3. Ödev 1. Aşağıdaki DNA dizi parçası için pürin

3. Ödev
1. Aşağıdaki DNA dizi parçası için pürin-pirimidin dizilişi açısından “rasgele bir diziliş”
olduğu söylenebilir mi? “Diziliş rasgeledir” sıfır hipotezini, değiline karşı %5 anlam
düzeyinde test ediniz.
TCGACAGACAGGGGCTGGAGAAGGGGAGAAGAGGAAAGTGAGGTTGCCTGCCCTGTCTCCTACCTGAGGC
TGAGGAAGGAGAAGGGGATGCACTGTTGGGGAGGCAGCTGTAACTCAAAGCCTTAGCCTCTGTTCCCACG
AAGGCAGGGCCATCAGGCACCAAAGGGATTCTGCCAGCATAGTGCTCCTGGACCAGTGATACACCCGGCA
Bu dizi parçasının baştan sona kadar protein kodladığını varsayalım. Amino asitlerin
hidrofob-hidrofil dizilişi açısından “rasgele bir diziliş” olduğu söylenebilir mi? “Diziliş
rasgeledir” sıfır hipotezini, değiline karşı %5 anlam düzeyinde test ediniz.
2. Durum uzayı {A,C,G,T} olan bir Markov Zincirinde bir adım geçiş olasılıkları matrisi,
A
1/ 4
1/ 4

1/ 4

T 1/ 4
A
C
G
C
G
T
1/ 4 1/ 4 1/ 4 
1/ 4 1/ 4 1/ 4 
1/ 4 1/ 4 1/ 4 

1/ 4 1/ 4 1/ 4 
olsun. Rasgele bir durumdan başlayıp 60 baz uzunluğunda (bp uzunluğunda) bir dizi parçasını
bilgisayarda üretiniz ve 1. soruda istenenleri yapınız.
Geçiş matrisi,
A
1/10
1/10

1/10

T 1/10
A
C
G
C
G
T
4 /10 4 /10 1/10 
4 /10 4 /10 1/10 
4 /10 4 / 40 1/10 

2 /10 3 /10 4 /10 
olsun. Rasgele bir durumdan başlayıp 60 baz uzunluğunda (bp uzunluğunda) bir dizi parçasını
bilgisayarda üretiniz ve 1. soruda istenenleri yapınız.
3. . Durum uzayı {A,C,G,T} olan bir Markov Zinciri için kendiniz bir tane, bir adım geçiş
olasılıkları matrisi alınız. Bu matrisi kullanarak bilgisayarda bir dizi parçası üretiniz. Üretilen
dizi parçasını bir gözlem olarak kullanıp, geçiş olasılıkları matrisinin sizin matrisiniz
olduğunu, değiline karşı %5 anlam düzeyinde test ediniz.
4) Aşağıdaki yazı (Gazete yazısı) ile ilgili çok kısa bir yorum yazınız.
Vatikan, hazırladığı listedeki günahları 'affedilebilir ve hayati günahlar' olmak
üzere ikiye ayırdı.
Yeni '7 ölümcül günah' şöyle sıralanıyor:
• Genetik modifikasyon
• Đnsanlar üzerinde deney yapmak
• Çevreyi kirletmek
• Sosyal adaletsizliğe yol açmak
• Fakirliğe neden olmak
• Zenginlikle gösteriş yapmak
• Uyuşturucu kullanmak ve satmak.
11.03.2008