su ürünlerinde mikrosatellit belirteçlerin kullanımı

SU ÜRÜNLERINDE MIKROSATELLIT BELIRTEÇLERIN KULLANIMI
Amaç: Bu makalede, DNA izolasyonundan, lokusların belirlenmesi, primerlerin seçimi,
PZR optimizasyonu, PZR ürünlerinin fragment analizi ve elde edilen verilerin değerlendirme aşamasına kadar birçok basamağın irdelenmiş olup Enstitümüzde yürütülen mikrosatel-
Oğuzhan EROĞLU, Feridun AFAN, Şirin FİRİDİN
Su Ürünleri Merkez Araştırma Enstitüsü - TRABZON
E-mail: [email protected], [email protected]
lit analizine dayalı çalışmalar dikkate alınarak karşılaşılabilecek problemler ve çözüm yolları
sunulmuştur. Ayrıca mikrosatellit belirteç kullanacak araştırmacıların proje çalışmalarını
etkin bir şekilde planlamalarına fayda sağlaması hedeflenmiştir.
Sonuç: Sonuç olarak su ürünlerinin bir çok alanında kısa zamanda ve güvenilir sonuç alınabilecek DNA düzeyindeki çalışmalar daha popüler ve kabul edilebilir niteliktedir. Ülkemiz-
-Bildiri Özeti-
de mikrosatellit belirteçler bazı yetiştiricilik bağlantılı çalışmalarda ve popülasyon genetiği
çalışmalarında sınırlı sayıda kullanım imkanı bulmaktadır. Mikrosatellit çalışmalarda en
Giriş: Gelişen teknolojiyle birlikte moleküler tekniklerin su ürünlerinde kullanımı her ge-
büyük engellerden bir tanesi türe ait mikrosatellit lokusların belirlenmemiş olmasıdır. Ya
çen gün daha da artmaktadır. Özellikle seleksiyon, ebeveyn belirleme, gen haritalarının çı-
da o tür için geliştirilen primerler bizim çalışmamız için ayırt edici olmayabilir. Bu nedenle
karılması, popülasyonlar arası genetik benzerliklerin belirlenmesi, akrabalı yetiştiriciliğin
çalışmaya başlarken iyi bir tarama ve hatta mevcut primer setlerinin denendiği bir ön çalış-
belirlenmesi, kodominant kalıtımın ve akrabalık ilişkilerinin belirlenmesi gibi birçok alanda
ma yapılmalıdır. Doğru ekipman ve teknik kullanılarak çalışmaların güvenirliği ve maliyeti
kullanılmaktadır. Son yıllarda moleküler tabanlı çalışmalardan mikrosatellitler veya basit
optimize edilebilir. Çalışmalardan elde edilen veriler ortak kullanıma açık veri bankalarında
dizilim tekrarlar su ürünlerinde en çok kullanılan metotlardan birisidir. Su ürünlerinde ge-
tür, lokasyon, genetik belirteç türü gibi özellikler belirtilerek saklanmalıdır. Böylece yapılan
netik kaynakların kontrol altında tutulması ve korunması için uygun genetik belirteçlerin
bir çalışma diğer araştırmacılar tarafından daha ileriye götürülebilir ve karşılaştırma imkânı
kullanımı büyük bir öneme sahiptir. Mikrosatellitler ileri derecede polimorfik DNA belir-
sağlayarak anlam kazanır.
teçleri olup popülasyon yapılarının araştırılmasında en çok kullanılan genetik belirteçlerden
birisidir ve gün geçtikçe önemi artmaktadır.
Son olarak ülkemize özgü tür ve popülasyonlarını ayırt etme gücüne sahip yeni mikrosatellit bölgelerin tanımlanması ve kullanılması gerekmektedir.
Bu bağlamda Su Ürünleri Merkez Araştırma Enstitüsünde (SUMAE) yürütülen mikrosatellit bölgelerin analizine dayanarak yapılan çalışmaların başında Kahverengi Alabalık (Salmo trutta), Karadeniz alabalığı (Salmo trutta labrax), Gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus
Anahtar Kelime : Mikrosatellit lokuslar, genetik varyasyon, PZR, fragment analizi
mykiss), Mersin balıkları (Acipenser guldenstaedtii, Acipenser stellatus ve Huso huso), İnci
Kefali (Chalcalburnus tarichi), Kalkan balığı (Psetta maxima) ve Hamsi (Engraulis encrasicolus) gelmektedir. Bu çalışmalara baktığımızda başlıca yetiştiriciliği yapılan türlerden olan
Karadeniz alabalığı ve Gökkuşağı alabalığı üzerinde yapılan çalışmalarda damızlık stokların
genetik varyasyonunun belirlenmesinde mikrosatellit belirteçler kullanılmıştır. Ayrıca poliploid bir tür olan mersin balıklarında doğal genetik çeşitliğin belirlenmesinde ve endemik
bir tür olan inci kefali ile yürütülen çalışmada ise mikrosatellit tekrar bölgelerindeki polimorfizmden faydalanılmıştır. Bunun yanında devam eden çalışmalarda ise kalkan, hamsi
ve Kahverengi alabalıkların doğal popülasyonlarının genetik yapılarının belirlenmesi tekrar
bölgelerdeki varyasyonun belirlenmesine dayalı olarak yapılmaktadır.
244
245