Nükleik Asitlerin Tayininde Kullanılabilecek Yeni Floresans Uçların

Nükleik Asitlerin Tayininde Kullanılabilecek Yeni Floresans Uçların Sentezlenmesi ve
Etkileşimlerin Spektroflorimetrik Yöntemle İncelenmesi
Nükleik asitlerin nicel analizleri moleküler biyoloji, biyoteknoloji ve tıbbi teşhis başta olmak
üzere birçok alanda büyük önem taşımaktadır. DNA’nın diğer biyolojik bileşiklere oranla
yüksek kimyasal kararlılığı, nükleik asit tayini için hızlı, hassas ve kolay analitik metotlar
geliştirilmesine olanak sağlamaktadır. Literatürde nükleik asit tayini için spektrofotometri,
kemiluminesans, ışık saçılması, elektrokimya ve kromatografi gibi birçok yöntem önerilmiştir
Bununla birlikte, son yıllarda florimetrik yöntemlere büyük ilgi gösterilmektedir. Nükleik
asitler oldukça düşük şiddetli floresans emisyonuna sahiptir ve spektral özelliklerinin
doğrudan incelenmesi çok zordur. Dolaylı olarak spektroflorimetrik yöntemde floresans uçlar
örneğin floresans boyarmaddeler, metal iyonları ve metal kompleksleri kullanılmaktadır.
Nükleik asitler ile floresan ucun etkileşimi üç temel bağlanma modeli üzerinden
gerçekleşmektedir. Bunlar interkelasyon, groove bağlanma ve elektrostatik etkileşimlerdir.
Floresans uçlar floresans özellik göstermeyen veya az gösteren biyomoleküle bağlandığında,
ona floresans özellik kazandırır veya spektral özelliğini değiştirir ve biyomolekülün yapı ve
fonksiyonlarının incelenmesine, izlenmesine olanak sağlar. Bu uçlar, protein, nükleik asit,
hormon, büyüme faktörü gibi birçok biyomoleküllerle etkileşerek bu türlerin yapı ve
fonksiyonlarının incelenmesine olanak sağlarlar. Bu kapsamda grubumuz tarafından Kumarin
temelli çeşitli floresans uçlar sentezlenmektedir. Son yıllarda etidium bromür temelli yeni
floresans uçlarda sentezlenmiş ve bu maddelerin çift sarmal DNA ve BSA ile etkileşimleri
spektroflorimetrik yöntemle incelenmiştir. Bu alandaki devam eden çalışmalarımızda toksik
etkisi düşük kolay sentezlenen yeni floresans uçların sentezlenmesi hedeflenmiştir.
Sentezlenen Bileşiklerin Genel Yapısı;
1.Fenantridin temelli floresans uçlar;
_
Br + N
R
N
N
H
H
R
R:Benzoil,Asetil,Benzoksiasetil,Etoksiasetil,Metoksiasetil,
Propoksiasetil,Bütoksiasetil,Fenoksiasetil gibi
2.Akridin temelli floresans uçlar;
R
O CH 3
R:
O
NH
OC 2 H 5
,
O
O
O
N
NH
OC 3 H 8
O
R
O
,
O
,
O
Bitirilen Proje: Nükleik Asitlerin Tayininde Kullanılabilecek Yeni Floresant Uçların
Sentezlenmesi ve Etkileşimlerin Spektroflorimetrik Yöntemle İncelenmesi TÜBİTAK Projesi,
Proje No: TBAG-107T391, 2007-2009.
Seçilmiş Yayınlar:
1. Akbay, N., Seferoğlu, Z. ve Gökoğlu, E. “Fluorescence interaction and determination
of calf thymus DNA with two ethidium derivatives”, Journal of Fluorescence, 19(6),
1045-1054 (2009).
2. Akbay, N., Seferoğlu, Z. ve Gökoğlu, E. “Interactions of Two Ethidium Derivatives with
Calf Thymus DNA and Serum Albumins Using Fluorescence Quenching Method”,
Current Analytical Chemistry, 6(4),334-340 (2010).
3. Göker F., Akbay, N., Seferoğlu, Z. ve Gökoğlu, E. “Interactions of Acridine Derivatives
with Bouvine Serum Albumin: A Fluorescence Quenching”, 5nd Black Sea Basın
Conference on Analytical Chemistry, 182, Ordu-Fatsa/Turkey, 23-26 September 2009
(En iyi Poster Ödülü).