Fetal aritmiler Prenatal tanı ve tedavi

Maternal kanda fetal DNA tabanlı testler
cfDNA ile tarama:
Kime? Nasıl?
Doç. Dr. Ahmet Gül
MFTP-D, Perinatal Tıp Toplantısı
İzmir, 28-29 Nisan 2017
cfDNA ile tarama: Kime ? Nasıl ?
 cfDNA
yöntemleri
 cfDNA
testinin özellikleri/duyarlılığı ?
 Hangi
durumda, kime ?
 Dünyadaki
 Günlük
uygulamalar, öneriler ?
pratikte durum ?
cfDNA: “cell free DNA”
 “Cell
free DNA”: Hücre dışı serbest DNA,
trofoblast hücre-plasenta kökenli
 Maternal
ve fetal DNA karışık
 cffDNA
oranı %2-20 arasında
 cffDNA
parçaları genel olarak 140-160 bp,
tümü <300 bp

cf-maternal DNA görece daha büyük, %20’i
>300 bp
cfDNA: Kısa tarihçesi
1997, Lo YMD et al., Lancet
Maternal kanda fetal DNA
Oxford, İngiltere
1948-serum
1951-Romatoid sera
1966-SLE
1977-Kanser
1989-Kanser
Terminoloji
 “Non-invasive
prenatal diagnosis”
(NIPD)
 “Non-invasive
 cfDNA
testi)
prenatal testing” (NIPT)
testi (Hücre dışı serbest DNA
cfDNA testi için kullanılan
yöntemler
MPSS (Massively paralel shotgun sequencing”
Hedeflenmiş
SNP
dizileme
(Targeted sequencing)
(Single nucleotid polymorphism)
Benzer sonuçlar!
Hangi cffDNA oranında
raporlanıyor
• cffDNA > %4 cfDNA raporlanıyor
• SNP ile %3 cffDNA ile çalışabiliyor
• Bazı testler %3-<%4 ile raporlama yapıyor,
literatürde buna ilişkin bir bilgi yok.
cffDNA oranı ve
etkileyen faktörler
Temel etkenler
Gebelik haftası
Kilo
• cffDNA oranı (ortalama %10-20)
• cffDNA oranı artıyor
• Gebelik haftası ile
• PAPPA, HCG, T21 ile artıyor (T18, T13 ve
X0’da görece az artıyor)
• cffDNA oranı düşük
Ashoor G. Et al., 2013, FMF
• Kilo arttıkça
Yaş, etnik köken etkilemiyor
• < 10 hf
Rava RP, Bianchi DW et al., 2014
2013, ABD
• 10-21 hf cffDNA %10,
%0.10/hf. artıyor.
%2’de cffDNA < %4
• >21 hf, % 1/hf. artıyor.
cfDNA: Sensivite ve Spesifite ?
Sensivite:
T21: %99
T18: %97
T13: %93
Spesifite:%99
• Yanlış pozitiflik ve negatiflik<%0.5-1
• Tanı testi değil, pozitif olması halinde
karyotip çalışması ile teyit edilmeli.
• Gebelik terminasyonu için
kullanılmamalı
cfDNA: PPV, NPV ?
T21 için
PPV: % 45.5
NPV >%99
T21 için
PPV: % 80
NPV >%99
T21 için
PPV: % 40-80
CARE Study, ABD, 2014
cfDNA ve 1.tr. / 2.tr.
NEXT Study, ABD, 2015
cffDNA ve 1.tr.
T18, T13 için:
PPV: %30-40
NPV %99
ACOG, 2015
Tahmin edilen cffDNA oranı
Gerçek cffDNA oranı
cfDNA oranı %4-8 arasında duyarlılık?
Fetal anomali / bulgu varsa dikkat !
cfDNA kime önerelim ?
