PC–118 Ege ve Akdeniz Kıyı Sedimentlerindeki

PC–118
Ege ve Akdeniz Kıyı Sedimentlerindeki Kültüre Edilebilir
Aktinomiset Çeşitliliği Ve Antimikrobiyal Aktivite Taraması
Semiha Çetinel Aksoy, bKadriye Özcan, aOrçun Kalkan, aAtaç Uzel,
b
E. Esin Hameş-Kocabaş, bErdal Bedir
1
Ege Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü, Bornova, İzmir,
2
Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomüdendislik Bölümü, Bornova, İzmir
[email protected]
a
Amaç: Bu çalışmada, Ege ve Akdeniz kıyılarındaki çeşitli derinliklerden tüplü dalışla alınan
sediment örneklerinden aktinomiset izolasyonu yapılması, fermentasyon sıvılarından antimikrobiyal
aktivite taramalarının yapılması ve antimikrobiyal aktivite gösteren izolatların 16S rDNA dizi
analizi temelli tanımlanmaları amaçlanmıştır.
Gereçler ve Yöntemler: Sediment örnekleri steril deniz suyuyla seyreltmeden sonra denemelere
alınmıştır. İzolasyon için dört farklı besiyeri kullanılmış (M1, M6, mAİA, mR2A) ve ekim yapılan
petriler 28°C’de inkübe edilmiştir. Saflaştırılan Aktinomiset suşlarının izolasyon besiyerlerinde 250
ml’lik erlenlerde 50 ml besiyeri olacak şekilde, 150 rpm’de, 28oC’de 7-10 gün fermentasyonları
yapılmıştır.
Disk difüzyon yönteminde, test organizmaları olarak Escherichia coli 0157:H7 RSKK 234,
Staphylococcus aureus (metisilin dirençli) ATCC 43300, Enterococcus faecium DSMZ 13590,
Candida albicans DSMZ 5817, Pseudomonas aeruginosa kullanılmıştır. 37oC’de 24 saat inkübasyon
sonrası disklerin çevresinde oluşan zonlar mm cinsinden ölçülmüştür. Aktivite taramaları sonunda
aktif olduğuna karar verilen izolatların DNA izolasyonları ve PCR’ları yapılmış ve 16S rDNA
sekansları çıkarılmıştır.
Bulgular: Çalışmada, Seferihisar’dan 4, Kaş’dan 32 ve Mersin bölgesinden 10 sediment olmak üzere
toplamda 46 farklı lokasyondan alınan sediment örneklerinden 104 adet mezofilik denizel türevli
aktinomiset izolatı elde edilmiştir. İzolasyonun ardından yapılan küçük ölçekli fermentasyonları
takiben yapılan antimikrobiyal aktivite testlerinin sonucunda 104 izolatın 61 tanesinde (%58,65)
test organizmalarından en az birine karşı antimikrobiyal aktivite saptanmıştır. Aktif olan izolatların
yapılan 16S rDNA dizi analizleri sonucunda çoğunlukla Streptomyces olmak üzere farklı genus
ve türler tanılanmıştır. 16S rDNA dizi analizleri sonuçları filogenetik ağaç çizilerek izolatların
aralarındaki akrabalık ilişkileri gösterilmiştir.
Sonuç: Çalışma Ege denizi ve Akdeniz’in mikrobiyal çeşitliliğinin anlaşılması ve denizel kökenli
antibiyotik üretici suşların keşfi açısından önem arz etmektedir. Antimikrobiyal aktiviteye sahip
suşlar daha ileri çalışmalara tabi tutularak üretmiş oldukları sekonder metabolitler açısından
incelenecektir.
Anahtar Kelimeler: Aktinomiset, Antimikrobiyal aktivite, 16S rDNA dizi analizi, Deniz sedimenti
Teşekkür: Bu çalışma 109-S-361 No’lu TÜBİTAK projesi ve 2010-Fen-012 No’lu Ege Üniversitesi
Araştırma Fon Saymanlığı projesi tarafından desteklenmektedir.
788
21. Ulusal Biyoloji Kongresi, 03–07 Eylül 2012, Ege Üniversitesi, İzmir, Türkiye
http://www.ubk2012.ege.edu.tr