (7. kromozom) altbirimlerinden oluşur. Pahalı biyokimyasal izlem ve tedavi gerektirdiği için prenatal tanısı özellikle önem kazanmaktadır. Taşıyıcılığın saptanması ve prenetal tanı genetik çalışma ile mümkündür. Tanıda BCKDHA, BCKDHB ve DBT genlerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2929 MTHFR A1298C Mutasyon Analizi Sinonim: Metilentetrahidrofolat A1298C Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: Ertesi gün saat 18:00 Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real timePCR Referans Aralığı: Kullanımı: Metilentetrahidrofolat redüktaz (MTHFR), sistein metabolizmasının bir yan ürünü olan homosistein yıkımında önemli rol oynayan bir enzimdir. MTHFR geninin 1298. pozisyonunda adenin yerine sitozin geçmesi ikinci sırada sık görülen polimorfizmidir. CC genotipine sahip bireylerde AA genotipine göre azalmış enzim aktivitesi ve artmış homosistein düzeyi bulunmaktadır. Yüksek homosistein seviyeleri, miyokardiyal enfarktüs riskinde artış ve tekrarlayan düşükler ile ilişkilendirilir. Laboratuvar Kodu: 3108 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 131 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI MTHFR C677T Mutasyon Analizi Sinonim: Metilentetrahidrofolat C677T Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: Ertesi gün saat 18:00 Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real timePCR Referans Aralığı: Kullanımı: Metilentetrahidrofolat redüktaz (MTHFR), sistein metabolizmasının bir yan ürünü olan homosistein yıkımında önemli rol oynayan bir enzimdir. MTHFR geninin 677. pozisyonunda sitozin yerine timin geçmesi en sık görülen polimorfizmidir. TT genotipine sahip bireylerde CC genotipine göre azalmış enzim aktivitesi ve artmış homosistein düzeyi bulunmaktadır. Diğer risklerin varlığında arterial ve vanöz tromboz için yatkınlığa yol açar. Yüksek homosistein seviyeleri, miyokardiyal enfarktüs riskinde artış ve tekrarlayan düşükler ile ilişkilendirilir. Laboratuvar Kodu: 3106 MUNC13-4 (UNC13D) Dizi Analizi Sinonim : FHL3, Hemafagositik sendrom, Familyal hemofagositik lenfohistiozis Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Hemafagositik sendrom, nadir görülen ve fatal seyirli bir hastalıktır. Ateş, karaciğer/dalak büyümesi, koagülopati, hipertrigliseridemi ve periferik kanda sitopeni başlıca bulgularıdır. Hastalığa, durdurulamayan T lenfosit ve makrofaj aktivasyonu ile karakterize, şekilli kan elemanlarının makrofajlarca fagositozu yol açar. Primer ve sekonder olarak ikiye ayrılmaktadır. Sekonder tipi en yaygın olarak EBV ile birlikte görülür. Primer hemofagositik lenfohistiozis, familyal olarak da adlandırılmakta olup (FHL) otozomal resesif geçiş göstermektedir. Familyal hemofagositik lenfohistiozis; PRF1 (FHL2) , UNC13D (FHL3), STX11(FHL4) genlerindeki mutasyonlarla gelişmektedir. Laboratuarımıza Familyal hemofagositik lenfohistiozis öntanısı ile refere edilen hastalarda PRF1 (perforin) , UNC13D (MUNC13D), STX11(syntaxin 11) genlerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3614 MYC (8Q24) Yeniden Düzenlenmeleri Sinonim: MYC Yeniden Düzenlenmeleri – FISH Yöntemi, B-cell leukemia/lymphoma 1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: myc onkoproteinleri, transkripsiyon faktörü olarak görev yapar ve spesifik DNA dizilerine bağlanarak ekspresyonlarını modifiye eder. C-myc ekspresyonu proliferasyon için gereklidir. Non-Hodgkin lenfomaların yanısıra baret özefagusu ve prostat kanserinde MYC amplifikasonu/yeniden düzenlenmesi olduğu bilinmaktedir. Laboratuvar Kodu: 4634 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 132 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI MYCN (2p24) Amplifikasyonları Sinonim: NMYC Onkogeni, NEUROBLASTOMA MYC ONCOGENE Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta Numune Türü: Taze doku, parafin doku, heparinli kemik iliği Numune Miktarı: 5µm’lik 5 kesit Çalışma Yöntemi: FISH Kullanımı: 2p24.3’te lokalizedir. Normal gelişen embriyolarda eksprese olmaktadır ve beyin ve nöral gelişimde önemli olduğu bildirilmektedir. MYCN amplifikasyonları nöroblastomlu olguların %20-30’unda gözlenmektedir. Kötü prognostik belirteç olarak önem taşır. Laboratuvar Kodu: 4321 MYOC Gen Analizi Sinonim: Primer Açık Açılı Glokom, Juvenil Glokom, PAAG, JG, GLC1A, JOAG1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Juvenil glokom, 3-40 yaşlar arası görülen ve ortaya çıkış yaşına göre JG veya juvenil açık açılı glokom olarak tanımlanan özellikli bir glokom tipidir. Ailesel özellik gösteren JG, otozomal dominant geçiş paterni göstermektedir. MYOC geni 1q24.3’te lokalize olup, mutasyonları juvenil başlangıçlı primer açık açılı glokom ile ilişkilendirilmiştir.MYOC geni 3 ekzondan oluşmaktadır. Mutasyonlar sıklıkla 3. ekzonda görülmektedir. Günümüze kadar bu gende 70’den fazla mutasyon tanımlanmıştır. MYOC geninde mutasyonlar hem primer açık açılı glokom (PAAG), hem de ailesel JG olgularında gösterilmiştir. PAAG’da mutasyon görülme oranı toplumlar arası farklılıklar göstermekle birlikte %2-5 arasında değişmekte, JG’da ise bu oran %36’lara çıkabilmektedir. Bu gende en sık görülen mutasyon Gln368Stop mutasyonudur. Bu mutasyon genellikle ileri yaşlarda ortaya çıkan ve klinik olarak hafif seyirli ve ilaç tedavisine iyi cevap veren bir glokom tablosu ile birlikte görülür. Bunu Arg46stop mutasyonu takip etmektedir. Thr377Met ise mutasyonunu 30-40’lı yaşlarda görülen ve GİB’nın daha yüksek seyrettiği bir glokom seyri geliştirdiği bildirilmiştir. Thr437His ve Pro370Leu mutasyonlarında ise, çok erken başlangıçlı (12-20 yaş arası), GİB’nın çok yüksek değerlere ulaştığı, tıbbi tedaviye çoğu kez yanıt vermeyen şiddetli bir glokom tablosu açığa çıkmaktadır Merkezimizde MYOC geni mutasyonları, tüm kodlayan bölgelerin dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 3562 Myotonik Distrofi Sinonim: DM-1, DMPK Gen Analizi, DMPK Üçlü Tekrar Analizi, dystrophia myotonica, myotonia atrophica Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Myotonik distrofi (DM), çocuklarda da görülebilen ama yetişkinlerde en sık bildirilen, çeşitli organ sistemlerinin tutulumu olan bir müsküler distrofidir. Etnik farklılıklar olmakla Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 133 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI birlikte tahmini prevalansı 1/8000 olarak bildirilen DM, yetişkinlerde en sık görülen müsküler distrofi formudur. DM'li kadınların gebeliklerinde spontan abortus ve ölü doğum oranı yüksektir. Tablonun ağırlığına bağlı olarak üretkenlik özellikle erkeklerde azalmaktadır. En belirgin özelliği değişken klinik bulguların olmasıdır. Klinik tanıyı kolaylaştırmak amacı ile hastalar üç grupta toplanabilir. Aynı ailede üç formun birlikte görülmesi sözkonusu olabilir.1.Minimal: Ana klinik bulgu katarakttır. Nörolojik bulgu olmayabilir, hafif semptomlar varsa da orta veya ileri yaşlarda çıkar. Katarakt, kas dışı tutulumda DM'nin en sabit bulgusudur. İlk gelişmeye başladığında genellikle çok renkli subkapsüler opasiteler şeklinde ve DM için spesifiktir ancak iyice yerleştiğinde diğer katarakt tiplerinden tek farkı bilateral olmasıdır. Katarakt, konjenital DM'de sık görülen bir bulgu değildir ama yaşamlarının ileri dönemlerinde ortaya çıkma olasılığı yüksektir.2. Erişkin tip DM :Myotoni (myotoni kasın kendisinden kaynaklanan, tekrarlayan boşalmalar sonucu gevşeyememesi halidir) yanı sıra ilerleyici kas güçsüzlüğü ve ilerleyici kas erimesi ile karakterizedir. Tokalaştıktan sonra ellerini geç gevşetmeleri bu hastalarda dikkat çekebilir. Myotoni pek çok hastanın dikkatini çekmez ya da kas yorgunluğu olarak değerlendirirler. Yüzde genel bir zayıflığın yanı sıra pitozis gelişebilir. Hastalığın ağır seyrettiği bireylerde genel kas güçsüzlüğü immobilizasyona dek ilerleyebilir. Mental fonksiyon düzensizlikleri hastalığın erken dönemlerinden itibaren ortaya çıkabilir.3.Konjenital DM : Semptomlar doğumda veya in utero dönemde ortaya çıkar. Solunum yetmezliği, hipotoni vardır, yaşam devam ederse gelişme geriliği saptanır. Yüz kaslarının her iki tarafta da zayıflığı, hipotoni, motor gelişme geriliği, mental retardasyon, neonatal respiratuar distress, beslenme güçlüğü, yumru ayak, gebeliğin geç dönemlerinde hidramnioz ve azalmış fetal hareketler gözlenir. Eğer çocuk neonatal dönemi atlatırsa kas tonusu biraz artar ama gelişme geriliği vardır. Hastalığın nedeni DMPK geninin kodlamayan bölgesinde CTG tekrar sayısı artışıdır. 19q13.3'de lokalize gen, 12 kb.a yayılmış, 15 ekzon içeren bir genomik organizasyon gösterir. DMPK (myotonin protein kinaz) mRNA uzunluğu 3.3 kb.dır. Translasyon yapılan kısmı 618 aa.tir.Gende elli ile birkaç bin arasında değişen sayıda CTG tekrarının insersiyonu saptanmış. p(CTG)n tekrarı olarak bildirilen element kuşaktan kuşağa geçerken sayısı artar. Normal bireylerde sayısı 38'e kadar çıkabilir ama kuşaklar arasında sayısı sabittir. Oluşan dinamik mutasyon sonrasında ise aynı aile üyelerinde farklı tekrar sayıları gözlendiği gibi aynı bireyin değişik dokularında da farklı sayıda gözlenir. Oluşan dinamik mutasyon, myotonin protein kinaz geninin translasyona uğramayan 3' ucunda kesinti yaratır. Bu mutasyon otozomal dominant geçiş gösterir. Konjenital DM'de üçlü tekrar sayısı 500'den fazladır. Laboratuvar Kodu: 3609 NCL Tip 1 Sinonim: Ceroid Lipofuscinosis, Neuronal, 1; CLN1, PPT1 Mutasyon Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real timePCR Referans Aralığı: Kullanımı: Çocukluk çağında en sık görülen nörodejeneratif hastalıklar olan nöronal ceroid lipofusinozlar, klinik ve genetik olarak heterojen bir nörodejeneratif hastalık grubudur. Otozomal resesif kalıtılır. Epileptik nöbetler, ilerleyici psikomotor bozulma ve görme kaybı gözlenir. Hastalar erken yaşta kaybedilirler. Çocukluk çağında nöronal seroid lipofusinozların en az yedi alt tipi tanımlanmıştır. Intraselluler düzeyde otofloresan özellikli lipopigment depo materyali birikimi söz konusudur. Bu materyal ultrastrukturel düzeyde farklılık gösterir. CLN1’e özgü tipik depozitler granuler ozmiyofilik (GROD) profillerdir. Laboratuvarımızda, CLN1 geninin en sık görülen mutasyonları olan T75P, R122W ve R151X mutasyonları incelenmektedir. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 134 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Laboratuvar Kodu: 3610 NCL Tip 2 Sinonim: Ceroid Lipofuscinosis, Neuronal, 2; CLN2, TPP1 Mutasyon Analizi, JanskyBıelschowsky Dısease Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real timePCR Referans Aralığı: Kullanımı: Çocukluk çağında en sık görülen nörodejeneratif hastalıklar olan nöronal ceroid lipofusinozlar, klinik ve genetik olarak heterojen bir nörodejeneratif hastalık grubudur. Otozomal resesif kalıtılır. Epileptik nöbetler, ilerleyici psikomotor bozulma, demans ve görme kaybı gözlenir. Hastalar erken yaşta kaybedilirler. Çocukluk çağında nöronal seroid lipofusinozların en az yedi alt tipi tanımlanmıştır. Intraselluler düzeyde otofloresan özellikli lipopigment depo materyali birikimi söz konusudur. Bu materyal ultrastrukturel düzeyde farklılık gösterir. CLN2’de genelde kurvilineer profiller izlenir. Laboratuvarımızda, CLN2 geninin en sık görülen mutasyonları olan IVS5-1G>C ve R208X mutasyonları incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 3611 NCL Tip 3 Sinonim: Ceroid Lipofuscinosis, Neuronal, 3; CLN3, Neuronal Ceroıd Lıpofuscınosıs, Juvenıle; JNCL, CLN3 Mutasyon Analizi, Batten Dısease, Vogt-Spıelmeyer Dısease, Spıelmeyer-Sjogren Dısease Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real timePCR Referans Aralığı: Kullanımı: Çocukluk çağında en sık görülen nörodejeneratif hastalıklar olan nöronal ceroid lipofusinozlar, klinik ve genetik olarak heterojen bir nörodejeneratif hastalık grubudur. Otozomal resesif kalıtılır. Epileptik nöbetler, ilerleyici psikomotor bozulma, demans ve görme kaybı gözlenir. Hastalar erken yaşta kaybedilirler. Çocukluk çağında nöronal seroid lipofusinozların en az yedi alt tipi tanımlanmıştır. Intraselluler düzeyde otofloresan özellikli lipopigment depo materyali birikimi söz konusudur. Bu materyal ultrastrukturel düzeyde farklılık gösterir. CLN3’de genelde parmak izi profilleri izlenir. Laboratuvarımızda, CLN3 geninin en sık görülen mutasyonu olan g.5373_6338 del965delesyonu incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 3612 NCL Tip 6 Sinonim: Ceroid Lipofuscinosis, Neuronal, 6; CLN1, başlangıçlı nöronal seroid lipofuksinozis Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 8 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml CLN6 Mutasyon Analizi, geç infantil Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 135 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real timePCR Referans Aralığı: Kullanımı: Çocukluk çağında en sık görülen nörodejeneratif hastalıklar olan nöronal ceroid lipofusinozlar, klinik ve genetik olarak heterojen bir nörodejeneratif hastalık grubudur. Otozomal resesif kalıtılır. Epileptik nöbetler, ilerleyici psikomotor bozulma, demans ve görme kaybı gözlenir. Hastalar erken yaşta kaybedilirler. Çocukluk çağında nöronal seroid lipofusinozların en az yedi alt tipi tanımlanmıştır. Intraselluler düzeyde otofloresan özellikli lipopigment depo materyali birikimi söz konusudur. Bu materyal ultrastrukturel düzeyde farklılık gösterir. CLN6’da klinik olarak tipik infantil başlangıçlı CLN2 klinik bulguları gözlenirken depo materyali mixed olup CLN2 ve CLN3’te görülen kurvilineer ve parmak izi profiller birlikte izlenir. Laboratuarımıza atipik infantil başlangıçlı hastalığı öntanısı ile refere edilen hastalarda CLN6 geni kodlayan bölgelerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3486 Nieman Pick Genetik Testi (NPC1, NPC2 ve SMPD1 Genleri) Sinonim: Asit Sfingomyelinaz Eksikliği, lizozomal depo, SMPD1, NPC1, NPC2 Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Kalıtsal lizozomal depo hastalıklarından biridir Genel olarak otozomal resesif kalıtılır ve merkezi sinir sisteminden başlayarak dokularda sfingomyelin ve kolesterolun birikmesi ile kendini gösterir. Yaşamı tehdit eden hastalığın 3 tipi vardır. Tip A hastaları nörolojik açıdan şiddetli vakalardır ve genellikle 2-4 yaşına kadar hastaların ölümüne sebeb olur. Tip B hastaları ise Tip A’nın aksine nörolojik bulgular içermez ve bu gruptaki hastalar çocukluğun son evresine veya erken ergenlik dönemine kadar yaşayabilirler. Tip C grubundaki hastalarda belirtiler ilk 3 ayda çıkabileceği gibi ergenliğin son evresinde de kendini gösterebilir, olguların büyük bir çoğunluğunda nörolojik belirtiler 4-10 yaşları arasında ortaya çıkar. SMPD1 geni mutasyonları tip A ve tipB Nieman Pick hastalığına yol açarken, tip C NPC1 ve NPC2 genlerinin mutasyonları ile gelişir. Laboratuarımıza Nieman Pick hastalığı öntanısı ile refere edilen hastalarda SMPD1, NPC1 ve NPC2 genlerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3630 Nijmegen Sendromu Sinonim: 657del5 mutasyonu, NBS1 geni, Nijmegen kırık sendromu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Nijmegen kırık sendromu (NBS), DNA onarım hatası ile oluşan kromozomal kırıklarla karakterize bir sendromdur. Mikrosefali, atipik yüz görünümü, radyasyon duyarlılığ, fiziksel gelişme geriliği, immün sistem yetmazliği ve lemfoid neoplazilere yatkınlık hastalığın başlıca bulgularıdır. Otozomal resesif aktarılan hastalığa NBS1 geni mutasyonları yol açar. laboratuarımızda NBS1 geninde en sık rastlanan mutasyon olan ve 6.ekzonda 657.pozisyondan itibaren 5 bazın kaybına yol açan 657del5 mutasyonu multiplex PCR ile saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2425 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 136 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI NonHodgkin Lenfoma Paneli Test İçeriği: ALK yeniden düzenlenmesi, BCL6 yeniden düzenlenmesi, 6q23 delesyonu, 7q31 delesyonu, +8, MYC yeniden düzenlenmesi, CCND1 yeniden düzenlenmesi, 11q22.3 delesyonu, 11q23 delesyonu/yeniden düzenlenmeleri, +12, 13q14.3 delesyonu, 14q32 delesyonu/yeniden düzenlenmeleri, TCR yeniden düzenlenmesi, 17p13.1 delesyonu, BCL2 yeniden düzenlenmesi, BRAF V600E Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Nonhodgkin lenfomada gözlenen değişikliklerin subgruplara göre dağılımı aşağıda verilmiştir. Folliküler : t(14;18)(q32;q21), t(8;14)(p24;q32) Gastrik MALT : t(1;14)(q21;q32), t(14;18)(q32;q21), t(3;14)(p14;q32) NonGastrik MALT : t(11;18)(q21;q21), t(11;14)(p13;q32), t(3;14)(p14;q32), t(14;18) (q32;q21) Nodal marginal zone : t(11;18)(q21;q21), t(1;14)(q21;q32), t(14;18)(q32;q21), 13q14.3 delesyonu, 7q31 delesyonu Splenik marginal zone : 6q23 delesyonu,+ 12, 11q22.3 delesyonu, t(11;18)(q21;q21),13q14.3 delesyonu, 17p13.1 delesyonu, t(11;18)(q21;q21), t(11;14)(p13;q32), t(14;18)(q32;q21), 7q31 delesyonu Mantle cell : t(11;14)(p13;q32), t(14;18)(q32;q21) Diffüz büyük B hücreli : t(8;14)(p24;q32), t(14;18)(q32;q21), CCND1 yeniden düzenlenmesi, MYC yeniden düzenlenmesi, BCL2 yeniden düzenlenmesi, BCL6 yeniden düzenlenmesi Burkitt : t(8;14)(p24;q32),MYC yeniden düzenlenmesi, BCL2 yeniden düzenlenmesi, BCL6 yeniden düzenlenmesi Lenfoblastik: t(8;14)(p24;q32),MYC yeniden düzenlenmesi, t(9;22)(q34;q11.2) T hücreli : t(2;5)(p23;q35), TCR yeniden düzenlenmesi T hücreli prolenfositik : inv(14)(q11q32), t(14;14)(q11;q32), t(X;14)(p11.4;q32.33),TCR yeniden düzenlenmesi, +8 Hairy cell: BRAF V600E Laboratuvar Kodu: 3076 Noonan Sendromu Sinonim: PTPN11 mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 7-10 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Noonan sendromu 1000-2500’de bir sıklıkta gözlenen ve otozomal dominant aktarılan genetik bir hastalıktır. Kısa boy, kısa-yele boyun, kalp hastalıkları, motor gelişme geriliği, kanama diatezi ve sağırlık sık görülen klinik bulgularıdır. Bu hastaların kendileri gibi bir çocuğa sahip olma riski %50'dir. PTPN11 genindeki değişiklikler sonucu oluşur. Noonan sendromu şüphesinde PTPN11 geni dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4825 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 137 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Norrie Hastalığı Sinonim: NDP geni mutasyonları, norin mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Kalıtsal bir göz hastalığı olan Norrie, erkek çocuklarda doğumda ya da doğumdan hemen sonra körlüğe yol açar. X’e bağlı kalıtılan hastalıkta anneler hastalık için taşıyıcıdır ve taşıyıcı olan annenin her erkek çocuğu için %50 hastalık riski vardır. Retinanın gelişiminde bozukluk vardır ve hasta bebeklerde lökokori olması önemli bir bulgudur. Hastaların 1/3’ünde ilerleyici işitme kaybı da vardır. %50 hastada yürüme gibi gelişim parametrelerinde gerilik gözlenir. Hastalarda zeka gelişimi hafif-orta derecede etkilenebilir. Sorumlu gen, Xp11.4’te lokalize olan NDP’dir. Hastalıkla ilişkisi tanımlanan 75’ten fazla mutasyon tüm gene dağılmıştır. Laboratuvarımızda NDP geninin tüm kodlayan bölgesinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2118 NF1 Delesyon Duplikasyon Analizi Sinonim: Nörofibromatozis, Von Recklinghausen hastalığı, NF1 geni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Norofibromatozis, deri ve sinirleri tutan semptomlar yelpazesidir. Tıp dunyasında şimdiye dek bu belirgilerin en az sekiz turune rastlanılmış olsa da, yalnızca ikisi belirgin bir biçimde ayırt edilebilmiştir. Bunlar Norofibromatoz tip 1 (NF1, Von Recklinghausen hastalıgı) ve Norofibromatoz tip 2 (NF2) olarak adlandırılırlar. Norofibromatoz 1'in sıklıgı yaklaşık 3.000 dogumda 1'dir Norofibromatoz tip 1 otozomal dominant aktarılır. Ancak, NF’li hastaların yaklaşık yarısında taze mutasyon soz konusudur. Yani anne-babasının genlerinde mutasyon olmadıgı halde, annenin yumurtasında veya babanın sperminde veya dollenmeden sonra zigotta oluşan bir mutasyon sonucu ilk kez o kişide hastalık açıga çıkmıştır. Bir kişide NF 1 tanısının konulabilmesi için aşagıdaki bulgulardan en az ikisi o kişide bulunmalıdır: 6 ya da daha çok sayıda, boyutları ergenlik çagına girmemiş insanlarda en az 5 mm, ergenlik çagını geçirmiş insanlarda ise en az 15 mm olan cafe au lait lekeleri, 2 ya da daha çok sayıda norofibrom, koltukaltı ya da kasıklarda çiller, optik glioma, lisch nodulleri, birinci derece NF1’li akraba varlıgı ve kemik