Programların Kurulumu Kullandığınız bilgisayarın 64

Programların Kurulumu
Kullandığınız bilgisayarın 64-bit windows bir makina olduğunu varsayarak aşağıdaki adımları
belirtiyorum. 32 bit windows makinada çalışmazlar. Veya java'nın ve programların 32-bit
windows'a uyumlu hallerini bulup, indirip kurmanız gerekebilir. FMFilter programı MAC
bilgisayarda çalışmaz.
1. İndirdiğiniz TOOLS klasöründeki jre-8u45-windows-x64.exe çalıştırılabilir dosyasının üstüne
çift tıklayarak kurulumunu tamamlayın. Jre (Java runtime environment) kullanacağımız bazı
araçların (VarSifter, HOMSI, IGV) çalışabilmesi için gerekli. Aşağıdaki resimleri takip edeceksiniz.
2. HomSI.zip klasörünü sağ tıklayarak HomSI klasörü oluşacak şekilde extract/unzip/Tümünü
ayıkla yapın. Bu işlemden sonra oluşan HomSI klasöründeki HomSI.jar çalıştırılabilir dosyasının
üstüne çift tıklayarak kullanacağız. HomSI'yi homozigotluk analizi için kullanacağız. Daha detaylı
bilgi edinmek isterseniz:
http://igbam.bilgem.tubitak.gov.tr/en/softwares/HomSI/index.html
3. FMFilter klasöründeki “Fast Model Based Variant Filtering Tool-1.0-Setup.exe” çalıştırılabilir
dosyasını çift tıklayın ve aşağıdaki resimleri takip edin. İlk resimde root şifrenizi girmeniz
gerekiyor. FMFilter varyasyon filtrelemede kullacağımız bir program. Daha detaylı bilgi edinmek
isterseniz: http://igbam.bilgem.tubitak.gov.tr/en/softwares/FMFilter-tr/index.html
4. VarSifter_1.7.zip klasörünü sağ tıklayıp VarSifter_1.7 klasörü oluşacak şekilde extract/unzip/
Tümünü ayıkla yapın. VarSifter da yine varyasyon filtreleme için kullanılan bir araç. Biz bu
çalışmada sadece FMFilter'ın çıktılarını görüntülemek amacıyla kullanacağız.
5. IGV_2.3.52.zip klasörünü sağ tıklayıp IGV_2.3.52 klasörü oluşacak şekilde extract/unzip/
Tümünü ayıkla yapın. igvtools_2.3.52.zip klasörünü sağ tıklayıp extract/unzip/ Tümünü ayıkla
yapın. IGV haritalanmış genom verisini görsel ve renkli bir şekilde görmemizi sağlayan bir araç. Bu
amaçla kullanacağız.
Pınar Kavak
[email protected]