PH–119 Karadeniz Sahil Şeridindeki Hastalıklı

PH–119
Karadeniz Sahil Şeridindeki Hastalıklı Fasulye Bitkilerinden
İzole Edilen Binükleat Rhizoctonia Grubu Fungusların rDNA-ITS
Sekansına Dayalı Filogenetik Analizi
Melike Çebi Kılıçoğlu
Ondokuzmayıs Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Samsun, [email protected]
Amaç: Günümüze kadar fungusların sınıflandırılmasında morfolojik kriterler esas alınmıştır. Ancak
son yıllarda elde edilen veriler ışığında sadece morfolojik veriler ile gerçekleştirilen taksonominin
yeterli olmadığı, morfolojik esaslara göre yapılan sınıflandırmanın güncel taksonomik kriterlerle teyit
edilmesi gerektiği ortaya çıkmıştır. Günümüzde bir çok çalışmada moleküler yöntemlerin kullanımı
giderek yaygınlaşmakta ve bu sayede sonuçların güvenilirliği artmaktadır. Bu nedenle çalışmamızda
geleneksel yöntemlerle teşhisi yapılan izolatların moleküler yöntemler kullanılarak filogenetik
ilişkilerini incelemeyi amaçladık. Çalışma sonucunda günümüz çağdaş yöntemleriyle biyolojik
zenginliğimiz olan organizmalarımızın genetik çeşitliliğini de belirlemiş olduk. Ülkemizde geniş oranda
yayılış gösteren Rhizoctonia cinsi funguslarda karşılaştırmalı bir moleküler çalışma bu organizmanın
genetik varyasyonunu ortaya çıkarabilecek düzeydedir. Çünkü ülkemiz değişik topoğrafya ve iklim
çeşitliliğinden ötürü bir çok canlı bakımından gen kaynağı konumundadır. Bu koşullar nedeniyle
makroorganizmalarda görülen genetik çeşitliliğin mikroorganizmalarda da olabileceği düşüncesinden
hareketle bu fungusların moleküler teknikler kullanılar araştırılması amaçlanmıştır.
Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada fasulye (Phaseolus vulgaris) bitkisinden elde edilen BN
Rhizoctonia izolatları hifal anastomoz reaksiyonları ve koloni morfolojilerine göre analiz edilerek
bu gruba dahil edildi. Bu işlemi takiben seçilen gruplardan 48 BN Rhizoctonia izolatına ait genomik
DNA elde edildikten sonra, polimeraz zincir reaksiyonuyla (PCR) ITS4 ve ITS5 primerleri
kullanılarak ITS1-5.8S-ITS2 bölgesinin yaklaşık 650-700 bp’lik amplifikasyon ürünleri elde
edildi. Seçilen BN Rhizoctonia izolatlarının ITS1-5.8S-ITS2 rDNA bölgesindeki dizi varyasyonu
incelendi. Amplifikasyon ürünlerinin DNA dizilemesi Macrogen Inc (Korea) tarafından yapıldı.
NCBI GenBank’dan alınan BN Rhizoctonia ITS1-5.8S-ITS2 dizileri ve bu çalışmada elde edilen
izolatların ITS1-5.8S-ITS2 dizileri ClustalX programı kullanılarak hizalandı ve filogenetik ağaçları
elde etmek için parsimoni ve distance analizi kullanıldı.
Bulgular: Seçilen Rhizoctonia izolatlarının ITS1-5.8S-ITS2 rDNA bölgesindeki dizi varyasyonu
incelendi ve filogenetik analizleri takiben BN Rhizoctonia izolatları için Parsimoni ve Neighbor
Joining ağaçları çizildi ve izolatlar AG-A, AG-B, AG-P, AG-F, AG-K gruplarına yerleştirildi.
Sonuç ve Tartışma: Sonuç olarak ribozomal DNA dizilerine dayanan moleküler özellikler AG
sınıflandırmasını genetik olarak desteklemiştir ve evrimsel ilişkilerin incelenmesine olanak
sağlamıştır. Bu sonuçlara göre PCR temelli prosedürün BN Rhizoctonia’da AG tiplendirmesi
için güvenilir ve kullanışlı bir yöntem olduğu gösterilmiş ve bu bölgede yer alan Rhizoctonia
izolatlarının genetik çeşitliliği ortaya konulmuştur. Bu ve diğer çalışmalardan elde edilen sonuçlar
(özellikle dizi analizi verileri kullanılarak) dikkate alınarak bu organizmalarla ilgili hızlı teşhis
yöntemleri de geliştirilebilir.
Anahtar Kelimeler: rDNA-ITS filogeni, Binükleat, Rhizoctonia, Phaseolus vulgaris.
Teşekkür: Bu çalışma, “OMÜ F364 nolu Araştırma Projesi” desteğiyle gerçekleştirilmiştir.
1424
21. Ulusal Biyoloji Kongresi, 03–07 Eylül 2012, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye
http://www.ubk2012.ege.edu.tr