Pınar AKALIN, Sentromer DNA Teknolojileri Ltd. Şti. Burcu SAYINLI

Pınar AKALIN, Sentromer DNA Teknolojileri Ltd. Şti.
Burcu SAYINLI, İstanbul Teknik Üniversitesi Kimya Bölümü Polimer Bilim ve Teknolojisi
Ayten Y. KARATAŞ, İstanbul Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölüm
Merkez: Sarıyer Cad. 117/B ABC Plaza İstinye, Sarıyer - İSTANBUL
Şube: İ.T.Ü. ARI Teknokent ARI8 Maslak – İSTANBUL
Tel: (212) 286 2135, 36
Faks: (212) 286 2134
Web: www.sentromer.com
Moleküler uygulamaların başarısı nükleik asit
izolasyonunun başarısına bağlıdır.
İnhibitör varlığı izolat konsantrasyonunun olduğundan
düşük görünmesine ve yanlış negatif sonuca neden olur.
• İnhibitörden etkilenmeyen, seçici DNA İzolasyonu
• Hesaplı ve özel bir lab cihazı gerektirmeden tek step
hedef NA saptaması (Biyosensör entegrasyonuna uygun)
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 2/16
Manyetik nanopartikül: 5-500 nm
Manyetik mikropartikül: 0.5-500 µm
Grafik: Jacob A.
DOI: 10.7759/cureus.170
çapındadır
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 3/16
MNP-Oligo
Fe2O3-SiO2-C=O-O-N-DNA
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 4/16
CCCCCCGCTAGCTACGTAGCTCGTAG
MNP-Oligo
kompleksi
(COLA)
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 5/16
COCA: COLA-Adaptor
COLA: Carboxy Linked Amino Complex
CCCCCCGCTAGCTACGTAGCTCGTAG
CATCGAGCATCAAGCTTACGC...
MNP-Oligo
kompleksi
(COLA)
Hedef DNA’ya Özgü
Adaptör Prob (50 baz)
(COCA)
TTCGAATGCGATCTACTG
CATCGAGCATCAAGCTTACGCTAGATGAC
AGCTAGCTACGTAGCTCGTAG
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 6/16
Coca-Cola’lı
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 7/16
1.2MNP-6Cola
11 ng/ul
2.2MNP-3Cola
14 ng/ul
3.2MNP-Cola
17 ng/ul
qPCR’da saptanamadı
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 8/16
LAMP
(isothermal PCR)
Bst1
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 9/16
LAMP
(isothermal PCR)
Bst1
Notomi et al. 2000
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 10/16
LAMP
primerleri
1.2MNP-6Cola
11 ng/ul
2.2MNP-3Cola
14 ng/ul
3.2MNP-Cola
17 ng/ul
LAMP aşaması
eklendiğinde
>100 kat artış kaydedildi
Şekil 2: Salmonella qPCR doğrulaması
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 13/16
MNP-Oligo
kompleksi
(COLA)
CATCGAGCATCAAGCTTACGCTAGATGAC
AGCTAGCTACGTAGCTCGTAG
Adaptör
Prob
(COCA)
MNPCOOH
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 14/16
AGCTAGCTACAAGCTTACGCTAGATGACGGTGAGACC...
