Untitled - Ankara Üniversitesi Açık Erişim Sistemi

iii
İÇİNDEKİLER
Kabul ve Onay
ii
İçindekiler
iii
Önsöz
viii
Simgeler ve Kısaltmalar
ix
Şekiller Dizini
xi
Çizelgeler Dizini
xii
1.GİRİŞ
1
1.1. Kanser
1
1.2.Baş Boyun Kanserleri
2
1.2.1.Baş Boyun Bölgesi Kanserleri Çeşitleri
5
1.2.2. Baş-Boyun Bölgesi Kanser Nedenleri
10
1.2.2.1.Genetik Etkenler
11
1.2.2.2.Çevresel Etkenler
16
1.3. Sigara ve Sigara Dumanını Oluşturan Maddeler
24
1.3.1.Nikotin
24
1.3.2. Sigaradaki Diğer Kimyasallar
25
1.3.2.1.B(a)P
26
1.4. Sigaranın Fazları
27
1.4.1.Partikül Fazı
27
1.4.2.Gaz Fazı
28
1.5. Partikül Fazındaki Kimyasallar ve Etkileri
31
1.5.1. Sigara ve Karsinojen Kimyasallar
35
1.6. Gaz Fazındaki Kimyasallar ve Etkileri
37
1.6.1. Reaktif Oksijen Türevleri
38
1.6.2. ROT Kaynakları
39
1.6.2.1. Fenton Reaksiyonu
42
1.6.2.2. Haber Weiss Reaksiyonu
44
iv
1.6.2.3. Sigara ve Reaktif Oksijen Türevleri
45
1.6.3.ROT Etkileri
45
1.7.Baş Boyun Kanserlerinde Biyolojik Göstergeler
48
1.8. DNA Hasarı
52
1.8.1.DNA Hasar Onarımı
53
1.8.2.Nükleotit Çıkarım Onarımı ( NER)
54
1.9. Oksidatif Stres Hasarı
58
1.9.1.Antioksidan Savunma
60
1.9.2. Hücre İçi Antioksidan Savunma
62
1.10. Baş-Boyun Kanserine Yatkınlık
65
1.11. Genetik Varyasyon
67
1.12. XPD, SOD2, GPX1 Genleri
67
1.12.1. DNA Onarım Geni; XPD
67
1.12.2. Antioksidan Genleri; SOD2 ve GPX1
73
1.12.2.1. SOD2 Geni
73
1.12.2.2. GPX1 Geni
79
1.13. Genetik Varyasyon Saptama Metotları
84
1.13.1. PZR Tarihi
84
1.13.2. PZR Metodunun Prensibi
84
1.13.3. PZR için Esansiyel Bileşenler
85
1.13.3.1. Isıya Dayanıklı DNA Polimeraz
85
1.13.3.2.DNA Sentezi için Uygun Bir Çift Sentetik Oligonukleotit Primer
85
1.13.3.3.Deoksinukleotid Trifosfatlar (dNTPs)
85
1.13.3.4. İki Değerlikli Katyon
86
1.13.3.5. Tampon Çözeltiler
86
1.13.3.6. Bir Değerlikli Katyon
86
1.13.3.7. Hedef DNA
86
1.13.4. Sıcaklık Döngüsü
87
1.13.4.1. Denaturasyon
87
1.13.4.2. Primerlerin Yapışması
87
1.13.4.3. Uzama (Ekstensiyon)
87
1.13.5. PZR Kullanım Alanları
87
v
1.14. Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (RPUP)
88
1.14.1. RPUP Kullanım Alanları
89
1.15. Jel Elektroforez
89
1.15.1. Agaroz Jel Elektroforez
89
1.15.1.1. Agaroz Jelde DNA’nın Göçünü Etkileyen Faktörler
90
1.15.2. Poliakrilamid Jel Elektroforez (PAGE)
92
1.16. Amaç
93
2.GEREÇ VE YÖNTEM
94
2.1.Araştırma Kurgusu
94
2.1.1. Çalışma Grupları
94
2. 1. 2. Kan Numunelerinin Temini ve Saklanması
95
2. 1. 3. Çalışma Planı
95
2. 2. Analiz Yöntemleri
96
2. 2. 1. Tam kandan DNA izolasyonu
96
2.2.1.1. DNA İzolasyonu Sırasında Kullanılan Kimyasal Maddeler
96
2.2.1.2. İzolasyon Sırasında Kullanılan Aletler ve Malzemeler
97
2.2.1.3. Deneyin Yapılışı
97
2. 2. 2. DNA Miktar Tayini
98
2.2.2.1. DNA Miktar Tayininde Kullanılan Aletler ve Malzemeler
98
2.2.2.2. Deneyin Yapılışı
99
2. 2. 3. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR)
100
2.2.3.1. PZR’da Kullanılan Aletler ve Malzemeler
100
2.2.3.2. PZR’da Kullanılan Kimyasal Maddeler
100
2.2.3.3.Glutatyon Peroksidaz-1 (GPX1) Geni Pro198Leu Polimorfizminin
Amplifikasyonu
101
2.2.3.4.Kseroderma Pigmentosum Grup D (XPD) Geni Lys751Gln Polimorfizminin
Amplifikasyonu
102
2.2.3.5. Süperoksit Dismutaz 2 (SOD2) Geni Val16Ala Polimorfizminin
Amplifikasyonu
103
2. 2. 4. Agaroz Jel Elektroforez
104
2.2.4.1.Agaroz Jel Elektroforez için Kullanılan Aletler ve Malzemeler
105
2.2.4.2. Agaroz Jel Elektroforez için Kullanılan Kimyasal Maddeler
105
vi
2. 2. 4. 3. Jel Hazırlanışı
106
2. 2. 4. 4. Jel Elektroforeze Numunelerin Uygulanması
106
2.2.5. Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (RPUP)
107
2.2.5.1.Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi için Kullanılan
Aletler ve Malzemeler
107
2.2.5.2. Restriksiyon Parça Uzunluk polimorfizmi için Kullanılan
Kimyasal Maddeler
107
2.2.5.3. GPX1 Geni Pro198Leu Polimorfizminin ApaI Kesim
Enzimi ile Kesilmesi
108
2.2.5.4. XPD Geni Lys751Gln Polimorfizminin Pst I Kesim
Enzimi ile Kesilmesi
109
2.2.5.5. SOD 2 Geni Val16Ala Polimorfizminin BsaWI Kesim
Enzimi ile Kesilmesi
110
2.2.6. Poliakrilamid Jel Elektroforez(PAGE)
111
2.2.6.1. PAGE için Kullanılan Aletler ve Malzemeler
112
2.2.6.2. PAGE için Kullanılan Kimyasal Maddeler
112
2.2.6.3. Jel Hazırlanışı
113
2.2.6.3.1. %10 APS( Amonyum Persülfat) Hazırlanışı
113
2.2.6.3.2. %30’luk Akrilamid/ Bisakrilamid Karışımının Hazırlanması
113
2.2.6.4. Poliakrilamid Jellerin Kapalı Sistemde Dökülmesi
113
2.2.6.5.Poliakrilamid Jele Numunelerin Yüklenmesi
114
2.2.6.6.Poliakrilamid Jel Boyanması
115
2. 3. Kullanılan İstatistiksel Yöntem
116
3. BULGULAR
117
3. 1. Optimizasyon Bulguları
117
3. 1. 1. Polimeraz Zincir Reaksiyon Şartlarının Optimizasyonu
117
3.1.1.1.GPX1 Geni Pro 198Leu Polimorfizm Bölgesi için PZR Parametrelerinin
Optimizasyonu
118
3.1.1.2. XPD Geni Lys751Gln Polimorfizm Bölgesi için PZR Parametrelerinin
Optimizasyonu
121
3.1.1.3. SOD2 Geni Val 16Ala Polimorfizm Bölgesi için PZR Parametrelerinin
Optimizasyonu
123
vii
3. 2. Hasta ve Kontrol Grubunda GPX1 Pro198Leu Genotip Analiz Sonuçları 126
3. 3. Hasta ve Kontrol Grubunda XPD Lys751Gln Genotip Analiz Sonuçları
128
3. 4. Hasta ve kontrol grubunda SOD 2 Val16Ala Genotip Analiz Sonuçları
130
3.5. Hasta ve Kontrol Grubuna Ait Demografik Özellikler
133
3.6. GPX1, SOD2, XPD Genlerinin İncelenen Polimorfizm Bölgelerinin
Kontrol Grubunda Hardy Weinberg Dağılımları
135
3.7.GPX1, SOD2, XPD Genlerinin İncelenen Polimorfizm Bölgelerinin
Kanser ve Kontrol Grubu için Allel Frekanslarının Karşılaştırması
135
3.7. GPX1 Pro198Leu, SOD2 Val16Ala, XPD Lys751Gln Genlerinin İncelenen
Polimorfizm Bölgelerinin Yassı Hücreli Baş Boyun (YHBB)
Kanser Riski Üzerine Etkisi
136
4.TARTIŞMA
151
5. SONUÇ VE ÖNERİLER
170
ÖZET
172
SUMMARY
173
KAYNAKLAR
174
EKLER
200
Ek-1
200
Ek-2
201
ÖZGEÇMİŞ
204
viii
ÖNSÖZ
Bu çalışma XPD Lys751Gln, GPX1 Pro198Leu, SOD2 Val16Ala polimorfizmlerinin
baş boyun kanserlerinde etkilerinin incelenmesi için yapılmıştır. Kanser gelişiminde
risk faktörü olarak genetik faktörlerin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır.
Ankara Üniversitesi Bilimsel Projeleri Koordinasyon Birimi tarafından 08B3336002
proje numarası ile desteklenmiştir.
Bu araştırmada bana çalışma olanağı sağlayan, eğitimim boyunca ilgi ve desteğini
eksik etmeyen, önerileriyle beni yönlendiren danışman hocam, Sayın Prof. Dr. Sinan
H. SÜZEN’e, çalışabilmem için bana zaman yaratan aileme, eşime ve
görümcelerime, tez dönemim boyunca her zaman yanımda olan arkadaşlarıma
teşekkürlerimi sunarım.
Bu çalışmanın yapılması için gerekli numuneleri vermekten çekinmeyen tüm
gönüllülere ve numunelerin sağlanmasında gösterdikleri yardımdan dolayı Uzm. Dr.
Ela Cömert (Ankara Onkoloji Hastanesi Kulak Burun Boğaz), bu bölümde çalışan
değerli hemşireler (Elif Okdemir, Emine Gülbudak, Erdal Turan, Gülay Aykutlu,
Hatice Yüksel, Öznur Özden)’ e teşekkür eder, Doç. Dr. Mehmet Turanlı’yı (Ankara
Onkoloji Hastanesi Kulak Burun Boğaz Klinik Şefi) rahmetle anarım.
Tezimin laboratuvar çalışmalarını yapabilmem için araştırma laboratuvarının tüm
olanaklarını kullanmama izin verdikleri için Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi
Farmasötik Toksikoji Anabilim Dalı Başkanlığı’na teşekkür ederim.
Tez çalışmam süresince bana destek oldukları için TÜBİTAK BİDEP’e teşekkür
ederim.
viii
ix SİMGELER VE KISALTMALAR
α
alfa
β
beta
bç
Baz çifti (Base pairs)
B(a)P
Benzo (a) Piren
BPDE
Benzo Piren Diol Epoksit
dATP
Deoksi adenin trifosfat
dCTP
Deoksi sitozin trifosfat
dGTP
Deoksi guanin trifosfat
dTTP
Deoksi timin trifosfat
DE
Diol epoksitler
DNA
Deoksiribonükleik asit
EBV
Ebstein Barr Virüs
EDTA
Etilen Diamin Tetra Asetik Asit
GPX1
Glutatyon peroksidaz 1
GSH
İndirgenmiş glutatyon
HPV
Human Papilloma Virus
Kb
Kilo baz
NADPH
İndirgenmiş nikotinamid adenin dinükleotit fosfat
NER
Nükleotit çıkarım onarımı
NFK
Nazofarenks Kanseri
OR
Odds oranı
PAGE
Poliakrilamid Jel Elektroforez
PAH
Polisiklik Aromatik Hidrokarbon
PZR
Polimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase chain reaktion)
RPUP
Restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi
ROT
Reaktif oksijen türevleri
SOD2(MnSOD) Süperoksit dismutaz 2 –Mangan süperoksit dismutaz
TBE
Tris baz,Borik asit, EDTA
x TNP
Tek nükleotit polimorfizmi
UV
Ultraviole
XPD
Kseroderma pigmentosum grup D
YHBBK
Yassı Hücreli Baş Boyun Kanserleri
xi
ŞEKİLLER DİZİNİ
Şekil. 1.1 Türkiye’de kadın ve erkek kanser insidans değerleri (2000-2005)
4
Şekil 1.2. Ağızda kanser gelişimi riski olan bölgeler
6
Şekil 1.3. Farenks, larenks gibi kanser riski olan bölgelerin gösterimi
7
Şekil 1.4. Alkol metabolizması
19
Şekil 1.5. Benzo (a) Piren ve Etilen Oksit metabolizması
32
Şekil 1.6. Benzo (a) Piren metabolizması ve DNA katım ürünü
32
Şekil 1.7. BPDE’nin DNA’da guanine bağlanması
33
Şekil 1.8. BP dG yapısı
36
Şekil 1.9. Sigara dumanının hasar yolları
37
Şekil 1.10. DNA hasarı ve sonuçları
52
Şekil 1.11. NER yolağı basamaklarının şematik gösterimi
57
Şekil 1.12. Oksidatif stresin hücrede oluşturduğu olaylar
59
Şekil 1.13. Kanserde yatkınlığı etkileyen faktörler
66
Şekil 1.14. XPD geni şematik gösterimi
69
Şekil 1.15. SOD2 geninin şematik gösterimi
74
Şekil 1.16. SOD2 Val16Ala polimorfizimi ile yapısının değişiminin şematik gösterimi
75
Şekil 1.17. SOD2 sentezi, işlenmesi, taşınması, yerleşiminin teorik gösterimi
76
Şekil 1.18. GPX geninin polimorfik bölgeleri
81
+2
Şekil 3.1. GPX1’in Mg konsantrasyonu optimizasyonu
119
Şekil 3.2. XPD’nin Mg+2 konsantrasyonu optimizasyonu
121
Şekil 3.3. SOD2 geni primer konsantrasyonu optimizasyonu
124
Şekil 3.4. SOD2 geni hedef DNA konsantrasyonu optimizasyonu
125
Şekil 3.5. GPX1 Pro 198 Leu polimorfizminin Apa I ile kesimi
127
Şekil 3.6. GPX1 Pro 198 Leu polimorfizmi RFLP ürünlerinin agaroz jelde görüntülenmesi
127
Şekil 3.7. Kontrol ve hasta gruplarının GPX1 Pro198Leu polimorfizim dağılımları grafiği
128
Şekil 3.8. XPD geni Lys751Gln polimorfizm bölgesininin Pst I enzimi ile kesimi
129
Şekil 3.9. XPD geni RPUP ürünlerinin agaroz jelde görüntülenmesi
129
Şekil 3.10. Kontrol ve hasta gruplarının XPD Lys 751 Gln polimorfizim dağılımları grafiği
130
Şekil 3.11. SOD2 V16A polimorfizim bölgesinin Bsa WI kesim enzimi ile kesimi
131
Şekil 3.12. SOD2 RPUP ürünlerinin agaroz jelde görüntülenmesi
131
Şekil 3.13. SOD2 RPUP ürünlerinin poliakrilamid jelde görüntülenmesi
132
Şekil 3.14. Kontrol ve hasta gruplarının SOD 2 Val16Ala polimorfizim dağılımları grafiği
133
xii ÇİZELGELER DİZİNİ
Çizelge 1.1 Erkekler ve kadınlarda ilk 10 kanser türü
4
Çizelge 1.2 Tütün ürünlerinde bulunan karsinojen tipleri
26
Çizelge 1.3 Sigara dumanındaki karsinojenlerin IARC’a göre gruplandırılması
29
Çizelge 1.4 İnsanlarda sigara indüklü kanserlerde rolü olan spesifik tütün karsinojenleri
31
Çizelge 1.5 Reaktif Oksijen Partiküllerinin Kaynakları
40
Çizelge 1.6 DNA katım ürünlerini saptama yöntemleri
49
Çizelge 1.7 Plazma oksidatif stres ölçüm metotları
51
Çizelge 1.8 Nükleotit çıkarım onarımında yer alan başlıca proteinler
55
Çizelge 1.9 XP komplementer grubunda yer alan onarım genlerinin görevleri
58
Çizelge 1.10 Oksidatif DNA hasarları
58
Çizelge 1.11 SOD izozimlerinin özellikleri
63
Çizelge 1.12 GPX izozimlerinini bulundukları dokular ve özellikleri
64
Çizelge 1.13 GPX izozimlerinin görevleri
64
Çizelge 1.14 XPD Lys751Gln polimorfizminin coğrafik bölgelerdeki dağılımı
71
Çizelge 1.15 Farklı kanserler için XPD’nin risk allellerini gösteren çalışmalar
73
Çizelge.1.16 SOD2 Val 16 Ala polimorfizminin coğrafik bölgelerdeki dağılımı
77
Çizelge 1.17 Farklı kanserler için SOD2’in risk allellerini gösteren çalışmalar
79
Çizelge.1.18 GPX Pro 198 Leu polimorfizminin coğrafik bölgelerdeki dağılımı
82
Çizelge 1.19 Farklı kanserler için GPX1’in risk alellerini gösteren çalışmalar
83
Çizelge 2.1 GPX1 geni için uygulanmış PZR reaksiyon konsantrasyonları ve koşulları 101
Çizelge 2.2 XPD geni için uygulanmış PZR reaksiyon konsantrasyonları ve koşulları
102
Çizelge 2.3 SOD 2 geni için PZR reaksiyon konsantrasyonları ve koşulları
103
Çizelge 2.4 GPX1 geni için uygulanan RPUP reaksiyon konsantrasyonları ve koşulları 109
Çizelge 2.5 XPD geni için uygulanan RPUP reaksiyon konsantrasyonları ve koşulları
110
Çizelge 2.6 SOD2 geni için uygulanan RPUP reaksiyon konsantrasyonları ve koşulları 111
Çizelge 3.1 Hasta ve kontrollerin yaş ve cinsiyet özellikleri, sigara
ve alkol alışkanlıkları
133
Çizelge 3.2 Hasta grubunun larinks, oral, diğer olarak gruplandırılmış
numunelerin demografik tablosu
134
Çizelge 3.3 XPD, GPX1, SOD2 genlerinin incelenen polimorfizm
bölgelerinin Hardy Weinberg test sonuçları
135
xiii Çizelge 3.4 XPD, GPX1, SOD2 genlerinin incelenen polimorfizm
bölgelerinin allel frekanslarının karşılaştırılması
135
Çizelge 3.5 GPX1, SOD2, XPD genleri incelenen polimorfizm bölgelerinin
X2 test sonuçları
136
Çizelge 3.6 GPX1, XPD, SOD2 gen polimorfizmlerinin yaş,
cinsiyet ve sigara değişkenleri ile logistik regresyon analizi sonuçları
137
Çizelge 3.7 SOD2, GPX1, XPD genlerinin ikili ve üçlü birlikteliklerinin ve bu
birlikteliklerde yaş, cinsiyet, sigaranın etkilerinin kontrol grubu ile
karşılaştırılarak yapılmış logistik regresyon analizi sonuçları
2
138
Çizelge 3.8 Yaş, cinsiyet, sigara ve alkol alışkanlıkları için x test sonuçları
140
Çizelge 3.9 Erkekler grubu için yapılmış X2 test sonuçları
141
Çizelge 3.10 Erkekler grubunda XPD,GPX1,SOD2 genlerinin
incelenen polimorfizm bölgeleri ile yaş ve sigara değişkenlerinin
birlikte kanser riski üzerine etkisi kontrol grubu ile karşılaştırılarak
logistik regresyon analizi sonuçları
142
Çizelge 3.11 Erkekler alt grubunda SOD2, GPX1, XPD genlerinin
ikili ve üçlü birlikteliklerinin ve bu birlikteliklerde yaş ve sigaranın
etkilerinin logistik regresyon analizi sonuçları
Çizelge 3.12 Sigara alışkanlığı olanlar grubu için yapılmış X2 test sonuçları
143
145
Çizelge 3.13 Sigara alışkanlığı olanlar grubunda XPD,GPX1,SOD2 genlerinin
incelenen polimorfizm bölgeleri ile yaş ve cinsiyet değişkenlerinin
birlikte kanser riski üzerine etkisi
146
Çizelge 3.14 Sigara alışkanlığı olanlar alt grubunda üç gen bölgesi için ikili, üçlü
birlikteliklerinin ve bu birlikteliklerde yaş ve cinsiyet
etkilerinin logistik regresyon analizi sonuçları
147
Çizelge 3.15 60 yaşından büyükler grubu için yapılmış X2 test sonuçları
149
Çizelge 3.16 60 yaşından büyük kişiler grubunda XPD,GPX1,SOD2
genlerinin incelenen polimorfizm bölgeleri ile yaş ve
cinsiyet değişkenlerinin birlikte kanser riski üzerine etkisi
Çizelge 4.1 Türkiye’de SOD2 Ala/Ala frekansının bölgelere göre dağılımı
149
157
Çizelge 4.2 Val/Ala genotiplerinin Türkiye’de yapılmış çalışmalarda
elde edilen görülme oranları
158
Çizelge 4.3 Genlerin teker teker kanser riski için incelenmesinde
elde edilen anlamlı sonuçlar
162
xiv Çizelge 4.4 SOD2, GPX1, XPD genlerinin ikili birlikteliklerinin
ve bu birlikteliklerde yaş, cinsiyet ve sigaranın etkilerinin
logistik regresyon analizi sonuçları
165
Çizelge 4.5 SOD2, GPX1, XPD genlerinin üçlü birlikteliklerinin
ve bu birlikteliklerde yaş, cinsiyet ve sigaranın etkilerinin
logistik regresyon analizi sonuçları
166
1
1.GİRİŞ
1.1. Kanser
Hücreler yaşamın basit ünitesidir. Normal hücreler bölünür. Hücresel fonksiyonunu
yerine getirir ve bir süre sonra ölür. Bazen hücreler ölmez ve bölünmeye devam
ederek vücudun ihtiyacı olmayan hücreleri oluştururlar. Bu ekstra hücreler dokunun
kütlesini arttırır buna tümör denir.
Kanser; kütlece artan büyüme gösteren, normal olmayan dokunun dışarı pek çok
sinyal ve belirtiler vermesi ile tanımlanmaktadır. Genellikle bir başlangıç olayı
sonrasında normal hücrenin, kontrol edilemeyen büyüme ve anormal hücrelerin
yayılması ile karakterizedir (Kaynar ve ark., 2005). İnsanların ölümlerinin önemli
nedenlerinden biridir (Yang ve ark., 2002).
Karsinojenezisin 3 aşaması vardır.
 Başlama (İnitiation)

İlerleme (Promotion)

Gelişme ( Progresyon)
Kanserin genellikle bir hücrenin bazı çok önemli genlerinin mutasyonu ile başlamış
olması düşünülmektedir. Buna DNA replikasyon sırasındaki hatalar veya DNA’nın
serbest radikallerle reaksiyonu sonucu veya diğer ekzojen ve endojen kaynaklı
kimyasal bileşikler sebebiyle neden olduğu belirtilmektedir (Mena ve ark., 2009).
Normal bir hücrenin kanser hücresine dönüşmesi birçok basamak içermektedir. Arka
arkaya DNA’da meydana gelen mutasyonlar sonucu genetik materyalde değişiklikler
olmaktadır. Protoonkogenlerin ve tümör baskılayıcı genlerde olan değişikliklerin
bunda etkin olduğu düşünülmektedir. Bu genlerde meydana gelecek mutasyonlar
hücrenin büyümesini ve çoğalma programını etkilemektedir (Indulski ve Lutz, 2000).
2
Hasarlanmış nükleosidler yaşla birlikte mitokondriyal DNA veya nükleer DNA
üzerinde birikir. Mitokondriyal DNA mutasyonları tümorigenesis tümör büyüme ve
metastatik potensiyelde yer almaktadır (Mena ve ark., 2009).
DNA onarım mekanizmalarının yeterli olmadığı durumlarda mutasyonların ve
kromozomal aberasyonların frekanslarının artışı ile kanserler gelişebilir (De Boer,
2002)
Dünyadaki kanser çeşitlerinin % 85-90’ının kişisel yaşam tarzı veya çevreyle ilişkili
olduğu belirtilmiştir (Skuladottir ve ark., 2005).
Son 50-60 yılda kanser insidansının artışı iki faktöre bağlanmaktadır. Bunlar
populasyonun yaşlanması ve karsinojenik ajanlara genel çevrede maruz kalınmasıdır.
Genetik değişimler, savunma sisteminin baskılanması ve malignant değişim,
kanserin orijini olan olayların zincirlenmesidir (Mena ve ark., 2009).
1.2.Baş Boyun Kanserleri
Üst solunum yolu mukozası, vücuda alınan uçucu ve sıvı ksenobiyotiklerin ilk temas
ettiği organdır. Kimyasal maruziyet sonucu bu bölgede oluşan genotoksik etkiler baş
boyun kanserinin gelişimine neden olabilir (Harreus ve ark., 2004).
Baş boyun kanserlerinin büyük bir çoğunluğu üst solunum yolunda yassı hücreli
epitelde gelişir. Bu nedenle baş boyun kanserlerinden bahsederken yassı hücreli baş
boyun kanseri denmesi tercih edilmiştir (Szyfter ve ark., 1999).
Yassı hücreli baş boyun kanserleri (YHBBK) en sık görülen kanserlerdendir. Dünya
çapında her yıl 644 000 yeni baş boyun kanser vakası olduğu tahmin edilmektedir
(Forastiere, 2008). Her yıl yaklaşık 45 000 erkek ve kadına Amerika Birleşik
Devletlerinde baş boyun kanseri teşhisi konmaktadır (Jemalve ark., 2007; Yang ve
ark., 2009). Dünya çapında tüm kanser vakalarının %6’sını oluşturur. Ve kansere
3
bağlı ölüm nedenlerinde 6. sırada yer almaktadır (Schaaij-visser ve ark., 2010). Yassı
hücreli baş boyun kanserleri dünya çapında erkekler arasında en sık görülen beşinci
kanser türü, kadınlar arasında yedinci sıradadır (Rose ve ark., 2000). Bu kanserin
insidansı erkeklerde kadınlara göre 3 kat fazladır ve Afrika kökenli Amerikalılarda
beyaz ırka göre 1,5 kat daha fazla rastlanmaktadır (Baez, 2008). Hastalığın insidansı
gençler ve kadınlar arasında yaşam şeklinin değişmesine bağlı olarak artmaktadır.
YHBB kanserleri yaşamın çoğunlukla 60’lı ve 70’li yılları arasında artmaktadır
(Schaaij-visser ve ark., 2010).
Baş boyunun yassı hücre karsinomları heterojen tümör grupları içermektedir. Başboyun bölgesinde kendiliğinden gelişen kanserler dudak, ağız, ağız boşluğu, larinks,
farenkste, nazofarenks, özofagus ve diğer baş boyun bölgelerinde yerleşebilir. Beyin,
göz, tiroid, deri, kas ve baş boyunun kemiklerinde yer alan tümörler baş-boyun
kanserleri dışında kabul edilmektedir (Szyfter ve ark., 1999).
Ülkemizde mevcut kayıt sisteminin yeterli olmaması nedeniyle kanser insidansı
hakkında yeterli bilgiye sahip değiliz. Türkiye'de ilk nüfus tabanlı kanser kayıt
sistemi 1992'de İzmir kanser kayıt dairesi ile oluşturulmuştur. 1993-1994 yıllarına ait
insidans verileri 2001'de yayınlanmıştır. Erkeklerde yüzbinde 157,5, kadınlarda ise
yüzbinde 94, yaşa göre standardize kanser insidansı bildirilmiş; erkeklerde akciğer
(yüzbinde 61,6), mesane (yüzbinde 11,0), larinks (yüzbinde 10,6); kadınlarda ise
meme kanseri (yüzbinde 24,4), korpus uteri (yüzbinde 6,4), over (yüzbinde 5,9) ve
serviks (yüzbinde 5,4) en sık görülen kanserler olmuştur (Fidaner ve ark., 2001).
Kanser kayıtçılığında, bir ülkenin kanser verisinin yansıtılması için ülkeyi temsil
edecek toplam ülke nüfusunun %20'sinin kanser verisini toplamak yeterli kabul
edildiğinden ülkemizin %20 nüfusunu temsil eden Ankara, İzmir, Antalya, Samsun,
Trabzon, Erzurum, Eskişehir ve Edirne illerine ait (8 il) veri toplamları ülke geneli
olarak kullanılmaktadır. Sağlık Bakanlığı Kanserle Savaş Dairesi Başkanlığı’nın
2005 yılı kanser istatistikleri sonuçlarına göre kanser insidansı erkeklerde ve
kadınlarda artış eğilimindedir (Şekil 1.1) (Sağlık Bakanlığı Kanserle Savaş Dairesi
Başkanlığı, 2005 yılı kanser istatistikleri).
4
Şekil 1.1. Türkiye’de kadın ve erkek kanser insidans değerleri (2000-2005)
Kadınlarda ve erkeklerde en sık görülen 10 kanser türünün sıralaması çizelge 1.1 de
verilmiştir.
Çizelge 1.1 Erkekler ve kadınlarda ilk 10 kanser türü (2006)
Erkekler
Kadınlar
1
Akciğer, Bronş, Trakea
Meme
2
Prostat
Kolorektal
3
Mesane
Tiroid
4
Kolorektal
Uterus korpusu
5
Mide
Mide
6
Larinks
Akciğer, Bronş, Trakea
7
Non-Hodgkin Lenfoma
Over
8
Beyin, Sinir sistemi
Non-Hodgkin Lenfoma
9
Böbrek
Uterus serviksi
10
Pankreas
Beyin, Sinir sistemi
Elde edilen bu bulgulara göre, ülkemizde erkeklerde akciğer, mesane ve larinks gibi
sigara kullanımı ile ilişkili kanserler ilk sıralarda yer almaktadır. Kadınlarda ise
meme kanseri en sık görülen kanserdir. Kolorektal kanserler, hem erkeklerde hem de
kadınlarda üst sıralarda bulunmaktadır. Bu bulgular, ülkemizde en yaygın görülen
5
kanserlerin önlenebilir nitelikteki kanserler olduğunu ortaya koymaktadır (Eser ve
ark., 2006).
1.2.1.Baş Boyun Bölgesi Kanserleri Çeşitleri
Baş
boyun
bölgesi
kanserleri
yerleşim
yerlerine
göre
aşağıdaki
gibi
sınıflandırılabilir.

Ağız boşluğu kanseri

Burun boşluğu kanseri ve paranasal sinus kanseri

Farenks kanseri
 Nazofarenks kanseri
 Orofarenks kanseri

Larinks kanseri

Kulak kanseri

Tükürük bezi kanseri
a) Ağız boşluğu kanserleri
Ağız içinde dilde, sert damak (ağzın çatısı), diş etleri, dilaltı, ağız tabanı, dudaklar ve
yanakların iç yüzeyinde (bukkal mukoza) olan kanserlerdir.
Genetik faktörler, çevre faktörleri, dental travmalar, kötü ağız hijyeni ağız boşluğu
kanserleri etiyolojisinde önemli yer tutarlar. Epidemiyolojik veriler sigara ve alkol
kullanımının ağız kanseri riskini belirgin ölçüde arttırdığını göstermektedir (Wei ve
ark., 2000).
b) Burun kanseri
Burun deliği derisinde ve burun iç çeperinde kanser gelişebilmektedir.
6
Şekil 1. 2. Ağızda kanser gelişimi riski olan bölgeler
c) Paranasal sinus kanseri
Burunun arkasındaki kemikler arası boşluklar paranasal sinüslerdir. Bu kanser tipi
nadir olup kesin nedeni bilinmemektedir. Genellikle enfiye kullanan, odun tozuna
veya nikel tozuna maruz kalanlarda oluşmaktadır. Sigara içmenin kanser gelişme
riskini arttırdığı bulunmuştur.
d) Kulak kanseri
Kulak kanserleri pek sık değildir. Çoğu kulak derisinde gelişir. Kulak içinin derin
yapısında da gelişebilmektedir.
e) Farenks kanseri
Burunun arkasından başlar 5 inç uzunluğunda özofagus ve trakeye kadar uzanan
borudur. Üç parçadan oluşur.
7
I.
II.
III.
Nazofarenks: Farenksin üst kısmı, burunun arkasında kalan kısımdır.
Orofarenks: Orta kısmıdır.
Hipofarenks: Farenksin alt kısmıdır. Orofarenks ve servikal özofagus
arasında yer alır (Marur ve Forastiere, 2008).
Şekil 1. 3. Farenks, larinks gibi kanser riski olan bölgelerin gösterimi
I. Nazofarenks kanseri (NFK)
Nazofarenks, hava boşluğu ve yumuşak damağın yukarısındadır. Burunun, ağzın
arkası olan orofarenksle bağlantısını sağlar.
Nazofarenks kanseri, batıda nadirdir ama uzak doğuda çok sıktır. Belli etnik
gruplarda endemik dağılım gösterir ve dünyanın belirli bölgelerinde; Güney Çin’de,
Güneybatı Asya’da, Kuzey Afrika’da, Alaska Grönland-Arktik bölgede yüksek
sıklıkta görülmektedir (Altun ve ark., 1998).
Bu kanser çeşidi herhangi bir yaşta görülebilir, ama 50 ve 60 yaş arası kişilerde daha
sık rastlanır. Erkekleri kadınlardan daha fazla etkilemektedir. Kanserin kesin etkeni
bilinmemektedir. Dünyanın bazı bölgelerinde, Çin ve Kuzey Afrika gibi, beslenme
faktörleri (tuzlanmış balık ve et, bunlar nitrozoamin olarak bilinen kimyasalları
içerir) bu hastalığın insanda gelişme riskini arttırmaktadırlar. Nazofarenks
karsinomunun dünyada 0,5-2/100 000’lik insidansı mevcuttur. En sık görüldüğü
Güney Çin’de ise insidansı 50/100 000’e ulaşmaktadır (Tutkun ve ark., 2001).
8
Nazofarenks kanseri Güney-Doğu Asya ve Kuzey Afrika’daki gençlerde endemik
olarak özellikle insan karsinojeni olarak bilinen Epstein Barr Virüs (EBV)
infeksiyonu sonucu görülmektedir (Sasco ve ark., 2004).
Güney Çin’den göç etmiş Çinlilerde NFK sıklığı devam eder. İzleyen kuşaklarda
insidans düşer. Bu özellikler ırksal/genetik özellik ve yatkınlığın yanında çevresel
faktörlerinde rolü olduğunu düşündürmektedir (Altun ve ark., 1998).
II. Orofarenks kanseri
Orofarenks kanseri ağızın hemen arkasında olan boğazın parçasında gelişir. Damağın
yumuşak kısmını, dilin kökünü, bademciklerin olduğu boğaz duvarlarını ve boğazın
arka duvarını içermektedir.
Tersiyer sifiliz, Human papilloma virüs, beslenmeyle ilgili faktörler ağız ve
orofarenks kanserleri için yatkınlığı arttıran faktörler olarak kabul edilmektedirler
(Işık, 1998).
f) Tükürük bezi kanseri
En büyük tükürük bezi dilin altında yer alır (sublingual gland). Kulakların hemen
önünde, ağızın yanlarında (parotid gland), çene kemiği altında (submandibular gland)
bulunurlar. Ağız ve boğaz çeperlerinde bulunan küçük pek çok salgı bezi vardır.
Bunların özel adları yoktur ama genel olarak minör tükürük bezi denir.
Amerikan Kanser Birliği’ nin 1983 yılındaki raporuna göre tükürük bezi tümörlerinin
görülme sıklığı yüz binde 1-2 olarak belirtilmiştir. En sık parotis bezinde
görülmektedir (Yağız ve ark., 2002).
Tükürük bezi kanserleri, baş-boyun kanserlerinin %5-10’unu oluşturur ve genellikle
20-60 yaş arasında görülmektedirler. Tükürük bezi etiyolojisi tam bilinmemekle
9
beraber enfeksiyonlar, travmatik veya obstrüktif nedenler, A vitaminozu ve genetik
faktörler sorumlu tutulmaktadır. Bu tümörlerin %85’i parotis, %10’u submandibuler,
%1’i sublingual ve %4’ü minör tükürük bezlerinden kaynaklanmaktadır (Yalçın ve
ark., 2000).
g) Larinks kanseri
Ses kutusu olarak da isimlendirilir. Ses tellerini içerir. Boyunda farenksin hemen
altında yer alır. Amerikan kanser topluluğu larinksi solunum sisteminin parçası
olarak gruplar. Farenks ve ağız boşluğundan ayırır (Almadori ve ark., 2005).
Larinks üst solunum yolunda ağız boşluğundan sonra ikinci en sık görülen kanser
yerleşim yeridir (Öztürk ve ark., 2004). Baş boyun bölgesi kanseri vakalarının %49,
5’inde larinks kanseri saptanmıştır (Reid ve ark., 2000). Larinks malignitelerinin %
96’ sı yassı hücreli karsinom olup baş-boyun bölgesindeki bu cins tümörlerin %26’ sı
larinkste yerleşmiştir (Öktem ve ark., 2000). Bunun dışındaki (verriköz, bazosellüler,
fusiform hücreli karsinomlar, adenokarsinom, adenokistik karsinom ve mezanşimal
kaynaklı sarkomlar gibi) malignitelerin görülme insidansları oldukça azdır.
Larinks kanserleri tüm kanserlerin %2-5’ini kapsamaktadır. En sık 45-75 yaşları
arasında görülmektedir. 30 yaşın altında görülme sıklığı %1 olarak belirtilmiştir.
Larinks kanser görülme sıklığı erkek/ kadın oranları diğer baş-boyun kanserlerinden
daha yüksektir (Almadori ve ark., 2005).
Larinks kanserinin erkek/kadın gözlenme oranı 10:1 iken son zamanlarda sigara
kullanımının kadınlar arasında yaygınlaşması ile Avrupa ve ABD’deki kadınlarda
larinks kanseri insidansında artışa yol açmıştır. Oranların 5-6:1 şeklinde değiştiği
konusunda birçok çalışma bulunmaktadır.
Larinkste yassı hücreli kanser gelişiminde sigara çok önemli bir faktördür (Öktem ve
ark., 2000). Alkol ve tütünün birlikte kullanımının larinksin üst kısmında alt kısmına
10
göre daha fazla kanser riski oluşturduğu gözlenmiştir. Bu da içilenlerdeki uçucu
bileşenlerin solunum yolundaki sınırlı penetrasyonu ile açıklanmaktadır. Kanser riski
içilen sigaranın tütününün kalitesi ile ilişkilidir. Yüksek katran ve nikotin seviyesine
sahip sigara içenlerde, düşük katran ve nikotin seviyesi olan sigara içenlere oranla
larinks kanser riskinin arttığı kanıtlanmıştır (Szyfter ve ark., 1999).
1.2.2. Baş Boyun Bölgesi Kanser Nedenleri
GENETİK
ETKENLER
a)Onkogen aktivasyonu
III)Alkol
b)Tümör baskılayıcı
genlerdeki inaktivasyon
c)Ksenobiyotik metabolizma
genlerindeki polimorfizmler
d)DNA onarım genlerindeki
polimorfizmler
e)Antioksidan genlerdeki
polimorfizmler
f)Hücre döngüsünü kontrol
1.2.2.1.Genetik etkenler
eden genlerde değişimler
g) Hücre sinyalizasyonun
bozulması
h)Gen ekspresyonu
ı)Homeostazisin bozulması
ÇEVRESEL
TÜMÖR
ETKENLER
I) Virüsler
II) Diyet ve yaşam şekli
III) Alkol
IV) Pasif içicilik
V) Sigara
11
1.2.2.1. Genetik Etkenler
a) Onkogen aktivasyonu
Batıdaki baş-boyun kanserli hastaların %5’inden azında Ras mutasyonu saptanmıştır
(Nagal, 1999). Yassı hücreli ağız kanserlerinde Ha-Ras mutasyon oranı (%35)
Hindistan’da yüksek bulunmuştur. Epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR),
myc, erbB-2 genlerinin ve baş boyun kanserlerinde fazla eksprese edildikleri
gözlenmiştir. Baş-boyun kanserlerinde erbB-2 geninin fazla ekspresyonun görülme
oranı %0’dan %41’e kadar değişir. EGFR geninin fazla ekspresyonu larinks
tümörlerinin %61’inde saptanmıştır. Hücre sinyalizasyonunda görev alan siklin
D1’in fazla eksprese edilmesinin baş boyun kanserlerinde tümör oluşumu aktivitesi
üzerinde etkisi olduğu düşünülür (Nagal, 1999). Baş boyun kanserli hastaların %30%50’sinde buna rastlanılmıştır (Marur ve Forastiere, 2008).
İnsülin benzeri büyüme faktörü-2 reseptör geni-167 (IGF2R) kısa ardışık tekrar
şeklinde polimorfizm taşıyanlarda ağız kanseri gelişme riskinin 2,7 kez arttığı
gözlenmiştir (OR: 2,7; %95 1,16-6,48) (Zavras ve ark., 2003).
Onkojenik etkili ΔNp63-α geni p53 geni ile homologdur. Baş boyun kanserlerinde
fazla uyarılarak sentez edildiği gösterilmiştir (Ha ve ark., 2009).
Matriks metalloproteinazlar (MMPs) gen ailesinin hücre yapışmasında, çoğalmasında
ve göçlerinde etkin olduğu düşünülmektedir. Bu aileden MMP7 geninin uyarılarak
sentezlenmesinin erken baş boyun kanseri riski ile ilişkili olduğu belirtilmiştir (Ha ve
ark., 2009).
b) Tümör baskılayıcı genlerdeki inaktivasyon
Hücrede oluşan onarılamaz hataların sonucunda hücreyi apoptozise götürerek hasarlı
hücrenin çoğalmasını engelleyen p53 geni, tümör baskılayıcıdır. Bu gende meydana
12
gelecek mutasyon sonucu, aktivitesinde değişiklik meydana gelmesi kanser için risk
oluşturacağını düşündürür.
Sigara ve alkol içen baş boyun kanserli hastalarda p53 genindeki mutasyon daha sık
gözlenmiştir (Mao ve ark., 2004).
p16 geni de p53 gibi tümör oluşumunu engellemek ile görevlidir. p16 geni
değişimleri baş boyun kanserlerinde %7’den %67’ye varan oranlarda gözlenmiştir.
p53 genindeki değişimler %50 ile %100 arasında baş boyun kanserlilerde
değişmektedir (Nagal, 1999).
8-oxoguanin DNA glikozilaz 1 (OGG1) geni DNA onarım enziminin yapılmasından
sorumludur ve akciğer ve baş boyun kanserlerinde risk faktörü olduğu gösterilmiştir
(Ha ve ark., 2009).
c) Ksenobiyotik metabolizma genlerindeki polimorfizmler
Kimyasal maddelerin vücuttan uzaklaştırılmasında veya zararsız hale getirilmesinde
enzimler rol almaktadır. Maruz kalınan kimyasalın formül yapısına göre reaksiyona
giren enzimler çeşitlilik gösterir.
Çoğu tütün ve alkol kullanan kişide kanser gelişmez. Yaklaşık olarak %20
kullanıcıda baş boyun kanseri gözlenir. Bununla birlikte genç yaşlarında kanser olan
bayanlarda genel risk faktörlerine maruz kaldıklarına dair delil açık değildir. Tümör
gelişiminde gen-çevre etkileşmesinin rolü önem kazanmaktadır (Mao ve ark., 2004).
Baş boyun kanserlerinde belirgin kanserojen etkili olan PAH’ların metabolizmasında
yer
alan
enzim
uzaklaştırılmasındaki
genlerinin
polimorfizmleri,
bozukluklara
neden
zararlı
olduğundan
bileşiklerin
önemlidir.
vücuttan
Faz
I
metabolizmasında yer alan CYP1A1, CYP2D6 ve CYP2E1 c1/c1 enzimleri ve Faz II
13
enzimlerinden GSTM1, GSTT1, GSTP1, NAT enzimlerinin kanserle ilişkisi
araştırılmıştır.
Ksenobiyotiklerin farklı dokularda aktivasyon veya inaktivasyonlarında çoğu
ksenobiyotik metabolizma enziminin dokuya özgü ekspresyonu etkilidir. İnsan
larinks dokularında GSTM1 ekspresyonu belirgin ölçüde düşük bulunmuştur (KonıgGreger ve ark., 2004).
Sağlık Bakanlığı Dr.Abdurrahman Yurtaslan Ankara Onkoloji Eğitim ve Araştırma
Hastanesi Kulak Burun Boğaz bölümünden alınan numuneler üzerinde yaptığımız
çalışmada GSTM1 geni polimorfizminde GSTM1 eksik genotipli kişilerde baş boyun
kanser riski OR: 2,36; %95 CI:1,303-4,26 olarak artmış bulunmuştur (Süzen ve ark.,
2007).
d) DNA onarım genlerindeki polimorfizmler
Metabolizma ile oluşan endojen biyolojik metabolitler; reaktif oksijen çeşitleri ve
çevresel kaynaklı egzojen karsinojenler; güneş ışığındaki UV tarafından oluşan çoğu
DNA hasarı, DNA onarım enzimleri tarafından uzaklaştırılır veya tamir edilir. Bu
enzimlerin normal fonksiyonları genomun bütünlüğünde ve hücresel neoplastik
transformasyonunda önemlidir (Lee ve ark., 2001).
DNA hasarının zararlı sonuçlarından korunmak için insanlarda kompleks DNA
onarım sistemi gelişmiştir (Hu ve ark. 2004). 125’den fazla insan geninin DNA
onarımında yer aldığı düşünülmektedir (Ronene ve Glickman, 2001).
DNA onarımının önemi bu onarım işleminde meydana gelen arızalarla ortaya çıkan
genetik hastalıkların gösterilmesiyle anlaşılmıştır (Lehman, 2001).
Sigara dumanı DNA’da büyük hacimli katım ürünleri oluşturabilen, çapraz
bağlantılar, oksidatif veya baz DNA hasarı ve DNA iplik kırılması yapabilen
14
potansiyel kimyasal karsinojenler ve reaktif oksijen çeşitleri (Yin ve ark., 2005) ve
DNA’ya kovalent bağlanan veya oksidasyonla geri dönüşümsüz hasar veren
biyoaktivasyonla Benzo Piren Diol Epoksit (BPDE)’e dönüşen Benzo(a) Piren
(B(a)P) gibi polisiklik aromatik hidrokarbonları (PAH) içerir. Çalışmaların
gösterdiğine göre sigara dumanındaki bazı karsinojenlerin genetik hasarının
onarılmasında XPD yer almaktadır (Chen ve ark. 2002).
Chen ve arkadaşlarının (2002) yaptığı çalışmalara göre XPD kodon 751 Lys/Lys
akciğer kanseri riskini arttırmaktadır.
Akciğer kanseri için yapılmış başka bir çalışmada XPD geninin Asp312Asn
polimorfizmlerinden, Asn taşıyan kişilerdeki DNA katım ürünlerinin miktarı, Asp
taşıyan kişilerden daha yüksek seviyede olduğu rapor edilmiştir (Benhamou ve
Sarasin 2005).
Baz çıkarım yolağında görevli XRCC1 geni, insan kan mononükleer hücrelerinde
yapılan çalışmada homozigot 399 Gln taşıyanlarda daha fazla kardeş kromatid
değişim (SCE) frekansı gözlenmiştir. Bu sonuca göre bu hücreler mutajenlerin
etkisinden daha fazla etkilenmektedir (Duell ve ark., 2000). XRCC1 geni Arg194Trp
varyantı akciğer kanseri için koruyucu etkili bulunurken Arg280His varyantı 1,8 kez
risk arttırıcı olarak bulunmuştur (OR:1,8; %95 CI:1-3,4) (Ratnasinghe ve ark., 2001).
Bu yolakta yer alan diğer bir enzim olan APE I (Apurinik aprimidik endonukleaz I)
Asp148 Glu polimorfizmi idrar kesesi kanseri için incelenmiştir. Glu/Glu varyantının
riski düşürdüğü görülmüştür (Gangwar ve ark., 2009). MGMT (O6- metilguanin
DNA metil transferaz) enzimi Ile143Val polimorfizminin pankreatik kanserle ilişkisi
incelenmiş ve Val allellinden en az bir adet taşıyanlara göre Ile/Ile genotipinin ağır
sigara içenlerde koruyucu olduğu bulunmuştur (OR:0,48; %95 CI 0,26-0,9) (Jiao ve
ark., 2006).
Çift iplik kırılmaları onarım yolağında yer alan XRCC3 geni Thr241Met ve
Met241Met varyantları akciğer kanseri için anlamlı bulunmamıştır (Lopez-Cima ve
ark., 2007).
15
NER yolağında görevli XPA g23a, XPC A499V, XPC K938Q polimorfizmlerinin
endometrium kanseri riskini azalttıkları gösterilmiştir (Weiss ve ark., 2006).
e)Antioksidan genlerdeki polimorfizmler
Antioksidan enzimler, hücrede normal hücresel metabolizma veya oksidatif stres
sırasında oluşan oksijen türevlerinin toksik etkilerine karşı hücreyi korurlar (Jaruga
ve ark., 1994).
Manganez süperoksit dismutaz (SOD2, MnSOD), katalaz (CAT) ve glutatyon
peroksidaz (GPX) majör antioksidan enzimlerdir. Bunlar hücredeki reaktif oksijen
türevlerinin (ROT) detoksifikasyonundan sorumludur.
SOD ve GPX genlerindeki non sinonim polimorfizmlerin, bu enzimlerin oksidatif
bileşikleri hücrelerden uzaklaştırma etkilerini düşürdüğü belirtilmiştir (Cox ve ark.,
2006). Buna göre kanser riskinde artış olacağı beklenir.
Meme kanserli kadınlarda yapılan iki çalışmada GPX1 Pro198Leu polimorfizmi için
Leu varyantı taşıyanlarda aktivitenin düşük olduğu gösterilmiştir (Hu ve Diamond,
2003; Ravn-Haren ve ark., 2006). Homozigot varyant alleli taşıyanlar meme kanseri
için 1,9 kat (OR:1,9; %95 CI 1,0-3,6) yüksek riskli bulunmuştur (Vogel ve ark.,
2004).
GPX1’de 198. pozisyonda pro-leu değişiminin sigara içen kişilerde, akciğer kanseri
ile ilişkili olduğunu belirten deliler vardır (Knight ve ark., 2004). GPX1 Pro198Leu
polimorfizmini heterozigot ve homozigot varyant taşıyanlarda akciğer kanseri için
sırasıyla OR:1,8 ; %95 CI 1,2-2,8 ve OR: 2,3; %95 CI 1,3-3,8) yüksek riskli
bulunmuştur (Vogel ve ark., 2004).
SOD2 16. pozisyonda Ala/Ala homozigot varyant taşıyanların; meme kanseri için
homozigot yabanıl tip Val/Val taşıyan kadınlara göre 1,5 kat (%95 CI 1,1-2)
16
(Mitrunen ve ark., 2001) karaciğer hücresi karsinomlarında ise 2,89 (%95 CI 1,475,68) kat fazla riskli olduğu gösterilmiştir (Ezzikouri ve ark., 2008).
CAT geni C262T polimorfizmi, kronik olarak inorganik arseniğe maruz kalan
kişilerdeki deri kanseri riski için araştırılmıştır. TT varyantı taşıyanlar 4,6 kat fazla
(%95 CI 1,4-15,6) riskli bulunmuştur (Ahsan ve ark., 2003).
Hücrede redoks katalitik fonksiyonu ile antioksidan savunmada yer alan tiyoredoksin
reduktaz (TXNRD1) geni IVS1- 181 C/G polimorfizmi, kolorektal adenom riski için
incelendiğinde GG +GC varyant alleli taşıyanlarda CC homozigot yabanıl tip
taşıyanlara göre %80 riskin düştüğü gözlenmiştir (OR: 0,20; %95 CI 0,07-0,55)
(p:0,004) (Peters ve ark., 2008). GPX1 Pro198Leu ve Tiyoredoksin redüktaz 2
(TXNRD2) 370 Lys-Arg bir arada mide kanseri için incelendiğinde GPX1 198
Pro/Pro ve TXNRD2 370 Arg/Arg taşıyanların koruyucu genotip olarak %62 kanser
riskini düşürdüğü gözlenmiştir (OR: 0,38; % 95 CI 0,26-0,55; p< 0.001) (Wang ve
ark., 2008).
1.2.2.2.Çevresel etkenler
Epidemiyolojik çalışmaların gösterdiğine göre kanserlerin %90’ı çevresel faktörlere
bağlıdır. Çeşitli karsinojenlerin etkileriyle indüklediği, virüsler, kalıtsal direnç veya
yatkınlık nedeni çoklu moleküler olayların sonucudur. (Scully ve ark., 2000; Singh
ve ark., 2008).
Birçok kimyasal bileşiğin kendisi veya metaboliti DNA’yı etkileyebilir ve eğer
maruziyet devam ediyorsa kanser oluşumuna neden olabilir.
Hastalıklara neden olan çevresel etkenlere örnekler (Nebert ve Roe, 2001):

Sigara içilmesine bağlı bronkojenik karsinoma, kronik bronşit, anfizem

Alkol içilmesine bağlı karaciğer fibrozisi, siroz
17

Radon maruziyetine bağlı akciğer kanseri

Fazla güneş ışığına maruz kalmış, güneş yanığı olmuş kişilerde malign
melanoma, diğer deri kanserleri

Uranyum maden işçilerinde akciğer kanseri

Benzene maruz kalınmasıyla kronik miyelojenik (kemik iliği kaynaklı)
lösemi riski, kimyasal boya işçilerinde üriner idrar kesesi kanser riski artar.

Açık ve kapalı hava kirliliğine maruz kalan çocuklar ve yetişkinlerde astım,
akciğer kanser riski artar.

