proje no: 2013/16 teknikşartnameleri

MALZEME LİSTESİ
PROJE NO: 2013/16
S.
MALZEMENİN ADI
NO
1.
XcmI Restriksiyon Enzimi
2.
Alu I Restriksiyon Enzimi
3.
Nco I Restriksiyon Enzimi
4.
NlaIIIRestriksiyon Enzimi
5.
Rsa I Restriksiyon Enzimi
6.
Mnl I Restriksiyon Enzimi
7.
XmnI
Restriksiyon
Enzimi
8.
PvuII
Restriksiyon
Enzimi
9.
Ava I Restriksiyon Enzimi
10.
BstUI
Restriksiyon
Enzimi
11.
Scrf I Restriksiyon Enzimi
12.
DraIIIRestriksiyon
Enzimi
13.
Fok I Restriksiyon Enzimi
14.
BsmFIRestriksiyon
Enzimi
15.
NlaIIIRestriksiyon Enzimi
16.
Bbv I Restriksiyon Enzimi
17.
MspI Restriksiyon Enzimi
18.
BsmI Restriksiyon Enzimi
19.
ApaI Restriksiyon Enzimi
20.
Taq I Restriksiyon Enzimi
21.
Taq Polimeraz
22.
Primer
23.
Agaroz
24.
Nusieve
25.
dNTP set
26.
PUC MiX marker
27.
100 bp’lik marker
28.
50 bp’lik marker
29.
Tris
30.
EDTA
31.
Borik asit
32.
Etidyum bromide
33.
Pipet ucu
BİRİMİ
MİKTAR
5 adet
5 adet
5 adet
5 adet
5 adet
5 adet
5 adet
1000 U
1000 U
1000 U
1000 U
1000 U
1000 U
1000 U
Fast Digest
Fast Digest
Fast Digest
Fast Digest
Fast Digest
Fast Digest
Fast Digest
5 adet
1000 U
Fast Digest
5 adet
5 adet
1000 U
1000 U
Fast Digest
Fast Digest
5 adet
5 adet
1000 U
1000 U
Fast Digest
Fast Digest
5 adet
5 adet
1000 U
1000 U
Fast Digest
Fast Digest
5 adet
5 adet
5 adet
5 adet
5 adet
5 adet
20 adet
1500bp
5 adet
1 adet
2 adet
1 adet
3 adet
3 adet
1 adet
1 adet
1 adet
1 adet
50
paket
1000 U
1000 U
1000 U
1000 U
1000 U
1000 U
500 U
Fast Digest
KDV
ORANI
AÇIKLAMALAR
Fast Digest
Fast Digest
Fast Digest
Fast Digest
Fast Digest
HPLC saflıkta 200nmol
200 gr
100 gr
4X250 ul
1 kg
500 gr
1 kg
1 gr
96’lık
kutu
34.
Pipet ucu
50
paket
96’lık
kutu
35.
Pipet ucu
10
paket
96’lık
kutu
36.
PCR tüpü
37.
PCR tüpü
1000’lik
poşet
1000’lik
poşet
38.
Parafilm
20
paket
20
paket
3 rulo
100 mM
Molecular Biologic Grade
Molecular Biologic Grade
Molecular Biologic Grade
Molecular Biologic Grade
0.1-20 µl sıvı çekebilen,
RNase, DNase free, beyaz,
otoklavlanabilir,
Gilson
marka otomatik pipetle
uyumlu, filtreli
10-100 μl sıvı çekebilen,
sarı, DNAaz RNAaz free, ,
otoklavlanabilir,
Gilson
marka otomatik pipetle
uyumlu, filtreli
100-1000 μl sıvı çekebilen,
mavi, DNAaz RNAaz free,
otoklavlanabilir,
Gilson
marka otomatik pipetle
uyumlu, filtreli
0.5ml
hacimli
DNAaz
RNAaz free,
0.2ml
hacimli
RNAaz free,
DNAaz
BİRİM
FİYAT
TOPLAM
FİYAT
39.
40.
DNA saklama kutusu
Ependorf tüp
5 kutu
5 paket
41.
42.
43.
44.
