Teknoloji BlueGnome`un teknoloji platformu, kopya sayısı analizi için

Teknoloji
BlueGnome’un teknoloji platformu, kopya sayısı analizi için mikrodizilerin üretimi,
kullanılması ve analizi çevresindeki birden fazla yeniliği bir araya getirir. Teknoloji, doğası
itibari ile üretim süreçlerinden protokol gelişimlerine ve istatistiksel algoritmalara kadar
büyük çeşitlilik gösterirken, amacı daima aşağıdakileri sağlamaktır:



Kopya sayısı ölçümlerinin, uygulamanız için doğru çözünürlükte açık ve sağlam
ölçümler. MaviGenom, gereksinimlerinizi karşılamak için patentli baskı teknolojisi ile
üretilmiş duyarlı BAC dizileri, özgün prob tasarımına sahip yüksek çözünürlüklü oligo
dizileri ve mozaikleme yolu FISH probları sunar.
Yüksek hacimli bir laboratuarda kullanım kolaylığı. MaviGenom, sonuçları normal bir
sitogenetik laboratuarında açık ve hızlı bir şekilde vermek için sağlam protokoller
geliştirmiştir (24-48 saat). Uygulamaya özgü sarf malzemeleri takımı optimal
performans ve kolaylık için tedarik edilir.
Hızlı ve bilgilendirilmiş analiz. İleri yazılım tüm MaviGenom çözümlerinin tam
merkezinde bulunur ve numune/veri yönetimi, dizi analizi, kromozom
ideaogramlarında görselleştirme ve detaylı raporlama ile Kalite Kontrolü denetimi
fonksiyonelliğini kombine eder. Özgün istatistiksel algoritmalar ses seviyesini düşürür
ve bölge aramasını geliştirir.
MaviGenom’un patentli teknik yenilikleri, sarf malzemeler veya yazılım üzerinden mikrodizi
kopya sayısı platformunu bir bütün olarak geliştirmeye yöneliktir. Bu teknik yenilikleri
tamamlayan MaviGenom, laboratuarların mikrodizi çözümlerinden mümkün olanın en
fazlasını elde edebilmeleri için bilgilendirilmiş ve duyarlı müşteri hizmetleri sunar.
CytoChip Oligo dizisi, her bir araştırma için ideal çözünürlüğü sağlamak amacıyla tümü
ISCA uyumlu dört formatta (2x105K, 4x44K, 4x180K ve 8x60K) mevcuttur, tüm formatlar
şunları sağlar:

Yapısal tasarım. Her bir CytoChip Oligo dizisi, alttelomerler ve perisentromerler
dahil olmak üzere genom genişliğinde kapsama ve bir yapısal hastalık odaklı tasarım
sunar. 2x105K dizi, omurgada 100 Kb’lik dengesizlikleri tespit eder ve 137 OMIM
hastalık alanında 20 probluk mozaiklemeye sahiptir ve böylece kritik bölgelerdeki gen
içeriğinin eksiksiz raporlamasını sağlar. CytoChip ISCA 4x44K, 8x60K ve 4x180K
tasarımları sırasıyla 75 Kb, 60Kb ve 20 Kb’lik ortalama omurga probu aralıklarına
sahiptir.





Otomatikleştirilmiş Analiz. Tek bir tıklama ile taranmış TIFF görüntülerinden ISCN
uyumlu raporlara birden fazla numunenin tamamen otomatik analizi ve raporlanması.
İleri istatistiksel algoritmalar sesi azaltır ve kopya sayısı dengesizliklerinin bölgelerini
aramayı otomatikleştirir. DecisionTrack görselleştirmesi dengesizliklerin gen içeriği,
KSV frekansı ve veritabanında bulunan tüm diğer numuneler ile birlikte
görüntülenmesini sağlar. BlueFuse Multi yazılımı operatör hatalarını ortadan kaldırır
ve bilgilendirici sonuçların istenen çözünürlükte herhangi bir uzman eğitimi ihtiyacı
olmadan laboratuar personeli tarafından dakikalar içerisinde elde edilmesine imkan
tanır.
Kapsamlı veri yönetimi. BlueFuse Multi dizi sonuçlarını ve numuneler ve protokoller
ile ilgili tüm bilgileri laboratuar içerisinde yerel olarak yönetilen tek bir güvenli SQL
veritabanında saklar. Kapsamlı sorgulamalar tüm numunelerin sonuçlarının
konumunun hızlı bir şekilde belirlenmesini, DecisionTrack’te görüntülenmesini,
karşılaştırılmasını ve rapor edilmesini sağlar. Araçlara tıklayarak online
veritabanlarına ve genom tarayıcılarına doğrudan erişim sağlanabilir.
