DNA Dizilimi ve Gen Đfadesi Düzeyinde Varyasyon

Hafta III
Genombilimde Mikrodizin Uygulamaları ve Biyoinformatik
Analiz
DNA Dizilimi ve Gen Đfadesi
Düzeyinde Varyasyon
Doç. Dr. Hilâl Özdağ
Genom-Transkriptom
DNA
Genom
mRNA
Protein
Transkriptom
Proteom
Mikrosatellitler
• Basit ve kısa dizi tekrarları (short
tandem repeats-STR)
• 2, 3, 4, 5 nt’lik tekrarlar
• Allel sayısı çeşitli
• Đnsan genomunda her 100kb’de bir.
Mikrosatellitler
TNP’ler
• Tekli Nükleotid Polimorfizmleri
• 2 alleli bulunur.
• Đnsan genomunda yaklaşık her 600
bç’de bir tekrarlanır.
TNP’ler
Nature. 409: 929
TNP’lerin tanımlanması
ASA
TNP’lerin tanımlanması
RFLP
Yabanıl Tip Allel
AGATCT
TCTAGA
RE kesim bölgesi
Mutant allel
AGAGCT
TCTCGA
RE bölgesi kaybolmuş
TNP’lerin tanımlanması
RFLP
Yabanıl Tip Allel
AGATCT
TCTAGA
RE kesim bölgesi
Mutant allel
AGAGCT
TCTCGA
RE bölgesi kaybolmuş
TNP’lerin tanımlanması
http://bio.huji.ac.il/images/genpic4.gif
TRANSKRĐPSĐYON
http://www.wellesley.edu/Chemistry/
Gen ifadesinin bağıl olarak
ölçümü
Gen ifadesinin bağıl olarak
ölçümü
Gen ifadesinin bağıl olarak
ölçümü
Gen ifadesinin bağıl olarak
ölçümü
E= 10-1/slope