OE-GEN-PR-002 TL-025 Parafin Bloktan DNA

İÜ
ONKOLOJİ ENSTİTÜSÜ
PARAFİN BLOKTAN DNA İZOLASYONU
TALİMATI
Doküman No: OE-GEN-PR-002,TL-025
İlk Yayın Tarihi
:06.10.2017
Revizyon No
: 00
Revizyon Tarihi
:
Sayfa No
:1/2
1. Amaç
Dokudan DNA izolasyon işleminin doğru bir şekilde yapılmasını sağlamak amacı ile bu talimat
hazırlanmıştır.
2.
Kapsam
Bu talimat taze veya parafin blok içerisindeki DNA’yı izole edebilmek için gerekli tüm aşamaları
içermektedir.
3. Sorumlular
Moleküler Onkoloji Laboratuvarı çalışanları
4. Uygulamalar
 DNA izolasyonuna başlamadan önce DNA izolasyonu yapılacak hasta materyali “DNA
İzolasyon İşlem Formu”na kaydedilir ve işleme geçilir.
 Eğer doku parafin blokta ise parafin bloktan mikrotom ile 8 mikron kalınlığında kesitler alınarak 2
ml hacmindeki tüplere konur.
 Kesitlerin üzerine 1 ml xylol eklenir ve 10 sn. vortekslenir.
 12000 RPM hızda 2 dk. santrifujlenerek üst faz dökülür.
 Pellet üzerine 500 µl %99’luk etanol eklenir ve 10000 RPM hızda 1 dk. santrifüjlenir.
 Üst faz dökülür ve etanolün uçması için 10 dk. kapağı açık bekletilir. (Taze doku olarak gelen
örnekler bistüri yada parçalıyıcı tarafından parçalanarak bu aşamadan sonra aynı prosedür ile
devam edilir.)
 180 µl ATL buffer ve 20 µl proteinaseK eklenerek 10 sn. vortekslenir. 560C’de 1 saat ve 900C’de
1 saat inkube edilir.
 Pellete 200 µl AL buffer ve 200 µl etanol konarak 10 sn. vorteklenir.
 Tüm sıvı kolonlu spin filtreye aktarılır ve 8000 RPM hızda 1 dk. santrifujlenir.
 Kolon üzerine 500 µl AW1 Buffer eklenir ve 8000 RPM hızda 1 dk. santrifujlenir.
 Kolon üzerine 500 µl AW2 Buffer eklenir ve 8000 RPM hızda 1 dk. santrifujlenir.
 Etanol artıklarının uzaklaşması için kolon boş olarak 12000 RPM hızda 3 dk. santrifujlenir.
 Kolon 1,5 ml’lik tüpe alınır ve üzerine 40 µl ATE eklenerek 14000 RPM hızda 1 dk.
santrifujlenerek DNA elde edilir.
HAZIRLAYAN:
GÖZDEN GEÇİREN/KONTROL EDEN:
ONAYLAYAN:
SÜREÇ SORUMLUSU
KALİTE TEMSİLCİSİ
BAŞHEKİM
İÜ
ONKOLOJİ ENSTİTÜSÜ
PARAFİN BLOKTAN DNA İZOLASYONU
TALİMATI
Doküman No: OE-GEN-PR-002,TL-025
İlk Yayın Tarihi
:06.10.2017
Revizyon No
: 00
Revizyon Tarihi
:
Sayfa No
:2/2
 DNA’nın kalite kontrolü Nanodrop cihazında yapılır. Bu işlem sonucunda oluşabilecek her türlü
kayıp “Materyal Kayıp İzlem Formu” ile kayıt altına alınır. Elde edilen DNA’larla analiz
aşamasına geçilir.
5. Güvenlik
Muhakkak eldivenle çalışılmalıdır.
Kimyasalların deri ile temasından kaçınılmalıdır.
Deri ile temas eden maddeler türüne göre su ya da uygun solüsyonlarla temizlenmelidir.
6. Saklama Koşulları
DNA’lar kısa süre zarfında sıklıkla kullanılacaklar ise oda sıcaklığında ya da +4 °C’ de saklanır.
Uzun süre kullanılmayacak DNA’lar -30 ya da -80 °C’ de muhafaza edilir.
7. Atik Prosedürü
DNA izolasyonu sırasında oluşan atıklar, DNA’ların tüpleri ve DNA bulaşan malzemeler “Çevre ve
Atık Yönetim Talimatı”na göre ve kırmızı kapaklı sarı kutulara atılarak uzaklaştırılır.
8. İlgili Döküman
8.1. Moleküler Onkoloji Laboratuvarı Materyal Kayıp İzlem Formu
8.2. Çevre ve Atık Yönetim Talimatı
HAZIRLAYAN:
GÖZDEN GEÇİREN/KONTROL EDEN:
ONAYLAYAN:
SÜREÇ SORUMLUSU
KALİTE TEMSİLCİSİ
BAŞHEKİM