MİKROBİYOLOJİ ve KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI

HACETTEPE ÜNİVERSİTESİ
TIP FAKÜLTESİ
MİKROBİYOLOJİ ve KLİNİK
MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI
TIPTA UZMANLIK EĞİTİMİ
MİSYONUMUZ
Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji alanında güncel eğitim ve öğretim
tekniklerinden yararlanılıp teorik ve pratik uzmanlık becerisi kazandırmaktır.
VİZYONUMUZ
Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji alanında teorik ve pratik gelişmeleri
yakından takip edebilecek, güncel teknikleri rahatlıkla uygulayıp gelişme ve
modifikasyonlarını sağlayabilecek, tanıda modern tekniklerin kullanımını
uygulayabilecek ve konusu ile ilgili teorik bilgilerini geliştirebilecek donanımlı
uzman hekimlerin yetiştirilmesini sağlamaktır.
2
MİKROBİYOLOJİ ve KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI
TIPTA UZMANLIK EĞİTİMİ PROGRAMI
1. Uzmanlık eğitimine kabul edilmek için gerekli şartlar
Tıp Doktoru olmak
TUS sınavında başarılı olmuş olmak
2.
Birinci yıl sonunda edinilmesi gereken bilgiler ve beceriler
BİLGİLER:
Anabilim Dalı öğretim üyeleri tarafından Tıp Fakültesi Dönem 1,2 ve 3’e
verilen teorik derslere devam edilmesi ve bu derslerde kapsanan teorik
bilgilerin öğrenilmesi
Makale saatlerinde uluslararası dergilerde sunulmuş bir makalenin sunumu ve
tartışması
Haftada bir kez yapılan seminer saatinde sunum ve tartışma (Her araştırma
görevlisi yılda bir kez seminer sunar.)
BECERİLER:
Bakteriyal, fungal, paraziter ve viral enfeksiyonların tanısında direk
mikroskopik inceleme yöntemlerinin uygulanması ve yorumlanması
Bakteriyal ve fungal enfeksiyonların tanısında kültürde izolasyon, tanımlama
ve duyarlılık testlerinin yapılması ve yorumlanması
Moleküler mikrobiyolojik tanı yöntemlerinin uygulanması
Enfeksiyon hastalıklarının tanısında serolojik yöntemlerin uygulanması ve
yorumlanması
Öğrencilerin pratik eğitimleri için yapılan laboratuvar çalışmalarında yardımcı
olarak aktif görev alması
3.
İkinci yıl sonunda edinilmesi gereken bilgiler ve beceriler
BİLGİLER
Anabilim Dalı öğretim üyeleri tarafından açılan doktora derslerine devam
edilmesi ve bu derslerde kapsanan teorik bilgilerin öğrenilmesi
Makale saatlerinde uluslararası dergilerde sunulmuş makalelerin sunumu ve
tartışması
3
Haftada bir kez yapılan seminer saatinde sunum ve tartışma (Her araştırma
görevlisi yılda bir kez seminer sunar.)
BECERİLER
Birinci yılda edinilen beceri ve deneyimlerin pekiştirilmesi
Öğrencilerin pratik eğitimleri için yapılan laboratuvar çalışmalarında yardımcı
olarak görev alması
4.
Üçüncü yıl sonunda edinilmesi gereken bilgiler ve beceriler
BİLGİLER
Danışman öğretim üyesi denetiminde bilimsel çalışma planlama ve yürütme
Makale saatlerinde uluslararası dergilerde sunulmuş makalelerin sunumu ve
