istanbul medipol üniversitesi biyoinformatiğe giriş ders çıktı tablosu

İSTANBUL MEDİPOL ÜNİVERSİTESİ
BİYOİNFORMATİĞE GİRİŞ DERS ÇIKTI TABLOSU
Dersin Kodu ve Adı
ELED121539, ELEY121539 Biyoenformatiğe Giriş
Ders Saati
Haftada 3 saat
Bölüm/Program
Fen Bilimleri Enstitüsü / Elektrik Elektronik ve Siber Sistemler Doktora Programı
Dersin Dili
İngilizce
Dersin Türü
Seçmeli
Dersi Verenler
Doç. Dr. M. Oğuzhan Külekci
Dersle İlgili Görüşme
Saatleri
Perşembe 15:00 - 17:00
Dersin Amacı
Biyolojik verilerin bilgiye dönüştürülmesi sürecinin anlaşılarak, biyoenformatik alanındaki genel problemler ve
önerilmiş çözüm algoritmaları ve bu çözümlerin kısıtları ve sınırlarının kavranması, biyolojik veri tabanlarında bilgiyi
sorgulama ve erişme kabiliyetinin kazanılması, omik veri üzerinde temel analizlerin kavranması amaçlanmaktadır.
Öğrenme Çıktıları ve
Alt Beceriler
1. Biyoenformatik ile ilgili temel kavramları kavrar
1.1. Biyolojik manada en temel kavramları tartışabilir
1.2. Biyoenformatik alanındaki temel hesaplama algoritmalarını kategorize edebilir.
1.3. Biyoenformatik alanındaki uygulamaların kısıtlarını ve sınırlarını açıklayabilir.
2. Biyolojik veri bankalarını değerlendirebilir
2.1. Biyolojik veri bankalarını sınıflandırabilir.
2.2. Hangi tür veriye hangi veri bankasından ulaşabileceğini saptayabilir
2.3. FASTA ve BLAST aramalarını uygulayabilir.
3. Genomik ve proteomik alandaki temel problemleri tartışabilir
3.1. DNA/RNA dizilerinin hizalamasını açıklayabilir.
3.2. DNA/RNA dizilerinin bütünlenmesini açıklayabilir.
3.3. Hizalama/bütünleme amaçlı temel programları kullanabilir
3.4. Protein kavramını tartışabilir.
3.5. Protein analizinde kullanılan metodları açıklayabilir.
Genel Yeterlilikler
Üretken, sorgulayan, eleştirel düşünebilen, bir yabancı dili etkili kullanma
Haftalara Göre
İşlenecek Konular
1. Biyoenformatiğe giriş ve temel kavramlar
2. Dizileme sistemleri
3. Dizilerin Hizalaması
4. İstatistiki dizi analizi
5. Çoklu dizi hizalama
6. Biyoenformatik veri tabanları ve arama işlemleri
7. Filogenik sınıflandırma ve kestirim
8. RNA ve RNA yapılarının tahmini
9. Genlerin tahmini ve ifade edilmeleri
10. Protein sınıflandırması ve yapı tahmini
11. Genom analizi
12. Genom analizinde problemler, kullanılan araçlar, ve algoritmalar
13: Genom verilerinin büyüklüğünden doğan problemler ve sıkıştırılmış Genomiks kavramı
14. Diğer omik bilimlerin tanıtılması, açık problemler
Öğretim ve
Teknikleri
Anlatım, gösterme, problem çözme, beyin fırtınası
Dersin Koşulları
Katılım, arasınav ve vizeler, ödevler
Ders Notu Ders notları ve okumalar dersler süresince dağıtılacaktır.
Kaynaklar Önerilen 1. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis 2nd Edition, David W. Mount
Kaynaklar 2. Algorithmic Aspects of Bioinformatics, Hans-Joachim Böckenhauer, Dirk Bongartz