ACOG – SMFM, 2012, 2014, 2015
TJOD İstanbul, 2013 ve 2014
RCOG – İngiliz KD, 2014
SOGC – Kanada KD, 2014
ISPD – Uluslararası Prenatal Tanı Birliği, 2013
ASMG ve ESMG – Amerika ve Avrupa Genetik
Dernekleri, 2015
• ISUOG – Uluslararası KD USG Birliği, 2014
• İsrail Genetik Birliği, 2014
• FMF, 2015
•
•
•
•
•
•
2012, 2014, 2015
ACOG, SMFM ve
diğer dernekler
Düşük risk grubu, ikiz gebelikler ve mikrodelesyon
sendromları için rutin cfDNA önermiyor. Cinsiyet
kromozomları için bilgilendirme sonrası seçenek
M aternal Kanda Hücre Dışı Fetal DNA (cffDNA) ile
“Non-I nvasive Prenatal Test (NI PT)”
TJOD İstanbul,
Uzman Görüşü
Nisan 2013 ve
Katkıda bulunanlar (Soyadı sırasına göre); ASLAN Halil, BAKSU Başak, BAŞARAN
Seher, BAŞGÜL Alin, BATUKAN Cem, ERMİŞ Hayri, GÜL Ahmet, 2014
HAS Recep,
KALELİOĞLU İbrahim, PEKİN Oya, ŞAHİNOĞLU Zeki, ULUDOĞAN Mehmet,
TUĞRUL Semih, YAZICIOĞLU Fehmi, YILDIRIM Gökhan, YÜKSEL Atıl
Yayınlanma tarihi: Ocak 2014
Fetal kromozomal hastalıklar için tarama programları 30 yıl önce biyokimyasal testler
olarak başlamış, daha sonraları ultrasonografi ve biyokimyasal testlerin birlikte kullanımı
şeklinde devam etmiştir. Aynı dönemde maternal kandan elde edilen fetal hücrelerde prenatal
tanı çalışmaları yapılmış ancak klinik uygulamaya geçecek bir başarı elde edilememiştir. Lo
YM ve arkadaşları1, 1997 yılında maternal kanda hücre dışı serbest fetal DNA (cffDNA)
tespit ettiklerini bildirmişlerdir. Son 15 yılda, özellikle 2011-2012 yıllarında cffDNA
çalışmaları artmış ve klinik uygulamaya girmeye başlamıştır. Önümüzdeki yıllarda günlük
klinik kullanımının giderek artması beklenmektedir.
cfDNA’nın olası kullanım alanları
Maternal kandaki cffDNA oranı 11-13 gebelik haftalarında yaklaşık %10 iken,
ilerleyen gebelik haftası ile artmakta ve genel olarak %3-20 arasında değişmektedir2,3. Doğum
sonrası maternal kandaki düzeyi hızla azalmakta ve postpartum iki saat sonra ise tespit
edilememektedir. Başlangıçta maternal kanda prenatal tanı sözcüğü kullanıldı ise de, testin
pozitifliği durumunda amniyosentez (AS) ve koryon villus biyopsisi (KVB) gibi yöntemlerle
elde edilen fetal hücrelerde geleneksel kromozom analiz tekniklerinin uygulanması
gerektiğinden ve henüz %100 duyarlılık ve özgüllüğe sahip olmadığından, yöntem ileri
tarama testi olarak kabul edilmektedir ve genel olarak“non-invasive prenatal test” (NI PT)
olarak adlandırılmaktadır4,5. “cffDNA ile prenatal tarama”, “Fetal DNA (fDNA) ile prenatal
tarama”, “Maternal kandan fDNA ile prenatal tarama” olarak da adlandırmak mümkündür.
Henüz tarama testi ise de, önümüzdeki yıllarda tanı testi olması beklenmektedir.
ASMG ve ESMG
Mart 2015
• Sensivitesi ve spesifitesi yüksek, >%99 (rapor
verilenlerde), PPV %45-80 arası.
• T21:Yanlış pozitiflik oranı <%0.5 (90-100 kat
az), yanlış negatiflik <%1 (Next study, 2015)
• Pozitif cfDNA testi, amniosentez ile teyit edilmeli.
• Rutin öneri yok, Birincil veya ikincil test olarak
kullanılması ülke şartları ve maliyet benzeri etkilere göre
karar.