lezyonları. Hastalıktan sorumlu gen 17. Kromozomun q11.2 bandında bulunan NF1 genidir. Bu genin urunu olan norofibromin, hucre buyumesinde rol oynamaktadır. Bu genin işlev kaybına yol açan mutasyonları ile hastalık gelişmektedir. NF1 mutasyonları içinde en yaygın gorulen mutasyonlar nokta mutasyonlardır, bunlar missense, nonsense ve ayıklanma (=splicing) hatalarıdır. %4-5 oranında ekzon delesyon/ duplikasyonları %1 oranında ise gen delesyonları gorulmektedir. Mutasyonların tum gene dagılmış olması nedeniyle molekuler tanı için çogunlukla NF1 geninin butunu ile sekanslanması gerekmektedir. Laboratuvarımızda Norofibromatoz tip 1 molekuler tanısı için NF1 geninde tum kodlayan bolgesinin dizi analizi ile mutasyon saptanamayan hastalarda delesyon/ duplikasyon analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4391 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 138 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI NF1 Genetik İnceleme Sinonim: Nörofibromatozis, Von Recklinghausen hastalığı, NF1 geni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 8 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Nörofibromatozis, deri ve sinirleri tutan semptomlar yelpazesidir. Tıp dünyasında şimdiye dek bu belirgilerin en az sekiz türüne rastlanılmış olsa da, yalnızca ikisi belirgin bir biçimde ayırt edilebilmiştir. Bunlar Nörofibromatoz tip 1 (NF1, Von Recklinghausen hastalığı) ve Nörofibromatoz tip 2 (NF2) olarak adlandırılırlar. Nörofibromatoz 1'in sıklığı yaklaşık 3.000 doğumda 1'dir Nörofibromatoz tip 1 otozomal dominant aktarılır. Ancak, NF’li hastaların yaklaşık yarısında taze mutasyon söz konusudur. Yani anne-babasının genlerinde mutasyon olmadığı halde, annenin yumurtasında veya babanın sperminde veya döllenmeden sonra zigotta oluşan bir mutasyon sonucu ilk kez o kişide hastalık açığa çıkmıştır. Bir kişide NF 1 tanısının konulabilmesi için aşağıdaki bulgulardan en az ikisi o kişide bulunmalıdır: 6 ya da daha çok sayıda, boyutları ergenlik çağına girmemiş insanlarda en az 5 mm, ergenlik çağını geçirmiş insanlarda ise en az 15 mm olan cafe au lait lekeleri, 2 ya da daha çok sayıda nörofibrom, koltukaltı ya da kasıklarda çiller, optik glioma, lisch nodülleri, birinci derece NF1’li akraba varlığı ve kemik lezyonları. Hastalıktan sorumlu gen 17. Kromozomun q11.2 bandında bulunan NF1 genidir. Bu genin ürünü olan nörofibromin, hücre büyümesinde rol oynamaktadır. Bu genin işlev kaybına yol açan mutasyonları ile hastalık gelişmektedir. NF1 mutasyonları içinde en yaygın görülen mutasyonlar nokta mutasyonlardır, bunlar missense, nonsense ve ayıklanma (=splicing) hatalarıdır. %4-5 oranında ekzon delesyon/ duplikasyonları %1 oranında ise gen delesyonları görülmektedir. Mutasyonların tüm gene dağılmış olması nedeniyle moleküler tanı için çoğunlukla NF1 geninin bütünü ile sekanslanması gerekmektedir. Laboratuarımızda Nörofibromatoz tip 1 moleküler tanısı için NF1 geninin tüm kodlayan bölgesinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4260 NF2 Genetik İnceleme Sinonim: Nörofibromatozis tip 2, NF2 geni Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 8 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Norofibromatozis, deri ve sinirleri tutan semptomlar yelpazesidir. Tıp dunyasında şimdiye dek bu belirgilerin en az sekiz turune rastlanılmış olsa da, yalnızca ikisi belirgin bir biçimde ayırt edilebilmiştir. Bunlar Norofibromatoz tip 1 (NF1, Von Recklinghausen hastalıgı) ve Norofibromatoz tip 2 (NF2) olarak adlandırılırlar. Norofibromatoz 2 sıklıgı yaklaşık 1/40.000'dir Norofibromatoz tip 2 otozomal dominant aktarılır. NF2 kraniyal ve spinal sinirlerinizde kanserli olmayan tumorlerin buyumesine yol açar. NF2 çocuklarda nadirdir. NF2'nin neden oldugu tumorler genellikle sekizinci kraniyal sinirdeki akustik norinomlardır. Bunlar denge zorlukları ve işitme kaybına yol açabilirler. NF2 hastalarında oluşan başka bir tumor tipi Schwannoma'lardır. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 139 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Hastalıktan sorumlu gen 22. Kromozomun q12 bandında bulunan NF2 genidir. Bu genin urunu olan norofibromin 2 (merlin) proteininin işlev kaybına yol açan NF2 geni mutasyonları ile hastalık gelişmektedir. Laboratuarımızda Nörofibromatoz tip 2 moleküler tanısı için NF2 geninin tüm kodlayan bölgesinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4817 Non İnvazif Prenatal Tarama (NIPT) Sinonim: Maternal Kandan Noninvaziv Trizomi Tarama, Maternal Kandan Fetal Trizomi Tarama, cell free DNA prenatal tarama, maternal kandan genetik tarama, trizomi 21, trizomi 13, trizomi 18, maternal kandan fetal DNA genetik tarama Çalışma Zamanı: Pazartesi Sonuç Verme Zamanı: Cuma Numune Türü: Gebeliğin 10-18 haftaları arasında alınmış tam kan Numune Miktarı: 10 ml Numune Kabı: Streck tüp (Tüp ve istem/onam formlarını içeren kit laboratuvarımızdan temin edilmelidir) Çalışma Yöntemi: Yeni nesil dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 35 yaş üstü gebeliklerde, translokasyon taşıyıcısı olan bireylerde ve önceki gebeliklerinde trizomili çocuk doğurma öyküsü olan ailelerde trizomili çocuk sahibi olma riski topluma göre daha yüksektir. Ancak bu risk faktörleri olmayan gebeler için de trizomili bebek doğurma riski vardır. Bu yüzden gebelikler trizomi riski açısından taranmaktadır. Bu amaçla geliştirilmiş bazı testler uzun süredir yaygın olarak kullanılmaktadır. İkili test, üçlü test, dörtlü test, entegre test gibi testler, anneden alınan kanda bazı hormonların düzeylerinin ölçümü ve fetal ultrasonografik ölçümlerin yapılması prensibine dayanır. Anne kanında tespit edilen hormon düzeyleri, annenin yaşı, bebeğin ense kalınlığı, baş çevresi, nasal kemik yokluğu ölçümleri bir arada değerlendirilerek risk analizi yapılır. Bu testlerin duyarlılıkları %75-%85 arasındadır. Test sonuçları riskli gelen gebelere anne karnından su alma işlemi yani amniyosentez önerilir. Bu işlemde bebeğin içinde bulunduğu su kesesine iğne ile girilerek su çekilir ve tahlile yollanır. Bu işlemdeki amaç, amniyon sıvısının içine dökülen bebeğin kendi hücrelerine ulaşmak, bu hücreleri genetik olarak incelemek ve kromozom yapısına bakmaktır. Bu işlem daha net bir sonuç verir ve bebekte genetik bir bozukluk olup olmadığını söyler. Bu, girişimsel bir işlem olduğu için bazı riskleri vardır. Bu nedenle güvenilirliği daha yüksek, daha hassas bir tarama testi ihtiyacı oluşmuştur. Bu konudaki çalışmalar duyarlılığı ve güvenirliği ikili, üçlü, dörtlü veya entegre testten daha yüksek olan bir tarama testine ulaşmayı olası hale getirmiştir. Anneden alınan kanda bebeğe ait çok az miktarda da olsa DNA olduğu bilinmektedir. Bu DNA’nın gelişen yeni nesil dizileme teknolojileri kullanılarak incelenmesi ile yeni bir tarama sistemi tanımlanmıştır. Natera, Harmony, Prenatest gibi in house testler ve Clarigo gibi ready-to-use kitler bu prensiple çalışmaktadır. Bu yöntem ile trizomi 21 olgularının %98’i, trizomi 18 olgularının %94’ü, trizomi 13 olgularının ise % 80’i tanınabilmektedir. Maternal kanda serbest fetal DNA incelemesi yapan bu tarama testi, 10. gebelik haftasından itibaren tercihan 18. Haftaya kadar uygulanabilir. Bu yöntem, ileri düzey bir tarama testidir. Trizomi 21(Down sendromu), trizomi 18 (Edwards sendromu) ve trizomi 13 (Patau sendromu) için risk belirler. Taranan hastalıklar açısından düşük risk tespit edilmesi bebeğin kesinlikle sağlıklı olduğunu göstermez. Aynı şekilde, taranan hastalıklar açısından yüksek risk tespit edilmesi de bebeğin kesinlikle hasta olduğu anlamına gelmez. Kesin tanının koyulabilmesi için amniyosentez ya da CVS materyalinden kromozom incelemesi yapılması gereklidir. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 140 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI 35 yaş üstü gebeliklerde, translokasyon taşıyıcısı olan bireylerde, önceki gebeliklerinde trizomili çocuk doğurma öyküsü olan ailelerde ve rutin tarama testinde yüksek risk çıkan gebeliklerde; amniyosentez kararı vermeden önce NON İNVAZİF PRENATAL TARAMA testi yapılması önerilir. Laboratuvar Kodu: 5212 NPM1 Mutasyonu (MutA, MutB, MutD) Sinonim: NUCLEOPHOSMIN/NUCLEOPLASMIN FAMILY, MEMBER 1; NPM1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real time PCR (melting point) Referans Aralığı: Kullanımı: AML tanısı ile başvuran hastada C-KIT, FLT3-ITD, CEBPA mutasyonları ile birlikte NPM mutasyonlarına da bakılması önerilmektedir. Bir grup hastada prognozu belirlemede önemlidir ve terapötik yaklaşıma yol gösterebilir. Sitogenetik ve FLT3 sonuçları normal olan olgularda NPM1 veya CEBPA mutasyonu varlığı iyi prognostik belirteç olarak değerlendirilir. Sitogenetik ve NPM1 sonuçları normal saptanan olgular ise FLT3-ITD mutasyonu saptanması durumunda orta/ kötü risk grubunda yer almaktadır. Laboratuvar Kodu: 3498 NRAS Mutasyonları Sinonim: kodon 12 mutasyonu, kodon 13 mutasyonu, kodon 61 mutasyonu, kodon 64 mutasyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Hücre çoğalması ve farklılaşmasında önemli olan hücre içi sinyal yolaklarını kontrol eden RAS ailesinin üyesidir. RAS ailesi üyeleri tüm kanser türlerinde en fazla mutasyonu saptanan genlerdir. Kolorektal kanserlerin %50’sinde NRAS, KRAS veya HRAS mutasyonu saptanmaktadır. NRAS geninin işlev arttırıcı mutasyonları melanomaların %20’sinde gözlenmektedir. Ayrıca, mesane kanseri ile NRAS geninin işlev arttırıcı mutasyonları arasında da sıkı ilişki olduğu bilinmektedir. Bunun yanında, büyük hücreli ve squamous hücrelikarsinomlarda ve adenokanserlerde NRAS kodon 12 ve 61 mutasyonları saptanmaktadır. Kodon 12 ve 13 mutasyonları ise Akut Lenfoblastik lösemide rol oynamaktadır. Aynı işlev arttırıcı mutasyonların juvenil kronik myelositer lösemi ve juvenil myelomonoster lösemilerin prognozunda etkili olduğu bilinmektedir. Prostat kanserinde de %10 sıklığında NRAS mutasyonları bulunmaktadır. Laboratuvarımızda, tumör dokusundan elde edilen DNA örneklerinde NRAS geninin 1 ve 2. ekzonlarının dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3405 Osteogenezis İmperfekta (COL1A1 Geni) Sinonim: Kollajen yapım defekti, Ehlers-Danlos Sendromu, Osteogenezis imperfekta, Osteoporoz Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 141 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: COL1A1 olarak bilinen kollajen tip I alfa 1, kıkırdağı da içine alan bir çok bağ dokuda bulunan fibriller kollajenin majör komponentini kodlayan gendir. COL1A1 geni, kromozom 17’nin uzun kolunda (17q21.31-22) yer almaktadır. Artrokalazi ve nadiren klasik form Ehlers-Danlos Sendromu, COL1A1 genindeki mutasyonlar sonucu meydana gelir. COL1A1 geninde meydana gelen bir mutasyonun, Ehlers-Danlos Sendromunun klasik tipine sebep olduğu gösterilmiştir. Bu mutasyon, proteindeki 134. aminoasit olan sisteinin arjinin aminoasidine dönüşümüne (Arg134Cys) neden olur. Osteogenezis imperfekta tip I, tip II, tip III, tip IV de COL1A1 geninde farklı tipte mutasyonlarla gelişmektedir. COL1A1 genindeki belli aryasyonların/polimorfizmlerin, osteoporoz oluşum riskinin artışına sebep olduğu bilinmektedir. Laboratuarımızda COL1A1 geni dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2781 Osteokondrodisplazi (DYM Geni) Sinonim: DMC, SMC, Dyggve-Melchior-Clausen dysplasia, Smith-McCort dysplasia Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: DMC (Dyggve-Melchior-Clausen dysplasia) ve SMC (Smith-McCort dysplasia) birbirine benzeyen ve otozomal resesif kalıtılan iki osteokondrodisplazi hastalığıdır. İki hastalıkta da radyolojik bulgular ve kıkırdak gelişimi aynı olmakla birlikte DMC olgularında görülen gelişme geriliği ve mental retardasyon ayırt edici bulgudur. Her 2 hastalığa da 18q1221.1’de yer alan DYM (FLJ90130) geni mutasyonları neden olmaktadır. DMC olgularında genin ürünü tamamen işlevsiz olmakta ya da genden protein sentezlenememektedir. İki hastalık birbirinin allelik formlarıdır. Laboratuarımıza DMC/SMC öntanısı ile refere edilen hastalarda DYM geni dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3637 Osteoporoz Yatkınlık Paneli Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR, Ters hibridizasyon, Dot Blot analiz Referans Aralığı: Kullanımı: Dual foton abzorbsiyometri yöntemi ile 1989 Seeman çalışmasında osteoporotik kompresyon kırıklı postmenopozal kadınların premenopozal kızlarında da lumbar vertebra ve femur boyunlarında azalmış kemik dansitesi saptanmış ve osteoporoza genetik yatkınlık üzerinde durulmaya başlanmıştır. Merkezimizde COL1A1 (OMIM: 120150) allel Ss (nükleotid 2046 guanin (S) vs timidin (s: riskli allel) ve vitD reseptör gen (OMIM: 601769) polimorfizmine (allel Bb) yönelik inceleme yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3721 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 142 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI PAH Delesyon Duplikasyon Analizi Sinonim: PKU genetik analiz, Fenilalanin hidroksilaz gen delesyonu, PAH delesyonu, PAH duplikasyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Ülkemizde sıklığı nedeniyle önem kazanan genetik bir hastalıktır. Bu hastalığın en önemli özelliği erken tanının yapılabildiği durumda, tedavi ile diğer bütün bulguları gibi mental retardasyonun da engellenebilmesidir. Bunun sağlanabilmesi için çocukların yenidoğan döneminde tanınmaları ve uygun diyet tedavisine başlanması gerekir. Tanısı ilk 5 günde topuktan alınan bir damla kanda kolayca koyulabilir. Ülkemizde hastalığın ilk 5 günde tüm yenidoğanlarda taraması yürütülmektedir. Hastalık otozomal resesif kalıtılır. Bu nedenle eğer ailede PKU’lu bir çocuk varsa anne ve babanın aynı hastalık için taşıyıcı olma riski %100 olarak kabul edilir. Taşıyıcı anne ve baba için kız ya da erkek her çocukta hastalığın görülme riski %25’tir. Topuk kanında fenilalanin taraması ile PKU öntanısı alan hastalarda; kesin tanının koyulabilmesi, moleküler patolojinin belirlenmesi ailede risk altındaki çiftlerin ve bireylerin belirlenmesi endikasyonları ile Fenilketonüri mutasyon analizi yapılması önerilir. Laboratuarımızda PAH geninin tüm kodlayan bölgelerinin dizi analizi sonucu mutasyon saptanamayan bireylerde delesyon duplikasyon analizi yapılmaktadır Laboratuvar Kodu: 4662 Parkinson Juvenil, PARK2 Sinonim: PRKN, PARKIN; Juvenil Parkinson hastalığı gen analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 6q26’da lokalize olup, somatik mutasyonları akciğer ve overin adenokarsinomları ve Juvenil Parkinson hastalığı (Tip II) (OMIM: 600116) ile ilişkilidir. Tip II (Parkin tipi) juvenil Parkinson hastalığı genellikle 20-40 yaş arası manifest hale geçen rijidite, bradikinezi ve istırahat tremoru ile karakterizedir. Merkezimizde PARK2 gen analizi uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4618 Parkinson Tip 1, SCNA Sinonim: NACP, PARKİNSON HASTALIĞI TİP I GEN ANALİZİ, PARKİNSON HASTALIĞI TİP IV GEN ANALİZİ, SYNUCLEIN, ALPHA Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: - Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 143 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: 4q22.1’de lokalize olup, mutasyonları Lewy cisimcikleri ile karakterize demans ve Tip I ile Tip IV Parkinson hastalıkları (OMIM: 168601 ve 605543) ile ilişkilidir. Tip I (PARK1 lokus) Parkinson hastalığında ilk tespit edilen gen olup, kodladığı protein olan alfa synuclein’in hastalığın etyolojisinde santral rol oynadığına inanılmaktadır. Mutasyonları idiopatik Parkinson hastalığı ile benzer semptomlara sebep olur (L-Dopa cevabı, Lewy cisimcikleri gibi); ancak hastalığın ortaya çıkış yaşı bu mutasyonu taşıyanlarda ortalama 46 olarak bildirilmektedir. Merkezimizde SNCA gen analizi uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4619 Parkinson Tip 6, PINK1 Sinonim: PTEN-INDUCED PUTATIVE KINASE 1; PINK1 GEN ANALİZİ, PARKİNSON HASTALIĞI TİP 6 GEN ANALİZİ, ERKEN BAŞLANGIÇLI PARKINSON HASTALIĞI GEN ANALİZİ Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 1p36.12’de lokalize olup, mutasyonları Tip 6 - Erken baaşlangıçlı Parkinson hastalığı (OMIM: 605909) ile ilişkilidir. Hastalığın bu tipi klinik bulguları ile idiyopatik tipten ayırt edilemez; ancak otozomal resesif kalıtımı ve 40 yaşından önce manifest hale geçen semptom ve bulguları ile farklılık arz eder. Merkezimizde PINK1 gen analizi uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4620 Parkinson Tip 7, DJ-1 Sinonim: PARK7 Geni; PARK7, Onkogen DJ 1; DJ 1 Gen Analizi, Parkinson Hastalığı Tip 7 Gen Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 1p36.23’te lokalize olup, mutasyonları Tip 7 – Otozomal Resesif Erken başlangıçlı Parkinson hastalığı (OMIM: 606324) ile ilişkilidir. Hastalığın bu tipi gendeki homozigot veya kompound heterozigot mutasyonlar sonucunda ortaya çıkmaktadır. Merkezimizde DJ1 gen analizi uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4621 Parkinson Tip 8, LRRK2 Sinonim: DARDARIN, LEUCINE-RICH REPEAT KINASE 2; LRRK2 gen analizi, Parkinson Hastalığı Tip 8 Gen Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 144 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: 12q12’de lokalize olup, mutasyonları Tip 8 – Otozomal Dominant Parkinson hastalığı (OMIM: 607060) ile ilişkilidir. Hastalığın bu tipi idiyopatik Parkinson hastalığı ile benzeşmektedir. Yavaş progresyon gösteren asimetrik istırahat tremoru ve veya bradikinezi, rijidite, postural instabilite ve yürüyüş anomalileri mevcuttur. Non-motor semptomlar da yine idiyopatik Parkinson hastalığı ile benzer sıklıkta gözlenir. Merkezimizde LRRK2 gen analizi uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4622 Parkinson Tip 9, Kufor Rakeb Hastalığı Sinonim: ATPase, TYPE 13A2; ATP13A2 GEN ANALİZİ Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 1p36.13’de lokalize olup, mutasyonları Tip 9 – Otozomal Resesif Parkinson hastalığı (OMIM: 606693) ile ilişkilidir. Bu sendrom, nadir rastlanan bir juvenil – onset atipik Parkinson hastalığı tipidir. Supranukleer göz bulguları, spastisite ve demansla karakterizedir. Merkezimizde ATP13A2 gen analizi uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4623 PAX6 Gen Analizi Sinonim: PAIRED BOX GENE 6 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 11p13’te lokalize olan genin protein ürünü oküler geneziste rol oynayan bir transkripsiyon faktörüdür. mutasyonları Aniridi, Geç başlangıçlı kornea distrofisi ile birlikte seyreden katarakt, Optik sinir kolobomu, Oküler kolobom, Foveal hiperplazi, Gillespie sendromu, Keratit, “Morning glory” disk anomalisi, Optik sinir hipoplazisi, Peter anomalisigibi kalıtsal oküler hastalıklara neden olur. Merkezimizde PAX6 geni dizi analizi uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3497 PCA3 Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 7-10 gün sonra Numune Türü: RT sonrası idrar Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Steril idrar kabı Çalışma Yöntemi: kantitatif RT-PCR Referans Aralığı: Kullanımı: 1999 yılında varlığı keşfedilen ve yalnızca prostat kanseri içinde bulunan küçük bir mRNA molekülüdür. Geni 9q21’de yer alan bu mRNA molekülünün herhangi bir protein ürünü saptanmamıştır, bu nedenle kodlamayan mRNA molekülü olarak tanımlanmaktadır. Bu genin işlevi hala tam olarak aydınlatılamamış olmakla birlikte ekspresyonunun prostat kanserine özgü Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 145 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI olduğu çeşitli çalışmalarla gösterilmiştir. Prostat dokusunda saptanan düşük düzey ekspresyonun, tümör dokusunda 60–100 kat arttığını gösteren çalışmalar bulunmaktadır. PCA3 molekülü tümör belirteci olarak umut verici bir anlam taşımaktadır. PSA ile karşılaştırıldığında, PCA3 daha düşük duyarlılık ama daha yüksek bir özgüllük ve daha iyi bir pozitif ve negatif prediktif değerine sahiptir. PSA gibi prostat hacmine bağımlı olmaması da önemlidir. Ancak, yine PSA’da olduğu gibi Dijital rektal muayene sonrası idrarda ölçülmesi önerilmektedir. %69 duyarlık ve %79 özgüllükte olduğu bildirilen idrar PCA3 değerinin negatif prediktif değeri %90 olarak verilmektedir ve bu değerle gereksiz biyopsi tekrarını azalttığı rapor edilmektedir. PSA’sı şüpheli olduğu halde ilk biyopsi sonucu negatif olan hastalar, tüm hastaların %60’ını oluşturmaktadır. Bu hastalarda tekrar