Toksik atık boşaltılan yere yakın yaşayanlarda toksisite veya kanser görülür.
I) Virüsler
Human papilloma virüsü (HPV) çift iplikli DNA dairesel virüstür. HPV özellikle
orofarenks tümörlerinde yer alır (Mao ve ark., 2004). HPV pozitiflik ağız boşluğu
(%59), farenks (%43) ve larinks (%33) tümörlerinde yüksek oranda gözlenir (Nagal,
1999).
HPV pozitif olan baş boyun kanserlilerde HPV tip 16 ve tip 18 en çok
rastlanılanlardır. HPV tip 16 ve tip 18 yüksek riskli virüslerdir. Bunlar E6 ve E7
genleri ile onkoproteinler üreterek p53 ve pRb proteinlerini sırasıyla inaktive ederler
(Schaaij-visser ve ark., 2010). Baş boyun kanseri hastalarının %20’sinde HPV16
virüsüne rastlanmıştır. Genç orofarenks hastalarında HPV16 bağlantılı bulunmuştur
(Rigström ve ark., 2002).
Moleküler ve epidemiyolojik çalışmalarda tüm yassı hücreli baş boyun kanserlerinin
yaklaşık % 25’i HPV ile ilişkili bulunmuştur (Marur ve Forastiere, 2008).
Nazofarenks yerleşim gösteren tümörlerin Ebstein-Barr Virüsü (EBV)
etkileşim
gösterdiği
bulunmuştur.
Tümörlü
dokuda
virüsün
ile güçlü
parçalarına
rastlanmamasına rağmen virüs DNA’sının yüksek oranda varlığı %90’dan fazla
tümörde gösterilmiştir (Rose ve ark., 2000).
18
II) Diyet ve yaşam şekli
Fazla yağ alımının ağız/farenks kanseri riskini 2,7 (OR: 2,7; %95 CI 1,4- 5,1) kez
arttırdığı belirtilmektedir (Fioretti ve ark., 1999).
Ağız ve farenks kanserleri için yapılmış çalışmalarda Plummer-Vinson sendromunun
vitamin A eksikliği ile veya demir eksikliği ile birlikte olmaları bu kanserlerlerle
ilişkili bulunmuştur (Marur ve Forastiere, 2008).
Gastroözofagal reflü, larinks kanseri ile bağlantılı olabilir. Gastroözofagal reflü tanısı
konulmuş larinks kanseri olan hastalar ile reflü olan kontrol grubu karşılaştırıldığında
larinks kanser riskinde belirgin artış olduğu saptanmıştır (OR: 2, 40; %95 2,15-2,69)
(Sturgis ve ark., 2002).
Krom, nikel, radyum hardal gazlarına mesleksel maruziyet, deri tabaklama ve ağaç
işlerinde çalışanlarda, sinüs ve burun boşluğu kanserlerinin görülme olasılıkları
fazladır (Marur ve Forastiere, 2008).
Boya, tekstil fabrikalarında, çimento, asbestos, benzin ile ilgili işlerde çalışanlarda
YHBB kanseri riski artmaktadır (Baez, 2008). Asbestos maruziyetinin larinks kanseri
için relatif riski 1,9 bulunurken çimento tozuna maruz kalan işçilerde farenks kanseri
gözlenme oranının fazla olduğu gözlenmiştir. Hipofarenks kanseri riskinin çelik tozu,
demir bileşikleri ya da dumanı ile ilişkili olduğu gösterilmiştir (Baez, 2008).
III) Alkol
Alkol mutajenik bir molekül değildir. Ama karsinojenezisi potensiyelize eden
karsinojen etkilidir. Alkol, tütünden sonra ağız ve baş boyun kanseri için ikinci risk
faktörüdür (Mena ve ark., 2009). Ağız kanserli kişilerin %20’sinde ağır alkol
maruziyeti gösterilmiştir (Marichalar-Mendia ve ark., 2010).
19
Bagnardi ve arkadaşlarının yaptığı çalışmada günlük 50 g alkol tüketiminin belirgin
oranda YHBB kanseri riskini arttırdığı gösterilmiştir (Baez, 2008).
Şekil 1.4. Alkol metabolizması
Alkolün kanserle ilişkisini açıklamak için düşünülen hipotezler aşağıda sıralanmıştır.
 Kişilerin alkolü asetaldehite ve asetata metabolize etme yetenekleri alkol
dehidrogenaz (ADH), mitokondriyal aldehit dehidrogenaz (ALDH), CYP2E1
genlerine bağlıdır (Marichalar-Mendia ve ark., 2010). Bu enzimlerin allelik
varyantları ile enzimin aktivitesinin eksikliği asetaldehit seviyesinin artışına
ve kanser oluşumuna neden olabilir (Baez, 2008).
 Oksidatif stres, alkol ve kanser ilişkisini tanımlamak için açıklanan bir
hipoteze göre etanolün asetaldehite oksidasyonunda alkol dehidrogenaz ile
NAD—NADH’a redüksiyonu olur. NADH, ksantin dehidrogenaz aktivitesini
inhibe eder. Purin oksidasyonu uyarılır, mikrozomal oksidasyon ve ROT
oluşumuna neden olur (Mena ve ark., 2009).
20
 CYP2E1 metabolizması ile ROT miktarının artışı sonucu lipitlerin
peroksidasyonu indüklenir ve hücre membranının yapısı bozulur. Nitrozamin
gibi prokarsinojen ksenobiyotik maddeler aktive olabilir.
 Diğer bir görüşe göre, alkol diğer karsinojenlerin çözünürlüğünü arttırır
(Marichalar-Mendia ve ark., 2010).
 Başka bir hipoteze göre; alkolün metaboliti, asetaldehit, reaktif ve toksiktir.
Yüksek oranda toksik serbest radikalleri oluşturur. Proteinlere, DNA’ya
katım ürünü oluşturabilir. DNA’nın sentez ve onarımını etkileyerek genetik
mutasyona neden olur. Onkogen, tümör supresör genlerin replikasyonunda
hataya neden olarak hücre fonksiyonlarının değişmesi ile kardeş kromatitler
arasında değişime neden olduğu için kanser mekanizmasında rolü olduğu
düşünülmektedir (Marichalar-Mendia ve ark 2010).
Sigara ile birlikte kullanımı ağız kanseri riskini, sigara ve alkolün ikisini de
kullanmayanlara göre, sigara veya alkol kullanan kişilerde 3-9 kat, her ikisini birlikte
tüketenlerde kanser riskini 100 kat arttırdığı gözlenmiştir (Mao ve ark., 2004).
IV) Pasif içicilik
Pasif olarak solunan sigara dumanı, içerken alınan kimyasal maddelerin
kompozisyonundan farklıdır. Ama sigara dumanında bulunan nikotin ve diğer
toksinler gibi karsinojenleri içerir. Bazı iyi tanımlanmış karsinojenler sigara içen
kişinin maruz kaldığından çok, pasif içicinin maruz kaldığı dumanda daha yüksek
konsantrasyonda bulunur.
Pasif solunan sigara dumanı, hem sigara içen kişinin içine çekip dışarı verdiği ana
dumanı hemde içilen sigaradan alınan her nefes sonrasında sigaranın yanan ucundan
çıkan yan dumanı içerir. Sigara dumanı karsinojenlerinin biyogöstergeleri; üriner
21
bileşikler, protein katımları, DNA katımları pasif içiciler tarafından metabolize edilir.
Bunlar kanser riskini arttırmada potensiyel etkilidir (Lee ve ark., 2008).
Sigara dumanında 60’dan fazla karsinojen, yanmamış tütünde ise en az 16 karsinojen
saptanmıştır. Pasif içicilerin maruz kaldığı dumandada bu karsinojenlerin çoğu
bulunur. Genel olarak kuvvetli karsinojen olarak;

Polisiklik aromatik hidrokarbonlar (PAH) ,

Nitrozaminler

Aromatik aminler sigara başına 1-200 ng miktarlarında bulunur.
Pasif içicilerin maruz kaldığı sigara dumanı her nefeste 1017 den fazla reaktif organik
bileşik içerir. Karbon monoksit (CO), nikotin, amonyak, formaldehit, asetaldehit,
krotonaldehit, akrolein, N-nitrozamin, benzo(a)piren, benzen, izopiren, ethan, pentan
ve diğer genotoksik ve karsinojenik organik bileşikleri içermektedir (Aruoma ve ark.,
2005).
Uluslararası
Baş
Boyun
Kanseri
Epidemiyoloji
Konsorsiyumu’nun
(http://inhance.ıarc.fr) elindeki toplanmış veriler hiç sigara içmeyen kişilerde pasif
dumanın etkilerinin incelenmesine olanak sağlamıştır. Pasif sigara dumanına uzun
süre maruziyet evde veya işte olmak üzere artmış risk bulunmuştur. Evde 15 yıldan
fazla maruziyet için OR:1,6; %95 CI 1,2-2,28; p<0.01) ve iş yerinde 15 yıldan fazla
maruziyet için OR: 1,55; %95 CI 1,04-2,30; p=0,13) bulunmuştur. Evde uzun süre
maruziyet ile farenks ve larinks kanserlerinin görülme sayısı diğer alt türlere göre
daha fazladır. Bu sonuçların gösterdiğine göre sigara içmeyen kişileri pasif sigara
dumanı maruziyetinden korumak baş boyun kanseri riskini düşürebilir (Lee ve ark.,
2008).
22
V) Sigara
1,2 milyar insan dünya çapında sigara içmektedir. Açıkça kanıtlanmıştır ki sigara
önlenebilir ölüm nedenidir. Sigaranın insanlarda ve hayvanlardaki metabolik,
merkezi sinir sistemine, kardiovasküler, endokrin, nöromüsküler sistemlerine etkileri
gösterilmiştir (Sudheer ve ark., 2007).
Amerika Birleşik Devletleri hastalık kontrol merkezi (CDC)’nin raporuna göre 46
milyon Amerikalı sigara tüketmektedir (Fan, 2001). Son 10 yılda Amerika ve bazı
Avrupa ülkelerinde sigara kullanımı yarıya düşmüştür. Ancak her yıl 30 milyon genç
yetişkin sigara içmeye başlamaktadır (Sasco ve ark., 2004).
1985 yılında, üst solunum yolunda tanımlanan kanserlerin, ağız boşluğu, orofarenks,
hipofarenks, larinks ve özofagus, tütün içimi ile bağlantılı olduğu gösterilmiştir
(Sasco ve ark., 2004). Yeni çalışmalara göre burun boşluklarında,
paranasal
sinüslerde, nazofarenkste gözlenen kanserler ile özofagusun adenokarsinoması tütün
bağımlı kanserler sınıfına alınmıştır (Sasco ve ark., 2004). IARC’a göre
(International Agency for Research on Cancer) klasik epidemiyolojik çalışmaların
sonuçlarında sigara içilmesi akciğer kanseri, larinks, özofagus, ağız ve burun boşluğu
kanserleri, pankreas, idrar kesesi, uterus serviksi kanserlerinde ilişkili bulunmuştur
(Phillips, 2005). Sigara, YHBB kanserli hastaların yaklaşık üçte ikisinde ortak faktör
olarak gözlenmiştir (Baez., 2008). Lewin ve arkadaşlarının çalışmalarına göre sigara
içenlerin baş boyun kanseri için relatif riski %6,5 (%95CI 4,4-9,5) olarak
bulunmuştur (Lewin ve ark., 1998).
Sigara içilmesinin etkisi farklı anatomik bölgelerde değişiklik gösterir. Fakat ağız
boşluğundan larinkse kadar olan kısımın sigara dumanına olan hassasiyeti fazladır
(Werbrouck ve ark., 2008).
Çevresel sigara dumanını, yan duman (%85) ve içen kişinin soluk vermesiyle çıkan
ana dumanının bir kısmı (%15) oluşturur. Yan dumanın ve ana dumanın kimyasal
23
kompozisyonu benzerdir. Pek çok toksik karsinojen madde her ikisinde de farklı
konsantrasyonlarda bile olsa bulunur. Sigarayı içen kişiler ana dumanın içindeki
karsinojenleri büyük miktarlarda solurlar. Çevresel sigara dumanına maruz kalan
kişilere göre daha fazla karsinojene maruz kalmış olurlar (Lodovici ve Bigaglı,
2009).
Sigara kullanımı içerdiği karsinojen maddelerden dolayı YHBB kanseri için en güçlü
risk faktörüdür. Çeşitli populasyonlarda erkek sigara içenlerde yapılmış çalışmalara
göre sigara içenlerin 3-13 kat relatif riskli grup oldukları belirtilmiştir. İçilen sigara
miktarı göz önüne alındığında doz-cevap ilişkisi kanıtlanmıştır. Sigarayı günde 40
sigaradan fazla tüketen kişilerde hiç sigara içmeyen kişilere göre 5 ile 25 kat YHBB
kanseri görülmesi olasılığı fazladır (Baez., 2008). Alkol kullanımı ile beraber sigara
kullanımı incelendiğinde hafif içicilerde risk 1,6 (%95 CI 0,9-2,7), (20-39 sigaranın
20 sene veya daha fazla zamanda içilmesi), ağır içicilerde risk 4,4 (%95 CI 2,7-7,2),
(40 veya fazla sigaranın 20 sene veya daha fazla sürede içilmesi) olarak
gösterilmiştir (Geisler ve Olshan, 2001). Bir başka çalışmada yılda 10- 25 paket içen
kişilerde 4,85 kat baş boyun kanseri gelişme riski fazla (p< 0,01), yılda 25 paketten
fazla içen kişilerde riskin 11,81 kata yükseldiği bulunmuştur (p<0,01) (Werbrouck ve
ark., 2008). Dumansız tütün (kuru tozun buruna çekilmesi, nemli enfiye, tütünün
çiğnenmesi) kullanımının ağız kanseri riskinin artışı ile ilişkili olduğu gösterilmiştir
(Baez, 2008).
Sigarayı bırakmış kişilerde kanser riski sigarayı halen içenlere göre düşük
bulunmuştur. Sigarayı bırakmalarının üzerinden geçen zamanın artışı ile birlikte risk
azalır (Baez, 2008). Bırakılmasının üzerinden 20 seneden fazla geçenlerde risk
gözlenmemiştir (Lewin ve ark., 1998).
24
1.3. Sigara ve Sigara Dumanını Oluşturan Maddeler
Tütün ürünleri ve tütün dumanı pek çok bileşikten oluşur. Sigara dumanı 4,700
kimyasal bileşiğin karışımıdır. Sigara dumanı polisiklik aromatik hidrokarbonları
(PAH), aromatik aminleri, nitrozaminleri (4-metil nitrozamino)-1-(3-piridil)- 1butanon
(NNK)),
aldehitler,
uçucu
organik
bileşikler,
metaller,
yüksek
konsantrasyonda oksidanlar, serbest radikaller, karsinojenik riskli bileşikleri (Smith
ve ark., 2003) de içeren geniş aralıkta karsinojenleri ve tümör başlatıcıları içerir
(Amador ve ark., 2002, Hashibe ve ark., 2003).
1.3.1.Nikotin
Sigara dumanındaki majör farmakolojik aktif kimyasaldır. Tütünün majör
alkoloididir (Sudheer ve ark., 2007).
Nikotin, sağlığa zararlı etkileri olan, serbest radikal ve ROT’ların üretimini
arttırmaktadır. Bu zararlı bileşikler; oksidatif hasarla hücredeki pek çok molekülü,
membran lipitlerini, proteinleri ve nükleik asitleri etkileyerek
lipitlerin
oksidasyonuna, DNA’da tek iplik kırılmalarına, bazı proteinlerin aktivasyonuna ve
biyolojik membranların bozulmasına yol açabilmektedir (Sudheer ve ark., 2007).
Fakat serbest radikal mekanizması henüz açıklığa kavuşmamıştır. Metabolizmasında
nikotinin çoğunluğu 5’ hidroksilasyon reaksiyonuna CYP2A6 ile girer. Kotinine
dönüşmesi
ve
ilişkili
metabolitler’in
(ör:
formaldehit)
ROT
oluşturduğu
düşünülmektedir.
Diğer mekanizma nikotinin ROT üretimine neden olduğudur. Kleinsasser (2005) ve
arkadaşlarının çalışmalarına göre nikotin direk insan lenfositlerine ve tonsillar
hücrelere genotoksiktir. Nikotinin genotoksik etkileri insan gingival fibroblastlar ve
spermatozoada gösterilmiştir. Wetscher (1995) ve arkadaşlarının yaptıkları bir
çalışmaya göre polimorfonükleer lökositlere nikotinin kemotaktik olduğu ve C5a
25
komplementini aktive ederek serbest oksijen radikallerinin oluşumuna neden
olduğudur. Gvodjokova ve arkadaşlarının rapor ettiğine göre nikotin, mitokondriyal
solunum halkasında, süperoksit anyonları ve H2O2 nin oluşumunu arttırarak
bozulmaya yol açar Daha önce sıçanlar üzerinde yapılan çalışmada kronik nikotin
tedavisiyle hücresel antioksidanların tükendiği gözlenmiştir. Nikotin verilmiş
lenfositlerde SOD, CAT, GPX aktiviteleri düşük bulunmuştur (Sudheer ve ark.,
2007).
1.3.2. Sigaradaki Diğer Kimyasallar
Sigara dumanında pek çok karsinojen vardır. Bunların, PAH’lar da dahil olmak üzere
hayvanlar üzerinde yapılan deneylerle karsinojeniteleri tespit edilmiştir (Besarati ve
ark., 2000).
PAH’lar kimyasal madde grubu olup kömür, benzin, odun, çöp ve tütün, mangalda
pişen et gibi diğer organik bileşiklerin tam yanmadığı durumlarda oluşur. Çevrede
havaya çoğunlukla volkan patlamaları, orman yangınları, bölgesel yangınlar,
otomobil egzosları sonucu yayılır. Suya va toprağa bulaşmaları endüstriyel atıkların
uygunsuz biçimde atılmasıyla olur (Research Triangle Institute, 1999). PAH’lar
havadaki partiküllerin (<2,5 µm) üzerine adsorbe olarak, solunumla alınır (Binkova
ve ark., 2007).
Tütün ürünlerinde bulunan kimyasal maddeler ve miktarları Çizelge 1.2’de
verilmiştir.
26
Çizelge 1. 2. Tütün ürünlerinde bulunan karsinojen tipleri
Tütün Dumanı Kimyasal Sınıf
PAH
Nitrozaminler
Aromatik Aminler
Aldehitler
Fenoller
Uçucu hidrokarbonlar
Nitro bileşikleri
Diğer organik bileşikler
İnorganik bileşikler
Yanmamış Tütünde Kimyasal
Sınıf
PAH
Nitrozaminler
Aldehitler
İnorganik bileşikler
Sigara
dumanında
bulunan karsinojen
B(a)P
Dibenzo(a,h) antrasen
NNK
NNN
4-Aminobifenil
2-Naftilamin
ng/sigara miktarı
9
4
123
179
1.4
10
Formaldehit
Asetaldehit
Kateşol
Benzen
1,3- butadien
Nitrometan
Etilen oksit
Akrilonitril
Kadmiyum
16 000
819 000
68 000
59 000
52 000
500
7 000
10 000
132
ng g-1
B(a)P
NNK
NNN
Formaldehit
0.4-90
1 890
8 730
1 600-7 400
Asetaldehit
1 400- 7 400
Kadmiyum
1 300- 1 600
B(a)P, Benzo(a) piren; NNK, 4-(metilnitrozoamino)-1-(3-piridil)-1- butanon; NNN, N’Nitrozonornikotin, PAH, polisiklik aromatik hidrokarbonlar (Hecht, 2003).
1.3.2.1. B(a)P
B(a)P, polisiklik aromatik hidrokarbon olup çevrede kolayca bulunan fosil yakıtların
tam yanmaması sonucu oluşur ve yüzey sularında, musluk suyunda, yer altı suyunda,
atık suda ve lağım atıklarında saptanmıştır (Barhoumi ve ark., 2000). Demir, çelik,
aluminyum fabrikalarında çalışanlar B(a)P’ye ve diğer PAH’lara maruz kalırlar.
IARC’ın sınıflamasına göre Grup 2A’da yer alır. Yapılan epidemiyolojik çalışmalar
sonucu kuvvetle muhtemel insan karsinojeni olduğundan 2B grubundan 2A grubuna
alınmıştır (IARC, 1987).
27
1.4. Sigaranın Fazları
Sigara dumanı iki fazlıdır. Gaz ve partükül fazından oluşur. Her iki faz da oksidanları
içerir.
1.4.1.Partikül Fazı
Sigara dumanının ağırlığının %4,5’luk kısmını partikül fazı materyali oluşturur.
İçindeki su buharlaştırıldığında tüm ağırlığın %3,6’lık kısmı partiküllerin ağırlığını
verir.
Partikül fazında; nikotin, nitrozamin,4-metil nitrozamino-1-(3-piridil)-1-butanon, Nnitrozonornikotin, metaller, polisiklik aromatik hidrokarbonlar (PAH), karsinojenik
aminler (4-aminobifenil) bulunur (Lodovici ve Bigaglı, 2009).
Partiküller fazda kansere neden olan kateşol, hidrokinon gibi bileşikler de bulunur.
Bunlar semikinon ve hidroksil radikali oluşumuna neden olan otooksidasyona
yeteneklidir. Reaktif oksijen türevlerinin temizlenmesinde görevli enzim olan
süperoksit dismutaz (SOD) aktivitesinin akciğerde artmasından partikül fazı
sorumludur. En çok manganaz süperoksit dismutaz (SOD2, MnSOD) aktivitesi artar
(Stringer ve ark., 2004).
Sigara dumanının katran fazındaki radikaller uzun ömürlüdür (semikinon radikalleri
gibi). Bunlar süperoksit anyonu ile reaksiyona girerek hidroksil radikali ve hidrojen
peroksit oluşturabilirler. Katran fazı etkili bir metal şelatörüdür ve demire bağlanarak
katran-semikinon ve katran-Fe+2 oluşturabilir. Bu ise hidrojen peroksitin devamlı
oluşmasına neden olur. Sigara dumanının sulu fazı ise epitel astar sıvısında (ELF)
belli bir süre redoks siklusuna uğrayabilir (Aruoma ve ark., 2005).
28
1.4.2. Gaz Fazı
Sigara dumanını oluşturan gazlar ve yarı uçucu bileşikler gaz fazını oluşturur. Gaz
fazı, toplam dumanının ağırlığının %95,5’lik kısmını kaplar. Bu oran içinde %1,
3’lük kısımı tütün kaynaklı bileşikler oluşturur (Smith ve ark., 2003).
Gaz fazında; karbon monoksit, karbon dioksit, benzen, amonyak, formaldehit,
hidrojen
siyanür,
N-nitrozodimetilamin,
N-nitrozodietilamin
yer
almaktadır
(Lodovici ve Bigaglı, 2009).
Bununla beraber sigara dumanı yüksek seviyede serbest radikal içerir. Kısa ömürlü
superoksit anyonları ve nitrik oksit gibi oksidanlar da bulunmaktadır (Stringer ve
ark., 2004). İçeriğindeki hidrokinon, semikinon, kinon karışımı redoks çemberini
indükleyebilir (Hecht, 2003).
Süper oksit anyonu ve nitrik oksit hızlıca reaksiyona girerek yüksek reaktif
peroksinitrit (ONOO-) molekülü oluştururlar.
IARC, sigara dumanı kompleks karışımını Grup I (bilinen karsinojen) olarak
sınıflandırmıştır (Smith ve ark., 2003). İçeriğindeki maddelere tek tek bakıldığında
Grup 1, 2A, 2B ve Grup 3 sınıflarına dağıldıkları görülür.
Çizelge 1. 3 de sigaranın içindeki kimyasal maddelerin IARC sınıflandırmasına göre
grupları ve sigaranın hangi fazında yer aldıkları gösterilmiştir. P: Partikül fazı, V:
Gaz fazı, B: Her iki fazda yer aldığını ifade etmektedir.
29
Çizelge 1. 3. Sigara dumanındaki karsinojenlerin IARC’a göre gruplandırılması (Smith ve
ark., 2003)
Grup 1
4-Aminobifenil
Arsenik
Benzen
Faz
P
P
V
Grup 2A
Formaldehit
Benzo (a) Piren
Dibenz (a,h)antrasen
Faz
V
P
P
Berilyum
P
N-nitrosodietilamin(DEN)
V
Kadmiyum
Krom (VI) bileşikleri
P
B
Benz(a)antrasen
N-Nitrosodimetilamin (DMN)
P
V
2-Naftilamin
Nikel bileşikleri
P
B
Akrilamid
1,3 Bütadien
V
V
IQ (2-Amino 3-Metil 3H imidazol P
(4,5-f) kinolin)
Glisidol
Nitrojen gaz (Mustard)
V
B
Vinil Klorid
Etilen Oksit
V
V
Radon-222ve ürünleri
P
Tetrakloroetilen
o-Toluidin
Trikloroetilen
V
P
V
Grup 2B
Hidrokarbonlar
Faz
Grup 2B
Oksijen içeren bileşikler
Faz
Alifatik veya monosiklik
İzopiren
4-vinilsiklohekzan
Polisiklik
Benzo (b) floranthen
Benzo (j) floranten
Benzo (k) floranten
5-metil krisen
Dibenzo (a,e)piren
Dibenzo (a,h) piren
Dibenzo (a,i)piren
Dibenzo (a,l)piren
İndeno (1,2,3,-c,d)piren
Aromatik
Etilbenzen
Stiren
V
V
P
P
P
P
P
P
P
P
P
V
V
Alifatik
Asetaldehit
V
Furan
V
Vinil Asetat
V
Propilen Oksit
V
Aromatik
Benzo (b) furan
P
Kateşol (1,2-benzendiol)
P
3,4- Dihidroksi sinnamik asit P
Safrol
P
Nitrojen içeren bileşikler
Aromatik aminler
o-Anisidin
P
p-Kloroanilin
P
2,6- Ksilidin(2,6-dimetilanilin)
P
Aza-arenler
Dibenz (a,h) akridin
P
Dibenz (a,j) akridin
P
7H-Dibenzo (c,g) karbazol
P
30
Çizelge 1. 3. (Devam) Sigara dumanındaki karsinojenlerin IARC’a göre gruplandırılması
(Smith ve ark., 2003)
Grup 2B
Faz
N-Heterosiklik aminler
Faz
Çeşitli kimyasallar
2-aminodipirido(1,2-a:3’,2’-d) imidazol (Glu-P-2)
2-amino-6-metildipirido
Grup 2B
P
(1,2-a:3’,2’-d)imidazol P
Asetamid
P
Akrilonitril
V
2-nitropropan
V
Nitrobenzen
P
(Glu-P-1)
2-amino-1-metil-6-fenil-1H- imidazo (4,5-b) piridin P
(PhIP)
2-amino-3,4,dimetil-3H
imidazo
(4,5-f)
kinolin P
(MeIQ)
2-amino-9H-pirido (2,3-b) indol (AaC)
P
Kloroform
V
2-Amino-3-metil-9H-prido(2,3-b)indol (MeAaC)
P
p,p’-DDT
P
3-amino-1,4 dimetil-5H-prido (4,3-b) indol(Trp-P-1)
P
Heptaklor
P
3-amino-1-dimetil-5H-prido (4,3-b) indol (Trp-P-2)
P
Nitrometan
V
Nitrozaminler
V
Urethan
V
V
asit etil esteri)
İnorganik bileşikler
İnorganikler
ve
N-Nitrosodi-n-butilamin (NDBA)
N- Nitrosodi-n-propilamin (NDPA)
(Karbamik P
metaller
N-nitrosoetilmetilamin (NEMA,MEN)
N-nitrosodietanolamin(NDELA)
4-(N-nitrosometilamino)-1-(3-piridinil)-1N’-nitrosonornikotin (NNN)
V
P
P
Hidrazin
Kobalt
Kurşun
V
P
P
N-nitrosopiperidin (NPP)
N-nitrosopirolidin (NPY)
Sigaranın içinde yer alan bazı kimyasal maddelerin neden olduğu kanser türleri
çizelge 1.4 de gösterilmiştir.
31
Çizelge 1.4. İnsanlarda sigara indüklü kanserlerde rolü olan spesifik tütün karsinojenleri
(Wogan ve ark., 2004).
Kanser tipi
Akciğer
Larinks
Burun
Ağız boşluğu
Sigara içenlerde
Dumansız tütün
kullananlarda
Özafagus
Karaciğer
Pankreas
Serviks
İdrar kesesi
Lösemi
Neden olan karsinojen
PAH, NNK,1,3- butadien, izopiren, etilen oksit, etil karbamat,
aldehitler, benzen, metaller
PAH
NNK, NNN, diğer nitrozaminler, aldehitler
PAH, NNK, NNN
NNK, NNN
NNN, diğer nitrozaminler
NNK, diğer nitrozaminler, furan
NNK, NNAL
PAH, NNK
4-aminobifenil, diğer aromatik aminler
Benzen
1.5. Partikül Fazındaki Kimyasallar ve Etkileri
Sigara dumanının içerdiği en önemli karsinojenler PAH’lar, aromatik aminler ve
nitrozo türevleridir. Bu bileşiklerin kendilerinden çok metabolitleri kanseri başlatır.
PAH
karışımının
bazı
bileşenleri
(benzo(a)piren,
benzantrasen,
krizen)
prokarsinojendir. Elektrofilik bileşiklere (diol- epoksitler) metabolik dönüşümleri ile
karsinojenik olurlar (Romano ve ark., 1999). PAH’ların DNA ile kovalent
bağlanarak kanserden sorumlu oldukları düşünülür (Evans ve ark., 2004).
Sigara dumanında en çok incelenen kimyasallardan biri olan B(a)P partikül fazında
yer almaktadır. Bu kimyasalın metabolizması üzerinde durularak organizmanın
kendini koruyucu mekanizmaları anlaşılmaya çalışılmıştır.
Şekil 1.5 de B(a) P’nin metabolizma şeması verilmiştir. B(a)P metabolizması
karmaşık olup daha potent karsinojen maddelerin oluşumunu içermektedir (Özbal ve
ark., 2000).
32
Şekil 1.5. Benzo (a) Piren ve Etilen oksit metabolizması (Hecht, 2003)
B(a)P sitokrom P450 enzimleri ile aktive olarak diol epoksitleri oluşturur. Hücrede
metabolize edilerek 7,8-dihidrodiol-9,10-epoksit (BPDE)’nin öncüsü olan 7,8dihidrodiol oluşur (Baez, 2008).
B(a)P metaboliti olan diol epoksit (BPDE),
diollerin sterik engel oluşturması
nedeniyle epoksit hidrolazlar ile hidrolize dayanıklıdır ve bu bileşik DNA’daki veya
proteinlerdeki nükleofilik merkezler ile reaksiyona girerek hedef organlarda
mutasyona ve oksidatif hasara yol açabilen dayanıklı DNA-katım ürünü oluşturur
(Barhoumi ve ark., 2000). BPDE, DNA’ya hasar veren klasik bir karsinojendir
(Xiong ve ark., 2001). Şekil 1.6 da BPDE’nin DNA katım ürünü oluşturması
görülmektedir.
Şekil 1. 6. Benzo (a) Piren metabolizması ve DNA katım ürünü (Boysen ve Hecht, 2003).
33
Büyük hacimli DNA katım ürünleri öncelikle deoksiguanozinin N2 pozisyonundan
bağlanır. Böylece 10α-deoksi guanozin–N2–yl-7α,8β,9β- trihidroksi -7,8,9,10
tetrahidro benzo(a) piren (dG-N2-BPDE) oluşur (Akerman ve ark., 2004). Şekil 1.7
de B(a) P’nin guanine bağlanması gösterilmiştir.
BPDE genellikle DNA’ya ekzosiklik guanin ve adeninin sırasıyla N2 ve N6 amino
gruplarından katım ürünü verir. Bu katılmada benzilik pozisyonda epoksit halkasının
cis ya da trans açılımı etkilidir (Frank ve ark., 2002 ).
Şekil 1. 7. BPDE’nin DNA’da guanine bağlanması
(http://137.44.25.44/path/imuse/example.aspx).
DNA katım ürünleri karsinojenik olayların merkezinde yer alır. dG-N2-BPDE
transkripsiyon eşli ve global genomik onarım ile onarılır. Eğer onarılamazsa kalıcı
mutasyonlar
oluşur.
B(a)P
ve
BPDE
öncelikle
G:C—T:A
transversion
mutasyonlarını indükler. Guaninin adenine dönüşmesini sağlar. Mutasyonların
onkogenlerin, tümör baskılayıcı genlerin, büyümenin düzenlenmesinde görevli diğer
genlerin kritik bölgelerinde olması kanser ile sonuçlanabilir (Akerman ve ark., 2004).
Yapılan in vitro çalışmaların gösterdiğine göre benzo (a) piren 7S, 8R -diol 9S, 10Repoksit (BPDE) p53 geninin spesifik önemli bölgelerine bağlanarak mutasyon
34
oluşmasına sebep olur. Akciğer tümörlerinde in vitro sonuçlara benzer in vivo
sonuçlar elde edilmiştir (Lazarus ve ark., 1998).
Mutasyon ile DNA sentezi inhibe olur. Düşük doz maruziyette sentez kaldığı yerden
devam ederken buna karşılık yüksek dozda sentez sürekli durur (Akerman ve ark.,
2004).
DNA’ya karsinojen madde katımının, kritik rolü olan bir gende olması, mutasyon
oluşmasına ve sentezlenecek protein fonksiyonunun bozulmasına neden olarak
normal hücrelerin kanser hücresine dönüşmesine yol açar (Phillips, 2002). Bölünen
hücrelerde onarılmamış hasarlar, kritik onkogenler ve tümör baskılayıcı genlerde
DNA hasarına neden olabilir ve lipit peroksidasyonuna neden olabilen reaktif oksijen
türevlerinin üretimini arttırabilir.
DNA katım ürünlerinin miktarları çeşitli kanserli dokularda ölçülerek katım ürünleri
ile kanser oluşma riski arası ilişki incelenmiştir. PAH katım ürünü seviyeleri akciğer
ve bronşiyal epiteliyal hücrelerde sigara içenlerde sigara içmeyenlere göre yüksek
bulunmuştur (Özbal ve ark. 2000). Bu nedenlerden sigara dumanı üzerinde çok
çalışılmıştır.
Sigara dumanında yer alan diğer bir kanserojen grup tütün spesifik nitrozaminlerdir
(TSNA). Bunlar direk epitelyal DNA’ya mutajenik etkilidir. En etkili TSNA’lar Nnitrozonornikotin (NNN) ve 4-(metilnitrozamino)-1-(3-piridil)-1-butanon (NNK) dir.
Bunlar nikotinin N-nitrolanması ile oluşur. Nitrozaminler prokarsinojen olup
sitokrom P450’ler tarafından
α-hidroksilasyon ile aktive olarak DNA katım
ürünlerinin oluşumuna neden olurlar. NNK’nın akciğer ve ağız boşluğu kanserleri ile
ilişkisi gösterilmiştir (Baez, 2008).
35
1.5.1. Sigara ve Karsinojen Kimyasallar
Erken yaşta sigara kullanılmaya başlanması bu kişilerde orta ve ileri yaşlarda kanser
görülme riskini arttırır. Sigara insan dokularında DNA hasarı ve DNA katım ürünleri
oluşumuna sebep olarak kanserin başlamasına zemin oluşturur. Kişiler arasında DNA
katım ürünü miktarı genetik faktörler ve çevresel faktörlere bağlı olarak değişiklik
gösterir.
Sigara içilmesi ile larinks, orofarenks, hipofarenks kanserleri ilişkilidir. Sinonasal ve
nazofarenks kanserlerinde de risk artışından sorumlu tutulmaktadır. Sigara içilmesi
özofagus kanserlerinin hem yassı hücre karsinomu hem de adenokarsinonoma tipi ile
ilişkilidir (Hecht, 2003). Sadece sigara dumanında yanma sonucu oluşan kimyasal
maddelerin değil yanmamış tütündeki maddelerin de kansere neden olduğu
anlaşılmıştır. Dumansız tütün ve alkol kullanımı ile ağız boşluğu kanseri (dil, dudak)
riskinin büyük ölçüde arttığı gösterilmiştir (Hecht, 2003).
Sigara dumanının içerdiği B(a)P sigara başına 10 ng’dan azdır (Hecht, 2003). Uzun
yıllar boyunca bu karsinojenlere maruz kalınması kanser riskini artırır. Sigara
içenlerde PAH-DNA katımı ile sigara sayısı istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki
içindedir.
Hücrelerin pek çok DNA hasar tipine göre onarım mekanizmaları vardır, ama bunlar
her zaman tamamen etkili olmaz (Frank ve ark., 2002 ).
DNA katım ürünleri DNA onarım sistemi ile uzaklaştırılarak DNA normal yapısına
kavuşturulur. Ama katım ürünleri onarımdan kaçarsa mutasyonlar artar. Sigara
dumanı kaynaklı DNA katım ürünleri sıklıkla G-T ve G-A mutasyonlarına neden
olur (Hecht, 2003).
Kanser nedeni olan ajanlara karşı genomun bütünlüğünün korunmasında DNA
hasarının onarımı anahtar rol oynar. DNA onarım defekti olan kişiler kanser için
36
yüksek riskli olabilirler.
Bazı çalışmaların gösterdiğine göre akciğer kanseri ve
YHBB kanseri olanlar kontrol grubu ile karşılaştırıldığında DNA onarım
kapasitesinin hastalarda düşük olduğu belirtilmiştir (Chen ve ark., 2002).
Memelilerde BPDE-DNA katım ürünleri çoğunlukla nükleotit çıkarım onarım yolağı
ile onarılır. Tütün ve diğer karsinojenlerden kaynaklanan genetik hasarlara karşı
nükleotit çıkarım onarım yolağında yer alan XPD’nin DNA onarımındaki fonksiyonu
çok önemlidir (Rybicki ve ark., 2004). Çalışmalarda kanser hastalarında tütün
karsinojenleri ile indüklenen DNA hasarının onarımında
azalmış kapasite
gösterilmiştir (Sturgis ve ark., 2002).
BPDE DNA’daki deoksiguanozine bağlanarak DNA helixinin küçük oyuğuna
yerleşir (Poirier, 2004).
Şekil 1. 8. BP dG yapısı: DNA helixinin küçük oyuğuna deoksiguanine bağlanmış olarak 7β,
8α dihidroksi 9α, 10α- epoksi-7,8,9,10-tetrahidro benzo(a) piren(BPDE: yeşil) yerleşir
(Poirier, 2004).
DNA onarım enzimlerine ait genlerde bulunan polimorfizmler onarım kapasitesinde
azalmaya veya değişikliğe neden olabilir.
37
1.6. Gaz Fazındaki Kimyasallar ve Etkileri
Gaz fazındaki oksidan bileşikler şekil 1.9 da belirtildiği gibi birden fazla mekanizma
ile dokuda hasara neden olurlar.
Şekil 1.9. Sigara dumanının hasar yolları (Aruoma ve ark., 2005).
Sigara dumanındaki oksidatif bileşikler membran fosfolipitleri ile etkileşirler ve
spesifik membran lipit peroksidasyon ürünü 4-hidroksi-2-nonenal(4-HNE) olarak
bilinen hücre sinyalizasyon yolaklarını aktive eden bileşiğin oluşumunu uyarırırlar.
Sigara içenlerde F2-isoprostanlar sigara içmeyen kontrollere göre yüksek seviyede
bulunmuştur (Aruoma ve ark., 2005). Bunun fosfolipaz A2 aktivitesindeki artışla
ilişkili olduğu düşünülmektedir. Böylece canlıdaki araşidonik asit oksidasyonunu
arttırmaktadır. F2-isoprostanların canlıda ölçümü lipit peroksidasyonunun izlenmesi
için güvenilir bir işarettir (Aruoma ve ark., 2005). Kanser hastalarında granülosit
aktivasyonu artışı ile ROT salınımı artmaktadır. Oksidatif stresin işaretleyicisi olarak
8-isoprastan seviyesine bakılır.
38
Kronik sigara içimi akciğer sıvısında nötrofil sayısında, kateşol ve hidrokinon gibi
organik bileşiklerin miktarında artışa sebep olur. Bu bileşikler de ROT miktarında
artışa neden olurlar (Aruoma ve ark., 2005).
Sigara içen kişilerin solunumla
verdikleri havadaki H2O2, akciğerlerdeki artmış oksidize çevre kaynaklı olarak
içmeyenlerin solunumla verdikleri havadan fazladır (Ho ve ark., 2001).
Sigara içimi kaynaklı serbest radikallerin ve oksidanların, DNA’ya hasarı ve
bakteriyofaj DNA’sının sigara katranının sıvı fazı ekstraktı ile tamponlanmış
ortamda inkübasyonunda doza bağımlı tek iplik kırılmaları oluşumu gösterilmiştir
(Aruoma ve ark., 2005).
Reaktif oksijen türevlerinin hücreye ve DNA’ya hasar vermesini önlemek için
hücrede antioksidan savunma sistemi mevcuttur. Savunma sisteminde enzim olan ve
olmayan antioksidanlar birlikte çalışırlar. Antioksidan enzimlere ait genlerde olan
polimorfizmler antioksidan yeteneğinde değişikliklere neden olarak hücrenin
savunmasını etkileyebilir.
1.6.1. Reaktif Oksijen Türevleri
Atomlarda elektronlar orbital adı verilen uzaysal bölgede çiftler halinde bulunurlar.
Atomlar arasında etkileşim ile bağlar meydana gelmekte ve moleküler yapı
oluşmaktadır. Serbest radikal, atomik ya da moleküler yapılarda çiftlenmemiş tek
elektron bölümlerine verilen isimdir. Başka moleküller ile çok kolayca elektron
alışverişine giren bu moleküllere "oksidan moleküller" veya "reaktif oksijen türevleri
( ROT )” de denmektedir (Çavdar ve ark., 1997).
Aerobik
organizmalarda
ROT’lerin
fizyolojik
konsantrasyonları
hücre
sinyalizasyonu yolaklarında ve patojenlere karşı savunmada faydalıdırlar. Dengenin
bozulmasıyla artan ROT konsantrasyonu kanseri de içeren hipertansiyon, diyabet,
aterosklerozis, iltihap, yaşlanma gibi pek çok hastalığa neden olabilir (Fukuhara ve
Kageyama, 2005).
39
En önemli ROT’ler süperoksit anyon radikali (O2•-), hidrojen peroksit (H2O2),
hidroksil radikali (OH•-) dir. Yüksek miktarda ROT metabolik fonksiyon
bozukluklarına ve biyolojik makromoleküllerin hasarlanmasına neden olur.
Hidrojen peroksit; membranlardan kolaylıkla geçip hücreler üzerinde bazı fizyolojik
rollere sahip olabilir, fakat çiftlenmemiş elektrona sahip olmadığından radikal olarak
adlandırılamaz. Bu nedenle "reaktif oksijen türevleri", süperoksit gibi radikaller,
ayrıca hidrojen peroksit gibi radikal olmayanlar için ortak olarak kullanılan bir
terimdir.
Oksijen molekülü, orbitalinde çiftlenmemiş elektron taşıyorsa süperoksit radikali
olarak adlandırılır. Diğer ROT grubunda ise normal oksijenden çok daha hızlı bir
biyolojik molekül olan "singlet oksijen" bulunmaktadır. Singlet oksijen molekülü
yapısında iki adet çiftlenmemiş elektron taşır. Singlet oksijen hücre membranındaki
çoklu doymamış yağ asitleriyle doğrudan reaksiyona girerek lipid peroksitlerin
oluşumuna yol açar (Çavdar ve ark., 1997).
1.6.2. ROT Kaynakları
Mitokondrilerdeki oksijenli solunumda olduğu gibi birçok anabolik ve katabolik
işlemler sırasındaki reaksiyonlarda moleküler düzeyde elektron kaçışları olur ve bu
sırada ROT'’ler oluşur. Çizelge 1.5 de ROT'lerin in vivo ortamda kaynakları
görülmektedir.
40
Çizelge 1.5. Reaktif Oksijen Partiküllerinin Kaynakları
I - Normal biyolojik işlemler
1 - Oksijenli solunum
Aerobik canlıların kullandığı oksijen ile oluşan reaktif oksijen
türlerine (ROT) karşı etkin koruma sistemi oluşmuştur. Fazla
oluşan miktar doğal antioksidanlar tarafından etkisiz hale
getirilmektedir (Çavdar ve ark., 1997).
2 - Katabolik ve
Elektron iletim zincirinde mitokondri ve lizozomlarda aerobik
anabolik işlemler
solunum ve substrat oksidasyonu sırasında oluşur. (Leonard ve
ark., 2004)
Kateşol östrojen redoks siklusu ile (östrojen metabolizması
sırasında da oluşmaktadır (Cai ve ark., 2004).
II - Oksidatif stres yapıcı durumlar
1 - İskemi - hemoraji -
Mitokondrilerdeki
aerobik
oksidatif
fosforilasyon
dengesi
travma - radyoaktivite –
etkilenir ve elektron taşıma sisteminden elektron kaçakları daha
intoksikasyon
fazla olur ve ROT düzeyi artar (Çavdar ve ark. 1997).
2 - Ksenobiyotik
maddelerin etkisi
a-) İnhale edilenler
ROT ler estradiol ve ksenobiyotik çeşitlerin metabolizması
sırasında oluşur (Çavdar ve ark. 1997).
b-)Alışkanlık yapan
maddeler
c-) İlaçlar
3 - Oksidan enzimler
Oksijenli
a-) Ksantin oksidaz
redüksiyon–oksidasyon reaksiyonudur. Elektronlar veya hidrojen
b-) İndolamin
atomlarının bir atomdan veya molekülden diğerine transferini
dioksigenaz
içerir. Bunlar süperoksit üretiminde major kaynaklardır (Clair ve
c-) Triptofan
ark., 2005).
dioksigenaz
Superoksit anyonları, kinonları, semikinonları ve diğer ara
d-) Galaktoz oksidaz
ürünleri redoks siklusu ile üretilir (Ambrosone ve ark., 1999).
e-) Siklooksigenaz
O2’nin suya indirgenmesi sırasında redoks reaksiyonunda 3.
f-) Lipooksigenaz
elektron Fenton reaksiyonuna girer (McIntyre ve ark 1999).
solunum
g-) Monoamino oksidaz
4 - Stres ile artan katekolaminlerin oksidasyonu
sırasında
meydana
gelen,
REDOKS
41
Çizelge 1. 5. (Devam) Reaktif Oksijen Partiküllerinin Kaynakları
5 - Fagositik
Toksik ajanlara veya patolojik işlemlere veya yetersiz invivo
inflamasyon
savunmasına sahipken ROT’lerin fazla üretilmesi oksidatif stresi
hücrelerinden
ortaya çıkarır. Bunun sonucunda DNA’da hasar, kırılma gibi, lipit
salgılanma
peroksidasyonu, protein modifikasyonu, membran bozulması ve
(nötrofil, monosit,
mitokondri hasarı oluşabilir (Ambrosone ve ark., 1999).
makrofaj, eosinofıl,
endotelyal hücreler)
6 - Uzun süreli
Glukoz gibi maddeler ROT'’leri oluşturacak şekilde proteinlerle
metabolik hastalıklar
reaksiyona girerler; bu ise diyabetik hastaların seneler boyunca
yüksek kan glukozuna maruz kalması nedeniyle hipergliseminin yan
etkilerini kolaylaştırıcı "oksidatif stress" oluşumuyla sonuçlanır
(Çavdar ve ark. 1997).
7 - Diğer nedenler: Sıcak şoku, güneş ışını, sigara
III - Yaşlanma süreci
ROT’lerin düzeyi, yaşlanma süreci ile paralel bir artış gösterir. Yaşlanma ile protein
karboksilasyonunun artışı ve katalize edici tüm enzimlerin azalmasının bu dengesizlikte
önemli rolleri vardır (Çavdar ve ark. 1997).
Süperoksit radikalleri moleküller oksijenden 1 elektronun redüksüyonunun ürünüdür.
Ve mitokondride elektron transport zincirinin en az 2 bölgesi komplex 1 ve
ubisemikinon
mitokondride süperoksit üretiminin kaynaklarıdır (Clair ve ark.,
2005).
İnfeksiyöz olaylarda başta Staphylococcus aureus gibi patojenler ayrıca lökotrienler,
prostaglandinler gibi mediyatör maddeler nötrofil, eosinofil ve makrofajları aktive
ederler, membrana bağlı NADPH oksidaz enzimi yoluyla ROT salgılanmasına yol
açarlar. Nötrofiller tarafından kullanılan antibakteriyal savunma mekanizması
myeloperoksidaz enzimidir. Süperoksit radikalinin dismutasyonu sonucu oluşan
hidrojen peroksit myeloperoksidaz enzimi aracılığıyla reaksiyona girerek güçlü bir
antibakteriyal ajan olan hipoklorik asidi oluşturur. İnfeksiyöz ajanlarla savaş için
gerekli olan ROT’ler kan hücreleri tarafından aşırı salgılanacak olurlarsa bu kez
42
yarar yerine zarar vermeye başlarlar. Reaktif oksijen molekülü radikal zincir
reaksiyonlarını başlatabilir. Hızla yayılır. Ve oksidatif hasarın biyolojik sistemlerde
yayılmasına neden olur (İnci ve ark., 2003).
1.6.2.1. Fenton Reaksiyonu
Metal uyarımlı serbest radikal oluşumunda en önemli reaksiyon fenton tipi
reaksiyondur. Bu reaksiyonda metal iyonları H2O2 ile reaksiyona girer ve okside
metal iyonu ile birlikte OH•- oluşur.
Metal n+ + H2O2 →Metal n+1
+ OH•- + OH- (Leonard ve ark., 2004)
Fenton tipi reaksiyonlarda Krom ( III) ( V) ve ( IV), Kobalt (II), nikel (II), vanadyum
(V) metallerinin tümü OH radikali oluşturabilir. Kobalt II, Nikel II bunların yüksek
oksidasyon/redüksiyon potansiyeline bağlı olarak etkinlikleri düşüktür. Bazı şelasyon
ajanları varlığında Gly-Gly-His ve Tiyol içeren ajanlar gibi metal iyonlari H2O2 ile
reaksiyona girer ve lipit peroksitler, OH radikali ve lipit radikalleri olur. Diğer
metaller Krom (VI) gibi OH radikali oluşturmak için hemen reaksiyona girer
(Leonard ve ark., 2004).
Süperoksit radikalleri, metallerin varlığında Fenton reaksiyonları neticesinde oluşur.
“Fenton Kimyası” hipotezinde OH• radikalleri DNA’ya saldırarak hasar oluşturur.
Hidroksil radikalinin en etkili radikal olmasının nedeni hücre çekirdeğindeki
membran bariyerleri kolayca geçmesi ve mutajenik olarak DNA’yı etkilemesidir.
Olası mekanizma membranı kolayca geçebilen H2 O2’in çekirdekte Fe-Cu iyonları ile
reaksiyona girerek (Haber-Weiss ve Fenton reaksiyonları) hidroksil radikallerini
oluşturmasıdır (Gülden ve Andıcan, 2004) .
43
•
3+
+
2+
H2O2 + Fe → HO2 + H + Fe ........(1)
2+
•
-
3+
H2O2 + Fe → OH + OH + Fe .......(2)
1 ve 2 numaralı reaksiyonlar Fenton reaksiyonları olarak adlandırılmaktadır.
DNA, çok sayıda negatif yüklü fosfat grupları içerdiğinden, çeşitli katyonları
2+/3+
bağlama yeteneğine sahip büyük bir anyondur. Fe
1+/2+
ve Cu
iyonları negatif
yüklü DNA’ya sürekli bağlı bulunabildikleri gibi oksidatif stres altında hücre içinde
bulunan
demirli
ve
bakırlı
proteinlerden
serbestleşerek
de
DNA’ya
bağlanabilmektedirler (Gülden ve Andıcan, 2004).
Moleküler oksijen (O2) diradikal olarak tanımlanmıştır. Bu özelliği, sıvı oksijenin
manyetik kutuplarındaki çekimi ile ilgilidir. Buna bağlı olarak, oksijenin suya
indirgenebilmesi için elektron taşıma zincirinin 4 elektrona ihtiyacı vardır. Moleküler
oksijenin
bir
elektron
indirgenmesiyle
O2–‘i
oluşur.
İkinci
elektronun
indirgenmesiyle, daha sonra H2O2’yi oluşturacak olan peroksit radikali oluşur.
Üçüncü elektron, Fe’in katalizlediği Fenton reaksiyonu sonucunda, O2 – ile H2O2’nin
reaksiyona girip OH-’i oluşturduğu sırada indirgenmektedir (McIntyre ve ark., 1999).
Redoks aktif transisyon metal iyonlarının bağlanmaları DNA molekülünü H2O2’in
hedefi haline getirmektedir. DNA’ya bağlı metal iyonları ile H2O2’in DNA üzerinde
•
•
reaksiyonlaşmasından oluşan OH radikalleri, OH radikal temizleyicileri tarafından
uzaklaştırılamamaktadır.
Ayrıca,
•
OH
radikal
temizleyicilerinin
oluşturduğu
3+
radikaller de DNA’ya hasar verebilmektedir. Doku kültür ortamının Fe
2+
ve Cu
iyon konsantrasyonunun arttırılması ile oksidatif DNA baz hasarının arttığı ve
H2O2’e maruz bırakılan hücrelerde bakır ve/veya demir şelatörlerinin (deferoksamin)
kullanımının DNA’daki oksidatif hasarı önlediği gösterilmiştir (Gülden ve Andıcan,
2004).
44
1.6.2.2. Haber Weiss Reaksiyonu
Serbest radikal oluşumu için bu reaksiyon önemlidir. Bu reaksiyonlarda okside metal
iyonları süperoksit radikali ile indirgenir. H2O2 ile reaksiyona girerek OH radikalini
oluşturur.
Metal n+1 +O2•- → Metal n + O2
Metal n+ + H2O2 → Metal n+1 + OH •- + OH Toplam: O2•- + H2O2→Metal
n+1
/ Metal n→OH
•-
+ O2 + OH - (Leonard ve
ark., 2004)
Haber weiss tipi OH
•-
mekanizması makrofajların fagositozisi sırasında önemlidir.
Ve bunların hücresel öğeleri büyük miktarlarda O2 radikalinin solunum sırasında
oluşumunu sağlar (Leonard ve ark., 2004).
Haber weiss reaksiyonunda metalin görevi katalizör olmaktır. Limitli miktar metal
sayesinde büyük miktarlarda OH •-üretilebilir. Haber weiss tipi reaksiyon Krom III,
IV, VI, Vanadyum V, Kobalt I gibi metalleri içerir.
Cr( VI) + O2•- → Cr ( V) + O2
Cr( V) + H2O2→Cr( VI) + OH •- + OH Toplam: O2•- + H2O2 →Cr(VI)/ Cr(V) →OH •- + O2 + OH - (Leonard ve ark.,
2004)
45
1.6.2.3. Sigara ve Reaktif Oksijen Türevleri
Sigara dumanı hava yolu ile oksidatif stresin birincil kaynağını oluşturmaktadır.
(Stringer ve ark., 2004).
Karsinojenleri barındıran sigara dumanı serbest radikal üretiminin önemli
sorumlularından biridir. Bir nefes sigara dumanında yaklaşık olarak 10
14-16
serbest
radikal bulunur (Kinnula ve Crapo., 2003).
Sigara dumanının kültürdeki insan akciğer hücrelerinde DNA hasarına neden olduğu
gösterilmiştir. Oksijen türevlerinden, hidrojen peroksit (H2O2) ve süperoksit
radikalinin DNA hasarına neden olduğu bilinmektedir. Sigara dumanında ve
katranında bulunan maddeler hidroksil radikali (OH•-) oluşumunu ve metal iyon
katalizörlüğünde Haber Weiss ve Fenton reaksiyonlarını sağlamaktadır (Jaruga ve
ark., 1994).
Sigara içilmesi ile hücre içi antioksidanlar azalır ve akciğerdeki nötrofillerin sayısı
artar. Bunlar oksijen türevlerinin diğer bir kaynağını oluşturur (Jaruga ve ark., 1994).
Antioksidanlar ve radikaller arası denge bozulur (Möllsten ve ark.,2007). Deneysel
sistemlerden elde edilen delillere göre ROT indüklü hasarlanma olabilir. Oksidatif
stres, koruyucu sistem olan antioksidan seviyelerinin artışı ile minimize edilebilir
(Liu ve ark., 2004).
1.6.3. ROT Etkileri
Vücuttaki oksijenin
kullanılır.
%90’nından fazlası mitokondride elektron transportunda
Ve %1-5’i süperoksit
dönüşür (Cai ve ark., 2004).
radikali (O2 •-) ve hidrojen peroksite (H2O2)
46

Reaktif oksijen bileşiklerinin radikal zincir reaksiyonları başlatma kapasiteleri
vardır. Hızlı bir şekilde yayılarak biyolojik sistemde oksidatif hasarlara neden
olurlar (İnci ve ark., 2003) .

Yüksek seviyede ROT’un hücre içerisinde üretilmesi ile, histon koruması
eksikliğinde, DNA onarımının düşük seviyede olması ile,
mitokondriyal
DNA oksidatif hasar ile sonuçlanır (Cai ve ark., 2004).

Kateşol, östrojenler ve nitrik asit ki bunlar ROT üretir. Sinerjistik olarak
DNA hasarını arttırır. Sonuç olarak ROT’ler çoklu doymamış yağ asiti
peroksidasyonuyla sonuçlanabilir (Ambrosone ve ark., 1999).

Serbest
radikaller
lipit
peroksidasyonunu
indükler,
hücre
membran
fonksiyonu ve yapısını modifiye ederek homeostazını kaybetmesine neden
olur (Manoharan ve ark., 2005). Artmış lipit peroksidasyonunun anormal
büyüyen
hücrelerin
serumunda
arttığı
gözlenmiştir.
Kanserde
lipit
peroksidasyonunun artışı zayıf antioksidan sistemden kaynaklandığı daha
önce yapılmış çalışmalarda gösterilmiştir (Kaynar ve ark., 2005).

ROT’lerin fazla üretimi veya antioksidan savunma mekanizmasının
dengesizliği oksidatif hasara neden olabilir. Ve kanser gibi hastalıkların
gelişiminde veya tedavilerinde yer alırlar (Miranda ve ark., 2000).

Oksidanlar ve antioksidanların savunması arasında kritik bir denge vardır.
Eğer hücreler redoks dengesini korumazsa kronik iltihap durumu ortaya çıkar.
Bunun sonucunda da hücre hasarlanır. Ve çevre dokuda sinyalizasyon
yolakları aktive olur. İnflamatuvar sitokin üretimi, gen ekspresyonu uyarılır.
Ve diğer hücresel modifikasyonlar olur (Leonard ve ark., 2004).

Oksijen radikalleri DNA bazlarına atak edebilirler veya iplik kırılmalarına
neden olabilirler. Alternatif olarak oksijen radikalleri lipit veya protein
moleküllerini okside edebilirler. DNA ile reaksiyona girip katım ürünü
oluşturabilir. Bu da mutasyon veya apoptozise neden olabilir (Marnett, 2000).

Hücre organelleri ve membrandaki lipid ve protein yapısını bozarlar,
47

Hücre içi yararlı enzimleri etkisizleştirirler,

Mitokondrilerdeki aerobik solunumu bozarlar,
 Elastaz, proteaz, fosfolipaz, lipoksigenaz, siklooksigenaz, ksantinoksidaz,
indolamin dioksigenaz, triptofan dioksigenaz, galaktoz oksidaz gibi litik
enzimleri aktive ederler,

Hücrenin potasyum kaybını arttırırlar,

Trombosit agregasyonunu arttırırlar,

Dokulara fagosit toplanmasını kolaylaştırırlar,

Hücre dışındaki kollajen doku komponentlerini, savunma enzimlerini ve
transmitterleri yıkarlar (Çavdar ve ark., 1997).

Aktive olan lökositler H2O2 kaynağıdır. Hücre ve çekirdek membranlarını
geçebilir. Çekirdeğe ulaşıp, OH radikali oluşturarak veya metal iyonlarıyla
reaksiyona girerek DNA hasarına neden olabilir. Memeli hücrelerinin H2O2
veya aktif lökositler ile muamelesinde dört DNA bazının tümünde de
modifikasyonlara neden olduğu gözlenmiştir (Jaruga ve ark., 1994).

ROT’lerin fazlaca oluşumu inflamasyon prosesini uyarabilir. Kemotaktik
faktörlerin salınımı; büyüme faktörleri, proteolitik enzimler, lipooksijenazlar,
siklooksijenazlar,
antiproteolitik
enzimlerin
inaktivasyonunu
içeren
sinyalizasyon proteinleri salınır (Leonard ve ark., 2004).

Oksijen serbest radikalleri birikimi hücre proliferasyonunu ve DNA hasarına
neden olur. Böylece insan kanserleri için başlangıç ve ilerleme sağlanır (İnci
ve ark., 2003; Liu ve ark., 2004).

Oksidatif stresin laboratuvar hayvan modellerinde tümör oluşmuna neden
olduğu gösterilmiştir (Ambrosone ve ark., 1999).
48

Deneysel modellerde belirtildiğine göre tümör büyümesi sırasında hücresel
redoks homeostazında değişiklik olur (Kaynar ve ark., 2005). İnsan tümör
hücrelerinin büyük miktarlarda H2O2 ürettiği gösterilmiştir.

Serbest radikallerin en zararlısı OH radikali DNA’da nükleoproteinlerde
kimyasal modifikasyonlara neden olabilir. Bazları, şekerleri modifiye
edebilir. İplikleri kırabilir ve DNA protein çapraz bağlarını modifiye edebilir.
Bu serbest radikaller mutajenik veya karsinojenik olabilir (Jaruga ve ark.,
1994).