KSV’lerin Belirlenmesi. CytoChip Oligo, MaviGenom’un DecisionTrack’te
görüntülenen 1400’den fazla numunenin veritabanından harmanlanan KSV
açıklamaları ile birlikte sağlanmaktadır. Bununla birlikte, daha güçlü olan, kopya
sayısı dengesizliğinin olduğu yerleri ve bölgelerin sıklığını, amaca en uygun numune
veri tabanına – kendinizin – dayanarak araştırabilme kabiliyetidir.
Sonuçların FISH onayı. CytoChip Oligo, dengesizliklerin fiziksel konumlarının
onaylanmasını sağlamak için 26,000’den fazla ön-etiketli BlueFish probuna sahip tam
mozaikleme yolu kütüphanesi ile desteklenir.
Bilgilendirilmiş destek. Eğitimli laboratuar personelinden detaylı yardım almak için
MaviGenom’un destek hattını arayın.
*ISCA (Uluslararası Standart Sitogenetik Dizi) Baldwin ve ark. Genetics in Medicine (Tıpta
Genetik Bilimi), Haziran; 10(6):415-29
CytoChip Oligo sadece araştırma amaçlı kullanım içindir ve tanısal prosedürler amaçlı
kullanımlar için değildir.
Cancer
CytoChip Cancer, uluslararası düzeyde kabul edilen bir kansere özgü tasarımı ile bir oligo
dizisidir. Neredeyse 20,000 oligo probu kanserde öneme sahip olan genom bölgelerini kapsar;
bunlara Sanger Cancer Gene Census’undan 423 gen ve 130’dan fazla kanserle ilişkili
genomik bölge de dahildir.
Hedeflenen tasarım, mevcut en iyi problar ile, bir eksona en az bir prob ve her bir gene en
fazla 200 prob olmak üzere, seçilen genlerin her bir eksonunu kaplamayı ve geni yandan
kuşatan her iki tarafta ek bir 15 Kb'ı kaplamayı amaçlamaktadır. Kanserle bağdaşık alanlar,
bölgedeki mevcut en iyi problar ile eşit olarak kapsanmıştır. Geriye kalan problar, genler ve
bölgeler arasındaki araları doldurmak için genom boyunca dağıtılmıştır.
CytoChip Cancer popüler 4x180K formatında ve de yüksek hacimli talepler için artık 8x60K
formatında mevcuttur. Parça numaraları şöyledir;
4081-1 - CytoChip Cancer 4x180K v1.0 pul dahil (16 dizi, 4 ünite)
4081-2 - CytoChip Cancer 8x60K v1.0 pul dahil (32 dizi, 4 ünite)
Tüm CytoChip Cancer dizileri, tamamen otomatik bir şekilde yorumlanabilir veriler meydana
getiren ve araştırılabilir tek bir veri tabanı oluşturan BlueFuse Multi yazılımı ile birlikte
tedarik edilir. Analiz edilen sonuçlar, genleri ve diğer yararlı bilgileri görüntüleyen
DecisionTracks ile incelenebilir.
BlueFuse Multi’den alınan bu ekran görüntüsü, hematolojik kanserlerden dengesizlik bilgileri
içeren müşteri izleri ile birlikte görüntülenen bir numune göstermektedir. Mevcut örnekte,
akut miyeloid lösemi için tipik bir durum olan kromozom 7’nin uzun kolunda bir kayıp vardır
(AML kayıp izi).
Yapısal
Düşük miktarlarda kötü kalite DNA içeren yapısal numuneleri incelemek için, karyotipleme,
FISH ve qPCR’in bir birleşimi kullanılmaktadır. Bu tekniklerin faydası kesin olarak
kanıtlanmış olsa da, bunlar inceleme kapsamına pratik bir sınır koyarlar, kültür oluşturmanın
gerekli olduğu durumlarda gecikmelere neden olurlar ve kromozom morfolojisi kötü
olduğunda yorumlaması zordur.
CytoChip Focus Constitutional, bu kısıtlamaların üstesinden gelmek ve karyotiplemeyle
karşılaştırılabilir bir fiyattan bu zorlayıcı numunelerin otomatik ve nesnel analizini yapmak
için özgün arrayCGH teknolojisini kullanır. Doğrudan kandan, salyadan, amniyotik sıvıdan
veya koryonik villuslardan çıkartılan DNA ile çalışarak, CytoChip Focus Constitutional
aşağıdakileri sağlar:






Kullanıcı tarafından ayarlanabilen, hastalık odaklı, tasarım. Kendisini kanıtlamış
BAC teknolojisi, genom boyunca 1 Mb çözünürlüğe kadar ve ayrıca yapısal
bozukluklarla bağlantılı 97 bölgede 100 Kb çözünürlük sağlar. Bu hastalık
bölgelerinin bir alt kümesini incelemek veya genomu 1-10 Mb çözünürlüklerde
taramak için özel tasarımlar oluşturulabilir.
