SENDROMSUZ DUDAK DAMAK YARIKLI TÜRK HASTALARDA

advertisement
SENDROMSUZ DUDAK DAMAK YARIKLI TÜRK HASTALARDA,
MSX1 GEN P278S POLİMORFİZMİNİN
BELİRLENMESİ
Tuba AKSOYLU
YÜKSEK LİSANS TEZİ
BİYOLOJİ
GAZİ ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
ŞUBAT 2013
ANKARA
Tuba AKSOYLU tarafından hazırlanan “SENDROMSUZ DUDAK DAMAK
YARIKLI TÜRK HASTALARDA, MSX1 GEN P278S POLİMORFİZMİNİN
BELİRLENMESİ” adlı bu tezin Yüksek Lisans tezi olarak uygun olduğunu
onaylarım.
Prof. Dr. Hakkı TAŞTAN
.……….…………………….
Tez Danışmanı, Biyoloji Anabilim Dalı
Bu çalışma, jürimiz tarafından oy birliği ile Biyoloji Anabilim Dalında Yüksek
Lisans tezi olarak kabul edilmiştir.
Prof. Dr. Evrim Arzu KOÇKAYA
….…….…………………….
Sağlık Hizmetleri MYO Tıb. Lab. Tek. Programı, G.Ü.
Prof. Dr. Hakkı TAŞTAN
.……….…………………….
Biyoloji Anabilim Dalı, G.Ü.
Prof. Dr. Şule COŞKUN CEVHER
.……….…………………….
Biyoloji Anabilim Dalı, G.Ü.
Tez Savunma Tarihi: 12/02/2013
Bu tez ile G.Ü. Fen Bilimleri Enstitüsü Yönetim Kurulu Yüksek Lisans derecesini
onamıştır.
Prof. Dr. Şeref SAĞIROĞLU
Fen Bilimleri Enstitüsü Müdürü
....…….…………………….
TEZ BİLDİRİMİ
Tez içindeki bütün bilgilerin etik davranış ve akademik kurallar çerçevesinde elde
edilerek sunulduğunu, ayrıca tez yazım kurallarına uygun olarak hazırlanan bu
çalışmada bana ait olmayan her türlü ifade ve bilginin kaynağına eksiksiz atıf
yapıldığını bildiririm.
Tuba AKSOYLU
iv SENDROMSUZ DUDAK DAMAK YARIKLI TÜRK HASTALARDA, MSX1
GEN P278S POLİMORFİZMİNİN BELİRLENMESİ
(Yüksek Lisans Tezi)
Tuba AKSOYLU
GAZİ ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
Şubat 2013
ÖZET
Yarık dudak ve/veya damak en yaygın doğum kusurlarından biridir. Bu
anomali genetik ve çevresel faktörlerin etkileşimi ile meydana gelir. Genetik
faktörlerin başında embriyonik gelişim sırasında yer alan MSX1 gibi genler
gelmektedir. Biz bu çalışmada; sendromsuz dudak damak yarığının, hastalarda
ortaya çıkmasında; aday olan gen ve bölgelerin bazı mutasyon analizlerini
yaparak; incelenecek genin dudak damak yarığı oluşumu üzerindeki riskte
etkili olup olmadığının ortaya konulmasını ve daha sonra yapılacak
araştırmalara da katkı sağlamasını amaçladık.
Çalışmamızda kullanılan kan örnekleri, Ankara Üniversitesi Diş Hekimliği
Fakültesi’ne başvuran sendromsuz dudak damak yarıklı Türk hastalardan
gönüllü onam formları imzalatılarak elde edilmiştir. Hastalardan alınan
periferal kan örneklerinden Fenol-kloroform yöntemiyle genomik DNA
izolasyonu yapılmıştır. MSX1 geni üzerinde P278S polimorfizmini belirleyecek
polimeraz zincir reaksiyonu yapılmıştır. Elde edilen polimeraz zincir
reaksiyonu ürünlerine; RFLP metodu uygulanmıştır. RFLP metoduyla çalışılan
örneklerde P278S mutasyonunu belirleyecek olan restriksiyon endonükleazlar
kullanılarak gen ürünlerinin kesimi yapılmıştır. Bu enzim kesim ürünlerinin
%2’lik agaroz jelde elektroforezleri yapılmıştır ve jel görüntüleme cihazında
fotoğrafları çekilmiştir. Çalışma grubuna alınan sendromsuz dudak damak
v yarıklı hastalarda, MSX1 geninde P278S değişimleri moleküler yöntemlerle
ortaya konulmuştur ve elde edilen veriler istatistiksel olarak değerlendirilmiştir.
İstatistiksel analiz için Pearson Ki-Kare testi ve Hardy-Weinberg Equilibrium
testi kullanılmıştır. Bu testlere göre, MSX1 genindeki P278S polimorfizmi için
herhangi bir anlamlı fark saptanmamıştır.
Bilim Kodu
: 203.1.104
Anahtar Kelimeler : Dudak yarığı, damak yarığı, sendromsuz dudak yarığı
ve/veya damak yarığı, PCR-RFLP, DNA, mutasyon,
polimorfizm
Sayfa Adedi
: 66
Tez Yöneticisi
: Prof. Dr. Hakkı TAŞTAN
vi DETERMINATION OF MSX1 GENE WHICH IS P278S POLYMORPHISM
IN TURKISH PATIENTS WITH NONSYNDROMIC CLEFT LIP AND/OR
PALATE
(M.Sc. Thesis)
Tuba AKSOYLU
GAZİ UNIVERSITY
INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGY
February 2013
ABSTRACT
Cleft lip and/or cleft palate is one of the most common congenital malformation.
This abnormality arise both with the combination of genetic and environmental
factors. Genetic factors are the genes like MSX1, which takes place during
embryological development. In this study, we planned to evaluate the effect of
the candidate gene and regions on the incidence of nonsyndromic cleft lip-palate
by mutation analyzes, therefore reveal the risks of the development of the
nonsyndromic cleft lip-palate and contribute the oncoming studies.
The blood samples used in our study, were obtained with signed voluntary
consent forms from Turkish patients with nonsyndromic cleft lip/palate
admitted to Ankara University Faculty of Dentistry. Genomic DNA was isolated
with phenol-chloroform method from peripheral blood samples from the
patients. Polymerase chain reaction method was used to determine P278S
polymorphism on MSX1 gene. RFLP method was applied to the polymerase
chain reaction products. Restriction Endonuclease enzymes were used to cut the
gene into fragments to determine P278S mutation in the samples. These gene
fragments were analyzed with %2 agarose gel electrophoresis and photos were
taken in gel imaging device. In patients with nonsyndromic cleft lip/palate
received the study group, P278S changes in MSX1 gene were revealed by
vii molecular methods and the datas which were obtained were evaluated
statistically. For statistical analysis, Pearson chi-square test and HardyWeinberg Equilibrium test were used. According to these tests, no significant
difference was observed for P278S polymorphism in MSX1 gene.
Science Code : 203.1.104
Key Words
: Cleft lip, cleft palate, nonsyndromic cleft lip and/or palate,
PCR-RFLP, DNA, mutation, polimorphism
Page Number : 66
Adviser
: Prof. Dr. Hakkı TAŞTAN
viii TEŞEKKÜR
Yüksek lisans eğitimim boyunca gerek ders aşamasında gerekse tez çalışmam
boyunca değerli yardım ve katkılarıyla beni yönlendiren danışman hocam Prof. Dr.
Hakkı TAŞTAN’a, istatistiksel değerlendirmelerdeki katkılarından dolayı Arş. Gör.
Mehmet Güray ÜNSAL’a ve Zeynep BIYIKLI’ya, manevi destekleriyle beni hiçbir
zaman yalnız bırakmayan çok değerli aileme ve arkadaşlarıma teşekkürü bir borç
bilirim.
ix İÇİNDEKİLER
Sayfa
ÖZET.......................................................................................................................... iv
ABSTRACT................................................................................................................vi
TEŞEKKÜR............................................................................................................. viii
İÇİNDEKİLER........................................................................................................... ix
ÇİZELGELERİN LİSTESİ……….......................................................……………...xi
ŞEKİLLERİN LİSTESİ………………………………….........................................xii
RESİMLERİN LİSTESİ .......................................................................................... xiii
SİMGELER VE KISALTMALAR.......................................................................... xiv
1. GİRİŞ...………........................................................................................................ 1
2. GENEL BİLGİLER…………………………………………..……………………3
2.1. Dudak ve Damak Yarıklarının Sınıflandırılması……………………………...3
2.2. Dudak Damak Yarıklarının Epidemiyolojisi………………………………….4
2.3. Dudak ve Damak Embriyolojik Gelişimi……………...……………………...5
2.4. Nonsendromik Dudak/Damak Yarıklarında Çevrenin Rolü ………………...10
.
2.5. Nonsendromik Dudak/Damak Yarıklarında Genlerin Rolü……………...….17
2.6. Msx1 Geninin Dudak/ Damak Yarığı Oluşumundaki Rolü……………….…20
2.6.1. Msx1 geni (OFC5)………………………………………….…………20
2.6.2. Msx1 geninin yapısı……………………………………….…………..22
2.6.3. Msx1 proteini…………………...……………….…….………………22
2.6.4. Msx1 gen ifadesi………………………………………….…………...23
2.6.5. Msx1 geni ve izole DDY……………………………………………...25
2.6.6. P278S polimorfizmi.………...………………………………………...29
x Sayfa
2.7. Gen-Çevre Etkileşimi………………………………………………………...31
2.8. Gen-Gen Etkileşimi……………………………...…………………………..33
3. MATERYAL VE METOD……………………………………………………….36
3.1. Materyal……………………………………………………………………...36
3.2. Metodlar………………………………………………………………...……36
3.2.1. Fenol kloroform yöntemiyle DNA izolasyonu…………………..……36
3.2.2. Polimeraz zincir reaksiyon yöntemi (PCR)…………………………...38
3.2.3. Restriksiyon endonükleazlarla kesim…………………………………39
3.2.4. Agaroz jel elektroforezi……………………………………………….40
3.2.5. İstatistiksel analiz……………………………………………………...40
4. SONUÇ…………………………………………………………………………...42
4.1. Msx1 Geninin Amplifikasyon Sonuçları…………………………………….42
4.2. Msx1 Geninin RFLP Sonuçları…………………………………………..…..43
4.3. Msx1 Geninden Elde Edilen Genotip Sonuçlar ve Ki-Kare Testi………...…45
4.4. Hardy-Weinberg Equilibrium Testi ve Genotip Frekansların
Hesaplanması……...……….………………………………………………...46
4.5. Odds Ratio Testi………....….……………………………………………….47
5. TARTIŞMA………………………………………………………………………50
KAYNAKLAR……………………………………………………………………...54
ÖZGEÇMİŞ ...............................................................................................................66
xi ÇİZELGELERİN LİSTESİ
Çizelge
Sayfa
Çizelge 2.1. Hastaların dudak ve damak yarık tiplerine göre dağılımı………….........5
Çizelge 2.2. Dudak-damak yarığında etkili olan aday genlerden birkaçı ve
kromozom lokasyonları …………………………………….…………19
Çizelge 2.3. MSX1 genindeki önemli mutasyonlardan bir kısmı…………………...28
Çizelge 2.4. Nonsendromik CL/P’li 100 Taylandlı hastalarda
tespit edilen MSX1 varyant bölgeleri……………………….………...29
Çizelge 2.5. Gebelik süresince sigara maruziyetinin gelişimsel genlerden
TGFA C2,TGFβ3 X5.1 veya MSX1 N8 üzerindeki etkisi…….……...32
Çizelge 3.1. Msx1 geni amplifikasyonunda kullanılan primerler…………………...39
Çizelge 4.1. Hasta ve kontrol gruplarında heterozigot ve homozigot olguların
dağılımı………………………………………………………………...42
Çizelge 4.2. P278S gen bölgesinin Msx1 geni içerisindeki lokalitesi .……………..44
Çizelge 4.3. Restriksiyon endonükleazla kesim sonrasında beklenen tablo………...44
Çizelge 4.4. Msx1 geni kontrol ve hasta gruplarında gözlenen normal
ve heterozigot olguların yüzde oranının istatistiksel tablosu…...…..…45
Çizelge 4.5. Pearson Ki-Kare testi………….………..………………………….......46
Çizelge 4.6. Msx1 geni için kontrol ve hasta gruplarındaki P278S değişimi
ve allel frekans değerleri…...………..…………..…………………….46
Çizelge 4.7. Hardy-Weinberg Equilibrium için olasılık oran testi………………….47
Çizelge 4.8. Msx1 geni için kontrol ve hasta gruplarındaki P278S değişimi ve
genotip frekans değerleri...…....…...…………………………………..47
Çizelge 4.9. Kontrol ve hasta gruplarındaki MSX1 P278S’in genotip ve allel
frekans değerleri…….…..…...…..…………………………………….48
xii ŞEKİLLERİN LİSTESİ
Şekil
Sayfa
Şekil 2.1. Yarıkların oluşmasına neden olan çevresel faktörlerden birkaçı…………11
Şekil 2.2. Folik asitin, ağız yarıklarının oluşumu üzerindeki etkisi………………....14
Şekil 2.3. Plazmadaki çinko konsantrasyonunun, ağız yarıklarının oluşumu
üzerindeki etkisi……….………………………………………………....15
Şekil 2.4. Maternal sigara maruziyetinin damak dudak yarığı üzerindeki etkisi.…...33
Şekil 4.1. MwoI enziminin tanıdığı dizi ve kesim yeri ……………………………..44
xiii RESİMLERİN LİSTESİ
Resim
Sayfa
Resim 2.1. Damak dudak yarık tipleri ……………………………………………….4
Resim 2.2. Hedgehog sinyal iletimi…………………………………………………..7
Resim 2.3. Palatogenesis sırasında mezenşimal hücre çoğalımının kontrolü
için Shh ifadesinde Msx1 ve Dlx5’in antagonistik düzenin
şematik gösterimi………………………………………………………...8
Resim 2.4. Damak ve dudak gelişiminin aşamaları, etkin olan genler…………...…10
Resim 2.5. Tespit edilen bazı mutasyonların konumu ile, insan msx1 gen yapısı …22
Resim 2.6. MSX-1HD-DNA kompleksinin çizilen bantı…………………………...23
Resim 2.7. MSX-1’in N-terminal kolunun yörüngesinin üç boyutlu yapısı………...23
Resim 2.8. Hücre döngüsü regülasyonunda MSX fonksiyonu için bir model………24
Resim 2.9. Erken diş hücresinde Ptc ifadesini düzenleyen genetik bir yolak
modeli….............…...…………………………………………………...25
Resim 2.10. Msx1 genindeki 799G > T ve 832C > T değişimlerinin mutasyon
analizi....…………………………..………………...………….……...31
Resim 2.11. Bugüne kadar tanımlanmış Msx1 genotip-fenotip korelasyonları,
etkileşimleri ve mutasyonları……..…………...…………………...….34
Resim 2.12. Büyüme faktörleri, büyüme faktörü reseptörleri ve transkripsiyon
faktörleri tarafından yürütülen sinyalizasyon......………………….…..35
Resim 4.1. DNA izolasyonu sonrası PCR’la çoğaltılan gen ürünlerinin
jel görüntüsü.............................................................................................43
Resim 4.2. Msx1 geni restriksiyon endonükleaz ile kesimi sonrası oluşan
ürünlerin agaroz jel görüntüsü……....………………………………….45
xiv SİMGELER VE KISALTMALAR
Bu çalışmada kullanılmış bazı kısaltmalar, açıklamaları ile birlikte aşağıda
sunulmuştur.
Kısaltmalar
Açıklama
BMP4
Bone Morphogenic Protein 4
CL
Yarık Dudak
CP
Yarık Damak
CLP
Yarık Dudak ve Damak
CL/P
Yarık Dudak ve/veya Damak
CPO
Sadece Yarık Damak
DDY
Yarık Dudak ve/veya Damak
DHH
Desert Hedgehog
DLX5
Distal Less Homeobox 5
DLX2
Distal Less Homeobox 2
DNA
Deoksiribonükleik Asit
dNTP
Deoksiribonükleotittrifosfat
GSTM1
Glutatyon S-Transferaz µ1
HD
Homeodomain
HWE Hardy Weinberg Equilibrium
IHH
Indian Hedgehog
ICP
İzole Yarık Damak
xv Kısaltmalar
Açıklama
ICLP
İzole Yarık Dudak ve Damak IRF6
Interferon Regüle-Edici Faktörü MSX1
Kas Segmenti Homeobox 1
MES
Medial Edge Epitelium
MTHFR
Metilentetrahidrofolat Redüktaz
MgCl2 Magnezyum Klorür
NAT2
N-Acetyltransferase 2
PVRL1
Polivirüs Reseptör Benzeri Protein 1
PAX9 Paired Box 9
PAX3
Paired Box 3
PTC
Patched
PCR
Polimeraz Zincir Reaksiyonu
RARa
Retinoik Asit Reseptör α
RFLP
Restriksiyon Enzim Uzunluk Polimorfizmleri
RBC
Red Blood Cell
RPM
Rounds Per Minute
SHH
Sonic Hedgehog
SDS Sodyum Dodesil Sülfat STE
Sodyum Chloride-Tris-EDTA Buffer
TGFα
Transforme Edici Büyüme Faktörü Alfa
xvi Kısaltmalar
Açıklama
TGFβ3
Transforme Edici Büyüme Faktörü Beta 3
TBP
Tata’ya Bağlanan Protein
TBX22
T-box 22
TE
Tris-EDTA buffer
YDA
Tek Başına Yarık Damak
1
1.
Yar k dudak ve/veya damak (DDY) üst çene kemi i ve a z tavan
yumu ak doku ve kemik dokular
olu turan
olu turan embriyonik uzant lar n yetersiz
birle mesinden ileri gelmektedir. Dudak yar klanmalar na neden olan geli imsel
anomaliler gebeli in 4-7. haftalar nda etkisini gösterirken, damak yar klanmalar na
neden
olan
geli imsel
anomaliler
gebeli in
7-12.
haftalar nda
etkisini
göstermektedirler [1,2,3,4].
Oral yar klar kimi vakalarda yaln zca yar k dudak (CL), kimi vakalarda yaln zca
yar k damak (CP), kimi vakalarda yar k dudak ve yar k dama n her ikiside (CLP)
görülebilir. Olu an oral yar k ba ka bir sendromla birlikte görülüyorsa sendromik,
ba ka bir sendromla birlikte görülmüyorsa nonsendromik yar k dudak ve/veya damak
(izole DDY) olarak isimlendirilir [5].
Orofasiyal yar klar, özellikle dudak ve/veya damak yar klar olmak üzere çok önemli
bir halk sa
k problemidir. Dünya çap nda her 500-1000 do umda 1’ini
etkilemektedir [6]. Bu rakamlar; co rafik köken, etnik köken, ya am tarz ve
sosyoekonomik duruma ba
r [7]. Bu nedenle birçok ara rmada bu hastal
ayd nlatmak için çal malar yap lm
r, fakat bugüne kadar az say da ara rma
sonuçlar ortaya konulmu tur. Yar k dudak ve/veya damak (CL/P) fenotipinde
önemli kromozomal anomaliler içeren, Mendelyan sendromlar
n bir parças
olabildi i dü ünülebilir, ayn zamanda teratojenler CL/P riskini artt rabilir [8].
Yar k dudak, yar k damak ve dudak ve sadece yar k dama n dahil oldu u
nonsendromik orofasiyal yar klar; büyük ölçüde bilinmeyen nedenlerin dudaklar ve
z bo lu unu etkiledi i bir hastal k aral
görünüm ve kavrama üzerine etkileri; sa
olu turmaktad r. Konu ma, i itme,
k ve sosyal bütünle me için uzun süreli
olumsuz sonuçlara yol açabilir [9].