Tümör hücrelerinde antioksidan enzim aktiviteleri genel olarak normal
hücrelerden düşük bulunmuştur. Düşük seviyeli antioksidan seviyeleri H2O2
ve O2 radikalinin tümör hücrelerinde birikmesine neden olur. Bu da kanser
dokusundaki DNA’larda daha büyük baz hasarlarına neden olmaktadır
(Jaruga ve ark., 1994).
1.7. Baş Boyun Kanserlerinde Biyolojik Göstergeler
Baş boyun kanserlerinde DNA onarımı, antioksidan savunma enzimlerinin genleri
kansere yatkınlıkta etkili olabilir. Bu enzimlerdeki genetik polimorfizmler kansere
yatkınlık için genetik biyolojik gösterge olabilir.
DNA onarımının seviyesinin tespiti dolaylı olarak karsinojen-DNA katım ürünlerinin
saptanması ile yapılabilir. DNA hasarının ölçülmesi için immunoassay, gaz
kromatografi-kütle spektroskopi, floresan ve
32
P- postlabelling gibi birçok yöntem
geliştirilmiştir (Romano ve ark., 1999). Bu yöntemler çizelge 1.6 da açıklanmıştır.
49
Çizelge 1. 6. DNA katım ürünlerini saptama yöntemleri (De Kok ve ark., 2002; Poirier,
2004)
Metod
32
-P postlabelling
Açıklama
Gücü
Zayıflığı
Maruziyet
DNA 5’uçlarından P
10 µg DNA’ya
DNA katım
Kömür tozu,
ile etiketlenen
ihtiyaç duyulur.
ürünü yapısı
okratoksin A,
nükleotitlere bölünür.
Yüksek oranda
tanımlanamaz.
PAH, stiren, tütün,
HPLC veya İnce
hassas, pahalı
Radyoaktif
MeIQx,
tabaka kromatografisi
aletlere ihtiyaç
etikete ihtiyaç
bilinmeyen
ile katım ürünleri
yok.
var. Yoğun
karışımlar
32
ayrılır.
çalışma
gerektirir.
İmmunoassay
Modifiye DNA
Antiserum
Antiserum benzer
Aflatoksinler, 4-
kullanılır.
spesifikliği
katım ürünlerine
aminobifenil,
Radyoaktivite, boya,
artırır. Yüksek
cevap verebilir.
sisplatin, kömür
florosans veya
hassaslıkta,
50-100 µg
tozu, B(a)P içeren
kemoluminesans olan
standart eğri ile
DNA’ya ihtiyaç
PAH, oksidatif
çeşitli son noktaları
miktar tayini
vardır.
hasar, BPDE
vardır.
yapılabilir.
Pahalı değildir.
İmmunohistokimya
Immunoassayda
Katım
Diğer
Aflatoksinler,
kullanılan aynı
yerleşimi
metotlardan daha
B(a)P, PAH
antiserumlar
gözlenebilir.
az hassastır.
kullanılarak dokular
İnsan dokuları
boyanır. Floresans ya
için uygundur.
da aydınlık alan
Geniş
mikroskopisi ile
çalışmalar
antiserum bağlanan
yapılabilir
yerler gözlenir.
Kütle
Katım ürünlerinin
Spesifik katım
100 µg DNA’ya
4-aminobifenil,
spektrometresi
yapısı tanımlanır.
ürünü saptanır.
ihtiyaç vardır.
PAH, B(a)P,
Miktar tayini
Pahalıdır.
malondialdehit,
yapılabilir.
NNK, BPDE,
stiren
50
DNA-geniş hacimli katım ürünlerinin seviyesinin yüksekliği ile kanser riskinin artışı
ilişkilidir. Sigara içimi açısından DNA katım ürünün miktarı kanserli hastalarda
kontrol grubuna göre %83 daha yüksek seviyede bulunmuştur (Veglia ve ark., 2003).
DNA’da yer alan katım ürünü DNA onarım yolu olan nükleotid çıkarım onarım
yolağı (NER) ile tamir edilmezse BPDE-DNA katım ürünleri esansiyel bir genin
transkripsiyonunu engelleyebilir. BPDE-DNA katım ürünleri transkribe olan iplikte
transkripsiyona uğramayan ipliğe göre daha etkin tamir edilir (Wei ve ark., 2000).
Bunun sonucunda transkribe olmayan iplikte daha çok mutasyon meydana gelir.
Buna ilaveten BPDE’nin p53 tümör baskılayıcı geninin guanininin timine
dönüşümüne yol açtığı bulunmuştur. Tütün bağımlı kanserlerde p53 geninde G→T
değişim frekansının yüksek olduğu saptanmıştır (Wei ve ark., 2000).
Biyolojik gösterge olarak kullanılabileceği gösterilen genler incelenerek B(a)P gibi
tütün karsinojenlerine maruziyet ile kanser arasında epidemiyolojik bağlantı olduğu
söylenebilmektedir.
Serbest radikaller proteinlere, lipitlere karbonhidratlara ve nükleik asitlere zarar
verebilir. Bu etkilerden korunmak için vücut, reaktif oksijen ara ürünleri üretimine
bağlı olarak bazı non enzimatik ve enzimatik antioksidan savunma sistemi
geliştirmiştir (Manohoran ve ark., 2005).
Pek çok ROT oluşumuna neden olan ajan vardır bunlar ya tetikleyici veya komple
karsinojen bileşiklerdir. Örneğin sigara içen kişilerin akciğerlerinde ROT’lerin ana
kaynağı sigara dumanıdır. Akciğer kanser gelişiminde sigara içimi birincil risk
kaynağıdır (Ho ve ark., 2001).
Oksidatif stresin yarattığı hasar aynı oranda savunma sistemleri tarafından
onarılamıyorsa mutasyon sonucu kanser gelişimi gerçekleşir. Süperoksit anyon,
hidroksil radikali gibi ROT’lerin DNA hasarı oluşturması nedeniyle hücrelerin
neoplastik büyümesini tetikleyebilir (Ho ve ark., 2001).
51
Karsinojenezisin oksidatif DNA hasarı ile bağlantılı olduğu gösterilmiştir (Mates ve
Sanchez-Jimenez, 2000).
Ağız boşluğu
kanseri hastaları sağlıklı kişilerle
karşılaştırıldığında antioksidan savunma sistemi SOD, GPX ve CAT enzimlerinin
aktiviteleri belirgin oranda düşük bulunmuştur. Bu enzimlerdeki düşüşler ağız
boşluğu karsinojenezisini de içeren pek çok patolojik durumda rapor edilmiştir
(Manoharanve ark., 2005). Redoks dengesi hava yolunda önemlidir. Çünkü bu
bölgelerin hava oksidanlarına (çevresel ozon, partiküler sigara dumanı gibi) ve
bunların yüksek seviyelerine sıklıkla maruziyeti diğer dokulardan fazladır (Cho ve
Kleeberger, 2007)
Kanser başlangıcında etkin olduğu belirtilen ROT’lerin biyolojik örneklerde
ölçülmeleri kanser için biyolojik gösterge olabilir. Fakat bunlar çok reaktif oldukları
için dokularda tespit edilmeleri zordur. Serum veya plazmada daha kolay
saptanabilirler. Bunun için kullanılan metotlar çizelge 1.7 de özetlenmiştir.
Çizelge 1. 7. Plazma oksidatif stres ölçüm metotları (Stephens ve ark., 2009)
Metot
Prensip
Açıklama
Plazma TAOS/TAS
Plazmadan in vitro oksidatif
Teknik olarak kolay, antioksidanların
işlemin inhibisyonunu ölçer
durumunun ölçülmesini sağlar. Metot
TAOS/TAS/ TRAP içerir.
F2- izoprostanlar
Araşidonik asit içeren
Çok spesifiktir. Ex-vivo olarak lipit
fosfolipitlerin oksidasyonu
peroksitlerin altın standartıdır. Teknik
sırasında oluşan serbest radikal
olarak komplekstir. Kütle
ürünü
spektrofotometrisi gerekir.
Lipitlerin peroksidasyon ürünüdür.
HPLC veya GC-MS gereklidir. Ticari
Bunlar genellikle stabil değildir.
satılan kitlerin validasyonu sınırlıdır.
Tiyobarbitürik asit-
Malonaldehit; tiyobarbitürik asit ile
Geniş olarak uygulanır ve teknik olarak
reaktif bileşikler ve
eşleşmiş lipit peroksidasyonu
basittir. Bileşiklerin non-peroksidasyon
malonaldehit
ürünüdür. Floresans ile ölçülen
merkezleri hedef ile karışabilir. HPLC
kromotogram elde edilir.
ile spesifikliği geliştirilebilir. Demir
Lipit peroksitler
içeren tampon veya reaktiflerden
etkilenir.
Protein
DNA üzerine oksidatif hücum ile 8-
8-OHdG ölçümünün validasyonu
peroksidasyonu
hidroksideoksiguanozin (8-OHdG)
gerekmektedir. HPLC ile ölçülür. Ticari
bio-göstergeleri
oluşur.
kitler bulunmaktadır.
52
1.8. DNA Hasarı
DNA, endojen ve ekzojen ajanlar ile sıklıkla hasarlanır. DNA hasarı; heliks
biçiminin bozulduğu lezyon olarak tanımlanır. Bir gün içinde hücre başına tahmini
oluşan DNA hasarı 100-500 spontan deaminasyon ile 20 000-40 000 tek iplik
kırılmasıdır (De Boer, 2002). Hücrede, hücre içi ROT’leri ile bir gün içinde oluşan
DNA hasarı çekirdek DNA’sında 130 000 baz mitokondriyal DNA’da 8 000 baz
olarak belirtilmiştir (Stavrides, 2006). DNA onarımı hücrenin hayatta kalımı ve
organizmanın sağlığı için esansiyeldir (De Boer, 2002). Şekil 1.10 da DNA hasarı ve
sonuçları şematize edilmiştir.
Şekil 1.10 DNA hasarı ve sonuçları (Bernstein ve ark., 2002).
Sigara dumanının metabolik ürünleri ve alkol direk DNA mutasyonlarını
indükleyebilir (Rigström ve ark., 2002).
Karsinojenezin ilk basamağında DNA hasarı önemli yer tutar. Kimyasal karsinojenDNA katım ürünü oluşumuna yol açabilir ve mutasyonların kalıcı hale gelmesi ile
tümörün görülmesi genellikle uzun zaman periyodunu gerektirir (Roth ve ark. 2000).
DNA’nın yapısında oksidatif hasara bağlı olarak meydana gelen değişikliklere de
(DNA-iplik çapraz bağlanma, DNA-iplik kırılmaları, kromozomal yeniden
düzenlenmeler ve eksilmeler) neden olabilir.
53
1.8.1. DNA Hasar Onarımı
Onarım çeşitli moleküller kompleks yollarla sağlanabilir. Genlerin kodladığı DNA
onarım molekülleri kanser yatkınlığı genleri olarak tanımlanmaya adaydır (Goode
ve ark., 2002).
Kansere karşı DNA onarımının içinde yer alan genler birinci basamak savunmada
kritik öneme sahiptir. Bu delillerin ışığında hasarlanmış DNA onarım kapasitesi
insan kanser yatkınlığında ilişkili bulunmuştur (Yu ve ark., 2004). DNA onarım
sistemleri kompleks ve girişimlidir. Bir sistemdeki eksiklik diğer sistem tarafından
tolere edilebilir (Olshan ve ark., 2002).
Birden çok DNA onarım yolu vardır. Bunlar;
HRR Homolog rekombinasyon onarım (Homologous rekombinational
repair)
NHEJ Homolog olmayan son-eşleşme onarım (Non homolog end-joining
repair)
NER Nükleotit çıkarım onarımı (Nucleotide excision repair)
BER Baz çıkarım onarımı (Base excision repair)
MMR Yanlış eşleşme onarımı (Mismatch repair) (Försti ve ark., 2004).
Her yolak çeşitli sayılarda proteinlerden oluşur.
Onarım eksikliği veya yanlışlığı onkogenlerin aktive edilmesi, tümör baskılayıcı
genlerin inaktive edilmesi veya heterozigozitenin kaybolması ile karsinojenezis
başlatılabilir.
54
1.8.2. Nükleotit Çıkarım Onarımı (NER)
NER onarım yolağı; insan genomunda oluşan ve geniş çeşitlilik gösteren hasarlara
karşı etkilidir. Bunlar; UV- indüklü foto ürünleri (psöralen-timin katımları, timin
dimerleri, 6-4 fotoürünleri), büyük hacimli katım ürünleri (Acetilaminoflorenguanin, cisplatin-guanin, 4-nitrokinolin oksit, PAH katımları),
çapraz bağlar ve
oksidatif hasarlardır (Yu ve ark., 2004; Yin ve ark., 2005; Rockenbauer vd. 2005).
Özellikle sigara dumanı ile oluşan DNA’daki büyük hacimli katım ürünlerinin
onarımında NER yolağı majör görevlidir. Günümüzde NER yolağının küçük DNA
katım ürünlerinin de onarımında yer aldığı bilinmektedir. Pek çok çalışma oksidatif
stresin onarımında yer aldığını göstermiştir (Moller ve Wallin, 1998).
Reaktif oksijen türevleri oksidatif metabolizmasının ürünleridir ve bunlar iltihap
reaksiyonları sırasında büyük miktarlarda oluşurlar. Bunlar çeşitli DNA lezyonlarını
tetiklerler. Bu lezyonlar timin glikolleri, 8-oxo guanin, siklodeoksi adenozindir. NER
yolağı bütün bu reaktif oksijen türevleri indüklü lezyonların uzaklaştırılmasında
etkilidir (De Boer, 2002).
NER yolağı 2 alt yoldan oluşmaktadır.
1.Global genom onarımı: DNA’nın transkribe olmayan bölgelerindeki hasarları
onarır. Global onarım çok yavaştır. İnaktif genlerin hasarlarını onarır (Lunn ve ark.,
2000).
2.Transkripsiyon çiftli onarım: DNA’nın transkribe olan bölgelerindeki hasarları
onarır. Transkripsiyon çiftli onarım çok çabuk olur. Çünkü bu hasar, aktif genlerin
transkribe ipliği ile onarılır (Lunn ve ark., 2000).
NER kilit hücresel işlevlerden transkripsiyon ve DNA replikasyonunda görev alır.
Bununla beraber NER tüm genom üzerinde etkilidir. Aktif olarak transkribe olan
55
genlerin onarımında tercih edilir. Böylece mutasyonun fiksasyonu, çift iplik
kırılmalarının birikmesi, kromozomların instabilitesi önlenir ve kanserden korunması
sağlanmış olur. Eğer hasar NER ile onarılırsa siklus devam eder veya alternatif
olarak apoptotik veya replikatif genlerin susturulması yolakları tetiklenebilir
(Tomescu ve ark., 2001).
NER yolağı 30 farklı proteinden oluşur. Bunlar DNA hasarının onarılması
basamaklarında yer alır (Bernstein ve ark., 2002). Bu proteinlerin başlıcaları çizelge
1.8 de gösterilmiştir.
Çizelge 1.8 Nükleotit çıkarım onarımında yer alan başlıca proteinler
GEN
XPC
KROMOZOM
ONARIM
YERİ
MEKANİZMASI
3p25.1
GG-NER
FONKSİYONU
DNA’ya
bağlanır,
hasar
bağlanır,
hasar
tanımlanması
RAD23A
19p13.13
GG-NER
XPC’ye
tanımlanmasında
XPE
11p11.2
GG-NER
DNA’ya bağlanır- E3-ubiquitin ligaz
XPB
2q14.3
GG-NER VE TC-NER
Helikaz 3´- 5´
XPD
19q13.32
GG-NER VE TC-NER
Helikaz 5´- 3´, kabarcık oluşturur
XPA
9q22.33
GG-NER VE TC-NER
Hasar tanımlanması
RPA1,RPA2,
17p13.3,
GG-NER VE TC-NER
Tek iplik DNA’ya bağlanır
RPA3
1p35.3,7p21.3
XPG
13q33.1
GG-NER VE TC-NER
3´-endonükleaz
XPF
16p13.12
GG-NER VE TC-NER
5´- endonükleaz
CSB(ERCC6)
10q11.23
TC-NER
DNA bağımlı ATPaz ve kromatini
tekrar modelleme
CSA(ERCC8)
5q12.1
TC-NER
E3-ubiquitin ligaz
GTF2H1
11p15.1
TC-NER
TFIIH özünün alt ünitesi, kabarcık
oluşturur
MNAT1
14q23.1
TC-NER
TFIIH’ın kinaz alt ünitesi, RNA pol
II ile transkripsiyonda yer alır.
GG-NER: Global genom nükleotit çıkarım onarımı, TC-NER: Transkripsiyon çiftli nükleotit
çıkarım onarımını ifade etmektedir ( Ichihashive ark., 2003; Yu ve ark., 2004;.Laine ve
Egly., 2006).
56
NER yolağının anahtar basamakları aşağıda açıklanmıştır. DNA’daki hasar
tanımlanır.
A) Onarım kompleksi toplanır.
B) DNA, helikazların aktivitesi için hazırlanır.
C) Hasarlanmış ipilk 24-32 nükleotit uzunluğunda kesilir. Hasarlı nükleotit
parçası ayrılır.
D) Onarım sentezi ile boşluk doldurulur.
E) Son olarak fosfodiester bağları bağlanır (Bernstein ve ark., 2002 ).
DNA hasarlı bölge öncelikle özel proteinler tarafından tanımlanır, XPD’ nin helikaz
aktivitesi, aktivitede uyumlu olduğu XPB helikaz ile çift sarmal DNA’nın açılması
sağlanır. Çift heliks çözülmesinden sonra çift insizyon yapılır ve oligonükleotit
lezyonun uzaklaştırılması sağlanır. Benzer bir açılım RNA transkripsiyonu için RNA
polimeraz II tarafından sağlanır (Benhamou ve Sarasin, 2005).
DNA hasarı, DNA onarım enzimleri tarafından uzaklaştırılır veya tamir edilir. Bu
enzimlerin normal fonksiyonları genomun bütünlüğünde ve hücresel neoplastik
transformasyonunda önemlidir (Lee ve ark., 2001).
Şekil 1.11 de NER yolağının basamakları şematize edilmiştir.
57
Şekil 1.11. NER yolağı basamaklarının şematik gösterimi
NER yolağında yer alan, önemli DNA onarım genlerinden biri olan Kseroderma
pigmentosum komplementer grup D (XPD) (Excision repair cross- komplementer
grup 2 ERCC2, genbank L47234), transkripsiyon çiftli onarımda, apoptozis ve hücre
siklusu düzenlemede, kompleks içindeki bir çok farklı proteinle birlikte çalışır (Hu
ve ark., 2004). Ve yapısal bağlantısız DNA lezyonlarının uzaklaştırılmasında
görevlidir (Yu ve ark., 2004).
Yedi XP komplementer grup tanımlanmıştır. XPA-G olarak adlandırılmıştır. Çizelge
1.9 da XP komplementer grubunda yer alan onarım genlerinin görevleri
gösterilmiştir.
58
Çizelge 1.9. XP komplementer grubunda yer alan onarım genlerinin görevleri (Laat ve ark.,
1999)
XPC
DNA hasar sensörü ve onarım- toplayıcı faktör
XPB
Genel transkripsiyon faktör kopleksi TFIIH in içinde yer alırlar.
XPD
Lezyonun olduğu bölgede iplik arasına girerek helikaz aktivitesi gösterirler.
XPA
Açılmış DNA konformasyonunda hasarı onaylar ve onarım mekanizmasının kalan
kısmı çalışmaya başlar.
XPG
Replikasyon protein A (RPA) açılmış DNA kompleksini stabilize eder. XPG ve
XPF
XPF endonukleazlarını DNA insizyonu için lezyonun çevresine yerleştirir.
XPE
Hasar tanımlamasında görevlidir.
1.9. Oksidatif Stres Hasarı
ROT’lar aşırı üretilmeleri halinde toksiktirler ve hücrelerdeki lipidleri, proteinleri ve
DNA’yı oksitleyerek peroksidasyona ve modifikasyonlara neden olabilirler. Bu
prooksidanların, özellikle ROT’lerin birikmesine “oksidatif stres” denir (Düzgüner,
2005)
Oksidatif stres DNA hasarını indükler, purin ve primidin bazlarında modifikasyonlar
DNA fragmentasyonu DNA iplik kırılmaları ve apoptozise neden olur (İnci ve ark.,
2003). Çizelge 1.10 da oksidatif DNA hasarları verilmiştir.
Çizelge 1.10 Oksidatif DNA hasarları (Moller ve Wallin, 1998)
LEZYON
ÖRNEK
Küçük oksidatif baz lezyonları Timin glikol, FaPy lezyonları, 8-oxodG,8-oxdA
İplik kırılmaları
Tek iplik kırılmaları, çift iplik kırılmaları
Çapraz bağlar
DNA-protein, DNA iplik arası, DNA iplik içi
Ekzosiklik katım ürünleri
εdA, εdC, 1,N2-dεG, N2-3-dεG, AdG, CdG
İntrasiklik katım ürünleri
8,5´-siklopürin 2´-deoksiribonükleosid
Alkillenmiş katım ürünleri
N7-(2-hidroksietil)-2´-deoksiguanin, M1dA, M1dC
I(doğal)-Bileşikleri
Bilinmiyor
59
Fazla ROT redoks dengesini bozar ve endojen makromolekülleri oksitler doku
hasarına neden olur (Ör: DNA, Lipit, Protein) (Cho ve Kleeberger, 2007).
Peroksidasyon ürünleri (organik ve inorganik ROT-DNA katım ürünleri, lipit
peroksitleri) oluşur ve bunlar oksidatif stresin başındadırlar (Cho ve Kleeberger,
2007).
Oksidatif stresin oluşturduğu reaktif oksijen türleri ve antioksidan savunma sistemi
arasındaki dengeye göre biyolojik olayların etkileşimi ve hastalıklar ilişkilidir.
Vücutta ayrıca yangı, bağışıklık sistemine ait hastalıklar, yaşlanma, nörolojik
hastalıklar, ateroskleroz, hipertansiyon, iskemik hasar, karsinojenezis, mutajenezis,
infeksiyöz hastalıklar, karaciger hastalıkları, akciğer hastalıkları, kardiyovasküler
hastalıklar, diyabet, romotoid artirit, Alzheimer, Parkinson, göz hastalıkları ve
ürolojik hastalıklar gibi hastalıklara da neden olabilir (Mena ve ark., 2009).
Şekil 1.12 de akciğer kanseri oluşumunda oksidatif stresin sonuçları gösterilmiştir
(Aruoma ve ark., 2005).
Şekil 1.12. Oksidatif stresin hücrede oluşturduğu olaylar
Yetersiz hücresel hasar onarımı mekanizmaları sonucu erken yaşlanma ve apoptozis
olabilir. Bununla birlikte ROT indüklü metabolik protein döngüsü için sinyalizasyon
yolaklarındaki dengesizlikler proteinlerin fonksiyonlarında bozukluklara sebep
olarak tümör oluşumunu tetiklemektedir (Mena ve ark., 2009).
60
Oksijen serbest radikallerin ve diğer reaktif oksijen türevlerinin bazı tip tümörlerin
metastaz insidansını arttırdığı gösterilmiştir (Allen ve Balin, 2003).
1.9.1. Antioksidan Savunma
Tüm aerobik organizmalar reaktif oksijen türevlerine (süperoksit anyonu, H2O2, OH
radikali) karşı koymak zorundadır. Bunlar aerobik hücrelerde moleküler oksijen
ürünlerinin
tamamlanmamış
indirgenme
ürünleridir.
Bu
reaktif
türevler;
karsinojeneziste, kardiyopulmoner hastalıklarda, kimyasal toksitede, radyasyon
hasarına, inflamasyonda, artrit oluşumunda, yaşlanmada rol oynar (Clair ve Holland,
1991).
Canlı hücrelerde bulunan protein, lipid, karbonhidrat ve DNA gibi okside olabilecek
maddelerin oksidasyonunu önleyen veya geciktirebilen maddelere antioksidanlar ve
bu olaya antioksidan savunma denir. Memeli hücrelerinde oksidan ürünlere karşı
korunma bazı prensipler içinde gerçekleşmektedir (Çavdar ve ark., 1997).
Oksijen türevli serbest radikaller hücrelerde endojen veya ekzojen kaynaklardan
oluşabilir. Ve DNA’yı çeşitlilik gösteren mekanizmalarla etkileyebilir (Jaruga ve
ark., 1994).
Oksidanların organizmadaki düzeylerini arttırıcı etkenlerin ve risk faktörlerinin iyi
belirlenmesi ve bunlardan uzak durulması ilk yapılması gereken girişim olmalıdır.
İkinci girişim ise ROT'lerle tetiklenen biyokimyasal reaksiyonları bir ya da birkaç
basamağında kırmaktır. Üçüncü mücadele yolu, oluşan mediyatörlerle aktive olan
inflamatuvar hücrelerin lezyon yerine hücumunu ve orada aşırı birikimini
önlemektir. Oksidan moleküllerle mücadelede üzerinde durulacak esas girişim ise
belirli düzeyi aşmış oksidanlara direkt olarak etki edip onları inaktif hale getiren
antioksidanlardır (Çavdar ve ark., 1997).
61
Vücutta reaktif oksijen türevlerine karşı savunmada hücre içi ve hücre dışı olarak
antioksidan savunma ikiye ayrılabilir. Hücre içi ve hücre dışı antioksidan savunma
sistemi redoks dengesinin korunmasında görevlidirler (Cho ve Kleeberger, 2007).

Hücre içi antioksidan savunma:
İnsanda belli başlı hücre içi antioksidanlar süperoksit dismutaz (SOD), katalaz
(CAT) ve glutatyon peroksidaz (GPX) enzimleridir. SOD'un yapısında bakır, çinko
ve manganez; GPX'de ise selenyum iyonu bulunduğundan bu enzimler metalloenzim
olarak da adlandırılırlar (Çavdar ve ark., 1997) .
SOD’lar oksidatif strese karşı hücrelerin korunmasında kritik role sahiptir. Bu
işlevini süperoksit anyonları hidrojen peroksite yıkarak gösterir. Süperoksit
radikallerinin dismutasyonu ile ya da direkt olarak oluşan hidrojen peroksit ise GPX
ve CAT enzimleri tarafından suya dönüştürülerek detoksifiye edilir (Çavdar ve ark.,
1997).
Normal koşullarda hücrede oluşan hidrojen peroksidin detoksifikasyonunda esas
olarak bir selenoenzim olan GPX fonksiyona sahiptir. CAT'ın hidrojen peroksit
oluşumunun arttığı durumlarda önemli etkinliğinin olduğu kabul edilmektedir. SOD,
GPX ve CAT enzimlerinden ayrı olarak E ve C vitamini de hücre içi antioksidan
özelliğe sahiptir. Her ikisi de hücre membranlarındaki lipid peroksidasyon zincir
reaksiyonlarını kıran antioksidanlardır (Çavdar ve ark., 1997) .

Hücre dışı ortamda antioksidan savunma:
Hücre içi ortamın aksine hücre dışı sıvılarda enzimatik antioksidan sistemin
aktivitesi sınırlıdır. Bu nedenle hücre dışı ortamda antioksidan savunmadan minör
olarak enzimler, majör olarak E ve C vitamini, transferrin, haptoglobin,
seruloplasmin, albumin,
bilirubin,
beta-karoten, ürik
asit, glukoz, sistein,
trakeobronşial mukus ve alfa-1 antitripsin sorumludur (Çavdar ve ark., 1997).
62
Bunların mekanizmalarına örnek verirsek; transferrin plazmadaki serbest Fe’i
bağlayarak, ferroksidaz aktivitesi olan seruloplazmin ise, iki değerlikli Fe iyonlarını
daha az reaktif olan üç değerlikli Fe iyonlarına dönüştürerek serbest radikal
oluşumunu dolayısıyla lipid peroksidasyonunu önlemektedir. Albumin ise,
antioksidan etkisini yapısındaki sülfidril grubu aracılığıyla Cu iyonlarını sıkıca
bağlayıp, OH-oluşumunu engelleyerek yapmaktadır (Düzgüner, 2005).
1.9.2. Hücre İçi Antioksidan Savunma
Oksijen solunum ve enerji eldesi işlemi, oksijenli solunum yapan canlılar için
gereklidir. Oksijenin kullanımının maliyeti serbest radikal oluşumudur. Serbest
radikallerin verdiği hasarlara karşı koruyucu olarak antioksidan enzimler görev
alırlar.
Süperoksit dismutaz (SOD) ailesinin proteinleri, hücreleri normal metabolizma
sırasında üretilen ROT’lerin toksik etkilerinden oksijen kullanan hücreleri korumak
için gereklidir. Bu enzimlerin koruyucu görevlerinin yanında bu proteinler hücrenin
fizyolojisini kontrol eden sinyalizasyon yolağında da görevlidirler.
SOD’un bilinen 3 formu vardır. Sitozolik Bakır/ Çinko Süperoksit Dismutaz (SOD1,
CuZnSOD); genellikle sitoplazma ve çekirdekte yer alır. Ekstraselüller Bakır/ Çinko
Süperoksit Dismutaz (SOD3, ECSOD); ekstraselüler kompartmanlarda yer alır.
Manganaz
Süperoksit
Dismutaz
(SOD2,
MnSOD);
mitokondride
bulunur.
Mitokondride süperoksit radikalinin dismutasyonunu katalizler ve H2O2, O2 üretir
(Ambrosone ve ark., 1999). SOD2, radikalleri temizleyerek hücreleri oksidatif hasara
karşı korur (Möllsten ve ark., 2007). Çizelge 1.11 de SOD izozimlerinin özellikleri
verilmiştir.
63
Çizelge 1.11. SOD izozimlerinin özellikleri
SOD
Yapısı
CuZnSOD Homodimer
Metaller
Moleküler Ağırlık (kDa) Kromozomal yeri
Cu ve Zn
MnSOD
Homotetramer Mn
ECSOD
Homotetramer Cu ve Zn
32
21q22
86-88
6q25
135
4q21
CuZnSOD: Bakır çinko süperoksit dismutaz, ECSOD: Ekstrasellüler süperoksit
dismutaz, MnSOD: Manganaz süperoksit dismutaz (Kinnula ve Crapo, 2003).
SOD tarafından, oksijen radikali uzaklaştırılırken oluşan hidrojen peroksit daha sonra
katalazlar ve peroksidazlar tarafından uzaklaştırılır. Peroksidazlardan en çok
çalışılmış olanı glutatyon peroksidazdır (Oberley, 2005).
Peroksidazların izozimleri selenyum bağımlıdır. Selenosistein içerir ve UGA kodonu
ile kodlanır. Evrensel genetik kodda 61 kodon 20 aminoasiti kodlar ve 3 tane kodon
sonlandırır. Bununla beraber UGA kodonu iki fonksiyona sahiptir. Hem protein
sentezini sonlandırır hem de aminoasit selenosisteini kodlar (Kryukov ve ark., 2003).
Memeli dokularında 4 büyük selenyum bağımlı GPX izozimi vardır. Klasik GPX
(GPX-1),Gastrointestinal GPX (GPX-2), Plazma GPX( GPX-3), Fosfolipid GPX
(GPX-4). Sonuçların gösterdiğine göre primatlarda GPX karakteristikleri benzerdir.
GPX-1, GPX-2 ile %57,7 benzerdir. GPX-3 ile %36,8 benzerdir. GPX-4 ile % 28,1
benzerdir (Fukuhara ve Kageyama, 2005).
Bunların dışında 2 GPX daha vardır. %40 sekans benzerliği içerir. Bu 2 sitozolik
GPX selenosistein içermez (Arthur, 2000). Bunlar farklı hücre fonksiyonlarında ve
vücutta farklı dokularda bulunur (Arthur, 2000). Çizelge 1.12 de GPX’lerin
bulundukları dokular ve özellikleri, Çizelge 1.13 de GPX izozimlerin görevleri
gösterilmiştir.
64
Çizelge 1.12. GPX izozimlerinin bulundukları dokular ve özellikleri
GPX
GPX1
Bulunduğu yer
Klasik, sitozolik,
Yapısı
Se
Referans
homotetramer
var
(Fukuhara ve Kageyama, 2005)
mitokondriyal
GPX2
Gastrointestinal yol
homotetramer
var
(Fukuhara ve Kageyama, 2005)
GPX3
Plazma,
homotetramer
var
(Fukuhara ve Kageyama, 2005)
monomer
var
(Fukuhara ve Kageyama, 2005)
homotetramer
yok
(Pappas ve ark., 2008 )
monomer
yok
(Fukuhara ve Kageyama, 2005;
ekstraselüler,
böbrekte
GPX4
Fosfolipit(PHGPX),
Hücre membranı, sperm, çoğu
dokuda
GPX5
Epididimal (se bağımsız)
epididimisde
GPX6
Burun epiteli, embriyonik
doku
Pappas ve ark., 2008 )
Çizelge 1.13. GPX izozimlerinin görevleri
GPX
Görevleri
GPX1
H2O2 veya yağ asit hidroperoksitleri hızla indirger
GPX2
GPX3
Zayıf aktivitesi vardır ve kolesterol hidroperoksitleri indirger.
GPX4
Fosfolipid hidroperoksiti etkin bir şeklide indirger. Ama hidrojen peroksite zayıf etkilidir.
GPX5
Spermiyogenezis ve sperm olgunlaşmasında antioksidan savunmada etkilidir.
GPX6
Burun epiteli, embriyonik dokularda antioksidan savunmada görevlidir.
(Fukuhara ve Kageyama, 2005; Pappas ve ark., 2008).
GPX proteini toksik hidroperoksitleri uzaklaştırma yeteneğindedir. cGPX- GPX1’ in
majör fonksiyonu, çözülebilir hidroperoksitleri (H2O2 gibi) ve bazı organik
hidroperoksitleri (kolesterol, uzun zincirli yağ asit peroksitleri)
veya t- butil
hidroperoksiti (Brigelius–Flohe, 1999) indirgenmiş glutatyonu (GSH) kofaktör
olarak kullanarak metabolize edip uzaklaştırmaktır (Pappas ve ark., 2008).
H2O2’nin su ve oksijen dönüşümünde görevli diğer bir enzim de CAT’dır. İnsan
katalazı Hem içeren peroksizomal bir enzimdir. Dört alt üniteden oluşan
65
homotetramer yapısındadır (Putnam ve ark., 2000). Her alt ünitesinin moleküler
ağırlığı yaklaşık 60 kDa’dır. Ve tek hematin grubu (Fe(III)- protoporfirin IX) içerir
(Quan ve ark., 1986).
En çok karaciğer, böbrek ve eritrositlerde bulunur. Olgun eritrositlerde sitozolde yer
alırken karaciğer hücrelerinde peroksizomlarda yer alır. On üç exonu vardır ve
11p13’de kromozomal yerleşimi vardır (Forsberg ve ark., 2001).
1.10. Baş-Boyun Kanserine Yatkınlık
Kişilerin kansere yatkınlığında maruz kalınan çevresel etkenler kadar karsinojenlere
hassaslıkta etkili olan bireysel farklılıklar da kanser oluşumunda önemli rol oynar.
Bu yatkınlığın biyokimyasal temeli spesifik kansere neden olan genlerdeki genel
populasyonda normal gözlenen polimorfizmler, çevresel genotoksinlerin metabolik
aktivasyon veya detoksifikasyonlarında görevli genlerdeki, DNA onarımı ve
tamirinde görevli genlerdeki, ROT’lara karşı savunmada görevli genlerdeki
polimorfizmler ile ilişkilidir (Morari ve ark., 2002).
Sigara ve alkol kullanıcılarının sadece bir bölümünde YHBB kanseri gelişmektedir.
Bu da genetik faktörlerin bu hastalıkta rol oynadığını düşündürür. YHBB kanserli
hastaların birinci derece akrabalarında kanser riskinin artışı, genç yaşlarda YHBB
kanseri gelişimi, herhangi bir karsinojene maruz kalmamış kişilerde kanserin
görülmesi kişisel yatkınlığın genetik temelli oluşunun kanıtıdır. Kişiler arası kanser
riski farklılığında metabolik enzimler ve DNA onarım enzimleri etkilidir (Baez.,
2008).
Kanser patogenezini anlayabilmek ve koruyucu tedbirleri alabilmek için kanser
yatkınlığında genetik değişkenlerin karakterlerinin bilinmesi önemlidir. Karsinojen
metabolizmasında ve onarımda yer alan polimorfik genlerin varlıkları düşük doz
kimyasal alımında bile kanser oluşma riskini arttırabilir (Bartsch ve ark., 1999).
66
Klinik çalışmaların gösterdiğine göre kalıtsal taşınan bazı genetik faktörler bazı
kişilerde YHBBK riskini arttırmıştır (Sturgis ve Wei, 2002). Bu da kişisel yatkınlığı
getirir. Şekil 1.13 de yatkınlıkta etkili olan faktörler gösterilmiştir.
Şekil 1.13. Kanserde yatkınlığı etkileyen faktörler (Vineis ve Perera, 2007).
67
1.11. Genetik Varyasyon
İki farklı kişi arasında DNA karşılaştırıldığında her 1250 baz çifti başına 1 tane
olmak üzere spesifik baz pozisyonlarında farklılık gösterirler bu da yaklaşık 2.3
milyon farklı baz anlamına gelir. Bu farklılıklara tek nükleotit değişimi (TNP) denir
(single nucleotide polymorphisms, SNPs). İnsan genom projesi, insan genom
sekansında yaklaşık 3 milyon TNP bulunduğunu belirtmiştir.
Bazı TNP’ler protein fonksiyonunu, genin transkripti olan mRNA’nın işlenmesinde,
stabilizasyonunda veya ekspresyonunda etkili düzenleyici sekansların fonksiyonunu
etkileyerek protein fonksiyonunu indirek olarak etkileyebilir. TNP’lerin yüksek
frekansları ve geniş dağılım doğaları nedeniyle basit veya karmaşık genetik arka
planlı hastalıklarda yer alan genler, dayanıklılık veya yatkınlık için genomik gösterge
olabilirler.
Çoğu DNA onarım geninin insanda genetik varyasyona sahip olduğu bilinmektedir
(Rybicki ve ark., 2004). Bu bilgiler halk sağlığının korunmasında faydalı olabilir.
Karsinojenik proseste klinik rol alan genler ile (karsinojen metabolize eden genler,
DNA hasar onarım
genleri, antioksidan savunma genleri, hücre siklusu
kontrol/apoptozis genleri) populasyondaki kanser riskinin dağılımı arası ilişki
hakkında fikir sahibi olunabilir (Sturgis ve ark., 2002).
1.12. XPD, SOD2, GPX1 Genleri
1.12.1. DNA Onarım Geni; XPD
XPD geni ATP bağımlı DNA helikaz olup, TFIIH’ ın komponentidir (Backendorf ve
ark., 2005). .XPD DNA çözülmesinde, DNA onarım ve bazal transkripsiyon
başlangıcında yer alır (Bernaburg ve Lehmann, 2001) ( Baccarelli ve ark., 2004).
68
XPD geni ökaryotlarda yüksek oranda korunmuştur. Sacchoromyces cerevisae de
Rad3, Schizosaccharomyces pombe Rad15 ve insan XPD’si arası %50 aminoasit
benzerliği vardır (Taylor ve ark., 1997).
Bu genin proteininin fonksiyonel bölümlerindeki aminoasit değişiklikleri kritik
bölgelerde olunca fonksiyon kaybına veya embriyo ölümüne neden olur. Farklı
bölgelerdeki varyasyonlar XPD’de, sadece protein etkilerinde farklılığa değil farklı
fenotiplerin ekspresyonlarıyla sonuçlanır (Matullo ve ark., 2001). Transkripsiyon,
transkripsiyon çiftli onarım, NER, apoptozis ve hücre regülasyonunda görevlidir
(Wang ve ark., 2008).
a) Genomik yapı
Yirmi üç exondan oluşan XPD geni 54,3 kilobaza sahiptir. Kromozomda 19q 13.213.3 te lokalize olmuştur. Ve evrimsel korunmuş olan helikazı kodlar.
cDNA’sı tek olup 2 400 nükleotitten oluşur. XPD gen ürünü protein 760 aminoasit
ve molekül ağırlığı: 86 900 olup adenozin trifosfat bağımlı 5'- 3' DNA helikaz
aktivitesi taşır (Benhamou ve Sarasin, 2005). XPD geni esansiyeldir. Bu gen
farelerde çıkartıldığında preimplantasyon ölüm olur (Gallego ve Sarasin, 2003).
b) Polimorfizm
NER yolağındaki genetik varyasyonlar çeşitli kanserler ile risk oluşturabilir (Yin ve
ark., 2005).
DNA onarım genlerinden XPD’de olan polimorfizmler saptanmıştır. Ve bu
polimorfizmlerin
fenotipik
değişikliğe
neden
olduğu
görülür.
Bazı
XPD
polimofizmlerinin belirgin olarak yüksek allel frekansları tespit edilmiştir. Allel
frekansları >0,20 olanlar sık olarak kabul edilir. Bu polimorfizmler; kodon 156,
69
kodon 312, kodon 711, kodon 751 deki polimorfizmlerdir (allel frekansları >25%)
(Benhamou ve Sarasin, 2005).
Şekil 1.14 de XPD geni ve 6 TNP bölgesi gösterilmiştir.
Şekil 1.14. XPD geni şematik gösterimi (Benhamou ve Sarasin, 2002).
İnsan XPD geni kodon 751 bölgesi polipeptidin C-terminal sonunda yer almaktadır.
Bu bölge evrimsel olarak az korunmuş bir yerdir (Clarkson ve Wood, 2005). Ekzon
23 de A35931C (Lys751Gln) de aminoasit değişimi vardır. Lizin (AAG), Glutamine
(CAG) dönüşür (Manuguerra ve ark. ,2006).
Lys751Gln polimorfizmlerinin poly A sinyalinden 50 baz yukarıda yer alması XPD
proteinin fonksiyonunu etkileyebilir. XPD 751 Gln varyantı aminoasit değişimi ile
hedef bölgelerin elektriksel konfigürasyonunu modifiye ederek helikaz aktivatör p44
ile etkileşimi engeller ve XPD fonksiyonunda değişikliğe neden olur. Böylece
helikaz aktivitesi düşmektedir (Baccarelli ve ark., 2004).
70
Mutant fenotipi, düşük DNA onarım kapasitesi ile ilişkilendirilmiştir (Hu ve ark.,
2004). Gln varyantı taşıyan yaşlı kişilerde DNA onarımı azalabilir. Trafik kirliliğine
bağlı büyük hacimli katım ürünleri seviyeleri Gln varyantı taşıyan bu kişilerde
yüksek bulunmuştur (De Boer, 2002).
NCBI SNP veritabanında XPD Lys751Gln polimorfizmi için K allel (Lys) gözlenme
oranı %79 iken Q (Gln) alleli oranı %21 olarak verilmiştir. Sık gözlenen
polimorfizmlerinden olan kodon 751’in allelik frekansı %9 ile %37 arasında değişir.
Gln/Gln homozigot gözlenme oranı Afrika kökenli Amerikalılarda %6,9, Asyalılarda
%1,1 ve beyaz ırkta %13,4 olarak belirtilmiştir (Manuguerra ve ark., 2006).
XPD Lys751Gln gen polimorfizminin coğrafik bölgelere göre dağılımları çizelge 1.
14 de gösterilmiştir.
71
Çizelge 1.14. XPD Lys751Gln polimorfizminin coğrafik bölgelerdeki dağılımı (Benhamou
ve Sarasin 2005)
Referans
Ülke
Etnik
Genotip frekansı (%)
Toplam
örnek
Lys/Lys
Lys/Gln
Gln/Gln
Gln allel
frekansı
(%)
ASYA
Chen vd. 2002
Çin
Çinli
109
37,6
44
18,4
40
Liang vd. 2003
Çin
Çinli
1020
83,1
16,3
0,6
9
Park vd.2002
Güney
Koreli
163
89
11
0,0
6
Japon
240
90,4
8,8
0,8
5
kore
Hamajima
vd.
Japonya
2002
AVRUPA
Misra vd. 2003
Finlandiya
-
302
34,1
50,7
15,2
41
Shen vd.2003
İtalya
Beyaz ırk
214
37,4
45,8
16,8
40
Matullo vd. 2003
İtalya
-
628
34,3
50,7
15,0
40
Hou vd. 2002
İsveç
-
162
42,6
40,1
17,3
37
Winsey vd. 2000
İngiltere
Beyaz ırk
211
34
51
15
40
Ünal vd.2007
Türkiye
Beyaz ırk
194
26
54
20
47
Güven vd. 2007
Türkiye
Beyaz ırk
121
21
61
18
49
Engin
Türkiye
Beyaz ırk
116
34,5
37,1
28,4
47
Türkiye
Beyaz ırk
265
33,2
50,1
16,6
42
ve
ark.,
2010
Bizim
Çalışmamız
KUZEY AMERİKA
David-Beabes vd.
Amerika
2001
Afrika
234
55,6
38,9
5,6
25
kökenli
Amerikalı
Zhou vd. 2002
Amerika
Beyaz ırk
1240
40,2
46,4
13,4
37
Vogel vd.2001
Amerika
Beyaz ırk
117
37,6
52,1
10,3
36
Spitz vd. 2001
Amerika
Beyaz ırk
360
44,2
45,0
10,8
33
Stern vd. 2002
Amerika
Beyaz ırk
197
40,1
44,7
15,2
38
Caggana vd. 2001
Amerika
Beyaz ırk
148
33,1
51,4
15,5
41
Qiao vd. 2002
Amerika
İspanyol
102
45,1
37,3
17,7
36
olmayan
beyazlar
72
c) Polimorfizmin kanserle ilişkisi
Polimorfizm
çalışmalarının
hipotezlerine
göre,
DNA
onarım
genlerindeki
polimorfizmlerin DNA onarım kapasitesini düşürdüğü ve böylece kanser
yatkınlığında artışa neden oldukları belirtilmektedir. Baccarelli ve arkadaşlarının
yaptığı (2004); XPD 751 Q (Gln) allelinin NER kapasitesini düşürdüğünü gösteren
çalışmada XPD 751 Q alleli taşıyan ve az güneşte yanma hassasiyeti olan kişilerde
melanoma riskinin arttığı belirtilmiştir (Lockett ve ark., 2005).
XPD polimorfizmleri birçok kanserle ilişkilidir. Çünkü XPD’nin çoklu hücresel
işlevlerde önemli görevi vardır (Yu ve ark., 2004).
Chen ve arkadaşlarının yaptığı çalışmalara göre XPD kodon 751 akciğer kanseri
riskini arttırmaktadır. Aminoasit değişimi Lys/Gln ile bazikten polara olarak XPD
proteinin fonksiyonunu değiştirebilir (Chen ve ark., 2002).
En çok rapor edilen verilere göre Gln allellerini taşıyanların daha yüksek seviyede
DNA katım ürünü taşıdıkları gösterilmiştir. Bu, kişilerin düşük etkinlikte onarım
yapmalarına bağlanır (Benhamou ve Sarasin, 2005).
Yapılan
bazı
çalışmalarda
indüklenmiş
polimorfizmle ilişkisi araştırılmıştır.
onarımında
eksik
olduğu
kromozom
hasarı
ekspresyonunun
XPD 751 Gln UV-ışığı indüklü hasarın
gösterilmiştir.
X-ışını
indüklenmiş
kromozom
aberasyonunda önemlidir (Manuguerra ve ark., 2006).
XPD Lys751Gln polimorfizmi için farklı kanser türlerinde yapılmış çalışmalar
bulunmaktadır. Farklı kanserler için anlamlı sonuç elde etmiş XPD Lys751Gln
polimorfizmi riskli allelerini gösteren çalışmalar çizelge1.15 de verilmiştir.
73
Çizelge 1.15. Farklı kanserler için XPD’nin risk allellerini gösteren çalışmalar
Kanser tipi
Akciğer
Populasyon
Riskli allel
Referans
Çin
Lys
Chen ve ark., 2002
Melanoma
Karışık
Lys
Han ve ark., 2005
Bazal hücre
Beyaz ırk
Lys
Dybdahl ve ark., 1999
Hintli
Gln
Ramachandran ve ark., 2006
Afrika kökenli Amerikalı
Gln
Buch ve ark., 2005
Çin
Gln
Yu ve ark., 2004
Ağız
Üst solunum yolu
Özafagus
1.12.2. Antioksidan Genleri; SOD2 ve GPX1
1.12.2.1. SOD2 Geni
Antioksidan enzimlerden en önemlisi olan SOD, hepatositlerin, eritrositlerin ve beyin
hücrelerinin mitokondri matriksinde bulunur. Kararlı bir yapıya sahiptir (McIntryre
ve ark., 1999).
SOD; süperoksit radikalini, hidrojen peroksit'e dismutasyonunu katalize eden bir
metalloenzimdir.
2O2 radikali+ 2 H+→ H2O2 + O2 reaksiyonu katalizler (Oberley, 2005).
Süperoksit, mitokondri ara membran boşluğuna geçer. Çünkü bu bölgede proton
zengin çevre vardır. Burada süperoksit radikalleri protonlanarak hidroperoksit
radikali oluşturur. Bunlar mitokondri matriksine difüzlenebilir. SOD2, süperoksitin
mitokondriyel matrikste ana temizleyicisidir (Clair ve ark., 2005).
Manganaz süperoksit dismutaz, SOD2 geni ile kodlanır. SOD2 sitozolde sentezlenir.
Ve postranskripsiyonel olarak modifiye edilerek mitokondri içine gönderilir
(Ambrosone ve ark., 1999). Mitokondriyal matrikse yerleşir (Möllsten ve ark., 2007).
Toplam SOD aktivitesinin % 10-20’sini gösterir (Remmen ve ark., 2003).
74
Farede bu enzimin genetik yoksunluğu (SOD2 -/-) neonatal ölümle sonuçlanır.
Doğumdan 1-24 gün içinde ölüm gerçekleşir. Doğumdan sonraki en uzun dönemde
(24 günlük yaşam) ölüm nedeni nörodejenarasyon olarak belirtilmiştir. Bu farelerde
DNA oksidatif hasarı 8-OH guanin, 8-OH adeninin, 5-OH sitozin miktarları 4 kat
artmıştır. SOD2 -/- fareler hiperoksiye çok hassastır. Tüm dokularda SOD2 aktivitesi
incelendiğinde; SOD2 +/- olan farelerde aktivite SOD2 +/+ olan farelerle
karşılaştırıldıklarında % 50 düşük bulunmuştur (Muller ve ark., 2007).
a) Genomik yapısı
SOD2’nin genomik yapısı insanda, sıçanda, farede tanımlanmıştır. SOD2 geni 5
ekzon ve 4 introndan oluşur. TATA veya CAAT upstream kutuları bulunmamıştır.
GC zengini bölgeleri vardır. Bunlar housekeeping genlerin tipik özelliğidir (Zelko ve
ark., 2002).
SOD2 geninin kromozomal lokasyonu; 6. kromozomdadır. Kromozomun 6q25
bölgesinde yerleştiği floresan institu hibridizasyon ve somatik hücre hibrit harita ile
gösterilmiştir (Zelko ve ark., 2002).
Şekil 1.15. SOD2 geninin şematik gösterimi. Siyah kutular ekzonları, ekzonların aralarında
kalan çizgi intronları ifade etmektedir. SP1, AP2 transkripsiyonel düzenleyici bölgeler ve
nükleer faktör NF-αB SOD2 genini çevrelemektedir (McIntyre ve ark., 1999).
SOD2 memeli hücrelerinin yaşamı için esansiyeldir. Homotetramerdir (Zelko ve ark.,
2002). Her alt ünitede bir manganez iyonu bulunur (Kinnula ve Crapo., 2003).
75
b) Polimorfizmi
SOD2’de sık rastlanan polimorfizm T→C değişimi, Valin/Alanin polimorfizmi (rs
4880, V16A) dir. Bu
polimorfizmde, mitokondriyal hedef sekansında kodon 9.
pozisyonda, sinyal peptidinde Valin (GTT)’den Alanin (GCT)’e değişim olmaktadır
(Ambrosone ve ark., 1999).
İkinci ekzonda başlangıç metiyonin kodonunun adenozininden sayıldığında 47.
nükleotitte, mitokondriyal sinyal sekansının 24. kalıntısı, –COOH terminali
tarafında, 16. aminoasitte alanin/valin polimorfizmi görülmektedir (Ambrosone ve
ark., 1999). Val(-9) Ala şeklinde de tanımlanmaktadır. Sinyal peptidinde sekansta 9.
aminoasitte meydana gelen polimorfizm olduğu belirtilmektedir (ShimodaMatsubayashi ve ark., 1996).
Mitokondri hedef sekansı amfibik helikal yapıdadır. Etkin transport ve mitokondride
protein prosesi için gereklidir (Mitrunen ve ark., 2001). Shimado-Matsubayashi’nin
belirttiğine göre aminoasit değişimi proteinin ikincil yapısında değişime neden olur.
Alfa helikal yapı beta tabakalı konformasyona girer.
Şekil 1.16. SOD2 Val16Ala polimorfizimi ile yapısının değişiminin şematik gösterimi Ω:
helikal yapıyı, Λ:β-tabakalı yapıyı simgelemektedir (Shimoda-Matsubayashi ve ark., 1996).
Sutton ve arkadaşlarının araştırmasına göre SOD2 C (Ala) allelleleri T (Val)
allellerine göre % 30-40 daha etkili olarak mitokondriyal matrikse yer değiştirirler
(Sutton ve ark., 2003). SOD2’nin Val allellerinin mitokondriye transportunda
etkinlik
azalması
sonucu
süperoksit
radikallere
tam
savunma
etkisini
gösteremeyebilir (Wang ve ark., 2001). Bunun sonucunda protein oksidasyonu
mitokondriyel DNA mutasyonları olabilir (Ambrosone ve ark., 1999). CC (Ala/Ala)
76
genotipli bireylerin SOD2 aktivitesi TC(Val/Ala) –TT(Val/Val) taşıyanlara göre
daha yüksek olabilir (Choi ve ark., 2007).
SOD2, süperoksit anyonunu (potansiyel DNA hasarı kaynağı) uzaklaştırdığından
SOD2 C (Ala) alleli kanser riskini azaltır denilebilir. Ama diğer taraftan SOD2 ile
H2O2 oluşur ve uzaklaştırılmadığında toksiktir. Böylece C (Ala) alleli kanser riskinin
artmasıyla ilişkilidir de denebilir (Choi ve ark., 2007). SOD2’nin mitokondri içine
geçemeyişinin sigara içen Val/Val genotiplilerde oksidatif stresi arttırdığı
gözlenmiştir (Möllsten ve ark., 2007).
Şekil 1.17. SOD2 sentezi, işlenmesi, taşınması, yerleşiminin teorik gösterimi. 1.SOD2’nin
ribozomal translasyonu, 2. SOD2’nin post translasyonal modifikasyonları, 3. SOD2’nin
mitokondriyal hedef sekansı (MTS) ile sitoplazmadan mitokondriye transferi, 4. Enzim
mitokondriye girdikten sonra MTS nin ayrılması, 5. Süperoksit radikalinin H2O2’ye
temizlenmesi, a-SOD2 Ala aminoasit (GCT) –MTS de, b-SOD2 enzimi Val amino
asiti(GTT), c- MTS ayrılması, d-Olgun enzim reaksiyona hazır hale gelmiştir (Yüce ve ark.,
2007)
SOD2 geni V16A polimorfizminin etkisinin araştırılmasında knock out fareler
denenmiştir. Homozigot SOD2 knock out farelerin küçük doğdukları ve 2-3 hafta
içinde kardiyomiyopati veya nörodejenaratif hastalıklardan öldükleri görülmüştür
(Clair ve ark., 2005). Bu farelerde ciddi anemi ve merkezi sinir sistemi nöronlarında
geniş dejeneratif hasar özellikle bazal ganglia ve beyin kökünde motor hasarlar
gözlenmiştir. Ve bunlar mitokondriyal hasarın delilidir (Remmen ve ark., 2003).
77
Heterozigot SOD2 Knock out farelerde SOD2 fonksiyonu değişmiştir (Möllsten ve
ark., 2007). Fakat SOD2 heterozigot knock out farelerin ve stres durumları dışında
normal yaşamlarını sürdürdükleri gözlenmiştir (Clair ve ark., 2005). SOD2
heterozigot farenin SOD2 aktivitesi bütün dokularda azalmış bulunmuştur. Fiziksel
fenotipinde yemek tüketimi, vücut ağırlığı gibi özellikleri yabanıl tip doğanlarla
benzerdir (Remmen ve ark., 2003).
Çizelge 1.16 da SOD2 Val16Ala polimorfizminin coğrafik bölgelere göre dağılımı
belirtilmiştir.
Çizelge.1.16. SOD2 Val16 Ala polimorfizminin coğrafik bölgelerdeki dağılımı
Referans
Ülke
Genotip frekansı (%)
Örnek
Etnik
sayısı
Val/Val
Val/Ala
Ala/Ala
Ala allel
frekansı
(%)
ASYA
Nakao vd. 2007
Japonya
Japon
107
73,8
25,2
0,9
13
İguchi vd. 2008
Japonya
-
137
27
43
30
51
Cai vd. 2004
Çin
Çinli
1197
73,9
24,2
1,9
14
AVRUPA
Mitrunen vd. 2001
Finlandiya
Finli
482
31,7
47,9
20,3
44
Arsova-
Makedonya
Makedon
151
27,2
48,3
24,5
49
Hung vd. 2004
Fransa
İtalyan
214
21
53,7
25,2
52
Akyol vd. 2005
Türkiye
Türk
196
34,2
42,3
23,5
44
Karahalil vd. 2010
Türkiye
Türk
58
5,3
42,1
52,6
74
Kadıoğlu vd. 2010
Türkiye
Türk
40
20
57,5
22,5
51
Bizim Çalışmamız
Türkiye
Türk
265
31,3
46,4
22,2
45
Sarafinovska
vd.
2008
KUZEY AMERİKA
Ambrosone
vd.
Amerika
-
110
23
56
21
49
Tamimi vd. 2004
Amerika
-
1205
24,7
50,8
24,6
50
Milikan vd. 2004
Amerika
Beyaz ırk
1135
23
52
25
51
Li vd.2005
Amerika
Beyaz ırk
764
24,9
49,6
25,5
50
1999
78
Bu polimorfizm sık görülür. Beyaz ırkta
%41-55 arasında değişmektedir (Kinnula
ve Crapo., 2003). Val alleli Japon ve Koreli populasyonunda (% 85-90), kuzey beyaz
ırk populasyonuna (%50) göre daha sıktır (Möllsten ve ark., 2007). Alanin–Valin
frekansları Japonlarda sırasıyla %12 ve %88 olarak verilmiştir (Ambrosone ve ark.,
1999).
c)Polimorfizmin kanserle ilişkisi
Mitokondriyel matrikste SOD2’nin düşüşü DNA’da oksidatif hasara ve kansere iki
yolla neden olabilir. İlk olarak mitokondri matriksinde süperoksit anyonlarının artışı
ve azalmış SOD2 aktivitesi mitokondrinin hasarlanmasına neden olur. İkinci olarak
matrikste artan süperoksit anyon seviyeleri diğer ROT’lerin oluşumunu sağlar (Ör:
H2O2). Daha fazla ROT salınımı ile bunlar mitokondri membranını geçebilir ve
çekirdekte oksidatif hasara neden olabilir (Remmen ve ark., 2003).
Bu bulguların ışığında insan SOD2 geninde mutasyon veya polimorfizm sonucu
SOD2
aktivitesinde azalma, insan populasyonunda kanser riskini arttırabilir
(Remmen ve ark., 2003).
SOD2’nin polimorfik varyantının olası etkisinin kanser gelişme riskini arttırdığı
tanımlanmıştır (Kinnula ve Crapo., 2003). Bazı insan tümör hücreleri SOD2
aktivitesini kaybeder ve bu kayıp, malignant fenotipin ortaya çıkmasından sorumlu
görünmektedir (Cai ve ark., 2004). Remmen ve arkadaşlarının yaptığı çalışmanın
gösterdiğine göre düşük SOD2 aktivitesi SOD2 +/- farelerde kanser görülme
insidansını arttırmıştır (Remmen ve ark., 2003). Çalışmanın önemli sonuçları SOD2
+/- farelerde DNA’ya oksidatif hasarın artması ve spontan tümör insidansında artıştır
(Remmen ve ark., 2003). Samper ve arkadaşlarının çalışmasında farenin embriyonik
fibroblastlarında ROT’un artan üretimine SOD2 -/- farelerden izole edilerek
bakıldığında kromozom değişimi ve genomik instabilitenin arttığı gözlenmiştir
(Remmen ve ark., 2003).
79
SOD2 aktivitesinin tümör hücrelerinde azaldığını belirten çalışmaların aksine insan
deri, yumurtalık, beyin, akciğer, böbrek tümörlerinde SOD2 antijen seviyelerinde
artış olduğu immuno histokimyasal veya ELİSA yöntemi ile serum örnekleri ve doku
homojenatlarından gösterilmiştir. Bu artışın nedeni olarak SOD2 enziminin
indüklenebilir bir enzim olduğu ve kanser hücrelerindeki yüksek seviye ROT veya
sitokinlerden dolayı SOD2 miktarının arttığı düşünülmektedir (Miranda ve ark.,
2000) .
SOD2 V16A polimorfizminin varyantlarının, farklı kanserler üzerinde değişik
etkilerini gösteren çalışmalar mevcuttur. Çizelge 1.17 de anlamlı sonuç elde edilmiş
çalışmalardan kanser tipleri ve riskli buldukları alleller gösterilmektedir.
Çizelge 1.17. Farklı kanserler için SOD2’in risk allellerini gösteren çalışmalar
Kanser tipi
Populasyon
Riskli allel
Referans
Meme
Finli
Ala
Mitrunen ve ark., 2001
Prostat ca
Japon
Ala
İguchi ve ark., 2008
Hepatocellüler
Faslı
Ala
Ezzikouri ve ark., 2008
Beyaz ırk
Val
Liu ve ark., 2004
İtalyan
Val
Hung ve ark., 2004
İsveç
Val
Bergman ve ark., 2005
Akciğer
İdrar kesesi
Meme
1.12.2.2. GPX1 Geni
GPX çoklu izozim ailesinin generik adıdır. Glutatyon peroksidazlar, glutatyonu
indirgeme substratı olarak kullandıkları için bu adı almıştır (Foster ve ark., 2006).
İlk kez GPX aktivitesini Mills 1997’de tanımlamıştır. Fonksiyonun, kırmızı kan
hücrelerini oksidasyonla hemolizden koruduğunu hipotezlemiştir (Arthur, 2000).
GPX, antioksidan enzimlerin en etkin olanıdır. Hücre içi hidroperoksitlerin yok
edilmesinden sorumludur. H2O2’i suya çevirerek methemoglobin oluşumunu engeller
ve membran lipidlerini peroksit anyonuna karşı koruyarak hücre membranının
80
bütünlüğünü korur. Bu enzimin diğer bir görevi spermiogenesis spermatozoanın
olgunlaşması, embriyonik gelişme sırasında antioksidan korumadır (Pappas ve ark.,
2008). GPX’ler farklılaşma ve sinyal iletimi, pre inflamasyon sitokin üretimi
regülasyonunda da görevlidir (Pappas ve ark., 2008). GPX1’in gastrointestinal
sistemde görevi, bakteriyal klonizasyona karşı korumada, inflamasyonla oluşan
ROT’un detoksifikasyonudur (Chu ve ark., 2004).
Serfas ve Ganther yaklaşık 30 yıl önce Se eksikliğinin nötrofillerde mikrobisidal
aktiviteyi düşürdüğünü bunun da GPX1 aktivitesinin eksikliği ile olduğunu
belirtmiştir. Buna göre Se bağımlı GPX1 inflamasyon cevapta rol oynar (Chu ve ark.,
2004).
E vitamini ile sinerjik etkileşimi söz konusudur. GPX, ayrıca büyüme, gelişme ve
üreme için gerekli bir iz element olan selenyumu yapısında bulundurur. Selenyum
eksikliğinin, bu enzimin aktivitesini azalttığı bilinmektedir (Brigelius–Flohe, 1999).
Orijinal olarak glutatyon peroksidaz olarak adlandırılmıştır. Klasik olarak GPX adı
verilen enzim artık GPX1 olarak adlandırılmaktadır (Arthur, 2000).
Klasik veya sitozolik GPX ilk tanımlanan memeli selenoproteindir (Brigelius –
Flohe, 1999). Yerleşimi sitoplazma olsa da çekirdekte de bulunur (Yu ve ark., 2006).
GPX1 mitokondride (Chu ve ark., 2004), endotelyal hücreler makrofajlarda, normal
ve aterosklerotik damarlarda da eksprese edilir (Nemoto ve ark., 2007). GPX1 damar
duvarının antioksidan savunmasında önemli role sahiptir (Hamanishi ve ark., 2004).
GPX1 bulunmayan fareler normal olarak büyürler ve oksidatif stres altında
kalmadıkça fenotiplerinde açığa çıkmaz (Hu ve Diamond, 2003). Bu hayvanların
oksidatif strese karşı daha hassas olduğu gösterilmiştir (Forsberg ve ark., 2000).
GPX1 -/- fare, yabanıl tip olana göre daha genç yaşta katarakt geliştirir. GPX1 -/olan farelerde azalmış vücut ağırlığı da rapor edilmiştir (Muller ve ark., 2007).
81
a)Genomik yapısı
GPX1; kromozom yerleşimi, 3p21.3 dir. 2 exondan oluşur. 1,42 kb büyüklüğündedir
(Ishida et al 1987).
Enzimin
lokalizasyonu
lenfosit
metafaz
yayılmalı instu
hibridizasyon
ile
gösterilmiştir. 80 KDa molekül ağırlığındadır (Mates ve Sanchez-Jimenez., 1999).
cDNA’sı farklı organizmalarda kodlanmıştır. İnsan, sıçan, fare, tavşan, sığır ve
koyunda kodlanmıştır. Tüm bu türlerde GPX1 tetramerik protein olup 4’ü özdeştir.
(Ratnasinghe 2000). Her bir alt ünitesi 1 selenositein içerir. Enzimin aktif bölgesi
tüm alt ünitelere bağlıdır. Kimyasal türevler bunu göstermek için kullanıldığında
enzimin aktif bölgresinde selenosistein olduğu anlaşılmıştır. (Arthur, 2000).
b)Polimorfizmi
GPX1 198. kodonundaki nükleotit sübstitüsyonu ile, Prolinin (CCC) Lösine (CTC)
dönüştüğü rapor edilmiştir (Ratnasinghe ve ark., 2000). GPX1 Pro198Leu
polimorfizminde (rs1050450- rs13181), kodon 198’de 593. nükleotitte C-T’ye
değişir (Hamanishi ve ark., 2004; Shinkai ve ark., 2006).
GPX1
Pro198Leu;
exon
2’de
yer
almaktadır
(Foster
ve
ark.,
2006).
Şekil 1.18. GPX1 geninin polimorfik bölgeleri. Siyah kutular ekzonları ifade etmektedir.
Oklar ise polimorfik varyantların saptanan pozisyonlarıdır (Hamanishi ve ark., 2004).
82
Prolinin lösine dönüşümü ile ikincil veya üçüncül yapıda değişiklik olduğu
düşünülür. Çünkü prolin sübstitüe olmamış serbest amino grubunu alfa karbonda
taşıyan tek aminoasittir. Peptidin ikincil yapısında tek sarmala neden olur
(Ratnasinghe ve ark., 2000).
İnsanlarda selenyum bağımlı GPX1 pro198leu mutant enzimi aktivasyonunun
ortamda aynı konsantrasyonda selenyum bulunduğu durumda 198 Pro yabanıl tip
enzimlerden az olduğu gösterilmiştir (Hansen ve ark., 2005). Leu allel frekansları
beyaz ırk için %36, Afrikalılarda %33, Japonlarda %5 olarak belirtilmiştir (Hu ve
ark. 2010). GPX1 Pro198Leu polimorfizmi için farklı coğrafik bölgelerde yapılmış
çalışmalar ve Leu allel frekansları çizelge 1.18 de verilmiştir.
Çizelge 1.18. GPX1 Pro198Leu polimorfizminin coğrafik bölgelerdeki dağılımı
Referans
Ülke
Genotip frekansı (%)
Örnek
Etnik
sayısı
Pro/Pro
Pro/Leu
Leu/Leu
Leu allel
frekansı
(%)
ASYA
Tang vd. 2008
Çin
Çinli
265
83,8
16,2
0
8
İchimura vd. 2004
Japonya
Japon
209
89,5
10,5
0
5
AVRUPA
Hansen vd. 2005
Danimarka
Norveçli
397
49,3
41
9,5
30
Arsova-Sarafinovska vd.
Makedonya
Makedon
123
46,3
38,2
15,4
34
İngiltere
İngiliz
1444
54
38
8
27
Danimarka
Danimarkalı
798
43,6
44,8
11,5
34
Mostowska vd. 2007
Polonya
Polonyalı
90
58,80
41,11
0
20
Zarbock vd. 2007
Almanya
Alman
117
49,6
43,6
6,8
28
Süzen vd. 2010
Türkiye
Türk
250
41,6
44
14,4
36
Bizim Çalışmamız
Türkiye
Türk
265
48,6
39,2
12,7
32
2009
Lightfoot vd. 2006
Raaschou-Nielsen
vd.
2007
KUZEY AMERİKA
Hu vd. 2004
Amerika
Karışık
517
47,2
40,4
12,4
33
Knight vd. 2004
Kanada
Beyaz ırk
372
45
44
10
32
Cox vd. 2004
Amerika
Beyaz ırk
1910
47,5
42,6
9,88
31
Yang vd.2004
Amerika
Karışık
165
52
35
13
30
Ahn vd. 2005
Amerika
Karışık
1088
48
42
10
31
83
c)Polimorfizmin kanserle ilişkisi
Bazı epidemiyolojik çalışmalar düşük GPX1 aktivitesi veya kısmi GPX1
polimorfizmlerinin
kanser
riskini
arttırdığını
göstermiştir
ama
bu
bütün
populasyonlar için geçerli değildir (Foster ve ark., 2006).
GPX1 pek çok bölgesinde polimorfiktir ve bazı spesifik GPX1 allelleri kanser riski
ile ilişkilendilmiştir (Zhuo ve Diamond, 2009). GPX1 geni Pro198 Leu polimorfizmi
ile değişik kanser türlerinin ilişkisi için pek çok çalışma yapılmıştır. Normal doku ve
tümörlü hücreler GPX1 genotip frekansı için karşılaştırıldığında baş boyun, meme,
kolon kanserlerinde belirgin fark göstermiştir.
Pek çok çalışmada 198. pozisyonda lösin yer aldığında değişik kanser tiplerinde
artmış risk gözlenmiştir (Zhuo ve Diamond, 2009). Hu ve arkadaşlarının yaptığı
çalışmada baş boyun kanseri için Leu alleli taşıyanlar Pro/Pro taşıyanlara göre 1,8
kez riskli bulunmuştur (OR:1,879; %95 CI 1,14-3,080; p= 0,012) (Hu ve ark., 2004).
Çizelge 1.19 da anlamlı sonuçlar elde edilmiş çalışmalardan kanser tipleri ve riskli
buldukları alleller gösterilmektedir.
Çizelge 1.19. Farklı kanserler için GPX1’in risk allellerini gösteren çalışmalar
Kanser tipi
Populasyon
Riskli allel
Referans
Akciğer
Finli
Leu
Ratnasinghe vd.2000
Akciğer
Amerikalı
Leu
Yang vd. 2004
Akciğer
Koreli
Leu
Lee vd.2006
Danimarkalı
Leu
Ravn Haren vd. 2006
Afrikan-Amerikan, Beyaz ırk
Leu
Hu vd.2004
İdrar kesesi
Japon
Leu
İchimura vd.2004
Lenfoma
İngiliz
Leu
Lightfoot vd. 2006
Akciğer
Danimarkalı
Pro
Raaschou-Nielsen vd.2007
Prostat
Makedon
Pro
Arsova-
Meme
Baş boyun kanseri
2009
Sarafinovska
vd.
84
1.13. Genetik Varyasyon Saptama Metotları