Daha az öznellik. Yüksek seviyede çoğaltma ve düzeltme, kültür edilmemiş
hücrelerden alınan sadece 50 ng amplifiye edilmemiş DNA’nın genomik
dengesizliğinin güvenli şekilde tahmin edilmesini sağlar. Sonuçlar açıktır, farklı
operatör tarafından tekrarlanabilir ve yorumlaması kolaydır.
Hızlı iş bitirme süreleri. 2 günlük bir protokol, zaman tüketici kültürleme olmadan
hızlı sonuçlar verir, böylece laboratuarın iş akışı artarak daha hızlı incelemeler
yapabilir. Daha yüksek iş hacmine sahip uygulamalar için protokoller tamamen
otomatik hale getirilebilir.
Mozaik saptama çerçevesi. Karmaşık kontroller, dikkatlice seçilmiş klonlar ve
gelişmiş yazılım analizi, % 10’a kadar olan klonal hücre nüfuslarında geniş ölçekli
yapısal değişikliklerin saptanmasını sağlar.
Endüstri lideri yazılım. BlueFuse Multi, kullanımı kolay olan yazılım paketi
sayesinde tamamen otomatik veri analizi, sonuçların depolanması ve sofistike
DecisionTrack görselleştirmesi sağlar. Tuşa basarak yapılan analiz dengesizliklerin
detaylı bir listesini çıkartır ve bunlar gen içeriğine ve KSV sıklığına göre incelenebilir.
Tam bir denetleme izi sağlanmış olur.
FISH izlemi. Each clone on the CytoChip Focus Constitutional üzerindeki her bir
klon, karmaşık düzenlemelerin incelemesinde tam esneklik sağlamak için etiketlenmiş
BlueFish olarak sipariş edilebilir.
Hematoloji
Hematolojik numunelerin sito-genetik özellikleri, G-bantı karyotipleme ve fluorescent in-situ
hybridization (FISH)’in bir birleşimi yoluyla incelenir. Bu tekniklerin faydası kesin olarak
kanıtlanmış olsa da, FISH incelemenin kapsamına pratik bir sınır koyar ve ayrıca hücre
kültürü gerçekleştirme ihtiyacı sürece gecikmelerin ve değişkenlerin eklenmesine neden olur.
CytoChip Focus hematoloji dizisi, tüm hücre nüfusunu, hematolojik habislerle bağlantılı olan
kopya sayısı dengesizlikleri açısından incelemek için arrayCGH kullanarak bu kısıtlamaların
üstesünden gelir. Doğrudan kemik iliğinden veya kandan alınan DNA üzerinde çalışarak,
CytoChip Focus dizisi şunları sağlar:





Hastalık odaklı tasarım. Bilinen hematolojik habislerle bağlantılı olan 50’den fazla
bölgenin taranması, incelemenin başlangıcında en yüksek oranda ilgili bilginin
edinilmesini sağlar. Omurganın yazılımla düzeltilmesi ve bilinen kopya sayısı
poliformizlerinden (KSP) kaçınmak için klonların dikkatli şekilde seçilmesi, yalnızca
güvenle yorumlanabilecek sonuçların dizi tarafından bildirilmesini sağlar.
Mozaik hücre nüfuslarında, koya sayısı dengesizliğinin saptanması. Sofistike
kontroller, yenilikçi çoğaltma ve gelişmiş matematik, Focus dizinin hücrelerin % 10
gibi az bir oranında bile anormallikleri bulmasını sağlar. Birincil habislerdeki
dengesizlikler, tamamen karakterize edilirken, olası olarak henüz fenotipe katkıda
bulunmayan ikincil habis hücreletin varlığı incelenir.
Tamamen otomatik veri analizi ve DecisionTrack teknolojisi. Kopya sayısı
varyasyonunu yorumlamak için kullanılan gelişmiş algoritmalar, dengesizliklerin
detaylı bir listesini verir ve bunlar Mavigenom’un yenilikçi DecisionTrack teknolojisi
kullanılarak gen içeriği ve KSV sıklığı açısından detaylı olarak incelenebilir.
