fluoresans ve moleküler biyolojide uygulamaları - AVES
advertisement
FLUORESANS VE MOLEKÜLER BİYOLOJİDE UYGULAMALARI Prof.Dr. Nermin Gözükırmızı İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü FLUORESANS Bir atom veya molekülden elektromagnetik enerjinin absorbsiyonunu izleyen bir süre sonucu dışarıya yayılan ışımadır. Görünebilir ışık spektrumu: Fluoresans sınırları Kalsiyum Fluorit CaF2 Fluoresans(Fluoresans, molekülün belli dalga boyundaki ışığı absorblaması ve bunu tekrar daha büyük bir dalga boyunda yayması olayıdır). Luminesans (Bir dış kaynaktan alınan enerjinin bir kısmının elektro manyetik ışınım olarak salmasıdır). Bazı tanımlar • Emilim – Işık bir objenin içinden geçtiğinde değişen oranlarda ışığı absorblar. Böylece absorblanan ışığın dışındaki dalga boylarında renk üretilir. • Kırılma – Işığın bir optik yoğunluğa sahip ortamdan farklı optik yoğunluktaki bir otama geçişindeki yön değişimidir. • Yansıma – Işık ışınları bir cismin etrafında yön değiştirmesidir. Yansımasıdır. • Dağılma – Işık şeffaf bir alana girdiğinde, ışığın onu oluşturan farklı dalga boylarına ayrılması. Kontrol Absorpsiyon Kırmızı filtre Yeşil ve mavi yok Işık absorbsiyonu Beyaz ışık Mavi ışık Kırmızı ve yeşil absorblanır Kırmızı ışık Mavi ve yeşil absorblanır Yeşil ışık Mavi ve kırmızı absorblanır Absorbsiyon şeması Beyaz ışıktaki renk kırmızı mavi yeşil sarı mor cyan siyah gri Absorblanan ışığın rengi mavi kırmızı kırmızıkırmızı mavi yeşil kırmızı yeşil yeşil mavi kırmızı yeşil mavi pembe yeşil mavi • Kromoforlar ışığı absorblayan molekül bileşenleridir. • Örneği proteinlerde indol halkası benzeri. • Genellikle aromatik halkalardır. Jablonski Diagramı S’ 1 S1 hvex S 0 hvem Fluorescein – Tipik Fluoresan Prob 120 Intensity 100 80 60 40 20 0 380 480 nm 580 680 NEDEN FLUORESANS? • Çok güzel. • Moleküler çevre hakkında bilgi verir. • Dinamik olaylarda nanosaniye düzeyinde bilgi verir. The Nobel Prize in Chemistry 2008 "for the discovery and development of the green fluorescent protein, GFP" Osamu Shimomura (1962) Martin Chalfie Roger Y. Tsien 1/3 of the prize USA 1/3 of the prize USA 1/3 of the prize USA Marine Biological Laboratory (MBL) Woods Hole, MA, USA Columbia University New York, NY, USA University of California San Diego, CA, USA b. 1928 b. 1947 b. 1952 pGLO™ Transformation and Purification of Green Fluorescent Protein (GFP) GFP • 1962 bulunması • 1992 klonlanması Prasher • 1994 ilk gen anlatımı uygulaması Chalfie et al. • 1996 kristal yapısının bulunması Düşük toksisiteli, yüksek stabiliteli monomerik kromofor. GFP kullanım alanları • Gen anlatımının görülmesi • Protein etiketleme, hareketi, ilişkileri,aktivite ölçümü ve yıkımı • Organel etiketleme, füsyon vb. • Genetik sensörler pH, Ca+2, cAMP, cGMP,kinaz aktivitesi, voltaj vb. Osamu Shimomura Douglas Prasher Marty Chalfie Sergey A. Lukyanov Roger Tsien Shimomura (1979) In June 2003 GFP was the protein databank's (pdb) molecule of the month Işıma deniz suyundaki Ca+2 iyonları varlığında gerçekleşir. GFP, kendi kromoforunun oluşumunu katalizler. Bu katalizde Arg96’nın çok önemli bir rol oynadığı önerilmiştir. Douglas Prasher GFP Amino Acid Sequence: MSKGEELFTGVVPVLVELDGDVNGQKFSVSGEGEGDATYGKLTLNFICT TGKLPVPWPTLVTTFSYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTI FYKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKMEYNYNS HNVYIMGDKPKNGIKVNFKIRHNIKDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLP DNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMILLEFVTAARITHGMDELYK GFP E.coli, Chalfie. Fluoresan timer protein Dsred (2000) Sergey A. Lukyanov 44 yeni veya mutant variant GFP kristal yapısı GFP uzun bir zincir boyunca birleşen 238 aminoasit içerir. Bu zincir bir fıçı biçiminde katlanır. Fıçı yapısının içinde 65., 66. ve 67. aminoasitler UV ve mavi ışığı absorplayan kimyasal grupları oluşturur, ve yeşil fluoresan ışık yayar. GFP ışığı absorblayan ve yayan bir kimyasal grup olan kromofor taşır. Fluoresan proteinler Aequorea fluoresan protein (AFP) varyantları Yeşil fluoresan protein (GFP) Arttırılmış yeşil fluoresan protein (EGFP)508nm Sarı fluoresan protein (YFP) Arttırılmış sarı fluoresan protein (EYFP) 528nm Cyan fluoresan protein (CFP) Arttırılmış cyan fluoresan protein (ECFP)475nm Mavi fluoresan protein (BFP) Arttırılmış mavi fluoresan protein (ECFP)448nm Kırmızı fluoresan proteinlerin bulunması Anthozoa Yeni yeşil fluoresan benzeri proteinler Copepoda Fluorescence shown along the body structure of amphioxus. Credit: Scripps Institution of Oceanography at UC San Diego May 26, 2009—Fluorescent proteins in some sea creatures may actually promote a healthy glow, according to a new study of a fishlike animal called a lancelet (pictured). in vivo görüntüleme tumor (GFP)vasculature (Angiosense) Brainbow mice Serebral korteks Painted in Fluorescent Bacteria • Sarı hücreler replikasyonun başladığını, yeşil hücreler sentez (S) fazındaki ve kırmızı hücreler ise G1 fazındaki hücreleri işaret etmekte. • Fucci (fluorescent, ubiquitination-based cell cycle indicator). 46 Oksidatif Reaksiyonlar • Superoksid Hidroethidin • Hidrogen Peroksid Diklorofluorescein • Glutathion seviyesi Monobromobiman • Nitrik Oksid Diklorofluorescein Nükleik asid probları • • • • • • • • • • • Hoechst 33342 (AT rich) (uv) DAPI (uv) POPO-1 YOYO-1 Acridine Orange (RNA) Acridine Orange (DNA) Thiazole Orange (vis) TOTO-1 Ethidium Bromide PI (uv/vis) 7-Aminoactinomycin D (7AAD) 346 359 434 491 460 502 509 514 526 536 555 460 461 456 509 650 536 525 533 604 620 655 Protein probları Probe FITC PE APC PerCP™ Cascade Blue Coumerin-phalloidin Texas Red™ Tetramethylrhodamine-amines CY3 (indotrimethinecyanines) CY5 (indopentamethinecyanines) Excitation 488 488 630 488 360 350 610 550 540 640 Emission 525 575 650 680 450 450 630 575 575 670 Moleküler yapı ve dinamiği Hücre organizasyonu ve dinamiği Geliştirilmiş yüzeyler Hayvansal sistemler İşlevsel genomik uygulamaları – İnsersional mutagenez – Enhancer tanısı – Reporter gen anlatımı • Hücre tanısı • Canlı hücrelerde protein trafiği ve hücre yapıları – Füsyon proteinler • protein-protein ilişkileri • Hücre içi iletişim –Fotoaktif ve foto dönüşümlü fluoresan proteinler. • Hayvan transformasyon sistemleri –Promotörler • Biyo-ekoloji – Etikletli spermler • Canlı hücreler ve bölümlerinde biyokimyasal analizler – Biosensörler • Protein fotoinaktivasyonu ve in vivo hücre öldürülmesi The Nobel Prize in Chemistry 1980 for his fundamental studies of the biochemistry of nucleic acids, with particular regard to recombinant-DNA" "for their contributions concerning the determination of base sequences in nucleic acids" Paul Berg Walter Gilbert Frederick Sanger 