Polimeraz Zincir Reaksiyon (PZR) Yöntemi

DNA Dizi Analizi

Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi
1.13.1. PZR Tarihi
PZR teoride eski olmakla beraber pratikte yeni ve en çok uygulanan yöntemdir.
Kleppe ve arkadaşlarının (1971) belirttiğine göre bu metot ilk önce 1970’lerin
başlarında H.Ghobind Khorona ve arkadaşları tarafından genlerin kimyasal
sentezlerinin kolaylaştırılması için düşünülmüş bir stratejidir (Sambrook ve Russell,
2001). Onların düşüncesi, o zaman için uygulanabilir değildi çünkü o zaman daha
genlerin
dizilimleri
belirlenmemiş,
termostabil
DNA
polimeraz
enzimleri
tanımlanmamış ve oligonükleotit primer sentezlenmesi bilim için olası değildi. Saiki
ve arkadaşları (1985), Mullis ve arkadaşları (1986), Mullis ve Faloona (1987)
tarafından belirtildiğine göre bu düşünceler unutulduktan 15 yıl sonra Kary Mullis ve
Cetus birliğinden diğer çalışanlar Escherichia coli DNA Polimeraz I in Klenow
fragmanını kullanarak in vitro tek kopya memeli genini çoğaltmışlardır. Thermus
aquaticus Saiki ve arkadaşlarının (1988) yayınlarında elde edilen ısıya dayanıklı
polimerazın kullanılmasıyla PZR’ın etkinliği artmış ve metodun otomasyonunun
sağlandığı belirtilmiştir (Sambrook ve Russell, 2001).
1.13.2. PZR Metodunun Prensibi
İn vitro klonlama olan PZR ile DNA çift iplikleri yüksek ısı ile birbirinden
(denaturasyon) ayrılır. Bunu sentetik oligonükleotitlerin hedef DNA’ya bağlanması
(hibridizasyon) sonrası zincirin uzaması (polimerizasyon) izler. Bu işlemler belirli
sayıda tekrarlanarak yeterli miktarda ürün elde edilmesi sağlanır. Her adım farklı
85
sıcaklıklarda gerçekleşir. 94ºC-98ºC denatürasyon işlemi için, 37ºC-65ºC primer
bağlanması için, 72ºC zincirin uzaması için seçilen sıcaklıklardır.
1.13.3. PZR İçin Esansiyel Bileşenler
1.13.3.1. Isıya Dayanıklı DNA Polimeraz
Etkinliğine, büyük DNA ürünlerini çoğaltma yeteneğine göre değişik enzimler
seçilebilir. Rutin kullanılan Taq Polimeraz (0,5-2,5 ünite her 25- 50 µl reaksiyon
için)’ın 5’→3’ ekzonükleaz aktivitesi vardır. Doğruluğu düşüktür. Cline ve
arkadaşlarının (1996) bildirdiğine göre ısıya dayanıklı bir bakteri olan Pyrococcus
furiosus den elde edilen polimeraz enzimi Pfu polimeraz olarak adlandırılır ve bu
enzimin 3’→5’ ekzonükleaz aktivitesi vardır. Doğruluğu yüksektir. Diğer DNA
polimeraz enzimleri içinde nükleotit başına hata oranı en düşük olandır (Sambrook
ve Russell, 2001).
1.13.3.2.DNA Sentezi için Uygun Bir Çift Sentetik Oligonukleotit Primer
Çoğaltma reaksiyonunun etkinliği ve spesifikliğini pek çok faktör etkiler. Fakat hiç
birisi primer dizaynı kadar ciddi değildir. Dikkatle tasarlanmış primerler yüksek
kalitede ürün elde edilmesini, istenmeyen bölgelerin çoğaltılmasının önlenmesini
sağlar.
1.13.3.3.Deoksinükleotid Trifosfatlar (dNTPs)
Standard PZR eşit miktarlarda dATP, dTTP, dCTP, dGTP içerir. Her dNTP için 200250 µM konsantrasyon önerilir. Yüksek konsantrasyon (dNTP> 4 mM) Mg
ortamdan uzaklaştıracağından reaksiyonu inhibe eder.
+2
’u
86
1.13.3.4. İki Değerlikli Katyon
Bütün polimeraz enzimlerinin aktivitelerini gösterebilmesi için katyona ihtiyaç
vardır. Genellikle Mg+2 kullanılır. Rutin kullanılan miktar 1,5 mM Mg+2 dir. Krawetz
ve arkadaşlarının (1989), Riedel ve arkadaşlarının (1992) çalışmalarında belirttikleri
bazı durumlarda Mg+2 konsantrasyonunun arttırılması 4,5 mM veya 6 mM spesifik
olmayan ürün miktarında azalmaya, ve Haris ve Jones (1997)’un çalışmalarında
belirttiği gibi bazılarında artışa neden olabilir (Sambrook ve Russell, 2001).
1.13.3.5. Tampon Çözeltiler
Standart PZR’da ortamın pH’sının ayarlanması için kullanılır. İçerdiği Tris–Cl pH’
yı oda sıcaklığında 8,3 ile 8,8’e getirir. 72º C’ye gelindiğinde pH 7,2’ye kadar düşer.
1.13.3.6. Bir Değerlikli Katyon
Reaksiyon karışımına 50 mM KCl konulur. Uzunluğu 500 baz çiftinden büyük olan
hedef DNA parçaları için iyi çalışır.
1.13.3.7. Hedef DNA
Çoğaltılmak istenen dizilimi içerir.
87
1.13.4. Sıcaklık Döngüsü
1.13.4.1. Denatürasyon
Yüksek derecede çift iplikli DNA iplikleri birbirinden ayrılır. Hedef kısmın içerdiği
G+C miktarı arttıkça uygulanması gereken sıcaklık artar. Taq DNA polimeraz
kullanıldığında 94ºC - 95ºC de 30 döngü enzimde hasar oluşmadan çalışabilir.
1.13.4.2. Primerlerin Yapışması
Primer yapışma sıcaklığı kritiktir. Eğer çok yüksek sıcaklık ayarlanırsa primerler
zayıf yapışır, ürün miktarı düşük olur. Eğer çok düşük sıcaklık kullanılırsa spesifik
olmayan primer eşleşmesi sonucu istenmeyen DNA parçaları çoğaltılmış olur.
1.13.4.3. Uzama
Isıya dayanıklı polimeraz enzimi ile katalizlenen DNA sentezi için optimal sıcaklık
72ºC -78ºC arasındadır. Primer yapışması ve uzamasının etkinliğine göre döngü
sayısı belirlenir.
1.13.5. PZR Kullanım Alanları
PZR kullanım alanları şu şekilde sıralanabilir:

Kalıtsal hastalıklarda taşıyıcının ve hastanın tanısı

Prenatal tanıda

Klinik örneklerde patojen organizmaların saptanmasında

Adli tıpta
88

Onkojenezin araştırılmasında

Klonlamada /gen ekspresyon araştırmalarında

DNA dizi analizinde, büyük miktarda DNA örneklerinin oluşturulmasında

Bilinmeyen dizilerin tayininde

Geçmişe ait DNA ların incelenmesi ve evrimin aydınlatılmasında

Restriksiyon parça uzunluk polimorfizm analizinde

İn vitro fertilizasyon yapılan tek hücrede, implantasyon öncesi genetik
testlerin yapılması ve sonra implantasyon gerçekleştirilmesi ile bebeğin
normal doğmasının sağlanması

DNA protein interaksiyonunun araştırılmasında (footprinting) kullanılabilir
(Akar, 1999; s.; 157).
1.14. Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (RPUP)
DNA’nın enzimatik kesimi restriksiyon endonükleazlar kullanılarak yapılır.
Restriksiyon endonükleazlar çift iplikli sarmal DNA’da özel nükleotit dizilerini
tanıyan ve her iki ipliği de kesen enzimlerdir.
DNA polimorfizminin saptanmasında, araştırılan polimorfizm; bir restriksiyon enzim
kesim bölgesinin yok olmasına ya da yeniden oluşmasına neden oluyorsa RPUP
yöntemi kullanılır.
DNA polimorfizm bölgesine uygun enzimlerle kesildiğinde farklı uzunluklarda
parçalar oluşur ve bu parçaların farklı pozisyonlarda gözlenmesi ile incelenen
polimorfizm bölgesinin genotipi anlaşılır.
89
1.14.1. RPUP Kullanım Alanları

Kalıtım çalışmalarında
 Yapısal heterozigotluğun kaybının (LOH) incelenmesinde
 Doku tiplemesinde/prenatal tanıda/babalık tayininde

Gen klonlamasında

Enfeksiyon ajanlarının (bakteriler/virüsler) birbirlerinden farklılıklarının
belirlenmesinde kullanılabilir (Akar, 1999; s.; 230).
1.15. Jel Elektroforez
Elektroforez yüklü moleküllerin bir elektriksel alan uygulandığında sıvı içeren bir
ortamda hareket hızlarının ölçüldüğü bir yöntemdir.
Temel prensip; eksi yüklü moleküllerin (anyonlar), artı yüklü elektroda (katoda), artı
yüklü moleküllerin (katyonlar) eksi yüklü elektroda (anot) hareket etmesidir.
Kullanılan
ayırma
ortamının
cinsine
göre
çeşitli
elektroforez
teknikleri
kullanılmaktadır. Kağıt elektroforezi, selüloz asetat elektroforezi, agar jel
elektroforezi, nişasta jel elektroforezi, poliakrilamid elektroforezi ve SDSpoliakrilamid jel elektroforezi bunlar arasında sayılmaktadır (Ekici ve Alişarlı,
2003).
1.15.1. Agaroz Jel Elektroforez
Agaroz 1,3-bağlı β-D-galaktoz ve 1,4-bağlı 3,6-anhidro-α-L-galaktozun düz zincir
halinde kondansasyonuyla meydana gelmiş ko-polimerdir. Moleküler ağırlığı
120.000 dalton üzerindedir. Nadir olarak karboksilat, piruvat veya sülfat ile yer
değiştirme olabilir. Agaroz molekülleri yüksek sıcaklıkta çözeltide rastgele halka
yapısındadır. Soğurken agaroz halkaları non kovalent hidrojen bağları oluşturarak
90
helikal fiber yığınları oluştururlar. Sıcaklık düşmeye devam ettiğinde jelleşme devam
eder. Fiber yığınların birleştikleri yerlerde ilave hidrojen bağlar oluşarak birleşme
bölgeleri oluşur (Stellwagen 2009). Agarozun jelleşmesi sonucu üç boyutlu kanallar
oluşur ve çapları 50 nm ile 200 nm arasında değişir (Sambrook ve Russell., 2001; s.;
5.4).
Agaroz jele uygulanan, DNA moleküllerinin hareketleri jele uygulanan elektrik
alanına bağlıdır. Çünkü elektrik alanı birleşme bölgelerindeki hidrojen bağlarını
ayırır (Stellwagen, 2009).
DNA negatif yüklü bir polielektrolittir ve agaroz moleküllerinin anyonlara
bağlandığı bilinmektedir (Stellwagen, 2009).
1.15.1.1. Agaroz Jelde DNA’nın Göçünü Etkileyen Faktörler
a) Jel konsantrasyonu
Jelin
konsantrasyonu
değiştirildikçe
resolüsyon
değiştirilebilir.
Yüksek
konsantrasyonlar küçük moleküller için daha iyi bir ayırım sağlamaktadır. Agaroz
jeller konsantrasyonlarına bağlı olarak DNA parçalarını 20 bç aralıklarla net gösterir.
Çift iplikli DNA molekülleri jelde büyüklüklerine göre ilerlerler. Çünkü büyük
moleküller porlardan geçerken daha büyük bir sürtünme gücü ile karşı karşıyadırlar
(Sambrook ve Russell., 2001; s.; 5.4).
b)DNA’ların görüntülenmesi
Jelde yürütülmüş DNA’ların görüntülenmesinde en çok kullanılan etidiyum bromür
DNA ile interşelasyon oluşturur. Bir etidiyum bromür molekülü yaklaşık 2,5 bç’ni
bağlar. Van der Waals bağları ile baz çiftlerinin altını ve üstünü bağlar. UV
91
radyasyonunun 254 nm dalga boyu DNA tarafından absorbe edilerek boyaya iletilir.
302 nm ve 366 nm UV ışık boya tafından absorbe edilir. Böylece parlayan
DNA’ların görünmesi sağlanmış olur. Ayrıca çift iplikli DNA’nın negatif yükünü
azaltır. DNA’nın sertliğini artırır (Sambrook ve Russell .,2001; s.; 5.5).
Etidiyum dışında SYBR Gold ticari adıyla satılan DNA’ya çok hassas ve yüksek
affinite ile bağlanabilen simetrik olmayan florasan siyanin olan bir boya da
bulunmaktadır. Florosan özelliği etidiyum bromürden 1000 kat fazladır. Maksimum
eksitasyon piki 495 nm de, ikinci pikini 300 nm de verir. Florasan emisyonu 537 nm
de olur. Fakat çok pahalıdır. Elektroforez işlemi bittikten sonra boyama
gerçekleştirilir. Etanol ile çöktürme yöntemi ile nükleik asitlerden ayrılabilir
(Sambrook ve Russell .,2001; s.; 5.15).
c)Voltaj
DNA’ların jelde ilerleyebilmeleri için elektriksel alan uygulanması gerekir.
Uygulanacak voltaj arttıkça jelde ürünlerin ayrılmaları azalmaktadır. Maksimum
rezolüsyonun elde edilmesi için 2 kbazdan büyük olan DNA parçaları incelenecekse
jelin cm’si başına 5-8 V dan fazlası uygulanmamalıdır (Sambrook ve Russell.,2001;
s.; 5.6).
d)Tamponlar
Elektroforezin gerçekleşmesi için farklı tampon çözeltiler kullanılabilir.

TAE Tris- asetat ve EDTA( pH 8,0)

TBE Tris-borat ve EDTA

TPE Tris-fosfat ve EDTA 50 mM konsantrasyonda (pH 7,5-7,8)
TAE en düşük tampon kapasitesine sahiptir. Elektroforez uzun süreli ise etkisini
kaybeder.
92
TBE ve TPE, TAE’ye göre biraz daha pahalıdır. Ama belirgin olarak yüksek
tamponlama kapasiteleri vardır. Çift iplikli DNA parçaları TBE ve TPE
tamponları kullanıldığında TAE kullanılması durumuna göre %10 daha hızlı
jelde ilerlerler. Fakat yüksek molekül ağırlıklı DNA’lar için TAE’nin
resolüsyonu TBE veya TPE’ye göre daha iyidir. Düşük molekül ağırlıklı
DNA’lar için ise durum tam tersidir.
e) Jel yükleme tamponları
Bu tamponlar örneklere jele yüklenmeden eklenir. Üç amaca hizmet ederler.

Örneğin dansitesini artırırlar.

Örneğin kuyucuğun dibine çökmesini sağlarlar

Örneğe renk verirler. İçerdikleri boya sayesinde elektroforez olayının
sonlandırılması gereken zaman belirlenebilir.
Bromfenol mavisi; Agaroz konsantrasyonundan bağımsız olarak Ksilen siyanolden
yaklaşık 2,2 kez daha hızlı ilerler. 0,5xTBE tamponunda 300 bç’lik çift iplikli DNA
ile aynı hızda ilerlerken ksilen siyanol 4 kb çift iplikli DNA ile aynı hızda ilerler
(Sambrook ve Russell.,2001; s.; 5.9).
1.15.2. Poliakrilamid Jel Elektroforez (PAGE)
Poliakrilamid jeller, akrilamid ve çapraz bağlantı ajanı N,N’-metilenbisakrilamid’in
reaksiyonu ile kimyasal çapraz bağlı jellerdir (Stellwagen, 2009).
Poliakrilamid jellerin agaroza göre bazı avantajları vardır.
93

Poliakrilamid jeller küçük DNA parçalarının ayrılmasında daha
başarılıdır (5-500 bç). Poliakrilamid jeller DNA parçalarının 1 bç lik
farklılıklarını bile net gösterebilir.
 Daha fazla miktarda DNA’nın uygulanabilmesini sağlar. Bir kuyucuğa
(1 cm x 1 mm) 10 µg’a kadar DNA yüklenebilir.
 Poliakrilamid jellerden DNA daha saf olarak geri kazanılabilir.
Poliakrilamid jellerin boyanmasında etidiyum bromür kullanılabilir fakat agaroz jel
donmadan
katıldığı
gibi
poliakrilamid
jelin
içine
katılırsa
akrilamidin
polimerleşmesine engel olur. Eğer Etidiyum bromür kullanılacaksa jelde yürütme
işlemi bittikten sonra 30-45 dakika boyada bekletilerek jelin boyanması sağlanabilir
(Sambrook ve Russell., 2001; s.; 5.13).
1.16. Amaç
İnsanlar yaşamları boyunca kimyasal maddelere maruz kalırlar. Kanser gibi
kompleks hastalıkların gelişiminde çevresel faktörler ve genetik faktörler birlikte yer
alır. Benzer maruziyet şartlarında bulunmuş bireyler arasında hastalık gelişiminde
farklılıklar mevcuttur. Bu farklılığın açıklanmasında genetik faktörler önem
kazanmaktadır. Kanserojen maddelerin neden olduğu biyolojik mekanizmalarda yer
alan proteinleri kodlayan genlerdeki bireysel farklılıklar kanser gelişiminde ipucu
olabilir.
Bu tezde baş boyun kanseri gelişiminde sigara dumanının toksik etkilerine karşı
koruyucu rol oynayan GPX1, SOD2, XPD genleri üzerinde çalışılmıştır. Bu genlerde
yer alan bireyler arası farklılığa neden olan TNP’ler ile hastalık gelişimi arasındaki
ilişki araştırılmıştır.
Böylece bu hastalık gelişim mekanizmasının anlaşılması, bu gelişimde incelediğimiz
genlerin önemi ve hastalığın tedavisinde yardımcı olabilecek bilgilerin elde
edilmesinde halk sağlığı alanında önemli bir adım atılmış olacaktır.
94
2. GEREÇ VE YÖNTEM
2.1.Araştırma Kurgusu
2.1.1. Çalışma Grupları
Çalışma grubu baş ve boyun bölgesi kanserlerinden herhangi biri bulunan 139 (121
erkek, 18 kadın) kişiden meydana gelmektedir. Kontrol grubu hastane kaynaklı olup,
akraba olmayan 265 (179 erkek, 86 kadın ) hiçbir kanser belirtisi taşımayan
kişilerden oluşturulmuştur. Helsinki Deklarasyonuna uygun olarak Dr.Abdurrahman
Yurtaslan Ankara Onkoloji Eğitim ve Araştırma Hastanesi Başhekimliği İlaç
Araştırmaları Yerel Etik Kurulu’ndan onay alınmıştır. Çalışmada yer alan herkes için
yaş, cinsiyet, sigara ve alkol alışkanlıklarını gösteren anketler doldurulmuştur.
Kişiler
çalışmaya
katılmayı
kabul
ederek,
bilgilendirilmiş
olur
formunu
imzalamışlardır.
a) Çalışmaya dahil olma kriterleri
Baş boyun kanserli hastalar için; 18-85 yaş arası olmak, gözle muayene, fizik
inceleme, görüntüleme ve patolojik analiz sonuçlarına göre baş boyun kanseri tanısı
konması, histopatolojik sınıflandırmaya göre birincil YHBB kanserli olması şartları
aranmıştır.
Kontrol grubu için; 18-80 yaş arasında olmak, hiçbir kanser bulgusu ve tanısı
olmaması şartları aranmıştır.
95
b) Çalışmaya alınmama kriterleri
Baş boyun kanserli hastalar için; primeri üst solunum yolu dışında olan veya primeri
bilinmeyen bir kaynaktan metastaz yapmış olan ve histopatolojik olarak yassı hücre
karsinomu harici tanımlanmış olanlar çalışmanın dışında bırakılmıştır.
Kontrol grubunda daha önce herhangi bir kanser tanısının olması durumunda bu
kişiler çalışma dışında bırakılmıştır.
2. 1. 2. Kan Numunelerinin Temini ve Saklanması
Bu çalışmada kullanılan hastalara ait kan numuneleri Sağlık Bakanlığı A.Y. Ankara
Onkoloji Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nin Kulak Burun Boğaz Kliniği’nden,
kontrol grubu kan örnekleri de bu hastanenin Kulak Burun Boğaz Polikliniği’nden
sağlanmıştır. Vaka grubunun yaş ortalaması 59,5 ± 20,15, kontrol grubunun yaş
ortalaması 47,09 ± 13,39 dur.
Her iki grubu oluşturan bireylerden alınan 2 ml venöz kan heparinli tüplere konarak
DNA izolasyonu yapılana kadar + 4ºC’de saklanmıştır.
2. 1. 3. Çalışma Planı
Bu araştırmada heparinli steril kan alma tüplerine alınan kan numuneleri soğuk zincir
bozulmadan laboratuvara getirildi. Akyuvarlar tüm kandan santrifüj ile ayrılarak
hücre çekirdeklerinden DNA izole edildi. DNA numuneleri analizler yapılana kadar
–20ºC’de saklanmıştır. Bu tezde üç (3) adet tek nükleotit polimorfizmi (TNP)
incelenmiştir. Bunlar DNA onarımında yer alan XPD, antioksidan savunma
sisteminde yer alan SOD2 ve GPX1 genleridir. TNP analizlerinde PZR ve RPUP
metotları, görüntüleme yöntemleri olarak agaroz jel elektroforez ve poliakrilamid jel
elektroforez kullanılmıştır. Elde edilen numuneler,
etidiyum bromür (EtBr2) ile
96
boyanmış agaroz jelde yürütülerek ultraviyole ışığı ile görünür hale getirilmiştir.
SOD2 geni çalışmasında elde edilen ürün miktarı az olduğu için agoroz jel
elektroforez yönteminden daha hassas olan poliakrilamid jel elektroforezi tercih
edilmiştir. Poliakrilamid jel elektroforez yapıldıktan sonra jeller 2.2.6.6’da anlatıldığı
gibi gümüş nitrat ile boyanmıştır.
Görünür hale gelen bantların fotoğrafları jel
görüntüleme sisteminde çekilmiştir.
2. 2. Analiz Yöntemleri
2. 2. 1. Tam Kandan DNA İzolasyonu
Hasta ve kontrol grubundan alınan kan numuneleri rotatöre yerleştirilerek 10 dakika
beklendi. Kan numuneleri tamamen homojen hale geldikten sonra DNA
izolasyonuna başlandı.
2.2.1.1. DNA İzolasyonu Sırasında Kullanılan Kimyasal Maddeler
İzopropanol (Merck, Almanya)
Etanol (Scharlau, European Union)
Hücre Lizis Solusyonu (Promega, ABD)
Nükleus Lizis Solüsyonu (Promega, ABD)
Protein Çöktürme Solüsyonu (Promega, ABD)
DNA Rehidratasyon Solüsyonu (Promega, ABD)
97
2.2.1.2. İzolasyon Sırasında Kullanılan Aletler ve Malzemeler
Otoklav (SANYO, MAC-235 EX)
Rotatör (Labinco BV)
Santrifüj (Thermo/ EC-mikro Max )
Mini santrifüj (combi spin)( Boeco, Almanya)
Vortex (Labinco L 46)
Isı ayarlayıcısı (Thermo Hybaid Multiblock Sistemi) Thermal Cycler
DNA izolasyon tüpleri (Costar, ABD)
PZR tüpleri (Tceff Lab, İsviçre)
Kan saklama tüpleri (BD Vacutainer Systems, UK)
-80º C derin dondurucu (Heto Ultra Freze)
-20º C derin dondurucu (Beko)
Otomatik pipet (Jencons Sealpette), (Jetman,Gilson)
Pipet uçları (Costar, ABD)
2.2.1.3. Deneyin Yapılışı
1. Dokuz yüz (900) µl hücre lizis solüsyonu, 1,9 ml’lik mikrosantrifüj tüpüne
konuldu.
2. Homojen kan numunesinden üç yüz (300) µl alınıp hücre lizis solüsyonu içeren
tüpe eklendi. Tüpün içeriğinin karışması için pipetle 2-3 kez çekilip geri bırakıldı.
3. Tüp rotatöre yerleştirilerek oda sıcaklığında 10 dakika alyuvarların parçalanması
beklendi. Oda sıcaklığında 13 000-16 000 x g’de 20 saniye santrifüj edildi.
4. Görünür haldeki beyaz pellete zarar vermeden olabildiğince süpernatant tüpten
uzaklaştırıldı. Tüpte yaklaşık 10-20 µl sıvı bırakıldı.
5. Akyuvarlar (beyaz pellet) dağılana kadar tüp vortekslendi (10-15 saniye).
6. Tüpe 300 µl çekirdek lizis solüsyonu ilave edildi. Akyuvarların iyice parçalanması
için beş-altı kez pipetlendi. Bu işlemle solüsyon viskoz hal aldı.
98
7. Çekirdek lizis solüsyonlu lizat üzerine 100 µl protein çöktürme solüsyonu
eklendikten sonra, 10-20 sn vortekslendi. Küçük protein agregatları vorteks işlemiyle
görünür hale geldi.
8. Oda sıcaklığında 13 000-16 000 x g’de 3 dakika santrifüj yapıldıktan sonra koyu
kahverengi protein pelleti çöktü.
9. Temiz mikrosantrifüj tüpüne 500 µl izopropanol konuldu. Diğer tüpte santrifüj ile
çöktürülmüş protein pelleti dağıtılmadan süpernatant izopropanol üzerine aktarıldı.
10. Solüsyon yavaş ve hassas şekilde ters düz edilmek yoluyla karıştırılarak DNA,
beyaz iplikler şeklinde görünür hale getirildi.
11. Oda sıcaklığında 13 000-16 000 x g’de 1 dakika gerçekleştirilen santrifüj
işleminden sonra DNA beyaz pellet hallinde dipte kütle oluşturdu.
12. Süpernatant alındıktan sonra tüpe 300 µl % 70’lik etanol eklendi. Tüp dikkatlice
birkaç kez ters düz edilerek DNA pelleti ve mikrosantrifüj tüpü çeperleri yıkandı.
Böylece bu aşamaya kadar gelen safsızlıklar ortamdan uzaklaştırıldı.
13. Oda sıcaklığında 13 000- 16 000 x g’de 1 dakika santrifüj edildi. Süpernatant
dikkatlice alındı.
14. Etanol uzaklaştırıldıktan sonra tüp süzgeç kâğıdının üzerine ters çevrilerek
yerleştirildi. 10-15 dakika boyunca DNA pelletinin hava ile kuruması beklendi.
15. Tüp kuruduktan sonra 100 µl DNA Rehidratasyon Solüsyonu ilave edildi. Bir
gece boyunca oda sıcaklığında inkübe edildi.
16. DNA numuneleri ertesi sabah – 20ºC’lik derin dondurucuya kaldırıldı.
2. 2. 2. DNA Miktar Tayini
2.2.2.1. DNA Miktar Tayininde Kullanılan Aletler ve Malzemeler
Spektrofotometre (WPA Biowave, S2100 Diode Array)
Spektrofotometre küvetleri (Black Quartz,10 mm 50 µl submicro, Z15)
99
2.2.2.2. Deneyin Yapılışı
Kan numunelerinde izole edilmiş DNA’ların miktarlarının tayini spektrofotometre
ile yapıldı. DNA solüsyonlarından 5 µl alınarak temiz bir tüpe konuldu. Üzerine 95
µl distile su ilave edilerek 1/ 20 oranında seyreltildi. Karıştırıldıktan sonra santrifüj
yapılarak tüpün çeperlerinde kalan çözeltinin çökmesi sağlandı.
Nükleotidlerin heterosiklik halkaları 260 nm dalga boyundaki ışığı maksimum emme
özelliği taşıdığından, bu dalga boyundaki emme derecesi nükleik asitlerin miktarının
bir ölçüsüdür. Buna göre DNA’nın miktar ve saflığı, spektrofotometrede 260 ve 280
nm dalga boylarında elde edilecek değerlerden belirlenebilir. 1 optik dansite (OD)
çift iplikli DNA için 50 μg/ml’ye karşılık gelmektedir. Bu değer katsayı olarak
formülde yer alır. DNA numunelerinin 260 nm’de absorbansları ölçüldü. DNA
miktarı aşağıdaki formülle hesaplandı.
DNA (µg/ml) = A260 × d × l × 50
Bu formülde:
A260: Spektrofotometrede 260 nm’de okunan değer,
d: Seyreltme faktörü (dilüsyon),
l: Spektrofotometre küvetinin uzunluğu,
50: Çift iplik DNA miktar tayininde kullanılan sabit değer. A260 değerini
nükleik asitin µg/ml verisine dönüştürme katsayısı
DNA saflığının saptanması için A260 değeri, A 280 değerine oranlandı. Saf DNA için
A260/ A280 oranı yaklaşık 1,8’dir. Oranı 1,7 – 2,0 olan DNA’lar temiz kabul edildi.
Eğer bu aralığın dışında ise protein kalıntıları ve organik asitlere ait bulaşmalar
mevcuttur.
100
2. 2. 3. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR)
2.2.3.1. PZR’da Kullanılan Aletler ve Malzemeler
Otoklav (SANYO, MAC-235 EX)
Mini santrifüj (combi spin)( Boeco, Almanya)
PZR tüpleri (Tceff Lab, İsviçre)
Isı ayarlayıcısı (Thermo Hybaid Multiblock Sistemi) Thermal Cycler
-80ºC derin dondurucu (Heto Ultra Freze)
-20ºC derin dondurucu (Beko)
Otomatik pipet (Jencons Sealpette), (Jetman,Gilson)
Pipet uçları (Costar, ABD)
2.2.3.2. PZR’da Kullanılan Kimyasal Maddeler
Taq Polimeraz (Fermentas)
Nükleotidler (dNTPs) (Fermentas)
XPD R primeri (MWG, Almanya)
XPD F primeri (MWG, Almanya)
GPX1 R primeri (MWG, Almanya)
GPX1 F primeri (MWG, Almanya)
SOD2 R primeri (MWG, Almanya)
SOD2 F primeri (MWG, Almanya)
MgCl2 (Fermentas)
Tampon Çözeltiler (Fermentas)
Steril su (GATA)
101
2.2.3.3. Glutatyon Peroksidaz-1 (GPX1) Geni Pro198Leu Polimorfizminin
Amplifikasyonu
GPX1 geninin Pro198Leu polimorfizminin çoğaltılması F-5′- TGT GCC CCT ACG
CAG GTA CA -3′ ve R-5′- GGA CAC AGT AAC AGT AAA CC -3′ (Ratnasinghe
ve ark. 2000) primerleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir.
PZR reaksiyon karışımı toplam hacmi 25 µL olarak ayarlandı. Bu karışımda 2µl
genomik DNA (200ng), 2,5 µl PZR tamponu (100 mM Tris-HCl (25ºC’de pH 8,8),
%0,8(v/v) Nonidet P40, 500 mM KCl ), 1,6 mM MgCl2, 0,15 mM dNTPs, GPX1
primerlerinden 7 pmol, ve 0,625 ünite (0,125 µl) Taq polimeraz enzimi
bulunmaktadır. Başlangıç sıcaklığı olarak 95ºC’de 3 dakika tutulmasının ardından
95ºC’de 30 saniye denatürasyon, 58ºC’de 1 dakika eşleşme, 72ºC’de 1,5 dakika
sentezden oluşan 35 döngü gerçekleştirildi. Bu döngülerin bitiminde 72ºC’de 10
dakika tutularak en son sentez basamağı ile işlem sonlandırıldı. Bu döngüler Thermo
Hybaid Multiblock Sisteminde gerçekleştirildi.
PZR ile çoğaltılan 338 baz çiftlik GPX1 geni ürünlerinin varlığı ve doğru bölgenin
çoğaltıldığının kontrolü etidiyum bromür (EtBr2) ile boyanmış % 2’lik agaroz jelde
analiz edildi. Çizelge 2.1 de GPX1 geni için uygulanmış PZR reaksiyonu
konsantrasyonları ve PZR koşulları verilmiştir.
Çizelge 2.1. GPX1 geni için uygulanmış PZR reaksiyon konsantrasyonları ve koşulları
GPX1 için PZR reaksiyonu
Genomik DNA
PZR tamponu
MgCl2
dNTP
Primerler
Taq
Toplam
200 ng
2,5µl
1,6 mM
0,15 mM
7 - 7 pmol
0,625 ünite
25 µl
PZR koşulları
Başlangıç sıcaklığı
95ºC- 3 dak
Denatürasyon
95 ºC-30sn
Eşleşme
58 ºC-1 dak
Sentez
72 ºC-1,5 dak
Son Sentez
72 ºC-10 dak
Döngü sayısı
1
35
1
102
2.2.3.4. Kseroderma Pigmentosum Grup D (XPD) Geni Lys751Gln
Polimorfizminin Amplifikasyonu
XPD geninin Lys751Gln polimorfizminin çoğaltılması F-5’-CCT CTG TTC TCT
GCA GGA GGA -3’ ve R-5’-CCT GCG ATT AAA GGC TGT GGA-3’ (Park ve
ark. 2002 ) primerleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir.
PZR reaksiyon karışımı toplam hacmi 25 µL olarak ayarlandı. Bu karışımda 4 µl
genomik DNA (400ng), 2,5 µl PZR tamponu (100 mM Tris-HCl (25ºC’de pH 8,8),
%0,8(v/v) Nonidet P40, 500 mM KCl ), 1,5 mM MgCl2, 0,2 mM dNTPs, XPD
primerlerinden 10 pmol ve 0,625 ünite (0,125 µl) Taq polimeraz enzimi
bulunmaktadır. Başlangıç sıcaklığı olarak 94ºC’de 5 dakika tutulmasının ardından
94ºC’de 30 saniye denatürasyon, 60ºC’de 20sn eşleşme, 72ºC’de 30sn sentezden
oluşan 35 döngü gerçekleştirildi. Bu döngülerin bitiminde72ºC’de 10 dakika
tutularak en son sentez basamağı ile işlem sonlandırıldı. Bu döngüler Thermo Hybaid
Multiblock Sisteminde gerçekleştirildi.
PZR ile çoğaltılan 250 baz çiftlik XPD geni ürünlerinin varlığı ve doğru bölgenin
çoğaltıldığının kontrolü etidiyum bromür (EtBr2) ile boyanmış %2’lik agaroz jelde
analiz edildi. Çizelge 2.2de XPD geni için uygulanmış PZR reaksiyonu
konsantrasyonları ve PZR koşulları verilmiştir.
Çizelge 2.2. XPD geni için uygulanmış PZR reaksiyon konsantrasyonları ve koşulları
XPD için PZR reaksiyonu
400 ng
Genomik DNA
2,5µl
PZR tamponu
1,5mM
MgCl2
0,2mM
dNTP
10 -10 pmol
Primerler
0,625 ünite
Taq
25 µl
Toplam
PZR koşulları
Başlangıç sıcaklığı
Döngü sayısı
94ºC-5 dak
1
Denatürasyon
94 ºC-30 sn
Eşleşme
35
60 ºC-20 sn
Sentez
72 ºC-30 sn
Son Sentez
1
72 ºC-10 dak
103
2.2.3.5. Süperoksit Dismutaz 2 (SOD2) Geni Val16 Ala Polimorfizminin
Amplifikasyonu
SOD2 geninin Val 16 Ala polimorfizminin çoğaltılması F-5’-AGC CCA GCC TGC
GTA GAC-3’ ve R-5’-TAC TTC TCC TCG GTG ACG-3’ (Grasbon-Frodl ve
ark.1999) primerleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir.
PZR reaksiyon karışımı toplam hacmi 25 µL olarak ayarlandı. Bu karışımda 5 µl
genomik DNA (500 ng), 4 µl PZR tamponu (750 mM Tris-HCl (25ºC’de pH 8,8),
200 mM (NH4)2SO4, %0,1(v/v) Tween 20), 2 mM MgCl2, 0,15 mM dNTPs, SOD2
primerlerinden 25 pmol ve 1 ünite (0,2 µl) Taq polimeraz enzimi bulunmaktadır.
Başlangıç sıcaklığı olarak 94ºC’de 5 dakika tutulmasının ardından 94ºC’de 1 dakika
denatürasyon, 60ºC’de 1,5 dakika eşleşme, 72ºC’de 2 dakika sentezden oluşan 40
döngü gerçekleştirildi. Bu döngülerin bitiminde72ºC’de 10 dakika tutularak en son
sentez basamağı ile işlem sonlandırıldı. Bu döngüler Thermo Hybaid Multiblock
Sisteminde gerçekleştirildi.
PZR ile çoğaltılan 246 baz çiftlik SOD2 geni ürünlerinin varlığı ve doğru bölgenin
çoğaltıldığının kontrolü etidiyum bromür (EtBr2) ile boyanmış % 2’lik agaroz jelde
analiz edildi. Çizelge 2.3 de SOD2 geni için uygulanmış PZR reaksiyon
konsantrasyonları ve PZR koşulları verilmiştir.
Çizelge 2.3. SOD 2 geni için PZR reaksiyon konsantrasyonları ve koşulları
SOD2 için PZR reaksiyonu
500 ng
Genomik DNA
PZR tamponu
MgCl2
dNTP
Primerler
Taq
Toplam
4µl
2 mM
0,15 mM
25 -25 pmol
1 ünite
25 µl
PZR koşulları
Başlangıç sıcaklığı
Döngü sayısı
94ºC-5 dak
Denatürasyon
94ºC-1 dak
Eşleşme
1
40
60ºC-1,5 dak
Sentez
72ºC-2 dak
Son Sentez
72ºC-10 dak
1
104
2. 2. 4. Agaroz Jel Elektroforez
Elektroforez işleminde kullanılan Tris Borik Asit- EDTA (TBE) ve numunelerin jel
yüklenmesinde
kullanılan
yükleme
tamponu
çözeltileri
laboratuvarımızda
hazırlanmıştır.
a) TBE tamponu hazırlanışı
1 g NaOH (Molekül ağırlığı 40), 108 g Tris baz (Molekül ağırlığı 121.10), 55 g
Borik asit (Molekül ağırlığı 61,83) darası alınmış beherlerde tartılarak büyük bir
behere alındı. Beherlerde kalan maddeler 10 ml distile su ile çözülerek büyük behere
ilave edildi. Çözeltiye 20 ml pH:8’e ayarlanmış EDTA (0,5 M) konarak balon jojede
1 lt’ye distile su ile tamamlandı.
b) 0,5 M EDTA hazırlanışı
Bir beherde 18,61 g EDTA üzerine 80 ml distile su eklendi. Karışımı sağlamak üzere
içine bir adet karıştırıcı konuldu. İki adet NaOH pelleti teker teker atılıp çözünmeleri
beklendi. pH metre ile dilüe NaOH kullanılarak pH 8,0’e ayarlandı. 100 ml lik
balonjojede distile su ile tamamlandı.
c) Yükleme tamponu hazırlanışı
25 ml toplam hacim hazırlamak üzere % 0,05 (w/v) bromfenol mavisi, % 40 Sükroz,
% 0,5 (w/v) Sodyum dodesil sülfat (SDS), 0,1 M EDTA; yeter miktar distile su ile
balon jojede 25 ml’ye tamamlandı.
105
2.2.4.1. Agaroz Jel Elektroforez için Kullanılan Aletler ve Malzemeler
Mini jel elektroforez (Hybaid, UK), (Thermo EC)
Midi jel elektroforez (Thermo EC)
Güç kaynağı (Consort E741)
Jel görüntüleme sistemi (Vilber Lourmat, TCP-20-MX)
PZR tüpleri (Tceff Lab, İsviçre)
-20 ºC derin dondurucu (Beko)
Otomatik pipet (Jencons Sealpette), (Jetman, Gilson)
Pipet uçları (Costar, ABD)
Mikrodalga fırın (Arçelik MD 551)
2.2.4.2. Agaroz Jel Elektroforez için Kullanılan Kimyasal Maddeler
DNA Standardı (Promega, ABD)
EtBr2 (Amresco, ABD)
TBE Tampon Çözeltisi (Tris-base-Merck, Almanya;
Borik Asit-Merck, Almanya;
EDTA-Serva, Almanya)
NaOH(Labkim, EU)
Agaroz Jel (Prona, European Union)
Yükleme tamponu (Bromfenol mavisi (Ambresco, ABD)
Sükroz (Sigma, Almanya)
Sodyum Dodesil Sülfat (SDS) (Applichem, Almanya)
EDTA ( Serva, Almanya))
Çoğaltılan PZR ürünlerini ve kesim enzimi kullanılarak elde edilen RPUP ürünlerini
görünür hale getirmek için %2’lik agaroz jel hazırlandı.
106
2. 2. 4. 3. Jel Hazırlanışı

0,6 g toz agaroz hassas terazide tartıldı, erlenmayere alınan agarozun üzerine
30 ml TBE (1x 10) tamponu eklendi.

Mikrodalga fırında jel tamamen berrak hale gelene kadar ısıtıldı. Oda
sıcaklığına soğuması beklendi.

Üzerine 5 µl EtBr2 konularak karıştırıldı.

Ilık jel, elektroforez tankına döküldü ve jel donmadan tarak yerleştirildi. Bu
şekilde jel donana kadar beklendi.
2. 2. 4. 4. Jel Elektroforeze Numunelerin Uygulanması

PZR ürünleri, DNA standardı ve yükleme tamponu 10 000-13 000 x g’de 1020 sn mini santrifüjde (BOECO, Almanya) santrifüj edilerek tüp
çeperlerindeki sıvıların dibe çökmesi sağlandı.

Standart ve PZR ürünlerinin bulunduğu tüplere 6 µl yükleme tamponu
eklenip ve tekrar santrifüj işlemi tekrarlandı.

Elektroforez tankına konmak üzere TBE (1x10 ) tamponu hazırlandı.

Soğumuş jel, elektroforez tankına yerleştirildikten sonra hazırlanan tampon
çözeltisi üzerine döküldü. Bu işlemden sonra tarak jele zarar vermeden
yavaşça çıkartıldı.

PZR ürünleri ve DNA standardı jele uygulandıktan sonra akım anottan (-)
katota (+) olacak şekilde kablolar güç kaynağına bağlandı.

Güç kaynağı 30 Watt, 100 Volt, 0,30 Amper’ lik akıma ayarlandı. 30-45
dakika jelin sonuna doğru ilerlemeleri beklendi.

Bu işlemden sonra jel, elektroforez tankından çıkartılarak jel görüntüleme
sisteminde fotoğrafı çekildi ve diskete kaydedildi.
107
2.2.5. Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (RPUP)
2.2.5.1. Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi için Kullanılan Aletler ve
Malzemeler
Mini santrifüj (combi spin)( Boeco, Almanya)
Isı bloğu (LAB-LINE)
RFLP tüpleri (Tceff Lab, İsviçre)
-20 º C derin dondurucu (Beko)
Otomatik pipet (Jencons Sealpette), (Jetman, Gilson)
Pipet uçları (Costar, ABD)
2.2.5.2. Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi için Kullanılan Kimyasal
Maddeler
Pst I Tamponu (NEB)
Pst I (NEB)
Apa I (Fermantas)
Apa I tamponu(Fermentas)
BsaWI tamponu (NEB)
BsaWI (NEB)
Bovin Serum Antijen (BSA) (NEB)
Steril su (GATA)
108
2.2.5.3. GPX1 Geni Pro198Leu Polimorfizminin ApaI Kesim Enzimi ile
Kesilmesi

Kesim enzimi ile RPUP analizi yapılacak numunelerin, PZR ürünlerinin
bulunduğu tüpler 10 000-13 000 x g’de 10-20 sn mini santrifüjde (BOECO,
Almanya) santrifüj edilerek tüp çeperlerindeki sıvıların dibe çökmesi
sağlandı.

Analizi yapılacak numune sayısı kadar 0,5 ml’lik tüp alınarak üzerlerine
numunelerin numaraları, tarih, polimorfizmin adı yazıldı.

RPUP analizinde tek bir numune için gerekli kesim enzimi Apa I’den 1 µl,
enzimin tampon çözeltisinden 2 µl ve sudan 9,5 µl numune sayısının bir
fazlası ile çarpılarak bir tüpte hazırlandı.

Hazırlanan karışımdan 12,5 µl çekilerek numunelerin tüplerine konuldu.

Her bir numune tüpüne karışımın üzerine PZR ürününden 7,5 µl alınarak
toplamda bir tüpün 20 µl hacme ulaşması sağlandı.

Tüpler alt üst edilerek iyice karışmaları ve mini santrifüjde 10 000-13 000 x
g’de 5-10 sn santrifüj edilerek tüp çeperlerindeki sıvıların dibe çökmesi
sağlandı.

Enzimin çalışma sıcaklığı olan 37ºC’de bir gece beklemek üzere tüpler ısı
bloğuna yerleştirildi.

Ertesi gün RPUP ürünleri ısı bloğundan alınarak mini santrifüje yerleştirildi.

Buharlaşma ile tüpün kapağında toplanan sıvıların dibe çökmesi için 10 00013 000 x g’de 5-10 sn santrifüj edildi.

Agaroz
jel
elektroforez
yöntemi
ile
2.2.4.4’de
anlatıldığı
şekilde
görüntülendi.
Çizelge 2.4 de GPX1 geni için uygulanan RPUP reaksiyon konsantrasyonları ve
koşulları verilmiştir.
109
Çizelge 2.4. GPX1 geni için uygulanan RPUP reaksiyon konsantrasyonları ve koşulları
GPX1 RPUP Reaksiyonu
Miktarlar
Çalışma
Süre
sıcaklığı
PZR ürünü
7,5 µl
Apa I enzim
1
µl
Apa I tampon
2
µl
Su
9,5 µl
Toplam Hacim
20 µl
37ºC
1 gece
2.2.5.4. XPD Geni Lys751Gln Polimorfizminin Pst I Kesim Enzimi ile Kesilmesi

Kesim enzimi ile RPUP analizi yapılacak numunelerin, PZR ürünlerinin
bulunduğu tüpler 10 000-13 000 x g’de 10-20 sn mini santrifüjde (BOECO,
Almanya) santrifüj edilerek tüp çeperlerindeki sıvıların dibe çökmesi
sağlandı.

