r Jo,/Sa/,

GAZİ ÜNİVERSİTES|
BlLlMsEL ARAşTıRMA pRoJELERl lHTlyAç FoRMu
glnIııılve
aöı_ü[rü
Diş Hekimliği Fakültesi
Temel Dişhekimliği Bilim.
pRoJE yöNerIclslxlx eoı soyADı
pRoF.DR. FATMA seRRiı.ı ürısRı-
TEL:21262ro
GAzl
0N
-,Ç36 Er// 5a 3g fufi r
renlgl
No
23l02l2017
1
Jo,/Sa/,
ıVERSıTESı REıCöRLüĞü,ıı E
(Bitimsel Araştırma Projeleri Birimi)
,o3no1741, kodlu ve ,Peri-lmplantİts Hastalannda Tükürük S;fes B€|ırtodofl
Ve Enflamatıar Sİbldn Sevİyderinln
/ malzemenin
Değerlendirilmosi,konulu projem için zorunlu olan aşağıda cinsi, miktarı ve özellikleri Yazılı toPlam 2 kalem hizmetin
/ teçhizatın tahsis edilen ödenekten temin edi|mesi için bilgilerinizi ve gereğini arz ederim.
Sıra
No
Ma]zemenin Ginsi
Miktarı
öıçti
Özelliği
Birimi
1) Rna izo|asyon kiti;
50 örnekten RNA izolasyonuna imkan sağlayacak
miktarda olmalıdır. Kit içerik bilgileri;
a) Kit, Fenol ve guanidin tiyosiyonatln monofazik
solüsyonu olmalıdır.
b) DNA, RNA ve prÖtein izolasyonları için uygun
olmalıdır.
c) Kit, birim ambalajı 50ml olmak üzere 1 adet olacak
şekilde teslim ediImelidir.
d) Kültüre ediİmiş hücreden, dokudan veya kandan
izolasvon vaoılabilmelidir.
2)Örnek savlslna veterii riıiktarda CDNA sentez kiti;
a.ıkit nıın' d'an tek 2incirli cDNA sentezinde kullanıan
tüm reaktifleri içermelidir. Sentezlenen cDNA PCR
amplifikasyonu ve real-time PCR da kullanılabilecek
nitelikte olmalıdır.
b.Kit; cDNA sentezi için primer ve template DNA
haricinde başka malzeme gereksinimine ihtiyaç
duymamalıdır.
c.cDNA sentezinde kÜllanılan reverse transcriptase
enziminin RNA' ya bağlı DNA polimeraz aclivitesi,
DNA' ya bağh DNA polimeraz activitesi, çift zincir
cözümleme ve RNase H activitesi olmalıdır.
'
'
GEN EKsPREsYoN SET| 4GEN (4 ADET RTR
1
oATALoG ASSAY PRiMERPRoBE sETl VE 500
REAKSiYoNLUK MASTERMlX)
1
SET
d.Kit aşağıdaki reaktifleri içermelidir;
i.Transcriptor Reverse
ii.Transcriptase
iii.Transcriptor RT Reaction Buffer (5x)
iv.Protector RNase lnhibitor
v.Deoxynucleotide Mix
vi.Anchored-oIigo(dT) 1 8Primer
vii.Random Hexamer Primer
viii.Kontrol RNA
ix.Kontrol Primer Mix PBGD
x.Su, PCR-grade
e.Kit minimum 50 reaksiyon yapabilmelidir.
f.Kit, High Fideli§ özellikli olmalı ve 1ng-4tıg arasındaki
konsantrasyona sahip tüm RNA'lan cDNA ya
çevirebilmelidir.
g.Kitin çalışma süresi 45 dk yı geçmemelidir.
h.LiqhtCylcer real-time PCR cihazına ve primer setine
"uygÜn master miks ve plateler istenrİıektedir.