Oral yar klar aç ndan etkilenen çocuklar n; do umdan eri kin ya a kadar
multidisipliner bir bak ma ihtiyac vard r ve etkilenmemi bireylere göre hayat
2
boyunca daha yüksek morbidite (hastal k oran ) ve mortaliteye (ayn hastal ktan
ölüm oran ) sahiptir [10,11]. Baz
ara rmalar n sonuçlar , yap sal beyin
anomalilerinde yüksek frekans n oldu unu göstermi tir [12]. Rehabilitasyon; kaliteli
bak m ile mümkün olmas na ra men, orofasiyal yar klar ister istemez sa
k ve ilgili
hizmetler aç ndan önemli harcama ile, birey, aile ve toplum için bir yük
olu turmaktad r [9].
Damak dudak yar
n genetik ve çevresel faktörlerin etkile imiyle olu tu u veya
her iki faktörün de damak dudak yar
olu umunda birlikte etkisinin oldu u
dü ünülmektedir [13]. Baz hastalarda genetik faktörler ön plana ç km
gibi
gözükürken baz hastalarda çevresel faktörlerin, baz hastalarda ise hem genetik hem
de çevresel faktörlerin birlikte damak dudak yar
bildiren çal malar mevcuttur [14,15]. De
izole damak dudak yar
olu umuna neden oldu unu
ik popülasyonlarda yap lan çal malarda
n %20’ sinin ailesel kökeni oldu u belirlenmi ve
böylelikle anomalinin meydana gelmesinde genetik faktörlerin önemli oldu u
belirtilmi tir [14].
De
ik çal malarda hem etnik hem de farkl popülasyonlara dayal mutasyon
taramalar yap larak damak dudak yar
n olu ma nedeni belirlenmeye çal lm
r.
Yaln zca gen ve gen gruplar de il, ba lant çal malar yap larak da multigenik bir
defekt olan damak dudak yar
için aday genlerin mevcut oldu u kromozom
bölgeleri tespit edilmi tir [13,15,16].
Bu yüksek lisans tez çal mas nda; sendromsuz dudak-damak yar
n, hastalarda
ortaya ç kmas nda; aday olan gen ve bölgelerin baz mutasyon analizleri yap larak;
incelenecek genin dudak damak yar
olmad
olu umu üzerindeki riskte etkili olup
n ortaya konulmas ve daha sonra yap lacak ara rmalara da katk
sa lamas amaçlanm
r. Bu kapsamda; çal ma grubuna al nan sendromsuz dudak
damak yar kl Türk hastalarda, MSX1 (Kas Segmenti Homeobox 1) genindeki P278S
genetik de
imi moleküler yöntemlerle ortaya konularak, elde edilecek veriler
istatistiki olarak da de erlendirilmi tir.
3
2. GENEL B LG LER
2.1. Dudak ve Damak Yar klar
nS
Dudak ve damak yar klanmalar
birçok s
fland rma yap lm
görülmemesine ba
n s
fland
lmas
fland lmas aç ndan günümüze kadar
r. Oral yar klar , ba ka bir sendromla birlikte görülüp
olarak iki gruba ay rabiliriz:
zole (Non-Sendromik) oral yar klar: Bireylerde dudak ve/veya damak yar klar veya
yaln zca damak yar
d nda herhangi bir kusurun görülmemesi durumudur.
zole Olmayan (Sendromik) oral yar klar: Bireylerde dudak ve/veya damak yar klar
veya damak yar klar ile ba ka bir kusurun birlikte görülmesi durumudur.
Non-sendromik veya sendromik olmas na bak lmaks n oral yar klar:
Primer (Ön) damak yar klar
Sekonder (Arka) damak yar klar
Hem primer hem de sekonder damak yar klar
Tek tarafl yar k dudak
ki tarafl yar k dudak
Medyan yar k dudak
olarak görülebilir [17,18].
Resim 2.1’ de (A) Yar k dudak ve alveolus (B) Yar k damak (C) Eksik tek tarafl
yar k dudak ve damak (D) Komple tek tarafl yar k dudak ve damak (E) Komple iki
tarafl yar k dudak ve damak gösterilmi tir [9].
4
Resim 2.1. Damak dudak yar k tipleri [9]
2.2. Dudak Damak Yar klar
n Epidemiyolojisi
Yayg n, çok genli bir kongenital defekt olan dudak-damak yar
malformasyonu,
üzerinde geni çapl çal lm olmas na ra men etiyolojisi karma kl
ndan dolay
hala büyük oranda bilinmemektedir. Etiyolojisi multifaktöriyeldir. Hastal
geli iminde birçok genetik ve çevresel faktörlerin rol oynad
n
bilinmektedir. Fakat
bu genetik ve çevresel faktörlerin niteli i ayd nlanmay beklemektedir [19].
Damak dudak yar klar
n de
ik rklarda insidanslar farkl
r ve ortalama olarak
1/700 olarak bildirilmi tir [13]. Ara rmada kullan lan farkl yöntemlerden dolay
kesin s kl
belirlemek mümkün de ildir. Bir oran vermek gerekirse Türkiye’deki
kl k 1:1000, Amerika Birle ik Devletleri’ndeki s kl k ise 1:600-1000’dir [20]. Tek
ba na yar k damak (YDA) deformitesinin görülme s kl
canl do umlar aras nda
0,5:1000' dir ve rklara göre farkl k göstermemektedir [4]. Kore’de yar k dudak ve
damak
görülme
s kl
1,81/1000
olarak
bildirilmi tir
ayr ca
Cumhuriyeti'nde canl do umda yar k dudak ve dama n görülme s kl
ayr nt
bu
Kore
hakk nda
bilgi sa lamak için ülke çap nda ilk çal mad r [21]. Türkiye’de yar k dudak
/damak görülme insidans binde 0,95, izole yar k damak görülme insidans binde
0,77 olarak bildirilmi tir [22].
Irklar aras nda çe itli farkl klar olmakla beraber beyaz rkta görülme insidans
n
1000 canl do umda bir oldu u kabul edilmektedir. Hagberg ve arkada lar
5
taraf ndan yap lan bir çal mada; yar klar n insidans
n canl do umlar aras nda
2,0/1000 oldu u ve bu oran n kad nlara göre erkeklerde daha yüksek oldu u
belirtilmi tir,
rölatif risk indeksi ise 1,58 olarak bulunmu tur. Hagberg ve
arkada lar taraf ndan yap lan bu çal mada; ana grupta, izole yar k dudakl
çocuklar n, yar k dudak ve damakl çocuklar n ve izole yar k damakl çocuklar n
benzer bir insidans de eri gösterdi i (0,6-0,7/1000 canl do umda) ve bilateral
yar kl çocuklar n canl do umlarda 0,3/1000 insidansa sahip oldu u belirtilmi tir
[23].
Türkiye’ de Tunçbilek ve arkada lar taraf ndan yap lan bir çal mada, yar k dudak
ve damak nedeni ile tedavi edilmi ve kay tlar tam olan 1229 hasta tespit edilmi tir.
Bu 1229 hastan n %64,4’ ünde (793) dudak ve/veya damak yar
izole dudak yar
, %35,6’s nda (436) izole damak yar
n, %19,4’ünde
n oldu u görülmü tür
(Çizelge 2.1) [24].
Çizelge 2.1. Hastalar n dudak ve damak yar k tiplerine göre da
Yar k tipi
n
[24]
%
793
64,4
239
19,4
Dudak + damak yar
554
45,0
zole damak yar
436
35,6
Submuköz damak yar
27
2,3
Dudak +/- damak yar
zole dudak yar
Toplam
1229
2.3. Dudak ve Damak Embriyolojik Geli imi
Damak geli imi intra-uterin evresinin 5. haftas
n sonunda ba lar ve a
yukar 12.
haftada biter [25]. Riskli olan dönem 6. haftan n biti inden 9. haftan n ba lamas na
kadar olan süreyi kapsar. Oral dokular meydana getirecek dokular n hareketlenmesi,
6
birle mesi, farkl la mas ile damak, dudak ve nazal dokular olu maktad r. Bu
amada fibroblast büyüme faktörleri, sonic hedgehog (shh) sinyal yola
çok
önemlidir [26,27].
Hedgehog yola , embriyo geli imi s ras nda hücre kaderinin belirlenmesinde
anahtar roller oynayan sinyal ileti sistemi ile yak ndan ba lant
ailesinin üyeleri hem omurgal hem de omurgas z embriyolar
hücre ablonunun yap lanmas
ileti yola
r. Hedgehog
n geli imi s ras nda
sa layan çok say da olay kontrol ederler. Bu sinyal
taraf ndan düzenlenen süreçlere örnek olarak, hücre tipinin belirlenmesi
ve organlar n, sinir sisteminin, iskeletin, akci erlerin, saç, di ler ve gonadlar n
geli imi s ras ndaki hücre ablonunun yap lanmas say labilir [28].
Hedgehog genleri (birisi Drosophila’da ve üçü memelilerde), lipidlerin eklenmesi ile
modifiye edilen salg lanan bir proteini kodlar. Hedgehog için fonksiyonel reseptör,
Patched (=yamal ) ve Smoothened (=düzeltilmi ) olarak adland lan iki adet
transmembran proteindir. Hedgehog, Smoothened’ n negatif düzenleyicisi olan
Patched’e ba lan r. Bu Smoothened’un Patched taraf ndan bask lanmas
Smoothened’un bir hücre içi sinyal olu turmas
ve
sa lar. Smoothened sinyal iletimi
için hedef, Drosophila’daki Cubitus interruptus (Ci) memelilerde Gli olarak
adland lan
transkripsiyon
faktörüdür.
Uyar lan
transkripsiyon
nükleustaki hedef genlerin aktive edilmesini sa lar (Resim 2.2) [28].
faktörü
de
7
Resim 2.2. Hedgehog sinyal iletimi [28]
Hedgehog ailesi; sonic hedgehog (Shh), desert hedgehog (Dhh), ve Indian hedgehog
(Ihh)’dan olu ur. Shh, omurgal larda bulunmu tur ve Hedgehog sinyal yola
n en
iyi çal lm üyesidir [29].
Palatogenesis s ras nda Shh ekspresyonunu düzenleyen Bmp4 (Bone Morphogenic
Protein 4)’ ün ifadesini Msx1 kontrol eder. Shh ifadesinin düzenlenmesinde Msx1 ve
Dlx5 (Distal Less Homeobox 5) aras ndaki transkripsiyonel antagonizma, palatal raf
geli imi s ras nda Shh sinyalizasyonun kesin zaman mekansal kontrolünü sa lar.
Daha spesifik olarak, Dlx5, palatal epitelinin nazal taraf nda Shh sinyalizasyonunun
indirekt inhibisyonunda sorumlu iken Msx1-arac
Bmp4 sinyalizasyonu, damak
epitelinde Shh sinyalizasyonun indüklenmesi için sorumludur. Bu antagonist
kontrolünün bir sonucu olarak, damak epitelinde Shh sinyalizasyonunun bir
asimetrik da
vard r. Bu spesifik Shh ifade modeli, füzyon öncesi palatal raf n
büyüme ve yükselmesi için çok önemlidir (Resim 2.3) [30].
8
Mezen imal
proliferasyon
Resim 2.3. Palatogenesis s ras nda mezen imal hücre ço al
n kontrolü için Shh
ifadesinde Msx1 ve Dlx5’in antagonistik düzenin ematik gösterimi
(MEE:orta kenar epiteli) [30]
Palatogenesis s ras nda, Shh ifadesi palatal epitelinin a z taraf nda s
rland lm
r
ve ektoderm içinde Shh’ n n ko ullu olarak inaktivasyonu, yar k damak ve palatal
raflar n k salmas na yol açar [30]. Cobourne ve arkada lar taraf ndan yap lan bir
çal mada, erken kraniyofasiyal geli im s ras nda Hedgehog sinyalinin önemli
oldu u ve palatal ektodermde Shh sinyalizasyonunun a
yol açaca
ras nda s
ifadesinin damak yar
na
gösterilmi tir [31]. Sonuç olarak Shh sinyalizasyonunun palatogenesis
ca düzenlenmi olmas gerekir [30].
Primer ve sekonder damak olmak üzere damak geli imi, iki k mdan meydana gelir.
Maksillan n kama eklinde bir mezen im kitlesi olan intermaksillar segmentinden
primer damak geli meye ba lar. Üst duda n filtrumunu meydana getirecek olan
bölüm ve 4 kesici di i (insisor) tutan üçgen eklindeki damak kemik bölümü olmak
üzere primer damak iki bölümden olu maktad r [25]. Sekonder damak gebeli in
alt nc haftas nda olu maya ba lar. Palatal ç
boyunca sa ve sol maksillan n iç k sm nda a
Dokuzuncu haftada, iki damak ç
nt lar ba lang çta, dilin lateral yüzeyi
yöndeki iki uzant olarak görülür.
nt , birbirleriyle ve nazal septum ile kayna r ve
dil üzerinde hareket ederek h zl horizontal (yatay) biçim de
tirme gösterir. Bu
lem Orta Hat Epiteli (MES: Medial edge epitelium) tamamen kayboldu unda sona
ermektedir. Primer ve sekonder damak füzyonundaki ba ar zl klar kendi
alanlar nda yar klara yol açar [32]. Dezmozom ve keratin fibriller sayesinde bu
9
birle meler meydana gelmektedir. Bu esnada primer dama n geli imine devam
etmesi ile kemik olu umu ba lar, kesici di lerin gömüldü ü premaksillar parça
meydana gelir. Yan palatin prossesler maksillar ve damak kemikleriyle kayna arak
sert dama n meydana gelmesini ba lat r. Bu ç
kemikle mez ve yumu ak dama
nt lar n arkadaki k mlar
olu turmak amac yla birle irler [17,18,25].
Resim 2.4’ te damak ve dudak geli iminin a amalar olarak; A’ da fare geli iminin
E12,5 evresinde, ba n yatay ve koronal kesitleri gösterilmi tir. Bu nsan embriyonik
döneminin yakla k 7. haftas na kar
NS: Nazal septum, MP: Maksillar ç
k gelir. (E: Göz, IS= ntermaksillar segment
nt , P: Damak ç
nt , T: Dil, MC= Meckel
rda ). B’ de fare embriyonik geli iminin E13,5 evresinde palatal ç
nt lar
epitelyal biçimlenmeye geçer ve dilin üstünde yatay bir konuma yükselir. Bu insan
embriyonik döneminin yakla k 8. haftas na kar
raf temas
k gelir. Mavi oklar ba lang çtaki
ve füzyonun konumunu göstermektedir (NC: Nazal bo luk, OC: Oral
bo luk). C’ de insan embriyonik döneminin yakla k olarak 9-10 haftalar na kar
k
gelen fare embriyonik geli imin E14,5 evresinde, intermaksillar segmentin üst dudak
filtrumunu ve primer dama
olu turdu u (Ph: Filtrum, UL: Üst dudak, PP: Primer
damak, SP: Sekonder damak; U: Uvula) gösterilmi tir [15].
10
Resim 2.4. Damak ve dudak geli iminin a amalar , etkin olan genler [15]
Damak embriyonik geli imine göre dudak embriyonik geli imi daha basittir.
Embriyolojik geli imin 11 ve 12. haftalar nda lateral ve mediyal nazal ç
sma do ru ilerlemesini sa layan maksillar ç
duda
olu tururken, mandibular ç
nt lar orta
nt larda ortaya do ru ilerleyerek üst
nt larda alt duda
olu turur [13,15].
2.4. Nonsendromik Dudak/Damak Yar klar nda Çevrenin Rolü
Danimarka’ daki Fogh-Andersen’a göre, yar k dudak ve dama n görülme s kl
50 y l içinde ikiye ve son 100 y l içinde üçe katlanm
ve arkada lar
zl bir art
son
r [33]. Finlandiya’da, Rintala
n 30 y ll k takip çal mas nda yar k damak ve dudak aç k bir ekilde
e ilimi göstermi tir [34]. Bu ara rmalar, çevresel faktörlerin giderek
artan bir etkisini göstermektedir.
11
Epidemiyolojik ve deneysel veriler; hamileli in erken döneminde tütün duman na
annenin maruz kalmas , alkol, kötü beslenme, viral enfeksiyon, t bbi ilaçlar,
yerlerindeki ve evlerdeki teratojenlerin, yar k dudak ve damak için önemli çevresel
risk faktörlerinden olabilece ini dü ündürmektedir [9]. Mossey ve arkada lar
taraf ndan yap lan bir çal mada çocuklardaki orofasiyal yar k ve gebelik planlamas
aras nda ters bir ili ki bulunmu tur. Yani planl gebeliklerin, orofasiyal yar klar
aç ndan daha dü ük risk ile ili kili oldu u belirtilmi tir [35]. Chen ve
arkada lar
n yapm
oldu u bir çal mada; erken ya taki gebeli in santral sinir,
sindirim ve kas-iskelet/integumental sistemlerinde konjenital anomali riskini
artt rd
belirtilmi tir [36].
Yar klar n olu mas na neden olan çevresel faktörlerden birkaç
ekil 2.1’ de
gösterilmi tir.
Sigara
Alkol
ÇEVRESEL
SK
FAKTÖRLER
laçlar
Beslenme
ekil 2.1. Yar klar n olu mas na neden olan çevresel faktörlerden birkaç
Sigara
Maternal sigara içimi oral yar klanma için en çok çal lan çevresel risk faktörüdür.
Wyszynski ve arkada lar taraf ndan yap lan bir çal mada, bebeklerde maternal
sigara içimi ile oral yar klar aras nda güçlü bir ili ki bulunmam
r (odds oran 1,16,
12
95% güven aral
(Cl) 1,01-1,33, tek tarafl Fisher testi P=0,0207), ancak bu çal ma
gebelikte sigara içmenin sadece bebeklerde oral yar kla ma için küçük bir risk
faktörü oldu unu do rulam
r [37]. Wyszynski ve arkada lar taraf ndan yap lan
birba ka çal mada ise, daha önce yap lan on bir çal ma de erlendirildi inde genel
olarak odds oran CL/P için 1,29, CP için 1,32’ dir ve bu, gebeli in ilk trimesteri
boyunca maternal sigara içicili i için ya yar k dudak/damak ya da yar k damakl
çocuklara sahip olma konusunda küçük bir risk art
göstermektedir [38]. Mossey
ve arkada lar taraf ndan yap lan bir çal mada da; hamileli in ilk üç ay nda,
planlanmam bir gebelik ve sigara içimi ile planlanm gebelik ve sigara içilmemesi
kar la
ld
nda orofasiyal yar kl
neredeyse üç kat na ç kt
çocuklar n riski, planlanmam
gebelikte
görülmü tür [35].
Hartsfield ve arkada lar
n yapm
oldu u bir çal madaki analizlerde, gebelik
öncesi bir ayl k dönem boyunca ve ilk trimester boyunca sigara içen annelerden
do an CL/P’li vakalar ve böyle bir defekte sahip olmayan kontroller aras ndaki
EPHX1 113 ve/veya GSTM1(Glutatyon S-transferaz
kar la
lm
r.
1) allellerinin frekans
li kinin bir ölçütü olarak odds oran
kullan larak, allelik
kar la rmas ile ili kilendirilmi CL/P’ de bir risk art
gözlemlenmemi tir [39].
