278 PM 100 TK4 DNA Polimeraz I Enzimin Zincir

19. Ulusal Biyoloji Kongresi
Karadeniz Teknik Üniversitesi, Biyoloji Bölümü, TRABZON
PM 100
PM 101
TK4 DNA Polimeraz I Enzimin Zincir
Uzaklaştırma Aktivitesi ve ddNTP’ye İlgisinin
Mutasyonel Analizi
Cemal SANDALLI1, Kamalendra SİNG2, Mukund
J. MODAK2, Sabriye ÇANAKÇI3, İsmail DEMİR3,
Ali Osman BELDÜZ3,
1
Rize Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji
Bölümü, 53100, Rize
2
Department of Biochemistry and Molecular
Biology, UMD-New Jersey Medical School,
Newark, NJ-USA
3
Karadeniz Teknik Üniversitesi, Fen Edebiyat
Fakültesi, Biyoloji Bölümü, 61080, Trabzon
[email protected]
Kalıp zincir üzerinde primer sentezi
ilerlerken, sentezin ilerisinde bulunan ve kalıba
hibridize olmuş DNA, bloklayıcı DNA olarak
isimlendirilir ve DNA polimeraz enzimleri sentezin
ilerlemesini engelleyen bu tür bir DNA ile
karşılaştıklarında farklı karakteristik gösterirler.
Bununla beraber DNA polimeraz I enzimleri dNTP
ve ddNTP’leri birbirinden ayırmada da farklılık
gösterirler. Gca TK4 DNA polimeraz I enziminin
ddNTP’ye ilgisi ve zincir değiştirme aktivitesi hem
yaban tip enzim ile hem de bu aktivitelerden
sorumlu olabilecek iki adet amino asitin
mutasyonlar ile değiştirilmesi sonucu saflaştırılan
mutant enzimler (Y721F ve F712Y) kullanılarak
incelendi. 721 nolu Tirozin aminoasiti zincir
değiştirme aktivitesini incelemek için Fenilalanine,
712 nolu Fenilalanin aminoasiti ddNTP ilgisini
incelemek için Tirozin aminoasitine dönüştürüldü.
Yaban tip enzim ile ddNTP’ye ilgi incelendiğinde
1:140 oranında (dNTP:ddNTP) dNTP ve ddNTP
arasında fark olmasına rağmen Gca TK4 DNA
polimeraz I enzimin eğer ilgili ddNTP’nin ortamada
dNTP formu varsa, enzimin ilgisinin dNTP
formuna yönelik olduğu belirlendi. Y712F mutantı
enzim ile ddNTP’ye ilgi deneyleri yapıldığında
enzimin dNTP’ye olan ilgisinin ddNTP’ye
dönüştüğü ve 20:1 oranında (dNTP:ddNTP) dahi
enzimin ddNTP’yi tanıyıp senteze uygun olarak
sıraya eklediği ve sentez reaksiyonunun sonlandığı
belirlendi. Yaban tip Gca TK4 DNA polimeraz I
enzimin zincir uzaklaştırma aktivitesi, bu
aktiviteden sorumlu olabilecek Y721F mutantı
enzim ile birlikte, E.coli DNA polimeraz I ve Mtb
DNA polimeraz I kontrol olarak kullanılarak
araştırıldı. Yaban tip enzimin zincir değiştirme
aktivitesine sahip olduğu ve mutasyon ile bu
özelliğinin daha da arttığı belirlendi.
Anahtar Kelimeler: DNA polimeraz I, Zincir
Uzaklaştırma, Mutasyon ve ddNTP
Hava Örneklemesi ile İzole Edilen Bir Fungal
İzolatın Ligninolitik Enzim Aktivitelerinin
Araştırılması
Barış PAZARBAŞI, Ali KOÇYİĞİT, İhsan YAŞA,
Güven ÖZDEMİR, İsmail KARABOZ
Ege Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü,
Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Anabilim Dalı,
35100, Bornova, İzmir
[email protected]
Bu çalışmada hava örneklemesi ile izole
edilen bir fungus izolatının (H1) ligninolitik enzim
aktiviteleri araştırılmıştır. İzolat H1, ABTS ve
guaiacolun kullanıldığı nitel lakkaz taramalarında
10. günde sırasıyla 90 mm ve 26 mm substrat
oksidasyon zon çapları oluşturduğu görülmüş ve
koloni dışına taşan oksidasyon zonlarının, izolatın
ligninolitik enzimlerinin hücre dışı olduğunun bir
indikatörü olarak kabul edilmiştir. En iyi lakkaz
üretim koşullarının belirlenmesi için 3 farklı üretim
ortamı (G.A.E., Nişasta-yeast ekstrakt, Tien ve
Kirk)
kullanılmıştır.
Nişasta-yeast
ekstrakt
besiyerinde ortam pH değiştirilerek optimum
ligninolitik enzim üretiminin gerçekleştiği
pH
değeri belirlenmiştir. Nişasta-yeast ekstrakt
besiyerinde 27oC’de, pH 3.0’de ve 150 rpm’de
yapılan fermentasyonlarda izolat H1’in 6. günde
668 U/L lakkaz (E.C 1.10.3.2) aktivitesi ve 209 U/L
mangan peroksidaz (E.C 1.11.1.13) aktivitesi
saptanmıştır. Lignin peroksidaz (E.C. 1.11.1.14)
aktivitesi saptanmamıştır. Bir birim enzim aktivitesi
reaksiyon koşullarında dakikada 1µmol substratı
oksitleyen enzim miktarı olarak ifade edilmiştir.
Anahtar Kelimeler: Lakkaz, mangan peroksidaz,
lignin peroksidaz, fungus, hava örneklemesi
PM 102
Bacillus megaterium RSKK 5117 Suşunun Melas
BesiortamındaBiyopolimer Üretiminin
Belirlenmesi
Nihal EDİZ, Yavuz BEYATLI
Gazi Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji
Bölümü, 06500, Teknikokullar, Ankara
[email protected]
Mikrobiyal ekzopolisakkaritler (EPS),
gıda, farmasötik, petrol ve diğer endüstrilerde geniş
bir uygulama alanına sahiptir. Ekzopolisakkaritler
(EPS) bakteri tarafından enerji kaynağı olarak
kullanılmamasına rağmen mikroorganizmaları veya
ortamı kurumaya karşı koruduğu, ortamdaki metal
iyonlarının tutulmasını sağladığı ve bakteri-faj
278