BİYOKİMYA LABORATUVAR FÖYÜ AMİNO ASİTLER Amino asit tan

advertisement
BİYOKİMYA LABORATUVAR FÖYÜ
AMİNO ASİTLER
Amino asit tanımı
Amino asitler, yapılarında hem amino grubu (−NH2) hem de karboksil grubu (−COOH) içeren
bileşiklerdir. Doğada 300 kadar farklı amino asit bulunmaktadır. Amino asitlerin standart
amino asitler diye bilinen 20 tanesi, karakteristik sayı ve diziliş sırasında bir düz zincirde
birbirlerine kovalent olarak bağlanarak proteinleri oluştururlar. Standart amino asitler, DNA
tarafından kodlanan ve proteinleri oluşturan birimlerdir.
Bir standart amino asit polipeptit zinciri yapısına girdikten sonra bir modifikasyona uğrarsa
Nonstandart amino asitler diye bilinen bazı amino asitler oluşabilir. Örneğin prolin, kollajen
içerisinde hidroksiproline okside olur. Birçok enzim aktivitesi, serin, treonin ve tirozin
birimlerinin fosforilasyonu ile düzenlenir. Glikoproteinlerde serin, treonin, asparajin amino
asitlerine, galaktoz, glukoz, mannoz, diğer şekerler veya oligosakkaritler bağlanmıştır.
Tiroglobülin yapısındaki tirozin, tiroit hormonlarına (T3 ve T4) dönüştürülür.
Proteinlerin yapısında bulunmayan fakat hücrede çok değişik biyolojik fonksiyonlara sahip
amino asitler de vardır.
Standart amino asitler
Standart amino asitler, aynı karbon atomuna bağlanmış bir amino grubu ve bir karboksil
grubu içerirler. Fizyolojik pH’da, amino grubu proton taşır ve pozitif yüklüdür; karboksil
grubundan ise proton ayrılmıştır ve negatif yüklüdür:
Standart amino asitlerde amino ve karboksil gruplarının bağlı olduğu karbon atomu α-karbon
atomu diye anılır. R grubu bir zincirde ek karbonlar içeriyorsa bu karbonlar β, γ, δ, ε gibi
harflerle belirtilirler.
Standart amino asitler, üç harfli kısaltmalar ve tek harfli sembollerle gösterilirler:
Amino
Kısaltma
Amino asit
Kısaltma
asit
Glisin
Gly
G
Treonin
Thr
T
Alanin
Ala
A
Sistein
Cys
C
Valin
Val
V
Metiyonin
Met
M
Lösin
Leu
L
Asparajin
Asn
N
İzolösin Ile
I
Glutamin
Gln
Q
Prolin
Pro
P
Aspartat
Asp
D
Fenilala Phe
F
Glutamat
Glu
E
Tyr
Y
Lizin
Lys
K
Triptofa Trp
W
Arjinin
Arg
R
S
Histidin
His
H
nin
Tirozin
n
Serin
Ser
Amino asitlerin sembolleri, proteinlerdeki amino asitlerin kompozisyonunu ve sırasını
göstermek için stenografi olarak kullanılır:
Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg
Standart amino asitlerin sınıflandırılmaları
Standart amino asitler birbirlerinden yan zincirlerindeki yani R gruplarındaki yapı,
büyüklük, elektrik yükü, amino asidin sudaki çözünürlüğüne etkisi bakımından farklıdırlar.
Bazı amino asitler, fizyolojik pH’da, amino grubundaki pozitif yüke ve karboksil grubundaki
negatif yüke ek olarak yan zincirde de bir yük taşımaktadırlar. Bazı yan gruplar polar iken
bazı yan gruplar nonpolardır. Amino asitlerin fonksiyonları ve protein yapısındaki rolleri, yan
zincirlerinin kimyasal özellikleri ile bağlantılıdır.
KALİTATİF AMİNO ASİT TAYİNLERİ
1- Amino asitlerin çözünürlüğü
Genelde amino asitler suda çözünürler fakat çözünme dereceleri farklıdır. Bazılarının
çözünebilmesi için ısıtılmaları gerekir. Genellikle düz ve uzun yan zincire sahip olan amino
asitler az, kısa yan zincire sahip olan amino asitler çok çözünürler. Ayrıca hidroksil ve
karboksil gibi polar gruplara sahip olan amino asitler de suda çözünürler. Prolin ve
hidroksiprolin hariç amino asitler alkol ve eterde ya çok az çözünürler ya da hiç çözünmezler.
Seyreltik asit ve alkalilerde eriyerek amino asit tuzlarını oluştururlar.
Materyal
Hidroklorik asit (0.1 N)
Sodyum hidroksit (0.1 N)
Etanol
Kloroform
Amino asitler ( glisin, lizin, tirozin, triptofan)
Yapılışı
-
Beş tüp içine su, seyreltik asit, seyreltik alkali, etanol ve kloroformdan 1 ml
koyunuz.
-
Deneyeceğiniz amino asitlerden kürdan ucuyla koyup iyice karıştırınız ve çözünüp
çözünmediğini gözleyiniz.
-
Elde ettiğiniz değerleri tablo halinde gösteriniz.
2- Ninhidrin reaksiyonu
Kuvvetli oksitleyici bir madde olan ninhidrin pH = 4-8 arasında bütün alfa
amino asitler ile mor renkli bileşikler verecek şekilde reaksiyona girer. Ninhidrin
primer aminlerle ve amonyakla da reaksiyona girer fakat CO2 çıkışı olmaz. İmino
asitler olan prolin ve hidroksiprolin, ninhidrin ile genel mor renk yerine sarı renk
verirler.
Ninhidrin reaksiyonu kromatogramlardaki amino asitlerin belirlenmesinde
ideal bir reaksiyondur. Bu yüzden biyokimya laboratuvarlarında oldukça sık kullanılır.
Materyal
Glisin, tirozin ve triptofanın %0.1 lik çözeltileri
Ninhidrinin %0.2 lik çözeltisi
Saf su
Yapılışı
-
Dört deney tüpü alıp her birine sırasıyla birer ml glisin, tirozin ve triptofan
çözeltileri ve su koyunuz.
-
Tüplere beşer damla ninhidrin çözeltisi ilave ediniz.
-
Tüpleri sıcak su banyosunda bekletiniz ve meydana gelen renk değişikliğini not
ediniz.
3- Biüret testi
İki veya daha fazla peptid bağı ihtiva eden bileşikler alkali bakır sülfat ile
menekşe veya mor renkli kompleksler oluştururlar. Rengin koyuluğu proteindeki
peptid bağlarının sayısına bağlıdır. Bu test, peptid bağlarını belirlediğinden amino
asitlerle reaksiyon vermez. Bu reaksiyon ayrıca azot veya karbon atomuna bağlı iki
karbonil grubu ihtiva eden bileşiklerle de pozitif sonuç verir.
Materyal
Glisin ve peptonun %0.5 lik çözeltileri
%40 lık sodyum hidroksit çözeltisi
%1 lik CuSO4 .5H2O çözeltisi
Yapılışı
-
İki ayrı tüpten birine 2 ml glisin, diğerine 2 ml pepton çözeltisi koyunuz.
-
Her iki tüpe de ikişer ml NaOH ilave edip karıştırınız.
-
Beşer damla bakır sülfat ekleyerek karıştırıp renk değişikliğini kontrol ediniz.
Download