COMPADRE Bitki ve COMADRE Hayvan Matriks Veritabanlarının
advertisement
Büyük ekoloji ve büyük demografi çağı Son on yıl içerisinde, biyolojik soruların geniş kapsamlı küresel ölçeklerde incelenmesinde çığır açan genetik (GenBank), iklimsel (FetchClimate), anatomik, fizyolojik (TRY, BIEN) ve benzeri birçok veri tabanı erişime sunuldu. Demografik araştırmalar popülasyon dinamiklerini ve altında yatan etkenleri içeren soruları sorar: Neden bazı türler bölgesel olarak yok olurken, diğerleri istilacı türlere dönüşür? Gelişmekte olan ülkelerde besin üretimi nasıl sağlanır? Türler küresel değişime nasıl tepki verir? Bazı türler yaşlanma belirtileri gösterirken, neden diğerleri göstermez? Ancak, bu tür soruların incelenmesinde gerekli olan ve birçok türü içeren demografik veritabanlarının eksikliği bu incelemelerin boyutunu sınırlandırmıştır. Burada tanıtılan veritabanları bu problemin çözümüne yönelik kurulmuştur. www.compadre-db.org www.comadre-db.org COMPADRE Bitki ve COMADRE Hayvan Matriks Veritabanlarının Tanıtılması 1200 Fig. 1a COMPADRE v. 3.0 Saha)çalışması) 1000 COMPADRE v. 2.0 800 600 Leslie’s publication 400 COMPADRE v. 1.0 200 0 1945 1950 1955 1960 1965 1970 1975 1980 1985 1990 1995 2000 2005 2010 Popülasyon)matriks)modelinin)oluşturulması)) Cummulative number of animal studies 1400 Araş%rmacı) Cummulative number of plant studies Bu açık erişim veritabanları 2014 sonu (COMPADRE) ve 2015 başında (COMADRE) Max Planck Demografi Enstitüsü (Rostock, Almanya) tarafından çevrimiçi olarak sunulacaktır. COMPADRE ve COMADRE şu anda >900 bitki ve >1,300 hayvan türüne ait, bir çok popülasyon, dönem ve deneysel birim içeren, toplamda >12,000 popülasyon matriksten oluşmaktadır. Popülasyon matrikslerinin yanısıra, COMPADRE ve COMADRE araştırmacıların analizlerinde kullanabilecekleri (taksonomik özellikler, biyocoğrafi veriler, coğrafi konum, vb.) ek bilgileri de içermektedir. Demografik yöntemler kullanılarak bu matrikslerden biyolojik açıdan önemli bilgiler elde edilir (hassaslık, ortalama ömür uzunluğu, popülasyon büyüme hızı, vb.). 2015 1400 1200 COMADRE v. 2.0 Fig. 1b 1000 COMADRE v. 1.0 800 600 Leslie’s publication 400 200 0 1945 1950 1955 1960 1965 1970 Year of publication COMPADRE)&)COMADRE)ekibi) Fig. 3a n = 6730 1 5 10 50 100 500 1000 1500 1990 1995 2000 2005 2010 2015 Düzenli)aramalar) Veri)sayısallaş%rması) 0- Fig. 3b COMPADRE)çalışma)sürümü) COMADRE)çalışma)sürümü) ) n = 2942 0 1 5 Number of population matrix models per country Fig. 4a 1985 Number of matrices in COMADRE Kişisel)ileJşim) Hata)önleme) 2500 10 50 100 500 1000 1500 2500 Number of population matrix models per country Araş%rmacılar,) Eğitmenler,) Ögrenciler,) Kurumlar,)vs.) 0 1980 Year of publication Yayınlama) Number of matrices in COMPADRE 1975 COMPADRE)çevrimiçi)sürüm) COMADRE)çevrimiçi)sürüm) Fig. 4b Mammalia Magnoliopsida Sahadan tüketiciye! Liliopsida COMPADRE ve COMADRE dünyanın birçok yerinden araştırmacnıın yayınlamış olduğu popülasyon matriks modellerini arşivler. Bu matriksleri veritabanına giren kayıt takımımız verilerin alınması, hata kontrolü