1/2 of the prize USA 1/4 of the prize USA Harvard University, Biological Laboratories Cambridge, MA, USA b. 1932 1/4 of the prize United Kingdom MRC Laboratory of Molecular Biology Cambridge, United Kingdom b. 1918 Stanford University Stanford, CA, USA b. 1926 DNA analizleri elektroferogram 2008’in en iyi icadı evde yapılan DNA testi hürriyet.com.tr 8 Kasım 2008 Monday, November 10, 2008 1. The Retail DNA Test TIME's Best Inventions of 2008 Time Dergisi yılın en iyi 50 icadını seçti. Dergiye göre, 2008’in en iyi icadı, bu yıl perakende olarak satışa sunulan pratik DNA testi. 399 dolara satın alınabilen paket sayesinde herkes ev ortamında analiz yaparak, genetik olarak 90 hastalık ve rahatsızlığa yakalanma riskini öğrenebiliyor. Test paketi, 600 bin gen kombinasyonunu tanıyıp yorumlayarak, kişinin Alzheimer’a yakalanma ihtimalinden, kel kalma veya kör olma riskine dek birçok konuda tıbbi olasılık bilgisi veriyor. "23andMe" adlı testi pazarlayan firmanın sahibi, Google’ın kurucularından Sergey Brin’in eşi Anne Wojcicki. •Age-related Macular Degeneration •Alcohol Flush Reaction •Bitter Taste Perception •Celiac Disease •Crohn's Disease •Cystic Fibrosis (Delta F508 mutation) •Earwax Type •Eye Color •G6PD Deficiency •Lactose Intolerance •Malaria Resistance (Duffy Antigen) •Muscle Performance •Age-related Macular Degeneration •Alcohol Flush Reaction •Bitter Taste Perception •Celiac Disease •Crohn's Disease •Cystic Fibrosis (Delta F508 mutation) •Earwax Type •Eye Color •G6PD Deficiency •Lactose Intolerance •Malaria Resistance (Duffy Antigen) •Muscle Performance •Non-ABO Blood Groups •Norovirus Resistance •Parkinson's Disease •Prostate Cancer •Psoriasis •Resistance to HIV/AIDS •Rheumatoid Arthritis •Sickle Cell Anemia & Malaria Resistance •Type 1 Diabetes •Type 2 Diabetes •Venous Thromboembolism Yeni dizileme yöntemleri (Yeni genom center görünümü) Roche/454 GS FLX Dizileme hazırlığı Tüm genom rastgele parçalara ayrılır Parçalar nötralize edilir. Adaptörler eklenir. DNA su yağ karışımındaki tutucu boncuklara bağlanır. Boncuklara bağlı parçalarda PCR yapılır. Bir parçanın binlerce kopyasını içeren boncuklar PicoTiter Plate’te konur. Polimeraz ve luciferaz içeren enzimler eklenir. Dizileme işlemi Plate’ler dizileme aygıtına konur. Nukleotidler (A,C,G,T) plate üzerinde seri halinde yıkanır. Tamamlayıcı nukleotid girince, DNA polimeraz ile kalıp DNA uzatılır. Nukleotidlerin eklenmesi ışık saçar ve bu durum CCD kamera ile okunur. Genome sequencing in microfabricated highdensity picolitre reactors-Nature 437, 376-380 (15 September 2005) Binlerce boncuk ayni anda dizilenir. Dizileme hızı • ~25 milyon baz >=% 99 doğrulukta 4 saatte • ~230,000 okuma • Ortalama okuma uzunluğu 110 baz Günümüzde kullanılan yeni nesil dizileme sistemleri Roche 454 Illumina HiSeq Helicos Heliscope Solid dizileme Ion Torrent Dizileme Pasific Bioscience Pacific Biosciences Tek Molekül Real Time (‘Single Molecular Real Time –SMRT) teknolojisidir. Her bir çip, 100 nm boşlukta DNA izlenir. Fosfor ile işaretli nükleotidler farklı renkle işaretlenir. Uzun okumalar, kısa sürelerde okunur ve yüksek kalitede ve düşük maliyet (Eski genom center görünümü) Real - Time PCR SYBR Green çift iplikli DNA’ya bağlanır. DNA- Boya kompleksi mavi ışığı absorblar (max = 498 nm) ve yeşil ışığı yayar (max = 522 nm) DNA