VIRUSLERIN SINIFLANDIRILMASI

advertisement
VİRUSLERİN
SINIFLANDIRILMASI
VIRUSLERIN IFADE EDILMESINDE ÇEŞITLI
YOLLARA BAŞVURULMUŞ ANCAK HIÇBIRISI
HOMOJEN BIR SINIFLANDIRMA ÖRNEĞI
SAĞLAYAMAMIŞTIR.
Patojenik özellikler
 Virusu keşfeden kişiler
 Enfekte ettiği organlar
 Virusun bazı özelliklerini ifade eden kelimelerin
kısaltılması

Uluslararası Taksonomi Konitesi’nin 1982
yılındaki alınan kararlar doğrultusunda, hayvan
viruslerinin sistematik olarak sınıflandırılmasında
şu 3 özellikten yaralanılmıştır.
 Viral morfoloji
 Viral genom ve virion proteinleri
 Viral replikasyon stratejisi
SINIFLANDIRMANIN TEMELLERI
1)Virion morfolojisi
 2)Viral genomun özellikleri
 3)Viral proteinlerin özellikleri
 4)Virionun fizikokimyasal özellikleri
 5)Genom organizasyonu
 6)Replikasyon stratejisi
 7)Antijenik özellikler
 8)Biyolojik özellikler

1)Virion morfolojisi
virüsün morfolojik özellikleri,elektron mikroskobik
incelemeler sonunda elde edilen kriterler ile belirlenir.
Bunlar arasında büyüklük ,şekil, kapsid simetrisi, kapsomer
sayısı ve zafın olup olmaması gibi özellikler yer alır.
2)Viral genomun özellikleri
Viruslerin tek tip nükleik asit içermesi(DNA veya RNA),
nükleik asidin büyüklüğü, iplik sayısı(tek veya çift),
şekli(lineer ya da çembersel), yapısı(tek molekül veya
parçalı), polaritesi(pozitif, negatif, ambisens olması), G+C
içeriği ve özel yapıların varlığı(izomerizasyon, tekrarlanan
elementler) gibi bir çok özellik sınıflandırmada rol oynar.
3)Viral proteinlerin özellikleri
Bu özellikler; virion içinde bulunan yapısal ve yapısal
olmayan proteinlerin sayıları, büyüklükleri,
fonksiyonları, aminoasit dizileri,
modifikasyonları(gilikosilasyon, fosforilasyon) ve sahip
oldukları özel fonksiyonlar(transkriptaz, ters
transkriptaz) olarak sayılabilir.
4)Virionun fizikokimyasal özellikleri
Bunlar arasında, virionun moleküler ağırlığı,
kütle/yoğunluğu , pH stabilitesi, ısı kapasitesi, fiziksel
ve kimyasal ajanlara duyarlılığı gibi özellikler bulunur.
5)Genom organizasyonu
Viral nükleik asidin gen sayısı gen dizisi gen
ekspresyonu ve açık okuma pencerelerinin(ORF)
Pozisyonu bu özellikler arasındadır.
6)Replikasyon stratejisi
Virüslerin replikasyon stratejisi (transkripsiyon,
translasyon ve nükleik asit replikasyon paternleri,
replikasyon döngüsünün hücre içindeki konumu,
virion olgunlasşması ve çıkışı), sınıflandırmada
dikkate alınır.
7)Antijenik özellikler
Bunlar virusların tipe ve gruba özgül antijenik
determimantları, serotip çeşitliliği ve çapraz
reaktivite gösteren antijenik yapılar gibi
özelliklerdir.
8)Biyolojik özellikler
Bu özellikler; virusların doğal konak spektrumu,
bulaş şekli, vektör ilişkisi, doku tropizmi,
patojenite ve patolojisini içermektedir.
David Baltimore 1971 yılnda virusleri, nükleik asit
tipleri, iplik sayıları, polariteleri ve replikasyon
stratejilerini dikkate almış ve virusleri 7 gruba
ayırmıştır. Bu sınıflandırma günümüzde hala
geçerliliğini korumaktadır.
DNA VİRUS AİLELERİ
ANNELLOVIRIDAE



