Türkiye Soy Gruplarının Multipleks PZR ile

www.sumae.gov.tr/yunus
ISSN 1303-4456
Yunus Araþtýrma Bülteni 2013 (1):1-8
Kahverengi Alabalýkda Genetik Yaklaþýmlý
Anaç Yönetimi;Türkiye Soy Gruplarýnýn Multipleks PZR ile Belirlenmesi
Þirin FÝRÝDÝN1*, Oðuzhan EROÐLU1, Zehra Duygu BAK1
1
Su Ürünleri Merkez Araþtýrma Enstitüsü Müdürlüðü-Trabzon
e-posta: [email protected], [email protected],
[email protected]
GeliþTarihi: 26.04.2012
Kabul Tarihi: 06.12.2012
Abstract
Genetic Aspect of Brood Stock Manegment in Brown Trout; Identification of Strain in Turkey by Multiplex PCR
In recent years, molecular studies of fishes such techniques has been widely used for diagnosis and determination of the origin.
One of these branches broodstock management applications. For this purpose, the selection of stocks mixed broodstock
according to methods conventionally used in the multiplex PCR method faster and more sensitive. In thisstudy the nurse as a
candidate that is kept different farms Brown trout tail part of 2-3 cm of tissue. Examples are 1.5ml tubes of 98% with ethanol is
retained. It is made using DNA extraction consistent with commercial kits. PCR amplified with primers specific to groups using
them mtDNA line ages in dloop gel images obtained from the Danube and the Adriatic line age group for a group of 410 bp and
150 bp product size were determined respectively. As a result, the 5-line age group of Brown trout in these cond line age group in
Turkey were determined by multiplex PCR. Aquaculture is a fast method for the determination of the stocks mixed broodstock.
However, determining the effectiveness of Turkey increased haplo type native trout.
Keywords: Brown trout, Multiplex PCR, Broodstock managment, Turkiye
Özet
Son yýllarda balýklarýn tür teþhisinde ve orijin belirlenmesi çalýþmalarýnda moleküler teknikler yaygýn olarak kullanýlmaktadýr.
Bu kullaným alanlarýndan bir tanesi de anaç yönetim uygulamalarýdýr. Bu amaçla öncelikle karýþýk anaç stoklarýnýn
seçilmesinde multipleks PZR yöntemi geleneksel olarak kullanýlan metotlara göre daha hýzlý ve hassastýr. Bu çalýþmada farklý
çiftliklerde anaç adayý olarak tutulan Kahverengi alabalýklarýn kuyruk yüzgeçlerinden 2-3 cm'lik doku parçasý alýnarak
yapýlmýþtýr. Alýnan örnekler 1,5 ml'lik tüplere konularak %98'lik etanolde muhafaza edilmiþtir DNA eldesi ticari kitler
kullanýlarak yapýlmýþtýr. PZR kullanýlarak mtDNAdloop bölgesi soy gruplarýna özgü primerler ile çoðaltýlarak elde edilen jel
görüntülerinden Tuna soy grubu için 410 bp ve Adriyatik soy grubu için ise 150 bplik ürün boyu belirlenmiþtir. Sonuç olarak
Kahverengi Alabalýklar da bulunan 5 soy grubundan Türkiye'de bulunan 2 soy grubu multipleks PZR yöntemi ile belirlenmiþtir.
Yetiþtiricilik de karýþýk anaç stoklarýnýn belirlenmesinde hýzlý bir yöntemdir. Fakat Türkiye doðal alabalýk haplotiplerinin
belirlenerek etkinliði artýrýlmalýdýr.
Anahtar Kelimeler: : Kahverengi Alabalýk, multipleks PZR, anaç yönetimi, Türkiye
Giriþ
Alabalýklar deniz ve tatlýsularda daðýlým
gösterirler ve Avrupa ve Kuzey Afrika'da yaygýn
olarak bulunurlar. Kahverengi alabalýk (Salmo
trutta L.), somon (Salmo salar), kaynak/Alp
alasý(Salvelinus fontinalis, Salvelinus alpinus)
ve diðer alabalýk türleri gibi Salmonidae
familyasýna dâhil bir türdür. Yüksek derecede
© Su Ürünleri Merkez Arastýrma Enstitüsü Müdürlügü, Trabzon
politipik tür olduðu düþünülür. Bu nedenle
ekolojik ve fenotipik farklýlýklarýna baðlý olarak
önceleri deðiþiktürler, alt türler ve morflar
altýnda sýnýflandýrýlmýþtýr. Salmonidae ailesinin
diðer bireyleri gibi, kahverengi alabalýklar da
anadrom (Deniz alasý) ve anadrom olmayan
formlara sahiptir.
