Teknik Şartname

0170NAP13 projesi için gerekli sarf/kimyasal malzeme listesi ve teknik özellikleri
Sıra
1.
Satın Alınacak Sarf Malzeme
Primer sentezi, 400 baz
Teknik Özellikleri
1. Primerler oligonükleotid olarak sentezlenmelidir.
2. Primerler liyofilize halde sentezlenmelidir.
3. Primerler 200 nmol (0.2 mol) skalada olmalıdır.
4. Primerlere tuzdan arındırma (desalted) saflaştırma yapılmalıdır.
5. Primerler yurt dışında sentez ettirilmelidir.
6. Primelerin sentez ettirildiği firma IQNet ISO 9001 : 2008, ISO 9001 :
2008 ve ISO 13485 : 2003 + AC: 2009 belgelerine sahip olmalıdır ve bu
belgeler teklife mutlaka eklenmelidir.
7. Primerlerin toplam uzunluğu 400 baz olmalıdır.
2.
Parafin Bloktan RNA İzolasyon
Kiti , 1 adet
1. Kit bir çok doku materyalinin formalin içerisinde fikse edilmiş,
parafin blok içerisine gömülmüş ve taze dondurulmuş (fresh-frozen)
örneklerinden total RNA izolasyonu için uygun olmalıdır.
2. Kit 5-10 m formalin ile fikse edilmiş doku kesitlerinden, kolon,
böbrek, meme, karaciğer ve dalak gibi insan/hayvan dokularının parafin
blok içerisine gömülmüş örneklerinden, 20-30 g taze dondurulmuş
doku örneklerinden total RNA eldesi için uygun olmalıdır.
3. Kit spin kolon teknolojisine dayalı çalışmalıdır.
4. Kit içerisinde DNaz I enzimi bulunmalı ve materyal içerisindeki DNA
bu enzim ile parçalanmalıdır.
5. Kit kolonları mikrosantrifuj ile kullanıma uygun olmalıdır.
6. Kolonlar kullanılarak formalin ile fikse edilmiş doku örneklerinden
150-1500 baz arasında büyüklüğe sahip RNA fragmanlarının izolasyonu
mümkün olmalıdır.
7. Kit 100 reaksiyon/izolasyon yapabilme kapasitesine sahip olmalıdır.
8. Kit içerisinde çalışma için gerekli tüm solüsyonlar (liziz solüsyonu,
bağlanma tamponu, yıkama solüsyonları, proteinaz K, DNaz I, elution
tamponu vb.), spin kolonlar ve toplama tüpleri (ikişer adet)
bulunmalıdır.
9. Elde edilen RNA'nın A260/A280 oranı 1.7–2.0 arasında olmalıdır.
10. Kit ile toplam ekstraksiyon süresi 2 saati geçmemelidir.
11. Kit tüm içeriği ile birlikte oda sıcaklığında saklanabilmelidir.
12. Kit içerisinde basılı şekilde kullanma kılavuzu bulunmalıdır.
13. Kitin kullanım süresi (miyadı) en az bir yıl olmalıdır.
3.
cDNA sentez kiti, 100
reaksiyonluk, 1 adet
1. Kit total RNA'dan cDNA sentezi gerçekleştirebilmelidir.
2. Kit içerisinde High Fidelity Reverse Transcriptase enzimi bulunmalıdır.
Bu enzim ile total RNA, mRNA, viral RNA ve in vitro transcribed RNA'dan
proof reading özelliği ile yüksek doğrulukta transkripsiyon
yapabilmelidir.
3. Kit 100 reaksiyon gerçekleştirebilmelidir.
4. Kit içerisinde enzimin çalışması için uygun 5x reaksiyon tamponu
bulunmalıdır.
5. Kit içerisinde protector RNaz inhibitörü solüsyonu bulunmalıdır.
6. Kit içerisinde dNTP karışımı (herbirinden 10 mM konsantrasyonda
dATP, dTTP, dCTP, dGTP) bulunmalıdır.
7. Kit ile birlikte anchored oligo (dT)18 primer (50 M konsantrasyonda)
ve random hexamer primer (600 M konsantrasyonda) birlikte
verilmelidir.
