FastPCR©: Useful free software for molecular biologists

196
FastPCR©: Useful free
software for molecular
biologists
Program: FastPCR©
Author: Dr. Ruslan Kalendar
(e-mail: [email protected])
License: Freeware
FastPCR at a glance
FastPCR is an integrated software that contains multiple
useful modules for molecular biologists in one package.
Recently, this software has been extensively used and cited
in many articles in peer-reviewed journals. By using Google
search, one can track almost 122 citations which have used
FastPCR modules with different molecular biology research
purposes. The freeware license and the multifunction modules, besides the quick ability to produce results, make it a
popular program among molecular biologists nowadays.
FastPCR history
The program was officially launched online in 1999 and
developed dramatically since then. The earlier versions (3.0
and above) were created to aid biologist in many PCR applications, like primer design; in silico PCR prediction, primer
dimer formation, control algorithms, Tm calculations, etc..
The latest version, V5.2, contains other new feature tools,
such as modules for finding long terminal repeats (LTRs) for
retrotransposons, miniature inverted-repeat transposable
elements (MITEs) and simple sequence repeats (SSRs) from
any genomic DNA sequence.
- When large number of data are executed, most modules are faster compared to other programs,
- Contain different modules that serve different research purposes in molecular biology.
- It works with DNA, RNA or protein sequences at
the same time.
- Have been used and cited in many articles published in peer-reviewed journals.
Disadvantages of FastPCR
- The manual has not been updated since version 4.0.
- Does not work online to retrieve data from the databases.
- Many features are not well organized in the menus.
- The manual is not comprehensive especially for the
first time users
- "Alignment" menu does not contain the known
modules for alignment like local or global; instead it
contains clustering module.
Software design
Although the user interface is simple, it needs some
time for the first timers to get used to it. The author
used Visual Basic as medium for designing the program, which is not commonly used in designing bioinformatics software because of its limitations. In addition, the menu needs to be redesigned in a logical order.
Restrictions for use
As written in the help manual, citation of FastPCR is
necessary and requires co-authorship with a minimum
of 10% participation. This restriction may frighten
researchers who would prefer to be the only author in
their articles.
FastPCR contribution to research
Freeware availability
Many researchers in molecular biology have used FastPCR
modules during their original research for designing primers and probes in addition to optimising their PCR conditions. Recently, many genomic LTR retrotransposons and
MITEs were discovered in different organisms by using
new features of FastPCR and published in NCBI database.
A public version of the software FastPCR is accessible under
http://www.biocenter.helsinki.fi/bi/programs/
fastpcr.htm or from PrimerDigital Ltd:
http://primerdigital.com/index.php?page=36
Advantages of FastPCR
- Stand alone software for Windows, Linux and Mac that
does not require internet.
Ahmed Mansour
Department of Genetics
Faculty of Agriculture
Zagazig University
Egypt
Software Review
FastPCR©: Moleküler
Biyologlar için kullanışlı
bir yazılım
Program: FastPCR©
Yazar: Dr. Ruslan Kalendar
(e-posta: [email protected])
Lisans: Ücretsiz
FastPCR’a genel bakış
FastPCR moleküler biyologlar için tek bir pakette yararlı
bir çok modülden oluşan bir bilgisayar yazılım programıdır. Yakın zamanda bu program bir çok hakemli dergide
çıkan yayınlarda kullanılmış ya da bahsedilmiştir.
“Google” ile yapılan taramalarda farklı moleküler biyoloji
araştırmalarında kullanıldığını gösteren 122 atıf bulunmuştur. Çabuk sonuç elde edebilmenin dışında, ücretsiz
olması ve birden fazla işlevi olan modüllere sahip olması
FastPCR’ı moleküler biyologlar arasında popüler bir
program haline getirmiştir.
FastPCR’ın tarihçesi
Program ilk olarak 1999 yılında kullanıma sunulmuş ve
o zamandan beri hızla geliştirilmiştir. Önceki versiyonları (3.0 ve üzeri) primer tasarımı, in silico PCR tahmini, primer dimer oluşumu, kontrol algoritmaları, Tm
hesaplamaları gibi birçok PCR uygulamalarında biyologlara yardımcı olmak üzere oluşturulmuştur. Programın en son versiyonu olan V5.2, herhangi bir genomdaki uzun uç tekrarlarını (“long terminal repeat”LTR), minyatür ters çevrilmiş retrotranspozlanabilir
elementleri (“miniature inverted-repeat transposable
elements”-MITE) ve basit dizi tekrarlarını (“simple
sequence repeat”SSR) ortaya çıkaran yeni modüllerin
eklenmesi ile daha da geliştirilmiştir.
FastPCR’ın avantajları
-İnternete ihtiyaç duymaz ve Windows, Linux ve
Mac işletim sistemlerine uyumludur
-Yüksek miktarda veri kullanıldığında bir çok programa kıyasla daha hızlıdır
-Moleküler biyolojide farklı araştırma alanları için
farklı modüller içerir
-DNA, RNA ve protein dizileri ile aynı anda çalışılabilir
-Bir çok hakemli dergide yayınlanan makalelerde
kullanılmış ya da atıfta bulunulmuştur
FastPCR’ın dezavantajları
-Kullanma kılavuzu 4.0 versiyonundan sonra yenilenmemiştir
-Veri bankalarından veri almak üzere web üzerinden çalışmamaktadır
-Birçok özelliği menüde çok iyi organize edilmemiştir
-Kullanma kılavuzu özellikle ilk kullananlar için
anlaşılmazdır
-“Alignment” menüsü lokal ya da global gibi bilinen algoritmaları içermemektedir; bunun yerine
“clustering” modül bulunmaktadır
Software Tasarımı
Kullanıcı açısından kolay olmasına rağmen, ilk defa
kullananların alışması biraz zaman almaktadır. Programın yazarı tasarımı için “Visual Basic” kullanmıştır;
bu programlama dili, biyoinformatikte kısıtlamalarından dolayı tercih edilmemektedir. Buna ek olarak,
menü bir mantık sırasına göre yeniden tasarlanmalıdır.
Kullanım için kısıtlamalar
Kullanım kılavuzunda belirtildiği gibi, FastPCR’ın
atfedilmesi gerekmekte ve asgari % 10 katılım ile
yazar ortaklığı istenmektedir. Bu kısıtlama yayınlarında tek yazar olmak isteyen araştırmacıları korkutabilir.
Ücretsiz edinim
FastPCR’ın araştırmaya katkısı
Moleküler biyoloji alanında çalışan birçok araştırmacı
FastPCR modüllerini PCR koşullarını optimize etmenin
dışında primer ve sonda tasarımı için kullanmışlardır.
Son olarak, birçok genomik LTR retrotranspozonları ve
MITE’lar farklı organizmalarda FastPCR’ın yeni özellikleri kullanılarak ortaya çıkartılmış ve NCBI veri
bankasında yayınlanmıştır.
FastPCR’ın halka açık versiyonu,
http://www.biocenterhelsinli.fi/bi/programs/fastocr.htm
ya da PrimerDigital Ltd:
http://proimerdigital.com/index.php?page=36 adreslerinden temin edilebilir.
Ahmed Mansour
Genetik Bölümü
Ziraat Fakültesi
Zagazig Üniversitesi
Mısır
xc197