70x100 cm vertical poster template

..
Asena Akköse Baytar1, Oktay Erdoğan 2,
Anne Frary1, Sami Doğanlar1
1Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Urla, İzmir
2Biyosistem Mühendisliği Bölümü,Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi, Nevşehir
e-mail address: [email protected]
Abstract
Özet
Pamuk yaklaşık elli sanayide
hammadde olarak kullanılan
ekonomik değeri yüksek tarla
bitkisidir. Verimi etkileyen
hastalıkların önde gelenlerinden
Verticillium solgunluğu dünyada
olduğu gibi Türkiye’de de
ekonomik düzeylerde kayıplara
(%20-80) neden olan henüz
çözüme kavuşturulamamış bir
tehlike olarak sürmektedir.
Hastalığın fungusit kullanımı ile
mücadelesi yoktur. Pamuk
türlerinin çoğunluğu
Verticillium solgunluğuna karşı
hassastır. Bu çalışmamızda
ilişkilendirme analizleri
kullanılarak Verticillium
solgunluğu ile ilişkili markörler
tanımlanmıştır. İlişkili
markörlerin bulunması markör
aracılıklı seçilim yapılmasına,
Verticillium solgunluğuna karşı
dirençlilik sağlayan lokusların
bulunmasıyla dirençli hatların
doğrudan markör aracılıklı ıslah
ile geliştirilmesine imkan
sağlayacaktır.
Cotton is an economically important field plant that is used in nearly fifty industries. In Turkey and the rest of the world,
Verticillium wilt (VW) is one of the major factors resulting in huge cotton yield losses (20-80%). Most cotton cultivars are
sensitive to VW and there is no effective fungicide. Therefore, it is necessary to develop cotton lines resistant to VW. In this
study, we aimed to identify genes for VW resistance using association analysis. In this way we hope to gain a greater
understanding of the genetic control of fungal resistance in cotton. Molecular markers linked to the identified genes will also
be useful in the development of marker-assisted strategies for breeding of VW resistant cotton cultivars.
Giriş
Pamuğun fenotipik değerlerinin yüksek seviyelerde olmasının yanında birçok hastalığa ve strese karşı dirençlilik göstermesi
kalitesini dolayısıyla verimi doğrudan arttırdığı için istenilen bir durumdur. Moleküler markörlerin keşfedilmesi ile
ilişkilendirme analizleri ıslahta dirençli pamuk hatlarının geliştirilmesine klasik yöntemlere göre hızlı ve etkin alternatif
yöntemler sunmaktadır. İlgili karakterlerle ilişkili tanımlanan markörler ıslah çalışmalarında etkin ve hızlı sonuç
vermektedir.
Metod
Toplamda 109 farklı pamuk (Gossypium hirsutum) bireyinden
oluşan popülasyon Nazilli Pamuk Araştırma Enstitüsü tarafınfan
sağlanmıştır.
Fenotip
Analizleri
İlişkilendirme
Analizleri
Genotip
analizleri
Bitkilerin
Verticillium
dahliae patojeni
ile testlenmesi
Hastalık
şiddetinin 0-4
sistemi ile
skorlanması (1)
Popülasyon
yapısının
STRUCTURE
2.2 ile
belirlenmesi
[2]
109 farklı
bireyden oluşan
panelin 177 SSR
markörü ile
taranması
Polimorfik
lokusların kapiler
jel elektroforez ile
belirlenmesi
İlişkilendirme
analizlerinin TASSEL
2.1 ile
gerçekleştirilmesi [3]
Figür 1. Fenotip ile genotip verilerinin ilişkilendirme analizleri akış şeması
Bulgular
Popüslasyon, Verticillium solgunluğuna
karşı normal dağılım göstermiş ve QTL
analizleri için uygunluğu belirlenmiştir.