8. 0.1 M DTT ve en az 2 ml PCR grade su kit içerisinde bulunmalıdır.
9. Kit içerikleri ile birlikte -20 C'de muhafaza edilebilmelidir.
10. Kit içerisinde yer alan enzimin hata oranı (error rate) 3.1x106 bazdan
fazla olmamalıdır.
1
11. Kit kalitatif ve kantitatif RT-PCR yapabilme özelliğine sahip olmalıdır.
12. Kit ile birlikte basılı kullanım kılavuzu verilmelidir.
13. Kitin kullanım süresi (miyadı) en az bir yıl olmalıdır.
4.
SYBRGreen I Real-Time PCR
Kiti, 500 reaksiyonluk,
3 adet
1. Kit, SYBRGreen teknoloji kullanarak Real-Time PCR çalışmalarına ve
LightCycler 480 II cihazında çalışmaya uygun olmalıdır.
2. Bir kit 20 l'lik en az 500 reaksiyon yapabilmelidir ve genomik DNA,
plasmid DNA ve cDNA moleküllerini kalıp olarak kullanabilmelidir.
3. Kit içerikleri ile birlikte -20 C'de muhafaza edilebilmelidir.
4. Kit içerisinde 2x konsantrasyonda kullanıma hazır reaksiyon karışımı
olmalıdır. Reaksiyon karışımı FastStart Taq DNA Polimeraz, reaksiyon
tamponu, dNTP karışımı (dUTP içeren), SYBR Green I DNA boyası ve
MgCl2 içermelidir.
5. Kit içerisinde en az 5 ml PCR grade su bulunmalıdır.
6. Kit, 50-100 ng DNA veya 108 kopya plasmid DNA'dan reaksiyon
gerçekleştirebilmelidir.
7. Kit ile elde edilecek DNA amplifikasyonları, Cp değerlerinin
belirlenmesi, absolute ve relative quantification ve melting curve
analizleri için uygun olmalıdır.
8. Kit ile birlikte basılı kullanım kılavuzu verilmelidir.
9. Kitin kullanım süresi (miyadı) en az bir yıl olmalıdır.
5.
Mikroplate, 96-well, beyaz,
50'lik, 1 kutu
1. 96 kuyucuklu, yarı etekli, konik tabanlı, 10-100 l reaksiyon hacimleri
için uygun olmalıdır.
2. Mikroplakalar beyaz renkte olmalıdır.
3. Mikroplakaların yan yüzeyinde LightCycler 480 II cihazı tarafından
okunabilen barkod olmalıdır.
4. Mikroplaka ısıl dayanıklılığı ve optik özellikleri Real-Time PCR
çalışmaları için uygun olmalıdır.
6.
Mikroplate sealing foil,
50'lik, 1 kutu
1. Real-Time PCR çalışmalarında 96-kuyucuklu mikroplakaların
yüzeylerinin kapatılmasında kullanılacak yapışkan, buharlaşmayı ve
kontaminasyonu önleyici transparan film olmalıdır.
2. Sealing foil optically clear özellikte olmalı ve fluoresan sinyallerden
etkilenmemelidir.
3. Sealing foil'in ısıl stabilitesi -40°C ila +120°C arasında olmalıdır.
7.
Phusion High Fidelity DNA
polymerase, 500 U, 2 adet
1. Termostabil Phusion DNA polimeraz enzimi 500 ünite olmalıdır.
2. Enzimin hata oranı (error rate) en fazla 4.4 × 10-7 olmalıdır.
3. Enzim 5´→3´ DNA polimeraz aktivitesine, 3´→5´ exonuclease
aktivitesine sahip olmalıdır. Amplifikasyon ürünlerinde kapalı uçlar
(blunt ends) üretebilmelidir. Enzim aynı zamanda uzun DNA
moleküllerini örneğin 7.5 kb genomik DNA ve 20 kb λ DNA'yı amplifiye
edebilme özelliğine sahip olmalıdır.
4. Enzim 2U/l konsantrasyonda olmalıdır.
5. Enzim ile birlikte reaksiyonlarda kullanılacak 5x Phusion HF Buffer (6
× 1.5 mL), 5x Phusion GC Buffer (2 × 1.5 mL), 50 mM MgCl2 (2 × 1.5 mL),
DMSO (500 μL) verilmelidir.