testlerinde %20–40 oranında biyopsi sonuçları anormal bulunmaktadır. Gereksiz biyopsi tekrarı oranları yüksek olan bu hastalarda PCA3 düzeyleri ile takip uygulaması ve PCA3 değerinin 35’ten yüksek olması durumunda hastaların biyopsiye yönlendirilmesi önerilmektedir. İçinde PCA3’ün de yer aldığı tanı ve takip uygulamasının şekil 1’deki gibi yapılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3410 PDGFRA Geni Mutasyonları Sinonim: Platelet derive growth faktör reseptörü alfa mutasyonları, Gastrointestinal tümörler, GIST, Eozinofili, Myeloproliferatif hastalıklar, İmatinib duyarlılığı, D842V mutasyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: Dizi analizi (Ekzon 10, Ekzon 12-21) Referans Aralığı: Kullanımı: Gastrointestinal tümörler (GIST); mezankimal kökenli olup genellikle mide, ince bağırsak, kolon ve abdominal kavitenin içerisinde yer alan diğer bölgelerde ortaya çıkar. Hastaların yaklaşık %80’inde tümör hücrelerinin büyümesinde rolü bulunan CKIT geninde somatik mutasyonlar gözlenmektedir. CKIT geninde mutasyonların gözlenmediği olguların %4050'sinde, tüm GIST olgularının ise yaklaşık %6’sında PDGFRA gen bölgesinde mutasyonlar saptanmaktadır). Mutasyonları, hastaların imatinib (Gleevec) gibi tirozin kinaz inhibitörlerine (TKIs) yanıt verip vermeyeceğinin önceden belirlenebilmesini sağlamaktadır. PDGFRA geni 4. kromozomun uzun kolunda q12 bölgesinde yerleşiktir. Tirozin kinaz gen ailesinin bir üyesi olan gen 23 ekzondan oluşur. Mutasyonlar ise sıklıkla 10, 12-20. ekzonlarda gözlenir. PDGFRA geni 12. ekzon mutasyonlarının tedaviye yanıtta önemli olduğu belirlenmiştir. Özellikle tüm GIST kanserlerinin yaklaşık %4’ünde gözlenen D842V mutasyonu imatinibe karşı dirence yol açar. Bu olgularda tedavi protokolünde diğer ilaçların kullanılması önerilmektedir. Bunun yanısıra eozinofilinin eşlik ettiği myeloproliferatif hastalıklarda da etkili rol oynadığı bilinen mutasyonları, bu hastalıklarda da imatinib yanıtını belirlemektedir. Laboratuvarımızda PDGFRA geninin 10 ve 12-21. Ekzonları dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4482 PDGFRB Geni Mutasyonları Sinonim: Platelet derive growth faktör reseptörü beta mutasyonları, Gastrointestinal tümörler, GIST, Eozinofili, Myeloproliferatif hastalıklar, İmatinib duyarlılığı Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: Dizi analizi (Ekzon 12-20) Referans Aralığı: Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 146 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: Gastrointestinal tümörlerde (GIST) ve eozinofilinin eşlik ettiği myeloproliferatif hastalıklarda PDGFRB geni mutasyonları saptanmaktadır. Mutasyonların bilinmesi hastaların tirozin kinaz inhibitörlerine ve özellikle Gleevec’e yanıt verip vermeyeceğinin önceden belirlenebilmesini sağlamaktadır. PDGFRB geni 5. kromozomun uzun kolunda q33.1 bölgesinde yerleşiktir. Tirozin kinaz gen ailesinin bir üyesi olan gen 23 ekzondan oluşur. Laboratuvarımızda PDGFRB geninin 12-20. Ekzonları dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4483 Pediatrik ALL Paneli Sinonim: Çocuk akut lenfositer lösemi paneli Test İçeriği: : tranlokasyon (12;21)(p13;q22), tranlokasyon (9;22)(q34;q11.2),11q23 delesyonu, trizomi4, trizomi 10, trizomi 17, 9p21 delesyonu, translokasyon (4;11)(q21;q23), tranlokasyon (11;14)(q13;q32), tranlokasyon (8;14)(q24;q32), 13q14.3 delesyonu, tranlokasyon (1;19)(q23;p13.3) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli ve EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp, Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: RT-PCR, FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Çocukluk çağı ALL’de kromozomal değişikliklerin değeri aşağıdaki tabloda verilmiştir. Genetik değişiklik Etkili gen t(12;21)(p13;q22) TEL/AML1 t(9;22)( q34;q11.2) 11q23 düzenlenmeleri BCR/ABL1 MLL mutasyonları FAB P/D B-ALL P L1,L2 L1,L2 P B-ALL (T-ALL) Erken preB P fenotipi trizomi 4 B progenitör ALL P trizomi 10 preB ALL P t(4;11)(q21; q23) AF4/MLL B-ALL L1,L2 P t(11;14)(p13;q11) LMO2(=RTBN1=TTG2) T-ALL (immatür) /TCRd t(8;14)(q24; q32) MYC/IGH CD10+ ALL ? Prognostik önemi iyi kötü Tedavi başarısızlığı riski (özellikle infantlarda) FLT3 artışı ile birlikte olduğundan FLT3 inhibitörlerinin kullanımı İyi +10 ile birlikte antimetabolit td. İle hastalıksız yaşam süresi 4 yıl İyi Remisyon sağlanır, erken relaps ortalama yaşam süresi 9 ay ? olguların yalnızca %50’si 2 yıl yaşam şansına ulaşmış Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 147 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI 13q14.3 delesyonu RB1 P: prognostik belirteç Laboratuvar Kodu: 3086 ALL ? Tek başına belirteç değeri taşımamakla birlikte tedavi başarısızlığı riskini arttırır D: tanısal değeri olan değişiklik Pediatrik AML Paneli Sinonim: Çocuk akut myelositer lösemi paneli Test İçeriği: tranlokasyon (8;21)(q22;q22), tranlokasyon(15;17)(q22;q21), translokasyon (16;16)(p13;q22)/ inversiyon(16)(p13;q22), monozomi/trizomi 7, trizomi5, 5q31 delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Çocukluk çağı AML’de kromozomal değişikliklerin değeri aşağıdaki tabloda verilmiştir. Genetik değişiklik Etkili gen FAB P/D Prognostik önemi t(8;21)(q22; q22) ETO/AML1 M2 P %90 remisyon (M1, M4) sık relaps ortalama yaşam süresi 2 yıl t(15;17)(q22;q21) PML/RARA M3 D %15-20 erken ölüm (tAML) ATRA+kemoterapi 1-3 yıl yaşam oranı %70 inv(16)(p13;q22) CBFB M4eo P Yüksek remisyon oranı (M5,M4w/o eo,MDS, BPortalama yaşam süresi 5 yıl CML, tAML) monozomi 7/ del7q monozomi 5/ 5q31 ? delesyonu EGR1, IRF1, CSF1R t(9;11)(p22;q23) AF9/MLL P: prognostik belirteç Laboratuvar Kodu: 3078 M4, M6 P (MDS,CMML,JCML) tAML, M2, Tüm FAB P grupları Tek başına varlığı AML’de kötü, MDS’te iyi belirteç Çok kötü belirteç ortalama yaşam süresi 3 ay M5a Yüksek remisyon oranı ortalama yaşam süresi 4 yıl (diğer MLL düzenlenmeleriden iyi) sAML’de çok kötü belirteç D: tanısal değeri olan değişiklik Pediatrik MDS Paneli Sinonim: Çocuk myelodisplastik sendrom paneli Test İçeriği: monozomi/trizomi 8, 7q31 delesyonu, monozomi/trizomi 7 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 148 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Çocukluk çağı MDS’de kromozomal değişikliklerin değeri aşağıdaki tabloda verilmiştir. Genetik değişiklik Alt tip P/D Prognostik önemi trizomi 8 monozomi del7q31 7/ RAEB/RAEB-T P 3 yıl yaşam süresi:Tek başına ise %56 Diğer anomaliler ile birlikte ise %24 Laboratuvar Kodu: 3084 Perforin Gen Analizi Sinonim: PRF1, FHL2, Hemafagositik sendrom, Familyal hemofagositik lenfohistiozis Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Hemafagositik sendrom, nadir görülen ve fatal seyirli bir hastalıktır. Ateş, karaciğer/dalak büyümesi, koagülopati, hipertrigliseridemi ve periferik kanda sitopeni başlıca bulgularıdır. Hastalığa, durdurulamayan T lenfosit ve makrofaj aktivasyonu ile karakterize, şekilli kan elemanlarının makrofajlarca fagositozu yol açar. Primer ve sekonder olarak ikiye ayrılmaktadır. Sekonder tipi en yaygın olarak EBV ile birlikte görülür. Primer hemofagositik lenfohistiozis, familyal olarak da adlandırılmakta olup (FHL) otozomal resesif geçiş göstermektedir. Familyal hemofagositik lenfohistiozis; PRF1 (FHL2) , UNC13D (FHL3), STX11(FHL4) genlerindeki mutasyonlarla gelişmektedir. Laboratuarımıza Familyal hemofagositik lenfohistiozis öntanısı ile refere edilen hastalarda PRF1 (perforin) , UNC13D (MUNC13-4), STX11(syntaxin 11) genlerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3615 Periferik Kanda Kromozom Analizi Sinonim: Periferik kandan kromozom analizi, Karyotip analizi (periferik kan),Konvansiyonel sitogenetik (periferik kan), Sitogentik inceleme (periferik kan) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: sitogenetik, 72 saatlik uyarılmış hücre kültürü Referans Aralığı: Kullanımı: Kromozomlardaki sayısal ve yapısal değişikliklerin saptanmasına olanak tanır. Dismorfik bulgu, konjenital malformasyon, büyüme ve gelişme geriliği, mental ve motor retardasyon, infertilite, kötü obstetrik öykü, üç ya da daha fazla gebelik kaybı, ailede kromozom anomalisi varlığı nedenleriyle kromozom analizi yapılır. Laboratuvar Kodu: 3202 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 149 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Periferik Kandan Kromozom Analizi (Lösemi) Sinonim: Lösemide Kromozom Analiz, Lösemide Karyotip analizi, Lösemide Sitogentik inceleme Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 5-7 gün sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: yeşil kapaklı tüp, heparinle ıslatılmış steril enjektör Çalışma Yöntemi: sitogenetik, 24-48 saatlik uyarılmamış hücre kültürü Referans Aralığı: Kullanımı: Kromozom anomalilerinin bazı lösemi ve lenfoma tipleri için tanısal ya da prognostik önemi vardır. Kromozom analizi ile bu sayısal ya da yapısal değişiklikler saptanabilir. Aynı zamanda, tedavinin ve relapsın izleminde de kullanılır. Kromozom analizi, klinisyene lösemi/lenfomanın tipinin belirlenmesi ve tedavinin planlanmasında yardımcı olur. Laboratuvar Kodu: 3035 Periferik Kanda RhD Genotip Tayini Sinonim: Rh heterozigotluk tayini, babada Rh heterozigotluk tayini Çalışma Zamanı: Pazartesi Sonuç Verme Zamanı: 1hafta sonra Numune Türü: EDTA’ lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Semikantitatif PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Rh uygunsuzluğu fetusta hastalık oluşturması ve fetal mortalite (bebeğin kaybedilmesi) açısından önemli bir gebelik sorunudur. Rh uygunsuzluğu annenin Rh(-) ve bebeğin Rh(+)olduğu durumda ortaya çıkmaktadır. Bebeğin Rh(+) olması için babanın bu antijeni sentezleyen geni bebeğe kalıtması gerekir. Babanın genotipine bakarak, fetusun Rh(+) olma olasılığı çıkarılabilir. Eğer baba RhD bölgesi için homozigot ise anne karnındaki bebekte bu bölge için çalışma yapmaya gerek kalmayacaktır. Bu nedenle Rh uygunsuzluğu riski olan çiftlerde babadan RhD genotiptayini yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 6405 Peutz-Jeghers Sendromu (STK11) Sinonim: PJS,STK11 geni mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi, MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Sıklıkla ince bağırsaklarda yerleşimli gastrointestinal polipler ve mukokutanöz pigmentasyon ile karakterizedir. Sıklıkla jujenım, ileum ve duodenum bölgesinde gözlenen polipler daha az sıklıkta mide, kalın bağırsaklar ve nasal pasajda izlenir. Kanama ve anemiye neden olan polipler obstrüksiyon ve vajinasyona bağlı tekrarlayan laparotomi ile bağırsak rezeksiyonu gerektiren klinik tablolara yol açar. Çocukluk çağında gözlenen mukokutanöz pigmentasyon ağız, göz ve burun delikleri ile perianal ve bukkal mukozada ortaya çıkar. Hastalarda; kolorektal, gastrik, pankreatik, meme ve over gibi farklı epitelyal tümörler için risk artışı mevcuttur. Kadınlarda; seks kord tümörlerinin yanı sıra over, serviks adenomu gibi benign tümörler için risk artmıştır. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 150 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Peutz-Jeghers sendromu (PJS) tanısı öncelikle klinik bulguların varlığı ile konur. Aile öyküsü pozitif olan hastaların hemen hemen tamamında STK11 (LKB1) gen mutasyonları saptanırken aile öyküsü negatif olgularda bu oran %90'dır. Aile öyküsü bulunan hastalarda sadece DNA dizi analizi uygulanması durumunda %55'inde mutasyonlar tanımlanmaktadır. Aile öyküsü olmayan olgularda ise bu oran %70'dir. Bu iki hasta grubunda MLPA analizinin de uygulanması durumunda mutasyonların tanımlanma oranları sırasıyla %100 ve %91'e yükselmektedir.Merkezimizde STK11 geni dizi analizi ve delesyon analizi (MLPA) uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4100 Plavix Etkinliği (CYP2C19) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real time PCR (melting point) Referans Aralığı: Kullanımı: Vorikonazol metabolizmasında önemli rolü olan bir enzimdir. Düşük enzim aktivitesine neden olan *2 ve *3 allelleri Asya toplumlarının %15-20’sinde, diğer toplumların %3-5’inde varyant bulunur. Bu zayıf metabolize edici alleller için homozigot olanlarda, Vorikonazol düzeyinin, homozigot *1 olanlardan 4 kat, heterozigot olanlardan ise 2 kat yüksek olduğu bilinmektedir. Bu nedenle, rutin önerilen dozlarda Plavix verilmesi durumunda; bu grup hastada, normal CYP2C19 aktivitesi gösteren hastalara göre daha sık kardiyovasküler olay gözlendiği bildirilmektedir. CYP2C19 genotiplemesinin tedavi stratejisini belirlemede yardımcı olduğu bilinmektedir, ancak uygun doz rejimi henüz belirlenmemiştir. Genel olarak, CYP2C19 zayıf metabolize edici allel saptanan hastalarda diğer antiplatelet tedavilerin seçilmesi önerilmektedir. Enzim aktivitesi Vorikonazol yanısıra Omeprazol, Pantoprazol, Esomeprazol, Rabeprazol, Diazepam ve Nelfinavir metabolizması için de önemlidir. Laboratuvar Kodu: 2323 Plavix aktif metabolit farmakokinetiği ve antiplatelet yanıtın CYP2C19 metabolize etme etkinliğine bağlı değişimi Çok Hızlı Hızlı Ara Zayıf Doz Ortalama (SD) Ortalama (SD) Ortalama (SD) Ortalama (SD) Cmax (ng/mL) 300 mg (24 h) 24 (10) 32 (21) 23 (11) 11 (4) 600 mg (24 h) 36 (13) 44 (27) 39 (23) 17 (6) 75 mg (Day 5) 12 (6) 13 (7) 12 (5) 4 (1) 150 mg (Day 16 (9) 19 (5) 18 (7) 7 (2) 5) IPA (%)* 300 mg (24 h) 40 (21) 39 (28) 37 (21) 24 (26) 600 mg (24 h) 51 (28) 49 (23) 56 (22) 32 (25) 75 mg (Day 5) 56 (13) 58 (19) 60 (18) 37 (23) 150 mg (Day 68 (18) 73 (9) 74 (14) 61 (14) 5) VASP-PRI (%) † 300 mg (24 h) 73 (12) 68 (16) 78 (12) 91 (12) 600 mg (24 h) 51 (20) 48 (20) 56 (26) 85 (14) 75 mg (Day 5) 40 (9) 39 (14) 50 (16) 83 (13) 150 mg (Day 20 (10) 24 (10) 29 (11) 61 (18) 5) Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 151 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Ortalama (SD) * Inhibition of platelet aggregation (5mcM ADP) † Vasodilator-stimulated phosphoprotein – platelet reactivity index Plazminojen Aktivatör İnhibitör-1 Polimorfizmi Sinonim: PAI-1 polimorfizmi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Plasminogen activator inhibitor I geninin 675. pozisyonundaki G sayısı koagulasyon ve platelet agregasyonunda değişikliğe yol açar. 4G/4G genotipinde koagulasyon ve platelet agregasyonunda artma ve myokard infarktüsü için 2 kat artmış risk sözkonusudur. Laboratuvar Kodu: 3119 Podicin (NPHS2) Dizi Analizi Sinonim: Podocin, İdiopatik Nefrotik Sendrom, Steroid Rezistan Nefrotik Sendrom Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 30 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: İdiopatik nefrotik sendrom, çocukluk çağında en sık rastlanan glomeruler hastalıktır. Bu çocukların %10’luk kısmı kortikosteroid tedaviye cevap vermez ve gerek son dönem böbrek yetmezliği, gerekse ekstrarenal komplikasyon gelişimi için aday haline gelirler. NPHS2, podositlerde ifade bulan ve podosin kodlayan gendir. 1q25-q31 bölgesine lokalize edilmiş olup, mutasyonları erken manifest hale geçen, steroid direnci sergileyen hızlı ilerleyen otozomal resesif nefrotik sendromla ilişkilidir. NPHS2 mutasyonu taşıyan hastaların başlangıç biyopsi bulguları minimal değişiklik, fokal segmental glomerulskleroz olarak genellenebilir. Bu hastalar renal transplantasyon adayıdır ve nakil sonrası rekurrens nadirdir. Merkezimizde dizi analizi yöntemi ile tüm gen incelemesi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2462 POLE Mutasyonları Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: DNA polimeraz epsilon geni (POLE), DNA polimeraz (Polε) enzim kompleksinin büyük katalitik ve “proofreading” alt birimleri kodlar. POLE ile genomdaki mutasyonlar azaltılmaktadır. Kanser genom çalışmaları, kolorektal kanserlerin% 3 ve endometrial kanserlerin % 7’sinin POLE'in ekzonükleaz bölgesi içinde somatik mutasyonlar içerdiğini göstermiştir. POLE Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 152 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI “proofreading” bölgesi mutasyonları immünojenik kolorektal kanserlerin çok iyi seyirli bir alt grubunu tanımlar. Bunun yanında POLE mutant endometrium tümörleri The Cancer Genome Atlas tarafından progresyonsuz sağkalıma sahip bir moleküler alt tip olarak tanımlanmıştır. POLE mutasyonlarının anti tümör T hücre cevabını arttırarak prognoz üzerine olumlu etki yaptığı öne sürülmektedir. Ayrıca, POLE mutasyonunun varlığının yüksek mutasyonel yük ile ilişkili olduğu ortaya konmuştur. Bu nedenle, POLE mutasyonlarını barındıran kanserlerin, bağışıklık kontrol noktası inhibitör tedavisi için iyi aday olduğu bildirilmektedir. Laboratuvarımızda, tumör dokusundan elde edilen DNA örneklerinde POLE geninin 9-14. ekzonlarının dizi analizi yapılarak hastalık seyri ve tedaviye yanıtta önemli olan mutasyonları saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4670 Pompe Hastalığı Genetik Testi Sinonim: Acid Alpha-Glucosidase Deficiency, Acid Maltase Deficiency, GAA Deficiency, GSD II, Glycogenosis Type II, Glikojen Depo Hastalığı Tip II Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Pompe hastalığı (OMIM#232300), otozomal resesif kalıtılan, tip II glikojen depo hastalığıdır. Asit alfa glukozidaz (GAA) enzim aktivitesi ile taniya gidilen hastalığa sebep olan mutasyonlar da GAA geninde(OMIM#606800) tespit edilmektedir. 17. kromozomun uzun kolunda lokalize gen 20 egzondan ibarettir ve bugüne kadar 150 üzerinde mutasyon HGMD veritabanında tanımlanmıştır. Genetik danisma, reproduktif plan, taninin dogrulanmasi ve ailede izlenebilmesi amacli genetik test önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3258 PON1 Polimorfizmi (163T>A, 575A>G) Sinonim: Paraoksonaz 1, Paraoxonase 1 polimorfizmi, c.163T>A, c.575A>G Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numunemiktarı: 5-10 ml Numune Kabı:Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Arteriyoskleroze sebep veya katkı yapan birçok farklı genetik ve kliniksel faktor, tanımlanmış tır. Koroner arter hastalıgı (KAH), hipertansiyon ve diyabet gibi karmaş ık hastalıklar, çogunlukla çeş itli genler, çevresel faktorler ve bunlar arasındaki etkileş imlerin bireysel duyarlılıgı sonucu oluş urlar. Lipid metabolizmasında yer alan paraoksonaz 1 (PON 1), molekuler ağırlığı 43 kDa olan, 354 amino asit kodlayan bir proteindir. Serum PON 1 kalsiyum-bağlı esteraz olup, paraokson gibi organofosfat substratlarına reverzibl bağlanarak onları hidrolize eder. PON1 antiaterosklerotik etkinliğe sahiptir, bu özelliği HDL partikülleri üzerine lokalizasyonuyla ilişkilidir. Paraksonaz 1 (PON1) enzimi aktivite değişiklikleri, aterosklerozis ve KAH’ın patojenezinde rol oynar. Bu proteini kodlayan gen 7q21-q22’de lokalizedir. PON1 polimorfizmlerindeki varyasyonların tipi ile, serum PON1 konsantrasyonu ve aktivitesindeki farklılıkların birbiriyle korelasyonu gözlenmiş, fizyolojik olarak ilişkili bulunmuştur. Laboratuvarımızda PON1 geni c.163T>A (L55M) ve c.575A>G (Q192R) polimorfizmleri analiz edilmektedir. Q192R için glutamin, A genotipini belirler ve düşük enzim aktivitesi ile birliktedir. L55M açısından; lösin metionine göre daha sık görüldüğü için bu şekilde adlandırılmaktadır ve homozigot Lösin varlığı bağımsız risk faktörüdür. Laboratuvar Kodu: 3314 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 153 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Prader-Willi Metilasyon Analizi Sinonim: PWS, SNRPN metilasyon defekti Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Prader Willi sendromu; mental retardasyon, boy kısalığı, el ve ayaklarda kısalık, kas zayıflığı, cinsel organların gelişememesi ve oburluk olan hastalarda düşünülmelidir. Genellikle aile öyküsü yoktur. Bu hastalığa sahip çocuklarda kontrolsüz yeme dürtüsüne bağlı ciddi davranış bozuklukları görülebilir. Erkek çocuklarda daha sık görülmektedir. 15. kromozomdaki bir hatadan kaynaklanmaktadır. Hastaların %60-70’inde hastalığa babadan gelen 15. kromozomda bir bölgenin (15q11-13) kaybı yol açmaktadır. %25 olguda ise hastalığa her iki 15. kromozomun da anneden alınması (maternal uniparental dizomi) yol açar. %5 olguda primer metilasyon defekti vardır. Son 2 nedene bağlı gelişşen hastalıklarda tanı için metilasyon analizi yapılması gerekmektedir. Bu nedenle, FISH ile 15q11-q13 kaybı saptanmayan Prader Willi sendromu şüphesi olan hastalarda metilasyon analizi yapılmalıdır Laboratuvar Kodu: 4663 Prader-Willi Sendromu (FISH) Sinonim: PWS (FISH), 15q11-q13 delesyonu (FISH), SNRPN delesyonu (FISH), Del 15q11-q13 (FISH), Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Prader Willi sendromu; mental retardasyon, boy kısalığı, el ve ayaklarda kısalık, kas zayıflığı, cinsel organların gelişememesi ve oburluk olan hastalarda düşünülmelidir. Genellikle aile öyküsü yoktur. Bu hastalığa sahip çocuklarda kontrolsüz yeme dürtüsüne bağlı ciddi davranış bozuklukları görülebilir. Erkek çocuklarda daha sık görülmektedir. 