çoğaldıkça SYBR fluoresansı orantılı olarak artar. DNA polimerazın 5’3’ eksonukleaz aktivitesi ile reporter boya “quencher” dan ayrılınca fluoresans oluşur (Taqman prob). Fluorimetreler Plate okuyucular Mikroskoplar Intravital görüntü sistemler Uyarılma Uyarılma Kaynakları Lambalar Xenon Xenon/Mercury Lazerler Argon Ion (Ar) Krypton (Kr) Violet 405 Helium Neon (He-Ne) Helium Cadmium (He-Cd) Krypton-Argon (Kr-Ar) Lazer diodlar 400nm - NIR Fluoresan özellikleri • • • • Absorbsiyon etkinliği Emisyon özellikleri Kuantum etkinliği Çevre koşulları – pH – Bağlanma özellikleri • “Bleaching” Nasıl görebiliriz? • Dikroik ve Filtre Sistemi • Özgün problar için özgün filtreler Uzun geçişli filtreler • Her türlü ışık setinin geçişine izin verirler örn. 500nm • Maksimum ışık kazancı için tek işaretli örnekler kullanılır. Geçiş Band geçişli filtreler • Belli aralıkta dalga boylarında ışığın geçişine izin verirler. Örn. 530 + 15nm • Çoklu işaretlemeli örnekler için kullanılırlar. Band geçiş Dikroik filtreler • Işığı yansıtır ve bir dalga boyunun veya belli bir aralıktaki dalga boyunun geçişine izin verirler. • Bir dalga boyunda eksite olmuş örnek kullanılır ayni zamanda ışığı detektöre yönlendirir. Dikroik Fluoresan Mikroskop Arc Lambası EPI-aydınlatma Uyarılma diyaframı Uyarılma filtresi oküler İki renkli Filtre objektif Soğrulma filtresi Fluoresan mikroskobu renkli video (CCD) 35 mm kamera Konfokal mikroskobu : High-throughput fluorescence microscopy for systems biology Rainer Pepperkok & Jan Ellenberg1 Dünya’daki en güzel mikroskop fotoğrafları [2009] » nikon2009_01_place_16821_3_paves_thumb[1]-1 2009 birincisi: Genomu ilk çıkarılan bitki, Arabidopsis thaliana’nın erkek organı. Talinn Üniversitesi Dr. Heiti Paves tarafından konfokal mikroskop (20x) kullanılarak çekilmiş. Sitogenetik In situ melezleme belirli bir mRNA’nın doku içinde nerede bulunduğunu görmemize yarar. Bu metod inceleyenin ilgilendiği mRNA’nın normal yerini görmesine olanak sağlar. In situ melezleme oldukca kolay bir tekniktir ve histolojik dokulardaki hedef mRNA’nın işaretlenmis nükleik asit probuna hibridizasyonunu sağlayarak dengeli hibridler oluşturur ve böylece probun yeri görülür. Bu teknoloji ayrı türlerdeki hücre populasyonlarında gen anlatımı çalışmak için uygun bir yöntemdir. Çünkü tek bir hücre çözünürlüğünde hedef mRNA’nın bulunmasına izin verir. Kullanılan prob tipleri: DNA probları: Yüksek spesifik aktivite gösterir. Prob olarak kullanılmadan önce denatüre edilmelidir. RNA probları: RNA-RNA hibridleri en stabil hibridlerdir. RNA probları düsük stabilite gösterir ve RNaz’larla kolaylıkla yok edilebilirler. Oligonükleotid probları (15-50 nükleotid) Dizi hedef diziye tamamlayıcı olarak dizayn edilir. Problar çok stabildir. Küçük boyutundan dolayı hedefe kolayca girebilir. Prob işaretleri Radyoaktif işaretler Direkt işaretleme Radyoaktif olmayan işaretler Direkt işaretleme İndirekt işaretleme Affinite molekülü Marker molekül Reporter molekül FISH Fluoresan in situ hibridizasyon çoklu, sayı, yapı ve mikrodelesyon gibi kromozom anomalilerini saptamak için kullanılan bir metodtur. Üstünlükleri: Sonuca hızlı ulaşılılır. Bütün doku tiplerine uygulanabilir (kan, ilik vb.) Standart sitogenetik metodlarla saptanamayan delesyonları saptar. Olumsuz yönleri: Standart G-bantlama calışmalarının yerine geçemez