FII PROTHROMBIN REAL TIME PCR KĐTĐ Kat. No: SNPFII GĐRĐŞ SAKLAMA KOŞULLARI Prothrombin, pıhtılaşma mekanizmasında önemli olan trombinin öncü maddesidir. • Tüm bileşenler – 20°C de ve karanlıkta saklanmalıdır. Prothrombin genindeki 3’ untranslated bölgesinde 20210 pozisyonunda yer alan • Tüm bileşenler, ürün kutusunun üzerinde belirtilen son kullanma tarihine tek nokta baz değişimi (G>A) otozomal dominant bir polimorfizmdir. Bu kadar kullanılabilir. mutasyon venöz trombozis riskini arttırmaktadır. • Sürekli eritip çözdürmek, ürünün hassasiyetinde azalmalara neden olabilir. TEST SĐSTEMĐNĐN PRENSĐBĐ DNA ĐZOLASYONU Test prensibi, Taq DNA polimerazın 5’-3’ exonuclease aktivitesine dayanmaktadır. Örnekler steril, EDTA’lı (mor kapaklı) tüplere alınmalı, örnek alındıktan sonra Probun 5’ ucunda bir reporter boya ve 3’ ucunda da bir quencer boya kanın pıhtılaşmasına engel olmak amacı ile tüp hafifçe karıştırılmalıdır. Alınan kan bulunmaktadır. Quencer boya reporter boyanın ışımasını baskılamakta aynı örnekleri izolasyon aşamasına kadar +4°C’de saklanmalı, kan örnekleri bir aydan zamanda da probun primer gibi davranarak uzamasına engel olmaktadır. PCR fazla bir süre bekletilecek ise -20°C’de muhafaza edilmelidir. esnasında enzim aktivitesi ile birlikte reporter ve quencer arasında bulunan prob Sistemimiz, MN NucleoSpin®Blood kitine göre optimize edilmiştir. Đzolasyonun parçalanarak ayrılır, baskılanmanın ortadan kalkmasıyla ışıma meydana gelir. Bu son aşamasında, elde edilen DNA’ nın 150 µl elüsyon solüsyonu ile işlem sadece hedef bölge üzerinde hibridize olmuş problarda gerçekleşir. sulandırılması tavsiye edilmektedir. Amplifikasyon miktarı arttıkça, reporter boyanın açığa çıkmasıyla birlikte ışıma doğrusal olarak artmakta ve bu artış cihaz tarafından eş-zamanlı olarak tespit TEST PROSEDÜRÜ edilmektedir. • Mutasyonun normal ve mutant master miksleri ayrı ayrı tüplerde hazırlanmalıdır. ÜRÜN ÖZELLĐKLERĐ • Her hasta için mutasyon bölgesine uygun, patenti alınmış Normal ve Mutant olmak üzere iki master miks çalışılır. Sistem patenti alınmış SNP analizinde Bir örnek için, her optik kapaklı strip veya tüpe, 20,5 µl master miks ve 0,3 µl Hot Start Taq DNA Polimeraz kullanılır. • kullanılan 5’ nükleaz PCR için özel olarak hazırlanmış kullanıma hazır kimyasalları Daha sonra 4,5 µl (~10-100 ng) örnek DNA ‘sı her tüpe ayrı ayrı konulur. sağlamaktadır. Sistem, ilgili mutasyonlara uygun sekans spesifik primerler ve • Hafifçe pipetlenerek karıştırılır ve aşağıda belirtilen programla çalıştırılır. prob için hazırlanmıştır. • Birden fazla örnek için, Master miks, Hot Start Taq ve aktivatör çalışılacak Sistem iki farklı primer-prob seti içermektedir. Mutasyon analizleri için FAM örnek sayısı ile çarpılmalı, gerekli miktarda normal ve mutant master miks işaretli, sistemin doğru şekilde çalışıp çalışmadığını kontrol eden internal kontrol ilgili tüplere aktarılmalı ve gerekli miktarda Hot Start Taq DNA Polimeraz analizi için ise HEX/JOE boyası ile işaretli prob kullanılmaktadır. eklenmelidir. Taq DNA Polimeraz’ ın her tüpe eşit dağılması amacı ile striplere dağıtmaya başlamadan önce pipetlenerek