DNA İzolasyon kiti
5 ml’lik EDTA’lı tüp
Eldiven
0.5 ve 0.2 ml’lik PCR
tüpleri ile uyumlu rack
0.5 ve 0.2 ml’lik PCR
tüpleri ile uyumlu buzlu
rack
2 kutu
5 kutu
10 kutu
5 adet
45.
Teknikşartnameler ek’tedir.
5 adet
1000’lik
poşet
100 gözlü, plastik
DNase, RNase free
250 örneklik
100’lük
small ölçü, pudralı, vinil
16X5 gözlü
PCR çalışması için uygun
PROJE NO: 2013/16 TEKNİKŞARTNAMELERİ
Taq DNA Polymeraz
1.Enzim ,thermophilic bacteri olan Thermus aquatıcus suşhundan elde edilmiş olmalıdır.
2.Enzim,hem 5’ 3’ ,hemde 3’ 5’ exonuclease aktivitesi göstermemelidir.
3.Konsantrasyonu 5Ü/ ul ,ambalaj şekli 500Ü şeklinde olmalıdır.Enzimin Proofreding özelliği olmalıdır.
4.Enzim ile birlikte aşağıdaki solüsyonlar teslim edilmelidir.
2adet 1.25ml lik 10X Taq Buffer Potasıum Chlorıde li
KCI
2adet 1.25ml lik 10X Taq Buffer Ammonıum sülfat lı
( NH4 ) 2 SO4
2adet 1.25ml lik 25 mM lık Magnesıum chlorıde
MgCI2
Ammonum sülfat solusyonlu 10X Taq buffer lar elektroforez sırasında oluşabilecek bant kaymalarını(smilling) önlediği ve bantların
temiz ve net çıkmasını sağladığı için özellikle tercih edilmektedir.
5.Enzim ambalajı üzerinde son kullanma tarihi görülebilir olmalı ve bu süre 3( üç) yıldan fazla olmalıdır.
6.Teslimatlar (-20C ) soğuk zincir ortamında yapılmalıdır.
7.Enzim ile teslim edilecek buffer içerikleri aşağıdaki gibi olmalıdır.
10X Taq buffer with KCI:
100mM Tris HCI (PH :8.0 ) ,500mM KCI 0.8% Nonidet P40
10X Taq buffer with ( NH4)2 SO4 :
750mM Tris HCI (PH : 8.8 25C de ) , 200mM (NH4)2 S04 ,0.1% Tween 20
8.Teklif edilen enzim markaları ,bölüm laboratuvarımızda kullanılmamış ise firmaların örnek bırakmaları gerekmektedir.Yapılan çalışma
sonucu aktivasyonlarına göre değerlendirilecektir.Örnek vermeyen firmaların teklifleri değerlendirilmeyecektir.
Primer
1.Konsantrasyonu 0.2 umol (200nmol) olmalıdır.
2.HPLC yöntemi ile purifiye edilmiş olmalıdır.
3.İlgili sentez raporu ile teslim edilmeli.Rapor üzerinde primere ait scala,oligonucleotıd dizilimi ,100pmol için sulandırma miktarı,Grafiksel
sentez görüntüsü, GC ,AT konsantrasyonu belirtilmelidir.
4.Teklif veren firmalar ; primerleri bölüm laboratuarımızda kullanılmamış veya kullanılıp uygun netice alınmamış ise tekrar denenmek
istenen markalar için numune primer sentezlemelidirler.Kullanılmayan veya deneme yapılmayan ürünler değerlendirme dışı bırakılacaktır.
Agaroz
1.Agaroz ,kullanım kolaylığı bakımından 100 gr lık ambalajlarda olması tercih nedenidir.
2.Agaroz düşük EEO değerli nucleic acit (DNA ,RNA ) Fragmanları ve proteınlerin ince ayırımı için uygun olmalıdır.
3.Blotıng deneyleri için uygun olmalıdır.
4.Radıal Immundiffusion ( RID) ve Ouchterlony tekniklerine uygun olmalıdır.
5.Moleküler çalışmalar için uygun olmalıdır.
6.Özellikleri ; Nem %7 nin altında , Kül %0.40 dan daha az , Sülfat oranı %0.14 den az, Şeffaflık (%1.5 lik gel için) %40 dan az , Gel
dayanıklılığı cm2 de 2500 gr dan yüksek, Jelleşme sıcaklığı 36 C , Erime noktası 88C , şeklinde olmalıdır.
