- Optik Görüntüleme - Değişken Basınçlı Taramalı Elektron

Tipik bir hücre
10-20 µm
Işık Mikroskobu
0.2 µm
1 mm=10-3 m
1 µm=10-6 m
1 nm=10-9 m
1 A=Angstrom
=10-10 m
Çözünürlük radyasyon
dalgaboyu ile sınırlandırılmıştır.
Zarar vermeden
Canlı görüntüleme
Zorunlu: Numune Hazırlığı
3D görüntü yazılımları
Tıp/Biyoloji
Fizyoloji
Moleküler
Biyoloji
Proteomiks
Genomiks
Biyokimya
İmmunoloji
Malzeme/Teknoloji
Malzeme ve
Metalurji
Fizik
Elektronik
Bilgisayar
Teknolojileri
Mekanik
Makine
Donanım
Bilişim/ İstatistik
Modelleme
Yazılım
Dizayn
İstatistik
Model Organizma / Enstrümental Analiz / Metodoloji
OPTİK GÖRÜNTÜLEME
Tahmin
Analiz
Işık dalgaları nesnelerin içinden geçerken ya da yansırken bir faz değişimine uğrarlar, aynı
kaynaktan gelen ışınlar, aynı objeden farklı zamanlarda veya farklı yolları takip ederek optik
sistemden geçer ve bu optik sistemin etkisiyle kırılıma uğrarlar
çözünürlük
•İnsan gözü: yaklaşık 0.2 mm
•Gelişmiş ışık mikroskobu: yaklaşık 0.2 μm
1500 x
•Transmission Elektron Mikroskop: yaklaşık
0.2 nm
250.000 X
Optik görüntülemede en önemli husus Kontrast’tır.
Kontrast nesneler arasındaki parlaklık farkıdır.
1- Kimyasal Metot:
2- Optik Metot
3- Görüntüleme sistem ve yazılımları
Boyanmamış
Boyanmış
Aydınlık Faz
Faz Kontrast
Diyafram kısık
Karanlık Alan
Işık
mikroskobunda
görüntüleme yöntemi.
4
farklı
A) Aydınlık alan ışık mikroskobisi,
B) Faz-Kontrast Işık Mikrokobisi,
C) Nomarski ayırtedici faz kontrast
mikroskobisi
D) Karanlık alan ışık mikroskobisi.
MEF, Fare embriyonik fibroblast hücre
serisi, TÜTAGEM hücre kültürü
laboratuvarı. Leica DM 6000 B 3D
ışık mikroskobu, Led aydınlatma,
Fotoğraf; Oğuzhan Doğanlar, Asude
Soykan Kırbaş. Ölçek çizgisi: 50 µm
Floresan boyalar
(a) Multispectral fluorescence camera system. (b) Positioning before draping. (c) Intraoperative
application including draping. (d–g) Intraoperative screenshots of simultaneously detected and
depicted images in color (d,f) and corresponding fluorescence during surgery (e,g) in a patient
with high-grade serous ovarian carcinoma and extensive peritoneal carcinomatosis (stage III, FRα positive).
Stereomicroscopic image of rat buccal mucosa
tissue perfused with areca nut extract solution
at 24 h. Note the total perfusion of the tissue
indicating aggressive permeability (dark
brown areas)
Stereomicroscopic image of rat buccal mucosa
tissue perfused with paan masala extract
solution at 24 h. Not the limited perfusion
restricted only to epithelial and juxtaepithelial
areas (compare with Figure 2) indicating
gradual diffusion
Roberts et al., 2013. Permeability of rat oral mucosa to areca nut and paan
masala extracts: An experimental study Journal of Orofacial SciencesVol. 5•
Issue 1•
Sprague Dawley sıçan kaudal terminasyon, kıl benzeri tüylenme ve sensillium morfolojisi. TÜTAGEM optik görüntüleme
laboratuvarı. Numune hazırlığı olmaksızın doğrudan inceleme. Leica M 205 3D stereo mikroskop. Z stack 54 frame
3D montaj, Render, MAP opsiyonu. Koaksiyal soğuk ışık, 3 boyutlu led aydınlatma. Leica Aplication Suit yazılımı.
Fotoğraf; Zeynep Banu Doğanlar, Oğuzhan Doğanlar. Ölçek çizgisi 500 µm.