Ulucan taraf ndan yap lan bir çal mada, sigara kullan
n izole damak dudak
yar
kullan
olu umundaki öneminin belirlenmesi için Ki-Kare testi yap lm
bak
bulunamam
ndan kontrol ve hasta gruplar
aras nda anlaml
r, sigara
bir fark
r (P=0,123) [5]. Shaw ve arkada lar na göre; maternal sigara içimi ile
ili kili riskler, annelerin
% 95 güven aral
20/günde sigara içti inde izole CL/P için (odds oran 2,1,
1,3-3,6) ve izole CP (odds ratio 2,2, % 95 güven aral
1,1-4,5)
için oldukça yüksektir [40].
Alkol
Maternal alkol kullan
fetal alkol sendromunun iyi bilinen bir nedenidir, ancak
izole orofasiyal yar klarda alkolün rolü baz çal malarda bildirilen pozitif ili kiler
gibi çok kesin de ildir [41,42,43]. Romitti ve arkada lar taraf ndan yap lan bir
çal mada istatistiksel olarak etkile imler, Msx1 CA için yayg n 4 allelli bebekler ve
13
maternal alkol ( 4 içim/ayda) tüketimi aras nda gözlemlenmi tir ve P <0,05 de eri
bulunmu tur [41]. Bu de er bize maternal alkol tüketiminin yar klanmaya bir
etkisinin olabilece ini dü ündürmektedir.
Beslenme
Gözlemsel ara rmalar, beslenme ya da beslenme durumunun biyokimyasal
önlemlerinin de erlendirilmesinin zor oldu unu ve genellikle orofasiyal yar klar n
yüksek oranlar
birçok yoksul popülasyonlarda mevcut olmamas na ra men
orofasiyal yar klarda annenin beslenmesinin bir rolü oldu unu dü ündürmektedir [9].
Çal malar n ço unda, erken gebelikte multivitamin takviyesi alan annede orofasiyal
yar k riskinin azalmas ile ba lant
daha önceden yap lm
oldu u; bir meta-analizde (belirli bir konuda
ara rmalar n sonuçlar na bakarak birtak m yeni sonuçlara
varma yöntemi), orofasiyal yar klar n do um yayg nl
ndaki %25 azalma ile ili kili
bulunmu tur [9,44].
Baz gözlemsel ve klinik ara rmalar, folik asitin perikonsepsiyonel dönemde
(gebelik olu madan 1 ay önce ve gebeli in ilk 6-8. haftalar aras ndaki süre)
kullan
azaltt
n nöral tüp defektlerinden ba ka di er do um kusurlar
n riskini
ileri sürmü tür. Bu durum, folik asitin oral yar klar üzerindeki olas etkisi
aç ndan önemli tart malar yaratm
r. CL/P ve CPO (sadece yar k damak)’nin
etiyolojisindeki folat n rolü için baz kan tlar biraraya getirilmeye çal lm
r.
Kuzey Amerika’da 1990' lar n sonlar ndan bu yana zorunlu olarak tah llar folik
asitçe zenginle tirilmi tir, baz
yayg nl
nda bir dü
kan tlar bu durumun CL/P’ li do umlar n
e neden oldu unu göstermi tir [44,45,46]. Canfield ve
arkada lar taraf ndan yap lan bir çal mada, folik asit kullan
n sadece yar k
damak riskinin do um prevalans nda azalma gösterdi ini belirtmi lerdir. Bu durum,
do um kusurlar
n prevalans
üzerinde folik asit takviyesinin baz
yararlar
sa layabilece ini göstermektedir [45].
Kelly ve arkada lar taraf ndan folik asitin oral yar klar üzerindeki potansiyel etkisini
ve folik asitin yetersiz perikonsepsiyonal kullan
ile ili kili faktörleri tan mlamak
14
için bir çal ma yap lm
r. Kelly ve arkada lar taraf ndan rlanda’ da yap lan bu
çal mada; yar k damak ve dudak s kl
ve yar k dudak için odds oran
kar la
ld
n 9 ayl k bebeklerde 1000' de 1,98 oldu u
n, ilk trimester s ras nda folik asit alan annelerle
nda, gebeli in ilk 3 ay nda folik asit almayan annelerin bebekleri için
4,36 kat daha yüksek oldu u bulunmu tur (P=0,005). Bu bulgular, folik asit al
n
yar k dudak ve damak olu umunu k smen önleyebilece ini desteklemektedir [47].
Li ve arkada lar taraf ndan yap lan bir çal mada, menstrüal dönem öncesinden
ba lat lan di er vitaminler olmadan sadece folik asitin 400
g günlük maternal
tüketiminin, Çin’ in yar klar aç ndan yüksek yayg nl k gösteren bölgesinde do mu
bebeklerde CL/P riskindeki azalma ile ili kili oldu u belirtilmi tir [48]. Ulucan
taraf ndan yap lan bir çal mada damak dudak yar
kullanan ve kullanmayanlar kar la
ld
bulunmu tur (P=0,000). Folik asit kullan
olu umu aç ndan folik asit
nda iki grup aras nda anlaml bir fark
n damak dudak yar
n önlenmesi
aç ndan olumlu etkisi oldu u dü ünülmektedir [5].
Folik asitin, a z yar klar
n olu umu üzerindeki etkisi ekil 2.2’ de gösterilmi tir.
z yar klar
n olu mas
önler.
Kullan
Folik Asit
Eksikli i
z yar klar
ekil 2.2. Folik asitin, a z yar klar
n olu mas na neden olur.
n olu umu üzerindeki etkisi
Fetal geli imde çinko önemlidir ve bu besin eksikli i izole yar k damak ve
hayvanlarda di er malformasyonlara neden olmaktad r [49]. Filipin’de üreme
ça ndaki kad nlarda plazma çinko eksikli i yayg nd r. Tamura ve arkada lar
taraf ndan Filipin’ de yap lan bir çal mada, annelerde plazmadaki çinkonun yüksek
15
miktarda olmas
n nonsendromik orofasiyal yar klar n olu ma riskindeki dü
ile
ili kili bulunmu tur. Filipin’de yap lan bu çal mada CL/P’ li çocuklar n annelerinin
ortalama plazma çinko konsantrasyonu, kontrol annelerine göre daha dü ük oldu u
bulunmu tur (P < 0,05) [50].
Plazmadaki çinko konsantrasyonunun, a z yar klar
n olu umu üzerindeki etkisi
ekil 2.3’ te gösterilmi tir.
z yar klar
n olu ma riski dü üktür.
Yüksek ise;
Plazmadaki çinko konsantrasyonu
Dü ük ise;
z yar klar
n olu ma riski yüksektir.
ekil 2.3. Plazmadaki çinko konsantrasyonunun, a z yar klar
üzerindeki etkisi
n olu umu
Folik asit ve çinko embriyonik geli im s ras nda hücrelerdeki gen ifadesinde önemli
bir rol oynayabilirler. Folik asit ve çinko hücre içerisinde traskripsiyon faktörlerinin
uyar lmas nda etkili olurlar (kofaktör olarak). Uyar lan transkripsiyon faktörü de
hedef genlerin aktive edilmesini sa lar. Folik asit ve çinko eksikli i gen ifadesini
olumsuz yönde etkiler. Gen ifadesinin olumsuz yönde etkilenmesi sonucu hücrelerde
proliferasyon ve farkl la ma gerçekle mez. Sonuç olarak a z yar klar görülür.
Folik asit ve çinko ile ilgili yap lan baz çal malarda, folik asit ve çinko eksikli inin
z yar klar na neden olabilece ine dair kan tlar gösterilmi tir [5,45,47,48,49,50].
16
laçlar
Annenin organik çözücülere mesleki olarak maruz kalmas ve ebeveynin tar msal
kimyasallara maruz kalmas ile yar k dudak, yar k damak ve dudak, yaln z yar k
damak aras ndaki ili ki tutars zd r [51,52,53]. Damak dudak yar
kullan
aras ndaki ili kiyi tespit etmek amac yla yap lm
ile steroid
fazla çal ma yoktur.
Fakat yap lan baz çal malarda steroid takviyesi yap lan hayvanlarda damak dudak
yar
n görülmesi, risk faktörleri aras nda gebelikte steroid kullan
n yer
almas na sebep olmu tur [54]. Steroid hormon etkisinin mekanizmas na bak rsa; her
bir steroid hormon hücre membran
geçer sitozoldeki veya nükleustaki özgün
reseptöre (hormona ba ml transkripsiyon faktörü) ba lan r. Bu reseptör-hormon
kompleksleri nükleusta birikir ve düzenleyici DNA dizilerine (hormona yan t veren
elementler: “hormone responsive elements, HRE”) ba lan rlar. Bir HRE, özgün bir
hormona yan t veren bir gen veya gen gruplar
n yak
ndaki her h zland
“enhancer” bölgede bulunur. Steroid hormon-reseptör kompleksinin, h zland
bölgenin HRE’ sine ba lanmas
aktifle tirir.
Reseptör-hormon
transkripsiyona neden olan promotor geni
kompleksleri,
düzenleyici
DNA
dizilerine
ba land klar nda, özgün gen aktivitesinin ya bask lanmas na ya da uyar lmas na
neden olurlar [55]. Buna ba
olarak, reseptör-hormon kompleksleri dudak damak
geli imiyle ilgili olan bir genin bask lanmas na neden olursa dudak damak yar klar
olu abilir.
Kortikosteroidler çocuk do urma ya ndaki kad nlarda çe itli ko ullar n tedavisinde
tercih edilen ilk ilaçlard r. Kortikosteroidlerin insan gebeli ine olan etkileri ile ilgili
bilgiler s
rl
r. Park-Wyllie ve arkada lar taraf ndan yap lan bir prospektif
çal mas nda kortikosteroide maruz kalanlar ve kontrol gruplar aras nda önemli
anomalilerin oran aç ndan istatistiksel fark bulunamam
bezlerinin yapt
r. Prednizon (Adrenal
do al kortikosteroid hormonlara benzer sentetik, antienflamatuar
ilaçlard r), terapötik dozlarda insanlarda büyük bir teratojenik risk anlam na gelmese
de mevcut hayvan çal malar ile tutarl olan oral yar klar n riskinde 3-4 kat art
yapmaktad r [54].
17
Carmichael ve arkada lar taraf ndan, gebelikte maternal kortikosteroid kullan
orofasiyal yar kl bir bebe in meydana gelmesi ile ili kili olup olmad
amac yla bir çal ma yap lm
n
incelemek
r. Carmichael ve arkada lar taraf ndan yap lan bu
çal mada, CLP (%2,9)’ li 33 bebe in anneleri, CP (%1,0)’ li 6 bebe in anneleri ve
72 kontrol bireyleri (%1,7), gebelik sonras nda 12 hafta boyunca ve gebelik
öncesindeki 4 hafta boyunca kortikosteroid kullanm
için odds oran
r (CLP için odds oran 1,7, CP
0,5’tir) ve bu çal man n sonucu erken gebelik s ras nda
kortikosteroid kullanan kad nlarda CLP riskinde
ml bir art a i aret etmektedir
[56]. Carmichael ve Shaw taraf ndan yap lan bir ba ka çal mada, perikonsepsiyonal
dönemi boyunca kad nlar n kortikosteroid kullan
bebekler aras ndaki ili ki ara
lm
ve seçilmi konjenital anomalili
r ve kortikosteroid kullan
n, ICP (izole
yar k damak) ve ICLP (izole yar k dudak ve damak) için risk art
ile ili kili
bulunmu tur [57]. Hviid ve arkada lar taraf ndan 12 y ll k bir dönem boyunca
Danimarka' daki tüm canl do umlar n verileri kullan larak ülke çap nda bir
ara rma yap lm
r. Hviid ve arkada lar
kortikosteroid kullan
olarak anlaml art
n yapm
oldu u bu çal mada ise,
ile ili kili olarak orofasiyal yar klar n riskinde istatistiksel
tespit edilmemi tir (CL/P yayg nl k odds oran 1,05, CPO
yayg nl k odds oran 1,23’tür) [58].
2.5. Nonsendromik Dudak/Damak Yar klar nda Genlerin Rolü
nsanlarda orofasiyal yar klanma için gen tan mlama sürecinin erken a amalar nda
olunmas na ra men, h zlanarak devam etmektedir. Son zamanlarda, baz genlerin
tüm yar klar n % 20’ sine kadar kombine bir rolü oldu u tespit edilmi tir [59].
Çal lan ba lant bulgular , 2q32–q35 ve 9q21–q33’ de önerilen olas lokuslar ve
kromozom 1, 2, 4, 6, 14, 17 ve 19 (MTHFR, TGFA, D4S175, F13A1, TGF 3,
D17S250 ve APOC2) üzerindeki bölgeler de dahil olmak üzere, yar k dudak ve
damakta nedensel bir rol oynamaya sahip çe itli lokuslar dü ündürmektedir [60,61].
Marazita ve arkada lar taraf ndan Çin’ de yap lan ilk gen haritalama çal mas nda
nonsendromik CL/P ve Kafkasyal larda olumlu sonuçlar vermi be kromozomal
bölgedeki 10 genetik marker aras ndaki ba lant
ve ili ki olup olmad
18
ara
lm
r. Marazita ve arkada lar taraf ndan yap lan bu çal mada kromozom 2,
4, 6, 17, ve 19’ daki 10 marker (TGFA, MSX1, D4S194, D4S175, F13A1,
GATA185H, D17S250, D17S579, D19S49, APOC2) de erlendirilmi tir. Anlaml
pozitif sonuç (P=0,01) kromozom 19 üzerindeki APOC2 için SimIBD (ba lant
çal mas ) kullan larak görülmü tür ve pozitif TDT (ili kilendirme çal mas ) sonucu
(P=0,004) APOC2 yak
ndaki, D19S49 için elde edilmi tir. Di er markerlar için
nonsendromik CL/P ile ilgili anlaml bir sonuç bulunamam
r [8].
Çe itli genetik polimorfizmler, popülasyon tabanl ili ki çal malar nda incelenmi tir.
Çal lan baz gen ürünleri;
Büyüme faktörleri (örne in, TGFA[transforme edici büyüme faktörü alfa],
TGF 3[transforme edici büyüme faktörü beta 3]) [9].
Transkripsiyon faktörleri (örne in, MSX1, IRF6[interferon regüle edici
faktör], TBX22[T-box22]) [9].
Ksenobiyotik metabolizmas nda rol oynayan faktörler ( örne in, CYP1A1,
GSTM1 [glutatyon S-transferaz 1], NAT2 [N-acetyltransferase 2]) [9].
Besin metabolizmas (örne in, MTHFR[metilentetrahidrofolat redüktaz]) [9].
RARa
([retinoik
asit
reseptör
])
veya
immün
yan t
(örne in,
PVRL1[polivirüs reseptör benzeri protein 1], IRF6)’ dir [9].
nsan çal malar nda, dudak damak yar klar
n etiyolojisindeki aday genlerin rolünü
de erlendirmek için ba lant ve ili ki analizleri yap lm
r [59]. Damak dudak
yar klar için birçok aday gen gösterilmi tir ancak bugüne kadar yap lan genetik
çal malarda baz genler ön plana ç km
birkaç Çizelge 2.2 ‘de verilmi tir.
r. Bu ön plana ç kan aday genlerden
19
Çizelge 2.2. Dudak-damak yar nda etkili olan aday genlerden birkaç ve kromozom
lokasyonlar [14,32,59,62,63,64,65,66]
LOKUS
ADAY GENLER
6p24-p23
OFC1
2p13
OFC2 (TGFA)
19q13
OFC3(BCL3)
4q21-q31
OFC4
4p16
OFC5 (MSX1)
1q32.3-q41
OFC6(IRF6)
11q23.3
OFC7(PVRL1)
3q28
OFC 8 (TP73L)
13q33.1-q34
OFC9
2q33
OFC10 (SUMO1)
1p36
MTHFR,PAX7,SKI
14q24
TGF 3, BMP4
17q21.1
RARA
6p23 - 25
TFAP2A, OFCC1
14q12-q13
PAX9
19q13
TGF 1, BCL3, CLPTM1, PVRL2
9q22
TGFBR1
9q22–q33
FOXE1
Xq21.1
TBX22
2q14
GLI2
19q13
CLPTM1
5q34-q35
MSX2
2q32-q33
SATB2
13q22.2
SPRY2
9q22
ROR2
20p12.3
BMP2
1p34-2q33
FAF1
20
2.6. Msx1 Geninin Dudak/Damak Yar
Olu umundaki Rolü
2.6.1. Msx1 geni (OFC5)
Msx1 geni (ayr ca HOX7, OFC5 ve HYD1 olarak da bilinir) nonsendromik
CL/CLP/CP ile ilgili olarak analiz edilen en önemli aday genlerden biridir
[67,68,69,70,71]. Msx1, di
faktördür
ve
terminal
ve kraniyofasiyal iskelet geli imi için önemli bir
hücre
dü ünülmektedir [70,72].
farkl la mas nda
önemli
bir
lk kez farelerden klonlanan msx ad
rol
oynad
Drosophilia
segment homeobox genleri ile (msh) gösterdikleri benzerlik nedeniyle alm
Ard ndan deniz y ld
r.
[73], kurba a [74], bal k [75] ve insanlarda [76] izole
edilmi tir. Msx1, Msx2 ve Msx3 olmak üzere Msx gen ailesi 3 genden olu mu tur
[77]. Dorsal nöral tüpte Msx3 geni, epitel-mezen im etkile iminin oldu u her dokuda
Msx2 ve Msx1 genleri, en önemlisi kafa ve yüz kemiklerinin geli im gösterdi i
bölgelerde ifade edilir [78,79].
Ba ca sinir sistemi geli imi, kafa ve yüz kemiklerinin geli imi, odontogenez, tümör
büyüme inhibisyonu ve kol-bacak geli imlerinde Msx ailesinin protein üyeleri
önemli modüle edici görevlere sahiptir [80,81,82]. Msx homeodomain bölgesinin
transkripsiyon faktörü olan Tata’ ya Ba lanan Protein (TBP)’ e ba lanmas yla
protein-protein etkile imleri gerçekle ir [83]. Üstelik Dlx5 (Distal Less Homeobox
5), Lhx, Dlx2 (Distal Less Homeobox 2), ve Pax3 (Paired Box 3) gibi ba ka
homeodomain proteinlere de ba lanarak transkripsiyonu düzenleme özelliklerine de
sahiptir [81,84,85].
Msx1 geninde meydana gelebilecek bir mutasyon sonucunda Msx1 ifadesi
gerçekle mez. Msx1 ifadesinin gerçekle memesi, embriyonik geli im s ras nda epitel
ve mezen im doku katmanlar aras ndaki kar
kl etkile imlerde görev alan ve
Msx1 ifadesi ile uyar lan ba ka bir genin aktifle memesine neden olur. Bunun
sonucunda epitel ve mezen im doku katmanlar aras ndaki kar
kl etkile im
sekteye u rar ve farkl la ma gerçekle mez. Farkl la man n gerçekle memesi
sonucunda damak dudak yar klar görülür.