7.Agaroz 1000 bp den küçük ayrımlar için uygun olmalıdır.
8.EEO değeri 0.05 – 0.13 arasında olmalıdır.
9. Teklif edilen agaroz markaları ,bölüm laboratuarımızda kullanılmamış ise firmaların örnek bırakmaları gerekmektedir.Yapılan çalışma
sonucu aktivasyonlarına göre değerlendirilecektir.Örnek vermeyen firmaların teklifleri değerlendirilmeyecektir.
NUSİEVE Agaroz
1.Agaroz ,kullanım kolaylığı bakımından 25 gr lık ambalajlarda olması tercih nedenidir.
2.30 -2000 bp arası PCR ürünleri ,DNA RNA parçalarının ayırımı için özel olarak üretilmiş sert fakat esnek jeller elde etmek için formüle
edilmiş özellikte olmalıdır.
3.Agaroz düşük DNA tutma özelliğine sahip olmalıdır.
4.Agaroz Moleküler Biyoloji çalışmalarına uygun DNASE RNASE free özellikte olmalıdır.
5.Agaroz aşağıdaki özelliklere sahip olmalıdır.
a. Nem
: %7 nin altında
b. Kül
: %0.35 dan daha az
c. Sülfat oranı
: %0.11 den az
d. Şeffaflık
: (%1.5 lik gel için) %50 dan az
e. Gel dayanıklılığı : cm2 de 2000 ug den yüksek
f. Jelleşme sıcaklığı : 40,5 C
g. Erime noktası
: 93 C nin altında , şeklinde olmalıdır.
8.EEO değeri 0.05 – 0.12 arasında olmalıdır.
9. Teklif edilen agaroz markaları ,bölüm laboratuarımızda kullanılmamış ise firmaların örnek bırakmaları gerekmektedir.Yapılan çalışma
sonucu aktivasyonlarına göre değerlendirilecektir.Örnek vermeyen firmaların teklifleri değerlendirilmeyecektir.
dNTP Set 100mM
1.Tüm deoxyribonucleaselar( dATP,dGTP,dCTP,dTTP ) ayrı ayrı tüp de olmalıdır.
2.Tüplerin konsantrasyonu 100mM olmalıdır.
3.Her bir tüpün hacmi 250ul(0.25 ml) olmalıdır.
4.Formülünde Na(Sodıum) tuzu bulunmamalıdır.
5.Purifikasyonu HPLC ile % 98 verimlilikte yapılmış olmalıdır.
6.Teslimatlar (-20C ) soğuk zincir ortamında yapılmalıdır.
7.Teklif edilen markalar ,bölüm laboratuarımızda kullanılmamış ise firmaların örnek bırakmaları gerekmektedir.Yapılan çalışma sonucu
aktivasyonlarına göre değerlendirilecektir.PCR Mıx ini oluşturan ürünlerin aynı marka olması tercih nedeni olacaktır.Örnek vermeyen
firmaların teklifleri değerlendirilmeyecektir.
DNA Ladder 100bp
1.Marker ,50 ug lık ambalajda olmalıdır.
2.Marker in DNA miktarı spectrofotometrik ölçüm ile test edilmiş olmalıdır.
3.Marker 15 fragment içermelidir.Bunlar;100,200,300,400,500,600,700,800,900,1000,1200, 1500,2000,2500,3000bp olmalıdır.
Bu bantlar haricinde bir bant içermemelidir.500,1000,3000bp referans bant olmalıdır.
4.Marker 6X gel yükleme bufferı ile teslim edilmelidir.Yükleme buffer ının içeriği ; 10MM Tris –HCI (PH 7.6 )%0.03 Bromophenol blue,
% 0.03 xylene cyanoleFF, %60 Glycerol, ve 60Mm EDTA olmalıdır.
5. Teslimatlar (-20C ) soğuk zincir ortamında yapılmalıdır.
6. Teklif edilen marker markaları ,bölüm laboratuarımızda kullanılmamış ise firmaların örnek bırakmaları gerekmektedir.Yapılan çalışma
sonucu aktivasyonlarına göre değerlendirilecektir.Örnek vermeyen firmaların teklifleri değerlendirilmeyecektir.
