Bitki Moleküler Sistematiği Kaynak
advertisement
Bitki Moleküler Sistamatiği Moleküler veri çeşitleri? DNA dizileri DNA restriksiyon kısımları: RFLPs Microsatellitler - DNA bölgeleri /tandem tekrarlar RAPDs – Rastgele Amplifiye Edilmiş Polimorfik DNA AFLPs – Amplifiye Edilmiş Fragment Uzunluk Polimorfizmi Materyal Nasıl Elde Edilir? Slika da kurutulmuş Dondurulmuş Canlı Herbaryum örneği A G Purinler DNA Dizileri? C T Pirimidinler solution heated PCR: Polimeraz Zincir Reaksiyonu DNA Dizileme How does it work? PCR amplifikasyonuna benzer Fakat az bir miktar Dideoksinükleotidler kullanılır (bol miktarda deoksi nükleotilerle birlikte) Dideoksinükleotidler, bağlandığı yerde polimeraz reaksiyonunu sonlandırır. Dideoksinükleotidler floresans ile tespit edilir. DNA parçalarının boyu elektroforez ile tespit edilir. DNA Dizileme DNA Dizileme Dizi Verisi Tipleri Chloroplast cpDNA Nuclear nDNA Mitochondrial mtDNA (not used much with plants; used w/ animals) Kloroplast DNA Bazı Kloroplast Kodlayan Genleri: Gene Location Function atpB Large single-copy region of chloroplast Beta subunit of ATP synthethase, which functions in the synthesis of ATP via proton translocation rbcL Large single-copy region of chloroplast Large subunit of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RUBISCO), which functions in the initial fixation of carbon dioxide in the dark reactions matK Large single-copy region of chloroplast Maturase, which functions in splicing type II introns from RNA transcripts ndhF Small single-copy region of chloroplast Subunit of chloroplast NADH dehydrogenase, which functions in converting NADH to NAD + H+, driving various reactions of respiration Kullanılan Kloroplast genler arası boşluk bölgeleri Çekirdek DNAsı: ITS/ETS Dizi Verisi : Alt seviye taksonomik analizlerde kullanılır DNA hizalama Karakter Kodlama DNA dizi verisi Değişim Ağırlıklandırması Step Matrix: Transisyon: PY <–> PY or PU <–> PU Transversiyon: PY <–> PU or PU <–> PY Moleküler Evrim Modelleri Restriksiyon kısmı? Restriksiyon Enzimleri: E.g., EcoR1 RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi RFLP: Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi Microsatellitler: Tandem nükleotid tekrarları RAPD’s: Rastgele Amplifiye Edilmiş Polimorfik DNA Amplifiye Edilmiş Fragment Uzunluk Polimorfizmi =AFLP’s GELECEK: Yeni Nesil Dizileme DNA fragmentlere parçalanır. Fragmentler amplifiye edilerek milyonlarca dizi üretilir. DNA fragmentlerinin amplifiye edilmesi dizilenmesi için çok sayıda teknk geliştirilmiştir. GELECEK: Yeni Nesil Dizileme Diziler okunur ve üst üste gelen yerler referans genoma göre hizalanır GELECEK: Yeni Nesil Dizileme AVANTAJ: Geleneksel metodlara kıyasla 100 ila 1000 kat daha fazla dizi verisi sağlar Çok ucuz (baz çifti başına). transcriptomlar da dizilenebilir: translasyon sonucu üretilen mRNA dizileri DEZAVANTAJ: : Veriyi işlemek için çok iyi bilgisayar sistemlerine ihtiyaç duyulur. Genellikle referans genom gerektirir (yakın akraba takson).