Analizi yapılacak numune sayısı kadar 0,5 ml’lik tüp alınarak üzerlerine
numunelerin numaraları, tarih, polimorfizmin adı yazıldı.

RPUP analizinde tek bir numune için gerekli kesim enzimi Pst I’den 1 µl,
enzimin tampon çözeltisinden 2 µl ve sudan 9,5 µl numune sayısının bir
fazlası ile çarpılarak bir tüpte hazırlandı.

Hazırlanan karışımdan 12,5 µl çekilerek numunelerin tüplerine konuldu.

Her bir numune tüpüne karışımın üzerine PZR ürününden 7,5 µl alınarak
toplamda bir tüpün 20 µl hacme ulaşması sağlandı.

Tüpler alt üst edilerek iyice karışmaları ve mini santrifüjde 10 000-13 000 x
g’de 5-10 sn santrifüj edilerek tüp çeperlerindeki sıvıların dibe çökmesi
sağlandı.

Enzimin çalışma sıcaklığı olan 37ºC’de bir gece beklemek üzere tüpler ısı
bloğuna yerleştirildi.

Ertesi gün RPUP ürünleri ısı bloğundan alınarak mini santrifüje yerleştirildi.

Buharlaşma ile tüpün kapağında toplanan sıvıların dibe çökmesi için 10 00013 000 x g’de 5-10 sn santrifüj edildi.
110

Agaroz
jel
elektroforez
yöntemi
ile
2.2.4.4’de
anlatıldığı
şekilde
görüntülendi.
Çizelge 2.5 de XPD geni için uygulanan RPUP reaksiyon konsantrasyonları ve
koşulları verilmiştir.
Çizelge 2.5. XPD geni için uygulanan RPUP reaksiyon konsantrasyonları ve koşulları
XPD RPUP Reaksiyonu
Miktarlar
PZR ürünü
7,5 µl
Pst I enzim
1
µl
Pst I tampon
2
µl
Su
9,5 µl
Toplam Hacim
20 µl
Çalışma sıcaklığı
Süre
37ºC
1 gece
2.2.5.5. SOD 2 Geni Val16Ala Polimorfizminin BsaWI Kesim Enzimi ile
Kesilmesi

Kesim enzimi ile RPUP analizi yapılacak numunelerin, PZR ürünlerinin
bulunduğu tüpler 10 000-13 000 x g’de 10-20 sn mini santrifüjde (BOECO,
Almanya) santrifüj edilerek tüp çeperlerindeki sıvıların dibe çökmesi
sağlandı.

Analizi yapılacak numune sayısı kadar 0,5 ml’lik tüp alınarak üzerlerine
numunelerin numaraları, tarih, polimorfizmin adı yazıldı.

RPUP analizinde tek bir numune için gerekli kesim enzimi BsaWI’den 1 µl,
enzimin tampon çözeltisinden 2 µl ve sudan 7 µl ve Bovine serum antijen
(BSA)’dan 0,2 µl numune sayısının bir fazlası ile çarpılarak bir tüpte
hazırlandı.

Hazırlanan karışımdan 10,2 µl çekilerek numunelerin tüplerine konuldu.

Her bir numune tüpüne karışımın üzerine PZR ürününden 10 µl alınarak
toplamda bir tüpün 20,2 µl hacme ulaşması sağlandı.
111

Tüpler alt üst edilerek iyice karışmaları ve mini santrifüjde 10 000-13 000 x
g’de 5-10 sn santrifüj edilerek tüp çeperlerindeki sıvıların dibe çökmesi
sağlandı.

Enzimin çalışma sıcaklığı olan 60ºC’de bir gece beklemek üzere tüpler ısı
bloğuna yerleştirildi.

Ertesi gün RPUP ürünleri ısı bloğundan alınarak mini santrifüje yerleştirildi.

Buharlaşma ile tüpün kapağında toplanan sıvıların dibe çökmesi için 10 00013 000 x g’de 5-10 sn santrifüj edildi.

Çalışmamızda SOD2 geninin V16A polimorfizm ürünleri az elde edildiği için
RPUP analizinde kesim ürün miktarı biraz daha azaldığından dolayı
görüntüleme yöntemi olarak agaroz jelden daha hassas olan poliakrilamid jel
elektroforez tercih edildi.

2.2.6.6’ de anlatıldığı şekilde bantlar görünür hale getirildi.
Çizelge 2.6 da SOD2 geni için uygulanan RPUP reaksiyon konsantrasyonları ve
koşulları verilmiştir.
Çizelge 2.6. SOD2 geni için uygulanan RPUP reaksiyon konsantrasyonları ve koşulları
SOD2 RPUP Reaksiyonu
Miktarlar
PZR ürünü
10
µl
Bsa WI enzim
1
µl
Bsa WI tampon
2
µl
BSA
0,2 µl
Su
7
Toplam Hacim
20,2 µl
Çalışma sıcaklığı
60ºC
Süre
1 gece
µl
2.2.6. Poliakrilamid Jel Elektroforez (PAGE)
Çoğaltılan PZR ürünlerini ve kesim enzimi kullanılarak elde edilen RPUP ürünlerini
görünür hale getirmek için %6’lik poliakrilamid jel hazırlandı.
112
2.2.6.1. PAGE için Kullanılan Aletler ve Malzemeler
Mini santrifüj (combi spin)( Boeco, Almanya)
Güç kaynağı (Consort E741)
Jel görüntüleme sistemi (Vilber Lourmat, TCP-20-MX)
RFLP tüpleri (Tceff Lab, İsviçre)
-20 ºC derin dondurucu (Beko)
Otomatik pipet (Jencons Sealpette), (Jetman, Gilson)
Pipet uçları (Costar, ABD)
Page elektroforez aleti (Scie plas, V10-CDC, UK)
Poliakrilamid çoklu jel hazırlama aleti (Scie –plas, V10-MC10, UK)
2.2.6.2. PAGE için Kullanılan Kimyasal Maddeler
DNA Standardı (Promega, ABD)
TBE Tampon Çözeltisi (Tris-base-Merck, Almanya;
Borik Asit-Merck, Almanya;
EDTA-Serva, Almanya)
Sodyum Hidroksit -Labkim, EU)
Yükleme Tamponu (Bromfenol mavisi-Ambresco, ABD)
Sükroz-Sigma, Almanya)
Sodyum Dodesil Sülfat (SDS)- Applichem, Almanya)
EDTA- Serva, Almanya))
Akrilamid (Alfa Aesar, Almanya)
Bisakrilamid (Ambresco, ABD)
N,N,N’,N’-Tetrametiletilendiamin (TEMED)(Alfa Aesar, Almanya)
Amonyum Persülfat (Alfa Aesar, Almanya)
Gümüş Nitrat (Carlo Erba Reagent, Rodano)
Formaldehit (Labkim, EU)
Sodyum Hidroksit (Labkim, EU)
Steril su (GATA)
113
2.2.6.3. Jel Hazırlanışı

Bir jel için 6 ml su, Akrilamid/Bisakrilamid karışımından 2 ml, TBE
tamponundan 1 ml, %10 Amonyum persülfat çözeltisinden 55 µl ve
TEMED’den 14 µl miktarları kaç adet jel hazırlanmak isteniyorsa bir fazlası
ile çarpılarak bir behere alındı.

Bu işlemler çeker ocak altında yapıldı.
2.2.6.3.1. %10 APS( Amonyum persülfat) Hazırlanışı

Çeker ocak altında 1 g APS tartılıp 10 ml suda çözüldü.
2.2.6.3.2. %30’luk Akrilamid/ Bisakrilamid Karışımının Hazırlanması

15 g Akrilamid, 0,4 g Bisakrilamid tartıldı.

Eriyene kadar karıştırıldı.

50 ml’ye distile su ile balonjojede tamamlandı.

Koyu renk şişeye konularak saklandı.
2.2.6.4. Poliakrilamid Jellerin Kapalı Sistemde Dökülmesi

Poliakrilamid jel yapımı için hazırlanmış kapalı sisteme ilk önce şeffaf plastik
ayıraç konuldu ve camlar yerleştirilmeye başlandı.

Önce büyük cam yerleştirildi. İki yanına jelin kalınlığını belirleyecek plastik
ince ayıraçlar konarak üstüne kısa cam yerleştirildi, üzerine sistemin plastik
ayıracı yerleştirilerek üst üste gelen camların yapışmaları önlendi.

Kapalı sistem dolana kadar 10 jel hazırlayacak kadar cam için yukarıdaki
işlem tekrarlandı.
114

En son olarak sistem hiç boşluk kalmayacak şekilde camlarla ve plastik
ayıraçlarla doldurulduktan sonra kapağı vidalandı ve boşaltma hortumuna
mandal takılarak sızıntının olması engellendi.

Jellerin kalınlıklarını belirleyen plastik ayıraçların renklerine göre kuyucuk
sayılarını belirleyecek taraklar yerleştirildi. Tarakların iki kenarının renkli
ayıraçların üzerine gelmesine dikkat edildi.

10 adet jel hazırlanışına olanak veren kapalı jel dökme sistemine beherde
hazırlanan çözelti döküldü. Jel polimerize olup katılaşana kadar yaklaşık 3045 dakika çeker ocak altında beklendi.

Sürenin sonunda vidalar sökülerek jeller şeffaf ayıraçlardan çekilerek ayrıldı.
Dikkatli bir şekilde taraklar çıkartıldı.

Katılaşan jeller kapalı sistemden çıkartılarak kullanılacağı zamana kadar
saklanmak üzere şeffaf filme sarılarak hava ile temas etmeleri önlendi.

Kullanılmayan jeller +4˚C buzdolabına bir hafta içinde kullanılmak üzere
kaldırıldı.
2.2.6.5. Poliakrilamid Jele Numunelerin Yüklenmesi

Elektroforez aletinin tankının içine yerleştirilecek aparatın iki adet jel
takılacak vidalı kıskaçı vardır. Eğer tek jel kullanılacaksa diğer tarafına kalın
plastik tabaka yerleştirilir.

Jelin arasında yer aldığı camların kısa olan yüzleri birbirlerine bakacak
şekilde yerleştirildi. Kıskaca takılarak vidalar iyice sıkıştırıldı.

Hazırlanan jeller tankın içine yerleştirilmeden önce RPUP ürünleri, DNA
standardı ve yükleme tamponu 10 000-13 000 x g’de 10-20 sn santrifüj
edilerek tüp çeperlerindeki sıvıların dibe çökmesi sağlandı.

Standart ve numunelerin bulunduğu tüplere 6 µl yükleme tamponu eklendi ve
santrifüj işlemi tekrarlandı.

Elektroforez tankına konmak üzere TBE (1x10 ) tamponu hazırlandı.

Hazırlanan jellerin takılı olduğu aparat elektroforez tankına yerleştirildikten
sonra hazırlanan tampon çözeltisi üzerine döküldü.
115

Tankın üzerinde belirtilen maksimum dolum çizgisine kadar X10 seyreltilmiş
TBE tamponu dolduruldu.

Tanka yerleştirildiğinde bu iki adet jeli taşıyan cam tabakalar arası da
tamponla dolduruldu.

PZR ürünleri ve DNA standardı jele uygulandıktan sonra akım anottan (-)
katota (+) olacak şekilde kablolar güç kaynağına bağlandı.

Güç kaynağı 30 Watt, 400 Volt, 0,80 Amper’lik akıma ayarlandı. 30-45
dakika ilerlemeleri beklendi.

Bu işlemden sonra jel, gümüş nitratla boyanmak üzere elektroforez tankından
çıkartıldı.
2.2.6.6. Poliakrilamid Jel Boyanması

Gümüş Nitrat ile boyama için iki çözelti hazırlanır. Bu çözeltiler sırasıyla
uygulandığından bir ve iki olarak numara verilmiştir.
1: %0,1 lik Gümüş Nitrat çözeltisi:
Bir jelin boyanması için 20 ml AgNO3 çözeltisi yeterli olmaktadır. 20 ml suya 20 mg
AgNO3 tartılarak çözülene kadar karıştırıldı. Bu çözelti birden fazla jel için
hazırlanarak, koyu renk şişede karanlıkta 2 gün bekletilebilir.
2: NaOH çözeltisi ve formaldehit:
Bir jelin boyanması için 30 ml NaOH çözeltisi yeterli olmaktadır. 30 ml suya 450 mg
NaOH tartılarak çözünene kadar karıştırıldı. 120 µl saf formaldehit eklenerek jelin
soğan kabuğu sarısı rengi elde etmesi sağlandı.

Jel, elektroforez tankından çıkarıldıktan sonra bir kaba camlarından ayrılmış
şeklide alındı.
116
 Bu kaba önce 1 no’lu çözelti konarak 10 dakika hafif çalkanarak bütün
yüzeyin homojen boyanması sağlandı.
 Bekleme süresi dolduğunda 1 no’lu çözelti dökülerek iki kere suyla yıkanarak
AgNO3’ın fazlası uzaklaştırıldı.

