Klinik Mikrobiyolojiye Giris

Prof Dr Nuri KİRAZ
Klinik Mikrobiyolojinin alt dalları
Bakteriyoloji
Viroloji
Parazitoloji
Mikoloji
Tıbbi Mikrobiyoloji Neden önemli?
Dünyada pekçok enfeksiyon hastalığı hala büyük sorun
Yeni infeksiyon etkenleri tanımlandı
Yeniden önem kazananlar var
Fırsatçı infeksiyonlar arttı (immündüşkün)
Antimikrobiklere direnç hızla artıyor
Viral İnf.da etkin tedavi yok
Moleküler araştırmalarda Mik Org çok önemli
Her hekime gerekli ! !
MİKROBİYOLOJİ’NİN ALANLARI
 Tıp mikrobiyolojisi (tıbbi = medikal = klinik
mikrobiyoloji)
 Moleküler mikrobiyoloji
 Veteriner mikrobiyolojisi
 Toprak & tarım mikrobiyolojisi
 Endüstriyel mikrobiyoloji
 Besin mikrobiyolojisi
 Atmosfer & uzay mikrobiyolojisi
MİKROBİYOLOJİ’NİN DALLARI
 Tıp mikrobiyolojisi

(Tıbbi = Medikal = Klinik Mikrobiyoloji)
Genel mikrobiyoloji-genetik
İmmünoloji (bağışıklık bilim dalı)
Bakteriyoloji
Mikoloji (mantar bilim dalı)
Parazitoloji
Viroloji
 İnsan organizması (=konak) yaşam boyu,
mikroorganizmalar (MO) ile içiçedir
 MO’lara karşı konak, savunma (direnç)
mekanizmalarını kullanır.
 MO’lar; çeşitli hastalık oluşturma yolları ile,
konağın direnç mekanizmalarını aşmaya çalışır
Tüm etki ve ilişki sonucunda konak ya ;
 Sağlıklı kalacak ya da,
 Hastalık oluşacaktır
İnfeksiyon hastalığı oluşması, MO’ların hastalık
yapabilme yetenekleri ile, konağın
infeksiyon
etkenine direncinin (savunma) arasındaki denge ve
etkileşim sonucuna bağlıdır
Klinik Mikrobiyoloji;
- Mikroorganizmaların hastalık yapıcı özelliklerini,
- infeksiyon oluşturmalarını,
- etkenin tanımlanmasına yönelik laboratuvar işlemlerini,
- etkenlerin antimikrobik duyarlılıklarının belirlenmesi v.b.
konuları ele alır
Etkenle karşılaşmada;
A- Hastalık oluşmaz
B- İnfeksiyon hastalığı oluşur


