pulsed-fıeld gel electrophoresıs

advertisement
PULSED-FIELD GEL ELECTROPHORESIS
Bengül Durmaz, Rıza Durmaz
PFGE, moleküler tiplendirme yöntemlerinin altın standardı
olarak kabul edilmektedir. Bu yöntemde, sıvı veya katı besiyerinde
üretilen bakteriler, düşük erime ısılı agaroza karıştırılıp küçük
kalıplar içine dökülmektedir. Agaroz içine karıştırılan bakteri
hücreleri, deterjan ve enzim yardımıyla parçalanarak (in situ-lysis)
DNA izolasyonu yapılmaktadır. PFGE’de bozulmamış DNA gerekli
olduğundan, DNA’da kırılmalara yol açabilen geleneksel DNA
izolasyonu bu yöntem için uygun değildir. Liziz işlemini takiben
agaroz kalıpları iyice yıkanarak veya diyalize edilerek protein ve
karbon hidrat gibi kontaminantların uzaklaştırılması sağlanır. Büyük
olan kromozomal DNA agaroz jel içinde tutulu kalır. Agaroz içindeki
bakteriyel DNA, nispeten az sayıda ve büyük parçalar oluşturan bir
restriksiyon enzimi (RE) ile kesime uğratılmaktadır (in situdigestion). Daha sonra içinde kesime uğratılmış DNA parçaları
bulunan kalıplar, elektroforez uygulanacak jel içindeki uygun
çukurlara yerleştirilmekte ve belirli aralıklarla yönü değiştirilen
elektrik akımına tabi tutulmaktadır. Bu tip bir elektrik akımı, 10-800
kilobazlık DNA segmentlerinin net olarak ayırt edilmesine imkan
sağlamaktadır. Yöntem, Şekil 1’de özetlenmiştir. Elektroforez
sonucunda jel etidyum bromürle boyanarak, her bir izolata ait bant
profili görünür hale getirilmektedir 1. Bu bant profilleri bilgisayar
programları yardımı ile değerlendirilerek suşların birbirleriyle olan
ilişkileri ortaya konulmaktadır. Bilgisayara dayalı analizlerde,
incelenen mikroorganizmalara ait PFGE profillerinin saklanması ile
“veri bankası” oluşturulabilir. Böylece çalışılan suşların profillerinin,
daha önce var olan verilerle karşılaştırılma olasılığı oluşmaktadır 2.
PFGE’de yüksek kalitede DNA’nın elde edilmesi oldukça
önemlidir. Bu nedenle soğuk tampondaki hücrelerin hızlıca
işlenmesi, erimiş agaroza eklemeden önce bakterilerin buzda
tutulması ve agaroz kalıpların soğukta tutulması gerekmektedir 3.
RE seçerken göz önünde tutulması gereken birçok faktör
vardır. Birincisi, bakteriyel DNA’nın G+C içeriğidir. Düşük G+C
içerikli DNA'lar (örneğin Staphylococcus aureus), tanıma bölgesi
G+C bakımından zengin olan RE (örneğin SmaI) ile muamele
edildiğinde yeteri kadar kesilememektedir. İkincisi ise tanıma
bölgesi uzun olan enzimler, kısa olanlara kıyasla daha az sayıda
kesim parçaları oluştururlar
161
Şekil 1. PFGE’in aşamaları.
PFGE yönteminin değişik tipleri bulunmaktadır. En basit tipi
“field-inversion gel electrophoresis” dir. Bu sistemde elektrik akımı
belirli sürelerde ileri ve geri olmak üzere iki yönde uygulanmaktadır.
İleri yönde uygulanan akımın süresi daha uzundur. Yaygın
kullanılan tipi ise “contour-clamped homogenous electric field” dir.
162
Bu sistemde altıgen biçiminde 120 derecelik açılarda yerleştirilmiş
olan elektrotlardan sabit hızda elektrik akımı gelmektedir 1.
Büyük DNA parçalarının agarozda ayrıştırılmasına etki eden
çeşitli
faktörler
vardır.