6. Enzim, 20 mM Tris-HCl (pH 7.4), 0.1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100 mM
KCl, stabilizers, 200 μg/mL BSA ve 50% glycerol içerisinde muhafaza
edilir olmalıdır.
7. Enzim ve diğer solüsyonlar -20 C'de muhafaza edilmelidir.
8. Enzim ile birlikte basılı şekilde reaksiyon ve içerik talimatı olan
kullanım kılavuzu verilmelidir.
8.
dNTP Set, 100 mM, 4x1ml, 1
1. dNTP set, 4 adet ayrı tüplerde, sıvı halde, 1 ml'lik 100 mM dATP, 100
2
adet
mM dCTP, 100 mM dGTP, 100 mM dTTP içermelidir.
2. dNTP set moleküler biyoloji grade olmalıdır.
3. dNTP set, PCR, long PCR, RT-PCR, cDNA synthesis, primer extension,
DNA sequencing, DNA labeling çalışmaları için uygun olmalıdır.
4. dNTP solüsyonlarının saflığı ≥99% (HPLC) olmalıdır.
5. dNTP solüsyonlarının konsantrasyonları 100±5 mM olmalıdır.
6. dNTP solüsyonlarının pH değerleri 7.0-7.5 olmalıdır.
7. dNTP solüsyonları -20 C'de muhafaza edilmelidir.
8. dNTP set ile birlikte basılı şekilde reaksiyon ve içerik talimatı olan
kullanım kılavuzu verilmelidir.
9.
DNA ladder, 20 bp, 1 adet
1. DNA ladder 50 g (0.1 μg/μL) konsantrasyonda olmalıdır.
2. Kullanıma hazır şekilde olmalıdır ve 100 mini jele yetecek miktarda
olmalıdır.
3. DNA ladder ile birlikte 1 mL 6x DNA Loading Dye verilmelidir.
4. DNA ladder, jel görüntüsünde 15 band vermelidir. Bandlar 300, 280,
260, 240, 220, 200, 180, 160, 140, 120, 100, 80, 60, 40, ve 20 bp
büyüklüklerde olmalıdır. Parlak bandlar ise 100, 200 ve 300 bp
büyüklükte olmalı ve bu bandlar referans olarak kullanılabilmelidirler.
5. DNA ladder oda ısısında veya +4 C'de saklanabilmelidir.
6. DNA ladder saklama ve yükleme boyası 10 mM Tris-HCl
(pH 7.6), 10 mM EDTA, 0.025% orange G, 0.005% xylene cyanol FF ve
10% glycerol içermelidir.
10.
Agaroz, 100 g, 1 adet
1. Moleküler biyoloji çalışmaları için uygun olmalıdır.
2. Düşük EEO (Electroendosmosis) ( 0.08-0.11) değerlerine sahip
olmalıdır.
3. Gel strength değerleri %1 jel için ≥1200 g/cm2 ve %1.5 jel için ≥2300
g/cm2 olmalıdır.
4. Jelleşme sıcaklığı %1.5 jel için 34.0-38.0 °C olmalıdır.
5. DNaz ve RNaz enzimlerinden arındırılmış olmalıdır.
6. Oda ısında saklanabilir özellikte ve toz halinde olmalıdır.
7. Sülfat oranı ≤0.10% olmalıdır.
8. Nem oranı ≤8.0% olmalıdır.
11.
PCR tüpü, 0.2 ml,
1000'lik, 2 paket
1.
Tüpler 0.2 ml hacminde olmalıdır.
2.
‘Flat Cap’ (düz kapaklı) olmalıdır.
3.
RNaz, DNaz ve pyrogen free özellikte olmalıdır.
4.
Her pakette 1000 adet tüp bulunmalıdır.
5.
Steril olmamalıdır.
3
6.
Ultra ince duvar yapısıyla ısı iletimi yüksek olmalıdır.
7.
Tüpler konik tabanlı olmalıdır.
8.
Tüpler polipropilen malzemeden mamül ve şeffaf renkte olmalıdır.
9.