Bu ailede yer alan TT virus (TTV),1997 yılnda
transfüzyondan sonra A-G dışı hepatit gelişen bir hastadan
izzole edilmiş ve hastanın isminin baş harflerini almıştır.
30 32 nm boyutunda,çıplak ikozahedral simetrili tek iplikli
çembersel DNA içeren viruslerdir.
Viral DNA negatif polariteli olup 3.8 kb büyüklüğündedir.
Replikasyon hücre çekirdeğinde olur. Bu virusun en önemli
özelliği tüm dünyada genel popülasyonda çok yüksek
oranda kronik üretken enfeksiyon oluşturmalardır. Yapılan
çalışmalarda ttv enfeksiyonunun karaciğer ve solunum yolu
hastalıkları, hematolojik ve nörolojik hastalıklar ve kanser
gibi bir çok hastalık ile epidemiyolojik olarak ilişkisi ni
düşündüren veriler elde edilmiş, ancak virusun potogenezi
ve klinik hastalıklardaki direkt rolü tam olarak
aydınlatılamamıştır.
PARVOVIRIDAE
18-26 nm büyüklüğünde, çıplak 32 kaosomerli
ikozahedral yaplılı ve tek iplikli lineer DNA(5.6
kb) içerenen küçük DNA viruslarıdır.
 Replikasyon sadece aktif olarak bölünen
hücrelerde gerçekleşir ve kapsidin paketlernmesi
hücre çekirdeğinde olur.
 Bu ailenin Bocavirus cinsinde bulunan insan
bocvirusu, özellikle küçük çocuklarda solunum
enfeksiyonlarına neden olmaktadır.

POLYOMAVIRIDAE





40-45 nm büyüklüğünde, çıplak 72 kaosomerden
oluşan ikozahedral simetrili kapsid içeren viruslardır.
Viral genom yaklaşık 5.2 büyüklüğünde, çift iplikli
çembersel DNA dan oluşur ve hücreden kazanılan
histonlarla ilişkidedir. Hücre çekirdeğinde replike
olurler.
Doğada yaygın olarak bulunur ve bir çok omurgalı
türünü enfekte ederler.
Bu virusların en önemli özellikleri, latent enfeksiyon
oluşturmaları ve onkojenik potansiyele sahip
olmalarıdır.
Bu güne kadar yaklaşık 12 insan polyomavirsu
tanımlanmıştır.
PIPILLOMAVIRIDAE
52-52 nm büyüklüğünde çıplak, 72 kaosomerli
ikozahedral kapsidli viruslerdir.
 Çift iplikli çembersel DNA (8 kb)dan oluşan
genom, hücresel histnlarla ilişkili olup kromatin
benzeri bir yapıdadır.
 Papillomaviruslar bir çok omurgalı türünü
enfekte eder.

ADENOVIRIDAE





70-90 nm büyüküğünde ,çıplak 252 kapsomerli
ikozahedral simetrili çift iplikli lineer DNA (34-36
nm) içeren viruslardır.
Replikasyon hücre çekirdeğinde gerçekleşir.
Adenoviuslar bir çok omurgalı türünü enfekre der.
İnsan adenovirusları bu ailesin Mastadenovirus
cinsinde yer almaktadır.
Enfeksiyonlar asemptomatik olabileceği gibi farklı
klinik tablolar ile de seyredebilir.
Bunlar; a)sıklıkla küçük çocuklarda görülen akut
febril ferenjit; b)yüzme havuzlarından kaynaklanan
faringokonjunktival ateş; c) göz travmaları ve
çevresel kirliliğin olduğu ortamlarda …vb yaygın
enfeksiyonlar olarak sayılabilir.
HERPESVIRIDAE