fakat yanında kullanılabilir. Tüm kromozom için iyi olmasına rağmen sadece birkaç kromozomal segmentle sınırlıdır. Bu teknolojide ilk aşama; floresan özelliği taşıyan bir kimyasalın spesifik DNA dizilerini tanıyabilecek bir molekülle bağlanmasıdır. Bu işaretli moleküle prob denir. Kromozomlar, probun kromozomun üzerinde aranan DNA dizisine bağlanmasına izin verilecek şekilde hazırlanırlar. Bu işleme hibridizasyon denir. Kromozoma bağlı olan işaretli DNA probu kromozomlar UV ışığa maruz bırakıldıklarında ışıma yaparlar. Eğer probda floresan ışıma olursa gen mevcuttur, floresan ışıma yok ise delesyona uğramıştır. İlk aşama çift iplikli kromozom DNA’sını ve prob DNA’sını denatüre etmektir. Böylece prob ve kromozom DNA’sı birbirine bağlanabilirler. Bu işlem DNA’nın yüksek sıcaklıkta ısınmasıyla gerçekleşir Prop lam üzerine konulduktan sonra üstüne buharlasmayı engellemek için lamel örtülür ve lamelin kenarlari iyice kapatılır.Lamel 37 oC lik inkübatore koyulur ve bir gece boyunca bekletilir. Böylece prob hedef kromozomla hibridize olur. Gece boyunca prob DNA spesifik kromozom üzerinde hedef diziyi arar ve ona yapışır. Arpa’da P18S5S rDNA ve Russian Wheat Aphid “Dn 4” geni A) interfaz nukleusu ve B) Metafaz kromozomları. 4 3 Transgene 4 2 Transgene 2 5 6 5 3 7 Arpa’da P18S5S rDNA ve Russian Wheat Aphid “Dn 4” geni A) interfaz nukleusu ve B) Metafaz kromozomları. Telomer fish Sentromer fish 1 Nolu kromozomu boyama DNA dizi boyama Arabidopsis allopoliploidlerinde FISH (kırmızı ve yeşil fluoresans ile belirlenen genomların tapetum hücrelerindeki çok sayıda kopyaları). Dr. Schader's description of the images is as follows: "Multiple FISH in an onion-leek hybrid (cf. link Allium) with 3 DNA probes which detect the following genes or sequences: 1. 5S rDNA genes — yellow signals within the chromosomes, 2. Telomeric DNA, specific for the onion chromosomes — yellow signals on the ends of yellow/green stained chromosomes, 3. 25S rDNA genes — red signals. GISH of all 8 onion chromosomes — yellow stained. Two leek chromosomes (6A and 8A) were deleted in this hybrid. The scale bar corresponds to 10 lm." Used with permission of Dr. Otto Schader of the BAZ. Spektral Karyotipleme Herbiri 5 florokromun farklı kombinasyonlarıyla hazırlanmış probların 24 kromozomla hibridizasyonuna ve tek bir filtreye sahip floresan mikroskobu ile analizine dayalıdır. M-FISH (Multicolor FISH) 5 florokromun çeşitli kombinasyonlarıyla hazırlanmış probların hibridizasyonu ve farklı flouresans sinyalleri ile analizine dayalı bir yöntemdir. M-band Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon CGH floresan moleküler sitogenetik bir tekniktir ve DNA kayıplarını, amplifikasyonlarını normal metafaz kromozomlarında gösterir. CGH niceliksel 2 renk floresan in situ hibridizasyonuna dayanır. Eşit miktardaki farklı işaretlenmiş tumör genomik DNA ve normal referans DNA’sı karıştırılır ve hibridize edilir. İşaretlenmiş problar iki farklı floresan ile belirlenir. Referans metafaz alanındaki kromozomlar boyunca floresan yoğunluklarındaki farklılıklar, tümör DNA’daki kopya numara değişikliklerine karşılık gelir. CGH tümör genomlarındaki kromozomal kopya numarası değişikliklerini incelemek için güçlü bir tekniktir ve tek bir deneyde tüm genomları analiz etmesi gibi bir avantaja sahiptir. Özellikle Sitogenetik