Bunlardan
başlıcaları;
agaroz
konsantrasyonu, tampon konsantrasyonu, sıcaklık, pulse süresi,
voltaj ve toplam elektroforez süresidir 3.
Yöntemin ayrım gücü oldukça yüksektir. Ancak zaman alıcı ve
kompleks bir sistemdir. Ayrıca laboratuvarlar arasında hâlâ
standardizasyon problemi vardır 4. Yöntemin uygulanmasında
güvenlikle ilgili bazı hususlara dikkat edilmelidir. Bakterilerin
işlenmesi aşamasında kontaminasyonu önlemek için azami dikkat
gösterilmelidir. Jeli boyamada kullanılan etidyum bromürün güçlü bir
mutajen olduğu dikkate alınarak, maske ve eldiven giyilmeli, çevreyi
kirletmeden çalışmaya gayret edilmelidir
Kontroller
Test izolatlarının yanında restriksiyon profilleri çok iyi bilinen
bakteriler de kontrol amacıyla kullanılabilir. Böylece; 1) Hücre
parçalanması, yıkama ve endonükleaz basamaklarının uygunluğu,
2) Jel ve elektroforez koşulları, 3) Sonuçların tekrarlanabilirliği
kontrol edilmiş olur.
Jeldeki en az bir çukurda (ideal olanı biri jelin baş tarafındaki,
diğeri ortadaki çukurda olmak üzere iki çukurda) moleküler ağırlık
standardı kullanılmalıdır. Bu standartlar, delesyon, insersiyon ya da
mutasyonlar gibi tek bir genetik olaydan kaynaklanabilecek çok
küçük değişikliklerin değerlendirilmesi için yararlı olmaktadır.
Lambda ladder' en yaygın kullanılan moleküler ağırlık standardıdır.
Restriksiyon profillerinin analizi ve izolatların yakınlık
derecelerine göre sınıflandırılması
Öncelikle, ortak ya da salgın profili belirlenir. Ortak profil
yoksa
büyük
olasılıkla
izolatlar
birbirleriyle
ilişkisizdir.
(Epidemiyolojik olarak ilişkili suşlar arasında ortak profil olmaması
nadir bir durumdur). Salgın suşunun profili belirlendikten sonra,
buradaki bantların sayı ve boyutları diğer izolatlarınki ile
karşılaştırılır. Her bir izolatın profili, salgın suşuyla olan ilişkisine
göre sınıflandırılır.
PFGE ile elde edilen DNA profillerini yorumlamak ve bunları
epidemiyolojik çalışmalarda kullanabilmek için, PFGE profillerinin
nasıl karşılaştırılması gerektiğinin ve rastlantısal genetik olayların
bu profilleri nasıl değiştirebileceğinin bilinmesi gereklidir. İdeal
163
olarak, salgın suşlarının PFGE profilleri birbirleriyle aynı,
epidemiyolojik olarak ilişkisiz suşlarınki ise farklı olması gerekir.
Böyle olduğu zaman salgın suşunun tespit edilmesi kolay olur.
Ancak, sık olarak nokta mutasyon, insersiyon ve delesyon gibi
rastlantısal genetik olaylar, salgın süreci içinde PFGE profilini
değiştirebilir. Bu durum, sonuçların değerlendirmesini zorlaştırır.
Tenover ve ark. 5 PFGE sonuçlarının yorumlanması için bir
sistem önermişlerdir. Bu sistemde bant profillerine bakılarak,
izolatların
birbirleriyle
ilişkilerinin
derecelendirilmesi
yapılabilmektedir (Tablo 1).
5
Tablo 1. PFGE profillerini yorumlama kriterleri .
Katagori
Aynı
Yakın
ilişkili
Olası ilişkili
Farklı
Salgın suşuna kıyasla Salgın suşundan
genetik faklılık sayısı farklılık gösteren bant
sayısı
0
0
1
2-3/1-3
2
4-6
≥3
≥7
Epidemiyolojik yorum
İzolat, salgının bir parçası
İzolat, salgınla yakın ilişkili
İzolat, salgınla olası
(possibly) ilişkili
İzolat, salgınla ilişkisiz
Aynı izolat: Aynı sayı ve boyutlarda bant içeren izolatlar için
kullanılır. Bu izolatlar, genetik olarak farksız kabul edilir. Salgın suşu
ile aynı profili gösteren izolatlar, epidemiyolojik olarak ilişkilidir.