15. kromozomdaki bir hatadan kaynaklanmaktadır. Hastaların %60-70’inde hastalığa babadan gelen 15. kromozomda bir bölgenin (15q11-13) kaybı yol açmaktadır. Bu nedenle, Prader Willi sendromu şüphesi olan hastalarda FISH ile 15q11-q13 kaybı saptanır. Laboratuvar Kodu: 4811 Prion Hastalığı Genetik Analizi Sinonim: PRION PROTEIN; PRNP, PRP, PRION-RELATED PROTEIN; PRIP Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA DİZİ ANALİZİ Referans Aralığı: Kullanımı: Prion adı verilen küçük moleküllerin santral sinir sisteminde birikimi sonunda, gelişen hastalığa Prion hastalığı adı verilir. Bu grupta yer alan hastalıklar, santral sinir sistemini tutar ve beyni tahrip eder. Beyin, hastalığın ilerlemesiyle süngersi (spongiform) bir yapıya Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 154 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI dönüşür. Nörolojik semptomlar, myoklonik kasılmalar ve bunama görülür. İnsanda prion hastalıkları 3 şekilde ortaya çıkar: Kalıtsal, edinsel ve sporadik. Kalıtsal olanlar yaklaşık %15’lik bir oranı kapsar. PRNP geni 20p13’te lokalizedir. Prion protein kodlar ve bazı nörodfejeneratif spongioform ensefalopatilerden sorumludur. Bunlar ailesel Creutzfeldt-Jakob hastalığı (CJD; 123400), Gerstmann-Straussler hastalığı (GSD; 137440), ve fatal familial insomnia (FFI; 600072)’dan ibarettir. Laboratuvar Kodu: 4629 Progresif Familyal İntrahepatik Kolestaz (PFIC) Tip 1 Gen Analizi Sinonim ATP8B1 Defekti, FIC1 Defekti Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4-5 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Progresif familyal intrahepatik kolestaz (PFIC), heterojen bir otozomal hastalık grubudur. Erken başlangıçlı kolestaz yüzünden hepatik fibroz, siroz ve genç yaşta son dönem karaciğer hastalığına ilerleyebilmektedir. PFIC, genetik olarak heterojen bir hastalık grubudur ve tamamında safra asidi transportunda defekt söz konusudur. PFIC ATP8B1(OMIM#602397) geni sorumludur. 18q21.31’de lokalizedir, biallelik mutasyonlarla hastalık ortaya çıkar. Laboratuvarımızda PFIC1, 2, 3’e yönelik genlerin kodlayan bölgeleri dizi analizi yöntemi ile taranmaktadır. Literatürde tek mutasyonla takip edilen hastaların mevcudiyeti göz önünde bulundurulmalıdır; keza ilgili genlerin dizi analizi yöntemi ile taranmasının hastalık yapıcı mutasyonu tespit duyarlılığı konusunda elde yeterli veri yoktur. Bunun dışında PFIC4 (OMIM#615878) ise 9q12’de lokalize olan TJP2 geni (OMIM#607709) mutasyonları sonucu ortaya çıkar. Ayrıca fenotipik olarak benzer farklı konjenital safra asidi sentez defektleri mevcuttur. Ayırıcı tanıda göz önünde bulundurulması gerekebilir. Laboratuvar Kodu: 3349 Progresif Familyal İntrahepatik Kolestaz (PFIC) Tip 2 Gen Analizi Sinonim ABCB11 Defekti Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4-5 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Progresif familyal intrahepatik kolestaz (PFIC), heterojen bir otozomal hastalık grubudur. Erken başlangıçlı kolestaz yüzünden hepatik fibroz, siroz ve genç yaşta son dönem karaciğer hastalığına ilerleyebilmektedir. PFIC, genetik olarak heterojen bir hastalık grubudur ve tamamında safra asidi transportunda defekt söz konusudur. PFIC2 (OMIM#601847): Karaciğerspesifik ATP-binding cassette transporter geni ABCB11(OMIM# 603201) mutasyonları ile ortaya çıkar. Kromozom 2q24’de lokalizedir. Laboratuvarımızda PFIC1, 2, 3’e yönelik genlerin kodlayan bölgeleri dizi analizi yöntemi ile taranmaktadır. Literatürde tek mutasyonla takip edilen hastaların mevcudiyeti göz önünde bulundurulmalıdır; keza ilgili genlerin dizi analizi yöntemi ile taranmasının hastalık yapıcı mutasyonu tespit duyarlılığı konusunda elde yeterli veri yoktur.Bunun dışında PFIC4 (OMIM#615878) ise 9q12’de lokalize olan TJP2 geni (OMIM#607709) mutasyonları sonucu ortaya çıkar. Ayrıca fenotipik olarak benzer farklı konjenital safra asidi sentez defektleri mevcuttur. Ayırıcı tanıda göz önünde bulundurulması gerekebilir. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 155 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Laboratuvar Kodu:3354 Progresif Familyal İntrahepatik Kolestaz (PFIC) Tip 3 Gen Analizi Sinonim ABCB4 Defekti Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4-5 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Progresif familyal intrahepatik kolestaz (PFIC), heterojen bir otozomal hastalık grubudur. Erken başlangıçlı kolestaz yüzünden hepatik fibroz, siroz ve genç yaşta son dönem karaciğer hastalığına ilerleyebilmektedir. PFIC, genetik olarak heterojen bir hastalık grubudur ve tamamında safra asidi transportunda defekt söz konusudur. PFIC3 (OMIM#602347): Class III multidrug resistance P-glycoprotein geni ABCB4 (OMIM#171060) mutasyonları sorumludur. Kromozom 7q21’de lokalizedir. Laboratuvarımızda PFIC1, 2, 3’e yönelik genlerin kodlayan bölgeleri dizi analizi yöntemi ile taranmaktadır. Literatürde tek mutasyonla takip edilen hastaların mevcudiyeti göz önünde bulundurulmalıdır; keza ilgili genlerin dizi analizi yöntemi ile taranmasının hastalık yapıcı mutasyonu tespit duyarlılığı konusunda elde yeterli veri yoktur.Bunun dışında PFIC4 (OMIM#615878) ise 9q12’de lokalize olan TJP2 geni (OMIM#607709) mutasyonları sonucu ortaya çıkar. Ayrıca fenotipik olarak benzer farklı konjenital safra asidi sentez defektleri mevcuttur. Ayırıcı tanıda göz önünde bulundurulması gerekebilir. Laboratuvar Kodu:3367 PROP1 Genetik Testi Sinonim: Tip II Pituiter Hormon Defekti, Panhipopituitarizm Hastalığı, Kombine Hipopituitarizm, Pituiter Cücelik, Hanhart tipi Cücelik Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: PROP1, 5. kromozomda lokalize bir gendir. Somatotop, laktotrop, tirotrop ve gonadotropların oluşumunda önem arz eder. Inaktive edici mutasyonlar mevcutsa; ki bu otozomal resesif hastalık homozigot veya compound heterozigot mutasyonlar sonucu ortaya çıkar; pituiter gonadotrop, somatotrop, laktotrop ve tirotropların gelişimsel defekti sonucu LH, FSH, GH, PRL ve TSH eksikliği ortaya çıkar. Adenom gibi sebeplerin de ekartasyonu gerekir, ayrıca X’e bağlı formların da olduğu tahmin edilmektedir. Klinik değerlendirmede göz önünde bulundurulmalıdır. Laboratuvarımızda PROP1 geni, çift primer seti ile dizi analizi ile taranmakta ve kodlayan bölgedeki HGMD mutasyonları rapor edilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3328 Propionik Asidemi Genetik Testi (PCCA, PCCB genleri) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 156 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Propionik asidemi; hiperglisinemi, hiperglisinüri, ketotik hiperglisinemi ile seyreder. Amonyak yükselir. Kusma, asidoz ve konvülziyon görülür. Propionil-CoA karboksilaz enzim defekti ile gelişir.Tedavide Karnitin verilir. Yanıt vermeyenlere protein kısıtlanır. Otozomal resesif kalıtılır. Taşıyıcılığın saptanması saptanması ve prenatal tanı genetik test ile mümkündür. Propionil-CoA karboksilaz enzimi PCCA ve PCCB genleri tarafından kodlanan iki altbirimden oluşur. Tanıda PCCA ve PCCB genlerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2236 Protrombin (FaktörII) Mutasyon Analizi Sinonim: G20210A, Faktör II G20210A Mutasyon Analizi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: Ertesi gün saat 18:00 Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real time PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Kan pıhtılaşma sürecinde görev yapan Protrombin (Faktör II)genindeki G20210A mutasyonu kalıtsal trombofili nedenlerinden birisidir. G20210A mutasyonu; Leiden mutasyonundan sonra trombofilinin en sik görülen ikinci genetik nedenidir. Bu mutasyon kanda protrombin düzeyinin artmasına yol açar ve pıhtılaşmaya eğilim yaratır. Protrombin G20210A mutasyonu için homozigot olanlarda 2-6 kat artmış olan tromboz riski gebelikte 10-15 kat artmaktadır. Heterozigot bireylerde ise tromboz riski yaklaşık 3 kat artar. Protrombin gen mutasyonu gebelikte tekrarlayan düşükler ve fetal gelişme geriliği riskini de arttırmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3105 PRRT2 Geni Dizi Analizi Sinonim: Epizodik Kinesijenik Diskinezi Tip 1, Paroksismal Kinesijenik Diskinezi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Paroksismal Kinesijenik Koreaatetoz (PKC), tekrarlayıcı kısa ataklarla seyreden ve otozomal dominant aktarılan norolojik bir hastalıktır. Ataklar, ani bir istemli hareketin tetikledigi istemsiz hareket şeklinde gozlenir ve genellikle çocukluk veya erken erişkin doneminde başlar. Distonik postur, korea ve atetoz şeklinde gozlenen bulgular yaş ilerledikçe daha agır seyreder. Karbamazepin ve fenitoin gibi antikonvulzan tedaviye iyi yanıt verir. En sık gorulen paroksismal hareket bozuklugu olan Paroksismal Kinesijenik Diskinezi 16p11’de yerleşik olan PRRT2 geninin heterozigot mutasyonları ile gelişmektedir. Aynı genin mutasyonları benign familial infantil nöbet tip 2 ve İnfantil konvülsiyonla seyreden Paroksismal Kinesijenik Diskinezi tablosuna da neden olur. Laboratuarımızda PRRT2 geninin tüm kodlayan bölgelerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4819 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 157 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI PTEN Delesyonu Sinonim: Phosphatase and tensin, BZS, DEC, GLM2, MHAM, MMAC1, PTEN1, TEP1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Taze doku, parafin doku Numune Miktarı: 5µm’lik 5 kesit Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: PTEN geni, PI3K/Akt sinyal yolağı ile bağlantılı bir fosfataz kodlar. Bu yolak bilinen en önemli kanser öncüllerindendir ve DNA tamiri, genomik instabilite, kök hücre yenilenmesi, hücresel yaşlanma ve metastazla ilişkilidir. Radikal prostatektomi örneklerinde %20-40 oranında PTEN delesyonu bildirilmektedir. Metastatik hastalık ve kastrasyona dirençli tümörlerde ise bu oran, hatta homozigosite daha fazladır. Erken biyokimyasal rekurrens ve hastalığın progresyonu ile ilişkilendirilmektedir. PTEN delesyonunun SCLC olgularının %13 ‘ünde saptandığı bildirilmiştir. PTEN mutasyonları, NSCLC’de EGFR/PI3K/AKT yolak inhibitörlerine cevabı etkilerler. Bunun yanısıra glioblastoma, endometrial kanser ve meme kanserinde de PTEN delesyonu hastalık progresyonunda rol oynar. Laboratuvar Kodu: 4642 PTEN Geni Delesyon Duplikasyon Analizi Sinonim: PTEN Delesyon Duplikasyon Analizi Sonuç Verme Zamanı: 28 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numunemiktarı:5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: PTEN geni, PI3K/Akt sinyal yolağı ile bağlantılı bir fosfataz kodlar. Bu yolak bilinen en önemli kanser öncüllerindendir ve DNA tamiri, genomik instabilite, kök hücre yenilenmesi, hücresel yaşlanma ve metastazla ilişkilidir. Tümör supresör olarak tanımlanmış olan PTEN bir çok kanserde sıklıkla mutasyona uğrar. Fonksiyonunun kaybına yolaçan mutasyonları, kalıtsal kanser sendromları yanısıra sporadik solid doku kanserlerine de yol açar. Neden olduğu kalıtsal kanser/kansere yatkınlık sendromları: Bannayan-Riley-Ruvalcapa sendromu, Cowden sendromu, 10q23 delesyon sendromu, infantil form juvenil polipozis sendromu, Makrosefali/otizm sendromu, Lhermitte-Ductos sendromu ve Proteus sendromudur. Bunun yanısıra sporadik endometrium, meme, mesane, mide, tiroid ve prostat kanserleri ile malign melanom, meningiom, oligodendrogliom, lenfoma ve baş/boyun squamoz hücreli karsinomlarında da karsinogenezisten sorumlu tutulmaktadır. PTEN mutasyonlarının küçük hücreli akciğer kanser olgularının %13 ‘ünde saptandığı bildirilmiştir. PTEN mutasyonları EGFR/PI3K/AKT yolak inhibitörlerine cevabı etkileyebilen mutasyonlardır, bu nedenle bu yolak inhibisyonuna yönelik hedefli tedavilerde direnç geliştiğinde gözönünde bulundurulmalıdır. Bunun yanısıra, PTEN defekti olan akciğer kanserinde bu defekti hedefleyen tedavi molekülleri (Olaparib) de geliştirilmiştir. Kalıtsal kanser sendromları için periferik kandan, sporadik solid doku kanserleri için dokudan inceleme yapılması gerekmektedir. Laboratuarımıza bu inceleme için tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Çok farklı mutasyonları tanımlanmıştır. Laboratuvarımızda uygulanan dizi analizi ile mutasyon saptanamazsa MLPA yöntemi ile delesyon duplikasyon taranmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4055 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 158 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI PTEN Nokta Mutasyonları Sinonim: Phosphatase and tensin, BZS, DEC, GLM2, MHAM, MMAC1, PTEN1, TEP1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: Taze doku, parafin doku, EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: Doku:5µm’lik 5 kesit, kan: mor kapaklı tüpte enaz 5 ml. Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: PTEN geni, PI3K/Akt sinyal yolağı ile bağlantılı bir fosfataz kodlar. Bu yolak bilinen en önemli kanser öncüllerindendir ve DNA tamiri, genomik instabilite, kök hücre yenilenmesi, hücresel yaşlanma ve metastazla ilişkilidir. Tümör supresör olarak tanımlanmış olan PTEN bir çok kanserde sıklıkla mutasyona uğrar. Fonksiyonunun kaybına yolaçan mutasyonları, kalıtsal kanser sendromları yanısıra sporadik solid doku kanserlerine de yol açar. Neden olduğu kalıtsal kanser/kansere yatkınlık sendromları: Bannayan-Riley-Ruvalcapa sendromu, Cowden sendromu, 10q23 delesyon sendromu, infantil form juvenil polipozis sendromu, Makrosefali/otizm sendromu, Lhermitte-Ductos sendromu ve Proteus sendromudur. Bunun yanısıra sporadik endometrium, meme, mesane, mide, tiroid ve prostat kanserleri ile malign melanom, meningiom, oligodendrogliom, lenfoma ve baş/boyun squamoz hücreli karsinomlarında da karsinogenezisten sorumlu tutulmaktadır. PTEN mutasyonlarının küçük hücreli akciğer kanser olgularının %13 ‘ünde saptandığı bildirilmiştir. PTEN mutasyonları EGFR/PI3K/AKT yolak inhibitörlerine cevabı etkileyebilen mutasyonlardır, bu nedenle bu yolak inhibisyonuna yönelik hedefli tedavilerde direnç geliştiğinde gözönünde bulundurulmalıdır. Bunun yanısıra, PTEN defekti olan akciğer kanserinde bu defekti hedefleyen tedavi molekülleri (Olaparib) de geliştirilmiştir. Kalıtsal kanser sendromları için periferik kandan, sporadik solid doku kanserleri için dokudan inceleme yapılması gerekmektedir. Laboratuarımıza bu inceleme için tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3735 Pürin Nükleosit Fosforilaz Yetmezliği Sinonim: Nükleosit Fosforilaz Defekti, PNP dizi analizi, kombine immün yetmezlik, immün yetmezlik Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 7-10 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Purin nükleozit fosforilaz (PNP), adenozin deaminaz (ADA) ile birlikte pürin katabolizmasında anahtar rol oynayan bir enzimdir. Enzimi kodlayan gen, 14. kromozomda (14q13.1) yer alır. Bu genin mutasyonları ağır kombine immün yetmezliğe yol açar. Bunun yanısıra gelişme geriliği, hipotoni ve mental retardasyon da tabloya eşlik edebilir. Ayrıca, hastalarda lupus eritematozis, hemolitik anemi ve idiopatik trombositik purpura da gelişebilmektedir. Laboratuvarımızda PNP geninin tüm kodlayan bölgeleri (6 ekzon) ve intron/ekzon junction bölgeleri dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 2174 Rapid FISH ile Anoploidi Taraması Sinonim: Aneuvysion FISH, Rapid FISH (Amniotik sıvı) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 gün sonra Numune Türü: Amnion mayi Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 159 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Steril enjektör içinde Çalışma Yöntemi: Rapid FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Doğum öncesi tanı süreci kültür süresine bağlı olarak 2-3 haftaya uzamaktadır. Ancak, maternal serum tarama testinde yüksek Down Sendromu ya da Trizomi 18 riski olan geç gestasyonal yaştaki (20 hafta ve üzeri), maternal serum tarama testi yapılmamış, ancak ileri maternal (40 yaş ve üzeri) yaşın sözkonusu olduğu ileri gestasyon yaşında ve Trizomi 13, 18, 21 ya da Turner Sendromuna özgü anormal ultrason bulgusu olan fetus olduğu durumlarda hızlı sonuç verilmesi özellikle önerilmektedir. Bu endikasyonlar dahilinde veya aile stresinin azaltılması amacı ile 13, 18, 21, X ve Y kromozomlarının sayısal düzensizliğini göstermek için hızlı interfaz FISH ya da QF-PCR uygulaması laboratuvarımıza başvuran tüm hastalarda uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 5803 RARA (17q21) Yeniden Düzenlenmeleri Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali, tümör dokusu, lenf dokusu Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Hastalık APML (M3-AML) Etkilenen STAT5B - RARA Genler Epidemiyoloji Erişkin erkek hasta ağırlıklı Prognoz Uzun süreli komple remisyon bildirilmiş olgu mevcuttur. Laboratuvar Kodu: 3910 RET Mutasyonları Sinonim: MEN, MEN2A, FMTC, Multiple Endokrin Neoplazi, Familyal Medullar Tiroid Kanser Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi Analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Multiple Endokrin Neoplazi, endokrin bezlerde kanser gelişimi ile seyreden ve ailesel yatkınlığın bulunduğu klinik bir tablodur. Multiple Endokrin Neoplazi Tip 2A’da (MEN2A) en sık medullar tiroid kanser, feokromastoma ve paratiroid adenomları görülmektedir. Bunun yanında, yalnızca ailesel olarak medullar tiroid kanseri gelişen diğer bir sendrom da Familyal Medullar Tiroid Kanseri (FMTC) sendromu olarak adlandırılmaktadır. Otozomal dominant olarak kansere yatkınlığın aktarıldığı her iki sendrom da, RET onkogeninin mutasyonları ile gelişmektedir. RET onkogeninin 10 ve 11. Ekzonundaki kodon 609, 611, 618, 620, veya 634 mutasyonları MEN2A ‘da 95% ve FMTC’da %85 oranında saptanmaktadır. Laboratuarımıza MEN2A ya da FMTC öntanısı ile gönderilen hastalarda RET geni 8, 10, 11, 13, 14, 15 ve 16. Ekzonları dizi analizi ile incelenmektedir. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 160 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Laboratuvar Kodu: 3404 Rett Sendromu Sinonim: MECP2 Mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Rett sendromu ilerleyici nörolojik bir hastalıktır. Genelde kadınlar etkilenir. İnsidansı 1/10000 olarak bilinmektedir. 6-18 ay normal gelişim sürecinden sonra etkilenmiş çocuklar, hedefli el kullanımı, konuşma yeteneğini ve baş döndürmede azalma gibi kazanılmış becerilerini kaybederler. Sosyal davranışları bozulur. Kızların çoğunda epilepsi ve el oğuşturma hareketi gelişir. Rett sendromu vakalarının %80’inden fazlasında MECP2 gen mutasyonu saptanmaktadır. Bu nedenle Rett sendromu klinik şüphesi olan hastalarda MECP2 geni dizi analizi yapılmaktadır. Bunun yanında, otizm nedenleri içinde %0,5 sıklıkta yer aldığı için için başka herhangi bir bulgusu olmasa bile otistik hastalarda da yapılması önerilir. Laboratuvar Kodu: 6118 Rett Sendromu MECP2 Delesyonu Ana lizi Sinonim:MECP2 Delesyon Analizi Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numunemiktarı:5-10 ml Numune Kabı:Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi:MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Rett sendromu ilerleyici nörolojik bir hastalıktır. Genelde kadınlar etkilenir. İnsidansı 1/10000 olarak bilinmektedir. 