Klinik Örneklerdeki RNA`in korunması, Patojenlerin inaktivasyonu ve

Klinik Örneklerdeki RNA’in korunması,
Patojenlerin inaktivasyonu ve Soğuk
zincire ihtiyaç olmadan taşınabilmesi
için geliştirilmiş özgün moleküler taşıma
ortamı (PrimeStoreMTM)
Prof. Dr. Bülbin SunarReeder
L.T. Daum and G.W. Fischer
Longhorn Vaccines and Diagnostics, San Antonio 78208, TX, USA.
[email protected]
GEREKÇE
Mikrop RNA ve DNA’larının
izolasyonunda ilk ve önemli basamak,
örnekleri nükleik asitleri bozulmadan
testlerin yapılacağı laboratuvara
ulaştırabilmektir.
PrimeStoreMTM bu işlemleri
kolaylaştırmak maksadıyla geliştirilmiş
bir moleküler taşıma mediumu olup,
klinik örnekleri infeksiyon tehlikesi ve
soğuk zincire ihtiyaç olmadan taşıma
imkanı sağlar.
PrimeStoreMTM’i diğer
taşıma ortamlarından
ayıran önemli özellikler
nelerdir?
Virus ve bakteri örnekleri
ortama konur konmaz canlılığını
kaybettikleri için Enfeksiyonun
yayılma tehlikesi ortadan
kalkmaktadır.
PrimeStore Kills Microbes
Initial 4-log dilutions of PrimeStore MTM + viruses were required prior to inoculation
into tissue culture lines due to PrimeStore MTM lysis of the MDCK tissue culture cells.
Therefore, only a minimum 4-log TCID50/mL reduction was observable.
PrimestoreMTM ortamına
RNA (RNA-IPC) kontrol molekülü
ilave edilerek nükleik asitlerin
pozitif kalite kontroluna imkan
sağlanmıştır. Bütün nükleik asit
testlerinde gerçek-zamanlı-RTPCR kullanılmıştır.
PrimeStore MTM is Ideal for NAT Compared to
Commercial Transport Media†
40
35
5-7 Cycle Threshold (CT) values lower; 10-100X more sensitive
during real-time RT-PCR
Cycle Threshold (CT)
30
25
Positive Control
PrimeStore MTM
20
Copan UTM
BD UTM
15
Remel M4RT
10
5
0
†Copan UTM is Copan Universal Transport Medium (Copan Diagnostics, Murreta, CA); BD UTM is Becton Dickinson Universal
Transport Medium (Beckin Dickinson, Sparks, MD); PrimeStore MTM is PrimeStore Molecular Transport Medium (Longhorn
Vaccines & Diagnostics, San Antonio, TX). Remel M4RT is Remel MicroTest M4RT Multi-Microbe Media (REMEL, Lenexa, KS).
Taşıma ve saklama süresince
soğuk zincire ihtiyaç
duyulmaz. Örnek çalışması
sonunda artıklar normal
olarak çöphe atılabilir.
PrimeStore MTM Preserves Influenza RNA
@ 37˚C for 14 days
40
35
Cylce Threshold (CT)
30
25
20
PrimeStore MTM
VTM
15
10
5
0
0
2
7
Days @ 37 °C
14
PrimeStoreMTM
Nükleik asitleri taşıma ve saklama
süresince enzimatik
degregasyondan korur
PrimeStoreMTM Stabilizes IPC and viral RNA at
Ambient Temperature for 30 days
PrimeStore MTM vs. Copan UTM Across an Influenza
Viral Dilution
At lower dilutions
(102 to 101
TCID50/mL), influen
za virus was not
detected in 25%
(1/4) and 50% (2/4)
of the replicates
tested compared to
PrimeStore MTM.
40
Cycle Threshold (CT)
35
30
25
20
Copan UTM
PrimeStore MTM
15
10
5
0
10e5
10e4
10e3
10e2
Virus Concentration (TCID50/mL)
10e1
Medium’dan nükleik asitlerin
izolasyonu bilinen metotlarda
hiç bir değişiklige ihtiyaç
duyulmadan kolayca
yapılabilmektedir.
PrimeStoreMTM is compatible with
Commercial Extraction Kits
40
Cycle Threshold (CT)
35
30
Ambion RNAqueous-Micro
25
Qiagen Viral Mini
20
Invitrogen ChargeSwitch
15
Ambion MagMax
10
5
0
10^3 TCID50/mL
10^1 TCID50/mL
ssRNA IPC
PrimeStoreMTM’u Özetlersek
• Viral örnekleri toplama ve taşıma ortamıdır
• RNA/DNA’rı nükleazlardan korur
• Piyasadaki nükleik asit isolasyon kitleriyle
kolaylıkla kullanılabilir
• Örnekleme, Taşıma ve saklama süresince
soğuk zincire ihtiyaç olmadan arazide ve
laboratuvarda kullanılır
• Nükleik asit testlerinde diğer taşıma
ortamlarına göre daha sensitiftir.
References
Daum LT, Worthy SA, Yim KC, Nogueras M, Schuman RF, Choi YW, and Fischer
GW. 2010. A Clinical Specimen Collection and Transport Medium for
Molecular Diagnostics and Genomic Applications. Epidemiology and
Infection. In press, 2010.
Luke T. Daum, Sue A. Worthy, James P. Chambers, Demetra Kelenis, John
Rodriquez, Dennis J. Reeder and Gerald W. Fischer. 2011. Commercial Viral
Transport Medium (VTM) Inhibits Nucleic Acid Testing. Manuscript
Submitted, 2010.
Luke T. Daum, Sue A. Worthy, Deena E. Sutter, Marty Ottolini , Kathryn E.
Myhre, Robert L. Elwood, Gerald W. Fischer. Comparison of Influenza Virus
Detection Methods from Pediatric Patients and Household Contacts. Journal
of Medical Virology. In press, 2011.
Luke T. Daum, Ph.D.
Gerald W. Fischer, M.D
Bülbin Sunar-Reeder,Ph.D
Longhorn Vaccines & Diagnostics
1747 Citadel Plaza, Suite 206
San Antonio, TX 78209
Phone: (210) 826-0910
Email: [email protected]
THANKS!
QUESTIONS?
SORULARINIZ?