Yıkama sonunda jelin üzerine 2 no’lu çözelti dökülerek jelin rengi soğan
kabuğu sarısı olana kadar çalkalanarak beklendi.
2. 3. Kullanılan İstatistiksel Yöntem
Araştırma grubu, incelenen genler için Hardy Weinberg’e uygunluk testleri yapıldı.
Bilgisayar programı olan SPSS İstatiksel Analiz Programı 13. 0 (SPSS, IC, USA) ile
çift taraflı Ki-kare (x2), t testleri yapılarak hasta grubu ve kontrol grubu gen
frekanslarının ve değişkenlerin karşılaştırılması yapıldı. Birden fazla değişkenin bir
arada incelenmesini sağlayan logistik regresyon analizi ile ağırlıklandırılmış OR ve
% 95 güven aralığı değerleri hesaplandı.
GPX1 geni Pro198Leu polimorfizminde referans olarak GPX1 geninin Pro/Pro
genotipi, XPD geni Lys751Gln polimorfizminde referans olarak XPD genin Lys/Lys
genotipi, SOD2 geni Val16Ala polimorfizminde referans olarak SOD2 genin Val/Val
genotipi seçilmiştir.
117
3. BULGULAR
3.1. Optimizasyon Bulguları
3.1.1. Polimeraz Zincir Reaksiyon Şartlarının Optimizasyonu
İstenen gen bölgesinin doğru şekilde çoğaltılması ve beklenen bölgede görülmesi
PZR reaksiyonu şartlarının doğru belirlenmesine bağlıdır. Primer çiftlerinin
özgünlüğü, deoksinükleotid trifosfatların
(dNTPs), magnezyum (Mg+2) ve DNA
konsantrasyonları, PZR reaksiyon programında denatürasyon, eşleşme ve sentez
sıcaklıklarının ve zamanlarının PZR reaksiyonu için ayarlanması gereklidir.
Hasta ve kontrol numunelerinin PZR reaksiyonları yapılmadan önce yukarıda
belirtilen parametreler ayarlanarak optimizasyon gerçekleştirilmiştir. Optimizasyon
işleminde ayarlanacak parametre haricinde diğer parametreler sabit tutularak her
parametrenin optimizasyonu yapılmıştır.
Hedef bölge için seçilmiş uygun primer dizilerinin reaksiyon karışımındaki
konsantrasyonları, ekstra bant içermeyen ve yeterli miktarda ürünün oluştuğu bant
elde etmek için önemlidir. Reaksiyon karışımında fazla miktarda primer bulunuyorsa
fazla miktardan kaynaklanan primer dimer oluşumları gözlenir. Primer miktarı
gereğinden az olduğunda ise çoğaltılmak istenen gen bölgesi geometrik olarak
çoğaltılamayacak ve ürün miktarı düşük olacaktır. Elli (50) µl reaksiyon karışımında
bulunması gereken primer miktarı 10-100 pmol arasında olmalıdır (McPherson
1991).
PZR reaksiyonunda kullanılacak MgCl2 ile ortama sağlanacak serbest magnezyum
konsantrasyonunun azlığı Taq DNA polimeraz enziminin inaktif olmasına yol
açabilir. Fazla olması da enzimin spesifikliğini azaltır. DNA, dNTP ve proteinlerin
118
tümü Mg+2 iyonunu bağladıklarından, MgCl2 konsantrasyonunun ampirik olarak
ayarlanması gereklidir (Akar, 1999).
dNTP’ın PZR reaksiyonunda son konsantrasyonu 50 µm üzerinde olduğunda Taq
DNA polimeraz aktivitesini baskılar (Akar, 1999; s.:169). Yeterli miktarda
kullanılmadıklarında ise elde edilecek ürün miktarı azalır.
PZR reaksiyonunun sonucunda incelenen gen bölgelerinin doğru şekilde çoğaltılıp
sadece beklenen baz çifti büyüklüğünde görünür ve yeterli miktarda bant elde
edilmesi için hedef DNA, Taq DNA polimeraz konsantrasyonları da ayarlanmıştır.
3.1.1.1. GPX1 Geni Pro198Leu Polimorfizm Bölgesi için PZR Parametrelerinin
Optimizasyonu
a) MgCl2 konsantrasyonu optimizasyonu
Mg+2 iyon konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla 1 mM, 1,2 mM, 1,6 mM, 2 mM
ve kontrol tüpü (4 değerin ortalaması:1,45 mM) olmak üzere beş (5) adet PZR
tüpünde farklı konsantrasyonlarda MgCl2 alınarak denenmiştir. Agaroz jel
elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve beklenen baz çifti haricinde ürün elde
edilmemiş konsantrasyon olarak 1,6 mM belirlenmiştir (Şekil 3.1).
119
1
2
3
4
5
6
500 bç
300 bç
338 bç
Şekil 3.1. GPX1’in Mg+2 konsantrasyonu optimizasyonu. 1.Sütunda 100 baz çiftlik DNA
marker, 2. Sütunda – kontrol, 3. Sütunda 2 mM MgCl2, 4. Sütunda 1,6 mM MgCl2, 5.
Sütunda 1,2 mM MgCl2, 6. Sütunda 1 mM MgCl2 konsantrasyonları vardır.
b) Primer konsantrasyonu optimizasyonu
Primer konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla primer çiftlerinin her birinden 5
pmol, 7 pmol, 13 pmol, 15 pmol ve kontrol tüpü (4 değerin ortalaması: 10 pmol)
olmak üzere beş (5) adet PZR tüpünde farklı konsantrasyonlarda alınarak
denenmiştir. Agaroz jel elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve beklenen baz
çifti haricinde ürün elde edilmemiş konsantrasyon olan 7 pmol belirlenmiştir.
c) dNTP konsantrasyonu optimizasyonu
dNTP konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla 0,05 mM, 0,1 mM, 0,15 mM, 0,2
mM ve kontrol tüpü (4 değerin ortalaması: 0,125 mM) olmak üzere beş (5) adet PZR
tüpünde farklı konsantrasyonlarda dNTP’den alınarak denenmiştir. Agaroz jel
elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve beklenen baz çifti haricinde ürün elde
edilmemiş konsantrasyon olarak 0,15 mM belirlenmiştir.
120
d) Taq DNA polimeraz konsantrasyonu optimizasyonu
Taq polimeraz enzim konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla 0,5 ünite (0,1µl),
0,625 ünite (0,125µl), 0,675 ünite (0,135 µl), 0,700 ünite (0,140µl) ve kontrol tüpü
(4 değerin ortalaması: 0,625 ünite (0,125 µl) olmak üzere beş (5) adet PZR tüpünde
farklı konsantrasyonlarda Taq DNA polimeraz’dan alınarak denenmiştir. Agaroz jel
elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve beklenen baz çifti haricinde ürün elde
edilmemiş konsantrasyon olarak 0,625 ünite (0,125µl) belirlenmiştir.
e) Hedef DNA konsantrasyonu optimizasyonu
Hedef DNA konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla 100 ng (1µl), 200 ng (2µl),
300 ng (3 µl), 400 ng (4µl) ve kontrol tüpü (4 değerin ortalaması: 250 ng (2,5 µl)
olmak üzere beş (5) adet PZR tüpünde farklı konsantrasyonlarda hedef DNA’dan
alınarak denenmiştir. Agaroz jel elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve
beklenen baz çifti haricinde ürün elde edilmemiş konsantrasyon olan 200 ng (2µl)
belirlenmiştir.
f) PZR programının optimizasyonu
PZR’da reaksiyon karışımına konan bileşenler kadar uygulanacak programın da
ayarlanması gereklidir. PZR ile genlerin çoğaltılması için eşleşme sıcaklığı kritik bir
parametredir. 56ºC, 58ºC, 59ºC, 60ºC, 61ºC, 62ºC, 63ºC, 64ºC seçilerek farklı
sıcaklıklarda ürün miktarındaki değişim gözlendi. Düşük sıcaklıkta ürün miktarında
azalma gözlenirken yüksek sıcaklıklarda istenilen bölgelerin dışında bantlar görüldü.
Çoğaltılmak istenen GPX1 Pro198Leu bölgesi için en uygun sıcaklığın 58ºC
olduğuna karar verildi.
Reaksiyon programında döngü sayısının değiştirilmesinin ürün verimliliği üzerine
etkisi araştırıldı. 30, 32, 35, 38, 40 gibi farklı döngü sayıları denenerek ekstra bandın
121
olmadığı, iyi ürün elde edildiği döngü sayısı seçildi. Bunun sonucunda 35 döngü
yapılmasına karar verildi.
3.1.1.2. XPD Geni Lys751Gln Polimorfizm Bölgesi için PZR Parametrelerinin
Optimizasyonu
a)MgCl2 konsantrasyonu optimizasyonu
Mg+2 iyon konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla 1 mM, 1,5 mM, 2 mM, 2,5 mM
ve kontrol tüpü (4 değerin ortalaması:1,75mM) olmak üzere beş (5) adet PZR
tüpünde farklı konsantrasyonlarda MgCl2 alınarak denenmiştir. Agaroz jel
elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve beklenen baz çifti haricinde ürün elde
edilmemiş konsantrasyon olan 1,5 mM belirlenmiştir (Şekil 3.2).
1
500 bç
300 bç
200bç
2
3
4
5
6
250 bç
Şekil 3.2. XPD’nin Mg+2 konsantrasyonu optimizasyonu. 1. Sütünda 100 baz çiftlik DNA
marker, 2. Sütunda 2,5 mM MgCl2, 3.Kolonda 2 mM MgCl2, 4. Sütunda 1,5 mM MgCl2, 5.
Sütunda 1 mM MgCl2, 6. Sütunda - kontrol vardır.
122
b) Primer konsantrasyonu optimizasyonu
Primer konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla primer çiftlerinin her birinden 5
pmol, 10 pmol, 15 pmol, 20 pmol ve kontrol tüpü (4 değerin ortalaması:12,5 pmol)
olmak üzere beş (5)
adet PZR tüpünde faklı konsantrasyonlarda alınarak
denenmiştir. Agaroz jel elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve beklenen baz
çifti haricinde ürün elde edilmemiş konsantrasyon olan 10 pmol belirlenmiştir.
c) dNTP konsantrasyonu optimizasyonu
dNTP konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla 0,05 mM, 0,1 mM, 0,15 mM, 0,2
mM ve kontrol tüpü (4 değerin ortalaması: 0,125 mM) olmak üzere beş (5) adet PZR
tüpünde farklı konsantrasyonlarda dNTP’den alınarak denenmiştir. Agaroz jel
elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve beklenen baz çifti haricinde ürün elde
edilmemiş konsantrasyon olan 0,2 mM belirlenmiştir.
d) Taq DNA polimeraz konsantrasyonu optimizasyonu
Taq DNA polimeraz enzim konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla 0,5 ünite
(0,1µl), 0,625 ünite (0,125µl), 0,675 ünite (0,135 µl), 0,700 ünite (0,140µl) ve
kontrol tüpü (4 değerin ortalaması: 0,625 ünite (0,125 µl) olmak üzere beş (5) adet
PZR tüpünde farklı konsantrasyonlarda Taq DNA polimeraz’dan alınarak
denenmiştir. Agaroz jel elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve beklenen baz
çifti haricinde ürün elde edilmemiş konsantrasyon olan 0,625 ünite (0,125µl)
belirlenmiştir.
e) Hedef DNA konsantrasyonu optimizasyonu
Hedef DNA konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla 100 ng (1µl), 200 ng (2µl),
300 ng (3 µl), 400 ng (4µl) ve kontrol tüpü (4 değerin ortalaması: 250 ng (2,5 µl)
olmak üzere beş (5) adet PZR tüpünde farklı konsantrasyonlarda hedef DNA’dan
123
alınarak denenmiştir. Agaroz jel elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve
beklenen baz çifti haricinde ürün elde edilmemiş konsantrasyon olan 400 ng (4 µl)
belirlenmiştir.
f) PZR programının optimizasyonu
PZR ile genlerin çoğaltılması için eşleşme sıcaklığı 56ºC, 58ºC, 59ºC, 60ºC, 61ºC,
62ºC, 63ºC, 64ºC seçilerek farklı sıcaklıklarda ürün miktarındaki değişim gözlendi.
Düşük sıcaklıkta ürün miktarında azalma gözlenirken yüksek sıcaklıklarda istenilen
bölgelerin dışında bantlar görüldü. Çoğaltılmak istenen XPD Lys751Gln bölgesi için
en uygun sıcaklığın 60ºC olduğuna karar verildi.
Reaksiyon programında döngü sayısının değiştirilmesinin ürün verimliliği üzerine
etkisi araştırıldı. 30, 32, 35, 38, 40 gibi farklı döngü sayıları denenerek ekstra bandın
olmadığı, iyi ürün elde edildiği döngü sayısı seçildi. Bunun sonucunda 35 döngü
yapılmasına karar verildi.
3.1.1.3. SOD2 Geni Val16Ala Polimorfizm Bölgesi için PZR Parametrelerinin
Optimizasyonu
a) MgCl2 konsantrasyonu optimizasyonu
Mg+2 iyon konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla 1 mM, 1,5 mM, 2 mM, 2,5 mM
ve kontrol tüpü (4 değerin ortalaması:1,75 mM) olmak üzere beş (5) adet PZR
tüpünde farklı konsantrasyonlarda MgCl2 alınarak denenmiştir. Agaroz jel
elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve beklenen baz çifti haricinde ürün elde
edilmemiş konsantrasyon olan 2 mM belirlenmiştir.
124
b) Primer konsantrasyonu optimizasyonu
Primer konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla primer çiftlerinin her birinden 10
pmol, 15 pmol, 20 pmol, 25 pmol ve kontrol tüpü (4 değerin ortalaması:17,5 pmol)
olmak üzere beş (5) adet PZR tüpünde farklı konsantrasyonlarda alınarak
denenmiştir. Agaroz jel elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve beklenen baz
çifti haricinde ürün elde edilmemiş konsantrasyon olan 25 pmol belirlenmiştir (Şekil
3.3).
1
2
3
4
5
6
500 bç
246 bç
250 bç
200bç
Şekil 3.3. SOD2 geni primer konsantrasyonu optimizasyonu 1.sütun – kontrol, 2. Sütun 10
pmol, 3. Sütun 15 pmol, 4. Sütun 20 pmol, 5.sütun 25 pmol konsantrasyonlarındadır. 6.
sütun 50 bç lik DNA markerdir.
c) dNTP konsantrasyonu optimizasyonu
dNTP konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla 0,05 mM, 0,1 mM, 0,15 mM, 0,2
mM ve kontrol tüpü (4 değerin ortalaması: 0,125 mM) olmak üzere beş (5) adet PZR
tüpünde farklı konsantrasyonlarda dNTP’den alınarak denenmiştir. Agaroz jel
elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve beklenen baz çifti haricinde ürün elde
edilmemiş konsantrasyon olan 0,15 mM belirlenmiştir.
125
d) Taq DNA polimeraz konsantrasyonu optimizasyonu
Taq DNA polimeraz enzim konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla 0,5 ünite
(0,1µl), 0,65 ünite (0,13µl), 0,75 ünite (0,15 µl), 1 ünite (0,2µl) ve kontrol tüpü (4
değerin ortalaması: 0,725 ünite (0,145 µl) olmak üzere beş (5) adet PZR tüpünde
farklı konsantrasyonlarda Taq DNA polimeraz’dan alınarak denenmiştir. Agaroz jel
elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve beklenen baz çifti haricinde ürün elde
edilmemiş konsantrasyon olan 1 ünite (0,2µl) belirlenmiştir.
e) Hedef DNA konsantrasyonu optimizasyonu
Hedef DNA konsantrasyonunun belirlenmesi amacıyla 200 ng (2µl), 300 ng (3µl),
400 ng (4 µl), 500 ng (5µl) ve kontrol tüpü (4 değerin ortalaması: 350 ng (3,5 µl)
olmak üzere beş (5) adet PZR tüpünde farklı konsantrasyonlarda hedef DNA’dan
alınarak denenmiştir. Agaroz jel elektroforezde gözlenen bantları belirgin ve
beklenen baz çifti haricinde ürün elde edilmemiş konsantrasyon olan 500 ng (5µl)
belirlenmiştir (Şekil 3.4).
1
2
3
4
5
6
500 bç
246 bç
250 bç
200 bç
Şekil 3.4. SOD2 geni hedef DNA konsantrasyonu optimizasyonu 1. sütun – kontrol, 2. Sütun
500 ng (5 µl), 3. Sütun 400 ng (4 µl), 4. Sütun 300 ng (3 µl), 5. Sütun 200 ng (2 µl), 6. Sütun
50 bç lik DNA markerdir.
126
f) PZR programının optimizasyonu
PZR ile genlerin çoğaltılması için eşleşme sıcaklığı 56ºC, 58ºC, 59ºC, 60ºC, 61ºC,
62ºC, 63ºC, 64ºC seçilerek farklı sıcaklıklarda ürün miktarındaki değişim gözlendi.
Düşük sıcaklıkta ürün miktarında azalma gözlenirken yüksek sıcaklıklarda istenilen
bölgelerin dışında bantlar görüldü. Çoğaltılmak istenen SOD2 Val16Ala bölgesi için
en uygun sıcaklığın 60ºC olduğuna karar verildi.
Reaksiyon programında döngü sayısının değiştirilmesinin ürün verimliliği üzerine
etkisi araştırıldı. 30, 32, 35, 38, 40 gibi farklı döngü sayıları denenerek ekstra bandın
olmadığı, iyi ürün elde edildiği döngü sayısı seçildi. Bunun sonucunda 40 döngü
yapılmasına karar verildi.
3. 2. Hasta ve Kontrol Grubunda GPX1 Pro198Leu Genotip Analiz Sonuçları
Yapılan analizlerle 338 baz çiftlik (bç) GPX1 geni çoğaltılarak elde edilen PZR
ürünleri Apa I enzimi ile kesildi (Şekil 3.5). Hasta ve kontrol grubu kesim ürünlerinin
büyüklüklerine göre yabanıl tip, heterozigot ve mutant olarak sınıflandırıldı.
Pro/Pro taşıyanlar yabanıl tip olarak isimlendirildi. Bu allel için kesim ürünleri
agaroz jel elektroforez ile görüntülendiğinde 257 bç ve 81 bç’lik iki bant gözlendi.
Pro/Leu taşıyanlar heterozigot olarak isimlendirildi. Bu allel için kesim ürünleri
agaroz jel elektroforez ile görüntülendiğinde 338 bç, 257 bç, 81 bç’lik üç bant
gözlendi. Leu/Leu taşıyanlar mutant olarak isimlendirildi. Bu allel için kesim
ürünleri agaroz jel elektroforez ile görüntülendiğinde kesilmemiş 338 bç’lik tek bant
gözlendi (Şekil 3.6).
127
Şekil 3.5. GPX1 Pro 198 Leu polimorfizminin Apa I ile kesimi
338 bç
257 bç
400 bç
300 bç
200bç
81 bç
100 bç
80 bç
Şekil 3.6. GPX1 Pro 198 Leu polimorfizmi RFLP ürünlerinin agaroz jelde görüntülenmesi.
1,2,4 no’lu sütunlarda heterozigot, 3 nolu sütun mutant, 5 nolu sütun yabanıl tip, 6 nolu
sütun 100 baz çiftlik DNA standartıdır.
Kontrol grubu olarak seçilmiş hiçbir kanser belirtisi olmayan 265 bireyin 86’sı kadın,
179’u erkektir. DNA numunelerinde PZR ve RPUP kullanılarak GPX1 genotipleri
belirlenmiştir. Yapılan analizler sonucunda kontrol grubunda 129 (%48,67) kişinin
(Pro/Pro) yabanıl tip, 104 (%39,24) kişinin (Pro/Leu) heterozigot, 32 (%12,07)
kişinin (Leu/Leu) mutant olduğu bulunmuştur (Şekil 3.7).
128
Sağlık Bakanlığı A.Y. Ankara Onkoloji Eğitim ve Araştırma Hastanesi Kulak Burun
Boğaz Kliniği’nde kanser tanısı konmuş yatan hastalardan alınan kanlardan izole
edilmiş DNA numuneleri üzerinde de GPX1 genotiplemesi yapılmıştır. Kan
alınmasına izin veren 139 hastadan 121 kişi erkek, 18 kişi ise kadındır. Yapılan
genotipleme analizleri sonucu 65 (%46,76) kişinin GPX1 (Pro/Pro) yabanıl tip, 50
(%35,97) kişi (Pro/Leu) heterozigot, 24 (%17,26)
kişi (Leu/Leu ) mutant allel
taşıdığı gözlenmiştir (Şekil 3.7).
60
50
40
30
Kontrol
Hasta
20
10
0
Yabanıl tip
Heterozigot
Mutant
Şekil 3.7. Kontrol ve hasta gruplarının GPX1 Pro198Leu polimorfizim dağılımları grafiği
3. 3. Hasta ve Kontrol Grubunda XPD Lys751Gln Genotip Analiz Sonuçları
Yapılan analizlerle 250 bç’lik XPD geni çoğaltılarak elde edilen PZR ürünleri Pst I
enzimi ile kesildi (Şekil 3.8). Kesim ürünlerinin büyüklüklerine göre yabanıl tip,
heterozigot ve mutant olarak sınıflandırıldı.
Lys/Lys taşıyanlar yabanıl tip olarak isimlendirildi. Bu allel için kesim ürünleri
agaroz jel elektroforez ile görüntülendiğinde kesilmeyen 250 bç’lik PZR ürünü tek
bant olarak gözlendi. Lys/Gln taşıyanlar heterozigot olarak isimlendirildi. Bu allel
için kesim ürünleri agaroz jel elektroforez ile görüntülendiğinde 250 bç, 172 bç, 63
129
bç ve 15 bç’lik dört bant elde edildi. Fakat 15 bç’lik bant agaroz jelimizin çok hassas
olmaması nedeniyle gözlenemedi. Gln/Gln taşıyanlar mutant olarak isimlendirildi.
Bu allel için kesim ürünleri agaroz jel elektroforez ile görüntülendiğinde kesilmemiş
172 bç, 63 bç, 15 bç’lik üç bant elde edildi. Fakat 172 bç ve 63 bç olarak iki bant
gözlendi (Şekil 3.9).
Şekil 3.8. XPD geni Lys751Gln polimorfizm bölgesininin Pst I enzimi ile kesimi
1
500 bç
300 bç
200 bç
2
3
4
5
6
250 bç
172 bç
63 bç
Şekil 3.9. XPD geni RPUP ürünlerinin agaroz jelde görüntülenmesi 1.Sütun 100 bç’lik DNA
marker, 2 ve 6. Sütunlar Lys/Lys, 3 ve 4. Sütunlar Lys/Gln, 5.sütun Gln/Gln genotiplerini
göstermektedir.
130
Kontrol grubu numunelerinde PZR ve RPUP kullanılarak XPD genotipleri
belirlenmiştir. Yapılan analizler sonucunda 88 (%33,20) kişinin (Lys/Lys) yabanıl
tip, 133 (%50,18) kişinin (Lys/Gln) heterozigot, 44 (%16,60) kişinin (Gln/Gln)
mutant olduğu bulunmuştur (Şekil 3.10).
Sağlık Bakanlığı A.Y. Ankara Onkoloji Eğitim ve Araştırma Hastanesi Kulak Burun
Boğaz Kliniği’nde kanser tanısı konmuş yatan hastalardan alınan kanlardan izole
edilmiş DNA numuneleri üzerinde de XPD genotiplemesi yapılmıştır. Yapılan
analizlere göre 58 (%41,72) kişinin (Lys/Lys) yabanıl tip, 56 (%21,13) kişinin
(Lys/Gln) heterozigot, 25 (%17,98) kişinin (Gln/Gln) mutant olduğu bulunmuştur
(Şekil 3.10).
60
50
40
30
Kontrol
Hasta
20
10
0
Yabanıl tip
Heterozigot
Mutant
Şekil 3.10. Kontrol ve hasta gruplarının XPD Lys 751 Gln polimorfizim dağılımları grafiği
3. 4. Hasta ve Kontrol Grubunda SOD 2 Val16Ala Genotip Analiz Sonuçları
Yapılan analizlerle 246 bç ‘lik SOD2 geni çoğaltılarak elde edilen PZR ürünleri Bsa
WI enzimi ile kesildi (Şekil 3.11). Numuneler kesim ürünlerinin büyüklüklerine göre
yabanıl tip, heterozigot ve mutant olarak sınıflandırıldı.
131
Ala/Ala taşıyanlar mutant olarak isimlendirildi. Bu allel için kesim ürünleri agaroz
jel elektroforez ile görüntülendiğinde kesilmemiş 164 bç, 82 bç’lik iki bant gözlendi.
Val/Ala taşıyanlar heterozigot olarak isimlendirildi. Bu allel için kesim ürünleri
agaroz jel elektroforez ile görüntülendiğinde 246 bç, 164 bç, 82 bç’lik üç bant
gözlendi. Val/Val taşıyanlar yabanıl tip olarak isimlendirildi. Bu allel için kesim
ürünleri agaroz jel elektroforez ile görüntülendiğinde kesilmeyen 246 bç’lik tek bant
gözlendi (Şekil 3.12).
Şekil 3.11. SOD2 Val16Ala polimorfizim bölgesinin Bsa WI kesim enzimi ile kesimi
1
2
3
4
5
500 bç
300 bç
200 bç
246 bç
164 bç
82 bç
Şekil 3.12. SOD2 RPUP ürünlerinin agaroz jelde görüntülenmesi 2. sütun 100bç’lik DNA
marker, 1,3ve 4.Sütunlar Val/Ala, 5.Sütun Ala/Ala genotiplerini göstermektedir.
132
SOD2 genotiplemesi agaroz jel elektroforez ile çok net belli olmadığı durumlarda
genotip aydınlatılmasında poliakrilamid jel elektroforezi uygulanmıştır (Şekil 3.13).
1
2
3
4
5
250 bç
200 bç
150 bç
246 bç
164 bç
100 bç
50 bç
82 bç
Şekil 3.13. SOD2 RPUP ürünlerinin poliakrilamid jelde görüntülenmesi 1. Sütun 50 bç’lik
DNA marker, 2.sütun Val/Val, 3, 4, 5. Sütunlar Val/Ala genotiplerini göstermektedir.
Kontrol grubu numunelerinde PZR ve RPUP kullanılarak SOD2 genotipleri
belirlenmiştir. Yapılan analizler sonucunda 265 kişi içinde, 59 (%22,26) kişinin
(Ala/Ala) mutant, 123 (%46,41) kişinin (Val/Ala) heterozigot, 83 (%34,32) kişinin
(Val/Val) yabanıl tip, olduğu gösterilmiştir (Şekil 3.14).
Hastalardan izole edilmiş DNA numuneleri üzerinde SOD2 genotiplemesi
yapılmıştır. Yapılan genotipleme çalışması ile 139 kişi içinde, 26 (%18,70) kişinin
(Ala/Ala) mutant, 79 (%56,83) kişinin (Val/Ala) heterozigot, 34 (%24,46) kişinin
(Val/Val) yabanıl tip, olduğu gösterilmiştir (Şekil 3.14).
133
60
50
40
30
Kontrol
Hasta
20
10
0
Mutant
Heterozigot
Yabanıl tip
Şekil 3.14. Kontrol ve hasta gruplarının SOD 2 Val16Ala polimorfizim dağılımları grafiği
3.5. Hasta ve Kontrol Grubuna Ait Demografik Özellikler
Kontrol grubu yaş ortalaması 47,09 ± 13,39 olup, 18 ile 85 yaş arası, hasta grubunun
yaş ortalaması 59,5± 20,15 olup, 21 ile 81 yaş arası dağılım göstermektedir.
Araştırmada yer alan hasta ve kontrol gruplarının alkol, sigara kullanımı
alışkanlıklarının ve cinsiyet için ki-kare (x2) analizindeki p değerleri, yaş ortalamaları
karşılaştırması için yapılan t testindeki p değeri Çizelge 3.1 de özetlenmiştir.
Çizelge 3.1. Hasta ve kontrollerin yaş ve cinsiyet özellikleri, sigara ve alkol alışkanlıkları
p
Kontrol (n)
Hasta (n)
Toplam
265
139
Yaş
47,092 ± 13,39
59,5 ± 20,15
<0,001
Erkek
179 (67,54)
121 (87,05)
<0.001
Kadın
86 (32,45)
18 (12,94)
Evet
173 (65,28)
117 (84,17)
Hiç içmemiş
92 (34,71)
22 (15,82)
Hayır
212 (80)
107 (76,97)
Evet
53 (20)
32 (23,02)
Cinsiyet
Sigara alışkanlığı
<0,001
Alkol
0,479
134
Çizelge 3.1 de görüldüğü üzere kanser ve kontrol grubu arasında, erkekler kadınlara
göre, sigara kullananlar ve hiç sigara içmemiş kişiler arasında belirgin fark vardır.
Sigara kullananlar grubunu sigarayı halen içenler ve sigarayı bırakmış olanlar
oluşturmaktadır. Kanser ve kontrol grubumuzun yaş ortalamaları arasında da fark
gözlenmesi nedeniyle hesaplamalar yapılırken logistik regresyon analizi ile bu
değişkenler modele dahil edilerek yaş farkından gelebilecek hataların önüne
geçilmek istenmiştir.
Hasta grubu, baş boyun kanserlerinin çeşitlerine göre larinks, ağız ve bunların
dışında kalan kısımların kanserleri diğer olarak gruplandırılmıştır. Bu grupların
demografik özellikleri ve her grubun kontrol grubu ile karşılaştırmalı x2 testindeki p
değerleri ve yaş ortalamaları karşılaştırması için t testindeki p değeri Çizelge 3.2 de
gösterilmiştir.
Çizelge 3.2. Hasta grubunun larinks, ağız, diğer olarak gruplandırılmış numunelerin kontrol
grubu ile karşılaştırmalı demografik çizelgesi
Kontrol (n)
Larinks(%)
p
Ağız (%)
p
Diğer
p
(%)
Toplam
265
93
26
20
Yaş
47,092± 13,39
55,6 ±10,85
0
54,96±15,51
0,002
59,5±6,36
0
Erkek
179 (67,54)
89 (95,69)
<0,001
19 (73,07)
0.564
13 (65)
0.815
Kadın
86 (32,45)
4 (4,30)
Evet
173(65,28)
89 (95,69)
Hiç
92 (34,71)
4 (4,30)
11 (42,30)
7 (35)
Hayır
212 (80)
63 (67,74)
25 (96,15)
19 (95)
Evet
53 (20)
30 (32,25)
Cinsiyet
7 (26,92)
7 (35)
Sigara
<0,001
15(57,69)
0,440
13 (65)
0,988
içmemiş
Alkol
0,016
1 (3,84)
0,043
1 (5)
0,099
Larinks kanserli kişilerin grubu kontrol grubumuzla karşılaştırıldığında genel tabloya
benzer sonuçlar elde edilmiştir. Genel tablodan farklı olarak larinks kanserli kişilerde
alkol kullanımı için kanser grubunda anlamlı fark gözlenmiştir. Ağız kanserleri ve
135
diğer olarak gruplandırdığımız kanserler ile kontrol grubu karşılaştırıldığında genel
grupla paralel sonuçlar elde edilememiştir. Bu iki grubun numune sayısının az olması
nedeniyle diğer istatistiksel analizler yapılamamıştır.
3.6. GPX1, SOD2, XPD Genlerinin İncelenen Polimorfizm Bölgelerinin Kontrol
Grubunda Hardy Weinberg Dağılımları
Çizelge 3.3. XPD,GPX1,SOD2 genlerinin incelenen polimorfizm bölgelerinin Hardy
Weinberg test sonuçları
Genler/Kontrol Grubu
X2
p
Allel frekansı
XPD
0,275
0,599
0,42
GPX1
2,324
0,127
0,32
SOD2
1,086
0,297
0,45
p değerleri 0,05 den büyük olduğu için Hardy Weinberg dağılımına uygundur.
Verilen allel frekansları, XPD Gln, GPX1 Leu, SOD2 Ala allellerine aittir.
3.7. GPX1, SOD2, XPD Genlerinin İncelenen Polimorfizm Bölgelerinin Kanser
ve Kontrol Grubu İçin Allel Frekanslarının Karşılaştırması
Çizelge 3.4. XPD,GPX1,SOD2 genlerinin incelenen polimorfizm bölgelerinin allel
frekanslarının karşılaştırılması
GEN
KONTROL
KANSER
GPX PRO
362 (68,3)
180 (64,7)
GPX LEU
168 (31,7)
98 (35,3)
SOD VAL
289 (54,5)
147 (52,9)
SOD ALA
241 (45,5)
131 (47,1)
XPD LYS
309 (58,3)
172 (61,9)
XPD GLN
221 (41,7)
106 (38,1)
X2
OR (% 95 CI)
P
1
1,043
1,173 (0,863-1,594)
0,307
1
0,200
1,069 (0,799-1,430)
0,655
1
0,964
0,862 (0,640-1,160)
0,326
136
XPD Lys751Gln, GPX1 Pro198Leu, SOD2 Val16Ala polimorfizm bölgeleri için
yabanıl tipe karşı mutant alleller karşılaştırıldığında istatistiksel anlamlı bir fark
bulunmamıştır. Kontrol ve kanser grupları arasında allel frekansları arası fark yoktur.
3.8. GPX1 Pro198Leu, SOD2 Val16Ala, XPD Lys751Gln Genlerinin İncelenen
Polimorfizm Bölgelerinin Yassı Hücreli Baş Boyun (YHBB) Kanser Riski
Üzerine Etkisi
Hasta ve kontrol grubu, GPX1, SOD2, XPD genlerinin polimorfizmleri için
incelenmiştir. Genlerin tek başlarına kanser riski üzerine etkisi x2 testi ile
araştırıldığında istatistiksel anlamlı bir sonuç bulunamamıştır (Çizelge 3.5).
Çizelge 3.5. GPX1, SOD2, XPD genleri incelenen polimorfizm bölgelerinin X2 test sonuçları
Genler
Kontrol n(%) Kanser n(%) X2
OR
P
265
139
GPX1 YT
129 (48,67)
65 (46,76)
GPX1 HET
104 (39,24)
50 (35,97)
0,042 0,954 (0,608-1,497) 0,838
GPX1 MUT
32 (12,07)
24 (17,26)
1,658 1,488 (0,811-2,732) 0,199
GPX1 HET+MUT 136 (51,32)
74 (53,23)
0,134 1,080(0,716-1,629)
SOD2 YT
83 (31,32)
34 (24,46)
SOD2 HET
123 (46,41)
79 (56,83)
3,271 1,568 (0,962-2,557) 0,071
SOD2 MUT
59 (22,26)
26 (18,70)
0,055 1,076 (0,585-1,980) 0,814
SOD2 HET+MUT 182 (68,67)
56(40,28)
1,268 0,751(0,456-1,237)
XPD YT
88 (33,20)
58 (41,72)
XPD HET
133 (50,18)
56 (40,28)
3,74
XPD MUT
44 (16,60)
25 (17,98)
0,241 0,862 (0,477-1,559) 0,623
XPD HET+MUT
177 (66,79)
81 (58,27)
2,867 0,694(0,455-1,060)
1
0,714
1
0,260
1
0,639 (0,405-1,007) 0,053
0,090
Logistik regresyon analizi yapılırken, çizelge 3.1 de verilen tek değişkenli
istatistiksel analizde alkol ile kanser riski arasında anlamlı bir birliktelik
gözlenmediğinden alkol kullanımı alışkanlığı hesaplarda modele alınmamıştır.
137
Araştırmamızda incelenen bu üç gen bölgesi logistik regresyon analizi ile her bir gen
bölgesi için yaş, cinsiyet ve sigara değişkenlerinin kanser riski üzerine etkisi birlikte
incelendiğinde XPD ve GPX1 polimorfizmleri için istatistiksel anlamlı sonuç
bulunamamıştır (p>0.05). SOD2 geni heterozigot genotipini taşıyanların YHBB
kanseri için 1,9 kez riskli oldukları görülmüştür (OR:1,902; %95 CI 1,100-3,284;
p:0,021) (Çizelge 3.6).
Çizelge 3.6. GPX1, XPD, SOD2 gen polimorfizmlerinin yaş, cinsiyet ve sigara değişkenleri
ile logistik regresyon analizi sonuçları
Genler
Kontrol n(%) Kanser n(%)
OR(%95 CI)
P
265
139
GPX1 YT
129(48,67)
65(46,76)
1
GPX1 HET
104(39,24)
50(35,97)
1,095(0,644-1,807) 0,722
GPX1 MUT
32(12,07)
24(17,26)
1,854(0,937-3,669) 0,076
GPX1 HET+MUT 136 (51,32)
74 (53,23)
1,263(0,797-2,001) 0,321
SOD2 YT
83(31,32)
34(24,46)
1
SOD2 HET
123(46,41)
79(56,83)
1,902(1,100-3,284) 0,021
SOD2 MUT
59(22,26)
26(18,70)
1,045(0,532-2,053) 0,899
SOD2 HET+MUT 182 (68,67)
105 (75,53)
1,592(0,950-2,667) 0,077
XPD YT
88(33,20)
58(41,72)
1
XPD HET
133(50,18)
56(40,28)
0,688(0,415-1,139) 0,146
XPD MUT
44(16,60)
25(17,98)
0,784(0,404-1,511) 0,468
XPD HET+MUT
177 (66,79)
81 (58,27)
0,714(0,447-1,141) 0,159
YHBB kanser riski için araştırdığımız bu üç TNP bölgesi için yaş, cinsiyet, sigara
değişkenlerinin etkilerine bakılmadan ve bu üç değişkenin etkilerine bakılarak
logistik regresyon analizi ile ikili ve üçlü kombinasyonlar yapıldığında elde edilen
sonuçlar çizelge 3.7 de verilmiştir. Çizelgenin solunda yer alan sonuçlar yaş, cinsiyet
ve sigaranın etkisi incelenmemiş, sağ tarafta yer alanlar; üç değişken logistik
regresyon analizinde modele katılarak incelenmiş sonuçlarıdır. Referans olarak
kombinasyonlarda yabanıl tipi içerenler alınmıştır.
138
Çizelge 3.7. SOD2, GPX1, XPD genlerinin ikili ve üçlü birlikteliklerinin ve bu
birlikteliklerde yaş, cinsiyet, sigaranın etkilerinin kontrol grubu ile karşılaştırılarak yapılmış
logistik regresyon analizi sonuçları
Genler Birlikte
Yaş, cinsiyet ve sigaranın etkisine
Yaş, cinsiyet ve sigaranın etkisine
bakılmadan
bakılarak
OR(%95 CI)
p
OR(%95 CI)
p
GPX1Het+SOD2 Het
1,063(0,354-3,190)
0,913
1,299(0,382-4,413)
0,675
GPX1 Het+ SOD2 Mut
3,426(0,892-13,163)
0,073
3,332(0,747-14,858)
0,115
GPX1 Mut+ SOD2 Het
1,593(0,394-6,440)
0,514
3,301(0,687-15,860)
0,136
GPX1 Mut+SOD2 Mut
2,100(0,300-14,714)
0,455
3,742(0,425-32,917)
0,234
GPX1Het+Mut+SOD2Het+ Mut
1,532(0,602-3,898)
0,370
2,025(0,715-5,738)
0,184
GPX1 Het + XPD Het
0,503(0,184-1,370)
0,179
0,421(0,138-1,279)
0,127
GPX1 Het + XPD Mut
1,376(0,375-5,054)
0,630
1,041(0,242-4,475)
0,957
GPX1 Mut + XPD Het
0,072(0,016-0,326)
0,001
0,057(0,011-0,305)
0,001
GPX1Mut+XPDMut
2,831(0,230-34,835)
0,416
3,949(0,261-59,801)
0,322
GPX1Het+Mut+XPD Het+Mut
0,459(0,196-1,079)
0,074
0,395(0,153-1,023)
0,056
SOD2 Het + XPD Het
1,723(0,589-5,039)
0,320
1,851(0,558-6,142)
0,314
SOD2 Het + XPD Mut
5,163(0,857-31,112)
0,073
7,552(1,074-53,085)
0,042
SOD2 Mut +XPD Het
1,467(0,379-5,683)
0,579
1,354(0,305-6,020)
0,690
SOD2 Mut + XPD Mut
11,556(1,430-93,390)
0,022
12,217(1,241-120,262)
0,032
SOD2Het+Mut+XPD Het+Mut
2,293(0,869-6,052)
0,094
2,495(0,855-7,278)
0,094
GPX1Het+SOD2 Het
0,940(0,302-2,921)
0,915
1,072(0,303-3,792)
0,915
GPX1 Het+ SOD2 Mut
3,038(0,752-12,280)
0,119
2,797(0,598-13,091)
0,191
GPX1 Mut+ SOD2 Het
0,910(0,167-4,954)
0,913
1,842(0,292-11,632)
0,516
GPX1 Mut+SOD2 Mut
2,599(0,265-25,537)
0,413
4,350(0,328-57,709)
0,265
GPX1Het+Mut+SOD2Het+ Mut
1,334(0,290-6,135)
0,712
1,637(0,301-8,902)
0,568
GPX1 Het + XPD Het
0,527(0,190-1,464)
0,219
0,439(0,141-1,371)
0,157
GPX1 Het + XPD Mut
1,683(0,426-6,658)
0,458
1,306(0,283-6,020)
0,732
GPX1 Mut + XPD Het
0,080(0,017-0,366)
0,001
0,074(0,013-0,411)
0,003
GPX1 Mut + XPD Mut
3,146(0,227-43,666)
0,393
3,044(0,172-53,731)
0,447
GPX1Het+Mut+XPD Het+Mut
0,371(0,068-2,009)
0,250
0,300(0,046-1,945)
0,207
SOD2 Het + XPD Het
1,752(0,578-5,309)
0,322
1,762(0,510-6,095)
0,371
SOD2 Het + XPD Mut
3,989(0,613-25,970)
0,148
6,205(0,789-48,798)
0,083
SOD2 Mut +XPD Het
1,333(0,328-5,411)
0,688
1,061(0,225-5,005)
0,941
SOD2 Mut + XPD Mut
12,166(1,358-109,005)
0,026
13,230(1,193-146,674)
0,035
SOD2Het+Mut+XPD Het+Mut
2,092(0,522-8,383)
0,297
2,122(0,446-10,112)
0,345
GPX1Het+Mut+XPDHet+Mut+SOD2Het
1,307(0,184-9,306)
0,789
1,458(0,166-12,770)
0,733
SOD2- GPX1
XPD-GPX1
SOD2- XPD
GPX-SOD-XPD
+Mut
139
GPX1 ve XPD genleri ikisi birlikte YHBB kanser riski için incelendiğinde GPX1
Leu198Leu ve XPD Lys751Gln genotiplerini taşıyan kişilerde kanser olma riskinin
düştüğü görülmüştür. Bu genotipi taşımanın YHBB kanseri için koruyucu olduğu
söylenebilir. Bu genotipi taşıyanlar GPX1 yabanıl tip ve XPD yabanıl tip genotipini
taşıyanlara göre % 92 daha düşük risk taşımaktadırlar (OR: 0,072; %95 CI 0,0160,326; p:0,001). SOD2 ve XPD genleri ikisi birlikte kanser riski için incelendiğinde
SOD2 Ala/Ala ve XPD Gln/Gln genotiplerini taşıyan kişilerde kanser olma riskinin
11,5 defa arttığı görülmüştür (OR: 11,556; %95 CI 1,430-93,390; p:0,022).
Bu genlerin üçü bir arada iken yapılan testlerde üç gen bölgesini de mutant olarak
taşıyan hiçbir birey olmadığı için üçlü gen kombinasyonu yapılamamıştır. Fakat üç
genin
etkisini
ölçmek
için
logistik
regresyon
analizi
yapıldığında
ikili
kombinasyonlarda elde edilen değerlerde bir artış olduğu gözlenmiştir. GPX1 mutant
ve XPD heterozigot taşıyanların kanserden koruyucu olduğunu belirten OR oranı
0,072 den 0,080’e değişirken, SOD2 mutant ve XPD mutant taşıyan bireylerin kanser
riskinde artışı belirten OR oranı 11,556’dan 12,166’ya yükselmiştir.
XPD, GPX1, SOD2 genlerinin incelenen polimorfizm bölgelerinin, ikili ve üçlü
birlikteliklerinde YHBB kanseri riskindeki rollerine, yaş, cinsiyet ve sigara
alışkanlıklarının etkilerinin ilave edilmesi için logistik regresyon analizi yapıldığında
elde edilen sonuçlar, çizelgenin sol tarafında yer alan, yaş, cinsiyet ve sigara
alışkanlıklarının etkisi olmadan elde edilen sonuçlara çok yakındır. İkili gen
birlikteliklerinde GPX1 mutant ve XPD heterozigot genotipini taşıyanlar yaş,
cinsiyet ve sigaranın etkisi katılmadan %92,8 kez düşük riskli iken (OR: 0,072; %95
CI 0,016-0,326), yaş, sigara ve cinsiyetin etkisi ile % 94,3 kez düşük riskli olarak
gözlenmektedir (OR: 0,057; %95 CI 0,011-0,305; p= 0.001). SOD2 mutant ve XPD
mutant birlikteliği için yaş, sigara ve cinsiyet etkinin olması ya da olmaması
sonuçlarda az bir değişiklik yaratmaktadır. OR (%95 CI) değerleri sırasıyla 12,217;
(1,241-120,262); 11,556; (1,430-93,390).
SOD2 heterozigot ve XPD mutant genotiplerini birlikte taşıyan kişiler yaş, cinsiyet
ve sigara kullanım alışkanlıklarının etkisi işleme katılmamışken kanser riski için
140
anlamsız çıkarken bu değişkenlerin etkileri hesaplamalara katıldığında 7,5 kat kanser
riskinde artışa neden olmaktadır (OR: 7,552; %95 CI 1,074-53,085; p:0,042).
GPX1, SOD2, XPD genlerinin üçü bir arada iken kanser riski için hesaplar
yapıldığında; GPX1 mutant ve XPD heterozigot taşıyan bireyler yaş, sigara ve
cinsiyet etkileri olmadan %92 daha düşük riskli iken (OR: 0.080; %95 CI 0.0170.366; p:0.001), bu değişkenlerin varlığında % 92,6 daha düşük riskli çıkmıştır (OR:
0.074; %95 CI 0.013-0.411). SOD2 mutant ve XPD mutant genotiplerini beraber
taşıyan kişiler için risk yaş, sigara, cinsiyet etkileri olmadan 12,166 kat fazla iken
(OR: 12,166; %95 CI 1,358-109,005; p:0.026) yaş, sigara ve cinsiyet değişkenleri ile
birlikte 13,2 kat fazla çıkmıştır (OR: 13,230; %95 CI 1,193-146,674; p:0.035).
Çizelge 3.1 de verilen hasta ve kanser grubuna ait demografik tabloda yaş, cinsiyet
ve sigara kullanımı alışkanlıklarının kanser riski artışında etkili oldukları
gözlenmiştir. Bu nedenle çalışma grubumuz 45 yaş altı, 45-59 yaş arası, 60 yaş üstü,
sigara alışkanlığı olanlar, hiç sigara içmemiş kişiler, erkek ve kadınlar için alt
gruplara ayrılıp X2 testi yapılmıştır (Çizelge 3.8).
Çizelge 3.8. Yaş, cinsiyet, sigara ve alkol alışkanlıkları için x2 test sonuçları
X2
OR(%95 CI)
p
Kontrol (n)
Hasta (n)
265
139
<45
114 (43,01)
33 (23,74)
45-59
112 (42,26)
43 (30,93)
1,122
1,326 (0,786-2,238)
0,290
>60
39 (14,71)
63 (45,32)
39,290
5,580 (3,199-9,734)
<0,001
Erkek
179 (67,54)
121 (87,05)
18,143
3,230 (1,849-5,642)
<0.001
Kadın
86 (32,45)
18(12,94)
Evet
173(65,28)
117 (84,17)
Hiç içmemiş
92 (34,71)
22 (15,82)
Hayır
212 (80)
107 (76,97)
Evet
53 (20)
32 (23,02)
Toplam
Yaş
1
Cinsiyet
1
Sigara alışkanlığı
16,062
2,828(1,680-4,762)
<0,001
1
Alkol
0,501
1
1,196 (0,728-1,965)
0,479
141
Erkekler kadınlara göre YHBB kanser gelişimi için 3,2 kat, sigara kullananlar 2,8
kat, 60 yaş üstü kişiler 5,5 kat riskli bulunduğundan kanser ve kontrol grubumuzda
sadece bu alt gruplar seçilerek XPD, GPX1, SOD2 genlerinin incelediğimiz
polimorfizmleri ve yaş, cinsiyet ve sigara değişkenleri için kanser riski araştırılmıştır.
Kanser ve kontrol grubunda sadece erkekler alınarak yapılan X2 testi hesapları
Çizelge 3.9 da özetlenmiştir.
Çizelge 3.9. Erkekler grubu için yapılmış X2 test sonuçları
Değişken
Toplam
GPX1
GPX1 YT
GPX1 HET
GPX1 MUT
GPX1 HET+MUT
SOD2
SOD2 YT
SOD2 HET
SOD2 MUT
SOD2 HET+MUT
XPD
XPD YT
XPD HET
XPD MUT
XPD HET+MUT
Kontrol
179
Kanser
121
X2
89 (49,72)
69 (38,54)
21 (11,73)
90 (50,27)
55 (45,45)
44 (36,36)
22 (18,18)
66 (54,54)
1
0,015 1,032(0,622-1,711)
2,299 1,695(0,854-3,366)
0,526 1,187(0,747-1,884)
0,903
0,132
0,468
64 (35,75)
77(43,01)
38(21,22)
115 (64,24)
30 (24,79)
66 (54,54)
25 (20,66)
91 (75,20)
1
4,772 1,829(1,061-3,151)
1
1,404(0,721-2,730)
4,032 1,688(1,010-2,821)
0,030
0,318
0,045
57 (31,84)
91 (850,83)
31 (17,31)
122 (68,15)
50 (41,32)
48 (39,66)
23 (19)
71 (58,67)
1
3,753 0,601 (0,359-1,008)
0,248 0,846 (0,437-1,636)
2,827 0,663(0,411-1,072)
0,053
0,619
0,093
OR(%95 CI)
p
Erkekler alt grubunda değişkenlerin tek başlarına YHBB kanser riski üzerindeki
etkilerine X2 testi ile bakıldığında incelediğimiz genlerden XPD heterozigot
genotipini taşıyanlar kanser riski için p değeri sınıra yakın çıkmasına rağmen
istatistiksel olarak anlamlı değildir.
SOD 2 geni Val/Ala genotipini taşıyan
heterozigot bireyler 1,8 kez (OR: 1,829; %95 CI 1,061-3,151), SOD2 geni
heterozigot ve mutant genotiplerini taşıyan bireyler yabanıl tip ile karşılaştırıldığında
1,6 kez (OR: 1,688; %95 CI 1,010-2,821) riskli bulunmuştur.
142
Erkekler grubunda, genleri teker teker ve yaş, sigara değişkenlerinin etkisini
incelemek için logistik regresyon analizi yapıldığında çıkan sonuçlar çizelge 3.10 da
gösterilmiştir.
Çizelge 3.10. Erkekler grubunda XPD,GPX1,SOD2 genlerinin incelenen polimorfizm
bölgeleri ile yaş ve sigara değişkenlerinin birlikte kanser riski üzerine etkisi kontrol grubu ile
karşılaştırılarak logistik regresyon analizi sonuçları
Genler
Kontrol n(%)
Kanser n(%)
OR(%95 CI)
P
Toplam
179
121
GPX1 YT
89 (49,72)
55 (45,45)
1
GPX1 HET
69 (38,54)
44 (36,36)
1,308 (0,739-2,315)
0,356
GPX1 MUT
21 (11,73)
22 (18,18)
2,148 (1,001-4,611)
0,05
GPX1 HET+MUT
90 (50,27)
66 (54,54)
1,507(0,892-2,545)
0,125
SOD2 YT
64 (35,75)
30 (24,79)
1
SOD2 HET
77(43,01)
66 (54,54)
2,062 (1,116-3,811)
0,021
SOD2 MUT
38(21,22)
25 (20,66)
1,326 (0,630-2,788)
0,457
SOD2 HET+MUT
115 (64,24)
91 (75,20)
1,798(1,010-3,201)
0,046
XPD YT
57 (31,84)
50 (41,32)
1
XPD HET
91 (850,83)
48 (39,66)
0,657 (0,368-1,173)
0,155
XPD MUT
31 (17,31)
23 (19)
0,792 (0,384-1,635)
0,529
XPD HET+MUT
122 (68,15)
71 (58,67)
0,696(0,408-1,188)
0,184
Yaş ve sigara değişkenlerinin etkisi ile genlerin tek başlarına YHBB kanseri riski
üzerine etkileri logistik regresyon analizi ile incelendiğinde XPD geni Lys751Gln
polimorfizmi için istatistiksel anlamlı bir sonuç elde edilemezken, SOD2 heterozigot
genotipini taşıyanlar ve SOD2 heterozigot ve mutant genotipli bireyler beraber iken
yabanıl tiple karşılaştırıldığında anlamlı sonuçlar elde edilmiştir. SOD2 heterozigot
genotipini taşıyanlar 2 kez riskli ve SOD2 heterozigot ve mutant genotiplerini
taşıyanlar beraber gruplandırıldığında 1,7 kez riskli çıkmıştır. OR değerleri sırasıyla
2,062; %95 CI 1,116-3,811, OR:1,798; % 95 CI 1,010-3,201 (p<0,05). GPX1 mutant
genotipini taşıyan erkekler yabanıl tipi taşıyanlara göre p değeri tam sınırda
çıkmıştır. Bu genotipi taşıyanlarda yabanıl tipi taşıyanlara göre YHBB kanseri riski
2,1 kez artmaktadır OR:2,148; %95 CI 1,001-4,611.
143
Erkekler grubunda XPD, SOD2 ve GPX1 genlerinin ikili, üçlü birliktelikleri için ve
bu birlikteliklere yaş ve sigara değişkenlerinin etkilerinin logistik regresyon hesapları
yapılmıştır. Çizelge 3.11 de sonuçlar özetlenmiştir. Çizelgede sonuçlar solda yaş ve
sigaranın etkisine bakılmadan, sağda ise bu değişkenlerin etkilerine bakılarak
hesaplanmıştır.
Çizelge 3.11. Erkekler alt grubunda SOD2, GPX1, XPD genlerinin ikili ve üçlü
birlikteliklerinin ve bu birlikteliklerde yaş ve sigaranın etkilerinin logistik regresyon analizi
sonuçları
GENLER
GPX1-SOD2
GPX1Het + SOD2 Het
GPX1 Het + SOD2 Mut
GPX1 Mut + SOD2 Het
GPX1 Mut + SOD2 Mut
GPX1Het+Mut+SOD2Het+Mut
GPX1- XPD
GPX1 Het + XPD Het
GPX1 Het + XPD Mut
GPX1 Mut + XPD Het
GPX1 Mut + XPD Mut
GPX1Het+Mut+XPDHet+Mut
SOD2- XPD
SOD2 Het + XPD Het
SOD2 Het + XPD Mut
SOD2 Mut + XPD Het
SOD2 Mut + XPD Mut
SOD2 Het+Mut+XPD Het+Mut
XPD-GPX1-SOD2
SOD2 Het + XPD Het
SOD2 Het + XPD Mut
SOD2 Mut + XPD Het
SOD2 Mut + XPD Mut
SOD2 Het+Mut+XPD Het+Mut
GPX1Het + SOD2 Het
GPX1 Het + SOD2 Mut
GPX1 Mut + SOD2 Het
GPX1 Mut + SOD2 Mut
GPX1Het+Mut+SOD2Het+Mut
GPX1 Het + XPD Het
GPX1 Het + XPD Mut
GPX1 Mut + XPD Het
GPX1 Mut + XPD Mut
GPX1Het+Mut+XPDHet+Mut
GPX1Het+Mut+SOD2Het+Mut+
XPDHet+Mut
Yaş ve sigaranın etkisine
Yaş
ve
bakılmadan
eklenerek
sigaranın
etkisi
OR(%95 CI)
p
OR(%95 CI)
p
0,897 (0,263-3,064)
3,805 (0,867-16,690)
2,350 (0,499-11,070)
9,339
(0,659132,291)
1,679 (0,600-4,699)
0,863
0,077
0,280
0,099
0,324
1,198 (0,301-4,777)
4,113 (0,780-21,698)
3,291 (0,580-18,685)
10,275
(0,609173,206)
2,120 (0,658-6,829)
0,798
0,096
0,179
0,106
0,208
0,388 (0,124-1,218)
0,839 (0,197-3,572)
0,037 (0,006-0,230)
Hesaplanamıyor
0,319(0,120-0,847)
0,105
0,812
<0.001
0,999
0,022
0,358 (0,099-1,294)
0,652 (0,127-3,343)
0,025 (0,003-0,188)
Hesaplanamıyor
0,283(0,095-0,841)
0,117
0,608
<0.001
0,999
0,023
1,233 (0,367-4,149)
5,143 (0,765-34,585)
1,121 (0,253-4,973)
7,855 (0,872-70,741)
1,748(0,588-5,192)
0,735
0,092
0,880
0,066
0,315
1,018 (0,261-3,977)
6,060 (0,748-49,094)
0,927 (0,177-4,869)
7,896 (0,688-90,590)
1,545(0,461-5,176)
0,980
0,091
0,929
0,097
0,481
1,042 (0,289-3,754)
3,164 (0,429-23,354)
0,836 (0,168-4,156)
7,564 (0,735-77,853)
1,266(0,248-6,465)
0,756 (0,213-2,683)
3,239 (0,701-14,962)
0,849 (0,117-6,133)
5,909(0,227-154,153)
1,103(0,180-6,753)
0,389 (0,121-1,246)
0,943 (0,204-4,362)
0,041 (0,006-0,271)
Hesaplanamıyor
0,209(0,031-1,425)
1,817(0,194-17,011)
0,950
0,259
0,827
0,089
0,777
0,665
0,132
0,871
0,286
0,916
0,112
0,940
0,001
0,999
0,110
0,601
0,719 (0,167-3,101)
3,563 (0,383-33,179)
0,539 (0,089-3,257)
7,392 (0,554-98,629)
0,880(0,133-5,812)
0,966(0,231-4,504)
3,390 (0,606-18,975)
0,941 (0,106-8,328)
7,694(0,211-280,553)
1,104(0,143-8,533)
0,386 (0,103-1,437)
0,747 (0,138-4,054)
0,027 (0,003-0,241)
Hesaplanamıyor
0,144(0,016-1,274)
2,569(0,206-32,041)
0,658
0,264
0,501
0,130
0,894
0,962
0,165
0,957
0,266
0,924
0,156
0,735
0,001
0,999
0,081
0,464
144
Erkekler grubunda sadece GPX1- XPD genlerinin birlikte incelendiği analizde GPX1
mutant ve XPD heterozigot genotipli kişilerde %96,3 daha düşük risk bulunmuştur
(OR: 0,037; %95 CI 0,006-0,230).
Bu grupta, incelenen genlerin ikili birlikteliklerinde yaş ve sigara alışkanlıklarının
kanser riski üzerine etkilerinin incelenmesi için logistik regresyon analizi
yapıldığında GPX1-SOD2 ve SOD2-XPD birlikteliklerinde istatistiksel anlamlı bir
sonuç bulunmazken GPX1-XPD birlikteliğinde yaş ve sigaranın etkisi olmadan elde
edilen OR değeri 0,037; %95 CI 0,006-0,230 iken yaş ve sigaranın etkisi ile bu değer
0,025’e düşmüştür (%95 CI 0,003-0,188) (p<0.001). Birin altında bulunan değerin
daha da küçülmüş olması bu gen birlikteliğinde koruyuculuğun arttığını
göstermektedir.
XPD, GPX1 ve SOD2 genleri üçü bir arada iken GPX1 mutant ve XPD heterozigot
genotipli olanlarda % 95,9 kez baş boyun kanseri riski düşük bulunmuştur. Üç gen
birlikteliğine yaş, sigara değişkenlerinin etkileri de eklendiğinde bu koruyuculuk
%97,1 e yükselmektedir. OR (%95 CI) değerleri sırasıyla 0,041; %95 CI 0,006-0,271
ve 0,027; %95 CI 0,003-0,222 (p<0.05) dir.
GPX1 heterozigot ve mutant, XPD heterozigot ve mutant genotiplerini bir arada
taşıyan bireyler yaş ve sigara alışkanlıklarının etkisine bakılmadan kanser riski için
incelendiğinde iki genin birlikteliğinde OR değeri 0,319; % 95 CI 0,120-0,847
bulunurken SOD2 geninin de etkisi eklendiğinde istatistiksel anlamını kaybetmiştir.
GPX1 heterozigot ve mutant genotiplerine sahip kişiler ile XPD heterozigot ve
mutant genotiplere sahip kişiler bir arada kanser riski için incelendiğinde yaş ve
sigara alışkanlıklarının etkisi ile genlerin ikili birlikteliklerinde OR değeri 0,283; %
95 CI 0,095-0,841 bulunmuştur. P<0.05 olduğu için istatistiksel olarak anlamlıdır.
Fakat OR değerleri 1’den küçük olduğu için kanser riskini azalttığı yönünde
yorumlanmaktadır. Bu ikili birlikteliğe SOD2 geninin etkisi ilave edildiğinde yaş,
cinsiyet ve sigara etkilerinin varlığında istatistiksel anlam kaybolmuştur.
Kanser ve kontrol grubunda diğer bir risk grubu olan, sigara alışkanlığı olanlar
alınarak yapılan X2 testi hesapları Çizelge 3.12 de özetlenmiştir.
145
Çizelge 3.12. Sigara alışkanlığı olanlar grubu için yapılmış X2 test sonuçları
Değişken
Toplam
GPX1
GPX1 YT
GPX1 HET
GPX1 MUT
GPX1 HET+MUT
SOD2
SOD2 YT
SOD2 HET
SOD2 MUT
SOD2 HET+MUT
XPD
XPD YT
XPD HET
XPD MUT
XPD HET+MUT
Kontrol
139
Kanser
74
X2
70 (50,35)
55 (39,56)
14 (10,07)
69 (49,64)
37 (50)
23(17,02)
14(10,36)
37 (50)
1
0,969 0,732 (0,393-1,364) 0,325
1,742 1,750 (0,758-4,039) 0,187
0,002 1,014(0,577-1,783) 0,960
47 (33,81)
57 (41)
35 (25,17)
92 (66,18)
18 (24,32)
1
39 (28,86) 2,835 1,787 (0,906-3,523) 0,094
17(12,58) 0,344 1,268 (0,573-2,806) 0,558
56 (75,67) 2,050 1,589(0,841-3,005) 0,152
49 (35,25)
62 (44,60)
28 (20,14)
90 (64,74)
32 (43,24)
1
27 (19,98) 1,573 0,667(0,354-1,258)
15 (11,1) 0,255 0,820(0,380-1,770)
42 (56,75) 1,309 0,715(0,401-1,272)
OR(%95 CI)
p
0,211
0,614
0,253
Sigara alışkanlığı olanlar alt grubunda değişkenlerin tek başlarına YHBB kanser riski
üzerindeki etkilerine X2 testi ile bakıldığında incelediğimiz genlerden hiç biri için
istatistiksel anlamlı bir sonuç elde edilememiştir.
Bu grupta, genleri teker teker ve yaş, cinsiyet değişkenlerinin etkisini incelemek için
logistik regresyon analizi yapıldığında çıkan sonuçlar çizelge 3.13 de gösterilmiştir.
146
Çizelge 3.13. Sigara alışkanlığı olanlar grubunda XPD,GPX1,SOD2 genlerinin incelenen
polimorfizm bölgeleri ile yaş ve cinsiyet değişkenlerinin birlikte kanser riski üzerine etkisi
Genler
Kontrol
Kanser
OR(%95 CI)
P
n(%)
n(%)
Toplam
139
74
GPX1 YT
70 (50,35)
37 (50)
1
GPX1 HET
55 (39,56)
23(17,02)
1,053(0,586-1,892)
0,862
GPX1 MUT
14 (10,07)
14(10,36)
2,380(1,079-5,249)
0,032
GPX1 HET+MUT
69 (49,64)
37 (50)
1,328(0,779-2,264)
0,297
SOD2 YT
47 (33,81)
18 (24,32)
1
SOD2 HET
57 (41)
39 (28,86)
2,126(1,130-3,997)
0,019
SOD2 MUT
35 (25,17)
17(12,58)
1,205(0,560-2,592)
0,634
SOD2 HET+MUT
92 (66,18)
56 (75,67)
1,783(0,985-3,228)
0,056
XPD YT
49 (35,25)
32 (43,24)
1
XPD HET
62 (44,60)
27 (19,98)
0,636(0,352-1,149)
0,134
XPD MUT
28 (20,14)
15 (11,1)
0,728(0,351-1,511)
0,394
XPD HET+MUT
90 (64,74)
42 (56,75)
0,665(0,387-4,141)
0,139
Bu grupta yaş ve cinsiyetin etkisi de eklenerek logistik regresyon analizi yapıldığında
incelediğimiz genlerden GPX1 mutant ve SOD2 heterozigot genotipini taşıyan kişiler
için kanser grubu kontrol grubuna göre istatistiksel anlamlı olarak risklidir. OR
değerleri sırasıyla 2,380; %95 CI 1,079-5,249 ve 2,126; % 95 CI 1,130-3,997 dir.
Sigara alışkanlığı olanlar grubunda XPD, SOD2 ve GPX1 genlerinin ikili, üçlü
birliktelikleri ve bu birlikteliklere yaş ve cinsiyet değişkenlerinin ilave etkileri için
logistik regresyon analizi yapılmıştır. Çizelge 3.14 de sonuçlar özetlenmiştir.
147
Çizelge 3.14. Sigara alışkanlığı olanlar alt grubunda üç gen bölgesi için ikili, üçlü
birlikteliklerinin ve bu birlikteliklerde yaş ve cinsiyet etkilerinin logistik regresyon analizi
sonuçları
Yaş ve cinsiyet etkisine
Yaş ve cinsiyet etkisine bakılarak
bakılmadan
GENLER
OR(%95 CI)
p
OR(%95 CI)
p
GPX1Het + SOD2 Het
0,887(0,177-4,434)
0,884
1,159(0,278-4,839)
0,840
GPX1 Het + SOD2 Mut
3,106(0,497-19,390)
0,225
3,339(0,603-18,502)
0,168
GPX1 Mut + SOD2 Het
2,201(0,316-15,353)
0,426
3,309(0,554-19,786)
0,190
GPX1 Mut + SOD2 Mut
9,783(0,589-162,388)
0,112
8,631(0,506-147,244)
0,136
GPX1Het+Mut+SOD2Het+Mut
1,690(0,590-4,840)
0,329
1,876(0,570-6,177)
0,301
GPX1 Het + XPD Het
0,323(0,078-1,350)
0,122
0,312(0,084-1,163)
0,083
GPX1 Het + XPD Mut
1,548(0,272-8,810)
0,623
0,635(0,119-3,378)
0,594
GPX1 Mut + XPD Het
0,058(0,007-0,486)
0,009
0,033(0,004-0,248)
0,001
GPX1 Mut + XPD Mut
Hesaplanamıyor.
0,999
Hesaplanamıyor
0,999
GPX1Het+Mut+XPDHet+Mut
0,325(0,122-0,867)
0,025
0,278(0,092-0,836)
0,023
SOD2 Het + XPD Het
0,545(0,118-2,519)
0,437
0,825(0,205-3,319)
0,787
SOD2 Het + XPD Mut
4,977(0,409-60,621)
0,208
12,163(0,960-154,058)
0,054
SOD2 Mut + XPD Het
0,490(0,079-3,060)
0,445
0,835(0,149-4,669)
0,838
SOD2 Mut + XPD Mut
7,221(0,465-112,118)
0,158
19,958(1,169-340,722)
0,039
SOD2Het+Mut+XPDHet+Mut
1,590(0,529-4,782)
0,409
1,468(0,430-5,010)
0,540
SOD2 Het + XPD Het
0,630(0,133-2,985)
0,561
0,598(0,135-2,655)
0,499
SOD2 Het + XPD Mut
5,032(0,394-64,320)
0,214
6,951(0,490-98,663)
0,152
SOD2 Mut + XPD Het
0,510(0,076-3,424)
0,488
0,569(0,090-3,578)
0,548
SOD2 Mut + XPD Mut
10,080(0,604-168,335)
0,108
18,875(0,996-357,795)
0,050
SOD2Het+Mut+XPDHet+Mut
0,995(0,195-5,082)
0,995
0,782(0,118-5,188)
0,799
GPX1Het + SOD2 Het
1,019(0,195-5,320)
0,982
0,971(0,218-4,935)
0,969
GPX1 Het + SOD2 Mut
3,669(0,556-24,213)
0,177
2,753(0,462-16,419)
0,266
GPX1-SOD2
GPX1- XPD
SOD2- XPD
XPD-GPX1-SOD2
GPX1 Mut + SOD2 Het
2,927(0,407-21,022)
0,286
0,971(0,102-9,285)
0,980
GPX1 Mut + SOD2 Mut
15,326(0,864-271,932)
0,063
7,545(0,234-243,110)
0,254
GPX1Het+Mut+SOD2Het+Mut
0,932(0,153-5,667)
0,939
0,911(0,118-7,048)
0,929
GPX1 Het + XPD Het
0,349(0,079-1,544)
0,165
1,837(0,0542-6,231)
0,329
GPX1 Het + XPD Mut
1,612(0,248-10,466
0,617
0,691(0,119-4,018)
0,681
GPX1 Mut + XPD Het
0,053(0,005-0,524)
0,012
0,033(0,004-0,292)
0,002
GPX1 Mut + XPD Mut
Hesaplanamıyor
0,999
Hesaplanamıyor
0,999
GPX1Het+Mut+XPDHet+Mut
0,172(0,024-1,215)
0,078
0,123(0,013-1,140)
0,065
GPX1Het+Mut+XPDHet+Mut+
2,461(0,255-23,749)
0,436
3,016(0,231-39,440)
0,400
SOD2Het+Mut
148
Sigara alışkanlığı olanlar alt grubu için GPX1 mutant ve XPD heterozigot
genotiplerini birlikte taşıyan kişiler yaş ve cinsiyetin etkisine bakılmaksızın logistik
regresyon analizi yapıldığında %94,2 daha düşük risk bulunmuştur (OR: 0,058; %95
CI 0,007-0,486). Yaş ve cinsiyetin etkisi katıldığında bu genotip için bulunan OR
değeri 0,033; % 95 CI 0,004-0,248 dir.
GPX1ve XPD genleri için heterozigot ve mutant bireyler birlikte alındığında bu iki
genotip grubu bir arada iken yaş ve cinsiyetin etkisi ilave edilmeden ve edildiğinde
kanser ve kontrol grupları arası anlamlı bir fark vardır. Fakat OR değeri 1’den küçük
olduğu için riski azaltıcı bir etki gözlenmektedir. OR değerleri sırasıyla OR: 0,325;
% 95 CI 0,122-0,867 ve OR: 0,278; %95 CI 0,092-0,836 dir.
SOD2 mutant ve XPD mutant genotipli bireyler iki gen birlikte iken yaş, cinsiyet ve
sigaranın etkisi eklenerek logistik regresyon analizi yapıldığında kontrol grubuna
göre yaklaşık 20 kat riskli çıkarken (OR:19,958; %95 CI 1,169-340,722, bu iki gene
GPX1’de eklendiğinde kontrol grubuna göre risk yaklaşık 19 kata düşmektedir (OR:
18,875; % 95 CI 0,996-357,795).
Üç genin birlikte bulunduğu durumda yaş ve cinsiyetin etkisine bakılmadan GPX1
mutant ve XPD heterozigot genotipli kişiler için risk % 94,7 daha düşük bulunmuştur
(OR: 0,053; %95 CI 0,005-0,524). Bu genotipin değeri yaş ve cinsiyetin etkisi de
katıldığında %96,7 düşük riskli olarak hesaplanmıştır OR: 0,033; % 95 CI 0,0040,292.
Kanser ve kontrol grubunda 60 yaşından büyük kişiler alınarak yapılan X2 testi
hesapları Çizelge 3.15 de özetlenmiştir.
149
Çizelge 3.15. 60 yaşından büyükler grubu için yapılmış X2 test sonuçları
Değişken
Toplam
GPX1
GPX1 YT
GPX1 HET
GPX1 MUT
GPX1 HET+MUT
SOD2
SOD 2 YT
SOD2 HET
SOD2 MUT
SOD2 HET+MUT
XPD
XPD YT
XPD HET
XPD MUT
XPD HET+MUT
Kontrol (%)
39
Kanser (%)
63
22 (56,41)
13(33,33)
4(10,25)
17 (43,58)
30 (47,61)
25(39,68)
8(12,69)
33 (52,38)
11 (28,20)
17(43,58)
11(28,20)
28 (71,79)
16 (41,02)
17(43,58)
6(15,38)
23 (58,97)
X2
OR(%95 CI)
p
0,606
0,326
0745
1
1,410(0,593-3,356)
1,467(0,392-5,492)
1,424(0,638-3,178)
0,436
0,568
0,388
17 (26,98)
33(52,38)
13(20,63)
46 (73,01)
0,218
0,227
0,018
1
1,256(0,482-3,274)
0,765(0,253-2,308)
1,063(0,436-2,594)
0,641
0,634
0,893
26 (41,26)
26(41,26)
11(17,46)
37 (58,73)
0,019
0,041
0,001
1
0,941(0,393-2,253)
1,128(0,349-3,648)
0,990(0,440-2,229)
0,892
0,840
0,981
60 yaşından büyüklerin yer aldığı hasta ve kontrol grubumuzda YHBB kanseri için
genlerin tek başlarına kanser riski ile ilişkisi araştırıldığında incelediğimiz genlerden
hiç birisi için istatistiksel anlamlı bir sonuç elde edilememiştir.
Bu grup için genler teker teker ve yaş, cinsiyet ve sigara alışkanlıklarının etkisini
incelemek için logistik regresyon analizi yapıldığında çıkan sonuçlar çizelge 3.16 da
gösterilmiştir.
Çizelge 3.16. 60 yaşından büyük kişiler grubunda XPD,GPX1,SOD2 genlerinin incelenen
polimorfizm bölgeleri ile yaş ve cinsiyet değişkenlerinin birlikte kanser riski üzerine etkisi
Genler
Kontrol n(%)
Kanser n(%)
Toplam
39
63
GPX1 YT
GPX1 HET
GPX1 MUT
GPX1 HET+MUT
SOD2 YT
SOD2 HET
SOD2 MUT
SOD2 HET+MUT
XPD YT
XPD HET
XPD MUT
XPD HET+MUT
22 (56,41)
13(33,33)
4(10,25)
17 (43,58)
11 (28,20)
17(43,58)
11(28,20)
28 (71,79)
16 (41,02)
17(43,58)
6(15,38)
23 (58,97)
30 (47,61)
25(39,68)
8(12,69)
33 (52,38)
17 (26,98)
33(52,38)
13(20,63)
46 (73,01)
26 (41,26)
26(41,26)
11(17,46)
37 (58,73)
OR(%95 CI)
1
3,086(0,997-9,548)
1,878(1,404-8,715)
2,702(0,966-7,557)
1
1,363(0,468-3,966)
0,813(0,227-2,788)
1,148(0,424-3,111)
1
0,767(0,284-2,074)
0,636(0,176-2,299)
0,728(0,288-1,841)
P
0,051
0,421
0,058
0,570
0,743
0,786
0,602
0,490
0,502
150
Genler teker teker ve yaş, cinsiyet, sigara alışkanlıklarının etkileri birlikte logistik
regresyon analizi ile hesapları yapıldığında, GPX1 heterozigot genotipli kişiler için
anlamlı risk artışı için sınırda bir değer çıkmıştır. Fakat incelenen genlerden hiç biri
için istatistiksel anlamlı bir sonuç elde edilememiştir.
60 yaşından büyük olanlar grubunda XPD, SOD2 ve GPX1 genlerinin ikili, üçlü
birliktelikleri ve bu birlikteliklerde yaş, cinsiyet ve sigara alışkanlıklarının ilave
etkileri için logistik regresyon analizi yapılmıştır. Fakat analizlerde genlerin ikili ve
üçlü birliktelikleri için yapılan gruplandırmalarda örnek sayıları düştüğü için sonuç
alınamayan kombinasyonlar fazladır. Hesaplamalarda görülen bu sorunlar hasta
grubumuzun
alt
grupları
olan
larinks,
ağız
ve
diğer
kanserler
olarak
isimlendirdiğimiz kanser hastaları ile kontrol grubunun karşılaştırmalarında da
gözlenmiştir. Bu nedenle bu sonuçlara yer verilmemiştir.
151
4.TARTIŞMA
Yassı hücreli baş boyun (YHBB) kanseri riski, alkol ve sigara kullanımına bağlı
olarak, yaşamda kalım oranları, yaş, cinsiyet, etnik kökene ve yaşanan coğrafik alan
gibi pek çok faktöre bağlıdır. Bu risk, sigara içimi, alkol kullanımı, viral
enfeksiyonlar ve genetik faktörlerden etkilenir. Bununla beraber sigara içilmesi ve
alkol kullanılması YHBB kanserlerinde majör faktörlerdir. Fakat sigara ve alkol
kullananların bir bölümünde kanser gelişir. Yassı hücreli baş boyun kanseri olan
kişilerin % 15-20 kadarı sigara veya alkole maruz kalmamıştır (Rigström ve ark.,
2002). YHBB kanseri olmuş kişilerin %10-20 sinde ikinci kez birincil tümör oluşma
riski bulunmaktadır. Birinci derece akrabalarda kanser gelişme riskinin iki birincil