6-18 ay normal gelişim sürecinden sonra etkilenmiş çocuklar, hedefli el kullanımı, konuşma yeteneğini ve baş döndürmede azalma gibi kazanılmış becerilerini kaybederler. Sosyal davranışları bozulur. Kızların çoğunda epilepsive el oğuşturma hareketi gelişir. Rett sendromu vakalarının %80’inden fazlasında MECP2 gen mutasyonu saptanmaktadır. Bu nedenle Rett sendromu klinik şüphesi olan hastalarda MECP2 geni dizi analizi yapılmaktadır. Delesyon taraması bu gen için ilgili endikasyonda ilk basamak test olarak dahi önerilebilir; nitekim bu genle ilgili HGMD veritabanında tanımlı mutasyonların %70’ini delesyon ve duplikasyonlar oluşturmakta ve bunların da yarısı bu analizin kapsamına giren gros delesyonlardan ibaret olmaktadır. Bunun yanında, otizm nedenleri içinde %0,5 sıklıkta yer aldığı için için başka herhangi bir bulgusu olmasa bile otistik hastalarda da yapılması önerilir. Laboratuvar Kodu: 3313 Romatoid Artrit Yatkınlık Paneli Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR, Ters hibridizasyon, Dot Blot analiz Referans Aralığı: Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 161 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: Romatoid artrit, inflamatuar bir hastalık olup, öncelikle eklem tutulumu ile karakterizedir. Otoimmün özellikleri mevcuttur ve kompleks genetik altyapı sergiler. Bunların arasında en geniş kabul göreni bazı HLA alt tipleri ile ilişkisidir. Merkezimizde HLA-DRB1 (OMIM: 142857) bazlı inceleme yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3720 ROS1 Amplifikasyonları Sinonim: ONCOGENE ROS; ROS, MCF3, V-ROS AVIAN UR2 SARCOMA VIRUS ONCOGENE HOMOLOG 1; ROS1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: Tümor dokusu Numune Miktarı: 2 adet poli-lizin kaplanmış (pozitif) lam üzerine 4 adet 5µm’lik kesit Numune Kabı: Parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: ROS1, bir protein tinoz reseptör kodlar. Küçük hücreli dışı akciğer kanserlerinde ALK, RET ve MET ile birlikte amplifikasyon ve yeniden düzenlenmelerin taranmasında kullanılabilir. ROS1 füzyonları da yıllık 10 paketten az sigara içen hafif sigara içicilerinde ve/veya hiç sigara içmeyenlerde daha yaygındır. ROS1 füzyonları ayrıca daha genç yaş ve adenokarsinom histolojik tipiyle de ilişkilidir. NSCLC’de adenokarsinom dışı subtiplerde de bildirilmiştir. NSCLC’de ROS1 rearanjmanları %0.7-1.7 olarak bildirilmektedir. ROS1 yeniden düzenlenmesi NSCLC hastalarında diğer onkojenik mutasyonlarla (EGFR, KRAS, ALK gibi) birlikte bulunmaz. ALK yeniden düzenlenmesi olan NSCLC hastalarında ALK/MET kinaz inhibitörü crizotinibin FDA onayı almasıyla birlikte dikkatler ROS1 yeniden düzenlenmesi olan NSCLC hastalarına yönelmiştir. ROS1 füzyonu olan daha önceden tedavi edilmiş metastatik NSCLC hastasında crizotinibe parsiyel cevap saptanmıştır. ROS1 mutasyonları olan ileri evre NSCLC hastalarında crizotinib tedavisiyle ilgili faz I çalışmaları devam etmektedir. Laboratuvar Kodu: 4645 ROS1 Füzyon Mutasyonları Çalışma Zamanı: Perşembe Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Taze doku, parafin doku, bronş aspirasyon materyali Numune Miktarı: 5µm’lik 15 kesit Çalışma Yöntemi: Real time PCR Referans Aralığı: Akciğer kanserilerinin yaklaşık %2’sinde ROS1 füzyon mutasyonu görülür. ROS1 füzyonları, az ya da hiç sigara içmeyen, genç hastalarla ve adenokarsinomlarla ilişkilendirilmiştir. ROS1 füzyonu taşıyan hastalar, ALK füzyon mutasyonlarına benzer klinik özelliklere sahiptirler. Klinik öncesi modellerde ROS1 füzyon mutasyonu bulunan hastalarda crizotinib’e duyarlılık tespit edilmiştir. Crizotinib’in ROS1 füzyon mutasyonları üzerinde daha etkili olduğu görülmüştür (IC50 ROS1=0.11nmol/L; IC50 ALK=0.6nmol/L). EGFR ve ALK mutasyonları negative ise ROS1 füzyon mutasyonlarına bakılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 4681 RREB1 (6q25) Amplifikasyonları Sinonim: Ras-responsive element-binding protein 1, RREB-1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 162 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: RAS-responsive element (RRE)’lere bağlanan bir transkripsiyon faktörüdür. RAS/RAF ilişkili hücre diferansiasyonuyla bağlantılı olabilieceği düşünülmektedir. Kalsitonin ekspresyonunu artırır, anjiyotensinojen genini baskılar. Malign melanoma ile prostat ve mesane kanserinde bu genin protein ürününün arttığı bilinmektedir. Laboratuvar Kodu: 4641 Rubinstein Taybi Sendromu (CREBBP Geni Dizi Analizi) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Rubinstein-Taybi sendromu; mental retardasyon, tipik yüz bulguları ile birlikte geniş başparmaklar ve geniş ve büyük ayak parmakları ile karakterize olup 1/250.000-300.000 sıklıkta görülür. 16. kromozomun p13.3 bölgesinde bulunan CREBBP (CREB-binding protein) geninin fonksiyon kaybına yol açan nokta mutasyonları ya da delesyonu ile hastalık ortaya çıkar. Laboratuarımızda Rubinstein Taybi sendromu şüphesinde CREBBP geni dizi analizi ve CREBBP geni delesyonu için FISH yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3616 Rubinstein Taybi Sendromu (del 16p13.3) FISH Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Rubinstein-Taybi sendromu; mental retardasyon, tipik yüz bulguları ile birlikte geniş başparmaklar ve geniş ve büyük ayak parmakları ile karakterize olup 1/250.000-300.000 sıklıkta görülür. 16. kromozomun p13.3 bölgesinde bulunan CREBBP (CREB-binding protein) geninin fonksiyon kaybına yol açan nokta mutasyonları ya da delesyonu ile hastalık ortaya çıkar. Laboratuarımızda Rubinstein Taybi sendromu şüphesinde CREBBP geni dizi analizi ve CREBBP geni delesyonu için FISH yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3638 SALL4 Gen Analizi Sinonim: HSAL4, SAL-LIKE 4 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 20q13.2’te lokalize olup, mutasyonları Duane-radial ray syndrome (DRRS, OMIM: 607323) ve IVIC syndrome (OMIM: 147750) ile ilişkilidir. DRRS, Okihiro sendromu olarak da Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 163 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI bilinmektedir. Otozomal dominant kalıtılır ve üst ekstremite anomalileri, göz bulguları ve bazı olgularda renal bozukluklarla karakterizedir. IVIC, DRRS ile allelik olup, benzer fenotipler serhgiler. Merkezimizde SALL4 gen analizi uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3494 SCA Paneli (Tip 1,2,3,6,7) Sinonim: Spinoserebellar ataksi, otozomal dominant, ATXN1 geni, ATXN2 geni, ATXN3 geni, CACNA1A geni, ATXN7 geni Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ataksi, beyincik, omurilik veya periferik duyusal kayıplardan kaynaklanan denge ve koordinasyon kaybıdır. Ataksiler, kalıtsal olabilir. Kalıtsal ataksiler, otozomal dominant/resesif veya X’e bağlı olarak kalıtılabilir. Otozomal dominant olarak kalıtılan Spinoserebellar ataksi (SCA) prevalansı 3/100.000 olarak belirlenmiştir. Genetik ve klinik olarak heterojen yapıya sahip bir nörodejeneratif hastalık grubuolan SCA alt tiplerinin klinik bulguları birbirleri ile büyük oranda örtüştüğü için sadece klinik özelliklere dayanılarak SCA tiplendirmesinin yapılması mümkün değildir. Bu nedenle SCA‟ların genetik etyolojilerinin belirlenmesi, bu hastalık grubunun tanımlanması ve sınıflandırılması açısından önemlidir. Farklı altgruplarının sıklıkları toplumlara göre değişmekle birlikte, 30 yaş üzerinde başlayan dominant kalıtımlı SCA’ların %60’ından fazlasını SCA1,2,3,6 ve 7 oluşturmaktadır. Bu nedenle laboratuarımızda Otozomal dominant SCA öntanısı olan hastalarda ATXN1, ATXN2, ATXN3, CACNA1A ve ATXN7 genlerindeki CAG tekrar sayılarının saptanması için, sırası ile belirtilen genlerin 8, 1, 12, 48, ve 3. ekzonlarının dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3619 SCE Testi Sinonim: Kardeş Kromatid Değişimi, Sister Chromatid Exchange Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: sitogenetik, uyarılmış hücre kültürü Referans Aralığı: Kullanımı: Periferik kan lenfositlerinin kullanılarak kardeş kromatid değişimi analizi özellikle mesleki çevresel mutajenlere maruz kalan bireylerde sitogenetik tarama amaçlı yapılır. Laboratuvar Kodu: 3391 SDHB Geni Dizi Analizi Sinonim: Paraganglioma tip 4, Cowden senromu tip 2, Feokromasitoma, Gastrointestinal stromal tümör Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 164 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Referans Aralığı: Kullanımı: Mitokondri içinde çalışan suksinat dehidrogenaz enziminin (kompleks II) altbirimlerinden olan iron sulfur proteini kodlayan SDHB geni; 1.kromozomun kısa kolunda (1p36.13) yer alır. Heterozigot mutasyonları ile Paraganglioma tip 4, Cowden senromu tip 2, Feokromasitoma, Gastrointestinal stromal tümör gelişmektedir. Laboratuarımızda SDHB geninin tüm kodlayan bölgelerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4818 Selectin S128R Polimorfizm Analizi Sinonim: SELE rs5361 varyantı, SELE S149R Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Real time PCR Referans Aralığı: Kullanımı: E selektin, ateroskleroz ve stroke etyopatogenezinde önemli rol oynayan inflamatuvar bir sitokindir. S149r (eski nomenklature göre S128R) değişimine sebep olan bir A>C (rs5361) varyantı kardiyovaskuler hastalıklar için risk artışı yaratmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4835 SGCG Geni Dizi Analizi Sinonim: Limb Girdle Tip 2C, LGMD2C Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: SGCG geni gama sarkoglikan proteinin kodlar. Kas hücrelerinde iskelet matriksinde bulunan ve distrofin proteini ile iletişimi olan bu proteinin defektinde erken yaşta başlayan ve otozomal resesif aktarılan muskular distrofi tipleri ve özellikle limb-girdle tip 2C (LGMD2C) gelişir. Laboratuarımıza limb-girdle tip 2C ya da çocukluk çağı resesif geçişli muskular distrofi öntanısı ile refere edilen hastalarda SGCG geni dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3633 SHOX Delesyonu Sinonim: Pseudoautosomal Homeobox-Contaınıng Osteogenıc Gene; PHOG delesyonu (FISH), Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1-2 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Xp22.33’te pseudootozomal bölgede(PAR) lokalizedir. Zuffardi ve arkadaşlarından başlayarak (1982) çeşitli çalışmalarda boy kısalığı ile bu genin ilişkili olduğu gösterilmiştir. Mutasyonları ve delesyonları çeşitli sendromik ve idiopatik boy kısalığı durumlarıyla ilişkilendirilmiş olup, merkezimizde SHOX delesyon tayini FISH yöntemi ile uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3621 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 165 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Shwachman-Diamond SBDS Dizi Analizi Sinonim: Shwachman Syndrome, Shwachman-Bodian-Diamond Syndrome, Pankreas Yetmezliği ve Kemik İliği Disfonksiyonu Birlikteliği, Aplastik Anemi Yatkınlığı Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3-4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Shwachman-Diamond sendromu (SDS), ekzokrin pankreas yetmezliği, malabsorbsiyon, malnutrisyon, büyüme geriliği ve hematolojik bozukluklarla karakterizedir. Hematolojik bulgu, sitopeni (hatta bisitopeni veya pansitopeni), miyelodisplastik sendrom veya akut myeloid lösemi gelişimine yatkınlıkla karakterizedir. Kemik bulguları da gelişebilir. Genelde tanıya götüren ilk bulgular, persistan nötropeni, gelişme geriliği ve tekrarlayan enfeksiyonlar olmaktadır. SBDS geni, 7. Kromozomda lokalize ve yakın bir non fonksiyonel psodogeni ile komşuluktadır. Tanımlı mutasyonların önemli bir kısmını c.183_184delinsCT, c.258+2T>C ve aynı allelde c.[183_184delinsCT; 258+2T>C] oluşturur. Psödogen varlığı nedeniyle laboratuvar sonuçlarını analiz ederken klinik bulgular eşliğinde değerlendirilmelidir. Laboratuvarımızda dizi analizi yöntemiyle sık ve özellikle İnsan Mutasyon Veritabanı(HGMD)’nda tanımlı mutasyonlar taranmaktadır. Hastalık, otozomal resesif kalıtılmakta olup, genetik danışma verilmelidir. Laboratuvar Kodu: 2988 Silver Russel 11p15 Hipometilasyon Sinonim: Silver Russel Sendromu, RSS, metilasyon, 11p15 Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Metilasyona duyarlı restriksiyon ve MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Silver-Russel sendromu, doğum öncesi başlayan ve doğumdan sonra devam eden büyüme geriliği ile karakterize ender bir hastalıktır. Doğumda vücut kitle indeksi düşüktür ve beslenme güçlükleri olur. Düşük doğum ağırlığı, kısa boy, baş, gövde ve ekstremitelerde asimetri, geniş alın, küçük alt çene, üçgenimsi yüz görünümü belli başlı bulgularıdır. Olguların büyük çoğunluğu normal zekâya sahiptir. Genetik bir hastalıktır ve moleküler olarak iki nedeni tanımlanmıştır. Bunlardan en yaygın olan neden, 11. kromozomun p15 bölgesindeki aktivite değişiklikleridir. Bu bölgenin metilasyonunda kayıp olması olguların %30-60’ında görülmektedir. Olguların %5’inde ise 7. kromozomun her ikisinin de anneden kalıtılmış olması hastalığa yol açmaktadır. Laboratuarımızda Silver Russel sendromu öntanısı ile refere edilen hastalarda ilk olarak 11p15 metilasyon testinin yapılması ve sonucun normal olması durumunda ise UPD7 testi yapılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3626 Silver Russel MAT UPD7 Sinonim: Silver Russel Sendromu, RSS, 7. kromozom, UPD Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA modifikasyonu, PCR Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 166 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Referans Aralığı: Kullanımı: Silver-Russel sendromu, doğum öncesi başlayan ve doğumdan sonra devam eden büyüme geriliği ile karakterize ender bir hastalıktır. Doğumda vücut kitle indeksi düşüktür ve beslenme güçlükleri olur. Düşük doğum ağırlığı, kısa boy, baş, gövde ve ekstremitelerde asimetri, geniş alın, küçük alt çene, üçgenimsi yüz görünümü belli başlı bulgularıdır. Olguların büyük çoğunluğu normal zekâya sahiptir. Genetik bir hastalıktır ve moleküler olarak iki nedeni tanımlanmıştır. Bunlardan en yaygın olan neden, 11. kromozomun p15 bölgesindeki aktivite değişiklikleridir. Bu bölgenin metilasyonunda kayıp olması olguların %30-60’ında görülmektedir. Olguların %5’inde ise 7. kromozomun her ikisinin de anneden kalıtılmış olması hastalığa yol açmaktadır. Laboratuarımızda Silver Russel sendromu öntanısı ile refere edilen hastalarda ilk olarak 11p15 metilasyon testinin yapılması ve sonucun normal olması durumunda ise UPD7 testi yapılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3627 SMA Mutasyon Analizi Sinonim: Spinal müsküler atrofi Mutasyon Analizi, SMN geni delesyon analizi, ekzon 7 delesyonu SMA, ekzon 8 delesyonu SMA Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP Referans Aralığı: Kullanımı: Otozomal resesif kalıtılan kol ve bacak kaslarındaki atrofi veya zayıflığa (omurilik ön boynuz hücrelerindeki dejenarasyon sonucu) yol açan hastalık 6000-10000’de bir görülür. Üç tipi vardır: Tip 1: Yenidoğan döneminde başlar, hastalar 2 yaşından önce genellikle solunum sistemi enfeksiyonlarına bağlı kaybedilirler. Tip 2: Klinik belirtileri daha azdır, 18. aydan önce ortaya çıkar. Yardımsız oturabilirler ama asla yürüyemezler. Tip 3: 18 aydan itibaren belirtileri ortaya çıkar. Yürüyebilirler ve yardımsız uzun süre yaşayabilirler. Hastalıktan sorumlu gen 5. kromozomda iki kopya olarak bulunan SMN genidir. Yaklaşık %94 hastada bu genlerden telomerik olanın bir bölgesi (ekzon 7) kaybolmaktadır. Bu nedenle, SMA bulguları gösteren hastada ilk olarak SMA delesyon analizi yapılır. Laboratuvar Kodu: 3098 SMA Taşıyıcılık Analizi Sinonim: Spinal Muskular Atrofi, SMN, delesyon, heterozigot Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Otozomal resesif kalıtılan hastalık omurilik ön boynuz hücrelerindeki dejenarasyon sonucu kol ve bacak kaslarındaki atrofi veya zayıflığa yol açar. Hastalıktan sorumlu gen 5. kromozomda iki kopya olarak bulunan SMN genidir. Yaklaşık %94 hastada telomerik SMN geninin bir bölgesi (ekzon 7) kaybolmaktadır. Hasta çocuğun anne ve babası yüksek ihtimalle taşıyıcıdır. Anne ve babanın taşıyıcılığının saptanması, ailenin daha sonraki gebeliklerinde doğum öncesi tanıyı mümkün kılmaktadır. Bu test, hasta çocuğunda delesyon saptanan ya da ailede benzer hastalığın olduğu ancak hasta bireye test yapılamadığı durumlarda aileye sonraki gebelikler için doğum öncesi tanı şansının sağlanabilmesi amacı ile yapılmaktadır. Test, hastalık Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 167 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI için taşıyıcı olma ihtimali olan anne ve babaya birlikte uygulanmaktadır. Bu çalışmanın gebelik başlamadan önce tamamlanması önerilir. Laboratuvar Kodu: 6120 Smith-Lemli-Opitz Sendromu Sinonim: SLO, DHCR7 mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Smith-Lemli-Opitz (SLO) otozomal ressesif kalıtılan bir metabolik multiple malformasyon sendromudur. Endojen kolesterollerin katalizinde son basamakta görevli olan 7dehydrocholesterol reductase (DHCR7)’nin defekti sonucu gelişir.Hastalığın ağırlığı intrauterin letaliteden hafif dismorfik bulgulara kadar değişkenlik gösterir.Hafif/orta derecede entellektüel işlevlerde etkilenme olabilir. SLO hastalarında kolesterol düzeyi düşük [<5 mmol/L] , 7dehydrocholesterol (7-DHC) düzeyi ise yüksektir. DHCR7 geni 9 ekzonludur, ancak 1 ve 2. Ekzonu kodlamaz. 125 üzerinde nokta ve küçük insersiyon mutasyonu tanımlanmıştır. Laboratuarımızda DHCR7 geni 3-9. ekzonları ve ekzon/intron bağlantı bölgelerinin dizi analizi yapılmaktadır.Bu yöntemle klinik duyarlılık oranı %96 olarak verilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3440 Smith-Magenis Sendromu (FISH) Sinonim: 17p11.2 delesyonu, del 17p11.2 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Psikomotor ve fiziksel gelişme geriliği, konuşmanın gecikmesi, kaba ses, tipik yüz görünümüne sahip hastalardır. Hastaların %90’ında hastalığın nedeni 17. kromozomun p11.2 bölgesinin kaybıdır. Smith Magenis sendromu şüphesi olan hastada 17 p11.2 delesyonunun saptanması için FISH incelemesi yapılır. Laboratuvar Kodu: 5782 SOD1 Geni Dizi Analizi Sinonim: Amiyotrofik Lateral Skleroz, ALS Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Amiyotrofik Lateral Skleroz (ALS) beyin ve spinal kordun üst ve alt motor nöronlarında dejenerasyonla karakterize ilerleyici bir hastalıktır. Hastalık, merkez sinir sisteminde, omurilik ve beyin sapında motor hücrelerin (nöronlar) kaybına bağlı olarak ortaya Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 168 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI çıkar. Üst motor nöron tutuluşu sonucu (ekstremitelerde katılık, hiperrefleksi, emosyonel labilite) ve alt motor nöron tutuluşu sonucu (kol ve bacaklarda asimetrik güçsüzlük, kaslarda erime, kramplar, kaslarda seyirme, yorulma, konuşma ve yutma güçlüğü) oluşan bulguların çeşitli birleşimleri klinik tabloyu belirlemektedir. Hastalığın % 90-95’ı sporadik, % 3-10’u ailesel olarak ortaya çıkar. Klinik bulgular genellikle 50- 60 yaşlarında başlar. Ailesel olgularda hastalık başlangıç yaşı daha erkendir. Ailesel ALS olguların %20’sine, sporadik olguların % 1-5’inde ve tüm ALS hastalarının %2’sine 21. kromozom üzerindeki Cu-Zn, Superoksid Dismutaz (SOD1) genindeki mutasyonların neden olduğu düşünülmektedir. SOD1 geninin 150’den fazla tip mutasyonu tanımlanmıştır. Laboratuarımıza ALS öntanısı ile gönderilen hastalarda SOD1 tüm gen dizi analizi yapılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 4661 Solid Doku Materyalinden Kromozom Analizi Sinonim: Solid doku biyopsisinde Kromozom Analizi, Karyotip analizi (solid doku materyali),Konvansiyonel sitogenetik (solid doku materyali), Sitogentik inceleme (solid doku materyali) Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3-4 hafta sonra Numune Türü: Solid doku materyali Numune Miktarı: Numune Kabı: Transport medium içinde Çalışma Yöntemi: sitogenetik, doku kültürü Referans Aralığı: Kullanımı: Solid dokulardan kromozom analizi, cilt biyopsisi (bkz test lab kodu 3206) dışındaki tüm taze biyopsi materyalini içermektedir. Kromozom analizi amaçlı uzun süreli doku kültürü uygulanmakta olup, merkezimizden temin edilecek taşıma besi yeri içerisinde laboratuvara ulaştırılmalıdır. Aynı materyalde 3698 kodlu moleküler karyotipleme de uygulanabileceği hatırda tutulmalıdır. Laboratuvar Kodu: 2255 SOS1 Geni Dizi Analizi Sinonim: SOS1 mutasyonları, Noonan sendromu tip 4 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Noonan sendromu 1000-2500’de bir sıklıkta gözlenen ve otozomal dominant aktarılan genetik bir hastalıktır. Kısa boy, kısa-yele boyun, kalp hastalıkları, motor gelişme geriliği, kanama diatezi ve sağırlık sık görülen klinik bulgularıdır. Bu hastaların kendileri gibi bir çocuğa sahip olma riski %50'dir. En büyük nedeni PTPN11 genindeki değişikliklerdir. Klinik olarak tanı almış, ancak PTPN11 geni mutasyonu belirlenemeyen hastalarda, ikinci sıklıkta hastalığın nedeni olan SOS1 geni