Epidemiyolojik verilerle desteklenen tek bant farklılığının da klonal
ilişkiyi gösterdiği kabul edilmektedir 6.
Yakın ilişkili izolat: Salgın suşu ile aralarında 2-3 bant farkı
olan izolatlar için kullanılır. İzolat salgın suşuyla yakından ilişkili
olarak değerlendirilir ve epidemiyolojik olarak, salgının bir parçası
olma olasılığı yüksektir. Bu farklılık, bir nokta mutasyon veya bir
insersiyon ya da bir delesyon gibi tek bir genetik olayla ilişkilidir.
Örneğin yeni bir restriksiyon bölgesi oluşturan spontan bir
mutasyon, restriksiyon parçasını daha küçük iki parçaya ayırır.
Orijinal büyük parçanın eksikliği bir bant farkına, yeni oluşan daha
küçük iki parça da ek olarak iki bant farkına neden olur. Başka bir
ifade ile test izolatıyla salgın suşu arasında üç bantlık bir fark oluşur
(Şekil 2, Tablo 2).
Bazı türlere ait suşların zaman içinde tekrar tekrar kültürleri
yapıldığında ya da aynı hastadan arka arkaya izole edildiğinde ikiüç bantlık bir değişiklik gösterdiği de kaydedilmiştir.
Muhtemelen ilişkili izolat: Salgın suşları ile aralarında 4-6
bant farkı olan izolatlar için kullanılr. Bu değişim, iki bağımsız
164
genetik değişikliğin (insersiyon/delesyon ya da restriksiyon
bölgelerinin kazanımı veya kaybı) sonucu olarak ortaya çıkmaktadır.
Bu tarz bir değişiklik, uzun bir zaman sürecinde (≥6 ay) veya çok
sayıda hastanın olduğu büyük salgınlarda toplanan izolatlar
arasında gözlenmiştir. Epidemiyolojik yönden, bu izolat, salgın
suşuyla olası (possible) ilişkili olarak değerlendirilir. Bu izolatlar
salgın suşuyla aynı genetik soydan (lineage) olabilirler, ancak
genetik olarak yakın ilişkili değildirler. Epidemiyolojik olarak ilişkili
olma ihtimalleri daha azdır.
5
Tablo 2. Genetik olayların PFGE profilleri üzerindeki etkisi .
Yeni bir restriksiyon bölgesinin oluşmasıyla sonuçlanan nokta mutasyon⇒ Yeni profilde,
salgın profilinde bulunan bir bant olmayacak ve salgın profilinde olmayan iki yeni ve
daha küçük bant olacak; iki küçük bandın boyutlarının toplamı, yaklaşık olarak büyük
bandın boyutu kadar olacaktır. Bu değişim, üç bantı farklı profil olarak ortaya
çıkacaktır (Şekil 2, B).
Bir restriksiyon bölgesinin kaybıyla sonuçlanan nokta mutasyon ⇒ Yeni profil, salgın
suşunda olmayan, daha büyük bir banta kazanırken iki küçük bantı kaybetmiş olacak.
Bu değişim de üç bandı farklı profil olarak gözlenecektir (Şekil 2, C).
Restriksiyon parçası içine restriksiyon bölgesi bulunmayan yeni bir DNA insersiyonu ⇒ Yeni
profil, salgın profiliyle aynı sayıda banta sahip olacak. Ancak, büyüklüğü farklı (daha
büyük) yeni bir bant bulunacaktır (Şekil 2, D).
Bir banttan içinde restriksiyon bölgesi bulunmayan parçanın delesyonu ⇒ Yeni profil, büyük
bir parçası eksik buna karşılık, yeni, küçük boyutta bir banda sahip olacak. Bu değişim
iki bandı farklı profil olarak görülecektir (Şekil 2, E).