21
Msx1 homeodomain, di er proteinler ile özel ve fonksiyonel olarak önemli
etkile imler yapar. Msx1’in TBP ve TBP-TATA kutusu DNA kompleksiyle
ba land
, GST çöktürme deneyleri (Çöktürme, genellikle GST (Glutathione-S-
transferaz) enzimi ile füzyon halinde üretilecek ekilde klonlanm
anlat m plasmidleri ile yap lmaktad r. GST’ nin, kulland
olan protein
sübstrat olan Glutatiyon,
spesifik olmayan bir redükleyici ajan olarak kullan lmakta, ve proteinlerin
redüklenmi olan thiol formlar nda tutularak çapraz ba lanmalar
almaktad r.) ve jel de
önlemekte görev
im analizlerinde (Transkripsiyon faktörleri spesifik genin ne
zaman nereden transkribe edilece ini kontrol eden regülatör sekanslara ba lan r ve
traskripsiyonun gerçekle masine yard m eder. Jel de
etiketlenmi nükleik aside protein ba lanmas
sekanslara
ba lanan
transkripsiyon
im analizi tekni i,
n etkisini gösterir ve regülatör
faktörlerinin
gösterilmi tir. Transkripsiyonel bazal mekanizmas
tayininde
kullan labilir.)
n bir üyesi olan TBP ile
etkile ime ek olarak, Msx1’ in homeobox gen ailesinin di er üyeleri ile etkile im
yapt
görülür. Bu etkile imler transkripsiyonda önemli düzenleyici rol oynad
görülmektedir. Bir transkripsiyon aktivatörü, HD (homeodomain) protein Dlx, bu
proteinlerden biridir. Msx1 ve Dlx aras ndaki heterodimerizasyon, transkripsiyonel
aktivitenin kayb na neden olur. N-terminal kolda ve Msx1 tan ma heliksindeki
mutasyonlar, bu etkile imdeki ciddiyeti, proteinin tüm DNA ba lay
yüzeyini
kapsayacak ekilde etkile imi gösterir. Muhtemelen, benzer bir etkile im yüzeyi
Pax3 ve Dhx2 gibi di er homeodomain proteinleri ve Msx1 aras ndaki etkile imde
de kullan r [86,87].
Çe itli çal malar Msx1’ deki DNA varyasyonlar
n dudak damak yar klar ile
ili kili oldu unu ortaya koymu tur. Bu çal malardaki bulgulara dayanarak, Msx1
mutasyonu, di
agenezisi, CL/P, ve/veya CPO’ li ailelerde bulunmu tur. Son
zamanlarda, Msx1’ deki mutasyonlar, nonsendromik orofasiyal yar klar
olan
hastalar n % 2’ sinde tespit edilmi tir. Bu bulgular, Msx1’ in hem primer hem de
sekonder palatogenezise dahil oldu unu gösterir. Bu, birincil palatogenesis s ras nda
nazal
ve
maksillar
süreçlerinde
kuvvetli
mezen imal
desteklenmektedir [59]. Bu bak mdan damak dudak yar
geninin önemi görülmektedir.
ifade
taraf ndan
olu mas nda Msx1
22
2.6.2. Msx1 geninin yap
Msx1 geni kromozom 4 üzerinde lokalizedir, 42,71 kb uzunlu undad r, 704 bp ve
1229 bp uzunlu unda iki ekzon ve 2332 bp uzunlu unda bir intron içerir (Resim 2.5)
[88].
Resim 2.5. Tespit edilen baz mutasyonlar n konumu ile, insan msx1 gen yap
[88]
2.6.3. Msx1 proteini
Msx1 gen ürünü proteinler 297 ve 303 amino asite sahiptir. N-terminal domaini
prolin tekrarlar içerir, bu da proteinin daha dengeli bir yap
olarak daha s
tutunmas
n olmas na neden
bir ekilde DNA (Deoksiribonükleik Asit)’ n n minor olu una
sa lar (Resim 2.6) (Resim 2.7) [86,89]. Homeodomain bölgesini ekzon 2
bölgesi kodlar ve bu bölge proteinin ba ka proteinlerle etkile mesine neden olur [86].
Msx1 Homeodomaini DNA ba lay , protein-protein etkile imleri, protein stabilitesi
ve transkripsiyon bask lay
konumundad r [89].
gibi çoklu fonksiyonlar n arabuluculuk merkezi
23
Resim 2.6. MSX-1HD-DNA kompleksinin çizilen bant [86]
Resim 2.7. MSX-1’in N-terminal kolunun yörüngesinin üç boyutlu yap
[86]
2.6.4. Msx1 gen ifadesi
Msx1 gen ifadesinin kafa ve yüz kemiklerinin geli im bölgesinde, odontoblast ve
ameloblast hücrelerinin ço alma evrelerinde, damak yap
meydana getirecek olan
hücrelerde, kafatas kemikleri ve meninks olu umunu sa layan nöral krest kökenli
hücrelerde yüksek oldu u belirtilmi tir [90,91]. Msx1 gen ifadesi hücre döngüsünün
düzenlenmesi yoluyla inhibe hücrelerin farkl la mas , siklin D1 uyar lmas ile
ili kilidir. Hu ve arkada lar taraf ndan bu konuda yap lan bir çal mada, Msx1
fonksiyonunun mekanizmas incelenmi tir. Hücre kültürü ve in vivo model sistemleri
kullan larak, Msx1’ in ifade eksikli inin çoklu mezen imal ve epitelyal hücre
24
tiplerinin farkl la mas
inhibe etti i gösterilmi tir. Msx1’ in siklin D1
ekspresyonunu yüksek seviyede koruyarak hücrenin döngüden ç
engelledi i
bir model önerilmi tir (Resim 2.8) [92].
Siklin D1
Hücre döngüsü
Proliferasyon
Farkl la ma
Resim 2.8. Hücre döngüsü regülasyonunda MSX fonksiyonu için bir model [92]
Resim 2.8’ de görüldü ü gibi hücre döngüsü ç
blo unda (k rm
sonraki farkl la ma olay nda Msx1, siklin D1 ifadesini (k rm
D1 (ye il ok) hücre ço almas
bile enleri (k k k rm
oklar) uyar r. Siklin
te vik edebilmesine ra men, di er hücre döngüsü
ok) üzerinde Msx1’ in etkisi büyük ihtimalle yoktur. Bu
nedenle, Msx1 aktivite kayb erken hücre döngüsü ç
Msx1' in a
bariyer) ve daha
ekspresyonu hücre döngüsü ç
na yol açabilecek iken,
engelleyebilir [92].
Msx1’ in siklin D1 ifadesini uyarmas ile hücrenin döngüden ç kmas engellenir ve
hücre proliferasyonu gerçekle ir. Msx1’ de meydana gelecek bir mutasyon siklin D1
ifadesinin uyar lmas
olumsuz yönde etkiler. Siklin D1 ifadesinin olumsuz yönde
etkilenmesi hücrenin döngüden ç kmas na yol açar. Hücrenin döngüden ç kmas ,
mezen imal ve epitelyal hücre tiplerinin fakl la maya gitmemesine neden olur.
Bunun sonucunda dudak damak yar klar olu ur.
Omurgal organlar ; epitel ve mezen im doku katmanlar aras ndaki s ral ve
kar
kl etkile imleri yoluyla meydana gelir. Bu süreçler doku-spesifik gen
25
ekspresyonu ve morfogenezi yöneten indüktif ve
ml doku etkile imlerinin (ayr ca
ikincil indüksiyon olarak da bilinir) bir dizisini içerir ve sonuçta hücre farkl la mas
ve organ modellenmesine yol açar. Zhang ve arkada lar
taraf ndan yap lan
çal mada, Patched (Ptc) indüksiyonunda Sonic hedgehog (Shh) sinyalinin iletimini
ke fetmek için bir model sistemi olarak fare geli imindeki di hücresi kullan lm
r.
Erken geli en molar di hücresinde Shh di epitelyum içinde ifade edilir (E9.0 ve
E11.5). Epitel Shh, mezen imdeki Gli1' in ifadesine neden olur. Gli1, epitelden
türetilen Bmp4 vas tas yla mezen imde indüklenen Msx1' in ürünü ile etkile ime
girmesi ile Ptc ifadesini aktive edebilir. Mezen imal Bmp4, Msx1’ in ifadesini
gerektirmektedir ve Msx1' in ifadesinin devam için olumlu bir geri besleme sinyali
sa lar, ayr ca Ptc ifadesine neden olabilir. Ptc ifadesi böylece fare di hücresi
geli iminin erken a amas nda en az iki farkl yolak taraf ndan düzenlenir (Resim 2.9)
[93].
Resim 2.9. Erken di hücresinde Ptc ifadesini düzenleyen genetik bir yolak modeli
[93]
2.6.5. Msx1 geni ve izole DDY
lk olarak Lidral ve arkada lar taraf ndan Msx1 geni ile nonsendromik CLP ili kisini
belirlemeye yönelik çal malar ba lat lm
bölgesindeki CA tekrarlar
n varl
r [94]. Daha sonraki çal malarda intron
na göre allelik varyasyon analizleri yap lm ve
Msx1 geni ile izole CLP olu umu aras nda ili kiler de erlendirilmi tir [41].
26
Otero ve arkada lar taraf ndan Kolombiya’ da nonsendromik CLP ve Msx1 CA
polimorfizmi aras ndaki ili kiyi de erlendirmek amac yla bir çal ma yap lm
r ve
bu çal mada CLP ve Msx1 CA polimorfizmi aras nda pozitif bir ili ki bulunmu tur
(P<0,0106) [95]. Jugessur ve arkada lar taraf ndan Norveç popülasyonunda yap lan
bir çal mada ise, Msx1 CA polimorfizmi ile sendromsuz dudak ve/veya damak
yar
aras nda güçlü bir ili ki saptanamam
r (P=0,72 ) [69].
Lidral ve arkada lar Filipin popülasyonunda yapm
olduklar bir çal mada,
nonsendromik yar kta Msx1 için olas bir rol önerdiler ancak hastal a ba
mutasyonu tespit etmede ba ar z oldular (nonsendromik CL/P için P=0,26,
nonsendromik CPO (sadece yar k damak) için P=0,91) [94].
Suzuki ve arkada lar Vietnam popülasyonunda, Vieira ve arkada lar Filipin
popülasyonunda yapt klar çal malarda Msx1 geninde missense mutasyonlar n
(P147Q; Msx1 genindeki 440C> A de
vurgulanm
imi) varl
saptanm
r ve genin önemi
r [62,96]. Suzuki ve arkada lar ile Vieira ve arkada lar taraf ndan
izole dudak damak yar
genindeki 440C> A de
olu umuna neden olarak gösterilen P147Q (Msx1
imi) polimorfizmi, Tayland popülasyonunda Tongkobpetch
taraf ndan yap lan çal mada etkili olmad
bulunmu tur (allelik P=0,285, genotipik
P=0,277) [62,96,97].
Huang ve arkada lar taraf ndan Bat Çin’deki Han Çinlileri popülasyonunda Msx1
gen varyantlar ve oral yar klar n aras ndaki ili kiyi ara rmak amac yla bir çal ma
yap lm
r. Bu çal maya 206 nonsendromik yar k dudak ve damakl aileler (hastalar
ve aileleri dahil) ve 224 kontrol al narak, Msx1 tek nükleotit polimorfizmleri
rs3821949 ve rs12532 ve missense mutasyon P147Q (Msx1 genindeki 440C> A
de
imi) de erlendirilmi tir. Bu de erlendirmeye göre yap lan vaka-kontrol
analizinde yar k dudak/damak ve P147Q varyant aras nda bir ili ki gözlenmesine
ra men (allelik CP için P=0,021, CLP için P=0,010), Msx1 genindeki rs3821949
(allelik CL için P=0,476, CP için P=0,894; genotipik CL için P=0,574, CP için
P=0,956, CLP için P=0,113) veya rs12532 (allelik CL için P=0,708, CP için
P=0,602, CLP için P=0,623; genotipik CL için P=0,807, CP için P=0,614, CLP için
27
P=0,877) ve nonsendromik oral yar klar aras nda anlaml bir ili ki bulunamam
[98]. Rafighdoost ve arkada lar
n Güneydo u
r
ran popülasyonunda yapm
olduklar çal mada Msx1 genindeki tek nükleotit polimorfizmi olan rs12532 AG ve
rs12532 GG genotiplerinin nonsendromik dudak/damak yar
riski ile ili kili oldu u
bulunmu tur (rs12532 AG için P =0,001, rs12532 GG için P = 0,004 ) [99].
Jezewski ve arkada lar taraf ndan nonsendromik CL/CLP/CP ‘li 917 ki iye tüm
Msx1 gen sekanslar uygulanm
r ve 16 (%2) potansiyel etiyolojik mutasyonlar
bildirilmi tir [68]. Hasta ve kontrol gruplar aras nda ara rmac lar taraf ndan
gerçekle tirilen Msx1 geninin direkt s ralama sonuçlar , CL/CLP/CP vakalar
n
yakla k % 2’ sinin alt nda yatan neden olarak nokta mutasyonlar öne sürmektedir
[62,68,96]. Vieira ve arkada lar
n, 217 Güney Amerikal çocuklar n annelerinde
yapt klar çal madaki iletim dengesizlik testi analizi sonuçlar na göre; yar k dudak
damak (P=0,037), sadece yar k damak (P=0,037), yar k dudak/damak (P=0,004) ile
Msx1 aras nda bir ba lant bulunmu tur. Olas k oran testi analizi sonuçlar na göre,
yaln zca yar k dudak ile Msx1 aras nda bir ba lant bulunmu tur (P=0,04) [100].
Marazita ve arkada lar taraf ndan Çin’ de yap lan ilk gen haritalama çal mas nda
nonsendromik CL/P ve Kafkasyal larda olumlu sonuçlar vermi be kromozomal
bölgedeki 10 genetik marker aras nda ba lant ve ili ki olup olmad
ara
lm
r
ve bu çal mada Msx1’ in nonsendromik CL/P ile olan ili kisi aç ndan anlaml bir
sonuç bulunamam
r (P=0,30) [8].
Güney Hindistan’da Singh ve Ramu taraf ndan Msx1 (799 G> T) gen varyant
nonsendromik dudak/damak yar
amac yla bir çal ma yap lm
varyant
n etiyolojisinde yer al p almad
gözlenmi tir
test etmek
r ve bu çal man n sonucunda Msx1 (799 G> T) gen
ile nonsendromik dudak/damak yar kl
korelasyon
n
[101].
Salahshourifar
hastalar aras nda pozitif bir
ve
arkada lar
n
Malay
popülasyonunda yapt klar bir çal mada, Msx1 genindeki G110G varyant
n,
çal madaki nonsendromik CL, CL/P’ li hastalar ve kontroller aras nda önemli bir
ili ki gösterdi i bulunmu tur (P=0,001, odds ratio=2,241, 95% güven aral
1,357-3,700) [102]. Butali ve arkada lar
nda,
n Nijerya popülasyonunda yapt klar bir
28
çal mada, Msx1 genindeki 101C>G (A34G) genetik de
iminin (genotipik
P=0,00002) a z yar klanmalar nda olumlu bir etkisinin oldu u gösterilmi tir [103].
Kafa ve yüz kemiklerinin geli imindeki Msx1 geninin görevi ba ka homeobox
proteinlerini regüle etmektir. DNA düzeyinde ya da protein düzeyinde bu regülasyon
olabilir. Msx1 geninin rolü uan için net olarak bilinmese de izole CLP olu umunda
di er genler ile etkile erek etki gösterdi i tahmin edilmektedir [62]. Msx1 genindeki
önemli mutasyonlardan bir k sm Çizelge 2.3’ te verilmi tir.
Çizelge 2.3. MSX1 genindeki önemli mutasyonlardan bir k sm (O.D: otozomal
dominant) [16,21,39,68,74,79,97,104]
Fenotip
Mutasyon
Amino Asit
Nükleotit
Tipi
De imi
De imi
G16D
G47A
Missense
Bilinen etkisi yok
A30A
C90A
Sessiz mutasyon
Bilinen etkisi yok
A34G
C101G
Missense
Bilinen etkisi yok
E78V
A233T
Missense
zole DDY
V80V
G240A
Sessiz mutasyon
Bilinen etkisi yok
S105X
C314A
Nonsense
G110G
C330T
Sessiz mutasyon
O.D. DDY/
oligodonti
Bilinen etkisi yok
V114G
T341G
Missense
Izole DDY
G116E
G347A
Missense
Izole DDY
L118L
C354T
Sessiz mutasyon
Bilinen etkisi yok
R151S
G453T
Missense
Izole DDY
P278S
C832T
Missense
Izole DDY
S202X
C605A
Nonsense
Witkop Sendromu
A275A
C825T
Sessiz mutasyon
Bilinen etkisi yok
G267C
G799T
Missense
Izole DDY
29
2.6.6. P278S polimorfizmi
Tayland popülasyonunda yap lan bir çal mada Msx1 gen mutasyonlar
n
nonsendromik dudak damak yar klar na katk
r.
n olup olmad
ara
lm
Tayland popülasyonunda yap lan bu çal madaki mutasyon analizlerine göre; Msx1
gen mutasyonunun, özellikle Msx1 geninin P278S bölgesinin, dudak damak
yar klar nda etkili bir bölge oldu u görülmü tür. Nonsendromik dudak damak yar kl
100 Taylandl hasta için Msx1 geninin tüm kodlanan bölgelerini kapsayan mutasyon
analizi yap lm
nükleotit de
r ve sekiz varyant bölge tespit edilmi tir. Bu varyantlar n 7’ si tek
imidir (4’ü transversiyon, 3’ü transisyon), di er de
ken ise intron 1'
de tek bir nükleotit eksilmesidir (Çizelge 2.4) [97].
Çizelge 2.4. Nonsendromik CL/P’li 100 Taylandl hastalarda tespit edilen MSX1
varyant bölgeleri [97]
Nükleotit
pozisyonu
Ekzon/
intron
Nükleotit
de imi
Beklenen Heterozigotl Homozigot/
aminoasit ar n frekans hemizigotlar
de ikli i
n frekans
90
Exon 1
C>A
A30A
0
2
101
Exon 1
C>G
A34G
4
4
330
Exon 1
C>T
G110G
15
15
440
Exon 1
C>A
P147Q
3
0
452–14
Intron 1
del T
_
8
0
799
Exon 2
G>T
G267C
1
0
832
Exon 2
C>T
P278S
1
0
894 + 6
3’UTR
C>T
_
0
1
30
Msx1’ in kodlama bölgeleri 6 farkl varyant içermektedir; bunlar n 2’ si sinonim
(ayn anlaml ) 4’ ü nonsinonim (ayn anlaml de il)’ dir. Msx1 geninin sekanslama
analizinde bulunan dört nonsinonim türevi unlard r: 101C>G (A34G) , 440C>A
(P147Q), 799G>T(G267C) ve 832C>T(P278S). Bunlardan P278S ve G267C
varyantlar
n “muhtemel hasar verici” oldu u PolyPhen taraf ndan tahmin
edilmektedir. Bu durum, çal madaki 162 kontrol grubunda mevcut de ildir. Daha
önce Msx1 genindeki yanl
anlaml
mutasyonlar n (missense
mutasyon)
homeodomain proteinin N-terminal ucunda rapor edilmesinin aksine, homeodomain
C-terminal ucunda ekzon 2’ deki bu potansiyel mutasyonlar bulunmu tur [97].
Msx1 geni 799G>T(G267C)
konumlanm
ve 832C>T(P278S) türevleri,
ekzon 2’ de
r. Ekzon 2' deki bu iki nonsinonim varyantlar, 799G> T (G267C) ve
832C> T (P278S), daha önce bildirilmemi tir. Msx1’ in ekzon 2 k sm ço unlukla
ekson 1 k sm ile kar la
ld
nda ekzon 2 k sm önemli ölçüde daha az varyasyon
göstermesi nedeniyle daha fazla muhafaza olmu tur [97].
Resim 2.10’ da görüldü ü gibi sol ve sa paneller s ras yla 1 ve 2 hastalar ile
ilgilidir. A) Hastalar n sekans analizi, s ras yla 1. ve 2. hastalarda 799G> T ve 832C>
T (oklarla) gösterilmi tir. B) Kontrollerin sekans analizi, 799 GG ve 832 CC (oklar)
nükleotitindeki normal genotipler gösterilmi tir [97].