Firidin vd. / Yunus Arþ. Bül. 2013 (1): 1-8
Son 20 yýl içerisinde genetik çeþitliliðin
belirlenmesi için çok çalýþma yapýlmýþtýr ve
birçok belirteç kullanýlmýþtýr. MtDNA ile yapýlan
önceki çalýþmalar göstermiþtir ki Alabalýklarda
(Pleistocene döneminde büyük oranda allopatrik
olarak) Atlantik (AT), Tuna (DA), Akdeniz
(ME), Marmoratus (MA) ve Adriyatik (AD)
olmak üzere 5 ana evolüsyon soyu bulunmaktadýr (Bernatchez vd., 1992).
Fakat çeþitli insan aktiviteleri sonucunda
birçok popülasyonu karýþmýþtýr. Yalnýz soyguruplarý deðil soy içerisinde de karýþmalar
olmuþtur. Buda lokal popülasyonlarýn genetik
yapýsýný bozmuþtur ve stoklar arasý genetik
varyasyonun azalmasýna neden olmakla birlikte
hibridizasyon görülmektedir (Hansen, 2002;
Çiftçi vd., 2002; Eroðlu vd., 2011a).
Özellikle yetiþtiricilik faaliyetleri kapsamýnda, balýklar bir yerden baþka bir yere
taþýnmakta ve hatta ülke dýþýndan yumurta
getirilmektedir. Tam kontrollü olmayan ortamlarda balýklar doðaya kaçabilmekte ya da kültür
ortamýnda üretimde kullanýlmaktadýr. Bu
durumlarda doðal populasyonlar ile yakýn
özelliðe sahip bireyler arasýnda hibridizasyon
sýklýkla görülebilmektedir. Dünyada ve
Ülkemizde son yýllarda Kahverengi alabalýklarla
kültür çalýþmalarý yürütülmektedir. Ülkemizde
kültürü yapýlan kahverengi alabalýklarýn baþýnda
Karadeniz Alabalýðý S. trutta labrax gelmektedir.
Deniz alabalýðý tam olarak Karadeniz'de daðýlýmý
bilinmemekle birlikte Karadeniz'e dökülen
birçok akarsuda bu alttürün bulunduðu
düþünülmektedir. Bununla birlikte lokal izole
popülasyonlarýn kalmýþ olmasý ihtimali göz ardý
edilmemelidir.
Anaç yönetimi planlanýrken elde tutulan
anaçlarýn genetik yapýsýnýn bilinmesi bizlere
orijini ve genetik varyasyonu gibi bazý
özelliklerinin bilinmesini saðlar. Genetik analizlersonucunda elde edilen temel çýktýlar ile ancak
saf bir hat elde edilebilir ve bu hattýn genetik
çeþitliliði korunarak devamýnýn nasýl saðlanacaðýna karar verilir. Bir kýsým balýk anaç
içerisinde ayrýlýr yada yeni bireyler anaç adayý
olarak tutulur.
Moleküler belirteç teknolojisi su ürünlerinde de hastalýktan, yetiþtiriciliðe, balýkçýlýktan gýdaya kadar çok farklý amaç için kullaným
imkaný bulmuþtur.
Doðal stok yapýlarýnýn
analizi, canlý türleri arasýndaki genetiksel
farklýlýðýn belirlenerek taksonomi veya
sistematik çalýþmalar, kültür balýkçýlýðýnda ýslahseleksiyon gibi uygulamalar, gen kaynaklarýnýn
karakterize edilmesi ve gýda ve orijin tespitine
yönelik yeni yöntemler ortaya koymuþtur. Ayrýca
bir ortama sonradan sokulan türler gibi
faaliyetlerin genetik farklýlýk üzerine etkisini
belirlemeye yönelik çalýþmalar yapýlmaktadýr.
Su ürünlerinde tür ve orijin tespitinde kullanýlan
protein tabanlý klasik metotlar artýk yerini
genomik DNA ve mtDNA üzerindeki
bölgelerde; RT-PCR, RFLP, mikrosatellit, SNP
ve DNA baz dizilimi gibi moleküler tekniklere
býrakmaktadýr. Bu yöntemlerle taze, dondurulmuþ ve hatta protein denatürasyonu gerçekleþmiþ konserve, tuzlama, tütsüleme gibi iþleme
süreçlerine tabi tutulmuþ örneklerin hangi
orijinden olduðu rahatlýkla tespit edilebilir. Su
ürünlerinde genetik kaynaklarýn kontrol altýnda
tutulmasý ve korunmasý için uygun genetik
belirteçlerin kullanýmý büyük bir öneme sahiptir
(Eroðlu vd., 2011b).
Materyal-Metot
Bu çalýþmada; Fýrat Nehri, Uzun Göl,
Seyhan Nehri, Ceyhan Nehri, Aras Nehri
kollarýndan ve bir yetiþtiricilik tesislerinden
(Trabzon) örneklemeler yapýlmýþtýr. Balýðýn
kuyruk yüzgecinden 2-3 cm'lik doku alýnarak
balýða zarar verilmeden uygulanan örnekleme
metodu kullanýlmýþtýr. Alýnan doku % 98'lk
etanol içerisinde DNA elde edilene kadar
saklanmýþtýr.
