731 XIX. Ulusal Kimya Kongresi, Kuşadası, 2005 FKP165

XIX. Ulusal Kimya Kongresi, Kuşadası, 2005
FKP165
PEPTİDLERDE DEAMİDASYON MEKANİZMALARININ MODELLENMESİ
Şaron Çatak1, Viktorya Aviyente1, Geráld Monard2, Manuel F. Ruiz López2
1
Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Bölümü, 34342 İstanbul
2
Henri Poincaré Üniversitesi, Teorik Kimya ve Biyokimya Bölümü, Nancy, Fransa
Fizyolojik koşullarda, proteinler deamide olarak (amin dışarılayarak) eskirler. Deamidasyon tepkimesi
protein ve peptidlerde doğal olarak yer alır [1]. Deamidasyon tepkimesinin proteinlerde bulunan 20
amino asit arasında özellikle asparagin ve glutamin içeren peptidlerde yer alması bu tepkime için
mekanizma önerilmesine neden olmuştur. Mekanizmada, amidin halka oluşturması ve daha sonra
ortamda bulunan su ile hidrolize uğrayarak aspartik asit veya izo-aspartik asit oluşturması önerilmiştir
[2]. (Şekil-1)
Şekil-1
Deamidasyon tepkimesinin hız belirleyen adımını belirlemek üzere deamidasyon tepkimesinin
mekanizması model bir peptid ile modellenmiş ve deamidasyon olmadan önce halkanın oluştuğu;
halkanın amonyak dışarıladığı öne sürülmüştür [3]. Mevcut çalışmada, Density functional teorisi
(B3LYP/6-31+G*) kullanılarak, önerilen deamidasyon mekanizmasındaki halka oluşumuna ortamdaki
H2O
moleküllerinin
etkisi
incelenmiştir.
H2O
moleküllerinin
üzerinden
gerçekleşen
mekanizmaların eşik enerjileri karşılaştırılmıştır.
Kaynaklar
1.A. B. Robinson, C. Rudd, Curr. Top. Cell Regul. 1974, 8, 247-295.
2.S. Capasso, L. Mazzarella, F. Sica, A. Zagon, Peptide Res. 1989, 2, 195-197.
3.F. A. Konuklar, V. A. Aviyente, Org. Biomol .Chem. 2003, 1, 2290-2297
731
bu