375 OP-350 - KimyaKongreleri.org

OP-350 375
Proflavin çeren, (+)-Duocarmycin Antibiyotii Analoglarnn DNA’ya
Balanma lgilerinin Hesapsal Aratrlmas
afak Özhan Kocakaya, Bircan Çeken, Murat Kzl
Dicle Üniversitesi Fen Fakültesi Kimya Bölümü, Diyarbakr, 21180, Türkiye
[email protected]
Gen ekspresiyonunun kontrolünü salayabilecek etkili tedavi edici ajanlarn gelitirilmesi için
DNA ile küçük moleküllerin etkileiminin incelenmesi çok deerli bilgiler verir. DNA ile küçük
moleküller arasndaki etkileim ile ilgili çalmalar birçok hastala kar yeni ve etkili ilaç dizayn
edilmesini salar. Küçük moleküller DNA’ ya, interkalasyon, küçük oluka balanma ve elektrostatik
olmak üzere üç etkin balanma modu ile balanr. Bu güçler moleküler seviyede yaam için belirleyici
faktörlerdir [1].
Bu çalmada, proflavin destekli DNA’ya nonkovalent balanabilen küçük moleküllerin
atomik seviyede, eksplisit su molekülleri ile 300 K de yaplan hesapsal çalmalarnda, moleküllerin
amacna uygun ekilde DNA bazlarna interkalasyon modunda balanmalar ve balandklar
bölgedeki kararllklar aratrld.
ekil 1. I. 316.pdb kodlu d(GAAGCTTC) baz
dizisine sahip DNA modeli.
I
II
II. 2adw.pdb kodlu d(ACGTACGT) baz
dizisine sahip DNA modeli.
ekil 2. Seçilen DNA modelleri
üzerine etkisi incelenen
ligandlar.
Literatür bilgilerine paralel olarak iki farkl baz dizisine sahip olan DNA modellerine (ekil
1), 2adw.pdb ve 316d.pdb dizayn edilmi olan ligandlar (A-E) için (ekil 2) balanma sabiti enerjileri
hesapland. Docking çalmalarnda Dock 6.0 program, Moleküler Dinamik (MD) simülasyonlar
Linux iletim sisteminde, Amber (V 9 - 10) kullanlarak yapld. Balanma enerjlerii ise MM/PB-SA
program kullanlarak hesapland [2].
Balanan ligandlarn, yapsal aktiviteleri incelendiinde, elde edilen bulgularn, literatürde var
olan proflavin destekli antikanser ilaçlarn dizayn çalmalar ile uyumlu sonuçlar verdii,
elektrostatik, Van der Waals, |-| etkileimleri ve hidrojen ba gibi faktörlerin younlukta olduu
tespit edildi. Ligandlarn d(G-C) bazlar arasna ya da d(A-C) bazlar arasna interkalasyon yapmasnn
önemli ölçüde bir fark yaratmad fakat 20 ns zaman aralklarnda yaplan MD hesaplalarnda d(G-C)
baz dizisinde (316d.pdb), d(A-C) dizisine oranla ksmen daha kararl olduu RMSD grafikleri
incelenerek görüldü.
Bu çalma TUB6TAK 109T788 nolu proje tarafndan desteklenmektedir. Yazarlar
desteklerinden dolay TUB6TAK’a teekkürü bir borç bilir.
KAYNAKLAR
[1] Dibakar, S., Prosenjit, B., Sankar, C., J. Phy. Chem., 114, 2044, 2010.
[2] Case D.A., Cheatham III T.E., Darden T., Gohlke H., Luo R., Merz K.M., Onufriev Jr. A.,
Simmerling C., Wang B., Woods R., J. Comput. Chem., 26, 1668, 2005.