Firidin vd. / Yunus Arþ. Bül. 2013 (1): 1-8
Þekil 1. Örnekleme bölgesi.
Toplam DNA ticari kitler (QIAamp DNA
mini kit ile QIAcube DNA ekstraksiyon
cihazýnda) kullanýlarak izole edilmiþtir. DNA
örneklerinin konsantrasyonu ve saflýðýnýn
tahmini UV/visible spektrofotometre (BIO-RAD,
The Smart Spec Plus) kullanýlarak, 260 ve 280 nm
dalga boyunda optik yoðunluðunun okunmasýyla
yapýlmýþtýr.
Multipleks-PZR
Kahverengi Alabalýktan kuyruk dokusundan elde edilen toplam DNA içeresinden
mitokondriyal DNA'nýn tRNApro-Dloop bölgesi
Kahverengi Alabalýklarýn 5 soy grubuna ait olan
spesifik primer setleri (ileri veya geri yönlü)
kullanýlarak(Tablo 1) Thermal Cycler (BIORAD) yardýmýyla çoðaltýlmýþtýr. PZR iþlemi, her
bir örnek DNA'sý 1µl ile birlikte 20 µl'lik PZR
Tablo1: Primer isimleri, soy ve sekans bölgeleri
(Polimerize Zincir Reaksiyonu) karýþýmýyla
yürütülmüþ ve sýrasýyla;1 µl (10 pm) forward
primerler (16C,41T,128A,212C,278C) ve 1µl (10
pm) reverse primer (Common R), 10µl PZR
Master Mix 2x (QIAGEN) ve 6,5µl ddH2O
karýþýmýndan oluþan solüsyon hazýrlanmýþ ve
PZR tüplerine daðýtýlmýþtýr. Oluþturulan farklý
karýþýmlar; 95ºC de 5dk ilk denatürasyon, 95ºC de
30sn, 54ºC de 90sn, 72ºC de 30 sn olacak þekilde
28 kez döngü ve son olarak 60ºC de 30dk
bekleterek gerçekleþtirilmiþtir. PZR arttýrýlmasýnýn sonucu 5µl ürün 1xTBE tampon sistemi
ve %1,5'lik agaroz jelde yürütülmüþ, etidyum
bromidle boyanarak UV illüminatörle görüntülenmiþ ve kontrol edilmiþtir(Þekil1). Jel görüntüleri jel dokümantasyon sistemi (Biostep,
Darkhood DH 30/32) ve termal yazýcý (Mitsibushi
PS1D) kullanýlarak kaydedilmiþtir.
Firidin vd. / Yunus Arþ. Bül. 2013 (1): 1-8
Sonuçlar ve Tartýþma
Kahverengi alabalýklar geniþ bir yayýlým
alaný göstermekte ve sistematik sýnýflandýrmasý
kiþilere ve bölgelere göre farklýlýk arz etmektedir. Özellikle de Türkiye popülasyonlarýnda tür
ve alt tür düzeyinde sýnýflandýrmanýn yanýnda
soy hattý düzeyinde de yapýlan farklý sýnýflandýrmalar kullanýlmaktadýr. Bu çalýþmada
göstermiþtir ki multipleks PZR yöntemi ile
Türkiye'de ki 2 ana filogenetik mitokondriyal
soy grubu baþarýlý bir þekilde belirlenmiþtir.
Multipleks PZR sonucuna göre; 2 soy
grubunu2 farklý boyda Adriyatik 150 bp (Seyhan,
Ceyhan ve Fýrat) ve Danubian-Tuna 410 bp
(Uzungöl, Aras ve Altýntaþ Tesisi) örneklerinden
tespit edilmiþtir (Þekil 2).
Þekil 2. PCR ürün boylarý Tuna ve Adriyatik.
Bernatchez vd.(1992)'nýn geniþ bir
coðrafyada yaptýðý çalýþmada, mtDNA'nýn D
loop bölgesi nükleotit dizisi temel alýnmýþ ve beþ
önemli filocoðrafik soy hattýnýn varlýðý ortaya
çýkarýlmýþtýr. Bu güne kadar yapýlan çalýþmalar
göstermektedir ki Kahverengi alabalýklar geniþ
bir yayýlým alaný göstermekte ve sistematik
sýnýflandýrmasý kiþilere ve bölgelere göre
farklýlýk arz etmektedir. Özellikle de Türkiye
popülasyonlarýnda tür ve alt tür düzeyinde
sýnýflandýrmanýn yanýnda soy hattý düzeyinde de
yapýlan farklý bir sýnýflandýrma kullanýlmaktadýr.
Kahverengi alabalýklarýn geniþ daðýlým
alanlarýndaki kompleks evrimsel tarihleri,
mtDNA farklýlýðýnýn analiziyle çalýþýlmýþtýr.
