COOH pH=1 - Ankara Üniversitesi Açık Ders Malzemeleri

Amino Asitler ve Proteinler
Ankara Üniversitesi
Veteriner Fakültesi
Biyokimya Anabilim Dalı
Dr. Tevhide SEL
Zwitter iyon - Amfoter bileşik

Hem negatif hem de pozitif yük bulunan
iyonlara Alman bilimadamlarınca bu ad
verilmiştir (Zwitter iyon).
+
 H


N
–
CH
–
COO
3
2
pI =izoelektrik nokta pH
a. a , pI da zwitter iyon şeklindedir.
a.a. Asit ve baz özellikleri


a.a amfoter bileşiklerdir
Hem asit (proton verir) hem de baz (proton alır)
gibi davranırlar.



Düşük pH da, proton konsantrasyonu [H+]
yüksektir. Hem amino hem de korboksil grupları
protonlanır
(- NH3+, -COOH)
Yüksek pH da, proton konsantrasyonu düşüktür.
Hem amino hem de korboksil grupları proton verir.
(- NH2, -COO- )
Nötral pH da, amino grubu protonlanır ve karboksil
grubu ise proton verir.
(- NH +, -COO- )
Glisini farklı pH da gösterelim
H2N – CH2 - COOH
pH=1:
pH=7:
pH=12:
H2N – CH2 - COOH
pH=1:
pH=7:
pH=12:
+H N
3
– CH2 - COOH
H2N – CH2 - COOH
pH=1:
+H N
3
– CH2 - COOH
pH=7:
+H N
3
– CH2 – COO-
pH=12:
H2N – CH2 - COOH
pH=1:
+H N
3
– CH2 - COOH
pH=7:
+H N
3
– CH2 – COO-
pH=12:
H2N – CH2 – COO-
Peptit bağ
Peptit bağ

Kovalent bağdır

Proteinleri denatüre eden şartlarda kırılmaz, ancak
çok yüksek sıcaklıkta, uzun süre güçlü asit ve
bazlarla işlem yapıldığında ya da enzimlerle
kırılabilir
Peptit bağ


Genellikle trans şeklindedir
Polar ama yüksüzdür. Bağ yapısındaki –CO
ve –NH grupları yüksüzdür(proton alıpvermez) ancak polar olduğundan H bağı
oluşumuna katılır
(örn. -Helix, β-tabaka)
Peptit bağ

Parsiyel çift bağ özelliğindedir

Bağ etrafında rotasyon yapmaz,ancak ana
karbonla amino ve karboksil grubunun yaptığı
bağda rotasyon olabilir

Çok sayıda a.a bağlanmasıyla oluşan dallanmamış
zincire polipeptid denir
Peptit bağ


Polipeptid yazarken serbest amino uç
sola(N-terminal), karboksil uç sağa(Cterminal)yazılır
Peptid bağa katılan gruplar proton alıpvermez, polipeptidde yüklü gruplar Nterminal, C-terminal ve R-gruplarıdır.
Peptid bağ
Peptid (< 50 amino asid)
protein (> 50 amino asid)
Proteinlerin yapısı




Primer yapı…… aa dizisi
Sekonderyapı… -Helix
Tersiyer yapı…. polipeptid zincir
Kuaternar yapı.. birden fazla alt ünite
Primer yapı


Bir proteindeki lineer a.a dizisine denir
Proteinin üç boyutlu yapısını oluşturmak için
gerekli bilgiyi taşır
Sekonder yapı(-helix, - yapısı)
H bağları etkili-zayıf ama çok sayıda

Polipeptid zincirinin uzun ekseni boyunca oluşturduğu
yapıyla ilişkilidir.

Özellikle fibröz proteinlerde belirgindir.
-helix, Her karbonil oksijen diğer
sarmal dönüşteki N-H hidrojenle H
bağı yapar




N bağlı H ile 4 a.a sonraki karbonil grubunun O
arasında H bağı oluşur,
1-4, 2-5, 3-6 a.a NH2 ve CO grupları arasında H
bağı oluşur.
Her sarmalde 3,6 a.a yer alır.
R grupları sarmal yapının dışında kalır.


Örn. Saç ve derideki alfa-keratin, Hb büyük bölümü
Prolin, valin, izolösin ve aromatik a.a birbirleriyle
etkileşime girebildiklerinden heliks yapıyı bozarlar, bu
nedenle heliks yapıda daha az yer alırlar.
- tabakalı (paralel, antiparalel



Her karbonil oksijen komşu peptid N-H hidrojenle
H bağı yapar,
2-5 polipeptid zinciri birbirine komşu yerleşir
aralarında H bağı vardır.
aynı zincir üzerine katlanabilir
Antiparalel - yapısı
Komşu polipeptid zincirler ters yönde
uzanır
Paralel - yapısı
Komşu polipeptid zincirler aynı yönde uzanır
-kıvrım,alt alta dizilen
antiparalel B-tabakaları
birbirine bağlayan yapılardır
Genellikle 4 a.a oluşur
 Tekrarlamayan sekonder
yapılar, rastgele kıvrımlardır.

Tersiyer
yapı





Proteinin 3 boyutlu yapısıdır
Birbirinden oldukça uzakta olan bulunan a.a
arasında etkileşim kurulur.
-helix ve -tabaka yapıları içerir
A.a yan zincirleri proteinin nasıl katlanacağını
belirler
Biyolojik aktivite kazanır

Globuler proteinlerin yapısında yer alır.

Yapıda kovalent ve kovalent olmayan etkileşimler/
bağlar vardır.

H-bağı,NH, SH, OH ile COO-, C=O arasında kurulur,
nonkovalent

Elektrostatik (iyonik) etkileşim, negatif ve pozitif
yüklü gruplar arasında kurulur, nonkovalent

Van der Waals etkileşimleri, birbirine çok yakın
gruplar arasında olan çekim kuvvetleridir,
nonkovalenttir

Disülfid bağı, kovalenttir, -SH grupları arasında –SS- köprüleri kurulur
Kuarterner yapı

tersiyer yapıyı tamamlayan alt üniteler bir araya
gelir.

Birden fazla polipeptid zincirden oluşur

Oligomerik proteinler denir, her bir zincire alt
birim veya monomer

Alt birimler aynı yada farklı olabilirler

Alt birimler nonkovalent bağ ile bağlanır
Örn. Hb, bazı enzimler