Nükleokapsidi 100 nm, zarflı partikülleri 150-200 nm
büyüklüğünde olan, çift iplikli lineer DNA içeren,
ikozahedral simetrili zaflı viruslerdir.
Viral genom oldukça büyüktür. (120-240 kb)
Herpesvirusların en önemli özelliği latent enfeksiyon
oluşturmalarıdır. Ateşli hastalıklar, hormanal
değişikler gibi çeşitli faktörlerin varlığında reaktive
olurlar.
Birçok farklı hayvan türünü enfekte eden 100 den
fazla herpesvirus mevcuttur. Alphaherpesvirinae,
Betaherpesvirinae,Gammaherpesvirinae bunlardan
bazılarıdır.
HEPADNAVIRIDAE
Bu grupta 40-48 nm büyüklüğünde, yaklaşık %
70 i çift iplikli olan çembersel ve yapışkan uçlu
DNA genomu içeren, zarflı ikozahedral simetrili
viruslar yer alır.
 Viral genom oldukça küçük(3.2 kb) olmasına
rağmen gen bölgelerinin birbiriyle örtüşmesi
sonucu bir çok protein sentez edilebilir.
 Virion içerisinde DNA polimeraz ve ters
transkiriptaz aktivitesine sahip bir enzim vardır.
 Hepadnaviruslar karaciğer hücrelerine tropizm
gösterirler. Kronik ve persistan enfeksiyonlara
neden olurlar.

POXVIRIDAE
Bu grupta en büyük boyutlu ve kompleks yapılı
viruslar yer alır. Poxvirus partikülü zarflı olup,
boyu 220-450 nm, eni ve kalınlığı 140-260 nm
olan tuğla veya ovoid şeklindedir.
 Viral genom lineer, kovalan olarak kapalı çift
iplikli DNA dan oluşur. Virion içinde 100 den
fazla protein vardır ve bunların çoğu
replikasyonda rol oynayan enzimatik aktiviteye
sahiptir. Bu özelliği nedeniyle poksviruslar, DNA
virusu olmalarına rağmen hücrenin
sitoplazmasında replike olurlar.

Poksvirusler dermototropik özellik gösterirler ve
hem insan hem de hayvanı enfekte ederler.
 Orthopoxvirus: bu cins içinde çiçek, çiçek
aşısı,maymun çiçeği ve inek çiçeği virusları
bulunur.çiçek virusu, veziküler ve püstüler
döküntüler ile karakterize, mortalite oranı
yüksek, ciddi ve toksik bir tabloya neden olurlar.

RNA VİRUS AİLELERİ
PICORNAVIRIDAE
En küçük RNA virusleridir. Virion 28-30 nm
büyüklüğünde, çıplak, ikazahedral simetrilidir.
Kapsid 60 kapsomerden oluşur.
 Tek iplikli pozitif polariteli RNA genomu 7.2-8.4
kb büyüklüğündedir.
 Pikornaviruslar insanın yanısıra bir çok hayvanı
da enfekte eder. Enfeksiyonlar arasında ,
miyokardit, aseptik menenjit, poliomiyelit(çocuk
felci) sayılabilir.

ASTROVIRIDAE
Küçük(30-35 nm), çıplak, ikazahdral kapsidli,
elekkton mikroskobunda yıldız şeklinde
görünüme sahip viruslardır.
 Viral genom, yaklaşık 7 kb büyüklüğünde lineer
tek iplikli pozitif polariteli RNA dan oluşur.
 Bu gruptaki etkenler insan ve hayvanlarda
gastroenterit oluştururlar. Bu viruslar direkt
temas yada kontamine su yada besinlerin
tüketilmesi yoluyla bulaşır.

CALICIVIRIDAE
Bunlar çıplak, ikozahedral yapılı, 27-40 nm bif
polaritüyüklüünde,lineer tek iplikli pozitif
polariteli RNA (7.3-8.3 kb) viruslarıdır. Kapsid
180 kapsomerden oluşur.
 Virion yüzeyinde kupa şeklinde çukurlar
mevcuttur.
 Bu ailede en önemli etken, Norovirus cinsinde
yer alan ve epidemik akut gastroenterite neden
olan Norwark virusudur. Bu viruslar genelde otel
ve restoranlar, yolcu gemileri gibi ortamlarda
kontamine su ve besin kaynaklı salgınlara neden
olurlar.