Bernatchez (2001)'in kapsamlý araþtýrmasý
pleistosen (buzul dönem) dönemindeki coðrafik
izolasyon sonucunda baðýmsýz olarak 5 ayrý ýrkýn
oluþtuðunu ve bu ýrklarýn allopatrik olarak
kaldýðýný doðrulamýþtýr. Ýlk ayrýþma üç ana drenaj
havzasý arasýndaki allopatrik fregmantasyonu
içermektedir. Bunlar: Atlantik ýrký, Tuna
(Karadeniz-Hazar) ýrký ve Akdeniz ýrký'dýr. Bu
bölünme, Akdeniz havzasý içinde eþ zamanlý
olarak Akdeniz, Marmoratus ve Adriyatik ýrklarý
þeklinde farklýlaþmayla devam etmiþtir. Kahverengi alabalýk kompleksi içinde en önemli
genetik bölünme, ana iklimsel deðiþimlerle ve
buzullaþma sonucunda Avrupa'da oluþan havza
izolasyonlarý ile iliþkilidir. Fiziksel izolasyonlara
ilave olarak biyolojik faktörler de hibridizasyon
ve daðýlýmlarýnýn sýnýrlanmasýnda etkili olmaktadýr (Bernatchez, 2001).
Son buzul döneminde alabalýk soy
hatlarýnýn coðrafik izolasyonu, soy hatlarý
arasýnda kýsmi genetik uyuþmazlýðýn geliþmesine yol açmýþtýr. Genetik uyuþmazlýk nedeni ile
saf ýrk yavrular ile hibritler karþýlaþtýrýldýðýnda,
hibritler arasýnda çok yüksek embriyonik ölüm
oraný görülmüþtür (Lu ve Bernatchez, 1998). Her
bir ýrkýn evrimsel tarihi habitatýn yok olmasý
üzerine buzullaþmanýn farklý enlemsel etkileriyle
þekillenmiþtir.
Tuna ýrkýnýn atasal merkezi olarak
Karadeniz'in drenaj havzasý kabul edilir. Diðer
üç ýrk için coðrafik daðýlýmýn farklý yapýsý,
yerleþilen Akdeniz barýnak havzalarýný geniþ
olarak doðrular. Bu alanlar: Güneybatý (ÝberoAkdeniz), Merkez (Adriyatik-Akdeniz veya
Ýtalyan) ve Doðu (Balkanlar-Anadolu) barýnak
alanlarýdýr. Akdeniz ýrký baskýn olarak Batý
havzasý akýntýsý ile iliþkilidir. Marmoratus ýrký
temel olarak Po ýrmaðý havzasýnda sýnýrlýdýr.
Fakat Hýrvatistan ve Slovenya'dan gelen ana
drenajlarý içermektedir. Adriyatik ýrký ise Balkan
ve Anadolu ýrký orijinlidir (Bernatchez, 2001).
Firidin vd. / Yunus Arþ. Bül. 2013 (1): 1-8
Son buzul döneminde alabalýk soy
hatlarýnýn coðrafik izolasyonu, soy hatlarý
arasýnda kýsmi genetik uyuþmazlýðýn geliþmesine yol açmýþtýr. Genetik uyuþmazlýk nedeni
ile saf ýrk yavrular ile hibritler karþýlaþtýrýldýðýnda, hibritler arasýnda çok yüksek
embriyonik ölüm oraný görülmüþtür (Lu ve
Bernatchez, 1998). Her bir ýrkýn evrimsel tarihi
habitatýn yok olmasý üzerine buzullaþmanýn
farklý enlemsel etkileriyle þekillenmiþtir.
Tuna ýrkýnýn atasal merkezi olarak
Karadeniz'in drenaj havzasý kabul edilir. Diðer
üç ýrk için coðrafik daðýlýmýn farklý yapýsý,
yerleþilen Akdeniz barýnak havzalarýný geniþ
olarak doðrular. Bu alanlar: Güneybatý (ÝberoAkdeniz), Merkez (Adriyatik-Akdeniz veya
Ýtalyan) ve Doðu (Balkanlar-Anadolu) barýnak
alanlarýdýr. Akdeniz ýrký baskýn olarak Batý
havzasý akýntýsý ile iliþkilidir. Marmoratus ýrký
temel olarak Po ýrmaðý havzasýnda sýnýrlýdýr.
Fakat Hýrvatistan ve Slovenya'dan gelen ana
drenajlarý içermektedir. Adriyatik ýrký ise Balkan
ve Anadolu ýrký orijinlidir (Bernatchez, 2001).
Alabalýk popülasyonlarýna ait genetik
farklýlýkla birlikte daðýlýmýn coðrafik modelleri,
Pleistosen dönemindeki ilk çevresel koþullar ile
birleþtirildiðinde DA soy hattýnýn Karadeniz, AD
soy hattýnýn Balkanlar ve Anadolu Havzalarýyla
iliþkili drenajlardan köken aldýðý öne sürülmüþtür (Bernatchez, 2001).Ülkemizdeki doðal
alabalýklar Balýk (1988) ve Geldiay ve Balýk
(1988) tarafýndan derlenmiþ ve tek tür (S. trutta)
ile bu türe ait 4 alttür olarak sýnýflandýrýlmýþtýr.