Hedefe özgü oligonükleotid bağlı MNP
MNP-COOH
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 15/16
1.2MNP-6Cola
11 ng/ul
2.2MNP-3Cola
14 ng/ul
3.2MNP-Cola
17 ng/ul
Doğrudan MNP bağlı
hedef DNA ile yapılan
deneyde
10 kat artış kaydedildi
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 16/16
Absorbans (A)
0,000
Su‫‏‬içinde,‫‏‬Suya‫‏‬kar‫‏‏‬si‫‏‬baseline
MNP (only)
MNP-Cola
MNP-3C-Cola
MNP-6C-Cola
MNP-6C-amino-ttr4
MNP-30T
-0,005
-0,010
4250
Su içinde, Suya karsi baseline
MNP (only)
MNP-Cola
MNP-3C-Cola
MNP-6C-Cola
MNP-6C-ttr4
MNP-30T
-0,004
Absorbans (A)
0,005
-0,006
-0,008
-0,010
4000
3750
3500
3250
3000
2750
2500
-1
1800
1750
1700
1650
1600
1550
1500
1450
1400
1350
1300
-1
Da‫‏‬lga‫‏‬Sayisi‫(‏‬cm )
Da‫‏‬lga‫‏‬Sayisi‫(‏‬cm )
IR Absorbansları
IR Absorbansları
Guanin
1710 cm-1
1527 cm-1
C-O gerilme titreşimi
Molekül düzlem
titreşimi
O=C=O gerilme titreşimi
Timin
1663 cm-1
C=O gerilme titreşimi
C-H gerilme titreşimi
Adenin
1610 cm-1
C=N gerilme titreşimi
Sitozin
1491 cm-1
1527 cm-1
Molekül düzlem
titreşimi
3428 cm-1
O-H gerilme titreşimi
1680 cm-1
O-H eğilme titreşimi
1481 cm-1
2963-2669 cm-1
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 17/16
Aynı Yüzde Seyreltmedeki Oligo Bağlı MNP’lerin Empedans Ölçümleri
90
550
28
400
Zim/kohm
350
70
0,002
0,000
0,024
0,032
0,040
Zre/kohm
300
250
200
150
Phase of Z (deg)
450
Zim/kohm
500
80
0,004
100
0
40
30
20
MNP-Cola_%0,18 (v/v)
MNP-3C-Cola_%0,18 (v/v)
MNP-6C-Cola_%0,18 (v/v)
MNP-30T_%0,18 (v/v)
PBS
0,1
100
1000 10000100000
1000000
MNP-Cola_%0,18 (v/v)
MNP-3C-Cola_%0,18 (v/v)
MNP-6C-Cola_%0,18 (v/v)
MNP-30T_%0,18 (v/v)
PBS
20
15
300
Yim (mS)
36
|Z| (kohms)
|Z| (kohms)
10
25
400
27
200
18
0,8
0,9
1
1,1
10
1,2
Frequency (Hz)
100
0
1E-3 0,01
1
Frequency (Hz)
MNP-Cola_%0,18 (v/v)
MNP-3C-Cola_%0,18 (v/v)
MNP-6C-Cola_%0,18 (v/v)
MNP-30T_%0,18 (v/v)
PBS
500
0,014
50
Zre/kohm
600
0,012
Frequency (Hz)
-10
1E-3 0,01
50 100 150 200 250 300 350 400 450 500 550
20
0,01
0
0
24
60
10
50
-50
-50
Phase of Z (deg)
MNP-Cola_%0,18 (v/v)
MNP-3C-Cola_%0,18 (v/v)
MNP-6C-Cola_%0,18 (v/v)
MNP-30T_%0,18 (v/v)
PBS
5
0
0,1
1
10
100
1000 10000100000
1000000
Frequency (Hz)
0
10
20
30
40
50
60
Yre (mS)
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 18/16
1 µm
0,5 µm
0,3 µm
MNP (only)
MNP-3C-Cola
MNP-6C-Cola
Tutku
genetiktir.
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 19/30
1 µm
MNP (only)
MNP-30T
MNP-3C-Cola
MNP-6C-Cola
MNP-6C-ttr4
Tutku
genetiktir.
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 20/30
MNP (only)
MNP-Cola
MNP-30T
MNP-3C-Cola
MNP-6C-Cola
SEM Görüntüleri_500nm ölçekte
MNP (only)
MNP-3C-Cola
Biz sentezledik
ttr4 primeri
Ticari, hazır alındı
dT20mer primeri
Çalışmada iki tür manyetik nanopartikülün kombine kullanımı ve
LAMP aşamasıyla seçici ve hassas saptama yapılabileceği
gösterilmiştir.
Adaptör oligosuz doğrudan hedefe özgü MNP ile daha yüksek
DNA eldesi gözlemlenmiştir.
 Amino modifiye oligoların MNP’ye bağlanması iyileştirilirse daha
iyi sonuç alınabilir.
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 24/16
SentroPure™
DNA Ekstraksiyon ve
Saflaştırma
SentroPlex™ SentroPrime™
Oligo Sentezleme
Real-time PCR
PCR ve Dizileme Primerleri
Teşekkür
ederiz!
Proje No: 1130145. TÜBİTAK-TEYDEB 1511 Öncelikli Alanlar Araştırma
Teknoloji Geliştirme ve Yenilik Projeleri Programı ile desteklenmiş
Sentromer DNA Teknolojileri tarafından yürütülmüştür.
Sentromer DNA Teknolojileri
SKY-FOM009v001 14.12.2016 - 26/16