Şekil 2. Değişik genetik olayların PFGE profiline yansıması. A, salgın suşu
profili; B, yeni bir restriksiyon bölgesinin eklenmesi; C, bir
restriksiyon bölgesinin kaybolması; D, bir parçanın içine
restriksiyon bölgesi bulunmayan yeni bir DNA insersiyonu; E, bir
5
parçadan DNA’nın delesyonu .(* kazanılan bant; o, kaybedilen
bant)
165
Genetik olarak muhtemelen ilişkili olan ancak salgın suşuyla
epidemiyolojik bağlantısı olmayan izolatlar, plazmit fingerprinting
gibi
diğer
tiplendirme
yöntemleriyle
farklılık
gösterme
eğilimindedirler.
İlişkisiz izolatlar: Bu izolatların DNA’sında, üç ya da daha
fazla genetik olay sonucu oluşan değişikliklere bağlı olarak, salgın
suşundan yedi ya da daha fazla bant farkı gözlenmektedir.
Epidemiyolojik olarak, salgın suşuyla ilişkisiz oldukları kabul edilir.
Bu kriterler kullanılırken dikkate alınması gereken belirli
hususlar vardır 5.
PFGE ile en az 10 ayrı bant oluşmuşsa bu kriterler güvenle
kullanılabilir. Daha az sayıda bant tespit edildiğinde kriterlerin
güvenilirliği ve ayırt etmedeki yeterliliği bilinmemektedir.
Kriterler, genetik değişimin sınırlı olduğu düşünülen küçük ve
lokal çalışmalar için belirlenmiştir. Hastanelerde ya da toplumdaki
potansiyel salgınlarla ilgili epidemiyolojik çalışmalar sırasında kısa
bir zaman sürecinde (1-3 ay) alınmış izolatlar için kullanılabilir. Bir
yıl ya da daha uzun sürede toplanan, geniş mikroorganizma
popülasyonlarıyla yapılan çalışmalar için uygun değildir.
Bu öneriler, tiplendirme çalışmaları için sınırlı zamanı ve
kaynağı olan ve suşları tek bir restriksiyon endonukleaz kullanarak
analiz edecek laboratuvarlar için düzenlenmiştir. Uzun zaman
sürecinde toplanmış izolatlar arasındaki potansiyel ilişkiyi araştıran
referans laboratuvarları, çok sayıda enzim ve analiz yöntemi
kullananlar bu kriterleri modifiye etmelidirler.
Sonuçların rapor edilmesi
Salgın suşlarına ait DNA restriksiyon profilleri genelde ‘tip A’
olarak rapor edilir. Salgın suşunun profili ile yakın ya da muhtemel
ilişkili profiller, ‘tip A’nın alt tipleri olarak değerlendirilip tip A1, tip
A2,.., şeklinde salgın suşundan çok farklı olan ve ilişkisiz olarak
sınıflandırılan profiller ise tip B, tip C ,. olarak gösterilir.
PFGE; Salmonella 7, Neisseria gonorrhoeae 8, metisiline
dirençli Staphylococcus aureus 4,9, Acinetobacter baumannii 10,
Escherichia coli 11 gibi birçok gram-pozitif ve gram-negatif bakterinin
tiplendirilmesinde güvenle kullanılmıştır. Vankomisine dirençli
enterokoklar, S. aureus, S. epidermidis, Acinetobacter türleri ve
Pseudomonas aeruginosa suşlarının tiplendirilmesinde, bu
yöntemin ayrım gücünün, diğerlerinden daha üstün olduğu
belirtilmiştir 2,4,10,12.
166
Farklı bakteri türlerinin PFGE analizi için yararlı olduğu
saptanmış restriksiyon enzimleri ve oluşturulan DNA bant sayıları
Tablo 3’de gösterilmiştir.
5
Tablo 3. PFGE uygulanmış bakteri örnekleri .