Bağışıklık
Taşıyıcılık
C- Subklinik infeksiyon


Bağışıklık (var/yok)
Taşıyıcılık
D- Taşıyıcılık
Taşıyıcılık (= Portör): İnfekte bir kişinin bir etkeni
hastalık belirtileri göstermeksizin çevreye yaymasıdır
İnfeksiyon Hastalığı Etkenleri
 Prokaryotikler: Bakteri,Riketsiya, Klamidya, Mikoplazma
 Ökaryotikler: Mantar (Maya), protozoon
 Çok hücreliler: Mantar, helmint, artropod
 Aselüller yapı: Virus (20-300 nano metre)
Viroid (5 nm küçük, tek iplikli RNA)
Prion (5 nm küçük, protein)
 İnfeksiyon etkenleri konakta; İNFLAMATUVAR,
İMMÜNOLOJİK ve DEJENERATİF değişikliklere yol açarlar
Tanımlamalar
• Patojenite:
- Mikroorganizmanın konakta hastalık yapabilme yeteneği
• Patojen:
- konakta hastalık oluşturabilen mikroorganizma
(bakteri, virus, mantar, parazit)
- intrasellüler patojen X ekstrasellüler patojen
• Kesin patojen:
- Sağlıklı kişilerde hastalık oluşturabilen (Bacillus
anthracis→şarbon)
• Fırsatçı (opportunistik) patojen:
- konağa ait olumsuz koşulların varlığında patojenite gösterirler
• Virulans:
- Patojenitenin derecesidir (kantitatif )
• Virulans faktörleri
- bakteriyel enzimler
- ekzotoksinler
- endotoksinler
- kapsül
- adezinler (fimbria vb.)
- intrasellüler üreyebilme
Konak savunma mekanizmaları
• Doğal direnç (doğal bağışıklık)
- anatomik bariyerler (sağlam deri/mukoza)
- fizyolojik ve kimyasal faktörler
- fagositoz
- inflamasyon
(rubor=kızarıklık , tumor=şişlik, calor=sıcaklık artışı,
dolor=ağrı)
- normal vücut florası
• Kazanılmış direnç (bağışıklık)
- Aktif bağışıklık (enf.’nın geçirilmesi, aşılama)
- Pasif bağışıklık (bağışık serum aktarılması)
Hedef hücrelere tutunma
(aderens=adezyon)
 Adezyonda rol oynayan özelleşmiş yapılar
- pili (fimbria)
- kapsül
- glikokaliks (slime=biyofilm) tabakası
fimbria
flajel
Epidemiyolojik üçlü
• Enfeksiyon hastalığının ortaya çıkmasına yol açan
dinamik etkileşimin bileşenleri
Enfeksiyon
ajanı
Hastalık
Çevre
Konak
• Enfeksiyon
- Mikroorganizmanın konak organizmaya girmesi, burada
çoğalması ve konağın reaksiyonu
- Eksojen enfeksiyon: Çoğu enfeksiyon bulaşıcı (dışarıdan
alınır)
- Endojen enfeksiyon (flora kaynaklı)
• Enfeksiyon hastalığı
- Klinik belirtilerin ortaya çıktığı enfeksiyon
Enfeksiyon hastalığının evreleri
• Tipik akut enfeksiyon hastalığının evreleri
- İnkübasyon (kuluçka) dönemi:
Patojenin veya toksinin vücuda girdikten hastalık belirtilerinin
ortaya çıkmasına kadar geçen süre
- Prodrom dönemi:
Nonspesifik belirtilerin (ateş, halsizlik vb.) görüldüğü dönem
- Spesifik hastalık dönemi:
Hastalığın karakteristik belirti ve bulguları görülür
- İyileşme (nekahat) dönemi:
- Hastalık belirtileri hafifler ve hasta sağlıklı hale döner
• Asemptomatik (subklinik)
(sessiz=belirtisiz) enfeksiyon
• Latent enfeksiyon X reaktivasyon
• Kronik taşıyıcılık
• Akut X kronik enfeksiyon
• Nozokomiyal (hastane) X toplum kaynaklı
enfeksiyon
• Lokal X sistemik enfeksiyon
Patogenezin aşamaları
1. Eksojen kaynaktan konağa giriş (bulaşma)
- Bazı enfeksiyonlar endojen kaynaklıdır
- Giriş kapıları: Deri ve mukozalar
2. Konak savunma mekanizmalarından kaçış
3. Hedef hücrelere tutunma (aderens=adezyon)
4. Kolonizasyon (aderens bölgesinde çoğalma)
5. Hastalık oluşumu (invazyon, toxin, enzim vb. ile)
6. Konağın spesifik-nonspesifik yanıtı (3, 4, 5 aşamalarda)
7. Enfeksiyonun ilerlemesi veya iyileşme
 Mikrobiyolojinin Gelişimi:
Mikrobiyolojinin gelişimi: XIX. YY.
İnfeksiyon bilgisi : Çok Eski
 İbni Sina ( 980-1037 ) “ Hastalık yapan
kurtçuk”
Akşemseddin ( 980-1037 ) “ Hastalık tohumları”
艾利希，1910
Yeni oluşan / Yeniden önem
kazanan enfeksiyonlar:
Son 35 yılda yeryüzünde
saptanan ve isimlendirilen
yeni viürüsler
Son 35 yılda yeryüzünde
saptanan ve isimlendirilen
yeni viürüsler
1973
Rotavirus
1977
Ebola Virus
1995
1995
1997
1999
2001
2003
2003
2005
2008
2009
1977
Hanta Virus
1983
HIV
1988
Hepatitis E
1989
Hepatitis C
1990
Guanarito virus
1993
Sin Nombre Virus
1994
Sabia virus
1994
Hendra virus
Hepatit G
Herpesvirus-8
İnfluenza H5NI ( Kus Gribi
Nipah Virus
İnsan Metapnömovirus
Maymun Çiçeği
Sars
Bocavirus
Merkelcell polyomavirus
İnfluenza A H1N1(Domuz
Gribi)
Türkiyede son yıllarda yeni saptanan virüslerden dolayı
Eylül 2010 itibariyle yaklaşık hastalanan ve ölen sayıları
Saptandığı Yıl
Kesin tanı konulan Hastalığa
Ölen sayısı
yakalandığı
hasta sayısı
tahmin
edilen en az
kişi sayısı
Kırım Kongo
Kanamalı Ateşi
Kus Gribi
2002
2005
Hanta Virus 2008
Tatarcık ateşi 2008
Domuz gribi 2009
Batı Nil Ateşi
2010
5300
20 000
12
20
100
13000
35
100
100
10 000
270
4
5
200 000 650
100
7
Demografik değişim:
- Nüfus artışı
- Kentleşme
- Göçler
Globalleşme:
Seyahat, Göç, Ticaret..
İspanya:1980 ( Çok ilaca dirençli pnömokok kökenli )
1992 ABD, 1994 Güney Afrika
1997 Güney Kore…. Global klon
- Hayvan ithali ( Kaplumbağa, Kertenkele, diğer
sürüngenler )
- Gemi atık suları ___ KOLERA
- Sebze, Meyve___ Şigella, Enterotoksigenik E.coli
Doğal Afetler ( Deprem,Sel, İç savaşlar…)
- Su-gıda tedarikinin aksaması
- Geçici sağlıksız mesken alanları ( Kamplar)
1994 Ruanda iç savaşında Mülteci kampında ilk 1
ayda 50.000 kişi kolera, dizanteriden ölmüştür.
Toplumsal Değişmeler:
- Beslenme tarzları, ticari gıdalar, Fast-food zincirle
E.coli 0157/177 salgınları
- Hemorajik üremik sendrom
- Hemorajik kolit
- Cinsel davranış
- Kadınların iş hayatı- Çocuk bakım evleri (ishalli
hastalık, Solunum hastalığı, Otitis Media)
Teknoloji Değişikliği:
- Yeni gıda üretim teknikleri ( Kitlesel üretim,
kompleks işlemler )
- Tıbbi teknoloji- invaziv girişimler
- Biyolojik ürünler
- Soğutma/havalandırma sistemleri
- Hijyenik ürünler ( 1980’lerde yüksek absorban
pedler S. aureus ( TSST-1) )
Ekolojik Değişmeler :
- Arazi kullanımı
Kene kaynaklı enf. ( Lyme, Kırım-Kango )
- İklim değişiklikleri
Mikrobik değişmeler:
- Mutasyon-Rekombinasyonlar
- Antibiyotik direnci
Halk Sağlığı Tedbirlerinin İhmali:
- 1990’larda Rusya’da difteri salgını
- Kızamık vak’aları







