PH–110 Anaerobik Fungus Orpınomyces sp.`ye Ait

Bulgular: 16S rRNA sekans verilerine göre en yakın Streptomyces tip türlerinden 30 nükleotit
farklılığı (% 97.94 nt benzerliği) ve yeni bir tür olmayı sağlayan düşük DNA:DNA hibridizasyon
değeri göstermektedir.
Sonuç ve Tartışma:Filogenetik pozisyonu belirlenen Kıbrıs izolatı K413 suşunun elde edilen
genotipik, fenotipik ve kemotaksonomik sonuçlarına göre diğer Streptomyces üyelerinden farklı
bir tür olduğu belirlenmiştir.
Anahtar Kelimeler: Streptomyces, 16S rRNA, Polifazik Taksonomi
Teşekkür: Yağ asit analizlerinde katkılarından dolayı Prof. Dr. Kıymet Güven’e teşekkür ederiz.
PH–110
Anaerobik Fungus Orpınomyces sp.’ye Ait Selülaz Geninin
Klonlanması, Karakterizasyonu ve Enzim Aktivitesinin Belirlenmesi
Ferit Can Yazdıça, Fadime Topçalb, Elif Köksalana,Tuğçe Turguta, M. Sait Ekincia
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Ziraat Fakültesi Zootekni Bölümü Kahramanmaraş,
b
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi, Biyomühendislik ve Bilimleri Anabilim Dalı,
Kahramanmaraş,
[email protected]
a
Amaç: Anaerobik ruminal fungus Orpinomyces sp.’nin farklı karbon kaynaklarındaki selülolitik
özelliği araştırılmış, kromozomal DNA’sından selülaz gen bölgesi çoğaltılarak E.coli bakterisine
aktarılmış ve enzim aktivitesinin incelenmesi hedeflenmiştir.
Gereçler ve Yöntemler: Orpinomyces sp. (GMLF19) suşu Zootekni Bölümü BİGEM Laboratuarı
Kültür koleksiyondan sağlanmıştır. Funguslar anaerobik şartlarda farklı karbon kaynaklarında
geliştirilmiş ve Karboksimetilselülaz (KMSaz), Likenaz ve Ksilanaz aktiviteleri DNS yöntemi
kullanılarak belirlenmiştir. Moleküler klonlama çalışmaları için, Orpinomyces sp. GMLF19’un
Cel (selülaz) gen bölgesi polCR-polCF primerleri kullanılarak çoğaltılmış ve dizi sekansı ile teyit
edilmiştir. PCR ile çoğaltılan cel (selülaz) gen bölgesi lacZ promotoru sonuna aktarılmış ve pCTC19
plazmiti oluşturulmuştur. Plazmit E.coli EC1000 suşuna CaCI2 metoduyla aktarılmıştır ve E.coli
C19 suşu oluşturulmuştur. Bu suşta selülaz enziminin optimum pH, sıcaklık ve termalstabilitesi
belirlenmiştir.
Bulgular: Over ekspres edilen Cel19A enziminin hücre içi aktivitesinin hücre dışı aktiviteden daha
fazla olduğu belirlenmiştir. Karboksimetilselüloz substrat olarak kullanıldığında en yüksek selülaz
enzim aktivitesi pH 6.0 ve 30 oC’da gözlenirken, likenan kullanıldığında ise pH 5.5 ve 40 oC’da
göstermiştir. Likenaz ve KMSaz için toplam enzim aktivitesi sırasıyla 1.16 ±0.04 ve 0.17±0.02
Unite/ml olarak hesaplanırken, spesifik aktivite 1.07±0.04 ve 0.16±0.01 Unite/mg protein olarak
hesaplanmıştır. Ayrıca likenaz aktivitesi 40 oC stabilitesini korurken, 50 oC’de 5 dk içerisinde
aktivitesinin tamamını kaybetmiştir.
Sonuç ve Tartışma: Cel19A gen bölgesinin selülaz aktivitesi önceki çalışmalarla benzerlik
gösterirken β-1,3-1-4 glukanaz aktivitesi yüksek bulunmuştur. Cel19A gen bölgesinin nükleotid
dizisinin analizi sonucunda bu genin 2 dokerin domain ve bir katalitik domain’e sahip, 1.585 bç
uzunluğunda olduğu belirlenmiştir ve kodladığı proteinin 50588,35 Da molekül büyüklüğünde,
21. Ulusal Biyoloji Kongresi, 03–07 Eylül 2012, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye
http://www.ubk2012.ege.edu.tr
1415
glikozil hidrolaz 6 ailesine ait bir protein olduğunu belirlenmiştir. Elde edilen gen bölgesinin
katalitik domaini ve CBM (selüloz bağlanma bölgesi) dizileri kullanılarak biyoteknolojik öneme
sahip modifiye enzimlerin üretilebileceği gösterilmiştir. Bu sonuçlar çalışmalara kaynak teşkil
etmesi açısından önem taşımaktadır.
