Amino asitler

Amino Asitler
Sıklıkla karşılaşılan amino asitler için kısaltma ve
semboller


Her amino asit ismi bir tane üç- harfli kısaltma
ve bir tane de tek harfli sembol vardır.
Tek – harf kodları aşağıdaki kurallara göre
saptanmıştır.
--- Tek ilk harf : Eğer sadece
bir amino asit belli bir
harfle başlıyorsa, bu harf onun sembolü olarak
kullanılır.





Sistein (Cystein)
Histidin (Histidine)
İzolösin (İsoleucine)
Metyonin (Methionine)
Serin (Serine)
Valin (Valine)
=
=
=
=
=
=
Cys
His
Ile
Met
Ser
Val
=
=
=
=
=
=
C
H
I
M
S
V
En sık kullanılan amino asitler önceliğe sahiptir.Eğer birden
fazla amino asit aynı harfle başlıyorsa, bu harf amino
asitlerden en sık görülen sembolü olur.





Alanin (Alanine)
Glisin ( Glycine)
Lösin (Leucine)
Prolin ( Proline)
Treonin (Treonine)
= Ala = A
= Gly = G
= Leu =
L
= Pro = P
= Thr
= T
Benzer isimler
Bazı tek- harf sembolleri temsil ettikleri amino
asidin ismiyle benzerlik gösterir








Arginin (Arginine)
= Arg = R (aRginin)
Asparagin (Asparagine)
= Asn = N (N taşır)
Aspartat (Aspartate)
= Asp = D (aspar Dik)
Glutamat (Glutamine)
= Glu = E (glut Emate)
Glutamin (Glutamine)
= Gln = Q (Q-tamin)
Fenilalanin (Phenylalanine) = Phe = F (Fenilalanin)
Trozin (Tryrosine)
= Tyr = Y (tYrosine)
Triptofan (Tryptophan)
= Trp
= W (molekülde çift
halka

İlk Harfe Yakın Harf
Geri kalan amino asitleri için, alfabede amino
asidin ilk harfine yakın olan harf tek- harf sembolü
olarak verilmiştir.
Bundan başka, B hem aspartik asit’i hem de
asparagin’i gösteren Asx için, Z hem glutamik asit’i
hem de glutamini gösteren Gl x için ve X
belirlenmeyen bir amino asit için kullanılır.




Aspartat veya asparagin = Asx = B
Glutamat veya glutamin = Glx = Z
Lizin (Lysine)
= Lsy = K (l’ye
yakın)
Bilinmeyen amino asit
= X
Amino Asitlerin Optik Özellikleri


Her amino asidin α-karbonu dört faklı kimyasal
gruba bağlıdır ve bu yüzden şiral veya optikçe aktif
karbon olarak adlandırılır. Glisin bir istisnadır, çünkü
α-karbonuna iki hidrojen bağlıdır ve bu yüzden
inaktiftir. Bu iki forma stereoizomerler, optik
izomerler veya enantiyomerlerdenir.
Proteinlerin yapısındaki bütün amino asitler
L-konfigürasyonundadır.ancak, bazı antibiyotiklerde
ve bakteri hücre duvarlarında D- amino asitlere de
rastlanır.
Amino Asitlerin Asit/ Baz Özellikleri

Sulu çözeltilerdeki amino asitler zayıf asidik αkarboksil ve zayıf bazik α- amino gruplarına
sahiptirler. Ayrıca, her asidik ve bazik amino asidin
yan zincirinde iyonize olabilen bir grup vardır. Bu
yüzden hem serbest amino asitler hem de peptit
bağında yer alan bazı amino asitler potansiyel
tamponlar olarak davranabilirler. Zayıf bir asitle (HA)
onu konjuge bazı(A-) arasındaki kantitatif ilişki
Henderson-Hasselbalch denklemiyle açıklanır.
Henderson- Hasselbalch denklemi

Bir protonun HA olarak gösterilen zayıf bir
asitten ayrıldığını varsayalım:
‘ Tuz’ veya konjuge baz A- , zayıf bir asidin
iyonize formudur. Asidin dissosiayon sabiti olan
Ka aşağıdaki gibi tanımlanır.

( Ka ne kadar büyükse, HA’nın çoğu H+ ve
A-1 e çevrildiğinden asit o kadar kuvvetlidir.
Tam tersine Ka ne kadar küçükse, daha az
asit dissosiye olmuştur ve bu yüzden, asit
daha zayıftır).

Yukarıdaki denklem [H+ için çözülüp,
denklemin iki tarafının da logaritması alınıp,
iki tarafı da -1 ile çarpıp, pH = -log [ H+] ve
pKa =-logKa olarak ifade edildiğinde
Henderson- Hasselbalch denklemi elde edilir.
Henderson- Hasselbalch denkleminin
uygulanımı

Molekülde titre edilebilen ikinci bir grup
olduğu için, karboksil grubunun
dissosiyasyon sabitine Ka yerine K1 denir.
Henderson- Hasselbalch denklemi asetik asit
için tarif edildiği gibi alanin’in karboksil
grubunun dissosiyasyon unu incelemek
içinde kullanılabilir.

Şekilde görüldüğü gibi alanin’in tamamen
protonlaşmış hali ve II alanin’in izoelektrik
formudur. Bu denklem aşağıdaki gibi
düzenlenebilir.