GelAnalyzer 3 ©: The first Arabic Bioinformatic software for gel

Software Review
GelAnalyzer 3 ©: The first
Arabic Bioinformatic
software for gel analysis
Author: Nouh Eid Ahmed
([email protected])
License: Freeware
Gel Analyser at a glance
GelAnalyser3 is a software that contains useful
modules for gel analysis in Arabic language
created by a young Egyptian scientist and programmer. Recently, this software has been used
extensively and developed through three different
versions. It supports Arabic and English languages and have been cited in some articles in
peer-reviewed journals. The freeware license and
the Arabic language supported modules besides
the quick ability to produce results, make it a
popular program among Arab molecular biologists nowadays.
Program history
The program was officially launched online in
2004 and developed dramatically since then. The
earlier versions (1.0 and 2.0) were created to aid
biologist in simple gel analysis applications for
both protein and DNA. For example band detection; relative mobility (RF) calculation, molecular
weight calculation etc., and it can provide the
results in both notepad and excel format.
The latest version, GelAnalyser3, contains
many other new features. For example, it has
modules for marker test, indentifying the type of
every band and calculating its frequency, calculating the polymorphism percentage, determining
semi-common bands and polymorphic bands, and
most importantly adding an English interface.
Contribution of Gel Analyzer to research
Many Arabic researchers in molecular biology
have used GelAnalyser modules in gel analysis.
In addition, analyses results can be exported to
excel sheets which could be useful for further
analysis with other software. The results output
format is compatible with many other programs.
79
Advantages and disadvantages of Gel Analyser3
Advantages
- Stand alone software under Windows and
does not depend on internet.
- Fast enough to execute data in minimum time
compared to other programs.
- Contain different modules for Gel Analysis,
for both DNA and protein.
- The author was keen to explain the scientific
bases of every module.
- Simple interface in both Arabic and English.
Disadvantages
- The manual is too summarized and needs to be
improved.
- Does not work online to retrieve the data and
it exists on a personal home page.
- The program does not work properly under
some Windows versions ( it works under Arabic
enabled version only).
- Does not support other operating systems.
- Does not show the full gel image, although it
is said so in the manual.
Software design
Although the user interface is simple, it needs some
time for the first timers to get used to it, specially,
to know how to add the right size photo. The author
used Visual Basic as medium for designing the
program which is not a powerful programming
language in designing bioinformatics software. The
menus are designed in a logical and nice order.
Restrictions in use
The author did not impose any restrictions in using
the software. However, he urges the users to cite
the software in their articles.
Freeware availability
A public version of the software "GelAnalyzer3" is
accessible
under:
the
web
site
http://www.geocities.com/egygene
Ahmed Mansour,
Genetic Department,
Faculty of Agriculture,
Zagazig University, Egypt.
80
GelAnalyzer3 ©:
Jel analizi için ilk Arapça
biyoinformatik yazılımı
Yazar: Nouh Eid Ahmed
([email protected])
Lisans: Ücretsiz yazılım
Bir bakışta GelAnalyzer
GelAnalyzer3, Mısırlı genç bilim adamları ve
programcıları tarafından yaratılan jel analizi için
yararlı modüller içeren Arapça bir yazılımdır.
Son zamanlarda bu yazılım yaygın olarak
kullanılmış ve üç farklı sürüm ile geliştirilmiştir.
Yazılım Arapça ve İngilizce olabilir. Yazılıma
hakemli dergilerde atıfta bulunulmuştur. Kısa
sürede sonuç üretmesinin yanında ücretsiz
yazılım ve Arapça modüllerin olması yazılımı
Arap moleküler biyologlar arasında popüler
yapmıştır.
Programın Tarihçesi
Bu program resmi olarak 2004 yılında internet
üzerinde başlatılmış ve o tarihten beri çarpıcı bir
şekilde geliştirilmiştir. İlk versiyonları (1.0 ve
2.0) protein ve DNA’nın basit jel analizi
uygulamalarında biyologlara yardımcı olmak için
yaratılmıştır. Örneğin bant tespiti, göreceli hareket hesaplaması, moleküler ağırlık hesaplanması
ve bunun gibi analizlerin sonuçlarını notepad ve
excel formatında elde etmek mümkündür.
En son sürüm olan GelAnalyzer3’ün birçok
diğer özellikleri vardır. Örneğin, markör testi
için, her bandın tanımlanması ve frekansın
hesaplanması,
polimorfizmin
yüzdesinin
hesaplanması ve polimorfik bantların belirlenmesi ve en önemlisi İngilizce arayüz eklenmesi için
modüllerinin bulunması.
Gel Analyzer’in araştırmaya katkısı
Bir çok Moleküler biyoloji alanında araştırma
yapan çoğu Arap araştırmacılar Gel analizinde
GenAnalyzer modüllerini kullanmaktadırlar.
Buna ek olarak, diğer yazılım programlarıyla
yapacakları ileriki analizler için kendi sonuçlarını
Excel sayfası olarak elde edebilmektedirler. Sonuç çıktı formatı, birçok program ile uyumludur.
GelAnalyzer3’un avantaj ve dezavantajları
Avantajlar
Windows kullanımı için internet bağlantısına gerek
yoktur
Diğer programlara göre verimin incelenmesi
hızlı bir şekilde minumum sürede gerçekleşir
DNA ve protein için farklı jel Analizi modülleri
içerir
Yazar her modülün bilimsel esaslarını
açıklamıştır
Arapça ve İngilizcede basit interfas
Dezavantajlar
El kitabı çok özel hazırlanmış ve geliştirilmesi
gerekmektedir
Dataya erişmek için çevrimiçi çalışmıyor ve
kişisel ana sayfaya çıkar
Bazı Windows versiyonlarında program uygun
şekilde çalışmaz (yalnızca Arapça versiyonlarda
çalışır)
Diğer işletim sistemlerini desteklemez
El kitabında belirtilmiş olmasına rağmen, bütün
bir jel görüntülenemiyor
Yazılım Taslağı
Kullanıcı arayüzünün basit olmasına rağmen, ilk
defa kullananlar için, özellikle de doğru boyutta
resmin nasıl eklendiğini öğrenmek için zaman
gerekmektedir. Programın taslağı için yazar biyoinformatik yazılım tasarlaması için kuvvetli bir program dili olmayan Visual Basic kullanmıştır.
Menüler mantıklı ve hoş bir sırada tasarlanmıştır.
Kullanımda Kısıtlamalar
Yazar, yazılım kullanımında herhangi kısıtlama
yapmamıştır. Fakat kullanıcıların yazılımı makalelerinde belirtmesi için ısrarla tavsiyede bulunur.
Ücretsiz kullanılabilirlik:
GelAnalyzer3yazılımının herkese açık versiyonuna belirtilen internet adresinden ulaşılabilir:
http://www.geocities.com/egygene
Ahmed Mansour
Genetik Bölümü,
Tarım Fakültesi,
Zagazig Üniversitesi, Mısır