ve diğer RAF1, KRAS, MEK2, SHOC2 ve NRAS genlerinde de mutasyon olabileceği bilinmektedir. Noonan sendromu şüphesinde PTPN11 geninde mutasyon saptanamayan hastalarda SOS1 dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4783 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 169 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Sotos Sendromu (FISH) Sinonim: NSD1 delesyonu, 5q35 delesyonu, del 5q35, serebral gigantizm Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: NSD1 geni mutasyonları ile gelişen mental retardasyon ve hızlı büyüme bulguları gösteren serebral gigantizmdir. Sotos sendromu şüphesi olan hastada 5q35’te lokalize olan NSD1 geni delesyonunun saptanması için FISH incelemesi yapılır. Laboratuvar Kodu: 2391 Sotos NSD1 Geni Dizi Analizi Sinonim: NSD1 geni mutasyonları, serebral gigantizm Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 60 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: NSD1 geni mutasyonları ile gelişen mental retardasyon ve hızlı büyüme bulguları gösteren serebral gigantizmdir. Sotos sendromuna NSD1 geninin delesyonu veya nokta mutasyonları neden olmaktadır. FISH ile delesyon saptanmayan olgularda genin DNA dizileme ile incelenmesi önerilir. Laboratuvarımızda FISH yöntemiyle delesyonların incelenmesi (test kodu:2391) yanı sıra NSD1 geninin kodlayan bölgeleri dizi analizi metodolojisiyle incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4057 SOX9 Mutasyonları Sinonim: XY sex reverse, XY female, Kampomelik displazi, Campomelic dysplasia Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analzi Referans Aralığı: Kullanımı: SOX9, SRY ile ilişkili testis ve kıkırdak dokusu gelişimini kontrol eden bir gen ürünüdür. Gelişim sürecinde, tip II kollajenin de içinde olduğu bir çok proteinin sentezini düzenler.SOX9 işlev bozukluklarında; XY karyotipli bireylerde sex revers fenotipi gelişir. Kampomelik displazi; boy kısalığı ve uzun kemiklerde eğrilmenin de içinde olduğu bir çok semptomu gösteren bir sendrom olup, havayolu anomalileri nedeni ile genellikle letal seyirlidir. Moleküler etyolojisi, SOX9 geninin heterozigot mutasyonlarıdır. Laboratuarımızda SOX9 geni tüm mutasyonlarına dizi analizi ile bakılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4030 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 170 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Sperm DNA Hasarı Sinonim: Sperm DNA Fragmantasyon Testi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1-2 hafta sonra Numune Türü: Semen mayi Numune Miktarı: Spermiyograma uygun kriterlerde Numune Kabı: Taze semen numunesi veya üzerine alkolle basit fisasyon yöntemiyle sperm hazırlanmış en az 2 adet lam Çalışma Yöntemi: TUNNEL Referans Aralığı: Kullanımı: Sperm DNA Fragmantasyon Testi; açıklanamayan infertilite, embriyo gelişiminde duraklama olan çiftler, yardımcı üreme yöntemi kullanımında anormal embriyo gelişimi, tekrarlayan tüp bebek ( IVF/ICSI) başarısızlığı ve tekrarlayan gebelik kaybı olan çiftlere önerilmelidir. Ek olarak Enfeksiyon, ateşli hastalıklar, inflamatuar nedenler veya kabakulak sonucu testiküler ısıda artış ve varikosel varlığında tarama amaçlı ve check up programlarının bir parçası olarak rutin test listesine eklenebilir. Laboratuvar Kodu: 2729 Sperm DNA Hasarı ve Genetik Tarama Sinonim: Sperm FISH Analizi ve Sperm DNA Fragmantasyon Testi Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: Semen mayi Numune Miktarı: Spermiyograma uygun kriterlerde Numune Kabı: Taze semen numunesi veya üzerine alkolle basit fisasyon yöntemiyle sperm hazırlanmış en az 2 adet lam Çalışma Yöntemi: FISH + TUNNEL Referans Aralığı: Kullanımı: Sperm FISH Testinden Fayda Görmesi Muhtemel Hastalar - Endikasyonlar • Sebebi bilinmeyen infertilite • Tekrarlayan tüp bebek (IVF/ICSI) başarısızlığı • Tekrarlayan düşük – gebelik kaybı • Hormon taramalarında hipergonadotropik hipogonadizm • Semen anomalisi: Spermiyogramda özellikle oligoasthenoteratozoospermi ve ciddi teratozoospermia tespit edilen hastalar. Bu endikasyonlar dahilinde veya check up amaçlı aşağıdaki hasta grubunda 13, 18, 21, X ve Y kromozomlarının sayısal düzensizliğini göstermek için hızlı interfaz FISH uygulanmaktadır: • Sigara İçmek • Aşırı kafein tüketimi • Aşırı Alkol Tüketimi • İlaç kullanım öyküsü: Konuyla ilgili hekiminizden bilgi alınız. • Kemoterapi ve radyoterapi öyküsü • Çevresel ve mesleki etki: Radyasyon, ağır metal vb. • Yaş faktörü. Ek olarak TUNNEL yöntemi ile apopitoz tayini de sperm taramalarına ilave edilebilir: Sperm DNA Fragmantasyon Testi Kimlere Yapılmalı • Açıklanamayan İnfertilite • Embriyo gelişiminde duraklama olan çiftler • Yardımcı üreme yöntemi kullanımında anormal embriyo gelişimi • Tekrarlayan Tüp bebek ( IVF/ICSI) başarısızlığı • Tekrarlayan Gebelik Kaybı Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 171 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Ek olarak aşağıdaki durumlarda tarama amaçlı ve check up programlarının bir parçası olarak rutin test listesine eklenebilir: • Enfeksiyon • Ateşli hastalıklar • Testiküler ısıda artış: İnflamatuar nedenler, kabakulak. • Varikosel • Yaş • Sigara • Çevre Kirliliği Laboratuvar Kodu: 2730 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 1 Sinonim : Spinoserebellar ataksi, otozomal dominant, ATXN1 geni. Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ataksi, beyincik, omurilik veya periferik duyusal kayıplardan kaynaklanan denge ve koordinasyon kaybıdır. Ataksiler, kalıtsal olabilir. Kalıtsal ataksiler, otozomal dominant/resesif veya X’e bağlı olarak kalıtılabilir. Otozomal dominant olarak kalıtılan Spinoserebellar ataksi (SCA) prevalansı 3/100.000 olarak belirlenmiştir. Genetik ve klinik olarak heterojen yapıya sahip bir nörodejeneratif hastalık grubuolan SCA alt tiplerinin klinik bulguları birbirleri ile büyük oranda örtüştüğü için sadece klinik özelliklere dayanılarak SCA tiplendirmesinin yapılması mümkün değildir. Bu nedenle SCA‟ların genetik etyolojilerinin belirlenmesi, bu hastalık grubunun tanımlanması ve sınıflandırılması açısından önemlidir. Farklı altgruplarının sıklıkları toplumlara göre değişmekle birlikte, merkezimizde SCA 1,2,3,6,7,8,10,12,17 ‘ye yönelik ilgili egzonların dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3914 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 2 Sinonim : Spinoserebellar ataksi, ATXN2 geni. Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ataksi, beyincik, omurilik veya periferik duyusal kayıplardan kaynaklanan denge ve koordinasyon kaybıdır. Ataksiler, kalıtsal olabilir. Kalıtsal ataksiler, otozomal dominant/resesif veya X’e bağlı olarak kalıtılabilir. Otozomal dominant olarak kalıtılan Spinoserebellar ataksi (SCA) prevalansı 3/100.000 olarak belirlenmiştir. Genetik ve klinik olarak heterojen yapıya sahip bir nörodejeneratif hastalık grubuolan SCA alt tiplerinin klinik bulguları birbirleri ile büyük oranda örtüştüğü için sadece klinik özelliklere dayanılarak SCA tiplendirmesinin yapılması mümkün değildir. Bu nedenle SCA‟ların genetik etyolojilerinin belirlenmesi, bu hastalık grubunun tanımlanması ve sınıflandırılması açısından önemlidir. Farklı altgruplarının sıklıkları toplumlara göre değişmekle birlikte, merkezimizde SCA 1,2,3,6,7,8,10,12,17 ‘ye yönelik ilgili egzonların dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3913 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 172 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 3 Sinonim : Spinoserebellar ataksi, ATXN3 geni. Machado-Joseph Dısease; MJD Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ataksi, beyincik, omurilik veya periferik duyusal kayıplardan kaynaklanan denge ve koordinasyon kaybıdır. Ataksiler, kalıtsal olabilir. Kalıtsal ataksiler, otozomal dominant/resesif veya X’e bağlı olarak kalıtılabilir. Otozomal dominant olarak kalıtılan Spinoserebellar ataksi (SCA) prevalansı 3/100.000 olarak belirlenmiştir. Genetik ve klinik olarak heterojen yapıya sahip bir nörodejeneratif hastalık grubuolan SCA alt tiplerinin klinik bulguları birbirleri ile büyük oranda örtüştüğü için sadece klinik özelliklere dayanılarak SCA tiplendirmesinin yapılması mümkün değildir. Bu nedenle SCA‟ların genetik etyolojilerinin belirlenmesi, bu hastalık grubunun tanımlanması ve sınıflandırılması açısından önemlidir. Farklı altgruplarının sıklıkları toplumlara göre değişmekle birlikte, merkezimizde SCA 1,2,3,6,7,8,10,12,17 ‘ye yönelik ilgili egzonların dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3915 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 6 Sinonim : Spinoserebellar ataksi, CACNA1A geni. Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ataksi, beyincik, omurilik veya periferik duyusal kayıplardan kaynaklanan denge ve koordinasyon kaybıdır. Ataksiler, kalıtsal olabilir. Kalıtsal ataksiler, otozomal dominant/resesif veya X’e bağlı olarak kalıtılabilir. Otozomal dominant olarak kalıtılan Spinoserebellar ataksi (SCA) prevalansı 3/100.000 olarak belirlenmiştir. Genetik ve klinik olarak heterojen yapıya sahip bir nörodejeneratif hastalık grubuolan SCA alt tiplerinin klinik bulguları birbirleri ile büyük oranda örtüştüğü için sadece klinik özelliklere dayanılarak SCA tiplendirmesinin yapılması mümkün değildir. Bu nedenle SCA‟ların genetik etyolojilerinin belirlenmesi, bu hastalık grubunun tanımlanması ve sınıflandırılması açısından önemlidir. Farklı altgruplarının sıklıkları toplumlara göre değişmekle birlikte, merkezimizde SCA 1,2,3,6,7,8,10,12,17 ‘ye yönelik ilgili egzonların dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3916 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 7 Sinonim : Spinoserebellar ataksi, ATXN7 geni. Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ataksi, beyincik, omurilik veya periferik duyusal kayıplardan kaynaklanan denge ve koordinasyon kaybıdır. Ataksiler, kalıtsal olabilir. Kalıtsal ataksiler, otozomal dominant/resesif veya X’e bağlı olarak kalıtılabilir. Otozomal dominant olarak kalıtılan Spinoserebellar ataksi (SCA) prevalansı 3/100.000 olarak belirlenmiştir. Genetik ve klinik olarak heterojen yapıya sahip bir Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 173 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI nörodejeneratif hastalık grubuolan SCA alt tiplerinin klinik bulguları birbirleri ile büyük oranda örtüştüğü için sadece klinik özelliklere dayanılarak SCA tiplendirmesinin yapılması mümkün değildir. Bu nedenle SCA‟ların genetik etyolojilerinin belirlenmesi, bu hastalık grubunun tanımlanması ve sınıflandırılması açısından önemlidir. Farklı altgruplarının sıklıkları toplumlara göre değişmekle birlikte, merkezimizde SCA 1,2,3,6,7,8,10,12,17 ‘ye yönelik ilgili egzonların dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3917 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 8 Sinonim : Spinoserebellar ataksi, ATXN8 geni. Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ataksi, beyincik, omurilik veya periferik duyusal kayıplardan kaynaklanan denge ve koordinasyon kaybıdır. Ataksiler, kalıtsal olabilir. Kalıtsal ataksiler, otozomal dominant/resesif veya X’e bağlı olarak kalıtılabilir. Otozomal dominant olarak kalıtılan Spinoserebellar ataksi (SCA) prevalansı 3/100.000 olarak belirlenmiştir. Genetik ve klinik olarak heterojen yapıya sahip bir nörodejeneratif hastalık grubuolan SCA alt tiplerinin klinik bulguları birbirleri ile büyük oranda örtüştüğü için sadece klinik özelliklere dayanılarak SCA tiplendirmesinin yapılması mümkün değildir. Bu nedenle SCA‟ların genetik etyolojilerinin belirlenmesi, bu hastalık grubunun tanımlanması ve sınıflandırılması açısından önemlidir. Farklı altgruplarının sıklıkları toplumlara göre değişmekle birlikte, merkezimizde SCA 1,2,3,6,7,8,10,12,17 ‘ye yönelik ilgili egzonların dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4630 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 10 Sinonim : Spinoserebellar ataksi, ATXN10 geni. Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ataksi, beyincik, omurilik veya periferik duyusal kayıplardan kaynaklanan denge ve koordinasyon kaybıdır. Ataksiler, kalıtsal olabilir. Kalıtsal ataksiler, otozomal dominant/resesif veya X’e bağlı olarak kalıtılabilir. Otozomal dominant olarak kalıtılan Spinoserebellar ataksi (SCA) prevalansı 3/100.000 olarak belirlenmiştir. Genetik ve klinik olarak heterojen yapıya sahip bir nörodejeneratif hastalık grubuolan SCA alt tiplerinin klinik bulguları birbirleri ile büyük oranda örtüştüğü için sadece klinik özelliklere dayanılarak SCA tiplendirmesinin yapılması mümkün değildir. Bu nedenle SCA‟ların genetik etyolojilerinin belirlenmesi, bu hastalık grubunun tanımlanması ve sınıflandırılması açısından önemlidir. Farklı altgruplarının sıklıkları toplumlara göre değişmekle birlikte, merkezimizde SCA 1,2,3,6,7,8,10,12,17 ‘ye yönelik ilgili egzonların dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4631 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 174 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 12 Sinonim: Spinoserebellar ataksi, PPP2R2B geni. Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ataksi, beyincik, omurilik veya periferik duyusal kayıplardan kaynaklanan denge ve koordinasyon kaybıdır. Ataksiler, kalıtsal olabilir. Kalıtsal ataksiler, otozomal dominant/resesif veya X’e bağlı olarak kalıtılabilir. Otozomal dominant olarak kalıtılan Spinoserebellar ataksi (SCA) prevalansı 3/100.000 olarak belirlenmiştir. Genetik ve klinik olarak heterojen yapıya sahip bir nörodejeneratif hastalık grubuolan SCA alt tiplerinin klinik bulguları birbirleri ile büyük oranda örtüştüğü için sadece klinik özelliklere dayanılarak SCA tiplendirmesinin yapılması mümkün değildir. Bu nedenle SCA‟ların genetik etyolojilerinin belirlenmesi, bu hastalık grubunun tanımlanması ve sınıflandırılması açısından önemlidir. Farklı altgruplarının sıklıkları toplumlara göre değişmekle birlikte, merkezimizde SCA 1,2,3,6,7,8,10,12,17 ‘ye yönelik ilgili egzonların dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4632 Spinoserebellar Ataksi (SCA) Tip 17 Sinonim: Spinoserebellar ataksi, HUNTINGTON DISEASE-LIKE 4; HDL4, TBP geni. Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Ataksi, beyincik, omurilik veya periferik duyusal kayıplardan kaynaklanan denge ve koordinasyon kaybıdır. Ataksiler, kalıtsal olabilir. Kalıtsal ataksiler, otozomal dominant/resesif veya X’e bağlı olarak kalıtılabilir. Otozomal dominant olarak kalıtılan Spinoserebellar ataksi (SCA) prevalansı 3/100.000 olarak belirlenmiştir. Genetik ve klinik olarak heterojen yapıya sahip bir nörodejeneratif hastalık grubuolan SCA alt tiplerinin klinik bulguları birbirleri ile büyük oranda örtüştüğü için sadece klinik özelliklere dayanılarak SCA tiplendirmesinin yapılması mümkün değildir. Bu nedenle SCA‟ların genetik etyolojilerinin belirlenmesi, bu hastalık grubunun tanımlanması ve sınıflandırılması açısından önemlidir. Farklı altgruplarının sıklıkları toplumlara göre değişmekle birlikte, merkezimizde SCA 1,2,3,6,7,8,10,12,17 ‘ye yönelik ilgili egzonların dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4633 SRY Delesyonu FISH Sinonim: Del SRY Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: İnsanlarda cinsiyetin gelişimi X ve Y kromozomları üzerindeki belli bölgelerden başlatılmaktadır. Bu bölgelerden en önemlisi Y kromozomu üzerinde yer alan SRY bölgesidir. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 175 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Cinsiyet anomalilerinde, özellikle kromozom yapısına ters cinsiyetin geliştiği olgularda (=sex reverse) SRY varlığının araştırılması gerekmektedir. Laboratuvar Kodu: 5798 SS18 Yeniden Düzenlenmeleri Sinonim: Snovial sarkoma Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: Tümor dokusu Numune Miktarı: 2 adet poli-lizin kaplanmış (pozitif) lam üzerine 4 adet 5µm’lik kesit Numune Kabı: Parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Nadir görülen sarkomların tanısı, sınıflandırılması ve patogenezinin anlaşılmasında moleküler genetik testler giderek önem kazanmıştır. Moleküler yöntemler doğru tanı verilmesi ve tümör sınıflandırmasının netleştirilmesinde ve kişiye özgü tedavi modalitelerinin oluşturulmasında yaygın olarak kullanılmaktadır. Sarkomların %25-30’unda çeşitli translokasyonlar görülür. Bu translokasyonlar, sinovyal sarkom, Ewing sarkomu, alveoler rabdomiyosarkom gibi sarkomların oluşumunda ilk ve tek genetik değişiklik şeklinde görülür ve metastaz, dediferansiyasyon gibi evrelerde bu değişim kaybolmaz. Sarkomlarda füzyon gen oluşturan kromozomal translokasyonlar içinde sık görülenlerden birisi de SS18 genidir. Bu genin füzyonları özellikle snoviyal sarkomda gözlenmektedir. Kromozom 18q11,2’de bulunan SS18 geninin translokasyonları sinovyal sarkom için önemli prognostik belirteç olarak bilinmektedir. Bu değişimler laboratuvarımızda FISH yöntemi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4485 Stargardt Hastalığı Paneli Sinonim: ABCA4, ELOVL4, CNGB3 Gen Taraması Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Yeni Nesil Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Stargardt hastalığı, macular dystrophy veya fundus flavimaculatus olarak da anılan, progresif bir otozomal resesif (nadiren dominant kalıtılan aileler bildirilmiştir) göz hastalığıdır. Erken yaşta körlük sebebi olması nedeniyle klinik olarak önem arz eder. Esas olarak retina, özellikle makulayı tutar. Genetik alt yapıda ABCA4, ELOVL4, CNGB3 önem arz eder. Laboratuvarımızda her üç genin kodlayan bölgesinin tamamı yeni nesil dizi analizi yöntemi ile taranmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3953 Steroid Sülfataz (STS) Eksikliği (FISH) Sinonim: İktiyozis, X’e bağlı İktiyozis, STS (Xp22.3) delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: - Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 176 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: İktiyozis, bir grup cilt hastalığına verilen genel bir isimdir. ailesidir. İktiyozis kelime olarak "balık cildi" anlamına gelir. Bu hastalığın görüldüğü hastalarda ciltte yaygın pullanma vardır. X’e bağlı iktiyozis erkeklerde görülür, steroid sülfataz enzimi yetmezliği ile gelişir ve bazı hastalarda zeka gelişimi de etkilenir. Xp22.3’te yer alan STS geninin değişim ya da kaybı sonucu gelişir. Laboratuvar Kodu: 6132 STX11(Syntaxin 11) Gen Analizi Sinonim: FHL4, Hemafagositik sendrom, Familyal hemofagositik lenfohistiozis Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5-10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Hemafagositik sendrom, nadir görülen ve fatal seyirli bir hastalıktır. Ateş, karaciğer/dalak büyümesi, koagülopati, hipertrigliseridemi ve periferik kanda sitopeni başlıca bulgularıdır. Hastalığa, durdurulamayan T lenfosit ve makrofaj aktivasyonu ile karakterize, şekilli kan elemanlarının makrofajlarca fagositozu yol açar. Primer ve sekonder olarak ikiye ayrılmaktadır. Sekonder tipi en yaygın olarak EBV ile birlikte görülür. Primer hemofagositik lenfohistiozis, familyal olarak da adlandırılmakta olup (FHL) otozomal resesif geçiş göstermektedir. Familyal hemofagositik lenfohistiozis; PRF1 (FHL2) , UNC13D (FHL3), STX11(FHL4) genlerindeki mutasyonlarla gelişmektedir. Laboratuarımıza Familyal hemofagositik lenfohistiozis öntanısı ile refere edilen hastalarda PRF1 (perforin) , UNC13D (MUNC13-4), STX11(sintaksin) genlerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3617 Subtelomerik Delesyon (FISH) Sinonim: Subtelomerik değişikliklerin saptanması, Telomerik değişikliklerin saptanması, Multiprobe FISH telomer Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 7-10 gün sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Motor-mental retardasyon, çoklu konjenital anomali ve habitual abortus olgularında kromozom analizinin normal bulunduğu durumda yapılmalıdır. Laboratuvar Kodu: 5810 SURF1 Dizi Analizi Sinonim: Leigh sendromu, infantil subakut nekrotizan ensefalit, Surfeit-1, COX defekti Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Leigh sendromu erken süt çocukluğu döneminde nöbet, gelişme geriliği, hipotoni, solunum bozuklukları ve laktik asit yüksekliği ile karakterize bir mitokondrial Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 