Diğer Hastalıklarla İlişkiler :
Komplikasyonlar
İmmün sistemin etkilenmesi
Kanser
Mide ülseri, kanseri- Helicobacter pylori
Obezite- adenovirus ilişkisi
Juveril diyabet- Coxsackievirus, B4
Ateroskleroz, koroner arter hastalığı,Multipl skleroz,
romatoid artrit…!




Mikrobiyoloji Tanı:
Morfoloji- Kültür
Fizyoloji-Biyokimya
İmmünoloji
Moleküler Yöntemler
Ders Planı:
 Mikrobiyolojik Kavramlar
 Gelişim Süreci
 Mikrobiyolojinin bugünü ve geleceği
İnfeksiyon Hastalıkları; genellikle MO’ların
kolonizasyonu ile başlar
Her kolonizasyon infeksiyon hastalığı ile sonlanmaz
• MO’lar; konağı etkilemeden uzaklaşabilir,
• MO’lar; kolonize bölgede çoğalır. Üreme, metabolik
ürünler, doku zararı ve infeksiyon hastalığı gelişebilir
Hedef hücrelere tutunma
(aderens=adezyon)
 Adezyonda rol oynayan özelleşmiş yapılar
- pili (fimbria)
- kapsül
- glikokaliks (slime=biyofilm) tabakası
fimbria
flajel
Enfeksiyon hastalığının oluşumu
 Patojenin invazyonu (invaziv X noninvaziv patojen)
- kollajenaz
- hiyaluronidaz
- koagulaz
- IgA proteaz
 Patojenin toksin üretimi
- ekzotoksinler
- protein yapısında, çoğu enzim özelliğinde
- difteri, tetanoz, kolera tx, enterotoksinler vb.
- endotoksinler
 İmmunopatogenez
Enfeksiyon hastalığının evreleri
• Tipik akut enfeksiyon hastalığının evreleri
- İnkübasyon (kuluçka) dönemi:
Patojenin veya toksinin vücuda girdikten hastalık belirtilerinin
ortaya çıkmasına kadar geçen süre
- Prodrom dönemi:
Nonspesifik belirtilerin (ateş, halsizlik vb.) görüldüğü dönem
- Spesifik hastalık dönemi:
Hastalığın karakteristik belirti ve bulguları görülür
- İyileşme (nekahat) dönemi:
- Hastalık belirtileri hafifler ve hasta sağlıklı hale döner
Patojeniteyi belirleyenler
• Mikroorganizmanın virulans faktörleri
• maruz kalınan mikroorganizma sayısı
- enfeksiyon dozu
- enfeksiyon dozu 50 (ID50)
• Konağın immün durumu
- doğal immünite
- kazanılmış immünite
Mikrobiyoloji tarihindeki bazı önemli kilometre taşları
Mikroskobun keşfi (mikrobiyolojinin başlangıcı)
Leeuwenhoek (1676)
İlk sınıflandırma sistemi
Linne (1707-1779)
İlk aşının (çiçek aşısı) keşfi (immünolojinin başlangıcı)
Jenner (1796)
Fermentasyon ve pastörizasyonun gösterilmesi
Pasteur (1822-1895)
İlk katı besiyeri (saf kültür imkanı) (Modern
mikrobiyolojinin başlangıcı)
Koch (1881)
Gram boyama
Gram (1884)
Otoklavın kullanılması
1884
Birçok enfeksiyon hastalığı etkeni veya aşısının keşfi;
Koch (şarbon, tüberküloz),
Pasteur (şarbon ve kuduz aşısı)
1875-1910