Bunlar S. truttamacro stigma, S. trutta labrax, S.
trutta caspius ve S. trutta abanticus alttürleridir.
Bunlardan S. t. macrostigma alttürü daha çok
Akdeniz Havzasý, S. t. labrax Karadeniz
Havzasý, S. t. caspius Hazar Denizi Havzasý ve S.
t. abanticusise Abant Gölü'ne ait alabalýklar
olarak tanýmlanmýþtýr. Ayrýca, Behenke (1968)
Seyhan Nehri Havzasýndaki Zamanti Deresi'ndeki alabalýklarý farklý bir alt cins altýnda
Salmo (Platysalmo) platycephalus olarak
tanýmlamýþtýr. Ancak mtDNA analizi (Susnik
vd., 2004; Bernatchez, 2001; Bardakcý vd., 2006)
bu sýnýflandýrmayý desteklemeyen sonuçlar
vermiþ ve bu popülasyonun Akdeniz Havzasýnda
bulunan AD soy hattý ile ayný grupta olduðunu
saptamýþtýr. Ayrýca Bardakcý vd. (2006), S. t.
abanticus olarak tanýmlanan ve Abant Gölü'ne
endemik olduðu rapor edilen alabalýk
populasyonunun, DA soy hattý içinde yer alan
diðer alabalýk popülasyonlarýndan genetik olarak
önemli bir farklýlýðýnýn olmadýðýný tespit
etmiþlerdir.
Kahverengi alabalýklar için yeni populasyon oluþturma çalýþmalarý Avrupa'da da gittikçe
yaygýnlaþmaktadýr. Türler arasý hibritleþme balýk
taksonu içinde yaygýndýr. Ýliþkili türler genus
içerisinde birbiriyle çiftleþebilir. Salma trutta L.
(2n=80) doðal olarak Salmo salar (2n=58) ve
Salvelinus genusu içindeki bazý türlerle hibridize
olabilir (Youngson vd., 1993). Farklý ekolojik
kondisyonlarda, iki türün simpatrik olarak
bulunduðu alanlarda ve farklý enlemlerdeki
farklý Atlantik salmonlar arasýnda doðal
hibritleþme olduðu çoðu araþtýrmacý tarafýndan
rapor edilmiþtir. Populasyon örnekleri içerisinde
bulunan hibrit oranlarý %0.1 (Ýsveç) den %18
(Ýngiltere)'e kadar daðýlým gösterir (Gephard vd.,
2000). Normal olarak iki tür de alansal ve
davranýþsal olarak ayrýlmýþlardýr (Heggberget
vd., 1988). Bu izolasyon mekanizmasýnýn
faydasý bilinmemektedir. Hibridizasyon belki
hem çevresel faktörler tarafýndan (Örn: çevre
biyolojik veya fiziksel olarak karýþtýrýldýðý
zaman) hem de popülasyonlarýnspesifik
karakterleri tarafýndan harekete geçirilebilir
(Jansson ve Öst, 1997).
Matthews vd. (2000), Norveç ve Ýskoçyada
yoðun olarak salmon kültürü yapýlan yerlerin
yakýnýndaki nehirlerde Atlantik salmon x
kahverengi alabalýk hibritleþmenin gözlemlemiþlerdir. Bu gözlemin iki tür arasýndaki üreme
izolasyonunun kýrýlmasý için gösterge olmasý
muhtemeldir.
Firidin vd. / Yunus Arþ. Bül. 2013 (1): 1-8
Youngson vd. (1989)'ne göre, çiftlikten
kaçan diþi salmon balýklarý (Ýskoçya'nýn kuzey ve
batýsýnda) doðada yaþayan kendi türlerinin
yerine çok sýk olarak kahverengi alabalýklarla
hibridize olmaktadýr. Atlantik salmon X
kahverengi alabalýk hibritleþmesindeki aþýrý artýþ
ayrýca Jansson ve Öst (1997) tarafýndan Ýsveç
nehirlerinde de gözlenmiþtir. Araþtýrmacýlara
göre kuluçkahane orjinli balýklarýn yoðun olarak
nehirlere býrakýlmasý ve çevresel zorlamalar
Atlantik salmon ve kahverengi alabalýklarýn
hibritleþmesi için öncülük etmektedir.
Genetik araçlar 20 yýldan fazla bir
zamandýr kuluçkahane ve doðal alabalýk ayýrt
etmek ve genetik "etiketleri" belirlemek ve
balýkçýlýk yönetimi konusunda uzun bir süredir
kullanýlmaktadýr (Taggart ve Ferguson,1986).
Daha sonralarý, genetik stok tanýmlama (GSI)
teknikleri geliþtirilerek göç yollarýnýn açýklanmasýna ve karýþýk stok balýkçýlýðýn stok
oranlarýnýn tahmin edilmesi gibi konularda
kullanýlmaya baþlamýþtýr. Teknikler geliþtikçe
ebeveyn belirlemeye dayalý teknikler geliþmiþtir.