177 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI ensefalomyopatidir. Çoğunlukla infantil tipi görülmekle beraber çocukluk ve erişkin tipleri de bulunmaktadır. Genetik geçiş biyokimyasal defekte göre heterojenite gösterir. En sık ‘’sitokrom c oksidaz’’ eksikliği sonucu ortaya çıkar. Otozomal resesif aktarılan bu COX defektlerinden bir tanesi de SURF1 geni mutasyonları ile gelişmektedir. Laboratuarımızda SURF1 geninin tüm ekzonlarının dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3874 T Hücre Klonalite Testi Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali, tümör dokusu, lenf dokusu Numune Miktarı: 3ml, uygun miktarda doku Numune Kabı: Mor kapaklı tüp, parafin blok Çalışma Yöntemi: PCR, Fragman Analizi Referans Aralığı: Kullanımı: TCR geni yeniden düzenlenme profilinde bir düzenlenmenin belirgin olarak daha fazla gözlenmesine dayalı bir incelemedir ve bazen sübjektif olabilir. Klonal TCR geni gözlenmesi (sonucun pozitif olması) T hücresi malignitesi ile eşanlamlı değerlendirilmemelidir. T hücre klonalite testi sayesinde lösemi, ve lenfomalarda baskın serinin tespiti yapılabilir, rekurrens tayininde yardımcı olur, reziduel hastalık tanısı konabilir, malignensi araştırmalarına yön verilebilir. Laboratuvar Kodu: 3920 Tay-Sacs Hastalığı Genetik Testi (HEXA Geni) Sinonim: Gm2 gangliosidozis, HEX A mutasyonu, Hekzosaminidaz A mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Tay Sachs, bir lipid depo hastalığıdır. Gm2 gangliosidleri ganglion hücrelerinde birikir. Hasta bebekler doğdukları zaman gayet sağlıklı görünüştedirler. Doğumdan yaklaşık 6 ay sonra –sesten abartılı ürkme, kavrama yeteneğinde azalma ve körlük gibi-semptomlar görülmeye başlar. Bu hastalığı taşıyan çocuklar 3-5 yaşları arasında kaybedilirler. Glikolipidlerin sentezlenmesinde düzenleyici olan -hexosamidaz enzimini kodlayan ve 15. kromozomda (15q23) bulunan HEXA genindeki mutasyonlar sonucu hastalık gelişir. Yaklaşık 35 kb uzunluğunda olan gen 14 exon içerir. Laboratuvarımızda Tay Sachs bulguları gösteren hastalarda HEXA tüm gen dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4827 Tek Kromozom Painting FISH Sinonim: Kromozom Spesifik FISH Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 7-10 gün sonra Numune Türü: Heparinli’li tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 178 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Referans Aralığı: Kullanımı: Dismorfik bulgu, konjenital malformasyon, büyüme ve gelişme geriliği, mental ve motor retardasyon, infertilite, kötü obstetrik öykü, üç ya da daha fazla gebelik kaybı, ailede kromozom anomalisi varlığı nedenleriyle kromozomlardaki sayısal ve yapısal değişikliklerin saptanması amacıyla yapılan kromozom incelemesi sonunda bulunan yapısal değişikliklerin doğru tanımlanabilmesi için ilgili kromozomun ayrıca boyanmasına olanak tanıyan renkli kromozom FISH yöntemi ile detaylı inceleme yapılabilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3800 Tek Kromozom Subtelomerik FISH Sinonim: Subtelomerik değişikliklerin saptanması, Telomerik değişikliklerin saptanması, Multiprobe FISH telomer Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 7-10 gün sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Özellikle konvansiyonel sitogenetik analiz sonucu gerekli görülen durumlarda uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2770 Tiyopürin Farmakogenetik Testi (TPMT Geni) Sinonim: 6 Merkaptopürin etkinliği, 6 Merkaptopürin toksisitesi, 6MP etkinliği, 6MP toksisitesi, TPMT polimorfizmi, TPMT*2 alleli, TPMT *3A alleli, TPMT *3B alleli, TPMT *3C alleli Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: PCR-RFLP, allel spesifik PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Tiyopürin grubu ilaçlar (azatiyoprin, merkaptopürin ve tiyoguanin) ağır romatizmal hastalıklar ve organ transplantasyonlarında immün sistemin baskılanması ya da akut lenfoblastik lösemi tedavisi gibi tıpta yaygın bir kullanım alanına sahiptir. TPMT, 6-MP’i (6-merkaptopürin) inaktif hale getirmekte ve metabolit oluşumunu engellemektedir. TPMT aktivitesi ile 6-MP metabolitlerinin birikimi arasında ters bir ilişki bulunmakta ve TPMT aktivitesi düşük olan bireylerde metabolit birikimi artmaktadır. TPMT*2, *3A, *3B, *3C allelleri TPMT aktivitesini azaltmakta ve ilacın bu kişilerde standart dozlarda kullanılması halinde tiyopürin grubu ilaçlara bağlı yan etkilerin ortaya çıkması açısından risk oluşturmaktadır. Yapılan test ile kişinin bu allellere sahip olmadığı belirlenmektedir. Laboratuvar Kodu: 2457 TP53 Geni Dizi Analizi Sinonim: P53, Li-Fraumeni sendromu, ailesel kanser sendromu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, Tümör dokusu (parafinli ya da taze doku) Numune Miktarı: 5-10 ml, Numune Kabı: Mor kapaklı tüp, Steril tüp içinde Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 179 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Referans Aralığı: Kullanımı: TP53 geni, kansere yatkınlık nedeni olan tumor supresor genlerdendir. 17. kromozomun kısa kolu (17p13.1) üzerinde yer alır ve 11 ekzondan oluşur. Ilk ekzonu kodlamayan baslangic dizileridir. Ozellikle myeloid hucre kokenli losemilerde TP53 geninin delesyonu onem kazanmaktadir. Bunun yanida TP53 ile ilişkili otozomal dominant 2 kalitsal/ailesel kanser sendromu tanımlanmıştır: klasik Li-Fraumeni Sendromu (LFS) ve LiFraumeni-like (LFL) Sendromu. Yumuşak doku sarkoması, osteosarkom, premenapozal meme kanseri, beyin tümörü, adrenokortikal karsinoma ile kendisini gösterir. Hastaların %95'inde mutasyonlar protein kodlayan bölgeleri içeren ekzon 2-11 bölgesinde saptanır. Ekzon 4-9 bölgesi ise hastalarda saptanan mutasyonların %90'ını içine alır. Laboratuvarimizda TP53 geninin ekzon1-11 arasindaki tum kodlayan bolgelerinin dizi analizi RNA üzerinden yapilmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2390 Translokasyon (1;19)(q23;p13) (TCF3/PBX1) FISH Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Hastalık B Lenfoblastik lösemi/lenfoma; E2A-PBX1 (TCF3-PBX1); ALL, L1/L2; istisna olarak L3-like ALL, T-ALL, NHL, veya AML. Fenotip Çoğunlukla 'pre B' (cIg+) ALL; cIgveya sIg+ da olb. CD45dim, CD19pos, CD34neg, CD22pos/dim, CD20dim/pos, CD24pos, TdTpos, CD10neg/dim, cIgMpos, CD9pos, CD15neg, CD65neg, CD66cneg, CD13neg, CD33neg. Epidemiyoloji ALL’lerin %5‘i; B ALL’lerin %20’si bu tip. Çocukluk çağı ALL’lerinde %4-6. Klinik Orta derecede organomegali; sık SSS tutulumu; yüksek WBC; yüksek LDH. Prognoz Kötü prognoz markırı olarak anılsa da modern intensif tedavi yaklaşımı için iyi prognostik belirteç olarak kabul edilebilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3644 Translokasyon (1;19)(q23;p13) (PCR) Sinonim: t(1;19)(q23;p13), E2A/PBX1 füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: nested PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Özellikle çocukluk çağı ALL (L1/L2)’lerinde saptanır ve kötü prognostik belirteçtir. Laboratuvar Kodu: 6019 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 180 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Translokasyon (4;11)(q21;q23) (MLL/AFF1 ) FISH Sinonim: MLL–AF4Füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: MLL ve AF4 (AFF1) genlerinin füzyonu ile sonuçlanan t(4;11)(q21;q23) yeniden düzenlenmesi, infantil lösemilerin %50-70’inde gözlenmektedir: Fenotip B-ALL (L1 - L2), bifenotipik AL, ANLL (M4/M5 ağırlıklı); tedaviye sekonder lösemi; istisnalar halinde T-ALL Epidemiyoloji Çocukluk çağı (infantil lösemi, konjenital lösemi) ki olguların 1/3’i 4 yaş altı. yrs, 1/3’i1 yaş altı; Bu yaş gruplarında kız erkek oranı: 2:1. Klinik Organomegali, SSS tutulumu;Antitopoizomeraz kullanımına sekonder, çok yüksek WBC, anaemi, trombositopeni; periferde 90% blast Sitoloji CD19+; myeloid markırlar eşlik edebilir Prognoz Kötü Laboratuvar Kodu: 3643 Translokasyon (4;11)(q21; q23)(PCR) Sinonim: t(4;11)(q21; q23), MLL/AF4 füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: nested PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Başlıca ALL’de (B-ALL (L1/ L2), bifenotipik AL, tedaviye sekonder T-ALL) görülür. Bunun yanında AML (M4/M5)’de de saptanabilir. Laboratuvar Kodu: 3039 Translokasyon (4;14)(p16;q32)(FISH) Sinonim: t(4;14)(p16;q32), IGH/FGFR3 füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Plasma hücreli lösemi, , multiple myeloma, plasmasitomada gözlenir. MM’da kötü prognostik belirteçtir. Laboratuvar Kodu: 3045 Translokasyon (5;12)(q33;p13)(PCR) Sinonim: t(5;12)(q33;p13), PDGFRB/ETV6 füzyonu, PDGFRB Çalışma Zamanı: Her gün Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 181 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: nested PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Myeloid seri hastalıklarında gözlenir. Eozinofili ile birlikte olan myeloproliferatif/myelodisplastik sendromda, atipik KML ve atipik KMML’de saptanır. Artmış tirozin kinaz aktivitesine yol açtığı için bu füzyonun varlığı tirozin kinaz inhibitörleri kullanımı için endikasyon oluşturmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2920 Translokasyon (6;9)(q22;q34) (DEK/NUP214) FISH Sinonim: DEK/CAN Fuzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: DEK onkogeninin CAN (NUP214) ile fuzyonu akut non lenfositik lösemi patogenezinde önem taşır. Laboratuvar Kodu: 3642 Translokasyon (6;14)(p21;q32)(CCND3/IGH) FISH Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Laboratuvar Kodu: 3198 Translokasyon (8;14)(q24; q32) (FISH) Sinonim: t(8;14)(q24;q32), IGH/MYC füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: ALL’de ve NHL (özellikle Burkitt lenfoma )’da görülür. Laboratuvar Kodu: 3069 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 182 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Translokasyon (8;21)(q22; q22) (FISH) Sinonim: t(8;21)(q22;q22), ETO/AML1 füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: AML’de, başlıca M2 olmak üzere M1 ve M4’te gözlenir. AML’de %10 oranında, M2’de % 40 oranında gözlenir. Translokasyon taşıyan hastalarda %90 oranında remisyon gözlenir, ancak tekrar relapsa girerler. Özellikle ilk tanı hastalarında FISH ile bakılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3047 Translokasyon (8;21)(q22; q22)(PCR) Sinonim: t(8;21)(q22;q22), ETO/AML1 füzyonu Çalışma Zamanı: Perşembe Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: RT-PCR Referans Aralığı: Kullanımı: AML’de, başlıca M2 olmak üzere M1 ve M4’te gözlenir. AML’de %10 oranında, M2’de % 40 oranında gözlenir. Translokasyon taşıyan hastalarda %90 oranında remisyon gözlenir, ancak tekrar relapsa girerler. Özellikle takip hastalarında RT-PCR ile bakılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3129 Translokasyon (9;11)(p22;q23) (AF9/MLL) FISH Sinonim: AF9/MLL Yeniden Düzenlenmeleri - Füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: ANLL olgularında ve sıklıkla M5 ve M5a alt tipi ile ilişkilendirilmiştir. Bununla birlikte M4, tedavi ilişkili hastalık, de novo bulgu olarak da karşımıza çıkabilmektedir. Diğer 11q23 etkilenmiş lösemi olgular kadar kötü prognozdan bahsedilmemektedir. Sekonder ANLL olgularında ise durum farklıdır. Laboratuvar Kodu: 4638 Translokasyon (9;22)(q34;q11.2 ) (FISH) Sinonim: t(9;22)(q34;q11.2), t(9;22), BCR/ABL füzyonu, Ph kromozomu, Philadelphia kromozomu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 183 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Referans Aralığı: Kullanımı: İlk tanımlanan patolojidir. Başta KML olmak üzere ALL ve AML’de de gözlenir. Bu üç hastalıkta görülen translokasyonlar birbirinden farklıdır. FISH yöntemi tüm translokasyon tiplerine hassatır. Her tip hastalıkta Philadelphia kromozomu varlığı tirozin kinaz inhibitörleri kullanımı için endikasyon oluşturmaktadır. Tedaviye yanıt genellikle çok iyidir, ancak bazı hastalarda İmatinib’e karşı primer ya da sekonder direnç gelişmektedir. Bu durumda ABL geni mutasyonlarına bakılması önerilir (bakınız İmatinib direnci) Özellikle ilk tanı hastalarında FISH ile bakılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3043 Translokasyon (9;22)(q34;q11.2)(PCR) Sinonim: t(9;22)(q34;q11.2), t(9;22), BCR/ABL füzyonu, Ph kromozomu, Philadelphia kromozomu Çalışma Zamanı: Perşembe Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: RT-PCR Referans Aralığı: Kullanımı: İlk tanımlanan patolojidir. Başta KML olmak üzere ALL ve AML’de de gözlenir. Bu üç hastalıkta görülen translokasyonlar birbirinden farklıdır. RTPCR yöntemi ile tüm translokasyon tipleri birlikte görülebildiği gibi gerektiğinde 190 ve 210 tipine özgü çalışma yapılabilir. Her tip hastalıkta Philadelphia kromozomu varlığı tirozin kinaz inhibitörleri kullanımı için endikasyon oluşturmaktadır. Tedaviye yanıt genellikle çok iyidir, ancak bazı hastalarda İmatinib’e karşı primer ya da sekonder direnç gelişmektedir. Bu durumda ABL geni mutasyonlarına bakılması önerilir (bakınız İmatinib direnci) Özellikle takip hastalarında RT-PCR ile bakılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3044 Translokasyon (11;14)(q13;q32) (FISH) Sinonim: t(11;14)(q13;q32), CCND1/IGH füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Mantle cell lenfoma, B-prolenfositik lösemi, plazma hücreli lösemi, KLL ve multiple myelomada gözlenir. Laboratuvar Kodu: 3048 Translokasyon (11;18)(q21;q21) (API2/MALT1) FISH Sinonim: API2/MALT1Yeniden Düzenlenmeleri - Füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 184 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: B hücreli non Hodgkin lenfoma olgularında, marjinal zon B hücreli lenfoma olgularında bildirilmektedir. Marjinal zon B hücre karakteristiğidir. Ekstranodal MALT tipinde %50 oranında gözlendiği bildirilmiştir. Gastrik MALT tipi lenfomalarda t(11;18) klonal bir markırdır. H. Pilori eradikasyon tedavisine direnç ve antijen bağımsız progresyonla ilişkilidir. Laboratuvar Kodu: 4637 Translokasyon(11;19)(q23;p13.1) (MLL/ENL) FISH Sinonim: MLL/ENL Yeniden Düzenlenmeleri - Füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: MLL’yi içine alan kırık noktası nedeniyle kötü prognozla ve tedavi ilişkili lösemilerle bağlantı kurulmaya çalışılmıştır. 19p13.1’ün etkilenmesi, ANLL’de ELL genini içeren bir etkileşime yol açmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4639 Translokasyon (12;21)(p12;q22) (FISH) Sinonim: t(12;21)(p12;q22), TEL/AML1 füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: B-ALL’de (L1/L2,CD10+) gözlenir. Çocuklık çağı B-ALL’de %15-35 sıklıkta gözlenir. İyi prognostik belirteçtir. Laboratuvar Kodu: 3049 Translokasyon (12;21)(p12;q22) (PCR) Sinonim: t(12;21)(p12;q22), TEL/AML1 füzyonu Çalışma Zamanı: Perşembe Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: RT-PCR Referans Aralığı: Kullanımı: B-ALL’de (L1/L2,CD10+) gözlenir. Çocuklık çağı B-ALL’de %15-35 sıklıkta gözlenir. İyi prognostik belirteçtir. Laboratuvar Kodu: 1995 Translokasyon (14;16)(q32;q23) (MAF/IGH) FISH Sinonim: t(14;16), MAF/IGH füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 185 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Multiple myelomayı da içeren B hücreli tümörlerde IgH lokusuna translokayonlar ve onkogen disregulasyonu önemlidir. MAF/IGH füzyonu da erken değişikliklerin başında gelir. Laboratuvar Kodu: 3641 Translokasyon (14;18)(q32;q21.3) (FISH) Sinonim: t(14;18)(q32;q21.3), IGH/BCL2 füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: B hücreli NHL’da en sık görülür. Bunun yanı sıra ALL ve KLL’de de gözlenebilir. Follikuler lenfomada % 80-90, “diffuse large cell” lenfomada % 30 sıklıkta gözlenir. Laboratuvar Kodu: 3050 IGH/MALT1 Füzyonu Sinonim: t(14;18)(q32;q21), TRANSLOKASYON (14;18)(q32;q21) (FISH) , MALT lenfoma Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: MALT1 (MALT lymphoma-associated translocation 1) (18q21) bölgesini içine alan yeniden düzenlenmeler birçok lenfoma tipinde gözlenmektedir. Sık gözlenen translokasyonlardan birisi t(14;18)(q32;q21) olup MALT1 ile IGH arasında oluşur ve MALT lenfomalı hastaların %18'inde saptanır. Bu translokasyon, tanı ve takibin yanısıra hastaların tedavisinde de yönlendirici olmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4484 Translokasyon(14;20)(q32;q12)(IGH/MAFB) FISH Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: tümör dokusu Numune Miktarı: Numune Kabı: Steril tüp içinde taze doku ya da parafin blok Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Laboratuvar Kodu: 3208 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 186 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Translokasyon (15;17)(q22;q21) (FISH) Sinonim: t(15;17)(q22;q21), PML/RARA füzyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: M3-AML için patognomotik değer taşır. Tedaviye sekonder AML’de de gözlenebilir. Retinoik asit ve kemoterapiye yanıt iyidir. Özellikle ilk tanı hastalarında FISH ile bakılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3051 Translokasyon (15;17)(q22;q21) (PCR) Sinonim: t(15;17)(q22;q21), PML/RARA füzyonu Çalışma Zamanı: Perşembe Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: RT-PCR Referans Aralığı: Kullanımı: M3-AML için patognomotik değer taşır. Tedaviye sekonder AML’de de gözlenebilir. Retinoik asit ve kemoterapiye yanıt iyidir. Özellikle takip hastalarında RT-PCR ile bakılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3130 Trizomi 4 Sinonim: +4 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Primer ve sekonder akut myeloid lösemide ender olarak tek sitogenetik bulgu olabilir. M1-M2 ve M4’te aynı sıklıkta gözlenir. CKIT mutasyonu olmayan hastalarda prognostik belirleyiciliği olmamasına rağmen CKIT mutasyonu olan hastalarda +4 olması hastalığın hızlı ilerlemesi için gösterge olabilir. Çocukluk çağı akut B-hücreli lenfositer lösemide; +10 ile birlikte olması iyi prognoz belirteci olarak kabul edilir. Laboratuvar Kodu: 3056 Monozomi/Trizomi 5 Sinonim: trizomi 5, +5, Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 187 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Çocukluk çağı AML ve ALL2de görülür. ALL’de hiperdiploidi ile birlikte olması kötü prognostik belirteç olarak kabul edilmektedir. Laboratuvar Kodu: 3077 Trizomi 6 Sinonim: 6 trizomisi, +6 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Trizomi 6, KML, MDS ve AML’de saptanır. Trizomi 6 saptanmış AML olgularında M1 morfolojisi bildirilmiş ve lökemik blastlarda CD34 kök hücre antijeninin ekspresyonu rapor edilmiştir. Bu bulgular nedeniyle AML’nin daha primitif formlarıyla ilişkilendirilmiştir. Ek olarak trizomi 6’lı aplastik anemi olgularında AML’ye transformasyon bildirilmektedir. Bu aplastik anemi olgularında steroidlere zayıf cevap ve AML’ye dönüşme eğilimi genellemesi yapılmaktadır. Bunun yanında malign melanomada en sık gözlenen sayısal kromozomal değişikliktir. Laboratuvar Kodu: 4643 Trizomi 10 Sinonim: 10 trizomisi, +10 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Çocukluk çağı akut B-hücreli lenfositer lösemide; +4 ile birlikte olması iyi prognoz belirteci olarak kabul edilir. Laboratuvar Kodu: 3083 Trizomi 11 Sinonim: Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali, tümör dokusu, lenf dokusu Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Hastalık myeloid seri (ANLL, MDS) Fenotip M1, M2, M4 ANLL; tedaviye sekonder ANLL; MDS’ye sekonder ANLL; (DR+, CD34+, CD15, 33, 13 pozitif); Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 188 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Epidemiyoloji ANLL ve MDS olgularının %1’i. E:K: 1:1 med YAŞ: 60 yaş Prognoz Kötü Laboratuvar Kodu: 3906 Trizomi 12 Sinonim: 12 trizomisi, +12 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: B-KLL’de görülür. Laboratuvar Kodu: 3087 Trizomi 17 Sinonim: 17 trizomisi, +17 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan, kemik iliği aspirasyon materyali, kemik iliği biyopsi materyali Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: ALL’de hiperdiploidinin önemli komponentidir ve hiperdiploidik hücrelerde 4,10 ve 6. kromozomların artışı ile birlikte iyi prognostik belirteç olarak değerlendirilmektedir. görülür. Laboratuvar Kodu: 3057 Trombofili-Kardiyovasküler Hastalık Genetik Yatkınlık Paneli Sinonim: kardiyovasküler hastalık yatkınlık paneli , CVD yatkınlık paneli, trombofili 13’lü panel Test İçeriği: Faktör V (G1691A), Faktör V (H1299R), Protrombin (G20210A), Faktör XIII (V34L), Β fibrinojen -455G>A, PAI 4G/5G, HPAI a/b(GPIIb/IIIa), MTHFR C677T, MTHFR A1298C, ACE I/D, Apo B R3500Q, Apo E Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Strip test Referans Aralığı: Kullanımı:Yaygın hastalıkların çoğunluğu poligeniktir, yani birçok farklı genin kombine hareketinden kaynaklanır. Ayrıca yakın zamandaki kanıtlar gen-gen ve gen-çevre arası etkileşimin etkilerinin yaygın olduğunu göstermektedir. Ancak tekgen hastalıkları ile arasındaki en temel fark yaygın hastalıklarda kalıtılanın hastalık değil, hastalığa yatkınlık olmasıdır ki bu da bu hastalıkların genetik çalışmasını önemli kılmaktadır. Çünkü bu sayede elde edilecek bilgi, bireyin hastalığa yakalanma riskinin yüksek olacağı bilgisidir. Bu bilgi ile bireyselleştirilmiş medikal ya da yaşam koşulları ile korunma mümkün olabilmektedir.Kardiyovasküler hastalıklarda etkili olduğu bilinen gen polimorfizmlerinin etkisi aşağıda özetlenmiştir. Faktör V (G1691A): AA ya da AG genotiplerinde GG genotipine göre trombotik olay riski 4-8 kat artmıştır. Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 189 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Faktör V (H1299R): Heterozigot durumda R varlığı kardiovasküler hastalık için ılımlı risk faktörüdür. Protrombin (G20210A): A aleline sahip bireylerde protrombin sentezi artmıştır. Bu durum artmış trombin oluşumuna ve tromboz riskinin artmasına yol açar. Faktör XIII (V34L): L varyantı V varyantına göre daha hızlı aktive olmaktadır. Böylece LL bireylerde antikoagülan etki daha güçlü olmaktadır. Β fibrinojen -455G>A: AA genotipi ile artmış fibrinojen düzeyleri arasındaki ilişki doğrulanmıştır. Fibrinojen artmış düzeyleri hiperkoagülan duruma neden olarak arterial tromboz riskini arttırmaktadır. PAI 1 4G/6G: 4G/4G genotipinde koagulasyon ve platelet agregasyonunda artma ve 5G/5G genotipine göre MI için artmış risk sözkonusudur. HPAI a/b: b aleli akut koroner sendrom için özellikle genç ve sigara içen hastalarda risk faktörüdür. MTHFR C677T: TT genotipine sahip bireylerde CC genotipine göre azalmış enzim aktivitesi ve artmış homosistein düzeyi bulunmaktadır. Diğer risklerin varlığında arterial ve vanöz tromboz için yatkınlığa yol açar. MTHFR A1298C: CC genotipine sahip bireylerde AA genotipine göre azalmış enzim aktivitesi ve artmış homosistein düzeyi bulunmaktadır. ACE I/D: DD genotipliler koroner hastalıklar için yüksek risk taşırlar. ApoB R3500Q: Q/Q bireylerde; LDL’nin hücre içine alımında düşme, yüksek plazma LDL düzeyine yol açar. Ateroskleroz için risk faktörüdür. ApoE : E2, E3 ve E4 allelleri LDL düzeyi değişikliklerine yol açar. MI riski için alllelerin sırası şöyledir: E2< E3< E4 Laboratuvar Kodu: 4333 TUBB3 Gen Analizi Sinonim: TUBB4 TUBULIN, BETA-3; Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: 16q24.3’te lokalize olup, mutasyonları Cortical dysplasia, complex, with other brain malformations (CDCBM, OMIM: 614039) ve Fibrosis of extraocular muscles, congenital, 3A (CFEOM, OMIM: 600638) ile ilişkilendirilmiştir. CFEOM, çeşitli kalıtsal strabismus sendromlarını kapsar ve okulomotor ve/veya troklear sinirlerle innerve edilen konjenital restriktif oftalmopleji ile karakterizedir. CDCBM’de ise ekstraokuler kaslar etkilenmez. Nöronal migrasyon bozukluğu ve aksonal yönlenme bozukluğu söz konusudur. Hafif - orta derecede mental retardasyon, strabismus, aksial hipotoni ve spastisite vardır. Merkezimizde TBUBB3 gen analizi uygulanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3493 Tüm Ekzom Dizi analizi Sinonim: Whole exome sequencing, WES, tüm ekzom sekanslama Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 ay Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 10 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Yeni nesil dizi analizi Referans Aralığı: Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 190 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Kullanımı: Mendel kalıtım paterniyle geçen hastalıkların bir çoğu exonlarda hastalık yapıcı noktasal veya birkaç nükleotidi kapsayan mutasyonlardan kaynaklanmaktadır. Laboratuvarımızda kişiye özgü aile ağacı ve özgeçmiş bilgileri alınarak gelişme geriliği, multiple konjenital anomali ve/veya mental retardasyon bulguları olan hastalık gruplarında, multigenik hastalık gruplarında, klinik tanısı tam olarak konulamayan konjenital ve/veya kalıtımsal hastalıklarda, klinik tanısı bilindiği halde geni bilinmeyen konjenital ve/veya kalıtımsal hastalıklarda, klinisyeni belirgin bir gene yönlendirmeyen kanser ailesine sahip bireylerde kansere karşı hangi preventif yöntemlerin kullanılacağını belirlenmesine yönelik, ilaç dirençlerinde veya ilaçların yan etkilerine aşırı maruziyet durumlarında, akraba evliliklerinde, konvansiyonel genetik yöntemlerle nedeni bilinmeyen tekrarlayan gebelik kayıplarında tüm ekzom sekans analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 4778 Tüm Kromozom Painting FISH (46 Kromozom) Sinonim: Multiprobe FISH tüm kromozom, 46 Kromozoma Spesifik FISH Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 7-10 gün sonra Numune Türü: Heparinli’li tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Dismorfik bulgu, konjenital malformasyon, büyüme ve gelişme geriliği, mental ve motor retardasyon, infertilite, kötü obstetrik öykü, üç ya da daha fazla gebelik kaybı, ailede kromozom anomalisi varlığı nedenleriyle kromozomlardaki sayısal ve yapısal değişikliklerin saptanması amacıyla yapılan kromozom incelemesi sonunda bulunan yapısal değişikliklerin doğru tanımlanabilmesi için tüm kromozomların ayrı ayrı boyanmasına olanak tanıyan çok renkli tüm kromozom FISH yöntemi ile detaylı inceleme yapılabilmektedir. Laboratuvar Kodu: 2137 TWIST1 Delesyon Duplikasyon Analizi Sinonim: TRANSCRIPTION FACTOR TWIST; TWIST Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: MLPA Referans Aralığı: Kullanımı: Bebek doğduğu zaman kafatası birbiriyle bağlantılı birçok küçük kemiklerden oluşur ki bu bağlantılara sütür denir. Beyin büyüdükçe sütürlerin simetrik büyümeye izin vermesi gerekir. Herhangi bir sebepten dolayı bir veya daha fazla sütür kapalı ise beyin gelişimini etkiler. Bu duruma kraniyosinositoz denir. Bazı durumlarda bu genetiktir ve başka gelişim problemleri de görülebilir. 7p21.1’de lokalize olan TWİST geni mutasyonları, delesyon ve duplikasyonları bu durumun gelişimine yol açan genetik faktörlerden birisidir. Literatürde Craniosynostosis, type 1 (OMIM: 123100), Robinow-Sorauf syndrome (OMIM: 180750), Saethre-Chotzen syndrome (OMIM: 101400) ve Saethre-Chotzen syndrome with eyelid anomalies (OMIM: 101400) olarak isimlendirilen hastalıklar ile ilişkilidir. Laboratuvar Kodu: 4248 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 191 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI TWIST1 Mutasyon Analizi Sinonim: TRANSCRIPTION FACTOR TWIST; TWIST Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Bebek doğduğu zaman kafatası birbiriyle bağlantılı birçok küçük kemiklerden oluşur ki bu bağlantılara sütür denir. Beyin büyüdükçe sütürlerin simetrik büyümeye izin vermesi gerekir. Herhangi bir sebepten dolayı bir veya daha fazla sütür kapalı ise beyin gelişimini etkiler. Bu duruma kraniyosinositoz denir. Bazı durumlarda bu genetiktir ve başka gelişim problemleri de görülebilir. 7p21.1’de lokalize olan TWİST geni mutasyonları bu durumun gelişimine yol açan genetik faktörlerden birisidir. Literatürde Craniosynostosis, type 1 (OMIM: 123100), RobinowSorauf syndrome (OMIM: 180750), Saethre-Chotzen syndrome (OMIM: 101400) ve SaethreChotzen syndrome with eyelid anomalies (OMIM: 101400) olarak isimlendirilen hastalıklar ile ilişkilidir. Laboratuvar Kodu: 3230 Velocardiofacial Sendrom (FISH) Sinonim: VCFS, 22q sendromu, 22q11.2 sendromu, 22q11.2 delesyonu, del 22q11.2 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Yarık damak, yapısal kalp kusurları, konuşma ve öğrenme problemleri Velokardiyofasiyal sendromun (VCFS) en belirgin özellikleridir. Yarık damakla doğan çocukların %5-8’inde VCFS vardır. Ayrıca, Velokardiyofasiyal sendromlu hastalarda, şizofreni genel topluma göre 25 katı fazla görülmektedir. 22q11’deki kromozomal kayıplar Velokardiyofasiyal sendrom’ lu (VCFS) hastaların %83’ünde vardır. VCFS bulguları gösteren hastalarda bu bölge FISH ile incelenir. Laboratuvar Kodu: 5790 Waardenburg Sendromu Sinonim: PAX3 mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 2-3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Genellikle otozomal dominant kalıtılan nöral krest hastalığıdır. Klinik spektrumu değişken olmakla birlikt; sağırlık, depigmentasyon ve dismorfik bulgular en önemli özellikleri oluşturur (tip I WS). Tüm konjenital sağırlıkların %1-3’ünü oluşturur. Sıklığı 1/42.000 olarak verilmektedir. Tip I ve tip III WS’da sorumlu gen PAX3’tür. Laboratuarımızda PAX3 geni tüm ekzonları ve ekzon/intron bağlantı bölgelerinin dizi analizi yapılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3182 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 192 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Warfarin İlaç Direnci Sinonim: VKORC1 mutasyonları, CYP2C9 mutasyonları Çalışma Zamanı: Cuma Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Kalitatif real time PCR (melting point) Referans Aralığı: Kullanımı: Ciddi ilaç yan etkilerinin insulinden sonra en sık ikinci nedeni Warfarin’dir. ABD’de kardiyovasküler olaylardan sonra (kalp krizi ve inme gibi) pıhtılaşmayı önlemek, majör cerrahi sırasında pıhtılaşmayı önlemek ve diğer pıhtılaşma bozukluklarının tedavisi için, 2 milyondan fazla insan warfarin kullanmaktadır. CYP2C9 (Sitokrom P450 2C9) polimorfizmlerinin Warfarin kan düzeyi üzerinde çok etkili olduğu çeşitli çalışmalarla gösterilmiştir. Toplumda en sık görülen genotip homozigot *1/*1’dir ve genel kullanımda olan dozlar bu hastalar için uygundur. Günlük ortalama Warfarin dozu gereksinimi *1/*2 ve *2/*2 genotipine sahip hastalar için *1/*1 hastalara göre %17, *1/*3, *2/*3 ve *3/*3 genotipine sahip hastalar için ise%37 daha düşüktür. Son zamanlarda Warfarin metabolizmasında en az CYP2C9 kadar etkili olan diğer bir polimorfizmin de VKORC1 (Vitamin K epoksid reduktaz kompleksi, subunit 1) genine ait olduğu gösterilmiştir. VKORC1 genotipi için AA grubu olan hastalar düşük doz Warfarin (ortalama ~3 mg/gün) ve BB genotipine sahip hastalar yüksek doz Warfarin (ortalama ~7 mg/gün) fenotipi gösterirken AB grubuna giren hastaların ara doz Warfarin gereksinimi olduğu bilinmektedir . Warfarin kullanımına başlamadan önce genetik test yapılarak başlangıç dozlarının kararlaştırılması önerilmektedir. Laboratuvarımızda CYP2C9 ve VKORC1 genotipleri saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2601 Williams Sendromu (FISH) Sinonim: Elastin geni delesyonu, del 7q11.23, 7q11.23 delesyonu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Zihinsel gelişme geriliği, doğuştan kalp hastalıkları, gevşek eklem hareketleri ve tipik yüz görünümü (basık burun kökü, birbirine yakın ve çekik gözler, yüksek damak gibi) olan çocuklarda Williams sendromundan şüphelenmek gerekir. Hastalar geç yürürler, denge sağlamakta zorlanırlar. 7. kromozomdaki Elastin geninin hataları hastalığa yol açar. FISH ile 7q11.23’te bu genin kaybına bakılır. Laboratuvar Kodu: 5792 Wilms Tümörü (WT1 Geni) Analizi Sinonim: Denys-Drash syndrome, Frasier syndrome, Meacham syndrome, Mesothelioma, somatic, Nephrotic syndrome, type 4, Wilms tumor, type 1 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 3 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 193 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: WT, genitoüriner sistem ve mezotelyal dokuların normal gelişimi için gereklidir. Yapısal ve somatik mutasyonları DNA-binding domaini bozar ve dominant negatif etkilidir. WT1, lösemilerde ve bazı solid tümörlerde aşırı ekspresyon sergiler ve potansiyel tedavi hedefidir. WT1, 11p13’te lokalizedir ve 10 egzon içerir. WT1 mutasyonları şu hastalıklarla ilişkilendirilmiştir: Wilms tumor, WAGR sendrom, Denys-Drash sendrom, Frasier sendrom, nephrotic sendrom type 4 ve Meacham sendrom. Laboratuvar Kodu: 3620 Wilson Hastalığı Genetik Analizi Sinonim: ATP7B geni mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 14 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Wilson hastalığı; karaciğer, beyin, gözler, böbrekler ve kemiklerde bakır birikmesine neden olan kalıtsal bir bozukluktur. Bu durum, kronik hepatite ve siroza neden olabilir. korneanın dış kenarında, Kayser-Fleischer halkası olarak bilinen kahverengi ya da yeşil bir halka oluşabilir. Wilson hastalığı, genellikle 20′li ya da 30′lu yaşlarda ortaya çıkar. Hastalığın erken teşhisi ve tedavisi, etkileri geri çevirebilir ve kalıcı hasar oluşumunu engelleyebilir. Hastalığa bakırı taşıyan seruloplasmin proteinin dolaşımındaki eksiklik yol açar. Hastalığa neden olan genetik değişiklik ATP7B geni mutasyonlarıdır. Doğu ve Kuzey Avrupa’da hastaların %40’ında His1069Gln , Asya’da ise hastaların %30’unda Arg778Leu mutasyonu saptanmaktadır. Diğer bir sık görülen mutasyon ise Asn1270Ser mutasyonudur. Laboratuarımızda bu 3 mutasyon yanısıra ekzon 8,14 ve 18 mutasyonlarına bakılmaktadır. Laboratuvar Kodu: 2548 Wilson ATP7B Geni Dizi Analizi Sinonim: ATP7B geni mutasyonları Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 28 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Wilson hastalığı; karaciğer, beyin, gözler, böbrekler ve kemiklerde bakır birikmesine neden olan kalıtsal bir bozukluktur. Bu durum, kronik hepatite ve siroza neden olabilir. korneanın dış kenarında, Kayser-Fleischer halkası olarak bilinen kahverengi ya da yeşil bir halka oluşabilir. Wilson hastalığı, genellikle 20′li ya da 30′lu yaşlarda ortaya çıkar. Hastalığın erken teşhisi ve tedavisi, etkileri geri çevirebilir ve kalıcı hasar oluşumunu engelleyebilir. Hastalığa bakırı taşıyan seruloplasmin proteinin dolaşımındaki eksiklik yol açar. Hastalığa neden olan genetik değişiklik ATP7B geni mutasyonlarıdır. Doğu ve Kuzey Avrupa’da hastaların %40’ında His1069Gln , Asya’da ise hastaların %30’unda Arg778Leu mutasyonu saptanmaktadır. Diğer bir sık görülen mutasyon ise Asn1270Ser mutasyonudur. Laboratuarımızda bu 3 mutasyonun tanımlanamamış olduğu hastalarda tüm gen dizi analizi yapılması önerilmektedir. Laboratuvar Kodu:4017 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 194 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI Wiskott-Aldrich Sendromu (WAS Geni) Sinonim: WISKOTT-ALDRICH SYNDROME 1; WAS1, ALDRICH SYNDROME, ECZEMATHROMBOCYTOPENIA-IMMUNODEFICIENCY SYNDROME Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5 ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: DNA dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Wiskott-Aldrich sendromu, X’e bagli resesif bir immun yetmezliktir ve trombositopeni, egzema ile rekurren enfeksiyonlarla karakterizedir. WAS geni (OMIM #300392) mutasyonlari, hastalik sebebidir. Taşıyıcı annelerin erkek çocuklarında ortaya çıkması beklenir; anne analizi ile birlikte planlanması önerilir. WAS geni mutasyonları Wiskott Aldrich’in ekzemalı fenotipi görülmeden X’e bağlı ciddi konjenital nötropeni (OMIM#300299) ve yine X’e bağlı trombositopeni (OMIM#313900) olgularında da etyolojik faktör olmaktadır. Laboratuvar Kodu: 3802 Wolf-Hirschhorn Sendromu (FISH) Sinonim: WHS, 4p16.3 delesyonu, del 4p16.3 Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 1 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Wolf Hirschhorn sendromlu (WHS) hastalarda; ağır mental retardasyon, epileptik nöbetler, hipotoni ve tipik yüz görünümü vardır. Doğum öncesi dönemde fetal hareketlerde zayıflık fark edilebilir.Yarık damak/dudak, balık ağzı, küçük çene veya asimetrik kafa yapısı dikkat çekebilir. Kalp hastalıkları, sık solunum yolşu enfeksiyonu gözlenir.Genellikle mikroskopik düzeyde gözlenen 4. kromozomdaki p16.3 bölgesinin kaybı hastalığa neden olur. 4p16.3 delesyonunun saptanması için FISH incelemesi yapılır. Laboratuvar Kodu: 5794 Wolman Lipa Geni Dizi Analizi Sinonim: LIPA geni mutasyonları, lizozomal asit lipaz defekti, lizozomal depo hastalığı Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 28 gün sonra Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 5ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Dizi analizi Referans Aralığı: Kullanımı: Lizozomal asit lipaz (LAL) kolesteril esterleri ve trigliseridlerin hidrolizinden sorumlu ana enzimdir. LIPA geni tarafından kodlanır. LAL defekti, Wolman hastalığı olarak da adlandırılır ve otozomal resesif kalıtılan bir lizozomal depo hastalığıdır. Hastalarda, parçalanamayan lipitlerin hepatositlerde ve makrofajlarda birikimine bağlı olarak hepatomegali ve sıklıkla splenomegali görülür. Hastalık klinik değişkenlik gösterir ve farklı yaşlarda bulgu vermeye başlayabilir. İnfantil dönemde başlayan formda; kusma, ishal ve gelişme geriliği ile başlayan klinik tablo hızla bozulan karaciğer fonksiyonlarına bağlı ağırlaşır ve olgular genellikle infant döneminde hasta kaybedilir. Çocukluk döneminde veya erişkin dönemde başlayan formlar Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 195 / 196 DÜZEN LABORATUVARLAR GRUBU – GENETİK TANI MERKEZİ TEST TANITIMLARI siroz ve prematüre ateroskleroza yol açar. Bu hastalarda dislipidemi değişmeyen bulgudur. Sıklıkla hepatomegali ve artmış transaminaz düzeyleri gözlenir. Laboratuvarımızda hastalıktan sorumlu olan enzimi kodlayan LIPA geninin kodlayan bölgeleri dizi analizi ile incelenmektedir. Laboratuvar Kodu: 4066 XIST Gen Delesyonu Sinonim: Varyant Turner, Derive X kromozomu Çalışma Zamanı: Her gün Sonuç Verme Zamanı: 4 hafta sonra Numune Türü: Heparinli tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Yeşil kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: FISH Referans Aralığı: Kullanımı: Kadınlarda bulunan iki X kromozomundan bir tanesi erken embriyo döneminde inaktif hale gelerek doz eşitlemesi yapılır. Hayati önem taşıyan bu sürecin çalışabilmesi için gerekli olan genlerden bir tanesi X kromozomlarının sayısının belirlenmesinde rol oynayan XIST genidir. X kromozomunun yapısal anomalilerinde bu genin kaybedilmesi inaktivasyon işlevini bozmaktadır. Varyant Turner sendromu ve/veya X kromozomundan köken olan bir marker kromozom veya derive kromozom varlığında XIST geni varlığının araştırılması klinik değerlendirmede önemli rol oynar. Bu nedenle sitogenetik inceleme ile varyant Turner veya derive X kromozomu saotanan olgularda XIST geni delesyonuna FISH yöntemi ile bakılması önerilir. Laboratuvar Kodu: 4666 Y Kromozom Mikrodelesyon analizi Sinonim: Mikrodelesyon analizi, Y mikrodelesyonu Çalışma Zamanı: Salı Sonuç Verme Zamanı: Cuma 18:00 Numune Türü: EDTA’lı tam kan Numune Miktarı: 3ml Numune Kabı: Mor kapaklı tüp Çalışma Yöntemi: Multipleks PCR Referans Aralığı: Kullanımı: Erkek infertilitesinin nedenlerinin başında sperm üretimi bozuklukları yer almaktadır. Azospermi (sperm üretiminin olmaması) olan erkeklerin %10-15’inde ve oligospermi (sperm üretiminin az olması) olan erkeklerin %5-10’unda the Y kromozomunun AZF bölgesinde kayıp saptanmaktadır. Erkeklerde, infertilitenin nedenini açıklamak üzere laboratuarımızda Y kromozomu üzerinde yer alan- AZFa, AZFb, AZFc and AZFd bölgelerinin kaybı saptanmaktadır. Laboratuvar Kodu: 790 Biyolojik Bilimler Araştırma Geliştirme ve Üretim A.Ş. Tunus Cad. No:95 Kavaklıdere 06680 Ankara tel: (312) 468-7010 || faks: (312) 427-8174 e–posta: [email protected] || url : www.duzen.com.tr Sayfa 196 / 196 ÖZEL DÜZEN GENETİK HASTALIKLAR TANI MERKEZİMİZ Cinnah Cd. Göreme Sk. 1/7 Kavaklıdere/Ankara Tel: (312) 468 70 10 / 4000 (4 hat pbx) [email protected] 1976’dan beri … İstanbul Ankara Merkez ve Şubelerimiz Tunus Caddesi No 95 T: (312) 468 70 10 Cemal Sahir Sokak No:14 Mecidiyeköy T: (212) 272 48 00 Atatürk Bulvarı No 237/39 T: (312) 468 95 41 Adana Mithatpaşa Caddesi No 8/35 T: (312) 433 29 24 Reşatbey Mh. Stadyum Cd. 39/C Seyhan T: (322) 454 49 01 – (322) 459 31 51 Düzen Sağlık Grubu Polikliniği Mersin Prof. Dr. Ahmet Taner Kışlalı Mh. 2858. İnönü Bulvarı No:160 Çamlıbel T: (324) 237 77 88 Sk. No: 3 Çayyolu / Ankara T: (312) 240 02 22