tümörü olanlarda arttığı gösterilmiştir (Jefferies ve ark., 2005). Buna göre çevresel
faktörlerin yanında kişilerin genetik farklılığının da kanser üzerine etkili olduğu
düşünülmektedir.
Hücresel tüm fonksiyonların yerine getirilmesi için kullanılan genetik bilgi DNA’da
kodlanmıştır. Kimyasal maddeler veya oksidatif stres kaynaklı DNA hasarlarının
onarılamadığı durumlarda yaşamsal genetik bilgi etkilenir. DNA hasarı birikimi ile
karsinojenezis eğiliminde yatkınlık söz konusu olur (Friedlander, 2001).
YHBB kanserine yatkınlıkta; hücre organelleri ve DNA’yı oksidatif stresten koruyan
antioksidan savunma sistemindeki ve DNA onarım yeteneğindeki farklılıklar
karsinojen metabolizmasında tütün ile indüklenen tümör oluşumunda önemlidir.
Genetik faktörleri tanımlanan toplumda yüksek riskli kişilerin belirlenmesi yeteneği
gelecekte kanserin önlenmesinde ve önceden söylenebilecek hasta sonuçlarının
yönetiminde anlam getirebilir (Sturgis ve Wei., 2002).
152
TNP’ler genetik varyasyonun önemli bir sınıfını oluşturur. Kodlama sekansı içinde
veya dışında olan TNP’lerin hastalıklarla olası ilişkisi veya mekanistik bağlantısı
araştırılmaktadır.
NER
yolağındaki
TNP’ler
DNA
onarım
kapasitesindeki
farklılıklarla ilişkili olabilir (Yin ve ark., 2005).
Kseroderma pigmentosum complementary group D içinde yer alan, Lys751Gln
polimorfizmi, DNA onarım kapasitesini etkileyebilir. Bunun mutant fenotiplerinin
düşük DNA onarım kapasitesi ile ilişkili olduğu gösterilmiştir (Xing ve ark., 2002).
Bu sonuçla uyumlu olarak XPD 751Gln allelinin sigara içmeyenlerde yüksek DNA
katım ürünü seviyesiyle ilişkilendirildiği rapor edilmiştir (Hu ve ark., 2004).
Lunn ve arkadaşları ise XPD Lys751Lys’in insan lenfositlerinde kromozomal
aberasyonların görülme riskini arttırdığını, Dybdahl ve arkadaşları basal hücre
karsinomu için ve Tomescu ve arkadaşları melanoma kanseri için XPD Lys alleli
taşıyanlarda riskleri arttırdıklarını bildirmişlerdir. Bu sonuçlardan farklı olarak Spitz
ve arkadaşları XPD Gln/Gln genotipinin DNA onarım kapasitesinin azalmasıyla
ilişkisini belirtirken, Mollar ve arkadaşları XPD 751 ile DNA onarım kapasitesinin
bağlantılı olduğunu bulamamıştır (Chen ve ark., 2002).
XPD/ERCC2-751 Gln/Gln homozigotların prevalansı Afrika kökenli Amerikalılarda
%6,9 Asyalılarda %1,1, Beyaz ırkta %13,4 ( p< 0.001) dır. XPD 751C varyantı
Asyalılarda, beyaz ırk ve Afrika kökenli Amerikalılara göre çok düşük sıklıktadır
(Hu ve ark., 2004).
Akciğer kanserli Çinli’lerde yapılan çalışmada XPD Gln/Gln genotipi Lys/Gln ve
Lys/Lys genotiplerine karşı incelendiğinde kanser riskini arttırdığı bulunmuştur (OR
1,19; %95 CI 1,02-1,40 (p<0,05) (Hu ve ark., 2004).
Çinli Han etnik grubundan kişilerden oluşan başka bir örnekte, özofagus kanseri ile
XPD 751 Gln/Gln varyantının 6,7 kez risk arttırdığı gösterilmiştir. (OR: 6,71; %95
CI 1,9-23,73) (Yu ve ark., 2004).
153
Hindistanda, ağız kanseri ve XPD 751 Lys/Gln polimorfizmi ilişkisi incelendiğinde
XPD Gln/Gln varyantının 2,7 kez risk arttırdığı bulunmuştur (OR: 2,72; %95 CI
1,07-6,9) (Ramachandran ve ark., 2006).
Bu sonuçlara, Asyalılarda XPD 751 Gln/Gln varyantının düşük olması neden olmuş
olabilir.
Afrika kökenli Amerikalı kişilerde, üst solunum yolunda gelişen kanserler ile XPD
ilişkisini inceleyen Buch ve arkadaşları XPD Gln/Gln genotipinin 2 kat kanser riskini
arttırdığını göstermişlerdir (Buch ve ark., 2005). Bununla beraber baş boyun
kanserleri için Amerika’da yapılmış iki çalışmada (Sturgis ve ark., 2000; Huang ve
ark., 2005) Polonya ve Almanya’da yapılan çalışmalarda (Rydzanicz ve ark., 2005;
Harth ve ark., 2008) ve Kore’de yapılmış çalışmada XPD Gln/Gln varyantı ile ilişkisi
anlamsız bulunmuştur (Ji ve ark., 2010).
Försti ve arkadaşlarının, Finli’lerde meme kanseri ile XPD Lys751Gln polimorfizmi
ilişkisi de anlamsız çıkmıştır (Försti ve ark., 2004). Vogel ve arkadaşlarının yaptığı
İskandinav ırkından kişilerde bazal hücre karsinoması ve psöriazis ile XPD 751
polimorfizmi arası ilişki gözlenmemiştir (Vogel ve ark., 2001)
XPD Lys751Gln polimorfizminin kanserle ilişkisi incelendiğinde sadece etnik farkın
değil kanser bölgelerinin de etkili olduğu anlaşılmaktadır.
İngiltere’de yapılan bir çalışmada, beyaz ırka mensup kişilerde melanoma ile XPD
Lys751Gln polimorfizmi ilişkisi incelendiğinde Gln/Gln genotipini taşıyan kişilerin
3,2 kez riskli olduğu sonucu ortaya çıkmıştır (OR:3,26; %95 CI 1,39-7.63) (Han ve
ark., 2005). Yine melanoma kanseri için yapılan bir çalışmada İtalyan’larda XPD
Lys751Gln polimorfizminin kanserle ilişkisi anlamsız bulunmuştur (Baccarelli ve
ark., 2004). Aynı kanser türü ve aynı etnik grup olan beyaz ırkta yapılan bu
çalışmaların sonuçlarının farklı çıkması diğer DNA onarım genleri ile bağlantılı
olmasının etkileyebileceğini düşündürür.
154
Türk populasyonunda yapılmış çalışmaların sonuçları da farklılık göstermektedir.
Bizim yaptığımız çalışmada baş boyun kanseri ile XPD Lys751Gln polimorfizmi tek
başına incelendiğinde istatistiksel anlamlı ilişki bulunmamıştır. Doğru-Abbasoğlu ve
arkadaşları Alzheimer hastalığı için (Doğru Abbasoğlu ve ark., 2006), Engin ve
arkadaşları kolorektal kanseri için (Engin ve ark., 2010), Güven ve arkadaşları açık
açılı glokom için yaptıkları çalışmalarda da istatistiksel olarak anlamsız sonuç elde
ederlerken (Güven ve ark., 2007), Ünal ve arkadaşları katarakt için, anlamlı sonuç
elde etmişlerdir OR: 0,4; %95 CI 0,2-0,81 (Ünal ve ark., 2007).
XPD Lys751Gln polimorfizminin kanserlerle ilişkisinde bu kadar değişik sonucun
bulunması birden çok nedene bağlanabilir. Etnik farklılık, organ bölgesi, çalışma
büyüklüğü, kontrol grubunun hastane, populasyon veya hasta akrabalarından
oluşturulmuş olmasının da rol oynayabildiği düşünülmektedir. Bunlarla beraber
genetik varyasyonların küçük bir kısmının incelenmesi bütün resmi göstermeyebilir.
Reaktif oksijen türevi kaynaklı oksidatif stres, hücresel ve DNA hasarlarına neden
olur.
Oksidatif
hasara
karşı
hücresel
koruyucular
karsinojnezise
karşı
mekanizmalarla DNA onarımına benzerler (Knight ve ark., 2004). Antioksidan
savunma enzimi genlerinden olan SOD2’nin polimorfizmlerine bağlı kişisel
değişkenlerin karsinojeneziste önemi artan bir şekilde açığa çıkmaktadır.
SOD2 polimorfizmleri pek çok yayında incelenmiştir. Bu yayınların çoğunluğu
SOD2’nin sinyal sekansındaki polimorfizme odaklanmıştır. Bu sekans doğru
transport ve SOD2’nin mitokondri tarafından işlenmesinde etkilidir. SOD2
mitokondriyal hedef sekansı (-9T>C) Valin–Alanin polimorfizminin kanser riski ile
ilişkisi için farklı sonuçlar rapor edilmiştir. Ambrosone ve arkadaşlarının (1999),
Mitrunen ve arkadaşlarının (2001) çalışmalarında meme kanseri riski için belirgin
gen doz-cevap ilişkisi gözlenirken Knight (2004), Egan (2003), Tamimi (2004)
çalışmalarında meme kanseri için risk gözlemlememişlerdir (Martin ve ark., 2006).
Bazı kanserlerde Val/Val genotipi riskli, bazılarında Ala/Ala genotipi riskli
bulunmuştur.
155
Ala genotipini istatistiksel anlamlı olarak riskli bulanlardan, Ambrosone ve
arkadaşlarının Amerika’da yaptığı çalışmada polimorfizm ile meme kanseri ilişkili
bulunmuştur. Ala
alleli homozigot olan premenepozlu kadınlarda Val alleli ile
karşılaştırıldığında 4 kat daha fazla risk taşıdığı gösterilmiştir (OR: 4,3; % 95 CI 1,710,8) (Ambrosone ve ark., 1999). Meme kanseri için Finli’lerde yapılmış bir diğer
çalışmada da Ala genotipi 1,4 kez riskli çıkmıştır (OR: 1,4; %95 CI 0,9-2) (Mitrunen
ve ark., 2001). Bica ve arkadaşlarının Brezilya’da steroid bağımlı kanserler üzerine
yaptıkları çalışmada Ala/Ala genotipi 2,5 kez riskli olarak kanserle ilişkili
bulunmuştur (OR: 2,515; % 95 CI 1,393-4,541). Steroid bağımlı kanserler olarak
meme kanseri ve prostat kanseri birlikte incelenmiştir (Bica ve ark., 2009). Prostat
kanseri için Japonya’da yapılmış başka bir çalışmada da Ala genotipi için ilişki
bulunması (OR: 2,41; %95 CI 1-5,75) (İguchi ve ark., 2008) SOD2 Val16Ala
polimorfizminin bu kanser bölgeleri için anlamlı olabileceğini düşündürmektedir. Bu
ilişkinin kaynağının, östrojen metabolizması sırasında kateşol redoks döngüsünde
ROT oluşumu olduğu hipotezlenmiştir (Bica ve ark., 2009).
Ala genotipinin riskli olması SOD2 enziminin mitokondriye transportunda Ala
genotipinin daha aktif olmasına bağlanmaktadır. Aktif enzim ile fazla H2O2
üretilmesi, bunun ortamdan yeterince uzaklaştırılamamasıyla O2 radikali oluşumu ve
sitokin ekspresyonu, hücre hasarı ve mitokondriyal geçirgenliğin artışı sonucu hücre
ölümü veya karsinojenezisin olduğu düşünülmektedir (Ezzikouri ve ark., 2008).
Val genotipini riskli bulan farklı organ bölgelerinde oluşan kanser tiplerinde yapılmış
çalışmalar da vardır. İsveç’te meme kanseri için yapılan bir çalışmada Val/Val
genotipi 2,75 kez riskli iken Val/Val genotipli kişilere heterozigot bireyler de
eklendiğinde risk 2,9’a ulaşmıştır (Val/Val OR:2,75; %95 CI 1,18-5,51), (Val/Val+
Val/Ala OR: 2,9; %95 CI 1,39-6,14) (Bergman ve ark. 2005). Hung ve arkadaşları,
İtalyan’larda idrar kesesi kanseri ve SOD2 Val16Ala polimorfizmi ilişkisini
araştırmışlardır. Val/Val genotipinin idrar kesesi kanseri riskini 1,8 kez arttırdığını
bulmuşlardır (OR:1,82; % 95 CI 1,02-3,26) (Hung ve ark., 2004). Yine beyaz ırktan
kişiler ile yapılan çalışmada, akciğer kanseri ile ilişkisini inceleyen Liu ve
156
arkadaşları Val/Val genotipi için OR değerini 1,73 olarak vermişlerdir (OR:1,73;
%95 CI 1,29-2,31) (Liu ve ark., 2004).
Val allelinin farklı kanser tiplerinde riskli oluşu Val allelinin β tabakalı yapısı
nedeniyle aktivitesinin azlığına bağlanmaktadır. Düşük aktiviteli enzim ile ROT’lara
karşı yeterince savunma sağlanamadığından hücrelerin mutasyonlara ve kansere açık
olduğu düşünülmektedir (Hung ve ark., 2004). Yapılan bir çalışmanın gösterdiğine
göre malignant hücre dizilerinde SOD2 aktivitesi sağlam hücrelerden azdır. (Weydert
ve ark., 2006).
Bununla beraber kanser riskini Ala veya Val genotipi için istatistiksel anlamlı
bulmayan çalışmalarda mevcuttur.
Meme kanseri için Amerika’da yapılmış yedi (Tamimi ve ark., 2004, Cai ve ark.,
2004, Gaudet ve ark., 2005, Milikan ve ark., 2004, Egan ve ark., 2003, Cox ve ark.,
2006, Knight ve ark., 2004) ve İngiltere’de yapılan iki çalışmada (Green ve ark.,
2002, Cebrian ve ark., 2006) SOD2 Val16Ala polimorfizmi ile kanser arası ilişki
gözlenmemiştir.
Prostat kanseri ile SOD2 polimorfizm ilişkisini araştıran 5 çalışmada da istatistiksel
anlamlı sonuç bulunmamıştır (Arsova-Sarafinovska ve ark., 2008, Woodson ve ark.,
2003, Mikhak ve ark., 2008, Li ve ark., 2005, Choi ve ark., 2008).
Farklı organ kanserleri içinde SOD2 polimorfizim ilişkisine bakılmış. Yumurtalık
kanseri (Johnatty ve ark., 2007), idrar kesesi kanseri (Terry ve ark., 2005), gastrik
kanser (Martin ve ark., 2006), özofagal kanser (Murphy ve ark., 2007), kolorektal
adenom (Levine ve ark., 2002), akciğer kanseri (Lin ve ark., 2003) için yapılmış
çalışmalarda anlamlı sonuç gösterilmemiştir.
Türkiye’de SOD2 polimorfizmi ile çeşitli hastalıklar için yapılmış çalışmaların
sonuçları da farklılık göstermektedir. Meme kanseri için yapılmış iki çalışmada
157
(Kocabaş ve ark., 2005, Erdoğan ve ark., 2009), Barret’s özofagus hastalığı için
yapılan çalışmada (Kadıoğlu ve ark., 2010) ve pseudoexfoliation sendromu hastalığı
ile polimorfizmin ilişkisinin araştırıldığı (Yüce ve ark., 2007) çalışmalarda
istatistiksel anlamlı sonuç bulunamazken, Akyol ve arkadaşları şizofreni hastalığında
Val/Ala genotipini 1,3 kez kontrol grubunda fazla (Akyol ve ark., 2005), Tuğcu ve
arkadaşları üriner sistemde taş oluşması (Urolithiasis) hastalığında Val genotipini
2,25 kez riskli bulmuşlardır (OR:2,25; %95 CI 1,26-4,528). Bu çalışmada Val/Val ve
Ala/Val genotipleri birlikte Ala/Ala genotipine karşı incelendiğinde Urolithiasis
hastalığı riskinin 3,65 kez arttığı gösterilmiştir (OR:3,65; %95 CI 0,527-5,170)
(Tuğcu ve ark., 2007). Türkiye’de yapılmış çalışmaların bölgelere göre Ala/Ala
frekans sonuçları çizelge 4.1 de verilmiştir.
Çizelge 4.1. Türkiye’de SOD2 Ala/Ala frekansının bölgelere göre dağılımı
Referans
Bölge
Ala/Ala Frekans (%)
Kadıoğlu ve ark., 2010
Ankara
20
Erdoğan ve ark., 2009
Mersin
11,8
Tuğcu ve ark., 2007
İstanbul
40
Yüce ve ark., 2007
Malatya
16,6
Kocabaş ve ark., 2005
Ankara
37
Akyol ve ark., 2005
Elazığ
23,5
Gürel ve ark., 2004
Zonguldak
16,2
Bizim Çalışmamız
Ankara
22,26
Çalışmalarda çıkan farklılık, bölgelere göre değişiklik gösteren frekansın bir sonucu
olabilir.
Çalışmamızda SOD2 Val16Ala genotipi tek başına, baş boyun kanseri hastaları ve
kontrol grubu karşılaştırıldığında yaş, cinsiyet ve sigara değişkenlerinin etkilerine
bakılmaksızın incelendiğinde istatistiksel anlamlı bir sonuç elde edilememiştir. Fakat
yaş, cinsiyet ve sigara kullanımı alışkanlıkları hesaplamalara eklendiğinde SOD2
Val/Ala genotipi 1,9 kez riskli çıkmıştır (OR: 1,902; %95 CI 1,100-3,284). Mutant
158
genotipin riskli çıkması beklenirken heterozigot genotipin anlamlı sonuç vermesi
Türk populasyonunda heterozigot sıklığının fazlalığından olabilir.
Türkiye’de yapılmış çalışmalarda Val/Ala genotipi görülme oranları çizelge 4.2 de
verilmiştir.
Çizelge 4.2. Val/Ala genotiplerinin Türkiye’de yapılmış çalışmalarda elde edilen görülme
oranları
Val/Ala ORANI(%) NUMUNE TOPLANAN ŞEHİR REFERANS
57,5
Ankara
Kadıoğlu ve ark., 2010
42,7
Mersin
Erdoğan ve ark., 2009
52,8
İstanbul
Tuğcu ve ark., 2007
45,6
Malatya
Yüce ve ark., 2007
39
Ankara
Kocabaş ve ark., 2005
42,3
Elazığ
Akyol ve ark., 2005
43,8
Zonguldak
Gürel ve ark., 2004
46,41
Ankara
Bizim Çalışmamız
Diğer bir antioksidan savunma sistemi geni de GPX1’dir. GPX1 geni kodlama
bölgesindeki genetik değişim ya da polimorfizm kanser riskini etkileyebilir (Jefferies
ve ark., 2005).
GPX1 geni Pro198Leu polimorfizimi için yapılmış çalışmaların sonuçları Leu
allelinin koruyucu ya da riskli olduğu konusunda tartışmalıdır.
Leu allelini riskli olarak belirten çalışmalarda selenyum bağımlı bir enzim olan
GPX1’in Leu alleli taşıyanlarda %10 aktivitesinin düşük olduğu ve selenyum
konsantrasyonu arttırıldığında da stimulasyona az cevap verdiği üzerinde
durulmaktadır (Ravn Haren ve ark., 2006).
Akciğer kanseri ile GPX1 Pro198Leu polimorfizmi ilişkisi incelendiğinde
Amerika’da yapılmış iki çalışmada [(Yang ve ark., 2004, Ratnasinghe ve ark., 2000)
159
(OR değerleri sırasıyla 1,3; %95 CI 0,6-2,6, 2,3; % 95 CI 1,3-3,8)] ve Çin’de
yapılmış bir çalışmada (Lee ve ark., 2006) Leu alleli riskli bulunmuştur. Lee ve
arkadaşları Pro/Leu veya Leu/Leu GPX1 taşıyanların akciğer kanseri riskinin 2 kat
fazla olduğunu belirtmiştir (OR: 2,29; %95 CI 1,44-3,62) p<0.001) (Lee ve ark.,
2006).
Amerika’da, meme kanseri için yapılan çalışmada Leu/Leu alleli taşıyanların meme
kanseri grubunda artmış olduğu gözlenmiştir (OR:1,9; %95 CI 1,01-3,57; p<0,05)
(Hu ve Diamond, 2003). Meme kanseri için Danimarkalı kadınlarla yapılmış
çalışmada da Leu/Leu genotipli kişiler 1,4 kez riskli bulunmuştur (Ravn-Haren ve
ark., 2006) (OR: 1,43; %95 CI 1,07-1,92) .
Non hodkin lenfoma kanseri üzerine İngiltere’de yapılan, 1446 kontrol ve 928 hasta
içeren geniş örnek sayısına sahip çalışmada Leu/Leu genotipinin 1,2 kez riski
arttırdığı gösterilmiştir (OR: 1,28; %95 CI 0,94-1,75). Daha önce yapılmış bir
çalışmada lenfoproliferatif bozukluklarda GPX aktivitesinin düştüğünün belirtilmesi
bu sonucu açıklamaya yardımcı bir veridir (Lightfoot ve ark., 2006).
Amerika’da, Hu ve arkadaşları, Beyaz ırk ve Afrika kökenli Amerikalı etnik
grubundan kişiler ile yaptıkları çalışmada, baş boyun kanseri ile GPX1 Pro198Leu
polimorfizmi arası ilişkiyi araştırmışlardır. Baş boyun kanserleri içinden, ağız
kanseri, farenks ve larinks kanserlerini incelemişlerdir. Sonuç olarak Leu/Leu
genotipini taşıyanları 1,8 kez riskli bulmuşlardır (OR:1,879; %95 CI 1,14-3,08) (Hu
ve ark., 2004).
Bu çalışmaların aksine Leu allelinin çeşitli kanserler için koruyucu olduğunu belirten
yayınlar da vardır.
Prostat kanseri için Makedonyalı erkekler ile yapılan bir çalışmada heterozigot
genotipinin riski azalttığı gözlenmiştir (OR:0,38; %95 CI 0,20-0,75). Bu sonuca
bakılarak Leu allelinin koruyucu olabileceği ileri sürülmüştür. Kanserin birden fazla
160
faktöre bağlı olduğu da belirtilerek GPX1 genine komşu, RhoA GTPase sinyal
transdüksiyonda görevli RhoA geninin etkisiyle Leu allelinin koruyucu olarak
gözükebileceği üzerinde de durulmaktadır (Arsova- Sarafinovska ve ark., 2009).
RhoA geninin bazı kanser hücre dizilerinde fazla ekspresse edildiği gösterilmiştir
(Raaschou- Nielsen ve ark., 2007). GPX1 genine komşu olan RhoA veya başka bir
genin biyolojik etkili polimorfizmleri baş boyun kanseri için yapılan çalışmada
düşük risk bulunmasını açıklayabilir.
Danimarka’lı kişilerde akciğer kanseri ile GPX1 polimorfizmi ilişkisinin incelendiği
diğer bir çalışmada Leu/Leu genotipini taşıyanlarda riskin düşük olduğu sonucu elde
edilmiştir (OR:0,6; %95 CI 0,35-1,05). Bu sonucun çıkmasıyla ilgili Se alımının
aktiviteyi arttırdığı bilgisine dayanılarak diyet, etnik farklılığın, yaşam faktörlerinin
GPX1 aktivitesini değiştirebileceği üzerinde durulmuştur (Raaschou-Nielsen ve ark.,
2007).
GPX1 polimorfizimi ile çeşitli kanserler arasında ilişki bulmayan yayınlar da vardır.
Cox ve arkadaşlarının yaptığı çalışmaya göre GPX1 (Pro198Leu) rs 1050450 geni ile
meme kanseri arası ilişki yoktur (Cox ve ark., 2006). Knight ve arkadaşları da meme
kanseri riski ile GPX1 Pro198Leu
polimorfizmi arası ilişkide
benzer sonuç
bulmuştur (Knight ve ark., 2004). Meme kanseri üzerine yapılmış 1088 kontrol ve
1038 hasta grubu içeren geniş örnek sayısına sahip bir çalışmada bu sonuçları
desteklemektedir (Ahn ve ark., 2005). İngiltere’de Cebrian ve arkadaşlarının yine
aynı organ kanseri için yaptıkları çalışmada istatistiksel anlam bulunamamıştır
(Cebrian ve ark., 2006).
Danimarka’da yapılan akciğer kanseri, kolorektal kanser, bazal hücre karsinomu ile
GPX1 polimorfizmi arası ilişkiyi inceleyen üç çalışmada da anlamlı sonuç
bulunamamıştır (Skuladottir ve ark., 2005, Hansen ve ark., 2005, Vogel ve ark.,
2004).
161
Bizim çalışmamızda da GPX1 geni ve baş boyun kanseri riski incelendiğinde bu gen
tek başına iken veya yaş, cinsiyet, sigara gibi değişkenler ile birlikte incelendiğinde
bütün numunelerin yer aldığı genel grupta istatistiksel anlamlı bir sonuç elde
edilmemiştir.
Meme kanserinde yapılan bir çalışmada ayrı ayrı SOD2 (Val16Ala) rs 4880) ve
GPX1 (Pro198Leu) rs 1050450) genleri arasında ilişki bulunamazken bu genler
birlikte kombine edildiğinde belirgin oranda meme kanseri riskinde artış olduğu
gözlenmiştir. SOD2 Ala/Ala ve GPX1 Leu/Leu genotiplerini birlikte taşıyanlar SOD2
Val/Val ve GPX1 Pro/Pro ile karşılaştırıldığında OR:1,87; %95 CI 1,09-3,19
bulunmuştur (Cox ve ark., 2006).
Bununla beraber prostat kanserinde SOD2 V16A, GPX1 Pro198Leu ve CAT262C/T’ın birlikte incelendiği diğer bir çalışmada risk allelerinin kombinasyonları
istatistiksel anlamlı bir sonuç vermemiştir. SOD2 Ala, GPX1 Leu, CAT T alleli riskli
olarak tanımlanmıştır (Choi ve ark., 2007).
Ağız boşluğu kanseri için yapılmış bir çalışmada SOD2 (1183T/C, Val16Ala), GPX1
(Pro198Leu), CAT (-15A/T), MPO (-463G/A) genleri ile ilişkisi incelenmiş. Genlerin
ikili kombinasyonları binary logistik regresyon analizinde anlamlı bir ilişki
vermezken bu genlerin dördü birden multifaktör dimensionality reduction testi
yapıldığında ağız boşluğu kanseri riskinin 1,8 kat arttığı gözlenmiştir (OR: 1,83;
%95 CI 1,10-3,05; p<0,05) (Wu ve ark., 2010).
Polonya’da yapılmış yassı hücreli baş boyun kanseri ile OGG1 Ser326Cys ve XPD
Lys751Gln polimorfizmlerinin ilişkisinin incelendiği yayında bu iki gen birlikte iken
sigara içenlerde risk 5,23 kez artmış olarak bulunmuştur (Sliwinski ve ark., 2010)
Yaptığımız çalışmada genlerin teker teker incelendiği durumda elde ettiğimiz
sonuçlardan anlamlı çıkanlar çizelge 4.3 de gösterilmiştir.
162
Çizelge 4.3 Genlerin teker teker kanser riski için incelenmesinde elde edilen anlamlı
sonuçlar
Yaş, sigara etkisine bakılarak
Değişken
OR(%95 CI)
P
Genel grup
SOD2 HET
1,902 (1,100-3,284)
0,021
Erkekler
SOD2 HET
2,062 (1,116-3,811)
0,021
SOD2 HET+MUT
1,798 (1,010-3,201)
0,046
GPX1 MUT
2,148 (1,001-4,611)
0,05
SOD 2 HET
2,126 (1,130-3,997)
0,019
GPX1 MUT
2,380 (1,079-5,249)
0,032
Sigara içenler
Genel grupta tüm kanserli kişilere karşı kontrol grubu genlerin teker teker kanser
riski üzerine etkisi için karşılaştırıldığında, yaş cinsiyet ve sigaranın etkisi ile birlikte
SOD2 heterozigot genotipli bireyler 1,9 kez riskli çıkmıştır (OR: 1,902; %95 CI
1,100-3,284). Genel grupta çıkan bu değerin sigara içenler ve erkekler gruplarından
düşük çıkmasının nedeni cinsiyet ve sigaranın riski arttırıcı değişkenler olmasından
kaynaklanabilir.
Çalışmaya katılan kişileri erkekler ve kadınlar olarak iki grupta incelediğimizde
erkek grubunda Leu/Leu genotipi taşımak baş boyun kanseri için 2,1 kat fazla risk
oluşturmaktadır (OR:2,148; %95 CI 1,001- 4,611; p:0,05). Kadınlar için GPX1
polimorfizminin anlamlı bir sonuç vermemesi kadın numune sayısının az olmasından
kaynaklanabilir. Erkekler ayrı incelendiğinde GPX1 mutant genotipi için anlamlı
sonuç çıkarken kadınlarda çalışma grubuna eklendiğinde anlamsız çıkması, hasta ve
kontroller arası frekans farklarının azalıyor olması ile de açıklanabilir.
163
Erkeklerin GPX1 Dağılımı
Kadınların GPX1 dağılımı
50
60
40
50
40
30
20
hasta
30
hasta
kontrol
20
kontrol
10
10
0
0
Pro/Pro
Pro/Leu
Leu/Leu
Pro/Pro
Pro/Leu
Leu/Leu
Kanser ve Kontrol Numuneleri GPX1 Dağılımı
50
40
30
20
hasta
kontrol
10
0
Pro/Pro
Pro/Leu
Leu/Leu
Bastaki ve arkadaşlarının yaptıkları çalışmada GPX1 Leu/Leu taşıyan erkeklerde
GPX1 enzim aktivitesi düşük bulunurken kadınlarda yabanıl tip, heterozigot ve
mutant olan 3 allel için enzim aktiviteleri benzer bulunmuştur (Zarbock ve ark.,
2007). Bu sonuç çalışmamızda erkeklerde GPX1 mutant genotipli kişilerin riskli
çıkmasını açıklayabilir.
Erkekler grubunda genler tek başına incelendiğinde kontrol grubu ile karşılaştırmada
SOD2 heterozigot genotipli bireyler 1,8 kez (OR: 1,829; %95 CI 1,061-3,151), SOD2
heterozigot ve mutant bireyler birlikte kontrol grubuna karşı karşılaştırıldığında 1,6
kez (OR:1,688; %95 CI 1,010-2,821) YHBB kanseri için riskli çıkmıştır. SOD2
heterozigot genotipli bireyler için risk, yaş ve sigara etkisi eklendiğinde 2 kata,
SOD2 heterozigot ve mutant bireyler birlikte gruplandığında yaş, sigara etkisi ile risk
1,79 kat çıkmaktadır. OR değerleri sırasıyla 2,062; %95 CI 1,116-3,811) ve 1,798;
%95 CI 1,010-3,201) dir. Yaş ve sigaranın erkekler grubunda risk arttırıcı
değişkenler oldukları görülmektedir.
164
Bolzan ve arkadaşlarının yaptıkları çalışmaya göre SOD2 enzim aktivitesi kadınlarda
erkeklere göre yüksek seviyelerde bulunmuştur (Bolzan ve ark., 1997). Erkeklerde
düşük enzim aktivitesine sahip olması kanser riskinde artışa sebep olmuş olabilir.
SOD2 enzimi sağlıklı insanlarda düşük aktivite ile yüksek aktivite değerleri arasında
56 kat fark olduğu ve kadınlarda erkeklere göre enzim aktivitesinin %15 daha fazla
olduğu belirtilmiştir (Bastaki ve ark., 2006). Bu verilere göre SOD2 heterozigot
genotipli kişilerin yabanıl tip taşıyanlara göre kanser riskinin yüksek olması
açıklanabilir.
Sigara içenler grubunda yaş ve cinsiyet değişkenlerinin etkisi eklenerek genlerin
teker teker kanser riski için incelendiği durumda SOD2 heterozigot genotipli bireyler
erkekler grubundan biraz daha yüksek çıkmıştır. Risk 2 kattan 2,1’e yükselmiştir.
SOD2 heterozigot genotipinin, sigaranın içerdiği oksidan maddelere karşı
antioksidan savunmadaki eksikliği, sigaranın kullanımıyla birlikte riskin artışıyla
görülmektedir. Sigara içenler grubunda GPX1 mutant genotipinin kanser riskine
etkisi erkekler grubundan fazladır. Erkeklerde 2,1 kat iken risk sigara içenlerde 2,3
kat bulunmuştur.
Genlerin etkileri teker teker incelendiğinde antioksidan savunma sisteminde yer alan
SOD2 heterozigot ve GPX1 mutant genotiplerinin kanser riski değerlerinin sigara
içenlerde fazla çıkması, sigarada yer alan reaktif oksijen bileşiklerinin insan sağlığı
üzerine zararlı etkilerini göstermesi açısından düşündürücüdür.
GPX1 Leu varyantının her allel için GPX1 aktivitesini %5 düşürdüğü gözlenmiştir.
Ve sigara içilmesi GPX1 aktivitesini azaltır (Ravn-Haren ve ark., 2006). Dolayısıyla
GPX1
mutantın
etkinliği
iyice
azalmıştır.
H2O2’yi
yeterince
ortamdan
uzaklaştıramadığından OH• radikali üretimi fazlalığı ile oluşan ROT’ler, DNA ve
diğer moleküllere bağlanır. Oluşan mutasyonlar kanserin oluşması için başlangıç
aşamasını meydana getirirler. Bu nedenle sigara içen GPX1 mutant genotipini taşıyan
kişilerde kanser riski yüksek çıkmış olabilir.
165
Kanser gelişme riski kümülatif kanserojen maruziyetlerin hem sayısına hem de
yapısına ve de kişisel genetik varyasyona bağlıdır (Ratnasinghe ve ark., 2000).
Kanser ile bir genin etkileşiminin risk açısından incelenmesi, birden fazla genin bir
arada çalışarak hücresel fonksiyonları yerine getirdiğini düşündüğümüzde yetersiz
kalmaktadır. Bu nedenle birden fazla gen aynı anda incelenerek kanser oluşumunun
anlaşılmasına çalışılmaktadır.
İncelediğimiz genlerin kanser riski üzerine etkisini incelenmesi için ikili ve üçlü
birliktelikleri için hesaplamalar yapılmıştır. Elde ettiğimiz anlamlı sonuçlar çizelge
4.4 ve çizelge 4.5 de gösterilmiştir.
Çizelge 4.4. SOD2, GPX1, XPD genlerinin ikili birlikteliklerinin ve bu birlikteliklerde yaş,
cinsiyet ve sigaranın etkilerinin logistik regresyon analizi sonuçları
GENLERİN İKİLİ BİRLİKTELİKLERİ
GPX1 Het+Mut+
SOD2 Het + XPD
SOD2 Mut + XPD
GENLER
Het
XPDHet+Mut
Mut
Mut
7,552 (1,074-53,085)
12,217 (1,241-120,262)
0,057 (0,011-0,305)
(%95CI)
OR
P
0,001
(%95CI)
OR
P
0,025 (0,003-0,188)
0
P
GENEL
ERKEKLER
SİGARA
(%95CI)
GPX1 Mut + XPD
OR
İKİLİ
0,033 (0,004-0,248)
0,001
0,042
0,032
0,283 (0,095-0,841)
0,023
0,278 (0,092-0,836)
0,023
19,958 (1,169-340,722)
0,039
166
Çizelge 4.5. SOD2, GPX1, XPD genlerinin üçlü birlikteliklerinin ve bu birlikteliklerde yaş,
cinsiyet ve sigaranın etkilerinin logistik regresyon analizi sonuçları
ÜÇLÜ GENLERİN BİRLİKTELİKLERİ
ÜÇLÜ GENLER
GENEL
GPX1 Mut + XPD Het SOD2 Mut + XPD Mut
OR (%95 CI) 0,074 (0,013-0,411)
P
ERKEKLER
13,230 (1,193-146,674)
0,003
0,035
OR (%95 CI) 0,027 (0,003-0,241)
P
0,001
SİGARA İÇENLER OR (%95 CI) 0,033(0,004-0,292)
P
0,002
18,875 (0,996-357,795)
0,050
Çizelgelerde görüldüğü üzere kanser riski için tüm gruplarımız incelemeye
alındığında genlerin ikili ve üçlü birlikteliklerinde elde edilen değerler artmaktadır.
Yaşın artışı ile vücutta birikmiş kanserojen maddelerin artışı, sigara kullanımı ile
yaşam sırasında maruz kalınan kimyasal maddelere kişinin kendi isteği ile fazladan
kanserojen maddelerin ilavesi ve erkeklerin kanserojen maddelere mesleksel
maruziyetlerinin daha fazla olması nedeniyle; bu değişkenler, YHBB kanseri riski
için bulunan sonuçları etkilemektedir.
Genel grupta SOD2 heterozigot ve XPD mutant genotiplerinin bir arada olduğu
kişilerde yaş, cinsiyet ve sigaranın da etkisi ile YHBB kanser riski 7,5 kez artmıştır.
SOD2 mutant ve XPD mutant birlikteliğinde gözlenen riskten az olması SOD2
mutant genotipin iki adet Ala alleli taşıması nedeniyle daha yüksek miktarda ROT
oluşumuna neden olması ve böylece kanser riskini arttırması ile açıklanabilir.
Erkekler ve sigara içenler grubunda genler ikili olarak incelendiklerinde GPX1
heterozigot ve mutant genotiplerini ve XPD heterozigot ve mutant genotiplerini
beraber taşıyanlar GPX1 mutant ve XPD heterozigot genotiplerini birlikte
taşıyanlardan yüksek riskli olmakla birlikte YHBB kanseri için koruyucudur. Mutant
ve heterozigot bireylerin birlikte gruplandırılması sadece GPX1 mutant ve XPD
heterozigot genotiplerinin kanser riskini düşüren etkisini azaltıyor olabilir.
167
Sigara içenler için GPX1 mutant ve XPD heterozigot genotipli kişiler için risk %94,2
daha düşük iken, Erkekler grubunda bu değer %96,3 daha düşük olarak bulunmuştur.
Sigara içilmesinin bu genlerin koruyucu etkisini azalttığı görülmektedir.
Bizim yaptığımız kanser riskinin araştırıldığı çalışmada XPD, GPX1, SOD2
genlerinden iki ve üç gen bir arada iken yapılan incelemelerde ortak olarak GPX1XPD ve SOD2-XPD ikili birlikteliklerde istatistiksel anlamlı sonuçlar elde edilmiştir.
GPX1 (Leu/Leu)
mutant ve XPD (Lys/Gln) heterozigot genotiplerini taşıyan
kişilerde yassı hücreli baş boyun kanseri riski için koruyucu çıkarken SOD2
(Ala/Ala) mutant ve XPD (Gln/Gln) mutant genotiplerini beraber taşıyan bireylerde
YHBB kanser riskini arttırdığı bulunmuştur. Yaş, cinsiyet ve sigara değişkenlerinin
etkileri eklendiğinde SOD2 (Val/Ala) heterozigot ve XPD (Gln/Gln) mutant
genotiplerini birlikte taşıyan kişiler için kanser riski artmış olarak bulunmuştur.
SOD2 mutant ve XPD mutant genotiplerinin bir arada olduğu kişilerde YHBB
kanseri riski 11,5-13 kat artmaktadır. Yapılmış iki çalışmanın sonuçlarına
baktığımızda bizim sonucumuzu destekler nitelikte verileri aşağıda sıralanmıştır.
 SOD2 mutant genotipinin α- heliks yapısı nedeni ile mitokondriye daha hızlı
geçmesi ile SOD2 enzim aktivitesi artar. Böylece daha fazla H2O2 üretimi
gerçekleşir. ROT miktarının artışı ile birlikte hücre hasarı gerçekleşir
(Ezzikouri ve ark., 2008).
 Qiao ve arkadaşlarının çalışmasına göre homozigot varyant XPD, homozigot
yabanıl tipe göre düşük DNA onarım kapasitesindedir (Qiao ve ark., 2002).
Bu iki veriye bakılacak olursa SOD2 mutant ve XPD mutant genotipleri kanser
riskini arttıracak fonksiyonlar göstermektedirler. İkisi bir araya geldiğinde bu
etkileşim belirgin derecede YHBB kanser riskini arttırmıştır.
168
GPX1 mutant ve XPD heterozigot genlerin bir arada bulunduğu kişilerde yassı
hücreli baş boyun kanseri riski düşük bulunmuştur. Yapılmış çalışmaların
sonuçlarına
baktığımızda
bizim
sonucumuzu
destekleyen
verileri
aşağıda
sıralanmıştır.
 Lenfositler üzerinde yapılan bir çalışmada XPD enziminin DNA onarım
kapasitesini sınırlamadığını, fazla ekspresyonunun da onarım kapasitesini
arttırmadığını gözlemlenmiştir (Vogel ve ark., 2000). DNA onarım
kapasitesinin homozigot ve heterozigot genotipler için yakın olması varyant
allelin resesif özellikte olması ile açıklanabilir (Qiao ve ark., 2002). YHBB
kanserine karşı koruyucu rolünün olmasını açıklayabilir.
 XPD geni TFIIH multiprotein kompleksinin bir parçasıdır ve bu kompleks
pek
çok
hücresel
fonksiyonda
görevlidir
(Transkripsiyon,
NER,
Transkripsiyon eşli onarım, apoptozis ve hücre siklusu regülasyonu) (Lunn ve
ark., 2000). Dolayısıyla XPD geni pek çok başka proteinle de etkileşim
içindedir. Farklı proteinlerle etkileşimi farklı fenotiplerin ekspresyonuna
sebep olabilir. (Ramachandran ve ark., 2006). XPD alt ünitesinde olan
varyasyonlar küçük yapısal değişikliklere neden olabilir ve bunlar
kompleksin aktivitesini etkileyebilir (Dybdahl ve ark., 1999). Böylece YHBB
kanseri için koruyucu etki göstermiş olabilir
 GPX1 gen bölgesi ile aynı bölgede bulunan RhoA GTPase geni RhoA
GTPase sinyal transdüksiyonunda yer alır (Raaschou–Nielsen ve ark., 2007).
Bu komşu genin koruyucu etkisi olmuş olabilir. Veya diyet, yaşam faktörleri
Selenyum alım miktarı GPX aktivitesini etkileyebilir. Böylece yassı hücreli
baş boyun kanseri için koruyucu olmuş olabilir.
Düşük kapasite DNA onarımı ve düşük oksidatif stres savunması yassı hücreli baş
boyun kanseri gelişiminde risk faktörü olmayabilir. Belki de artmış oksidatif stres ve
hasar apoptozise giden hücre sayısını arttırarak mutasyonların birikmesini
169
önlemektedir (Hansen ve ark., 2005). Bu şekilde düşünüldüğünde GPX1 mutant ve
XPD heterozigot genotipli kişilerde kanser riskinin düşük çıkması anlam kazanabilir.
İki gen birlikteliğinde bulduğumuz bu anlamlı çıkan sonuçların değerleri, üçlü gen
birlikteliğinde artmıştır. Bu da bize üç genin bir arada bulunduğu durumda yassı
hücreli baş boyun kanseri riskinin arttığını göstermektedir.
Üç gen birlikte iken yaş, cinsiyet ve sigaranın etkisi katıldığında SOD2 mutant ve
XPD mutant genotipini taşıyanların riski 12,16’dan 13,23’e yükselmiştir (OR:13,230;
%95 CI 1,193-146,674; p:0,035). GPX1 mutant ve XPD heterozigot genotipini
taşıyanlar için OR değeri 0.080’den 0.074’e değişmiştir (OR:0,074; %95 CI 0,0130,411). Bu sonuçlardan anlaşılacağına göre üç genin birlikte olduğu duruma diğer
faktörler eklendiğinde risk biraz daha artmaktadır.
170 5. SONUÇ VE ÖNERİLER
Çalışmamızda incelediğimiz XPD Lys751Gln, GPX1 Pro198Leu, SOD2 Val16Ala
polimorfizmlerinin kontrol grubundaki dağılımlarının yapılmış diğer çalışmalarda
Avrupa beyaz ırkı ile benzerlik gösterdiği görülmüştür.
Yaş, cinsiyet ve sigara alışkanlıkları özelliklerinin baş boyun kanserinde bu
incelediğimiz genlerin üzerine etkisinin anlaşılması için binary logistik regresyon
analizleri yapılmıştır.
Elde edilen sonuçlara göre;
Genlerin kanser üzerine etkisi teker teker incelendiğinde GPX1 mutant ve SOD2
heterozigot genotipli bireylerin kanser riskinin kontrol grubuna göre yüksek olduğu
gözlenmiştir. Antioksidan savunma mekanizmasında yer alan bu genlerdeki
polimorfizmlerin enzim aktivitelerini azalttığını göstermiş yayınlar mevcuttur. Bu
sonuçlara göre kanser riskinde gözlenen artış anlamlıdır.
Genlerin ikili ve üçlü birliktelikleri için kanser riski araştırıldığında ise genel grupta
çıkan sonuçlar ile sigara içenler grubu benzerlik gösterirken, erkekler grubunda çıkan
sonuçlarda genel grubun sonuçlarından farklılıklar gözlenmiştir.
Genel grupta GPX1 mutant ve XPD heterozigot genotiplerini birlikte taşıyan
kişilerde kanser riski düşük iken, SOD2 mutant ve XPD mutant genotiplerini birlikte
taşıyan kişilerde kanser riski artmış bulunmuştur. Sigara içenler grubunda elde edilen
sonuçlarda bu genotip birlikteliklerinin risk değerleri artmıştır. Bu da sigaranın
kanser riskini arttıran bir faktör olduğunu göstermektedir.
171 Sigara içenler ve erkekler gruplarımızda GPX1 heterozigot ve mutant genotiplerini
taşıyan bireyler ile XPD heterozigot ve mutant genotiplerini taşıyan bireyler birlikte
incelendiğinde baş boyun kanseri için düşük risk gözlenmektedir. Sadece bu iki gen
birlikteliğinde düşük gözlenen risk SOD2 geninin istatistiksel modele ilavesi ile
istatistiksel
anlamlılık
sınırını
aşmaktadır.
Bu
genlerin
koruyucu
özellik
göstermelerinin nedeninin olası açıklamasında, düşük onarım kapasitesi ve düşük
antioksidan savunmanın baş boyun kanseri için bir risk faktörü olmayabileceği
üzerinde durulmakadır (Hansen ve ark., 2005). Artmış oksidatif stres ve oksidatif
hasar apoptozisin artmasını uyararak mutasyonların birikmesini önlemiş olabilir. Ya
da buna alternatif olarak koruyucu başka genlere komşu olmaları baş boyun kanseri
için bu etkinin oluşmasına neden olmuş olabilir.
Genlerin teker teker incelenmesinde riskli gözlenen genotiplerin ikili ve üçlü
birlikteliklerinde farklı sonuçlar göstermesi kanser gelişiminin ne kadar karmaşık bir
mekanizmaya sahip olduğunu göstermektedir. Antioksidan savunma genlerinin ve
DNA onarım genlerinin polimorfizmlerinin kanserle ilişkilerinin incelenmesi kanser
gelişiminde hangi metabolik yolakların etkili olduğunun anlaşılmasında ve uygun
tedavi şekillerinin geliştirilmesinde yardımcı olacaktır.
Sonuç olarak baş boyun kanseri gelişiminde GPX1, XPD, SOD2 genlerindeki
polimorfizmlerin etkilerinin ortaya çıkarılması ile kanser gelişiminde genetik
faktörlerin oynadığı rolün anlaşılabilmesine katkı sağlanacaktır.
172 ÖZET
Kseroderma Pigmentosum Grup D (XPD), Manganez Süperoksit Dismutaz (MnSOD,
SOD2), Glutatyon Peroksidaz 1 (GPX1) Genlerinin Polimorfizmlerinin Baş Boyun
Bölgesi Kanserlerinde Araştırılması
Yassı hücreli baş ve boyun kanseri (YHBBK) ciddi bir sağlık problemidir ve dünyada en sık
görülen kanser türlerinden biridir. Bu kanser türünün etiyolojisinde ana faktör olarak tütün
kullanımı yer almaktadır. Duman karsinojenleri ve serbest radikaller DNA, RNA, lipitler ve
proteinler gibi biyomoleküllere zarar verebilir. Karsinojenik bileşiklere maruziyetin
etkilerine ilave olarak, kanser gelişimi, bireylerin kanser yatkınlığına bağlı olabilir.
Bu çalışmanın birincil amacı XPD (Lys751Gln), SOD2 (Val16Ala), GPX1
(Pro198Leu) genlerindeki kalıtsal farklılıkları olan bireylerin baş boyun kanser riskinin
arttığı hipotezini test etmektir.
Toplam 139 akraba olmayan YHBB kanser hastası ve 265 sağlıklı kişi kontrol grubu
olarak alınmıştır. XPD Lys751Gln, SOD2 Val16Ala, GPX1 Pro198Leu genotiplerinin
tanımlanması Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi
(RPUP) yöntemleri kullanılarak yapılmıştır.
Genler teker teker incelendiklerinde tüm numuneleri içeren genel grupta, erkekler
grubunda ve sigarayı halen içen ve bırakmış kişilerin bulunduğu sigara içenler grubunda
SOD2 heterozigot genotiplerini taşıyan kişiler kontrol grubuna göre riskli bulunmuştur. OR
değerleri sırasıyla verilmiştir (OR: 1,902; %95 CI 1,100-3,284, OR:2,062; %95 CI 1,1163,811, OR:2,126; %95 CI 1,130-3,997. GPX1 Leu/Leu allelini taşıyan kişiler erkekler
grubunda, sigara içenler grubunda YHBB kanseri için riskli bulunmuştur. OR değerleri
sırasıyla verilmiştir OR: 2,148; %95 CI 1,001-4,611, OR: 2,380; %95 CI 1,079-5,249.
Bu genler birlikte incelendiklerinde ikili birliktelikleri için yapılan hesaplamalarda
GPX1 Leu/Leu ve XPD Lys/Gln genotiplerini birlikte taşıyan kişilerde genel grupta, sigara
içenler grubunda, erkekler grubunda, kanser riskini düşürdüğü gözlenmiştir. OR değerleri
sırasıyla verilmiştir OR: 0,057; %95 CI 0,011-0,305, OR: 0,033; %95 CI 0,004-0,248, OR:
0,025; %95 CI 0,003-0,188. SOD2 mutant ve XPD mutant genotiplerini birlikte taşıyan
kişiler genel grupta, sigara içenler grubunda incelendiklerinde kanser riskleri yüksek
bulunmuştur. OR değerleri sırasıyla verilmiştir OR:12,217; %95 CI 1,241-120,262, OR:
19,958; %95 CI 1,169-340,722. Bu genlerin üçlü birliktelikleri için hesaplamalar
yapıldığında ikili birliktelikleri için elde edilen değerlerde çok az bir değişim olmuştur.
Sonuçlarımıza göre GPX1 Leu/Leu ve SOD2 Val/Ala genotiplerini taşıyan kişilerde
kanser risk artışı gözlenmiştir. Araştırmamıza göre SOD2 mutant ve XPD mutant
genotiplerini birlikte taşıyor olmak YHBB kanseri gelişmesinde risk faktörüdür. Diğer
taraftan GPX1 mutant ve XPD heterozigot genotiplerini birlikte taşıyan kişilerde ise kanser
riski düşük çıkmıştır.
Potansiyel olarak genotoksik bileşiklerin detoksifikasyonunda önemli rol oynayan
SOD2, GPX1 ve DNA hasarı onarımında etkili olan XPD enzimlerinin savunma sisteminde
önemli rolleri vardır. Bu genlerdeki polimorfizmlerin araştırılması kanser gelişiminde rol
oynayan genetik faktörlerin anlaşılmasına katkı sağlamaktadır.
Anahtar Sözcükler: Baş ve boyun kanseri, genetik polimorfizm, GPX1, SOD2, XPD 173 SUMMARY
Xeroderma Pigmentosum Group D (XPD), Manganese Superoxide Dismutase
(MnSOD,SOD2), Glutathione Peroxidase 1 (GPX1) Polymorphisms of Genes in Head
and Neck Region Cancer Research
Squamous cell carcinoma of head and neck cancer (SCCHN) is one of the most common
type of cancer and is a serious health problem around the world. The main factor in the
etiology of this type of cancer is using tobacco. Smoke, carcinogens and free radicals can
damage biomolecules such as DNA, RNA, lipids and proteins. In addition to influences of
exposure to carcinogenic compounds, the development of cancer may depend on individual
intrinsic cancer susceptibility.
The primary objective of this study was to test the hypothesis that individuals with
inherited differences of the genes XPD (Lys751Gln), SOD2 (Val16Ala), GPX1 (Pro198Leu)
are at an increased risk of head and neck cancer.
A total of 139 unrelated HNSCC patients and a group of 265 healthy individuals
served as a control group. The XPD Lys751Gln, SOD2 Val16Ala, GPX1 198Pro/Leu,
genotypes were determined using polymerase chain reaction and restriction fragment length
polymorphism
When genes were examined one by one, in the general group that contains all the
samples, in men's group and those with smokers group including current and ex-smokers,
individuals who carry SOD2 heterozygote genotypes compared to control group was found
at risk. OR values are given respectively, OR: 1,902; 95% CI 1,100-3, 284, OR: 2,062; 95%
CI1,116-3,811,OR:2,126;95%CI1,130-3,997. İndividuals who carry GPX1 Leu/Leu allele
were found at risk for SCCHN in men’s group, smokers group. OR values are given
respectively, OR: 2,148; 95% CI 1,001-4,611, OR:2, 380; 95%CI1,079-5,249.
When the calculations for binary associations with these genes were performed, in
the overall group, in smokers group, in men’s group. Individuals carrying GPX1 Leu/Leu
and XPD Lys/Gln genotypes were found to reduce cancer risk. OR values are given
respectively, OR: 0,057; 95% CI 0,011-0,305), OR: 0,033; 95% CI 0,004-0,248, OR:
0,025;95%CI0,003-0,188. The individuals carrying SOD2 mutant and XPD mutant
genotypes along with the overall group, smokers group were high risks of the cancer. OR
values were, respectively, OR:12,217;95%CI1,241-120,262,OR:19,958;95%CI1,169340,722. When three of the genes together examined, the values obtained very little differed
from the binary calculation values.
According to our results, individuals who carry GPX1 Leu/Leu and SOD2 Val/Ala
genotypes have increased risk of cancer. According to our research when the SOD2 mutant
and XPD mutant genotypes are present together this combination is a risk factor for the
development of head and neck cancer. On the other hand people who are carrying the GPX1
mutant and XPD heterozygous genotypes together have been found to have lower risk of
cancer.
SOD2, GPX1 that have a potentially important role in detoxification of genotoxic
compounds, and XPD that is effective in DNA damage repair, all have an important role in
defence system. Investigation of polymorphisms in these genes contribute to understanding
the role of genetic factors in development of cancer.
Key Words: Head and neck cancer, genetic polymorphism, GPX1, SOD2, XPD 174 KAYNAKLAR
AHN, J., GAMMON, M.D., SANTELLA, R.M., GAUDET, M.M., BRİTTON, J.A.,
TEİTELBAUM, S.L., TERRY, M.B., NEUGUT, A.I., AMBROSONE, C.B. (2005).
No association between glutathione peroxidase pro198leu polymorphism and breast
cancer risk. Cancer Epidemiology, Biomarkers& Prevention,14: 2459-2461.
AHSAN, H., CHEN, Y., KİBRİYA, M.G. , ISLAM, M.N., SLAVKOVİCH, V.N.,
GRAZİANO, J.H., SANTELLA. R.M. (2003). Susceptibility to arsenic-induced
hyperkeratosis and oxidative stress genes myeloperoxidase and catalase. Cancer
Letters, 201: 57-65.
AHSAN, H., CHEN, Y., WANG, Q., SLAVKOVİCH, V., GRAZİANO, J. H., SANTELLA,
R.M. (2003).
DNA repair gene XPD and susceptibility to arsenic-induced
hyperkeratosis. Toxicology Letters, 143: 123-131.
AKAR, N. (1999). Klinik patolojiye giriş. Ankara. Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi
Yayınları.
AKERMAN, G.S., ROSENZWEİG, B.A., DOMON, O.E., MCGARRİTY, L.J.,
BLANKENSHİP, L.R., TSAİ, C.A., CULP, S.J., MACGREGOR, J.T., SİSTARE,
F.D., CHEN, J.J., MORRİS, S.M. (2004). Gene expression profiles and genetic
damage in benzo(a)pyrene diol epoxide-exposed TK6 cells. Mutation Research, 549:
43-64.
AKYOL, O., YANİK, M ., ELYAS, H. , NAMLİ, M., CANATAN, H., AKİN, H., YUCE,
H., YİLMAZ, H. R., TUTKUN, H., SOGUT, S., HERKEN, H., Ö ZYURT, H.,
SAVAS, H. A., ZOROGLU ,S. S. (2005). Association between Ala–9Val
polymorphism of Mn-SOD gene and schizophrenia. Progress in NeuroPsychopharmacology & Biological Psychiatry, 29: 123-131.
ALMADORİ, G., BUSSU, F., CODONİ, G., GALLİ, J. (2005). Molecular markers in
laringeal squamous cell carcinoma: towards an integrated clinicobiological approach.
European Journal of Cancer, 41: 683-693.
ALLEN, R.G., BALİN, A.K. (2003). Effects of oxygen on the antioxidant responses of
normal and transformed cells. Experimental Cell Research, 289: 307-316.
ALTUN, M., YAZICI, H., HAFIZ, G., DALAY, N. (1998). Nazofarenks kanserlerinde cERB B2 gen amplifikasyonunun ve onkoprotein düzeyinin araştırılması. Türk
Otolarengoloji Arşivi, 36: 85-90.
175 AMADOR, A.G., RİGHİ, P.D., RADPOUR, S., EVERETT, E.T., WEİSBERGER, E.,
LANGER, M.,
ECKERT, G.J.,CHRİSTEN, A. G., CAMPBELL JR, S.,
SUMMERLİN, D.,REYNOLDS, N., HARTSFİELD JR, J.K. (2002). Polymorphisms
of xenobiotic metabolizing genes in oropharyngeal carcinoma. Oral Surg Oral Med
Oral Pathol Oral Radiol Endod., 93: 440-445.
AMBROSONE, C.B., FREUDENHEİM J.L., THOMPSON, P.A., BOWMAN, E., VENA ,J.
E., MARSHALL ,J. R., GRAHAM, S., LAUGHLİN ,R., NEMOTO, T., SHİELDS, P.
G. (1999). Manganese superoxide dismutase (MnSOD) genetic polymorphisms,
dietary antioxidants, and risk of breast cancer. Cancer Research, 59: 602-606.
ARSOVA-SARAFİNOVSKA, Z., MATEVSKA, N.,PETROVSKİ, D., BANEV, S.,
DZİKOVA, S., GEORGİEV, V., SİKOLE, A., SAYAL, A., AYDİN, A.,
SUTURKOVA , L., DİMOVSKİ , A.J., (2008) Manganese superoxide dismutase
(MnSOD) genetic polymorphism is associated with risk of early-onset prostate cancer
Cell Biochemistry and Function, 26: 771-777.
ARSOVA-SARAFİNOVSKA, Z., MATEVSKA, N., EKEN, A., PETROVSKİ, D., BANEV,
S., DZİKOVA, S., GEORGİEV, V., SİKOLE, A., ERDEM, O., SAYAL, A., AYDİN,
A., DİMOVSKİ, A.J. (2009). Glutathione peroxidase 1 (GPX1) genetic
polymorphism, erythrocyte GPX activity, and prostate cancer risk. Int. Urol. Nephrol,
41: 63-70.
ARTHUR, J. R. (2000). The glutathione peroxidases. Cellular and Molecular Life Sciences,
57: 1825-1835.
ARUOMA, O., KANG, K., BAHORUN,T., SUNG, M.,RAHMAN,I. (2005). Oxidative
Damage and Chronic Inflammation Induced by Smoking: Potential Antioxidant and
Peripheral Biomarker Considerations. Cancer Prevention Research, 10: 149-158.
BACCARELLİ, A., CALİSTA, D., MİNGHETTİ, P., MARİNELLİ, B., ALBETTİ, B.,
TSENG, T., HEDAYATİ, M., GROSSMAN, L., LANDİ, G., STRUEWİNG, J.P.,
LANDİ, M.T. (2004). XPD gene polymorphism and host characteristics in the
association with cutaneous malignant melanomarisk. British Journal of Cancer, 90:
497-502.
BACKENDORF , C., DE WİT , J., VAN OOSTEN , M., STOUT, G.J., MİTCHELL, J.R.,
BORGSTEİN, A., VAN DER HORST, G.T., DE GRUİJL, F.R., BROUWER, J.,
MULLENDERS, L.H.F., HOEİJMAKERS, J. H.J. (2005). Repair characteristics and
differentiation propensity of long-term cultures of epidermal keratinocytes derived
from normal and NER-deficient mice. DNA Repair, 4: 1325–1336.
BAEZ, A. ( 2008). Genetic and environmental factors in head and neck cancer genesis.
Journal of Environmental Science and Health Part C, 26: 174-200.
BARHOUMI, R., MOUNEIMNE, Y., RAMOS, K.S., SAFE, S.H., PHILLIPS, T.D.,
CENTONZE, V.E., AINLEY, C., GUPTA, M.S., BURGHARDT, R.C. (2000).
Analysis of benzo[a]pyrene partitioning and cellular homeostasis in a rat liver cell
line. Toxicological Sciences, 53: 264-270.
176 BARTSCH, H., ROJAS, M., NAİR, U., NAİR, J., ALEXANDROV, K. (1999). Genetic
cancer susceptibility and DNA adducts: studies in smokers, tobacco chewers, and
coke oven workers. Cancer Detection and Prevention, 23: 445-453.
BASTAKİ, M., HUEN, K., MANZANİLLO, P., CHANDE, N., CHEN, C., BALMES, J.R.,
TAGER, I.,B., HOLLAND, N. (2006). Genotype- aktivity relationship for Mnsuperoxide dismutase, glutathione peroxide 1 and catalase in humans. Pharmacogenet
Genomics, 16: 279-286.
BENHAMOU, S., SARASİN, A. (2002). ERCC2/XPD gene polymorphisms and cancer risk,
Mutagenesis, 17: 463-469.
BENHAMOU, S., SARASİN, A. (2005). ERCC2/XPD gene polymorphisms and lung
cancer: A huge Review. American Journal of Epidemiology, 161: 1-14.
BERGMAN, M., AHNSTRÖM, M., WEGMAN, P.P., WİNGREN, S. (2005).
Polymorphism in the manganese superoxide dismutase (MnSOD) gene and risk of
breast cancer in young women. J. Cancer Res. Clin. Oncol., 131: 439-444.
BERNSTEİN, C., BERNSTEİN, H., PAYNE, C. M., GAREWAL , H. (2002). DNA
repair/pro-apoptotic dual-role proteins in five major DNA repair pathways: fail-safe
protection against carcinogenesis. Mutation Research, 511: 145-178.
BERNEBURG, M., LEHMANN, A.R.(2001). Xeroderma pigmentosum and related
disorders: defects in DNA repair and transcription. Advancers in Genetics, 43: 71-102.
BESARATİ NİA, A., VAN STRAATEN, H.W.M., GODSCHALK, R.W.L., VAN
ZANDWİJK, N., BALM, A.J.M., KLEİNJANS, J.C.S., VAN SCHOOTEN, F.J.
(2000). Immunoperoxidase detection of polycyclic aromatic hydrocarbon-DNA
adducts in mouth floor and buccal mucosa cells of smokers and non-smokers.
Environmental and Moleculer Mutagenesis, 36: 127-133.
BİCA, C.G., DE MOURA DA SİLVA , L.L., TOSCANİ , N.V., DA CRUZ, I.B.M., SÁ, G.,
GRAUDENZ, M.S., ZETTLER, C.G. (2009). MnSOD gene polymorphism
association with steroid-dependent cancer. Pathol. Oncol. Res., 15: 19-24.
BİNKOVA , B., CHVATALOVA , I., LNENİCKOVA, Z., MİLCOVA , A., TULUPOVA ,
E., FARMER , P. B., SRAM, R.J. (2007). PAH–DNA adducts in environmentally
exposed population in relation to metabolic and DNA repair gene polymorphisms.
Mutation Research, 620: 49-61.
BUCH, S., ZHU, B., DAVİS, A.G., ODOM, D., SİEGFRİED, J.M., GRANDİS, J.R.,
ROMKES, M. (2005). Association of polymorphisms in the cyclin d1 and xpd genes
and susceptibility to cancers of the upper aero-digestive tract. Molecular
Carcınogenesıs, 42: 222-228.
BURÇAK, G., ANDİCAN, G. (2004). Oksidatif DNA hasarı ve yaşlanma. Cerrahpaşa J
Med, 35: 159-169.
177 BOLZAN, A.D., BIANCHI, M.S., STOR, N., BIANCHI, O. (1997). Superoxide dismutase,
catalase and glutathione peroxidase activities in human blood: influence of sex, age
and cigarette smoking. Clinical Biochemistry, 30: 449–454.
BOYSEN, G., HECHT, S.S. (2003). Analysis of DNA and protein adducts of
benzo[a]pyrene in human tissues using structure-specific methods. Mutation
Research, 543: 17-30.
BRIGELIUS-FLOHE, R. (1999). Tıssue-specıfıc functıons of ındıvıdual glutathıone
peroxıdases. Free Radical Biology & Medicine, 27: 951-965.
CAGGANA, M., KİLGALLEN, J., CONROY, J.M., WİENCKE, J.K., KELSEY, K.T.,
MİİKE, R., CHEN, P., WRENSCH, M.R. (2001). Associations between ERCC2
polymorphisms and gliomas. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 10:
355-360.
CAİ, Q., SHU, X., WEN W., CHENG, J., DAİ., Q., GAO, Y., ZHENG, W. (2004).
Genetic polymorphism in the manganese superoxide dismutase gene, antioxidant
intake, and breast cancer risk: results from the Shanghai Breast Cancer Study. Breast
Cancer Research, 6: 647-655.
CEBRİAN, A., PHAROAH, P.D., AHMED, S., SMİTH, P.L., LUCCARİNİ, C., LUBEN,
R., REDMAN, K., MUNDAY, H., EASTON, D.F., DUNNİNG, A.M., PONDER,
B.A.J. (2006). Tagging Single-Nucleotide Polymorphisms in Antioxidant Defense
Enzymes and Susceptibility to Breast Cancer. Cancer Research, 66: 1225-33.
CENGİZ, M., OZAYDİN, A., OZKİLİC, A.C., DEDEKARGİNOGLU, G. (2007). The
investigatıon of GSTT1, GSTM1 and SOD polymorphism in bladder cancer patıents.
Int. Urol. Nephrol., 39: 1043–1048
CHEN, S., TANG, D., XUE, K., XU, L., MA, G., HSU, Y., CHO, S.S. (2002). DNA repair
gene XRCC1 and XPD polymorphisms and risk of lung cancer in a Chinese
population. Carcinogenesis, 23: 1321-1325.
CLAİR, S.D.K., HOLLAND, J. C. (1991). Complementary DNA encoding human colon
cancer manganese superoxide dismutase and the expression of ıts gene in human cells.
Cancer Research, 51: 939-943.
CLAİR, S.D., ZHAO , Y., CHAİSWİNG , L., OBERLEY , T. (2005). Modulation of skin
tumorigenesis by SOD. Biomedicine & Pharmacotherapy, 59: 209-214.
CLARKSON, S.G., WOOD, R.D. (2005). Polymorphisms in the human XPD (ERCC2)
gene, DNA repair capacity and cancer susceptibility. DNA Repair, 4: 1068-1074.
CHO, H., KLEEBERGER, S.R. (2007). Genetic mechanisms of susceptibility to oxidative
lung injury in mice. Free Radical Biology & Medicine, 42: 433-445.
178 CHOİ, J., NEUHOUSER, M. L., BARNETT, M., HUDSON, M., KRİSTAL, A. R.,
THORNQUİST, M., KİNG, I. B., GOODMAN, G.E., AMBROSONE ,C. B. (2007).
Polymorphisms in oxidative stress–related genes are not associated with prostate
cancer risk in heavy smokers. Cancer Epidemiology, Biomarkers& Prevention, 16:
1115-1120.
CHOİ, J., NEUHOUSER, M.L., BARNETT, M.J., HONG, C., KRİSTAL, A.R.,
THORNQUİST, M.D., KİNG, I.B., GOODMAN, G.E., AMBROSONE C.B. (2008).
Iron intake, oxidative stress-related genes (MnSOD and MPO) and prostate cancer risk
in CARET cohort. Carcinogenesis, 29: 964-970.
CHU, F., ESWORTHY, R. S., DOROSHOW, J. H. (2004). Role of se-dependent glutathione
peroxıdases ın gastroıntestınal ınflammatıon and cancer. Free Radical Biology &
Medicine, 36: 1481-1495.
COX, D. G., TAMİMİ, R. M., HUNTER, D.J. (2006). Gene × Gene interaction between
MnSOD and GPX-1 and breast cancer risk: a nested case-control study. Biomed
Central Center, 6: 217-219.
COX, D.G., HANKİNSON, S.E., KRAFT, P., HUNTER, D.J. (2004). No association
between GPX1 Pro198Leu and breast cancer risk cancer. Epidemiol. Biomarkers
Prev., 13: 1821-1822.
ÇAVDAR, C., SİFİL, A., ÇAMSARI, T. (1997). Reaktif oksijen partikülleri ve antioksidan
savunma. Türk Nefroloji Diyaliz ve Transplantasyon Dergisi, 3: 92-95.
DAVİD-BEABES, G.L., LUNN, R.M., LONDON, S.J. (2001). No association between the
XPD (Lys751G1n) polymorphism or the XRCC3 (Thr241Met) polymorphism and
lung cancer risk. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 10: 911-912.
DE BOER, J. G. (2002). Polymorphisms in DNA repair and environmental interactions.
Mutation Research, 509: 201-210.
DE KOK, T.M.C.M., MOONEN, H.J.J., VAN DELFT, J., VAN SCHOOTEN, F.J. (2002).
Methodologies for bulky DNA adduct analysis and biomonitoring of environmental
and occupational exposures. Journal of Chromatography B, 778: 345-355.
DOĞRU-ABBASOGLU, S., INCEOGLU, M., PARİLDAR-KARPUZOGLU, H.,
HANAGASİ, H.A., KARADAG, B., GURVİT, H., EMRE, M., AYKAC-TOKER,
G., UYSAL, M. (2006). Polymorphisms in the DNA repair genes XPD (ERCC2) and
XPF (ERCC4) are not associated with sporadic late-onset Alzheimer’s disease.
Neuroscience Letters, 404: 258-261.
DUELL, E.J., WİENCKE, J.K., CHENG, T., VARKONYİ, A., ZUO, Z.F., ASHOK, T.D.S.,
MARK, E.J., WAİN, J.C., CHRİSTİANİ,D.C., KELSEY, K.T. (2000).
Polymorphisms in the DNA repair genes XRCC1 and ERCC2 and biomarkers of DNA
damage in human blood mononuclear cells. Carcinogenesis, 21: 965-971.
179 DÜZGÜNER, V. (2005). Deneysel Olarak Diyabet Oluşturulan Tavşanlarda Çinkonun Lipid
Peroksidasyonu ve Antioksidan Sistem Üzerine Etkisi.Yüksek Lians Tezi, M.K.Ü.
Saglık Bilimleri Enstitüsü.
DYBDAHL, M., VOGEL, U., FRENTZ, G., WALLİN, H., NEXØ, B.A. (1999).
Polymorphisms in the DNA repair gene XPD: correlations with risk and age at onset
