(Akar , Am J Hematol, 1999, 2000 ) ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ Faktör V

advertisement
GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA
Prof. Dr. Nejat Akar
Ankara Üniversitesi
DNA
Genomik
Gen Dizileri, SNPs
RNA
Transkriptomik
RNA
Tüm Protein içeriği
Protein
Hücre
Proteomik
Diferansiyel Proteomik
Doku
Fonksiyonel Proteomik
Normal ve değişen koşulda
protein farklanmaları
Protein Modifikasyonları; Protein/DNA,
Protein/RNA, Protein/Ligand,
Protein/Protein Etkileşimleri
Organ
Metabolomik
Farmakogenomik/
Farmakoproteomik
Nereden örnek alabiliriz ?
Protein Fonksiyonu; Hücre,
Doku, Organ, Etkileşimler
70 yaş / erkek
DVT tanısıyla servise kabul edildi
Ailede DVT öyküsü yok
45 yaş / erkek
DVT tanısıyla servise kabul edildi
Ailede DVT öyküsü var
40 yaş / kadın
DVT tanısıyla servise kabul edildi
Ailede DVT öyküsü yok
Erken yaşta
MI
Buerger
hastalığı
Buerger
hastalığı
Erken yaşta
MI
70 yaş / erkek
DVT tanısıyla servise kabul edildi
Ailede DVT öyküsü yok
45 yaş / erkek
DVT tanısıyla servise kabul edildi
Ailede DVT öyküsü var
Faktör V 1691 GA
Faktör V 1691 AA
40 yaş / kadın
DVT tanısıyla servise kabul edildi
Ailede DVT öyküsü yok
Faktör V 1691 GG
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu
DVT oluşumunda önemli mi?
başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon
* başka bir polimorfizm
* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
4. Klinik açıdan önemi var mı?
* tedavide farklılık yaratabilir mi?
* prognozu etkiler mi?
* semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu
DVT oluşumunda önemli mi?
başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon
* başka bir polimorfizm
* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
FV 1691 G-A Mutasyonunun Sıklığı
n
Türkler
324
1691A
29
%
Sıklık
9.0
0.0045
OR
1
(AKAR, Thromb Haemost, 1997)
1
FV 1691 G-A Mutasyonunun Sıklığı
Türkler
DVT
n
1691A
%
Sıklık
OR
324
29
9.0
0.0045
1
20.6
0.0113
2.3
97
20/2
(AKAR, 1997)
1
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu
DVT oluşumunda önemli mi?
başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir gendeki mutasyon
* başka bir polimorfizm
* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
FV 1691G-A ve PT 20210 G-A BİRLİKTELİĞİ
N
Kontrol
DVT
190
269
FV1691G-A (%) OR PT20210G-A(%) OR
20
İkisi (%)
OR
(10,5)
1
4 (2.1)
1
1
(0.5)
1
58 (21,5)
2
25 (9.2)
4.4
10 (3.7)
7
(AKAR,Thromb Research, 2000)
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu
DVT oluşumunda önemli mi?
başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon
* başka bir polimorfizm / gen içi
* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
FV A4070G polimorfizminin DVT’de etkisi
N
R1R2
OR
Kontrol
112
15
1
DVT
179
17
0.71
Cl
0.341.4
R2R2
OR
1
1
3
1.87
Cl
0.19-18
(AKAR,TJH, 2002)
DVT’DE FV 1691 A & FV4070 G SIKLIĞI
n
•Kontrol(%)
•DVT
•OR
(%)
144
129
1691 A
10.4
4070G
İkisi OR
9.7
1
20.1
11.6
6
1.9
1.2
6.7
(Akar , Am J Hematol, 1999, 2000 )
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu
DVT oluşumunda önemli mi?
başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon
* başka bir polimorfizm / başka bir gen
* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
MTHFR 677 C-T
Kontrol
DVT
n
677T
TT
106
88
37
37
6
8
%
Sıklık
5.6
9.0
0.023
0.030
OR
1
1.6
(AKAR,Tromb Research, 1998)
Ankara Üniversitesi
Pediatrik Moleküler Genetik
SNP array 10 K
Ankara Üniversitesi
Bioteknoloji Enstitüsü
SNP array 250K
Ankara Üniversitesi
Bioteknoloji Enstitüsü
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu
DVT oluşumunda önemli mi?
başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon
* başka bir polimorfizm
* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
PC
Va
Pro
EPCR
T
FVII
Vi
Va
TM
Xa
SO4
T
PC
EPCR
A
P
C
A
S P
C
Va
ENDOTEL
?
MMP
sEPCR
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu
DVT oluşumunda önemli mi?
başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon
* başka bir polimorfizm
* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
RNA Ekspresyonu
Transkriptom 250 K
Ankara Üniversitesi
Bioteknoloji Enstitüsü
MİKRO RNA
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu
DVT oluşumunda önemli mi?
başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon
* başka bir polimorfizm
* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
4.Tedavi takibinde farmakogenetik
Genom aynı, proteom farklı
Tıp’da Karşılaştırmalı Proteomiks
Normal Birey
- Hasta
Tedavi Verilmeyen Hasta - Tedavi Verilen Hasta
Tedavi-I Verilen Hasta
- Tedavi-II Verilen Hasta
70 yaş / erkek
DVT tanısıyla servise kabul edildi
45 yaş / erkek
DVT tanısıyla servise kabul edildi
Faktör V 1691 GA
Faktör V 1691 AA
40 yaş / kadın
DVT tanısıyla servise kabul edildi
Ailede DVT öyküsü yok
Faktör V 1691 GG
Reviparin-sodium : 100 IU/kg
Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI) ile PROTEOMIKS
Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
Proteomik Analiz(2D)
(Plazma-pH 3-10,Sypro Ruby/HED)
Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
Proteomik Analiz (2D)
(Plazma-pH 3-10,Sypro Ruby/HED)
Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
Protein Mikroarray
70 yaş / erkek
Astım tanısıyla servise kabul edildi
Ailede Astım öyküsü yok
45 yaş / erkek
Astım tanısıyla servise kabul edildi
Ailede Astım öyküsü var
40 yaş / kadın
Astım tanısıyla servise kabul edildi
Ailede Astım öyküsü yok
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Astım oluşumunda genetik faktörler önemli mi?
başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* bir mutasyon
* bir polimorfizm
* bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
4. Klinik açıdan önemi var mı?
* tedavide farklılık yaratabilir mi?
* prognozu etkiler mi?
* semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Kanser oluşumunda genetik faktörler önemli mi?
başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* bir mutasyon
* bir polimorfizm
* bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
4. Klinik açıdan önemi var mı?
* tedavide farklılık yaratabilir mi?
* prognozu etkiler mi?
* semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?
Download