Karýþýk stok analizleri gibi uygulamalarda çoklu
lokus aile izi testleri (family printing) yapýlabilir
fakat popülasyonlarýn yada ailelerin genetik
olarak homojen olmamasý gerekir (Bernatchez
ve Duchesne, 2000; Eldridge vd, 2002; Letcher
ve King, 1999).
Duftner vd. (2003) çalýþmasýnda kontrol
bölgesinin komple sekansýný alarak Avusturya
Kahverengi alabalýk populasyonlarý arasýnda ki
genetik farklýlýðý belirlemiþtir. Örnekleri %75'i
Tuna hapotipi, % 25'nin ise Atlantik haplotipine
sahip olduðunu belirlemiþlerdir. Haçeri popülasyonu içerisinde ise 3 bireyde Atlantik haplotipine
sahip olduðu belirlemiþlerdir. Elde edilen
sonuçlar bizlere bu tür için özellikle tuna soy
grubu içerisinde ek sekans verileri saðlamýþtýr.
Weiss vd. (2000) yaptýðý çalýþmasýnda
Avusturya'nýn birçok akarsuyunda Ýki soyu
grubu Atlantik ve Tuna soyunu içermektedir.
Çalýþýlan 3 populasyonda yalnýz tuna soyu
görülmüþtür.
Ülkemizde 1990 yýllarda birkaç protein
elektroforez çalýþmalarý yürütülmüþtür. Togan
vd. (1999) Abant alasý üzerine protein
elektroforez yöntemiyle yapmýþ olduklarý
genetik çalýþmada, Abant alasýnýn Doðu
Karadeniz populasyonlarý ile ayný soy grubu
içinde yer aldýklarýný ve Abant alasýnýn özgün bir
genetik yapý göstermemesinden dolayý endemik
bir populasyon olduklarýna dair bir kanýt
bulunamadýðýný vurgulamýþlardýr. Genetik
tekniklerin geliþimine paralel 2000'li yýllarda
PZR tabanlý çalýþmalar yapýldýðý görülmektedir.
Bu çalýþmalarda en çok RFLP analizi yapýlarak
ND1/2, ND5/6, Sitokrom b-dloop gen bölgeleri
çalýþýlmýþtýr (Gezgin, 1999; Aksungur vd., 2005;
Bardakçý vd., 2006; Çiftçi vd., 2007;
Atabeyoðlu, 2007; Turan vd., 2008).Yine 2000'li
yýllardan sonra bir baþka DNA tabanlý analiz olan
mikrosatellitler ilgili çalýþmalarý da görmek
mümkün olmakla birlikte az sayýda popülasyonda sýnýrlý sayýda lokusla çalýþýlmýþtýr. Ceyhun
(2007) Türkiye'de bulunan 2'si göl 3'ü derede
yasayan 5 doðal Salmotrutta L. popülasyonu
arasýndaki fenotipik özellikler ve 10 mikrosatellit markýr kullanýlarak genotipik varyasyon
araþtýrýlmýþtýr ve toplam 62 allel belirlenmiþtir.
Genetik analizlerin çoðu için bir referans
veri koleksiyonuna ihtiyaç vardýr. Mitokondriyal
sekanslarýn büyük bir kýsmý ulaþýlabilir veri
kaynaklarýnda mevcuttur (Gen-Bank, EMBL).
Fakat bu bankalar sekans verilerini içermesine
raðmen allel frekanslarý ya da haplotiplerin
daðýlýmý gibi popülasyon hakkýnda yeterince
bilgi içermemektedir. Ayrýca bazý metotlar için
(SSCP, PCR-AFLP, mikrosattellit vb.) referans
örneklerinin oluþturulmasý gerekmektir. Bu
nedenle daha çok bilgiyi içeren özel bir veri
tabaný bu amaç için kullanýþlý bir araç olacaktýr.
Ülkemizde doðal alabalýk populasyonlarý
üzerine yapýlan sýnýrlý sayýda çalýþma bulunmak-
Firidin vd. / Yunus Arþ. Bül. 2013 (1): 1-8
tadýr. Ayrýca bu çalýþmalarýn büyük çoðunluðunda ise metodolojik farklýlýklardan dolayý
popülasyon verilerinin karþýlaþtýrmalarda
kullanýlmasý mümkün deðildir (Eroðlu vd.,
2011a).
Bu çalýþmada göstermiþtir ki multipleks
PZR yöntemi ile Türkiye'de ki 2 ana filogenetik
mitokondriyal soy grubu baþarýlý bir þekilde
belirlenmiþtir. Bu metot güvenilir, ucuz ve kolay
bir yöntem olmasýndan dolayý anaç yönetimi,
orijin belirleme gibi çalýþmalarda etkidir. Yalnýz
Türkiye doðal alabalýk mtDNA haplotipleri
belirlenerek geliþtirilen primerler kullanýlarak
etkinliði daha da artýrýlmalýdýr.