7.Teklif edilen ürünün(MARKA) yetkili satıcılık belgesi teklif ile birlikte sunulmalıdır.,
DNA Ladder 50bp
1.Marker ,50 ug lık ambalajda olmalıdır.
2.Marker in DNA miktarı spectrofotometrik ölçüm ile test edilmiş olmalıdır.
3.Marker 15 fragment içermelidir.Bunlar;100,200,300,400,500,600,700,800,900,1000,1200, 1500,2000,2500,3000bp olmalıdır.
Bu bantlar haricinde bir bant içermemelidir.250,500 bp referans bant olmalıdır.
4.Marker 6X gel yükleme bufferı ile teslim edilmelidir.Yükleme buffer ının içeriği ; 10MM Tris –HCI (PH 7.6 )%0.03 Bromophenol blue,
% 0.03 xylene cyanoleFF, %60 Glycerol, ve 60Mm EDTA olmalıdır.
5. Teslimatlar (-20C ) soğuk zincir ortamında yapılmalıdır.
6. Teklif edilen marker markaları ,bölüm laboratuarımızda kullanılmamış ise firmaların örnek bırakmaları gerekmektedir.Yapılan çalışma
sonucu aktivasyonlarına göre değerlendirilecektir.Örnek vermeyen firmaların teklifleri değerlendirilmeyecektir.
7.Teklif edilen ürünün(MARKA) yetkili satıcılık belgesi teklif ile birlikte sunulmalıdır.
RESTRİCTION ENDONUCLEAS
1.Tüm kesim enzimleri en az 200 reaksiyonluk olmalıdır.
2.Enzimler FastDigest ( hızlı kesim ) özelliğinde olmalıdır.
3.Enzimlerin genel inkübasyon sıcaklığı 37 C olmalıdır.
4.Her bir enzim ile birlikte ; 10X Fast digest Buffer 1ml ve 10X FastDigest green Buffer verilmelidir.Green buffer kullanımı ile
elektroforez aşamasında yükleme solüsyonu kullanımı gerekmemelidir.
5.Enzimler ile verilen bufferlar ,o enzime özgü olmayıp diğer tüm enzimlerde kullanılabilmelidir.Bu sayede yetersiz buffer sorunu
yaşanmamalıdır.
6.Her kesim enzimi kendine özgü bilgi sayfası ile teslim edilmeli ve bu bilgi sayfasında , kullanılan ürüne göre hangi sürelerde kesim
yapabildiği görülmelidir.
a) Lambda DNA
.. dakika
b) Plasmid DNA
.. dakika
c) Genomic DNA
.. dakika
d) PCR ürünü
.. dakika
7.Ürüne ait belirtilen özellikler katalog da görülebilmelidir.
8.Ürün soğuk zincir koşullarında teslim edilmelidir.
9.ürünün kullanım miadı en az iki yıl olmalıdır.
10.Teklif edilen enzim markaları ,bölüm laboratuvarımızda kullanılmamış ise firmaların örnek bırakmaları gerekmektedir.Yapılan çalışma
sonucu aktivasyonlarına göre değerlendirilecektir.Örnek vermeyen firmaların teklifleri değerlendirilmeyecektir.
ETHANOL-TRİS-EDTA-BORİC ACİD
1.Moleküler çalışmalar için uygun olmalıdır.
2. Teklif ile birlikte ürünlerin moleculer biology grade olduğunu gösteren data sheetler verilmelidir.
PİPET UCU 0,1-20 UL VE 10-100 UL
1.
2.
3.
4.
DNASE –RNASE free olmalıdır.
Gilson marka pipetlere uygun olmalıdır.
Pipet uçları filtreli olmalıdır.
İçinde 96 adet pipet ucu bulunan racklar teslim edilmelidir.
PCR TÜPÜ 0,5 ML VE 0,2ML-EPPENDORF TÜP
1.
2.
3.
4.
DNASE –RNASE free olmalıdır.
121 C otoklavlanabilmelidir.
10,000 x g santrifüjlenmeye uygun olmalıdır.
PCR tüpleri ince duvarlı olmalı ,polypropilen malzemeden üretilmiş olmalıdır.
5 ML EDTALI TÜP
1.
Vakumlu olmalıdır.