Anahtar Kelimeler: Rumen Fungi Orpinomyces sp., selülaz, glikozil hidrolaz 6, celA gene
Teşekkür: Bu çalışma, “K.S.Ü BAP” desteğiyle gerçekleştirilmiştir.
PH–111
Tümör Nekroz Faktör Alfa -308G/A (TNF-α) ve
İnterlökin-6 -174G/C (IL-6) Gen Polimorfizmleri ile Kırım-Kongo
Kanamalı Ateşi Arasındaki İlişkinin Araştırılması
Meral Yılmaz a, Binnur Köksalb, İzzet Yelkovanc, Nazif Elaldıd.
Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma Merkezi, Sivas, [email protected]
b
Bartın Üniversitesi Fen Fakültesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Bartın
c
Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı, Sivas
d
Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı. Sivas
a
Amaç: 2003 yılından itibaren, yaz aylarında, ülkemiz gündemini meşgul eden ve önemli bir sağlık
sorunu olarak dikkat çeken Kırım-Kongo Kanamalı Ateşi’nin (KKKA) klinik seyri bazı hastalarda
hafif bazılarında ise ağır hatta ölümcül seyretmektedir. Viral yük, yetersiz antikor yanıt ve sitokin
taşkınlığının hastalığın klinik seyrinde ve patogenezinde etkin rol oynadığı düşünülmektedir.
Yapılan çalışmalarda önemli proinflamtuar sitokinlerden TNF-α ve IL-6 seviyelerinin ölen
hastalarda yaşayan hastalara oranla daha yüksek olduğu bulunmuştur. Sitokin genlerinin promoter
bölgelerinde meydana gelen mutasyon ve/veya polimorfizmlerin sitokin ekspresyonunda
değişikliklere neden olduğu bilinmektedir. Bizde bu bilgi ile yola çıkarak, TNF-α (-308G/A) ve
IL-6 (-174G/C) genlerinin promoter bölgelerinde yer alan polimorfizmlerin, hastalık prognozuna
etkisinin olup olmadığını araştırmayı amaçladık.
Gereçler ve Yöntem: Çalışmamızda 2007 ve 2010 yıllarında Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi
Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları kliniğine kabul edilmiş ve PCR yöntemi ile KKKA kesin tanısı
konmuş toplam 150 hasta ve sağlıklı gönüllü 170 kişilik kontrol grubu incelenmiştir. Genotipleme
DNA ekstraksiyon kiti ile elde edilen total genomik DNA örnekleri kullanılarak, Polimerase Chain
Reaction (PCR) ve Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) yöntemleri ile yapılmıştır.
Bulgular: Çalışma sonucunda; IL-6 (-174G/C) ve TNF-α (-308G/A) gen polimorfizmleri genotip
dağılımları açısından hasta ile kontrol grubu arasında anlamlı bir fark bulunmadığı tespit edilmiştir
(p>0.05). Fakat istatistiksel olarak anlamlı olmamasına rağmen, TNF-α (-308G/A) AA genotipine
sahip hastaların kontrol grubuna oranla, 3.4 kat daha fazla riske sahip oldukları tespit edilmiştir
(p=0.34). Ayrıca ölen hastalarda yaşayan hastalara oranla GA genotipinin 2.6 kat (p=0.09); GA+AA
genotipinin 2.2 kat (p=0.12) risk oluşturduğu bulunmuştur (bu oranlarda istatistiksel olarak anlamlı
değildir). Hasta grubunda Il-6 (-174G/C) polimorfizmi incelendiğinde ise, GC genotip dağılımının
ölen hastalarda (%63.2) yaşayanlara (%38.2) oranla daha yüksek olduğu (p=0.07, OR=2.7, %95
güvenlik aralığı (CI)=0.98-7.25); ayrıca CC genotipi taşıyan ağır olguların hafif olgulara oranla 2
1416
21. Ulusal Biyoloji Kongresi, 03–07 Eylül 2012, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye
http://www.ubk2012.ege.edu.tr