HEPEVIRIDAE
Çıplak, sferik yapılı, 27-34 nm büyüklüğünde,
lineer tek iplikli pozitif polariteli RNA (7.2 kb)
içeren viruslardır. Bu ilede yer alan Hepevirus
cinsinin tek üyesi hepatit E virusu(HEV) dur.
 HEV, oral-fekal yolla daha çok kontamine su ile
bulaşmakta ve özellikle az gelişmiş ülkelerde su
kaynaklı salgınlara sebep olmaktadır.

FLAVIRIDAE
Bu ailede 40-60 nm çapında, zaflı, tek iplikli
pozitif polariteli RNA içeren sferik yapılı viruslar
yer alır. Virionun yüzey proteinleri ikozahedral
benzeri simetri gösterir.
 Bu ailedeki virusların genom büyüklüğü 9.5-12
kb arasında değişmektedir.
 Bu grubun prototipi, ciddi sarılıkla syreden bir
enfeksiyona neden olan sarı humma virusudur.

Togaviridae
 65-70 nm büyüklüğünde, tek iplilki pozitif polariteli
RNA içeren, zarflı ikazahedral simetrili viruslardır.
Reoviridae
 Bu ailede, 60-80 nm büyüklüğünde çıplak, ancak çift
kapsid içeren ikozahedral simetrili viruslar yer alır.
 Viral genom 10-12 parçacıklı lineer çift iplikli RNA
dan oluşur. Her bir RNA parçası 0.2-0.3 kb arasında
değişen büyüklükte olup, toplam genom 18.2-30.5 kb
dir.
 Virion içerisinde RNA ya bağimlı RNA polimeraz
enzimi bulunur. Bu enzim her bir çift iplikli RNA
parçasının negatif ipliğinden mRNA transkripsiyonu
yapar. Replikasyon sitoplazmada iç kapsid tam olarak
soyulmaksızın gerçekleşmektedir.
BUNYAVIRIDAE
80-120 nm büyüklüğünde negatif polariteli veya
ambisens 3 parçalı çembersel RNA içeren zaflı
viruslardır. Genom büyüklüğü 11-19 kb’dır.
 Sitoplazmada replike olur ve golgi sisteminden
tomurcuklanırlar.

ARENAVIRIDAE
Boyutları 50-300 nm arasında değişen
sferik/pleomorfik, zaflı viruslardır.
 Toplam büyüklüğü 10-14 kb olan viral genom 2
parçalı tek iplikli lineer RNA dan oluşur ve
heliksel kapsid ile çevrilidir.
 RbRb enzimine sahip olan RNA fragmentlerinin
klasik olarak negatif polariteli olduğu bilinmekle
birlikte, bu parçalar ambisens özellikleri
nedeniyl her iki yönlüde kodlama yapabilirler.
 Arenaviruslaar sitoplazmada replike olur ve
plazma memranından tomurcuklanır.
 Bu ailenin tek cinsi Arenavirus olup 25 tür
içermektedir.

CORONAVIRIDAE
Tek iplikli pozitif polariteli RNA içerenbu
viruslar,120-160 nm büyüklüğünde zaflı,heliksel
nükleokapsidli viruslardır. Zarf üzerinde virusa
taç görünümü veren peplomerler yer alır.
 Koronoviruslar, RNA virusları rasında en büyük
genoma sahip(27-32 kb) viruslardırç
 Sitoplazmada replike olurlar ve sitoplazmik
veziküllerden tomurcuklanırlar.
 Bu konak viruslar dar bir konak spektrumuna
sahiptir.insan koronovirusları ancak hücre
kültürlerine adapte olduktan sonra üreyebilirler.

BORNAVIRIDAE
Bu grupta zarflı,sferik,80-125 nm büyüklüğünde,
lineer tek iplikli negatif polariteli RNA (8.5-10.5
kb) içeren viruslardır.
 Diğer RNA viruslarından farklı
olarak,bornavirus genom replikasyonu ve
transkripsiyonu çekirdekte gerçeklerşmektedir.

