Proteinlerde Yapı Ve Fonksiyon

Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
PROTEİNLERDE
YAPI VE FONKSİYON
Prof. Dr. Gül GÜNER
Biyokimya Anabilim Dalı
All rights reserved. Requests for permission to make copies of any part of the work
should be mailed to: Permissions Department, Harcourt Brace & Company,
6277
Sea Harbor Drive, Orlando, Florida 32887-6777
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
SUNUM PLANI
•
•
•
•
•
Proteinler – Amino asid polimerleri
Yapı
Sınıflandırma
Fonksiyon (İşlev)
Bileşik Proteinler
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Proteinler, amino asidlerin “lineer” polimerleridir
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Peptid Bağı
• Kısmi (40%) çift bağ karakterindedir
• 0.133 nm uzunluktadır – tekbağdan
daha kısa, çift bağdan daha uzun
• Peptid bağında yeralan altı atom
düzlemseldir
• N kısmi pozitif; O kısmi negatiftir
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Peptid bağının düzlemsel özelliği
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
“Peptidler”
•
•
•
•
•
•
Amino asidlerin kısa polimerleri
Herbir birim, “kalıntı” adını alır
2 AA kalıntısı - dipeptid
3 AA kalıntısı - tripeptid
12-20 kalıntı - oligopeptid
Daha fazla: polipeptid
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
“Protein”
•
•
•
•
• Bir veya daha fazla polipeptid zinciri içerir
• Tek bir polipeptid zinciri: - monomer
Birden fazla: - multimer
Homomultimer – tek tip zincir
Heteromultimer – bir veya daha fazla tip zincir
Hemoglobin: heterotetramer
( İki alfa and iki beta zincir)
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Proteinlerde
Amino Asid Dizilimi
• Her protein için değişiktir
• DNA’nın nükleik asid dizilimi ile kodlanır
• Amino gruplu uçtan başlayarak,
karboksil gruplu uca doğru okunur
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
The sequence of ribonuclease A
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Protein Yapısı
• Şekil:
globüler (küresel) veya fibröz (lifsel)
• Proteinlerde yapı düzeyleri:
- Primer: amino asid dizilimini ifade eder
- Sekonder - helezonlaşma - H-bağı
- Tersiyer – toplam üç boyutlu yapı
- Kuarterner - altbirim düzeni
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Yapıyı etkileyen bağlar
• Primer yapı: kovalent bağlar
• Sekonder, tersiyer, kuarterner yapı
düzeyleri: zayıf bağlar
(H-bağları, iyonik bağlar, van der Waals
etkileşimleri, hidrofobik etkileşimler)
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Proteinlerde İkincil Yapı
Örneği: Alfa helezon
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Proteinlerde İkincil Yapı
Örneği: Bata kırmalı tabaka
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Proteinlerin Bazı
Biyolojik Fonksiyonları
•
•
•
•
•
Enzimler: Ribonükleaz
Düzenleyici proteinler: İnsülin
Transport proteinleri - Hemoglobin
Yapısal proteinler – Kollagen
Kasılma proteinleri – Aktin, miyozin
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
The tetrameric structure of hemoglobin
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
Bileşik Proteinler
• Proteinler, başka kimyasal gruplarla
“konjüge” olabilirler
• Bir proteinin, amino asid dışındaki grubu,
fonksiyonu için önem taşıyorsa, “prostetik
grup” olarak adlandırılır
• Bileşik proteinlere örnekler:
glikoprotein, lipoprotein, nükleoprotein,
fosfoprotein, metalloprotein, hemoprotein,
flavoprotein
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company
Biochemistry 2/e - Garrett & Grisham
ÖZET
• Proteinler, peptid bağı ile bağlanmış amino
asid polimerleridir
• Proteinlerde, en çok dört yapı düzeyi
vardır
• Proteinler, şekillerine göre lifsel ve
globüler olabilirler
• Proteinlerin çok çeşitli biyolojik
fonksiyonları vardır
Copyright © 1999 by Harcourt Brace & Company