Tüpler otoklavlanabilir özellikte olmalıdır.
12.
DNA dye, 0.5 ml, 10.000x, 2
adet
1. DNA boyası 10,000x konsantrasyonda non-mutajenik ve non-toksik
fluoresan özellikte olmalıdır.
2. UV transilluminatör ve jel görüntüleme sistemlerinde DNA'ya
bağlanan boya etidiyum bromür veya SYBR Green filtreleri ile
görüntülenebilmelidir.
3. Agaroz jellerine elektroforez öncesinde eklenebilir özellikte olmalı ve
agarozun ısısından etkilenmemelidir.
4. DNA boyası elektroforez sonrası jellerin boyanması için de uygun
olmalıdır.
5. Boya 2-8 C'de 1 yıl stabilitesini koruyabilmelidir.
6. DNA boyasının tespit duyarlılığı en az 6 ng DNA (>500 bp) ve 12 ng
DNA (50bp) olmalıdır.
7. DNA boyası DNA'nın jel içerisindeki migrasyonunu etkilememelidir.
8. DNA boyası ile birlikte basılı şekilde kullanım ve içerik talimatı olan
kullanım kılavuzu verilmelidir.
13.
FGF-2 Antibody (147)
200 µg/ml, 1 adet
1.
Köpek türünde çalışmalıdır.
2.
İmmunhistokimya çalışmaları için uygun olmalıdır.
3.
Parafin bloktan elde edilen örneklerde çalışmalıdır.
4.
200 µg/ml konsantrasyonunda olmalıdır.
1.
Köpek türünde çalışmalıdır.
2.
İmmunhistokimya çalışmaları için uygun olmalıdır.
3.
Parafin bloktan elde edilen örneklerde çalışmalıdır.
4.
200 µg/ml konsantrasyonunda olmalıdır.
1.
Köpek türünde çalışmalıdır.
2.
İmmunhistokimya çalışmaları için uygun olmalıdır.
3.
Parafin bloktan elde edilen örneklerde çalışmalıdır.
4.
200 µg/ml konsantrasyonunda olmalıdır.
1.
Köpek türünde çalışmalıdır.
2.
İmmunhistokimya çalışmaları için uygun olmalıdır.
3.
Parafin bloktan elde edilen örneklerde çalışmalıdır.
4.
200 µg/ml konsantrasyonunda olmalıdır.
1.
Köpek türünde çalışmalıdır.
2.
İmmunhistokimya çalışmaları için uygun olmalıdır.
14.
15.
16.
17.
VEGF Antibody (C-1)
200 µg/ml, 1 adet
TGFβ1 (V) Antibody
200 µg/ml, 1 adet
PDGF-A Antibody (E-10) 200
µg/ml, 1 adet
PDGF-C Antibody (C-17) 200
µg/ml, 1 adet
4
18.
19.
20.
PDGFR-α Antibody (C-20) 200
µg/ml, 1 adet
Tris, 500 g, 1 adet
EDTA disodium salt dihydrate,
500 g, 1 adet
3.
Parafin bloktan elde edilen örneklerde çalışmalıdır.
4.
200 µg/ml konsantrasyonunda olmalıdır.
1.
Köpek türünde çalışmalıdır.
2.
İmmunhistokimya çalışmaları için uygun olmalıdır.
3.
Parafin bloktan elde edilen örneklerde çalışmalıdır.
4.
200 µg/ml konsantrasyonunda olmalıdır.
1.
Biotechnology grade veya moleküler biyoloji grade özellikte
olmalıdır.
2.
En az % 99.8 saflıkta olmalıdır.
3.
Arsenik düzeyi % 0.0005’ten küçük olmalıdır.
4.
Bakır düzeyi % 0.0001’den küçük olmalıdır.
5.
Proteaz, DNaz ve RNaz içermemelidir.
1.
Biotechnology grade veya moleküler biyoloji grade özellikte
olmalıdır.
2.
‘Disodium Salt Dihydrate’ özellikte olmalıdır.
3.
En az % 99.0 saflıkta olmalıdır.
4.
Kurşun düzeyi % 0.005’ten küçük olmalıdır.
5.
Proteaz, DNaz ve RNaz içermemelidir.
5