tartışması
Haftada bir kez yapılan seminer saatinde sunum ve tartışma (Her araştırma
görevlisi yılda bir kez seminer sunar.)
BECERİLER
Birinci yılda edinilen beceri ve deneyimlerin pekiştirilmesi
Enfeksiyon hastalıklarının tanısında ileri ve özel yöntemlerin uygulanması ve
yorumlanması
Öğrencilerin pratik eğitimleri için yapılan laboratuvar çalışmalarında yürütücü
olarak görev alması
5.
Dördüncü yılın sonunda edinilmesi gereken bilgi ve beceriler
BİLGİLER
Tez çalışmasının planlanması ve uygulanması
Danışman öğretim üyesi denetiminde bilimsel çalışma planlama ve yürütme
Makale saatlerinde uluslararası dergilerde sunulmuş makalelerin sunumu ve
tartışması
Haftada bir kez yapılan seminer saatinde sunum ve tartışma (Her araştırma
görevlisi yılda bir kez seminer sunar.)
BECERİLER
Bir Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nı bağımsız olarak yürütecek düzeyde
deneyim ve beceri kazanmış olması
4
Öğrencilerin pratik eğitimleri için yapılan laboratuvar çalışmalarında yürütücü
olarak görev alması
Tez çalışmasını tamamlaması
6. Uzman olabilme koşulları
Klinik Patoloji, Parazitoloji, Mikoloji, Moleküler Mikrobiyoloji, Özel Bakteriyoloji,
Viroloji, boya ve besiyeri rotasyonları sonunda yapılan sınavlarda başarılı
olmuş olmak
(Rotasyon sınavında baraj 70’dir. Başarılı olamamış araştırma görevlisi, tez
alamaz ve o rotasyonu tekrar eder. Tekrarlanan sınavda aldığı puan yine 70’in
altında ise tüm rotasyon sınavlarının ortalamasına bakılır. Ortalaması 70 ya
da üzerinde ise başarılı kabul edilir ve tez alma hakkını kazanır.)
Tez çalışmasını tamamlamış olmak
İkinci yılın sonunda yapılan yeterlılik sınavında başarılı olmuş olmak
Sözlü ve yazılı uzmanlık sınavında başarılı olmuş olmak
(Uzmanlık sınavında baraj 75’dir.)
7.Yeterlilik sınavı
İkinci yılın sonunda yapılır.Tez alma hakkı kazanmak için sınavda başarılı
olmak gerekir.
(İlk sınavda başarılı olamamış araştırma görevlilerine bir sınav hakkı daha
tanınır.)
5
ROTASYON PROGRAMI
1.Klinik Patoloji Laboratuvarı Rotasyonu: 8 hafta bakteriyoloji, 4 hafta
seroloji
2. Parazitoloji Laboratuvarı Rotasyonu: 6 hafta
3.Mikoloji Laboratuvarı Rotasyonu: 8 hafta (Son 2 hafta Dermatoloji
Anabilim Dalı’nda rotasyon)
4. Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı Rotasyonu: 8 hafta
5.Özel Bakteriyoloji Laboratuvarı Rotasyonu: 4 hafta
6. Viroloji Laboratuvarı Rotasyonu: 8 hafta
7.Cam ve plastik malzemelerin, besiyerlerinin ve boyaların hazırlanması
ve aletlerin kullanımı rotasyonu: 6 hafta
8. Nükleer Tıp Rotasyonu: 12 hafta
9. İç Hastalıkları Anabilim Dalı İnfeksiyon Hastalıkları Ünitesi Rotasyonu:
12 hafta
6
KLİNİK PATOLOJİ LABORATUVARI ROTASYONU
I.PRATİK EĞİTİM
A.Besiyeri, ekim, kültür, tanımlama, duyarlılık testleri:
DEĞERLENDİRME
Besiyeri
Aerop