3)priıııer dizileri ve özellikleri son kullanıcı tarafından
çİlısma öncesi firmaya bildirilecektir. Dizayn edilecek
oİimör-orobe setleri körtizol, alfa,amilaz, beta-endorfin,
'kromoğranin-A ve ACTB gen bölgelerine özgü olmalı
ve içerik olarak aşağıdaki gibi olmalıdır.
a.Probe-prımer mix, 300 reaksiyon çalışabilmelidir
b.Problar, LightCycler Real Time PCR cihazlarında
Sıra
No
Malzemenin cinsi
Miktarı
öıçu
Özelliği
Blrimi
çalışma için optimizde edilmiş olmalıdır.
c.Problar, internet üzerinden dizayn edilebiImeli ve
primer-probe karışım halinde gelmeli.
d.çalışma sırasında primer-probe için tekrar bir
konsantrasyon ayarı yapmaya gerek duyulmamalıdır.
e.Probe un kalıp DNA ya bağlanma sıcaklığı 60
dereceye optimize edilmiş olmalldlr.
f.Probe, FAM i|e işaretlenmiş yaklaşık 8-9 baz lık
oligonükleotid dizisi olmalı ve TaqMan probe gibi
çalışmalıdır.
s.
4)Çalışma süresince yeterli miktarda Probe Master
Miks;
a.Kit LightCycler cihazına uyumlu olmalıdır.
b.Absolute ve Relative Quantification analizi yapmayı
sağlayacak hotstart özellikli PCR master mixi
olmalıdır.
c.Gen ekspresyonu ve kantitasyon çalışmaIar|nda
kullanıma uygun olma|ıdır
d.Hidroliz (TaqMan) probu ve Universal Probe Library
problarıyla kullanıma uygun olmalıdır.
e.Kit'e dışarıdan sadece probe, primer ve kalıp DNA
Veya cDNA eklemek gerekmektedir
f.Kit 2x Konsantrasyon da olmalıdır
g.Optimizasyonu için ekstra MgC12 eklenmesi
gerekmemelidir.
h.Kit 500 reaksiyon için yetecek miktarda olmalıdır.
5)Çalışmanın başında, ilgili firma tarafından uygulama
desteği mutlaka verilmelidir.
|
|
l
1) Rna izolasyon kiti;
50 örnekten RNA izolasyonuna imkan sağlayacak
miktarda olmalıdır. Kit içerik bilgileri;
a) Kit, Fenol ve guanidin tıyosiyonatın monofazik
solüsyonu olmalıdır.
b) DNA, RNA ve protein izolasyonları için uygun
olma|ıdır.
c) Kit, birim ambalajl SOml olmak üzere '1 adet olacak
şekilde teslim edilmelidir.
d) Kültüre ediimiş hücreden, dokudan veya kandan
..
izolasyon yapılabilmelidir.
2)Ornek sayısına yeterli miktarda cDNA sentez kiti;
a.Kit RNA'dan tek zincirli cDNA sentezinde kullanıan
tüm reaktifleri içermelidir. Sentezlenen cDNA PCR
amplifikasyonu ve real-time PCR da kullanılabilecek
nite|ikte olmalıdır.
b.Kit; cDNA sentezi için primer ve template DNA
haricinde başka malzeme gereksinimine ihtiyaç
duymamalıdır.
c.cDNA sentezinde kullanılan reverse transcriptase
enziminin RNA' ya bağlı DNA polimeraz activitesi,
DNA'ya bağlı DNA polimeraz activitesi, çift zincir
çözümleme ve RNase H activitesi olmalıdır.