Hastalık araştırması için tam bir çözüm. İncelemelerin raporlanmasını geliştirmek
için, numune bilgileri ve ilgili sonuçlar Mavigenom’un BlueFuse Multi veritabanında
güvenle depolanabilir. Zaman içerisinde, yüksek çözünürlüklü, düzeltilmemiş veri
havuzu, yeni hasta göstergelerinin ve klinik sonuçlarla ilgili değerli araştırmaları
desteklemede kullanılabilir.
Uygun maliyetli. Geliştirilmiş protokoller ve gelişmiş çoğaltma sayesinde, genom
genişliğindeki bir tarama için dizi başına iki numune, numune başına bir hibridizasyon
kullanılarak, güvenilir sonuçlar elde edilebilir (5 FISH probuna karşılık gelmektedir).
ArrayCGH, karyotiplemede ve geleneksel CGH’de mümkün olandan daha yüksek
çözünürlükte genomik kopya sayısı dengesizliğini incelemek için kullanılır. CytoChip’ler,
yapısal genetik bozukluklarla bağlantılı olan kopya sayısı varyasyonu saptamasını geliştirmek
için tasarlanmış yüksek kaliteli BAC mikro-dizileridir. CytoChip’ler, sito-genetikçilere daha
fazla bilgi sağlamak için 20’den fazla ülkede 120’nin üzerinde kurumda kullanılmaktadır.
Çalışmakta olan CytoChip örnekleri görmek için, buraya tıklayın.
CytoChip V3, yeni performans standartları belirlemek için tasarlanmıştır.





Daha fazla ilgili bilgi. Sab-telomerleri ortalama 250 Kb çözünürlükte inceleyin,
mosaisizmi güvenilir şekilde saptayın ve ortalama 100 Kb çözünürlükte 110 bilinen
genetik hastalığı inceleyin. Genom’un tamamını, polimorfizmi en aza indirgerken
pathojenik varyantları saptamak için geliştirilmiş bir çözünürlük olan yarım
megabase’de ekrana getirin.
Daha kolay yorumlama. BlueFuse Multideki gelişmiş algoritmalar, DecisionTrack
teknolojisi kullanılarak gen içeriği ve KSV sıklığı açısından kolaylıkla incelenebilecek
dengesizliklerin detaylı bir listesini oluşturur. DecisionTrack, hangi dengesizliklerin
potansiyel olarak patojenik ve hangilerinin muhtemelen zararsız olduğuna ilişkin hızlı,
bilgili ve denetlemeli kararlar yapmaya olanak tanır. Daha sonra, ISCN’ye uygun
raporlar, tek bir tıklamayla oluşturulabilir.
Basit doğrulama. CytoChip’ler geniş bir doğrulamaya sahip Roswell Park Kanser
Kurumunun BAC kütüphanesinden gelen klonlarla imal edilir, böylece tüm sonuçlar
için tam bir “RP” sınıflandırması sağlanmış olur. Sonuçların fiziksel yerini
doğrulamak ve ebeveyn numunelerini incelemek için CytoChip üzerindeki her bir klon
etiketlenmiş FISH probu olarak sipariş edilebilir.
Esnek tasarım. Her bir CytoChip üzerindeki iki hibridizasyon alanı, hacme, maliyete
ve numune kalitesine bağlı olarak dye swap tasarımları veya her dizi için iki numune
seçeneği sunar.
Konusunda bilgili destek. Eğitimli laboratuar personelinden ayrıntılı yardım almak
için Mavigenom’un destek hattını arayın.
“17p’lik bir duplikasyon numunesini incelerken, var olan ticari dizimiz yalnızca 2 ardıl
olmayan klon saptarken, CytoChip aynı bölgede 22 klonun çoğaltıldığını saptadı. Prob
yoğunluğundaki bu artış, ve geliştirilmiş performans sonuçların hem güvenilirliğini hem de
yorumlama kolaylığını son derece arttırdı.” Dr. Karen Swisshelm, Colorado Genetik
Laboratuarı Direktörü
“CytoChip’leri kullanmak ve yorumlamak çok kolay. Yüksek çözünürlükte kopya sayısı
dengesizliğini incelemek için bunları rutin olarak kullanıyoruz.” Udo Koehler, Sitogenetik
bölüm başı, Medizinisch Genetisches Zentrum Munich
“CytoChip’ler yalnızca karyotiplemeyle elde edilebilenden daha fazla bilgiyi, daha hızlı
şekilde elde edebiliyor.” Marcel Nelen, PhD, Klinik Moleküler Genetikçi, Tıbbi Genetik
Bölümü, UMC Utrecht
Pek çok bilim adamına göre hamile kalmada veya sürdürmede başarısızlığın temel faktör
embriyodaki hücrelerin yanlış sayıda kromozom içermesidir, bu duruma anöploid denir.