31
Hasta 1
Hasta 2
Resim 2.10. Msx1 genindeki 799G > T and 832C > T de
analizi [97]
imlerinin mutasyon
2.7. Gen-Çevre Etkile imi
CL/P, genler ve çevre etkile imlerinin bir kombinasyonunun neden oldu u
multifaktöriyel bir hastal kt r. Bu faktörler, farkl toplumlarda CL/P için farkl
katk da bulunabilir [96,105,106]. Annenin sigara içimi ve oral yar k riski aras ndaki
ili ki yayg n olarak incelenmi tir. Hwang ve arkada lar taraf ndan yar k damak ve
dudak riskinde kraniyofasiyal geli im s ras nda ifade edildi i bilinen TGF varyant
ve annenin gebelikte sigara içmesi aras ndaki etkile imin ilk kan
yay mlanm
r.
Hwang ve arkada lar taraf ndan TGF Taq1 bölgesindeki nadir allel ve gebelik
ras nda sigara içen annelere ( 10 ya da >10 sigara/gün) sahip bebeklerde, CP
riskinde art
oldu u bulunmu tur [106]. Shaw ve arkada lar
TGF
Taq1
bölgesindeki nadir allel ile anneleri günde 20 sigara içen bebekler aras ndaki CLP
ve CP için artan riskleri bildirmi tir [40].
Chevrier ve arkada lar taraf ndan yap lan bir çal mada annenin sigara içiminin,
yar k dudak/damak riski ile ilgili üç geli imsel genlerin TGFA C2 (P=0,92), TGF 3
X5.1 (P=0,12) veya MSX1 N8 (P=0,74) türevleriyle etkile imine dair herhangi bir
kan t bulunamam
r (Çizelge 2.5) [107].
32
Çizelge 2.5. Gebelik süresince sigara maruziyetinin geli imsel genlerden TGFA C2,
TGF 3 X5.1 veya MSX1 N8 üzerindeki etkisi [107]
Annenin sigara içimi
Hay r
Gen
Evet
Sigara içmeyenler aras ndaki, çevresel
tütün duman maruziyeti
Hay r
Evet
Mutasyona
ram
allel
Yüz geli imi ile ilgili genler
Fetal genotip etkileri
Çizelge 2.5’ te a: homozigot yaban genotip ile kar la
ram
allelin varl
ld
nda mutasyona
n rölatif riski (RR), b: Maruz kalma tabakalar (gen çevre
etkile imi) üzerindeki rölatif riskler aras ndaki heterojenitenin testi, CI: güven aral
gösterilmi tir [107].
Romitti ve arkada lar taraf ndan CL/P ve CP riskinin, TGF 3 ve maternal sigara
duman na maruziyet ile ilgili olarak gen-çevre etkile imleri taraf ndan etkilenmi
oldu una dair kan tlar bildirilmi tir ve Msx1 CA için yayg n 4 allelli bebekler ile
annenin alkol tüketimi aras ndaki istatistiksel bir etkile imin kan
bildirilmi tir (P
<0,05) [41]. Maestri ve arkada lar taraf ndan orofasiyal yar klar n riski (CL/P için
P=0,010 veya CP için P=0,024), D14S61 (TGF 3' ün 450 kilobaz içinde bulunan bir
marker) ve annenin sigara duman na maruziyetinin etkile imi taraf ndan önemli
ölçüde etkilendi i bildirilmi tir [71]. Van den Boogaard ve arkada lar taraf ndan
Hollanda popülasyonunda yap lan bir çal mada, nonsendromik orofiyal yar kl
çocuklar ve hamileli in ilk trimesteri boyunca maternal sigara içimi ve homeobox
geni Msx1 aras ndaki ili ki incelenmi tir ve bu ili ki için anlaml kan t sa lanm
r
[7].
Maternal sigara maruziyeti, Msx1 geninde mutasyonlar n olu mas na sebep olabilir.
Meydana gelen mutasyon hücre proliferasyonunun gerçekle mesini önleyebilir.
33
Hücre proliferasyonunun gerçekle memesi sonucu damak dudak yar klar görülebilir
ekil 2.4).
Maternal sigara
maruziyeti
Msx1 geninde
mutasyon
Hücre
proliferasyonunun
gerçekle memesi
ekil 2.4. Maternal sigara maruziyetinin damak dudak yar
Dudak damak
yar klar olu umu
üzerindeki etkisi
2.8. Gen-Gen Etkile imi
Yar klara yol açan gen-gen etkile iminin istatistiksel kan tlar MSX1 (transkripsiyon
represörü) ve TGF 3 (hücre farkl la mas da dahil) [100] için ve MSX1 ve TGFA
(büyüme faktörü) (P=0,04) [69] için bildirilmi tir. Vieira ve arkada lar
n yapt klar
bir çal mada; bir veya 169 baz çifti allellerinin birkaç na sahip olan probandlar n
(ailede genetik olarak etkilenmi ilk vaka) oldu u Güney Amerika popülasyonundaki
ailelerde MSX1 ve TGF 3 duyarl k allelleri aras nda bir etkile im olabilece ini
dü ündüren, TGF 3 (P=0,05) ile iletim bozulma s
na kan tlar bulunmaktad r
[100]. Di agenezisi ile ilgili çal malar, yar k dudak ve damak ile ili kili olabilecek
olas etkile imleri önermi tir. Vieira ve arkada lar öncelikli premolar agenezin
FGFR1(Fibroblast büyüme faktörü1) (P=0,014) ve IRF6 (P=0,002) markerlar ile
olan ili kisini göstermi lerdir. Ayn zamanda IRF6 ve MSX1 (P=0,001), IRF6 ve
TGFA (P=0,03) aras ndaki etkile imlerin istatistiksel kan tlar da bildirilmi tir [108].
MSX1 ve PAX9 mutasyonlar , insan di agenezinin formlar nda gösterilmi tir. Vieira
ve arkada lar etnik çe itlilik gösteren bir insan popülasyonunda yapm olduklar bir
çal mada, MSX1 ve PAX9 genlerindeki di agenezisi ve DNA dizi varyasyonlar
aras ndaki ili kiyi belirleme amaçlanm
r. Vieira ve arkada lar
n
n yapm olduklar
bu çal mada MSX1 veya PAX9 kodlama bölgesinde mutasyon bulunmam
r.
Ancak MSX1’ in PAX9 ile insanlarda di agenezine neden olabilecek etkile im
kurabilece ini dü ündüren anlaml veri bulunmu tur (P=0,02) [109]. Ogawa ve
arkada lar taraf ndan yap lan çal mada, bir fare modelindeki ekspresyon analizi ve
insan genetik çal mas birle tirildi inde elde edilen biyokimyasal veriler, di
34
geli imi s ras nda PAX9 ve MSX1 aras nda i levsel bir ili ki oldu u gösterilmi tir
[110]. Ogawa ve arkada lar
n yapt
bir ba ka çal mada MSX1’ in
düzenlenmesinde PAX9’ un dahil olup olmad
belirlemek için MSX1 ifadesi
PAX9 eksikli i olan farelerin di primordias nda analiz edilmi tir. Analizler sonucu
elde edilen bulgular PAX9 ve MSX1 aras ndaki ili kiyi göstermektedir [111]. Resim
2.11’ de MSX1’ in genotip-fenotip korelasyonlar , PAX9, IRF6, TGF 3, TGFA ile
etkile imleri ve mutasyonlar gösterilmi tir.
Di agenezisi
MSX1
Anlams z mutasyon
Yanl anlam mutasyonu
Hipomorfik allel
Yar klar
Resim 2.11. Bugüne kadar tan mlanm Msx1 genotip-fenotip korelasyonlar ,
etkile imleri ve mutasyonlar [16]
MSX1 geni kraniofasiyal geli imde önemli bir transkripsiyon faktörüdür. Orofasiyal
geli imde MSX1 geni belirli bir yola
izleyerek büyüme faktörleri (TGFA, TGF 3
vs.) ile etkile ime geçer ve oral yap lar n geli iminde etkili olur. MSX1 geninde
meydana gelebilecek bir mutasyon, MSX1 geni ve büyüme faktörleri aras ndaki
etkile imde sorunlar n görülmesine neden olur. Sonuç olarak oral yar klar görülür.
Di geli iminde ise MSX1 geni farkl bir yola
izleyerek ba ka bir transkripsiyon
faktörü (PAX9,IRF6 vs.) ile etkile ime geçer ve di geli iminde etkili olur. MSX1
geninde meydana gelebilecek bir mutasyon, MSX1 geni ve ba ka bir transkripsiyon
faktörü aras ndaki etkile imde sorunlar n görülmesine neden olur. Sonuç olarak di
geli iminde di agenezi (di eksikli i) gibi anormallikler görülür (Resim 2.11).
35
Orofasiyal ve di geli imi ile ilgili olarak belirlenen önemli sinyal molekülleri
(özellikle büyüme faktörleri) ve transkripsiyon faktörlerinin moleküler mekanizmas
Resim 2.12’ de gösterilmektedir. Bu moleküler mekanizmaya göre; farkl büyüme
faktörü-büyüme faktörü reseptörü kombinasyonlar
belirli bir transkripsiyon
faktörünün (DNA’ ya do rudan ba lanan proteinler)
aktivasyonuna veya
inaktivasyonuna yol açar. Bu transkripsiyon faktörleri genomun düzenleyici
bölgelerine ba lan r ve hücre göçü, hücre bölünmesi veya hücre ölümü gibi hücre
davran lar
kontrol eden genlerin belirli kümelerinin ifadesini veya bask lanmas
yönlendirir. Birçok durumda transkripsiyon faktörlerinin bir hücre-hücre "diyalogu"
olu turulmas nda, di er hücrelerin sinyalizasyonu için hücre taraf ndan yeni büyüme
faktörlerinin ifadesine yol açar [112]. Bu sinyal moleküllerinde ve transkripsiyon
faktörlerinde
meydana
gelebilecek
bir
mutasyon
moleküler
mekanizmada
aksakl klara yol açabilir, sonuç olarak orofasiyal geli imde ve di geli iminde
anormalliklerin görülmesine neden olabilir.
Yeni ifade edilen büyüme faktörü,
ba ka bir hücreye sinyalizasyon için
a aktar r.
aktif büyüme faktörü
reseptörü
Büyüme faktörü
Büyüme faktörü reseptörü
transkripsiyon faktörünün
aktivasyonu
aktive edilmi transkripsiyon faktörü
taraf ndan uyar lan gen ifadesi
Resim 2.12. Büyüme faktörleri, büyüme faktörü reseptörleri ve transkripsiyon
faktörleri taraf ndan yürütülen sinyalizasyon [112]
36
3. MATERYAL VE METOD
3.1. Materyal
Bu yüksek lisans tez çal mas nda kullan lan 70 adet kan örne i, Ankara Üniversitesi
Di Hekimli i Fakültesi’nden 18.12.2007 tarihli ve 124/2 say
etik kurul karar ile
ve sendromsuz dudak damak yar kl Türk hastalardan gönüllü onam formlar
imzalat larak elde edilmi tir. Hastalardan al nan periferal kan örneklerinden Fenolkloroform yöntemiyle genomik izolasyonu yap larak, Msx1 geni üzerindeki P278S
de
im bölgesinde polimeraz zincir reaksiyonu artlar na göre metod uygulanm
r.
Elde edilen polimeraz zincir reaksiyon ürünlerine; RFLP (Restriksiyon Enzim
Uzunluk Polimorfizmleri) metodu uygulanm
r. RFLP metoduyla çal lan
örneklerde mutasyonu belirleyecek olan restriksiyon endonükleazlar kullan larak gen
ürünlerinin kesimi yap lm
r. Bu enzim kesim ürünleri %2’ lik agaroz jelde
elektroforezleri yap larak jel görüntüleme cihaz nda foto raflar çekilmi tir.
3.2. Metodlar
3.2.1. Fenol kloroform yöntemiyle DNA izolasyonu
.GÜN
1 ml EDTA + 9 ml kan
1. Örne in + hacminin 2,5 kat kadar RBC (Red Blood Cell) Lysis solüsyonu konur.
2. Haz rlanan kar m çalkaland ktan sonra 20 dakika buzda bekletilir.
3. 20 dakika 4000 rpm 4
’ de santrifüj edilir.
4. Tüpte dipte beyaz çökelti görülmedi i taktirde, süpernatant n bir k sm dökülür,
hacim RBC Lysis solüsyonu ilave edilerek dipte lökosit tabakas olu ana kadar
lem tekrarlan r.
5. Lökosit tabakas elde edilince süpernatant dökülür.
6. RBC Lysis solüsyonuyla 1-2 kez y kama yap r.
7. Örne e 1000 µl RBC Lysis solüsyonu ilave edilir.
37
8. Vorteksle homojen hale getirilir.
9. 200 µl örnekle i leme devam edilir. Geri kalan stoklan r.
10. +500 µl STE (Sodyum Chloride-Tris-EDTA buffer) + 30 µl SDS (Sodyum
dodesil sülfat) (%10’luk) + 20 µl Proteinaz K ilave edilir.
11. Örnek 56
su banyosunda 1 gece bekletilir.
.GÜN
1. Örne e 1:1 oran nda fenol ilave edilir.
2. 10 dakika çalkalad ktan sonra 20 dakika buza gömülür.
3. Örnek 20 dakika 4000 rpm 4
’de santrifüj edilir.
4. Süpernatant ba ka bir eppendorfa al
r.
5. 1:1 oran nda (750 µl) kloroform ilave edilir.
6. 10 dakika çalkalad ktan sonra 20 dakika buza gömülür.
7. 20 dakika 4000 rpm 4
’de santrifüj edilir.
8. Süpernatant ba ka bir eppendorfa al
r.
9. + Hacmin 1/10’u kadar Na asetat + toplam hacmin 2 kat kadar %95’lik etanol
tüpe al nan süpernatanta ilave edilir.
10. DNA iplikçikleri beyaz yumak
eklinde görünür hale gelinceye kadar tüp
yava ça alt-üst edilir.
11. Örnek -20
’de 1 gece bekletilir.
.GÜN
1. Örnek 20 dakika 4000 rpm 4
’de santrifüj yap r.
2. Tüpün dibine çökmü DNA yo unlu una bak larak eklenecek olan TE (TrisEDTA buffer) miktar belirlenir. Tüpün üstüne not edilir.
3.
k m dökülür.
4. Örne e +500 µl %70’lik etanol ilave edilir.
5. 20 dakika 4000 rpm (Rounds per minute) 4
’de santrifüj yap r.
6. Alkol dikkatlice dökülerek kurumaya b rak r.
7. Eppendorf tüpüne TE ilave edilir.
8. Tüp 37
su banyosunda 1 gece bekletilir.
38
Belli miktarlarda suland lan DNA’ lar n mililitredeki miktarlar
Nanodrop
kullan larak tayin edilmi tir. zolasyondan istenilen sonuç elde edilmedi i takdirde
di er yöntemler denenmi tir.
3.2.2. Polimeraz zincir reaksiyon yöntemi (PCR)
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) bir in vitro ve in vivo DNA amplifikasyon
metodudur, reaksiyonlar farkl s cakl klardaki üç olay n sikluslar halinde tekrar na
dayanmaktad r. PCR ile DNA fragmentleri ço alt labilir ve çok küçük örneklerden
analizler için yeterli miktarlar elde edilebilir [113].
PCR analizindeki 3 ana basamaklar unlard r:
1. Denatürasyon: lk ad mda ço alt lacak DNA denatüre edilir. Çift zincirli
DNA, tek zincirli hale gelene kadar
r (90-95
de yakla k 5 dakika
süreyle) [114].
2.
le me (Annealing): S cakl k 50 ila 70
aras nda bir de ere dü ürülür ve
primerlerin tek zincirli hale getirilmi DNA’ ya ba lanmas sa lan r. Bu
primerler yapay oligonükleotitlerdir (15-30 nükleotit uzunlu unda) ve
ço alt lacak DNA k sm
n uçlar ndaki tamamlay
dizilere özgül olarak
ba lan r. Bu primerler, kal p DNA’ n n sentezi için, ba lang ç noktas olarak
görev yaparlar [114].
3. Uzama (Extensiyon): DNA polimeraz’ n
ya dayan kl bir ekli (s cak su
kaynaklar nda ya ayan bir bakteriden elde edilen enzim, Taq polimeraz)
reaksiyon kar
na ilave edilir ve DNA sentezi 70 ila 75
aras ndaki
cakl klarda gerçekle ir. Polimeraz enzimi, nükleotitleri 5’ den 3’ ne do ru
ekleyerek primerlerin uzamas
kopyas
sa lar ve hedef DNA’ n n iki zincirli
olu turur [114].
Bu üç basama n bitiminde bir döngü tamamlan r, yeni zincirler bir sonraki döngüde
kal p görevi görürler. Yirmibe -otuz döngü sonunda DNA miktar nda yakla k 1 000
000 kez artma olur. Bu yöntem ile klonlama, dizi analizi, klinik tan ve genetik
39
taramalar gibi di er i lemlerde kullan lmak üzere bol miktarda hedef DNA
fragmentleri elde edilir [114].
Daha önce genomik DNA protokollere uygun bir ekilde, periferik kandan izole
edilmi tir. Primerler Msx1 geninin ekzon 2 kodlama bölgesini kapsayan fragmentleri
ço altmak için kullan lm
r (ekzon 2 için primer 2F ve 2R; Çizelge 3.1) [97].
Polimeraz zincir reaksiyonunda izole edilmi olan 20µl yo unluk içeren 50 ng
genomik DNA, 1 x PCR tamponu, 1,9-2,0 mM MgCl2 (Magnezyum Klorür), 0,2 mM
dNTP(Deoksiribonükleotittrifosfat), 0,2 µM primerlerden biri, 0,5 U Taq polimeraz,
u parametrelerle: 94 C’ de 40s, 58 C’ de 40s ve 72 C’ de 40s, 35 döngü için
kullan lm
r [97].
Çizelge 3.1 Msx1 geni amplifikasyonunda kullan lan primerler [97]
sim
PCR 5´-3´ için primer dizisi
Ürün boyutu
(bp)
P278S
2F
GGCTGATCATGCTCCAATGC
2R
CACCAGGGCTGGAGGAAT
556
3.2.3. Restriksiyon endonükleazlarla kesim
nsan genomunda tek baz de
iklikleri çok s kt r. Baz lar na göre bu s kl k her 100
baz çiftinde bir olarak ortaya ç kmaktad r. Bu nükleotit de
ikliklerinin büyük
ço unlu u zarars zd r. DNA Polimorfizmi, DNA üzerinde hastal a neden olmayan,
suskun nükleotit de
imleri olarak tan mlan r. E er bu polimorfizmler, bir
restriksiyon enzimi kesme bölgesinin yok olmas na ya da yeniden olu mas na neden
olurlarsa; kolayl kla saptanabilirler. DNA, bu enzimlerle kesildi inde farkl
uzunlukta parçalar olu ur ve analizlerde de
ik pozisyonlarda görülürler. Bunlara
“Restriction fragment length polimorphism” (RFLP)/ “Restriksiyon enzimi uzunluk
polimorfizmleri” denilmektedir [113].
40
Çal mam zda PCR’ da gerekli ço altmalar yap ld ktan sonra, Msx1 genindeki
nükleotitlerin de
imini tan yan MwoI restriksiyon endonükleaz kullan larak bu
gendeki nokta de
imleri tespit edilmi tir.