Anaerop

Mantar

Kan kültürü

Tüberküloz

Ekim





Kültür

değerlendirme




Bakteri tanımlama



Antibiyotik
duyarlılık
testleri




7
B. Serolojik testler:
DEĞERLENDİRME
Lam

Tüp

Direk

İndirek

ANA

AMA

APA

ASMA

Endomisyum

Liver Kidney
Mikrozomal
C.pneumoniae

C.trachomatis

L.pneumophila

DFA
C.trachomatis

Immun blot
ENA

İndirek
hemaglutinasyon
Echinococcus

Aglutinasyon
ELISA
IFA

II. ROTASYON SINAVI NOTU:
III. SONUÇ:
 Başarılı
 Başarısız
8
PARAZİTOLOJİ LABORATUVARI ROTASYONU
I.PRATİK EĞİTİM:
DEĞERLENDİRME
Kan yaymalarının hazırlanışı, boyama teknikleri

Kalın damla ve ince yayma (Sıtma)

Toxoplasma gondii-preparat (Giemsa)

Mikrofilarya-preparat

Leishmania-amastigot ve promastigot-preparat

Leishmania-kültür

Trypanosoma-preparat

Giardia-kist ve trofozoit-preparat

Entamoeba-preparat

Trikrom boyası-bilgi ve uygulama

Cryptosporidium parvum-preparat

Modifiye asit faz boyama yöntemi-uygulama

Pneumocytis carinii-preparat

Gaita örneklerinin hazırlanış yöntemi

Gaitada parazit yumurtalarının incelenmesi

Kist sıvısında skoleks aranması

Trichomonas vaginalis-İdrar ve vajen sürüntüsünde aranması
II. ROTASYON SINAVI NOTU:
III. SONUÇ:
 Başarılı
 Başarısız
9
MİKOLOJİ LABORATUVARI ROTASYONU
I.PRATİK EĞİTİM:
DEĞERLENDİRME
1. Klinik örneklerin direk mikroskopik incelemesi
KOH

Çini mürekkebi

Laktofenol pamuk mavisi

Gram boyası

Metilen mavisi

Modifiye Ziehl-Nielsen boyama yöntemi

2. Klinik örneklerden mantar izolasyonu
Sabouraud dekstroz agar (SDA)

Gentamisin/kloramfenikollü SDA

Mikobiyotik agar

3. İzole edilen mantar türünün tanımlanması
a. Mayalar
Koloni morfolojisi

Mikroskopik görünüm

Germ tüp testi

Fermentasyon-assimilasyon reaksiyonları

Mısır unlu tween 80 besiyerinde morfolojik görünüm

Üreaz aktivitesinin saptanması

V8 besiyerinde askospor oluşumu

b. Küfler
Koloni morfolojisi

Mikroskopik görünüm, konidyum ve hif morfolojisi

Patates dekstroz agarda sporulasyon

Dermatofit grubu küf mantarının tanımlanması için kullanılan diğer
yöntemler: Kıl delme deneyi, üreaz aktivitesinin saptanması, pirinçli
besiyerinde üreme özellikleri, BCP glucose milk solid agarda üreme
özellikleri

4. Serolojik yöntemler
Serum ve BOS örneklerinde Cryptococcus neoformans antijeninin
lateks aglütinasyon yöntemiyle saptanması

Pneumocystis carinii-immünofloresans yöntemi ile saptanması

5. Antifungal duyarlılık testleri
Yöntem: Küf (M38-P) ve maya (M27-A) mantarları için önerilen
mikrodilüsyon NCCLS-referans yöntemi
Antifungal ajanlar: Amfoterisin B, flukonazol, itrakonazol

II. ROTASYON SINAVI NOTU:
III. SONUÇ:
 Başarılı
 Başarısız
10
MOLEKÜLER MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARI ROTASYONU
I.PRATİK EĞİTİM:
DEĞERLENDİRME
1.Çözelti hazırlama
Tampon çözeltilerin hazırlanması, içerikleri, kullanım amaçları
pH ölçme ve ayarlama


2.Elektroforez
İşleyiş mekanizmaları, çeşitleri, kullanım amaçları

Agaroz jel elektroforezi: Agaroz, düşük derecede eiyen agaroz,
NuSieve agaroz uygulamaları

Poliakrilamit jel elektroforezi: DNA ve protein elektroforezleri, mutasyon
saptama jeli ve heterodupleks analizi

2.DNA izolasyonu ve saflaştırması
Plazmid izolasyonu
Çözeltiler ile DNA saflaştırılması
Elektroforez ile DNA saflaştırılması
Spektrofotometre kullanımı, DNA ve protein düzeyinin belirlenmesi




3.Nükleik asit çoğaltılması
Polimeraz zincirleme tepkimesi (PCR)

Florometrik ölçümlü PCR: Örnekte nükleik asit düzeyinin belirlenmesi,
viral yük, protein ekspresyonu, erime derecesi ölçümü ile mutasyın
saptanması

4.Moleküler klonlama
Restriksiyon enzimleri, uygulama
Moleküler klonlama vektörleri, bildirici genler, T-klonlama vektörleri
DNA ligasyonu, genlerin klonlama vektörlerine eklenmesi
Bakterilerin plazmidler ile transformasyonu




II. ROTASYON SINAVI NOTU:
III. SONUÇ:
 Başarılı
 Başarısız
11
ÖZEL BAKTERİYOLOJİ ROTASYONU
I.PRATİK EĞİTİM:
DEĞERLENDİRME
Solunum yolu örneklerinin kantitatif yöntemle ekimi ve
değerlendirilmesi