24sure bilim adamlarının anöploid taramasını yapmasını ve bir yumurta ya da embriyoda
doğru sayıda kromozom bulunduğunu doğrulamasını sağlayan ilk dizi teknolojisidir. Pek çok
araştırmacı bunun tüp bebek tedavisi sırasında transfer edilen embriyonun şansını arttırarak,
başarılı bir hamilelik sağlayacağına inanmaktadır.
24sure benzersizdir, çünkü moleküler seviyedeki kromozonların binlerce bağımsız ölçümünü
yapmaktadır. Embriyonun veya sınırlı sayıdaki kromozonun bir mikroskop altında görsel
olarak incelenmesine dayanan önceki tekniklere göre, bunun daha kesin ve net olduğuna
inanılmaktadır.
24sure otomatikleştirilmiş ve nesneldir, bu da sonuçlara son derece güven duyulabilir
anlamına gelir. 24sure ile bir tarama 12 saat gibi kısa bir sürede tamamlanabilir.
24sure ilk ve ikinci kutup küreciğinde, blastomer biyopsilerinde ve trofektoderm
biyopsilerinde tarama yapmak için kullanılabilir.
24sure+’da sab-kromozal anöploid’in sınıflandırılmasını sağlamak için gelişmiş bir genomik
taramaya sahiptir, örn. genellikle tekrarlayan düşük vakalarıyla ilişkili dengesiz
translokasyonlar.
24sure’un canlı doğum oranı üzerindeki etkisi, devam etmekte olan çeşitli araştırmaların da
konusu durumundadır.
24sure hakkında daha fazla bilgi için, lütfen ürün broşürünü indirin ve www.24suretest.com
adresine göz atın.
24sure yalnıza araştırmalar içindir ve teşhis prosedürlerinde kullanılmaz.
ArrayCGH, tüm genomdaki yerlerden kopya sayısı varyasyonunun (KSV’ler) çeşitli bölgeler
belirleyebilen yüksek çözünürlüklü bir ekran sunar. Mevcut uygulama, tüm ilgili KSV’lerin
FISH ile teyit edilmesi uygulamasıdır (florasan yerinde hibridizasyon). BlueFish Tilepath’ın
sadece araştırma amaçlı probları tüm genoma yayılan kaliteli FISH probları sağlayarak bu
gereksinimlerin karşılanmasını sağlar.




Tüm genomun kapsanması. BlueFish Tilepath kütüphanesi 26,000’den fazla prob
içerir; türünün en genişidir. BlueFish problarının yüksek dereceli yoğunluğu ilgili
bölgede doğru probun mevcut olmasını sağlar.
Standart. BlueFish probları Roswell Park Kanser Enstitüsü'nden alınan ticari bir
lisans kapsamında sağlanır.Bilinen RP terminolojisine literatür ile herhangi bir
uygulamaya yönelik en iyi probun kolaylıkla tanımlanmasını sağlayan belli başlı tüm
genom tarayıcılarında yaygın olarak atıfta bulunulmaktadır.
Online hizmet. Kapsamlı çevrimiçi sipariş olanakları klonların, RP terminolojisi,
sitogenetik bant ve orta nokta konumuna göre seçilmelerini sağlar. SpectrumGreen™
or SpectrumOrange™ muadili olmak üzere etiket seçimi yapılır; bunun ardından
gereken prob üretim için sunulur ve teslimat ise tipik olarak 14 gün içinde gerçekleşir.
Daha kolay yorumlama. Doğrudan etiketleme ve basit protokoller, metafaz
kromozomlarındaki KSV'lerin hızlı, hassas ve belirli bir şekilde doğrulanması için
yüksek sinyal ve düşük artalan sağlar.
Tüm BlueFish Tilepath probları, MaviGenom’un CytoChip’inde kullanılan sıkı kalite
kontrolü ve üretim prosedürlerine tabi tutulur. Genomun, Tilepath problarında yansıtılacak
olan önemli çapraz homoloji bölgeleri içerdiği bilinmektedir, bu durum prob seçiminde göz
önüne alınmalıdır.
BlueFish kalite kontrolü dokümantasyonunu indirmek için buraya tıklayın (oturum açma
gerektirir).
Sipariş bilgisi
Açıklama
Model no.
BlueFish Tilepath probu 4142-1
BlueFish’i laboratuarınızda değerlendirmek amacıyla iki ücretsiz prob için
lütfen bizimle iletişime geçin.
BlueFish sadece araştırma amaçlı kullanım içindir ve tanısal prosedürler amaçlı kullanımlar
için değildir.