PH–086 Farklı Habitatlardan İzole Edilen Bazı

PH–086
Farklı Habitatlardan İzole Edilen
Bazı Streptomyces Suşlarının Mültilokus Dizi Analizleri
Hayrettin Saygın, Anıl Sazak, Nevzat Şahin
Ondokuz Mayıs Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü, SAMSUN
[email protected]
Amaç: Mültilokus dizi analizi, prokaryotik türler arasındaki akrabalık ilişkilerinin, birden çok
protein-kodlayan gen bölgeleri ile belirlenmesi esasına dayanması ile son yıllarda hibridizasyon
çalışmalarına alternatif, pratik ve düşük maliyetli bir yöntem olarak dikkat çekmektedir. Bu
çalışmada, farklı habitatlardan izole edilen Streptomyces izolatlarının mültilokus dizi analizlerine
(MLSA) göre filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi amaçlanmaktadır.
Gereçler ve Yöntemler: Olası Streptomyces suşları göl, deniz sedimentinden ve farklı coğrafik
bölge topraklarından alınan örneklerden Starch-Casein Agar seçici izolasyon besiyerinde izole
edildi ve saflaştırıldı. Kromozomal DNA’sı ekstrakte edilen suşların evrensel primerler ile 16S rRNA
sekans analizi yapılarak filogenetik pozisyonları belirlendi. Filogenetik pozisyonlarına göre seçilen
18 suşun mültilokus dizi analizleri için recA, rpoB, atpD, gyrB ve trpB gen bölgeleri ve bunlara
uygun primerler kullanıldı. İlgili gen bölgelerinin ayrı ayrı sekans analizi yapılarak dizi verileri elde
edildi. Her bir gen bölgesi için ayrı ayrı ve birleştirilmiş filogenetik ağaçlar oluşturularak 16S rRNA
gen bölgesi nükleotid dizi temelli filogenetik veriler ile karşılaştırıldı.
Bulgular: Farklı habitatlardan Streptomyces seçici izolasyon besiyerinde 36 suş izole edilmiş, kabaca
Streptomyces cinsi üyelerine özgü morfolojik özelliklere sahip 27 suş saflaştırılmıştır. Bu suşlarının
tamamının 16S rRNA sekansı yapılmış ve elde edilen filogenetik verilere göre, 18 izolat ve bunlara
yakın akraba tip türlerinin mültilokus dizi analizleri beş gen bölgesi ile gerçekleştirilmiştir. 16S
rRNA sekans verilerine göre suşlar arasında belli oranda meydana gelen farklılaşmanın mültilokus
sekansı sonucu daha fazla olduğu görülmüş ve bu veriler uluslararası veritabanlarına sunulmuştur.
Sonuç ve Tartışma: Housekeeping genler olarak ifade edilen ve hücrede temel fonksiyonları
düzenleyen genlere dayalı filogenetik analizler, suşlar arasındaki akrabalık ilişkilerinin
açıklanmasında tekrarlanabilirliği zor ve pahalı bir yöntem olan DNA:DNA hibridizasyon testi
yerine kullanılabilir daha güvenilir, ucuz ve tekrarlanabilir bilgiler sunmaktadır.
Anahtar Kelimeler: Streptomyces cinsi, MLSA, recA, rpoB
1394
21. Ulusal Biyoloji Kongresi, 03–07 Eylül 2012, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye
http://www.ubk2012.ege.edu.tr