176 MS-009 - KimyaKongreleri.org

176 MS-009
Doking Programlarının Güvenilirliğinin HIV Proteaz Enzim Veri Seti İçin
Değerlendirilmesi
Merve Senem Avaz, Vildan Adar
Hacettepe Üniversitesi Fen Fakültesi Kimya Bölümü, Bilgisayar-Destekli İlaç Tasarım Grubu,
Ankara, 06532, Türkiye
[email protected]
AIDS (Edinilmiş Bağışıklık Eksikliği Sendromu), 20 yüzyılda önceden bilinmeyen bir patojen
tarafından meydana gelen büyük bir bulaşıcı hastalıktır. HIV Proteaz enzimi, HIV virüsünün
yayılmasında en etkili yapıdır. Günümüzde AIDS tedavisinde kullanılan HIV Proteaz (PR) ilaçlarının
(inhibitörlerin) çoğu, peptidomimetik yapıya sahiptir. Virüs bu ilaçlara karşı direnç geliştirdiği için
ilaçların etkisi giderek azalmıştır.
Bu çalışmada X-Ray yapısı bilinen 14 HIV-Proteaz kompleksi için, 3 ayrı doking yönteminin;
FlexX, Autodock (AD) ve Autodock (AD) Vina, validasyonu yapılmıştır. Test seti içinde 7 çift FDA
onaylı ilaç; Ritonavir, İndinavir, Nelfinavir, Darunavir, Saquinavir, Lopinavir ve Tipranavir
bulunmaktadır [2]. Her kompleks çifti enzimin doğal ve/veya mutant (aktif bölge aminoasitleri
dışında) yapısını içermekte ve bunlar enzimin “ substrat bağlanma bölgesine” ile etkileşmektedir.
Uygun parametreler saptandıktan sonra, deneysel X Ray yapısı ile hesaplama sonucunda elde edilen
iki yapı RMSD sonuçlarının karşılaştırılması ile yöntemin doğruluğu test edilmiştir. İncelenen üç
yöntem arasında yapılan karşılaştırmalar sonucunda, HIV Proteaz enzimi için AD Vina’nın en iyi
sonucu verdiği bulunmuştur [3].
Bu çalışma Hacettepe Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Birimi BAP 07A601009 ve BAP
010D08601004 nolu projeleri ile desteklenmiştir.
KAYNAKLAR
[1] Kohl N. E., Emini E. A., Schleif W. A., Davis L. J., Davis J. C., Heimbach J. C., Dixon R. A. F.,
Scolnick E. M., Sigal I. S., 1988, Active human immunodeficiency virus protease is required for
viral infectivity, Proc. Nati. Acad. Sci. USA, 85 (13), 4686-4690.
[2] Lea A. P., Faulds D., 1996, Ritonavir, Drugs, 52(4), 541-546
[3] Avaz M.S., “HIV-1 Proteaz Enziminin İnhibitörleriyle Etkileşimi Esnasındaki Konformasyonel
Değişikliklerin Teorik İncelenmesi ve Yeni Analogların Tasarımı”, Hacettepe Üniversitesi, Ankara,
2011.