Manüel bakteriyolojik izolasyon ve tanımlama yöntemleri
Katalaz

Oksidaz

TSI, üre, sitrat, indol

A-grubu beta-hemolitik streptokok izolasyonu

Streptococcus pneumoniae izolasyonu
Streptococcus pneumoniae -kapsül şişme testi

Haemophilus türlerinin izolasyonu

Haemophilus türlerinin tanımlanması- X ve V faktörü gereksinim
testleri

İzole edilen patojenlerin antibiyotik duyarlılık testleri

“Checkerboard” yöntemi ile in vitro antibiyotik etkileşimlerinin
araştırılması

Örneklerin Gram boyalı yaymalarının değerlendirilmesi

Kistik fibrozisli olguların mikrobiyolojik değerlendirmesi

Pseudomonas aeruginosa koloni tipleri, antibiyotik duyarlılık
paterni ve olgunun kliniği arasındaki ilişki

Burkholderia cepacia, Stenotrophomonas maltophilia ve
Haemophilus influenzae selektif besiyerlerinin hazırlanması ve
üreyen suşların değerlendirilmesi

Helicobacter pylori
Kültür

Biyopsi örneğinden direk mikroskopik inceleme (Giemsa)

Tanımlama (Biyokimyasal yöntemler)

DNA ekstraksiyonu

PCR ve jel elektroforezi (üreaz ve cagA gen bölgelerinin
tanımlanması)

II. ROTASYON SINAVI NOTU:
III. SONUÇ:
 Başarılı
 Başarısız
12
VİROLOJİ LABORATUVARI ROTASYONU
I.PRATİK EĞİTİM:
DEĞERLENDİRME
Kullanılan alet ve malzemeler, doku kültürü malzemelerinin
hazırlanması
Doku kültürü için kullanılan vasat ve diğer solüsyonların
hazırlanması
Primer doku kültürü çalışması. Hazırlama ve idame ettirme
Devamlı hücre kültürlerinin hazırlanması, pasajı ve takibi
Hücrelerin DMSO veya gliserol içinde dondurulup saklanması
Dondurulmuş hücre kültürünün açılması ve hücre üretimi
Örneklerden hücre kültürüne virus ekimi, sitopatik etki
Virus titresinin TCID50 ile saptanması
Viral antijen hazırlanması
Hemaglütinasyon testi (Kabakulak, BK virus)
Hemaglütinasyon önlenim deneyi
Kompleman titre tayini ve kompleman birleşmesi testi
Nötralizasyon testinin prensipleri ve uygulanışı
İnklüzyon cisimciği aranması, CMV inklüzyon ve Tzank testlerinin
uygulanması
PCR (CMV, HCV ve Papilloma virus)















II. ROTASYON SINAVI NOTU:
III. SONUÇ:
 Başarılı
 Başarısız
13
BOYA ve BESİYERİ ROTASYONU
I.PRATİK EĞİTİM:
DEĞERLENDİRME
Cam eşyanın temizlenmesi, kullanıma hazırlanması, sterilizasyonu 
Plastik laboratuvar malzemelerinin kullanımı

Öze, iğne, keski, baget, pastör pipeti hazırlama

Otoklav, pastör fırını, koagülatör, su banyosu, santrifüj, pH metre,
hassas terazi, dsitile su cihazı ve filtrelerin kullanımı

Hayvan deneyleri uygulamaları

Besiyerlerinin hazırlanması:
Adi agar, yatık agar, DST agar

Kanlı agar

Löffler besiyeri

Löwenstein Jensen besiyeri

Middlebrook 7H9, 7H10, 7H11 besiyeri

Endo agar, EMB agar, Mac Conkey agar

Sabouraud dekstroz agar

SS agar

Tiyoglukolatlı buyyon

Üreaz agar

TSI agar

Glikoz fosfat buyyon

Triptofanlı buyyon

Antibiyotikli agar ve buyyon

Fermentasyon buyyonu

Anaerob bakteriler için kullanılan besiyerleri

Thayer-Martin besiyeri

Alkalen peptonlu su

Thiosulfate-citrate bile-sucrose (TCBS) agar

Sitrat agar

Boyaların hazırlanması:
Gram boya seti

Metilen mavisi (Loeffler)

Neisser boya seti

Ziehl-Neelsen boya seti

Kinyoun soğuk boyama

Auramin florokrom boyama

Laktofenol pamuk mavisi

Wright, Giemsa boyası

II. ROTASYON SINAVI NOTU:
III. SONUÇ:
 Başarılı
 Başarısız
14