3.2.4. Agaroz jel elektroforezi
Agaroz, deniz yosunundan üretilen bir polisakkarittir. % 0,5 ve 2 (m/v) aras ndaki
konsantrasyonlarda sulu çözeltilerde çözüldü ünde kat bir jel olu turur. Elektri i
iletecek olan tampon çözelti varl
nda agaroz jele elektriksel alan uyguland
nda,
DNA fragmentleri ekil ve ebatlar na göre belirli bir h zda pozitif elektroda (DNA
son derece negatif yüklüdür) do ru jelin içinde hareket eder. Küçük do rusal
fragmentler, agaroz liflerin olu turdu u a n engeline tak larak yava ilerleyen büyük
fragmentlerden daha h zl hareket eder. Dolay yla elektroforezin bu i levi, DNA
fragment kar mlar
ebatlar na göre ay rmak için kullan r. DNA örnekleri jel
yüzeyindeki kuyucuklara yerle tirilir, güç kayna
aç r ve ayr yol veya hatlarda
DNA örneklerinin jel içinde göç etmesine izin verilir. Eklenen boyada göç eder ve
elektroforez i lemlerini takip etmek için kullan r. DNA, jeldeki etidyum bromürü
kapmas yla
veya
elektroforezden
bat lmas yla boyan r. UV
sonra
jelin etidyum
bromür
çözeltisine
kla ayd nlat nca DNA renkli bir bant olarak görülür
[87].
Çal mam zda Msx1 geninde MwoI restriksiyon endonükleaz enzimi ile muamele
edilmi PCR ürünleri %2’ lik agaroz jelde, elektroforezde (page; Poliakrilamid jel
elektroforezi) yürütülerek DNA parçalar
tamponu kullan lm
r. DNA’ n n UV
n birbirinden ayr
sa lanm
r. TBE5X
k alt nda görüntülenebilmesi için EtBr ilave
edilmi tir. Jel UV Transilluminatörde görüntülenerek, sonras nda foto raf
çekilmi tir. PCR ürünleri kesim noktalar na göre de erlendirilmi tir.
3.2.5. statistiksel analiz
statiksel analiz için; Pearson Ki-Kare testi, Hardy-Weinberg Equilibrium ve Odds
ratio testleri uygulanm
r. Dudak damak yar kl bireylerde P278S de
iminin allel
41
frekanslar için Pearson Ki-Kare testi kullan lm
kontrol ve hasta gruplar nda gen de
farkl k olup olmad
r. Pearson Ki-Kare testi ile,
imleri incelenerek, aralar nda anlaml bir
na bak larak, gen de
de erlendirilmi tir. P278S de
Equilibrium testi kullan lm
iminin hastal k üzerine etkisi
iminin genotip frekanslar için Hardy-Weinberg
r. Hardy-Weinberg Equilibrium testi ile, beklenen ve
gözlenen de erler aras ndaki fark n anlaml olup olmad
elimizdeki Türk hasta popülasyonunun genotip yap
uyumlu olup olmad
saptanm
n, Hardy-weinberg kural ile
olacakt r. Hastal a yakalanma risk oran
belirlenmesinde ise odds ratio testi kullan lm
olarak belirlenmi tir.
de erlendirilecek, böylece
n
r. Anlaml k seviyeleri P<0,05
42
4. SONUÇ
Msx1 geninin P278S bölgesinin, sendromsuz dudak ve/veya damak yar kl
hastal
ile ili kili olup olmad
belirlemek için, Türk hasta ve kontrollerden
al nan örneklerle, kromozom 4 üzerinde yer alan Msx1 geninin P278S bölgesindeki
polimorfizmlerinin belirlenmesi amac yla yap lan bu yüksek lisans tez çal mas ile,
70 hasta birey (21 kad n 49 erkek) ve 81 kontrol grubundan al nan örnekler
incelenmi tir. ncelemeler Msx1 geninin ekzon 2 bölgesindeki P278S bölgesinde
gerçekle tirilmi tir. Sendromsuz dudak ve/veya damak yar kl Türk hastalarla
yap lan polimorfizm çal mas nda, çal mada kullan lan 70 hastan n DNA
örne inden sadece 3 hastada gen de
imi belirlenmi tir. Bunlar n 3’ ü de heterozigot
olarak belirlenmi tir. 81 bireyin bulundu u kontrol grubunda ise, heterozigot ve
homozigot olguya rastlanmam
r (Çizelge 4.1).
Çizelge 4.1. Hasta ve kontrol gruplar nda heterozigot ve homozigot olgular n
da
Birey
PCR
RFLP Normal
Heterozigot Homozigot
Toplam
Hasta
+
+
67
3
0
70
Kontrol
+
+
81
0
0
81
Toplam
+
+
148
3
0
151
4.1. Msx1 Geninin Amplifikasyon Sonuçlar
DNA izolasyonunun belirtilen fenol kloroform metoduyla gerçekle tirilmesi
sonras nda, hasta ve kontrol gruplar ndan Msx1 geni üzerinde 556 baz çiftlik bölge,
PCR yöntemiyle amplifiye edildi, haz rlanan %2’ lik agaroz jel elektroforez yöntemi
ile kontrol edildi (Resim 4.1).
43
Resim 4.1. DNA izolasyonu sonras PCR’la ço alt lan gen ürünlerinin jel görüntüsü
4.2. Msx1 Geninin RFLP Sonuçlar
PCR ile amplifikasyonu yap lm
ürünlerin gendeki de
imini tan yan spesifik
restriksiyon endonükleaz enzimi ile kesimi sonras jel haz rlanarak analizler yap ld .
MwoI restiriksiyon endonükleaz ile kesim yap lan PCR ürünleri kesim noktalar na
göre de erlendirildi. Buna göre; 70 hastadan 3 heterozigot, 67 normal birey tespit
edildi, mutant birey ise tespit edilmedi.
RFLP metodu için, P278S bölgesinin Msx1 geni içerisindeki lokalitesi, MwoI
enziminin, kesim için tan ma bölgesi olan “gcnnnnn/nngc” ve kesim yeri tespit
edilmi tir ( ekil 4.1) (Çizelge 4.2). Msx1 geninin amplifiye edilen 556 baz çiftlik
bölgesinin MwoI restriksiyon endonükleaz enzimi için, kesim bölgesi içeren
homozigot bireylerde 120 bazçiftlik ekstra bant olmas beklenirken, çal mam zda
homozigot birey tespit edilmedi. Heterozigot bireylerde ise 120 ve 108 bazçiftlik 2
bant gözlenmi tir (Çizelge 4.3).
44
MwoI enziminin tanma dizisi : gcnnnnn/nngc (enzim kesim yeri)
108
556 bp
448
448
436
120
8/61/90/121/148/165/197/219/301/328/
380/395
Tan mlanan bölge
ekil 4.1. MwoI enziminin tan
dizi ve kesim yeri
Çizelge 4.2. P278S gen bölgesinin Msx1 geni içerisindeki lokalitesi
2812
2881
2941
3001
3061
3121
3181
3241
3301
3361
ttcatttgca
aaatatattt
tctggtatttg
cttaacccct
ccctccgcaa
tggcgctgga
tctccagctc
ccaaggcaaa
tgctgccacc
ccgcggcggg
aaaagtagac
caagtgcctt
tttggctatt
tgcttttttt
acacaagacg
gcgcaagttc
gctcagcctc
gagactacaa
ggctgccttc
tgcctcgctc
aggaacttct
gcgcgatgcc
attactactt
ttctttcggc
aaccgtaagc
cgccagaagc
actgagacgc
gaggcagagc
ggcctctcct
tac(g)gtgcct
cccctgcggg
cggcaccgag
cttg(ggctga
cctcagggcg
cgcggacgcc
agtacctgtc
aggtgaagat
tggagaagct
tccctctcgg
ctggcccctt
gttgcaatgg
gcacttggcg
tcatgctcca
gctgagcccc
cttcaccacc
catcgccgag
atggttccag
gaagatggcc
cggccccgca
ccagcgcgcc
gaattggaga
gcactcaata
atgc)ttctct
ccagcctgca
gcgcagcttgc
cgcgcggagt
aaccgccgcg
gccaagccca
gctgtagcgg
gcgctg(c)ctg
C>T
(P278S)
Çizelge 4.3. Restriksiyon endonükleazla kesim sonras nda beklenen tablo
CC
CT
TT
120
108
8-395
(Tan mlanan
Bölge)
-
-
-
-
-
-
-
RFLP metodu için gerekli ko ullar sa land ktan sonra, MwoI restriksiyon enzimi ile
kesim gerçekle tirilmi ve jelde görüntülenmi tir (Resim 4.2).
45
Resim 4.2. Msx1 geni restriksiyon endonükleaz ile kesimi sonras olu an
ürünlerin agaroz jel görüntüsü
4.3. Msx1 Geninden Elde Edilen Genotip Sonuçlar ve Ki-Kare Testi
Msx1 geninde PCR ürünlerinin MwoI restriksiyon endonükleaz enzimi ile kesilerek
agaroz jelde yürütüldükten sonra restiriksiyon endonükleaz enziminin gen de
imini
tan ma ve kesilimini gerçekle tirme durumuna göre; hasta ve kontrol bireylerin bu
de
imi ta ma durumlar say larak veriler elde edildi. Elde edilen bu veriler
istatistiki olarak de erlendirildi.
Sendromsuz dudak ve/veya damak yar kl Türk hastalarla yap lan polimorfizm
çal mas nda, çal mada kullan lan 70 hastan n DNA örne ine bak ld
gen de
imi belirlendi (tek nükleotit de
grubunda ise heterozigot olguya rastlanmam
nda 3 hastada
imi). 81 bireyin bulundu u kontrol
r (Çizelge 4.4).
Çizelge 4.4. Msx1 geni kontrol ve hasta gruplar nda gözlenen normal ve heterozigot
olgular n yüzde oran n istatistiksel tablosu
46
Allel frekanslar
belirlemek için yap lan Pearson Ki-Kare istatistiksel analizine
göre P=0,060 bulunmu tur (Çizelge 4.5). P de eri 0,05’ ten büyük ç kt
gen bölgesinin P278S de
için MSX1
iminin dudak damak olu umunda belirleyici oldu unu
söyleyemeyiz. Ancak P de eri 0,05’ ten çok büyük bir de er olmad
geninde önemli bir gen de
imi olabilece i dikkatten kaçmamal
ndan MSX1
r. Kontrol ve
hasta gruplar ndaki allel frekans de erleri Çizelge 4.6’ da gösterilmi tir.
Çizelge 4.5. Pearson Ki-Kare testi
Çizelge 4.6. Msx1 geni için kontrol ve hasta gruplar ndaki P278S de imi ve
allel frekans de erleri
Kontrol (n=81)
Hasta (n=70)
P de eri
P278S de imi
3
0,060
Allel frekans
162 (%100)
C
137 (%97,9)
3 (%2,1)
T
4.4. Hardy-Weinberg Equilibrium Testi ve Genotip Frekanslar n Hesaplanmas
statiksel analizlerden bir di eri olan Hardy Weinberg Equilibrium testi (HWE),
hasta ve kontrol gruplar na ayr ayr uygulanm
r. Hasta grubunda, Hardy Weinberg
Equilibrium testinde P de eri P>0,05 oldu u için Hardy Weinberg dengesinden
sapma olmad
saptanm
bölgesindeki gen de
r. Hardy Weinberg dengesine göre, Msx1 geni P278S
imleri, sendromsuz dudak ve/veya damak yar
hastal
için
bir etki te kil etmemektedir. Hardy Weinberg Equilibrium testi kontrol grubuna
47
uyguland
nda, grup içerisinde hiç heterozigot ve homozigot bulunmad
(heterozigot=0, homozigot=0) hesaplanamam
dengesinden sapma olup olmad
için
r. Bu nedenle Hardy Weinberg
hakk nda bir de erlendirme yap lamam
r
(Çizelge 4.7). Kontrol ve hasta gruplar ndaki genotip frekans de erleri Çizelge 4.8’
de gösterilmi tir.
Çizelge 4.7. Hardy-Weinberg Equilibrium için olas k oran testi
Hasta
P=0,834227
P>0,05
oldugu
için
Hardy-Weinberg’den
sapma yoktur.
Kontrol
Hardy-Weinberg hesaplanamad
Çizelge 4.8. Msx1 geni için kontrol ve hasta gruplar ndaki P278S de
genotip frekans de erleri
Kontrol (n=81)
Hasta (n=70)
P278S de imi
3
imi ve
P de eri
0,834227
Genotip frekans
67 (%95,7)
81(%100)
CC
3 (%4,3)
CT
4.5. Odds Ratio Testi
statiksel
de erlendirmede
son
olarak
hastal a
belirlenmesinde odds ratio testi sonuçlar dikkate al nm
yakalanma
risk
oran
n
r. Odds ratio testi beklenen
ve gözlenenin birbirine oran eklinde hesaplanan bir testtir. Bu nedenle, yapt
z
çal ma de erlendirildi inde, kontrol grubunda hiç heterozigot ve homozigot bireyin
olmamas , odds ratio testi hesaplamalar nda paydan n s r olmas na neden olmu tur
ve bu durum bir belirsizlik ifadesi ortaya ç kard
hesaplanamam
için, odds ratio testi
r. Bu nedenle odds ratio testine göre anlaml ya da anlams z bir
sonuç elde edilememi tir.
48
Bu çal madaki kontrol ve hasta gruplar nda yap lan istatistiki analizlerde elde edilen
genotip ve allel frekans de erleri tek bir çizelgede gösterilmi tir (Çizelge 4.9).
Çizelge 4.9. Kontrol ve hasta gruplar ndaki MSX1 P278S’in genotip ve allel
frekans de erleri
Hasta (n=70)
Kontrol (n=81)
Genotip
81 (%100)
67 (%95,7)
CC
CT
3 (%4,3)
0
TT
0
0
df
1
2
0,022220
P de eri
0,834227
Allel
C
137 (%97,9)
162 (%100)
T
3 (%2,1)
0
df
1
P de eri
0,060
Sonuç olarak; damak dudak yar klar nda etkili olan önemli genlerden biri Msx1
genidir. Bu genin etkisi yap lan birçok çal mada kan tlanm
r. Bu yüksek lisans tez
çal mas nda Msx1 geni P278S bölgesinde meydana gelen gen de
analizlerinin ve istatistiksel hesaplamalar
imleri
n gerçekle tirilmesiyle bu gen bölgesinin
sendromsuz dudak damak yar kl Türk hastalarda genetik risk faktörü olup olmad
belirlenmi tir. Yap lan istatiksel analizlere göre Türk popülasyonundaki gerek allel
gerekse genotip frekanslar
bölgesinin P278S de
etkisinin olmad
n P de eri 0,05’ ten büyük ç kt
iminin damak dudak yar
hastal
n olu umundaki
sonucunu ortaya koymaktad r. Ancak Pearson Ki-Kare testine
göre bulunan P de eri 0,05’ ten çok büyük bir de er olmad
önemli bir gen de
için Msx1 gen
imi olabilece i dikkatten kaçmamal
ndan Msx1 geninde
r. Bu konuda daha detayl
ara rmalara ihtiyaç vard r. Türkiye’ de damak dudak yar klar konusunda baz
çal malar yap lm
olsa da, temelleri moleküler analize dayal çal malar oldukça
49
tl
r, bu yüzden moleküler analiz temeline dayal , büyük aile ve popülasyon
çal malar na ihtiyaç vard r.
50
5. TARTI MA
zdaki yar klar, özellikle dudak ve/veya damak yar klar , çok önemli bir halk
sa
k problemidir, dünya çap nda her 500-1000 do umda 1’ ini etkilemektedir [6].
Bu rakamlar; etnik köken, co rafik köken, ya am tarz ve sosyoekonomik duruma
ba
r [7]. Damak dudak yar
n genetik ve çevresel faktörlerin etkile imiyle
olu tu u veya her iki faktörün de damak dudak yar
olu umunda birlikte etkisinin
oldu u dü ünülmektedir [13]. Baz hastalarda genetik faktörler ön plana ç km gibi
gözükürken baz hastalarda çevresel faktörlerin, baz hastalarda ise hem genetik hem
de çevresel faktörlerin birlikte damak dudak yar
olu umuna neden oldu unu
bildiren çal malar mevcuttur [14,15].
Damak dudak yar klar
n de
ik rklarda insidanslar farkl
kullan lan farkl yöntemlerden dolay kesin s kl
r [13]. Ara rmada
belirlemek mümkün de ildir. Bir
oran vermek gerekirse Türkiye’deki s kl k 1:1000, Amerika Birle ik Devletleri’ndeki
kl k ise 1:600-1000’dir [20]. Kore’de yar k dudak ve damak görülme s kl
1,81/1000 olarak bildirilmi tir ayr ca bu Kore Cumhuriyeti'nde canl do umda yar k
dudak ve dama n görülme s kl
hakk nda ayr nt
bilgi sa lamak için ülke çap nda
ilk çal mad r [21]. Türkiye'de çok az say da istatistiksel çal ma bulunmaktad r, bu
çal malardan birinde yar k dudak/damak görülme insidans binde 0,95, izole yar k
damak görülme insidans binde 0,77 olarak bildirilmi tir [22]. Türkiye’ de yap lan
birba ka çal mada, yar k dudak ve damak nedeni ile tedavi edilmi ve kay tlar tam
olan 1229 hasta tespit edilmi tir. Bu 1229 hastan n %64,4’ ünde (793) dudak ve/veya
damak yar
yar
n, %19,4’ünde izole dudak yar
, %35,6’s nda (436) izole damak
n oldu u görülmü tür [24].
Msx1 geni, nonsendromik CL/CLP/CP ile ilgili olarak analiz edilen en önemli aday
genlerden biridir [67,68,69,70,71]. Msx1, di ve kraniyofasiyal iskelet geli imi için
önemli bir faktördür ve terminal hücre farkl la mas nda önemli bir rol oynad
dü ünülmektedir [70,72]. Dudak damak yar
ve Msx1 geni ile ilgili farkl
popülasyonlarda yap lan çal malar genin hastal k üzerindeki etkisini ortaya
koymaktad r. Msx1 genindeki varyasyonlar n belirlenmesi için yap lan; dizi analizi,
51
çok say da popülasyon üzerinde çal lan SNP analizleri ve ba lant analizleri gibi
birçok çal ma mevcuttur [68,69,96,97,100]. Vietnam ve Tayland popülasyonlar nda
yap lan çal malarda, Msx1 geninin sendromsuz dudak damak yar
katk
olu umuna
%2 oran nda belirlenmi tir [96,97].
Vieira ve arkada lar
n Güney Amerika popülasyonunda (CLP ve CPO için
P=0,037, CL/P için P=0,004), Otero ve arkada lar
n Kolombiya popülasyonunda
(P<0,0106) yapm olduklar çal malarda, Msx1 CA polimorfizminin dudak damak
yar
olu mas aç ndan olumlu bir etkisinin oldu u ileri sürülürken [95,100];
Jugessur
arkada lar
ve
arkada lar
n
Norveç
popülasyonunda
(P=0,72),
Lidral
ve
n Filipin popülasyonunda (CL/P için P=0,26, CPO için P=0,91) yapm
olduklar çal malarda Msx1 CA polimorfizminin dudak damak yar
aç ndan olumlu bir etkisinin olmad
Huang ve arkada lar
ileri sürülmü tür [69,94].
n Bat Çin’deki Han Çinlileri popülasyonunda (CP için
P=0,021, CLP için P=0,010), Suzuki ve arkada lar
Vieira ve arkada lar
olu mas
n Vietnam popülasyonunda,
n Filipin popülasyonunda yapm
Msx1 genindeki P147Q (440C>A) genetik de
çal malarda P147Q genetik de
imin,
olduklar çal malarda,
iminin varl
dudak damak yar
saptanm
r ve bu
olu mas aç ndan
olumlu bir etkisinin oldu u ileri sürülürken [62,96,98]; Tongkobpetch ve arkada lar
taraf ndan Tayland popülasyonununda yap lan çal mada P147Q genetik de
dudak damak yar
olu mas
iminin
aç ndan olumlu bir etkisinin olmad
ileri
sürülmü tür (allelik P=0,285, genotipik P=0,277) [97].