Ayrýca mtDNA belirteçlerinin yanýnda
çekirdek DNA genomununda çalýþýlarak genetik
varyasyonunun yanýnda orijin ve hibridizasyon
gibi sorularýn cevap bulmasýný gerekmektedir.
Bu þekilde oluþturulacak anaçlarýn üretimde
kullanýlmasý ile ancak saf hatlar korunabilir.
Teþekkür
Bu çalýþmada, TAGEM desteðinde yürütülen TAGEM/HAYSÜD/13/A-01/P-03/01 nolu proje ve
TÜBÝTAK (TOVAG) desteðinde 110O852 kod numarasý ile yürütülen projenin sonuçlarý kullanýlmýþtýr.
Kaynaklar
Aksungur, M., Togan, Ý., Zengin, M., Tabak, Ý. ve
Aksungur, N. 2005. Doðu Karadeniz Kýyýlarýnda
Daðýlým Gösteren Karadeniz Alabalýðý (Salmo
trutta labrax, Palas, 1811) Populasyonunun
Mitokondrial ve Meristik Özellikler Bakýmýndan
Karþýlaþtýrýlmasý. Türk Sucul Yaþam Dergisi, 146153.
Atabeyoðlu, K., 2007. Bölgemizde ki Aras, Karasu ve
Çoruh havzalarýndan yakalanan yerli alabalýklarýn
(Salmo trutta sp.) mtDNA d-loop F1 ile 12S1-H
bölgesi arasýndaki genetik farklýlýðýn PZR-RFLP ve
mikrosatellit yöntemleriyle belirlenmesi çalýþmasý.
Atatürk Ünüversites, Fen Bilimleri Enstitüsü,
Yüksek lisans Tezi. Erzurum.
Balýk, S. 1988. Systematic and zoogeographic
investigations on inland water fishes of the
Mediterranean region of Turkey. Turk. J. Zool., 12:
156-179.
Bardakcý, F., Degerli, N., Ozdemir, O. ve Basýbüyük, H.H.
2006. Phylogeography of theTurkish Brown
troutSalmotruttaL.: mitochondrial DNA PCRRFLP variation. J. FishBiol., 68: 36-55.
Behenke, R.J. 1968. A new subgenus and species of trout
Salmo (Platysalmo) plathycephalus, from Southcentral Turkey with comments on the classification
of the subfamily Salmoninae. Mitteilungen aus dem
Hamburgischen Museum und Institut 66, 1-15
Bernatchez, L. 2001. The evolutionary history of Brown
trout (Salmo trutta L.) inferred from
phylogeographic, nestedclade, and mismatch
analyses of mitochondrial DNA variation.
Evolution, 33: 351379.
Bernatchez, L. ve Duchesne, P., 2000. Individual-based
genotype analysis in studies of parentage and
population assignment: how many loci, how many
alleles? Can. J. Fish. Aquat. Sci. 57, 112
Bernatchez, L., Guyomard, R. ve Bonhomme, F. 1992.
DNA sequence variation of the mitochondrial
control region among geographically and
morphologically remote European Brown trout
Salmo trutta populations. MolEcol1:161173.
Ceyhun, S.B. 2007. Yerli Alabalýklar (Salmo trutta Sp. L.)
Arasýndaki Genetiksel Varyasyonun Mikrosatelit
Markýrlar Kullanýlarak Belirlenmesi. Atatürk
Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Doktora Tezi.
Erzurum.
Çiftci, Y. ve Okumuþ, Ý., 2002. Fish Population Genetics
and Applications of Molecular Markers To
Fisheries and Aquaculture: I- Basic Principles of
Fish Population Genetics, Tur. J. Fish. and Aq. Sc.,
2, 145-155.
Çiftçi, Y., Eroðlu, O., Firidin Þ. ve Ertekin A., 2007.
Türkiye Kahverengi Alabalýk (Salmo trutta L.)
Populasyonlarinin Genetik Yapýsýnýn Belirlenmesi,
PROJE NO:TAGEM/HAYSÜD/2001/09/03/08,
Trabzon.
Duftner, N., Weiss, S., Medgyesy, N. ve Sturmbauer, C.
2003. Enhanced phylogeographic information
about Austrian Brown trout populations derived
from complete mitochondrial control region
sequences. Journal of Fish Biology, 62: 427435.
doi: 10.1046/j.1095-8649.2003.00038.x.
Eldridge, W.H., Bacigalupi, M.D., Adelman, I.R., Miller,
L.M.ve Kapuscinski, A.R., 2002. Determination of
relative survival of two stocked walleye
populations and resident natural-origin fish by
microsatellite DNA parentage assignment. Can. J.
Fish. Aquat. Sci. 59, 282290.
Firidin vd. / Yunus Arþ. Bül. 2013 (1): 1-8
Eroðlu, O., Çiftçi Y. ve Firidin, Þ., 2011a. Altýndere
Alabalýk Popülâsyonundaki Genetiksel Deðiþimin
Belirlenmesi. Balýkçýlýk ve Akuatik Bilimler
Sempozyumu (FABA), 7-9 Eylül 2011, SAMSUN.