Bakteriler
Gram pozitifler
Enterocuccus spp
Clostridium difficile
C. perfringens
Staphylococcus aureus
Streptococcus spp (Grup A,B)
S. pneumoniae
Gram negatifler
Acinetobacter baumannii
Escherichia coli
Proteus mirabilis
Pseudomonas aeruginosa
Salmonella spp
Shigella spp
Vibrio cholerae
RE
Yaklaşık bant sayısı Bant büyüklüğü (kb)
SmaI
SmaI
SmaI
SmaI
CspI
SmaI
SmaI
15-20
10-15
12
15-20
10-15
15-20
10-19
5-400
10-900
45-1460
10-700
30-500
5-500
20-300
SmaI
ApaI
NotI
SfiI
SfiI
SpeI
XbaI
NotI
XbaI
NotI
20-40
20-30
12-15
15-20
7-10
20-25
40-50
40-50
15-23
20-30
5-300
10-300
10-1000
10-700
50-700
10-700
10-30
5-400
10-700
10-400
Kaynaklar
1. Swaminathan B, Matar GM. Molecular typing methods. In: Persing DH,
Smith TF, Tenover FC, White TJ. (eds). Diagnostic Molecular
Microbiology: Principles and Applications. ASM Press, Washington DC
1993: 26-50.
2. Olive DM, Bean P. Principles and applications of methods for DNAbased typing of microorganisms. J Clin Microbiol 1999; 37: 1661-9.
3. Maslow JN, Slutsky AM, Arbeit RD. Application of pulsed-field gel
electrophoresis to molecular epidemiology. In: Persing DH, Smith TF,
Tenover FC, White TJ. (eds). Diagnostic Molecular Microbiology:
Principles and Applications. ASM Press, Washington DC 1993: 56372.
4. Tang Y-W, Waddington MG, Smith DH, et al. Comparison of protein A
gene sequencing with pulsed-field gel electrophoresis and
epidemiologic data for molecular typing of methicillin-resistant
Staphylococcus aureus. J Clin Microbiol 2000; 38: 1347-51.
5. Tenover FC, Arbeit RD, Goering RV, et al. Interpreting chromosomal
DNA retriction patterns produced by pulsed-field gel electrophoresis:
Criteria for bacterial strain typing. J Clin Microbiol 1995; 33: 2233-9.
6. Smith D, Willshaw G, Stanley J, Arnold C. Genotyping of
verocytotoxin-producing Escherichia coli 0157: Comparison
of
isolates of a prevalent phage type by fluorescent amplified-fragment
167
7.
8.
9.
10.
11.
12.
lenght polymorphism and pulsed-field gel electrophoresis analyses. J
Clin Microbiol 2000; 38: 4616-20.
Old DC, Rankin SC, Crichton PB. Assessment of strain relatedness
among Salmonella serotypes Salinatis, Duisburg, and Sandiego by
biotyping, ribotyping, IS200 fingerprinting, and pulsed-field gel
electrophoresis. J Clin Microbiol 1999; 37: 1687-92.
Looveren MV, Ison CA, Ieven M, et al. Evaluation of the discriminatory
power of typing methods for Neisseria gonorrhoeae. J Clin Microbiol
1999; 37: 2183-8.
Grady R, Desai M, O’Neill G, Cookson B, Stanley J. Genotyping of
epidemic methicillin-resistant Staphylococcus aureus phage type 15
isolates by fluorescent amplified-fragment lenght polymorphism
analysis. J Clin Microbiol 1999; 37: 3198-203.
Marcos MA, Jimenez de Anta MT, Vila J. Correlation of six methods
for typing nosocomial isolates of Acinetobacter baumannii J Med
Microbiol 1995; 42:328-35.
Preston MA, Johnson W, Khakhria R, Borczyk A. Epidemiologic
subtyping of Escherichia coli serogroup O157 strains isolated in
Ontario by phage typing and pulsed-field gel electrophoresis. J Clin
Microbiol 2000; 38: 2366-8.
Sloos JH, Dijkshoorn L, Vogel L, van Boven CPA. Performance of
phenotypic and genotypic methods to determine the clinical relevance
of serial blood isolates of Staphylococcus epidermidis in patients
withsepticemia. J Clin Microbiol 2000; 38: 2488-93.
168
Download