analiz için yeterli metafaz vermeyen tümörlerin incelenmesi için kullanılabilir ve donmuş veya taze dokulara uygulanabilir. DNA “array”leri Feuk et al. Nature Reviews Genetics 7, 85–97 (February 2006) | doi:10.1038/nrg1767 Exon-array CGH Kök gelişiminde Pin genleri Gen anlatım çalışmalarında fluoresans? The SCR and SHR genes have been cloned in the laboratory of our long-standing collaborator Philip Benfey. They encode GRAS-type transcription factors long known to be required for the asymmetric division of the ground tissue stem cell and for endodermis specification. Accordingly, SHORTROOT and SCARECROW protein reside in the nuclei of a single cell layer surrounding the stele. SHR is transcribed in the stele and the protein moves outward, whereas SCR is expressed in the same layer where the protein is found. A B DAPI-stained barley (Hordeum vulgare L. cv. Zafer-160) roots. Barley mature seeds were germinated on moist filter paper at 250C for 2 days in the dark. Roots excised from seedlings were first fixed in Carnoy’s fixative (Ethanol:Acetic acid 3:1) and treated with 45% acetic acid at RT for 10 minutes. Roots were rinsed with dH2O twice and incubated in 100 ml DAPI (100 mg/ml) at RT for 5 minutes. Preparations were examined at 200X magnification using fluorescent microscope (DM4000 B, Leica) fitted with BGR filter. A)Control, B)1mM Brassinosteroid treated. Istanbul University, Faculty of Science, Molecular Biology and Genetics Department. This work is supported by the Research Foundation of the Istanbul University, Project No:618/15122006. Çip yapımıHibridizasyonTaramaGörüntüleme “Fonksiyonel” Protein Array Nikel tabaka Kromogenik in situ hibridizasyon(CISH) CISH pratik, etkili ve FISH’a alternatif bir metodtur. FISH ile karşılaştırıldığında üç önemli avantajı vardır: 1)Parafin bölgelerin histolojik ayrıntıları aydınlık alanda genellikle daha iyi gözlenir. 2)Morfolojik ayrıntılar düşük güçlü mercekle kolaylıkla görülebilir. 3)Prob sinyalleri hızlı solmazlar. HER2 CISH and IHC staining in breast carcinomas. CISH of HER2 gene amplification appears as a mixture of clusters and individual gene copies (A), and IHC of TAB250 3+ staining (B); CISH of normal HER2 gene appears as one or two gene copies (C), and IHC of TAB250 0 staining (D). Original magnification, 400 Counterstained with hematoxylin Epigenetik çalışmalar ve Fish Xist problar ve inaktif X Protoplast/ hücre canlılık testleri (fluoresein diasetat) S.pombe septum oluşumu BiFC (Biyomoleküler floresans komplementasyonu) Portein- protein ilişkilerinin araştırılmasında kullanılan Fluoresans tekniğidir. İkifluoresan molekülün canli hücrelerde bir kompleks oluşturması ile gözlenir. floresans Multicolor BiFC (Biyomoleküler floresans komplementasyonu) Cameleon (measuring calcium in vivo) Single-molecule FRET analysis of Na+-induced telomere DNA G-quadruplex folding in the absence of force. Long X et al. Nucl. Acids Res. 2013;nar.gks1341 © The Author(s) 2013. Published by Oxford University Press. FRET kullanım alanları BRET: “Bioluminiscence resonance energy transfer” BRET : Bioluminescence Resonance Energy Transfer enerji transferi Rluc Coelenterazine GFP Coelenteramide Flow sitometri çalışması Fluorescence Detection Forward Scatter Sideward Scatter Fluorescence Detection Reproduced from Terry Hoy Flow sitometride