ve ek bilgi gerektiğinde araştırmacılarla iletişime geçme konularında eğitim almıştır. Periyodik olarak, (geçici ambargo süreleri olanlar dışında) yeni matriksler COMPADRE ve COMADRE websitelerinden erişime sunulmaktadır. Pinopsida Cycadopsida Pteridopsida Polypodiopsida Sayıları üssel olarak artan yayınlar (Figür 1a,b) bu veritabanlarının oluşturulmasını hem acil, hem de heyecanlı kılmaktadır. Ancak, bir hayvan veya bitki türünün demografisini çalışmaya başlayacak araştırmacılara tavsiyemiz araştırmalardaki belirgin coğrafi (Figür 3a,b*) ve taksonomik eğilimleri gözardı etmemeleridir. Araştırmacılar, öğrenciler, eğitmenler, çevre kurumları ve diğer kuruluşlar bu kaynağı güncel ve yerinde demografik incelemelerde kullanabilir. Bryopsida Rhodophyceae Florideophyceae Phaeophyceae Aves Reptilia Amphibia Arachnida Insecta Maxillopoda Malacostraca Branchiopoda Actinopterygii Chondrichthyes Polychaeta Cephalaspidomorphi Bivalvia Gastropoda Merostomata Anthozoa Other * COMADRE veritabanındaki coğrafi bilgiler henüz kaydedilmediği için, ilgili figür yapım aşamasıdadır. 0 10 20 30 40 50 60 70 % taxonomic class in COMPADRE COMPADRE’nin 1.0 sürümü M. Franco ve J. Silvertown tarafından kurulmuş ve yaklaşık 100 bitki türe ait ortalama matriksleri içermiştir. Sonraki senelerde veritabanı birçok araştırmacının (Y. Buckley, J. Che-Castaldo, E. Crone, D. Hodgson, T. Knight, S. Ramula, R. Salguero-Gómez) katkılarıyla büyütülmüş, özellikle R. Salguero-Gómez’in katkısıyla bitki türü sayısı 500’e çıkarılmıs ve popülasyonlara ait detay bilgiler eklenmiştir (örneğin, V2.0’daki deneysel birimler). COMPADRE 3.0 şu anda R. Salguero-Gómez ve O.R. Jones tarafından idare edilmektedir. Bu sürüm coğrafi konum, taksonomi ve büyüme formu gibi önemli ek bilgileri içermesinin yanısıra farklı araştırmacıların veritabanına paralel katkılarını tek bir zeminde birleştirmiştir. COMADRE’nin 1.0 sürümü R. Salguero-Gómez ve O.R. Jones tarafından kurulmuştur. Sürüm 2.0 birkaç farklı demografik veritabanını (D. Hodgson, L.A. Velez-Espino, M. van de Kerk) bir araya getirmiştir. Bu veritabanları 2012’den beri Evrimsel Demografi Laboratuarı ve Max Planck Demografi Enstitüsü’nde (Rostock, Almanya) Yaşlanmanın Evrimi üzerine çalışan bir araştırma grubu tarafından desteklenmektedir. 0 10 20 30 40 50 60 70 % taxonomic class in COMADRE İletişim: [email protected] Veritabanı danışmanları: Rob Salguero-Gómez ve Owen Jones. Merkez komite: Yvonne Buckley, Judy Che-Castaldo, Hal Caswell, Dalia Conde, Dave Hodgson, Rob Salguero-Gómez, Owen Jones, Alexander Scheuerlein, ve James Vaupel. Veri kayıt takımı: Hendrik de Buhr, Alexander Hartmann, Anne Henning, Claudia Farack, Fränce Gottschalk, Gesa Roemer, Tara Ruoff, Julia Wille, and Stefan Zeh, ve Ruth Archer. Bilim komitesi: Res Altwegg, Fernando Colchero, Ming Dong, Miguel Franco, David Hodgson, Hans de Kroon, Jean Dominique Lebreton, Jessica Metcalf, Maile Neel, Ingrid Parker, Bernt-Erik Sæther, Juan Silva, Jonathan Silvertown, Takenori Takada, Teresa Valverde, Luis Antonio Velez-Espino, ve Glenda Wardle. Tercüme: Arpat Ozgul