Butali ve arkada lar
n Nijerya popülasyonunda (P=0,00002) yapm
çal mada Msx1 genindeki A34G (101C>G) genetik de
olduklar
iminin dudak damak yar
olu mas aç ndan olumlu bir etkisinin oldu u ileri sürülürken [103], Salahshourifar
ve arkada lar
n Malay popülasyonunda (P=0,813) yapm
A34G (101C>G) genetik de
bir etkisinin olmad
iminin dudak damak yar
ileri sürülmü tür [102].
olduklar çal mada
olu mas aç ndan olumlu
52
Tongkobpetch ve arkada lar taraf ndan Tayland popülasyonununda, Salahshourifar
ve arkada lar
n Malay popülasyonunda (P=0,001), Jezewski ve arkada lar
n
Asya popülasyonunda (CL/P + CPO için P=0,0368, CPO için P=0,0072) yapm
olduklar çal malarda Msx1 genindeki G110G (330C>T) genetik de
damak yar
iminin dudak
olu mas aç ndan olumlu bir etkisinin oldu u ileri sürülmü tür
[68,97,102].
Rafighdoost ve arkada lar taraf ndan Güneydo u ran popülasyonunda yapm
olduklar çal mada Msx1 tek nükleotit polimorfizmi olan rs12532 (rs12532 AG
genotipi için P=0,001, rs12532 GG genotipi için P=0,004) genetik de
dudak/damak yar
iminin
olu mas aç ndan olumlu bir etkisinin oldu u ileri sürülürken
[99], Huang ve arkada lar
n Bat Çin’deki Han Çinlileri popülasyonunda yapm
olduklar çal mada rs12532 (allelik CL için P=0,708, CP için P=0,602, CLP için
P=0,623; genotipik CL için P=0,807, CP için P=0,614, CLP için P=0,877) genetik
de
iminin dudak damak yar
olu mas aç ndan olumlu bir etkisinin olmad
ileri sürülmü tür [98].
Huang ve arkada lar
n Bat Çin’deki Han Çinlileri popülasyonunda yapm
olduklar çal mada Msx1 geninde tek nükleotit polimorfizmi olan rs3821949 (allelik
CL için P=0,476, CP için P=0,894; genotipik CL için P=0,574, CP için P=0,956,
CLP için P=0,113) genetik de
imi ve nonsendromik oral yar klar n olu umu
aras nda anlaml bir ili ki olmad
ileri sürülmü tür [98].
Rafighdoost ve arkada lar taraf ndan Güneydo u ran popülasyonunda yap lan
çal mada, MSX1 tek nükleotit polimorfizmi olan rs3775261 genetik de
nonsendromik dudak/damak yar k hastal
olmad
iminin
n olu mas aç ndan bir risk faktörü
ileri sürülmü tür [99].
Tongkobpetch ve arkada lar taraf ndan Tayland popülasyonunda, Singh ve Ramu
taraf ndan Güney Hindistan popülasyonunda yap lan çal malarda Msx1 geni G267C
(799 G> T) genetik de
iminin dudak damak yar
etkisinin oldu u ileri sürülmü tür [97,101].
olu mas aç ndan olumlu bir
53
Tongkobpetch
ve
arkada lar
taraf ndan
Tayland
popülasyonunda
yap lan
çal madaki mutasyon analizleri sonuçlar na göre; Msx1 geninin ekzon 2 k sm ndaki
missense tipi mutasyon ile 832C > T nükleotit de
aminoasit
de
ikli inin
izole
dudak
damak
imi sonucu beklenen P278S
yar
na
sebep
olabilece i
dü ünülmektedir [97].
Yap lan bu tez çal mas nda; Türk popülasyonundaki gerek allel gerekse genotip
frekanslar
n P de eri 0,05’ ten büyük ç kt
için, Tongkobpetch ve arkada lar [97]
taraf ndan bahsedilen Msx1 gen bölgesindeki P278S genetik de
damak yar
iminin, dudak
olu umunda belirleyici oldu unu söyleyemeyiz. Ancak bu tez
çal mas ndaki Pearson Ki-Kare testine göre bulunan P de eri 0,05’ ten çok büyük
bir de er ç kmad
de
ndan Msx1 genindeki P278S genetik de
imi olabilece i dikkatten kaçmamal
iminin önemli bir gen
r. Çal mam zda elde etti imiz bu
verilerle, Türk popülasyonunda Msx1 geninde meydana gelen bu de
sendromsuz dudak damak yar klar
imin
n olu umundaki etkisinin olup olmad
saptam olsak da Msx1 genindeki bu de
imin Türk popülasyonu için öneminin net
bir ekilde anla labilmesi için daha fazla moleküler temelli mutasyon çal malar yla
ve daha geni popülasyon gruplar olu turularak yap lacak çal malarla Msx1 geni
P278S genetik de
ayd nlat lmal
genetik de
iminin dudak damak yar
na etkisinin olup olmad
r. Bu çal madan elde edilen sonuçlar n, Msx1 genindeki P278S
iminin nonsendromik dudak/damak yar
na etkisi ile ilgili olarak, Türk
toplumu için önemli bir veri olu turdu una inanmaktay z. Türkiye’ de Msx1 P278S
de
imiyle ilgili herhangi bir çal ma bulunmamas yapm
önemini artt rmaktad r. Dolay yla bu tez çal mas
oldu umuz bu tezin
n, Türk popülasyonunda Msx1
geni üzerinde yap lacak olan bundan sonraki genetik ara rmalara
kanaatindeyiz.
k tutaca
54
KAYNAKLAR
1.
Ho nuter, M., Aktunç, E., Karg , E., Ünalacak, M., Babucçu, O., Demircan,
N., I kdemir, A., “Yar k damak dudak aile rehberi’’, Süleyman Demirel
Üniversitesi T p Fakültesi Dergisi, 9( 1 ):9 - 1 3 (2002).
2.
Coleman, J. R., Sykes, J. M. “The embryology, classification,
epidemiology, and genetics of facial clefting” Facial Plastic Surgery
Clinics of North America, 9(1):1-13 (2001).
3.
Anastassov, G. E., Joos, U., “Comprehensive management of cleft lip and
palate deformities”, Journal of Oral and Maxillofacial Surgery,
59(9):1062-1075; discussion 1075-77 (2001).
4.
Rajesh, P., Rajesh, R., Narayanan, V., Baig, M. F., Prabhu, V. R.,
Venkatesan, A., ”A Clinical profile to assess the potential risk factors for
cleft lip and palate”, Journal of the Indian Society of Pedodontics and
Preventive Dentistry, 18(4):147-150 (2000).
5.
Ulucan, K., “Yar k damak-dudak vakalar nda fenotip genotip ili kisinin
incelenmesi’’, Doktora Tezi, Marmara Üniversitesi Sa k Bilimleri
Enstitüsü, stanbul, 1-72 (2009).
6.
Murray, J. C., “Face facts: Genes, environment, and clefts”, American
Journal of Human Genetics, 57:227–232 (1995).
7.
Van den Boogaard, M. J. H., De Costa, D., Krepels, I. P. C., Liu, F., Van
Duijn, C., Sinke, R. J., Lindhout, D., Steegers-Theunissen, R. P. M., “The
MSX1 allele 4 homozygous child exposed to smoking at periconception is
most sensitive in developing nonsyndromic orofacial clefts”, Human
Genetics, 124: 525-534 (2008).
8.
Marazita, M. L., Field, L. L., Cooper, M. E., Tobias, R., Maher, B. S.,
Peanch tlertajorn, S., Liu, Y., “Nonsyndromic cleft lip with or without cleft
palate in China: Assessment of candidate regions”, The Cleft Palate–
Craniofacial Journal, 39(2): 149-156 (2002).
9.
Mossey, P. A., Little, J., Munger, R. G., Dixon, M.J., Shaw, W. C., “Cleft
lip and palate’’, Lancet, 374(9703): 1773–1785 (2009).
10. Ngai, C. W., Martin, W. L., Tonks, A., Wyldes, M. P., Kilby, M. D.,” Are
isolated facial cleft lip and palate associated with increased perinatal
mortality? A cohort study from the West Midlands Region 1995–1997”,
The Journal of Maternal-Fetal & Neonatal Medicine, 17(3): 203–206
(2005).
55
11. Christensen, K., Juel, K., Herskind, A. M., Murray, J. C.,” Long term
follow up study of survival associated with cleft lip and palate at birth”,
BMJ, 328(7453): 1405 (2004).
12. Nopoulos, P., Langbehn, D. R., Canady, J., Magnotta, V., Richman, L.,
“Abnormal brain structure in children with isolated clefts of the lip or
palate”, Archives of Pediatrics & Adolescent Medicine, 161(8):753–758
(2007).
13. Murray, J. C.,” Gene/environment causes of cleft lip and/or palate’’,
Clinical Genetics, 61(4): 248–256 (2002).
14. Carinci, F., Scapoli, L., Palmieri, A., Zollino, I., Pezzetti, F., “Human
genetic factors in nonsyndromic cleft lip and palate: An update”,
International Journal of Pediatric Otorhinolaryngology, 71(10):15091519( 2007).
15. Stanier, P., Moore, G. E., “Genetics of cleft lip and palate: syndromic genes
contribute to the incidence of nonsyndromic clefts”, Human Molecular
Genetics, 13(1):R73–R81 (2004).
16. Vieira, A. R., “Unraveling human cleft lip and palate research’’, Journal of
Dental Research, 87(2):119-125 (2008).
17. Moore, K. L., Persaut, T. V. N, “ nsan Embriyolojisi 6. Bask ”, Y ld m
M., Okar ., Dalç k H., Nobel Kitabevleri (2002).
18. Moore, K. L., “The developing human 3rd edition”, WB Saunders,
Philadelphia, 197-213(1988).
19. Sözen, M. A., Tolarova, M. M., Spritz, R. A., “BCL3 geni ve nonsendromik dudak/damak hastal : Bir ili kilendirme çal mas ”,
p
Ara rmalar Dergisi, 5: 9-12 (2007).
20. Borçbakan, C., “An analysis of 1000 cases of cleft lip and palate in
Turkey”, The Cleft Palate Journal, 6: 210-212( 1969).
21. Kim, S., Kim, W. J., Oh, C., Kim, J., “Cleft lip and palate incidence among
the live births in the republic of Korea’’, Journal of Korean Medical
Science, 17(1): 49-52 (2002).
22. Tunçbilek, E. (ed)., “Türkiye’de konjenital malformasyon s kl , da
,
risk faktörleri ve yenido anlar n antropometrik de erlendirilmesi”, Ankara
TÜB TAK Matbaas , 94 (1996).
56
23. Hagberg, C., Larson, O., Milerad, J., “Incidence of cleft lip and palate and
risks of additional malformations”, The Cleft Palate–Craniofacial Journal,
35(1):40-45(1998).
24. Tunçbilek, G., Özgür, F., Balc , S., “1229 Yar k dudak ve damak hastas nda
görülen ek malfarmasyon ve sendromlar’’, Çocuk Sa
ve Hastal klar
Dergisi, 47(3):172-176( 2004).
25. Kerrigan, J. J., Mansell, J. P., Sengupta, A., Brown, N., Sandy, J. R.,
“Palatogenesis and potential mechanisms for clefting”, Journal of the
Royal College of Surgeons of Edinburgh, 45(6):351-358 (2000).
26. Belloni, E., Muenke, M., Roessler, E., Traverso, G., Siegel-Bartelt, J.,
Frumkin, A., Mitchell, H. F., Donis-Keller, H., Helms, C., Hing, A. V.,
Heng, H. H., Koop, B., Martindale, D., Rommens, J. M., Tsui, L. C.,
Scherer, S. W., “Identification of Sonic hedgehog as a candidate gene
responsible for holoprosencephaly”, Nature Genetics, 14(3):353-356
(1996).
27. Chiang, C., Litingtung, Y., Lee, E., Young, K. E., Corden, J. L., Westphal,
H., Beachy, P. A.,”Cyclopia and defective axial patterning in mice lacking
Sonic hedgehog gene function”, Nature, 383 (6599):407-413 (1996).
28. Cooper, G. M., Hausman, R. E., “Hücre:Moleküler Yakla m 3.bask ” ,
Sak zl , M., Atabey, N., zmir Kitabevi, zmir, 578 (2006).
29. Choy, S. W., Cheng, S. H., “Hedgehog Signaling”, Vitamins & Hormones,
88:1-23 ( 2012).
30. Han, J., Mayo, J., Xu, X., Li, J., Bringas, P. Jr., Maas, R. L., Rubenstein, J.
L., Chai,Y., “Indirect modulation of Shh signaling by Dlx5 affects the oralnasal patterning of palate and rescues cleftpalate in Msx1-null mice”,
Development, 136 (24):4225-4233 (2009).
31. Cobourne, M. T., Xavier, G. M., Depew, M., Hagan, L., Sealby, J.,
Webster, Z., Sharpe, P. T., “ Sonic hedgehog signalling inhibits
palatogenesis and arrests tooth development in a mouse model of the
nevoid basal cell carcinoma syndrome”, Developmental Biology,
331(1):38-49 (2009).
32. Wong, F. K., Hagg, U., “ An update on the aetiology of orofacial clefts’’
Hong Kong Medical Journal, 10(5): 331-336( 2004).
33. Fogh-Andersen, P. , “Genetic and non-genetic factors in the etiology of
facial clefts”, Scandinavian Journal of Plastic and Reconstructive
Surgery, 1: 22-29 (1967).
57
34. Rintala, A., Ponka, A., Sarna, S., Stegars, T.,” Cleft lip and palate in
Finland in 1948-75: correlations to infections, seasonal and yearly
variations”, Scandinavian Journal of Plastic and Reconstructive Surgery,,
17(3): 197-201 (1983).
35. Mossey, P. A., Davies, J. A., Little, J., “ Prevention of orofacial clefts: does
pregnancy planning have a role?”, The Cleft Palate-Craniofacial Journal,
44(3): 244–250 (2007).
36. Chen, X. K., Wen, S. W., Fleming, N., Yang, Q., Walker, M. C.,” Teenage
pregnancy and congenital anomalies: which system is vulnerable?”,
Human Reproduction, 22(6): 1730–1735 (2007).
37. Wyszynski, D. F., Wu, T., “Use of U.S. birth certificate data to estimate the
risk of maternal cigarette smoking for oral clefting”, The Cleft PalateCraniofacial Journal, 39(2):188-192 (2002).
38. Wyszynski, D.F., Duffy, D. L., Beaty, T.H., “Maternal cigarette smoking
and oral clefts: A meta-analysis”, The Cleft Palate-Craniofacial Journal,
34(3): 206-210 (1997).
39. Hartsfield, J. K., Hickman, T. A., Everett, E. T., Shaw, G. M., Lammer, E.
J., Finnell, R. A., “Analysis of the EPHX1 113 polymorphism and GSTM1
homozygous null polymorphism and oral clefting associated with maternal
smoking”, American Journal of Medical Genetics, 102(1):21-24 (2001).
40. Shaw, G. M., Wasserman, C. R, Lammer, E. J., O'Malley, C. D., Murray, J.
C., Basart, A. M., Tolarova, M. M., “Orofacial clefts, parental cigarette
smoking, and transforming growth factor-alpha gene variants”, American
Journal of Human Genetics, 58(3):551-561, (1996).
41. Romitti, P. A., Lidral, A. C., Munger, R. G., Daack-H rsch, S., Burns, T. L.,
Murray, J. C., “Candidate genes for nonsyndromic cleft lip and palate and
maternal cigarette smoking and alcohol consumption: evaluation of
genotype-environment nteractions from a population-based case-control
study of orofacial clefts”, Teratology, 59(1):39–50 (1999).
42. Chevrier, C., Perret, C., Bahuau, M., Nelva, A., Herman, C., Francannet,
C., Robert-Gnansia, E., Cordier, S., “Interaction between the ADH1C
polymorphism and maternal alcohol intake in the risk of nonsyndromic oral
clefts: An evaluation of the contribution of child and maternal genotypes”,
Birth Defects Research (Part A): Clinical and Molecular Teratology
,73(2): 114–122 (2005).
43. Bille, C., Olsen, J., Vach, W., Knudsen, V.K., Olsen, S. F., Rasmussen,
K., Murray, J. C., Andersen, A. M., Christensen, K., “ Oral clefts and life
58
style factors: a case cohort study based on prospective Danish data”,
European Journal of Epidemiology, 22(3): 173–181 (2007).
44. Johnson, C. Y., Little, J., “Folate intake, markers of folate status and oral
clefts: is the evidence converging? “, International Journal of
Epidemiology, 37(5): 1041–1058 (2008).
45. Canfield, M. A, Collins, J. S, Botto, L. D., Williams, L. J., Mai, C. T.,
Kirby, R. S., Pearson, K., Devine, O., Mulinare, J., “ Changes in the birth
prevalence of selected birth defects after grain fortification with folic acid
in the United States: findings from a multi-state populationbased study”,
Birth Defects Research (Part A): Clinical and Molecular Teratology,
73(10): 679–689 (2005).
46. Simmons, C. J., Mosley, B. S., Fulton-Bond, C. A., Hobbs, C. A., “Birth
defects in Arkansas: is folic acid fortifi cation making a difference?”, Birth
Defects Research (Part A): Clinical and Molecular Teratology, 70(9):
559–564 (2004).
47. Kelly, D., O'Dowd, T., Reulbach, U., “Use of folic acid supplements and
risk of cleft lip and palate in infants: a population-based cohort study”, The
British Journal of General Practice, 62(600):e466-472 (2012).
48. Li, S., Chao, A., Li, Z., Moore, C. A., Liu, Y., Zhu, J., Erickson, J. D., Hao,
L., Berry, R. J., “Folic acid use and nonsyndromic orofacial clefts in China:
a prospective cohort study”, Epidemiology, 23(3):423-432 (2012).
49. Warkany, J., Petering, H. G., “Congenital malformations of the central
nervous system in rats produced by maternal zinc deficiency” , Teratology
,5(3): 319–334 (1972).
50. Tamura, T., Munger, R. G., Corcoran, C., Bacayao, J. Y., Nepomuceno, B.,
Solon, F., “Plasma zinc concentrations of mothers and the risk of
nonsyndromic oral clefts in their children in the Philippines”, Birth Defects
Research (Part A): Clinical and Molecular Teratology, 73:612–616
(2005).
51. Shaw, G. M., Nelson, V., Iovannisci, D. M., Finnell, R. H., Lammer, E. J.,
“Maternal occupational chemical exposures and biotransformation
genotypes as risk factors for selected congenital anomalies”, American
Journal of Epidemiology, 157(6):475-484 (2003).
52. Gordon, J. E., Shy, C. M., “Agricultural chemical use and congenital cleft
lip and/or palate”, Archives of Environmental Health, 36(5):213-221
(1981).
59
53. Garcia, A. M., “Occupational exposure to pesticides and congenital
malformations: a review of mechanisms, methods, and results”, American
Journal of Industrial Medicine, 33(3):232-240 (1998).
54. Park-Wyllie, L., Mazzotta, P., Pastuszak, A., Moretti, M. E., Beique, L.,
Hunnisett, L., Friesen, M. H., Jasobson, S., Kasapinovic, S., Chang, D.,
Diav-Citrin, O., Chitayat, D., Nulman, I., Einarson, T. R., Koren, G., ”Birth
defects after maternal exposure to corticosteroids: prospective cohort study
and meta-analysis of epidemiological studies”, Teratology, 62(6):385-392
(2000).