Genotip analizleri için 177 SSR markörü
109 farklı pamuk genotipinden oluşan
panele uygulanmış, 967 lokus elde
edilmiştir. STRUCTURE 2.2 sonuçlarına
göre popülasyon yapısını en iyi temsil
eden grup sayısı 4 olarak belirlenmiştir
(K=4) (Figür 2). Her bir bireyin ilgili
gruba atanma olasılıkları p>0,7 eşik
değerinde değerlendirilerek: 38 birey
Grup1, 7 birey Grup2, 16 ve 21 birey de
sırasıyla Grup3 ve Grup4’e atanmıştır.
Kalan 27 birey ise kesin olarak herhangi
bir gruba atanamamıştır. İlişkilendirme
analizlerinde MLM sonuçlarına göre 26
SSR markörü, p≤0.05 güvenirlilik
derecesinde Verticillium solğunluğu
dirençliliği ile istatistiksel olarak anlamlı
bulunmuştur (Tablo 1).
Tartışma
Figür 2. Moleküler analizleri sonucunda elde edilen panelin yapısı.
Her bir renk ayrı bir grubu temsil etmektedir. Y ekseni bireyin ilgili
gruba atanma olasılığını (p>0.7) , x ekseni bireyleri göstermektedir.
Tablo 1. MLM analizi sonucunda Verticillium solgunluğu dirençliliği (VSD)
ile anlamlı olarak (p≤0.05) ilişkilendirilen markörler. Markör etkisi, ilgili
lokus varlığında markörün fenotipe kattığı etkidir.
Karakter
VSD
İlişkili
Markör
p değerleri
Kromozom
markörler
etkisi
≤0.05
(C)
TMB1295-225
0.2
0,0017
C19 (D5)
JESPR274-150
0.24
0,0027
C23 (D9)
TMB1295-220
0.19
0,0029
C19 (D5)
DOW038-324
-0.15
0,0042
C04 (A4)
DOW038-328
0.15
0,0042
C04 (A4)
TMB1295-259
-0.29
0,0069
C19 (D5)
JESPR153-150
0.16
0,0088
C13 (A13)
DOW059-338
0.18
0,0099
C20 (D10)
DPL176-274
-0.19
0,0133
C08 (A8)
DPL717-153
-0.25
0,0150
C21 (D11)
DPL188-156
-0.17
0,0150
Bilinmiyor
DPL188-158
0.17
0,0150
Bilinmiyor
DPL216-233
-0.2
0,0155
C02 (A2)
DPL204-174
-0.18
0,0183
C12 (A12)
DPL204-177
0.18
0,0183
C12 (A12)
DPL890-204
0.23
0,0185
C26 (D12)
TMB1295-230
0.14
0,0216
C19 (D5)
JESPR274-280
-0.28
0,0263
C23 (D9)
CIR218-175
0.13
0,0294
C22 (D4)
TMB0514-271
-0.15
0,0325
C02 (A2)
TMB1910-206
0.16
0,0366
C15 (D1)
DOW055-276
0.24
0,0407
C14 (D2)
TMB0799-175
0.19
0,0409
C12 (A12)
DPL717-434
-0.18
0,0461
C21 (D11)
DOW003-426
-0.22
0,0468
Bilinmiyor
DPL199-244
-0.19
0,0500
C11 (A11)
Bu çalışmamız ile birlikte Verticillium
solgunluğu ile ilişkili markörlerin
belirlenmesi; ilgili kantitatif karakter
lokuslarının bulunmasına, markör
aracılıklı seçilim yapılmasına, hastalığa
karşı dirençlilik sağlayan gen/genlerin
bulunmasına, Verticillium solgunluğuna
karşı dirençli hatların doğrudan markör
aracılıklı ıslah çalışmaları ile
geliştirilmesine olanak sağlayacaktır.
Bu proje TAGEM tarafından desteklenmiştir.
Proje no: TAGEM/11/AR-GE-17
Kaynakça
1.
2.
3.
J. Bejarano-Alcazar, M. A. Blanco-Lopez, J. M. Melero-Vara, R.
M. Jimenez-Diaz, Plant Disease 80, 1233-1238 (1996).
J. K. Pritchard, M. Stephens, P. Donnelly, Genetics 155, 945-959
(2000).
P. J. Bradbury et al., Bioinformatics (Oxford, England) 23, 26332635 (2007).
www.postersession.com