• Seks kromozom anomalileri (SCA) ve mikrodelesyon
sendromları için rutin önerilmiyor.
• Mikrodelesyon sendromlarının rutin taranması halinde
%3 yanlış pozitiflik, girişim oranının artması beklenir.
NHS / FMF, populasyonun %20-25’i cfDNA
1/101-2500, cfDNA veya izlem, S:%98
>1/100, CVS/cfDNA, (FMF, >1/10 CVS)
“Intermediate” – Ara grup ?
Avusturya/Almanya/İsviçre: cfDNA
birincil veya ikincil test,
>1/1000 veya FMF-D:>1/500
Genel olarak 1/1000 içindeki ara grup
Düşük riskli grupta
cfDNA’nın durumu ?
ACOG, 2015
Düşük ve yüksek risk grubunda sensivite ve spesifite
benzer, %99 ancak PPV %33 (25y) ve %87 (40y)
X0, XXY için sensivite %91, PPV %20-40
Sonuç veremeyen
cfDNA testi:
Ne yapmalıyız?
Sonuç veremeyen cfDNA testi:
Sıklık ve Nedenleri
Sonuç veremeyen: %2-5, (tekrar sonrası<%1-3)
Nedenleri:
 cfDNA oranı <%4



Gebelik haftası
Obezite
T13, T18, T21, Triploidi vb.
 Kan almada teknik sorunlar
 Kan transfer sorunları
 Yeterli cfDNA kopya elde edilememesi...
 Neden sonuç verilemediği rapor edilmeli !
SNP yöntemi
Sonuç verilemeyen
(%6), >7 hf itibaren
• >9 hf çalışmaya dahil edilmiş
• Sonuç verilemeyen: %23 anöploidi
(%75’i düşük cffDNA oranı)
Sonuç veremeyen
cfDNA testi
Norton M et al., 2015
Hedeflenmiş MPSS
•
•
•
Sonuç verilemeyen (%3)
15,841 vaka, anöploidi:%0.4
cfDNA sonuç yok, anöploidi:%2,7
ccfDNA <%4 ve cfDNA sonuç yok,
anöploidi oranı: %4.7
Sonuç veremeyen cfDNA testi:
Ne yapmalıyız?
ACOG, SMFM, 2015
ISPD, 2015
 Tekrar test / Genetik danışmanlık
 Detaylı fetal USG-Eko
 Tanı testi, AS (CVS?)-karyotip /
mikroarray
 AS-karyotip, ISPD, ACMG 2015
cfDNA ile
Mikrodelesyon/Mikrodublikasy
on Sendromları (MDS/MDbS)
ve Cinsiyet Kromozom
Anomalileri (CKA)
Taranmalı mı?
MDS / CKA taraması
yapalım mı?
 Prenatal tanı konulması halinde
terminasyon gerektiren durumlarda
terminasyon seçeneği ?
 Prenatal tanı ile postnatal erken tedavi
ve izlem planı yapılabilmesi...
 Bazı firmalar MDS/CKA’ni rutin olarak
çalışıyor
 MDS ve CKA çalışmama seçeneği
olmalı !
MDS ve sıklık
 22q11 del., 1/2000-4000 sıklık...

(refere vakalarda 1/1000)
 Diğer taranan MDS sıklığı <1/5,00010,000









Prader-Willi:1/15,000-30,000
Angelman : 1/12,000-20,000
5p del., Cri du chat: 1/15,000-50,000
1p36 del.: 1/5000-10,000
2q33.1 del.: ?
16p12.2 del.: 1/15,000
11q del., Jacobsen : 1/100,000
10p del.: ?
Van Der Woude: 1/35,000 -100,000
 Görece nadir sendromlar...