Eroðlu, O., Firidin, Þ. ve Çiftçi, Y., 2011b. Alabalýklarda
Sekans ve RFLP Analizi ile Tür ve Orijin
Belirlenmesi Üzerine Çalýþma. Biyoloji Bilimleri
Araþtýrma Dergisi, 4 (1): 77-83.
Geldiay, R. ve Balýk, S. 1988. Türkiye Tatlýsu Balýklarý.
Ege Ünv. Fen Fak. Kitaplar Serisi No: 97, Ege Ünv.
Basýmevi, Ýzmir, 519 s.
Gephard, S., Moran, P. ve Garcia-Vazquez, E. 2000.
Evidence of successful natural reproduction
between brown trout and mature male Atlantic
salmon parr. Transactions of the American
Fisheries Society, 129: 301-306.
Gezgin, F.A. 1999. Preliminary study on genetic
differentiation among Turkish Brown trout (Salmo
trutta L.) populations as revealed by RFLP analysis
of PCR amplified mitochondrial DNA segments,
(Yüksek Lisans Tezi), O.D.T.Ü., Fen Bilimleri
Enstitüsü, Ankara.
Hansen, M.M. 2002. Estimating the long-term effects of
stocking domesticated trout into wild Brown trout
(Salmo trutta) populations: an approach using
microsatellite DNA analysis of historical and
contemporary samples. MolEcol11:1003 1015.
Heggberget, T.G., Haukebo, T., Mork, J. ve Stahl, G. 1988.
Temporal and spatial segregation of spawning in
sympatric populations of Atlantic salmon, Salmo
salar L., and brown trout, Salmo trutta L. Journal of
Fish Biology, 33: 347-356.
Jansson, H. ve Öst, T. 1997. Hybridization between
Atlantic salmon (Salmo salar) and brown trout (S.
trutta) in a restored section of the River Dalalven,
Sweden. Canadian Journal of Fisheries and
Aquatic Sciences, 54: 2033-2039.
Letcher, B.H. ve King, T.L., 1999. Targeted stock
identification using multilocus genotype
'familyprinting'. Fish. Res. 43, 99111.
Lu, G. ve Bernatchez, L. 1998. Experimental evidence for
reduced hybrid viability between dwarf and normal
ecotypes of lake whitefish (Coregonus
clupeaformis Mitchill). Proceedings of the Royal
Society, London. Series B 265: 10251030.
Matthews, M.A., Poole, W.R., Thompson, C.E., McKillen,
J., Ferguson, A., Hindar, K. ve Wheelan, K.F. 2000.
Incidence of hybridization between Atlantic
salmon, Salmo salar L., and brown trout, Salmo
trutta L., in Ireland. Fisheries Management and
Ecology, 7: 337-347.
Susnik, S., Schöffmann, J. ve Snoj, A. 2004. Phylogenetic
position of Salmo (platysalmo) platycephalus
Behnke 1968 from south-central Turkey,
evidencedgenetic data. Journal Fish Biology, 64:
947-960.
Taggart, J. B. and Ferguson, 1986. Electrophoretic
evaluation of a supplemental stocking programmes
for brown trout (Salmo trutta L.). Aquaculture and
Fisheries Management 17, 155-162.
Togan, Ý., Ergüven, A., Emre, Y., Gezgin, F., Plan, E. ve
Koban, E. 1999. Abant Göl'ünde ve Batý Akdeniz'de
bulunan doðal alabalýk (Salmo trutta L.)
toplumlarýnýn genetik yapýlarýnýn korunmasý, Proje
No: VHAG-1396, TUBÝTAK, Ankara.
Turan, C. , Ergüden, D., Gürlek, M., Yaðlýoðlu, D., ve
Yeðen, V., 2008. Isparta ve Kahramanmaraþ Salmo
trutta (L., 1758) Populasyonlarýnýn Genetik
Karþýlaþtýrýlmasý. Süleyman Demirel Üniversitesi
Eðirdir Su Ürünleri Fakültesi Dergisi Cilt: 4 Sayý: 1
2.
Youngson, A.F., Martin, S.A.M, Jordan, W.C. ve Verspoor,
E. 1989. Genetic protein variation in farmed
Atlantic salmon in Scotland: comparison of farmed
strains with their wild source populations. Scottish
Fisheries Researcl Reoort Number 42.
Youngson, A. F., Webb, J. H., Thompson, C. E., ve Knox,
D. 1993. Spawning of escaped farmed Atlantic
salmon (Salmo salar): hybridization of females
with brown trout (Salmo trutta). Canadian Journal
of Fisheries and Aquatic Sciences, 50:1986-1990.
Weiss, S., Antunes, A., Schlötterer, C., and Alexandrino, P.
2000. Mitochondrial haplotype diversity among
Portuguese brown trout Salmo trutta L.
populations: relevance to the post-Pleistocene
recolonization of northern Europe. Molecular
Ecology, 9: 691698.