RETROVIRUSLAR
Zarflı, ikozahedral simetrili, 80-100 nm
büyüklüğünde, lineer pozitif polariteli diploid
RNA içeren viruslardır. Viral genom, her biri 711 kb büyüklüğünde olan birbirinin aynı iki RNA
molekülünden oluşur.
 Retrovirusların replikasyonu özel bir mekanizma
ile gerçekleşir. Bu viruslar virion içerisinde çok
fonksiyonlu bir enzim olan ters transkriptaz
enzimini taşırlar.

RT, hücre içinde viral RNA dan komplementer
tek iplikli DNA(cDNA) sentezi yapar ve daha
sonra aynı enzim sahip olduğu DNA polimeraz
aktivitesi ile çift iplikli DNA yı sentezler.
 Virusun çift iplikli DNA ya çevrilmiş olan
genomu hücrenin içine taşınır ve kromozoma
entegre olur. Kromozoma entegre olan virus
provirus olarak adlandırılır. Provirus ,hem viral
RNA transkiripsiyonunu gerçekleştirir hem de
hücre peristansını sürdürür.

FILOVIRIADE
Bu grupta, eni 80 nm, boyu ortalama 900 nm
olan, zarflı,pleomorfik, uzun ipliksi morfolojiye
sahip viruslar yer alır. Filoviruslar Afrika da
sınırlı coğrafi yayılım gösterirler ve yüksek
mortalite ile seyreden ciddi hemorajik ateşe
neden olurlar. Bu viruslar son derece virülan
olduklarından maksimum güvenlik önlemleri
olan laboratuvarlarda çalışılmalıdır.
 Cins= Ebolavirus

HEPATIT D VIRUSU
Virus Taksonomi K omitesinin 2012 raporuna
göre hepatit D virusu , ailesi içinde belirlenmiş
grup içinde yer alan Deltavirus cinsinin tek
üyesidir.
 Klasik virus yapısından ziyade bitki viroidlerine
benzerlik gösterirler.
 Delta ajanı olarak adlandırılan HDV virusu ,
hayat döngüsünü tamamlayabilmek için
yardımcı bir virsuda bağlıdır ki, bu virus hepatit
B virusudur.

VİRUS DIŞI FORMLAR
1)Viroidler
 Bitki patojenidir.(yapraklarda sararma meyve veriminin
azalması…vb)
 Bu güne kadar havyan ve insanları enfekte eden viroid
tanımlanmamıştır.
 Sadece nühleik asit molekülü bulundurup, protein kılıf
içermezler.
 Bitki viroidleri,yaklaşık 360 nükleoidden oluşan ve çembersel tek
iplikli RNA molekülleridir.
 Viroid RNA sı hiçbir proteini kodlamaz. Viroidler RNA-RNA
transkripsiyonu ile replike olurlar ve konak hücrenin RNA
polimeraz-2 enzimine ihtiyaç duyarlar.

Replikasyon dönen çember mekanizması ile gerçekleşir. Bazı
viroidlerin RNA sı ribozim özelliğine sahip olup, çember
replikasyon sırasında oluşan konkatamerleri keserek viroid
oluşumunu sağlar.
2) Prionlar
 Pirionlar, sinir sistemi hücrelerinde doğal olarak
üretilen normal proteinlerin patojenik varyantlarıdır.
Patojen prion proteinleri kimyadal ve fiziksel
ajanlara karşı çok dirençlidir.
 Prionlar, nükleik asit içermeyen protein
iplikçiklerden oluşmaktadır. Patojenik prionlar
proteazlara dirençli olduğundan zmanla merkezi sinir
sistemi hücrelerinde birikir ve amiloid plak
oluşumuna yol açar.
 Temel patojeni, nörodejenerasyon ve nöron
vakuolizasyonu sonucu süngerimsi değişikliklerin
olmasıdır.
VİRUSLARIN OLUŞTURDUKLARI
ENFEKSİYONLARA GÖRE
SINIFLANDIRILMASI

Virusların oluşturdukları enfeksiyon tipine göre
sınıflandırılması daha ziyade epidemiyolojik ve klinik
açıdan önem taşır.
Download