Canlı hücre stereo görüntüleme
Işık mikroskobisinde kullanılan bazı
boyama yöntemleri ile farklı organ ve
doku görüntüleri. A) Onikiparmak
Bağırsağı, PAS-Alcian Blue boyama,
B) Karaciğer dokusu, Hemakromatozis,
organlarda demir birikimi, Prusya Mavisi
boyama,
C) Bağırsak dokusu, Tenya larvaları,
Hematoksilen-Eozin boyama,
D) Karaciğer dokusu, otoimmün hepatit,
Retikülin boyama,
E) Böbrek dokusu membranöz
glomerülonefrit bazal membran
kalınlaşması, PAS boyama,
F) Böbrek membranöz glomerülonefrit
bazal membran kalınlaşması , Gomori
methenamine silver boyama.
Numune hazırlama, Trakya Üniversitesi,
Tıp Fakültesi, Patoloji AD, TÜTAGEM
optik görüntüleme laboratuvarı. Leica
DM 6000 B 3D ışık mikroskobu, 3D
imaging opsiyonu, Led aydınlatma,
Fotoğraf; Asude Soykan Kırbaş, Oğuzhan
Doğanlar. Ölçek çizgisi 50 µm, E,F: 100
µm
Buna floresan ışık mikroskobisi denilmektedir
Günümüzde sıklıkla kullanılan floresan boyalar ve dalga boyları skalası
A) Kan dokusunda Komet görüntüsü. Çeşitli biyotik ve abiyotik stres faktörleri hücrelerde DNA
hasarına yol açar. Oluşan bu hasar, dokulardan tek hücre kültürü yapılması ve bu hücrelerin bir jel
elektroforezi işlemine tabi tutulması sonucu, floresan boyama ile hücre genetik materyali
boyandığında bir ana çekirdek DNA kütlesi ve onun etrafında tek zincir ve çift zincir DNA kırıkları
gözükür. Bu kırıklar ana çekirdeğin jelde yürüdüğü yönün tersinde bir kuyruk görüntüsü oluşturur. Bu
görüntü kuyruklu yıldıza benzediği için bu yönteme Komet Assay denilmiştir. İlk olarak Çernobil
faciasında radyasyona maruziyet düzeyinin hızlı bir şekilde tanımlanmasında kullanılan bu yöntem,
günümüzde genetik toksikoloji çalışan araştırmacılar için oldukça yarayışlı bir yöntemdir. Boya
Ethidium Bromit B) Mesenteron hücre membranı, sağlıklı hücrelere ait çekirdek DNA’sı. Boya, Vista
Green. TÜTAGEM optik görüntüleme laboratuvarı. Leica DM 6000 B 3D floresan ışık mikroskobu,
Led floresan aydınlatma, Fotoğraf; Zeynep Banu Doğanlar, Oğuzhan Doğanlar. Ölçek çizgisi A, 50
µm, B, 100 µm
Değişken basınçlı Taramalı Elektron mikroskobisi ve
EDXS (Energy Dispersive Spectroscopy )
Yüzey tarama
DIC
SEM
TEM
Neural plate morphogenesis during mouse
neurulation is regulated by antagonism of
Bmp signalling
DLHPs are absent from Zic2Ku/Ku embryos during
the development of spina bifida. (A-E) Scanning
electron micrographs of the E9.5 caudal region of
wild-type (A,C) and Zic2Ku/Ku (B,D,E) embryos. (A)
The wild-type embryo has a closed brain and an
open posterior neuropore (PNP), as expected at this
stage of development. (B) The Zic2Ku/Ku embryo
has exencephaly (arrowheads) and a greatly
enlarged PNP (arrow), indicative of incipient spina
bifida. Higher-magnification views (C-E; see
bracketed areas in A,B) show indentations,
representing dorsolateral hinge points (DLHPs), in
the dorso-medial region of wild-type neural folds
(arrow in C), whereas these are absent from mutant
neural folds (asterisks), both at rostral (D) and more
caudal (E) levels of the PNP. (F,G) H&E-stained
sections through the PNP show early DLHPs in a
wild-type embryo (arrows in F) but entirely straight
neural folds, with no DLHPs (asterisks in G), in a
Zic2Ku/Ku embryo. The level of sections in F and G
are indicated by dotted red lines in C and D,
respectively. Scale bars: 0.2 mm (A,B); 50 μm (C,E);
25 μm (D); 0.2 mm (F,G).
Fare Böbrek
Rat Beyin Dokusu
Gerçek Zamanlı Hücre Analiz Sistemi
Gerçek Zamanlı Hücre Analiz Sistemi
Talaş Doğanlar
Teşekkür Ederim