fluoresan? • Hücreler birbirine benzer. • Fluoresan özel bileşikleri ve partikülleri etiketlememize yarar. • Kuantifikasyon yapılabilir. • Özgün ayırım yapılabilir. Subpopulasyonların tayini Fluoresan tayinler (örneğin DNA) Morfolojik bilgi …..istatistik de gerekli? PE-Cy7 Log Comp 10 4 10 3 10 2 10 1 10 0 100 101 102 103 PE Log Comp 104 G0-G1 S G2-M Apoptotic cells # Events # of Events Flow Sitometri Apoptotik Hücreler Fluorescence Intensity Normal G0/G1 cells PI - Fluorescence Flow karyotipleme Bezelye kromozomları nukleus Endoplasmik retikulum nukleolus golgi mitokondri lizosom peroksizom Tubilin sitozol lipid Plazma membranı Kromatin kondansasyonu ve DNA fragmentasyonu Using fluorescent nanotubes in medical applications to brighten the way In a way, nanotubes are nature's smallest candles. These tiny tubes are constructed from carbon atoms and they are so small that it takes about 100,000 laid side-by-side to span the width of a single human hair. In the last five years, scientists have discovered that some individual nanotubes are fluorescent. That is, they glow when they are bathed in light. Some glow brightly. Others glow dimly. Some glow in spots. Others glow all over. Quantum dots are small devices that contain a tiny droplet of free electrons. Quantum dots as fluorescent labels for tagging biomolecules“Quantum dots for live cells, in vivo imaging and diagnostics,”Michalet, Piinaud, Bentolila, Tsay,Doose, Sendaresan, Wu, Gambhir, and Weiss 1.October 2nd, 2008 under Advanced materials, Nanotechnology. ... MRI and fluorescent quantum dots which can be imaged using a fluorescence scanner, ... 1.2008 Fluorescent nanocrystal quantum dots as medical diagnostic ... SNP Genotyping: Technologies and Biomedical Applications CdSe and CdTe-Shell of ZnS 3-6 nm visible 1. In particular, the upconversion fluorescent nano-structured material according to the invention are useful in applications such as bio-imaging, photodynamic ... www.wipo.int/pctdb/en/wo.jsp?IA=WO2008048190&WO=2008048190&DISPLAY M-band Brainbow mice Serebral korteks Painted in Fluorescent Bacteria Dünya’daki en güzel mikroskop fotoğrafları [2009] » nikon2009_01_place_16821_3_paves_thumb[1]-1 2009 birincisi: Genomu ilk çıkarılan bitki, Arabidopsis thaliana’nın erkek organı. Talinn Üniversitesi Dr. Heiti Paves tarafından konfokal mikroskop (20x) kullanılarak çekilmiş. Changes in Cell Shape May Lead to Metastasis, Not the Other Way Around June 21, 2013 — A crucial step toward skin cancer may be changes in the genes that control cell shape, report a team of scientists from The Methodist Hospital Research Institute, the Institute of Cancer Research, London, and Harvard Medical School in an upcoming issue of Nature Cell Biology (now online). Using automated high content screening and sophisticated computational modeling, the researchers' screening and analysis of tens of millions of genetically manipulated cells helped them identify more than a dozen genes that influence cell shape. Their work could lead to a better understanding of how cells become metastatic and, eventually, pinpoint new gene therapy targets for cancer treatment. İSTANBUL ÜNİVERSİTESİ MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK BÖLÜMÜ İLGİNİZ İÇİN TEŞEKKÜR EDERİM. http://www.istanbul.edu.tr/fen/mbg/personel.php?id=30