of basal cell carcinoma. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 8: 77-81.
EKİCİ, K., ALİŞARLI, M. (2003). Poliakrilamid jel izoelektrik fokuslama tekniğinin
(PAGIF) et türlerinin ayrımında kullanılması. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Veteriner
Fakültesi Dergisi, 14: 102-106.
ENGİN, A.B., KARAHALİL, B., ENGİN, A., KARAKAYA, A.E. (2010). Oxidative stress,
Helicobacter pylori, and OGG1 Ser326Cys, XPC Lys939Gln, and XPD Lys751Gln
polymorphisms in a Turkish population with colorectal carcinoma. Genetic Testing
and Molecular Biomarkers, 14: 559-564.
EGAN, K.M., THOMPSON, P.A., TİTUS-ERNSTOFF, L.,
MOORED, J.H.,
AMBROSONE, C.B. (2003). MnSOD polymorphism and breast cancer in a
population-based case–control study. Cancer Letters, 199: 27-33.
ERAS-ERDOGAN, N., AKBAS, E., SENLİ, H., KUL, S., ÇOLAK, T. (2009). Relationship
between polymorphism in the manganese superoxide dismutase gene and breast
cancer. Mutation Research, 680: 7-11.
ESER, S., OLCAYTO, E.E., KARAKILINÇ, H.A., KARAOĞLANOĞLU, O., YAKUT,
C., OZALAN, S., ÜÇÜNCÜ, N., ANBARCIOĞLU, Z., ERGÜN, A., AKIN, Ü.,
YAZICI, M., ÖZDEMİR, R., ÖZGÜL, N., TUNCER, M. (2006) NÜFUS TABANLI
KANSER KAYIT MERKEZLERİ VERİ HAVUZU: SEKİZ İL, 2004-2006
DEĞERLENDİRİLMESİ. SAĞLIK BAKANLIĞI KANSERLE SAVAŞ DAİRESİ
BAŞKANLIĞI (Epidemiyoloji ve Korumu Şube Müdürlüğü), 2004-2006 Yılları
Türkiye Kanser İnsidansı.
EVANS, A.J., HENNER, W.D., EİLERS, K.M., MONTALTO, M.A., WERSİNGER,
E.M., ANDERSEN, P. E., COHEN, J. I., EVERTS, E.C., MCWİLLİAMS, J. E.,
BEER, T. M. (2004). Polymorphısms of GSTT1 and related genes ın head and neck
cancer risk. Head & Neck, 26: 63-70.
EZZİKOURİ, S., EL FEYDİ , A.E., CHAFİK, A., AFİFİ, R., EL KİHAL, L.,
BENAZZOUZ, M., HASSAR, M., PİNEAU, P., BENJELLOUN, S. (2008). Genetic
polymorphism in the manganese superoxide dismutase gene is associated with an
increased risk for hepatocellular carcinoma in HCV-infected Moroccan patients.
Mutation Research, 649: 1-6.
FAN, C. (2001). Genetic alterations in head and neck cancer: interactions among
environmental carcinogens,cell cycle control, and host dna repair,Current Oncology
Reports, 3: 66-71.
180 FİDANER, C., ESER , S.Y., PARKİN, D.M. (2001). Incidence in Izmir in 1993±1994:
first results from izmir cancer registry. European Journal of Cancer, 37: 83-92.
FİORETTİ, F., BOSETTİ, C., TAVANİ, A., FRANCESCHİ, S., VECCHİA, C. (1999). Risk
factors for oral and pharyngeal cancer in never-smokers. Oral Oncology, 35: 375-378.
FORSBERG, L., DE FAİRE, U., MARKLUND, S.L., ANDERSSON, P. M.,
STEGMAYR, B., MORGENSTERN, R. (2000). Phenotype determination of a
common pro-leu polymorphism in human glutathione peroxidase. Blood Cells,
Molecules, and Diseases, 26: 423-426.
FORSBERG, L., LYRENAS, L., DE FAIRE, U., MORGENSTERN, R.(2001). A common
functıonal c-t substıtutıon polymorphısm ın the promoter regıon of the human catalase
gene ınfluences transcrıptıon factor bındıng, reporter gene transcrıptıon and ıs
correlated to blood catalase levels. Free Radical Biology & Medicine, 30: 500-505.
FOSTER, C. B., ASWATH, K., CHANOCK ,S. J., MCKAY, H. F.,PETERS, U. (2006).
Polymorphism analysis of six selenoprotein genes: support for a selective sweep at the
glutathione peroxidase 1 locus (3p21) in Asian populations. Biomed Central Genetics,
7: 56-75.
FÖRSTİ, A., ANGELİNİ, S., FESTA, F., SANYAL, S., ZHANG, Z., GRZYBOWSKA, E.,
PAMULA, J., PEKALA, W., ZİENTEK, H., HEMMİNKİ, K., KUMAR, R. (2004).
Single nucleotide polymorphisms in breast cancer. Oncology Reports, 11: 917-922.
FRANK, E.G., SAYER, J.M., KROTH, H., OHASHİ, E., OHMORİ, H., JERİNA, D.M.,
WOODGATE, R. (2002). Translesion replication of benzo (a) pyrene and benzo (c)
phenanthrene diol epoxide adducts of deoxyadenosine and deoxyguanosine by
human DNA polymerase. Nucleic Acids Research, 30: 5284-5292.
FRİEDLANDER, P.L. (2001). Genomic instability in head and neck cancer patients. Head
&Neck, 23: 683-691.
FUKUHARA, R., KAGEYAMA, T. (2005). Structure, gene expression, and evolution of
primate glutathione peroxidases. Comparative Biochemistry and Physiology, Part B
141: 428 – 436.
GALLEGO, M. P., SARASİN, A. (2003). Transcription-coupled repair of 8-oxoguanine in
human cells and its deficiency in some DNA repair diseases. Biochimie, 85: 10731082.
GANGWAR, R., AHİRWAR, D., MANDHANİ, A., MİTTAL, R. D. (2009). Influence of
XPD and APE1 DNA repair gene polymorphism on bladder cancer susceptibility in
north ındia. Urology, 73: 675-680.
181 GAUDET, M.M., GAMMON, M.D., SANTELLA, R.M., BRİTTON, J.A., TEİTELBAUM,
S.L., ENG, S.M., TERRY, M.B., BENSEN, J.T., SCHROEDER, J., OLSHAN, A.F.,
NEUGUT, A.I., AMBROSONE, C.B. (2005). MnSOD Val-9Ala genotype, pro- and
anti-oxidant environmental modifiers, and breast cancer among women on long ısland,
new york. Cancer Causes and Control, 16: 1225-1234.
GEİSLER, S.A., OLSHAN, A.F. (2001). GSTM1, GSTT1, and the Risk of Squamous Cell
Carcinoma of the Head and Neck: A Mini-HuGE Review. American Journal of
Epidemiology, 154: 95-105.
GOODE, E.L., ULRİCH, C. M., POTTER, J. D. (2002). Polymorphisms in DNA repair
genes and associations with cancer risk. Cancer Epidemiology, Biomarkers &
Prevention, 11: 1513-1530.
GRASBON-FRODL,E.M., KÖSEL, S., RİESS, O., MÜLER, U., MEHRAEİN, P.,
GRAEBER, M.B. (1999). Analysis of Mitochondrial targetting sequence and coding
region polymorphisms of the manganese superoxide dismutase gene in german
Parkinson disease patients. Biochemical and Biophysical Research Communications,
255: 749-752.
GREEN, H., ROSS, G., PEACOCK, J., OWEN, R., YARNOLD, J., HOULSTON, R.
(2002). Variation in the manganese superoxide dismutase gene (SOD2) is not a major
cause of radiotherapy complications in breast cancer patients. Radiotherapy and
Oncology, 63: 213–216.
GÜLDEN ,B., ANDİCAN, G. (2004). Oksidatif DNA hasarı ve yaşlanma. Cerrahpaşa Tıp
Dergisi, 35: 159-169.
GÜREL, A., TOMAC, N., YİLMAZ, H.R., TEKEDERELİ, I., AKYOL, O., ARMUTCU,
F., YUCE, H., AKİN, H., OZCELİK, N., ELYAS, H. (2004). The Ala-9Val
polymorphism in the mitochondrial targeting sequence (MTS) of the manganese
superoxide dismutase gene is not associated with juvenile-onset asthma. Clinical
Biochemistry, 37: 1117-1120.
GÜVEN, M., ÜNAL, M., BATAR, B., EROĞLU, E., DEVRANOĞLU, K., TAMÇELİK,
N., UÇAR, D., SARİCİ, A. (2007). Polymorphisms of DNA repair genes XRCC1 and
XPD and risk of primary open angle glaucoma (POAG). Molecular Vision, 13: 12-17.
GÜVEN, M., GÜVEN, G.S., OZ, E., ÖZAYDIN, A., BATAR, B., ULUTİN, T.,
HACIHANEFİOĞLU, S., DOMANİÇ, N. (2007). DNA repair gene XRCC1 and XPD
polymorphisms and their association with coronary artery disease risks and
micronucleus frequency. Heart Vessels, 22: 355-360.
HA , P.K., CHANG, S.S., GLAZER, C.A., CALİFANO, J.A., SİDRANSKY, D. (2009).
Molecular techniques and genetic alterations in head and neck cancer. Oral Oncology,
45: 335-339.
182 HAMANİSHİ, T., FURUTA, H., KATO, H., DOİ, A., TAMAİ, M., SHİMOMURA, H.,
SAKAGASHİRA, S., NİSHİ, M., SASAKİ, H., SANKE, T., NANJO, K. (2004).
Functional variants in the glutathione peroxidase-1 (GPX-1) gene are associated with
ıncreased ıntima-media thickness of carotid arteries and risk of macrovascular diseases
in japanese type 2 diabetic patients. Diabetes, 53: 2455-2460.
HAMAJİMA, N., TAKEZAKİ, T., TAJİMA, K. (2002). Allele frequencies of 25
polymorphisms pertaining to cancer risk for Japanese, Koreans And Chinese. Asian
Pacific Journal of Cancer Prevention, 3: 197-206.
HAN, J., COLDİTZ, G.A., LİU, J.S., HUNTER, D.J. (2005).Genetic variation in XPD, sun
exposure, and risk of skin cancer. Cancer Epidemiology, Biomarkers &
Prevention,14: 1539-1544.
HANSEN, R., SÆBØ, M., SKJELBRED, C. F., NEXØ, B.A., HAGEN, P.C., BOCK, G.,
LOTHE I.M.B., JOHNSONG, E., AASE S., HANSTEEN, I., VOGEL, U., KURE,
E.H. (2005). GPX Pro198Leu and OGG1 Ser326Cys polymorphisms and risk of
development of colorectal adenomas and colorectal cancer. Cancer Letters, 229: 8591.
HARREUS, U.A., KLEİNSASSER, N.H., ZİEGER, S., WALLNER, B., REİTER, M.,
SCHULLER, P., BERGHAUS, A. (2004). Sensitivity to DNA-damage induction and
chromosomal alterations in mucosa cells from patients with and without cancer of the
oropharynx detected by a combination of Comet assay and fluorescence in situ
hybridization. Mutation Research, 563: 131-138.
HARTH, V., SCHAFER, M., ABEL, J., MAİNTZ, L., NEUHAUS, T., BESUDEN, M.,
PRİMKE, R., WİLKESMANN, A., THİER, R., VETTER, H., KO, Y.D., BRUNİNG,
T., BOLT, H.M., ICKSTADT, K. (2008). Head and neck squamous- cell cancer and
its association with polymorphic enzymes of xenobiotic metabolism and repair. J.
Toxicol. Environ. Health A., 71: 887-897.
HASHİBE, M., BRENNAN, P., STRANGE, R. C.,BHİSEY, R., CASCORBİ, I.,
LAZARUS, P.,OUDE OPHUİS, M. B., BENHAMOU, S.,FOULKES, W.D.,
KATOH, T.,COUTELLE, C., ROMKES, M., GASPARİ, L., TAİOLİ ,E.,
BOFFETTA, P. (2003). Meta and pooled analyses of GSTM1, GSTT1, GSTP1, and
CYP1A1 genotypes and risk of head and neck cancer. Cancer Epidemiology,
Biomarkers & Prevention, 12: 1509-1517.
HECHT, S.S. (2003). Tobacco carcınogens, their biomarkers and tobacco-induced cancer,
Nature Reviews, 3: 733-744.
HO, J. C., ZHENG, S., COMHAİR, S.A.A., FARVER, C., ERZURUM, S. C. (2001).
Differential expression of manganese superoxide dismutase and catalase in lung
cancer, Cancer Research, 61: 8578-8585.
HOU, S., KANNİO, A., ANGELİNİ, S., FALT, S., NYBERG, F., HUSGAFVELPURSİAİNEN, K. (2002). Influence of XPD variant alleles on p53 mutations in lung
tumors of nonsmokers and smokers. International Congress Series, 1236: 217-219.
183 HU, Z., WEİ, Q., WANG, X., SHEN, H. (2004). DNA repair gene XPD polymorphism and
lung cancer risk: a meta-analysis. Lung Cancer, 46: 1-10.
HU,Y.J., DİAMOND, A. M. (2003). Role of glutathione peroxidase 1 in breast cancer: loss
of heterozygosity and allelic differences in the response to selenium. Cancer
Research, 63: 3347-3351.
HU, Y.J., DOLAN, M. E., BAE, R., YEE, H., ROY, M., GLICKMAN, R., KIREMIDJIANSCHUMACHER, L., DIAMOND, A. M. (2004). Allelic loss at the GPX-1 locus in
cancer of the head and neck. Biological Trace Element Research, 101: 97-106.
HU, Y., BENYA, R. V., CARROLL, R.E., DİAMOND , A.M. ( 2005). Allelic loss of the
gene for the GPX1 selenium-containing protein ıs a common event in cancer. The
Journal of Nutrition, 135: 3021-3024.
HU, J., ZHOU, G., WANG, N., WANG ,Y. (2010). GPX1 Pro198Leu polymorphism and
breast cancer risk: a meta-analysis. Breast Cancer Res. Treat., 124: 425–431.
HUANG, W.Y., OLSAN, A.F., SCHWARTZ, S.M., BERNDT, St., Chen, C., Liaca, V.,
Chanock, S.J., Fraumeni, J.F. Jr., Hayes, R.B. (2005). Selected genetic polymorphisms
in MGMT, XRCC1, XPD and XRCC3 and risk of head and neck cancer: a pooled
analysis. Cancer Epidemiology, Biomerkers & Prevention, 14: 1747-1753.
HUNG, R.J., BOFFETTA, P., BRENNAN, P., MALAVEİLLE, C., GELATTİ, U.,
PLACİDİ, D., CARTA, A., HAUTEFEUİLLE, A., PORRU,S. (2004). Genetic
polymorphisms of MPO, COMT, MnSOD, NQO1, interactions with environmental
exposures and bladder cancer risk. Carcinogenesis, 25: 973-978.
IARC. (1987). IARC Monographs, 32(7), (50-32-8).
ICHİHASHİ , M., UEDA, M., BUDİYANTO, A., BİTO, T., OKA, M., FUKUNAGA, M.,
TSURU, K., HORİKAWA, T. (2003). UV-induced skin damage. Toxicology, 189: 2139.
ICHIMURA, Y., HABUCHI, T., TSUCHIYA, N., WANG, L., OYAMA, C., SATO, K.,
NISHIYAMA, H., OGAWA, O., KATO T. (2004). Increased rısk of bladder cancer
assocıated wıth a glutathıone peroxıdase 1 codon 198 varıant. The Journal of Urology,
172:728-732.
IGUCHİ, T., WANG, C.Y., DELONGCHAMPS, N. B., SUNHEİMER, R., NAKATANİ,
T., ROZA, G., HAAS, G. P. (2008). Association of prostate cancer and manganese
superoxide dismutase AA genotype ınfluenced by presence of occult cancer in control
group. Urology, 72: 238-242.
INDULSKİ, J.A:, LUTZ, W. (2000). Metabolic genotypes in relation to individual
susceptibility to environmental carcinogens. Int. Arch. Occup. Environ. Health, 73:
71-85.
184 IŞIK, A.Ü., İMAMOĞLU, M., ÇAYLAN, R., BAHADIR, O., MUHTAR, H. (1998). Oral
kavite ve orofarenksin yassı hücreli kanserleri. Türk Otolarengoloji Arşivi, 34: 28-31.
İNCİ, E., CİVELEK, S., SEVEN, A., İNCİ, F., KORKUT, N., BURÇAK, G. (2003).
Laryngeal cancer: in relation to oxidative stress. Tohoku J. Exp. Med., 200: 17-23.
ISHİDA, K., MORİNO, T., TAKAGİ, K., SUKENAGA, Y. (1987). Nucleotide sequence of
a human gene for glutathione peroxidase, Nucleic Acids Research,15: 10051.
JARUGA, P., ZASTAWNY, T. H., SKOKOWSKİ, J., DİZDAROGLU, M., OLİNSKİ ,R.
(1994). Oxidative DNA base damage and antioxidant enzyme activities in human lung
cancer. Federation of European Biochemical Societies Letters, 341: 59-64.
JANSSEN, A.M. L., BOSMAN, C. B., DUİJN, W.V., DE RUİT, M.M. O., KUBBEN, F. J.
G. M. , GRİFFİOEN, LAMERS, G., C. B. H. W., VAN KRİEKEN, J. H.J. M. , DE
VELDE, C. J. H. V., VERSPAGET, H. W.(2000). Superoxide dismutases in gastric
and esophageal cancer and the prognostic ımpact in gastric cancer. Clinical Cancer
Research, 6: 3183-3192.
JEFFERİES, S., KOTE-JARAİ, Z., GOLDGAR, D., HOULSTON, R., FRAZERWİLLİAMS, M.-J., A’HERN, R., EELES, R., HENK , J., GORE, M., RHYSEVANS , P., ARCHER, D., BİSHOP, K., SOLOMON, E., HODGSON, S.,
MCGURK, M., HİBBERT , J., O’CONNELL, M., PARTRİDGE, M.,
CHEVRETTON, E., CALMAN, F., SAUNDERS , M., SHOTTON, K., BROWN ,
A., WHİTTAKER, S., FOULKES, W. (2005). Association between polymorphisms of
the GPX1 gene and second primary tumours after index squamous cell cancer of the
head and neck. Oral Oncology, 41: 455-461.
JEMAL, A., MURRAY, T., WARD, E., SAMUELS, A., TİWARİ, R.C., GHAFOOR,
A., FEUER, E.J., THUN, M. J. (2005). Cancer Statistics, 2005. A Cancer Journal for
Clinicians, 55: 10-30.
JEMAL, A., SİEGEL, R., WARD, E., MURRAY,T., XU, J., THUN, M.J. (2007). Cancer
Statistics, 2007. A Cancer Journal for Clinicians, 57: 43-66.
Jİ, Y.B., TAE, K., LEE, S.H., KİM, K.R., PARK, C.W., PARK, B.L., SHİN, H.D. (2010).
XPD polymorphisms and risk of squamous cell carcinoma of the head and neck in a
korean sample. Clin. Exp. Otorhinolaryngol., 3: 42-47.
JİAO, L., BONDY, M.L., HASSAN, M.M., WOLFF, R.A., EVANS, D.B., ABBRUZZESE,
J.L., Lİ , D. (2006). Selected polymorphisms of DNA repair genes and risk of
pancreatic cancer. Cancer Detection and Prevention, 30: 284-291.
JOHNATTY, S.E., NAGLE, C.M., SPURDLE, A.B., CHEN, X., AUSTRALİAN BREAST
CANCER FAMİLY STUDY, WEBB, P.M., CHENEVİX-TRENCH, G. (2007). The
MnSOD Val9Ala polymorphism, dietary antioxidant intake, risk and survival in
ovarian cancer (Australia). Gynecologic Oncology, 107: 388-391.
185 KADIOĞLU, E., SARDAŞ, S., ERGÜN, M., ÜNAL, S., KARAKAYA, A.E. (2010). The
role of oxidative DNA damage, DNA repair, GSTM1, SOD2 and OGG1
polymorphisms in individual susceptibility to Barret’s esophagus. Toxicol. Ind.
Health, 26: 67-79.
KARAHALİL, B., KESİMCİ, E., EMERCE, E., GUMUS, T., KANBAK, O. 2010. The
impact of OGG1, MTH1 and MnSOD gene polymorphisms on 8-hydroxy-2’deoxyguanosine and cellular superoxide dismutase activity in myocardial ischemia–
reperfusion. Mol Biol Rep.
KAYNAR, H., MERAL, M., TURHAN, H., KELES, M., CELİK, G., AKCAY, F. (2005).
Glutathione peroxidase, glutathione-S-transferase, catalase, xanthine oxidase, Cu–Zn
superoxide dismutase activities, total glutathione, nitric oxide, and malondialdehyde
levels in erythrocytes of patients with small cell and non-small cell lung cancer.
Cancer Letters, 227:133-139.
KİNNULA ,V. L., CRAPO J.D. (2003). Superoxide dismutases in the lung and human lung
diseases, American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine, 167: 16001619.
KNİGHT, J. A., ONAY, U. V., WELLS, S., Lİ, H., SHİ, E. J. Q., ANDRULİS, I. L.,
OZCELİK, H. ( 2004). Genetic variants of GPX1 and SOD2 and breast cancer risk at
the Ontario site of the Breast Cancer Family Registry. Cancer Epidemiology,
Biomarkers & Prevention, 13: 146-149.
KONIG-GREGER, D., RIECHELMANN, H., WITTICH, U., GRONAU, S. (2004).
Genotype and phenotype of glutathione-S-transferase in patients with head and neck
carcinoma. Otolaryngology Head and Neck Surgery, 130:718-725.
KOCABA޸ N.A., ŞARDAS¸ S., CHOLERTON, S., DALY, A.K., ELHAN, A.H.,
KARAKAYA, A.E. (2005). Genetic polymorphism of manganese superoxide
dismutase (MnSOD) and breast cancer susceptibility cell biochemistry and function.
Cell Biochem Funct, 23: 73-76.
KRYUKOV, G.V., CASTELLANO, S., NOVOSELOV, S. V., LOBANOV, A.V.,
ZEHTAB, O., GUİGO´, R., GLADYSHEV , V.N. (2003). Characterization of
mammalian selenoproteomes, Science, 300: 1439-1443.
LAAT, W. L,. JASPERS, N.G.J., HOEİJMAKERS, J. H.J. (1999). Molecular mechanism
of nucleotide excision repair. Genes & Dev., 13: 768-785.
LAİNE´ J., EGLY, J. (2006). When transcription and repair meet: a complex system. Trends
in Genetics, 22: 430-436.
LEE, J., LEE,Y., YANG,S., YANG,P., LUH, S., LEE,C., CHEN,C. (2001). Genetic
polymorphisims of XRCC1 and risk of the esophageal cancer. Int J. Cancer (Pred.
Oncol), 95: 240-241.
186 LAZARUS, P., SHEIKH, S. N., REN, Q., SCHANTZ, S.P., STERN, J. C., RICHIE JR, J.
P.,PARK, J. Y. (1998). p53, but not p16 mutations in oral squamous cell carcinomas
are associated with specific CYP1A1 and GSTM1 polymorphic genotypes and patient
tobacco use. Carcinogenesis, 19: 509-514.
LEE, C., LEE, K.Y., CHOE, K., HONG, Y., NOH, S.,EOM, S., KO, Y., ZHANG, Y.W.,
YİM, D., KANG, J., KİM, H., KİM, Y.(2006). Effects of oxidative DNA damage and
genetic polymorphism of the glutathione peroxidase 1 (GPX1) and 8-oxoguanin
glycosylase 1 (hOGG1) on lung cancer. J.Prev. Med. Public Health, 39: 130-134.
LEE, Y. A., BOFFETTA, P., STURGİS E.,M., WEİ, Q., ZHANG, Z., MUSCAT, J.,
LAZARUS, P., MATOS, E., HAYES, R.,B,. WİNN, D. M., ZARİDZE, D.,
WÜNSCH-FİLHO, V., ELUF-NETO, J., KOİFMAN, S., MATES, D., CURADO,
M. P., MENEZES, A., FERNANDEZ, L., DAUDT, A. W., SZESZENİADABROWSKA N., FABİANOVA, E., RUDNAİ, P., FERRO, G., BERTHİLLER, J.,
BRENNAN, P., HASHİBE ,M. (2008). Involuntary smoking and head and neck
cancer risk: pooled analysis in the international Head and Neck Cancer Epidemiology
Consortium. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 17: 1974-1981.
LEHMAN, R.A. (2001). The xeroderma pigmentosum group D( XPD) gene: one gene two
functions, three diseases. Genes&Development, 15: 15-23.
LEONARD, S.S., HARRIS, G. K., SHI, X. (2004). Metal-induced oxidative stress and
signal transduction. Free Radical Biology & Medicine, 37: 1921-1942.
LEVİNE, A.J., ELKHOULY, E., DİEP, A.T., LEE, E.R., FRANKL, H., HAİLE,
R.W.(2002). The MnSOD A16V mitochondrial targeting sequence polymorphism is
not associated with increased risk of distal colorectal adenomas: data from a
sigmoidoscopy based case control study. Cancer Epidemiology, Biomarkers &
Prevention, 11: 1140–1141.
LEWİN, F., NORELL, S.E., JOHANSSON, H., GUSTAVSSON, P., WENNERBERG, J.,
BİÖRKLUND, A., RUTQVİST, L.E. (1998). Smoking tobacco, oral snuff, and
alcohol in the etiology of squamous cell carcinoma of the head and neck. Cancer, 82:
1367-75.
Lİ, H., KANTOFF, P.W., GİOVANNUCCİ, E., LEİTZMANN, M. F., GAZİANO, J. M.,
STAMPFER, M. J., MA, J. (2005). Manganese superoxide dismutase polymorphism,
prediagnostic antioxidant status, and risk of clinical significant prostate cancer.
Cancer Research, 65: 2498-2504.
Lİ, H., KANTOFF, P.W., GİOVANNUCCİ, E., LEİTZMANN, M.F., GAZİANO, J. M.,
STAMPFER, M.J., MA J. (2005). Manganese superoxide dismutase polymorphism,
prediagnostic antioxidant status, and risk of clinical significant prostate cancer.
Cancer Research, 65: 2498-2504.
LIANG, G., XING, D., MIAO, X., TAN, W., YU, C., LU, W., LIN, D. (2003). Sequence
variations in the DNA repaır gene XPD and risk of lung cancer ın a chinese
population. Int. J. Cancer, 105: 669-673.
187 LİGHTFOOT, T.J., SKİBOLA, C.F., SMİTH, A.G., FORREST, M.S., ADAMSON, P. J.,
MORGAN, G.J., BRACCİ, P. M., ROMAN, E., SMİTH, M. T., HOLLY, E. A.
(2006). Polymorphisms in the oxidative stress genes, superoxide dismutase,
glutathione peroxidase and catalase and risk of non-Hodgkin’s lymphoma.
Haematologica, 91: 1222-1227.
LİN, P., HSUEH, Y., KO, J., LİANG, Y., TSAİ , K., CHEN, C. (2003). Analysis of NQO1,
GSTP1, and MnSOD genetic polymorphisms on lung cancer risk in Taiwan. Lung
Cancer, 40: 123-129.
LİU, G., ZHOU, W., PARK, S., WANG, L.I., MİLLER, D.P., WAİN, J.C., LYNCH, T. J.,
SU, L., CHRİSTİANİ, D.C.(2004). The SOD2 Val/Val genotype enhances the risk of
nonsmall cell lung carcinoma by p53 and XRCC1 polymorphisms. Cancer, 101:
2802–2808.
LOCKETT, K.L., SNOWHİTE, I.V., HU, J.J. (2005). Nucleotide-excision repair and
prostate cancer risk. Cancer Letters, 220: 125-135.
LODOVİCİ , M., BİGAGLİ, E. (2009). Biomarkers of induced active and passive smoking
damage. International Journal of Environmental Research and Public Health, 6: 874888.
LÓPEZ-CİMA, M. F., GONZÁLEZ-ARRİAGA, P., GARCÍA-CASTRO, L., PASCUAL,
T., MARRÓN, M.G., PUENTE, X.S., TARDÓN, A. (2007). Polymorphisms in XPC,
XPD, XRCC1, and XRCC3 DNA repair genes and lung cancer risk in a population of
Northern Spain, BMC Cancer, 7: 162-173.
LUNN, R.M., HELZLSOUER, K.J., PARSHAD, R.,UMBACH, D.M., HARRİS, E.L.,
SANFORD, K.K., BELL, D.A. (2000). XPD polymorphisms: effects on DNA repair
proficiency. Carcinogenesis, 21: 551-555.
MAO, L., HONG, W.K., PAPADİMİTRA, V.A. (2004). Focus on head and neck cancer.
Cancer Cell, 5: 311-316.
MANOHARAN , S., KOLANJİAPPAN, K., SURESH ,K., PANJAMURTHY, K. (2005).
Lipid peroxidation & antioxidants status in patients with oral squamous cell
carcinoma. Indian J. Med. Res., 122:529-534.
MANUGUERRA, M., SALETTA, F., KARAGAS, M.R., BERWİCK, M., VEGLİA, F.,
VİNEİS, P., MATULLO, G. (2006). XRCC3 and XPD/ERCC2 single nucleotide
polymorphisms and the risk of cancer: A HuGE Review. American Journal of
Epidemiology, 164: 297-302.
MARİCHALAR-MENDİA, X., RODRİGUEZ-TOJO, M.J., ACHA-SAGREDO, A., REYBARJA, N., AGUİRRE-URİZAR, J.M. (2010). Oral cancer and polymorphism of
ethanol metabolising genes. Oral Oncology, 46: 9-13.
MARNETT, L.J. (2000). Oxyradicals and DNA damage. Carcinogenesis, 21: 361-370.
188 MARTİN, R.C.G., AHN, J., NOWELL, S.A., HEİN, D.W., DOLL, M.A., MARTİNİ,
B.D., AMBROSONE, C.B. (2006). Association between manganese superoxide
dismutase promoter gene polymorphism and breast cancer survival. Breast Cancer
Research, 8: 45-53.
MARUR, S., FORASTIERE, A. A. (2008). Head and neck cancer: changing epidemiology,
diagnosis, and treatment, Mayo Clinic Proceedings, 83: 489-501.
MATÉS, J.M., SÁNCHEZ-JİMÉNEZ, F. (1999). Antioxidant enzymes and their
implications in pathophysiologic processes. Frontiers in Bioscience, 4: 339-345.
MATES, J. M., SANCHEZ-JİMENEZ, F.M. (2000). Role of reactive oxygen species in
apoptosis: implications for cancer therapy. The International Journal of Biochemistry
& Cell Biology, 32: 157-170.
MATULLO, G., PALLİ, D., PELUSO, M., GUARRERA, S., CANTURAN, S.,
CELENTANO, E., KROGH, V., MUNNİA, A.,TUMİNO,R., POLİDORO, S.,
PİAZZA, A., VİNEİS, P. (2001). XRCC1, XRCC3, XPD gene polymorphisms,
smoking and 32P – DNA adducts in a sample of healthy subjects. Carcinogenesis, 22:
1437-1445.
MCINTYRE, M., BOHR, D.F., DOMİNİCZAK, A.F. (1999). Endothelial function in
hypertension : the role of superoxide anion. Hypertension, 34: 539-545.
MCPHERSON, M.J., QUİRKE, P., TAYLOR, G.R. (1991). PCR: A Practical Approach.
Oxford University Press, New York.
MENA, S., ORTEGA, A., ESTRELA, J.M. (2009). Oxidative stress in environmentalinduced carcinogenesis. Mutation Research, 674: 36-44.
MİKHAK, B., HUNTER, D.J., SPİEGELMAN, D., PLATZ, E.A., WU, K., ERDMAN J.
W., GİOVANNUCCİ, E. (2008). Manganese superoxide dismutase (MnSOD) gene
polymorphism, interactions with carotenoid levels and prostate cancer risk.
Carcinogenesis, 29: 2335-2340.
MİLLİKAN, R.C., PLAYER, J., COTRET, A. R., MOORMAN, P., PİTTMAN, G.,
VANNAPPAGARİ, V., TSE, C.J., KEKU, T. (2004). Manganese superoxide
dismutase Ala-9Val polymorphism and risk of breast cancer in a population-based
case–control study of African Americans and whites. Breast Cancer Research, 6: 264274.
MİRANDA, A., JANSSEN, L., BOSMAN, C.B., VAN DUİJN, W., OOSTENDORP-VAN
DE RUİT, M.M., KUBBEN, F.J. G. M., GRİFFİOEN, G., LAMERS, C.B. H. W.,
VAN KRİEKEN, J. H.J. M., VAN DE VELDE, C. J. H., VERSPAGET, H.W. (2000).
Superoxide dismutases in gastric and esophageal cancer and the prognostic ımpact in
gastric cancer. Clinical Cancer Research, 6: 3183-3192.
189 MİSRA, R.R., RATNASİNGHE, D., TANGREA, J.A., VİRTAMO, J., ANDERSEN,
M.R., BARRETT, M., TAYLOR, P.R., ALBANES, D. (2003). Polymorphisms in
the DNA repair genes XPD, XRCC1, XRCC3,and APE/ref-1, and the risk of lung
cancer among male smokers in Finland. Cancer Letters, 191: 171-178.
MİTRUNEN,K., SİLLANPAA, P., KATAJA, V., ESKELİNEN, M., KOSMA, V.,
BENHAMOU, S., UUSİTUPA, M., HİRVONEN, A. (2001). Association between
manganese superoxide dismutase (MnSOD) gene polymorphism and breast cancer
risk. Carcinogenesis, 22: 827-829.
MØLLER , P., WALLİN, H. (1998). Adduct formation, mutagenesis and nucleotide excision
repair of DNA damage produced by reactive oxygen species and lipid peroxidation
product. Mutation Research, 410: 271-290.
MORARİ, E. C., PEREİRA LEİTE, J. L., GRANJA,F., ASSUMPÇAO, L. V. M., WARD,
L. S. (2002). The null genotype of glutathione s-transferase M1 and T1 locus ıncreases
the risk for thyroid cancer. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 11:
1485-1488.
MOSTOWSKA, A., HOZYASZ, K.K., LİANERİ, M., PİWOWAR, W., JAGODZİNSKİ,
P.P. (2007). Polymorphic variants of genes encoding main antioxidant enzymes and
the risk of CL/P-affected pregnancies. Clinical Biochemistry, 40: 416-419.
MÖLLSTEN, A., MARKLUND, S.L., WESSMAN, M., SVENSSON, M., FORSBLOM,
C., PARKKONEN, M., BRİSMAR, K., GROOP, P.,DAHLQUİST,G. (2007). A
functional polymorphism in the manganese superoxide dismutase gene and diabetic
nephropathy. Diabetes, 56: 265-269.
MULLER ,F.L., LUSTGARTEN, M. S., JANG, Y., RİCHARDSON, A., REMMEN, H. V.
(2007). Trends in oxidative aging theories. Free Radical Biology & Medicine, 43:
477-503.
MURPHY, S.J., HUGHES, A.E., PATTERSON, C.C., ANDERSON, L.A., WATSON,
R.G.P., JOHNSTON, B.T., COMBER, H., MCGUİGAN, J.,.REYNOLDS, J.V.,
MURRAY, L. J. (2007). A population-based association study of SNPs of GSTP1,
MnSOD, GPX2 and Barrett’s esophagus and esophageal adenocarcinoma.
Carcinogenesis, 28: 1323-1328.
Mutation Spectra Multivariate Analysis Grouping of UV-induced mutation spectra from cII,
supF, yeast p53 mutation assays and TP53 basal cell carcinoma in skin
Erişim:[http://137.44.25.44/path/imuse/example.aspx]. Erişim tarihi: 15.09.2010
NAGAL, M.A. (1999). Genetic alterations in head and neck squamous cell carcinomas.
Brazilian Journal of Medical and Biological Research, 32: 897-904.
NAKAO, K., ISASHİKİ, Y., SONODA, S., UCHİNO, E., SHİMONAGANO, Y.,
SAKAMOTO, T. (2007). Nitric oxide synthase and superoxide dismutase gene
polymorphisms in behçet disease. Arch Ophthalmol., 125: 246-251.
190 NEBERT, D.W., ROE, A.L. (2001). Ethnic and genetic differences in metabolism genes and
risk of toxicity and cancer. The Science of The Total Environment, 274: 93-102.
NEMOTO, M., NİSHİMURA, R., SASAKİ, T., HİKİ, Y., MİYASHİTA, Y., NİSHİOKA,
M., FUJİMOTO, K., SAKUMA, T., OHASHİ, T., FUKUDA, K., ETO, Y.,
TAJİMA, N. (2007). Genetic association of glutathione peroxidase-1 with coronary
artery calcification in type 2 diabetes: a case control study with multi-slice computed
tomography. Cardiovascular Diabetology, 6: 23-29.
OLSHAN, A.F., WATSON, M.A., WEİSSLER, M.C., BELL, D.A. (2002). XRCC1
polymorphisms and head and neck cancer. Cancer Letters, 178: 181-186.
OBERLEY L. W. (2005). Mechanism of the tumor suppressive effect of MnSOD
overexpression. Biomedicine & Pharmacotherapy, 59: 143-148.
ÖKTEM, F., TOPRAK, M., ADA, M., ÖZTÜRK, O. (2000). Larinks kanseri etiyolojisinde
laringofaringeal reflünün yeri. Türk Otolarengoloji Arşivi, 38: 28-32.
ÖZBAL, C.C., SKİPPER, P.L., YU, M.C., LONDON, S.J., DASARİ, R.R.,
TANNENBAUM, S.R. (2000). Quantification of (7S,8R)-dihidroxy- (9R,10S)-epoxy
-7,8,9,10-tetrahydro benzo (a) pyrene adducts in human serum albumin by laser
induced fluorescence: implications for the in vivo metabolism of benzo(a) pyrene.
Cancer Epidemiology Biomarkers&Prevention, 9: 733-739.
ÖZTÜRK, Ö., BELLİ, Ş.B., ALPER, M., EGELİ, E., KALELİ, Ç. (2004). Larinks
psödosarkoması: olgu sunumu. Türk Otolarengoloji Arşivi, 42: 169-173.
PAPPAS, A.C., ZOİDİS, E., SURAİ P.F., ZERVAS, G. (2008). Selenoproteins and
maternal nutrition. Comparative Biochemistry and Physiology, 151: 361-372.
PARK , J. Y., LEE , S. Y., JEON , H., PARK , S. H., BAE , N. C., LEE , E. B., CHA , S.
I., PARK , J., KAM , S., KİM , I., JUNG , T.H. (2002). Lys751Gln polymorphism in
the DNA repair gene XPD and risk of primary lung cancer. Lung Cancer, 36: 15-16.
PETERS, U., CHATTERJEE, N., HAYES, R.B., SCHOEN, R.E., WANG, Y., CHANOCK,
S.J., FOSTER, C.B. (2008). Variation in the selenoenzyme genes and risk of advanced
distal colorectal adenoma. Cancer Epidemiology, Biomarkers& Prevention,17: 11441154.
PHİLLİPS, D.H. (2002). Smoking- related DNA and protein adducts in human tissues.
Carcinogenesis, 23: 1979-2004.
PHİLLİPS, D.H. (2005). DNA adducts as markers of exposure and risk. Mutation Research,
577: 284-292.
POİRİER, M.C. (2004). Chemical-induced DNA damage and human cancer risk, Nature
Reviews, 4: 630-637.
191 PUTNAM, C.D., ARVAİ, A.S., BOURNE, Y., TAİNER, J.A. (2000). Active and inhibited
human catalase structures: ligand and NADPH binding and catalytic mechanism. J.
Mol. Biol., 296: 295-309.
QİAO, Y., SPİTZ, M.R., SHEN, H., GUO, Z., SHETE, S., HEDAYATİ, M., GROSSMAN,
L., MOHRENWEİSER, H., WEİ, Q. (2002). Modulation of repair of ultraviolet
damage in the host-cell reactivation assay by polymorphic XPC and XPD/ERCC2
genotypes. Carcinogenesis, 23: 295-299.
QUAN, F., KORNELUK, R.G., TROPAK, M.B., GRAVEL, R.A.(1986). Isolation and
characterization of the human catalase gene. Nucleic Acids Research, 14: 5321-5335.
RAASCHOU-NİELSEN, O., SØRENSEN, M., HANSEN, R.D., FREDERİKSEN, K.,
TJØNNELAND, A., OVERVAD, K., VOGEL, U. (2007). GPX1 Pro198Leu
polymorphism, interactions with smoking and alcohol consumption, and risk for lung
cancer. Cancer Letters, 247: 293-300.
RAASCHOU-NİELSEN, O., SØRENSEN, M., OVERVAD, K., ANNE TJØNNELAND,
VOGEL, U. (2008). Polymorphisms in nucleotide excision repair genes, smoking and
intake of fruit and vegetables in relation to lung cancer. Lung Cancer, 59: 171-179.
RAMACHANDRAN, S., RAMADAS, K., HARİHARAN, R., KUMAR, R.R., PİLLAİ,
M.R. (2006). Single nucleotide polymorphisms of DNA repair genes XRCC1 and
XPD and its molecular mapping in Indian oral cancer. Oral Oncology, 42: 350-362.
RATNASİNGHE, D., TANGREA, J.A.,
ANDERSEN, M.R.,
BARRETT, M.J.,
VİRTAMO, J., TAYLOR, P.R., ALBANES, D. (2000). Glutathione peroxidase
codon 198 polymorphism variant ıncreases lung cancer risk. Cancer Research, 60:
6381-6383.
RATNASİNGHE, D., YAO, S., TANGREA, J.A., QİAO, Y., ANDERSEN, M.R.,
BARRETT, M.J., GİFFEN, C.A., EROZAN, Y., TOCKMAN, M.S., TAYLOR, P.R.
(2001). Polymorphisms of the DNA Repair Gene XRCC1and Lung Cancer Risk.
Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention,10: 119-123.
RAVN-HAREN, G., OLSEN, A., TJØNNELAND, A., DRAGSTED, L.O., NEXØ, B.A.,
WALLİN, H., OVERVAD, K., RAASCHOU-NİELSEN, O., VOGEL, U. (2006).
Associations between GPX1 Pro198Leu polymorphism, erythrocyte GPX activity,
alcohol consumption and breast cancer risk in a prospective cohort study.
Carcinogenesis, 27: 820-825.
REİD, B.C., WİNN, D.M., MORSE, D.E., PENDRYS, D.G. (2000). Head and neck in situ
carcinoma incidence trends and survival. Oral Oncology, 36: 414-420.
192 REMMEN, H.V., IKENO, Y., HAMİLTON, M., PAHLAVANİ, M., WOLF, N., THORPE,
S. R., ALDERSON, N. L,. BAYNES, J.W., EPSTEİN, C.J., HUANG, T., NELSON,
J., STRONG, R., RİCHARDSON ,A. (2003). Life-long reduction in MnSOD activity
results in increased DNA damage and higher incidence of cancer but does not
accelerate aging. Physiol Genomics, 16: 29-37.
RİGSTRÖM, E.,PETERS, E., HASEGAWA, M., POSNER, M., LİU, M., KELSEY, K.T.
(2002). Human papillomavirus type 16and squamous cell carcinoma of the head and
neck. Clinical Cancer Research, 8: 3187-3192.
ROCKENBAUER, E., PETERSEN, K., VOGEL, U., BOLUND, L., KØLVRAA, S.,
NİELSEN, K.V., NEXØ, B. A. (2005). SNP Genotyping Using Microsphere-Linked
PNA and Flow Cytometric Detection. Cytometry Part A, 64A: 80-86.
ROMANO, G., SGAMBATO, A.,BONİNSEGNA, A., FLAMİNİ, G., CURİGLİANO, G.,
YANG, Q.,
GİOİA, V. L.,SİGNORELLİ, C.,
FERRO, A., CAPELLİ,
G.,SANTELLA, R.M., CİTTADİNİ, A. (1999). Evaluation of polycyclic aromatic
hydrocarbon-dna adducts in exfoliated oral cells by an ımmunohistochemical assay.
Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 8: 91-96.
RONENE, A., GLİCKMAN, B.W. (2001). Human Rrepair Genes, Environmental and
Molecular Mutagenesis, 37: 241-283.
ROSE, B.R., THOMPSON, C.H., TATTERSAL, M.H., O’ BRİEN, C., COSSART, Y.E.
(2000). Squamous cell carcinoma of the head and neck: molecular mechanisms and
potential biomarkers. Australian and New Zealand Journal of Surgery, 70: 601-606.
ROTH, M. J.,
DAWSEY, S. M., WANG, G., TANGREA, J. A., ZHOU, B.,
RATNASİNGHE, D., WOODSON, K.G., OLİVERO, O. A., POİRİER, M.C.,
FRYE, B.L., TAYLOR, P. R., WESTON, A. (2000). Association between GSTM1*0
and squamous dysplasia of the esophagus in the high risk region of Linxian, China.
Cancer Letters, 156: 73-81.
RYBİCKİ, B.A., CONTİ, D.V., MOREİRA, A., CİCEK, M., CASEY, G., WİTTE, J.S.
(2004). DNA repair gene XRCC1 and XPD polymorphisms and risk of prostate cancer,
Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 13: 23-29.
RYDZANİCZ, M., WİERBİCKA, M., GAJECKA, M., SZYFTER, W., SZYFTER, K.
(2005). The impact of genetic factors on the incidence of multiple primary tumors
(MPT) of the head and neck. Cancer Letters, 224: 263-278.
SAMBROOK, J., RUSSELL, D.W. (2001).Molecular Cloning a Labaratory Manual. Cold
Spring Harbor Labarotory Press. New York.
SASCO, A.J., SECRETAN, M.B., STRAİF, K. (2004). Tobacco smoking and cancer: a brief
of recent epidemiological evidence. Lung Cancer, 45: 53-59.
193 SATCHER, D. (1999). POLYCYCLIC AROMATIC HYDROCARBONS (PAHS),Agency
for Toxic Substances and Disease Registry Toxicological Profiles, Research Triangle
Institute, Division of Toxicology, Clifton Road NE, Atlanta, Georgia: CRC Press
LLC.
SCHAAİJ-VİSSER, T.B.M., BRAKENHOFFC, R.H., LEEMANS, C.R., HECK, A.J.R.,
SLİJPER, M. (2010). Protein biomarker discovery for head and neck cancer. Journal
of Proteomics, 73: 1790-1803.
SCULLY, C., FİELD, J.K., TANZAWA, H. (2000). Genetic aberrations in oral or head and
neck squamous cell carcinoma (SCCHN): 1. Carcinogen metabolism, DNA repair and
cell cycle control, Oral Oncology, 36: 256-263.
SHEN, M., HUNG, R.J., BRENNAN, P., MALAVEİLLE, C., DONATO, F., PLACİDİ,
D., CARTA, A., HAUTEFEUİLLE, A., BOFFETTA, P., PORRU, S. (2003).
polymorphisms of the DNA repair genes XRCC1, XRCC3, XPD, interaction with
environmental exposures, and bladder cancer risk in a case-control study in northern
Italy. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 12: 1234-1240.
SHİMODA-MATSUBAYASHİ, S., MATSUMİNE, H., KOBAYASHİ, T., NAKAGAWAHATTORİ, Y., SHİMİZU, Y., MİZUNO, Y. (1996). Structural dimorphism in the
mitochondrial targeting sequence in the human manganese superoxide dismutase gene
a predictive evidence for conformational change to ınfluence mitochondrial transport
and a study of allelic association in parkinson’s disease. Bıochemıcal And Bıophysıcal
Research Communıcatıons, 226: 561-565.
SİNGH, M., SHAH, P.P., SİNGH, A.P., RUWALİ, M., MATHUR, N., PANT, M.C.,
PARMAR, D. (2008). Association of genetic polymorphisms in glutathione stransferases and susceptibility to head and neck cancer. Mutation Research, 638: 184194.
SHİNKAİ, T., MULLER, D.J., LUCA, V., SHAİKH, S., MATSUMOTO, C., HWANG,
R., KİNG , N., TRAKALO, J., POTAPOVA, N., ZAİ, G., HORİ, H., OHMORİ, O.,
MELTZER, H.Y., NAKAMURA, J., KENNEDY, J. L. (2006). Genetic association
analysis of the glutathione peroxidase (GPX1) gene polymorphism (Pro197Leu) with
tardive dyskinesia. Psychiatry Research, 141: 123-128.
SKULADOTTİR, H., AUTRUP, H., AUTRUP, J., TJOENNELAND, A., OVERVAD, K.,
RYBERG, D., HAUGENE, A., OLSEN, J.H. (2005). Polymorphisms in genes
involved in xenobiotic metabolism and lung cancer risk under the age of 60 years A
pooled study of lung cancer patients in Denmark and Norway. Lung Cancer, 48: 187199.
SLİWİNSKİ, T., PRZYBYLOWSKA, K., MARKİEWİCZ, L., RUSİN, P.,
PİETRUSZEWSKA, W., ZELİNSKA-BLİZNİEWSKA, H., OLSZEWSKİ, J.,
MORAWİEC-SZTANDERA, A., MLYNARSKİ, W., MAJSTEREK, I. (2011).
MUTYH Tyr165Cys, OGG1 Ser326Cys and XPD Lys751Gln polymorphisms and
head and neck cancer susceptibility: a case control study. Molecular Biology Reports,
38: 1251-1261.
194 SMİTH, C.J., PERFETTİ, T.A., GARG, R., HANSCH, C.. (2003). IARC carcinogens
reported in cigarette mainstream smoke and their calculated log P values, Food and
Chemical Toxicology, 41: 807-817.
SPİTZ, M.R., WU, X., WANG, Y., WANG, L., SHETE, S., AMOS, C.I., GUO, Z., LEİ,
L., MOHRENWEİSER, H., WEİ, Q. (2001). Modulation of nucleotide excision
repair capacity by XPD polymorphisms in lung cancer patients. Cancer Research, 61:
1354-1357.
STAVRİDES, J.C. (2006). Lung carcinogenesis: Pivotal role of metals in tobacco smoke,
Free Radical Biology & Medicine, 41: 1017-1030.
STELLWAGEN, N.C. (2009). Electrophoresis of DNA in agarose gels, polyacrylamide gels
and in free solution. Electrophoresis, 30: 188-195.
STEPHENS, J.W., KHANOLKAR, M.P., BAİN, S.C. (2009). The biological relevance and
measurement of plasma markers of oxidative stress in diabetes and cardiovascular
disease. Atherosclerosis, 202: 321-329.
STERN, M.C., JOHNSON, L.R., BELL, D.A., TAYLOR, J.A. (2002). XPD Codon 751
Polymorphism, Metabolism Genes, Smoking, and Bladder Cancer Risk. Cancer
Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 11: 1004-1011.
STRINGER, K.A., FREED, B.M., DUNN, J.S., SAYERS, S., GUSTAFSON, D.L.,
FLORES, S.C. (2004). Particulate phase cigarette smoke increases MNSOD, NQO1,
and CINC-1 ın rat lungs. Free Radical Biology & Medicine, 37: 1527-1533.
STURGİS, E.M:, ZHENG, R., Lİ, L., CASTİLLO, E.J., EİCHER, S.A., CHEN, M.,
STROM, S.S:, SPİTZ, M.R., WEİ, Q. (2000). XPD/ERCC2 polymorphisms and risk
of head and neck cancers a case -control analysis. Carcinogenesis, 21: 2219-2223.
STURGİS, E.M., WEİ, Q. (2002). Genetic susceptibility molecular epidemiology of head
and neck cancer. Current Opinion in Oncology,14: 310-317.
STURGİS.,E.M., CASTİLLO.,E.J., Lİ.,L., EİCHER., S.A., STROM., S.S., SPİTZ., M.R.,
WEİ,., Q. (2002). XPD/ERCC2 Exon 8 polymorphisms: rarity and lack of significance
in risk of squamous cell carcinoma of the head and neck. Oral Oncology, 38: 475-477.
STURGİS, E.M., DAHLSTROM, K.R., SPİTZ, M.R., WEİ, Q. (2002). DNA repair gene
ERCC1 and ERCC2/XPD polymorphisms and risk of squamous cell carcinoma of the
head and neck. Arch Otolaryngol Head Neck Surg., 128: 1084-1088.
SUDHEER, A. R., MUTHUKUMARAN, S., DEVİPRİYA, N., MENON, V.P. (2007).
Ellagic acid, a natural polyphenol protects rat peripheral blood lymphocytes against
nicotine-induced cellular and DNA damage in vitro: With the comparison of Nacetylcysteine. Toxicology, 230: 11-21.
195 SUDHEER, A. R., MUTHUKUMARAN, S., KALPANA, C., SRİNİVASAN, M.,
MENON , V. P. (2007). Protective effect of ferulic acid on nicotine-induced DNA
damage and cellular changes in cultured rat peripheral blood lymphocytes: A
comparison with N-acetylcysteine, Toxicology in Vitro, 21: 576-585.
SUTTON, A., KHOURY, H., PRİP-BUUS, C., CEPANEC, C., PESSAYRE, D., DEGOUL,
F. (2003). The Ala16Val genetic dimorphism modulates the import of human
manganese superoxide dismutase into rat liver mitochondria. Pharmacogenetics, 13:
145-157.
SÜZEN, H.S., GÜÇYENER, E., SAKALLİ, Ö., UÇKUN , Z., KÖSE, G., ÜSTEL, D.,
DUYDU. Y. (2010). CAT C-262T and GPX1 Pro198Leu polymorphisms in a Turkish
population. Molecular Biology Reports, 37: 87-92.
SÜZEN, H.S., GÜVENÇ, G., TURANLI, M., CÖMERT, E., DUYDU, Y., ELHAN, A.
(2007). The role of GSTM1 and GSTT1 polymorphisms in head and neck cancer risk.
Oncology Research, 16: 423-429.
SZYFTER, K., SZMEJA, Z., SZYFTER, W., HEMMİNKİ, K., BANASZEWSKİ, J.,
SZTUL-JASKULA, R., LOUHELAİNEN, J. (1999). Molecular and cellular
alterations in tobacco smoke-associated larynx cancer. Mutation Research, 445: 259274.
TAMİMİ, R. M., HANKİNSON, S.E., SPİEGELMAN, D., COLDİTZ, G.A., HUNTER,
D.J. (2004). Manganese superoxide dismutase polymorphism, plasma antioxidants,
cigarette smoking, and risk of breast cancer. Cancer Epidemiology, Biomarkers &
Prevention, 13: 989-996.
TANG, N., WANG , L., YANG , L., GU , H., SUN , Q., CONG , R., ZHOU , B., ZHU , H.,
WANG , B. (2008). Genetic variant in glutathione peroxidase 1 gene is associated
with an increased risk of coronary artery disease in a Chinese population. Clinica
Chimica Acta, 395: 89-93.
TAYLOR, E.M:, BROUGHTON, B.C., BOTTA, E., STEFANİNİ, M., SARASİN, A.,
JASPERS, G.J., FAWCETT, H., HARCOURT,S.A., ARLETT,C.F., LEHMANN,
A.R. (1997). Xeroderma Pigmentosum and Trichothiodystrophy are associated with
different mutations in the XPD ( ERCC2) repair/ transcription gene. Proc. Natl.Acad.
Sci., 94: 8658-8663.
TERRY, P.D., UMBACH, D.M., TAYLOR, J.A.(2005). No Association Between SOD2 or
NQO1 Genotypes and Risk of Bladder Cancer. Cancer Epidemiology, Biomarkers &
Prevention; 14: 753-754.
TOMESCU, D., KAVANAGH, G., HA, T., CAMPBELL, H., MELTON, D.W. (2001).
Nucleotide excision repair gene XPD polymorphisms and genetic predisposition to
melanoma. Carcinogenesis, 22: 403-408.
196 TUĞCU, V., ÖZBEK, E., ARAS , B., ARİSAN, S., CASKURLU, T., TASCI, A. İ. (2007).
Manganese superoxide dismutase (Mn-SOD) gene polymorphisms in urolithiasis.
Urol. Res., 35: 219-224.
TUTKUN, A., IRANLI, S., ÖZDEMİR, R., BATMAN, Ç., ÜNERİ, C., ŞEHİTOĞLU, M.A.
(2001). Nazofarenks karsinomlarında tedavi yaklaşımımız: ön çalışma sonuçları. Türk
Otolarengoloji Arşivi, 39: 9-13.
Türkiye Kanser İstatistikleri. (2005). Sağlık Bakalnlığı Kanserle Savaş Dairesi Başkanlığı
(Epidemiyoloji ve Koruma Şube Müdürlüğü).
ÜNAL, M., GÜVEN, M., BATAR, B., ÖZAYDIN, A., SARİCİ, A., DEVRANOĞLU, K.
(2007). Polymorphisms of DNA repair genes XPD and XRCC1 and risk of cataract
development. Experimental Eye Research, 85: 328-334.
VEGLİA, F., MATULLO, G., VİNEİS, P. (2003). Bulky DNA adducts and risk of cancer: A
Meta-Analysis. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 12: 157-160.
VİNEİS,P., PERERA,F. (2007). Molecular epidemiology and biomarkers in etiologic cancer
research: the new in light of the old. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention,
16: 1954-1965.
VOGEL, U., DYBDAHL, M., FRENTZ, G., NEXØ, B.A. (2000). DNA repair capacity:
inconsistency between effect of over-expression of five NER genes and the correlation
to mRNA levels in primary lymphocytes. Mutation Research, 461: 197-210.
VOGEL, U., HEDAYATİ, M., DYBDAHL, M., GROSSMAN, L., NEXO, B.A. (2001).
Polymorphisms of the DNA repair gene XPD: correlation with risk of basal cell
carcinoma revisited. Carcinogenesis, 22: 899-904.
VOGEL, U., OLSEN, A., WALLİN, H., OVERVAD, K., TJØNNELAND, A., NEXØ, B.
A. (2004). No association between GPX Pro198Leu and risk of basal cell carcinoma.
Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 13: 1412-1413.
WANG, L.I., MİLLER, D.P., SAİ, Y., LİU, G., SU, L., WAİN, J.C., LYNCH, T.J.,
CHRİSTİANİ , D.C. (2001). Manganese superoxide dismutase alanine-to-valine
polymorphism at codon 16 and lung cancer risk. Journal of the National Cancer
Institute, 93: 1818-1821.
WANG, J., SUN, T., YANG, M., LİN, D.X., TAN, W., Lİ, K.J., XİAO, Y. (2008).
Association of genetic polymorphisms in selenoprotein GPX1 and TXNRD2 with
genetic susceptibility of gastric cancer. Chinese Journal of Preventive Medicine, 42:
511-514.
WANG, F., CHANG, D., HU, F., SUİ, H., HAN, B., Lİ, D., ZHAO, Y. (2008). DNA repair
gene xpd polymorphisms and cancer risk:a meta-analysis based on 56 case-control
studies. Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention, 17: 507–517.
197 WEİ, Q., CHENG, L., AMOS, C.I., WANG, L., GUO, Z, HONG, W.K., SPİTZ, M.R.
(2000). Repair of tobacco carcinogen –induced DNA adducts and lung cancer risk :a
molecular epidemiologic study. Journal of the Natıonal Cancer İnstitute, 92: 17641772.
WEİSS, J.M., WEİSS, N.S., ULRİCH, C.M., DOHERTY, J.A., CHEN, C. (2006).
Nucleotide excision repair genotype and the incidence of endometrial cancer: Effect of
other risk factors on the association. Gynecologic Oncology, 103: 891-896.
WERBROUCK, J., DE RUYCK, K., DUPREZ, F., VAN EİJKEREN, M., RİETZSCHEL,
E., BEKAERT, S., VRAL , A., DE NEVE, W., THİERENS, H. (2008). Singlenucleotide polymorphisms in DNA double-strand break repair genes: Association with
head and neck cancer and interaction with tobacco use and alcohol consumption.
Mutation Research, 656: 74-81.
WEYDERT, C.J., WAUGH , T.A., RİTCHİE, J.M., IYER, K.S., SMİTH, J.L., Lİ, L.,
SPİTZ, D.R., OBERLEY, L.W. (2006). Overexpression of manganese or copper–zinc
superoxide dismutase inhibits breast cancer growth. Free Radical Biology &
Medicine, 41: 226-237.
WİNSEY, S. L., HALDAR, N.A., MARSH, H.P., BUNCE, M., MARSHALL, S.E.,
HARRİS, A.L., WOJNAROWSKA, F., WELSHA, K.I. (2000). Variant within the
DNA Repair Gene XRCC3 Is Associated with the Development of melanoma skin
cancer. Cancer Research, 60: 5612-5616.
WOODSON, K., TANGREA, J.A., LEHMAN, T.A., MODALİ, R., TAYLOR, K. M.,
SNYDER, K., TAYLOR, P.R., VİRTAMO, J., ALBANES, D. (2003). Manganese
superoxide dismutase (MnSOD) polymorphism, a-tocopherol supplementation and
prostate cancer risk in the Alpha-Tocopherol, Beta-Carotene Cancer Prevention Study
(Finland). Cancer Causes and Control, 14: 513-518.
WOGAN, G.N., HECHT, S.S., FELTON, J.S., CONNEY, A.H., LOEB, L.A. (2004).
Environmental and chemical carcinogenesis. Seminars in Cancer Biology, 14: 473–
486.
WU, S., LEE, K., CHEN, C., LİN, C., TSENG, Y., MA, H., TSAİ, S. , TSAİ, L. (2010).
Epistasis of oxidative stress-related enzyme genes on modulating the risks in oral
cavity cancer. Clinica Chimica Acta, 411: 1705-1710.
XİNG, D., TAN, W., WEİ, Q., LİN, D. (2002). Polymorphisms of the DNA repair gene XPD
and risk of lung cancer in a Chinese population. Lung Cancer, 38: 123-129.
XİONG, P., BONDY, M.L., Lİ, D., SHEN, H., WANG, L., SİNGLETARY, S.E., SPİTZ,
M.R., WEİ, Q. (2001). Sensitivity to benzo (a) pyrene diol epoxide associated with
risk of breast cancer in young women and modulation by glutathione S- transferse
polymorphisms a case-control study. Cancer Research, 61: 8465-8469.
198 YAĞIZ, C., ADA, M., YENER, M., OĞUZ, F. (2002). Tükürük bezi habis tümörleri. Türk
Otolarengoloji Arşivi, 40: 265-268.
YALÇIN, Ş., GÖK, Ü., KAYGUSUZ, İ., SUSAMAN, N., KELEŞ, E., DEMİRBAĞ, E.
(2000). Parotis tümörlerinin preoperatif evrelenmesinde yardımcı tanı yöntemlerinin
etkinliği. Türk Otolarengoloji Arşivi, 38: 91-94.
YANG, J., LAM , E. W. N., HAMMAD , H. M., OBERLEY , T. D., OBERLEY,L. W.
(2002). Antioxidant enzyme levels in oral squamous cell carcinoma and normal
human oral epithelium. J. Oral Pathol. Med., 31: 71-7.
YANG, P., BAMLET, W.R., EBBERT, J.O., TAYLOR, W.R., DE ANDRADE, M. (2004).
Glutathione pathway genes and lung cancer risk in young and old populations.
Carcinogenesis, 25: 1935-1944.
YANG , E.S., MURPHY, B.M., CHUNG, C. H., NETTERVİLLE J. L., BURKEY , B.B.,
GİLBERT J., YARBROUGH , W.G., SİNARD , R., CMELAK, A.J. (2009).
Evolution of clinical trials in head and neck cancer.
Critical Reviews in
Oncology/Hematology, 71: 29-42.
YİN, J., Lİ, J., MA, Y., GUO, L., WANG, H., VOGEL, U. (2005). The DNA repair gene
ERCC2/XPD polymorphism Arg 156Arg (A22541C) and risk of lung cancer in a
Chinese population. Cancer Letters, 223: 219-226.
YU, H., WANG, X., SUN, X., SU, Y., WANG, Y., LU, B., SHİ, L., XİONG, C., Lİ, Y.,
Lİ, F., XU, S. (2004). Polymorphisms in the DNA repair gene XPD and susceptibility
to esophageal squamous cell carcinoma. Cancer Genetics and Cytogenetics, 154: 1015.
YU, L., VENKATARAMAN, S., COLEMAN, M.C., SPİTZ, D.R., WERTZ, P.W.,
DOMANN, F.E. (2006). Glutathione peroxidase-1 inhibits UVA-induced AP-2a
expression in human keratinocytes. Biochemical and Biophysical Research
Communications, 351: 1066-1071.
YÜCE, H., HEPSEN, I.F., TEKEDERELİ, I.,KESKİN, U.,ELYAS ,H.,AKYOL ,O. (2007).
Lack of association between pseudoexfoliation syndrome and manganese superoxide
dismutase polymorphism. Current Eye Research, 32: 387-391.
ZARBOCK, R., HENDİG, D., SZLİSKA, C. , KLEESİEK, K., GOTTİNG, C. (2007).
Pseudoxanthoma elasticum: genetic variations in antioxidant genes are risk factors for
early disease onset. Clinical Chemistry, 53: 1734-1740.
ZAVRAS, A.I., PİTİPHAT, W., WU, T., CARTSOS, V., LARN, A., DOUGLAS, C.W.,
DİEHL, S.R. (2003). Insulin like growth factor II receptor gene-167 genotype
increases the risk of oral squamous cell carcinoma in humans. Cancer Research, 63:
296-297.
199 ZELKO, I.N., MARIANI, T. J., FOLZ, R.J. (2002). Superoxide dismutase multigene
family: a comparison of the CUZN-SOD (SOD1), MN-SOD (SOD2), and EC-SOD
(SOD3) gene structures, evolution, and expression. Free Radical Biology & Medicine,
33: 337-349.
ZHOU, W., LİU, G., MİLLER, D.P., THURSTON, S.W., XU, L.L., WAİN, J.C., LYNCH,
T. J., SU, L., CHRİSTİANİ, D.C. (2002). Gene-Environment Interaction for the
ERCC2 polymorphisms and cumulative cigarette smoking exposure in lung cancer.
Cancer Research, 62: 1377-1381.
ZHUO, P., DİAMOND, A. M. (2009). Molecular mechanisms by which selenoproteins
affect cancer risk and progression. Biochimica et Biophysica Acta, 1790: 1546-1554.
204
ÖZGEÇMİŞ
Bireysel Bilgiler:
Adı:
Soyadı:
Doğum Yeri ve Tarihi:
Uyruğu:
Medeni Durumu:
İletişim Adresi ve telefonu:
Gülçin
KÖSE
Ankara 1981
T.C.
Evli
[email protected]
0 505 435 81 70
0 541 489 37 44
Eğitimi:
2005-
Ankara Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Farmasötik
Toksikoloji Anabilim Dalı, Farmasötik Toksikoloji Doktora
Programı
2003-2005
Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü, Biyoteknoloji
Anabilim Dalı, Temel Biyoteknoloji Yüksek Lisans Programı
1999-2003
Ankara Üniversitesi Eczacılık Fakültesi
1996-1999
Ömer Seyfettin Lisesi
Yabancı dili:
İngilizce
Yer aldığı projeler:
Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü tarafından desteklenen Proje no: 2001-K-120240
Ankara Üniversitesi Bilimsel Projeleri Koordinasyon Birimi. Adı: Antioksidan Gen
Polimorfizmlerinin Baş ve Boyun Kanserinde Araştırılması NO: 08B3336002
Katıldığı Kongreler: 1st. Congress of Molecular Medicine
35th. Annual Meeting of the European Environmental Mutagen
Society 2005, Environment and human genetic disease- causes,
Mechanisms and effects
8th. International Symposıum on Pharmaceutical Sciences.
Posterleri:
Süzen S, Yuce N, Guvenc G, Duydu, Y. 2005. Molecular Analysis of Dihydropyrimidine
Dehydrogenase and Thymidylate Synthase Gene Polymorphisms in a Turkish
Population. 44th Annual Society of Toxicology Meeting. March 6-10. New Orleans.
USA.
205
Güvenç G, Üstel D, Turanlı M, Cömert E, Duydu, Y, Süzen S. 2005. Genetic
Polymorphisms of GSTM1 and GSTT1 Genes in Head and Neck Cancers. 1st Congress
of Molecular Medicine. April 16-19. İstanbul. Turkey. Posters, s 411 (P-42).
Güvenç G, Üstel D, Turanlı M, Cömert E, Duydu Y, Süzen S. 2005. GSTM1 and GSTT1
Gene Polymorphisms and Larynx Cancer Risk in a Turkish Population. 35th Annual
Meeting of the European Environmental Mutagen Society. July 3-7. Kos Island,
Greece. Abstracts and participant list,s 89 (P-50).
Süzen HS, Yüce NN, Güvenç G, Duydu Y.2006. Allele and genotype frequencies of
DPYD*2A and TYMS in a Turkish population. From Genes to Patients: New
Perspectives on Personalised Medicines International Symposium Wednesday. 5th
July. Warwick. UK.
Güvenç G, Turanlı M, Cömert, Demirbaş P, Süzen HS. 2006. Genetic Polymorphism of
XPD Gene and head and neck cancer. 8th International Symposium on Pharmaceutical
Sciences (ISOPS-8., June 13-16. Ankara. Turkey. Proceedings and Abstracts, s 178 (P62).
Suzen HS, Guvenc G, Turanli M, Comert E, Duydu Y. 2007. XPD gene Lys751Gln
polymorphism in larynx cancer. 37th Annual Meeting EEMS. 9-13 September. Basel.
Switzerland.
Suzen S, Gucyener E, Turanli M, Kilic C, Kose G. CAT gene C(-262)T Polymorphism in
Oral Cancer. 2008. 45th Congress of the European Societies of Toxicology, October 58, Rhodes. Greece.Toxicology Letters. Vol 180, p 88.
Suzen HS, Gucyener E, Kilic C, Kose G, Duydu Y.2009. Polymorphısm of the antıoxıdant
gene CAT in laryngeal cancer. 10th ICEM. August 20-25. Firenze. Italy.
Yayınları:
SÜZEN, H.S., GÜÇYENER, E., SAKALLİ, Ö., UÇKUN , Z., KÖSE, G., ÜSTEL, D.,
DUYDU. Y. (2010). CAT C-262T and GPX1 Pro198Leu polymorphisms in a
Turkish population. Molecular Biology Reports, 37: 87-92.
SÜZEN, H.S., GÜVENÇ, G., TURANLI, M., CÖMERT, E., DUYDU, Y., ELHAN, A.
(2007). The role of GSTM1 and GSTT1 polymorphisms in head and neck cancer
risk. Oncology Research, 16: 423-429.
SÜZEN, H.S., YÜCE, N., GÜVENÇ, G., DUYDU, Y., ERKE, T. (2005). TYMS and
DPYD polymorphisms in a Turkish population. Eur J Clin Pharmacol, 61: 881-885.
Aldığı Burslar:
TÜBİTAK BİDEB; Tübitak yurt içi doktora burs programı. 2006-2010
206
Yüksek Lisans Tezi:
Ecz. Gülçin GÜVENÇ, GSTM1 ve GSTT1 Polimorfizmlerinin Baş-Boyun Kanserlerinde
Araştırılması, Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Ankara, 2005.
Katıldığı Kurslar ve Seminerler:
16-19 Nisan 2005
Reprodüktif Tıp ve Real- time PCR Klinik Uygulaması Kursu
16-19 Nisan 2005
Kök Hücre Kursu
15 Haziran 2005
Laboratuvar Güvenliği Eğitim Programı
08-09 Kasım 2005
II. Ulusal NBC sempozyumu, Ankara.
21-22 Kasım 2005
Moleküler Yaşlanma Çalıştayı, Ankara
12 Aralık 2005
Farmakogenetik Polimorfizm: Toksikolojik
ve Farmakolojik
Önemi, mini sempozyumu
28-29 Kasım 2006
Belirsizlik Hesapları, Ulusal Metroloji Enstitüsü, Tübitak
24-26 Eylül 2007
İnternal Auditing in Laboratories, implementing ISO/IEC 17025