iyice karıştırılması SĐSTEM ĐÇERĐĞĐ Bileşen • FII Normal PCR Master Miks • FII Mutant PCR Master Miks • Hot Start Taq DNA Polimeraz • Kontrol DNA gerekmektedir. Daha sonra striplere 20.5’ar µl master miks dağıtılır ve DNA 20 Test 430 µl 430 µl 25 µl 20 µl lar ayrı ayrı konulur. PCR PROGRAMI 95 °C 10 Dk. 95 °C 15 Saniye 60 °C 1 Dk. 32 Döngü 60 °C’de floresan boya olarak FAM ve HEX/JOE seçilmelidir. Eğer; • ABI Prism® sistemi kullanıyorsanız, lütfen pasif referans olarak “none” seçeneğini seçiniz. • Mx3000p/Mx3005p kullanıyorsanız, seçiniz. Bu sistemin çalışabileceği cihazlar; ABI Prism ® 7000/7300/7500/7900 Mx3000P/Mx3005P Smart Cycler II, iCyler iQ™4 / iQ™5 Roche LightCycler® 480 System lütfen referans boya olarak “rox” u ANALĐZ PCR işlemi bittikten sonra, sonuçlarınızı FAM ve HEX/JOE boyasında analiz edebilirsiniz. Aşağıdaki analiz resimleri ABI7500 cihazına aittir. Đnternal Kontrol pikleri HEX/JOE boyası ile analiz edilmelidir. DNA eklenmiş tüm kuyularda internal kontrol pikleri gözlenmelidir. CT değeri ise 22 ≤ ct ≤ 26 aralığında olmalıdır. OLASI PROBLEMLER Eğer internal kontrol çalışmıyorsa, • DNA eksikliği, • Hot start Taq DNA Polimeraz eksikliği veya yetersizliği, • Test’te inhibitör varlığı söz konusudur. Eğer pikler geç başlıyorsa, Öncelikle örneklerinizin piklerini pozitif kontrol DNA pikleri ile karşılaştırın. Eğer pozitif kontrol DNA da bir sorun yoksa, • Örneğinizin DNA’sı saf değildir veya az miktarda inhibitör içeriyor olabilir. • Yeterli miktarda DNA elde edememiş olabilirsiniz. Daha fazla soru ve problem için, lütfen Ar - Ge bölümü ile temasa geçiniz. Mutasyon değerlendirmesi FAM boyası ile analiz edilmelidir. Bu aşamada cihazınıza uygun olarak yapılması gereken analiz ayarlar hakkında [email protected] adresinden bilgi alabilirsiniz. Bu boyada görülmesi gereken CT değer aralığı ise 21 ≤ ct ≤ 25 dir. Bu değer, kullanılan DNA konsantrasyonuna bağlı olarak 2-3 siklus öne veya arkaya kayabilmekle birlikte, güvenilir bir sonuç için bu değerler arasında elde edilen pik değerleri kabul edilmektedir. UYARILAR • Saklama koşullarına uygun olarak saklanmalıdır. • Oda sıcaklığında unutulmuş PCR master miksleri kullanılmamalıdır. • PCR master miksi oda sıcaklığında tamamen eritilip, baş aşağı edilerek hafifçe karıştırıldıktan sonra tüplere bölünmelidir. • Master miksler tüplere bölündükten sonra Hot Start Taq DNA Polimeraz ve DNA eklenerek hemen PCR işlemine geçilmelidir. Aynı şekilde heterozigot bir örnek için normal ve mutant piklerden elde edilen ct değerleri arasında ki fark en fazla 3 siklus olmalıdır. Fark 7 siklustan fazla ise geriden gelen pik ihmal edilbilmekte, fakat normal ve mutant pikler arasında ki ct değerinin 4 ≤ ct ≤7 olduğu durumlarda testin tekrar edilmesi önerilmektedir. • Belirtilenden fazla Hot Start Taq DNA Polimeraz koyulmamalıdır. • Yukarıda belirtilen PCR programı uygulanmalıdır. • PCR master miksleri vücut içinde kullanıma uygun değildir. Sadece belirtilen türlerin tespitinde vücut dışı test kiti olarak kullanılır. • PCR master mikslerin raf ömrü 6 aydır. Kullanmadan önce üretim tarihine dikkat edilmelidir. Düzenlenme Tarihi: 12.03.2012