öğretim elemanları için ders yükü bildirim formu

BAÜ FEF 2. Öğretim 2010 Bahar Moleküler Biyoloji 2 Arasınavı (13.04.2010)
Süre 60dk’dır. ANAHTAR
1.
Trp operonunun, Lac operonu ve Arabinoz operonundan en önemli
farkını belirterek bunun nasıl ve neden mümkün olduğunu kısaca
açıklayınız. (4p)
Trp operonunun bu iki operondan en önemli farkı atenuasyon aracılığıyla
translasyon yoluyla transkripsiyonun kontrol edilebilmesidir. Bu durum
prokaryotlarda çekirdek olmadığı ve dolayısıyla translasyon ve
transkripsiyonun aynı anda cereyan edebilmesinden dolayı mümkündür.
2.
-
LacI mutasyonlarının genin 5’ bölgesinde, LacS mutasyonlarının ise
genin daha aşağı (3’) bölgesinde bulunduğu tespit edilmiştir. Bu bilgi
repressörün işlevleriyle uyumlu mudur? evet veya hayır yazarak
nedenini açıklayınız (10p)
3. Aşağıdaki genotiplerin ne anlama geldiğini/fenotipini açıklayarak
laktozlu ve laktozsuz ortamda operonun çalışıp çalışmayacağını belirtiniz
(12p)
a) I O+Z+/F’I+ Fenotip:
Repressör bozuk plazmitle sağlam repressör transfer edilmiş
Laktoz var: Çalışır
Laktoz yok: Çalışmaz
b) I+OCZ+/F’O+Z+ Fenotip:
Operatör bozuk plazmitle sağlam operatör ve β-galaktozidaz transfer
edilmiş. Biri bozuk diğeri sağlam iki operon oluşmuş.
Laktoz var: Her ikisi de çalışır.
Laktoz yok: Bozuk çalışır, yeni transfer edilen çalışmaz
4. “Şapka”, “kuyruk” ve “fazlalıklar” gen ekspresyonu konusunda size
tam olarak ne ifade eder? Bunlardan kontrol amaçlı kullanılan var mıdır?
varsa bu kontrol nasıl olur? (10p)
Şapka ökaryotlardaki öncül mRNA’nın 5’ ucuna eklenen 7
metil guanozini, kuyruk aynı mRNA’nın sonuna eklenen poli A
kuyruğunu, fazlıklar da aynı mRNA’dan kesilerek çıkarılan intronları
ifade etmektedir. Poli A kuyuğunun uzun veya kısa olması mRNA’nın
ömrününun uzatılıp kısaltılması için kullanılır. İntronların çıkarılması
esnasında da, seçenekli splays yoluyla bir intron bazen ekzon (veya bir
ekzon bazen intron) olacak şekilde tercih yapılabilir.
5.
8.
[D] [Y] Gerçek Tx faktörleri RNA polimeraz ile direk temas
etmeden Tx başlamaz. (2p)
9.
[D] [Y] TATA kutusu hem prokaryot hem de ökaryotlarda bulunur
ancak bazı konstitütif genlerde bulunmaz (2p)
10. [D] [Y] Drosophila’da TRA proteini alternatif splyasla oluşurken
DSX-F ve DSX-M proteinlerinde tek tip mRNA söz konusudur (2p)
11. RISC ne demektir? nelerden oluşur? nasıl çalışır? ne işe yarar?
kısaca açıklayınız. (8p)
RISC “RNA Induced Silencing Complex” (RNA tarafından başlatılan gen
susturma kompleksi) demektir. Küçük etkileyici RNA (siRNA), RNA
kesici enzim Dicer ve bazı proteinlerden oluşan bir komplekstir. Önce
dicer’lar siRNA oluşturur,
12. Restriksiyon enzimlerinin tanıma bölgelerinin özelliklerini belirterek
bu tanıma/kesim bölgelerinin nasıl farklılıklar gösterdiklerini birer
örnekle açıklayınız. (8p)
13.
5’GAATTC-3’
||||||
1. Palindromiktir. Örnek: EcoRI 3’CTTAAG-5’ (soldan sağa ve sağdan
sola aynı (GAATTC) okunduğuna dikkat ediniz).
2. Kesim bölgesinde en az 4 olmak üzere değişken sayıda nükleotit
olabilir. Örnek MspI: CCGG, NotI: GCGGCCGC
3. Kesim sonucu küt veya salınan (yapışkan) uçlar oluşabilir. Örnek
küt: SmaI CCC↓GGG, Örnek Yapışkan EcoRI 5’G↓AATTC-3’
3’CTTAA↑G-5’
14. Genomuna dair hiçbir bilgi ve çalışmanın olmadığı Afrika
okapisinin genomik DNA kütüphanesini yaptınız ve bu canlının betaglobin genini izole etmek istiyorsunuz. İnsan beta-globin geninin
nükleotid dizisi bilgisini kullanarak okapi beta-globin genini izole
etmek için kullanabileceğiniz iki strateji ne olabilir? Bu stratejileri
adım adım anlatınız. (10p)
Ökaryotlarda gen regülasyon aşamalarını listeleyiniz (6p)
1. Transkripsiyonel kontrol
2. Splays regülasyonu
3. Aktarım regülasyonu
4. Translasyonel regülasyon
5. Translasyon sonrası regülasyon
6. mRNA yıkımının regülasyonu
6. Bir DNA molekülünün hücre içinde metillenip metillenmediğini
anlamak için nasıl bir deney yaparsınız? PCR ile çoğaltılan DNA’nın
metilsiz olacağını dikkate alarak cevabınızı metin olarak anlatınız veya
şekille gösteriniz. 10p
Bu molekülü 2 gruba ayırıp birinci grubu MspI enzimi ile ikinci
grubu ise HpaII enzimi ile keseriz. Sonra bu molekülü çoğaltan
primerlerle PCR yaparız. Eğer her iki enzimle aynı sayıda ve
büyüklükte band oluşmuşsa metilasyon yoktur farklı bandlar
oluşursa metilasyon vardır.
7. Enhancer ve promotorun benzer ve farklı özelliklerini yazınız (6p)
Benzer yanları:
her ikisi de DNA düzeyinde görev yapan cis elementlerdir. Her ikisine de
tx faktörleri bağlanır.
Farklılıklar:
Promotor genin 5’ tarafında olurken enhanser 5’ tarafında 3’ tarafında
hatta bazen genin içinde bile olabilir. Promotor hem prokaryot hem
ökaryotlarda bulunur enhanser çoğunlukla sadece ökaryotlarda bulunur.
15. Tipik bir PCR reaksiyonunun temel aşamaları …………………,
……………………., ve ……………………… dır.
7 temel komponenti ise
………….,
………….,
………….,
………….,
………….,
………….,
………….,
olarak bilinir. (10p)