55. Champe, P. C., Harvey, R. A., “Biyokimya 2. Bask ”, Tokullugil, A.,
Dirican, M., Ulukaya, E., Nobel T p Kitabevleri, stanbul, 226 (1997).
56. Carmichael, S. L., Shaw, G. M., Ma, C., Werler, M. M., Rasmussen, S.
A., Lammer, E. J., “Maternal corticosteroid use and orofacial clefts”,
American Journal Of Obstetrics and Gynecology, 197(6):585.e1-7;
discussion 683-684, e1-7 (2007).
57. Carmichael, S. L., Shaw, G. M., “Maternal corticosteroid use and risk of
selected congenital anomalies”, American Journal of Medical Genetics,
86(3):242–244 (1999).
58. Hviid, A., Mølgaard-Nielsen, D., “Corticosteroid use during pregnancy and
risk of orofacial clefts”, Canadian Medical Association Journal,
183(7):796-804 (2011).
59. Lidral, C. A., Moreno, L. M., Bullard, S. A., “Genetic factors and orofacial
clefting”, Seminars in Orthodontics, 14(2):103-114 (2008).
60. Prescott, N. J., Lees, M. M., Winter, R. M., Malcolm, S., “Identification of
susceptibility loci for nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate in
a two stage genome scan of aff ected sib-pairs”, Human Genetics, 106(3):
345-350 (2000).
61. Zeiger, J. S., Hetmanski, J. B., Beaty, T. H., VanderKolk, C. A.,
Wyszynski, D. F., Bailey-Wilson, J. E., de Luna, R. O., Perandones, C.,
Tolarova, M. M., Mosby, T., Bennun, R., Segovia, M., Calda, P., Pugh, E.
W., Doheny, K., McIntosh, I., “Evidence for linkage of nonsyndromic cleft
lip with or without cleft palate to a region on chromosome 2”, European
Journal of Human Genetics, 11(11):835-839 (2003).
62. Vieira, A. R., Avila, J. R., Daack-Hirsch, S., Dragan, E., Fe´ lix, M. T.,
Rahimov, F., Harrington, J., Schultz, R. R., Watanabe, Y., Johnson, M.,
Fang, J., O’Brien, S. E., Orioli, M. L., Castilla, E. E., FitzPatrick, D. R.,
Jiang, R., Marazita, L. M., Murray, J. C., “Medical sequencing of candidate
60
genes for nonsyndromic cleft lip and palate”, PLoS Genetics, 1(6): e64
(2005).
63. Mangold, E., Reutter, H., León-Cachón, R. B. R., Ludwig, K. U., Herms,
S., Chacón-Camacho, Ó., Ortiz-López, R., Paredes-Zenteno, M., ArizpeCantú, A., Muñoz-Jiménez, S. G., Nowak, S., Kramer, F. J., Wienker, T. F.,
Nöthen, M. M., Knapp, M., Rojas-Martínez, A., “Evaluating SKI as a
candidate gene for non-syndromic cleft lip with or without cleft palate”,
European Journal of Oral Sciences, 120(5):373-377 (2012).
64. Sahoo, T., Theisen, A., Sanchez-Lara, P. A., Marble, M., Schweitzer, D. N.,
Torchia, B. S., Lamb, A. N., Bejjani, B. A., Shaffer, L. G., Lacassie, Y.,
“Microdeletion 20p12.3 involving BMP2 contributes to syndromic forms of
cleft palate”, American Journal of Medical Genetics Part A, 155(7):16461653 (2011).
65. Ghassibe-Sabbagh, M., Desmyter, L., Langenberg, T., Claes, F., Boute, O.,
Bayet, B., Pellerin, P., Hermans, K., Backx, L., Mansilla, M. A., Imoehl, S.,
Nowak, S., Ludwig, K. U., Baluardo, C., Ferrian, M., Mossey, P. A.,
Noethen, M., Dewerchin, M., François, G., Revencu, N., Vanwijck, R.,
Hecht, J., Mangold, E., Murray, J., Rubini, M., Vermeesch, J. R., Poirel, H.
A., Carmeliet, P., Vikkula, M., “FAF1, a gene that s disrupted in cleft
palate and has conserved function in zebrafish”, American Journal of
Human Genetics ,88(2):150-161 (2011).
66. Hong, W., Hetmanski, J. B., Ruczinski, I., Liang, K. Y., Fallin, M. D.,
Redett, R. J., Raymond, G. V., Chou, Y. H., Chen, P. K., Yeow, V., Chong,
S. S., Cheah, F. Sh., Jabs, E. W., Scott, A. F., Beaty, T. H., “ROR2 gene is
associated with risk of non-syndromic cleft palate in an Asian population”,
Chinese Medical Journal, 125(3):476-480 (2012).
67. Carinci, F., Pezzetti, F., Scapoli, L., Martinelli, M., Avantaggiato, A.,
Carinci, P., Padula, E., Baciliero, U., Gombos, F., Laino, G., Rullo, R.,
Cenzi, R., Carls, F., Tognon, M., “Recent developments in orofacial cleft
genetics”, The Journal of Craniofacial Surgery, 14(2):130-143 (2003).
68. Jezewski, P. A., Vieira, A. R., Nishimura, C., Ludwig, B., Johnson, M.,
O’Brien, S. E., Daack-Hirsch, S., Schultz, R. E., Weber, A., Nepomucena,
B., Romitti, P. A., Christensen, K., Orioli, I. M., Castilla, E. E., Machida, J.,
Natsume, N., Murray, J. C., “Complete sequencing shows a role for MSX1
in non-syndromic cleft lip and palate”, Journal of Medical Genetics,
40(6):399–407 (2003).
69. Jugessur, A., Lie, R. T., Wilcox, J. A., Murray, J. C., Taylor, A. J.,
Saugstad, O. D., Vindenes, A. H., Abyholm, F., “Variants of developmental
genes (TGFA, TGF 3, and MSX1) and their associations with orofacial
61
clefts: A case-parent triad analysis”, Genetic Epidemiology, 24(3): 230–
239 (2003).
70. Blin-Wakkach, C., Lezot, F., Ghoul-Mazgar, S., Hotton, D., Monteiro, S.,
Teillaud, C., Pibouin, L., Orestes-Cardoso, S., Papagerakis, P., Macdougall,
M., Robert, B., Berdal, A., “Endogenous Msx1 antisense transcript: In vivo
and in vitro evidences, structure, and potential involvement in skeleton
development in mammals”, Proceedings of the National Academy of
Sciences of the United States of America, 98(13):7336–7341 (2001).
71. Maestri, N. E., Beaty, T. H., Hetmanski, J., Smith, E. A., McIntosh, I.,
Wyszynski, D. F., Liang, K., Duffy, D. L., VanderKolk, C., “Application of
transmission disequilibrium tests to nonsyndromic oral clefts: Including
candidate genes and environmental exposures in the models”, American
Journal of Medical Genetics, 73(3):337–344 (1997).
72. Lidral, A. C., Romitti, P. A., Basart, A. M., Doetschman, T., Leysens, N. J.,
Daack-Hirsch, S., Semina, E. V., Johnson, L. R., Machida, J., Burds, A.,
Parnell, T. J., Rubenstein, J. L. R., Murray, J. C., “Association of MSX1
and TGF 3 with nonsyndromic clefting in humans”, American Journal of
Human Genetics, 63(2):557–568 (1998).
73. Dobias, S. L., Ma, L., Wu, H., Bell, J. R., Maxson, R.,” The evolution of
Msx gene function: expression and regulation of a sea urchin Msx class
homeobox gene”, Mechanisms of Development, 61(1-2):37-48 (1997).
74. Su, M.W., Suzuki, H. R., Solursh, M., Ramirez, F., “Progressively
restricted expression of a new homeobox-containing gene during Xenopus
laevis embryogenesis”, Development, 111: 1179- 1187 (1991).
75. Akimenko, M. A., Johnson, S. L., Westerfield, M., Ekker, M., “Differential
induction of four msx homeobox genes during fin development and
regeneration in zebrafish”, Development ,121(2):347-357 (1995).
76. Padanilam, B. J., Stadler, H. S., Mills, K. A., McLeod, L. B., Solursh, M.,
Lee, B., Ramirez, F., Buetow, K. H., Murray, J. C., “Characterization of the
human HOX 7 cDNA and identification of polymorphic markers”, Human
Molecular Genetics, 1(6):407-410 (1992).
77. Davidson, D. R., Hill, R. E.,” Msh-like genes: a family of homeobox genes
with wideranging expression during vertebrate development”, Sem in Dev
Biol., 2 :405-412 (1991).
78. Davidson, D., “The function and evolution of Msx genes: pointers and
paradoxes”, Trends in Genetics, 11(10):405-411 (1995).
62
79. Shimeld, S. M., McKay, I. J., Sharpe, P. T., “The murine homeobox gene
Msx-3 shows highly restricted expression in the developing neural tube”,
Mechanisms of Development, 55(2):201-210 (1996).
80. Bendall, A. J., Abate-Shen, C., “Roles for Msx and Dlx homeoproteins in
vertebrate development”, Gene, 247(1-2):17–31(2000).
81. Bendall, A. J., Ding, J., Hu, G., Shen, M. M., Abate-Shen, C., “Msx1
antagonizes the myogenic activity of Pax3 in migrating limb muscle
Precursors”, Development, 126(22): 4965-4976 (1999).
82. Catron, K. M., Wang, H., Hu, G., Shen, M. M., Abate-Shen, C.,
“Comparison of MSX-1 and MSX-2 suggests a molecular basis for
functional redundancy”, Mechanisms of Development, 55(2):185-199
(1996).
83. Catron, K. M., Iler, N., Abate, C., “Nucleotides flanking a conserved TAAT
core dictate the DNA binding specificity of three murine homeodomain
proteins”, Molecular and Cellular Biology, 13(4):2354-2365 (1993).
84. Bendall, A.J., Rincon-Limas, D.E., Botas, J., Abate-Shen, C., “Protein
complex formation between Msx1 and Lhx2 homeoproteins is incompatible
with DNA binding activity”, Differentiation, 63(3):151-157 (1998).
85. Zhang, H., Hu, G., Wang, H., Sciavolino, P., Iler, N., Shen, M. M., AbateShen, C., “Heterodimerization of Msx and Dlx homeoproteins results in
functional antagonism”, Molecular and Cellular Biology, 17(5):2920-2932
(1997).
86. Hovde, S., Abate-Shen, C., Geiger, J. H., “Crystal structure of the Msx-1
homeodomain/DNA complex”, Biochemistry, 40(40):12013-12021 (2001).
87. Turner, P. C., McLennan, A. G., Bates, A. D., White, M. R. H., “Moleküler
Biyoloji 2. Bask ”, Konuk M. , Nobel Yay n Da m, Ankara, 113-114,172
(2004).
88. Pawlowska, E., Jan k-Pap s, K., Jarosinska, M., Szcpzepanska, J., Blasiak,
J., “Mutations in the human homeobox MSX1 gene in the congenital lack
of permanent teeth”, The Tohoku Journal of Experimental Medicine,
217(4):307-312 (2009).
89. Alappat, S., Zhang, Z. Y., Chen, Y. P., “Msx homeobox gene family and
craniofacial development”, Cell research,13(6):429-442 (2003).
90. Tureckova, J., Sahlberg, C., Aberg, T., Ruch, J. V., Thesleff, I., Peterkova,
R., “Comparison of expression of the msx-1, msx-2, BMP-2 and BMP-4
63
genes in the mouse upper diastemal and molar tooth primordia”, The
International Journal of Developmental Biology, 39(3): 459-468 (1995).
91. Zhang Z., Song Y., Zhao X., Zhang X., Fermin C., Chen Y., “ Rescue of
cleft palate in Msx1-deficient mice by transgenic Bmp4 reveals a network
of BMP and Shh signaling in the regulation of mammalian palatogenesis”,
Development, 129(17): 4135-4146 (2002).
92. Hu, G., Lee, H., Price, S. M., Shen, M. M., Abate-Shen, C.,” Msx
homeobox genes inhibit differentitation through upregulation of cyclin D1”,
Development , 128(12): 2373-2384 (2001).
93. Zhang, Y., Zhao, X., Hu, Y., St Amand, T., Zhang, M., Ramamurthy, R.,
Qiu, M., Chen, Y., “Msx1 is required for the induction of Patched by Sonic
hedgehog in the mammalian tooth germ”, Developmental Dynamics.,
215(1):45-53 (1999).
94. Lidral, A. C., Murray, J. C., Buetow, K. H., Basart, A. M., Schearer, H.,
Shiang, R., Naval, A., Layda, E., Magee, K., Magee, W., ”Studies of the
candidate genes TGF 2, MSX1, TGFA, and TGF 3 in the etiology of cleft
lip and palate in the Philippines”, The Cleft Palate-Craniofacial Journal,
34 (1):1-6 (1997).
95. Otero,L., Gutiérrez,S., Cháves,M., Vargas,C., Bérmudez,L.,“Association of
MSX1 with nonsyndromic cleft lip and palate in a Colombian population”,
The Cleft Palate-Craniofacial Journal, 44(6):653-656 (2007).
96. Suzuki, Y., Jezewski, P. A., Machida, J., Watanabe, Y., Shi, M., Cooper,
M. E., Viet le, L., Nquyen, T. D., Hai, H., Natsume, N., Shimozato, K.,
Marazita, M. L., Murray, J. C., “In a Vietnamese population, MSX1
variants contribute to cleft lip and palate”, Genetics in Medicine, 6(3):117125 (2004).
97. Tongkobpetch, S., Siriwan, P., Shotelersuk, V., “MSX1 mutations
contribute to nonsyndromic cleft lip in a Thai population”, Journal of
Human Genetics, 51(8):671–676 (2006).
98. Huang, Y.Q., Ma, J., Ma, M., Deng, Y., Li, Y.D., Ren, H.W., Zhao, G.Z.,
Guo, S.S., Wang, Y.Y., Zhang, G.X., Shi, B., “Association between MSX1
variants and oral clefts in Han Chinese in Western China”, DNA and Cell
Biology, 30(12):1057-1061 (2011).
99. Rafighdoost, H., Hashemi, M., Narouei, A., Eskanadri-Nasab, E., DashtiKhadivaki, G., Taheri, M., “ Association between CDH1 and MSX1 gene
polymorphisms and the risk of nonsyndromic cleft lip and/or cleft palate in
a Southeast Iranian population”, The Cleft Palate-Craniofacial Journal,
(2012).
64
100. Vieira, A.R., Orioli, I. M., Castilla, E. E., Cooper, M. E., Marazita, M. L.,
Murray, J. C., “MSX1 and TGF 3 contribute to clefting in South America”,
Journal of Dental Research, 82(4):289-292 (2003).
101. Singh,V.P., Ramu,D.,“Association of MSX1 799G>T variant with nonsynd
romic cleft lip/palate in South Indian adolescent patients”,
International
Journal of Paediatric Dentistry, 22(3):228-231 (2012).
102. Salahshourifar, I., Halim, A. S., Wan Sulaiman, W. A., Zilfalil, B. A.,”
Contribution of MSX1 variants to the risk of non-syndromic cleft lip and
palate in a Malay population”, Journal of Human Genetics , 56(11):755758 (2011).
103. Butali, A., Mossey, P. A., Adeyemo, W. L., Jezewski, P. A., Onwuamah, C.
K., Ogunlewe, M. O., Ugboko, V. I., Adejuyigbe, O., Adigun, A. I., AbdurRahman, L. O., Onah, I. I., Audu, R. A., Idigbe, E. O., Mansilla, M.
A., Dragan, E. A., Petrin, A. L., Bullard, S. A., Uduezue, A. O., Akpata,
O., Osaguona, A. O., Olasoji, H. O., Ligali, T. O., Kejeh, B. M., Iseh, K.
R., Olaitan, P. B., Adebola, A. R., Efunkoya, E., Adesina, O.
A., Oluwatosin, O. M., Murray, J. C., “ Genetic studies in the Nigerian
population implicate an Msx1 mutation in complex oral facial clefting
disorders”, The Cleft Palate-Craniofacial Journal, 48(6):646-653 (2011).
104. Vastardis, H., Karimbux, N., Guthua, S. W., Seidman, J. G., Seidman, C.
E., “A human MSX1 homeodomain missense mutation causes selective
tooth Agenesis”, Nature Genetics, 13 (4):417-421 (1996).
105. Leoyklang, P., Siriwan, P., Shotelersuk, V., “A mutation of the p63 gene in
non-syndromic cleft lip”, Journal of Medical Genetics, 43(6):e28 (2006).
106. Hwang, S. J., Beaty, T. H., Panny, S. R., Street, N. A., Joseph, J. M.,
Gordon, S., McIntosh, I., Francomano, C. A., “ Association study of
transforming growth factor alpha (TGFa) TaqI polymorphism and oral
clefts: indication of gene-environment interaction in a population-based
sample of infants with birth defects”, American Journal of Epidemiology,
141(7):629–636 (1995).
107. Chevrier, C., Bahuau, M., Perret, C., Iovannisci, M. D., Nelva, A., Herman,
C., Vazquez, M. P., Francannet, C., Robert-Gnansia, E., Lammer, J. E.,
Cordier, S., “Genetic susceptibilities in the association between maternal
exposure to tobacco smoke and the risk of nonsyndromic oral cleft”,
American Journal of Medical Genetics Part A, 146A(18):2396–2406
(2008).
108. Vieira, A. R., Modesto, A., Meira, R., Barbosa, A. S., Lidral, A. C.,
Murray, J. C., “ Interferon regulatory factor 6 (IRF6) and fibroblast growth
65
factor receptor 1 (FGFR1) contribute to human tooth agenesis”, American
Journal of Medical Genetics Part A, 143A(6):538-545 (2007).
109. Vieira, A. R., Meira, R., Modesto, A., Murray, J. C., “MSX1, PAX9, and
TGFA contribute to tooth agenesis in humans”, Journal of Dental
Research, 83(9):723-727 (2004).
110. Ogawa, T., Kapadia, H., Wang, B., D'Souza, R. N., “Studies on Pax9-Msx1
protein interactions”, Archives of Oral Biology, 50(2):141-145 (2005).
111. Ogawa, T., Kapadia, H., Feng, J. Q., Raghow, R., Peters, H., D'Souza, R.
N., “Functional consequences of interactions between Pax9 and Msx1
genes in normal and abnormal tooth development”, The Journal Of
Biological Chemistry, 281(27):18363-18369 (2006).
112. Kouskoura, T., Fragou, N., Alexiou, M., John, N., Sommer, L., Graf,
D., Katsaros, C., Mitsiadis, T. A., “The genetic basis of craniofacial and
dental abnormalities”, Schweizer Monatsschrift für Zahnmedizin, 121(78):636-646 (2011).
113. Akar, N., “Klinik Moleküler Patoloji’ye Giri
Yay nlar , Ankara, 154,225 (1999).
2. Bask ”, Ant p A. .
114. Klug, W. S., Cummings, M. R., “Genetik Kavramlar 6. Bask ”, Öner C. ,
Palme Yay nc k, Ankara, 515-516 (2003).
66
ÖZGEÇM
Ki isel Bilgiler
Soyad , ad
: AKSOYLU,Tuba
Uyru u
: T.C.
Do um Tarihi ve Yeri : 16.04.1986 Ankara
Medeni Hali
: Bekar
Cep Telefonu
: (0505)7086964
Email
: [email protected]
itim
Derece
E itim Birimi
Mezuniyet
Yüksek Lisans
Gazi Üniversitesi/Moleküler Biy. ve Gen.
2013
Lisans
Gazi Üniversitesi/Biyoloji
2009
Lise
Fatih Sultan Mehmet Lisesi(YDA)
2004
Yabanc Dil
ngilizce
Download