Sıklıkla karşılaşılan amino asitler için kısaltma ve semboller

Sıklıkla karşılaşılan amino asitler için kısaltma ve semboller
Her amino asit ismi bir tane üç- harfli kısaltma ve bir tane de tek harfli sembol vardır.
Tek – harf kodları aşağıdaki kurallara göre saptanmıştır.
--- Tek ilk harf : Eğer sadece bir amino asit belli bir harfle başlıyorsa, bu harf onun
sembolü olarak kullanılır.
Örneğin,
Sistein (Cystein)
= Cys
Histidin (Histidine) = His
İzolösin (İsoleucine) = Ile
Metyonin (Methionine) = Met
Serin (Serine)
=
Ser
Valin (Valine)
=
Val
= C
= H
= I
= M
= S
= V
En sık kullanılan amino asitler önceliğe sahiptir
Eğer birden fazla amino asit aynı harfle başlıyorsa, bu harf bu amino asitlerden en sık
görülen sembolü olur.
Örneğin,
Alanin (Alanine)
Glisin ( Glycine)
Lösin (Leucine)
Prolin ( Proline)
Treonin (Treonine)
=
=
=
=
=
Ala
Gly
Leu
Pro
Thr
=
=
=
=
=
A
G
L
P
T
Benzer isimler
Bazı tek- harf sembolleri temsil ettikleri amino asidin ismiyle benzerlik gösterir
Örneğin
Arginin (Arginine)
= Arg
Asparagin (Asparagine)
= Asn
Aspartat (Aspartet)
= Asp
Glutamat (Glutamine)
= Glu
Glutamin (Glutamine)
= Gln
Fenilalanin (Phenylalanine) = Phe
Trozin (Tryrosine)
= Tyr
Triptofan (Tryptophan)
= Trp
= R (aRginin)
= N (N taşır)
= D (aspar Dik)
= E (glut Emate)
= Q (Q-tamin)
= F (Fenilalanin)
= Y (tYrosine)
= W (molekülde çift halka)
1
İlk harfe yakın harf
Geri kalan amino asitleri için, alfabede amino asidin ilk harfine yakın olan harf tek- harf
sembolü olarak verilmiştir. Bundan başka, B hem aspartik asit’i hem de asparagin’i
gösteren Asx için, Z hem glutamik asit’i hem de glutamini gösteren Gl x için ve X
belirlenmeyen bir amino asit için kullanılır.
Aspartat veya asparagin = Asx = B
Glutaamt veya glutamin = Glx = Z
Lizin (Lysine)
= Lsy = K (l’ye yakın)
Bilinmeyen amino asit
= X
Amino asitlerin özellikleri
Her amino asidin α-karbonu dört faklı kimyasal gruba bağlıdır ve bu yüzden şiral veya
optikçe aktif karbon olarak adlandırılır. Glisin bir istisnadır, çünkü α-karbonuna iki
hidrojen bağlıdır ve bu yüzden inaktiftir. Bu iki forma stereoizomerler, optik izomerler
veya enantiyomerlerdenir. Proteinlerin yapısındaki bütün amino asitlerLkonfigürasyonundadır.ancak, bazı antibiyotiklerde ve bakteri hücre duvarlarında D- amino
asitlere de rastlanır.
Amino asitlerin Asit/ Baz özellikleri
Sulu çözeltilerdeki amino asitler zayıf asidik α-karboksil ve zayıf bazik α- amino
gruplarına sahiptirler. Ayrıca, her asidik ve bazik amino asidin yan zincirinde iyonize
olabilen bir grup vardır. Bu yüzden hem serbest amino asitler hem de peptit bağında yer
alan bazı amino asitler potansiyel tamponlar olarak davranabilirler. Zayıf bir asitle (HA)
onu konjuge bazı(A-) arasındaki kantitatif ilişki Henderson-Hasselbalch denklemiyle
açıklanır.
Henderson- Hasselbalch denklemi
Bir protonun HA olarak gösterilen zayıf bir asitten ayrıldığını varsayalım:
‘ Tuz’ veya konjuge baz A- , zayıf bir asidin iyonize formudur. Asidin dissosiayon
sabiti olan Ka aşağıdaki gibi tanımlanır.
( Ka ne kadar büyükse, HA’nın çoğu H+ ve A-1 e çevrildiğinden asit o kadar
kuvvetlidir. Tam tersine Ka ne kadar küçükse, daha az asit dissosiye olmuştur ve bu
yüzden, asit daha zayıftır).
2
Yukarıdaki denklem [H+ için çözülüp, denklemin iki tarafının da logaritması alınıp, iki
tarafı da -1 ile çarpıp, pH = -log [ H+] ve pKa =-logKa olarak ifade adildiğinde
Henderson- Hasselbalch denklemi elde edilir.
Henderson- Hasselbalch denkleminin uygulanımı
Molekülde titre edilebilen ikinci bir grup olduğu için, karboksil grubunun dissosiyasyon
sabitine Ka yerine K1 denir. Henderson- Hasselbalch denklemi asedik asit için tarif
edildiği gibi alanin’in karboksil grubunun dissosiyasyonunu incelemek içinde
kullanılabilir.
Şekilde görüldüğü gibi alanin’in tamamen protonlaşmış hali ve II alanin’in izoelektrik
formudur. Bu denklem aşağıdaki gibi düzenlenebilir.
3