MDS ve cfDNA literatür
 Sensivite, spesifite, PPV, NPV net
değil
 Literatürde yeterli veri yok (1 çalışma)
 %0,5-3 yanlış pozitif oranlar
bildirilmekte
SNP yöntemi ile
2016
%0,5 yüksek risk
olarak raporlanmış
2016
 11 gerçek pozitif, 9/11 (%82)
anomali (+)
 SNP yöntemi ile 22q11’in büyük
delesyonları tespit edilmiş
 22q11’in %87’ini kapsıyor ! ?
2016
• PPV %18
bildirilmiş !
• NPV, Sensivite,
Spesifite
bilinmiyor
• Diğer MDS’ları
ile ilgili veri yok
ACOG, SMFM 2015
ISPD, 2015
ESHG, ASHG, 2015
MDS taraması bu aşamada önerilmiyor
Cinsiyet kromozom anomalileri
(CKA)
 X0 – Turner sendromu
 XXY – Klinefelter sendromu
 XYY – Jacobs sendromu
 XXX – Trizomy (triple) X sendromu
CKA: Sıklık
 1/500, X0, XXY, XYY, XXX
Nicolaides K et al., 2013
 %1,1, cfDNA ile X0, XXY, XYY, XXX, (gebeliklerin %1-1,5 X0)
Bianchi D et al., 2015
 XXX, XXY, XYY cinsiyet kromozom trizomileri,
%36
terminasyon oranı, Boyd AP et al., 2011, Eurocat study-2.5
milyon
 Genel olarak hafif klinik bulgu ancak bazı durumlarda
ögrenme ve infertilite sorunları
ACOG, SMFM 2015
ISPD, 2015
ACMG, 2016
ESHG, ASHG, 2015
 Potansiyel yanlış pozitif, negatif sonuçlar,
girişim gerektiren durumlar, anneye
ilişkin genetik bilgi
 Bilgilendirme sonrası seçenek
 %1’e yakın yanlış pozitif, ACMG, 2016
CKA
CKA için:
Sensivite: %91
Spesifite: %99,6
ACOG, SMFM, 2015
CKA için: PPV%2040
NPV: %99
MDS/CKA: Pratik durum nedir?
 Test yapılmış ve MDS/CKA için pozitif
veya yüksek risk olarak rapor edilmiş ise;
 Detaylı fetal USG-Eko
 Teyit edilmesi veya dışlanması için
 AS / CVS seçeneği
22q11: Pratik durum nedir?
 USG’de konotrunkal anomaliler vb...
(TOF, DORV, TA, dTGA-kompleks kardiak, Damak
yarığı (%2.8), Velocardio-Facial Synd.)
 RAA
Durumunda cfDNA yerine, AS (CVS)karyotip, 22q11, FISH/Array
 İzole ARSA: cfDNA çalışması yeterli
olabilir
İkiz gebeliklerde cfDNA ?
İkiz gebeliklerde cfDNA testi önerilmiyor
İkizlerde sensivite %90-95...
Yeterli veri yok
Koryonisite’den bağımsız çalışılıyor
MK ikizler tekiz gibi
“vanishing” ikiz, test sonuçlarını etkiliyor
cfDNA testi pozitifkaybolan ikiz
Kaybolan ikiz (vanishing), cfDNA testi
yanlış pozitif. Fetal karyotip normal
cfDNA: Sonuçlar
• cfDNA testi: T21 için %99, T18 için %97, T13
için %91 duyarlılık
• CVS-AS ile teyit edilmesi gerekiyor
• Majör anomali varsa ve NT>3.5 mm, CVS/AS
• Yüksek risk grubunda olası kullanım alanı
• Düşük risk grubunda taramadan önce
bilgilendirme yapılabilir
cfDNA: Sonuçlar
• Şu aşamada cinsiyet kromozomları, 22q11 ve
benzeri MDS’da önerilmiyor
• %1-3 sonuç veremiyor ki bu grup riskli grup
olarak kabul edilmeli, ek çalışma yapılmalı
• Birinci / ikinci trimester tarama >1/10 CVS/AS
• Ara grup nasıl olmalı: 1/1000 (veya 1/500?)
içersinde aileye seçenek olarak sunulması –
sınır değerler tartışılmakta...
TEŞEKKÜRLER