d.Kit aşağıdaki reaktifleri içermelidir;
2
GEN EKsPREsYoN sETi 3GEN (4 ADET RTR
CATALOG AssAY PRiMERPRoBE sETi VE 10oo
REAK. MASTERMlX)
1
SET
i.Transcriptor Reverse
ii.Transcriptase
iii.Transcriptor RT Reaction Buffer (5x)
iv.Prolector RNase lnhibitor
v.Deoxynucleotide Mix
vi.Anchored-oligo(dT) 1 8Primer
vii.Random Hexamer Primer
viii.Kontrol RNA
ix.Kontrol Primer Mix PBGD
x.Su, POR-grade
e.Kit minimum 100 reaksiyon yapabilmelidir.
f.Kit, High Fidelity özellikli olmalı ve 1ng-4pg arasındaki
konsantrasyona sahip tüm RNA'ları cDNA ya
çevirebilmelidir.
g.Kitin çalışma süresi 45 dk yı geçmemelidir.
h.LightCylcer real-time PCR cihazına ve primer setine
uygun master miks ve plateler istenmektedir.
3)Primer dizileri ve özellikleri son kullanıcı tarafından
çalışma öncesi firmaya bildirilecektir. Dizayn edilecek
primer-probe setleri lFN-alfa, lL-'tbeta, lL-6 ve ACTB
gen bölgelerine özgü olmalı ve içerik olarak aşağıdaki
gibi olmalıdır.
a.Probe-primer mix, 300 reaksiyon çalışabilmelidir
b.Problar, LightCycler Real Time PCR cihazlannda
çalışma için optimizde edilmiş olmalıdır.
c.Problar, internet üzerinden dizayn edilebilmeli ve
primer-probe karışım halinde gelmeli.
d.çalışma sırasında primer-probe için tekrar bir
konsantrasyon ayaı yapmaya gerek duyulmamalıdır.
e.Probe un kalıp DNA ya bağlanma sıcaklığı 60
dereceye optimize edilmiş olmalıdır.
f.Probe, FAM ile işaretlenmiş yaklaşık B-9 baz lık
oligonükleotid dizisi olmalı ve TaqMan probe gibi
çalışmalıdır.
s.
4)Ça|ışma süresince yeterli miktarda Probes Master
Miks;
a.kit Liqhtcvcler cihazlna uvumlu olmalıdlr.
Sıra
No
Malzemenin cinsi
Miktarı
Ölçü
Birimi
Özettiği
b.Abso|ute ve Relative Quantification analizi yapmayı
sağlayacak hot-start özellikli PCR master mixi
olmalıdır,
kantitasyon ça|ışmalarında
c.Gen ekspresyonu
' kuİlanımave uygun
olmalıdır
d.Hidroliz (TaoMan) probÜ ve Universal Probe Library
orÖblaİıyla kÜllanıma uygun olmalıdır.
e.Kit'e dısarıdah sadece probe, primer ve kalıp DNA
veya cDNA eklemek gerekmektedir
f.(it 2x Konsantrasyon da olmalıdır
g.optimizasyonu için ekstra MgC|2 eklenmesi
gerekmemelidir.
h.Kit 5o0 reaksiyonluk paketlerde 1000 reaksiyona
yetecek-miktarda teslim edilmelidir,
5)calısmada kullanılacak kapiller
;
a.2Oul hacimii. 1.5 mm dış Çapll polipropilen başlıklı ve
konİaminasyon riskini azaitacak bir kapağı gl.matld.!|.
b.Kaoaklaİkapiller kutusu içinde steril şekilde dizili
olmalıve Lc cihazı ile birlikte verilen otomatik bir alet
yardımıyla rahatlıkla yerleştirilmelidir.
c.PCR performansının ve optimal floresan
transmisvonuhun sağlanabilmesi için yüksek kaliteli bir
borisiİkat cam kuİanılmış olması gerekmektedir.
d.Bir kolide 96 kapiler ve kapak içeren S'li kutular
halinde olmalıdır.
e.LightCycler Real-Time PCR cihazı kapiller modeli ile
kullanıma uygun olmalıdır.
'
6)Calışmanın başında, ilgili firma tarafından uygulama
desteği mutlaka verilmelidir